Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Chile
Luego de treinta años de gobierno conservador y tras la llamada «cuestión del sacristán», en 1861 se inició un periodo de dominio del partido Liberal, caracterizado por la riqueza económica obtenida de la explotación minera del salitre en la zona de Antofagasta, lo que provocó diferencias limítrofes con Bolivia, país que reclamaba dicho territorio como suyo. Aunque habían firmado tratados de límites en y , no lograron resolver sus disputas. El 14 de febrero de 1879, fue efectuada la ocupación chilena de Antofagasta, iniciando las acciones militares contra Bolivia. En 1873 se había suscrito el tratado de Alianza Defensiva Perú–Bolivia, por lo que Chile declaró la guerra a ambos el 5 de abril de 1879, iniciando formalmente la Guerra del Pacífico, la mayor en la historia del país, que finalizó en 1884 con la victoria de Chile, la firma del tratado de Ancón con Perú y el pacto de Tregua con Bolivia. Tras el conflicto, Chile obtuvo el dominio sobre el departamento boliviano del Litoral y las provincias peruanas de Tarapacá, Arica y Tacna, esta última hasta 1929, y resolvió la mayoría de sus asuntos limítrofes con Argentina en la Patagonia en 1881 y la Puna de Atacama en 1898. Entre 1861 y 1883 llevó a cabo la Ocupación de la Araucanía y en 1888 fue anexada la isla Rapa Nui.