Historia de la Tierra
Aparte de algunos ensayos de vida en colonia, «la vida» seguirá siendo unicelular a lo largo del Arcaico y del Proterozoico, durante el cual la «sopa primordial» se transforma simplemente en una sopa de entidades replicantes, diferenciadas progresivamente en virus, arqueas y bacterias, y finalmente eucariotas. Sólo con la aparición de estas últimas, después, aparecerá «la vida» tal como se conoce, inaugurando el Fanerozoico. Los detalles del origen de la vida se desconocen, aunque se han establecido unos principios generales. Hay dos teorías sobre el origen de la vida. La primera defiende la hipótesis de la «panspermia», y sugiere que la materia orgánica pudo haber llegado a la Tierra desde el espacio, mientras que otros argumentan que tuvo origen terrestre. En cambio, es similar el mecanismo por el cual la vida surgió.
Teoría simbiogenética
En la formulación de la teoría simbiogénetica, Margulis consideró además que, al igual que las eucariotas surgieron como consecuencia de la interacción simbiogenetica de varias procariotas (bacterias), muchas de las características de los organismos y su especiación serían también el resultado de parecidas interacciones simbigenéticas en las cuales se produjo una transferencia genética horizontal; defendiendo que la simbiogénesis sería la principal fuente de novedad biológica. Esta teoría contradice abiertamente la actual teoría de la síntesis evolutiva moderna, actualmente aceptada como válida por la comunidad científica para explicar la evolución de la vida. Margulis objetó que la novedad biológica se debiera principalmente a errores (mutaciones aleatorias) en la replicación de ADN: