Математические начала натуральной философии
Работа над opus magnum шла в 1684—1686 годах. По воспоминаниям Хэмфри Ньютона, родственника учёного и его помощника в эти годы, сначала Ньютон писал «Начала» в перерывах между алхимическими опытами, которым уделял основное внимание, но постепенно увлёкся и с воодушевлением посвятил себя работе над главной книгой своей жизни.
Алхимические исследования Исаака Ньютона
После публикации «Начал» в 1687 году доля заметок об экспериментах в общем объёме алхимических текстов Ньютона сократилась ( из слов). Весной 1693 года у Ньютона начали проявляться признаки тяжёлого нервного заболевания, вызванного, вероятно, отравлением тяжёлыми металлами, прежде всего ртутью. В 1696 году Ньютон занял должность управляющего и переехал в Лондон, в связи с чем оставил занятия «экспериментальной алхимией». Автор предисловия к каталогу аукциона 1936 года поясняет это следующим образом: «После получения места на Монетном дворе всякая ассоциация имени Ньютона с алхимией показалась бы чрезвычайно неудобной. Слух о том, что директор Монетного двора может превращать медные фартинги в блестящие золотые гинеи, посеял бы панику во всей стране». Вопрос о том, сохранился ли у него теоретический интерес к алхимии, более сложный. Возможно, в 1700-е годы Ньютон общался с таинственным алхимиком Уильямом Явортом, также известным как Кляйдофор Мистагог ("Cleidophorus Mystagogus"). В библиотеке Ньютона упоминаются только 4 книги алхимического содержания, изданные после 1700 года: трактат , расширенное переиздание «Marrow of Alchemy» Джорджа Старки и два трактата Мистагога.