Распад СССР
8 мая того же года Верховный Совет ЭССР принял закон о признании недействительным наименования «Эстонская Советская Социалистическая Республика». Также согласно этому закону было прекращено использование герба, флага и гимна Эстонской ССР в качестве государственных символов и восстановлено действие Конституции Эстонской Республики 1938 года (где в статье 1 указано, что Эстония является самостоятельной и независимой республикой), то есть фактически Эстония объявила о выходе из состава Союза ССР. Через 8 дней был принят закон об основах временного порядка управления Эстонией, согласно которому прекращалась подчиненность органов государственной власти, государственного управления, органов суда и прокуратуры республики соответствующим органам власти Союза ССР и они отделялись от соответствующей системы СССР. Было объявлено, что отношение между республикой и Союзом ССР отныне строяться на основе Тартуского мирного договора, заключенного между Эстонской Республикой и РСФСР 2 февраля 1920 года.
Присоединение Эстонии к СССР
После окончания немецкой оккупации политика советизации была продолжена. Были воссозданы органы коммунистической партии и советской власти. В 1944—1950 годы все органы местного самоуправления были распущены и повсюду заменены административными органами по советскому образцу. Завершилась начатая до войны национализация: частный сектор в промышленности был ликвидирован в 1945 году, в торговле — в 1947. С 1947 началась коллективизация сельского хозяйства, к концу 1950 года в Эстонии было 2213 колхозов. С 1950 года началось слияние малых колхозов в крупные социалистические хозяйства. Экономика Эстонии во всё большей мере интегрировалась в экономику СССР через поставки сырья и комплектующих изделий. Одним из мероприятий властей по привлечению симпатий местного населения была выдача паспортов всем жителям Прибалтики в 1947 году, в том числе в Эстонии, — на 25 лет раньше, чем в России и других регионах СССР. Елена Зубкова отмечает, что на первом этапе послевоенной советизации (до 1947 года) Москва стремилась избегать наиболее жёстких методов обеспечения влияния в Прибалтике и Восточной Европе. После 1947 года был взят курс на унификацию политических режимов по советскому образцу без учёта местной специфики, что вызвало усиление сопротивления этой политике и массовые репрессии против недовольных.
Насильственная коллективизация спровоцировала вооружённое сопротивление против советской власти, получившее название «лесные братья» (); сопротивление действовало до 1953 года. Численность партизан составляла до 10 тысяч (по некоторым оценкам до 15 тысяч) человек, а с учётом ротации в вооружённом сопротивлении приняли участие до 30 тысяч эстонцев. По мнению Зубковой, основными мотивами к массовому сопротивлению были стремление к восстановлению независимости и возвращение советского террора, начатого в 1940 году.