Математические начала натуральной философии
28 апреля 1686 года первый том «Математических начал» был представлен Королевскому обществу. Все три тома, после некоторой авторской правки, вышли в 1687 году. Тираж (около 300 экземпляров) был распродан за 4 года — для того времени очень быстро. Два экземпляра этого редчайшего издания хранятся в России; один из них Королевское общество в годы войны (1943) подарило Академии наук СССР на празднование 300-летнего юбилея Ньютона. При жизни Ньютона книга выдержала три издания; при каждом переиздании Ньютон вносил в текст существенные дополнения, улучшения и уточнения.
Алхимические исследования Исаака Ньютона
После публикации «Начал» в 1687 году доля заметок об экспериментах в общем объёме алхимических текстов Ньютона сократилась ( из слов). Весной 1693 года у Ньютона начали проявляться признаки тяжёлого нервного заболевания, вызванного, вероятно, отравлением тяжёлыми металлами, прежде всего ртутью. В 1696 году Ньютон занял должность управляющего и переехал в Лондон, в связи с чем оставил занятия «экспериментальной алхимией». Автор предисловия к каталогу аукциона 1936 года поясняет это следующим образом: «После получения места на Монетном дворе всякая ассоциация имени Ньютона с алхимией показалась бы чрезвычайно неудобной. Слух о том, что директор Монетного двора может превращать медные фартинги в блестящие золотые гинеи, посеял бы панику во всей стране». Вопрос о том, сохранился ли у него теоретический интерес к алхимии, более сложный. Возможно, в 1700-е годы Ньютон общался с таинственным алхимиком Уильямом Явортом, также известным как Кляйдофор Мистагог ("Cleidophorus Mystagogus"). В библиотеке Ньютона упоминаются только 4 книги алхимического содержания, изданные после 1700 года: трактат , расширенное переиздание «Marrow of Alchemy» Джорджа Старки и два трактата Мистагога.