Tomás Cipriano de Mosquera
Asimismo, se eligió a Mosquera para terminar el primer bienio de gobierno de los Estados Unidos de Colombia, hasta el 1° de abril de 1864. Mosquera fue ratificado en el cargo luego de la abolición de su antiguo cargo.En este tercer mandato, debió enfrentar una guerra con Ecuador, para lo cual comandó personalmente el ejército colombiano, logrando la victoria final en la Batalla de Cuaspud en diciembre de 1863. Esta victoria sobre el General Juan José Flores, también héroe de la independencia de la Nueva Granada, llevó al Congreso de la República a decretar una inédita ley de honores, mediante la cual lo nombraban 'Gran General de los Estados Unidos de Colombia'.
Guerra de las soberanías
Ante la situación narrada en el párrafo anterior desde 1859 el presidente Mariano Ospina Rodríguez trató de obtener más posibilidades e poder e intervención sobre estados a través de reformas a la constitución, con una serie de leyes relacionadas con las potestades del Ejecutivo, el Ejército y el sistema electoral, sin embargo esto generó malestar en la mayoría de los Estados soberanos, uno de los detonantes que influyó en el conflicto fue el decreto que pretendía la división del Estado Federal del Cauca, el mayor y más rico del país, a favor del poder central, el general Tomás Cipriano de Mosquera buscó la separación del Cauca y Panamá, además de revueltas en las regiones de Santander, Boyacá, Bolívar y Magdalena en 1859, que reclamaban su soberanía, Valiéndose de amigos y parientes en Popayán, Mosquera logró la reconciliación con Obando. Otros estados se fueron uniendo a Mosquera y la confrontación terminó siendo de estados que exigían una soberanía propia y separación del gobierno en Bogotá.