Formación del Ejército del Norte
El 11 de septiembre de 1809 el nuevo virrey Baltasar Hidalgo de Cisneros había reducido aún más las milicias de Buenos Aires y había destinado el 4 de octubre a parte de ellas a sofocar las llamadas revoluciones de Chuquisaca y La Paz en el Alto Perú. La Primera Junta contaba con la infantería veterana que estaba representada por el Regimiento de Infantería de Buenos Aires ("El Fijo"), que se hallaba disminuido debido a que también algunas de sus compañías fueron enviadas por Cisneros al Alto Perú. La caballería estaba compuesta por el Regimiento de Dragones de Buenos Aires y el de Cuerpo de Blandengues de la Frontera. La artillería sólo contaba con algunas compañías del Real Cuerpo de Artillería distribuidas por el virreinato.
Armada del Mar del Sur
En la segunda mitad del siglo XVIII, se dio una nueva organización a la armada en el virreinato del Perú, donde se creó una Capitanía de Puerto en el Callao, entidad que pasó a ejercer el control marítimo y naval del área. Al mismo tiempo, también se estableció la Academia Real de Náutica de Lima, en 1794, y el Departamento Marítimo del Callao, con capitanías de puerto subordinadas en Valparaíso, Concepción y Guayaquil.