Ходжалинская резня
В ночь с 25 на 26 февраля 1992 года армянские вооружённые формирования, при участии некоторых военнослужащих 366-го гвардейского мотострелкового полка Объединённых сил СНГ, дислоцированного в Степанакерте (как предполагается, действовавших без приказа командования), после неоднократных предупреждений о готовящемся наступлении, начали штурм и заняли город Ходжалы, из которого азербайджанскими силами вёлся обстрел Степанакерта. Во время штурма и после него, были ранены, погибли и пропали без вести сотни мирных жителей.
Ходжалинская резня
В 2017 году Муталибов дал интервью агентству Avrasiya, где заявил, что посылаемая им в 1992 году помощь в Ходжалы не поступала туда. По его словам трагедии в Ходжалы не произошло бы, если ему не мешали бы силы, ведущие с ним борьбу за власть.