Наруто
Главный герой серии, подросток Наруто Удзумаки, является носителем девятихвостого демона-лиса, запечатанного в его теле. За двенадцать лет до начала событий, излагаемых в манге, демон-лис напал на , родную деревню Наруто. Ради спасения Конохи Четвёртый Хокагэ, глава селения, пожертвовал жизнью, чтобы запечатать дух зверя внутри своего новорождённого сына Наруто. Хокагэ желал, чтобы люди считали Наруто героем, поскольку отныне он сдерживал мощь девятихвостого лиса, однако население деревни восприняло Наруто как демона во плоти и возненавидело его. Поскольку упоминать об атаке лиса было запрещено, Наруто узнал о своей необычности лишь случайно, годы спустя.
Манга делится на две части. В начале первой части Наруто с большим трудом завершает обучение и получает звание гэнина — начинающего ниндзя. Он и двое его одноклассников, Саскэ Утиха и Сакура Харуно, образуют команду под началом опытного сэнсэя Какаси Хатакэ. По мере развития сюжета Наруто находит новых друзей среди жителей деревни и овладевает новыми способностями, считая их необходимыми для того, чтобы в будущем исполнить свою мечту — стать Хокагэ. Вскоре Коноха подвергается атаке: беглый ниндзя и разыскиваемый преступник Оротимару вместе со своими приспешниками нападает на селение, убивая его главу — Третьего Хокагэ. Будучи в состоянии меняться телами с другими людьми, Оротимару желает заполучить тело Саскэ Утихи, считая его наследственные способности подходящими для себя, так как Саскэ является представителем клана Утиха, наиболее одарённого среди ниндзя. Саскэ добровольно уходит к Оротимару, полагая, что тот даст ему возможность стать сильнее и отомстить своему старшему брату Итати. До начала событий манги Итати уничтожил весь клан Утиха за исключением Саскэ, для которого месть превратилась в смысл жизни. Наруто, желая вернуть ушедшего Саскэ, покидает Коноху и посвящает себя тренировкам. Он занимается с легендарным ниндзя Дзирайей, бывшим товарищем Оротимару, чтобы подготовиться к следующей встрече и возможной битве с Саскэ.
Оротимару (Наруто)
Хотя амбиции Оротимару и предполагали возможность занять пост следующего, Четвёртого Хокагэ, однако его действия были нацелены на совершенно другие, чуждые нормальному человеку, цели. Сарутоби знал, что истинная сущность синоби проявляется тогда, когда он должен стать на защиту кого-либо очень для него важного, и роль Хокагэ состоит именно в любви и защите жителей деревни как членов своей собственной семьи. Однако для Оротимару этот титул был не более чем пустой звук, так как единственное, что его интересовало, это власть. Сарутоби, не дождавшись «работы над ошибками» своего бывшего ученика, в качестве преемника на посту лидера деревни назвал ученика Дзирайи, Минато Намикадзэ. Раздосадованный Оротимару, также имевший учеников, в частности Анко Митараси, после этого полностью ушёл в подполье. Им овладела безумная идея — не только изучить все дзюцу мира, но и достигнуть человеческого совершенства — стать бессмертным.
На протяжении нескольких лет он похищал своих коллег, ниндзя, и маленьких детей, ставя над ними многочисленные опыты. Шестидесяти маленьким девчонкам и мальчишкам он пересадил ДНК Первого Хокагэ, надеясь воспроизвести уникальные дзюцу управления деревом и контроля бидзю Хасирамы Сэндзю. Также он тайно сотрудничал и с Дандзо, пересадив тому несколько сяринганов. Обнаружив пропажи людей, руководство Конохи начало расследование и след привёл к Оротимару. Третий Хокагэ, стоя со злодеем лицом к лицу в одной из тайных баз, не смог поднять против него руку, и воспользовавшемуся моментом Оротимару удалось скрыться. Впоследствии выяснилось, что единственным выжившим из 60 детей оказался Ямато. Именно он стал самым успешным образцом эксперимента. Ему в какой то мере передалось ДНК Первого Хокагэ, дав ему возможность использовать стиль дерева "мокутон". Он был единственным синоби в деревне Листа, обладавший древесным стилем. За счет чего, его приняли в АНБУ, в команду под руководством Какаси Хатаке.