Кунсткамера
Первоначальная коллекция Кунсткамеры насчитывала более 2000 экспонатов и была куплена Петром I в 1717 году у её создателя Фредерика Рюйша, голландского анатома.Раздел включает три экспозиции, объединённые под условным названием «Музей М. В. Ломоносова». Экспозиция «Зал заседаний („Конференц-зал“) Петербургской академии наук» представляет повседневную деятельность первого научного учреждения России и биографию М. В. Ломоносова. Две другие экспозиции — «Астрономическая обсерватория Петербургской академии наук» и «Большой Готторпский Глобус-Планетарий» — освещают ранний период истории Кунсткамеры, когда в башне здания располагались Астрономическая обсерватория, служба точного времени и условная линия Петербургского меридиана.
Минералогический музей имени А. Е. Ферсмана
Академик В. М. Севергин (1765—1826), возглавлявший в то время Минеральный кабинет Кунсткамеры, превращает коллекцию минералов в научное собрание. В 1836 году в системе Академии наук впервые организационно выделяется Минералогический музей, насчитывающий к этому времени уже до 20 тысяч образцов из месторождений России и других стран.