Primeros años de Cleopatra
Aunque los egipcios eran el grupo étnico dominante en Egipto, grandes minorías de griegos, judíos, celtas y germánicos, sirios, nubios y otros habitaron Egipto durante su reinado y mucho antes. Los griegos y los judíos se concentraban principalmente en las ciudades multiculturales de Alejandría, la antigua colonia de Náucratis y Ptolemaida Hermia (cerca de Tebas, en el Alto Egipto). Los griegos, judíos y egipcios en estas ciudades estaban legalmente segregados, vivían en barrios diferentes y tenían prohibido casarse entre ellos. El sacerdocio egipcio nativo recibió una serie de privilegios y se hizo extremadamente rico bajo sus patrocinadores ptolemaicos, convirtiéndose a menudo en blanco de las revueltas de los egipcios nativos. Aunque había leyes contra el matrimonio mixto en las ciudades-estado griegas (polis) de Egipto, el matrimonio mixto estaba permitido en otras partes de Egipto; Cleopatra tenía un medio primo egipcio, Pasherienptah III, el Sumo sacerdote de Ptah en Menfis. Al principio de su reinado Cleopatra buscó el apoyo y la lealtad del sacerdocio egipcio, a pesar de los intentos de su hermano rival y antiguo cogobernante Ptolomeo XIII de socavar esta relación.
Reinado de Cleopatra
En Grecia, las fuerzas de César y Pompeyo se enfrentaron en la decisiva batalla de Farsalia el 9 de agosto de 48 a. C., lo que provocó la destrucción de la mayor parte del ejército de Pompeyo y su huida forzada a Tiro. Dada su estrecha relación con los ptolomeos, Pompeyo finalmente decidió refugiarse en Egipto, donde podría reponer sus fuerzas. Sin embargo los consejeros de Ptolomeo XIII temían la posibilidad de que Pompeyo usara a Egipto como base en una prolongada guerra civil romana, y querían asegurarse de que ninguno de los "gabiniani" abandonara su campaña contra Cleopatra para unirse a las fuerzas de Pompeyo. En una conspiración ideada por Teodoto, consejero de Ptolomeo, Pompeyo llegó en barco cerca de Pelusio tras ser invitado mediante un mensaje escrito, solo para ser emboscado y apuñalado hasta matarlo el 28 de septiembre de 48 a. C. Ptolomeo XIII creyó que así había demostrado su poder y al mismo tiempo reducir la tensión haciendo que la cabeza de Pompeyo, cortada y embalsamada, se enviara a César, quien llegó a Alejandría a principios de octubre y se estableció en el palacio real. Teodoto le presentó a César la cabeza embalsamada de su yerno Pompeyo, que César recuperó y decidió enterrar adecuadamente en la costa de Alejandría. César mostró pena e indignación por el asesinato de Pompeyo y pidió a Ptolomeo XIII y a Cleopatra que disolvieran sus fuerzas y se reconciliaran.