Кунсткамера
Первоначальная коллекция Кунсткамеры насчитывала более 2000 экспонатов и была куплена Петром I в 1717 году у её создателя Фредерика Рюйша, голландского анатома.Раздел включает три экспозиции, объединённые под условным названием «Музей М. В. Ломоносова». Экспозиция «Зал заседаний („Конференц-зал“) Петербургской академии наук» представляет повседневную деятельность первого научного учреждения России и биографию М. В. Ломоносова. Две другие экспозиции — «Астрономическая обсерватория Петербургской академии наук» и «Большой Готторпский Глобус-Планетарий» — освещают ранний период истории Кунсткамеры, когда в башне здания располагались Астрономическая обсерватория, служба точного времени и условная линия Петербургского меридиана.
Коллекция Белютина
Как пишет в своей книге Молева, начало собранию было положено в 1870-х годах. Дед Белютина, художник московской конторы императорских театров Иван Егорович Гринёв, исполнитель декораций в Большом и Малом театрах, получал большие деньги и ездил в Западную Европу на аукционы, где занимался приобретениями. Он руководствовался советами художников, с которыми работал — Константина Коровина, Александра Головина. Как и купец Сергей Щукин, он собирался создать частный музей. С этой целью в 1904 году он даже построил дом-музей на семь залов для своей коллекции во 2-м Красносельском переулке (который позже был снесён).