Historia territorial del Perú
Producida la disolución de la Confederación, décadas más tarde el Perú tuvo que afrontar el conflicto bélico más importante de su historia, producido entre los años 1879 y 1883. Es conocida esta conflagración bélica como la Guerra del Pacífico o Guerra del Salitre, que enfrentó a la alianza conformada por Bolivia y Perú contra Chile. Derrotada la alianza, Perú perdió la soberanía sobre las provincias de Tarapacá, Arica y temporalmente la posesión parcial de las provincias de Tacna y Tarata. En 1925 Chile desocupó la provincia de Tarata. Recién en 1929, en virtud al Tratado de Lima, recuperó el departamento de Tacna, perdiéndose definitivamente la Provincia de Arica. Con la guerra del Pacífico, se cierran los conflictos bélicos del Perú en el siglo XIX.
Ocupación chilena de Antofagasta
No fue necesariamente el comienzo (causal) de la guerra del Pacífico dado que Bolivia, sin barcos de guerra, sin un ejército operativo y sin líneas de abastecimiento, no podía enfrentar militarmente a un país más armado y organizado como Chile. La existencia del Tratado de Alianza Defensiva (Perú-Bolivia) entre Bolivia y Perú fue la condición que pensó utilizar H. Daza para romper impunemente el tratado de límites de 1874, creyendo que Chile no respondería por temor a Perú.