Patagonia argentina
Está ubicada al sur del país, comprende la parte de la Patagonia que se encuentra dentro de los límites argentinos. Limita al norte con Nuevo Cuyo y Centro, al este con la provincia de Buenos Aires y el océano Atlántico, y al oeste con Chile (Cordillera de los Andes). Es la más extensa territorialmente, contando con 930 638 km². Sin embargo, representa la menor densidad de población de las regiones argentinas. En el censo oficial del año 2010, se contabilizó a 2 348 793 habitantes, que en relación a la extensión territorial equivale a la tasa poblacional más baja del país con 2,5 hab/km².
Prefectura apostólica de la Patagonia Meridional
El breve que creó la prefectura apostólica definió su territorio como incluyendo la Patagonia meridional, las islas Malvinas y las islas cercanas al estrecho de Magallanes. El "Orbis terrarum Catholicus" publicado por Oscar Werner en 1890 precisa que el límite sur del vicariato apostólico de la Patagonia Septentrional era el río Chubut. De acuerdo con esta última precisión, la prefectura apostólica comprendía la totalidad de la actual provincia argentina de Santa Cruz, la parte sur de la provincia del Chubut y el área americana de la provincia de Tierra del Fuego, que fueron parte de la Gobernación de la Patagonia hasta el 16 de octubre de 1884, cuando se crearon los territorios nacionales de Santa Cruz y Chubut. Comprendía además las islas Malvinas y el sector americano de la región de Magallanes en Chile, aunque no estaba precisado su límite.