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La iglesia de San Juan de Teruel sufrió tales desperfectos durante la guerra que el programa de Regiones Devastadas (RRDD), no consideró la posibilidad de restaurarla ni siquiera pensando en su valor artístico que podía considerarse como interesante dado el esgrafiado que recubría las paredes interiores.  Los elementos escultóricos y de otro tipo que se conservaron fueron llevados a otras iglesias de la ciudad y el templo fue derruido para reordenar urbanísticamente la plaza de San Juan.
En julio de 1936, cuando iba a empezar la guerra, la torre original de la iglesia,  conocida por el imaginario colectivo como “la fermosa” pues al parecer era de un estilo mudéjar todavía superior al de las otras torres, ya hacía tiempo que había desaparecido porque había sido demolida y se había sido sustituida por un remedo de torre.
Pues bien, Uno de los mejores periodistas los años veinte del siglo pasado, León Cano Jarque, a finales de enero de 1928, planteaba, alarmado, un par de interrogantes en un artículo publicado en la Voz de Aragón: ¿Se hundirá la torre de San Juan? Y si así ocurriese, ¿de quién sería la responsabilidad moral?
Dos meses más tarde, ya en abril, los vecinos de la calle Valencia, todavía sin urbanizar, de las plazas Emilio Castelar (hoy San Juan) y del Tremedal (también Plaza Goya), manifestaban su preocupación porque la torre amenazaba ruina inminente con los consiguientes problemas de inseguridad que este hecho acarreaba para los que asistían al culto,  para los turolenses de los edificios contiguos y para los que ocasionalmente pasaban por allí.
Desde la prensa del momento también se denunciaba el mal estado de la edificación y se apelaba al alcalde y al gobernador para que tomasen medidas en el asunto evitando, entre otras cosas, “el tránsito rodado por la zona” dado el peligro existente, pero en ningún momento se pedían  responsabilidades al Capítulo de Racioneros de la ciudad, titular del inmueble, y en última instancia, al propietario de la sede episcopal, el obispo Juan Antón de la Fuente. Por fin, en julio, el Capítulo realizó una supervisión de la torre pero sus resultados no se hicieron públicos y además se consideraba que dicha inspección no presentaba “garantías oficiales”. La caída de tierras por la parte de la calle Valencia hizo que la intranquilidad siguiera en aumento.
El gobernador civil José Mohíno encargó un informe al arquitecto provincial Juan Antonio Muñoz que emitió su valoración sin tardar en el que se subrayaba que ya en marzo “él había denunciado el mal estado de la torre y de la fachada que daba a la calle Valencia (…) así como el mal artístico de dicha obra nada edificante para una capital de provincia”. A continuación, proponía la realización de una serie de obras para que “estos defectos queden subsanados”. Dicho informe fue transmitido al obispo quien indicó al Capítulo que “con la urgencia posible, proceda a la reparación” según lo expuesto por  arquitecto.
Ahora bien, un nuevo informe del ingeniero de la Diputación provincial, Juan José Gómez-Cordobés, contradecía al anterior al destacar que “el resultado de las catas es positivo, no ofreciendo en la actualidad peligro alguno la estabilidad de la torre, que no parece derrumbarse...” Esto que escribía Gómez-Cordobés correspondía ya a septiembre y persistía la polémica porque entendemos que el todopoderoso Capítulo de Racioneros no acababa de tomar la decisión definitiva.
Ya entrados en 1929, en febrero, el prior Salvador Mateo, “tras una laboriosa gestión para tomar el acuerdo”,  solicitaba permiso al Ayuntamiento para la demolición de la torre y levantar en su lugar un campanario nuevo “que favorecerá el ornato público”. De hecho, ya existían unos planos del arquitecto Laureano de Goicoechea que presentaba como alternativa “una torre cuadrada, de 18 metros, de tres cuerpos y de estilo mudéjar” (en realidad, neomudéjar). El Consistorio, presidido por el alcalde Agustín Vicente, accedió a la solicitud pero imponiendo unas condiciones prescritas por el arquitecto municipal en cuanto a la alineación de la calle Valencia “llamada a ocupar un lugar importante al tráfico cuando se concluya el viaducto”, hecho este que ocurrió en octubre de 1929.
Tras la subasta de obras por parte del Capítulo, por fin el 17 de abril, “la piqueta demoledora ha entrado en la torre de San Juan”. Ese mismo día se iniciaban las obras y por la tarde las campanas ya habían desaparecido así como la que había sido la pesadilla de los vecinos del barrio, pero con tan mala suerte que en los trabajos de la obra, se produjo un accidente laboral gravísimo ya que uno de los obreros, de 20 años y procedente de Albacete,  cayó al suelo desde una altura de 16 metros aunque, en principio, no murió.