Proteína de la espícula (coronavirus)
Las mutaciones de la proteína de la espícula suscitan preocupación porque pueden afectar la infectividad o la transmisibilidad, o facilitar el escape inmunológico . La mutación D 614 G ha surgido de forma independiente en múltiples linajes virales y se vuelve dominante entre los genomas secuenciados; puede tener ventajas en cuanto a infectividad y transmisibilidad posiblemente debido al aumento de la densidad de los picos en la superficie viral, aumentando la proporción de conformaciones competentes para la unión o mejorando la estabilidad. Las mutaciones en la posición E 484, particularmente E 484 K, se han asociado con escape inmunológico y unión reducida de anticuerpos. La variante ómicron del SARS-CoV-2 es notable por tener un número inusualmente alto de mutaciones en la proteína de la espícula.
Variante delta del SARS-CoV-2
En abril del 2021 se encontraron otras dos variantes, B.1.617.2 (VUI-21APR-02) y B.1.617.3 (VUI-21APR-03), derivadas de la original B.1.617. Mientras que la B.1.617.3 comparte las mutaciones L452R y E484Q encontradas en B.1.617.1, la B.1.617.2 carece de la mutación E484Q. Esta última variante posee la mutación T478K, a diferencia de las otras dos.  El 7 de mayo del 2021, B.1.617.2 fue reclasificada como variante preocupante según la organización de Salud Pública de Inglaterra, debido a la evidencia de que resulta al menos tan transmisible que la variante alfa (B.1.1.7).