Мотив (молекулярная биология)
Характерными примерами регуляции транскрипции, осуществляемой с помощью белка, распознающего специальный мотив, являются:Одними из наиболее известных примеров регуляции трансляции при помощи мотив-распознающих регуляторов являются:Сила взаимодействия белка или РНК с ДНК мотивом зависит в первую очередь от последовательности данного мотива. Различают «сильные» мотивы, дающие сильное взаимодействие с белком или РНК и «слабые» мотивы, с которыми взаимодействие слабее. Практически всегда удаётся получить так называемую «консенсусную последовательность» («консенсус»), то есть такую последовательность, в каждой позиции которой стоит буква, наиболее часто встречающаяся в соответствующей позиции во последовательностях мотивов из разных организмов. Консенсусная последовательность принимается за самую сильную, каковой она почти всегда и является. Более слабые мотивы получаются из неё с помощью небольшого (чаще всего 1—3) числа замен.
Лактозный репрессор
Как упоминалось выше, связывание лактозного репрессора с ДНК происходит через N-концевой структурный мотив спираль-поворот-спираль, который связывается с . Кроме того, с ДНК связываются шарнирные области. Связывание происходит за счёт взаимодействия упорядоченных спиралей шарнирных областей и малой бороздки ДНК. Так как каждый тетрамер может связывать одновременно два оператора, связывание нескольких последовательностей операторов одним тетрамером вызывает выпетливание ДНК. Связывание репрессора с ДНК увеличивает сродство РНК-полимеразы к промотору настолько, что она не может покинуть его, поэтому не может начаться элонгация транскрипции генов лактозного оперона. В присутствии лактозы аллолактоза связывается с "lac"-репрессором, изменяя его пространственную структуру так, что репрессор оказывается неспособным к прочному связыванию с оператором. В исследованиях, проводимых "in vitro", в качестве вещества, имитирующего действие аллолактозы, часто используют изопропил-β-D-1-тиогалактопиранозид (ИПТГ).