Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Relaciones exteriores de Chile
Chile y Perú tuvieron excelentes relaciones en el momento de la independencia, y el general Bernardo O'Higgins participó activamente en la liberación del Perú. Chile fue un firme aliado de Perú contra España durante la guerra de 1864-1866 sobre las islas Chincha, y el puerto chileno de Valparaíso fue bombardeado por parte de España, incluso durante el conflicto. Sin embargo, en 1873 el Perú firmó un pacto secreto de defensa con Bolivia en el cual se comprometía a ayudar a esa nación en caso de ataque exterior. El momento llegó en 1879, cuando la Guerra del Pacífico comenzó. Perú se negó a ser neutral y Chile declaró la guerra a Perú y Bolivia. Chile consiguió una victoria decisiva, e incluso llegó a Lima y procedieron a ocupar el Perú por unos años.