Правительствующий сенат
Первыми сенаторами были назначены девять человек: граф Иван Мусин-Пушкин, боярин Тихон Стрешнев, князь Пётр Голицын, князь Михаил Долгоруков, князь Григорий Племянников, князь Григорий Волконский, генерал-кригсцальмейстер Михаил Самарин, генерал-квартирмейстер Василий Апухтин и Назарий Мельницкий. Обер-секретарём был назначен Анисим Щукин.
Боярская дума
Только с XVI в. дума имеет чёткий состав. Со времён Василия III ведутся списки её членов. В 1505 году в думе было 23 боярина, 6 окольничих, 1 дворецкий и 1 казначей. При Иване Грозном бояр стало меньше, зато стало больше неродотовитых членов думы: в 1584 году было 10 бояр, 1 окольничий, 1 крайчий, 1 казначей и 8 думных бояр. После Фёдора Ивановича число думных людей возрастает с каждым царствованием (за исключением Михаила Фёдоровича). Так, при Борисе Годунове их было 30, в смутное время 47, при Михаиле 19, при Алексее Михайловиче 59, при Фёдоре Алексеевиче — 167. Не всегда все члены думы собирались в заседания. Возможно, полные заседания думы происходили в особо важных случаях, в частности при созыве земских соборов. Заседания думы происходили в царском дворце — «На Верху» и в Золотой Палате. По свидетельству Маржерета, время заседаний думы было от 1 часа до 6 часов дня (4-9 часов утра). Бояре делили с царём все обыденные акты жизни: ходили в церковь, обедали и проч. По свидетельству Флетчера, для обсуждения дел назначены были понедельник, среда и пятница, но в случае надобности бояре заседали и в другие дни.