Death of the Family
Cuando el héroe regresa a su hogar, se da cuenta de que su mayordomo Alfred fue secuestrado y en una de las salas encuentra una grabación y una banda elástica con el nombre del jefe de policía Gordon. Batman decide hacerle una visita —sabiendo que él es la próxima víctima—, llegando poco antes de que comience a sangrar sin parar, por lo que Batman utiliza un coagulante para poder salvar su vida. Batman se da cuenta de que el Joker está recreando sus crímenes anteriores, y va al embalse de Gotham, lugar donde se llevó a cabo su primer enfrentamiento con el villano, sin embargo este último logra vencerlo, lo que lo lleva a pensar que sus aliados lo están volviendo débil, así que para «ayudarlo» se propone asesinar a todas las personas que ama en las próximas 72 horas, puesto que sabe las identidades de todos ellos.
Gotham Knights
El juego se desarrolla en Gotham City, después de las muertes de Batman (con la voz de Michael Antonakos) y el comisionado de policía Jim Gordon, lo que ha provocado un aumento de la delincuencia y la anarquía. Los jugadores asumen el papel de los antiguos protegidos de Batman - Dick Grayson/Nightwing (Christopher Sean),Barbara Gordon/Batgirl ( America Young),Tim Drake/Robin (Sloane Morgan Siegel), y Jason Todd/Red Hood (Stephen Oyoung) - mientras intentan continuar su legado protegiendo a Gotham al recibir un mensaje pregrabado de Batman. Los personajes secundarios incluyen al ex mayordomo de Bruce Alfred Pennyworth (Gildart Jackson) y la capitana de policía Renee Montoya, uno de los pocos policías honestos que quedan en la ciudad. Los cuatro jóvenes vigilantes deberán hacer frente a peligrosos criminales como Dos Caras y el Señor Frío, a la vez que investigan a la misteriosa Corte de los Búhos y el papel que juegan dentro del oscuro mundo de Gotham.