Спор о трёх главах
В 451 году был принят Халкидонский Символ веры, утверждающий две природы () во Христе, божественную и человеческую. Сторонники этой формулы желали утвердить идею о том, что Христос был в полной мере как Богом, так и человеком, тогда как критики этого символа интерпретировали его как неверное утверждение, что термин «Христос» стал обозначением двух различных сущностей, соединённых каким-то образом. Хотя формулировка основывалась на взглядах Кирилла Александрийского (ум. 444), Халкидонский собор не принял его теорию о том, что тот, кто пострадал на кресте, был Бог Сын, а не человек, соединённый с Богом. Оппоненты Халкидонского собора, получившие название монофизиты, утверждали, что собор следовал учению Нестория (ум. 451), осуждённому Эфесским собором в 431 году за разделение божества и человечества Христа на два различных лица. Они утверждали, что в Христе не две природы, а одна, понимая его человечество как набор некоторых дополнительных свойств, принятых воплощённым Логосом. Кроме того, они отвергали т. н. "Томос к Флавиану" папы Льва I (440—461) — его письмо константинопольскому патриарху Флавиану (447—449), заслушанное и одобренное Халкидонским собором, в котором различение двух природ имело для некоторых епископов восточной части Византийской империи несторианское звучание. Более того, этот собор восстановил на своих кафедрах Феодорита Кирского и Иву Эдесского, известных оппонентов Кирилла Александрийского и сторонников Нестория.
Халкидонский собор
Халкидонский собор, на который так полагался император Маркиан, не принёс мира во Вселенскую церковь. В это время христианство было разделено как минимум на четыре ветви с четырьмя различными вероопределениями: в Риме господствовало халкидонитство, в Византии — миафизитство в духе энотикона императора Зенона, в Персии — несторианство, в захваченном вандалами Карфагене, а также в Испании и части Галлии — арианство. Вера византийцев в единую природу Христа в данной ситуации была более приемлемой для Армянской церкви. Во-первых, эта вера соответствовала вере самой Армянской церкви, а кроме прочего, единство в вере с Византией в любом случае было предпочтительнее, чем с другими. А потому на Первом Двинском соборе 506 года, в котором участвовали епископы Армении, Грузии и Албании Кавказской, энотикон был официально принят Армянской и соседними церквями. На этом же соборе было ещё раз отвергнуто несторианство, а также вероопределение Халкидонского собора как фактор, способствующий развитию несторианства. Новый император Юстин I (518—527) осудил энотикон Зенона, а Халкидонский собор провозгласил святым и Вселенским для церкви Византии. Его преемник Юстиниан окончательно искоренил из греческих церквей монофизитство. Однако Армянская церковь была свободна от его давления — вероопределение Халкидона было уже не в состоянии повлиять на неё.