Tomás Cipriano de Mosquera
Asimismo, se eligió a Mosquera para terminar el primer bienio de gobierno de los Estados Unidos de Colombia, hasta el 1° de abril de 1864. Mosquera fue ratificado en el cargo luego de la abolición de su antiguo cargo.En este tercer mandato, debió enfrentar una guerra con Ecuador, para lo cual comandó personalmente el ejército colombiano, logrando la victoria final en la Batalla de Cuaspud en diciembre de 1863. Esta victoria sobre el General Juan José Flores, también héroe de la independencia de la Nueva Granada, llevó al Congreso de la República a decretar una inédita ley de honores, mediante la cual lo nombraban 'Gran General de los Estados Unidos de Colombia'.
Tomás Cipriano de Mosquera
Estando en la presidencia, y para congrasiarse con su patrocinador, Bolívar nombró a Tomás Cipriano como gobernador de la Provincia de Buenaventura. Mosquera se vio obligado a viajar al sur del país, en Barbacoas (actual Nariño) con el fin de gestionar un empréstito de 50.000 pesos para ser enviados a Bolívar, los cuales no había podido recolectar un militar enviado para el caso.