Nanotecnología de ADN
El diseño de ácidos nucléicos tiene objetivos similares a los del diseño de proteínas. En ambos, la secuencia de monómeros es diseñada para favorecer las estructuras objetivo y para desfavorecer otras estructuras que puedan llegar a formarse. El diseño de ácidos nucleicos tiene la ventaja de ser mucho más fácil a nivel computacional que el del diseño de proteínas, ya que la regla de apareamiento entre las bases es mucho más sencilla y no requiere información completa sobre la estructura para poder llevarse a cabo un diseño. Esto permite el uso de simples métodos heurísticos que generan buenos borradores de diseños. Sin embargo, las estructuras de ácidos nucleicos son menos versátiles que las de las proteínas ya que estas últimas poseen una mayor habilidad para plegarse de acuerdo a la polaridad y carga de los 20 posibles aminoácidos, mientras que los ácidos nucleicos tienen una diversidad limitada a solo 4 posibles formas de nucleótidos.
Nanotecnología de ADN
Las estructuras de ácidos nucleicos pueden diseñarse para incorporar (hospedar) otras moléculas que no necesariamente sean de ácidos nucleicos que normalmente se llaman heteroelementos los cuales incluyen: proteínas, nanopartículas metálicas, puntos cuánticos y fullerenos. Esto permite la construcción de materiales y dispositivos con una amplia gama de funcionalidades, mucho más grande de la que tienen los ácidos nucleicos por sí mismos. La meta es usar la propiedad de autoensamblaje de los ácidos nucleicos para "calcar" y asociar otras nanopartículas a estas estructuras y que puedan coexistir, controlando de esta manera su posición y orientación.