Cosmogonía
Las teorías científicas proporcionan actualmente al imaginario popular los elementos para la descripción del origen del universo y lo que hay en él; orígenes que anteriormente eran explicados solo a través de la cosmogonía presente en las diferentes religiones. Así, actualmente las ciencias describen la evolución del universo, particularmente a través de la teoría del Big Bang; y el origen y la evolución de la vida, a través de la teoría de la síntesis evolutiva moderna.
Teoría simbiogenética
En la formulación de la teoría simbiogénetica, Margulis consideró además que, al igual que las eucariotas surgieron como consecuencia de la interacción simbiogenetica de varias procariotas (bacterias), muchas de las características de los organismos y su especiación serían también el resultado de parecidas interacciones simbigenéticas en las cuales se produjo una transferencia genética horizontal; defendiendo que la simbiogénesis sería la principal fuente de novedad biológica. Esta teoría contradice abiertamente la actual teoría de la síntesis evolutiva moderna, actualmente aceptada como válida por la comunidad científica para explicar la evolución de la vida. Margulis objetó que la novedad biológica se debiera principalmente a errores (mutaciones aleatorias) en la replicación de ADN: