Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Economía en la guerra del Pacífico
La falta de un puerto cercano a sus centros poblados obligó a Bolivia a depender del puerto peruano de Arica, lo que era utilizado por Perú para cobrar aranceles leoninos a las importaciones bolivianas, país que a su vez alzaba los aranceles a productos importador por Arica para impulsar al alicaído puerto de Cobija, en aquel entonces boliviano. Tras décadas de amenazas, tratados fallidos y ocupaciones, el 26 de octubre de 1878, se acordó el Tratado de Comercio y Aduana entre Perú y Bolivia que liberaba el comercio entre ambos países. El 7 de junio de 1881, con Lima ocupada por tropas chilenas, Perú y Bolivia celebraron el Tratado de Comercio y Aduanas que estableció franquicias especiales para cada una de las partes, esto después de que Chile había autorizado a petición de Bolivia el tránsito de mercaderías a Bolivia y el gobierno peruano de la sierra había protestado por la colaboración chileno-boliviana.