Распад СССР
8 мая того же года Верховный Совет ЭССР принял закон о признании недействительным наименования «Эстонская Советская Социалистическая Республика». Также согласно этому закону было прекращено использование герба, флага и гимна Эстонской ССР в качестве государственных символов и восстановлено действие Конституции Эстонской Республики 1938 года (где в статье 1 указано, что Эстония является самостоятельной и независимой республикой), то есть фактически Эстония объявила о выходе из состава Союза ССР. Через 8 дней был принят закон об основах временного порядка управления Эстонией, согласно которому прекращалась подчиненность органов государственной власти, государственного управления, органов суда и прокуратуры республики соответствующим органам власти Союза ССР и они отделялись от соответствующей системы СССР. Было объявлено, что отношение между республикой и Союзом ССР отныне строяться на основе Тартуского мирного договора, заключенного между Эстонской Республикой и РСФСР 2 февраля 1920 года.
Российско-эстонские отношения
С распадом Советского Союза в декабре 1991 года, Российская Федерация стала независимой страной, получив широкое признание правопреемницы СССР в дипломатических делах. В Эстонии по переписи 2000 года проживало 86 067 граждан России (6,28 % населения), по данным на 2011 год — 95 570 (7,00 % населения). В России в 2002 году проживало 1066 граждан Эстонии. По оценке ФСБ 2007 года, однако, в приграничном Печорском районе Псковской области жило около 10 000 человек с двойным гражданством России и Эстонии.