Guerra del Pacífico
Los territorios disputados, así como las zonas aledañas, se ubican en el desierto de Atacama, y en aquel tiempo tenían acceso expedito solo por mar. En los primeros seis meses, Chile logró la supremacía naval, indispensable para conquistar las zonas costeras del desierto. Antes de fines de 1879 ocupó la provincia peruana de Tarapacá y, a comienzos de 1880, la zona de Tacna y Arica, tras lo cual Bolivia abandonó militarmente la guerra. Luego, en , tras vencer en las batallas de San Juan y Chorrillos y Miraflores al ejército peruano, las fuerzas chilenas ocuparon Lima. Después de estas campañas, la guerra entre Chile y Perú continuó por dos años más entre los remanentes del ejército, guerrillas y montoneros peruanos contra las fuerzas chilenas de ocupación, hasta la firma del Tratado de Ancón en 1883, en la que Perú, entre otras cosas, cedió perpetuamente el departamento de Tarapacá y le fueron retenidas temporalmente las provincias de Arica y Tacna.
Territorio nacional de Los Andes
Tras la cesión hecha por Bolivia a Chile del departamento del Litoral, que comprendía la zona del desierto de Atacama donde se ubican las ciudades de Antofagasta, Tocopilla, Calama y los poblados de San Pedro de Atacama, Chiu-Chiu y otros pequeños poblados, después de perder la guerra del Pacífico, el estado boliviano prácticamente perdió todo nexo territorial con la Puna de Atacama y con el océano Pacífico. Es así que en 1890 la provincia de Atacama fue reconocida por Bolivia como de propiedad argentina. Un tratado argentino-boliviano ratificó la soberanía argentina sobre 90 000 km². Sin embargo, este tratado no se ratificó hasta el año 1893, razón por la cual Chile desconoció a Bolivia la capacidad de negociar territorios que se encontraban ocupados por Chile desde 1879. Pese a ello, Chile ocupó la mayor parte del territorio. Años más tarde, la Argentina debió pedir laudos de los gobiernos británico y estadounidense para que Chile desalojara esta zona de la Puna, aunque un 15% del territorio quedó como chileno. Argentina reclamaba como límite norocidental el sector de la cordillera de los Andes llamado cordillera de Almeyda. En su lugar el laudo arbitral fijó límites geodésicos al este de ese cordón montañoso, de modo tal que la extensión final de la unidad territorial argentina, llamada Territorio de Los Andes, era de unos 62 642 km².