Декабристы и церковь
"Архиепископ Ириней", известный своим недоброжелательным отношением к ссыльным декабристам, не мог мириться с авторитетом сосланного в Сибирь (без лишения прав) "А. Н. Муравьева" и назначенного в 1828 г. городничим в Иркутск. "Ириней" доносил в Петербург о негласных связях городничего с заключенными, находящимися в Петровском заводе. Свои претензии были и у "А. Н. Муравьева", который писал, что владыка «"есть гонитель внутреннего истинного христианства, не требуя ни покаяния, ни сердечной молитвы…, но токмо наружное хождение в церковь, поклоны, …одни внешние знаки христианства… Если он долго останется здесь, то истребит самое семя истинной религии"». Рассмотрение взаимных обвинений на высочайшем уровне привело к удалению архиепископа от управления епархией.
Иркутск
С 1848 по 1861 год генерал-губернатором был граф Н. Н. Муравьёв-Амурский. Он не только присоединил к России Приамурье, но и немало сделал для укрепления позиций царской власти во всем крае. С открытия сообщения по Амуру в 1854 году по пути из Санкт-Петербурга к Тихому океану начинает приходить в упадок старый Якутский тракт. В Иркутск прибывают ссыльные поляки. Население города составляет 28 тысяч человек, ссыльных насчитывалось 3768 человек. В 1864 году подведена телеграфная линия на Петербург. В 1866 году в Иркутске проходил суд над 683 поляками, поднявшими восстание на Байкале.
22 и 24 июня 1879 года в городе полыхал пожар, практически уничтоживший исторический центр. Это событие поделило историю города на допожарный и послепожарный Иркутск. От пожара погибло 11 человек, тысячи людей лишились крова. Среди прочего сгорел музей и около 10 тысяч книг библиотеки Географического общества, а также губернский архив. Путешественник Дж. Кеннан отмечал, что город 1880-х годов много потерял и стал менее интересным, чем до пожара. Восстановление города из пепелища совпало с расцветом ленской золотопромышленности в 1870—1880-е годы.