Tomás Cipriano de Mosquera
Asimismo, se eligió a Mosquera para terminar el primer bienio de gobierno de los Estados Unidos de Colombia, hasta el 1° de abril de 1864. Mosquera fue ratificado en el cargo luego de la abolición de su antiguo cargo.En este tercer mandato, debió enfrentar una guerra con Ecuador, para lo cual comandó personalmente el ejército colombiano, logrando la victoria final en la Batalla de Cuaspud en diciembre de 1863. Esta victoria sobre el General Juan José Flores, también héroe de la independencia de la Nueva Granada, llevó al Congreso de la República a decretar una inédita ley de honores, mediante la cual lo nombraban 'Gran General de los Estados Unidos de Colombia'.
José María Obando
Después de obtener una victoria en La Ladera, derrotando al bolivariano Tomás Cipriano de Mosquera, Obando se retiró a Pasto, que quedó bajo el control suyo y el de su compañero López. También tomaron Popayán, la ciudad bastión de la familia Mosquera. Sin embargo la rebelión no llegó a representar problemas para la dictadura de Bolívar.