Al-Qaeda
Zawahiri na EIJ, ambao walikuwa kama msingi wa al-Qaeda lakini pia wakishiriki katika shughuli zingine tofauti dhidi ya serikali ya Misri, walikuwa na bahati mbaya zaidi nchini Sudan. Katika mwaka wa 1993, msichana mdogo mwanafunzi wa shule aliuawa katika jaribio la EIJ lililotibuka kwenye maisha ya Waziri wa Mambo ya Ndani wa Misri, Hasan al-Alfi. Maoni ya umma ya Misri ikageuka dhidi ya ulipuaji wa mabomu na wanaharakati wa Kiislam na polisi  wakawakamata zaidi ya wanachama 280 wa al-Jihad na kuwanyonga wasita wao.