Tomás Cipriano de Mosquera
La lucha por la independencia de Colombia continuó, y Mosquera fue nombrado capitán de la primera compañía del Batallón de reserva y después comandante de la guardia cívica de Popayán. Luego de varios años de guerra, Simón Bolívar -quien solicitó apoyo financiero del padre de Mosquera- triunfó y los españoles fueron expulsados paulatinamente del país. Bolívar se convirtió en presidente y se conformó la Gran Colombia.
Tomás Cipriano de Mosquera
Por otro lado, con Candelaria Cervantes, Mosquera fue padre del militar Tomás Mosquera Cervantes, quien murió peleando por su padre en la guerra civil de 1860 a 1862. Otra de las hijas de Mosquera falleció durante la revolución de 1860, Isabel Mosquera Luque, quien en la época era una niña.