Белая акула
Другими природными врагами взрослых белых акул могут быть гребнистые крокодилы, известные нападениями на другие виды акул, в том числе на взрослых тигровых акул. Были зафиксированы случаи, когда гребнистые крокодилы убивали белых акул у берегов Северной Австралии. Местные рыбаки утверждали, что подобные происшествия также часто имели место и в прошлом. Очевидно, крокодилы также, как и косатки, стремятся перевернуть акулу на спину, но не ждут, пока она утонет, а разрывают ей горло и мягкое брюхо.
Чёрная колючая акула
Масса печени ночной акулы достигает 17 % от массы её тела, а три четверти печени составляет жир, придающий акуле почти нулевую плавучесть. Чтобы противостоять повышенной концентрации тяжёлых металлов на больших глубинах, в кровеносном русле ночной акулы есть специальные Т-лимфоциты, умеющие определять и помечать токсические вещества, чтобы сделать возможным их удаление. Эти Т-клетки вырабатываются частью лимфатической системы — лимфомиелоидной железой, расположенной в пищеводе акулы. Эта железа называется орган Лейдига и встречается также у некоторых других акул и скатов. Кроме этого, в печени ночной акулы есть специализированные белки, способные обезвреживать кадмий, медь, ртуть, цинк и другие токсичные вещества. Считается, что биолюминисценция служит ночным акулам для контрподсветки, размывающей силуэт акулы и делающей её невидимой для глядящих снизу вверх хищников. Кроме того, биолюминисценция, будучи специфической для вида, может также выполнять социальную функцию, например, координировать поведение в группе, обеспечивать поиск полового партнёра. Ночная акула является важным пищевым объектом для более крупных рыб. Главным охотником на ночных акул считается длинноносый скат ("Dipturus oxyrinchus").
К внутренним паразитам этого вида относятся моногенея "Squalonchocotyle spinacis", ленточные черви "Aporhynchus norvegicus", "Lacistorhynchus tenuis", и "Phyllobothrium squali", а также круглые черви "Anisakis simplex" и "Hysterothylacium aduncum". Некоторыми из этих паразитов ночные акулы заражаются, поедая добычу, которую паразиты используют как промежуточных хозяев, тогда как для других сами акулы служат промежуточными хозяевами. Усоногий рак "Anelasma squalicola" — наружный паразит, который прикрепляется к гнезду плавникового шипа акулы и проникает глубоко в мышцы, зачастую создавая условия для прикрепления второго (изредка и третьего) усоногого рака. Инвазия этими раками снижает плодовитость хозяина за счёт ослабления развития репродуктивных органов.