Manuel Marulanda Vélez
Al igual que los demás bandos en el Conflicto armado interno en Colombia, las FARC-EP que Marulanda dirigía cometieron abusos contra otros combatientes y contra la población civil a lo largo de la guerra. Organizaciones no gubernamentales calculan que su responsabilidad correspondería a alrededor del 20 por ciento (de 15 a 25 según los diferentes momentos) de los asesinatos políticos anuales en el conflicto. A las FARC-EP también se las considera responsables de un alto número de detenciones de guerra, de reclutamientos de menores, de la colocación de minas antipersonales y de actos de terrorismo. Las FARC-EP están en la lista de organizaciones consideradas como terroristas por el Departamento de Estado de los Estados Unidos y en su equivalente dentro de la Unión Europea. Las Naciones Unidas han condenado varias de sus acciones como crímenes de guerra.
Historia de Colombia
Las FARC-EP por su parte mantuvieron secuestrados, incluso por más de una década, a varias personas entre policías, soldados, políticos y extranjeros. Un caso de gran repercusión mediática fue el secuestro de Íngrid Betancourt que terminó tras su liberación en la Operación Jaque. Entretanto en de marzo de 2008 un contingente de fuerzas armadas y policiales de Colombia llevó a cabo un ataque aéreo en contra de campamento de las FARC-EP ubicado en territorio ecuatoriano. En dicha operación murió el portavoz de dicho grupo guerrillero, Raúl Reyes, otros 17 guerrilleros, 4 mexicanos y un ecuatoriano. Este hecho, en el que se encontraron las ""computadores de Raúl Reyes"", desencadenó una crisis entre Colombia, Ecuador y Venezuela.