Sklerosisi ya sehemu nyingi
Tiba zinazobadilisha ugonjwa huu zina athari kadhaa mbaya.  Mojawapo ya athari zinazotokea sana ni mwasho kwenye sehemu iliyodungwa sindano ya glatiramer acetate na interferons (hadi asilimia 90 kwa sindano za chini ya ngozi na asilimia 33 kwa sindano za ndani ya misuli). Baada ya muda, kibonyeo kinachoonekana kwenye sehemu iliyodungwa sindano kutokana na kuharibiwa kwa tishu za mafuta ziitwazo lipoatrofia, kinaweza kutokea. Interferons zinaweza kuleta dalili kama za mafua; watu wengine wanaotumia glatiramer hukumbwa na athari za baada ya kudungwa sindano ambazo ni wekundu usoni, kubana kwa kifua, mpapatiko wa moyo, kukosa pumzi, na wasiwasi, ambazo hudumu chini ya dakika thelathini. Dalili zingine hatari sana ingawa zisizotokea sana niuharibifu wa ini kutokana na interferons, utendakazi mbaya wa sistoli (asilimia 12), utasa, na leukemia kali ya mieloidi (asilimia 0.8) kutokana na mitoxantrone, na lukoensefalopathia endelevu ya  utazamouwingi kutokeakea kutokana na natalizumab (hutokea kwa mtu 1 kati ya kila watu mia 600 waliotibiwa).