Manuel Marulanda Vélez
Al igual que los demás bandos en el Conflicto armado interno en Colombia, las FARC-EP que Marulanda dirigía cometieron abusos contra otros combatientes y contra la población civil a lo largo de la guerra. Organizaciones no gubernamentales calculan que su responsabilidad correspondería a alrededor del 20 por ciento (de 15 a 25 según los diferentes momentos) de los asesinatos políticos anuales en el conflicto. A las FARC-EP también se las considera responsables de un alto número de detenciones de guerra, de reclutamientos de menores, de la colocación de minas antipersonales y de actos de terrorismo. Las FARC-EP están en la lista de organizaciones consideradas como terroristas por el Departamento de Estado de los Estados Unidos y en su equivalente dentro de la Unión Europea. Las Naciones Unidas han condenado varias de sus acciones como crímenes de guerra.
Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia
El 29 de noviembre, el Ejército Nacional incautó a milicianos urbanos de las FARC-EP en Bogotá unas grabaciones en vídeo donde se muestran con vida y en precarias condiciones a varios rehenes, entre ellos la excandidata presidencial. Según Córdoba, esta era la prueba de que la gestión de Chávez y de ella iban por buen camino. La interrupción de la gestión de Chávez causó un incidente diplomático entre los dos países. Tanto 'Iván Márquez', representante las FARC-EP, como Uribe expresaron su confianza en la mediación de Sarkozy para que el proceso de canje de rehenes siguiera adelante. Las FARC-EP realizan una liberación de secuestrados unilateral el 30 de enero de 2009. Más adelante, en abril las FARC-EP anunciaron la liberación del cabo del Ejército Pablo Emilio Moncayo y la entrega a Emperatriz de Guevara de los restos de su hijo, el secuestrado fallecido en cautiverio mayor Julián Ernesto Guevara. El 18 de junio de 2007, las FARC-EP asesinaron a 11 diputados secuestrados en 2002. Marcha internacional en contra de las FARC-EP