Patagonia argentina
Está ubicada al sur del país, comprende la parte de la Patagonia que se encuentra dentro de los límites argentinos. Limita al norte con Nuevo Cuyo y Centro, al este con la provincia de Buenos Aires y el océano Atlántico, y al oeste con Chile (Cordillera de los Andes). Es la más extensa territorialmente, contando con 930 638 km². Sin embargo, representa la menor densidad de población de las regiones argentinas. En el censo oficial del año 2010, se contabilizó a 2 348 793 habitantes, que en relación a la extensión territorial equivale a la tasa poblacional más baja del país con 2,5 hab/km².
Patagonia chilena
La Patagonia chilena difiere radicalmente de su contraparte argentina, tanto en términos físicos como climáticos. En Chile predomina la cordillera andina (en su última sección continental), archipiélagos y lagos glaciares. Las llanuras litorales son estrechas (o incluso inexistentes) y la costa está recortada por profundos fiordos, aspectos que han limitado en buena medida la colonización y la conexión terrestre de la Patagonia chilena con el resto del país.  La zona denominada tradicionalmente como Zona Austral de Chile es una región de glaciación, la cual se encuentra cubierta por dos grandes masas de hielo, el Campo de hielos norte y el campo de hielos sur. Se caracteriza por la presencia de bosques perhúmedos de clima frío como el bosque templado y el más austral bosque magallánico, con menos especies.