Сталинские репрессии
28 августа 1941 года (через 2 месяца после начала Великой Отечественной войны) национальная автономия поволжских немцев была ликвидирована, а они сами депортированы на территорию Казахской ССР. В 1942—1944 годах были также проведены депортации представителей ряда других национальностей. В частности, были депортированы: ингерманландские финны, калмыки, чеченцы, ингуши, карачаевцы, балкарцы, крымские татары, ногайцы, турки-месхетинцы, понтийские греки. Официальной причиной депортации были массовое дезертирство, коллаборационизм и активная антисоветская вооружённая борьба значительной части этих народов.
Депортация карачаевцев
Отдел спецпоселений НКВД СССР был создан 17 марта 1944 года, основанием к созданию самостоятельного отдела послужило значительное переселение за время Отечественной войны новых контингентов спецпереселенцев из Северного Кавказа, бывшей Калмыцкой АССР и др. районов. В Казахской ССР было создано 488 спецкомендатур, в Киргизской — 96 спецкомендатур, каждой были приданы соответствующие воинские подразделения в составе 5-7 бойцов внутренних войск НКВД во главе с сержантским и офицерским составом. В 1944 году было уделено большое внимание предотвращению побегов спецпереселенцев и задержанию бежавших. Например, по карачаевцам, по состоянию на 1 июня, «противопобеговая работа» характеризовалась следующими данными: бежало с мест поселения — 77 человек, задержано — 19, предотвращено побегов — 19.