În 1479 se făceau noi lucrări la Chilia și se termina un zid în incinta Cetății Albe, foarte frumos, împreunând elemente bizantine și italiene. Dar în 1484, tocmai când Ștefan se putea crede garantat prin tratatul de pace încheiat între prietenul și suzeranul său Mateiaș Corvinul, regele Ungariei și noul sultan, Baiazid II, Turcii și Tătarii căzură pe neprevăzute asupra porturilor Moldovei de sud, întrebuințând și trupele conduse de Vlad, domnul Munteniei, dușmanul Moldoveanului. Nu fără o rezistență înverșunată a pârcălabilor, care pieiră în luptă, ienicerii se instalară pe crenelele ambelor porturi. Majoritatea locuitorilor trebuia să emigreze la Constantinopol, pentru a contribui la repopularea capitalei Imperiului otoman. Numai din Cetatea Albă fură transportate „200 de familii de pescari români”. O lată fâșie de teritoriu a fost dezlipită din Moldova pentru a servi drept ținut la întreținerea, ca raia, a acestor noi posesiuni ale „împăratului” turc. În cursul mai multor ani, Ștefan își întrebuință toate sforțările pentru a recâștiga posesiunea acestor porturi pierdute, absolut necesară pentru existența însăși a unui mare comerț de-a lungul Moldovei. În 1485, el se lupta lângă lacul Catalpug împotriva lui Balibeg, fiul lui Malcoci, comandantul turc al Dunării de jos. El se duse chiar să presteze jurământul de credință, mult timp întârziat nu atât de către sentimentul propriei sale demnități și al importanței politice, către regele Poloniei, Ioan Albert, fiul lui Cazimir.