Departamento del Litoral
Así estaban las cosas cuando la Guerra del Pacífico estalló.  Bolivia y Perú, vinculados por un tratado secreto de alianza defensiva desde 1873, un año antes del tratado de límites con Chile, fueron derrotados en aquel conflicto que se extendió hasta 1884, perdiendo Bolivia todo derecho o posesión sobre el litoral atacameño y perdiendo el Perú todo el Departamento de Tarapacá, aunque este no era parte del "casus belli".
Economía en la guerra del Pacífico
La falta de un puerto cercano a sus centros poblados obligó a Bolivia a depender del puerto peruano de Arica, lo que era utilizado por Perú para cobrar aranceles leoninos a las importaciones bolivianas, país que a su vez alzaba los aranceles a productos importador por Arica para impulsar al alicaído puerto de Cobija, en aquel entonces boliviano. Tras décadas de amenazas, tratados fallidos y ocupaciones, el 26 de octubre de 1878, se acordó el Tratado de Comercio y Aduana entre Perú y Bolivia que liberaba el comercio entre ambos países. El 7 de junio de 1881, con Lima ocupada por tropas chilenas, Perú y Bolivia celebraron el Tratado de Comercio y Aduanas que estableció franquicias especiales para cada una de las partes, esto después de que Chile había autorizado a petición de Bolivia el tránsito de mercaderías a Bolivia y el gobierno peruano de la sierra había protestado por la colaboración chileno-boliviana.