Tomás Cipriano de Mosquera
La lucha por la independencia de Colombia continuó, y Mosquera fue nombrado capitán de la primera compañía del Batallón de reserva y después comandante de la guardia cívica de Popayán. Luego de varios años de guerra, Simón Bolívar -quien solicitó apoyo financiero del padre de Mosquera- triunfó y los españoles fueron expulsados paulatinamente del país. Bolívar se convirtió en presidente y se conformó la Gran Colombia.
Tomás Cipriano de Mosquera
Por su parte, con su segunda esposa, su joven prima María Ignacia Arboleda, Tomás Cipriano de Mosquera tuvo a su tercero hijo varón José Bolívar Carlo Dorico Mosquera Arboleda, quien nació junio de 1878, 4 meses antes del fallecimiento de su padre, que murió con 80 años en octubre. José Bolívar se casó con su prima Josefina Caicedo Arroyo.