Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Guerra del Pacífico
El 18 de octubre de 1883, Chile reconoció oficialmente al gobierno de Iglesias sobre Perú y el 20 de octubre se firmó el Tratado de Ancón, que posteriormente fue aprobado por la Asamblea Constituyente del Perú. Este acuerdo estableció, entre otras cosas, la cesión definitiva de la región de Tarapacá a Chile y la ocupación de las provincias de Arica y Tacna por un lapso de 10 años, al cabo del cual un plebiscito decidiría si quedaban bajo soberanía de Chile, o si volvían al Perú. El 23 de octubre Lynch se retiró de Lima que fue ocupada por las fuerzas de Miguel Iglesias, para asumir el gobierno del Perú. El 4 de agosto de 1884 las últimas fuerzas expedicionarias chilenas abandonaron el puerto del Callao y el resto de los territorios ocupados al norte de la línea del río Sama.