Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Mejillones
En 1874, dicho tratado es reemplazado por otro que elimina el concepto de medianería, con la sola excepción de que Bolivia se compromete a no modificar los gravámenes a productos de compañías chilenas por 25 años. Tras cambio de régimen, en 1878 Bolivia establece un impuesto de 10 centavos al quintal de salitre, lo que a juicio de Chile quebranta el Tratado y hace exigible su retorno a las antiguas fronteras, en el paralelo 23. El 14 de febrero de 1879 Chile se toma Antofagasta, iniciándose la Guerra del Pacífico. Esta invasión gatilla un tratado de defensa recíproca suscrito secretamente entre Perú y Bolivia, por lo cual este país también ingresa a la Guerra.