Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
República Conservadora (Chile)
Al iniciar su segundo mandato, por una recomendación de Portales, Chile supuestamente amenazado por los movimientos en las naciones al norte del país, le declara la Guerra a la Confederación Perú-Boliviana. Esta guerra, aparte de empañar la segunda administración de Prieto, fue la causa original de la rivalidad de Chile con Perú y Bolivia que desembocó en la sangrienta Guerra del Pacífico décadas más tarde y una rivalidad que se mantiene hasta la actualidad.