Organismo anaerobio
Algunos microorganismos realizan un proceso metabólico conocido como respiración anaeróbica que, a pesar de no utilizar oxígeno, es completamente diferente de las fermentaciones. En la respiración anaeróbica existe una cadena de transporte de electrones análoga a la de la respiración aeróbica, pero el aceptor final de electrones no es el oxígeno sino otra molécula, generalmente inorgánica, como: ', ' o .
Respiración del suelo
La temperatura afecta a casi todos los aspectos de los procesos de respiración. La temperatura aumentará la respiración exponencialmente a un máximo, en cuyo punto la respiración disminuirá a cero cuando se interrumpa la actividad enzimática. La respiración de la raíz aumenta exponencialmente con la temperatura en su rango bajo cuando la tasa de respiración está limitada principalmente por el ciclo del ácido tricarboxílico. A temperaturas más altas, el transporte de azúcares y los productos del metabolismo se convierten en el factor limitante. A temperaturas superiores a , la respiración de la raíz comienza a cerrarse por completo. Los microorganismos se dividen en tres grupos de temperatura; criófilos, mesófilos y termófilos. Los criófilos funcionan de manera óptima a temperaturas inferiores a , los mesófilos funcionan mejor a temperaturas entre 20 y y los termófilos funcionan de manera óptima a más de . En suelos naturales existen muchas cohortes diferentes o grupos de microorganismos. Estas cohortes funcionarán mejor en diferentes condiciones, por lo que la respiración puede ocurrir en un rango muy amplio. Los aumentos de temperatura conducen a mayores tasas de respiración del suelo hasta que los valores altos retrasan la función microbiana, este es el mismo patrón que se observa con los niveles de humedad del suelo.