Prokaryota
La respiración anaerobia es diversa y arcaica, en lugar del oxígeno usa generalmente como aceptor una sustancia inorgánica como nitrato, azufre, sulfato, tiosulfato, CO, Fe, Mn, seleniato, arseniato, y rara vez una sustancia orgánica como fumarato, DMSO, TMAO o clorobenzoato. Según su respiración los procariontes pueden ser:Los organismos heterótrofos tienen generalmente metabolismo aerobio (que respiran oxígeno); y como la oxidación de la glucosa y otras sustancias libera mucha más energía que su utilización anaerobia, los seres aerobios pronto se convirtieron en los organismos dominantes en la Tierra por la mayor energía que se obtiene con este tipo de respiración.
Organotrofo
Un organotrofo es un organismo que obtiene hidrógeno o electrones de sustratos orgánicos. Este término se utiliza en microbiología para clasificar y describir los organismos sobre la base de cómo se obtienen los electrones en sus procesos de respiración. Algunos organotrofos como los animales y muchas bacterias son también heterótrofos. Los organotrofos pueden ser anaerobios o aerobios. Los organismos que no son organotrofos obtienen hidrógeno o electrones a partir de sustratos inorgánicos y se denominan litótrofos.