Departamento del Litoral
Así estaban las cosas cuando la Guerra del Pacífico estalló.  Bolivia y Perú, vinculados por un tratado secreto de alianza defensiva desde 1873, un año antes del tratado de límites con Chile, fueron derrotados en aquel conflicto que se extendió hasta 1884, perdiendo Bolivia todo derecho o posesión sobre el litoral atacameño y perdiendo el Perú todo el Departamento de Tarapacá, aunque este no era parte del "casus belli".
Batalla de Ingavi
A partir de entonces finaliza todo proyecto de unificar Perú y Bolivia, en una sola república y ambas tomarían rumbos diferentes hasta que en 1879 (37 años después de la Batalla de Ingavi), la Guerra del Pacífico los volvería a unir, esta vez como aliados contra Chile.