Departamento del Litoral
Así estaban las cosas cuando la Guerra del Pacífico estalló.  Bolivia y Perú, vinculados por un tratado secreto de alianza defensiva desde 1873, un año antes del tratado de límites con Chile, fueron derrotados en aquel conflicto que se extendió hasta 1884, perdiendo Bolivia todo derecho o posesión sobre el litoral atacameño y perdiendo el Perú todo el Departamento de Tarapacá, aunque este no era parte del "casus belli".
Armada de Chile
En 1865, Chile se unió al Perú en el conflicto con España, declarándole la guerra (Guerra Hispano-Sudamericana), para lo cual una vez más tuvo que formar una Escuadra. En esta guerra marítima, pese a la captura de la goleta Covadonga, Valparaíso fue bombardeado por la Escuadra española el 31 de marzo de 1866. Chile en esta ocasión aprendió la lección de la importancia de contar con naves de guerra en forma permanente obteniendo la entrega de dos corbetas retenidas en Inglaterra y ordenando la construcción de dos blindados que tendrían en el futuro gran importancia. En 1879 Chile declaró la guerra al Perú y Bolivia en la que se denominó Guerra del Pacífico. En los inicios de esta confrontación, se efectuó el Combate Naval de Chipana y posteriormente, el 21 de mayo de 1879 se desarrolló el combate naval de Iquique, en el cual el Capitán de Fragata Arturo Prat Chacón al mando de la corbeta Esmeralda murió peleando contra el monitor Húascar hasta el hundimiento de su nave: El momento clave de la guerra que marcaría su desarrollo y posterior desenlace.