Manuel Marulanda Vélez
Al igual que los demás bandos en el Conflicto armado interno en Colombia, las FARC-EP que Marulanda dirigía cometieron abusos contra otros combatientes y contra la población civil a lo largo de la guerra. Organizaciones no gubernamentales calculan que su responsabilidad correspondería a alrededor del 20 por ciento (de 15 a 25 según los diferentes momentos) de los asesinatos políticos anuales en el conflicto. A las FARC-EP también se las considera responsables de un alto número de detenciones de guerra, de reclutamientos de menores, de la colocación de minas antipersonales y de actos de terrorismo. Las FARC-EP están en la lista de organizaciones consideradas como terroristas por el Departamento de Estado de los Estados Unidos y en su equivalente dentro de la Unión Europea. Las Naciones Unidas han condenado varias de sus acciones como crímenes de guerra.
Operación Emmanuel
El 28 de junio de 2001 el comandante de las FARC-EP alias Mono Jojoy, anunció que dicha organización comenzaría a secuestrar a algunos dirigentes políticos y numerosos miembros de la fuerza pública para presionar la liberación de sus compañeros capturados por miembros de las fuerzas armadas de Colombia. Para ese entonces las FARC-EP ya practicaban el secuestro extorsivo. A los dos meses del anuncio, las FARC-EP secuestraron al gobernador Alan Jara y a los congresistas Luis Eladio Pérez y Orlando Beltrán y el 10 de septiembre a la representante a la cámara Consuelo González de Perdomo quien se dirigía a la ciudad de Neiva a tomar un avión hacia Bogotá y fue retenida por la columna móvil Teófilo Forero de las FARC-EP.