Nanotecnología de ADN
El diseño de ácidos nucléicos tiene objetivos similares a los del diseño de proteínas. En ambos, la secuencia de monómeros es diseñada para favorecer las estructuras objetivo y para desfavorecer otras estructuras que puedan llegar a formarse. El diseño de ácidos nucleicos tiene la ventaja de ser mucho más fácil a nivel computacional que el del diseño de proteínas, ya que la regla de apareamiento entre las bases es mucho más sencilla y no requiere información completa sobre la estructura para poder llevarse a cabo un diseño. Esto permite el uso de simples métodos heurísticos que generan buenos borradores de diseños. Sin embargo, las estructuras de ácidos nucleicos son menos versátiles que las de las proteínas ya que estas últimas poseen una mayor habilidad para plegarse de acuerdo a la polaridad y carga de los 20 posibles aminoácidos, mientras que los ácidos nucleicos tienen una diversidad limitada a solo 4 posibles formas de nucleótidos.
Notación de los ácidos nucleicos
Según el sistema de la IUPAC, las nucleobases se representan con las primeras letras de sus nombres químicos: guanina, citosina, adenina y timina. Esta taquigrafía también incluye once caracteres de "ambigüedad" asociados a cada posible combinación de las cuatro bases del ADN. Los caracteres de ambigüedad se diseñaron para codificar las variaciones posicionales con el fin de informar sobre los errores de secuenciación del ADN, las secuencias de consenso o los polimorfismos de un solo nucleótido. La notación de la IUPAC, incluidos los caracteres de ambigüedad y los mnemónicos sugeridos, se muestra en la Tabla 1.