Patagonia chilena
Según la división política del país, comprende la provincia de Palena y las regiones de Aysén y de Magallanes (sin el Territorio Chileno Antártico). Actualmente se prefiere diferenciar del territorio situado más al norte del golfo del Corcovado (región de los Lagos), limitando este con el territorio de la Patagonia chilena. No obstante, desde la geología, estudios demuestran la condición de conjunción y unidad geológica del macizo surpatagónico con el macizo norpatagónico, determinando, en consecuencia, el límite norte de la Patagonia en la falla de Huincul, incorporándose por ende, la Región de Los Ríos, y la Región de la Araucanía (Schilling et al, 2017).
Provincias de Argentina
La ley n.º 1532 de Territorios Nacionales sancionada el 16 de octubre de 1884, que estableció las jurisdicciones de todos los territorios nacionales del país, dispuso la división de la Gobernación de la Patagonia, en seis territorios nacionales o gobernaciones: Territorio Nacional del Río Negro, Territorio Nacional de La Pampa, Territorio Nacional del Neuquén, Territorio Nacional del Chubut, Territorio Nacional de Santa Cruz y Gobernación de la Tierra del Fuego. El 24 de noviembre de 1884 asumieron los primeros gobernadores de las nuevas entidades y dejó de existir la unidad administrativa de La Patagonia argentina. Parte del territorio de la exgobernación de La Patagonia fue provincializado a favor de las provincias de Mendoza y San Luis.