Cleopatra
El hecho de ser mujer quizás la ha llevado a ser una figura menor, si no insignificante, en la historiografía antigua, medieval e incluso moderna sobre el antiguo Egipto y el mundo grecorromano. Por ejemplo, el historiador Ronald Syme afirmó que ella no tenía mucha importancia para César y que la propaganda de Octavio incrementó su importancia en un grado excesivo. Aunque la opinión generalizada de Cleopatra era la de una promiscua seductora, solo tuvo dos parejas sexuales conocidas, César y Antonio, los dos romanos más prominentes de la época, quienes tenían más probabilidades de asegurar la continuidad de su dinastía. Plutarco la describió más como poseedora de una fuerte personalidad y un ingenio encantador que por su belleza física.
Cleopatra
En el verano de 49 a. C., Cleopatra y sus tropas seguían luchando contra Ptolomeo XIII en Alejandría, cuando llegó Cneo Pompeyo, hijo de Pompeyo, en busca de ayuda militar para su padre. Después de regresar a Italia de las guerras en la Galia y cruzar el Rubicón en enero de 49 a. C., César había obligado a Pompeyo y sus seguidores a huir a Grecia. En lo que quizás fue su último decreto conjunto, tanto Cleopatra como Ptolomeo XIII aceptaron la petición de Cneo Pompeyo y enviaron a su padre 60 barcos y 500 tropas, incluidos los "Gabiniani", una acción que ayudó a borrar parte de la deuda con Roma. Al estar perdiendo la lucha contra su hermano, Cleopatra se vio obligada a huir de Alejandría y retirarse a la región de Tebas. En la primavera de 48 a. C. viajó a la Siria romana con su hermana pequeña, Arsínoe IV, para reunir una fuerza de invasión para dirigirse a Egipto. Regresó con un ejército, pero su avance hacia Alejandría fue bloqueado por las fuerzas de su hermano, incluidos algunos "Gabiniani" movilizados para luchar contra ella, por lo que acampó a las afueras de Pelusio, en el delta oriental del Nilo. En Grecia, las fuerzas de César y Pompeyo se enfrentaron en la decisiva batalla de Farsalia el 9 de agosto de 48 a. C., lo que provocó la destrucción de la mayor parte del ejército de Pompeyo y su huida forzada a Tiro. Dada su estrecha relación con los ptolomeos, Pompeyo finalmente decidió refugiarse en Egipto, donde podría reponer sus fuerzas. Sin embargo los consejeros de Ptolomeo XIII temían la posibilidad de que Pompeyo usara a Egipto como base en una prolongada guerra civil romana. En una conspiración ideada por Teodoto, consejero de Ptolomeo, Pompeyo llegó en barco cerca de Pelusio tras ser invitado mediante un mensaje escrito, solo para ser emboscado y apuñalado hasta matarlo el 28 de septiembre de 48 a. C. Ptolomeo XIII creyó que así había demostrado su poder y al mismo tiempo reducir la tensión haciendo que la cabeza de Pompeyo, cortada y embalsamada, se enviara a César, quien llegó a Alejandría a principios de octubre y se estableció en el palacio real. César mostró pena e indignación por el asesinato de Pompeyo y pidió a Ptolomeo XIII y a Cleopatra que disolvieran sus fuerzas y se reconciliaran.