Мотив (молекулярная биология)
Характерными примерами регуляции транскрипции, осуществляемой с помощью белка, распознающего специальный мотив, являются:Одними из наиболее известных примеров регуляции трансляции при помощи мотив-распознающих регуляторов являются:Сила взаимодействия белка или РНК с ДНК мотивом зависит в первую очередь от последовательности данного мотива. Различают «сильные» мотивы, дающие сильное взаимодействие с белком или РНК и «слабые» мотивы, с которыми взаимодействие слабее. Практически всегда удаётся получить так называемую «консенсусную последовательность» («консенсус»), то есть такую последовательность, в каждой позиции которой стоит буква, наиболее часто встречающаяся в соответствующей позиции во последовательностях мотивов из разных организмов. Консенсусная последовательность принимается за самую сильную, каковой она почти всегда и является. Более слабые мотивы получаются из неё с помощью небольшого (чаще всего 1—3) числа замен.
ChIA-PET
Комплексы ДНК-белок неспецифически сшиваются с помощью формальдегида. Образец подвергается воздействию ультразвука, при этом молекулы ДНК дробятся на фрагменты и разрушаются непрочно связавшиеся неспецифические комплексы. В результате получаются фрагменты ДНК в прочных комплексах с белками. Далее с помощью специфических антител, закрепленных на магнитных шариках, преципитируются фрагменты хроматина, связанные с интересующим белком. Часто объектами исследования являются известные транскрипционные факторы. Преципитированные комплексы извлекаются из раствора за магнитные шарики при помощи магнита. Выделенные комплексы разделяются на 2 аликвоты и на концы молекул ДНК «пришиваются» олигонуклеотидные полулинкеры с известной последовательностью. В одной аликвоте — полулинкер А, в другой — полулинкер В. Оба полулинкера содержат сайт, узнаваемый рестриктазой MmeI, и отличаются друг от друга «баркодом» (barcode) из двух нуклеотидов: CG для полулинкера А, и AT для полулинкера В. В результате в дальнейшем при секвенировании можно отличить линкеры друг от друга по «баркоду». На следующем этапе две аликвоты объединяются и происходит проксимальное лигирование, в результате которого полулинкеры лигируются друг на друга с образованием линкеров полной длины. Линкеры с АА (CG/CG) или BB (AT/AT) «баркодами» считаются вероятными продуктами лигирования внутри одного комплекса, в то время как линкеры с АВ (CG/AT) «баркодами» считаются химерными продуктами лигирования ДНК, связанной с разными белковыми комплексами
Подготовка к сиквенсу включает в себя обработку комплексов рестриктазой MmeI, которая расщепляет ДНК на определенном расстоянии от своего сайта узнавания в полулинкере. В результате в конце этого этапа получаются конструкции, содержащие пару «тагов» () (по 20 п.н. каждый) с двух сторон от полного линкера (38 п.н.). Полученные фрагменты секвенируют с обоих концов(). После этого «таги» картируются на геном.