Manuel Marulanda Vélez
Al igual que los demás bandos en el Conflicto armado interno en Colombia, las FARC-EP que Marulanda dirigía cometieron abusos contra otros combatientes y contra la población civil a lo largo de la guerra. Organizaciones no gubernamentales calculan que su responsabilidad correspondería a alrededor del 20 por ciento (de 15 a 25 según los diferentes momentos) de los asesinatos políticos anuales en el conflicto. A las FARC-EP también se las considera responsables de un alto número de detenciones de guerra, de reclutamientos de menores, de la colocación de minas antipersonales y de actos de terrorismo. Las FARC-EP están en la lista de organizaciones consideradas como terroristas por el Departamento de Estado de los Estados Unidos y en su equivalente dentro de la Unión Europea. Las Naciones Unidas han condenado varias de sus acciones como crímenes de guerra.
Cartagena del Chairá
En abril de 1998, el gobierno del presidente Ernesto Samper desmilitarizó, bajo presión de las FARC-EP, una zona de 14 mil km² para facilitar la entrega de 60 militares secuestrados por las FARC. Las FARC utilizaron helicópteros del Comité Internacional de la Cruz Roja (CICR) para transportar a los soldados del lugar de secuestro hasta el municipio de Cartagena del Chairá, zona desmilitarizada, pero según información del ejército, también fueron utilizados para trasladar numerosos guerrilleros de un frente a otro, con el fin de impedir el posterior reconocimiento por parte de los secuestrados. La liberación fue ampliamente difundida por los medios de comunicación y contó con la participación de veedores internacionales. Las FARC condicionaron al presidente Samper que debian canjear a los soldados por guerrilleros presos. Las Fuerzas Militares colombianas se enteraron que las FARC planeron seguir secuestrando hasta llegar a 100 rehenes para seguir presionando al gobierno. El 5 de agosto de 1998, las FARC lanzaron la ofensiva en los departamentos de Meta y Guaviare, secuestrando más de los 100 soldados.