Дмитрий Юрьевич Шемяка
10 августа — 28 октября 1987 года было проведено исследование останков «Фёдора Ярославича», в рамках которого, по направлению начальника Новгородской археологической экспедиции В. Л. Янина, было произведено и судебно-химическое исследование останков. Исследование подтвердило, с одной стороны, что усопший — Дмитрий Юрьевич Шемяка, с другой — что он скончался в результате отравления мышьяком.
Дмитрий Углицкий
С прекращением Смутного времени правительство Михаила Фёдоровича вернулось к официальной версии правительства Василия Шуйского: Дмитрий погиб в 1591 году от руки наёмников Годунова. Она же была признана как официальная и церковью. Эта версия была описана в «Истории государства Российского» Н. М. Карамзина). В 1829 году историк М. П. Погодин рискнул выступить в защиту невиновности Бориса. Обнаруженный в архивах подлинник уголовного дела комиссии Шуйского стал решающим аргументом в споре. Он убедил многих историков и биографов Бориса (С. Ф. Платонова, Р. Г. Скрынникова) в том, что причиной гибели сына Ивана Грозного был несчастный случай. Некоторые криминалисты утверждают, что показания, записанные комиссией Шуйского, производят впечатление составленных под диктовку, а ребёнок-эпилептик не может во время припадка поранить себя ножом, потому что в это время ладони широко раскрыты. Версия, согласно которой царевич Дмитрий остался жив и скрылся (в связи с этим предполагалось, например, что Лжедмитрий I — это не самозванец, а настоящий сын Ивана Грозного), обсуждавшаяся ещё в XIX — начале XX века, всё ещё имеет сторонников.