Bakteria
Awali neno "bakteria" lilitumika kwa vijiumbe vyote vidogo, prokaryoti za seli moja. Hata hivyo, mifumo ya molekiuli ilionyesha maisha ya prokaryoti yakiwa na sehemu mbili tofauti ambazo awali ziliitwa Eubacteria  na Archaebacteria, lakini ambayo kwa sasa inazoitwa Bakteria na Akea ambayo ilitokana na mabadiliko ya kujitegemea kutoka mababu zao.</ref> Akea na yukaryoti hufanana sana kinyume na ilivyo na bakteria. Hii miundo miwili, pamoja na Yukarya, ndio msingi wa  mfumo wa sehemu tatu ambayo kwa sasa ndiyo hutumika sana katika uainisho wa mikrobiolojia. Hata hivyo, kutokana na kuanzishwa kwa hivi karibuni mifumo ya molekiuli na kuongezeka kwa kasi kwa idadi ya mfululizo wa genome waliopo,uainisho wa bakteria unaendelea kubadilika na kuwa eneo pana. Kwa mfano, wanabiolojia wachache wanadai kuwa Akea na Yukaryoti walitokana na mabadiliko chanya ya bakteria ya Gram.