Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Tratado de 1904 entre Chile y Bolivia
El Tratado de Paz y Amistad fue discutido por varios años, especialmente debido a la cesión absoluta y perpetua de los territorios bolivianos ocupados por Chile, correspondientes al antiguo departamento del Litoral (actual Región de Antofagasta), lo que dejaba a la República de Bolivia sin acceso al océano Pacífico. El tratado además incluye una serie de cláusulas con el fin de suplir la carencia de una salida marítima soberana, dentro de las que se destacan la obligación de Chile de construir un ferrocarril entre Arica y La Paz, la concesión de créditos, derechos de libre tránsito hacia puertos en el Pacífico y el pago de 300 mil libras esterlinas como compensación.