Departamento del Litoral
Así estaban las cosas cuando la Guerra del Pacífico estalló.  Bolivia y Perú, vinculados por un tratado secreto de alianza defensiva desde 1873, un año antes del tratado de límites con Chile, fueron derrotados en aquel conflicto que se extendió hasta 1884, perdiendo Bolivia todo derecho o posesión sobre el litoral atacameño y perdiendo el Perú todo el Departamento de Tarapacá, aunque este no era parte del "casus belli".
República Conservadora (Chile)
Al iniciar su segundo mandato, por una recomendación de Portales, Chile supuestamente amenazado por los movimientos en las naciones al norte del país, le declara la Guerra a la Confederación Perú-Boliviana. Esta guerra, aparte de empañar la segunda administración de Prieto, fue la causa original de la rivalidad de Chile con Perú y Bolivia que desembocó en la sangrienta Guerra del Pacífico décadas más tarde y una rivalidad que se mantiene hasta la actualidad.