Народно-освободительная война Югославии
Раздел Югославии начался ещё до завершения операции: 10 апреля 1941 года в разгар боевых действий хорватские националисты-усташи Анте Павелич и Славко Кватерник провозгласили независимость Хорватии, которой они добивались ещё при существовании Королевства Югославия. В состав новой страны вошли территории нынешней Хорватии, Боснии и Герцеговины и сербской области Срем. Уже после капитуляции страны в Риме была достигнута договорённость: Италия и Германия делили Словению пополам (южная часть отходила Италии, северная с Любляной — Германии), Венгрия аннексировала Войводину (Бачка и Нови-Сад), Румыния заняла область Банат, Болгария присоединила большую часть Македонии и юго-восточную Сербию, Албания получила Косово и остаток Македонии, Италия же ещё приобрела и Черногорию, установив там свой протекторат. Оставшиеся территории были преобразованы в марионеточное государство Сербия, которым руководил бывший генерал королевской армии Милан Недич. Он же назначил так называемое Правительство национального спасения, полностью подчинявшееся немцам.
Боснийско-хорватские отношения
С начала 1990-х годов БиГ и Хорватия были вовлечены в Югославские войны, вооружённые конфликты, последовавшие за распадом Социалистической Федеративной Республики Югославия на пять суверенных государств: Босния и Герцеговина, Хорватия, Республика Македония, Словения и Союзная Республика Югославия. Хорваты, босняки и сербы (включая боснийских хорватов и боснийских сербов) сражались друг против друга в гражданской войне. Большинство сражений произошло на территории Боснии и Герцеговины, где хорваты провозгласили создание Хорватской республики Герцег-Босна. После окончания боевых столкновений БиГ и Хорватия сохранили ту же границу, что и во время существования Югославии. В 1995 году были подписаны Дейтонские соглашения: Босния и Герцеговина была разделена на две части, где проживали в основном представители трех народов: Республика Сербская (для сербов) и Федерация Боснии и Герцеговины (для босняков и хорватов). По данным Всемирной книги фактов ЦРУ 7 269 хорватских беженцев по-прежнему проживают в Боснии и Герцеговине, а всего в стране насчитывается 131 600 внутренне перемещённых лиц. В 2009 году член Президиума Боснии и Герцеговины Харис Силайджич подверг критике Дейтонские соглашения и их результаты.