Respiración anaerobia
No hay que confundir la respiración anaeróbica con la fermentación, en la que no existe en absoluto cadena de transporte de electrones, y el aceptor final de electrones es una molécula orgánica; estos dos tipos de metabolismo tienen solo en común el no ser dependientes del oxígeno.
Aparato respiratorio
Los reptiles presentan respiración pulmonar. La piel es gruesa y dura por lo que salvo excepciones no tienen respiración cutánea como en los anfibios. Los reptiles de vida acuática deben salir periódicamente a la superficie para captar el oxígeno atmosférico. Algunas tortugas marinas han desarrollado una sorprendente adaptación a la vida acuática, de tal forma que son capaces de permanecer activas durante 30 minutos bajo el agua sin salir a la superficie para respirar. Se cree que ello es posible gracias a varias adaptaciones fisiológicas, entre ellas el bajo ritmo cardiaco y la capacidad del cerebro para funcionar con concentraciones de oxígeno reducidas.