Joaquín Mosquera
Tres de sus hermanos destacaron también en la vida social colombianaː Tomás Cipriano, fue un destacado militar y se convirtió en presidente del país en cuatro ocasiones, y en un elector importante de otros dos presidentes; Manuel José fue sacerdote católico y llegó a ser durante el gobierno de su hermano Tomás Cipriano; y su gemelo Manuel María, un destacado educador, quien llegó a ser Rector de la Universidad del Cauca.
Guerra de las soberanías
Ante la situación narrada en el párrafo anterior desde 1859 el presidente Mariano Ospina Rodríguez trató de obtener más posibilidades e poder e intervención sobre estados a través de reformas a la constitución, con una serie de leyes relacionadas con las potestades del Ejecutivo, el Ejército y el sistema electoral, sin embargo esto generó malestar en la mayoría de los Estados soberanos, uno de los detonantes que influyó en el conflicto fue el decreto que pretendía la división del Estado Federal del Cauca, el mayor y más rico del país, a favor del poder central, el general Tomás Cipriano de Mosquera buscó la separación del Cauca y Panamá, además de revueltas en las regiones de Santander, Boyacá, Bolívar y Magdalena en 1859, que reclamaban su soberanía, Valiéndose de amigos y parientes en Popayán, Mosquera logró la reconciliación con Obando. Otros estados se fueron uniendo a Mosquera y la confrontación terminó siendo de estados que exigían una soberanía propia y separación del gobierno en Bogotá.