Сталинские репрессии
28 августа 1941 года (через 2 месяца после начала Великой Отечественной войны) национальная автономия поволжских немцев была ликвидирована, а они сами депортированы на территорию Казахской ССР. В 1942—1944 годах были также проведены депортации представителей ряда других национальностей. В частности, были депортированы: ингерманландские финны, калмыки, чеченцы, ингуши, карачаевцы, балкарцы, крымские татары, ногайцы, турки-месхетинцы, понтийские греки. Официальной причиной депортации были массовое дезертирство, коллаборационизм и активная антисоветская вооружённая борьба значительной части этих народов.
Депортация карачаевцев
Также в Среднюю Азию, на основании приказа ГКО № 0741 от 3 марта 1944 года, были депортированы впоследствии военнослужащие карачаевской национальности. Численность спецпереселенцев, ранее служивших в Красной Армии, на май 1949 года составляла 2543 человек, из них офицеры — 238, сержанты — 495, солдаты — 1810 человек. Те карачаевцы, которые по каким то причинам остались в войсках, должны были, согласно Директиве народного комиссара внутренних дел № 140 от 22 августа 1945 года, направляться к месту расселения их семей или родственников. В пункте 1-м этой директивы было указано, что въезд на территорию бывшей Карачаевской области им воспрещен.