Nanotecnología de ADN
El diseño de ácidos nucléicos tiene objetivos similares a los del diseño de proteínas. En ambos, la secuencia de monómeros es diseñada para favorecer las estructuras objetivo y para desfavorecer otras estructuras que puedan llegar a formarse. El diseño de ácidos nucleicos tiene la ventaja de ser mucho más fácil a nivel computacional que el del diseño de proteínas, ya que la regla de apareamiento entre las bases es mucho más sencilla y no requiere información completa sobre la estructura para poder llevarse a cabo un diseño. Esto permite el uso de simples métodos heurísticos que generan buenos borradores de diseños. Sin embargo, las estructuras de ácidos nucleicos son menos versátiles que las de las proteínas ya que estas últimas poseen una mayor habilidad para plegarse de acuerdo a la polaridad y carga de los 20 posibles aminoácidos, mientras que los ácidos nucleicos tienen una diversidad limitada a solo 4 posibles formas de nucleótidos.
Nucleoide
Las "NAP" tienen la capacidad para unirse al ADN de manera específica, pero también no específica de secuencia. Como resultado, las "NAP" son proteínas de doble función, tanto de la secuencia del ADN, como de la estructura del ADN. Las "NAP" participan en la compactación del cromosoma bacteriano a través de los siguientes mecanismos: induciendo y estabilizando las curvas en el ADN; condensando el ADN mediante un puente que podría ocurrir entre segmentos de ADN cercanos o lejanos; o bien restringiendo los superenrollamientos en el ADN.  El nucleoide luego del superenrollamiento, es un elipsoide helicoidal con regiones de ADN altamente condensado en su eje longitudinal.