Tomás Cipriano de Mosquera
La lucha por la independencia de Colombia continuó, y Mosquera fue nombrado capitán de la primera compañía del Batallón de reserva y después comandante de la guardia cívica de Popayán. Luego de varios años de guerra, Simón Bolívar -quien solicitó apoyo financiero del padre de Mosquera- triunfó y los españoles fueron expulsados paulatinamente del país. Bolívar se convirtió en presidente y se conformó la Gran Colombia.
Tomás Cipriano de Mosquera
Tras un juicio en el Senado, que le era adverso, Mosquera fue desterrado por tres años, durante los cuales vivió en Lima. En esta ciudad publicó el estudio llamado "Cosmogonía" (Tomás Cipriano de Mosquera, Imprenta del Estado, 1868), sobre los diversos sistemas de la creación del universo, que en su texto original recogía algunas de las por entonces recientes tesis del naturalista inglés Charles Darwin, polémicas para los preceptos cristianos de la época.