Vita ya wenyewe kwa wenyewe Burundi
Walakini, serikali ya Ndadaye ilihatarishwa zaidi na Watutsi wenye msimamo mkali kuliko na vikundi vya Wahutu wenye msimamo mkali. Vikundi vya Wahutu walikuwa bado dhaifu, wakati vikundi vya Watutsi walikuwa wakidhibiti jeshi la Burundi. Hali ya kisiasa ilizidi kuwa mbaya wakati maafisa wa jeshi la Watutsi wenye msimamo mkali walipozindua mapinduzi mnamo 21 Oktoba na kuungwa mkono na karibu nusu ya vikosi vya wanamgambo. Wanamapinduzi waliwaua Ndadaye pamoja na wanachama wengine na viongozi wakubwa wa FRODEBU, na kutangaza serikali mpya. Walakini, serikali ya kijeshi ilikuwa na kizuizi tangu mwanzo, kwani inakabiliwa na machafuko ya ndani na upinzani na nguvu za kigeni.