Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Operaciones encubiertas durante la guerra del Pacífico
Ni Perú ni Bolivia desarrollaron un servicio semejante de recopilación de informaciones en Chile y se limitaron a extraer desde los informes de prensa chilena la valiosa información que encontrasen. En los EE. UU., Centroamérica y Europa, por el contrario, Perú sí monto una eficiente estructura de trabajo. La situación cambió durante la Campaña de la Sierra en que las fuerzas invasoras se encontraban siempre bajo la atenta mirada de la población civil que en la mayoría de los casos le era hostil, aunque no siempre.