Conflicto armado interno de Colombia entre 1990 y 2002
Los atentados contra Estados Unidos perpetrados el 11 de septiembre de 2001 por la red Al Qaeda, opacaron la guerra contra las drogas y la activaron contra el terrorismo. Gracias a la presión del Presidente George W. Bush, el Congreso de su país autorizó en julio de 2002, la extensión de los recursos del Plan Colombia a la lucha contra los grupos armados ilegales como parte de “una campaña unificada contra el tráfico de narcóticos y las organizaciones designadas como terroristas” (FARC-EP, ELN, AUC). Además, la designación de las FARC-EP como el grupo terrorista más peligroso del hemisferio y la presunción estadounidense de sus vínculos con la ETA, el IRA y Al Qaeda, la Unión Europea incluye a las FARC-EP y a las AUC en su lista de organizaciones terroristas. El 14 de octubre del 2002, el ELN publica un comunicado donde señala su participación en una serie de enfrentamientos los municipios de San Antonio del Chamí, El Cañón y Santa Cecilia, en el departamento de Risaralda, además de anunciar que organizaciones como el Ejército Revolucionario Guevarista (ERG), el Frente Aurelio Rodríguez de las FARC-EP participan en los combates. En el comunicado no señalan las bajas de ambos lados, pero si anuncian un paro armado en la vía Pereira-Quibdó.
Conflicto armado interno de Colombia en el siglo XXI
Para 2006 empieza la segunda fase del Plan Patriota: el Plan Consolidación que buscaba seguir debilitando a las FARC-EP, y atacar los cultivos ilícitos con el Plan Colombia. Liderada por Juan Manuel Santos nuevo Ministro de defensa en julio de 2006, y los generales Freddy Padilla (comandante de las FF.MM.), Mario Montoya (Ejército Nacional), Jorge Ballesteros (Fuerza Aérea), Guillermo Barrera (Armada Nacional) y Óscar Naranjo (Policía Nacional). En 2008 las Fuerzas Militares disponen de 428.000 hombres en armas: 282.000 Ejército Nacional, la Fuerza Aérea y la Armada, y 145.871 en la Policía Nacional. Las FARC-EP se enfocan en una reestructuración a partir de la novena conferencia 2007 y un repliegue estratégico, buscando un cambio de estrategia frente a la Fuerza Pública, además buscan realizar el acuerdo humanitario y fortalecer el Movimiento Bolivariano. Debilitadas las FARC-EP en Cundinamarca, Boyacá, Santander, gran parte de la Costa Caribe, el Eje Cafetero, el Oriente de Antioquia, Casanare; amenazadas en Meta, Guaviare, Caquetá y Putumayo; las zonas menos afectadas son Norte de Santander, sur de Bolívar, Arauca, Bajo Cauca Antioqueño, norte del Cauca, Nariño, Vichada y Guainía. El 19 de octubre las FARC-EP realizaron un atentado a la Escuela Superior de Guerra en Bogotá:23 heridos. El 1 de noviembre de 2006: las FARC-EP realizan la toma de Tierradentro, en Montelíbano (Córdoba):20 muertos.El 30 de noviembre ataque de las FARC-EP al Ejército Nacional entre Villa Caro y Ábrego (Norte de Santander):17 muertos. El 23 de diciembre en la inspección La Julia de La Uribe (Meta),combates entre FARC-EP y Ejército Nacional:54 muertos. El 31 de diciembre de 2006, en la Operación Linaje contra Martín Caballero de las FARC-EP en los Montes de María:6 muertos y fuga del exministro Fernando Araújo secuestrado por las FARC-EP.