Manuel Marulanda Vélez
Al igual que los demás bandos en el Conflicto armado interno en Colombia, las FARC-EP que Marulanda dirigía cometieron abusos contra otros combatientes y contra la población civil a lo largo de la guerra. Organizaciones no gubernamentales calculan que su responsabilidad correspondería a alrededor del 20 por ciento (de 15 a 25 según los diferentes momentos) de los asesinatos políticos anuales en el conflicto. A las FARC-EP también se las considera responsables de un alto número de detenciones de guerra, de reclutamientos de menores, de la colocación de minas antipersonales y de actos de terrorismo. Las FARC-EP están en la lista de organizaciones consideradas como terroristas por el Departamento de Estado de los Estados Unidos y en su equivalente dentro de la Unión Europea. Las Naciones Unidas han condenado varias de sus acciones como crímenes de guerra.
Crisis diplomática entre Colombia y Venezuela de 2010
El 28 de febrero del mismo año durante su programa dominical Alo Presidente Chávez declaró públicamente que no apoyaba a la FARC: En marzo del mismo año, el gobierno colombiano llevó a cabo la Operación Fénix, en la que incursionó en territorio ecuatoriano para acabar con un campamento guerrillero de las FARC y en el que murió el jefe guerrillero Raúl Reyes. Colombia había denunciado en numerosas ocasiones la presencia de las FARC tanto en Venezuela como en Ecuador. La incursión en territorio ecuatoriano desató la crisis diplomática de Colombia con Ecuador y Venezuela de 2008. De los computadores de Raúl Reyes fue sustraída numerosa información en la que según el gobierno colombiano estaba implicado el gobierno venezolano. A finales de 2008, se develó el Plan de guerra Guaicaipuro, en el que hipotéticamente se invadía a Colombia y se preveía que "las Farc, consideradas beligerantes y reconocidas por Venezuela, formarían un gobierno paralelo y solidario con Venezuela".