Proteína de la espícula (coronavirus)
Las mutaciones de la proteína de la espícula suscitan preocupación porque pueden afectar la infectividad o la transmisibilidad, o facilitar el escape inmunológico . La mutación D 614 G ha surgido de forma independiente en múltiples linajes virales y se vuelve dominante entre los genomas secuenciados; puede tener ventajas en cuanto a infectividad y transmisibilidad posiblemente debido al aumento de la densidad de los picos en la superficie viral, aumentando la proporción de conformaciones competentes para la unión o mejorando la estabilidad. Las mutaciones en la posición E 484, particularmente E 484 K, se han asociado con escape inmunológico y unión reducida de anticuerpos. La variante ómicron del SARS-CoV-2 es notable por tener un número inusualmente alto de mutaciones en la proteína de la espícula.
Orthocoronavirinae
Antes del descubrimiento de SARS-CoV, MHV había sido estudiado tanto "in vivo" como "in vitro", así como a nivel molecular. Algunas cepas de MHV causaron una encefalitis desmielinizante progresiva en ratones a los que se ha utilizado como modelo murino para la esclerosis múltiple. Importantes esfuerzos de investigación se han centrado en dilucidar la patogénesis viral de estos coronavirus de animales, especialmente por los virólogos interesados en las enfermedades zoonóticas y veterinarios.Otra enfermedad veterinaria nueva, virus de la diarrea epidémica porcina (PED o PEDV), ha surgido en todo el mundo. Su importancia económica es aún poco clara, pero muestra una alta mortalidad en los lechones.