Manuel Marulanda Vélez
Al igual que los demás bandos en el Conflicto armado interno en Colombia, las FARC-EP que Marulanda dirigía cometieron abusos contra otros combatientes y contra la población civil a lo largo de la guerra. Organizaciones no gubernamentales calculan que su responsabilidad correspondería a alrededor del 20 por ciento (de 15 a 25 según los diferentes momentos) de los asesinatos políticos anuales en el conflicto. A las FARC-EP también se las considera responsables de un alto número de detenciones de guerra, de reclutamientos de menores, de la colocación de minas antipersonales y de actos de terrorismo. Las FARC-EP están en la lista de organizaciones consideradas como terroristas por el Departamento de Estado de los Estados Unidos y en su equivalente dentro de la Unión Europea. Las Naciones Unidas han condenado varias de sus acciones como crímenes de guerra.
Autodefensas Unidas de Colombia
Las Autodefensas Unidas de Colombia (AUC) fueron una organización paramilitar, terrorista, narcotraficante y contrainsurgente de extrema derecha que participó en el conflicto armado interno en Colombia entre 1997 hasta su desmovilización en 2006, con antecedentes de grupos paramilitares y dejando posteriores grupos disidentes y neoparamilitares. Se consolidó como agrupación de varios grupos paramilitares el 18 de abril de 1997 para combatir a las guerrillas como: FARC-EP, ELN y disidencias del EPL. Recibieron el apoyo de políticos, militares, ganaderos, empresarios y personas del común.