Мотив (молекулярная биология)
Характерными примерами регуляции транскрипции, осуществляемой с помощью белка, распознающего специальный мотив, являются:Одними из наиболее известных примеров регуляции трансляции при помощи мотив-распознающих регуляторов являются:Сила взаимодействия белка или РНК с ДНК мотивом зависит в первую очередь от последовательности данного мотива. Различают «сильные» мотивы, дающие сильное взаимодействие с белком или РНК и «слабые» мотивы, с которыми взаимодействие слабее. Практически всегда удаётся получить так называемую «консенсусную последовательность» («консенсус»), то есть такую последовательность, в каждой позиции которой стоит буква, наиболее часто встречающаяся в соответствующей позиции во последовательностях мотивов из разных организмов. Консенсусная последовательность принимается за самую сильную, каковой она почти всегда и является. Более слабые мотивы получаются из неё с помощью небольшого (чаще всего 1—3) числа замен.
Альтернативный сплайсинг
С энхансерами сплайсинга связываются белки-активаторы сплайсинга, увеличивая эффективную вероятность того, что рядом будет находиться сайт сплайсинга. Их местом размещения также могут служить как интроны (интронные энхансеры сплайсинга, ISE), так и экзоны (экзонные энхансеры сплайсинга, ESE). Бо́льшая часть белков, связывающихся с ISE и ESE, относится к семейству белков (регулирующим не только ход альтернативного сплайсинга, но и многие другие клеточные процессы; первый из белков данного семейства, идентифицированный как фактор сплайсинга, был открыт в 1991 году). Эти белки содержат мотивы, распознающие РНК, а также домены, обогащённые аргинином и серином.
Таким образом, факторы сплайсинга действуют взаимозависимо, причём результаты их действия зависят также от окружения. Наличие определённых "цис"-регуляторных последовательностей РНК способно как увеличить вероятность того, что рядом будет находиться сайт сплайсинга, так и уменьшить эту вероятность — в зависимости от контекста. Например, некоторые такие элементы влияют на сплайсинг только при наличии рядом с ними других вполне определённых элементов. Кроме того, "цис"-регуляторные элементы могут давать разный эффект при экспрессии в клетке определённых белков. Адаптивное значение энхансеров и сайленсеров сплайсинга подтверждают работы, показывающие, что в человеческих генах мутации, приводящие к образованию новых сайленсеров или разрушению старых энхансеров, подвержены строгому отбору.