Pío de Jesús Pico
A Pío Pico le tocó el periodo de la guerra entre México y Estados Unidos, ocasión en que México perdió la mitad de su territorio mediante el Tratado de Guadalupe-Hidalgo firmado en 1848. En el año antes de la guerra, Pio Pico mandó a su secretario, José María Covarrubias, a proponer al consulado británico que pusiera Alta California bajo la protección de Gran Bretaña. Los británicos estaban dispuestos a hacerlo, pero la llegada del comodoro John D. Sloat a la capital de Monterrey el 7 de julio de 1846 negó esa posibilidad. La Alta California fue traspasada a los Estados Unidos como estado de California. En 1846 cuando las tropas estadounidenses ocuparon las poblaciones de Los Ángeles (ciudad que Pío Pico había hecho la capital del estado) y San Diego, Pío Pico, ciudadano mexicano, se marchó a México, a la Baja California en donde vivió hasta 1848. Sustituyéndole por unos días su hermano menor Andrés Pico.
Robert F. Stockton
Gracias a las agresivas operaciones de Sloat, Frémont y Stockton al final del verano toda California parecía estar en manos estadounidenses; pero pronto se inició una rebelión de los campesinos mexicanos del sur del territorio contra la ocupación americana. La rebelión comenzó en Los Ángeles el 22 de septiembre de 1846, cuando residentes de la ciudad dirigidos por el general mexicano José María Flores se levantaron en armas furiosos por el gobierno autoritario y arbitrario del teniente Gillespie; luego de un tiroteo en la Casa de Gobierno de la ciudad el teniente y sus hombres buscaron refugio en una posición fortificada llamada Fort Hill y enviaron a un hombre a San Diego a pedir refuerzos a Stockton. Pero finalmente Gillespie decidió el 30 de septiembre aceptar la propuesta de los mexicanos que le ofrecían dejarlo evacuar la ciudad y se retiró con sus hombres a la bahía de San Pedro donde embarcó para volver con la flota de Stockton, quedando Los Ángeles de nuevo en manos mexicanas. Este período de ocupación estadounidense y resistencia mexicana se conoce como el Sitio de Los Ángeles.