Кунсткамера
Первоначальная коллекция Кунсткамеры насчитывала более 2000 экспонатов и была куплена Петром I в 1717 году у её создателя Фредерика Рюйша, голландского анатома.Раздел включает три экспозиции, объединённые под условным названием «Музей М. В. Ломоносова». Экспозиция «Зал заседаний („Конференц-зал“) Петербургской академии наук» представляет повседневную деятельность первого научного учреждения России и биографию М. В. Ломоносова. Две другие экспозиции — «Астрономическая обсерватория Петербургской академии наук» и «Большой Готторпский Глобус-Планетарий» — освещают ранний период истории Кунсткамеры, когда в башне здания располагались Астрономическая обсерватория, служба точного времени и условная линия Петербургского меридиана.
Гербарий БИН РАН
Первые гербарные коллекции в Петербурге накапливались в Кунсткамере (в том числе сборы И. Г. Гмелина, Г. В. Стеллера, И. И. Георги и др.). «Состояние многих этих гербариев было жалкое». Возможно это побудило П. С. Палласа продать свои коллекции за границу, однако, по убеждению Д. И. Литвинова, «кроме своих личных коллекций, которые, в сущности, тоже принадлежали нашей Академии, Паллас продал (добро бы — пожертвовал куда) и существеннейшую часть гербария Академии!» (Литвинов, 1909).