Депортация чеченцев и ингушей
В качестве причин депортации официально назывались массовое сотрудничество с оккупантами, антисоветская деятельность и бандитизм. Однако вайнахи физически не могли сотрудничать с оккупантами ввиду отсутствия оккупации. Фашисты смогли захватить лишь незначительную часть Малгобекского района и довольно скоро были выбиты оттуда. Масштабы антисоветской деятельности и бандитизма в республике также не превышали аналогичных показателей в соседних регионах. Официальные данные были сфальсифицированы для оправдания действий власти. Реальные причины депортации не установлены до сих пор. Депортация народов, ликвидация их государственности и изменение границ были незаконными, поскольку не предусматривались никакими законными или подзаконными актами.
Депортация карачаевцев
15 апреля 1943 года вышла директива НКВД СССР и Прокуратуры СССР № 52-6927, по которой были определены к выселению «573 члена семей главарей повстанцев». Однако в связи с тем, что «67 бандглаварей обратились с повинной в советские органы власти, численность семей подлежащих депортации, была сокращена до 110 (472 человека)». 9 августа 1943 г. они были выселены за пределы Карачаевской автономной области. В последующем эта мера была распространена на весь карачаевский народ.