Primeros años de Cleopatra
Aunque los egipcios eran el grupo étnico dominante en Egipto, grandes minorías de griegos, judíos, celtas y germánicos, sirios, nubios y otros habitaron Egipto durante su reinado y mucho antes. Los griegos y los judíos se concentraban principalmente en las ciudades multiculturales de Alejandría, la antigua colonia de Náucratis y Ptolemaida Hermia (cerca de Tebas, en el Alto Egipto). Los griegos, judíos y egipcios en estas ciudades estaban legalmente segregados, vivían en barrios diferentes y tenían prohibido casarse entre ellos. El sacerdocio egipcio nativo recibió una serie de privilegios y se hizo extremadamente rico bajo sus patrocinadores ptolemaicos, convirtiéndose a menudo en blanco de las revueltas de los egipcios nativos. Aunque había leyes contra el matrimonio mixto en las ciudades-estado griegas (polis) de Egipto, el matrimonio mixto estaba permitido en otras partes de Egipto; Cleopatra tenía un medio primo egipcio, Pasherienptah III, el Sumo sacerdote de Ptah en Menfis. Al principio de su reinado Cleopatra buscó el apoyo y la lealtad del sacerdocio egipcio, a pesar de los intentos de su hermano rival y antiguo cogobernante Ptolomeo XIII de socavar esta relación.
Cleopatra II de Egipto
Cleopatra se convirtió en regente de su hijo Ptolomeo VII tras la muerte de su esposo en 145 y al año siguiente contrajo matrimonio con su otro hermano, Ptolomeo VIII Evérgetes II "Fiscón". Este asesinó a su sobrino e hijastro y se autoproclamó rey. A pesar de ello, un año después (en 143 a.C.) Cleopatara II tuvo un hijo con Ptolomeo VIII, que recibió el nombre de Ptolomeo Menfita. Un año más tarde, en 142, y sin haberse divorciado de Cleopatra, Ptolomeo VIII se casó con la hija menor de Cleopatra II (Cleopatra III) y la vinculó al trono como corregente. Esto generó un gran malestar a Cleopatra II que cría a su hijo pequeño preparándolo para convertirlo en el nuevo faraón.