Кунсткамера
Первоначальная коллекция Кунсткамеры насчитывала более 2000 экспонатов и была куплена Петром I в 1717 году у её создателя Фредерика Рюйша, голландского анатома.Раздел включает три экспозиции, объединённые под условным названием «Музей М. В. Ломоносова». Экспозиция «Зал заседаний („Конференц-зал“) Петербургской академии наук» представляет повседневную деятельность первого научного учреждения России и биографию М. В. Ломоносова. Две другие экспозиции — «Астрономическая обсерватория Петербургской академии наук» и «Большой Готторпский Глобус-Планетарий» — освещают ранний период истории Кунсткамеры, когда в башне здания располагались Астрономическая обсерватория, служба точного времени и условная линия Петербургского меридиана.
Минералогический музей имени А. Е. Ферсмана
Крупные географические экспедиции академиков П. С. Палласа, И. Г. Георги, И. И. Лепёхина, С. П. Крашенинникова и других (вторая половина XVIII в.) обогатили минералогические и геологические собрания Кунсткамеры. Наряду с большими коллекциями минералов Саксонии, Англии и других стран постепенно накапливается минералогический материал, собранный на рудниках Алтая, Забайкалья, Урала и Северного края. В 80-х годах в Кунсткамере открываются специальные выставки для обозрения публики. К концу XVIII в. коллекция минералов насчитывает уже около 10 тыс. образцов.