Patagonia chilena
Según la división política del país, comprende la provincia de Palena y las regiones de Aysén y de Magallanes (sin el Territorio Chileno Antártico). Actualmente se prefiere diferenciar del territorio situado más al norte del golfo del Corcovado (región de los Lagos), limitando este con el territorio de la Patagonia chilena. No obstante, desde la geología, estudios demuestran la condición de conjunción y unidad geológica del macizo surpatagónico con el macizo norpatagónico, determinando, en consecuencia, el límite norte de la Patagonia en la falla de Huincul, incorporándose por ende, la Región de Los Ríos, y la Región de la Araucanía (Schilling et al, 2017).
Parque nacional Patagonia (Argentina)
Por resolución n.º 126/2011 de la Administración de Parques Nacionales de 19 de mayo de 2011 se dispuso encuadrar para los fines administrativos a las áreas protegidas. El parque nacional Patagonia entra en la categoría "áreas protegidas de complejidad III", por lo cual tiene a su frente un "intendente" designado, del que dependen 4 departamentos (Administración; Obras y Mantenimiento; Guardaparques Nacionales; Conservación y Uso Público) y la división de Despacho y Mesa de Entradas, Salidas, y Notificaciones. La intendencia tiene su sede en la Terminal de Ómnibus de la localidad de Los Antiguos.