Арианский спор
Весной 365 года был издан рескрипт, предписывающий удалить с кафедр епископов, низложенных при Констанции и возвратившихся к своим церквям при Юлиане. Сам император, отправившийся на Восток, в связи с возможной опасностью со стороны персов, изгнал из Антиохии Мелетия и заставлял всех под страхом наказания вступать в общение с Евзоием (омием), хотя (из евстафианской группы) он не тронул. В Александрии рескрипт был получен 5 мая, но Афанасий, поддерживаемый населением, бежал из города только 5 октября. Восстание Прокопия заставило императора просить Афанасия вернуться к управлению церковной жизнью Александрии.
С 370 года, после окончания войны с готами, снова начались гонения на не-омиев. По рассказу Сократа Схоластика, когда император находился в Никомедии, к нему прибыло посольство из 80 пресвитеров, жаловавшихся на притеснения со стороны ариан в Константинополе после того, как епископом стал Димофил. По приказанию Валента они были преданы смерти путём сожжения на корабле, отправленном в открытое море. По всей видимости, лежащий в основе этих событий реальный факт был преувеличен историком.
Арий
Занимая пост пресвитера одной из церквей Александрии, Арий имел возможность длительное время излагать своё учение. Время появления арианства точно не известно, и по этому поводу существует несколько мнений. Широкую известность оно получило после того, как Арий вступил в спор с епископом Александром, употребившим в публичном обсуждении выражение «Бог есть Троица во Единице и Единица во Троице». Против Ария, усмотревшего в этом выражении савеллианство, вначале выступил александрийский архипресвитер Коллуф, затем Арий проиграл в публичном диспуте, после чего Александр отлучил его от церкви. Однако Александр не был сильным богословом. Поэтому, по мнению религиоведа А. В. Карташёва, с первых же дней спора Ария с Александром «за спиной последнего встал и укрепил его» Афанасий Александрийский, получивший впоследствии прозвание «Великий», бывший в то время диаконом.