Emilio Mola
Tras la muerte de Sanjurjo en Portugal, Francisco Franco fue nombrado jefe del Ejército de África, la unidad militar con que contaban los sublevados que más posibilidades tenía de romper el "statu quo" al que se había llegado. A los pocos días del comienzo de la guerra, Mola, como antiguo "director" de la sublevación que había fracasado, quedó como jefe máximo de la zona norte sublevada y de todas las fuerzas militares. Las fuerzas sublevadas en la zona norte se agruparon en torno al mando supremo de Mola, que fue nombrado comandante en jefe del nuevo Ejército del Norte sublevado. Por su parte, Franco logró cruzar el estrecho de Gibraltar, llegando, en una rapidísima campaña, a las afueras de Madrid. El 1 de octubre, debido a su reciente popularidad y éxitos militares, fue promovido por sus compañeros de la Junta de Defensa Nacional al cargo de jefe del Estado y generalísimo de los Ejércitos de Operaciones. Definitivamente, la dirección militar y política de la sublevación se le había escapado de las manos a Mola.
Francisco Franco
Entre 1937 y 1938 la guerra entró en una etapa de desgaste, en que las fuerzas nacionales fueron ganando terreno paulatinamente. El 3 de junio de 1937 murió el general Mola en un accidente aéreo, con lo que Franco vio reforzada su posición como líder indiscutible del Movimiento. Según el general alemán Faupel, «el Generalísimo indudablemente se siente aliviado por la muerte del general Mola». Hitler llegó a comentar: «la verdadera tragedia para España fue la muerte de Mola; ahí estaba el auténtico cerebro, el verdadero líder. Franco llegó a la cima como Poncio Pilatos al Credo». El 19 de junio el ejército nacional entró en Bilbao sin apenas resistencia, haciéndose con la poderosa industria vasca (fábricas, astilleros, altos hornos), con la que reforzaría sus suministros militares. Franco trasladó entonces su cuartel general al palacio Muguiro, en Burgos. El 26 de agosto tomaron Santander y, ese día, el ejército vasco —que se había trasladado a Cantabria— se rindió a las tropas italianas, bajo la promesa de no ser represaliados; sin embargo, Franco obligó al general italiano Bastico a entregarle los prisioneros, que fueron condenados a muerte. Según Preston, «los italianos quedaron horrorizados por la doblez y crueldad de Franco». En general, los nacionalistas vascos eran de ideología conservadora y católica, con lo que podrían haber llegado a un entendimiento; la acción de Franco provocó que «los vascos fueran sus enemigos más feroces y eficaces en los últimos años de su dictadura», según el historiador inglés. Tras la conquista de Vizcaya y Cantabria, los nacionales pasaron a Asturias y, el 21 de octubre, tomaron Gijón y Avilés. En esta fase la aviación del bando sublevado empleó una mezcla de bombas incendiarias y gasolina, en lo que sería una incipiente versión del napalm.