Vita ya wenyewe kwa wenyewe Burundi
Mnamo Aprili 9, 2003, makao makuu ya Ujumbe wa Jumuiya ya Afrika huko Burundi yalianzishwa Bujumbura chini ya Meja wa Afrika Kusini, Sipho Binda. Kama ilivyokubaliwa hapo awali, Buyoya alishuka, na Ndayizeye akawa Rais tarehe 30 Aprili 2003. Katika miezi iliyofuata, kikundi cha CNDD-FDD cha Pierre Nkurunziza kilijumuishwa polepole katika serikali ya mpito. Mkataba wa kugawana madaraka ulitiwa saini tarehe 8 Oktoba 2003, na Nkurunziza aliteuliwa kuwa Waziri wa Nchi anayesimamia utawala bora na ukaguzi wa jumla wa serikali. Tarehe 18 Oktoba 2003, ilitangazwa kuwa Ujumbe wa Jumuiya ya Afrika umefikia nguvu kamili: Waafrika Kusini 1,483, Waethiopia 820, na wafanyAkazi 232 kutoka Msumbiji. Wakati Hati za Arusha zilitekelezwa, mchakato wa amani ulifanya maendeleo makubwa. Mabadiliko ya wanajeshi yalithibitishwa vizuri, na ujumuishaji wa wapiganaji wa CNDD-FDD ulienda vizuri. Kinyume na majaribio ya hapo awali ya kuhakikisha amani ambayo ilikuwa imeangamizwa na wanaharakati wa jeshi, wanajeshi wengi walikuwa wamehofia vita vya wenyewe kwa wenyewe vya miaka ya 2000. Wanajeshi wote Watutsi na Wahutu walithibitisha kuwa tayari kuendelea kuwa waaminifu kwa serikali hiyo mpya. Operesheni ya Umoja wa Mataifa nchini Burundi pia ilisaidia kuleta utulivu nchini.