Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Ocupación del Perú durante la Guerra del Pacífico
Diplomáticos del Reino de España fueron enviados al Perú bajo ocupación militar, para firmar un acuerdo con Chile en 1883, que restablecía las relaciones entre ambos países rotas desde la guerra hispano-sudamericana (1864-1866), el gobierno del Perú ya se había mostrado contrario en 1868 al restablecimiento de las relaciones hispano-chilenas antes de las hostilidades por la Guerra del Pacífico. España indirectamente mostró apoyo a Chile en su expansión territorial por sobre suelo peruano, al reconocer la protección de comerciantes españoles a las víctimas chilenas del Combate naval de Iquique.