Мотив (молекулярная биология)
Характерными примерами регуляции транскрипции, осуществляемой с помощью белка, распознающего специальный мотив, являются:Одними из наиболее известных примеров регуляции трансляции при помощи мотив-распознающих регуляторов являются:Сила взаимодействия белка или РНК с ДНК мотивом зависит в первую очередь от последовательности данного мотива. Различают «сильные» мотивы, дающие сильное взаимодействие с белком или РНК и «слабые» мотивы, с которыми взаимодействие слабее. Практически всегда удаётся получить так называемую «консенсусную последовательность» («консенсус»), то есть такую последовательность, в каждой позиции которой стоит буква, наиболее часто встречающаяся в соответствующей позиции во последовательностях мотивов из разных организмов. Консенсусная последовательность принимается за самую сильную, каковой она почти всегда и является. Более слабые мотивы получаются из неё с помощью небольшого (чаще всего 1—3) числа замен.
Гомеодомен
Белки POU состоят из гомедомена и отдельных, структурно гомологичных доменов POU (которые содержат мотивы спираль-поворот-спираль и также связываются с ДНК). Два домена связаны подвижной петлей, которая достаточно длина для оборота вокруг спирали ДНК, и позволяет двум доменам связываться с противоположными сторонами молекулы ДНК, при этом закрывая восемь нуклеотидов codice_1. Индивидуальные домены POU связывают ДНК слабо, но сиквенс-специфично. Интересно, что домен POU имеет значительные структурные сходства с репрессорами, экспрессируемыми бактериофагами, например, фагом лямбда.