Manuel Marulanda Vélez
Al igual que los demás bandos en el Conflicto armado interno en Colombia, las FARC-EP que Marulanda dirigía cometieron abusos contra otros combatientes y contra la población civil a lo largo de la guerra. Organizaciones no gubernamentales calculan que su responsabilidad correspondería a alrededor del 20 por ciento (de 15 a 25 según los diferentes momentos) de los asesinatos políticos anuales en el conflicto. A las FARC-EP también se las considera responsables de un alto número de detenciones de guerra, de reclutamientos de menores, de la colocación de minas antipersonales y de actos de terrorismo. Las FARC-EP están en la lista de organizaciones consideradas como terroristas por el Departamento de Estado de los Estados Unidos y en su equivalente dentro de la Unión Europea. Las Naciones Unidas han condenado varias de sus acciones como crímenes de guerra.
Bloque Norte de las AUC
Inicialmente, estos nuevos grupos surgieron con la conformación de grupos legales de seguridad bajo el programa de las CONVIVIR y ligadas a las ACCU, cuyo fin era el de conformar grupos de autodefensas contraguerrilleras, ya que las guerrillas de las FARC-EP, ELN, y Disidencias del EPL, agrandadas por el narcotráfico en las décadas de 1980 y 1990, habían logrado tomar el control de la región sobre el Estado en zonas rurales y en los cascos urbanos con células urbanas. Las narcoguerrillas, en especial unidades guerrilleras como el Frente 41 y Frente 59 del Bloque Caribe de las FARC-EP y el Frente José Manuel Quiroz del ELN, cometieron múltiples asesinatos, secuestros, robo de ganado, extorsión a empresarios, comerciantes y ganaderos, reclutamiento forzoso de civiles y torturas. Los ataques de las guerrillas y tomas contra pequeñas poblaciones fueron múltiples. El transporte por vía terrestre se volvió imposible debido a los constantes retenes de las narcoguerrillas para secuestrar, en llamadas 'pescas milagrosas'.