Manuel Marulanda Vélez
Al igual que los demás bandos en el Conflicto armado interno en Colombia, las FARC-EP que Marulanda dirigía cometieron abusos contra otros combatientes y contra la población civil a lo largo de la guerra. Organizaciones no gubernamentales calculan que su responsabilidad correspondería a alrededor del 20 por ciento (de 15 a 25 según los diferentes momentos) de los asesinatos políticos anuales en el conflicto. A las FARC-EP también se las considera responsables de un alto número de detenciones de guerra, de reclutamientos de menores, de la colocación de minas antipersonales y de actos de terrorismo. Las FARC-EP están en la lista de organizaciones consideradas como terroristas por el Departamento de Estado de los Estados Unidos y en su equivalente dentro de la Unión Europea. Las Naciones Unidas han condenado varias de sus acciones como crímenes de guerra.
Conflicto armado interno de Colombia entre 1990 y 2002
En febrero de 2001, la Operación Gato Negro de las FF.MM. contras las FARC-EP en Barrancominas (Guainía) el narcotráfico y la guerra afectaron a las comunidades indígenas, en la misma operación fue capturado el 21 de abril, el narcotraficante brasileño Luiz Fernando da Costa ‘Fernadinho Beira Mar’, protegido de Tomás Medina Caracas 'Negro Acacio' En febrero las FARC-EP atacaron una base de las AUC en Ituango (Antioquia): 33 muertos. El 10 de marzo, la Toma del Cerro Tokio en Dagua (Valle del Cauca),por las FARC-EP dirigida por Milton Sierra Gómez 'JJ':19 muertos. El 18 de marzo la Toma de Satinga en Olaya Herrera (Nariño). En abril en combates entre las FARC-EP y las AUC y el Ejército Nacional en Córdoba: 70 muertos. Entre el 22 y el 24 de mayo las FARC-EP ejecutan la masacre de Río Manso en Tierralta (Córdoba):33 muertos. El 19 de junio toma de Arbelaez (Cundinamarca).El 22 de junio, ataque a la base de Coreguaje (Putumayo) por las FARC-EP dirigidos por Fabián Ramírez: 39 muertos. Para junio de 2001 fueron liberados 359 soldados y policías secuestrados por las FARC-EP y 14 guerrilleros de las FARC-EP dejando otros 50 oficiales y suboficiales esperando el intercambio humanitario por guerrilleros presos. En agosto combates en Puerto Libertador (Córdoba):73 muertos, Tame (Arauca), Caquetá: 15 muertos y Tolima la Operación 7 de agosto del Ejército Nacional contra las FARC-EP: abatido 'Urias Cuéllar' y 80 muertos. En diciembre combates entre FARC-EP y AUC en Tarazá (Antioquia): 44 muertos. Fueron secuestrados por las FARC-EP el senador Luis Eladio Pérez (10 de junio), el gobernador del Meta Alan Jara (15 de julio), Gloria Polanco y sus 2 hijos (en el asalto al edificio Miraflores de Neiva el 26 de julio), los congresistas Orlando Beltrán (28 de agosto), Consuelo González (10 de septiembre) y 24 de septiembre la ministra de cultura Consuelo Araújo, muerta en un intento de rescate. El 2 de septiembre las FARC-EP realizan la toma de San Adolfo, en Acevedo (Huila) usando gases tóxicos: 4 muertos.