Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Territorio nacional de Los Andes
Tras la cesión hecha por Bolivia a Chile del departamento del Litoral, que comprendía la zona del desierto de Atacama donde se ubican las ciudades de Antofagasta, Tocopilla, Calama y los poblados de San Pedro de Atacama, Chiu-Chiu y otros pequeños poblados, después de perder la guerra del Pacífico, el estado boliviano prácticamente perdió todo nexo territorial con la Puna de Atacama y con el océano Pacífico. Es así que en 1890 la provincia de Atacama fue reconocida por Bolivia como de propiedad argentina. Un tratado argentino-boliviano ratificó la soberanía argentina sobre 90 000 km². Sin embargo, este tratado no se ratificó hasta el año 1893, razón por la cual Chile desconoció a Bolivia la capacidad de negociar territorios que se encontraban ocupados por Chile desde 1879. Pese a ello, Chile ocupó la mayor parte del territorio. Años más tarde, la Argentina debió pedir laudos de los gobiernos británico y estadounidense para que Chile desalojara esta zona de la Puna, aunque un 15% del territorio quedó como chileno. Argentina reclamaba como límite norocidental el sector de la cordillera de los Andes llamado cordillera de Almeyda. En su lugar el laudo arbitral fijó límites geodésicos al este de ese cordón montañoso, de modo tal que la extensión final de la unidad territorial argentina, llamada Territorio de Los Andes, era de unos 62 642 km².