Софийский собор (Вологда)
В качестве архитектурного образца был избран Успенский собор в Москве. Иван Грозный, видимо, хотел иметь в своей северной опричной резиденции подобие Успенского собора Московского кремля. Иван Грозный лично наблюдал за строительством Вологодского кремля, неоднократно подолгу останавливался в Вологде. Царь посетил собор после завершения основных строительных работ в 1570 году, а вскоре после этого неожиданно покинул Вологду, после чего строительство как кремля, так и собора было заброшено. Существует легенда, связанная с этим посещением:
Неции же глаголют, егда совершена бысть оная церковь и великий государь вшед видети пространство ея, и будто нечто отторгнуся от свода и пад, повреди государя во главу. И того ради великий государь опечалихся и повеле церковь разобрать. Но чрез же некоторое прошение преклонися на милость, обаче многия годы церковь было не освящена.
Собор оставался неоконченным до 1587 года, когда при царе Фёдоре Иоанновиче приступили к его достройке. Отделка была выполнена не полностью: окончен был лишь южный придел, средняя же часть храма была достроена позднее.
Софийский собор (Вологда)
Посвящение Софии исторически — древняя традиция, берущая начало из Византии. Софии были посвящены главные соборы многих городов, наследующих традиции Византии (см.: Софийский собор (Константинополь), Софийский собор (Киев), Софийский собор (Новгород), собор святой Софии (София) и другие). Посвящение же вологодского собора Софии Премудрости Божией связывают с демонстрацией независимости Вологды от Великого Новгорода и возвышением Вологды после переноса в неё центра Вологодско-Пермской епархии из Усть-Выми в 1589 году. Кафедра была возведена на степень архиепископии, утвержден титул архиерея — архиепископ Вологодский и Великопермский. После освящения главного престола в конце XVI века вологодский Архиерейский дом по аналогии с новгородским стал именоваться «Домом святой Софеи». Храмовая икона Софии Премудрости Слова Божия (1618 год, иконописцы Ждан Дементьев, Василий Новгородец, сейчас в Вологодском историко-архитектурном музее-заповеднике) стала епархиальным символом.