Tomás Cipriano de Mosquera
Asimismo, se eligió a Mosquera para terminar el primer bienio de gobierno de los Estados Unidos de Colombia, hasta el 1° de abril de 1864. Mosquera fue ratificado en el cargo luego de la abolición de su antiguo cargo.En este tercer mandato, debió enfrentar una guerra con Ecuador, para lo cual comandó personalmente el ejército colombiano, logrando la victoria final en la Batalla de Cuaspud en diciembre de 1863. Esta victoria sobre el General Juan José Flores, también héroe de la independencia de la Nueva Granada, llevó al Congreso de la República a decretar una inédita ley de honores, mediante la cual lo nombraban 'Gran General de los Estados Unidos de Colombia'.
Tomás Cipriano de Mosquera
A su regreso en 1871, apoyó la candidatura presidencial del liberal Julián Trujillo, pero fracasó estrepitosamente, pues fue derrotado por el radical Murillo Toro (quien logró su reelección no consecutiva), y quedó incluso por debajo del conservador María Mallarino (que también optaba por un segundo mandato). Pese a su estrepitosa derrota, Mosquera fue elegido para la Presidencia del Cauca (gobernación), desde 1872 hasta 1873. Terminado su cargo, en 1876 ocupó un escaño en el Senado.