Распад СССР
8 мая того же года Верховный Совет ЭССР принял закон о признании недействительным наименования «Эстонская Советская Социалистическая Республика». Также согласно этому закону было прекращено использование герба, флага и гимна Эстонской ССР в качестве государственных символов и восстановлено действие Конституции Эстонской Республики 1938 года (где в статье 1 указано, что Эстония является самостоятельной и независимой республикой), то есть фактически Эстония объявила о выходе из состава Союза ССР. Через 8 дней был принят закон об основах временного порядка управления Эстонией, согласно которому прекращалась подчиненность органов государственной власти, государственного управления, органов суда и прокуратуры республики соответствующим органам власти Союза ССР и они отделялись от соответствующей системы СССР. Было объявлено, что отношение между республикой и Союзом ССР отныне строяться на основе Тартуского мирного договора, заключенного между Эстонской Республикой и РСФСР 2 февраля 1920 года.
Эстонская Советская Социалистическая Республика
После прекращения немецкой оккупации были воссозданы органы коммунистической партии и советской власти на территории Эстонии. В 1944—1950 гг. все органы местного самоуправления были распущены и повсюду заменены административными органами по советскому образцу. Завершилась начатая до войны национализация: частный сектор в промышленности был ликвидирован в 1945 году, в торговле — в 1947. С 1947 г. началась коллективизация сельского хозяйства, к концу 1950 года в Эстонии было 2213 колхозов. С 1950 года началось слияние малых колхозов в крупные социалистические хозяйства. В результате централизации сельхозпроизводства к 1955 году в Эстонии было 908 колхозов и 97 совхозов. Число занятых на производстве возросло с 26 тысяч в 1945 до 81 тысячи в 1950 г. Экономика Эстонии во всё большей мере интегрировалась в экономику СССР через поставки сырья и комплектующих изделий. Насильственная коллективизация спровоцировала вооружённое сопротивление советской власти, получившее название «лесные братья» (), которое действовало до 1953 года.