Departamento del Litoral
Así estaban las cosas cuando la Guerra del Pacífico estalló.  Bolivia y Perú, vinculados por un tratado secreto de alianza defensiva desde 1873, un año antes del tratado de límites con Chile, fueron derrotados en aquel conflicto que se extendió hasta 1884, perdiendo Bolivia todo derecho o posesión sobre el litoral atacameño y perdiendo el Perú todo el Departamento de Tarapacá, aunque este no era parte del "casus belli".
Ejército de Bolivia
Tras la desaparición de la Confederación Perú-Boliviana, Bolivia vivió un período de anarquía y enfrentamientos políticos entre partidarios y contrarios de la unión con el Perú. El Presidente peruano Agustín Gamarra, ideólogo de la reunificación a través de la anexión de Bolivia al Perú, aprovechando la situación decide invadir territorio boliviano llegando a ocupar varias zonas del Departamento de La Paz. Ante esta circunstancia, los bolivianos deciden unirse ante un enemigo común y se traspasan los poderes del Estado al general José Ballivián. El 18 de noviembre de 1841 acaeció la Batalla de Ingavi, en la que el Ejército Boliviano derrota a las tropas peruanas de Gamarra (muerto en la batalla). Tras la victoria, Bolivia invade al Perú, pero no contaba con tropas suficientes para mantener la ocupación. En la batalla de Tarapacá, montoneros peruanos formados por el mayor Juan Buendía, provenientes de Iquique, derrotaron el 7 de enero de 1842 al destacamento dirigido por el coronel José María García, quien muere en el enfrentamiento. Así, las tropas bolivianas desocupan Tacna, Arica y Tarapacá en febrero de 1842, replegándose hacia Moquegua y Puno.