Conflicto armado interno de Colombia entre 1990 y 2002
Los atentados contra Estados Unidos perpetrados el 11 de septiembre de 2001 por la red Al Qaeda, opacaron la guerra contra las drogas y la activaron contra el terrorismo. Gracias a la presión del Presidente George W. Bush, el Congreso de su país autorizó en julio de 2002, la extensión de los recursos del Plan Colombia a la lucha contra los grupos armados ilegales como parte de “una campaña unificada contra el tráfico de narcóticos y las organizaciones designadas como terroristas” (FARC-EP, ELN, AUC). Además, la designación de las FARC-EP como el grupo terrorista más peligroso del hemisferio y la presunción estadounidense de sus vínculos con la ETA, el IRA y Al Qaeda, la Unión Europea incluye a las FARC-EP y a las AUC en su lista de organizaciones terroristas. El 14 de octubre del 2002, el ELN publica un comunicado donde señala su participación en una serie de enfrentamientos los municipios de San Antonio del Chamí, El Cañón y Santa Cecilia, en el departamento de Risaralda, además de anunciar que organizaciones como el Ejército Revolucionario Guevarista (ERG), el Frente Aurelio Rodríguez de las FARC-EP participan en los combates. En el comunicado no señalan las bajas de ambos lados, pero si anuncian un paro armado en la vía Pereira-Quibdó.
Relaciones exteriores de Ecuador durante la presidencia de Rafael Correa
En política extranjera, Correa enfatizó el interés de Ecuador de quedarse al margen en el conflicto interior en Colombia. En octubre de 2006, Correa agregó que él seguiría y capturaría" a los miembros de FARC si ellos entran en el país. Él también declaró que condena sus secuestros, las violaciones de derechos humanos y bombardeos. No obstante, algunos opinan que recibió ayuda de este grupo de narcotraficantes para su campaña Después, durante su presidencia la Policía Nacional de Colombia acusa a Correa de tener los lazos al FARC. Correa negó las imputaciones.La crisis diplomática de Colombia con Ecuador y Venezuela de 2008 (también referida como Crisis Andina) se desarrolló luego de que fuerzas militares y policiales de la República de Colombia ejecutaran la Operación Fénix, una incursión en territorio ecuatoriano en una misión contra la guerrilla, realizando un bombardeo donde murieron Raúl Reyes, otros 17 "guerrilleros" miembros de las Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia (FARC), 4 estudiantes mexicanos y un ciudadano ecuatoriano, quienes se encontraban pernoctando en un campamento fronterizo dentro de este país en la madrugada del 1 de marzo de 2008 (hora local).