Manuel Marulanda Vélez
Al igual que los demás bandos en el Conflicto armado interno en Colombia, las FARC-EP que Marulanda dirigía cometieron abusos contra otros combatientes y contra la población civil a lo largo de la guerra. Organizaciones no gubernamentales calculan que su responsabilidad correspondería a alrededor del 20 por ciento (de 15 a 25 según los diferentes momentos) de los asesinatos políticos anuales en el conflicto. A las FARC-EP también se las considera responsables de un alto número de detenciones de guerra, de reclutamientos de menores, de la colocación de minas antipersonales y de actos de terrorismo. Las FARC-EP están en la lista de organizaciones consideradas como terroristas por el Departamento de Estado de los Estados Unidos y en su equivalente dentro de la Unión Europea. Las Naciones Unidas han condenado varias de sus acciones como crímenes de guerra.
Unión Patriótica (Colombia)
Con la escalada de violencia paramilitar y guerra sucia contra miembros de la UP y movimientos de izquierda, las FARC-EP dejó a su suerte al nuevo partido y sus voceros públicos dentro de la UP se reintegraron a la lucha armada. Tanto el gobierno como las FARC-EP, rompieron e incumplieron los acuerdos con acciones armadas, las víctimas serían los miembros de la Unión Patriótica y otros movimientos como el Frente Popular y el Movimiento A Luchar. Las FARC-EP realizaron acciones violentas como la Toma de Saiza con el EPL en 1988, el asesinato del político y paramilitar Pablo Emilio Guarín (reconocido en 2020). Las FARC-EP estuvieron en guerra con Gonzalo Rodríguez Gacha, quien patrocinó grupos narco paramilitares y en alianza con políticos y militares estuvo relacionado con el exterminio de la Unión Patriótica. El detonante definitivo de la ruptura de las conversaciones de paz, fue la Operación Casa Verde (Meta), el 9 de diciembre de 1990, día de la elección de la Asamblea Constituyente de 1991.