Расследование обстоятельств гибели царской семьи
8 марта Кирста допросил свидетельницу Наталью Мутных, заявившую, что якобы «семья б. Государя Николая II: его супруга и 4 дочери — из города Екатеринбурга были перевезены в Пермь и секретно ночью поселены в подвале дома Березина, где была мастерская. Из этого подвала одна из дочерей бежала в сентябре месяце, была поймана где-то за Камой и увезена в чрезвычайку». 2 апреля та же свидетельница дополнила свои показания подробностями о том, что якобы в Екатеринбурге были расстреляны только Николай с наследником, а Александра Фёдоровна с дочерьми были перевезены в Пермь, где великая княжна Анастасия бежала, но «была поймана за Камой, избита сильно красноармейцами и привезена в чрезвычайку, где лежала на кушетке за ширмой в кабинете Малкова. У постели её охраняла Ираида Юрганова-Баранова. Потом княжну отвезли в исправительное отделение за заставой. Умерла ли она от ран или её домучили — не знаю, но мне известно, что эту княжну похоронили в 1 час ночи недалеко от того места, где находятся бега-ипподром, причем большевики все это хранили в большой тайне. О похоронах я знаю по слухам».
Пётр II
Постепенно император стал охладевать к Меншикову и его дочери. Причин тут было несколько: с одной стороны — заносчивость самого Меншикова, с другой — влияние Елизаветы Петровны и Долгоруковых. В день именин Натальи Алексеевны, , Пётр довольно пренебрежительно обошёлся с Марией. Меншиков сделал Петру выговор, на что тот заметил: «"Я в душе люблю её, но ласки излишни; Меншиков знает, что я не имею намерений жениться ранее 25 лет"». Вследствие этой размолвки Пётр предписал Верховному тайному совету перевезти из Меншикова дворца все его вещи в Петергофский дворец и сделать распоряжение, чтобы казённые деньги никому не выдавались без указа, подписанного лично императором.
Вдобавок к этому летом 1727 года Меншиков заболел. Через пять-шесть недель организм справился с болезнью, но за то время, что он отсутствовал при дворе, противники Меншикова извлекли протоколы допросов царевича Алексея, отца императора, в которых участвовал Меншиков, и ознакомили с ними государя. по приказанию Верховного Тайного Совета все вещи императора были перенесены из меншиковского дома в Летний дворец. Пётр по своём прибытии с охоты в Петербург послал объявить гвардии, чтобы она слушалась только его приказаний. Меншиков был обвинён в государственной измене, хищении казны и вместе со всей семьёй (включая Марию) сослан в город Берёзов Тобольского края. Мало кто огорчился по этому поводу.
По замечанию Е. В. Анисимова, вовсе не юный император придумывал указы о переезде двора с Васильевского острова, неподчинении распоряжениям Меншикова, его домашнем аресте, замене верного генералиссимусу коменданта Петропавловской крепости. В серии подписанных Петром II в начале сентября 1727 года императорских указов отчётливо видна опытная рука воспитателя Петра, Андрея Ивановича Остермана. Однако было бы ошибкой предполагать, что время Меншикова сменилось временем Остермана: на первый план вышел новый фаворит царя, князь Иван Алексеевич Долгоруков.