Холокост в Литве
С августа по декабрь на территории Литвы было убито от 130 до 140 тысяч евреев. Командир айнзатцкоманды 3 Карл Егер 1 декабря 1941 года составил подробный отчёт о массовых убийствах. Согласно отчёту, подразделением в тесном сотрудничестве с литовскими добровольцами был уничтожен 136 421 еврей (46 403 мужчины, 55 556 женщин и 34 464 ребёнка), а также 1064 коммуниста, 653 психически больных и 134 прочие жертвы.
Холокост в Эстонии
В концлагеря Клоога и Вайвара в 1943—1944 годах из Латвии, Литвы и Польши были направлены около 10 тысяч евреев для тяжелых физических работ. От 5 до 6 тысяч были уничтожены или погибли. Так, в лагере «Эреда» 24—27 июля 1944 года были расстреляны 1390—1400 евреев — все заключённые. Тела были сожжены. С 19 по 23 сентября 1944 года в Клооге было осуществлено массовое убийство узников, по данным Вайс-Вендта, погибло 1634 еврея и 150 советских военнопленных. Лагеря охраняли 300 человек из 287-го и 290-го эстонских полицейских батальонов. Всеми остальными вопросами, связанными с функционированием лагерей, руководили немцы.