Белая акула
Для небольших белых акул могут представлять опасность более крупные соплеменники и косатки. Взрослые белые акулы стоят на вершине пищевой пирамиды и до недавнего времени считалось, что у них нет естественных врагов. Однако в 1997 году у Фараллоновых островов группа наблюдателей за китами стала свидетелем охоты косатки длиной примерно 4,7—5,3 м на взрослую белую акулу длинной 3—4 м, которую она в итоге убила. Косатка перевернула белую акулу на спину, вызвав тоническую неподвижность, и держала её таким образом в течение пятнадцати минут, в итоге утопив. Затем она съела только печень акулы. Вероятно, запах разлагающейся туши, заставил остальных белых акул в регионе бежать, оставляя места выгодного кормления. Аналогичный случай с неясным исходом, по-видимому, произошел там же в 2000 году. После двух атак со стороны косаток местная популяция, насчитывающая примерно 100 белых акул, исчезла. При помощи радиомаячка, установленного на одну из этих акул, учёные выяснили, что акулы погрузились на глубину 500 м и уплыли на Гавайи. В 2015 году стая косаток убила белую акулу у берегов Южной Австралии. В 2017 году ряд предполагаемых фатальных нападений косаток на белых акул был зафиксирован в Южной Африке. Межвидовая конкуренция между белыми акулами и косатками вероятна в регионах, где у них общая кормовая база.
Чёрная колючая акула
Масса печени ночной акулы достигает 17 % от массы её тела, а три четверти печени составляет жир, придающий акуле почти нулевую плавучесть. Чтобы противостоять повышенной концентрации тяжёлых металлов на больших глубинах, в кровеносном русле ночной акулы есть специальные Т-лимфоциты, умеющие определять и помечать токсические вещества, чтобы сделать возможным их удаление. Эти Т-клетки вырабатываются частью лимфатической системы — лимфомиелоидной железой, расположенной в пищеводе акулы. Эта железа называется орган Лейдига и встречается также у некоторых других акул и скатов. Кроме этого, в печени ночной акулы есть специализированные белки, способные обезвреживать кадмий, медь, ртуть, цинк и другие токсичные вещества. Считается, что биолюминисценция служит ночным акулам для контрподсветки, размывающей силуэт акулы и делающей её невидимой для глядящих снизу вверх хищников. Кроме того, биолюминисценция, будучи специфической для вида, может также выполнять социальную функцию, например, координировать поведение в группе, обеспечивать поиск полового партнёра. Ночная акула является важным пищевым объектом для более крупных рыб. Главным охотником на ночных акул считается длинноносый скат ("Dipturus oxyrinchus").
К внутренним паразитам этого вида относятся моногенея "Squalonchocotyle spinacis", ленточные черви "Aporhynchus norvegicus", "Lacistorhynchus tenuis", и "Phyllobothrium squali", а также круглые черви "Anisakis simplex" и "Hysterothylacium aduncum". Некоторыми из этих паразитов ночные акулы заражаются, поедая добычу, которую паразиты используют как промежуточных хозяев, тогда как для других сами акулы служат промежуточными хозяевами. Усоногий рак "Anelasma squalicola" — наружный паразит, который прикрепляется к гнезду плавникового шипа акулы и проникает глубоко в мышцы, зачастую создавая условия для прикрепления второго (изредка и третьего) усоногого рака. Инвазия этими раками снижает плодовитость хозяина за счёт ослабления развития репродуктивных органов.