Распад СССР
8 мая того же года Верховный Совет ЭССР принял закон о признании недействительным наименования «Эстонская Советская Социалистическая Республика». Также согласно этому закону было прекращено использование герба, флага и гимна Эстонской ССР в качестве государственных символов и восстановлено действие Конституции Эстонской Республики 1938 года (где в статье 1 указано, что Эстония является самостоятельной и независимой республикой), то есть фактически Эстония объявила о выходе из состава Союза ССР. Через 8 дней был принят закон об основах временного порядка управления Эстонией, согласно которому прекращалась подчиненность органов государственной власти, государственного управления, органов суда и прокуратуры республики соответствующим органам власти Союза ССР и они отделялись от соответствующей системы СССР. Было объявлено, что отношение между республикой и Союзом ССР отныне строяться на основе Тартуского мирного договора, заключенного между Эстонской Республикой и РСФСР 2 февраля 1920 года.
Присоединение Эстонии к СССР
До лета 1941 года были арестованы и большей частью высланы в советские тюрьмы и лагеря около 9400 человек. Из числа арестованных в 1940 году, по крайней мере 250 человек были казнены, а по меньшей мере 500 — умерли в заключении; из арестованных в 1941 году более 1600 были казнены, и почти 4000 умерли в заключении. Из 11 высших руководителей Эстонии (глав государства и правительства) за период с 1918 по 1940 годы после советской аннексии выжил только бежавший в Швецию Август Рей. Отто Штрандман застрелился до ареста, трое были казнены, остальные умерли в заключении. Также было арестовано 2/3 бывших министров, половина депутатов парламента и членов Верховного суда, высших госчиновников и уездных старейшин. В отчёте командира полиции безопасности и СД, предназначенном не для пропаганды, а для внутреннего пользования, говорится о 623 казнённых НКВД в Эстонии. В полном списке граждан Эстонии (основанном на материалах Эстонского
государственного архива) расстрелянных по приговору советских военных трибуналов в 1940—1941 годах значатся 324 человека, из них 184 были расстреляны до 22 июня 1941 года. Национальный состав казнённых распределяются следующим образом: 138 эстонцев (75 %) и 46 русских (25 %).