Шифр Цезаря
Шифр Цезаря называют в честь Юлия Цезаря, который согласно «Жизни двенадцати цезарей» Светония использовал его со сдвигом 3, чтобы защищать военные сообщения. Хотя Цезарь был первым зафиксированным человеком, использующим эту схему, другие шифры подстановки, как известно, использовались и ранее.
Его племянник, Август, также использовал этот шифр, но со сдвигом вправо на один, и он не повторялся к началу алфавита:
Есть доказательства, что Юлий Цезарь использовал также и более сложные схемы.
Шекспировский вопрос
Шифры стали важной частью бэконианской теории, а впоследствии и частью аргументации за других кандидатов. Этот метод подпитывали такие книги, как «Великая криптограмма» () Игнатиуса Доннелли. Орвилл Уорд Оуэн сконструировал «колесо шифра», представлявшее собой 300-метровую полосу холста с наклеенными работами Шекспира и других писателей, установленную на два параллельных колеса так, что он мог быстро собирать страницы с ключевыми словами и отправлять их на дешифровку. В своей многотомной работе "«История шифров сэра Фрэнсиса Бэкона»" () (1893 год) он утверждал, что открыл автобиографию Бэкона, спрятанную в пьесах Шекспира, включая признание, что Бэкон был тайным сыном королевы Елизаветы, что и являлось одной из важных причин того, почему реальное авторство скрывалось.
Возможно, из-за того, что Фрэнсис Бэкон был, в частности, и юристом, в попытках доказать его авторство устраивались как ненастоящие, так и реальные суды. Первый экспериментальный процесс шёл 15 месяцев в 1892—1893 годах, и результаты дебатов были опубликованы в бостонском ежемесячнике "«The Arena»". Одним из истцов был Игнатиус Доннелли, а в число адвокатов входил Ф. Дж. Фёрнивалл. Жюри из 25 присяжных, куда входили Генри Джордж, Эдмунд Госсе и Генри Ирвинг, решило спор в пользу Шекспира. В 1916 году в Чикаго состоялся реальный суд под председательством судьи Ричарда Татхилла. Кинопродюсер подал иск против бэконицанца Джорджа Фабиана, утверждая, что пропаганда им Бэкона угрожает прибыли, ожидаемой от предстоящего фильма о Шекспире. Судья решил, что выявленные из текстов Шекспира шифры действительно доказывают, что автором канона являлся Бэкон, присудив Фабиану 5000 долларов за моральный ущерб. В ходе последовавшей шумихи Татхилл отменил решение, а другой судья — Фредерик Смит — прекратил процесс.