Conflicto armado interno de Colombia entre 1990 y 2002
Los atentados contra Estados Unidos perpetrados el 11 de septiembre de 2001 por la red Al Qaeda, opacaron la guerra contra las drogas y la activaron contra el terrorismo. Gracias a la presión del Presidente George W. Bush, el Congreso de su país autorizó en julio de 2002, la extensión de los recursos del Plan Colombia a la lucha contra los grupos armados ilegales como parte de “una campaña unificada contra el tráfico de narcóticos y las organizaciones designadas como terroristas” (FARC-EP, ELN, AUC). Además, la designación de las FARC-EP como el grupo terrorista más peligroso del hemisferio y la presunción estadounidense de sus vínculos con la ETA, el IRA y Al Qaeda, la Unión Europea incluye a las FARC-EP y a las AUC en su lista de organizaciones terroristas. El 14 de octubre del 2002, el ELN publica un comunicado donde señala su participación en una serie de enfrentamientos los municipios de San Antonio del Chamí, El Cañón y Santa Cecilia, en el departamento de Risaralda, además de anunciar que organizaciones como el Ejército Revolucionario Guevarista (ERG), el Frente Aurelio Rodríguez de las FARC-EP participan en los combates. En el comunicado no señalan las bajas de ambos lados, pero si anuncian un paro armado en la vía Pereira-Quibdó.
Narcoterrorismo
El narcotráfico sigue siendo una fuerza desestabilizadora dentro de Colombia. Aún se recuerda el escándalo político judicial llamado proceso 8.000. Los paramilitares de las AUC, desmovilizados en 2006, son una consecuencia de aquella época, siendo inicialmente parte del brazo armado del Cartel de Medellín, luego pasando a ser parte de Los Pepes y, posteriormente, enemigos directos de las guerrillas. Pese a estar desmovilizados los grupos paramilitares, existen las llamadas Bandas Criminales o BACRIM (llamados por el gobierno como Grupos Armados Organizados o GAO), que no son otra cosa que grupos de exparamilitares que se negaron a la desmovilización prefiriendo el lucro económico que deja el tráfico de drogas, junto a otras actividades ilícitas como la minería ilegal, la extorsión, el sicariato, entre otras. Aunque los orígenes de las BACRIM sean de grupos paramilitares, grupos como las disidencias del EPL y de las FARC (esta última, conformada por miembros que se negaron a aceptar los acuerdos de La Habana) entran en la categoría de Grupos Armados Organizados o GAO´s, ya que su objetivo es el lucro de las actividades relacionadas al narcotráfico. En el caso de las disidencias de las FARC se les agrega el término "residuales", al ser residuos de la otrora guerrilla.