Manuel Marulanda Vélez
Al igual que los demás bandos en el Conflicto armado interno en Colombia, las FARC-EP que Marulanda dirigía cometieron abusos contra otros combatientes y contra la población civil a lo largo de la guerra. Organizaciones no gubernamentales calculan que su responsabilidad correspondería a alrededor del 20 por ciento (de 15 a 25 según los diferentes momentos) de los asesinatos políticos anuales en el conflicto. A las FARC-EP también se las considera responsables de un alto número de detenciones de guerra, de reclutamientos de menores, de la colocación de minas antipersonales y de actos de terrorismo. Las FARC-EP están en la lista de organizaciones consideradas como terroristas por el Departamento de Estado de los Estados Unidos y en su equivalente dentro de la Unión Europea. Las Naciones Unidas han condenado varias de sus acciones como crímenes de guerra.
Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia
Álvaro Uribe, inicia la implementación del "Plan Patriota", que implicó la intensificación del combate contra las FARC-EP, sosteniendo la tesis de que en Colombia no existe un conflicto armado sino una amenaza terrorista. Por su parte, las FARC-EP decidieron promover un regreso a la estrategia de guerra de guerrillas, para conservar su estructura, y evitar sufrir deserciones y operativos militares. Hacia 2002, el gobierno estimaba el número de guerrilleros de las FARC-EP en alrededor de 18 000 y, en 2005, entre 12 000 y 13 000. En 2008, el ejército estimaba que tendrían 8000 guerrilleros en sus filas. Las FARC-EP no solían mencionar cifras específicas, pero estiman que tendrían más de 20 000 hombres. Otras fuentes mencionan diferentes cifras. Se presentaron casos de falsos positivos (civiles asesinados y presentados como guerrilleros abatidos en combate). Las FARC-EP atentaron contra el Club El Nogal el 7 de febrero de 2003. y realizaron también el atentado con casa-bomba en Neiva el 14 de febrero de 2003. El 5 de mayo de 2003, asesinaron al gobernador de Antioquia, Guillermo Gaviria y a Gilberto Echeverri, secuestrados un año antes. También se registraron los atentados de la Zona Rosa de Bogotá y del Palacio de Justicia de Cali en 2008 entre otras acciones.