Departamento del Litoral
Así estaban las cosas cuando la Guerra del Pacífico estalló.  Bolivia y Perú, vinculados por un tratado secreto de alianza defensiva desde 1873, un año antes del tratado de límites con Chile, fueron derrotados en aquel conflicto que se extendió hasta 1884, perdiendo Bolivia todo derecho o posesión sobre el litoral atacameño y perdiendo el Perú todo el Departamento de Tarapacá, aunque este no era parte del "casus belli".
Gregorio Pacheco
A Pacheco le correspondió dar rumbo a su nación a poco de ocurrida la derrota en la Guerra del Pacífico, en la que Bolivia perdió sus provincias litorales, arrebatados por Chile. En 1884 negoció un acuerdo de tregua con esta nación; el tratado de paz definitivo no se firmaría sino hasta 1904. En 1886 negoció un tratado de límites con el Perú.