Tomás Cipriano de Mosquera
Asimismo, se eligió a Mosquera para terminar el primer bienio de gobierno de los Estados Unidos de Colombia, hasta el 1° de abril de 1864. Mosquera fue ratificado en el cargo luego de la abolición de su antiguo cargo.En este tercer mandato, debió enfrentar una guerra con Ecuador, para lo cual comandó personalmente el ejército colombiano, logrando la victoria final en la Batalla de Cuaspud en diciembre de 1863. Esta victoria sobre el General Juan José Flores, también héroe de la independencia de la Nueva Granada, llevó al Congreso de la República a decretar una inédita ley de honores, mediante la cual lo nombraban 'Gran General de los Estados Unidos de Colombia'.
Estados Unidos de Colombia
El 26 de julio de 1861 el general Tomás Cipriano de Mosquera decide cambiarle nuevamente de nombre a la nación, llamándola Estados Unidos de la Nueva Granada. Uno de sus primeros decretos consistió en darle al país una nueva bandera, que consistía en la misma que se venía usando desde la República de la Nueva Granada pero con estrellas blancas en su franja azul en representación de los estados en los cuales se dividía la federación.