Tomás Cipriano de Mosquera
Asimismo, se eligió a Mosquera para terminar el primer bienio de gobierno de los Estados Unidos de Colombia, hasta el 1° de abril de 1864. Mosquera fue ratificado en el cargo luego de la abolición de su antiguo cargo.En este tercer mandato, debió enfrentar una guerra con Ecuador, para lo cual comandó personalmente el ejército colombiano, logrando la victoria final en la Batalla de Cuaspud en diciembre de 1863. Esta victoria sobre el General Juan José Flores, también héroe de la independencia de la Nueva Granada, llevó al Congreso de la República a decretar una inédita ley de honores, mediante la cual lo nombraban 'Gran General de los Estados Unidos de Colombia'.
Batalla del Portete de Tarqui
El encuentro de los comisionados de ambas naciones nunca llegó a producirse. Por otro lado, negociaciones directas entre el plenipotenciario grancolombino Mosquera y los cancilleres peruanos Armas y Pando se vieron truncas por la disolución de la Gran Colombia y la formación de tres países sucesores: Ecuador, Nueva Granada (actual Colombia) y Venezuela (mayo de 1830). Mosquera abandonó Lima el 10 de agosto de 1830.