Thomas Fairfax, III lord Fairfax de Cameron
El 13 de febrero de 1649 se estableció la Commonwealth de Inglaterra. Thomas Fairfax había luchado en defensa de la Monarquía parlamentaria por lo que se oponía a la Commonwealth, a pesar de ello aceptó un puesto en el Consejo de Estado pero se opuso a aprobar los actos que condujeron a la República. A pesar de estas objeciones fue nombrado Consejero de Estado y Comandante en jefe de todas las fuerzas de la Commonwealth. En 1649 Irlanda se sublevó contra Inglaterra y Oliver Cromwell fue enviado a someterla. Esta situación fue aprovechada por un sector del ejército para sublevarse en petición de nuevas exigencias. Thomas Fairfax reaccionó rápidamente reuniendo sus tropas más fiables y marchó contra los amotinados que se rindieron sorprendidos por la rápida respuesta. Carlos II de Inglaterra desembarcó en Escocia desde donde planeaba una invasión de las tierras inglesas. El 31 de mayo de 1650 Cromwell regresaba de Irlanda y el 24 de junio el Consejo de Estado debatió la cuestión de lanzar un ataque preventivo contra Escocia. Thomas Fairfax puso reparos en invadir Escocia y dijo que si los escoceses invadían Inglaterra él estaba dispuesto a entregar su vida pero estaba en contra de la invasión de sus hermanos Escocia porque aún existía una Liga entre Inglaterra y Escocia y él no la rompería. El 25 de junio de 1650, Thomas Fairfax dimitió de su cargo y al día siguiente Oliver Cromwell fue nombrado Comandante en jefe de todas las fuerzas de la Commonwealth.
Roger Boyle
Tras la ejecución de Carlos I en enero de 1649, los hermanos de Roger, Richard Boyle (ahora II conde de Cork) y Francis se exiliaron en Francia. Roger, sin embargo, decidió prestar su apoyo a la Commonwealth inglesa creada tras la ejecución del rey, considerando que era la mejor opción para los protestantes irlandeses. En octubre de 1649 partió hacia Munster junto al Coronel Phayre para enfrentarse a las tropas realistas de Murrough O'Brien, que amenazaban con derrotar a las fuerzas parlamentaristas. En diciembre, Boyle había consolidado su dominio en los puertos de Cork, Youghal, Kinsale y Dungarvan. A principios de 1650 defendió el flanco occidental de los ejércitos de Cromwell durante la ofensiva invernal de este a través de Munster y Leinster, derrotando a las fuerzas de Inchiquin en Mallow, condado de Cork. El 10 de mayo, en la batalla de Macroom, derrotó a una fuerza confederada mandada por David Roche que se encaminaba hacia Clonmel para tratar de aliviar la presión sobre los sitiados. Durante esta acción, las fuerzas de Boyle consiguieron a hacer prisionero al obispo de Ross, Boetius MacEgan, que fue torturado y ahorcado para intimidar a los defensores irlandeses del castillo de Carrigadrohid.