Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Ejército de Bolivia
Tras la desaparición de la Confederación Perú-Boliviana, Bolivia vivió un período de anarquía y enfrentamientos políticos entre partidarios y contrarios de la unión con el Perú. El Presidente peruano Agustín Gamarra, ideólogo de la reunificación a través de la anexión de Bolivia al Perú, aprovechando la situación decide invadir territorio boliviano llegando a ocupar varias zonas del Departamento de La Paz. Ante esta circunstancia, los bolivianos deciden unirse ante un enemigo común y se traspasan los poderes del Estado al general José Ballivián. El 18 de noviembre de 1841 acaeció la Batalla de Ingavi, en la que el Ejército Boliviano derrota a las tropas peruanas de Gamarra (muerto en la batalla). Tras la victoria, Bolivia invade al Perú, pero no contaba con tropas suficientes para mantener la ocupación. En la batalla de Tarapacá, montoneros peruanos formados por el mayor Juan Buendía, provenientes de Iquique, derrotaron el 7 de enero de 1842 al destacamento dirigido por el coronel José María García, quien muere en el enfrentamiento. Así, las tropas bolivianas desocupan Tacna, Arica y Tarapacá en febrero de 1842, replegándose hacia Moquegua y Puno.