Расследование обстоятельств гибели царской семьи
В октябре 2011 года следователь Соловьёв передал представителям дома Романовых постановление о прекращении расследования дела. В официальном заключении Следственного комитета России, оглашённом в октябре 2011 года, указывалось, что следствие не располагает документальными доказательствами причастности Ленина либо кого-то другого из высшего руководства большевиков к расстрелу царской семьи. Современные российские историки указывают на несостоятельность выводов о якобы непричастности лидеров большевиков к убийству на основании отсутствия в современных архивах документов прямого действия: Ленин практиковал личное принятие и отдачу самых кардинальных распоряжений на места тайно и в высшей степени конспиративно. По мнению А. Н. Боханова, ни Ленин, ни его окружение не отдавали и ни за что не стали бы по вопросу, связанному с убийством царской семьи, отдавать письменные приказы. Кроме того, А. Н. Боханов отмечал, что «очень многие события в истории не отражены документами прямого действия», в чём нет ничего удивительного. Позиция Канцелярии Дома Романовых соответствует разъяснениям А. Н. Боханова, её директор Александр Закатов прокомментировал это постановление таким образом, что представители Романовых полагают, что лидеры большевиков могли отдавать не письменные приказы, а устные распоряжения.
Анастасия Николаевна
Окончательно сомнения удалось разрешить в 2007 году, после обнаружения в Поросенковом логу останков молодой девушки и мальчика, идентифицированных позже как цесаревич Алексей и Мария. Генетическая экспертиза подтвердила первоначальные выводы. В июле 2008 года данную информацию официально подтвердил Следственный комитет при Прокуратуре РФ, сообщив, что экспертиза останков, найденных в 2007 году на старой Коптяковской дороге, установила: обнаруженные останки принадлежат великой княжне Марии и цесаревичу Алексею, являвшемуся наследником императора. Однако, группа известных генетиков (принимавших участие во всех этих ДНК-тестах) во главе с М.Коблом (Dr. Michael D. Coble) в результирующей статье в 2009 году пишут(раздел «Обсуждение», в переводе с английского):
Следует отметить, что получившие широкую огласку прения о том, останки Марии или Анастасии найдены во втором захоронении не могут быть урегулированы на основе результатов проведённого ДНК анализа. В отсутствие спецификации данных ДНК каждой из сестер, мы можем окончательно идентифицировать только Алексея — только сына Николая и Александры.
А также, в разделе «Справочная информация» этой статьи (в комментарии к рис. S1):
Идентифицировать (останки) как именно Марию или именно Анастасию с помощью анализа ДНК не удалось.
Уголовное дело о гибели царской семьи официально закрыто.