Декабристы и церковь
"Архиепископ Ириней", известный своим недоброжелательным отношением к ссыльным декабристам, не мог мириться с авторитетом сосланного в Сибирь (без лишения прав) "А. Н. Муравьева" и назначенного в 1828 г. городничим в Иркутск. "Ириней" доносил в Петербург о негласных связях городничего с заключенными, находящимися в Петровском заводе. Свои претензии были и у "А. Н. Муравьева", который писал, что владыка «"есть гонитель внутреннего истинного христианства, не требуя ни покаяния, ни сердечной молитвы…, но токмо наружное хождение в церковь, поклоны, …одни внешние знаки христианства… Если он долго останется здесь, то истребит самое семя истинной религии"». Рассмотрение взаимных обвинений на высочайшем уровне привело к удалению архиепископа от управления епархией.
Якутская епархия
В годы Гражданской войны епархия временно оказалась без архиерея, так как епископ Евфимий (Лапин), выехавший в Москву на Поместный собор 1917—1918 года, не смог вернуться. Поэтому Омское временное высшее церковное управление поручило в 1919 году временно управлять Якутской епархией Софронию (Арефьеву) (в сентябре 1921 года он был арестован и выслан из епархии). В конце 1920-х годов в Якутии сложилось обновленческая епархия. В 1927 году обновленец Н. И. Винокуров (якут по национальности) пребывал в Средне-Колымске в сане епископа. Однако якутская епархия была бедной, особенно после того, как советская власть конфисковала Спасский мужской монастырь Якутска. В 1929 году обновленцы назначили якутским архиереем Михаила (Николаева), но он видимо из-за отсутствия средств не поехал дальше Иркутска. В 1930 году у якутских обновленцев было уже два храма и в 1931 году обновленческий Синод включил Якутскую епархию в состав Восточно-сибирской митрополии. Развитие обновленчества шло в Якутии на фоне начавшегося с конца 1920-х годов в Якутии массового закрытия церквей и арестов священнослужителей. В итоге постепенно были ликвидированы все духовные учреждения. Церкви разграблены и осквернены. Церковное имущество и утварь конфискованы. В результате, в 1930-х годах Якутия вновь вошла в состав Иркутской епархии. В 1939 году был закрыт последний действующих храм в Якутии.