Карачаевцы
12 октября 1943 года вышел указ Президиума Верховного Совета СССР, а 14 октября — Постановление СНК СССР о выселении карачаевцев из Карачаевской автономной области в Казахскую и Киргизскую ССР. В этих документах причины выселения объяснялись:
«в связи с тем, что в период оккупации многие карачаевцы вели себя предательски, вступали в организованные немцами отряды для борьбы с советской властью, предавали немцам честных советских граждан, сопровождали и показывали дорогу немецким войскам, наступающим через перевалы в Закавказье, а после изгнания оккупантов противодействуют проводимым советской властью мероприятиям, скрывают от органов власти бандитов и заброшенных немцами агентов, оказывая им активную помощь».
Для силового обеспечения депортации карачаевского населения были задействованы войсковые соединения общей численностью в 53 327 человек, и 2 ноября состоялась депортация, по итогам которой в Казахстан и Киргизию были депортированы 69 267 карачаевцев. Впоследствии на месте было довыявлено и депортировано 329, а в других районах Кавказа ещё 90 карачаевцев; кроме того, 2543 чел. было демобилизовано из Красной Армии: вместо дома они тоже попали в спецкомендатуры.
Депортация черкесов
По мнению же российского политолога Андрея Епифанцева, депортация была трагедией черкесского народа, но о геноциде говорить не приходится, так как поголовного уничтожения черкесов не было. Он считает, что депортация была естественным для любой имперской экспансии явлением и считалась во время ее совершения нормальным процессом, а ответственность за нее несут черкесская рабовладельческая знать и Османская империя, которые агитировали против принятия предложения имперских властей о переселении на равнинные территории; он также отмечает, что многие эмигрировавшие черкесы впоследствии просили у османских властей разрешения вернуться на Кавказ. Епифанцев, однако, признает, что речь все же идет о депортации и что в результате ее проведения Кавказ лишился 95% проживавших на его территории черкесов. Как полагает американский историк Майкл Эллман, Епифанцев тем самым открывает путь для возможного признания депортации черкесов преступлением против человечности. Епифанцев также отрицает, что резня армян в Османской империи была геноцидом.