Синтоизм
Становление синто как национальной и государственной религии японцев относят к периоду VII—VIII веков н. э., когда страна была объединена под властью правителей центральной области Ямато. В процессе объединения синто была канонизирована система мифологии, в которой на вершине иерархии оказалась богиня Солнца Аматэрасу, объявленная предком правящей императорской династии, а местные и клановые боги заняли подчинённое положение. Появившийся в 701 году свод законов «Тайхорё» утвердил это положение и учредил  — главный административный орган, в ведение которого входили все вопросы, связанные с религиозными верованиями и церемониями. Был установлен официальный список государственных религиозных праздников.
Буддология
Японская буддология зародилась в период реформ императора Мэйдзи (1867-1911 гг.) под влиянием европейского востоковедения. В настоящее время японская буддология богата и многообразна. Японские ученые лидируют как в изучении китайско-японской традиции, так и индийского и тибетского буддизма. Сочетая западные принципы текстологии и китайские приемы филологической критики текста XVIII — XIX веков, японские буддологи добились значительных результатов в филологическом исследовании буддийских текстов. Издание «Трипитаки годов Тайсё» — Тайсё синсю Дайдзокё (середина 20-х годов; переработана и переиздана в 1968-1980 гг.) — снабдило ученых всего мира собранием буддийских текстов китайской, японской и корейской традиций. «Большой буддийский словарь» (Буккё дайдзитэн), изданный под редакцией Мотидзуки Синко (1933-1936 гг.; 1954—1957 гг.; 1974-1977 гг.) стал одним из авторитетнейших буддологических справочных изданий. Накамура Хадзимэ, Гадзин Нагао или Уи Хакудзю стали известны ученым всего мира (не говоря о популяризаторах буддизма, как Дайсэцу Тэйтаро Судзуки). Подавляющая часть работ японских ученых не переведена на европейские языки.