Декабристы и церковь
"Архиепископ Ириней", известный своим недоброжелательным отношением к ссыльным декабристам, не мог мириться с авторитетом сосланного в Сибирь (без лишения прав) "А. Н. Муравьева" и назначенного в 1828 г. городничим в Иркутск. "Ириней" доносил в Петербург о негласных связях городничего с заключенными, находящимися в Петровском заводе. Свои претензии были и у "А. Н. Муравьева", который писал, что владыка «"есть гонитель внутреннего истинного христианства, не требуя ни покаяния, ни сердечной молитвы…, но токмо наружное хождение в церковь, поклоны, …одни внешние знаки христианства… Если он долго останется здесь, то истребит самое семя истинной религии"». Рассмотрение взаимных обвинений на высочайшем уровне привело к удалению архиепископа от управления епархией.
Сибирское ханство
Нельзя также пройти мимо двух рукописей, опубликованных в 1903 году под общим названием «О религиозных войнах учеников шейха Багаутдина против инородцев Западной Сибири». Согласно этим рукописям, в 1394—1395 годах 366 шейхов в сопровождении 1 700 всадников во главе с ханом из династии Шибанидов предприняли поход из Бухары вдоль Иртыша вплоть до Кашлыка с целью обращения местных жителей в ислам. В походе погибли 300 шейхов и 1 448 всадников, а потери противоположной стороны учёту не поддаются:
Язычников и татар они истребили великое множество, сражаясь так, что по берегам Иртыша не осталось ни ручейка, ни речки, где бы они не бились, и не дали тем язычникам возможности бежать…