Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Guerra del Pacífico
Al año siguiente se firmó el Pacto de Tregua entre Bolivia y Chile de 1884, que puso fin al estado de guerra entre ambos países. Por su omisión en el tratado, Bolivia aceptó la anexión chilena de la franja 23°S-24°S. Bolivia aceptó la ocupación militar chilena de la zona entre el río Loa y el paralelo 23°S, pero su soberanía quedó en disputa y fue resuelta a favor de Chile en el Tratado de 1904 entre Chile y Bolivia. Mediante el Tratado de Lima de 1929, Tacna fue devuelta a Perú y Arica fue cedida a Chile.