Саид Бурятский
6 марта 2010 г. глава ФСБ России А. В. Бортников доложил Президенту РФ Д. Медведеву о том, что Саид Бурятский и четыре брата Картоевы убиты, а также арестованы ещё 10 человек, причастных к взрыву поезда «Невский экспресс» в ноябре 2009 года. Бортников сказал, что «были проведены генетические экспертизы бандитов на причастность к подрыву поезда „Невский экспресс“, совершенному в ноябре прошлого года. Все эти материалы дают основание считать, что именно они принимали участие в этом преступлении». По его словам, на месте проведения спецоперации обнаружены вещественные доказательства, которые имеют непосредственное отношение к подрыву поезда. Кроме того, были найдены компоненты взрывных устройств, «идентичные тем, которые применялись при подрыве поезда „Невский экспресс“ в 2007 году».
Крушение императорского поезда
Другая версия событий была изложена в воспоминаниях В. А. Сухомлинова и М. А. Таубе (сына инспектора императорских поездов). Согласно ей, крушение было вызвано взрывом бомбы, которую заложил помощник повара императорского поезда, связанный с революционными организациями (см. Народная Воля). Заложив бомбу с часовым механизмом в вагон-столовую, рассчитав момент взрыва ко времени завтрака царской семьи, он сошёл с поезда на остановке перед взрывом и скрылся за границу. Согласно свидетельствам написанным в мемуарах Ольги Александровной, в момент аварии поезд резко покачнулся, и спустя мгновение вагон столовой разорвало в клочья, а колёса с половиной вагона отрезало взрывом, а после событий в семье разговоры шли, якобы, исключительно о теракте, а не обычной аварии. Официальная версия о неисправности путей, также якобы была сделана дабы избежать «вдохновления» других возможных злоумышленников последующих терактов.