Мотив (молекулярная биология)
Характерными примерами регуляции транскрипции, осуществляемой с помощью белка, распознающего специальный мотив, являются:Одними из наиболее известных примеров регуляции трансляции при помощи мотив-распознающих регуляторов являются:Сила взаимодействия белка или РНК с ДНК мотивом зависит в первую очередь от последовательности данного мотива. Различают «сильные» мотивы, дающие сильное взаимодействие с белком или РНК и «слабые» мотивы, с которыми взаимодействие слабее. Практически всегда удаётся получить так называемую «консенсусную последовательность» («консенсус»), то есть такую последовательность, в каждой позиции которой стоит буква, наиболее часто встречающаяся в соответствующей позиции во последовательностях мотивов из разных организмов. Консенсусная последовательность принимается за самую сильную, каковой она почти всегда и является. Более слабые мотивы получаются из неё с помощью небольшого (чаще всего 1—3) числа замен.
Отношения «ген против гена»
В отличие от MAMP или PAMP классов Avr генов, которые распознаются хозяйскими PRRs, целью бактериальных эффекторных белков Avr являются белки, участвующие в сигналинге врожденного иммунитета растения. Такая реакция была показана для гомологов генов Avr у возбудителей болезней животных. Например, белки из семейства AvrBs3 обладают ДНК-связывающими доменами, ядерными сигналами локализации и кислотной активацией доменов. Считается, что эти белки выполняют свои функции за счёт изменения транскрипции клетки-хозяина.