Кунсткамера
Первоначальная коллекция Кунсткамеры насчитывала более 2000 экспонатов и была куплена Петром I в 1717 году у её создателя Фредерика Рюйша, голландского анатома.Раздел включает три экспозиции, объединённые под условным названием «Музей М. В. Ломоносова». Экспозиция «Зал заседаний („Конференц-зал“) Петербургской академии наук» представляет повседневную деятельность первого научного учреждения России и биографию М. В. Ломоносова. Две другие экспозиции — «Астрономическая обсерватория Петербургской академии наук» и «Большой Готторпский Глобус-Планетарий» — освещают ранний период истории Кунсткамеры, когда в башне здания располагались Астрономическая обсерватория, служба точного времени и условная линия Петербургского меридиана.
Музей нонконформистского искусства
Первым директором МНИ стала Марина Колдобская (выставки и проекты новейших течений) и Е. Орлов (выставки художников-нонконформистов и художников Газаневской культуры). В 1999 году по инициативе Андрея Хлобыстина на базе музея был открыт отдел «Петербургский архив и библиотека независимого искусства» (ПАиБНИ), в которые вошли материалы о неофициальном искусстве Ленинграда 40-90-х годов XX века, видеоархив, коллекция «самиздата», плакатов, писем, фотографий, одежды и личных вещей художников и активистов.