Departamento del Litoral
Así estaban las cosas cuando la Guerra del Pacífico estalló.  Bolivia y Perú, vinculados por un tratado secreto de alianza defensiva desde 1873, un año antes del tratado de límites con Chile, fueron derrotados en aquel conflicto que se extendió hasta 1884, perdiendo Bolivia todo derecho o posesión sobre el litoral atacameño y perdiendo el Perú todo el Departamento de Tarapacá, aunque este no era parte del "casus belli".
Departamento de Potosí (Confederación Perú-Boliviana)
El Gobierno General de la Confederación minimizó la disputa territorial entre las entonces República Peruana y Bolivia, por otra parte incluyó las reclamaciones territoriales hacia Argentina dentro del departamento. Así mismo la zona sur de Potosí posterior a la caída de la Confederación, por contextos históricos bélicos, pasó a formar parte de Chile.