Vita ya wenyewe kwa wenyewe Burundi
Licha ya mafanikio hayo, vita ilikuwa bado haijamalizika. FNL ilibaki kundi pekee la waasi, lakini ilikuwa na nguvu ya kupigana na liliendelea na shambulio lake. Mnamo Julai 2003, uvamizi wa waasi huko Bujumbura uliwaacha 300 wakiwa wamekufa na 15,000 wakimbizi. Mnamo Desemba 29, 2003, Askofu Mkuu Michael Courtney, balozi wa Papa nchini, aliuawa. Akikabiliwa na jeshi jipya la umoja wa Burundi na walinda amani wa kimataifa, pamoja na utafutaji wa macho wa vita, uwezo wa FNL kulipia kizuizi polepole. Mwisho wa 2004, ilikuwa na wapiganaji elfu moja tu waliobaki, na eneo la shughuli lilikuwa limepunguzwa hadi Mkoa wa Bujumbura Vijijini tu. Mnamo Agosti 2004, FNL ilidai jukumu la kuwauwa wakimbizi wa Kongotsi au Kongoti 160 katika kambi ya Umoja wa Mataifa huko Gatumba karibu na mpaka wa Kongo nchini Burundi. Shambulio hilo lililaaniwa vikali na Baraza la Usalama la UN, ambalo lilitoa taarifa ya hasira ya ukweli kwamba "wengi wa waathiriwa walikuwa wanawake na watoto ambao walipigwa risasi na kuuzwa kwenye makazi yao". FNL ilijaribu kupotosha. kukosolewa kwa kudai kwamba waathiriwa walikuwa wanamgambo wa Banyamulenge lakini mauaji ya Gatumba yalithibitisha kuwa janga la propaganda. Kundi hilo liliitwa "gaidi" kimataifa na nchini Burundi, likidhoofisha siasa yake. kupungua kwa bahati, FNL ilionyesha kwamba ilikuwa tayari kujadili kumalizika kwa uzushi wake.