Минералогический музей имени А. Е. Ферсмана
В 1716 году по приказу царя Петра I в Данциге была приобретена коллекция минералов (1195 образцов), которая положила начало Минеральному кабинету Кунсткамеры в Санкт-Петербурге.
Музей нонконформистского искусства
Первым директором МНИ стала Марина Колдобская (выставки и проекты новейших течений) и Е. Орлов (выставки художников-нонконформистов и художников Газаневской культуры). В 1999 году по инициативе Андрея Хлобыстина на базе музея был открыт отдел «Петербургский архив и библиотека независимого искусства» (ПАиБНИ), в которые вошли материалы о неофициальном искусстве Ленинграда 40-90-х годов XX века, видеоархив, коллекция «самиздата», плакатов, писем, фотографий, одежды и личных вещей художников и активистов.