Organismo anaerobio
Algunos microorganismos realizan un proceso metabólico conocido como respiración anaeróbica que, a pesar de no utilizar oxígeno, es completamente diferente de las fermentaciones. En la respiración anaeróbica existe una cadena de transporte de electrones análoga a la de la respiración aeróbica, pero el aceptor final de electrones no es el oxígeno sino otra molécula, generalmente inorgánica, como: ', ' o .
Respiración del suelo
El ciclo del ácido tricarboxílico, o ciclo del ácido cítrico, es un paso importante en la respiración celular. En el ciclo del ácido tricarboxílico, se oxida un azúcar de seis carbonos. Esta oxidación produce el CO y HO del azúcar. Las plantas, hongos, animales y bacterias usan este ciclo para convertir compuestos orgánicos en energía. Así es como la mayoría de la respiración del suelo ocurre en su nivel más básico. Dado que el proceso depende del oxígeno para ocurrir, esto se conoce como respiración aeróbica.