Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Guerra del Pacífico
Los historiadores consideran que el verdadero objetivo del tratado era imponer a Chile las fronteras convenientes a Perú, Bolivia y Argentina por medio de un arbitraje obligado de la alianza mientras Chile fuese militarmente débil, es decir antes de la llegada de las fragatas blindadas "Cochrane" y "Blanco Encalada". Gonzalo Bulnes lo sumariza sosteniendo que «La síntesis del tratado secreto es: oportunidad: la condición desarmada de Chile; el pretexto para producir el conflicto: Bolivia; la ganancia del negocio: Patagonia y el salitre»; en palabras de Jorge Basadre, «El Perú defendiendo a Bolivia, a sí mismo y al Derecho, debía presidir la coalición de todos los Estados interesados para reducir a Chile al límite que quería sobrepasar»; Pedro Yrigoyen lo explica señalando que «perfeccionar la adhesión de la Argentina al Tratado de alianza Perú-boliviano, antes de que recibiera Chile sus blindados, a fin de poderle exigir a este país pacíficamente el sometimiento al arbitraje de sus pretensiones territoriales».