Manuel Marulanda Vélez
Al igual que los demás bandos en el Conflicto armado interno en Colombia, las FARC-EP que Marulanda dirigía cometieron abusos contra otros combatientes y contra la población civil a lo largo de la guerra. Organizaciones no gubernamentales calculan que su responsabilidad correspondería a alrededor del 20 por ciento (de 15 a 25 según los diferentes momentos) de los asesinatos políticos anuales en el conflicto. A las FARC-EP también se las considera responsables de un alto número de detenciones de guerra, de reclutamientos de menores, de la colocación de minas antipersonales y de actos de terrorismo. Las FARC-EP están en la lista de organizaciones consideradas como terroristas por el Departamento de Estado de los Estados Unidos y en su equivalente dentro de la Unión Europea. Las Naciones Unidas han condenado varias de sus acciones como crímenes de guerra.
Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia
El 28 de marzo de 1984, tras una reunión de los líderes de los 27 frentes y del Estado Mayor, se establece un alto el fuego, como parte de los acuerdos firmados con el gobierno de Belisario Betancourt. Las FARC-EP formaron la Unión Patriótica (UP) junto a otros movimientos sociales y políticos del país. Las FARC-EP, como uno de sus actores principales, delegaba a varios líderes la función política, incluso se propuso a Jacobo Arenas como candidato presidencial después retirado por la situación de violencia. La UP tuvo éxito en las elecciones de 1986, por lo cual se volvió un objetivo militar de la guerra sucia. Según el informe del Centro Nacional de Memoria Histórica (CNMH) "Todo pasó frente a nuestros ojos. El genocidio de la Unión Patriótica 1984-2002." La violencia contra la Unión Patriótica dejó, por lo menos 4153 personas asesinadas, secuestradas o desaparecidas Esta violencia sistemática fue ejecutada por alianzas entre paramilitares, narcotraficantes, empresarios, funcionarios públicos Policía Nacional y Ejército Nacional lo cual llevaría a romper el proceso de paz y a la separación de las FARC-EP del experimento político de la Unión Patriótica. Estos asesinatos de los miembros de la UP fueron declarados en 2014 por la Fiscalía General de la Nación como delitos de lesa humanidad.