Tomás Cipriano de Mosquera
Asimismo, se eligió a Mosquera para terminar el primer bienio de gobierno de los Estados Unidos de Colombia, hasta el 1° de abril de 1864. Mosquera fue ratificado en el cargo luego de la abolición de su antiguo cargo.En este tercer mandato, debió enfrentar una guerra con Ecuador, para lo cual comandó personalmente el ejército colombiano, logrando la victoria final en la Batalla de Cuaspud en diciembre de 1863. Esta victoria sobre el General Juan José Flores, también héroe de la independencia de la Nueva Granada, llevó al Congreso de la República a decretar una inédita ley de honores, mediante la cual lo nombraban 'Gran General de los Estados Unidos de Colombia'.
Tomás Cipriano de Mosquera
Decretó la expulsión de la Compañía de Jesús jesuitas del territorio nacional. Emitió una serie de decretos que tenían por objetivo controlar el poder de la Iglesia católica, entre los que sobresalen el de Desamortización de Bienes de Manos Muertas, consultado con su Secretario de Hacienda, el futuro Presidente Rafael Núñez (decreto del 9 de septiembre de 1861, firmado por el Secretario de Gobierno, Andrés Cerón). Pero esta iniciativa tenía también fines económicos: mediante el mencionado decreto se expropiaron las tierras que poseía la Iglesia, para luego ser rematadas en pública.