Tomás Cipriano de Mosquera
Asimismo, se eligió a Mosquera para terminar el primer bienio de gobierno de los Estados Unidos de Colombia, hasta el 1° de abril de 1864. Mosquera fue ratificado en el cargo luego de la abolición de su antiguo cargo.En este tercer mandato, debió enfrentar una guerra con Ecuador, para lo cual comandó personalmente el ejército colombiano, logrando la victoria final en la Batalla de Cuaspud en diciembre de 1863. Esta victoria sobre el General Juan José Flores, también héroe de la independencia de la Nueva Granada, llevó al Congreso de la República a decretar una inédita ley de honores, mediante la cual lo nombraban 'Gran General de los Estados Unidos de Colombia'.
Tomás Cipriano de Mosquera
En 1861 se convocaron elecciones para la sucesión de Ospina, y el cargo fue asumido temporalmente por el procurador general de la Nación, Bartolomé Calvo, quien asumió el poder por vacancia. En las elecciones fue electo el conservador Julio Arboleda, tras vencer a su copartidario, el expresidente Pedro Alcántara Herrán. Sin embargo, pese a que Arboleda se posesionó el 10 de junio de 1861, fue derrocado por el levantamiento liberal dirigido por Mosquera.