Departamento del Litoral
Así estaban las cosas cuando la Guerra del Pacífico estalló.  Bolivia y Perú, vinculados por un tratado secreto de alianza defensiva desde 1873, un año antes del tratado de límites con Chile, fueron derrotados en aquel conflicto que se extendió hasta 1884, perdiendo Bolivia todo derecho o posesión sobre el litoral atacameño y perdiendo el Perú todo el Departamento de Tarapacá, aunque este no era parte del "casus belli".
Guerra del Pacífico
Para Perú la guerra, además de la pérdida de territorio de la provincia litoral de Tarapacá y de la provincia de Arica , también perdió sus valiosos recursos naturales, significó la destrucción de parte de su infraestructura , un descenso de la producción y el comercio, y la ruina de su economía en muchos aspectos como la depreciación del billete fiscal y la desaparición de la moneda metálica. El período posterior es conocido como la Reconstrucción Nacional durante el cual se realizaron trabajos de recuperación, pero también cambios políticos y sociales. También el país debió pasar por grandes divisiones sociales producto de la guerra, por un lado estaban los campesinos indígenas de la Sierra, y por el otro, los terratenientes. Las autoridades peruanas de turno debieron someter a esos campesinos para evitar una rebelión generalizada. Posteriormente, Perú debió saldar con Chile los asuntos pendientes del Tratado de Ancón, entre ellos, la suerte de Tacna y Arica con el plebiscito previsto, que por variadas razones no pudo llevarse a la práctica provocando tensiones entre ambos países. Finalmente, solo en 1929 se logró la firma del Tratado de Lima que resolvió los asuntos pendientes.