Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Fronteras de Chile
Durante la Guerra del Pacífico Chile ocupó territorios bolivianos, entre otros la Puna de Atacama que posteriormente fue entregada por Bolivia a Argentina a cambio de la renuncia argentina a sus reclamos sobre Tarija, lo que no fue aceptado por Chile. Este conflicto fue resuelto con la mediación del cónsul de los Estados Unidos en Buenos Aires, William I. Buchanan. El laudo del árbitro estadounidense determinó la división del territorio en disputa: de un tercio para Chile y dos tercios para Argentina.