Арианский спор
Весной 365 года был издан рескрипт, предписывающий удалить с кафедр епископов, низложенных при Констанции и возвратившихся к своим церквям при Юлиане. Сам император, отправившийся на Восток, в связи с возможной опасностью со стороны персов, изгнал из Антиохии Мелетия и заставлял всех под страхом наказания вступать в общение с Евзоием (омием), хотя (из евстафианской группы) он не тронул. В Александрии рескрипт был получен 5 мая, но Афанасий, поддерживаемый населением, бежал из города только 5 октября. Восстание Прокопия заставило императора просить Афанасия вернуться к управлению церковной жизнью Александрии.
С 370 года, после окончания войны с готами, снова начались гонения на не-омиев. По рассказу Сократа Схоластика, когда император находился в Никомедии, к нему прибыло посольство из 80 пресвитеров, жаловавшихся на притеснения со стороны ариан в Константинополе после того, как епископом стал Димофил. По приказанию Валента они были преданы смерти путём сожжения на корабле, отправленном в открытое море. По всей видимости, лежащий в основе этих событий реальный факт был преувеличен историком.
Арианский спор
На Арелатском соборе присутствовал и принял участие в осуждении Афанасия легат недавно избранного папой Либерия. Узнав об этом, Либерий резко осудил поступок своего легата и, демонстрируя независимость Римской церкви от императора, потребовал отмены приговора в отношении Афанасия. С этой целью он настаивал на собрании большого синода, который бы также подтвердил истинность никейского учения о единосущии. Протестовавший против вмешательства императора Осий Кордубский был задержан в Сирмии и не принял участия в соборе. Не известно точно, сколько присутствовало епископов на Медиоланском соборе 355 года, но вряд ли их было достаточно для задуманного папой масштабного мероприятия. Этот собор привёл к результатам, аналогичным предыдущим. Отказавшиеся осудить Афанасия епископы — Дионисий Миланский (на его место был назначен не знающий латинского языка Авксентий, протеже Григория Александрийского), Евсевий из Верчелли и Люцифер Калаританский — были смещены и сосланы. Большинство собора согласилось с требованиями императора и восстановило общение с Востоком, прерванное в Сардике.