Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Armada de Chile
En 1865, Chile se unió al Perú en el conflicto con España, declarándole la guerra (Guerra Hispano-Sudamericana), para lo cual una vez más tuvo que formar una Escuadra. En esta guerra marítima, pese a la captura de la goleta Covadonga, Valparaíso fue bombardeado por la Escuadra española el 31 de marzo de 1866. Chile en esta ocasión aprendió la lección de la importancia de contar con naves de guerra en forma permanente obteniendo la entrega de dos corbetas retenidas en Inglaterra y ordenando la construcción de dos blindados que tendrían en el futuro gran importancia. En 1879 Chile declaró la guerra al Perú y Bolivia en la que se denominó Guerra del Pacífico. En los inicios de esta confrontación, se efectuó el Combate Naval de Chipana y posteriormente, el 21 de mayo de 1879 se desarrolló el combate naval de Iquique, en el cual el Capitán de Fragata Arturo Prat Chacón al mando de la corbeta Esmeralda murió peleando contra el monitor Húascar hasta el hundimiento de su nave: El momento clave de la guerra que marcaría su desarrollo y posterior desenlace.