Holocausto
A partir del 21 de febrero de 1939, los judíos de Alemania se vieron obligados a entregar a las autoridades todo el oro y la plata que tuviesen en posesión. El 15 de marzo de 1939 Alemania inició la ocupación de Checoslovaquia; las SS hubieron de ocuparse de unos 120 000 judíos. En menos de seis meses, más de 30 000 emigraron y 19 000 dejaron Europa, tras haber sido hacinados en Praga. Al final, del total restante solo sobrevivirían 10 000.
Holocausto en Eslovaquia
El gobierno checoslovaco apoyó el sionismo, insistiendo en que los judíos se asimilaran a la cultura checoslovaca o emigraran a Palestina. Los judíos que habían declarado la nacionalidad alemana o húngara en un censo anterior a la guerra fueron despojados de su ciudadanía, perdiendo cualquier derecho de restitución, y fueron amenazados con la deportación. La mayoría de los judíos de Eslovaquia emigraron a Israel o a otros países en los años posteriores a la guerra. La emigración se aceleró en 1948 tras el golpe comunista y la nacionalización de muchas empresas después de la guerra. El número de comunidades judías disminuyó desde el máximo de la posguerra de 126 a 25, mientras que la población se redujo en un 80%. A finales de 1949 solo quedaban unos pocos miles de judíos. Muchos de los que decidieron quedarse cambiaron sus apellidos y abandonaron la práctica religiosa para encajar en la clase media eslovaca. En 2019, la población judía se estimaba entre 2.000 y 3.000 personas.