Арианский спор
Весной 365 года был издан рескрипт, предписывающий удалить с кафедр епископов, низложенных при Констанции и возвратившихся к своим церквям при Юлиане. Сам император, отправившийся на Восток, в связи с возможной опасностью со стороны персов, изгнал из Антиохии Мелетия и заставлял всех под страхом наказания вступать в общение с Евзоием (омием), хотя (из евстафианской группы) он не тронул. В Александрии рескрипт был получен 5 мая, но Афанасий, поддерживаемый населением, бежал из города только 5 октября. Восстание Прокопия заставило императора просить Афанасия вернуться к управлению церковной жизнью Александрии.
С 370 года, после окончания войны с готами, снова начались гонения на не-омиев. По рассказу Сократа Схоластика, когда император находился в Никомедии, к нему прибыло посольство из 80 пресвитеров, жаловавшихся на притеснения со стороны ариан в Константинополе после того, как епископом стал Димофил. По приказанию Валента они были преданы смерти путём сожжения на корабле, отправленном в открытое море. По всей видимости, лежащий в основе этих событий реальный факт был преувеличен историком.
Тирский собор
В ходе конфликта между и противниками идеи об единосущности Бога Отца и Сына, не завершившегося с формальным осуждением Ария и его учения Никейским собором, уже при жизни Константина Великого успеха стала добиваться арианская партия во главе с Евсевием Никомидийским. На Антиохийском соборе был низложен один из лидеров их противников, епископ Евстафий Антиохийский. В трудах церковных историков уделяется внимание и другим значительным жертвам «евсевиан» — Маркеллу Анкирскому, осужденному на Константинопольском соборе в 336 году, и Афанасию Великому.