Estructura de las FARC-EP
Según el Gobierno de Colombia, gobiernos de otros países y el Departamento de Estado de los Estados Unidos, las FARC-EP poseían vínculos y conexiones con varios grupos u organizaciones terroristas y mafiosas que les permitían mantener acceso a redes de tráfico de armas, drogas, lavado de dinero, tráfico de personas, entre otras actividades delictivas. Por esto, las FARC-EP eran una organización que para el manejo de sus finanzas y el control del negocio de drogas ilícitas estaba profundamente vinculada con las redes dedicadas al transporte de drogas y grupos narcotraficantes, la importación de insumos químicos y el lavado de activos. Asimismo, por su propia naturaleza de organización terrorista, estaba relacionada con redes dedicadas al tráfico de armas que reciben por el armamento, dinero o droga. Por lo tanto, la vinculación de las FARC-EP con redes globalizadas era profunda como resultado del involucramiento de la organización con el control del tráfico de drogas.
Conflicto armado interno de Colombia en el siglo XXI
Para 2006 empieza la segunda fase del Plan Patriota: el Plan Consolidación que buscaba seguir debilitando a las FARC-EP, y atacar los cultivos ilícitos con el Plan Colombia. Liderada por Juan Manuel Santos nuevo Ministro de defensa en julio de 2006, y los generales Freddy Padilla (comandante de las FF.MM.), Mario Montoya (Ejército Nacional), Jorge Ballesteros (Fuerza Aérea), Guillermo Barrera (Armada Nacional) y Óscar Naranjo (Policía Nacional). En 2008 las Fuerzas Militares disponen de 428.000 hombres en armas: 282.000 Ejército Nacional, la Fuerza Aérea y la Armada, y 145.871 en la Policía Nacional. Las FARC-EP se enfocan en una reestructuración a partir de la novena conferencia 2007 y un repliegue estratégico, buscando un cambio de estrategia frente a la Fuerza Pública, además buscan realizar el acuerdo humanitario y fortalecer el Movimiento Bolivariano. Debilitadas las FARC-EP en Cundinamarca, Boyacá, Santander, gran parte de la Costa Caribe, el Eje Cafetero, el Oriente de Antioquia, Casanare; amenazadas en Meta, Guaviare, Caquetá y Putumayo; las zonas menos afectadas son Norte de Santander, sur de Bolívar, Arauca, Bajo Cauca Antioqueño, norte del Cauca, Nariño, Vichada y Guainía. El 19 de octubre las FARC-EP realizaron un atentado a la Escuela Superior de Guerra en Bogotá:23 heridos. El 1 de noviembre de 2006: las FARC-EP realizan la toma de Tierradentro, en Montelíbano (Córdoba):20 muertos.El 30 de noviembre ataque de las FARC-EP al Ejército Nacional entre Villa Caro y Ábrego (Norte de Santander):17 muertos. El 23 de diciembre en la inspección La Julia de La Uribe (Meta),combates entre FARC-EP y Ejército Nacional:54 muertos. El 31 de diciembre de 2006, en la Operación Linaje contra Martín Caballero de las FARC-EP en los Montes de María:6 muertos y fuga del exministro Fernando Araújo secuestrado por las FARC-EP.