Мотив (молекулярная биология)
Характерными примерами регуляции транскрипции, осуществляемой с помощью белка, распознающего специальный мотив, являются:Одними из наиболее известных примеров регуляции трансляции при помощи мотив-распознающих регуляторов являются:Сила взаимодействия белка или РНК с ДНК мотивом зависит в первую очередь от последовательности данного мотива. Различают «сильные» мотивы, дающие сильное взаимодействие с белком или РНК и «слабые» мотивы, с которыми взаимодействие слабее. Практически всегда удаётся получить так называемую «консенсусную последовательность» («консенсус»), то есть такую последовательность, в каждой позиции которой стоит буква, наиболее часто встречающаяся в соответствующей позиции во последовательностях мотивов из разных организмов. Консенсусная последовательность принимается за самую сильную, каковой она почти всегда и является. Более слабые мотивы получаются из неё с помощью небольшого (чаще всего 1—3) числа замен.
ДНК-гираза
Показано, что ДНК-гираза обладает выраженной специфичностью к последовательностям ДНК. Так, известны сильные сайты связывания фермента из бактериофага Мю и некоторых плазмид (pSC101, pBR322). Картирование сайтов связывания ДНК-гиразы в геноме "E. coli" методом Topo-Seq позволило выявить продолжительный (130 нт) мотив связывания, объясняющий существование сильных сайтов и отражающий оборачивание ДНК вокруг ферментативного комплекса и гибкость нуклеиновой кислоты. Анализ мотива выявил области связывания ДНК с C-терминальными доменами А-субъединиц, характерные периодическим нуклеотидным паттерном из АТ и GC-богатых регионов с периодом, близким к периоду двойной спирали ДНК (~10.5 нт) . Ранее подобная регулярность в мотиве связывания была обнаружена для нуклеосом эукариот, вокруг которых также оборачивается ДНК (146 нт, организованные в 1.8 витка) . Суммарно, в геноме "E. coli" было обнаружено несколько тысяч сайтов фермента .