Manuel Marulanda Vélez
Al igual que los demás bandos en el Conflicto armado interno en Colombia, las FARC-EP que Marulanda dirigía cometieron abusos contra otros combatientes y contra la población civil a lo largo de la guerra. Organizaciones no gubernamentales calculan que su responsabilidad correspondería a alrededor del 20 por ciento (de 15 a 25 según los diferentes momentos) de los asesinatos políticos anuales en el conflicto. A las FARC-EP también se las considera responsables de un alto número de detenciones de guerra, de reclutamientos de menores, de la colocación de minas antipersonales y de actos de terrorismo. Las FARC-EP están en la lista de organizaciones consideradas como terroristas por el Departamento de Estado de los Estados Unidos y en su equivalente dentro de la Unión Europea. Las Naciones Unidas han condenado varias de sus acciones como crímenes de guerra.
Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia
En ninguno de los casos existió dudas sobre los responsables de los atentados. En varias ocasiones se llegó a acusar inmediatamente a las FARC-EP, sin haber comprobado plenamente su responsabilidad. A finales del 2006 se presentaron casos donde militares colombianos fueron investigados por la justicia colombiana por su participación en el montaje de falsos atentados en la ciudad de Bogotá durante ese año, originalmente atribuidos a las FARC-EP.