Клеточное ядро
В ядре находится большая часть генетического материала клетки, представленного множеством линейных молекул ДНК, которые организованы в структуры, известные как хромосомы. Суммарная длина молекул ДНК клетки человека составляет около . В течение большей части клеточного цикла данные молекулы в комплексе с белками формируют так называемый хроматин, а при клеточном делении хромосомы предстают в виде отдельных хорошо различимых хромосом, составляющих кариотип. Небольшое количество клеточного генетического материала располагается в митохондриях и, в случае растительной клетки, в хлоропластах.
Пластинчатые
Несмотря на относительную простоту строения, генетический материал "Trichoplax adhaerens" содержит множество генов, присущих животным с более высоким уровнем организации. Например, вторичная структура молекулы 16S рРНК у трихоплакса существенно сложнее, чем у любых представителей типа стрекающих (Cnidaria). Ядерная ДНК трихоплакса содержит гены белков (в особенности, транскрипционных факторов), необходимых для дифференцировки различных типов клеток, развития и функционирования нервной системы, обособления клеток зародышевой линии и других аспектов развития двусторонне-симметричного организма. В ней имеются гены Hox и и другие гомеобоксные гены: , Brachyury и . У трихоплакса также есть гены, кодирующие белки сигнальных путей - и Wnt, которые чрезвычайно важны для определения осей тела в ходе развития двусторонне-симметричного организма.