Депортация чеченцев и ингушей
В качестве причин депортации официально назывались массовое сотрудничество с оккупантами, антисоветская деятельность и бандитизм. Однако вайнахи физически не могли сотрудничать с оккупантами ввиду отсутствия оккупации. Фашисты смогли захватить лишь незначительную часть Малгобекского района и довольно скоро были выбиты оттуда. Масштабы антисоветской деятельности и бандитизма в республике также не превышали аналогичных показателей в соседних регионах. Официальные данные были сфальсифицированы для оправдания действий власти. Реальные причины депортации не установлены до сих пор. Депортация народов, ликвидация их государственности и изменение границ были незаконными, поскольку не предусматривались никакими законными или подзаконными актами.
Депортация карачаевцев
Также в Среднюю Азию, на основании приказа ГКО № 0741 от 3 марта 1944 года, были депортированы впоследствии военнослужащие карачаевской национальности. Численность спецпереселенцев, ранее служивших в Красной Армии, на май 1949 года составляла 2543 человек, из них офицеры — 238, сержанты — 495, солдаты — 1810 человек. Те карачаевцы, которые по каким то причинам остались в войсках, должны были, согласно Директиве народного комиссара внутренних дел № 140 от 22 августа 1945 года, направляться к месту расселения их семей или родственников. В пункте 1-м этой директивы было указано, что въезд на территорию бывшей Карачаевской области им воспрещен.