Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Desierto de Atacama
Pese a los tratados suscritos, las disputas no lograron resolverse. El 14 de febrero de 1879, se efectuó el desembarco chileno en Antofagasta, iniciando las acciones militares contra Bolivia. En 1873, se había suscrito el tratado de Alianza Defensiva Perú–Bolivia, por lo que Chile declaró la guerra a ambos el 5 de abril de 1879, iniciando formalmente la Guerra del Pacífico, que finalizó en 1884 con la victoria de Chile, el tratado de Ancón con Perú y el pacto de Tregua con Bolivia. Tras el conflicto, Chile obtuvo el dominio del hasta entonces departamento boliviano del Litoral, el departamento peruano de Tarapacá y la provincia peruana de Arica.