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aroma.affymetrix: Analysis of Large Affymetrix Microarray Data Sets
A cross-platform R framework that facilitates processing of any number of Affymetrix microarray samples regardless of computer system. Te only parameter that limits te number of chips that can be processed is te amount of available disk space. Te Aroma Framework has successfully been used in studies to process tens of thousands of arrays. This package has actively been used since 2006.
R (≥ 3.1.2), R.utils (≥ 2.5.0), aroma.core (≥ 3.1.0)
methods, R.methodsS3 (≥ 1.7.1), R.oo (≥ 1.21.0), R.cache (≥ 0.12.0), R.devices (≥ 2.15.1), R.filesets (≥ 2.11.0), aroma.apd (≥ 0.6.0), MASS, splines, matrixStats (≥ 0.51.0), listenv, future
DBI (≥ 0.5-1), gsmoothr (≥ 0.1.7), RColorBrewer (≥ 1.1-2), Biobase (≥ 2.28.0), BiocGenerics (≥ 0.14.0), affxparser (≥ 1.40.0), affy (≥ 1.46.0), affyPLM (≥ 1.44.0), aroma.light (≥ 2.4.0), gcrma (≥ 2.40.0), limma (≥ 3.24.1), oligo (≥ 1.32.0), oligoClasses (≥ 1.30.0), pdInfoBuilder (≥ 1.32.0), preprocessCore (≥ 1.28.0), AffymetrixDataTestFiles, dChipIO (≥ 0.1.1)
Henrik Bengtsson [aut, cre, cph], James Bullard [ctb], Kasper Hansen [ctb], Pierre Neuvial [ctb], Elizabeth Purdom [ctb], Mark Robinson [ctb], Ken Simpson [ctb]
LGPL-2.1 | LGPL-3 [expanded from: LGPL (≥ 2.1)]
r-devel: aroma.affymetrix_3.1.0.zip, r-release: aroma.affymetrix_3.1.0.zip, r-oldrel: aroma.affymetrix_3.1.0.zip
OS X El Capitan binaries:
OS X Mavericks binaries:
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