Мотив (молекулярная биология)
Характерными примерами регуляции транскрипции, осуществляемой с помощью белка, распознающего специальный мотив, являются:Одними из наиболее известных примеров регуляции трансляции при помощи мотив-распознающих регуляторов являются:Сила взаимодействия белка или РНК с ДНК мотивом зависит в первую очередь от последовательности данного мотива. Различают «сильные» мотивы, дающие сильное взаимодействие с белком или РНК и «слабые» мотивы, с которыми взаимодействие слабее. Практически всегда удаётся получить так называемую «консенсусную последовательность» («консенсус»), то есть такую последовательность, в каждой позиции которой стоит буква, наиболее часто встречающаяся в соответствующей позиции во последовательностях мотивов из разных организмов. Консенсусная последовательность принимается за самую сильную, каковой она почти всегда и является. Более слабые мотивы получаются из неё с помощью небольшого (чаще всего 1—3) числа замен.
Гомологичная рекомбинация
Столкновение с Chi-сайтом резко меняет активность фермента RecBCD. Раскручивание цепи замирает на несколько секунд, а затем возобновляется со скоростью, примерно вполовину меньшей, чем вначале. Вероятно, это связано с тем, что после Chi-сайта ДНК расплетает хеликаза RecB — более медленная хеликаза, чем RecD, которая расплетает ДНК до Chi-сайта. Распознавание Chi-сайта приводит к тому, что RecBCD вносит разрыв в цепь, содержащую Chi-сайт, и начинает загружать белки на новообразованный 3'-конец. Получившаяся нуклеопротеидная нить ищет похожую последовательность ДНК на гомологичной хромосоме и внедряется в неё. Процесс поиска вызывает растяжение ДНК-дуплекса, что усиливает гомологическую распознаваемость (механизм, называемый ()). Внедрение нуклеопротеидной нити вытесняет одну из цепей дуплекса гомологичной хромосомы и формируется D-петля, дальнейший разрез которой приведет к появлению структуры Холлидея. Если две взаимодействующие молекулы различаются, то разрешение структуры при помощи белков RuvABC- или RecG создает две рекомбинантные молекулы ДНК разных генетических типов (реципрокный механизм). Однако возможен и альтернативный ход развития событий: внедрение 3'-нуклеопротеидной цепи с Chi-сайтом на конце может спровоцировать синтез ДНК и образование репликативнной вилки, но в итоге образуется только один тип рекомбинантной ДНК (нереципрокный механизм).