Арианский спор
Весной 365 года был издан рескрипт, предписывающий удалить с кафедр епископов, низложенных при Констанции и возвратившихся к своим церквям при Юлиане. Сам император, отправившийся на Восток, в связи с возможной опасностью со стороны персов, изгнал из Антиохии Мелетия и заставлял всех под страхом наказания вступать в общение с Евзоием (омием), хотя (из евстафианской группы) он не тронул. В Александрии рескрипт был получен 5 мая, но Афанасий, поддерживаемый населением, бежал из города только 5 октября. Восстание Прокопия заставило императора просить Афанасия вернуться к управлению церковной жизнью Александрии.
С 370 года, после окончания войны с готами, снова начались гонения на не-омиев. По рассказу Сократа Схоластика, когда император находился в Никомедии, к нему прибыло посольство из 80 пресвитеров, жаловавшихся на притеснения со стороны ариан в Константинополе после того, как епископом стал Димофил. По приказанию Валента они были преданы смерти путём сожжения на корабле, отправленном в открытое море. По всей видимости, лежащий в основе этих событий реальный факт был преувеличен историком.
Арианский спор
Тем не менее, уже в конце 326 года Константин вступил в переписку с Арием, который в одном из своих посланий высказал своё исповедание веры, признанное придворными епископами вполне православным. Произошло ли окончательное примирение Ария, Евсевия Никомедийского и Феогниса Никейского с церковью на состоявшейся зимой 327—328 годов «второй сессии Никейского собора» и имела ли вообще место эта «сессия» — дискуссионный вопрос. Помимо указанной переписки, подтверждением факта проведения «второй сессии» является сопоставление утверждений, что, с одной стороны, Александр Александрийский умер через пять месяцев после Никейского собора и, с другой стороны, что это произошло 27 апреля 328 года. В целом не считающийся достоверным источником, Филосторгий подтверждает проведение собора в Никомедии через три года после Никейского собора. Вопрос о том, была или нет вторая сессия Никейского собора, является дискуссионным. Шварц, Опиц, О. Зеек, и ряд других историков признавали факт её существования. Более поздние исследователи полагали возможным, в крайнем случае, проведение собора в Никомедии, но не повторный сбор участников Никейского собора.