Gjellene blir til åndedrettsorgan. Gjellene hadde oppstått allerede tidligere, i forfedrene til alle deuterostomiene. Den originale funksjonen var der å lede ut vannet som havnet i tarmen under næringsopptak. Hos lansettfisker, virveldyrenes nærmeste slektninger, fungerer gjellene fortsatt på denne måten og er nærmest som en sil for små, organisme partikler. Samtidig tjener lansettfiskens gjeller for å ta opp oksygen til blodet, slik som hos fisker. Gjelletarmen i virveldyrenes stamfar har derved gjennomgått et funksjonsskifte og mistet sin betydning som næringsfilter. Antall gjelleåpninger har også sunket. mens lansettfisken kan ha opptil 50 gjellespalter, har virveldyr syv eller færre.
Hvordan har funksjonen til gjellene utviklet seg fra lansettfisker til virveldyr?