Кунсткамера
Пётр I во время «великого посольства» в 1697—1698 годах осматривал крупные преуспевающие города Голландии и Англии. Увидел и заморские кабинеты «кунштов», то есть редкостей, чудес. На страницах дневника, который приказал вести Пётр, часто мелькает восклицание «зело дивно!». Есть запись и о новейшей науке анатомии: «"Видел у доктора анатомию: вся внутренность разнята разно, — сердце человеческое, лёгкое, почки… Жилы, которые в мозгу живут, — как нитки…"». Петра очень заинтересовали подобные новшества и царь, не скупясь, закупал целые коллекции и отдельные вещи: книги, приборы, инструменты, оружие, природные редкости. Эти предметы и легли в основу «государева Кабинета», а потом и Петровской Кунсткамеры, первого российского естественнонаучного музея.
Галерея новых мастеров
Собрание галереи возникло из коллекции Галереи старых мастеров, для которой производились систематические покупки современного искусства после 1843 года. Её история тесно связана с именем саксонского министра Бернхарда фон Линденау (1779—1854), предоставившего необходимые средства для приобретения современных работ.
Одной из темных страниц в истории музея стала акция «Дегенеративное искусство» во времена национал-социализма, в результате которой были утрачены 56 полотен, в том числе работы Эдварда Мунка, Макса Бекмана и Эмиля Нольде. После возвращения картин, вывезенных в Советский Союз в качестве трофеев, галерея была размещена в Альбертинуме как самостоятельный музей.