Manuel Marulanda Vélez
Al igual que los demás bandos en el Conflicto armado interno en Colombia, las FARC-EP que Marulanda dirigía cometieron abusos contra otros combatientes y contra la población civil a lo largo de la guerra. Organizaciones no gubernamentales calculan que su responsabilidad correspondería a alrededor del 20 por ciento (de 15 a 25 según los diferentes momentos) de los asesinatos políticos anuales en el conflicto. A las FARC-EP también se las considera responsables de un alto número de detenciones de guerra, de reclutamientos de menores, de la colocación de minas antipersonales y de actos de terrorismo. Las FARC-EP están en la lista de organizaciones consideradas como terroristas por el Departamento de Estado de los Estados Unidos y en su equivalente dentro de la Unión Europea. Las Naciones Unidas han condenado varias de sus acciones como crímenes de guerra.
Gobierno de Álvaro Uribe
Continuando con la PSD, a mediados de 2003, Uribe se desplazó al departamento de Arauca, después de que se presentaran problemas de orden público graves debido a la violencia y pobreza que había en el área. La región fronteriza con Venezuela estaba afectada por las FARC-EP y los paramilitares de las Autodefensas Unidas de Colombia (AUC). Uribe gobernó como presidente junto a sus ministros desde la ciudad de Arauca. El 1 de septiembre del mismo año Uribe tuvo que también desplazarse a la ciudad de Cúcuta por motivos de orden público. Además de las FARC-EP y las AUC, el ELN también hacía presencia en la zona fronteriza con Venezuela. En marzo de 2003 un vehículo cargado con explosivos había estallado en Cúcuta dejando 13 muertos y más de 60 heridos.