Emilio Mola
Tras la muerte de Sanjurjo en Portugal, Francisco Franco fue nombrado jefe del Ejército de África, la unidad militar con que contaban los sublevados que más posibilidades tenía de romper el "statu quo" al que se había llegado. A los pocos días del comienzo de la guerra, Mola, como antiguo "director" de la sublevación que había fracasado, quedó como jefe máximo de la zona norte sublevada y de todas las fuerzas militares. Las fuerzas sublevadas en la zona norte se agruparon en torno al mando supremo de Mola, que fue nombrado comandante en jefe del nuevo Ejército del Norte sublevado. Por su parte, Franco logró cruzar el estrecho de Gibraltar, llegando, en una rapidísima campaña, a las afueras de Madrid. El 1 de octubre, debido a su reciente popularidad y éxitos militares, fue promovido por sus compañeros de la Junta de Defensa Nacional al cargo de jefe del Estado y generalísimo de los Ejércitos de Operaciones. Definitivamente, la dirección militar y política de la sublevación se le había escapado de las manos a Mola.
Emilio Mola
La ruptura definitiva entre Mola y los carlistas se llevó a cabo el 9 de julio, después de un infructuoso intercambio de misivas entre el general y Manuel Fal Conde, líder de los carlistas. Este hecho conllevaría la cancelación del plan para la sublevación que se tenía previsto el día 12 de julio en Pamplona. Mola envía una nota a Fal Conde en la que le decía: «Recurrimos a ustedes porque contamos únicamente con hombres uniformados que no pueden llamarse soldados. De haberlos tenido, nos habríamos desenvuelto solos». Cuando la situación estaba en un punto de no retorno, el anterior líder de los carlistas, pero jefe del carlismo navarro, el conde de Rodezno, contactó con Mola y le recomendó negociar directamente con los requetés navarros, prescindiendo de la dirección nacional, los cuales estaban dispuestos a sublevarse ignorando las órdenes de Fal Conde, y así se lo hicieron saber el 12 de julio. El asesinato de Calvo Sotelo, por Luis Cuenca, guardaespaldas de Indalecio Prieto, el 13 de julio precipitó los acontecimientos y los carlistas aceptaron aplazar la discusión sobre el estatus del nuevo régimen, dejándolo en manos del general Sanjurjo.