Холокост в Литве
С августа по декабрь на территории Литвы было убито от 130 до 140 тысяч евреев. Командир айнзатцкоманды 3 Карл Егер 1 декабря 1941 года составил подробный отчёт о массовых убийствах. Согласно отчёту, подразделением в тесном сотрудничестве с литовскими добровольцами был уничтожен 136 421 еврей (46 403 мужчины, 55 556 женщин и 34 464 ребёнка), а также 1064 коммуниста, 653 психически больных и 134 прочие жертвы.
Литовская Советская Социалистическая Республика
Кроме этого, с 14 по 18 июня 1941 года из Литвы было выслано в отдалённые районы Сибири и Крайнего Севера около 34 тысяч. По данным Центра исследования геноцида и резистенции жителей Литвы, в 1940—1953 из Литвы было депортировано ок. 132 тыс. жителей в Сибирь, Заполярье и Среднюю Азию. 70 % из них составляли женщины (ок. 50 тыс.) и дети (ок. 39 тыс.). Одновременно ок. 200 тыс. находилось в заключении в тюрьмах и, главным образом, в лагерях (ок. 150 тыс.). В 1944 году с приближением Красной Армии к Литве значительная часть населения выехала, главным образом в Германию.
В ходе вооружённой борьбы с Советской властью 1944—1953 гг., с оружием в руках погибло или было умерщвлено в тюрьмах свыше 20 тысяч человек (по другим сведениям свыше — 30 тысяч). Общие потери населения за 1940—1952 годы составили 80 922 человека.