Расследование обстоятельств гибели царской семьи
В октябре 2011 года следователь Соловьёв передал представителям дома Романовых постановление о прекращении расследования дела. В официальном заключении Следственного комитета России, оглашённом в октябре 2011 года, указывалось, что следствие не располагает документальными доказательствами причастности Ленина либо кого-то другого из высшего руководства большевиков к расстрелу царской семьи. Современные российские историки указывают на несостоятельность выводов о якобы непричастности лидеров большевиков к убийству на основании отсутствия в современных архивах документов прямого действия: Ленин практиковал личное принятие и отдачу самых кардинальных распоряжений на места тайно и в высшей степени конспиративно. По мнению А. Н. Боханова, ни Ленин, ни его окружение не отдавали и ни за что не стали бы по вопросу, связанному с убийством царской семьи, отдавать письменные приказы. Кроме того, А. Н. Боханов отмечал, что «очень многие события в истории не отражены документами прямого действия», в чём нет ничего удивительного. Позиция Канцелярии Дома Романовых соответствует разъяснениям А. Н. Боханова, её директор Александр Закатов прокомментировал это постановление таким образом, что представители Романовых полагают, что лидеры большевиков могли отдавать не письменные приказы, а устные распоряжения.
Обретение останков царской семьи
Патриарх Алексий II в преддверии занятий Архиерейского собора 2000 года, который совершил акт прославления царской семьи, говорил о останках, найденных под Екатеринбургом: "«У нас есть сомнения в подлинности останков, и мы не можем призывать верующих поклоняться лжемощам, если в будущем они будут признаны таковыми.»" Митрополит Ювеналий (Поярков), ссылаясь на суждение Священного Синода от 26 февраля 1998 года («Оценка достоверности научных и следственных заключений, равно как и свидетельство об их незыблемости или неопровержимости, не входит в компетенцию Церкви. Научная и историческая ответственность за принятые в ходе следствия и изучения выводы относительно „екатеринбургских останков“ полностью ложится на Республиканский центр судебно-медицинских исследований и Генеральную прокуратуру Российской Федерации. Решение Государственной Комиссии об идентификации найденных под Екатеринбургом останков как принадлежащих Семье Императора Николая II вызвало серьёзные сомнения и даже противостояния в Церкви и обществе.»), докладывал Архиерейскому собору в августе 2000 года: "«Захороненные 17 июля 1998 года в Санкт-Петербурге „екатеринбургские останки“ на сегодняшний день не могут быть признаны нами принадлежащими Царской Семье.»"