Genode
Los componentes de Genode utilizan y publican estados como datos estructurados serializados en XML, en contraste con los modelos de texto plano de los derivados de Unix. XML es criticado por sus características complejas, ineficaz representación y la relativa dificultad que plantea la edición manual de documentos XML. El entorno Genode usa XML de modo efectivo en todos sus componentes porque el programa genera e interpreta fácilmente XML, siendo también posible entenderlo y editarlo manualmente. El dialecto que utiliza Genode es un subconjunto simple del lenguaje XML, no obstante, algunos nuevos usuarios con frecuencia advierten de que la edición de XML resulta tediosa y proclive al error. Puesto que Genode no se basa en ninguna característica en especial de XML, el lenguaje de marcado de datos de Genode se podría sustituir por otros más simples tales como JSON o sexps. No obstante, no se han anunciado aun planes de migración.
Bases de datos nativas XML
El procesamiento de datos en este tipo de bases de datos parecería ser algo muy beneficioso, pero realmente no es así, debido al formato jerárquico en el que está almacenada la información. Muchas bases de datos necesitan que el usuario recupere todo el documento XML, lo actualice con el XML API de su preferencia y posteriormente vuelva a almacenar el documento en el repositorio. Esto se debe a que aún no existe un lenguaje estándar que permita la actualización, inserción o eliminación de elementos de un documento XML. Existe un lenguaje que permite realizar actualizaciones en un documento XML pero aún no es un estándar y muchos gestores de este tipo de bases de datos no lo soportan, este lenguaje es Xupdate.