Patagonia chilena
Según la división política del país, comprende la provincia de Palena y las regiones de Aysén y de Magallanes (sin el Territorio Chileno Antártico). Actualmente se prefiere diferenciar del territorio situado más al norte del golfo del Corcovado (región de los Lagos), limitando este con el territorio de la Patagonia chilena. No obstante, desde la geología, estudios demuestran la condición de conjunción y unidad geológica del macizo surpatagónico con el macizo norpatagónico, determinando, en consecuencia, el límite norte de la Patagonia en la falla de Huincul, incorporándose por ende, la Región de Los Ríos, y la Región de la Araucanía (Schilling et al, 2017).
Prefectura apostólica de la Patagonia Meridional
El breve que creó la prefectura apostólica definió su territorio como incluyendo la Patagonia meridional, las islas Malvinas y las islas cercanas al estrecho de Magallanes. El "Orbis terrarum Catholicus" publicado por Oscar Werner en 1890 precisa que el límite sur del vicariato apostólico de la Patagonia Septentrional era el río Chubut. De acuerdo con esta última precisión, la prefectura apostólica comprendía la totalidad de la actual provincia argentina de Santa Cruz, la parte sur de la provincia del Chubut y el área americana de la provincia de Tierra del Fuego, que fueron parte de la Gobernación de la Patagonia hasta el 16 de octubre de 1884, cuando se crearon los territorios nacionales de Santa Cruz y Chubut. Comprendía además las islas Malvinas y el sector americano de la región de Magallanes en Chile, aunque no estaba precisado su límite.