Manuel Marulanda Vélez
Al igual que los demás bandos en el Conflicto armado interno en Colombia, las FARC-EP que Marulanda dirigía cometieron abusos contra otros combatientes y contra la población civil a lo largo de la guerra. Organizaciones no gubernamentales calculan que su responsabilidad correspondería a alrededor del 20 por ciento (de 15 a 25 según los diferentes momentos) de los asesinatos políticos anuales en el conflicto. A las FARC-EP también se las considera responsables de un alto número de detenciones de guerra, de reclutamientos de menores, de la colocación de minas antipersonales y de actos de terrorismo. Las FARC-EP están en la lista de organizaciones consideradas como terroristas por el Departamento de Estado de los Estados Unidos y en su equivalente dentro de la Unión Europea. Las Naciones Unidas han condenado varias de sus acciones como crímenes de guerra.
Tomas guerrilleras en Colombia
Las FARC-EP pasan a una guerra de movimientos a partir de 1993 en su Octava conferencia a partir de su "Plan Estratégico para la Toma del Poder" e incrementan las tomas guerrilleras y los ataques a la Fuerza Pública, a finales de la década y principios de los años 2000 ejecutarán las acciones más violentas. A pesar de lo cual no cumplieron el objetivo de lograr un apoyo urbano masivo que les permitiera generar la insurrección general para tomarse las ciudades y la capital del país. En 1996 se inicia a hacer uso de los cilindros bomba y vehículos bomba, en algunos casos de los dos como en Arboleda en Pensilvania (Caldas)en las tomas y ataques. Se usaron animales un burro en la Toma de Chalán (Sucre) el 12 de marzo de 1996 y una tortuga en la toma de Urumita (Guajira), el 12 de agosto de 1998. El 21 de agosto de 1997, mientras los pobladores y la policía veían un partido de fútbol entre Colombia-Bolivia por eliminatorias al mundial, las FARC-EP tomaron el municipio de Cabrera (Cundinamarca). Las FARC-EP entre el 1 y 4 de noviembre de 1998 realizan la Toma de Mitú Vaupés (denominada "Operación Marquetalia"), la más importante de su historia debido a ser una capital departamental.