Органеллы
Ядерный аппарат — область клетки, содержащая специализированные компоненты, способствующие хранению и реализации генетического материала. Ядро эукариот состоит из двумембранной ядерной оболочки, хроматина, ядрышка, матрикса и кариоплазмы. В некоторых местах ядерной оболочки мембраны смыкаются, образуя ядерные поры — участки оболочки, содержащие сложные комплексы белковых молекул, осуществляющих транспорт веществ. У прокариот имеется аналог клеточного ядра — нуклеоид, или нуклеоплазма. Зона нуклеоида, в отличие от клеточного ядра, не отделена от цитоплазмы оболочкой и содержит рибосомы, различные граны и мембраны.
Цианеллы
Наиболее изучены цианеллы пресноводной водоросли . Её клетка содержит две крупные цианеллы; их геном был полностью секвенирован в 1995 году. Геном (как и у клеток цианобактерий) представлен одной кольцевой хромосомой, сконцентрированной в центре органеллы, и содержит 135 599 пар нуклеотидных оснований (размер генома, типичный для нормальных хлоропластов). Число генов в геноме также сильно редуцировано: в цианеллах и других хлоропластах их около 200, в то время как геном цианобактерий содержит свыше 3000 генов; при этом в геноме цианелл имеется ряд генов, которые у высших растений содержатся в ядре или отсутствуют. Среди них есть гены специфичных для цианелл транспортных белков, участвующих в импорте белков из цитоплазмы. Интересно, что в цианеллах нет генов, отвечающих за синтез пептидогликана; путь его синтеза и отвечающие за него ферменты у "Cyanophora" в настоящее время не изучены.