Manuel Marulanda Vélez
Al igual que los demás bandos en el Conflicto armado interno en Colombia, las FARC-EP que Marulanda dirigía cometieron abusos contra otros combatientes y contra la población civil a lo largo de la guerra. Organizaciones no gubernamentales calculan que su responsabilidad correspondería a alrededor del 20 por ciento (de 15 a 25 según los diferentes momentos) de los asesinatos políticos anuales en el conflicto. A las FARC-EP también se las considera responsables de un alto número de detenciones de guerra, de reclutamientos de menores, de la colocación de minas antipersonales y de actos de terrorismo. Las FARC-EP están en la lista de organizaciones consideradas como terroristas por el Departamento de Estado de los Estados Unidos y en su equivalente dentro de la Unión Europea. Las Naciones Unidas han condenado varias de sus acciones como crímenes de guerra.
Mono Jojoy
El 14 de abril de 2002 ordenó un atentado contra el entonces candidato presidencial Álvaro Uribe en Barranquilla. Tres muertos,17 heridos. Dos días después, el miércoles 17 de abril, ordenó al Frente 19 de las FARC-EP el secuestro de 12 civiles en Fundación (Magdalena). El jueves 2 de mayo de 2002, el Frente 57 de las FARC-EP bajo sus órdenes cometió la Masacre de Bojayá en medio de combates contra paramilitares de las AUC, en el departamento del Chocó; 119 civiles fueron asesinados y 44 más resultaron heridos. Meses después, el miércoles 7 de agosto de 2002, las FARC-EP atentaron nuevamente durante la posesión del presidente Álvaro Uribe en Bogotá: 14 muertos, 33 heridos. El Frente 37 de las FARC-EP secuestró a 12 civiles en San Juan Nepomuceno (Bolívar) el lunes 2 de septiembre de 2002. El jueves 19 de septiembre el Frente 27 de las FARC-EP bajo órdenes de "Mono Jojoy" secuestró 22 campesinos. La Red Urbana Antonio Nariño de las FARC-EP inició por órdenes de alias "Mono Jojoy" y los otros miembros del secretariado una serie de atentados; el lunes 9 de diciembre atentaron contra las "Supertiendas el Bodegón", 69 personas resultaron heridas. El viernes 13 de diciembre atentaron contra el edificio de las Residencias Tequendama en Bogotá; en el ataque se lanzaron explosivos que dejaron 18 heridos. El viernes 13 de diciembre enviaron una carta-bomba al senador Germán Vargas Lleras; el artefacto estalló e hirió al senador.