Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Gabriel René Moreno
Al estallar la Guerra del Pacífico entre Bolivia y Chile, la situación instó a Moreno a regresar a su patria. Sin embargo, antes de su partida, el gobierno chileno le propuso servir como intermediario para encontrar una solución al conflicto consistente en cambiar la alianza con Perú y sustituirla por una alianza con Chile. Moreno aceptó llevar la carta con la propuesta chilena al presidente Hilarión Daza. La propuesta, considerada inaceptable para Bolivia, fue rotundamente rechazada por Daza, y seguidamente Moreno fue acusado de alta traición por haber colaborado en ella. A la postre, la justicia boliviana no halló pruebas para condenarle pero sufrió duras críticas por su fallida mediación.