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El grupo “CIBERONC” liderado por Arkaitz Carracedo junto con el grupo “CIBEREHD” representado por Ana M. Aransay, han desarrollado una “herramienta web” que permitiría obtener datos de expresión génica de pacientes con cáncer.
Sabemos que el estudio funcional de tejidos cancerosos se enfrenta a dificultades como son, la financiación necesaria, el grupo de pacientes que cumpla con los criterios previamente definidos y sobre todo el manejo de muestras y datos.
En la actualidad existen algunas bases de datos (GEO o TCGA) que requieren personal especializado, como son los bioinformáticos, para su análisis y también plataformas como Oncomine, pero que exigen la compra de una licencia para su uso completo, además de enfrentarnos al problema de la interpretación de resultados.
La nueva herramienta del Dr. Carracedo y la Dra. Aransay se llama “CANCERTOOL” que es una multiplataforma, libre y gratuita que contiene una base de datos con información de expresión génica, fenotipo y la correlación entre niveles de expresión de genes, de diversos “datasets”, sobre cuatro tipos de cánceres, mama, colon, pulmón y próstata.
El manejo es sencillo y el usuario solo tiene que elegir el tipo de análisis que quiere realizar y el tipo de cáncer, insertando un listado de genes y el tipo de resultado que desea obtener. Para descargar los resultados, en lugar de esperar a que se complete el proceso de análisis puede facilitar una dirección válida de e-mail.
En el futuro se irán ampliando el número de “datasets” incluyendo otros tipos de tumores.
CANCERTOOL sería una herramienta, gratuita y valiosa, que elimina la necesidad de conocimientos informáticos específicos y por tanto es más rápida en el suministro de la información.
CANCERTOOL: Link de acceso
Referencia bibliográfica: Cancer Res. 2018, 78(21):6320-6328
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