Кунсткамера
Первоначальная коллекция Кунсткамеры насчитывала более 2000 экспонатов и была куплена Петром I в 1717 году у её создателя Фредерика Рюйша, голландского анатома.Раздел включает три экспозиции, объединённые под условным названием «Музей М. В. Ломоносова». Экспозиция «Зал заседаний („Конференц-зал“) Петербургской академии наук» представляет повседневную деятельность первого научного учреждения России и биографию М. В. Ломоносова. Две другие экспозиции — «Астрономическая обсерватория Петербургской академии наук» и «Большой Готторпский Глобус-Планетарий» — освещают ранний период истории Кунсткамеры, когда в башне здания располагались Астрономическая обсерватория, служба точного времени и условная линия Петербургского меридиана.
Башкирский государственный художественный музей имени М. В. Нестерова
В 1913 году М. В. Нестеров, уроженец Уфы, подарил родному городу уникальную коллекцию работ русских живописцев второй половины XIX — начала XX столетия, а также около тридцати собственных картин. Коллекция включала работы таких известных мастеров, как Шишкин, Левитан, Ярошенко, Коровин, Бенуа, Поленов, Архипов и многих других. Для экспозиции уфимские власти предполагали выделить специальное помещение в строившемся Аксаковском Народном доме, однако строительство существенно затянулось из-за событий Первой мировой войны и революции 1917 года. Поэтому вплоть до 1919 года нестеровское собрание находилось на хранении в Москве.