Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Acuerdo de Charaña
Además de Perú, otra nación que tuvo un interés en la Guerra del Pacífico, la subsecuente disputa territorial y el acuerdo de Charaña fue Argentina que siguió un patrón de extraer concesiones de Chile a cambio de mantener su neutralidad y de Bolivia a cambio de su apoyo: durante las negociaciones de Charaña Bolivia buscó el apoyo de Argentina quien ofreció apoyo moral a cambio de concesiones bolivianas pero sin llegar a comprometerse a ofrecer ningún apoyo tangible; cuando Argentina logró sus objetivos simplemente dejó de interactuar con Bolivia respecto al acuerdo.