Tomás Cipriano de Mosquera
Asimismo, se eligió a Mosquera para terminar el primer bienio de gobierno de los Estados Unidos de Colombia, hasta el 1° de abril de 1864. Mosquera fue ratificado en el cargo luego de la abolición de su antiguo cargo.En este tercer mandato, debió enfrentar una guerra con Ecuador, para lo cual comandó personalmente el ejército colombiano, logrando la victoria final en la Batalla de Cuaspud en diciembre de 1863. Esta victoria sobre el General Juan José Flores, también héroe de la independencia de la Nueva Granada, llevó al Congreso de la República a decretar una inédita ley de honores, mediante la cual lo nombraban 'Gran General de los Estados Unidos de Colombia'.
Partido Conservador Colombiano
A la administración de Herrán sucedió la del general Tomás Cipriano de Mosquera, quien, a pesar del apoyo de los ministeriales, se mostró conciliador con los progresistas, sus adversarios en la guerra civil; que causó el repulso de los ministeriales que para 1846 se dividieron como partido entre moderados, que se unieron a Mosquera, y detractores, que rechazaron cualquier conciliación. Ante la fundación del nuevo Partido Liberal por los antiguos progresistas, en 1849 los detractores Ospina Rodríguez y José Eusebio Caro formaron el Partido Conservador, el cual agrupó a los antiguos ministeriales opuestos a Mosquera, a las autoridades de la Iglesia católica y a muchos importantes terratenientes y mineros esclavistas. En el periódico "La Civilización" del 4 de octubre de 1849, Ospina y Caro publicaron el programa conservador que se convirtió en la plataforma ideológica del nuevo partido, el conservador.