Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Mediterraneidad de Bolivia
Las relaciones entre Chile y Bolivia, en tanto, serían restablecidas por el Pacto de tregua de 1884, que fijó un régimen temporal a la espera de la celebración de un tratado definitivo de paz. La posesión a perpetuidad del territorio de Antofagasta fue una de las exigencias de Chile, mientras que Bolivia aceptaba y renunciaba sin presiones y a perpetuidad a poseer un puerto o territorio alguno en el Océano Pacífico, esto ratificado por los Congresos de ambos países y; teniendo en consideración las argumentaciones de Chile en las negociaciones ante Perú. De esta forma, se restablecía las fronteras coloniales originales entre las repúblicas del Perú y Chile, definidas de acuerdo al principio de Utis Possidetis de 1810. Los cuales quedarían modificados nuevamente por la anexión de la provincia de Tarapacá y formalizado por ambos países en el Tratado de 1929.