Proteína de la espícula (coronavirus)
Las mutaciones de la proteína de la espícula suscitan preocupación porque pueden afectar la infectividad o la transmisibilidad, o facilitar el escape inmunológico . La mutación D 614 G ha surgido de forma independiente en múltiples linajes virales y se vuelve dominante entre los genomas secuenciados; puede tener ventajas en cuanto a infectividad y transmisibilidad posiblemente debido al aumento de la densidad de los picos en la superficie viral, aumentando la proporción de conformaciones competentes para la unión o mejorando la estabilidad. Las mutaciones en la posición E 484, particularmente E 484 K, se han asociado con escape inmunológico y unión reducida de anticuerpos. La variante ómicron del SARS-CoV-2 es notable por tener un número inusualmente alto de mutaciones en la proteína de la espícula.
Variante mu del SARS-CoV-2
El genoma Mu tiene un número total de 21 mutaciones, incluidas 9 de aminoácidos, todas las cuales se encuentran en el código de proteína de la espícula del virus: T95I, Y144S, Y145N, R346K, E484K o la mutación de escape, N501Y, D614G, P681H y D950N. Tiene una inserción de un aminoácido en la posición 144/145 de la proteína de la espícula, lo que da una mutación total YY144–145TSN. Esa mutación se anota convencionalmente como Y144S y Y145N porque las inserciones romperían muchas herramientas de comparación. También presenta una eliminación por cambio de marco de cuatro nucleótidos en ORF3a que genera un codón de terminación de dos aminoácidos. La mutación está etiquetada como V256I, N257Q y P258*. La lista de mutaciones definitorias son: S : T95I, Y144S, Y145N, R346K, E484K, N501Y, D614G, P681H y D950N; ORF1a : T1055A, T1538I, T3255I, Q3729R; ORF1b : P314L, P1342S; N: T205I, ORF3a: Q57H, V256I, N257Q, P258*; ORF8 : T11K, P38S, S67F. Las mutaciones en los virus no son nuevas. Todos los virus, incluido el SARS-CoV-2, cambian con el tiempo. La mayoría de estos cambios son intrascendentes, pero algunos pueden alterar las propiedades para hacer que estos virus sean más virulentos o escapen al tratamiento o las vacunas.