Холокост в Литве
С августа по декабрь на территории Литвы было убито от 130 до 140 тысяч евреев. Командир айнзатцкоманды 3 Карл Егер 1 декабря 1941 года составил подробный отчёт о массовых убийствах. Согласно отчёту, подразделением в тесном сотрудничестве с литовскими добровольцами был уничтожен 136 421 еврей (46 403 мужчины, 55 556 женщин и 34 464 ребёнка), а также 1064 коммуниста, 653 психически больных и 134 прочие жертвы.
Евреи в Прибалтике
Антон Вайс-Вендт, сравнивая относительные цифры евреев, высланных советскими властями и убитых нацистами, пишет, что можно с некоторым преувеличением говорить о «скрытом Холокосте» в период советских репрессий, хотя немцы проводили полное уничтожение, а Советы выборочную чистку.
Территории Латвии, Литвы и Эстонии первыми из советских республик были целиком оккупированы нацистами. Они стали полигоном для апробации айнзатцгруппами технологии массовых казней, осуществленных в первые дни войны оккупантами с участием местных националистов. В августе 1941 года на этих территориях был создан рейхскомиссариат «Остланд». Методичным уничтожением евреев городов и местечек Прибалтики занимались войска СС, вспомогательная полиция при активнейшем участии местных «партизан» и полицаев. Основную же работу выполняли подразделения айнзатцгруппы «A» (для которой в 1941 году Прибалтика была основной территорией деятельности) и, частично, — айнзатцгруппы «B».