Кунсткамера
Пётр I во время «великого посольства» в 1697—1698 годах осматривал крупные преуспевающие города Голландии и Англии. Увидел и заморские кабинеты «кунштов», то есть редкостей, чудес. На страницах дневника, который приказал вести Пётр, часто мелькает восклицание «зело дивно!». Есть запись и о новейшей науке анатомии: «"Видел у доктора анатомию: вся внутренность разнята разно, — сердце человеческое, лёгкое, почки… Жилы, которые в мозгу живут, — как нитки…"». Петра очень заинтересовали подобные новшества и царь, не скупясь, закупал целые коллекции и отдельные вещи: книги, приборы, инструменты, оружие, природные редкости. Эти предметы и легли в основу «государева Кабинета», а потом и Петровской Кунсткамеры, первого российского естественнонаучного музея.
Музей Чапских
В 1937 году музей приобрёл личный архив и библиотеку Богдана Гуттен-Чапского. В дальнейшем собрание музея пополнилось коллекцией средневековых монет Виктора Виттыга, пятью тысячами монет пястовского периода Зигмунта Закжевского, античных монет из собраний Францишка Пекосинского и Кароля Галамы, тевтонскими и курляндскими монетами Петра Уминского. Вся коллекция музея демонстрировалась до 1939 года, когда в связи с началом Второй мировой войны музей был закрыт, а коллекция музея находилась в запасниках Национального музея.