Departamento del Litoral
Así estaban las cosas cuando la Guerra del Pacífico estalló.  Bolivia y Perú, vinculados por un tratado secreto de alianza defensiva desde 1873, un año antes del tratado de límites con Chile, fueron derrotados en aquel conflicto que se extendió hasta 1884, perdiendo Bolivia todo derecho o posesión sobre el litoral atacameño y perdiendo el Perú todo el Departamento de Tarapacá, aunque este no era parte del "casus belli".
Guerra del Pacífico
Con respecto a Bolivia, con la anexión chilena de su litoral, perdió su única salida soberana al océano Pacífico, quedando relegada a una condición de Estado sin litoral, y perdiendo igualmente los recursos naturales del lugar. Las negociaciones para la firma de un tratado de paz se prolongaron hasta 1904. Paralelamente a la cuestión del litoral, estaba el asunto de la Puna de Atacama de 75000km². Al finalizar la guerra, Chile consideraba suya esa zona según el Pacto de Tregua. El Litigio de la Puna de Atacama fue una disputa de límites entre Chile, Bolivia y Argentina, la cual se resolvió en 1899 mediante un arbitraje estadounidense que resolvió que una parte menor de la Puna de Atacama quedaba para Chile y el resto para Argentina.