Nanotecnología de ADN
El diseño de ácidos nucléicos tiene objetivos similares a los del diseño de proteínas. En ambos, la secuencia de monómeros es diseñada para favorecer las estructuras objetivo y para desfavorecer otras estructuras que puedan llegar a formarse. El diseño de ácidos nucleicos tiene la ventaja de ser mucho más fácil a nivel computacional que el del diseño de proteínas, ya que la regla de apareamiento entre las bases es mucho más sencilla y no requiere información completa sobre la estructura para poder llevarse a cabo un diseño. Esto permite el uso de simples métodos heurísticos que generan buenos borradores de diseños. Sin embargo, las estructuras de ácidos nucleicos son menos versátiles que las de las proteínas ya que estas últimas poseen una mayor habilidad para plegarse de acuerdo a la polaridad y carga de los 20 posibles aminoácidos, mientras que los ácidos nucleicos tienen una diversidad limitada a solo 4 posibles formas de nucleótidos.
Nucleoide
La formación de un nucleoide debe atender dos problemas esenciales, que son: la condensación de un ADN grande en el espacio celular pequeño de una bacteria y la organización del ADN en una forma de tres dimensiones que se adapte a su función  El ADN del cromosoma no solo se condensa sino que también se organiza funcionalmente de manera compatible con todos los procesos del ADN: la replicación, la recombinación, la segregación y la transcripción. Se ha demostrado que la forma final del nucleoide surge de una organización jerárquica del ADN. Las conexiones ADN-ADN de largo y corto alcance formadas dentro de los macrodominios y entre los macrodominios, contribuyen a la condensación y a la organización funcional.