Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Expoliación de bienes culturales peruanos durante la guerra del Pacífico
Desde el punto de vista chileno, la guerra había sido decidida militarmente en la batalla de Tacna, donde los ejércitos de Perú y Bolivia habían sido desbandados. El gobierno en Santiago deseaba acabar la guerra con un tratado que estipulase la cesión de Tarapacá a Chile. Sin embargo, el gobernante del Perú, Nicolás de Piérola, lejos de aceptar la derrota, había exigido en la Conferencia de Paz de Arica (1880) el retiro de las fuerzas chilenas a las fronteras de antes de la guerra y el pago de una indemnización a Perú por los daños causados durante la guerra.