Bandera de Paraguay
La segunda bandera fue la izada el 17 de junio de 1811, en ocasión del Primer Congreso General, que consistía en una bandera rectangular con tres piezas fajadas, de color azul, distintivo de la Virgen de Asunción, y fue integrado al pabellón español -rojo, amarillo, azul- que se usaba en la conquista. Esta nueva bandera flameó en el Paraguay hasta el 15 de agosto de 1812.
Provincias Unidas del Río de la Plata
El Paraguay se gobernó desde un principio con independencia del gobierno de Buenos Aires, y el 20 de julio de 1811 la junta paraguaya envió una nota a la junta de Buenos Aires comunicándole sus resoluciones y que había elegido un diputado, expresándole cuatro condiciones para enviarlo: La junta de Buenos Aires respondió favorablemente el 28 de agosto de 1811, comunicándole que "Si es la voluntad decidida de esa provincia gobernarse por sí y con independencia del gobierno provisional, no nos opondremos a ello." Luego de eso ambos gobiernos firmaron un tratado, el 12 de octubre de 1811, para "unir ambas Provincias en una federación y alianza indisoluble". Sin embargo, Paraguay reunió un congreso que el 12 de octubre de 1813 adoptó el consulado como forma de gobierno, el nombre "República del Paraguay" y símbolos nacionales. Luego se aisló del resto del mundo y se comportó como un estado independiente, pero no habiendo realizado una proclamación formal de independencia, y negándosela otros países, el 25 de noviembre de 1842 un congreso reunido al efecto la proclamó solemnemente ratificando que su independencia era un hecho incontestable desde hacía más de treinta años. La proclamación fue rechazada por la Confederación Argentina, que no la aceptó hasta el 17 de julio de 1852.