Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Economía en la guerra del Pacífico
El 15 de abril de 1879, apenas iniciada la guerra, los aliados celebraron un acuerdo por el cual el Perú contribuiría a la guerra con 8.000 hombres más su Marina y Bolivia con 12.000 hombres y además rembolsaría al Perú los gastos causados por esta a través de la retención del 50% de la recaudación aduanera de Bolivia en Arica y Mollendo y de todos los ingresos por exportaciones de salitre, gastos que serían pagados por Chile tras su derrota como reparaciones de guerra. Los intentos chilenos de apartar Bolivia de su alianza con el Perú, hechos públicos por Daza, lograron que el 15 de junio los aliados acordaran, en un nuevo tratado, compartir los costos por partes iguales.