Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Era del Guano
Es en estas circunstancias cuando surgió el diferendo territorial entre Chile y Bolivia. Obligado a ayudar a este último por un tratado secreto, Perú entró en guerra el . La Guerra del Pacífico, que terminó con la ocupación de Lima entre 1881 y 1883, y la pérdida territorial de las provincia de Tarapacá y Antofagasta o el Litoral en favor de Chile, generó profundas heridas en el Perú, ya que estos sitios eran muy ricos en guano y salitre. Luego de un período de inestabilidad política posterior a la derrota (gobiernos de Miguel Iglesias y Andrés Avelino Cáceres tres veces), llegó el gobierno de Nicolás de Piérola en 1895 del Partido Demócrata.