Кунсткамера
Первоначальная коллекция Кунсткамеры насчитывала более 2000 экспонатов и была куплена Петром I в 1717 году у её создателя Фредерика Рюйша, голландского анатома.Раздел включает три экспозиции, объединённые под условным названием «Музей М. В. Ломоносова». Экспозиция «Зал заседаний („Конференц-зал“) Петербургской академии наук» представляет повседневную деятельность первого научного учреждения России и биографию М. В. Ломоносова. Две другие экспозиции — «Астрономическая обсерватория Петербургской академии наук» и «Большой Готторпский Глобус-Планетарий» — освещают ранний период истории Кунсткамеры, когда в башне здания располагались Астрономическая обсерватория, служба точного времени и условная линия Петербургского меридиана.
Фонд Гуггенхейма
Собранием произведений искусства для фонда занималась Хилла фон Ребай, и на его основе в 1937 году фонд был основан промышленником и коллекционером Соломоном Гуггенхеймом. Концепцию собрания разработала Х. фон Ребай совместно с художниками В. Кандинским, Р. Бауэром и О. Небелем и презентовала её как центр абстрактного искусства. Коллекция С. Гуггенхейма на протяжении последующих десятилетий заметно расширилась за счёт покупки других собраний, а также дарений. В настоящее время это одна из крупнейших в мире коллекций произведений искусства эпохи классического модернизма конца XIX — первой половины XX веков. Здесь можно увидеть произведения таких мастеров, как Дега, Клее, Пикассо, Ф. Марк, Леже, А. Колдер, Й. Бойс, Мондриан, Кокошка, Кандинский, Миро, Бекман, Раушенберг, Ротко и многих других. В собрание вошли некоторые ранее широко известные коллекции, например собрание Хильды и Джастина Таннхаузер (импрессионизм, пост-импрессионизм и ранний модернизм), собрание Катерины Дрейер (скульптура и живопись раннего авангарда), собрание Карла Нирендорфа (немецкий экспрессионизм), собрание Пегги Гуггенхайм (сюрреализм и абстракционизм), собрание графа Джузеппе Панза ди Бьюмо (минимализм и концептуальное искусство).