Manuel Marulanda Vélez
Al igual que los demás bandos en el Conflicto armado interno en Colombia, las FARC-EP que Marulanda dirigía cometieron abusos contra otros combatientes y contra la población civil a lo largo de la guerra. Organizaciones no gubernamentales calculan que su responsabilidad correspondería a alrededor del 20 por ciento (de 15 a 25 según los diferentes momentos) de los asesinatos políticos anuales en el conflicto. A las FARC-EP también se las considera responsables de un alto número de detenciones de guerra, de reclutamientos de menores, de la colocación de minas antipersonales y de actos de terrorismo. Las FARC-EP están en la lista de organizaciones consideradas como terroristas por el Departamento de Estado de los Estados Unidos y en su equivalente dentro de la Unión Europea. Las Naciones Unidas han condenado varias de sus acciones como crímenes de guerra.
Coordinadora Arauco-Malleco
Pese a que en su momento las vinculaciones entre la FARC y la CAM fueron catalogadas como falsas, dichas sospechas todavía rondan con fuerza, existiendo informes de la Agencia Nacional de Inteligencia (ANI) que indican que estos lazos efectivamente existirían y que serían bastante extensos. Por su parte, el fiscal Emiliano Arias investigó dicho vínculo, señalando que miembros de la CAM entrenaron en campamentos de las FARC. Asimismo, aunque su líder, Héctor Llaitul, fue parte del Frente Patriótico Manuel Rodríguez (FPMR) y de las juventudes del Movimiento de Izquierda Revolucionaria (MIR), no existe evidencia que vincule en la actualidad a la CAM con estas organizaciones. Sin embargo, algunos de sus antiguos y actuales miembros, han manifestado su apoyo público a la causa de esta organización. Además de esta polémica el grupo ha incrementado su poder de fuego y la intensidad de sus ataques, esto dicho en comunicados.