Депортация карачаевцев
Главной причиной депортации карачаевцев были обвинения в коллаборационизме и бандитизме некоторой части населения. Но если учесть масштаб репрессий, то советским руководством была возложена коллективная ответственность на весь карачаевский народ, половину которого составляли дети и подростки.
Депортация чеченцев и ингушей
Исследователь Д. М. Эдиев предлагает свою версию причин. Во-первых, в военно-политическом руководстве укрепились представления о неблагонадёжности по национальному признаку. Во-вторых, был накоплен опыт этнических чисток в ходе проведения превентивных мер по укреплению приграничных и прифронтовых районов. В ходе первых депортаций был создан и укреплён прецедент в сознании людей и политическом инструментарии советской власти. Была создана государственная машина депортаций и обкатан сценарий её работы. Во время депортации немцев в августе 1941 года в структуре НКВД был создан отдел спецпоселений.