Manuel Marulanda Vélez
Al igual que los demás bandos en el Conflicto armado interno en Colombia, las FARC-EP que Marulanda dirigía cometieron abusos contra otros combatientes y contra la población civil a lo largo de la guerra. Organizaciones no gubernamentales calculan que su responsabilidad correspondería a alrededor del 20 por ciento (de 15 a 25 según los diferentes momentos) de los asesinatos políticos anuales en el conflicto. A las FARC-EP también se las considera responsables de un alto número de detenciones de guerra, de reclutamientos de menores, de la colocación de minas antipersonales y de actos de terrorismo. Las FARC-EP están en la lista de organizaciones consideradas como terroristas por el Departamento de Estado de los Estados Unidos y en su equivalente dentro de la Unión Europea. Las Naciones Unidas han condenado varias de sus acciones como crímenes de guerra.
Gobierno de Álvaro Uribe
Como parte de la seguridad democrática, durante el mandato de Uribe se buscó negociar con grupos ilegales como las FARC-EP, el ELN y las AUC. Los diálogos con las FARC-EP y el ELN no tuvieron mayor consecuencia en el campo político pero se vio un incremento en la deserción de aquellos grupos al margen de la ley en parte debido a la política de desmovilización. Con las AUC se desarrolló una negociación con los cabecillas de dichas organizaciones lo que conllevó al proceso de desmovilización de paramilitares en Colombia que fue cuestionado por varios críticos que temían que las condiciones no fueran las suficientes para impedir que existiera un grado de impunidad en torno a materias como los crímenes de lesa humanidad o el narcotráfico, así como la reparación a las víctimas.