Joaquín Mosquera
Tres de sus hermanos destacaron también en la vida social colombianaː Tomás Cipriano, fue un destacado militar y se convirtió en presidente del país en cuatro ocasiones, y en un elector importante de otros dos presidentes; Manuel José fue sacerdote católico y llegó a ser durante el gobierno de su hermano Tomás Cipriano; y su gemelo Manuel María, un destacado educador, quien llegó a ser Rector de la Universidad del Cauca.
Tomás Cipriano de Mosquera
Por otro lado, con Candelaria Cervantes, Mosquera fue padre del militar Tomás Mosquera Cervantes, quien murió peleando por su padre en la guerra civil de 1860 a 1862. Otra de las hijas de Mosquera falleció durante la revolución de 1860, Isabel Mosquera Luque, quien en la época era una niña.