Эукариоты
Важнейшая, основополагающая особенность эукариот связана с расположением генетического аппарата в клетке. Генетический аппарат всех эукариот находится в ядре и защищён ядерной оболочкой. ДНК эукариот линейная (у прокариот ДНК кольцевая и находится в особой области клетки — нуклеоиде, который не отделён мембраной от остальной цитоплазмы). Она связана с белками-гистонами и другими белками хромосом, которых нет у бактерий.
Ксенология
Горизонтальный перенос генов происходит при физическом контакте клеток, обменивающихся генетическим материалом, т.е. в паразитарных, симбиотических, или ассоциативных системах, т.е. ксенологичные гены ("ксенологи") обнаруживаются у филогенетически отдалённых, но территориально близких групп клеток или организмов.