Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Fronteras de Chile
El gobierno chileno propuso, a cambio de un canje territorial, la cesión de una franja de terreno a lo largo de su frontera septentrional con Perú, entre el océano Pacífico y la frontera con Bolivia. Sin embargo, la fórmula fue objetada por el gobierno peruano; los acuerdos firmados entre Bolivia y Chile se disolvieron y las relaciones entre ambos países se quebraron el 17 de marzo de 1978, sin llegar a implementar ninguna de las propuestas originales.