Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Campaña naval de la guerra del Pacífico
En 1884 Pascual Ahumada Moreno publicó en su obra de recopilación de documentos referentes a la guerra, el resumen de un artículo publicado el 20 de mayo de 1879 en ""Shipping & Mercantile Gazette"" de Londres. En él se detalla un plan aliado que partía con la destrucción de la "Esmeralda" y "Covadonga" en Iquique el 21 de mayo, luego el hundimiento de las naves de abastecimientos y transporte en Antofagasta para inmovilizar a la flota chilena en ese puerto tras su regreso desde su fallida incursión a Callao. Sin abastecimientos, las tropas chilenas en Antofagasta y la "línea del Loa" (Tocopilla, Calama, Quillagua) serían derrotadas por tierra. Posteriormente se enviaría una expedición armada a Valparaíso con un ultimátum que preveía la rectificación de la frontera de Bolivia al paralelo 27.15°S (Caldera (Chile) pasaría a ser parte de Bolivia con el nombre de "Bolivar"), pago de una indemnización de $10.000.000 a Bolivia y 25.000.000 de soles a Perú por costos de la guerra. En caso de no ser aceptado el ultimátum en un lapso de doce horas, Valparaíso sería bombardeado y se desembarcarían tropas para incendiar la ciudad. Hilarión Daza avanzaría hacia el sur y ocuparía "Bolivar" (es decir Copiapó) y a Santiago para apoyar el tratado de paz.