Separación Iglesia-Estado
Diversos autores han interpretado que el origen de la separación entre Iglesia y Estado se encuentra en las propias palabras de Jesucristo (Mateo 22:21) en cuanto dice: ""dad al César lo que es del César y a Dios lo que es de Dios"".
Judas Iscariote
Hay una frase clave sobre el final del manuscrito, la única alusión al hecho por el cual la tradición cristiana ha condenado a Judas. En ese párrafo Jesús declara: «Pero en cuanto a tí (es decir Judas), tú harás más que todos ellos, pues ofrecerás en sacrificio al hombre que me sirve de envoltura carnal» Incidentalmente, esta misma frase es citada por Ireneo de Lyon atribuyéndola al Evangelio de Judas, lo que permite su identificación.