Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Relaciones Bolivia-Chile
Un breve paréntesis significó la Guerra hispano-sudamericana, provocada por la presencia agresiva de una flota española en las costas del Pacífico Sur. Las repúblicas de Bolivia, Chile, Ecuador y Perú firmaron el Tratado de alianza defensiva y ofensiva de 1865 que unió a las repúblicas del Pacífico Sur contra la decadente potencia colonial. La guerra trajo la destrucción de Valparaíso, la consolidación de Perú como potencia naval sudamericana y a Chile el convencimiento de que debía poseer una armada con poder disuasivo. Quizás el más positivo de los efectos de la guerra fue el de empujar a Bolivia y a Chile a la fijación de su frontera común.