Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Guerra del Pacífico
Para Perú la guerra, además de la pérdida de territorio de la provincia litoral de Tarapacá y de la provincia de Arica , también perdió sus valiosos recursos naturales, significó la destrucción de parte de su infraestructura , un descenso de la producción y el comercio, y la ruina de su economía en muchos aspectos como la depreciación del billete fiscal y la desaparición de la moneda metálica. El período posterior es conocido como la Reconstrucción Nacional durante el cual se realizaron trabajos de recuperación, pero también cambios políticos y sociales. También el país debió pasar por grandes divisiones sociales producto de la guerra, por un lado estaban los campesinos indígenas de la Sierra, y por el otro, los terratenientes. Las autoridades peruanas de turno debieron someter a esos campesinos para evitar una rebelión generalizada. Posteriormente, Perú debió saldar con Chile los asuntos pendientes del Tratado de Ancón, entre ellos, la suerte de Tacna y Arica con el plebiscito previsto, que por variadas razones no pudo llevarse a la práctica provocando tensiones entre ambos países. Finalmente, solo en 1929 se logró la firma del Tratado de Lima que resolvió los asuntos pendientes.