Al-Qaeda
Hakuna katika mashitaka ya serikali ya Marekani dhidi ya Osama Bin Laden lililopendekeza kwamba alikuwa na uhusiano wowote na  shambulizi huu, lakini Ramzi Yousef inajulikana kuwa walihudhuria kambi ya mafunzo ya kigaidi nchini Afghanistan. Baada ya kukamatwa, Yousef alitangaza kwamba msingi wake wa kuhesabu haki mashambulizi ulikuwa kuadhibu Marekani kwa msaada wake katika uvamizi wa Israel kwenye wilaya za Palestina na hakutaja motisha yoyote ya kidini.