Расстрел царской семьи
В результате Февральской революции Николай II отрёкся от престола и вместе с семьёй находился под домашним арестом в Царском Селе. Как свидетельствовал А. Ф. Керенский, когда он, министр юстиции Временного правительства, всего лишь через 5 дней после отречения поднялся на трибуну Московского Совета, он был осыпан градом выкриков с места с требованием казнить Николая II. Он писал в своих воспоминаниях: «Смертная казнь Николая Второго и отправка его семьи из Александровского дворца в Петропавловскую крепость или Кронштадт — вот яростные, иногда исступлённые требования сотен всяческих делегаций, депутаций и резолюций, являвшихся и предъявлявших их Временному правительству…». В августе 1917 года Николай II и его семья по решению Временного правительства были высланы в Тобольск.
Пётр II
Постепенно император стал охладевать к Меншикову и его дочери. Причин тут было несколько: с одной стороны — заносчивость самого Меншикова, с другой — влияние Елизаветы Петровны и Долгоруковых. В день именин Натальи Алексеевны, , Пётр довольно пренебрежительно обошёлся с Марией. Меншиков сделал Петру выговор, на что тот заметил: «"Я в душе люблю её, но ласки излишни; Меншиков знает, что я не имею намерений жениться ранее 25 лет"». Вследствие этой размолвки Пётр предписал Верховному тайному совету перевезти из Меншикова дворца все его вещи в Петергофский дворец и сделать распоряжение, чтобы казённые деньги никому не выдавались без указа, подписанного лично императором.
Вдобавок к этому летом 1727 года Меншиков заболел. Через пять-шесть недель организм справился с болезнью, но за то время, что он отсутствовал при дворе, противники Меншикова извлекли протоколы допросов царевича Алексея, отца императора, в которых участвовал Меншиков, и ознакомили с ними государя. по приказанию Верховного Тайного Совета все вещи императора были перенесены из меншиковского дома в Летний дворец. Пётр по своём прибытии с охоты в Петербург послал объявить гвардии, чтобы она слушалась только его приказаний. Меншиков был обвинён в государственной измене, хищении казны и вместе со всей семьёй (включая Марию) сослан в город Берёзов Тобольского края. Мало кто огорчился по этому поводу.
По замечанию Е. В. Анисимова, вовсе не юный император придумывал указы о переезде двора с Васильевского острова, неподчинении распоряжениям Меншикова, его домашнем аресте, замене верного генералиссимусу коменданта Петропавловской крепости. В серии подписанных Петром II в начале сентября 1727 года императорских указов отчётливо видна опытная рука воспитателя Петра, Андрея Ивановича Остермана. Однако было бы ошибкой предполагать, что время Меншикова сменилось временем Остермана: на первый план вышел новый фаворит царя, князь Иван Алексеевич Долгоруков.