Romaniotes
La mayor parte de la población judía griega fue asesinada en el Holocausto después de que las potencias del Eje ocuparon Grecia durante la Segunda Guerra Mundial. La mayoría de los judíos griegos fueron deportados a los campos de concentración, donde fueron asesinados. Después de la guerra, los supervivientes emigraron principalmente a Israel, Estados Unidos y Europa Occidental. Hoy en día un total de solamente 4.500 a 6.000 judíos, tanto romaniotes como de ascendencia sefardita, permanecen en Grecia.
Trenes del Holocausto
Después de la invasión, Grecia se dividió entre las zonas de ocupación italiana, búlgara y alemana hasta septiembre de 1943. La mayoría de los judíos griegos vivían en Tesalónica (Salónica) gobernada por Alemania, donde se estableció el campo de concentración para los judíos también de Atenas y las . Desde allí, 45,000 a 50,000 judíos fueron enviados a Auschwitz-Birkenau entre marzo y agosto de 1943, empacaron 80 en un vagón. También había 13,000 judíos griegos en el italiano y 4,000 judíos en la zona de ocupación búlgara. En septiembre de 1943, la zona italiana fue tomada por el Tercer Reich. En general, unos 60,000-65,000 judíos griegos fueron deportados en trenes del Holocausto por las SS a Auschwitz, Majdanek, Dachau y los subcampos de Mauthausen antes del final de la guerra, incluyendo más del 90% de la población de 50,000 judíos antes de la guerra de Tesalónica. De estos, 5.000 judíos fueron deportados a Treblinka desde las regiones de Tracia y Macedonia, de la parte búlgara de la Grecia dividida, donde fueron gaseados a su llegada.