Primeros años de Cleopatra
Aunque los egipcios eran el grupo étnico dominante en Egipto, grandes minorías de griegos, judíos, celtas y germánicos, sirios, nubios y otros habitaron Egipto durante su reinado y mucho antes. Los griegos y los judíos se concentraban principalmente en las ciudades multiculturales de Alejandría, la antigua colonia de Náucratis y Ptolemaida Hermia (cerca de Tebas, en el Alto Egipto). Los griegos, judíos y egipcios en estas ciudades estaban legalmente segregados, vivían en barrios diferentes y tenían prohibido casarse entre ellos. El sacerdocio egipcio nativo recibió una serie de privilegios y se hizo extremadamente rico bajo sus patrocinadores ptolemaicos, convirtiéndose a menudo en blanco de las revueltas de los egipcios nativos. Aunque había leyes contra el matrimonio mixto en las ciudades-estado griegas (polis) de Egipto, el matrimonio mixto estaba permitido en otras partes de Egipto; Cleopatra tenía un medio primo egipcio, Pasherienptah III, el Sumo sacerdote de Ptah en Menfis. Al principio de su reinado Cleopatra buscó el apoyo y la lealtad del sacerdocio egipcio, a pesar de los intentos de su hermano rival y antiguo cogobernante Ptolomeo XIII de socavar esta relación.
Reinado de Cleopatra
Tal vez Cleopatra comenzó a ver a Antonio como una carga a finales del verano de 31 a. C., cuando se disponía a dejar Egipto a su hijo Cesarión. Como objeto de la hostilidad romana, planeaba cederle su trono y trasladar su flota desde el Mediterráneo al mar Rojo y luego zarpando hacia un puerto extranjero, quizás en la India, donde podría pasar un tiempo recuperándose. Sin embargo abandonó estos planes cuando Malicos I, siguiendo el consejo de Quinto Didio, gobernador de Siria nombrado por Octavio, quemó la flota de Cleopatra en venganza por sus pérdidas en una guerra anterior contra Herodes emprendida en gran medida por Cleopatra. Por ello no tuvo otra opción que quedarse en Egipto y negociar con Octavio. Aunque lo más probable es que fue una información proveniente de la campaña de propaganda de Octavio, se dijo que Cleopatra comenzó a probar la eficacia de varios venenos con los prisioneros e incluso con sus propios sirvientes. Cleopatra hizo que Cesarión ingresara en la "efebeia" lo que, junto con la inscripción de una estela de Coptos datada el 21 de septiembre del 31 a. C., demuestra que estaba preparando a su hijo para convertirse en el único gobernante de Egipto. En una muestra de solidaridad, Antonio hizo que Marco Antonio Antilo, su hijo con Fulvia, se alistara también como efebo. Le enviaron mensajes por separado a Octavio, todavía apostado en Rodas, aunque parece que este solo le contestó a Cleopatra. Ella le solicitó que sus hijos heredaran Egipto y que se le permitiera a Antonio vivir allí exiliado, ofreciéndole dinero a Octavio en un futuro y enviándole en el acto fastuosos regalos, como un cetro de oro, una corona y un trono. Octavio le envió a su diplomático Tirso cuando ella amenazó con quemarse a sí misma y a gran parte de su tesoro en el interior de una gran tumba que ya estaba en construcción. Tirso debía aconsejarle que matara a Antonio para que se le perdonara la vida, pero cuando Antonio sospechó de sus intenciones, hizo azotarlo y lo envió de vuelta sin ningún acuerdo.