Tomás Cipriano de Mosquera
La lucha por la independencia de Colombia continuó, y Mosquera fue nombrado capitán de la primera compañía del Batallón de reserva y después comandante de la guardia cívica de Popayán. Luego de varios años de guerra, Simón Bolívar -quien solicitó apoyo financiero del padre de Mosquera- triunfó y los españoles fueron expulsados paulatinamente del país. Bolívar se convirtió en presidente y se conformó la Gran Colombia.
Tomás Cipriano de Mosquera
La tensión por el manejo de las relaciones con la Iglesia hizo que la intervención del papa Pío IX fuera intensa, y las maneras dictatoriales del presidente (que ordenó el cierre de las sesiones ordinarias del Congreso en abril de 1867) llevaron a la oposición a derrocarlo el 23 de mayo de 1867.