Emilio Mola
Tras la muerte de Sanjurjo en Portugal, Francisco Franco fue nombrado jefe del Ejército de África, la unidad militar con que contaban los sublevados que más posibilidades tenía de romper el "statu quo" al que se había llegado. A los pocos días del comienzo de la guerra, Mola, como antiguo "director" de la sublevación que había fracasado, quedó como jefe máximo de la zona norte sublevada y de todas las fuerzas militares. Las fuerzas sublevadas en la zona norte se agruparon en torno al mando supremo de Mola, que fue nombrado comandante en jefe del nuevo Ejército del Norte sublevado. Por su parte, Franco logró cruzar el estrecho de Gibraltar, llegando, en una rapidísima campaña, a las afueras de Madrid. El 1 de octubre, debido a su reciente popularidad y éxitos militares, fue promovido por sus compañeros de la Junta de Defensa Nacional al cargo de jefe del Estado y generalísimo de los Ejércitos de Operaciones. Definitivamente, la dirección militar y política de la sublevación se le había escapado de las manos a Mola.
Conspiración golpista de 1936
El 20 de junio Mola emitió la «Instrucción reservada número 5» en la que al final decía que «ha de advertirse a los [militares] tímidos y vacilantes que aquél que no está con nosotros, está contra nosotros, y que como enemigo será tratado. Para los compañeros que no son compañeros, el movimiento triunfante será inexorable». Cuatro días después volvía a insistir en las «Directivas para Marruecos» en que el levantamiento debía ser «desde luego, de una gran violencia. Las vacilaciones no conducen más que al fracaso». El 30 de junio el teniente coronel Juan Yagüe, nombrado por Mola jefe de la sublevación en el Protectorado, recibió unas instrucciones más detalladas y explícitas sobre la forma de organizar la represión, que incluían, entre otras medidas: «conferir el mando del orden público y seguridad en las ciudades a elementos de la Falange», «detener a las autoridades españolas que sean sospechosas, especialmente las encargadas del Orden Público y la Seguridad» y «eliminar los elementos izquierdistas: comunistas, anarquistas, sindicalistas, masones, etc.». Además: «clausurar todos los locales de reuniones públicas tales como Centrales sindicales, Logias masónicas, Sedes de Partidos, Casas del Pueblo, Ateneos, etc.», «prohibir toda clase de manifestaciones, huelgas, reuniones públicas y privadas», «controlar la prensa, sometiéndola a censura», «requisar todos los aparatos de radio en poder de particulares» y «someter a todos los funcionarios civiles españoles a una depuración». El propósito del general Mola iba, pues, más allá de un mero pronunciamiento y se disponía a «situarse en un escenario de guerra civil».