Departamento del Litoral
Así estaban las cosas cuando la Guerra del Pacífico estalló.  Bolivia y Perú, vinculados por un tratado secreto de alianza defensiva desde 1873, un año antes del tratado de límites con Chile, fueron derrotados en aquel conflicto que se extendió hasta 1884, perdiendo Bolivia todo derecho o posesión sobre el litoral atacameño y perdiendo el Perú todo el Departamento de Tarapacá, aunque este no era parte del "casus belli".
Era del Guano
Es en estas circunstancias cuando surgió el diferendo territorial entre Chile y Bolivia. Obligado a ayudar a este último por un tratado secreto, Perú entró en guerra el . La Guerra del Pacífico, que terminó con la ocupación de Lima entre 1881 y 1883, y la pérdida territorial de las provincia de Tarapacá y Antofagasta o el Litoral en favor de Chile, generó profundas heridas en el Perú, ya que estos sitios eran muy ricos en guano y salitre. Luego de un período de inestabilidad política posterior a la derrota (gobiernos de Miguel Iglesias y Andrés Avelino Cáceres tres veces), llegó el gobierno de Nicolás de Piérola en 1895 del Partido Demócrata.