Departamento del Litoral
Así estaban las cosas cuando la Guerra del Pacífico estalló.  Bolivia y Perú, vinculados por un tratado secreto de alianza defensiva desde 1873, un año antes del tratado de límites con Chile, fueron derrotados en aquel conflicto que se extendió hasta 1884, perdiendo Bolivia todo derecho o posesión sobre el litoral atacameño y perdiendo el Perú todo el Departamento de Tarapacá, aunque este no era parte del "casus belli".
Guerra del Pacífico
El 18 de octubre de 1883, Chile reconoció oficialmente al gobierno de Iglesias sobre Perú y el 20 de octubre se firmó el Tratado de Ancón, que posteriormente fue aprobado por la Asamblea Constituyente del Perú. Este acuerdo estableció, entre otras cosas, la cesión definitiva de la región de Tarapacá a Chile y la ocupación de las provincias de Arica y Tacna por un lapso de 10 años, al cabo del cual un plebiscito decidiría si quedaban bajo soberanía de Chile, o si volvían al Perú. El 23 de octubre Lynch se retiró de Lima que fue ocupada por las fuerzas de Miguel Iglesias, para asumir el gobierno del Perú. El 4 de agosto de 1884 las últimas fuerzas expedicionarias chilenas abandonaron el puerto del Callao y el resto de los territorios ocupados al norte de la línea del río Sama.