Кунсткамера
Пётр I во время «великого посольства» в 1697—1698 годах осматривал крупные преуспевающие города Голландии и Англии. Увидел и заморские кабинеты «кунштов», то есть редкостей, чудес. На страницах дневника, который приказал вести Пётр, часто мелькает восклицание «зело дивно!». Есть запись и о новейшей науке анатомии: «"Видел у доктора анатомию: вся внутренность разнята разно, — сердце человеческое, лёгкое, почки… Жилы, которые в мозгу живут, — как нитки…"». Петра очень заинтересовали подобные новшества и царь, не скупясь, закупал целые коллекции и отдельные вещи: книги, приборы, инструменты, оружие, природные редкости. Эти предметы и легли в основу «государева Кабинета», а потом и Петровской Кунсткамеры, первого российского естественнонаучного музея.
Музей нонконформистского искусства
Первым директором МНИ стала Марина Колдобская (выставки и проекты новейших течений) и Е. Орлов (выставки художников-нонконформистов и художников Газаневской культуры). В 1999 году по инициативе Андрея Хлобыстина на базе музея был открыт отдел «Петербургский архив и библиотека независимого искусства» (ПАиБНИ), в которые вошли материалы о неофициальном искусстве Ленинграда 40-90-х годов XX века, видеоархив, коллекция «самиздата», плакатов, писем, фотографий, одежды и личных вещей художников и активистов.