Prokaryota
La respiración anaerobia es diversa y arcaica, en lugar del oxígeno usa generalmente como aceptor una sustancia inorgánica como nitrato, azufre, sulfato, tiosulfato, CO, Fe, Mn, seleniato, arseniato, y rara vez una sustancia orgánica como fumarato, DMSO, TMAO o clorobenzoato. Según su respiración los procariontes pueden ser:Los organismos heterótrofos tienen generalmente metabolismo aerobio (que respiran oxígeno); y como la oxidación de la glucosa y otras sustancias libera mucha más energía que su utilización anaerobia, los seres aerobios pronto se convirtieron en los organismos dominantes en la Tierra por la mayor energía que se obtiene con este tipo de respiración.
Loricifera
Recientemente se han encontrado en el mar mediterráneo, a más de 3000 metros de profundidad, tres nuevas especies ("Spinoloricus cinzia", "Rugiloricus" y "Pliciloricus") que viven en un ambiente de anaerobiosis. Se trata de los primeros casos de metazoos que pueden vivir permanentemente sin oxígeno; se ha visto que no tienen mitocondrias, sino otro tipo de orgánulos.