Tomás Cipriano de Mosquera
Asimismo, se eligió a Mosquera para terminar el primer bienio de gobierno de los Estados Unidos de Colombia, hasta el 1° de abril de 1864. Mosquera fue ratificado en el cargo luego de la abolición de su antiguo cargo.En este tercer mandato, debió enfrentar una guerra con Ecuador, para lo cual comandó personalmente el ejército colombiano, logrando la victoria final en la Batalla de Cuaspud en diciembre de 1863. Esta victoria sobre el General Juan José Flores, también héroe de la independencia de la Nueva Granada, llevó al Congreso de la República a decretar una inédita ley de honores, mediante la cual lo nombraban 'Gran General de los Estados Unidos de Colombia'.
Universidad Santo Tomás (Colombia)
En medio de este momento crítico, los frailes vivieron una breve calma chicha de 1855 a 1861, cuando el presidente José Hilario López declarara la libertad de enseñanza. Gracias a esta, recuperaron ante la ley su universidad y en muy poco tiempo retomaron su liderazgo en la capital; tanto así que muchos docentes de la Central, que no había recibido el impulso económico necesario, contrataron con la Tomística aunque para ello debían hacer una donación a la Provincia de San Antonino. Lo que no pudieron lograr los jesuitas, el fiscal Francisco Moreno y Escandón ni el mismísimo Santander, lo haría el militar y estadista caucano Tomás Cipriano de Mosquera. El ahora converso político liberal declaró en 1861 la tuición de cultos y la desamortización de manos muertas para contrarrestar el poder económico acumulado por la Iglesia, a la que acusaba de rentista, y, en algunos casos, de haber contribuido a la hegemonía conservadora. El gobierno federal, ahora con control sobre las órdenes religiosas y con el afán de inyectar capital a las arcas flacas de la nación, expropió el Convento de Nuestra Señora del Rosario y lo convirtió en oficinas del gobierno federal, pero no pudo hacer lo propio con el Colegio-Universidad por su carácter privado y su función de instrucción pública. Los dominicos exclaustrados huyeron, unos a los llanos de San Martín, otros a atrincherarse en Chiquinquirá y unos cuantos colgaron los hábitos para volver a la vida laica. El Convento de Nuestra Señora del Rosario de Bogotá, testigo de la historia de la ciudad y del país, tuvo diferentes usos hasta que en 1937 Alfonso López Pumarejo lo declaró —junto con el Colegio-Universidad— bien de la nación, lo que permitiría que tres años más tarde el presidente Eduardo Santos lo demoliera para construir allí el Palacio de las Comunicaciones. Todo parecía haber terminado…