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* El 23 de junio de 1601, Juan de Oñate, adelantado de Nuevo México, sale de San Gabriel (cerca de la actual Albuquerque, Bernalillo County, New México) con 70 hombres y unos 700 caballos y mulas, guiado por el nativo náhualt Jusepe Gutiérrez que había estado cautivo de los apaches.  (A lo largo del río Canadian [Texas], Oñate encontró apaches que dieron la bienvenida a los españoles con demostraciones de paz. Los hombres, mujeres y niños apaches acudieron al campamento español, levantando sus manos al sol, en señal de amistad, llevando frutas, grasa y sebo a cambio de tabaco y algunas baratijas.
Los españoles encontraron varias rancherías apaches que eran dueños de las llanuras. No tenían asentamientos permanentes, pero iban tras los búfalos. A pesar de que los españoles entraban en su territorio, no hicieron intención de atacarles. Oñate informó que los apaches vivían en tipis y vagaban por las llanuras, utilizando perros para el transporte, hacían hornos con piedras y recolectaban frutos silvestres, cazaban búfalos, y comerciaban con pieles con los nativos Pueblo.
Viajando hacia Quivira [cerca del actual Lindsborg, McPherson County, Kansas], los españoles encontraron un gran ranchería con cinco a seis mil pobladores, llamado por los españoles escanjaques. Hay mucha controversia sobre la identidad de los escanjaques quienes compartían muchos rasgos con los apaches, viviendo exclusivamente de los búfalos, y utilizando el mismo signo de paz y amistad que ellos, pero parece ser que no eran apaches porque Jusepe no les entendía y sí, en cambio, con algunos apaches que vivían con ellos. Podían ser kansas, osages o tonkawas.
Poco después del regreso de Oñate de las llanuras, los nativos de Quivira [wichita] enviaron un emisario con 600 personas a Nuevo México. Invitó a los españoles a entablar  amistad y regresar con él a pelear juntos contra sus enemigos, aparentemente los escanjaques. Ambas partes conversaron en apache, una lengua mutuamente comprensible. El emisario informó también a Oñate de que habían viajado a Quivira dando un rodeo y que si hubieran viajado hacia el norte habrían llegado más rápidamente, lo que sugiere una ruta a través de Taos [Taos County, New México].
Cuando Oñate rechazó la petición del emisario, este pidió una docena de soldados, con los que estaría contento. Oñate se negó de nuevo, en parte debido a una masiva deserción de colonos que se había producido mientras él estaba en Quivira. El emisario hizo una súplica final por seis soldados, para tener al menos algo para mostrar a su jefe cuando regresara. Oñate finalmente cedió, aunque más tarde cambió de opinión y los soldados nunca partieron.
Oñate perdió una oportunidad de oro para establecer firmes relaciones con los nativos de Quivira, con gran importancia para los españoles en el futuro. Su negativa para hacer el viaje o enviar soldados significa que perdió la oportunidad de conocer mejor a los apaches que vivían en las proximidades de Taos. Al parecer estaban en paz con los nativos de Quivira, ya que el emisario estaba seguro de que con seis soldados y dos guías podían atravesar su territorio de forma segura).
* El 30 de julio de 1601, el “Testimonio de Marcos Leandro”, escribano real, identifica como Ciboleño a algo o a alguien que forma parte de las llanuras del búfalo, y llano se refiere a las praderas: “… una nación de indios fuera de la ley [no sujeto a la corona de España] que son llamados apaches y también son llamados vaqueros por los españoles, ya que viven en las llanuras de Civola [Cibola] donde dicen que hay un gran número de Ganado Civoleno [búfalos]; dichos indios traen a los asentamientos cueros de los búfalos [bisontes] que matan, carne y grasa y comercian con las personas asentadas por maíz”. (El sacerdote Juan de Miranda afirmó que los apaches de los llanos vivían entre los nativos Pueblo en la lucha anticolonial, organizados en torno a Cicuye [Pecos, San Miguel County, New México] y que las tropas españolas preparadas para ir a la guerra contra ellos identificaban a los apaches cazadores de búfalos como “Apaches Llamados Paraonez” que oscilaban entre Cicuye y El Paso (El Paso County, Texas).
En 1605, el fraile Francisco de Escobar escribe en un informe: “Durante el invierno, los indios de los pueblos [nativos Pueblo] se visten con pieles de búfalo, bien curtidas… y los indios [apaches] que viven entre los búfalos [bisontes], traen estas pieles para cambiarlas por harina de maíz y mantas de algodón”. (Ese comercio era importante, ya que hasta los nativos Pueblo más al oeste como los zuñis y hopis usaban pieles de búfalo para vestirse en invierno).
En 1606, grupos de apaches y navajos de Nuevo México atacan poblaciones de los nativos Pueblo, a los que consideran aliados de los españoles, donde se llevan el ganado. (Finalmente, atacaron el propio San Gabriel [cerca de la actual Albuquerque, Bernalillo County, New México] por lo que los españoles realizaron una serie de campañas de represalia que, al parecer, tuvieron poco éxito. Juan Martínez de Montoya, uno de los primeros colonos de la provincia de Nuevo México en el virreinato de Nueva España, recibió una encomienda entre los jémez [grupo de los nativos Pueblo en Nuevo México], siendo atacado por los apaches o navajos, sufriendo robo de ganado y con los que se enfrentó durante ese año y el siguiente [los primeros colonizadores españoles no diferenciaban a los apaches de los navajos]).
En 1607, Juan de Oñate envía tres expediciones contra grupos de apaches (y navajos), que han atacado un asentamiento cerca de la actual Española ([Rio Arriba County, New México]. Una, al mando de su hijo Cristóbal y otras dos, al mando de Juan Martínez de Montoya; luego el 24 de agosto dimitió como adelantado de Nuevo México, pero se le ordenó esperar hasta que llegase su sucesor, mientras el virrey Luis de Velasco y Castilla nombraba a Juan Martínez de Montoya, gobernador interino.
Luis de Velasco aceptó la dimisión de Juan de Oñate el 29 de enero de 1609, nombrando a Pedro de Peralta, primer gobernador del Reino y Provincias de Nuevo México).
* El 6 de marzo de 1608, el virrey de la Nueva España, Luis de Velasco (hijo), envía una carta al gobernador (interino) de Nuevo México, Juan Martínez de Montoya, que dice: “Mandamiento del virrey para que el gobernador de Nuevo México, don Juan Martínez de Montoya, conforme a la gente y armas que tuviere, procure que ande una escuadra que acuda al remedio que evite los daños que causan los indios apaches de guerra”.
* En 1608, grupos de apaches destruyen y queman varios pueblos, y roban caballos en Nuevo México.
* El 30 de marzo de 1609, Pedro de Peralta recibe instrucciones del virrey respecto a los apaches (o navajos) y organiza una expedición que duraría de abril a octubre con unos 60 españoles.
* En 1609, Juan de Oñate, con un pequeño grupo, sale de San Gabriel (cerca de la actual Albuquerque, New México) de regreso a México, cuando son atacados por los apaches. (Tras un breve combate, los apaches son rechazados, pero su hijo Cristóbal resulta muerto).
* En 1609, Francisco de Leoz, notario real y narrador, hace un informe oficial al rey donde asocia la tierra de Cíbola, y la carne del búfalo con los nativos vaqueros (apaches): “… muchas tribus del interior vienen a la tierra de Cíbola a comprar carne de los vaqueros…”.
En 1610, el virrey Velasco nombra a Pedro de Peralta, gobernador y capitán general de Nuevo México, para reemplazar a Juan de Oñate. (Peralta trasladó la capital de la provincia a Santa Fe. La nueva política de Velasco definía a los apaches como peligrosos aliados de los enemigos de los españoles: “… como algunos de los pueblos y naciones están en las fronteras de los apaches, que suelen ser un refugio y cobijo para nuestros enemigos, y allí celebran reuniones y consultas, traman sus complots, y se dedican a saquear y hacer la guerra…”).
En 1620, los españoles comienzan a denominar a las bandas apaches, de unas 400 personas aproximadamente cada una, por las regiones que ocupan, mencionando sus haciendas y sus líderes, como por ejemplo, los apaches que encuentran en la cabecera del río Gila (sudoeste de New México) a los que llaman gileños, quienes poco a poco se expanden hacia el oeste, que en el futuro sería Arizona.
* En 1626, el padre Jerónimo de Zárate Salmerón, en su informe sobre California y Nuevo México, menciona por primera vez a los navajos al hablar de los “apaches de navaju“ como vecinos norteños de los jémez, establecidos entre los ríos Chama y San Juan (“navajú“ en tewa significa “grandes campos de cultivo“, las lenguas tewa, tigua y towa o jémez se hablaban en su mayoría en la región habitada por los nativos Pueblo en Nuevo México, ya que, al contrario que los apaches, eran buenos agricultores).
* En 1626, el franciscano Alonso de Benavides inicia un viaje, de tres años de duración, por Nuevo México. (Tomó contacto con los apaches de Xila, a 36 km al oeste del Río Grande, en San Antonio de Senecú, [en las afueras de la actual Ciudad Juárez, Chihuahua]).
En 1627, Felipe Sotelo Ossorio, gobernador de Nuevo México, envía una expedición al este en busca de esclavos, contra los apaches vaqueros, hasta ahora pacíficos y que comerciaban habitualmente con los españoles y los nativos Pueblo, lo que hace que se conviertan en enemigos.
En 1629, una banda apache destruye La Polvareda de San Lorenzo (hoy Polvadera, Socorro County, New México), comunidad agrícola fundada esa misma década por españoles entre los pacíficos piro ([grupo perteneciente a los nativos Pueblo]. Será reconstruida, abandonada en 1680 y repoblada a principios del siglo XIX).
En 1630, el franciscano Alonso de Benavides, escribe su “Memorial de fray Alonso de Benavides” donde, entre otros pueblos, habla de los apaches. (Menciona al jefe Sanaba, que ocupaba tierras situadas al oeste y al norte a varios días de viaje del pueblo piro de Senecú [cerca del actual Socorro, Socorro County, New México], y al que los españoles clasificaban como apache del Gila. Sanaba acudía regularmente a acontecimientos que ocurrían en Senecú, incluyendo a los sermones de los frailes. Según Lance R. Blyth, en su libro “Chiricahua and Janos. Communities of Violence in the Southwestern Bordelands, 1680-1880”, Sanaba estaba encantado con los sacerdotes, dándoles una gamuza de piel de venado que tenía pintada un sol verde, una luna gris y dos cruces. Quizás Sanaba esperaba que su regalo pudiera contribuir a que su gente siguiera con la costumbre de comerciar unas veces e incursionar otras con los pueblos de los alrededores sin que los españoles interfirieran. Si esa era la intención, pronto se desilusionó.
Un nuevo factor entró en escena en esa época, el caballo. Los apaches habían robado caballos junto a otro ganado como alimento. Los apaches de la época de Sanaba y posteriores siguieron alimentándose de caballos, pero a la vez aprendieron a usarlos como monturas. Con ellos asaltaban objetivos más lejanos y se retiraban más deprisa que cuando iban a pie. A pesar de que no desaparecieron, las relaciones comerciales pasaron a un segundo plano. Montando caballos podían conseguir más caballos en asentamientos más lejanos, para comerciar con ellos o como alimento.
Benavides menciona también a Quinia, jefe apache de la región del río Gila, la cual tiene una población razonablemente elevada, siendo bastante beligerantes. Benavides había logrado convertir al cristianismo a varios apaches gileños, pero otro fraile no había tenido tanta suerte. Los apaches de Quinia se rebelaron y lo quisieron matar, aunque en el último momento prefirieron dejarlo abandonado. Benavides escribió: “Principio de la nación Apache: Prosiguiendo, pues, al mismo Norte treinta leguas [144 km] por esta nación Mansa [nativos mansos], topamos con la grandiosa nación Apache, que por esta parte se llaman los del Perrillo [probablemente los que en el futuro serían llamados apaches mescaleros], por haber uno allí descubierto un aguaje, que fue de mucha importancia para este camino, porque se pasan muchas leguas sin agua con muchísimo trabajo: y así le quedó a esta Provincia el nombre Apaches del Perrillo; de los cuales diré después en su lugar, por ser la mayor del mundo; y aunque estos Apaches son muy belicosos, son de más confianza que las naciones antecedentes, y pasamos por ellos con menos cuidado, hasta llegar a encontrar otra vez con el río del Norte [Río Grande], a orillas del cual comienzan las poblaciones del Nuevo México, en la forma siguiente…
… Grandiosa nación Apache: Con lo dicho bastará para que se entienda lo natural de los pueblos del Nuevo México, que están a orillas del río del Norte en distrito de cien leguas [482 km] por una y otra banda, los cuales todos están cercados por todas partes de la grandiosa nación Apache, y fin encarecimiento ella sola tiene más gente que todas las naciones juntas de Nueva España, aunque entre la Mexicana: es gente muy briosa y belicosa, y muy ardidosa [astuta] en la guerra, hasta en el modo de hablar hacen diferencias de las demás naciones, porque estas hablan quedito y despacio, y los Apaches parecen que descalabran con la palabra, no viven en poblados, ni en casas, sino en tiendas, y rancherías, por lo que se mudan de serranía en serranía, buscando caza, que es su sustento, aunque cada ranchería de principal y propio se tiene su territorio conocido, en que siembran maíz y otras semillas, andan vestidos de gamuzas, que son los pellejos de venados, muy bien adobados y galanos [elegantes] a su modo, y las mujeres galanas, y honestamente vestidas: no tienen más idolatría que la del Sol, y aún no es general en todos, y se ríen mucho de las demás naciones que tienen ídolos: usan tener las mujeres que pueden sustentar, y la que cogen en adulterio, irremisiblemente le ejecutan la ley, que es cortarle las orejas y las narices, y la repudian; son muy obedientes a sus mayores, y les tienen grande respeto, enseñan, y castigan a sus hijos, a diferencia de las otras naciones que no tienen castigo alguno; preciánse mucho de hablar verdad, y se tiene por afrentado el que cogen en mentira, y aunque por ser una nación es toda una lengua, como está tan dilatada, no deja de variar algo por algunas rancherías, pero no cosa que no se entienda muy bien: y comenzando desde el principio de ella, cuando vamos al Nuevo México, que es la Provincia de los Apaches del Perrillo, corre por esta parte al Occidente hasta la mar del Sur, a donde hay más de trescientas leguas, y va continuando al Norte, sin que por allí le hayamos hallado fin, y se topa en el estrecho de Anián [nombre que en los siglos XVI y XVII se utilizó para denominar el supuesto Paso del Norte desde el océano Atlántico hasta el Pacífico]; y haciendo con esta nación el cerco al Nuevo México por la banda del Oriente, se ensancha más de cien leguas, hasta volver a topar con la Provincia del Perrillo, haciendo en esto más de trescientas leguas de circunferencia al Nuevo México en sus fronteras. Es nación tan belicosa toda ella, que ha sido el crisol del esfuerzo de los Españoles, y por esto los estiman mucho, y dicen, que solo los Españoles merecen el título de gente, y no las naciones de los Indios poblados.
Principio de la conversión de los Apaches: Di principio a la conversión de esta nación Apache por la banda del Norte, en las rancherías del capitán Quinia, bien conocido por ser tan belicoso, plantando en ella las primeras Cruces, y continuándolos un religioso, se rebelaron después de haberse bautizado el capitán, y su mujer, e hijos, y quisieron matar al padre que los estaba catequizando; y teniéndole ya apuntadas las flechas, no se atrevieron a hacerlo, y se huyeron de la ranchería, y dejaron al padre solo, con que por aquella vez los dejó, y se vuelven a reducir de paz: que siempre a los principios sucede esto en las conversiones.
Conversión de los Apaches de Xila [Gila], y Geroglífico notable de un Capitán Apache: Volviendo, pues, al principio de esta nación Apache, por lo más cercano a la Provincia del Perrillo, está la de los Apaches de Xila catorce leguas [67 km] del pueblo Piro de Senecú; fue Nuestro Señor servido que se convirtiese el capitán mayor de ella llamado Sanaba, por haberme oído predicar muchas veces en Senecú, a donde él acudía de ordinario, y el propio predicaba a los de sus rancherías, y así se convirtió toda la en que vivía, y poco a poco va convirtiendo a las otras, que le están sujetas, y hoy tenemos allí ya Religioso que los va catequizando, y poblando.
No puedo dejar de decir en esta ocasión dos casos particulares, que en esta conversión me sucedieron, en que Vuestra Majestad echará de v er lo que allí se pasa. El uno fue, que yendo yo a este pueblo de Xila, para catequizarles, súpolo su capitán Sanaba, y vimos catorce leguas [67 km] al pueblo de San Antonio de Senecú a recibirme, y después de haberme regalado con lo que pude, mandó a un criado que desliase un liachuelo [?] que traía, y sacó de él una gamuza doblada, que es un pellejo de venado adobado, y presentómela, e ignorando yo lo que dentro estaba, persuadido a que simplemente me la presentaba, le dije, que ya sabía él como yo no quería que me diesen nada, que lo que de ellos solamente deseaba, era que de todo su corazón adorasen al Señor del cielo, y tierra, sonriéndose, me dijo, que desdoblase la gamuza, y viese lo que tenía dentro: hízelo así, y vide en ella, que era muy blanca, y grande, y pintado en medio de ella un Sol de color verde, con una Cruz encima, y abajo del Sol pintada la Luna de color pardo, con otra Cruz encima: y aunque se me traslució algo de lo que me quería decir, le pregunté, qué significaba aquella pintura, dijo así: Padre, hasta ahora no habíamos conocido otro bienhechor tan grande como el Sol, y la Luna, porque el Sol nos calienta y alumbra de día, y nos cría las plantas, y la Luna nos alumbra de noche; y así adorábamos a estos dos, como a quien tanto bien nos hacía, y no sabíamos que había otra cosa mejor: pero ahora que nos has enseñado, que Dios es el Señor, y criador del Sol, y de la Luna, y de todas las cosas, y que la Cruz es señal de Dios, he mandado pintar la Cruz sobre el Sol, y sobre la Luna, para que entiendas, que hacemos lo que nos enseñas, y no se nos olvida, que sobre todo adoramos al Sol, y a su Cruz Santa. Sea Dios bendito, y alabado por todo. El que ha tratado de conversiones, sabe solo el gozo espiritual que un Religioso recibe cuando en semejantes ocasiones ve logrado el fruto de sus trabajos, y da por bien empleados los riesgos que en la conversión ha pasado: y así mismo se conocerá muy bien el natural talento que Dios ha dado a esta nación tan extensa, pues no sé yo qué mejores razones pudieran dar los Filósofos naturales antiguos, que este Indio bárbaro en nuestra opinión, para persuadirle a la adoración de nuestro verdadero, y universal Creador, Redentor, y Señor.
Conversión de los Apaches de Navajó: Saliendo, pues, de esta Provincia de los Apaches de Xila, y pasando adelante por el mismo rumbo, que es por la banda del Occidente de los poblados, costeándolos al Norte más de cincuenta leguas, llenas de rancherías de la jurisdicción de Xila, se topa con la Provincia de los Apaches de Navajó, que aunque son de la misma nación Apache que la antecedente, están sujetos, y subordinados a otro Capitán mayor, y tienen distinto modo de vivir, porque los de atrás no sembraban, sino que se sustentaban de caza; y hoy les hemos rompido tierras, y enseñado a sembrar, y estos de Navajó son muy grandes labradores, que eso significa Navajó, sementeras grandes…
Apaches vaqueros del ganado de Sibola: Pasada, pues, esta Provincia de los Apaches de Navajó, volviendo ya sobre mano derecha al Oriente, se comienza la Provincia de los Apaches Vaqueros [apaches jicarillas, mescaleros, ?], la cual corre por aquella parte, y vuelve cercando a los poblados más de 150 leguas [724 km], hasta llegar a los del Perrillo, a donde comenzamos al entrar en el Nuevo México. Toda esta nación y Provincia se sustenta de vacas que dicen de Sibola [bisontes], semejante al nuestro en la grandeza pero muy diferente en la forma, porque es muy corto de piernas, como derrengado, y muy alto de corcova y pecho, cuernos muy pequeños, y agudos, derechos a lo alto, muy grandes crines en el copete, que les tapa la vista, y muy crespas [pelo rizado de forma natural], y lo mismo en las barbas y en las rodillas, y todos de un color hosco, o negro, y por maravilla se ve alguno con alguna mancha blanca: su carne es más sabrosa, y sana que la de nuestras vacas, y la manteca mucho mejor: no braman como nuestros toros, sino que gruñen como puercos: no son largos de cola, sino pequeña, y poca lana en ella: el pelo no es como el de nuestro ganado, sino crespo como vellón [cuero de oveja o carnero curtido] muy fino, de que se hacen xerguetas [paños] muy buenas, y de las nuevas muy finos sombreros de vicuña [?, mamífero de los Andes], al parecer de los pellejos de las terneras, se aforran [revisten, envuelven] ropas, como si fueran de martas. He dicho tan a lo largo de este ganado, por ser en tan gran número, y tan dilatado, que no le hallamos fin; y tener noticia que corre de la mar del Sur, hasta la mar del Norte, y tanto que espesa los campos. Este ganado solo era bastante a hacer a un Príncipe muy poderoso, si pudiera hacer, o se diera traza con que se sacara a otras partes: tropas hay de más de cuarenta mil toros, al parecer, sin que haya entre ellos una sola vaca, porque siempre andan apartados hasta el tiempo del celo: no es ganado que se deja coger en rodeos, aunque para pie lleven entre ellos de nuestro ganado manso; y así al tiempo de la parición van los Españoles a coger las terneritas, y las crían como cabras. Como este ganado es tanto, y pellejan, o mudan el pelo todos los años, quédase aquella lana por el campo, y los aires la van arrimando a árboles, o en algunas quebradas, y en tanta cantidad que pudiera hacer ricos a muchos, y todo se pierde.
De este ganado, pues, se sustentan estos Apaches Vaqueros, para lo cual van con cautela a sus abrevaderos, y en las veredas se esconden, embixados [embadurnados], y teñidos con el lodo de aquella misma tierra, y tendidos en las veredas hondas que tiene hechas el ganado, al pasar van empleando las flechas que llevan, y como es ganado triste, aunque muy feroz y veloz, en sintiéndose herido, a pocos pasos se deja caer y después los desuellan, y llevan el pellejo, las lenguas, y lomos, y los nervios para coser, y hacer cuerdas a los arcos: los pellejos adoban en dos maneras, unos dejándoles el pelo, y quedan como un terciopelo de felpa, y sirven de cama, y de capa en el Verano: otros adoban sin pelo, y los adelgazan, de que hacen sus tiendas, y otras cosas a su usanza; y con esta corambre [cuero] tratan en toda la tierra, y ganan su vida, y es el general vestuario, así entre Indios, como Españoles, que usan de ello, así para vestuario, como para servicio de costales, tiendas, corazas, calzado, y todo lo que se ofrece. Y aunque cada año se mata tanto ganado, no solo no va a menos, sino que cada día es más, porque espesa los campos, y parece inacabable. Salen, pues, estos Indios por las Provincias comarcanas a tratar, y contratar con esta corambre, a donde no podré de dejar una cosa, algo increíble, aunque ridícula, y es, que cuando estos Indios van a tratar, y contratar, van las rancherías enteras con sus mujeres y hijos, que viven en tiendas hechas de estos pellejos de Sibola muy delgados, y adobados; y las tiendas la llevan cargadas en recuas de perros aparejados con sus enjalmillas [?] y son los perros medianos, y suelen llevar quinientos perros en una recua, uno delante de otro, y la gente lleva cargada su mercaduría, que trueca por ropa de algodón, y por otras cosas de que carecen.
Esta Provincia de los Apaches Vaqueros, cerca, como dicho es, las poblaciones del Nuevo México por su frontera más de 150 leguas, por la parte del Oriente, y se extiende al mismo rumbo más de ciento, toda ella pobladísima de rancherías de las tiendas sobre dichas, y gente infinita: ha sido nuestro Señor servido de que se haya comenzado su conversión, y pacificación con el buen trato y agasajo que los Religiosos les hacen en las doctrinas en sus circunvecinas: y habiendo sus Capitanes mayores, oído decir, que los Españoles en la villa de Santa Fe tenían a la Madre de Dios, que era una Imagen de culto de Tránsito de la Virgen nuestra Señora, que yo allí había llevado, y estaba bien adornada en una Capilla: vinieron a verla, y le quedaron muy aficionados, y le prometieron ser Cristianos, y en particular el mayor de ellos le habló con mucha devoción, a su modo. Pues viendo el demonio que por este camino se le quitaba el imperio que gozaba, usó de un embuste de los que suele para su defensa, tomando por medio la codicia de nuestro Gobernador Español, que para hacer esclavos que enviar a vender a la Nueva España, envió a un Capitán Indio valiente, enemigo de aquella parcialidad, y le trajese las piezas que pudiese. Acertó a  ir este infernal ministro a la ranchería del Capitán mayor que había dado la palabra a la Virgen de ser Cristiano, con todos los suyos, y peleó con él, y lo mató, y a mucha gente; porque llevaba muchos Indios de guerra consigo; y teniendo aquel Capitán muerto al cuello un Rosario, que yo le había dado, se lo ponía por delante, rogándole, por él, y por aquella Madre de Dios, que no le matase; y no bastó para que el tirano dejase de usar de su crueldad, y trajo algunos cautivos al Gobernador: que aunque no los quiso recibir, por el alboroto que causó el hecho, y quiso ahorcar al que había enviado, se conoció bien su codicia; lo cual fue causa para que toda esta Provincia se alzase, aunque, sea Dios bendito, la vamos reduciendo de nuevo, y conocen ya los Indios quien tiene la culpa, y que Dios debe ser adorado sobre todo.
Con lo sobredicho, me parece, se conocerá esta nación Apache, la cual, como dicho es, cerca las cien leguas [482 km], que a orillas del río del Norte habitan las poblaciones del Nuevo México, …”.
A partir de 1631, los españoles capturan esclavos apaches para venderlos en los campamentos mineros de Nueva Vizcaya. (También se sirvieron de apaches como intermediarios en el comercio con los nativos de las praderas).
En 1634, sale de Pecos Pueblo (San Miguel County, New México), la expedición del capitán Alonso Baca con el fraile Andrés Juárez, que recorrerá 1.448 km hacia el este, a través de las grandes llanuras de Texas, hasta llegar a un gran río que sus guías nativos se niegan a cruzar temiendo ser muertos por los nativos del lugar y regresan (como los guías eran probablemente apaches, los enemigos pudieron ser wichita, del grupo caddo y el río probablemente era el Arkansas, pero también pudo ser el Mississippi).
En 1635, aumentan las incursiones de bandas apaches en Nuevo México. (Los españoles a menudo atacaron rancherías de apaches pacíficos, obteniendo cautivos).
El 26 de septiembre de 1638, el fraile Juan de Prada escribe sobre las incursiones de apaches jicarillas contra los nativos Pueblo cristianizados.
En 1640, una epidemia causa 3.000 muertos entre los nativos Pueblo, mientras los apaches roban una gran cantidad de maíz en Nuevo México, provocando una hambruna.
En 1650, se incrementan las hostilidades entre los españoles y los apaches. (Los españoles de Nuevo México viajaron a la parte superior del río Colorado [Texas] donde descubrieron algunas perlas y establecieron tratos comerciales con los jumanos de esa zona. Durante los próximos años, los españoles de Nuevo México intercambiaron  artículos  por pieles de búfalo. Los apaches de las llanuras, probablemente en un intento de evitar este comercio, aumentaron sus ataques, especialmente contra Las Humañas [hoy Gran Quivira, Torrance County, New México], el lugar más lógico para este intercambio).
En 1652, asaltantes apaches atacan Las Humañas (hoy Gran Quivira, Torrance County, New México), saqueando la población y la iglesia, llevándose 27 mujeres y niños como cautivos. (Los españoles respondieron con una expedición a las montañas de la Sierra Blanca [Lincoln & Otero Counties, New México] que dejaron a los apaches “bien castigados”. No está claro qué apaches eran. Al parecer, procedían de las montañas del este de la Sierra Blanca, y que podrían haber sido los precursores de los apaches mescaleros. También es posible que fueran apaches del este y que atacaran el pueblo de Las Humañas para interrumpir su comercio con los jumanos, enemigos de los apaches de las llanuras).
En 1653, el capitán Francisco de Ortega persigue a un grupo de apaches que habían robado una manada de yeguas en la zona de Río Abajo ([Valencia County, New México]. El grupo de Ortega alcanzó a los asaltantes, atacándoles por sorpresa durante la noche, matándoles y recuperando la manada. Por diferentes objetos encontrados en el campamento, descubrieron que los apaches habían estado en contacto con algunos nativos Pueblo).
En 1656, el gobernador de Nuevo México, Juan Manso de Contreras,  logra convencer a algunos nativos Pueblo de Picuris (Taos County, New México) para que fuesen con los españoles a realizar incursiones en busca de esclavos apaches. (Esto generó un cambio de las relaciones, generalmente amistosas, que estos nativos Pueblo tenían con los apaches. Según la legislación española, solo era legal obtener esclavos, los adquiridos en las guerras de represalia).
* En 1659, se produce una severa hambruna que obliga a los apaches a venir a los pueblos del norte de Nuevo México a cambiar sus cautivos y, en algunos casos, sus propios hijos por alimentos. (Los misioneros franciscanos aprovecharon la situación para comprar muchos niños apaches para convertirlos al cristianismo. El gobernador de Nuevo México también aprovechó la situación para apoderarse y esclavizar a muchos de los apaches que pacíficamente vinieron a comerciar.
Esto resultó ser un punto de inflexión importante para los apaches. El deseo insaciable de los españoles por conseguir esclavos y el éxito y la rentabilidad en la venta de los mismos, hizo que los apaches aprendieran y traficaran con los cautivos que ellos mismos conseguían en sus incursiones. Al obtener cautivos, los apaches también atenuaban las incursiones españolas en sus propias rancherías.
* El 4 de septiembre de 1659, el gobernador de Nuevo México, Bernardo López de Mendizábal, envía una expedición de 40 españoles y 800 nativos Pueblo cristianizados en busca de esclavos apaches (capturaron 70) para venderlos en el Real de Minas del Parral (Chihuahua), lo que provoca represalias de apaches y navajos, que atacan los pueblos de Las Salinas (en el límite entre los Torrance & Socorro Counties, New México); Jémez (Jemez Springs, Sandoval County, New México); San Ildefonso (Santa Fe County, New México); y San Felipe (Sandoval County New México); el Camino Real (ruta que une Ciudad de México con Santa Fe); y las granjas cercanas al Río Grande (en el tramo de lo que hoy es New México), matando colonos, robando ganado y capturando a varios cautivos. (Antes de 1659, los apaches negociaban principalmente con cuero, carne y sal, y cambiaban algunos cautivos o los daban como regalo de vez en cuando. Sin embargo, después de 1659, los esclavos se convirtieron en la parte principal del comercio en las ferias de temporada en Nuevo México. Lo llamaban “rescates”. La mayoría de los esclavos eran, posiblemente caddos, capturados en incursiones en Quivira [cerca del actual Lindsborg, McPherson County, Kansas]).
En 1660, el capitán Diego Romero, con un grupo de soldados españoles, va a las llanuras a comerciar con los apaches. (Estos dieron la bienvenida a los españoles. Romero les dijo que su padre los había visitado años antes, habiendo engendrado un hijo con una mujer apache. Los apaches dijeron que Romero debería hacer lo mismo. Romero se sometió a una ceremonia matrimonial antes de dormir con una mujer apache. Durante su estancia se hicieron otras ceremonias en las que los apaches le nombraron “capitán” [líder], proporcionándole dos fardos de pieles y una tienda.
Este tipo de ceremonias mejoraron la relación entre los españoles y los apaches de las llanuras. Estos no tomaban estas ceremonias a la ligera, honrando a otros españoles, incluyendo al padre de Romero, con el título de “capitán”. Quizá los apaches esperaban que, al ofrecer este tipo de “títulos” a los líderes españoles, podrían estar a salvo de las redadas para capturar esclavos, pero estas continuaron y los apaches de las llanuras, eran a veces las víctimas.
En este año, Las Humanas [hoy Gran Quivira, Torrance County, New México] todavía era un centro comercial importante, pero los jumanos de la región de más allá del río Pecos [Texas] fueron reemplazados por comerciantes apaches. Las visitas no eran siempre pacíficas, pero aumentaron en frecuencia.
Los apaches de las llanuras se volvieron más agresivos con otras tribus, obligando a los jumanos a desplazarse más al sur, lejos del contacto con los españoles y con los nativos Pueblo establecidos cerca de Las Humañas, haciendo que los apaches dominaran el comercio en esa zona.  Incursionaban por tierras de Quivira [wichitas] y de los caddos, más al este, abasteciendo de esclavos el insaciable mercado español.
Los apaches de las llanuras mantenían una convivencia relativamente pacífica con los españoles de Nuevo México, absteniéndose de tener demasiado contacto para disminuir los incidentes con ellos y teniendo con los nativos Pueblo de Pecos [San Miguel County, New México] una fuente importante de comercio.
En 1662, el gobernador de Nuevo México, Bernardo López de Mendizábal afirma que fue propietario de 90 esclavos apaches durante su mandato. (Mendizábal elaboró más de 90 decretos para justificar la toma de cautivos. La mayoría de los esclavos apaches eran empleados en las obras junto con otros trabajadores españoles y nativos Pueblo. También lavaban pieles, curtían cueros, hacían cortinas de cuero pintadas para puertas, y trataban el cuero para fabricar zapatos y jubones. Por su parte, los apaches también se dedicaron a conseguir cautivos en sus incursiones).
En 1664, un grupo de nativos Pueblo huye de Taos (Taos County, New México), refugiándose en El Cuartelejo (justo al norte de Scott City, oeste de Kansas), un poblado de los apaches de las llanuras, donde vivirán varios años, levantando casas de piedra y adobe como las que abandonaron en su huida. (El capitán Juan de Archuleta los persiguió inútilmente hasta el río Arkansas (Colorado) siendo el primer europeo en explorar una parte significativa de ese Estado).
A partir de 1666, una larga sequía sumada a la peste, que duraría hasta 1671, causa muchas muertes junto a los ataques apaches en Nuevo México, ante los que poco pueden hacer los 170 soldados repartidos por el territorio. (Estas desgracias debilitarían a los nativos Pueblo y a los españoles. Es muy probable que también fuesen afectados los apaches de las llanuras. La paz prevalecía cuando las precipitaciones eran suficientes para los cultivos de los nativos Pueblo y la caza abundaba en las llanuras. Cuando vino la sequía y los cultivos eran escasos para el comercio y la caza disminuía, los apaches incrementaron sus incursiones para conseguir maíz y otros bienes de los nativos Pueblo, a veces invadiendo sus asentamientos más pequeños [450 nativos Pueblo murieron de hambre solo en Las Humañas [hoy Gran Quivira, Torrance County, New México].
Ante el riesgo de morir en grandes cantidades, el sur de los nativos Pueblo intentó levantarse, con la ayuda de los apaches, y derrocar a los españoles. Varias intentonas fueron descubiertas y sus líderes ahorcados, como la de los piros y los tompiros [parte de los nativos Pueblo] que se rebelaron con ayuda de los apaches, siendo aplastados por los españoles. Los nativos Pueblo fueron obligados a ayudar a los españoles contra sus antiguos aliados apaches.
En la primavera de este año, una expedición española atacó a los apaches en la región del Ácoma [Cibola County, New México]). Estos cambiaron su táctica de ataque de pequeña a gran escala encaminada a la destrucción de los nativos Pueblo).
Durante el invierno de 1668 y comienzos de 1669, el gobernador Juan Rodríguez de Medrano convoca en Santa Fe (Santa Fe County, New México) a los encomenderos (encomienda: reparto de nativos entre conquistadores y colonos) de Nuevo México para organizar una campaña contra los apaches orientales que habían asaltado a los nativos de Salinas Pueblo ([Socorro County, New México]. El encomendero de Las Humañas [hoy Gran Quivira, Torrance County, New México] había muerto y cuando su hijo se negó a comparecer, el gobernador transfirió la encomienda a Juan Domínguez de Mendoza durante tres generaciones en recompensa por sus valiosos servicios prestados en muchas campañas contra los apaches).
* En 1670, los apaches de la zona de Siete Ríos (parte baja del río Pecos, Texas ) incursionan en Las Humañas (hoy Gran Quivira, Torrance County, New México) saqueando la iglesia y destruyendo imágenes religiosas. (Los apaches mataron a 11 habitantes y se llevaron 30 cautivos. Juan Domínguez de Mendoza [encomendero de Las Humañas] respondió rápidamente reuniendo 30 españoles y 300 nativos Pueblo para perseguir a los apaches, matando a 13 de ellos y recuperando seis cautivos).
* En 1670 y en respuesta a la sequía, los apaches lipanes se dividen en dos grupos: unos se dirigen a la parte superior del río Colorado y otros van a la zona de San Antonio ([Bexar County, Texas]. Los lipanes adquirían caballos de los jumanos [nativos del oeste de Texas, sureste de Nuevo México y norte de México], de los nativos Pueblo de Nuevo México y del pueblo de La Junta de los Ríos [Presidio, Presidio County, Texas]).
El 1 de agosto de 1671, apaches del río Gila (en el futuro denominados bedonkohes y chihennes) dirigidos por El Chilmo, asaltan en pleno día el pueblo piro de Senecú (Socorro County, New México), junto al Río Grande. (En un ataque coordinado, montados en caballos, asaltaron la población, espantando todo el ganado. Un grupo de españoles y nativos Piros salieron en su persecución, pero los apaches les esperaron emboscados, haciéndoles retroceder, según una versión; y según otra, matando hasta el último hombre).
* El 7 de agosto de 1672, una banda apache ataca Hawikuh (poblado zuñi en el oeste de Nuevo México), matando al fraile residente, Pedro de Ávila y Ayala, y a 200 habitantes. (Queman la iglesia-misión, que no será reconstruida, y se llevan cautivos a 1.000 personas, junto con el ganado).
* Durante 1672, los apaches atacan por todo Nuevo México buscando ganado y ovejas, y consiguiendo algunos cautivos, destruyendo siete de los 46 pueblos existentes. (Este año, los apaches atacaron en gran número Las Humañas [hoy Gran Quivira, Torrance County, New México], saquearon el pueblo y se llevaron el ganado y los rebaños de ovejas. Después de retirarse, impidieron a los nativos Pueblo trabajar en los campos o cazar. Varias veces llegaron al pueblo por la noche emboscando a la gente. Ante este acoso constante, los habitantes, unas 500 familias, cogieron sus enseres y evacuaron el asentamiento).
El 17 de abril de 1673, José García de Salcedo, gobernador de la Nueva Vizcaya, ordena que todos los habitantes de Hidalgo del Parral (Chihuahua) que hayan traído apaches de Nuevo México y los tengan en su poder, los pongan en libertad.
En 1674, los apaches obligan a abandonar el pueblo de Quarai, y sus 600 tiguas (grupo de los nativos Pueblo) se refugian, 19 km al norte, en la misión de San Miguel, en Tajique (Torrance County, New México), uniéndose a los 300 tiguas que la habitan. (Diego de Párraga, último sacerdote de Quarai exhuma el cuerpo del fraile Jerónimo de la Llana, fallecido en 1659, y lo entierra en Tajique).
* El 23 de enero de 1675, una banda apache incursiona por el pueblo piro (grupo de los nativos Pueblo) de Senecú, matando a un franciscano, fray Alonso Gil de Ávila, y a muchos de sus habitantes. (Los supervivientes huyeron al pueblo del Socorro [Socorro County, New México], permaneciendo Senecú abandonado hasta noviembre de 1677).
* En 1675, apaches faraones atacan el lado oriental de Nuevo México. (Los informes de los españoles señalaban a los faraones como apaches de los llanos aliados de los nativos Pueblo de Cicuyé).
* En 1675, los apaches fuerzan el abandono de Tajique (Torrance County, New México) y sus casi 1.000 tiguas se dirigen a El Paso del Norte ([hoy Ciudad Juárez, Chihuahua]. La mayoría de los asaltantes eran navajos o apaches occidentales, del oeste de Nuevo México, llegando a los asentamientos que había a lo largo del Río Grande. Los apaches de las llanuras estaban relativamente pacíficos durante este período. De hecho, siguieron asistiendo a las ferias anuales en Pecos Pueblo [San Miguel County, New México], incluso cuando los pueblos del sur sufrían destructivas incursiones.
Los apaches de las llanuras necesitaban un lugar para cambiar sus pieles y cautivos de Quivira [wichitas] por lo que no querían causar problemas en Pecos Pueblo. Los españoles también se interesaban por lo que podía pasar en Quivira, preguntando continuamente a los apaches que llegaban a Pecos Pueblo por las posibles riquezas de los nativos de ese sitio. Aunque la respuesta de los apaches era negativa, todavía permanecía en el imaginario español, los sueños de las legendarias ciudades de oro de los tiempos de Coronado.
Uno de los factores más importantes del aumento de la agresividad de los apaches fue la adquisición del caballo. Antes estaban en desventaja cuando atacaban pueblos o asentamientos españoles. No podían escapar rápidamente cuando iban cargados con el botín. Por lo tanto, el comercio era un medio más rentable para conseguir los bienes que necesitaban. Una vez que obtuvieron el caballo, todo fue mucho más simple. Los apaches podían dirigirse a los asentamientos rápidamente para, sin previo aviso, atacar, saquear y escapar, casi antes de que los habitantes pudieran responder y defenderse.
Al principio, para los apaches el caballo era otra fuente de alimento y después un medio de transporte en sus desplazamientos, pero en algún momento, entre 1620 y 1630, empezó a ser utilizado en las incursiones, una vez haber aprendido de los españoles las técnicas de equitación).
* En 1675, Juan Francisco de Treviño, el nuevo gobernador de Nuevo México, ordena quemar las kivas (habitaciones circulares excavadas en el suelo, con techo y que se bajaba por una escalera para practicar el culto o reunir al consejo) y los ídolos de los nativos Pueblo, y detener a 47 chamanes acusados de brujería y de haber matado a varios misioneros: cuatro son condenados a muerte (tres son ahorcados y el 4º se suicida) y el resto, azotados y encarcelados. (Después los tiene que liberar por la agresividad de los nativos Pueblo, que se aprovechan de que la mayoría de los soldados están combatiendo a los apaches para entrar en su residencia [uno de los liberados es Popé, líder religioso de la tribu San Juan]).
En 1677, el padre Francisco de Ayeta, franciscano superior de las misiones de Nuevo México, lleva una caravana de suministros a Santa Fe (Santa Fe County, New México), incluyendo unos 1.000 caballos para las tropas ([los asaltos de los apaches los habían convertido prácticamente en soldados de infantería]. Más tarde regresaría a México para llevar más. A su vuelta a Nuevo México en 1680, con carros de suministros, caballos y 50 soldados reclutados en Ciudad de México, se encontraría con los refugiados españoles que huían de la rebelión de los nativos Pueblo en el Río Grande).
* El 10 de agosto de 1680, comienza la sublevación de los nativos Pueblo (duraría hasta 1692), dirigidos por el hechicero Popé y en parte apoyados por los apaches, los cuales incrementan sus ataques a los españoles sin atacar a los nativos Pueblo. (No está claro qué papel jugaron los apaches en la revuelta de los nativos Pueblo. Ciertamente, no estaban muy contentos con los españoles, principalmente por las incursiones para capturarlos como esclavos. Se tiene constancia de la participación en esa revuelta de los llamados apaches Achos, que vivían cerca de Taos [Taos County, New México], generalmente identificados como jicarillas, ayudando a los nativos Pueblo de Taos y Picurís [Taos County, New México], matando y expulsando a los españoles de esos lugares. Tanto los Achos como otros grupos apaches dieron su apoyo a la rebelión de los nativos Pueblo apropiándose de todos los caballos que pudieron encontrar, impidiendo su uso a los españoles y permitiendo a los nativos Pueblo poder llevarse las ovejas y los rebaños de ganado.
Como años antes, grupos de nativos Pueblo habían huido de los españoles a El Cuartelejo [justo al norte de Scott City, oeste de Kansas] para vivir junto a los apaches de las llanuras, fortalecieron sus vínculos de amistad y matrimoniales. Esta sería otra de las  razones de su ayuda en la revuelta.
Durante la sublevación murieron 18 franciscanos, entre ellos Juan de Jesús María, predicador de la misión de San Diego en el pueblo de Jémez [Jemez Springs, Sandoval County, New México], saeteado el 11 de agosto en el altar; tres hermanos legos y 380 españoles. El resto huyó a Santa Fe [Santa Fe County, New México] y al territorio de los nativos Ysleta [parte de los nativos Pueblo que no participaron en la rebelión]. La defensa de Santa Fe corrió a cargo del capitán Alonso García hasta su evacuación. Uno de los líderes de los nativos Pueblo se reunió con el gobernador Antonio de Otermín, pidiéndole la liberación de todos los cautivos en poder de los españoles, entre ellos la esposa y los hijos del líder. El líder nativo Pueblo afirmó que los apaches que estaban con los sublevados habían preguntado por su gente y que si Otermín no satisfacía sus demandas reanudarían la guerra inmediatamente. También informó al gobernador español que estaban esperando refuerzos de Taos y Picurís [los dos en Taos County, New México]. Otermín no le creyó. Creía que los apaches estaban en guerra con los nativos Pueblo y no cooperando con ellos y que ese anuncio era para que diese la impresión de que la situación era aún mucho más grave. De hecho, había un grupo de apaches entre los nativos Pueblo, interesándose por la liberación de familiares en poder de los españoles. Tras 10 días de asedio, los españoles consiguieron matar a 300 sublevados y ejecutar a 47 prisioneros. Poco después de los enfrentamientos, un fraile español encontró los cuerpos sin vida de varios apaches caídos entre combatientes de los nativos Pueblo. Los 1.000 habitantes de Santa Fe, la abandonaron el 21 de agosto por orden del gobernador Antonio de Otermín, que comprobó, por los enemigos muertos, la amplitud de la revuelta, dirigiéndose al sur. Taos [Taos County, New México], centro de la sublevación, Ysleta [Bernalillo County, New México] y Socorro [Socorro County, New México] también fueron abandonados por los españoles y los nativos cristianos [parte de los Ysleta se refugiaron entre los hopi y los piro que quedaron en Socorro, pero serán muertos por los apaches, que la destruirán] y de los más de 2.000 que salieron de Socorro para cruzar la “Jornada del Muerto” [desierto en Socorro County, New México] menos de 1.200 sobrevivieron. Popé se instaló en el palacio del gobernador hasta su muerte [posiblemente en 1688], ejerciendo en la práctica de gobernador de Nuevo México hasta 1685. Antonio de Otermín y fray Francisco de Ayeta, superior de los franciscanos de Nuevo México, concentraron a 1.946 refugiados en el campamento de La Salineta [hoy Canutillo, Doña Ana County, New México] y los instalaron en cuatro lugares junto al Río Grande: El Paso del Norte [hoy Ciudad Juárez, Chihuahua]; Senecú del Sur [nativos piro de Senecú], Ysleta del Sur [hoy El Paso, El Paso County, Texas] y Socorro [Socorro, El Paso County, Texas; no confundir con Socorro County, New México]. Antonio de Otermín estableció su cuartel general en el poblado español de San Lorenzo [hoy en Ciudad Juárez, Chihuahua]. Poco después, un grupo de tiwas y piros, pertenecientes a los nativos Pueblo, fueron a El Paso del Norte [Ciudad Juárez, Chihuahua] con intención de incursionar por las haciendas de los alrededores, encontrándose con un grupo de apaches faraones que mató a cinco de los nativos Pueblo, obligándoles a dar marcha atrás. El nombre faraón apareció por primera vez en 1675, siendo reemplazado más tarde por el término mescalero. [Estos vivían entre el río Pecos y el Río Grande, pero otros historiadores afirman que los faraones eran jicarillas]).
* En 1680, los apaches del río Gila (bedonkohes y chihennes) amplían su territorio, expandiéndose por el sur, haciendo incursiones por el río San Pedro, al sur de Arizona, y por el norte de Chihuahua.
* De 1680 a 1690, fuentes españolas identifican por primera vez a bandas apaches en lo que hoy es el sureste de Arizona, suroeste de New México y norte de Sonora.
El 6 de noviembre de 1681, salen de El Paso del Norte (Ciudad Juárez, Chihuahua) 146 soldados españoles con 112 nativos aliados hacia el norte, para reconquistar Nuevo México, tras la revuelta de los nativos Pueblo. (La región que rodeaba El Paso del Norte estaba lo suficientemente pacificada para que el gobernador Antonio de Otermín intentara recuperar Nuevo México. En el camino vieron apaches, algunos montados y otros a pie. Cuando llegaron a Senecú, encontraron el pueblo abandonado. Otermín ordenó quemar el pueblo continuando hacia el norte, viendo señales de apaches como huellas de rebaños que iban hacia sus tierras de origen. Encontraron también un campamento apache abandonado en un cañón donde, según Otermín, habían preparado una emboscada. Otermín y sus hombres pensaban que la reconquista de Nuevo México sería relativamente fácil porque pensaban que los apaches habían devastado las poblaciones de los nativos Pueblo al no contar con la protección española y que muchos de estos darían la bienvenida a los españoles. Estaban equivocados. Fray Francisco de Ayeta, que acompañaba a Otermín, señaló que los nativos Pueblo, en muchos casos, pidieron ayuda a los apaches y estos se la dieron. Además, continuó Ayeta, los apaches no habían destruido ni una sola población de los nativos Pueblo. Incluso los apaches habían parlamentado con los nativos Pueblo, participando en festejos y danzas. Sin embargo, el carácter apache se impuso, dando fin a las relaciones pacíficas y emprendiendo la guerra. A pesar de eso, los nativos Pueblo se valieron por sí mismos para defenderse sin la ayuda española. Otermín asumió automáticamente que los pueblos  fueron abandonados por las incursiones apaches. No se planteó que pudo ser debido al regreso de los españoles. El hecho de que restos apaches indicaran la presencia de mujeres y niños demuestra que no eran  una partida de guerra. Del mismo modo, el campamento apache situado en el cañón era muy probable que no fuera para una emboscada, sino simplemente un refugio oculto y seguro para acampar. Si tenían familiares con ellos, el campamento seguro tiene más sentido. Otermín admitió en una carta al virrey, que el daño causado por los apaches era menor de lo esperado y que los nativos Pueblo parecían decididos a conservar su independencia. Otermín recomendó que los exiliados españoles y los nativos Pueblo leales se instalasen en las proximidades de El Paso del Norte como baluarte para proteger la Nueva Vizcaya).
* El 3 de enero de 1682, el misionero jesuita Daniel Ángelo Marras escribe una carta al padre provincial de la Compañía de Jesús de México, en la que manifiesta su desacuerdo con la elección de Bacoachi (Sonora) como lugar elegido para erigir un presidio en contra de las incursiones apaches. (Escribió que ese lugar, además de que no era el más adecuado para ese puesto defensivo, pertenecía al pueblo de misión del mismo nombre, cuyos naturales, de ser despojados de sus tierras, podrían retirarse a los territorios de los indios gentiles, “volviéndose enemigos de amigos y de cristianos apóstatas”. Pidió que una parte del presidio de Sinaloa se trasladase al valle de Teuricachi, “que ha sido el combatidero y puesto por donde han invadido los enemigos”. Argumentó que, al tiempo que en el sur se mantenían vigilados a los yaquis y mayos, en el norte se estaría en capacidad para hacer frente a los apaches).
* El 30 de enero de 1682, el fraile Nicolás Hurtado escribe sobre sus experiencias con las tropas españolas que marchan entre El Paso del Norte (Ciudad Juárez, Chihuahua) e Ysleta (Bernalillo County, New México) indicando como una incursión apache a un campamento, tiene como resultado el robo de 200 animales, entre caballos y reses.
* En 1682, un prisionero jumano capturado durante la revuelta de los nativos Pueblo, informa a Antonio de Otermín, gobernador de Nuevo México, que los apaches de las llanuras, que vivían a 885 km al este, habían robado caballos en Sonora (en una zona en lo que hoy es Arizona) comerciando con ellos con los apaches del Gila, en el noroeste. (Antonio de Otermín, por la revuelta de los nativos Pueblo, reforzó la zona que ha empezado a ser atacada por los apaches, con la fundación del presidio de San José [en la actual Ciudad Juárez, Chihuahua]. Los presidios, como fueron llamados, eran, en realidad, una especie de fuertes con una guarnición de entre 20 y 100 soldados cada uno, erigidos más o menos en las zonas donde actuaban los apaches, y desde donde partían las campañas contra ellos. Los soldados estaban mal pagados, su equipo era deficiente y la tarea de defender la frontera contra un enemigo tan huidizo, era muy difícil).
* En 1682, alegando mala salud, Antonio de Otermín pide el relevo y el virrey Tomás Antonio de la Cerda y Aragón nombra al aragonés Domingo Jironza Pétriz de Cruzate (o Cruzant) gobernador y capitán general de Nuevo México, quien llegará el año siguiente, ordenando hacer una enérgica campaña contra los apaches.
* En 1682, los españoles identifican, por primera vez, a las bandas apaches que operan en lo que hoy es México.
* En agosto de 1683, un grupo de jumanos llega a El Paso del Norte (Ciudad Juárez, Chihuahua) con la intención de restablecer el contacto y el comercio con los españoles. (Asimismo, solicitaron la ayuda contra sus enemigos, los apaches. Los jumanos y sus aliados incluso ofrecieron proporcionar suministros si los españoles les ayudaban en una campaña contra los apaches. El mandato de Antonio de Otermín estaba a punto de expirar y sintiendo que la situación en El Paso del Norte era lo suficientemente estable, no quiso correr con el riesgo de una expedición).
* En 1683, Domingo Jironza Pétriz de Cruzate llega a El Paso del Norte (Ciudad Juárez, Chihuahua) para asumir el cargo de gobernador de Nuevo México, desde donde escribe al virrey diciendo que los apaches eran tan activos en sus incursiones que los pocos caballos que había en los establos tenían que ser atados a las puertas de las cabañas de los colonos durante la noche con el fin de evitar que sean robados. (También informó que había atacado una ranchería apache, matando a muchos y capturando a 22 de ellos.
Los jumanos volvieron de nuevo para buscar la ayuda de los españoles. Además de insistir y pedir misioneros, los jumanos mencionaron la presencia de otros “españoles” hacia el este, sin duda franceses. Ante la amenaza francesa, y una posible alianza con los nativos de Quivira [wichitas] y texas, convenció al nuevo gobernador de Nuevo México para organizar una expedición de 20 voluntarios al mando del capitán Juan Domínguez de Mendoza.
Con este iba el fraile Nicolás López y el guía Hernando Martín. El objetivo era establecer misiones, comerciar con los jumanos y atacar a los apaches con ayuda de nativos aliados. Salieron de El Paso del Norte, el 15 de diciembre, y descendieron por el Río Grande hasta La Junta de los Ríos, donde fundaron, el 29 de diciembre, la misión de La Navidad en las Cruces [cerca de la actual Presidio, Presidio County, Texas]. Después se dirigieron al noreste, hasta el entonces llamado río Nueces [hoy río Concho; no confundir con el Conchos en México] y donde está la actual San Angelo [Tom Green County, Texas], fundando el 16 de marzo de 1684 la misión de San Clemente [tal vez la actual San Saba, San Saba County, Texas], bautizando a muchos nativos y donde cazaron búfalos para conseguir alimentos, pero es abandonada el 1 de mayo ante el ataque de los apaches del norte, regresando a La Junta de los Ríos, que Mendoza declaró formalmente posesión española con el nombre de La Navidad en las Cruces el 13 de junio. Al regresar a El Paso del Norte, Juan Domínguez de Mendoza y el fraile Nicolás López propusieron crear misiones entre los jumanos que se encontraban en lo que hoy es el territorio de la actual Edwards Plateau [amplia región central de Texas], como protección frente a los apaches, pero la reciente presencia francesa en la costa texana hizo que los esfuerzos españoles se dirigieran al este de Texas. El jefe jumano Juan Sabatea informó a los españoles que los jumanos y los texas estaban en guerra con los apaches. No quedó constancia qué apaches eran, pero probablemente eran apaches lipanes. Estos, en su migración hacia el sur, tomaron contacto con los jumanos [que controlaban la parte superior de los ríos Colorado y Conchos, en la parte norte y central de Texas] y con los texas [que vivían en la parte superior del río Brazos, al nordeste de Texas]. Los jumanos y los texas tenían numerosos caballos, que es lo que los apaches lipanes buscaban.
Domínguez de Mendoza informó que desconfiaba de la lealtad de Juan Sabatea, el jefe jumano. En numerosas ocasiones, los exploradores informaban que los apaches se encontraban en las proximidades, sin llegar a verles. Una vez, los exploradores informaron del avistamiento de una ranchería apache. Domínguez envió más exploradores para verificar la ubicación, pero resultó ser una falsa alarma, aunque encontraron huellas antiguas en la zona.  Poco tiempo después, Domínguez, al sospechar de Sabatea, lo echó junto a su gente, considerando que había retrasado de forma continua la expedición y engañado a los españoles. Más tarde escribió que creía que Sabatea había conspirado con otros pueblos nativos para matar a los españoles.
Durante el viaje, los apaches hicieron tres incursiones en la expedición, robando caballos en cada una de ellas e hiriendo a un español en el tercer ataque. Viendo que carecía de efectivos y municiones suficientes para perseguir a los asaltantes o de librar un combate a gran escala, decidió regresar a El Paso del Norte. La sospecha sobre la lealtad de los jumanos también pudo influir en la decisión de Domínguez. En el viaje de regreso, los españoles mataron más de 4.000 bisontes llegando a El Paso del Norte con los carros llenos de pieles).
* A principios de febrero de 1684, los apaches, mientras cazan búfalos al sur del río Concho (Texas, no confundir con el Conchos [Chihuahua]), atacan a los jumanos para llevarse sus caballos. (Un destacamento español que estaba con ellos informó: “Los apaches hostiles robaron nueve animales, siete de los indios jumanos, y los otros, un caballo y una mula, del jefe y del alférez Diego de Luna, respectivamente. Debido a un descuido, esos animales se unieron a los de los indios. No fue posible perseguirlos a causa de la gran ventaja que tenían… permanecimos aquí cuatro días porque estábamos esperando algunos espías, que nos trajeran noticias de que habían descubierto una ranchería de apaches hostiles”).
* En la primavera de 1684, se produce la rebelión de los mansos (pueblo nativo que habitaba el territorio donde hoy está Ciudad Juárez [Chihuahua]. Se dice que su nombre viene porque los españoles tranquilizaban a sus perros para que no mordieran a los nativos diciendo “sal de ahí, manso, manso”. Duraría hasta 1686, apoyados por los sumas, janos, julimes, conchos y apaches, mientras que los piros, tiguas y una minoría de mansos permanecieron leales. Las misiones de Santa Gertrudis, San Francisco y Sacramento, fueron destruidas y la de Nuestra Señora de Guadalupe de los Sumas, abandonada. El gobernador Domingo Jironza trasladó el presidio al lado de la misión de Nuestra Señora de Guadalupe de los Mansos, pasando a llamarse Presidio Paso del Río y estableció a su alrededor a todos los españoles y nativos leales, trasladando aquí los poblados y el resto de misiones, lo que dará lugar a la actual Ciudad Juárez. Antes de acabar el año y debido al hambre, los sumas depusieron las armas).
* En 1685, el franciscano Alonso de Posadas, custodio de las misiones de Nuevo México, relata: “… Hay una nación que posee y es dueña de todos los llanos de Cíbola, que se llama la Apacha [sic]. Son los indios de esta nación, tan soberbios y tan altivos y presumidos de guerreros, que son el enemigo común de todas cuantas naciones están debajo del norte, y a todas las tienen acobardadas, y a las más de ellas, consumidas, arruinadas. Ocupa esta nación y tiene por propias tierras retiradas de sus propias tierras, y por tales las defienden, cuatrocientas leguas [1931 km] de largo de poniente a oriente y de norte a sur doscientas leguas [965 km] y por algunas partes más es su centro los llanos de Cíbola, confinando como confina por el oriente con la Quivira, con quien siempre ha tenido guerra y tiene. Con la nación de los Texas, confina por la misma parte con quien también siempre ha tenido guerra y aunque son dilatadas estas dos naciones y copiosas de gente, siempre la nación Apacha por las fronteras de la tierra adentro que tienen 200 leguas [965 km], como se ha dicho que no solo las contiene dentro de sus límites sino que en muchas y diversas ocasiones se han entrado por sus tierras, y estando por ministro el informante en el pueblo de los Pecos, entraron en él en alguna ocasión, cantidad de rancherías de esta nación Apacha a vender sus cueros y gamuzas, y traían algunos indios e indias muchachas y muchachos a vender por caballos de la nación quivira, que habían cogido en los asaltos que habían hecho en sus tierras […]”. (Sobre los apaches de los llanos del cíbola o cíbolo [actuales estados estadounidenses de Colorado, norte de New México y norte de Texas] fray Alonso de Posadas, por ejemplo, es muy explícito al relatar: “… se gobiernan no por caciques, ni príncipes naturales, sino por aquellos que en la guerra se señalan más valientes; no usan de ídolos, ni de otras supersticiones bajas, solo veneran al sol con estimación de Padre, por decir ellos que son los hijos del Sol. Se visten de gamuzas, usando siempre de zapatos, botas, gabardinas y se precian de asearlas. Nunca llevan en sus caminos más de sus arcos y flechas […] que con solo verlos se conoce ser de aquella nación por distinguirse de todas las demás. Tienen mujeres propias y que estiman”.
Del informe de fray Alonso de Posadas se hace evidente que los apaches eran la tribu dominante en Nuevo México y que expandían su control a las tribus vecinas. Solo los utes parecían contrarrestar la ferocidad de los apaches y mantener su posición y territorio. Por último, Posada recuerda que los apaches que vivían al este de Nuevo México, en las llanuras, habían mantenido una paz permanente con los españoles, aunque solo sea para tener un lugar para comerciar.
Fray Alonso de Posadas recomendó que se estableciera un presidio en el Río de las Nueces, donde había gran cantidad de pastos y tierras de cultivo. Un centenar de soldados y colonos podría mantener fácilmente un puesto de este tipo, ayudados por los jumanos, que verían con buenos ojos volver a asentarse en esa zona que un día había sido suya, antes de que los apaches les obligaran a irse. La recomendación de fray Alonso de Posadas no fue tenida en cuenta porque la reconquista de Nuevo México tuvo mayor prioridad).
En 1686, fray Alonso de Posada informa que un grupo comercial apache de la Sierra Blanca (Lincoln & Otero Counties, New México) llega a Pecos (San Miguel County, New México) con niños wichita, capturados para cambiarlos por caballos. (Según Alonso de Posada, las llanuras de Cibola, llamadas el “llano de Cíbola” y “llano ciboleño” constituyeron el territorio de Apacha [sic] cazadores de búfalos que eran el enemigo común de todas las naciones circundantes entre Nuevo México y el Wichita en el Arkansas y el Tejas. Alonso de Posada explicó que apaches, cazadores de bisontes en el llano, comerciaban con nativos Pueblo en Pecos [Cicuye], con productos y cautivos capturados en las incursiones contra los texas y wichitas, aliados de los jumanos del río Colorado [Texas]. También informó del conflicto entre los apaches cazadores de búfalos y los sumas, mansos y utes: “… la nación Apacha posee y controla todas las llanuras de sibola [sic]… Indios de esta nación… es el enemigo común de todas las tribus por debajo de las regiones del norte [alrededor de Nuevo México]. Ellos metían miedo a todas las otras tribus, echando a la mayoría de ellos de sus propias tierras…
Su centro [el de la nación Apacha] es la llanura de Sibola. Esta nación se limita por el este con los quiviras [en el sur de Kansas] con quienes… han estado continuamente en guerra… También bordean con la nación de los Texas con quienes siempre han hecho la guerra… la nación Apache… no solo han mantenido sus fronteras [inviolables], sino que han invadido los de las otras naciones… en la ciudad de Pecos un campamento de indios Apacha entró en la ciudad para vender pieles de antílope y cuero, y trajeron con ellos algunos niños cautivos indios de los quivira para cambiarlos por caballos…
Los apachas [sic] también están en guerra a lo largo de la frontera que comparten con los quiviras. Todas las sierras montañosas… que rodean la provincia de Nuevos México son consideradas por los Apachas de su propiedad. Los Apachas están tan constantemente en guerra con ellos que los españoles, por lo general, llevan armas. Atacan a los pueblos indios en emboscadas preparadas previamente, matando a los hombres atrozmente y llevándose a las mujeres y a los niños como cautivos legítimos de guerra. Por lo general, destruyen sus maizales y roban de día caballos españoles y de noche causan a los demás daños que su feroz orgullo pueda planear. Los indios de esta nación que viven en el este de la provincia de Nuevo México tiene y han tenido siempre especial cuidado en el mantenimiento de la paz con los españoles para poder comerciar con ellos, siendo una salida para sus vestidos de pieles y cueros”).
El 28 de julio de 1688, fray Juan de San José, declara que los apaches de las llanuras llegan a Pecos (San Miguel County, New México) para comerciar con los españoles y con los nativos Pueblo.
En septiembre de 1689, los apaches de la Sierra de los Órganos (Organ Mountains, Doña Ana County, New México) firman la paz con los españoles en El Paso del Norte ([Ciudad Juárez, Chihuahua]. Estos apaches, antes hostiles, visitaron pacíficamente muchos de los pueblos vecinos. Fray Francisco de Vargas, custodio de las misiones de Nuevo México, alentó a los misioneros para “ganar las almas de los apaches”. Viajó a sus rancherías, situadas a 145 km al norte de El Paso del Norte, quedándose durante dos días y, a pesar de estar sin protección, no le hicieron ningún daño.
Cerca de Parral [Hidalgo del Parral, Chihuahua] un grupo de apaches capturó a algunos misioneros, liberándolos más tarde sin hacerles daño, tras haberles alimentado y dado cobijo. Esta paz duró poco, pero dio esperanzas a los españoles de que podría lograrse una paz más duradera. También se estabilizó la situación en los alrededores de El Paso del Norte, lo que permitió a los españoles fortalecer su posición. Cuando Diego de Vargas llegó a El Paso del Norte como gobernador de Nuevo México, en febrero 1691, pudo concentrarse en la reconquista).
En 1690, el franciscano Damián Massanet recomienda el río Guadalupe como base para el establecimiento de una misión entre los texas. (Explicó que el este de Texas era una ruta accesible protegida de los ataques apaches, declarando que había caminos al norte y al sur del Paso de Francia [Se cree que este nombre se le dio a un vado del Río Grande después de la tercera entrada de Alonso de León a Texas en 1689 en busca de la colonia de René Robert Cavelier, señor de La Salle] cerca de Guerrero [Coahuila]. Del camino del norte afirmó: “De este Rio de San Marcos va el camino derecho a los tejas para el norte, aunque los apaches suelen llegar hasta él, y dichos apaches son enemigos, así de los tejas como de los españoles; otro camino se aparta para los tejas y es para el nordeste, este es el más por el mucho monte que hay y distancia. Las naciones que viven inmediatas a los tejas: al poniente están los apaches; para el norte están los cadodachos… muy unidos con los tejas”).
* El 6 de febrero de 1691, el padre Marcos de Loyola, de Chinapa (municipio de Arizpe, Sonora) escribe a Diego de Vargas Zapata, nuevo gobernador de Nuevo México, pidiéndole ayuda para pacificar a los hostiles jocomes (probablemente chokonen), janos y sumas. (En cambio, Loyola creía que los mansos ayudarían a convertirse al cristianismo a las otras tribus al haberse mostrado amistosos en sus anteriores contactos con los españoles. Loyola bautizó al jefe manso Chiquito, los cuales dominaban a las otras tribus. Loyola escribió: “… por uno u dos indios mansos de El Paso del Norte [Ciudad Juárez, Chihuahua]. Estos tenían autoridad sobre los janos y jocomes. Dos mansos hispanoparlantes pudieron ser aprovechados en la embajada de negociaciones de paz con el enemigo. El 20 de marzo, seis mansos con provisiones y bestias de carga tomaron su camino hacia Chinapa”. Llegaron al presidio de San Felipe y Santiago de Janos [Chihuahua] el 16 de abril, y “… con su asistencia fue descubierto que los apaches de la Sierra de Gila [bedonkohes y/o chihennes] confederados con los janos, jocomes, pimas, sobas y sumas eran quienes causaban problemas”. Los mansos “… no pudieron negociar con los intransigentes apaches, y el plan de usarlos como mediadores fue abandonado”.
En febrero, Diego de Vargas llegó a El Paso del Norte para emprender la reconquista de la provincia tras la revuelta de los nativos Pueblo. Una inspección reveló que la mayoría de los soldados carecían de chaquetas de cuero, cascos o espadas. Contando a los nativos aliados, solo había alrededor de 300 hombres capaces de portar armas. En toda la región que bordeada a El Paso del Norte, Vargas informó que había menos de 200 caballos y mulas para transportar soldados al interior de Nuevo México. A pesar de ello, hizo planes para comenzar la reconquista lo antes posible. Centró su atención en las nuevas hostilidades cometidas por los apaches, preparando una campaña contra ellos.
El 16 de abril, el comandante del presidio de Janos, Juan Fernández de la Fuente, identificó a los apaches del Gila como autores de un ataque que habían realizado en marzo en el pueblo de Bachachito [?].
A principios de septiembre, Diego de Vargas, llevó a cabo una corta campaña cerca de El Paso del Norte, matando a unos 40 apaches y capturando a más de 130. El gran número de cautivos parece indicar que cogió a los apaches, casi con toda seguridad apaches orientales, con la guardia baja. También clasificó y diferenció a los sumas, mansos y apaches pacíficos que residían cerca de El Paso del Norte, mencionando el mestizaje que se producía entre ellos.
Esta pequeña campaña dio lugar a otra más extensa contra los apaches del río Gila. Juan Fernández de la Fuente, capitán del presidio de Janos había informado al virrey de la hostilidad de los apaches en los alrededores de Janos y en la región del Paso del Norte. El virrey ordenó a Vargas que le ayudase en una campaña conjunta. Aunque decepcionado por tener que retrasar la reconquista de Nuevo México, Vargas llevó su destacamento a la campaña. Fueron los dos hasta el río Gila, donde encontraron varias rancherías ubicadas junto a las dos orillas del río. Los españoles atacaron al amanecer, provocando la huida de los sorprendidos apaches. Un anciano y varias mujeres fueron capturadas mientras rezaban invocando la ayuda de Gahe [los Espíritus de la Montaña]. Los apaches contraatacaron, pero los españoles mataron a 16 guerreros y capturaron a 23 mujeres y niños, y a dos guerreros. Una temprana tormenta de nieve les obligó a retirarse y regresar a Janos. Habían recorrido 2.400 km y para noviembre, toda la frontera estaba pacificada, pudiendo concentrarse en la reconquista de Nuevo México).
* El 16 de mayo de 1691, el primer gobernador de Texas, Domingo Terán de los Ríos, parte de Monclova (Coahuila) en una expedición, acompañado por el sacerdote Damián Massanet, para inspeccionar parte del territorio de Texas, para comprobar si había franceses, catalogar la tierra, los recursos naturales y los pueblos nativos de la zona. (Encontró apaches mescaleros, yoricas, chomes, parchacas, alachomes y pamais, todos cazadores de bisontes que vivían entre el río Sabinas [Coahuila] y el Río Grande).
* En 1691, el jesuita Eusebio Kino realiza la primera de sus numerosas expediciones a Arizona, en las cuales ayudará a los nativos pima a diversificar su agricultura. (En enero de 1691, los misioneros Eusebio Kino y Juan María de Salvatierra visitaron por primera vez el poblado de Tumacacori, ubicado a lo largo del río Santa Cruz. Bautizaron a varios niños y dijeron que pronto enviarían un sacerdote. Llamaron al lugar San Cayetano de Tumacácori [trasladada en 1751 y rebautizada como San José de Tumacácori, siendo abandonada en 1840, hallándose sus restos en el Tumacacori National Park de Arizona].
Kino también fundó las misiones de San Pedro y San Pablo del Tubutama [Tubutama, Sonora]; San Gabriel de Guevavi, luego llamada Los Santos Ángeles de Guevavi, y entre ambas, la misión y rancho de Tubac. De regreso por el río Santa Cruz también fundó la misión de San Luis Bacoancos [actual Centauro de la Frontera; sureste de Nogales, Sonora], pronto abandonada por los ataques apaches).
* En febrero de 1692, Juan Fernández de la Fuente, capitán del presidio de San Felipe y Santiago de Janos (Janos, Chihuahua) derrota a los apaches en un enfrentamiento, a pesar del aparente éxito de la campaña conjunta con Diego de Vargas, hacía poco tiempo. (Los apaches solicitaron la paz, recibiendo regalos de ropa y suministros, exigiéndoles que acudieran a Janos a firmar un acuerdo. Fernández pronto oyó rumores de que varias bandas apaches habían hecho un pacto con los janos, jocomes y sumas con intención de destruir El Paso del Norte y todos los pueblos de alrededor, y luego hacer lo mismo con Janos.
Para confirmar esos rumores, Fernández envió 50 soldados bien armados y un número indeterminado de nativos aliados, bajo el mando de su alférez. Las sospechas de Fernández aumentaron cuando, 20  días después de solicitar la paz, ningún apache se había presentado en Janos. El alférez fue donde ellos, accediendo a acompañarle al presidio. En la mañana en que iban a comenzar el viaje, los apaches emergieron de las colinas por los dos flancos, atacando a uno de los españoles que bebía agua de una fuente. Los soldados, tras recuperarse de la sorpresa, contraatacaron, matando a varios apaches y obligando al resto a retirarse de nuevo a las montañas).
* En marzo de 1692, el gobernador de Nuevo México, Diego de Vargas, dirige una expedición a través de la Sierra Hueco (Hueco Mountains, Otero County, New México), al este de El Paso del Norte (Ciudad Juárez, Chihuahua) buscando los depósitos de sal y los abrevaderos de los apaches que habían acosado continuamente el distrito de El Paso del Norte. (Vargas llegó hasta el río Salado [Socorro & Catron Counties, New México] durante esta exitosa campaña. Más tarde persiguió y derrotó a los apaches en la Sierra de los Órganos [Organ Mountains, Doña Ana County, New México] y en la Sierra de la Florida [Florida Mountains, Luna County, New México]).
* A finales de julio de 1692, Fernández de la Fuente, comandante de Janos, tuvo conocimiento de una gran concentración de nativos en Carretas (municipio de Bavispe, Sonora), un antiguo asentamiento suma. (Fernández estaba planeando una campaña para el mes siguiente, empleando un destacamento de Janos, colonos de Casas Grandes y nativos conchos, pero una patrulla divisó un campamento a solo 38 km más allá del manantial de La Palotada [municipio de Janos, Chihuahua], por lo que el 26 de julio, un pequeño destacamento de soldados se dirigió al lugar. Cuando llegaron había varios cientos de nativos a pie y a caballo. Los soldados pudieron abrirse camino y retirarse, aunque tuvieron varios heridos.
Fernández rápidamente reunió al resto de la guarnición y se dirigió a La Palotada, donde descubrieron un gran campamento a 15 km del manantial. Viendo a los soldados, los nativos dijeron a sus mujeres y niños que fueran a protegerse a una colina cercana, reuniéndose después en varios grupos para esperar el ataque de los soldados, los cuales, en su primera carga, tuvieron un soldado y varios caballos heridos, aunque mataron a muchos nativos. Ante tantas bajas pidieron parlamentar.
Durante varios días intercambiaron regalos y hablaron de paz. El campamento nativo tenía unos 300 hombres adultos, compuestos de janos, jocomes, mansos y sumas, con algunos apaches y pimas. Dos nativos de cada grupo tribal fueron con Fernández a Janos, quien les suministró tabaco, vestidos y otros regalos. Accedieron a volver a sus propios territorios ya que, con las mujeres y los niños, sumaban unas 1.000 personas, demasiadas para subsistir sin tener que recurrir al asalto. Durante las siguientes dos semanas, grupos de nativos fueron a Janos a firmar la paz, pero el jefe de los janos y el de los jocomes [llamado El Tabovo], expresaron el deseo de que Fernández les visitara en sus poblados. El 11 de agosto, Fernández fue, accediendo los janos a establecerse cerca del presidio, el cual estaba situado en sus tierras ancestrales. Sin embargo, pocos días después, volvieron a asaltar para dispersarse por las sierras de los alrededores).
* En agosto de 1692, el padre Francisco Hidalgo registra la expedición que soldados españoles realizan, ayudados por los texas, contra los apaches. (El destacamento viajó al oeste hasta llegar a territorio enemigo. Allí, una noche, fueron emboscados y solo las armas de fuego españolas impidieron la total aniquilación de los defensores. Esta fallida campaña fue seguida por otra más exitosa con el resultado de la muerte de 136 apaches.
* En agosto de 1692, Diego de Vargas parte hacia el interior de Nuevo México, sin esperar a los 50 soldados de refuerzo que llegaban de México, para recuperar la provincia. (Con menos de 200 hombres, incluyendo los nativos aliados, se dirigió a Santa Fe [Santa Fe County, New México]. En el trayecto, encontró apaches en las Montañas Sandía [Sandia Mountains, Bernalillo & Sandoval Counties, New México]; cerca del Ácoma [Cibola County, New México] y en Zuñi [Zuni, McKinley County, New México].
A mediados de septiembre llegó a Santa Fe donde, después de unos días de negociaciones, los nativos Pueblo se rindieron sin luchar. Quiso hacer lo mismo en Pecos Pueblo [San Miguel County, New México] pero sus habitantes habían huido, llegando solo uno para parlamentar. Vargas regresó a Santa Fe y después se dirigió al norte, aceptando todos los nativos Pueblo de la zona su sumisión.
A principios de octubre, llegó a Taos [Taos County, New México] y, después de aceptar su rendición, volvió a Santa Fe. El 15 de octubre, Vargas pudo informar al virrey que todos los pueblos, en un radio de 174 km a partir de Santa Fe, se habían rendido. Dos días más tarde, Pecos Pueblo, al ver la benevolencia del gobernador, se rindió y en los próximos días muchos otros reductos hicieron lo mismo.
A finales de octubre, Vargas se dirigió a la región del Ácoma [Cibola County, New México] con un contingente de nativos texas para someter a los nativos Pueblo [hopis y zuñis] que se habían aliado con los paiutes, navajos y apaches. Después de que se rindieron los nativos Pueblo, se dirigió a Zuñi Pueblo [Zuni Pueblo, McKinley County, New México]. En el camino, un grupo de apaches robó 16 caballos durante una noche de tormenta. Debido al mal estado de sus caballos y por el tiempo, Vargas no les persiguió. Vargas consiguió la rendición de Zuñi Pueblo. Allí había unos 10 apaches salineros [llamados así porque explotaban las fuentes de sal, aunque eran apaches mescaleros]. Su jefe informó a Vargas que estaban en paz con los zuñis y que querían la paz con los españoles. Vargas respondió que la aceptaba, pero que, como prueba de amistad, debían buscar y matar a los apaches que habían robado los caballos de los españoles días antes. Vargas luego continuó hacia el territorio de los hopis, donde recibió la sumisión de todos los pueblos de la zona.
Al regresar, Vargas recibió noticias de que grupos de apaches rondaban los alrededores del lugar donde estaban los suministros de la campaña. De inmediato reforzó su vigilancia y marchó con su destacamento hacia El Paso del Norte. No obstante, los apaches acosaron a los españoles a lo largo del recorrido. De hecho, los zuñis había advertido a Vargas de la hostilidad de los apaches y, al día siguiente, llegó un emisario corriendo hasta el campamento español para advertirle de que los apaches les estaban siguiendo. Al oírlo, Vargas ordenó a sus hombres estar en guardia con las armas en la mano y los caballos ensillados. A pesar de ello, unos días más tarde y amparándose en la oscuridad, los apaches se llevaron 14 caballos e hirieron mortalmente a otro.
Cuando estaban cerca de El Paso del Norte, se toparon con un grupo de apaches que inmediatamente se dispersó al ver a los españoles armados. Dos de los apaches iban a pie. Después de una feroz resistencia, uno de ellos fue abatido y el otro capturado, admitiendo que él y sus compañeros habían entrado en El Paso del Norte y robado dos caballos. Tras ser bautizado en una breve ceremonia, fue sumariamente ejecutado.
Vargas se enteró de que durante su ausencia, El Paso del Norte había sido asaltado dos veces por los apaches. Los atacantes se habían llevado 20 caballos y ganado, que Vargas consideró como “ligeras pérdidas”.
Durante estas campañas para recuperar Nuevo México, el único baño de sangre como resultado de las incursiones apaches fue en su regreso de Zuñi Pueblo. Estos apaches eran apaches faraones, considerados generalmente como apaches mescaleros. Hasta 1720, los españoles utilizaron ese término para denominar a la mayoría de los apaches hostiles que vivían en la región entre los nativos de Pecos Pueblo [San Miguel County, New México] en el este, hacia el sur de Zuñi Pueblo en el oeste. A partir de 1720, el término llegó a ser más restrictivo, siendo empleado para denominar a esas bandas apaches que vivían entre el río Pecos y el Río Grande, y de Santa Fe, en el norte, hasta el río Conchos, en el sur.
Probablemente, el término faraón fue genéricamente aplicado a cualquier grupo hostil apache que no estaba específicamente identificado. A medida que los españoles se  familiarizaron más con la zona, muchos grupos, especialmente los del oeste del Río Grande, se conocieron por otros nombres [los apaches salineros encontrados por Vargas es un ejemplo]. Por lo tanto, los apaches faraones que atacaron y hostigaron a Vargas, al oeste del Río Grande, eran, lo más probable, apaches occidentales. Los apaches que incursionaron en El Paso del Norte, bien pudieron ser apaches mescaleros.
Casi la totalidad de las hostilidades atribuidas a los apaches hasta entonces parece haber sido responsabilidad de los apaches occidentales. Los apaches orientales pudieron estar involucrados en pocos casos, como los que vivían al este de la Sierra Hueco [Hueco Mountains, Otero County, New México], y los apaches de las llanuras parece que no estuvieron involucrados en absoluto. Los apaches del río Gila u otros grupos más al oeste, eran los más hostiles de los que estaban cerca de El Paso del Norte en ese tiempo).
* En 1692, los apaches de las llanuras hacen un gran asalto a un poblado wichita, matando a muchos hombres, quemando su aldea y llevando los cautivos a Nuevo México para comerciar con ellos. (Dos años más tarde, cuando los apaches llevaron un gran grupo de cautivos a Nuevo México, los españoles se negaron a comprarlos. Para evitar esa circunstancia en el futuro, los apaches comenzaron a decapitar a los niños ante los ojos de los horrorizados españoles.
Las fuentes se refieren a estos apaches como navajos, pero hay dudas porque un viaje a las llanuras habría sido muy largo para ellos, pero hay varios registros, en la década de 1690,  que testifican su presencia. Además, la decapitación de niños cautivos parece impropia de los apaches de las llanuras, pero no de los navajos, por quienes los españoles no tenían muy buena opinión. Las incursiones de navajos a las llanuras eran, sin duda, bien acogidas, uniéndose las dos tribus en las incursiones contra sus enemigos).
* A finales de enero de 1693, se produce un enfrentamiento entre soldados y apaches que llevaban 14 caballos robados en una incursión en Santa Fe (Santa Fe County, New México) dando como resultado la captura de uno de los apaches. (El cautivo se identificó como procedente del río Rojo, al norte de Taos [Taos County, New México] viniendo desde el sur de Santa Fe [Santa Fe County, New México], siendo probablemente un apache faraón [mescalero]).
* El 3 de mayo de 1693, sale de Monclova (Coahuila) el gobernador de Coahuila, Gregorio de Salinas Varona, al haber recibido la orden de llevar ayuda a las misiones de Texas ([se desconocía que solo quedaba una]. Partió con 20 soldados y 96 mulas con provisiones. Ante las dificultades y con tan escasa tropa, Damián Massanet y el resto de misioneros supervivientes abandonaron y quemaron el 25 de octubre la misión de San Francisco de los Texas, regresando a Monclova, pero cuatro soldados se quedaron en la zona [por deserción o accidente como es el caso del guipuzcoano José de Urrutia, herido en un río, que ayudará a los texas contra los apaches hasta que pudo regresar en 1700]. El fraile Francisco Hidalgo, opuesto al abandono, logrará restablecer la misión en 1716).
* En 1693, se crea la Compañía Volante de Sonora para proteger las minas y misiones de Sonora de los ataques apaches, con 50 soldados a las órdenes de Domingo Jironza Petriz de Cruzat. (Domingo Jironza fue nombrado en 1683 gobernador de Nuevo México por el virrey, conde de la Laguna. En 1693 fue nombrado capitán del presidio de Fronteras y de la Compañía Volante de Sonora y poco después, ese mismo año, pasó a ocupar el cargo de alcalde mayor de Sonora hasta 1698. Murió en Sonora en 1717. Se tienen noticias de la colaboración de los pimas con la Compañía Volante desde el momento en que fue creada).
* En octubre de 1693, el gobernador de Nuevo México, Diego de Vargas, parte de El Paso del Norte (Ciudad Juárez, Chihuahua) al frente de 800 personas, incluyendo un centenar de soldados, 70 familias, 17 frailes, y un gran número de nativos aliados. (En el viaje hacia el norte, Vargas se enteró de que muchos de los nativos Pueblo que se habían sometido, estaban aliados con grupos de apaches con el fin de resistir la reocupación española.
Una excepción fue Juan de Ye, gobernador de Pecos Pueblo [San Miguel County, New México] nombrado por Vargas en la anterior campaña, quién llegó al campamento español, ofreciendo los servicios de sus guerreros. Ye profesó su apoyo a los españoles, pero advirtió a Vargas que los pueblos del área de Santa Fe tenían intención de traicionarles. Ye aportó 140 guerreros para unirse a los españoles, que aseguraron la zona de Santa Fe. Vargas lo agradeció enviando a Pecos Pueblo a su segundo al mando con 30 hombres cuando Ye informó de una posible amenaza formada por la unión de grupos de tewas, tanos, picurís y apaches, la cual, nunca se materializó, pero reforzó la cooperación entre los nativos de Pecos Pueblo y los españoles).
* En 1694, una banda de apaches del Acho roban caballos españoles en un campamento en el río Chama ([río de Colorado y New México, afluente del Río Grande]. El nombre de apaches del Acho fue usado por primera vez por el gobernador de Nuevo México, Antonio de Otermín, en la década de 1680, viviendo en las cercanías de las montañas Sangre de Cristo [sur de Colorado y norte de New México]. Su identidad nunca fue bien establecida, aunque pudieran ser los que, Pedro de Castañeda [narrador en la expedición de Coronado] denominó como apaches del Acha [Big Hatchet Mountains, Hidalgo County, New México?]. Unos historiadores los consideran apaches jicarillas mientras otros, apaches lipanes.
* En abril de 1694, Juan de Ye, gobernador nativo de Pecos Pueblo (San Miguel County, New México) llega a Santa Fe (Santa Fe County, New México) acompañado de tres apaches de las llanuras. (Los apaches afirmaron haber sido antiguos amigos de los españoles y querían renovar la relación ahora que los españoles habían regresado. Con la esperanza de restablecer el rentable comercio del pasado, los apaches solicitaron que Vargas enviara una compañía de soldados a Pecos Pueblo, para asegurar el comercio. Vargas envió un pequeño grupo de soldados y colonos a Pecos Pueblo, donde compró carne y pieles de bisonte. Los complacidos apaches partieron, prometiendo volver.
El 2 de mayo, Juan de Ye escoltó a un jefe apache faraón y ocho guerreros, al sur del río Canadian [Texas] para que se reuniese con el gobernador de Nuevo México, Diego de Vargas. El jefe dio a Vargas tres pieles de búfalo y una tienda como muestra de buena fe, solicitando comerciar en Pecos Pueblo para conseguir maíz. El jefe apache declaró que sus rancherías estaban a 14 días de distancia de Santa Fe y que su gente había capturado niños de Quivira [wichita], a 25 o 30 días de distancia de sus rancherías, para cambiarlos por caballos.
Vargas preguntó al jefe apache si había plata en sus tierras. Señalando un plato de plata, le dijo si sabía de la existencia de ese material donde vivía. El jefe apache respondió que a un día de viaje había una zona montañosa y que en su base había unas piedras del mismo material, tan pesadas y duras que los apaches no podían extraerlos para que Vargas los examinara. El apache pidió un hacha de metal para romper algunos trozos de “hierro blanco”, comprometiéndose a llevar a Vargas una muestra en su próxima visita.
Durante la entrevista, el jefe apache mostró interés por el bautismo. De hecho, informó a Vargas que si los españoles destruían las poblaciones de los nativos Pueblo rebeldes, los apaches se asentarían en los pueblos abandonados y se convertirían en cristianos. Vargas quedó favorablemente impresionado con la actitud del jefe apache, sintiendo que sus acciones y obras eran las de un cristiano. El apache también mostró gran conocimiento de una amplia zona geográfica. Era consciente de la ubicación de los texas, a siete días de su ranchería. También conocía de la presencia de los españoles en Texas, pero admitió que no sabía si aún estaban allí. Se refería a las expediciones españolas enviadas en busca de la colonia de René Robert Cavelier, señor de La Salle, o tal vez una referencia a la expedición de La Salle en sí, ya que los apaches a menudo se refieren a los franceses como “españoles”.
Tanto el jefe apache como Juan de Ye indicaron que debían regresar para plantar sus campos de maíz. Vargas recordó al apache que debía volver a Pecos Pueblo cuando el maíz estuviera listo para la cosecha con el fin de comerciar.
La mención de las rocas de plata parece mentira. Si hubiera estado tan cerca de Santa Fe, Vargas habría enviado una expedición para investigar, pero al parecer no lo hizo. Por otra parte, los apaches no trajeron muestras ni incluso mencionaron el tema cuando volvieron de visita en octubre. La promesa de establecerse en los pueblos y convertirse en cristianos también parece descabellada. Probablemente, no fue más que una táctica apache para ganarse el apoyo español y alentar una posible hostilidad con los nativos Pueblo. También es notable la mención de tener que volver a sus tierras para plantar maíz. Obviamente, estuvieron involucrados en, al menos, una incipiente agricultura.
Este fue el primer registro donde aparecen apaches cazadores de búfalos, plantando maíz. También reflejan las incursiones de los apaches faraones, asaltando Quivira para obtener cautivos, igual que los apaches de la Sierra Blanca hacían en 1660. Esto es confirmado por escritos franceses que informaban de esos hechos ocurridos en zonas cercanas al actual Red River [entre Texas y Oklahoma] y se preguntaban: “¿Quiénes han realizado esos asaltos, cogido cautivos y botín de guerra para comerciar con los españoles en Nuevo México?”.
El término de apaches faraones es utilizado por primera vez en 1675, no siendo firmemente identificados con otra tribu apache posterior. Algunos historiadores afirman que se fusionaron con los apaches mescaleros. En 1692, ese nombre fue empleado para referirse a apaches viviendo al sur de Zuñi Pueblo [Zuni Pueblo, McKinley County, New México] y para apaches viviendo al este del Río Grande. En 1796, Manuel Antonio Cordero [que al año siguiente sería el gobernador de Coahuila] afirmó que los apaches faraones eran una rama de los apaches jicarillas).
* El 6 de abril de 1694, la Compañía Volante de Sonora, al mando del capitán Juan Mateo Mange, sale en busca de apaches para poner freno a sus ataques y robos de caballos. (Mange confirmaría que los asaltantes eran apaches, jocomes y janos, no los pimas).
* En junio de 1694, las provisiones en Santa Fe están a punto de agotarse, por lo que el gobernador de Nuevo México, Diego de Vargas, dirige una expedición contra los nativos Pueblo del norte que aún no se han sometido y quitarles sus suministros de alimentos. (Los españoles se dirigieron al norte de Taos [Taos County, New México] pero encontró la zona abandonada. Se encontró con un grupo de apaches de las llanuras que había estado negociando con los nativos Pueblo. Los apaches saludaron a los españoles con amistosos apretones de mano, informándoles que los nativos Pueblo de Taos habían huido al ver que llegaban los españoles. El jefe apache cogió una gran cruz que traían los españoles, la alzó a la vista de la entrada de un cañón boscoso donde estaban refugiados los nativos Pueblo de Taos. Le gritó a su jefe que podía venir seguro a parlamentar con él y con los españoles. Los apaches acompañaron a Vargas a conferenciar con el jefe nativo de Taos; sin embargo, la reunión no fue cordial.  Juan de Ye, que consideraba al jefe de Taos un amigo suyo, se ofreció a ir con él, en nombre de los españoles. No volvieron a saber más de él. Probablemente, fue muerto en Taos.
En este encuentro, los apaches de las llanuras, actuando como intermediarios entre los españoles y los nativos Pueblo, demostraron una vez más ser amistosos. Aunque los rumores de conspiraciones involucraban a los apaches,  a menudo resultaban falsas. Más tarde, Vargas saqueó la población antes de regresar a Santa Fe).
* El 22 de junio de 1694, el gobernador de Nuevo México, Diego de Vargas, recibe en Santa Fe a un grupo de 250 nuevos colonos procedentes de Ciudad de México, entre los cuales está Jean L’Archevêque (uno de los asesinos del expedicionario francés René Robert Cavelier de La Salle que quería descubrir la desembocadura del río Mississippi) quien ha jurado fidelidad al rey de España y que será muchos años, guía del ejército y comerciante. (Quemó el asentamiento apache de Cieneguilla [hoy Pilar, Taos County, New México]; exhumó el 8 de agosto el cuerpo del fraile Juan de Jesús María, que había muerto a manos de los nativos Pueblo y enterrado en Jémez en 1680; y recorrió la zona de lo que hoy es Conejos County, Colorado).
* A finales de agosto de 1694, emisarios de Pecos Pueblo (San Miguel County, New México) informan en Santa Fe (Santa Fe County, New México) al gobernador de Nuevo México, Diego de Vargas que apaches de las llanuras había ido, una vez más, a su población. (Vargas envió rápidamente un grupo de españoles para comerciar con los apaches. El comercio fue tan exitoso que los apaches prometieron volver al final de la temporada de lluvias. Los españoles quedaron impresionados con los apaches de las llanuras, comentando que se habían comportado bien, amistosamente, siendo mejores socios comerciales que los propios nativos Pueblo).
* En 1694, el teniente Antonio Solís, que persigue a unos nativos rebeldes, cree erróneamente que la carne que encuentra en un campamento sobaípuri (Arizona) es de caballos robados y mata a algunos de sus habitantes y azota a otros (los soldados creen erróneamente que los pimas sobaípuris son aliados de los apaches).
* En noviembre de 1694, el sacerdote jesuita Eusebio Francisco Kino inicia su  5ª  expedición, llamando a una aldea pima San Cosme del Tucsón (hoy Tucson, Pima County, Arizona) y recorre el río Gila ([frontera entre los apaches y las tribus amigas de los españoles]. Un destacamento compuesto por 200 pimas y 36 españoles, al mando del capitán de la Compañía Volante de Sonora, Juan Mateo Mange, se enfrenta con éxito a 700 apaches, jocomes y janos con el resultado de la muerte de un soldado español y 10 pimas.
Al llegar a Casas Grandes [Chihuahua], Kino escribió acerca de una leyenda pima [nunca confirmada por los historiadores] que decía que los antepasados de Montezuma, emperador azteca, habían abandonado esas construcciones de Casas Grandes a causa de los ataques apaches, siendo obligados a irse hacia el sur y al suroeste, hasta fundar Tenochtitlán [hoy Ciudad de México]. Aparte de Casas Grandes, existían otras siete u ocho construcciones similares, más al norte, que el jesuita identificó con las siete ciudades de Cíbola relatadas por fray Marcos de Niza. Cuando el capitán Juan Mateo Mange llegó al río Gila en la expedición que haría en noviembre de 1697, los nativos le informaron de que en las proximidades había “casas grandes”. Según los pimas, Casas Grandes había sido abandonada a causa de los ataques apaches, de modo que una parte regresó al norte, de donde provenían, y otra parte marchó al sur, siendo origen de la población mexicana. Esto formaba parte de la memoria histórica de los pimas, independientemente de su verosimilitud).
* En 1695, los apaches originarios del río Gila, unidos a los janos, jocomes, mansos, sumas y chinarras, acampados en la Sierra de Santa Rosa de la Florida (hoy Mount Graham, Graham County, Arizona) han estado saqueando la Pimería Alta (sur de Arizona), robando ganado y caballos. (En el presidio de Janos, se concentraron 36 soldados de ese presidio al mando del capitán Juan Fernández de la Fuente; 40 del presidio de San Pedro del Gallo [municipio de San Pedro del Gallo, Durango] al mando del capitán Domingo Terán de los Ríos; y 60 nativos aliados, 30 conchos bajo su líder Juan Corma y otros 30 ópatas con su jefe Pablo Quique. El destacamento salió de campaña el 18 de junio, explorando durante una semana las sierras al norte y noroeste de Janos. Llegaron a la Sierra de Chiricahua [Chiricahua Mountains, Cochise County, Arizona] donde localizaron y destruyeron, en un enfrentamiento que duró toda la mañana, la ranchería del jocome El Tabovo, quien lideraba una coalición de su tribu, y de janos, mansos, sumas y chinarras.
Resultaron muertos casi la mitad de los nativos, haciendo huir al resto. Luego El Tabovo vino al frente de los jefes de cada grupo tribal para negociar con los españoles. Durante siete días pidieron que fuesen liberados sus familiares capturados y que les devolviesen sus caballos. Durante la negociación recibieron tabaco, pan, mantas, carne y pinole. Sin embargo, los españoles se fueron repentinamente. El motivo era  que se había producido una revuelta de los pimas, yendo al oeste a sofocarla. Al tener los jocomes solo 19 hombres vivos, [el resto estaban muertos o capturados], El Tabovo decidió ir al río Gila para unirse a los apaches, por entonces liderados por El Salinero, quien les dio la bienvenida, diciéndoles que les protegería de los españoles, de los que dijo “no eran hombres”. El Salinero fue el líder de esta unificada banda de apaches y jocomes.
Este proceso de integración se repitió con otros grupos nativos. Los apaches asimilaron a su cultura a miembros de otras tribus y sobre todo a las mujeres. Se dio mucho más el movimiento de asimilación de mujeres de otras tribus hacia los apaches que, estas, hacia otros grupos nativos. Una estimación sugiere que el 2 % de las madres en cada generación apache se originaron en grupos cercanos a ellos. Al principio, a causa de la actuación militar de los españoles, ese contacto fue mucho más intenso, con muchas mujeres jumos, sumas, mansos, chinarras y jocomes integrándose en la sociedad apache.
Dos meses después, a mediados de septiembre, el destacamento unificado de Fernández y Terán volvió a la Sierra de Chiricahua con más soldados y con un contingente añadido de pimas, habiendo oído que muchos nativos se estaban uniendo a los apaches.
Una patrulla capturó a varios de ellos, enterándose de que los janos, jocomes, sumas y chinarras habían ido al territorio del río Gila. Poco después encontraron al hermano de El Tabovo, quien dijo a Fernández que su hermano estaba enfermo, pero que los janos, jocomes y sumas querían la paz. Al día siguiente capturaron a un hombre y una mujer jocomes que les dijeron que los jocomes se habían unido a la banda de apaches de El Salinero. La mujer dijo que los apaches no querían la paz, sino vengarse por los muertos y cautivos que hacían los españoles.
El 20 de septiembre el destacamento español estaba acampado en el extremo norte de la Sierra de Chiricahua, cerca del extremo occidental de Puerto del Dado [el actual Apache Pass, Cochise County, Arizona]. Muchos hombres estaban resfriados y con fiebre, debido probablemente a una infección viral al haber bebido agua contaminada a causa del calor, la humedad y las fuertes lluvias estivales. Terán estaba demasiado enfermo para montar a caballo y cerca de 100 pimas habían dejado la campaña.
Fernández envió un destacamento para intentar encontrar a los jocomes y ver si de verdad querían la paz. El destacamento estaba formado por 64 hombres con tres caballos cada uno y 100 nativos ópatas, conchos y pimas, con raciones para cuatro días al mando del teniente Antonio de Solís. Tres días después, los jefes ópata y concho regresaron anunciando una victoria. Una avanzadilla de Solís, con Silvestre Pacheco, soldado de Janos, al frente, había descubierto a media mañana el campamento de los aliados jocomes y apaches. El resto de los soldados llegó rápidamente y los persiguió, matando a 12, incluyendo a El Tabovo y El Salinero, y capturaron a 44 mujeres y niños, y a dos ancianos. Solís liberó a uno de ellos para que dijese a los huidos que si querían, podían volver y negociar. Solís volvió al campamento de Fernández con las mujeres y los niños cautivos entre dos columnas de soldados, flanqueados por los nativos auxiliares, llevando las cabelleras de los muertos.
Fernández preguntó al anciano que si los jocomes querían la paz, por qué robaban caballos. El anciano replicó que eran los jóvenes los que lo hacían y que los jefes no podían impedirlo. Continuó diciendo que los apaches no querían la paz. Al día siguiente, Fernández levantó el campamento dirigiéndose hacia el Puerto del Dado, ordenando disparar a cinco jocomes [dos de ellas ancianas] para no retrasar su marcha. Terán iba en una litera y muchos hombres estaban aún enfermos con fiebre. El 26 de septiembre, el destacamento salió del Puerto del Dado hacia el lado este de la sierra y alcanzó las fuentes de San Simón al día siguiente. Allí Fernández decidió descansar hasta que los soldados se recuperaran, enviando patrullas al norte y al sur. Regresaron el 28 de septiembre sin haber visto a nadie, por lo que dedujo que los apaches habían huido al río Gila, así que dejó ir a los aliados ópatas, conchos y pimas. Al no poder contar con Terán, demasiado enfermo, Fernández discutió la situación con Domingo Jironza Pétriz de Cruzate [comandante de la Compañía Volante de Sonora]; con el capitán Nicolás de la Higuera [comandante del presidio de Sinaloa]; con el teniente Antonio de Solís; con el alférez Francisco de Acuña; con el alférez Pedro de Villegas [de la compañía de Terán]; con los sargentos Diego López Zambrano y Cristóbal de Vargas [del presidio de Janos]. Al tener tantos soldados enfermos, decidieron abandonar la campaña y reunir más fuerzas para dirigirse más adelante al territorio del río Gila. El capitán Terán de los Ríos falleció a la medianoche del día siguiente, pero Fernández decidió que una escolta de siete soldados llevara su cadáver a Janos para enterrarle allí. Antes de dejar los manantiales, Fernández sorteó entre sus hombres, las mujeres y los niños cautivos. Más tarde informaría: “Todos estaban contentos”. Llegaron a Janos el 3 de octubre después de tres meses y medio de campaña.
Tres años después, en octubre de 1698, unas 120 familias pertenecientes a lo que quedaba de los janos y jocomes, junto a algunos sumas, se presentaron en Janos a solicitar la paz. Quizás deseaban separarse de los apaches o quizás querían reunirse con sus familiares cautivos. Un jocome entregó a Fernández una piel de ciervo pintada con símbolos que representaban a las tribus que querían la paz. Fernández los asentó en los alrededores del presidio, donde progresivamente serían asimilados en la comunidad, sufriendo un proceso de hispanización y desapareciendo como entidad nativa).
* En 1695, apaches de los Chipaynes llegan desde el este para negociar en Picurís Pueblo (Picuris Pueblo, Taos County, New México) a pocos kilómetros al sur de Taos (Taos County, New México), informando que algunos hombres blancos de pelo claro habían atacado una ranchería de apaches Conejero que vivían en el este de Nuevo México. (Los españoles de inmediato asumieron que estos hombres blancos eran franceses, ayudados por nativos pawnees. El nombre de apaches chilpaines [Chipaynes] es incierto. Pueden ser una parte de los apaches llaneros. Ese nombre desapareció en 1750, cuando se unieron a los apaches jicarillas. El nombre de apaches Conejero fue utilizado por Diego de Vargas en 1695, para definir a unos apaches cazadores de conejos, pudiendo pertenecer a una rama de apaches jicarillas o apaches lipanes.
En septiembre, otros apaches llegaron a Picurís Pueblo informando que un gran número de franceses se acercaban  a las llanuras de Cíbola. Los franceses estaban atacando a los apaches, obligándoles a retirarse. Al oír estos inquietantes informes, Vargas ordenó que los apaches sean estrechamente interrogados. Quería saber si los apaches habían visto, ellos mismos, a los franceses, a qué distancia estaban, qué tiempo les llevaría llegar a los pueblos, si parecían estar estableciendo una presencia permanente en la zona donde fueron avistados, etc.
Los apaches admitieron que ellos no habían visto a los “hombres blancos”. Las noticias de los franceses les llegó de los nativos de las siete naciones (tobosos, cabezas, salineros, mamites, julimes, conchos y colorados), más lejos de sus rancherías. Esas tribus, les dijeron que los franceses hicieron incursiones intermitentes en la región de Quivira [wichitas] y en zonas adyacentes, habiendo obtenido esa información de nativos que eran enemigos y esclavos de los apaches. A pesar de que eso parecía restar importancia a la amenaza francesa a Nuevo México, no consoló a Vargas. Inmediatamente, envió una solicitud al virrey para solicitar más armas y suministros).
* En 1696, otro levantamiento de los nativos Pueblo desvía la atención de la amenaza francesa, al menos temporalmente. El gobernador de Nuevo México, Diego de Vargas, se dirigió al norte de Taos y Picurís ([los dos en Taos County, New México]. Tras conseguir la rendición de Taos, los soldados se dirigieron a Picurís, encontrando vacía la población. Los nativos Pueblo que allí vivían, habían huido a las llanuras, acompañados por apaches, tewas y tanos. Los españoles persiguieron a los fugitivos, encontrando un campamento apache abandonado de 31 viviendas. El lugar había sido abandonado con tanta prisa que el rastro de los nativos huyendo, estaba cubierto de desechos. Alcanzando a la retaguardia de los fugados, los españoles lograron capturar 80 hombres, mujeres y niños.
El resto logró llegar al territorio de los apaches de las praderas, instalándose en el poblado llamado El Cuartelejo [hoy en ruinas, oeste de Kansas] que ya sirviera de refugio en 1664).
* El 18 de diciembre de 1696, se inicia la sublevación de los tarahumaras (en lo que hoy es Chihuahua) sumándose los pimas, jovas, conchos y apaches.
* En febrero de 1697, una banda compuesta de apaches, janos y jocomes incursiona en la misión de Nuestra Señora del Pilar y Santiago de Cocóspera (municipio de Nogales, Sonora) para llevarse unos caballos. (La misión fue defendida por el sacerdote Pedro Ruiz de Contreras y los pimas de la misión. Estos y los soldados salieron tras ellos y, gracias a los pimas, consiguieron recuperar los caballos robados).
* El 2 de noviembre de 1697, Eusebio Kino sale de Dolores (Sonora) con el capitán Juan Mateo Mange para visitar a su amigo, el jefe El Coro de los pimas sobaípuris en Quíburi. (Allí fueron recibidos con un “exquisito baile en forma circular, en cuyo centro, una alta asta donde pendían 13 cabelleras, arcos, flechas y otros despojos de otros tantos enemigos apaches muertos”.
En Quíburi se les une el teniente Martín Bernal, al frente de su propia expedición desde Santa Rosa de Corodéhuachi [hoy Fronteras, Sonora] con el alférez Francisco de Acuña, que habla pima, un sargento y 20 soldados. Acompañados por El Coro y 30 de sus guerreros, se dirigen a sus antiguas tierras, evacuadas por la guerra: descienden por el río Catalina [hoy San Pedro] pasando por las montañas Catalina; los pueblos de Cusac [San Marcos] y Jiaspi [Rosario], donde les visita el jefe Humari, que viajó a Dolores el año anterior para ser bautizado por Kino y donde seis cabelleras y dos prisioneros apaches demuestran que estos no son aliados de los sobaípuris. El 16 de noviembre están en el río Gila, donde les informan que las montañas, al norte, están llenas de apaches hostiles. Descienden por el Gila, remontan el río Santa Cruz, llegando Kino a la misión de Nuestra Señora de los Dolores [Sonora] el 2 de diciembre).
El 25 de febrero de 1698, una partida de 300 apaches, jócomes y sumas queman las misiones de Nuestra Señora del Pilar y Santiago de Cocóspera (Sonora); y el 28 de febrero Santa María de Bugota y Santa María de Suamca (hoy Santa Cruz, noreste de Sonora) de donde huye el padre residente de ambas Pedro Ruiz de Contreras para no regresar jamás (o quizá puede haber muerto ese día); y el 30 de marzo el poblado pima sobaípuri de Santa Cruz Gaybanipitea (cerca de la actual Fairbank, Cochise County, Arizona) pero aquí son derrotados por el jefe sobaípuri El Coro, de la vecina Quíburi. (El padre Kino, desde la vecina misión de Dolores, pide ayuda al nombrado alcalde mayor de Sonora y comandante de la Compañía Volante de Sonora, Domingo Jironza Pétriz de Cruzate, quien deja en San Juan Bautista al teniente Pedro de Peralta y persigue a los nativos hasta la Sierra de Chiricahua [Chiricahua Mountains, Cochise County, Arizona], causándoles 60 muertos [otros 168 al parecer mueren a consecuencia de las flechas envenenadas de los pimas, que ayudan a los españoles]. En su visita al jefe El Coro en abril del mismo año, Kino lo halla en Los Reyes de Sonoydag [unos 4’5 km al suroeste de la actual Patagonia, Santa Cruz County, Arizona, que dará nombre al cercano pueblo de Sonoita] porque los apaches han vengado su derrota quemando Quíburi. Kino menciona que los apaches, jócomes, sumas, janos y mansos han “infectado Sonora” que en esas fechas incluía parte del moderno Chihuahua).
Del año 1699 a 1744, los sacerdotes Eusebio Francisco Kino, Luis Velarde y Jacobo Sedelmayr mencionan en diferentes ocasiones a los apaches que residen por las fuentes del río Gila (New México) y al este del río San Pedro (Arizona).
* En 1700, un apache de las llanuras informa que un destacamento de franceses, ayudados por nativos pawnees, había destruido un poblado de jumanos.
* A partir de 1700, los comanches entran en Texas y comienzan a disputar las llanuras a los apaches lipanes. (Durante este año, se produce el primer contacto de los españoles con los comanches, tribu de habla shoshone enemiga de los apaches, a los que empujan hacia el sur en un gran movimiento migratorio, posiblemente por haber conseguido caballos españoles tras la revuelta de los nativos Pueblo en 1680, ocupando hasta 1750, las praderas del este de Colorado y oeste de Kansas entre los ríos Platte y Arkansas).
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