Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Guerra del Pacífico
Las tensiones aumentaron a tal punto que el 25 de junio de 1863 la Asamblea Legislativa boliviana autorizó al ejecutivo declarar la guerra a Chile, aunque solo después de que se agotaran todos los recursos por la vía diplomática que dieran un resultado favorable a Bolivia. Pero el Tratado de alianza defensiva y ofensiva entre Perú y Chile (1865), al que se adhirieron poco después Bolivia y Ecuador para enfrentarse a España en la guerra hispano-sudamericana, puso un paréntesis al asunto, considerándose secundaria cualquier otra disputa que no fuera el enfrentarse al enemigo común.