Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Conferencia de Arica
Bolivia y Perú, militarmente indefensos tras las continuas derrotas, buscaban evitar la cesión de territorios y preferían un arbitraje de los Estados Unidos. Chile buscaba obtener una paz duradera que consolidara sus triunfos militares y exigió la cesión de Antofagasta y Tarapacá, compensaciones en dinero y la desmilitarización de Arica. Los aliados Bolivia y Perú se negaron a aceptar las condiciones de paz chilenas y las negociaciones fracasaron. Los historiadores culpan del fracaso a la ineptitud y la inconsistencia de la diplomacia estadounidense, entre otros, por haber inducido a los aliados a creer que los Estados Unidos impedirían una cesión territorial como Chile exigía.