Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Tratado de 1904 entre Chile y Bolivia
El 14 de febrero de 1879 estallaría la Guerra del Pacífico tras el desembarco chileno en Antofagasta. El ejército chileno ocupó rápidamente gran parte del departamento del Litoral y, luego de una serie de derrotas, el ejército de Bolivia se retiró de la contienda el 26 de mayo de 1880 luego de la batalla del Alto de la Alianza, lo que dejó únicamente a su aliado Perú combatiendo a Chile. Sin embargo, solo el 20 de abril de 1884 se firmaría una tregua entre Chile y Bolivia, que suspendería el estado de guerra y reiniciaría relaciones diplomáticas. El pacto estipulaba además la aceptación de la administración por Chile de los territorios ocupados durante la guerra, mientras se negociaba un tratado definitivo.