Кунсткамера
Первоначальная коллекция Кунсткамеры насчитывала более 2000 экспонатов и была куплена Петром I в 1717 году у её создателя Фредерика Рюйша, голландского анатома.Раздел включает три экспозиции, объединённые под условным названием «Музей М. В. Ломоносова». Экспозиция «Зал заседаний („Конференц-зал“) Петербургской академии наук» представляет повседневную деятельность первого научного учреждения России и биографию М. В. Ломоносова. Две другие экспозиции — «Астрономическая обсерватория Петербургской академии наук» и «Большой Готторпский Глобус-Планетарий» — освещают ранний период истории Кунсткамеры, когда в башне здания располагались Астрономическая обсерватория, служба точного времени и условная линия Петербургского меридиана.
Музей Чапских
В 1937 году музей приобрёл личный архив и библиотеку Богдана Гуттен-Чапского. В дальнейшем собрание музея пополнилось коллекцией средневековых монет Виктора Виттыга, пятью тысячами монет пястовского периода Зигмунта Закжевского, античных монет из собраний Францишка Пекосинского и Кароля Галамы, тевтонскими и курляндскими монетами Петра Уминского. Вся коллекция музея демонстрировалась до 1939 года, когда в связи с началом Второй мировой войны музей был закрыт, а коллекция музея находилась в запасниках Национального музея.