Primeros años de Cleopatra
Aunque los egipcios eran el grupo étnico dominante en Egipto, grandes minorías de griegos, judíos, celtas y germánicos, sirios, nubios y otros habitaron Egipto durante su reinado y mucho antes. Los griegos y los judíos se concentraban principalmente en las ciudades multiculturales de Alejandría, la antigua colonia de Náucratis y Ptolemaida Hermia (cerca de Tebas, en el Alto Egipto). Los griegos, judíos y egipcios en estas ciudades estaban legalmente segregados, vivían en barrios diferentes y tenían prohibido casarse entre ellos. El sacerdocio egipcio nativo recibió una serie de privilegios y se hizo extremadamente rico bajo sus patrocinadores ptolemaicos, convirtiéndose a menudo en blanco de las revueltas de los egipcios nativos. Aunque había leyes contra el matrimonio mixto en las ciudades-estado griegas (polis) de Egipto, el matrimonio mixto estaba permitido en otras partes de Egipto; Cleopatra tenía un medio primo egipcio, Pasherienptah III, el Sumo sacerdote de Ptah en Menfis. Al principio de su reinado Cleopatra buscó el apoyo y la lealtad del sacerdocio egipcio, a pesar de los intentos de su hermano rival y antiguo cogobernante Ptolomeo XIII de socavar esta relación.
Arsínoe IV
Julio César llegó a Alejandría el 2 de octubre del año 48 a. C. con una fuerza de 4.000 hombres, mientras se encontraba siguiendo a Pompeyo para tratar de poner fin a la guerra civil romana. En esos momentos Arsínoe estaba en Siria con su hermana mayor; parece que Cleopatra la llevó consigo como una medida preventiva, ya que poco después César comenta brevemente acerca de Arsínoe IV en sus "Bellum Civile" que: ""La hija menor del rey Tolomeo albergaba esperanzas de ocupar el trono entonces vacante."" Pese a que Pompeyo ya había muerto a la llegada de César a Egipto, este último terminó quedándose allí al conocer la situación política del país: antes de morir Ptolomeo XII había señalado al Imperio romano como tutor de sus hijos, así que César determinó unirse a las fuerzas de Cleopatra, quien había regresado a Alejandría para pedir su ayuda a cambio de retribuciones económicas. Dicho evento (la unión de Cleopatra y César para entronizar a la primera en Egipto) despertó tal reacción popular que el palacio fue sitiado. Ptolomeo Filópator azuzó a los rebeldes a castigar a su hermana (llamándola ""traidora"" públicamente) y César se vio obligado a hacer concesiones al verse en tal situación. Sobre estos momentos el historiador romano Dión Casio anota: ""César vive presa de tal pánico que no sólo renuncia a anexionarse territorio alguno, sino que cede a Egipto parte del suyo."" El territorio al que hace referencia Dio fue la isla de Chipre, que finalmente era cedida para ser gobernada conjuntamente por Arsínoe y su hermano menor Ptolomeo Teos Filópator II. Sin embargo, dicho título fue más bien honorífico, ya que realmente a Arsínoe no se le permitió salir del palacio en Alejandría; posteriormente logró escapar de la capital con su hombre de confianza, Ganímedes, uniéndose al ejército que comandaba Aquilas contra los invasores romanos, y tomando el título de Faraón. En las refriegas entre las fuerzas egipcias y las romanas, los segundos terminaron por provocar una de los grandes incendios que sufrió la Biblioteca de Alejandría.