Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Guerra del Pacífico
Con la extensa costa peruana sin protección naval desde octubre, excepto puntualmente por su poderosa artillería costera, las fuerzas chilenas pudieron elegir el lugar donde continuar la guerra. Según Carlos Dellepiane, existían tres alternativas, la zona de Lima, Arica-Tacna y Pisagua-Iquique. Lima era el centro político del Perú, pero su ocupación no garantizaba la rendición. Arica-Tacna era un centro de las comunicaciones con la zona sur, puerto usado por Bolivia y daba acceso a la zona de Arequipa. Tarapacá, es decir Pisagua-Iquique, era la fuente de la riqueza peruana, de donde se extraía el guano y el salitre y donde los aliados habían concentrado sus fuerzas militares. Las zonas de Arica e Iquique eran, cada una, compartimientos estancos sin acceso expedito por tierra al resto del Perú. J. Basadre cita la posibilidad de un desembarco chileno cerca de Lima ya en 1879 y señala al historiador chileno Wilhelm Ekdahl que hubiera aconsejado abandonar el sur del Perú y fortalecerse en Lima hasta restablecer el equilibrio naval o encontrar nuevos aliados. Pero, contradice Basadre, hubiese sido «tremendo y humillante» rendir esas regiones, además de una pérdida económica enorme y por lo demás inútil, pues Chile se interesaba por los ingresos salitreros provenientes de Tarapacá, y su ocupación sin resistencia hubiese significado probablemente el fin de la guerra. Debe agregarse, por el lado de Chile, que al comienzo de la guerra, la organización, conocimiento y experiencia estaban todavía lejos del nivel alcanzado en 1881.