Phineas Flynn
Phineas es el hijo de Linda Flynn, hermano menor de Candace Flynn, medio hermano de Ferb Fletcher y el hijastro de Lawrence Fletcher. Su mejor amiga es Isabella García-Shapiro y sus amigos son y . Su relación con Candace es bastante compleja, ya que a ella no le agradan los planes de sus hermanos porque los considera peligrosos e irresponsables; pero él demuestra que la quiere, en especial en el episodio "Candace pierde la cabeza" cuando está preocupado por darle el mejor obsequio de cumpleaños de todos y en "Phineas's brithday clip-o-rama" donde le dice que es la mejor hermana del mundo.
Phineas y Ferb
Los personajes principales de la serie provienen de una familia mezclada, una premisa que los creadores consideran poco utilizada en programas infantiles y que refleja la propia crianza de Marsh, quien considera que explicar como se formó esta familia «no es importante para la vida de los niños. Son una gran familia mezclada y eso es todo lo que necesitamos saber». La elección de un ornitorrinco como mascota de los chicos se inspiró de manera similar, por su poca utilización en los medios, así como para aprovechar su interesante aspecto, el que les da también la libertad para «inventar cosas» ya que «no se sabe mucho de ellos». Los mejores personajes decididos por los fanáticos son Phineas Flynn y el Dr. Heinz Doofenshmirtz.