Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Fronteras de Chile
En 1878 Argentina inició la Conquista del Desierto sobre la Patagonia oriental y acordó con Chile en el Tratado Fierro-Sarratea formar una comisión que debía determinar la frontera. Al comienzo de la Guerra del Pacífico en 1879, convinieron la paz: no de Bolivia y Perú, así como aplicar el principio bioceánico en el tema limítrofe. Con el Tratado de 1881, fijaron sus límites en las más altas cumbres divisorias de aguas en la cordillera de los Andes hasta el paralelo 52º. En la Patagonia, Chile se quedó con el sector occidental a la cordillera hasta el océano Pacífico, y Argentina con el sector oriental hasta el océano Atlántico.