Terrorismo de extrema izquierda
Las Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia - Ejército del Pueblo (FARC-EP) fueron entre 1964 y 2016 una organización marxista-leninista en Colombia involucrada en atentados terroristas, bombas de cilindro de gas, asesinatos, minas terrestres, secuestros, extorsiones y tomas guerrilleras, así como acciones de guerrilla y militares convencionales. El Departamento de Estado de Estados Unidos incluyó a las FARC-EP en su lista de organizaciones terroristas extranjeras (hasta 2021), al igual que la Unión Europea (hasta 2017). Se financiaba principalmente a través de la extorsión, el secuestro y su participación en el tráfico ilegal de drogas. Las empresas que operan en áreas rurales, incluidos los intereses agrícolas, petroleros y mineros, debían pagar "vacunas" (pagos mensuales) que las "protegían" de ataques y secuestros posteriores. También realizaron bloqueos de carreteras o "pescas milagrosas" con secuestros masivos. Se estima que entre el 20 y el 30 por ciento de los combatientes de las FARC-EP eran menores entre 12 y 18 años, para un total de alrededor de 5000 niños víctimas de reclutamiento forzado.
Relaciones exteriores de Ecuador durante la presidencia de Rafael Correa
En política extranjera, Correa enfatizó el interés de Ecuador de quedarse al margen en el conflicto interior en Colombia. En octubre de 2006, Correa agregó que él seguiría y capturaría" a los miembros de FARC si ellos entran en el país. Él también declaró que condena sus secuestros, las violaciones de derechos humanos y bombardeos. No obstante, algunos opinan que recibió ayuda de este grupo de narcotraficantes para su campaña Después, durante su presidencia la Policía Nacional de Colombia acusa a Correa de tener los lazos al FARC. Correa negó las imputaciones.La crisis diplomática de Colombia con Ecuador y Venezuela de 2008 (también referida como Crisis Andina) se desarrolló luego de que fuerzas militares y policiales de la República de Colombia ejecutaran la Operación Fénix, una incursión en territorio ecuatoriano en una misión contra la guerrilla, realizando un bombardeo donde murieron Raúl Reyes, otros 17 "guerrilleros" miembros de las Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia (FARC), 4 estudiantes mexicanos y un ciudadano ecuatoriano, quienes se encontraban pernoctando en un campamento fronterizo dentro de este país en la madrugada del 1 de marzo de 2008 (hora local).