Thomas Fairfax, III lord Fairfax de Cameron
El 13 de febrero de 1649 se estableció la Commonwealth de Inglaterra. Thomas Fairfax había luchado en defensa de la Monarquía parlamentaria por lo que se oponía a la Commonwealth, a pesar de ello aceptó un puesto en el Consejo de Estado pero se opuso a aprobar los actos que condujeron a la República. A pesar de estas objeciones fue nombrado Consejero de Estado y Comandante en jefe de todas las fuerzas de la Commonwealth. En 1649 Irlanda se sublevó contra Inglaterra y Oliver Cromwell fue enviado a someterla. Esta situación fue aprovechada por un sector del ejército para sublevarse en petición de nuevas exigencias. Thomas Fairfax reaccionó rápidamente reuniendo sus tropas más fiables y marchó contra los amotinados que se rindieron sorprendidos por la rápida respuesta. Carlos II de Inglaterra desembarcó en Escocia desde donde planeaba una invasión de las tierras inglesas. El 31 de mayo de 1650 Cromwell regresaba de Irlanda y el 24 de junio el Consejo de Estado debatió la cuestión de lanzar un ataque preventivo contra Escocia. Thomas Fairfax puso reparos en invadir Escocia y dijo que si los escoceses invadían Inglaterra él estaba dispuesto a entregar su vida pero estaba en contra de la invasión de sus hermanos Escocia porque aún existía una Liga entre Inglaterra y Escocia y él no la rompería. El 25 de junio de 1650, Thomas Fairfax dimitió de su cargo y al día siguiente Oliver Cromwell fue nombrado Comandante en jefe de todas las fuerzas de la Commonwealth.
Escocia en la Edad Moderna
Mientras que Inglaterra era declarada como una Mancomunidad (Commonwealth), y tan pronto como la noticia de la ejecución de Carlos I llegó a Escocia, su hijo fue proclamado rey como Carlos II, quien había nacido en el Palacio de St. James en Londres. En 1650 Montrose intentó otro levantamiento en las Tierras Altas en nombre del Rey, pero este terminó desastrosamente, con Montrose siendo ejecutado. A falta de apoyo tangible de sus parientes en el continente o de sus partidarios en Inglaterra, Carlos aceptó la oferta de los Covenanters para viajar a Escocia y firmar los Covenants, lo cual se llevó a cabo en junio de 1650. Los ingleses respondieron con un ejército de 16.000 soldados bajo el mando Cromwell, quienes cruzaron la frontera en julio de 1650, mientras que una flota inglesa actuaba en apoyo. El 3 de septiembre de 1650, el ejército inglés derrotó a los Scots bajo el mando de David Leslie en la Batalla de Dunbar, en la cual tomaron a más de 10.000 prisioneros y ocuparon Edimburgo, tomando así el control de las Tierras Bajas. Carlos ahora podría hacer más fácilmente una alianza con los Convenanters moderados. Fue coronado en Scone el 1 de enero de 1651 y un nuevo ejército fue montado. En junio de 1651 Cromwell avanzó contra los Scots dirigidos por Leslie en Stirling. El ejército escocés con el Rey partió para Inglaterra, pero no hubo levantamiento en su favor y el ejército fue capturado en Worcester el 3 de septiembre. Fue derrotado de manera contundente, con lo que las guerras civiles llegaron a su fin. Carlos escapó al continente, un ejército Inglés ocupó Escocia y Cromwell surgió como la figura más importante de la Mancomunidad (Commonwealth).