Арианский спор
Весной 365 года был издан рескрипт, предписывающий удалить с кафедр епископов, низложенных при Констанции и возвратившихся к своим церквям при Юлиане. Сам император, отправившийся на Восток, в связи с возможной опасностью со стороны персов, изгнал из Антиохии Мелетия и заставлял всех под страхом наказания вступать в общение с Евзоием (омием), хотя (из евстафианской группы) он не тронул. В Александрии рескрипт был получен 5 мая, но Афанасий, поддерживаемый населением, бежал из города только 5 октября. Восстание Прокопия заставило императора просить Афанасия вернуться к управлению церковной жизнью Александрии.
С 370 года, после окончания войны с готами, снова начались гонения на не-омиев. По рассказу Сократа Схоластика, когда император находился в Никомедии, к нему прибыло посольство из 80 пресвитеров, жаловавшихся на притеснения со стороны ариан в Константинополе после того, как епископом стал Димофил. По приказанию Валента они были преданы смерти путём сожжения на корабле, отправленном в открытое море. По всей видимости, лежащий в основе этих событий реальный факт был преувеличен историком.
Арианский спор
Источники приводят противоречивые сведения о событиях, приведших к занятию Афанасием александрийского престола, некоторые из них излагают даже несколько версий сразу. Однако можно считать достоверным, что после смерти Александра, произошедшей в отсутствие Афанасия, мелитиане добились избрания епископом Феоны, умершего через три месяца после избрания. Вернувшийся вскоре после его смерти Афанасий смог занять патриарший престол. Однако обстоятельства, при которых это произошло, вызвали возмущение мелитиан. Непримиримая по отношению к ним позиция Афанасия, а также отказ примириться с Арием и его сторонниками, привели к тому, что когда мелитиане отправили летом 330 года делегацию в Никомедию с жалобами на нового епископа, они встретили там поддержку со стороны столичного епископа Евсевия. Образовавшийся между арианами и мелитианами альянс оказался достаточно сильным, чтобы после неудачи на соборе 334 года в Кесарии Палестинской годом позже, на собранном в Тире соборе, низложить Афанасия.