Tomás Cipriano de Mosquera
Asimismo, se eligió a Mosquera para terminar el primer bienio de gobierno de los Estados Unidos de Colombia, hasta el 1° de abril de 1864. Mosquera fue ratificado en el cargo luego de la abolición de su antiguo cargo.En este tercer mandato, debió enfrentar una guerra con Ecuador, para lo cual comandó personalmente el ejército colombiano, logrando la victoria final en la Batalla de Cuaspud en diciembre de 1863. Esta victoria sobre el General Juan José Flores, también héroe de la independencia de la Nueva Granada, llevó al Congreso de la República a decretar una inédita ley de honores, mediante la cual lo nombraban 'Gran General de los Estados Unidos de Colombia'.
Conflicto limítrofe entre el Perú y el Ecuador
Al mismo tiempo en que enviaba a los comisionados colombianos a la frontera, Bolívar designó como ministro en Lima a Tomás Cipriano de Mosquera, a quien, el 1 de noviembre de 1829, dio instrucciones ""sobre dudas que pueden ocurrir respecto de la Provincia de Maynas. Yo insisto terminantemente en que debemos tomar el río Marañón por límites de esas tierras, porque la , si es que ha existido, no ha llegado a tener cumplimiento como estoy muy bien informado sobre este punto. Además, la naturaleza nos ha dividido, por el río Marañón en esos desiertos, y es el único modo de evitar guerras y querellas.""