Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Guerra del Pacífico
Con respecto a Bolivia, con la anexión chilena de su litoral, perdió su única salida soberana al océano Pacífico, quedando relegada a una condición de Estado sin litoral, y perdiendo igualmente los recursos naturales del lugar. Las negociaciones para la firma de un tratado de paz se prolongaron hasta 1904. Paralelamente a la cuestión del litoral, estaba el asunto de la Puna de Atacama de 75000km². Al finalizar la guerra, Chile consideraba suya esa zona según el Pacto de Tregua. El Litigio de la Puna de Atacama fue una disputa de límites entre Chile, Bolivia y Argentina, la cual se resolvió en 1899 mediante un arbitraje estadounidense que resolvió que una parte menor de la Puna de Atacama quedaba para Chile y el resto para Argentina.