Ходжалинская резня
В ночь с 25 на 26 февраля 1992 года армянские вооружённые формирования, при участии некоторых военнослужащих 366-го гвардейского мотострелкового полка Объединённых сил СНГ, дислоцированного в Степанакерте (как предполагается, действовавших без приказа командования), после неоднократных предупреждений о готовящемся наступлении, начали штурм и заняли город Ходжалы, из которого азербайджанскими силами вёлся обстрел Степанакерта. Во время штурма и после него, были ранены, погибли и пропали без вести сотни мирных жителей.
Ходжалинская резня
Однако в интервью 2006 года Муталибов отверг утверждения о том, что он обвинял в произошедшем «неназванную силу». В интервью агентству «Регнум» он обвинил Дану Мазалову в переиначивании некоторых его высказываний в погоне за сенсациями и с целью получения преимуществ в информационной войне. Обвинения в адрес Народного фронта Азербайджана, озвученные в интервью в «Независимой Газете», Муталибов также опроверг. По его словам, не было связи между произошедшим и НФА — последний всего лишь сфокусировал своими действиями всё общественное недовольство на персоне экс-президента