George Armstrong Custer
El 1 de febrero de 1866, Custer fue desconvocado del servicio voluntario y recuperó su rango oficial como capitán del ejército regular, y pasó a ser asignado al 5º de Caballería. Custer se tomó su tiempo para decidirse, explorando primero sus opciones en Nueva York, donde se planteó trabajar en el sector ferroviario o la minería. Habiéndosele ofrecido un cargo como ayudante general del ejército de Benito Juárez, en México, quien ya llevaba dos años combatiendo contra el autoproclamado Maximiliano I —títere del gobierno francés—, Custer solicitó una excedencia de cuatro años del servicio en el ejército estadounidense, pero su petición fue bloqueada por el Secretario de Estado de los [[EE.UU., [[William H. Seward]], quien no deseaba ofender al gobierno [[Francia|francés]].
George Armstrong Custer
Tras derrotar a Early, Custer y Sheridan volvieron a las líneas del ejército de la Unión, que asediaba la ciudad de Petersburg, pasando allí el invierno siguiente. En abril de 1865, las líneas confederadas se desmoronaron finalmente, y Robert E. Lee comenzó a retirarse hacia el juzgado de Appomattox, perseguido por la caballería nordista. Custer se distinguió durante sus acciones en la batalla de Waynesboro, la batalla de Dinwiddie y la batalla de Five Forks. Su división bloqueó la retirada de Lee durante su última jornada y recibió personalmente la bandera de la tregua de las fuerzas confederadas. Finalmente, Custer estuvo presente en la ceremonia de rendición en el juzgado de Appomatox, y la mesa sobre la que se firmó el documento le fue regalada personalmente como una recompensa por su papel durante la guerra. Antes del fin de la guerra Custer fue ascendido a general de brigada y mayor general del ejército regular (13 de marzo de 1865) y mayor general del ejército de voluntarios (15 de abril de 1865). Como la mayoría de los ascensos concedidos en tiempo de guerra —incluso en ejércitos regulares—, estos ascensos mayores fueron solo temporales.