fa fa fa fa en fa en fa fa fa fa fa fa fa ur sv fa fa en fa fa fa fa fa fa fa fa en en ar ar fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa cy fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa ur fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa ar fa fa fa fa fa fa fa fa ar fa fa fa fa ur fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa en fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa ceb fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa fa
در باور کنونی شیعه دوازده امامی، حجت بن حسن در نیمهٔ شعبان سال ۲۵۵ یا ۲۵۶ ه. ق. در سامرا به دنیا آمد؛ او در پنج سالگی و پس از مرگ پدرش به امامت رسید. پس از مرگ حسن عسکری، مهدی تنها از طریق چهار سفیر یا نائب با شیعیان تماس می‌گرفت. البته بررسی‌های تاریخی نشان می‌دهد که از آغاز تعداد وکلا محدود به چهار تن نبوده و اصطلاح نیابتِ خاص در قرن‌های چهارم و پنجم هجری توسط علمای شیعه مانند شیخ توسی و برای تبیین غیبت صغری ایجاد شده‌است. پس از یک دوره هفتاد ساله (موسوم به غیبت صغری) و با مرگ علی بن محمد سمری، چهارمین نائب امام دوازدهم شیعه، بار دیگر حیرت شیعیان را فراگرفت. آنها در نهایت در سده پنجم به تبیینی عقلی در کلام شیعه از غیبت امام دست یافتند. به باور شیعیان، پس از دوران سفرا، شیعیان با مهدی در ارتباط نیستند و این دوران را اصطلاحاً غیبت کبری می‌نامند. پس از پایان دورهٔ غیبت، وی با عنوان مهدی قیام خواهد کرد و او کسی خواهد بود که از طریق وی حق و عدالت بار دیگر به پیروزی خواهد رسید.
اعتقاد به امام غائب، برکات متعددی برای شیعیان تحت آزار و ستم داشت. از آنجا که امام غائب پتانسیل تهدید کمتری نسبت به یک امام حاضر داشت تنش‌ها با حاکمان سنی مذهب کاهش یافت. اعتقاد به ظهور امام غائب باعث شد که انتظار بتواند جایگزین چالش مستمر نظام سیاسی حاکم شود. امام غائب باعث عامل وحدت شیعیانی شد که پیش از آن، هر گروه، دور یکی از امامان حاضر گرد می‌آمدند و دچار انشقاق شده بودند. به علاوه اعتقاد به ظهور امام غایب (به عنوان مهدی)، شیعیان را در تحمل شرایط دشوار یاری نموده و به آنها امید آینده‌ای سرشار از دادگری داده است.
به نوشته ساشادینا بسیار مشکل‌است که مرزی میان مطالب تاریخی از یک طرف با تذکره‌نویسی و مطالب اعتقادی شیعه از طرف دیگر در کتاب‌های نویسندگان شیعه تعیین کرد. زیرا زندگی‌نامهٔ امامان در کتاب‌های نویسندگان شیعه، آکنده از داستان‌هایی به سبک تذکره‌هایی‌است که عارفان برای مرشدان و قدیسان خود می‌نویسند. برای مطالعه دربارهٔ امام دوازده شیعیان باید به منابعی اتکا کرد که نه می‌توان آنها را کاملاً تاریخی و نه می‌توان کاملاً زندگی‌نامه‌های مذهبی و تذکره‌ای دانست. به هر حال این منابع بیشترین کمک را به پژوهشگران در راه درک دوره‌ای می‌کند که ایدهٔ منجی آخرالزمان را به عقیدهٔ غالب در مذهب شیعه تبدیل کرده‌است.
پیشینه اعتقاد شیعه به مهدی و قائم
به گفته ارجمند بیشتر این کیسانی‌ها ایرانیان نومسلمان بودند و احتمالاً این ایرانیان با باورهای زردشتی در مورد منجی آشنا بودند؛ با قهرمانانی مانند گرشاسب که پس از بیداری از یک خواب طولانی، اهریمنان را از زمین برمی‌چینند. به نوشتهٔ محمدعلی امیرمعزی و تیموتی فرنیش، بسیاری از اعتقادات مسلمانان در مورد منجی، ظهور منجی، غیبت و مؤلفه‌های آن، مدیون ادیان پیشین مانند مانویت، دین زردشت، یهودیت و مسیحیت است.
شرایط محیطی امامیه در سده‌های سوم و چهارم
شرایط محیطی در دوران آخرین امامان شیعه
شرایط محیطی در سال‌های غیبت صغری
شرایط محیطی در سال‌های آغازین غیبت کبری
شیعه در این زمان به دلیل نفوذ سلسله‌های فاطمیان و آل‌بویه در قلب سرزمین‌های اسلامی، مستحکمترین بنیادهای دینی و فکری خود را بنیان نهاد. در این دوره بود که آثار بنیادین اعتقادی شیعه برای نسل‌های بعدی فراهم‌شد. آل‌بویه علوم شیعی را ترویج نمودند و علمای دینی را از مکاتب گوناگون حمایت کردند و زمینه ورود علوم کلامیِ معتزلی به شیعه را فراهم ساختند.
رویکرد تاریخی: از دوران حیرت تا تبیین نهایی اعتقادات تشیع دوازده امامی
در این بخش در خصوص دیدگاه‌های مختلف درباره سیر تاریخی اعتقاد به حجت بن حسن به عنوان امام دوازدهم، مهدی و غیبت وی در جامعه شیعه توضیح داده می‌شود.
فرقه‌های امامیه در دوران حیرت
در یک دسته بندی کلی گروهی از شیعیان چنین می‌پنداشتند که حسن عسکری اصلاً فرزندی نداشته‌است و گروهی دیگر می‌گفتند حسن عسکری امام بدون فرزندی است که نمرده‌است و حسن عسکری همان مهدی غایب است. گروهی نیز معتقد بودند که حسن عسکری فرزندی ندارد و آنها روی به سوی برادر حسن عسکری، جعفر گردانیدند. گروه دیگری عنوان می‌کردند که فرزند حسن عسکری پیش از مرگ پدرش درگذشته‌است. یک گروه هم اعتقاد داشتند که فرزند حسن عسکری همان مهدی است که پدرش او را از ترس خلیفه زمان مخفی نگاه داشته و تنها توسط شمار کمی از یاران مورد اعتمادش دیده شده‌است. به گفتهٔ امیرمعزی، تنها بخشی از شیعیان که در آن زمان در اقلیت کوچکی بودند چنین دیدگاهی داشتند اما به گفته جاسم حسین اکثریت شیعیانی که امامت حسن عسکری را پذیرفته بودند تابع این دیدگاه بودند. مذهب این گروه به‌مرور به مذهب تمامی شیعیان امامی تبدیل شد که شیعیان دوازده امامی فعلی می‌باشند.
این فرقه‌ها را به پنج دسته کلی تقسیم می‌شوند؛ به جز آخرین دسته، سایر فرقه‌های منشعب شده تا صد سال پس از فوت حسن عسکری از میان رفتند:
ختم امامت: شمار دیگری بر این باور بودند که همان‌گونه که پس از محمد (پیامبر مسلمانان) دیگر پیامبری نخواهد آمد، پس از مرگ حسن عسکری نیز امامی وجود نخواهد داشت.
قطعیه: این گروه که خود چندین شاخه بودند، به امامت فرزندی که خود برای حسن عسکری قائل بودند اعتقاد داشتند. این جریانی همان جریانی بود که به تدریج به شیعه دوازده امامی فعلی تبدیل گشت.
اختلافات شیعیان در مورد وجود فرزند حسن عسکری
حسن عسکری طی سال‌های امامت خود در سامرا تحت محدودیت‌های اعمال شده از سوی خلیفه عباسی می‌زیست. وی زیر نظر جاسوسان معتمد عباسی بود و لذا نمی‌توانست با شیعیان ارتباط آزادانه داشته باشد و تنها خواص اصحابش با وی شخصاً ارتباط داشتند. وی در سال ۲۶۰ ه. ق. بیمار شد. معتمد چند نفر مراقب به همراه پزشک و قاضی القضات را بر بالین وی فرستاد. نهایتاً وی در اثر این بیماری در ۸ ربیع‌الاول آن سال مقارن با اول ژانویه ۸۷۴ درگذشت. معتمد، ابوعیسی فرزند متوکل را فرستاد تا بر وی نماز گزارد. او پس از انجام مراسم در منزلش دفن شد. بنا بر روایت شیخ توسی عثمان بن سعید در طول بیماری حسن عسکری بر بالین وی بود و مراسم غسل و به خاک سپاری را وی به جا آورد. بدین ترتیب طبق مآخذ قدیم امامیه حسن عسکری آشکارا پسرش را معرفی ننمود و جانشینی را به طور علنی معرفی نکرد. بدین ترتیب امامیه که معتقد بودند زمین نمی‌تواند از حجت خدا خالی باشد و امام بعدی با وصایت توسط امام قبلی معرفی می‌شود دچار حیرت شدند و به فرقه‌های متعدد منشعب گشتند.
از سوی دیگر به نوشته مدرسی در زمان امامت حسن عسکری بر شیعیان، امامت وی توسط برادرش جعفر به چالش کشیده شد و منجر به اوج گیری اختلاف، دشمنی، نفرت و خصومت بین دو برادر و یاران آنها گردید. دشمنی‌هایی که حتی به خشونت کشیده شد و شدیدترین تبلیغات منفی دو طرف علیه همدیگر را به دنبال داشت. فوت حسن عسکری بدون فرزند و بدون برادر دیگری جز جعفر، امامیه را دچار بزرگترین مشکل عقیدتی نمود که تا به حال تجربه کرده‌بود. واضح بود که یاران نزدیک حسن عسکری تمایلی به برگشت به سوی جعفر پس از تمام ماجراها و دشمنی‌های زمان حسن عسکری نداشتند. به نوشته جاسم حسین عده‌ای از شیعیان با تفاسیر متعدد به امامت جعفر گرویدند. گروهی با رویکرد و ادله‌ای مشابه افطحیه معتقد بودند امامت از حسن عسکری به برادرش جعفر رسیده است. این گروه بیشتر در میان متکلمان بخصوص در کوفه رواج داشت. رهبر آنان علی بن الطلح یا الطلحی خزاز از متکلمان مشهور افطحیه بود همچنین ممکن است خانواده علمی افطحی مذهب بنوفضال به ویژه احمد بن حسن (ف. ۲۶۰) و برادرش علی بن حسن (ف. ۲۷۰) به این آیین گرویده باشند. گروه دیگر از اساس منکر امامت حسن عسکری بودند و پیش از درگذشت وی هم معنقد بودند علی هادی، جعفر را به امامت برگزیده است و علی بن محمد بن بشار از رهبران آن بود و موفق شد برخی از معتقدان به امامت حسن عسکری را نیز پس از درگذشت وی جذب کند. اما جعفر خود مدعی بود که امامت از جانب برادر دیگرش محمد بن علی هادی به وی رسیده است.
اختلاف بین جعفر و مادر حسن عسکری
بین جعفر و مادر حسن عسکری بر میراث وی اختلافی بروز کرد که توسط مدرسی و جاسم حسین به دو شکل متفاوت تبیین شده است. مدرسی می‌گوید مادر حسن عسکری، حُدَیث، در نقطهٔ مقابل ادعا کرد که فرزند حسن عسکری هنوز به دنیا نیامده اما کنیزی به نام صغیل از حسن حامله‌است. این ادعا صرفاً برای آن بود که دست جعفر برادر حسن عسکری از ارث کوتاه شود؛ زیرا در صورت فرزنددار بودن حسن، برطبق فقه اهل سنت میراث حسن عسکری تنها به مادر او تعلق می‌گرفت. این ادعا به جایی نرسید و کنیز تا چندین سال تحت نظر بود و فرزندی به دنیا نیاورد. بزرگان شیعه و یاران نزدیک حسن عسکری نیز بعضی جانب جعفر را گرفتند و عده‌ای جانب مادر حسن عسکری را. اما جاسم حسین می‌گوید طبق روایت شیخ مفید حسن عسکری وصیت نامه‌ای تنظیم کرد و تمام دارایی خود را به مادرش بخشید. حُدَیث پس از دریافت خبر درگذشت وی از مدینه به سامرا آمد اما تمام اموال تحت سیطره عباسیان درآمده بود و جعفر نیز بر حق خود بر از ارث اصرار داشت. حدیث با استناد به فقه امامیه گفت حسن عسکری وی را وارث خود قرار داده و جعفر حقی درآن ندارد. پس از آنکه محقق شد ثقیل آبستن نبوده قاضی به نفع حدیث رأی داد اما میراث بر خلاف فقه امامیه نصف شد.
به نوشته جاسم حسین، ابوسهل نوبختی روایت می‌کند اصحاب سر حسن عسکری که احادیث وی را روایت می‌کردند و نایبان او بودند پس از درگذشت وی متفق‌القول بودند او از خود پسری برجا گذاشته که امام است. آنان شیعیان را از پرسیدن نام او و افشای وجودش برای دشمنان منع می‌کردند. همچنین طبق گزارش‌های شیخ صدوق، شیخ توسی و رجال نجاشی حسن عسکری پیش از فوت پسر خود را به عنوان جانشین به چهل تن از اصحاب نزدیکش معرفی کرده و به آنها دستور داده درطول غیبت وی از عثمان بن سعید و پسرش محمد بن عثمان اطاعت کنند. بخش بزرگتری از شیعیان این نظر را پذیرفتند هر چند در بدو امر در خصوص زمان تولد، نام وی و اینکه آیا وی مهدی قائم است یا خیر اختلاف داشتند. اما به نوشته مدرسی تا زمان مرگ حسن عسکری صحبتی از فرزند وی به میان نبود و حسن عسکری نیز در وصیتش تنها از مادرش نام برده بود. پس از مرگ او، اصحاب نزدیکش به رهبری عثمان بن سعید عمری، این مسأله را اعلام کردند که حسن عسکری پسری می‌داشته که جانشین مشروع امامت است. طبق گفته عمری، این پسر مخفی نگاه داشته شده بود چرا که بیم آن می‌رفت که توسط دولت دستگیر شود و به قتل برسد. در مقابل، فاطمه (خواهر حسن عسکری) و جعفر (برادر حسن عسکری) اعلام کردند که فرزندی از امام شیعه به دنیا نیامده‌است. حکیمه، عمه حسن عسکری، نیز به وجود فرزندی از حسن عسکری معتقد بود (در روایتی خود شاهد بدنیا آمدن بوده‌است؛ اما در روایتی دیگر از او نقل شده که خود تولد فرزند حسن را ندیده‌است بلکه از نامه‌ای که حسن به مادرش نوشته بود از تولد این فرزند آگاه شده‌است).
به نوشته مدرسی در این زمان، نایبان امام در گذشته (امام یازدهم)، اصرار در نگاه داشتن این اعتقاد بودند که فرزندی از عسکری در غیبت هست که به فرمان خدا قیام خواهد نمود. معتقدان این این ایده در آماج حمله همه جناح‌ها بودند و مورد مخالفت شدید قرار می‌گرفتند. عباسیان مخصوصاً نگران جانشین موعود عسکری در غیبت بودند. معتمد به این دلیل دستور داد خانه امام را بگردند (همه اتاق‌ها را پس از جستجو قفل می‌کردند). تلاش‌هایی صورت گرفت تا معلوم شود آیا امام از خود فرزندی باقی گذشته است یا خیر و ماماهایی در حرم امام گماشته شدند تا هر گونه حاملگی را تشخیص دهند. یکی از کنیزان که مشکوک به حاملگی بود در قرنطینه‌ای در یک خانه مخصوص تحت مراقبت قرار گرفت. در موردی دیگر، همسر عسکری به نام صیقل زندانی شد که چرا محل اختفای پسرش را نمی‌گوید. این شرایط تا زمانی که خلیفه درگیر ناآرامی‌های سیاسی شد که توسط صاحب الزنج و حاکمان استانهای ایران، مصر و سوریه ایجاد شده بودند ادامه یافت. عباسیان همچنین جعفر، برادر عسکری و مدعی جایگاه امامت را مورد حمایت قرار دادند تا در خانواده امام نزاعی برقرار کند. منابع شیعه جعفر را شخصی دنیا دوست و لذت جو معرفی می‌کنند که برای امام شدن از اهرم‌های فشار مختلفی (در هنگام خلافت معتمد) استفاده نمود و بیشتر از یک بار سعی در بدنامی کسانی نمود که اعتقاد به امامت فرزند غایب عسکری داشتند.
بیشتر وکلای محلی که تا پیش از فوت امام شیعه مسئولیت برقراری ارتباط بین شیعیان و امامان و جمع‌آوری خمس و وجوهات شرعی برای شیعیان را برعهده داشتند، گفتهٔ عثمان بن سعید را تایید کردند. اما بعضی شک خود را در مورد وجود چنین فرزندی ابراز نمودند. در این میان عثمان بن سعید از سامرا به بغداد مهاجرت کرد. عثمان آن دسته از وکلا که به او وفادار بودند را در سمت خود نگه داشت و آنان به نیابت امام و نیز جمع‌آوری وجوهات شرعی برای امامی که تولدش را وعده داده بودند، ادامه دادند. بگفتهٔ حسین مدرسی، اکثریت شیعیان در شهرهای متفاوتی از ایران، به‌خصوص قم وضع موجود را پذیرفتند و به پرداخت وجوهات به نائبان ادامه‌دادند. اما عراق و کوفه وضع متفاوتی داشت. بسیاری یا شاید حتی اکثریت شیعیان، امامت جعفر را پذیرفتند. بزرگان و متکلمانی از شیعه مانند علی بن حسن بن فضال، برجسته‌ترین روحانی شیعه در کوفه، از این جمله بودند. اما جعفر نیز مدت زیادی عمر نکرد و چند سالی پس از فوت برادرش حسن عسکری (۲۷۱ ق). درگذشت. در این میان عثمان بن سعید در بغداد تا زمان مرگ (حدوداً بین ۲۶۰ تا ۲۶۷ ق) به اداره دستگاه امامت ادامه داد. او اصرار داشت که در تماس مستقیم با فرزند حسن عسکری است.
تاریخچه اعتقاد به امام دوازدهم و غیبت
یک دیدگاه رایج در میان پژوهندگان تاریخ تشیع آن است که باور به تعداد ائمه (دوازده امام) و اینکه امام دوازدهم همان مهدی موعود است، بطور تدریجی در میان شیعیان تکامل یافته‌است. در مقابل جاسم حسین می‌گوید طبق شواهد احادیثی مبنی بر آنکه امام دوازدهم همان قائم موعود خواهد بود پیش از سال ۲۶۰ ق. مطرح بوده است.
در خصوص روند شکل‌گیری اعتقادات شیعه دوازده امامی، به گفتهٔ امیرمعزی، منابع دورهٔ حیرت، بحران عمیقی را نشان می‌دهد. بررسی منابع این دوران شک و ابهام عمیق شیعیان در مورد تعداد امام‌های شیعه و حتی موضوع غیبت را نشان می‌دهد. ابوجعفر برقی (وفات ۲۸۰ ق /۸۸۷ یا ۸۹۳ میلادی)، در فصل اول کتابش، که اختصاص به تفسیرهای مختلف از اعداد دارد، به اعداد ۳ تا ۱۰ می‌پردازد، اما در مورد عدد ۱۲ چیزی نمی‌گوید. یا هم عصر او صفار قمی (۲۹۰ ه. ق. / ۹۰۲ م). در کتابش بصائر الدرجات تنها ۵ حدیث از میان دو هزار حدیث کتابش، در مورد تعداد امامان به امام دوازدهم اشاره می‌کند و هیچ اشاره‌ای به غیبت نمی‌کند. چند دهه بعد ابن‌بابویه (۳۰۶ تا ۳۸۱ ه. ق. / ۹۲۳ تا ۹۹۱ م).، معروف به شیخ صدوق، احادیثی زیادی در مورد عدد دوازده و در میان آن در مورد دوازده امام نقل می‌کند. ایتان کولبرگ نیز آثار نویسندگان امامیهٔ هم عصر وفات حسن عسکری (مثال ابن برقی و صفار قمی) را بررسی می‌کند و چنین بیان می‌کند که «نبود عقاید خاص شیعه دوازده امامی در این آثار، احتمالاً به این معنا می‌باشد که اعتقاد به دوازده امام تا آن زمان هنوز جزء اصول اعتقادی امامیه درنیامده بود». به نوشته امیرمعزی برای اولین بار اشاره به دو غیبت امام دوازده را در آثار ابوسهل نوبختی می‌بینیم که به قول او دومی از اولی سخت‌تر است. از او دو نظریه در مورد امام غایب در منابع متاخر ذکر شده‌است. یکی اینکه امام دوازدهم مرده‌است و فرزند او از دیدگان پنهان شده‌است و امامت از این فرزند به فرزند بعدی منتقل می‌شود تا زمانی که امام خود را بر مسلمانان علنی نماید. دیگر آنکه وجود او بصورتی روحانی باقی‌مانده‌است. به نوشتهٔ امیرمعزی هیچکدام از این دو تئوری در اعتقادات متاخرتر شیعه ادامه پیدا نکرده‌است. به گفته وی تنها از زمان شیخ کلینی بود که اعتقاد به وجود امام دوازده در منابع شیعه به تواتر به چشم می‌خورد. پذیرش این دیدگاه در ابتدا با مقاومت بسیاری از سوی خود شیعیان مواجه شد. در مقدمهٔ کتاب الغیبة (تألیف حدود ۳۳۳ تا ۳۴۲ ق). به قلم ابن ابی زینب نعمانی (وفات ۳۶۰ ق).، نویسنده تأسف می‌خورد که اکثریت شیعیان امام دوازدهم را نمی‌شناسند و حتی وجود او را قبول ندارند. ابن بابویه (شیخ صدوق) مشاهدات مشابهی دارد هنگامی که او با سیل سؤالات شیعیان خراسان مواجه شده بود که از هویت امام دوازدهم می‌پرسیدند.
در این زمان محدثان شیعه سعی در اثبات وجود امام شیعه و برطرف کردن شک موجود در میان شیعیان نمودند. به نوشته مدرسی از راویان سنّی حدیث، گفتاری منسوب به پیامبر رسیده است که بر اساس آن دوازده خلیفه پس از او خواهند بود که همگی از قبیله قریش هستند. این گفتار خیلی پیشتر از غیبت امام دوازدهم شیعیان در سال ۲۶۰ هجری رواج داشته است. بطور قطع این حدیث هم در زمان امویان و در حمایت از مشروعیت ایشان و هم در زمان جنبش‌های ضد اموی برسر زبان‌ها بود (به‌گفته سید حسین مدرسی محدثان شیعه حتی حدیث دوازده خلیفه را حدیثی ضد شیعی می‌دانستند و آنرا «بایکوت» کرده‌بودند). بنابرین هیچ‌کس نمی‌تواند ادّعا کند که این گفتار به هیچ عنوان نوشته امامیه در دوران پس از غیبت بوده باشد. در واقع هیچ شاهد مکتوبی از دهه‌های آخر سده سوم هجری وجود ندارد که نشان دهد این گفتار هیچ‌گاه توجه راویان شیعه حدیث را جلب کرده بوده یا کسی در جامعه شیعه فکر کرده باشد که این حدیث می‌توانسته مربوط به آنها بوده باشد. تا حدود سال ۲۹۵ هجری که شیعیان دنباله‌رو انتظار داشتند امامت تا آخرالزمان ادامه پیدا کند و تعداد امامان را بیش از این می‌دانستند، در ابتدا توجهی به این حدیث نمی‌کردند. شیعیان در این زمان متوجه «حدیث دوازده خلیفه» شدند. از این زمان بود که محدثان شیعه آنقدر حدیث در مورد دوازده بودن تعداد امامان یافتند که خود مبنای کتاب‌های مستقلی در این باب شد. ایتان کولبرگ با ذکر این مطلب که تمایل به عدد دوازده جایگاه ویژه‌ای در تمدن‌های باستانی داشته‌است می‌نویسد. احتمالاً روایات تورات و انجیل در مورد «دوازده قبیلهٔ بنی‌اسرائیل» و «دوازده حواریون عیسی»، ریشهٔ ترجیح اسلامی برای نسبت دادن عدد دوازده بر شمار رهبران بوده‌است. به عنوان مثال از واژه «نقبا» نه فقط برای ۱۲ قبیله بنی‌اسرائیل (اشاره شده در قرآن)، بلکه برای دوازده نمایندهٔ پیامبر در اهالی مدینه یا دوازده رهبری که قیام عباسیان علیه امویان را رهبری کردند نیز استفاده شده‌است. یا یکی از غلات شیعه به نام ابومنصور عجلی (اعدام در سال ۱۲۱/۷۳۸) خود را ششمین پیامبر از سلسله ۱۲ پیامبری معرفی کرد که آخرین آنها «قائم» خواهد بود. به هر حال اشارات زیادی در تورات و انجیل در حمایت از اینکه عدد دوازده، عدد مربوط به تعداد «مؤمنان برگزیده» است وجود دارد (هر چند به همین میزان، اشارات زیادی در مکاشفه یوحنا در حمایت اینکه عدد ۴ یا ۷ تعداد برگزیدگان است وجود دارد).
به نوشته ساشادینا دغدغهٔ اصلی بزرگان شیعه در این زمان اثبات وجود واقعی فرزند حسن عسکری و معرفی او به عنوان امام غایب به شیعیان بود. با کوشش‌های شماری از متکلمان و محدثان شیعه امامی مانند ابوسهل نوبختی (و. ۹۲۳ م).، ابوجعفر ابن قبه (وفات حدود ۳۱۹ ق).، کلینی (و. ۳۲۹ ه. ق. / ۹۴۱ م).، نعمانی و بخصوص ابن بابویه (و. ۳۸۱ ه. ق. / ۹۹۱ یا ۹۹۲ م). اثر ارزنده او کمال الدین که معمار و تبیین کنندهٔ نظریه امام غایب و دوران غیبت و ظهور منجی بخش امام غائب است، این هدف حاصل آمد. در این زمان کلینی در احادیث باب غیبت کتاب اصول کافی، که در خلال این دوره گردآورده‌بود، به موضوع غیبت و علت آن پرداخته‌است. بخصوص نعمانی در کتاب الغیبه به تبیین نظریهٔ غیبت از طریق احادیث پرداخت و او برای نخستین بار اصطلاحات «غیبت صغری» و «غیبت کبری» را به کار برد. پس از وی ابن بابویه (و. ۹۹۱-۹۹۲) در کتاب کمال الدین در خصوص گردآوری احادیث مربوط به امام دوازدهم و غیبت وی کوشید. به گفتهٔ عبدالعزیز ساشادین در فاصله زمانی نوبختی و هنگامی که شیخ مفید (و. ۴۱۳ ه. ق. / ۱۰۲۲ م). مطالب خود را دربارهٔ امام دوازدهم ارائه داد، موضوع جانشینی حسن عسکری در بین شیعیان امامی جا افتاده بود. به هر شکل، تا سالهای پایانی غیبت صغری، مصادف با دهه سی و چهل قرن دهم میلادی اکثریت شیعه امامیه، امامت امام دوازدهم از نسل حسن عسکری را پذیرفته بودند.
به گفتهٔ سعید امیر ارجمند اعتقاد به غیبت در نزد شیعیان، در میان مجموعه عقایدی بود که از کیسانیه وارد شیعه شد. با این حال وی تأثیر واقفیّه (که بر امامت موسی کاظم توقف کردند) را در پذیرش ایده غیبت توسط شیعه امامیه مهم تر می‌داند. اولین نوشته‌های کلامی در زمینه غیبت را حدود سی سال پس از مرگ حسن عسکری و در آثار ابوسهل نوبختی و ابن قبه رازی می‌توان یافت. این دو که تمایلات معتزله داشتند به جای اتکا به احادیث راه حلی کلامی را برای نظریه غیبت بر گزیدند. ایده‌ای که در وضعیت بحران از نو واقفیان به عاریت گرفته‌شده‌بود. به نوشته پوناوالا آثار بجا مانده از آن زمان شیعه چنین می‌نمایاند که شیعیان در ابتدا پیش‌بینی نمی‌کردند که غیبت امام غایبشان مدت زیادی ادامه داشته‌باشد. اما زمانی که غیبت امام شیعیان طولانی شد و حجت بن حسن ظهور نکرد، شیعیان بتدریج امام پنهان را همان مهدی موعود پنداشتند. از حدود سال ۲۹۵ ه. ق. /۹۰۸ م. بود که شیعیان متوجه شدند که اوضاع غیرعادی‌تر از چیزی است که در ابتدا می‌پنداشتند و امام حاضری در آینده نزدیک وجود نخواهد داشت و نیز پرسش در مورد تعداد قطعی امامان مورد بحث شیعیان قرار گرفته‌است. از این زمان است که حدیث‌هایی مبنی بر اینکه «تعداد امامان دوازده نفر می‌باشد» بر سر زبان‌ها افتاد. به نوشتهٔ ورنا کلم مرگ علی بن محمد سمری (۳۲۹ ق).، آخرین نائب امام غایب، و آغاز دورهٔ غیبت کبری بار دیگر حیرت را در میان شیعیان برانگیخت. آنها نهایتاً در سدهٔ پنجم به تبیینی عقلی در کلام شیعه از غیبت امام دست یافتند. در این زمان علمای شیعه با رویکرد کلامی به تبیین نظریه غیبت برخاستند. متکلمان از جمله شیخ مفید (و. ۴۱۳ ه. ق. / ۱۰۲۳ م). و شاگردانش بخصوص سید مرتضی (۱۰۴۴-۱۰۴۵) به تدوین نظریات کلامی امامت جهت تبیین ضرورت وجود امام زنده در شرایط غیبت پرداختند.
دوران امامت و غیبت
دوره سفرا یا غیبت صغری
بنابر اعتقاد شیعه دوازده امامی، این دوره از مرگ حسن عسکری در سال ۲۶۰ ه. ق. (۸۷۴ م). آغاز شده و تا سال ۳۲۹ ه. ق. (۹۴۱ م). به طول انجامیده‌است. در این دوره، مهدی تنها از طریق چهار سفیر یا نائب و آن هم در شرایط خاص با شیعیان تماس می‌گرفت. در طی دوران غیبت صغری، شیعیان از طریق این چهار نائب با مهدی در ارتباط بوده و درخواست‌ها و مسائل خود را طرح می‌کرده‌اند و پاسخ می‌گرفتند.
به نوشتهٔ ساشادینا و جاسم حسین، شبکهٔ وکلا در دوران امامان مسئول گردآوری خمس، زکات و سایر وجوهات شرعی شیعیان برای امامان بود. در شرایطی که چند امام آخر به‌شدت تحت نظارت و مراقبت بودند و امکان ارتباط مستقیم شیعیان با امامان وجود نداشت، عملاً اداره امور ساختار مرکزی جامعه شیعه بر عهدهٔ وکلا بود. در شرایط غیبت امام، وکلا سرپرستی و رهبری مجازی جامعه شیعه را در خصوص امور دینی و مالی برعهده گرفتند. جاسم حسین می‌گوید بتدریج رهبری شبکه وکلا تبدیل به تنها مرجعی شد که می‌توانست مشروعیت امام جدید را تعیین و اثبات کند. برای نمونه محمد جواد وصیت خود در خصوص نصب علی هادی به عنوان امام بعد را به رئیس شبکه وکلای خود گفت. به نوشتهٔ ساشادینا، در منابع اولیه از جمله کتاب‌های کلینی و ابن بابویه (شیخ صدوق)، به وکلا به طور عمومی اشاره شده و ابن بابویه چندین نفر را نام برده‌است که به گفتهٔ وی با مهدی در ارتباط بوده و سمت وکالت را بر عهده داشته‌اند بی‌آنکه کسی از آنها را به عنوان وکیل ویژه یا نائب خاص معین کند. اما بخصوص برخی از وکلا بطور نیابی خمس را از شیعیان می‌گرفته‌اند و عثمان بن سعید نیز یکی از وکلای حسن عسکری بود. ساشادینا از بررسی روایات ابن بابویه نتیجه می‌گیرد تعداد وکلا محدود به چهار تن نبوده و اصطلاح نیابت خاص در دوره‌های بعد برای تبیین غیبت صغری ایجاد شده‌است.
به نوشتهٔ ساشادینا، در شرایطی که جامعه شیعه پس از مرگ حسن عسکری دست کم به چهارده فرقه منشعب شده بودند، پذیرش نهایی این عقیده که حسن عسکری فرزندی داشته که امام آخر و دوازدهم شیعه است در اواخر قرن سوم و اوائل قرن چهارم هجری رخ داد. این امر به رهبری محمد بن عثمان و شبکهٔ وکلای او در سراسر سرزمین‌های اسلامی و با کمک ابوسهل نوبختی، متکلم بزرگ شیعه، انجام شد. رابطهٔ نزدیک و دوستانهٔ ابوسهل با خاندان شیعهٔ بنی فرات که وزرای عباسیان بودند نیز پذیرش این امر را حتی در میان سایر مسلمانان تسهیل کرد. بدین ترتیب جامعه شیعه، حول اعتقاد به امامت حجت بن حسن و رهبری محمد بن عثمان مجدداً متحد شد.
به نوشته ورنا کلم از دیدگاه تاریخی اعتقاد به وجود «نواب اربعه» در آثار محدثان و علمای شیعهٔ چند دهه اول دوران موسوم به غیبت صغری به چشم نمی‌خورد. کلینی اشارات مبهمی به نامه‌هایی از امام زمان می‌کند که به دست شیعیان می‌رسیده‌است. حتی در کتاب التنبیه ابوسهل نوبختی —که بین سال‌های ۹۰۳ تا ۹۱۳ نوشته شده— به بحرانی در میان شیعیان اشاره شده‌است. ابوسهل می‌نویسد که تقریباً تمام یاران نزدیک حسن عسکری تا بیست سال بعد از مرگ او درگذشته‌اند. آنها کسانی بودند که ادعا می‌نمودند با امام غایب شیعه در ارتباط هستند و فرمان‌های او را به اطلاع شیعیان می‌رساندند. بعد از مرگ این افراد دیگر نشانی از امام برای شیعیان و اثباتی برای وجود او برای افرادی که دچار شبهه شده یا ناباوران وجود نداشت. در این زمان آنها تنها می‌توانستند به کمک تفسیر احادیث امامان پیشین شیعه، غیبت طولانی امام را توجیه نمایند. در نوشته‌های نویسندگان شیعه تا چند دههٔ بعد از این زمان، به تداوم فعالیت سفرا اشاره نشده‌است.
عنوان سفیر در ابتدا در کتاب الغیبه نعمانی به چشم خورد اما نام و تعداد این نایبان ذکر نشده‌بود. سپس ابن بابویه نام چهار نایب را در کمال‌الدین ثبت نمود و مبسوط‌ترین گزارش‌ها دربارهٔ فعالیت سفرا در کتاب الغیبه ابوجعفر توسی آمده‌است. به نوشتهٔ ایتان کولبرگ، عمدهٔ این گزارش‌ها بر مبنای دو کتاب که اکنون در دسترس نیست می‌باشد: اخبار ابی العمر و ابی الجعفر العمریان اثر ابن برنیه کاتب و اخبار الوکاله الربعه نوشته احمد بن علی بن عباس بن روح صیرفی. به گفتهٔ کولبرگ در دانشنامهٔ اسلام، اعتقاد به سفرا در نزد خاندان نوبختی شکل گرفت.
ورنا کِلِمْ در دانشنامه ایرانیکا، چنین می‌نویسد که احتمالاً گسترش ایدهٔ نایبان چهارگانه توسط خاندان نوبختی در میان شیعیان انجام شده باشد. اطلاعات موجود در مورد دو نائب اول چنین می‌نمایاند که این دو پس از مرگشان به عنوان نائب خاص امام زمان شناخته شدند؛ زیرا نیابت باید از زمان مرگ حسن عسکری شروع می‌شد. در سطح شخصی باید گفت دو فامیل عمری و نوبختی با هم خویشاوند بودند. دختر ابن عمری، ام کلثوم با یکی از نوبختی‌ها ازدواج کرد و منشی حسین بن روح بود. لازم است ذکر شود که به گفتهٔ ورنا کلم، نوهٔ ام کلثوم (ابن برنیه)، منبع اصلی کتاب‌های شیخ توسی بود که برای اولین بار وجود چهار نائب خاص امام زمان را مطرح نمودند.
۱) ابو عمرو عثمان بن سعید عَمری
منابع شیعه اطلاعات کمی در مورد زندگی دو نایب اول امام زمان به دست می‌دهند. عثمان ادعا می‌نمود که فرزند حسن عسکری را به چشم دیده بود. او از وکیلان حسن عسکری و هادی بوده‌است. به اعتقاد کنونی شیعه، عثمان بن سعید مستقیماً توسط حسن عسکری به نیابت تعیین شده بود، هر چند به گفته کِلِم چنین پیداست که تعیین وی به سمت واسطه امام دوازدهم به طور رسمی نبوده‌است. او سازماندهی شیعیان سامرا را به عهده داشت. در زمان حسن عسکری، عثمان پول از شیعیان عراق به شیعیان سامرا (که تحت کنترل شدید عباسیان بودند) می‌رساند. عثمان کسی بود که بعد از مرگ حسن عسکری، مراسم خاکسپاری او را سازمان‌دهی کرد.
۲) ابو جعفر محمد بن عثمان بن سعید
محمد همراه پدرش عثمان بن سعید، وکالت حسن عسکری را بر عهده داشت. از دیدگاه کنونی شیعه، محمد چهل سال وکالت را عهده‌دار بود و طی این مدت وجوهات شیعیان را تحویل می‌گرفت و توقیعاتی از جانب امام به آنان می‌داد. وی سرانجام در سال ۳۰۵ قمری درگذشت.
۳) ابوالقاسم حسین بن روح نوبختی
نکته مهم در مورد او این بود که بعد از ربع قرن، ارتباط رسمی با امام غائب از سر گرفته‌شد. اولین توقیعی که نوبختی در ۲۴ شوال ۳۰۵ هجری ارائه نمود، فرمانی بود که امام غائب در آن حسین بن روح را بعنوان نفر اول سلسله مراتب شیعه تائید می‌کرد. به گفتهٔ شیخ توسی شروع نیابت نوبختی به سال ۳۰۶ ه. ق. / ۹۱۷ م. بود. او توقیعاتی را منتسب به امام زمان ارائه می‌کرد و به پرسش‌های علمای قم پاسخ می‌داد. چنین به نظر می‌رسد که حسین بن روح نوبختی بیش از نواب پیشین نزد شیعیان هم عصرش شناخته شده بود. حسین بن روح توانست به عنوان تنها نائب زمان خود توسط شیعیان پذیرفته شود و خاندان نوبختی تأثیر غالبی بر جامعه شیعیان و علما داشتند. حسین بن روح همچنین کوشید تا غیبت را علاوه بر توجیه براساس حدیث، با رویکردی عقلی نیز توجیه نماید. حسین بن روح علاوه بر آنکه در میان شیعیان بغداد از موقعیت اجتماعی خوبی بهره‌مند بود، در میان دستگاه خلافت عباسی بخصوص آل فرات نیز از نفوذ و احترام قابل ملاحظه‌ای برخوردار بود.
در دوران حسین بن روح، ابوجعفر محمد بن علی الشلمغانی (اعدام شده در سال ۳۲۲/ ۹۳۳) دستیار حسین روح و مامور او در بغداد، ادعا کرد که او سفیر واقعی و برحق حسین بن روح است و البته پس از چندی بطور کلی قضیه وجود امام غایب را انکار کرد. همچنین منصور حلاج نیز از کسانی بود که به مخالفت با نیابت حسین بن روح پرداخت و هر دو خشم شیعیان آن زمان را بر انگیختند و با نفوذی که خاندان نوبختی داشتند، توسط دولت عباسی اعدام شدند.
۴) ابوالحسن علی بن محمد سمری (و. ۳۲۹ ه. ق. / ۹۴۱ م).
از دیدگاه تاریخی، تنها در زمان خاندان نوبختی بود که نواب مورد پذیرش عموم شیعه بودند و کنترل شیعیان را در دست داشتند. در زمان علی بن محمد، این کنترل دوباره از بین رفت و مورد پذیرش عموم شیعیان نبود. با مرگ سمری در سال ۳۲۹ دوران موسوم به غیبت کبری شروع شد.
رویکرد اعتقادی: تولد، زندگی و قیام حجت بن حسن به روایت شیعه
در این بخش در خصوص دیدگاه‌های محدثان، متکلمان و نویسندگان شیعه درباره تولد، زندگی و قیام حجت بن حسن توضیح داده می‌شود.
نام، القاب و کنیه
بنا بر روایات شیعه حجت بن الحسن هم نام و هم کنیه با محمد پیامبر اسلام است. از محمد پیامبر اسلام، حدیثی با این مضمون نقل شده‌است: «مهدی از نسل من است. نام او نام من و کنیه‌اش، کنیهٔ من است». به گفتهٔ مادلونگ، این حدیث توسط طرفداران مختار ثقفی و شیعیان کیسانیه برای محمد حنفیه، فرزند علی ابن ابی طالب و امام شیعیان کیسانیه جعل شده بود.
به گفتهٔ ایتان کولبرگ قدیمترین سند اعتقادی شیعه که به امام دوازدهم شیعه اشاره دارد دو کتاب تذکره‌ای دینی فرق الشیعة حسن ابن موسی نوبختی و کتاب المقالات والفرق سعدابن عبدالله قمی می‌باشند. در این دو کتاب که در حدود سال نهصد میلادی (حدود ۲۸۷ ه. ق). تألیف شده‌اند، به هیچ وجه دلالت ندارد که نام امام دوازدهم در آن زمان مورد اتفاق امامیه بوده‌است، در این دو منبع به روشنی بیان شده‌است که این نام رازی است که نباید فاش گردد. تنها اعضای فرقه‌ای دیگر او را «محمد» می‌خواندند. در هر صورت این نام توسط امامیه باید خیلی زود پذیرفته شده باشد، زیرا متکلم اهل سنت، ابوالحسن اشعری (۳۲۴ ه. /۹۳۶ م).، در مقالات الاسلامیین امامیه را کسانی معرفی می‌کند که اعتقاد دارند محمد ابن حسن امام همان امام غائب می‌باشد ساشادینا به روایاتی در شیعه اشاره می‌کند که اعلان نام امام دوازدهم را منسوب به زمان نایب دوم ابوجعفر می‌داند.
شیعیان از بردن نام اصلی او نهی شده‌اند. هدف این کار در منابع شیعه مانند کلینی، نعمانی و ابن بابویه (شیخ صدوق) حفاظت از منجی از خطری که متوجه او از جانب بنی‌عباس است، ذکر شده‌است. اما این اصل به‌طور همه‌جانبه توسط شیعیان رعایت نمی‌شد. برای هماهنگ سازی افکار در این زمینه، کوششی در قالب این توضیح به عمل آمده‌است که قائم دو نام دارد: یکی احمد که نام شناخته‌شده او است و دیگری محمد که مخفی است. لقب‌هایی مانند مهدی (هدایت‌شده)، منتظر (کسی است که انتظارش را می‌کشند)، صاحب الزمان، بقیه الله، و از همه بیشتر قائم به معنی قیام کننده‌است. لقب دیگر او حجت است. این نام به معنی اثبات وجود خدا در میان زمینیان است (یا کسی که به واسطهٔ او خدای غیرقابل دسترس در دسترس قرار می‌گیرد).
توصیفات دقیقی در مورد مهدی از نیمه اول قرن دهم میلادی و قرن یازدهم میلادی (قرن چهارم و پنجم هجری) به بعد در کتاب‌های افرادی مانند شیخ توسی، ابن بابویه و نعمانی وجود دارد. در روایات نقل شده از این کتاب‌ها نام‌های متعددی برای مادر مهدی نقل شده‌است؛ مانند نرجس، ریحان، سوسن، و مریم. برطبق همین روایات مادر مهدی کنیزی سیاه از نوبیه بوده‌است. سه نام اول که معمولاً از نام‌هایی بوده‌است که در آن زمان بر کنیزان نهاده می‌شده‌است گواهی بر این دسته از روایات هستند. در روایتی دیگر (که به نوشته امیرمعزی در دانشنامه ایرانیکا از دیدگاه تاریخی صحت ندارد و بدون شک جنبه‌ای افسانه‌ای و تذکره‌ای دارد) مادر مهدی دختر سزار روم شرقی بوده‌است که به اسارت مسلمانان در می‌آید و به صورت برده در بغداد به یکی از یاران هادی فروخته می‌شود. هادی نیز این کنیز را به عقد فرزندش درمی آورد. بر طبق بیشتر منابع، تولد مهدی در نیمهٔ شعبان سال ۲۵۶ قمری یا ۸۷۰ میلادی می‌باشد (یکی از مهمترین جشن‌های شیعیان). اما منابع شیعه مانند شیخ مفید و کلینی سال تولد مهدی را ۲۵۵ هجری قمری ثبت نموده‌اند.
در روایات شیعه تولد امام شیعه، حالتی معجزه گونه دارد. در هنگام تولد او حکیمه عمه امام یازدهم شیعه حضور دارد. هرچند در ابتدا حضورش در خانه حسن عسکری اثری از علایم بارداری در نرجس نمی‌بیند. در روایات شیعه به تواتر نقل شده‌است که مهدی در هنگام تولد سخن گفته‌است. به اعتقاد شیعه نشانه‌های حاملگی در مادر، و همچنین تولد طفل به شکل معجزهٔ آسایی مخفی ماندند، چرا که عباسیان به دنبال از بین بردن کودکی بودند که زمزمه‌هایی مبنی بر منجی بودن او وجود داشت. به گفته منابع شیعه، پدر فرزند، نوزاد را به چهل تن از اصحاب نزدیکش نشان داد و پس از آن کودک از دیده‌ها نهان گردید. مطابق با بسیاری از منابع حسن عسکری تاکتیکی دو منظوره برای تأمین امنیت کودک در نظر گرفت. نخست آنکه به جز در نزد یاران نزدیکش، تولد کودک را سری نگاه داشت. به عنوان مثال او تا آنجا پیش رفت که مادر خود (حدیث) را یگانه وارث خود اعلام نمود. به گفته امیرمعزّی ما اکنون می‌دانیم که بر اساس فقه شیعه، تحت شرایط خاصی، وقتی که فرزندی از متوفی باقی نماند ارث متعلق به مادر متوففی خواهد بود. دوم اینکه، حسن عسکری منابعی در اختیار داشت که بر غبار اوضاع بیفزاید و توجه دیگران را به شرحی که خواهد آمد -از موضوع تولد فرزندش - پرت نماید. کمی پیش از مرگش در سال ۸۷۴، او شایعه‌ای را منتشر نمود مبنی بر اینکه کنیز او (ثقیل) فرزندی از وی را حمل می‌کند. خبرچینان خلیفه وقت (معتمد) فعالیتهای امام حسن عسکری را که در آن زمان در اردوگاهی نظامی در سامرا تحت مراقبات بود از نزدیک از نظر گذراندند. پس از آنکه امام درگذشت، کنیز دستگیر شده و تحت مراقبت قرار گرفت. در طی یک سال بعد، او هیچ نشانه‌ای از حاملگی از خود بروز نداد و در نتیجه آزاد شده و به سرعت فراموش شد. بنا به گفته نویسندگان شیعه، به این ترتیب بود که قضای الهی اجرا شد و امام دوازدهم -منجی منتظر- نجات پیدا کرده و در خفا بزرگ شد.
بنابر اعتقاد شیعه دوازده امامی، پس از مرگ حسن عسکری جعفر بن علی، برادر حسن بن علی عسکری، اعلام کرد که امام شیعیان فرزندی نداشته‌است و وی جانشین برادر است؛ ولی به هنگام نماز گزاردن بر بدن حسن عسکری، حجت بن الحسن عمویش را کناری زد و بر او نماز گزارد. امامیه جعفر را «جعفر کذاب» در بین شیعیان شهرت دارد و به اعتقاد شیعه او به مانند کنعان فرزند نوح و قابیل فرزند آدم، فرزند ناخلف امام دهم شیعه بوده‌است. طبق روایت دیگر شیعه، کفن و دفن امام عسکری توسط سرپرست وکلای وی، عثمان بن سعید، انجام شد. عثمان بعداً به عنوان سرپرست وکلا در دوره غیبت نیز به فعالیت خود ادامه داد.
دیدگاه امروزی شیعهٔ دوازده امامی این است که بحث مهدی، دوازده امام، قائم آل محمد وغیبت از زمان پیامبر مطرح بوده‌است و چنانکه محمد حسین طباطبایی می‌گوید، طبق احادیث، پیامبر دقیقاً مشخص کرده که مهدی پسر امام یازدهم خواهد بود. این دیدگاه، ظهور افراد و فرقی که در سده‌های اول و دوم، خود را مدعی مهدویت دانسته و به عنوان قائم آل محمد قیام کرده‌اند یا باور به غیبت یکی از پیشوایان داشته‌اند را مؤید نظر خود می‌داند. بنا بر این دیدگاه، موضوع غیبت مهدی از قبل نزد شیعیان مطرح بوده‌است؛ برای نمونه، به گفتهٔ طبرسی، یکی از محدثان شیعه به نام حسن بن محبوب(۲۲۴ ه‍ /۸۳۸ م) که در عصر امامان پنجم و ششم شیعه، محمد باقر و جعفر صادق، می‌زیسته، در احادیث کتاب خود به نام «مشیخه» از دو غیبت کوتاه و طولانی قائم آل محمد یاد کرده‌است.
در روایات شیعه صاحب الزمان هر ساله در حج شرکت می‌کند. در طول تاریخ شیعه افراد زیادی ادعا نموده‌اند که مهدی را در هنگام حج ملاقات کرده‌اند. معدودی از روایات شیعه، محل زندگی مهدی را مکه ذکر کرده‌اند. این روایات چنین نقل می‌کنند که امام شیعیان در خانه‌ای بنام بیت الحمد زندگی می‌کند. در این خانه چراغی می‌باشد که از زمان تولد تا قیام صاحب الزمان روشن می‌باشد. روایتی دیگر محل زندگی مهدی را در کوه‌های بین مکه و طائف ذکر کرده‌است. همچنین روایاتی دیگر از حضور مهدی در روز عاشورا حکایت می‌کنند. این روایات محل زندگی امام شیعه را کربلا یا کوفه می‌دانند. در باورهای عامیانه چنین گفته می‌شد که مهدی در شهرهایی بنام جابلقا و جابلسا زندگی می‌کند. در قرن‌های گذشته سفرنامه‌های متعددی از شیعیانی موجود است که مدعی بوده‌اند که به این شهرها سفر کرده‌اند و به دیدن امام خود نائل شده‌اند. تنها دانش جغرافی مدرن بود که وجود نداشتن چنین شهرهایی را به مردم نشان داد.
از دیدگاه شیعیان، دوران امامت وی به دو دورهٔ غیبت و ظهور تقسیم می‌شود. دورهٔ غیبت نیز به دو دورهٔ غیبت صغری (کوتاه مدت) و غیبت کبری (بلند مدت) تقسیم می‌شود. غیبت صغری از تولد حجت بن الحسن در سال ۲۵۵ ق. یا درگذشت امام یازدهم در سال ۲۶۰ ق. آغاز می‌شود و تا مرگ چهارمین نایب خاص مهدی در سال ۳۲۹ (قمری) پایان می‌پذیرد. از این زمان غیبت کبری شروع شده و تا ظهور او ادامه خواهد داشت. در منابع شیعه حدود هفتاد روایت از پیامبر اسلام و اهل بیت وی درباره غیبت به طور صریح یا با اشاره همراه با تحلیل نقل شده است.
«غیبت» در شیعه به معنای ناپیدا بودن در مقابل «ظهور» است و نه به معنای «ناپدید بودن» در مقابل «حضور». از دیدگاه شیعیان، غیبت دوره‌ای است که مهدی در میان مردم هست، ولی ظهور ندارد. دورهٔ غیبت به دو دورهٔ غیبت صغری (کوچک‌تر) و غیبت کبری (بزرگ‌تر) تقسیم می‌شود و با ظهور مهدی به پایان می‌رسد. از دیدگاه شیعه، «صاحب الزمان» عنوان ویژهٔ امام غایب است. کسی که برای حواس ظاهری ناپیدا، ولی حاضر در قلب مؤمنان است. از دید هانری کربن نقد تاریخی برای درک و کشف پدیده غیبت ناکارآمد است، زیرا غیبت مربوط به «تاریخ قدسی» است. کربن تاریخ قدسی را تاریخی می‌داند که بر اساس مشاهده، ثبت و تحلیل شواهد تجربی استوار نیست بلکه براساس درکی است که از فرای حقایق مادی و تجربی آمده‌است.
به اعتقاد شیعه، زمین هیچگاه از امام معصوم خالی نخواهد ماند و همین امر دلیلی بر وجود امام زمان در دوران غیبت کبری است. برخی اسلام پژوهان امروزی عدم پذیرش عمومی آخرین نائب در میان جامعه شیعه را بمنزله شکست نهاد نیابت و سفارت به عنوان مرجع سلسله مراتبی مرکزی در میان جامعه شیعه تلقی کرده‌اند. موژان مومن و ایتان کولبرگ می‌نویسند که شبکه وکلا توانست به اندازه طول عمر طبیعی یک انسان (هفتاد سال) انجام وظیفه نماید. اما بعد از آن حیرت و شک شیعیان در مورد غیبت مجدداً شروع شد. عالمان اوایل دوران آل بویه تلاش زیادی کردند تا در کتاب‌های خود غیبت امام دوازدهم را اثبات کنند.
از منظر شیعیان، با توجه به شرایط و فشارهای عباسیان، امام در خفا بسر می‌برد؛ اما در ابتدای دوران غیبت کبری، هیچ متن روشنی در میان منابع شیعه که دلالت بر طولانی بودن مدت غیبت حتی بیش از طول عمر انسان معمولی باشد وجود ندارد. در آن زمان کوششی برای توجیه عمر طولانی امام زمان انجام نشد. برخلاف آنچه ابن بابویه و دیگران انجام دادند. در سال‌های ابتدایی غیبت کبری اینکه کدام یک از دو غیبت امام شیعه طولانی‌تر خواهد بود روشن نبود. چنین عدم قطعیتی برای مثال در نوشته‌های نعمانی سیزده سال پس از غیبت کبری به چشم می‌خورد.
هانری کربن در خصوص باور عرفانی شیعی نسبت به دوران غیبت کبری چنین می‌گوید که با آغاز این دوره امام دوازدهم در قلمرو مادی قرار ندارد. بدین ترتیب امام غائب تا زمان ظهور، تنها در رؤیا یا شهود قابل رؤیت می‌باشد. او در این شرایط ورای محیط طبیعت است. به اعتقاد شیعه در این دوران ولایت مهدی همچنان ادامه دارد و متوقف یا منقطع نشده اما به شکل پیچیده‌ای به حالت تعلیق درآمده‌است. این تعلیق با توجه به جایگاه بسیار رفیعی که شیعه برای امامان قائل است، جامعه شیعه را با پیامدهای تازه و پیچیده‌ای روبه‌رو می‌کند. از نظر شیعیان حجت بن حسن زنده، حاضر و ناظر بر اعمال و رفتار آن‌هاست و شاید به طور ناشناس با او ملاقات کرده باشند. وی وجود حاضری است که حضور او قابل درک نیست. جامعهٔ شیعه در تاریخ غیبت مجموعهٔ بزرگی از اشعار، مراثی و مدایح، خواب‌ها و رؤیاها و الهام‌های شخصی و ادعاهای ارتباط اشخاص پرهیزگار با او را گردآوری کرده که این امر حضور وی در صحنه و فعالیتش را برای جامعهٔ شیعیان همچنان ملموس نگاه داشته‌است. در روایات شیعه نقش امام در زمان غیبت گاه به خورشید پشت ابر تشبیه شده‌است شریف مرتضی در استدلال خود در زمینه غیبت امام دوازدهم شیعیان موضوع "لطف" در وجود غیبت را چنین خلاصه می‌کند:
با نیل به وجود او در میانشان و با اطمینان از وجوب اطاعت از او، شیعیان بی شک از او شرم خواهند نمود و به او احترام می‌گذارند و در نتیجه مرتکب شرّ نمی‌شوند. آنها از اینکه از جانب او مورد توبیخ یا سرزنش قرار گیرند واهمهٔ دارند. به این ترتیب، ارتکاب اعمال بد در میانشان کم می‌شود و اعمال خوب زیاد می‌گردد.
ظهور، قیام و تشکیل حکومت جهانی
در روایات شیعیان نشانه‌های متعددی برای ظهور مهدی قائم ذکر شده‌است از جمله: خروج یمانی، سفیانی، صیحه آسمانی که از آمدن قائم خبر می‌دهد، کشته‌شدن نفس زکیه در مکه تنها ۱۵ روز قبل از ظهور قائم، فرورفتن سرزمین بیداء (فرورفتن ارتش سفیانی در زمین در هنگام رژه در مکه). هر چند توسی، نعمانی و صدوق در ترتیب اتفاق افتادن این نشانه‌ها با هم یک نظر نیستند. هر سه ذکر می‌کنند که این نشانه‌ها در یک سال اتفاق می‌افتد. در این روایات مهدی در بین رکن‌ها و مقام ابراهیم، در کعبه ظهور می‌کند. روز ظهور مقارن با عاشورا است. مرکز حکومت وی در کوفه قرار دارد. وی مقر حکومتش را در مسجد کوفه برپا می‌کند و خزانه اش را در مسجد سهله مستقر می‌کند.
در روایات شیعه، شیعیان از تعیین وقت ظهور مهدی برحذر داشته شده‌اند، و تعیین‌کنندگان وقت ظهور، دروغگو دانسته شده‌اند. در میان روایات شیعه، اجماعی در مورد مدت زمان حکمرانی مهدی پس از ظهورش نیست. برای مثال حدیثی از محمد باقر، امام پنجم شیعه نقل شده‌است که مدت زمان حکومت مهدی را پس از ظهور ۳۰۹ سال ذکر کرده‌است. حدیثی دیگر به نقل از صادق نقل شده‌است که این مدت را هفت سال ذکر کرده‌است اما به گفتهٔ جعفر صادق، امام ششم شیعیان امامی، هر سال این حکومت به اندازه هفتاد سال عادی خواهد بود. در حدیثی دیگر که ابن بابویه از صادق نقل کرده‌است او از وجود دوازده مهدی پس از قائم (و نه دوازده امام) خبر داده‌است. این مهدی‌ها از میان شیعیان امام زمان خواهند بود.
طبق نظر علی کورانی در کتاب عصر ظهور بر اساس جمع‌بندی روایات شیعه و سنی در خصوص ظهور و قیام مهدی موعود، ظهور مهدی از ابتدا تا تشکیل حکومت چهارده ماه طول می‌کشد. ظهور از ماه رجب و با خروج سفیانی آغاز می‌شود. در شش ماه نخست، ظهور مهدی غیرعلنی است و او در اضطراب و نگرانی است و امور را به طور مخفیانه توسط یارانش رهبری می‌کند. سپس در روز عاشورا از ماه محرم قیام قائم از مکه در مسجدالحرام در کنار کعبه با ۳۱۳ تن از یارانش آغاز می‌شود؛ درحالی که پرچم حضرت محمد در غزوه بدر را در دست دارد که بر آن نوشته شده است: اَلبَیعةُ لله؛ سپس از آنجا رهسپار مدینه، و بعد عراق و نهایتاً شام می‌شود. او طی هشت ماه دشمنانش را شکست می‌دهد و جهان اسلام را یکپارچه تحت فرمان حکومت خود در می‌آورد. سرانجام وارد قدس می‌شود. آنگاه با رومیان (که به نظر کورانی مقصود غربیان هستند) پیمان آتش‌بس می‌بندد. در این اثنا طبق روایات مسلمانان عیسی از ملکوت فرود می‌آید، تا حجت بر یهودیان و مسیحیان تمام شود. ترتیب حوادث فرود مسیح و آتش‌بس میان مسلمانان و رومیان (غربیان) در روایات دقیقاً مشخص نیست. به هر حال مسیح به مهدی می‌پیوندد و پشت سر مهدی نماز می‌خواند. سپس رومیان پیمان آتش‌بس را نقض می‌کنند و جنگ بسیار بزرگی در ساحل شرقی مدیترانه رخ می‌دهد و مهدی پیروز می‌شود.
پس‌آیند اعتقاد به امام دوازدهم در طول تاریخ و مسائل امروزی
برای بیشتر از یک هزاره، ایده ظهور مهدی در آینده روزنه امیدی برای مذهب شیعه به ارمغان آورده است. امید به ظهور امام در آینده به عنوان نیروئی متعادل کننده در میان شیعیان عمل نموده تا هر فعالیت سیاسی را تا ظهور امام مورد انتظار به تعویق بیندازند. موعود گرایی دوازده امامی جنبشی آرامش طلب است که به دنبال حضور صلح آمیز در جامعه مسلمانان در عین نگاه داشتن ویژگی‌های اختصاصی خود در زمینه امامت و مخصوصاً امامت حجت غائب است. محمد حسین طباطبایی در خصوص آثار باور به امام غائب از نظر شیعه می‌نویسد: تصور ظهور مهدی در ردیف تصور قیامت می‌باشد که مشابه اعتقاد به پاداش و جزای اعمال موجب حفاظت حیات معنوی مسمانان می‌شود. این باور مربوط به دو قرن و نیم پس از ظهور اسلام نیست بلکه پیامبر پیش از ولادتش بشارت داده که برای شیعیان معتقد از آغاز نقطه امید بوده‌است. باور به ظهور مهدی به انسان نوید می‌دهد که جهان بشری سرانجام به روزی به کمال مطلوب که حیات سراسر سعادت و خوشبختی و کامیابی است دست خواهد یافت. با وجود ایمان به چنین حقیقتی تصور شکست خوردن و بی فایده بودن تلاش برای انسان مسلمان محال است. با چنین ایمان مسلمان پیوسته خود را کامیاب می‌یابد و هرگز در اثر انباشت مشکلات و گرفتاری‌ها امید نجات و رستگاری را از دست نخواهد داد.
در قرن چهارم هجری و هنگامی سلسله شیعه آل بویه بر عراق و ایران مسلط شدند. هفتاد سال از غیبت امام شیعه می‌گذشت و یک امام غایب محدودیتی برای آل‌بویه بوجود نمی‌آورد. بنابراین آل‌بویه که در ابتدا شیعه زیدی بودند، به شیعه دوازده امامی گرایش یافتند و از آن حمایت نمودند. از طرف دیگر فشارها و سرکوب‌های عباسیان با یک احساس شدید یاس در میان شیعیان امامیه که برخلاف بسیاری از شیعیان زیدیه از به چنگ آوردن قدرت از طریق روش‌های انقلابی باز مانده‌بودند، همراه و همزمان بود. برای آنها امام غائب، جاذبه‌های فکری و سیاسی آشکاری به دنبال‌داشت. این امر امامیه را قادر ساخت تا حکومت طرفدار شیعه آل بویه را به رسمیت بشناسد و با آن همکاری کند، بدون آنکه وفاداری خود را نسبت به امام غایب خود فدای این کار سازند. این همکاری با آل‌بویه توانست شیعیان را به مرکز قدرت نزدیکتر نماید. با اعلام وفاداری به آل بویه، شیعیان توانستند در تقاضای حقوق خود صریحتر و بی پرواتر باشند. به نظر کولبرگ در این دوران شیعیان با تقویت پایگاه خود در مراکز حساس مالی و حکومتی، شاید در پی این بودند که از یک سو امتیازاتی از شکل موجود حکومت به دست آورند و از سوی دیگر نهایتاً مذهب تسنن را از درون تضعیف کنند.
هنگاهی که ترکان سلجوقی از شمال شرق ایران به پیش آمدند و سرزمین‌های اسلامی مسخر کردند. براساس شعرهای منسوب به زمان جعفر صادق، نویسندگان اسلامی ترکان را زمینه ساز ظهور مهدی می‌دانستند. هنگامی که مغولان به ایران حمله نمودند دوباره چنین اعتقاداتی در مورد مغولان در بین شیعیان که در آن زمان در ایران کماکان در اقلیت بودند، جاری شد. شیعیان پرنفوذی مانند خواجه نصیر توسی نیز با مغولان همکاری نمودند.
در طول تاریخ شیعه افراد متعددی بوده‌اند که با نام مهدی قیام کرده‌اند و در مواردی خود توانسته‌اند نظامی نو به وجود آورند. بنابر گفته ژان پیر فیلیو از زمان تبیین دکترین غیبت توسط روحانیت شیعه، با هدف محدود کردن جنبش‌ها و قیام‌های سیاسی تحت نام مهدی، روحانیت شیعه کوشش کرد که خود تنها نهادی باشد که وظیفه تفسیر نشانه‌ها و زمان ظهور را به عهده داشته باشد. اما این تلاش روحانیت شیعه برای کنترل جنبش‌های سیاسی تحت نام مهدی همیشه موفقیت آمیز نبوده‌است. برای مثال زمانی که شاه اسماعیل صفوی ایران را تسخیر نمود. بسیاری از هواداران شاه اسماعیل، او را همان مهدی موعود دانستند. هرچند بعد از شکست شاه صفوی از ترکان عثمانی او مجبور شد از جاه‌طلبی‌های خود عدول کند. از آن پس شاه اسماعیل در نزد طرفدارانش به عنوان نماینده امام زمان شناخته می‌شد. جنبش بابی بدون شک شاخص‌ترین جنبش‌های موعودگرایی شیعه پس از ظهور صفویان بود. این جنبش نتیجه حدود نیم قرن انتظار برای ظهور امام زمان بدنبال فرارسیدن هزاره مهدی و تعالیم و آموزه‌های درون و برون جنبش شیخیه بود. علی محمد باب ابتدا ادعا نمود که بابِ امام زمان است و سپس در سال ۱۲۶۴ ه. ق. /۱۸۴۸ م. آشکارا ادعا نمود که مهدی موعود است. این جنبش در نهایت به گسست از شیعه و تشکیل آیینی جدید منجر شد.
در دوران معاصر جنبش‌های متعددی در بین شیعیان لبنان، عراق و ایران شکل گرفته‌است که یا خود را نماینده امام زمان یا هموارکننده زمینه‌های ظهور امام زمان دانسته‌اند یا مدعی هدایت و تأثیرگیری جنبش توسط امام زمان بودند. چنین رویکردی را در دوران معاصر در جنبش‌ها و نظام‌هایی مانند نظام جمهوری اسلامی ایران، جیش المهدی به رهبری مقتدی صدر و حزب‌الله لبنان می‌توان دید.
هزاران نفر از شیعیان به مسجد جمکران در حوالی قم و در مسیر راه قم-کاشان می‌روند. به خصوص در سه شنبه شب و روزی که در روایات شیعه، مهدی در این روز و در این محل ظاهر شده است. در دوران ریاست جمهوری محمود احمدی نژاد، او عنوان می‌کرد که امام مهدی فعالیت‌های روزانه دولت او را حمایت می‌کند و به او در مواجهه با فشارهای بین‌المللی کمک می‌نماید. یا در سخنرانی دیگری عنوان نمود که دلیل حمله آمریکا به عراق این بوده‌است که آنها دریافته بودند که امام زمان قرار است که در عراق ظهور کند. این اظهار نظرهای احمدی نژاد با انتقادهای زیادی از جانب منتقدین وی و روحانیان شیعه مواجه شده‌است. در سال ۲۰۱۱ میلادی مستند جنجالی ظهور بسیار نزدیک است باعث جنجال‌های بسیار شد. تا آنجا که منابع دولتی در ایران از ممنوعیت انتشار و توزیع این مستند خبر دادند.
در کنار جمکران مکان‌های دیگری به‌خاطر ارتباطش با امام دوازدهم شیعیان مورد توجه قرار گرفته‌است و قداست یافته‌است. مانند کوه سفید جنب مسجد جمکران که در بین باورمندان به محل پادگان سپاه مهدی در هنگام ظهور شهرت یافته‌است یا مسجد محدثین در شمال ایران و در شهر بابل که مشهور است که به دستور امام زمان ساخته شده‌است.
اعتقاد به ظهور امام غایب (به عنوان مهدی)، شیعیان را در تحمل شرایط دشوار یاری نموده و به آنها امید آینده‌ای سرشار از دادگری داده است. مبالغه آمیز نیست اگر گفته شود بدون اعتقاد به چنین نقشی برای امام دوازدهم، مذهب شیعه نمی‌توانست در مقابل آزار و اذیت سلسله‌های مختلف در تاریخ اسلام - تا پیش از تشکیل صفویه در قرن شانزدهم- دوام بیاورد. بنابرین غیبت امام به عنوان نیروی خلّاقی در جانهای شیعیان عمل نمود تا نه تنها در مقابل مشکلات زمان صبور باشند، بلکه آنها را آماده نمود تا وظیفه تاریخی خود در تاسیس حکومت اسلامی حتی پیش از آنکه امام رهبری شیعیان را بر عهده بگیرد را به انجام برسانند.
با توسعه دکترین مهدویت در نزد شیعیان، فقه سنت سعی نمود تا از اعتقاد به مهدی فاصله بگیرد. با وجود حمایت از اعتقاد به مهدی توسط بعضی محدثین مهم اهل سنت، اعتقاد به مهدی هیچگاه بعنوان مبانی اصلی فقه اهل سنت در نیامده‌است. در اعتقادات اهل سنت به مهدی اشاره شده‌است، ولی بصورت نادر. بسیاری از علمای مشهور اهل سنت مانند محمد غزالی از بحث کردن در مورد این موضوع اجتناب کرده‌اند. البته به گفته مادلانگ این اجتناب کمتر بخاطر عدم اعتقاد به مهدی و بیشتر (بگفته رضا اصلان بخشی) بخاطر برنیانگیختن شورش‌ها و جنبش‌های اجتماعی بوده‌است. هر چند همچنان بحث‌های شدیدی بین علمای سنی در خصوص نقش مهدوی و سیاسی وی وجود دارد. موارد استثنایی مانند ابن خلدون در کتاب مقدمه وجود دارد که آشکارا با اعتقاد به مهدی مخالفت می‌کند و تمام احادیث مربوط به مهدی را ساختگی می‌داند. در میان محدثین و علمایی که به مهدی پرداخته‌اند دیدگاه‌های مختلفی وجود دارد. در احادیثی در کتاب‌های اهل سنت مهدی همان عیسی مسیح است. در روایاتی دیگر حرفی از هویت فرد نیست و یا گفته شده‌است که به همراه عیسی قیام می‌کند. همچنین مهدی از نسل حسین، نسل حسن و یا فرزند حسن عسکری، امام یازدهم شیعه دوازده امامی، ذکر شده‌است.
طبق گفتهٔ ویلفرد مادلونگ در دانشنامهٔ اسلام، بین قرون هفتم تا سیزدهم هجری برخی علمای اهل سنت از این عقیده که حجت بن حسن همان مهدی منتظر است حمایت کردند:
در سال ۶۴۸ (ه. ق)./۱۲۵۰(م). محدث سوری شافعی مذهب، محمد ابن یوسف الگنجی القریشی، کتابی تالیف کرد با عنوان "البیان فی اخبار صاحب الزمان" که در آن با استناد به احادیث اهل تسنن اثبات نمود امام دوازدهم همانا مهدی است.
در سال ۶۵۰(ه. ق)./۱۲۵۲(م). کمال الدین محمد اهوازی، دانشمند شافعی، کتاب مطالب السوال فی مناقب آل رسول، را در شهر حلب تکمیل نمود. در این کتاب وی از امامت دوازده امام پشتیبانی نمود و به مخالفت‌های اهل تسنن در زمینه اعتقاد به اینکه امام دوازدهم همان مهدی است پاسخ داد.
سبط ابن جوزی، کمی پیش از وفات خود در سال ۶۵۴ (ه. ق). در دمشق، کتاب تذکره خواص العلما را نوشت که در آن گزارش‌های منابع اهل تسنن را در بیان فضائل علی و فرزندانش به خصوص دوازده امام را گرد آوری نمود و در پایان تصریح نمود که امام دوازدهم همانا صاحب عصر، و مهدی موعود است.
در دایره صوفیان نیز منابعی در تایید مهدی بودن امام دوازدهم وجود دارد. ابو بکر بیهقی (وفات ۴۵۸/۱۰۶۶) بیان نموده است که برخی از مشایخ صوفیه نظر امامیه در مورد هویت مهدی و غیبت او را قبول دارند. صوفی ایرانی، صدر الدین ابراهیم الهموی (اواخر ساده ۷/۱۳) از نظر امامیه در کتابش، فرائض السیمتین پشتیبانی نمود. صوفی مصری، الشعرانی، با وجود اینکه عموماً هیچ موافقتی با شیعه نشان نمی‌داد، در کتاب یواقیت و الجواهر (نوشته شده در سال ۹۵۸/۱۵۵۱) تصریح نمود که مهدی پسر امام حسن عسکری است که در سال ۲۵۵/۸۶۹ به دنیا آماده است و تا زمان ملاقات با عیسی زنده خواهد ماند.
علی بن ابی‌طالب (به عربی: علي بن أبي طالب؛ ۱۳ رجب ۳۰ عام‌الفیل – ۲۱ رمضان ۴۰ هجری) امام اول تمامی شاخه‌های مذهب شیعه، خلیفهٔ چهارم از خلفای راشدین اهل سنت، و پسرعمو و داماد محمد، پیامبر اسلام، است. پدرش ابوطالب و مادرش فاطمه بنت اسد است و او همسر فاطمهٔ زهرا و پدر حسن، حسین، و زینب است. وی از سال ۳۵ تا ۴۰ هجری کمتر از پنج سال به عنوان خلیفه بر خلافت اسلامی جز شام حکومت کرد. او در میان طیف وسیعی از مسلمانان از جایگاه برجسته‌ای برخوردار است به دلیل آنکه اهل سنت او را جزء خلفای راشدین و از صحابهٔ نزدیک پیامبر اسلام می‌دانند و تمامی شاخه‌های مذهب شیعه او را امام می‌دانند.
در کودکی به دلیل بدهکارشدن پدرش، محمد سرپرستی او را بر عهده گرفت. پس از دعوت محمد، علی در سن حدوداً ۹ تا ۱۱ سالگی از اولین ایمان‌آوردندگان به اسلام گشت؛ دعوت او را در یوم الدار قبول کرد و محمد او را «برادر و وصی و جانشین خود» نامید. گفته می‌شود در شب لیلة المبیت به هجرت محمد کمک کرد و محمد پس از مهاجرت به مدینه و ایجاد پیمان برادری بین مسلمانان، او را به عنوان برادر خویش انتخاب کرد او در مدینه در اغلب جنگ‌ها پرچم‌دار سپاه اسلام بود و به دلاوری مشهور گشت.
مسئلهٔ حق وی در خلافت پس از محمد منجر به شکاف اصلی میان مسلمانان و تقسیم آنان به دو گروه شیعه و سنی شد. محمد در بازگشت از حجةالوداع در غدیر خم جملهٔ «هر که من ولی او هستم، این علی ولی او است» را به زبان آورد؛ اما مقصود این عبارت مورد اختلاف شیعه و سنی قرار گرفت. شیعیان بر این اساس معتقد به نصب امامت و خلافت در خصوص علی شدند و اهل سنت آن را به معنای دوستی و محبت علی تفسیر می‌کنند. پس از مرگ محمد، زمانی که علی مشغول کفن و دفن وی بود، جمعی از مسلمانان در سقیفهٔ بنی‌ساعده گرد هم آمدند و بعد از مشورت با یکدیگر دربارهٔ انتخاب جانشین او، سرانجام با ابوبکر به عنوان خلیفه بیعت کردند. علی بن ابی‌طالب در ابتدا از بیعت با ابوبکر سرباز زد؛ ولی سرانجام پس از شش ماه با ابوبکر بیعت کرد. علی در دوران خلافت سه خلیفهٔ اول در جنگ‌ها شرکت نکرد و جز در مورد انتخاب خلیفهٔ سوم فعالیت سیاسی نداشت. البته هر گاه خلفای سه‌گانه می‌خواستند، در امور دینی، قضایی، و سیاسی به آن‌ها مشورت می‌داد.
پس از کشته‌شدن عثمان، او به عنوان چهارمین خلیفهٔ مسلمانان برگزیده شد. دوران خلافت وی با جنگ‌های داخلی میان مسلمانان و شورش‌هایی نظیر شورش ایرانیان همزمان بود. علی با دو نیروی مخالف مجزا مواجه شد: گروهی به رهبری عایشه، طلحه، و زبیر در مکه که خواهان برگزاری شورا برای تعیین خلافت بودند و گروهی دیگر به رهبری معاویه در شام که انتقام خون عثمان را خواستار بودند. چهار ماه پس از خلافت، علی در جمل گروه اول را شکست داد اما سرانجام جنگ صفین با معاویه بی‌نتیجه بود و به حکمیت بر ضد علی تمام شد. سپس در سال ۳۸ هجری با خوارج که از قبول حکمیت توسط علی ناراضی بودند، در نهروان جنگید و آنان را شکست داد. او سرانجام در مسجد کوفه به ضرب شمشیر یکی از خوارج به نام ابن ملجم مرادی کشته شد، در خارج شهر کوفه دفن شد، و بعدها حرم او و شهر نجف پیرامون مدفن او ساخته شدند.
علی‌رغم تأثیر اختلاف‌های مذهبی در تاریخ‌نگاری مسلمانان، منابع توافق دارند که علی شخصیتی عمیقاً مذهبی و سرسپرده به اسلام و حکومت عادلانه مطابق با قرآن و سنت بود. وی سخت‌گیرانه وظایف مذهبی را مراعات می‌کرد و از متاع دنیوی دوری می‌جست. برخی نویسندگان وی را فاقد مهارت و انعطاف‌پذیری سیاسی می‌دانند. به نوشتهٔ مادلونگ خودداری او از مشارکت در بازی جدید فریبکاری سیاسی و فرصت‌طلبی هوشمندانه که در زمان خلافت وی در دولت اسلامی ریشه دوانده بود، هرچند وی را از کامیابی در زندگی محروم ساخت، اما سبب شد در نظر ستایشگرانش به عنوان نمونه‌ای از تقوای اسلام نخستین و فاسدنشده و همچنین فتوت عربی پیش از اسلام جلوه‌گر شود. تعداد زیادی از سخنان کوتاه علی، تبدیل به بخش‌هایی از فرهنگ عمومی اسلامی شده‌است و نویسندگان عرب‌زبان به فصاحت بی‌نظیر خطبه‌ها و سخنان علی اشاره کرده‌اند. چندین کتاب به احادیث، خطبه‌ها، و دعاهای روایت‌شده از وی اختصاص یافته‌است که معروف‌ترین آن نهج البلاغه می‌باشد. همچنین اشعار و نوشته‌های متعدد به زبان‌های مختلف در مدح و بیان جایگاه علی بخشی از ادبیات و فرهنگ دینی ملل مسلمان را تشکیل می‌دهد.
دربارهٔ زندگانی علی گزارش‌های فراوانی در متون تاریخی آمده‌است؛ چنانکه مورخان اسلامی پس از محمد، بیشترین حجم مطلب را به زندگی او اختصاص داده‌اند. از این جهت که شخصیت علی برای مسلمانان (اعم از شیعه و سنی) دارای اهمیت مذهبی، سیاسی، فقهی و روحانی است، زندگی او به طرق مختلف تحلیل و تفسیر شده و اسناد تاریخی موجود نیز تحت تأثیر ملاحظات فرقه‌ای قرار گرفته‌است.
منابع تاریخی دست اول در خصوص زندگی علی قرآن، حدیث و همچنین نوشته‌های تاریخ‌نگاری اولیهٔ مسلمانان است. منابع دست دوم شامل کتاب‌های تاریخی نوشته‌شده توسط مسلمانان سنی و شیعه و نیز مسیحیان عرب و هندوهای ساکن در خاورمیانه و آسیا و شمار اندکی از تاریخ‌نگاران نوین غربی است. هرچند بسیاری از منابع اولیهٔ اسلامی تا حدی نسبت به علی رنگ تعصب — در برخی موارد مثبت و در برخی موارد منفی — به خود گرفته‌است
دانشمندان غربی پیشین، غالباً به روایات و گزارش‌های گرد آمده در دوره‌های بعد از اسلام متمایل بودند که شیعه و سنی با توجه به مواضع مذهبی‌شان بیشتر به روایت آن‌ها علاقه داشته‌اند. برخی محققان بر این باورند که این روایات ساختگی هستند. این دیدگاه سبب شده که بسیاری از روایات قطعی نیز به علت متواتر بودنشان در دوره‌های بعد از اسلام، جعلی تلقی شوند. لئون کائتانی گزارش‌های تاریخی منسوب به ابن‌عباس و عایشه را عمدتاً ساختگی می‌پندارد؛ در حالی که روایات بدون سند گزارش‌شده توسط تاریخ‌نویسان اولیه مانند ابن اسحاق را معتبر می‌داند. ویلفرد مادلونگ این دیدگاه را که تنها روایت‌شدن در «منابع اولیه» را ملاک درستی روایات بدانیم و بخش اعظمی از روایات را به بهانهٔ اینکه بعدها توسط شیعه و سنی نقل شده‌اند جعلی تلقی کنیم، رد کرده‌است. به گفتهٔ وی، این دیدگاه کائتانی بی‌اساس است. مادلونگ و برخی از مورخان، روایات نقل‌شده در دوره‌های بعد را به خودی خود رد نمی‌کنند؛ بلکه ملاک آن‌ها برای درستی این روایات، سازگار بودن آن‌ها با دیگر حوادث روایت شده‌است.
هنگامی که کتابت بین مسلمانان رواج یافت، جزوه و مقالات متعددی بین سال‌های ۷۵۰ و ۹۵۰ میلادی نوشته شد. به گفتهٔ رابینسون، حداقل ۲۱ گزارش مجزا دربارهٔ نبرد صفین نوشته شده‌است. ابومخنف، یکی از مورخان مشهور این دوره بود که سعی کرد تمام روایات شفاهی را جمع‌آوری کند. مورخان قرن ۹ و ۱۰ میلادی روایات در دسترس را جمع‌آوری، انتخاب و مرتب کردند. با این حال، بسیاری از این کتاب‌ها و مقالات امروز در دست نیست؛ به جز مواردی که بعداً در آثاری مانند تاریخ الرسل و الملوک محمد بن جریر طبری مورد استفاده قرار گرفته‌اند.
نام‌ها و عناوین مختلفی در سنت اسلامی به علی نسبت داده شده‌است که برخی از آن‌ها بیانگر ویژگی‌های شخصی او و برخی مشتق‌شده از قسمت‌های خاصی از زندگی اوست. برخی از این عناوین عبارت‌اند از: ابوالحسن، ابوتراب، مرتضی، اسدالله (شیر خدا)، حیدر (شیر) و به طور خاص در میان شیعه: امیرالمؤمنین و مولی‌المتقین. به عنوان مثال، لقب ابوتراب لحظه‌ای را به یاد می‌آورد که محمد وارد مسجدی شد و دید علی در آنجا که پر از خاک است، خوابیده‌است و محمد به وی گفت ای ابوتراب، برخیز. لئورا وچا ولیری در باب لقب ابوتراب بر این باور است که احتمالاً توسط دشمنان علی به وی داده شده و روایاتی ساختگی در سده‌های بعد به وجود آمده‌است که به این لقب جلوهٔ افتخارآمیز داده شود. شیعیان دوازده‌امامی لقب امیرالمؤمنین را منحصر به علی می‌دانند. و با توجه به احادیثی، این لقب را اعطاشده از طرف خداوند به علی می‌دانند که بنابر برخی گزارش‌های تاریخی شیعی توسط پیامبر اسلام به او در غدیر خم ابلاغ‌شده و از همگان خواسته‌شده تا با لقب امیرالمومنین بر او سلام گویند.
بر طبق منابع تاریخی قدیمی‌تر، علی در روز سیزدهم رجب و حدود سال ۶۰۰ میلادی در مکه متولد شد. پدر وی ابوطالب، رئیس قبیله بنی هاشم، و مادرش فاطمه بنت اسد است. منابع زیادی خصوصاً منابع شیعه نوشته‌اند که وی تنها کسی است که در خانهٔ کعبه به دنیا آمد. علی از طرف پدر و مادر با محمد خویشاوند است. وقتی پدر محمد درگذشت، ابوطالب که عموی محمد بود، قیم وی شد. وقتی که مادر محمد درگذشت، فاطمه بنت اسد نقش مادر را برایش داشت. روبرت گلیو می‌نویسد مسلمان بودن یا نبودن ابوطالب مورد بحث و مناقشه است و وی نمونهٔ خوبی در بحث‌های دین‌شناسی پیرامون وضعیت افراد پرهیزگار درگذشته قبل از رسالت محمد است. فاطمه بنت اسد آشکارا اسلام آورد و مورد توجه محمد بود و گفته می‌شود اولین کسی است که ولایت علی را به رسمیت شناخت.
زمانی که علی ۶ ساله بود، پدرش، ابوطالب که ریاست بنی‌هاشم را بر عهده داشت، دچار مشکل مالی گردید. محمد که خود در کودکی تحت سرپرستی ابوطالب قرار گرفته بود و در این زمان سنش از ۳۰ سال گذشته بود، برای سبک‌کردن بار عائلهٔ وی به او پیشنهاد کرد که سرپرستی علی را او بر عهده بگیرد. ابوطالب پذیرفت و علی از کودکی در خانهٔ محمد، تحت نظر او قرار گرفت.
هنگامی که محمد اعلام دریافت وحی الهی نمود، علی که در آن زمان ۱۰ ساله بود به او ایمان آورد و مسلمان شد.
به گفتهٔ مورخانی چون ابن اسحاق و ابن حزم و محققانی چون جان اسپوزیتو علی اولین مردی بود که اسلام آورد. دانشنامهٔ بریتانیک و جان اسپوزیتو، علی را دومین فرد مسلمان بعد از خدیجه می‌دانند. طبری روایت‌های مختلفی را که هر کدام علی، ابوبکر و زید پسر حارثه را اولین فرد مذکر اسلام‌آورنده معرفی می‌کنند نقل می‌کند و تصمیم نهایی در مورد هویت اولین فرد را به خواننده وا می‌گذارد. طبق برخی منابع (ابن سعد، طبقات الکبری؛ طبری، تاریخ الرسل و الملوک) ابوبکر اولین مردی بود که مسلمان شد. این در حالی است که همین ادعا برای علی و زید بن حارثه هم وجود دارد.
به گفتهٔ لئورا وچا ولیری علی جزء اولین ایمان‌آورندگان بود، چه نفر دوم (پس از خدیجه) چه نفر سوم (پس از خدیجه و ابوبکر) که مورد جدال شیعه و سنی است.
از اسلام‌آوردن تا هجرت
دعوت محمد به اسلام در مکه ۱۳ سال به طول انجامید که از این ۱۳ سال، ۳ سال به طور مخفیانه بود. در پایان این ۳ سال و در ابتدای دعوت علنی، محمد ۴۰ تن از خویشان و بستگان خود از بنی‌هاشم را به میهمانی دعوت کرد. مطابق با روایت تاریخ طبری، ابن اثیر و ابوالفداء، محمد در این میهمانی از خویشانش پرسید چه کسی حاضر است او را در این کار یاری کند و اعلام کرد هر کس او را یاری کند، برادر، وصی و جانشین او خواهد بود. اما هیچ‌یک از بستگانش پاسخ مثبت نداد مگر علی. پیامبر در پاسخ به علی سکوت کرد و برای بار دوم و سوم این درخواست را تکرار نمود که باز تنها علی پاسخ مثبت داد. پس از بار سوم، پیامبر علی را برادر، وصی و جانشین خود خواند در حالی که در آن زمان، علی نوجوانی ۱۳ یا ۱۴ ساله بیش نبود و این کار پیامبر باعث تمسخر او در میان خویشاوندانش و طعنه به ابی‌طالب، پدر علی، شد که در آن مجلس حضور داشت. بدین ترتیب، پیامبر وی را «برادر و وصی و جانشین خود» نامید. محمدحسین طباطبایی در تفسیر المیزان در خصوص شأن نزول آیهٔ انذار (آیهٔ ۲۱۴ سورهٔ شعراء) احادیث مرتبط با این واقعه را بیان کرده‌است.
در این دوران (۶۱۰ تا ۶۲۲ میلادی) که محمد نخستین وحی‌های خود را دریافت می‌کرد، علی به همراه زید بن حارثه، پسرخواندهٔ محمد؛ ابوبکر، از بزرگان قبیله قریش؛ و خدیجه از یاران وفادار محمد بودند. او کمک کرد که هستهٔ اولین جامعهٔ اسلامی شکل بگیرد. در این سال‌ها، وی بیشتر وقت خود را صرف تأمین مایحتاج مؤمنان در مکه به‌خصوص فقرایشان از طریق تقسیم دارایی خود میانشان و کمک در امور روزمرهٔ آن‌ها می‌کرد.
منابع شیعی و سنی تصدیق می‌کنند که حوادث رخ‌داده در سال ۶۲۲ میلادی، مهمترین بخش از زندگی محمد را تشکیل می‌دهد. محمد که می‌دانست دشمنانش در حال کشیدن نقشه برای قتل وی بودند، از علی خواست که به جای وی در بسترش بخوابد. شبی که محمد از مکه به مدینه هجرت کرد، علی جان خود را به خطر انداخت و در بستر محمد خوابید.محمد به همراه ابوبکر مخفیانه مکه را ترک کرد و چندین روز بعد به یثرب، که زین پس مدینه نامیده شد، رسید و این هجرت، مبدأ تقویم هجری گردید. وقتی دشمنان با خنجرهای آخته وارد خانهٔ محمد شدند، از دیدن علی بسیار شگفت‌زده شدند و به وی آسیبی نرساندند. بنا بر تفسیر سید محمدحسین طباطبایی در المیزان، آیهٔ ۲۰۷ سورهٔ بقره به این امر اشاره دارد: «از مردم کسانی هستند که جان خود را در راه جلب رضایت خداوند تقدیم می‌دارند و خداوند به بندگان خود رئوف است». علی در انتظار فرمان جدید، چند روز دیگر در کنار خانوادهٔ محمد ماند. محمد از علی خواست که اموالی را که قبلاً مردم به وی به امانت داده بودند به صاحبانش باز گرداند و علی این کار را انجام داد. پس از انجام این کار، علی مکه را به مقصد مدینه ترک کرد. به دستور محمد، علی به قبا در حومهٔ شهر مدینه رفت. طبق برخی منابع، علی یکی از اولین کسانی از مهاجرین بود که به مدینه رفت. در این زمان وی ۲۲ یا ۲۳ سال داشت.
مدت کمی پس از رفتن علی به مدینه، محمد به علی گفت که خداوند به وی فرمان داده‌است که دخترش، فاطمهٔ زهرا، را به ازدواج وی درآورد. با اینکه چندهمسری مجاز بود، علی در زمان حیات فاطمه، با زن دیگری ازدواج نکرد. ازدواج علی با فاطمه، دارای اهمیت معنوی خاصی برای تمام مسلمانان است. زیرا به عنوان ازدواجی میان مهمترین شخصیت‌های مقدس از خویشان محمد تلقی می‌گردد. محمد که تقریباً هر روز به دیدار دخترش می‌رفت، با این ازدواج به علی نزدیک‌تر شد و یک بار به وی گفت که تو برادر من در این دنیا و آخرت هستی. پس از مرگ فاطمه، علی با زنان دیگری ازدواج نمود و صاحب فرزندان بسیار دیگری شد. خانواده‌ای که از ازدواج این دو تشکیل شد، مکرراً از سوی محمد مورد ستایش قرار می‌گرفت و محمد از آن در واقعه‌هایی مانند رویداد مباهله و حدیث آل عبا، به عنوان اهل بیت یاد کرد. در قرآن نیز در موارد متعددی مانند آیهٔ تطهیر، از اهل بیت به بزرگی یاد شده‌است.
علی در این دوران از سوی محمد، چندین مأموریت مهم را عهده‌دار شد. محمد وی را به عنوان یکی از کاتبان متن قرآن منصوب کرد. نقش علی در تدوین نسخهٔ مکتوب قرآن، یکی از مهمترین مشارکت‌های وی در اسلام محسوب می‌گردد. پس از هجرت، محمد هنگامی که میان مهاجرین و انصار پیوند برادری می‌بست، علی را به عنوان برادر خویش برگزید. علی در سال ۹ هجری، نویسندهٔ متن صلح حدیبیه بود. در سال ۶۳۰ میلادی، سال قبل از فتح مکه، هنگامی که ابوبکر حج را رهبری می‌کرد، محمد سورهٔ «برائت از مشرکان (توبه)» ر توسط علی به مکیان ابلاغ کرد. یک سال بعد از آن محمد، علی را برای گسترش تعالیم اسلام، به یمن فرستاد. علی کسی بود که برای شکستن بت‌های درون کعبه و دیگر بت‌هایی که توسط قبیله‌های اوس و خزرج و طیء پرستیده می‌شد، انتخاب شد. همچنین علی مأموریت یافت تا کشمکش‌ها را حل و فصل و شورش‌های قبائل گوناگون را سرکوب کند.
علی به جز جنگ تبوک در تمام غزوه‌ها شرکت داشت. او معمولاً علم‌دار سپاه محمد بود و در دو غزوه (خیبر در سال ششم هجری و یمان به سال ده هجری) فرمانده سپاه اسلام بود. شجاعت علی در سفرهای نظامی به افسانه مبدل گشت. وی به همراه حمزه، ابودجانه و زبیر به خاطر حملاتش به دشمن شناخته می‌گردد. گفته می‌شود که در جنگ بدر به تنهایی بیش از یک‌سوم افراد دشمن را کشت. در سال ۵ هجری، او به دست خود، دشمنانی را که از سوی محمد به مرگ محکوم شده بودند، اعدام کرد و به همراه زبیر، بر کشتار قبیلهٔ بنی‌قریظه نظارت نمود. او قاطعانه در جنگ‌های احد مصادف با ۶۲۵ میلادی و حنین مصادف با ۶۳۰ میلادی از محمد محافظت کرد. پیروزی مسلمانان در جنگ خیبر را به شجاعت وی نسبت می‌دهند. علی در آهنین و سنگین خیبر را به عنوان سپر خود به کار برد، طبق روایتی، جبرئیل به رزم علی و شمشیرش ذوالفقار که از محمد گرفته بود، اشاره کرد و به محمد گفت «جوانمردی جز علی و شمشیری جز ذوالفقار وجود ندارد». علی با جنگجوی بزرگ قریش، طلحه بن ابی‌طلحه جنگید. طلحه مدام رجز می‌خواند که هر مسلمانی را که به مصافش بیاید شکست می‌دهد. وقتی طلحه از علی شکست خورد، با بیان جمله «کرم الله وجهه» از وی تقاضای رحمت کرد. این دعای خیر، یکی از القاب علی گردید که بیشتر توسط اهل سنت به کار برده می‌شود. این عبارت که معمولاً با کلمات دیگری همراه می‌شود، به منظور درود فرستادن و دعای خیر کاربرد دارد.
در سال ۶۳۰ میلادی مردم مکه تسلیم شدند و محمد مکه را فتح کرد. وی از علی خواست تا ضمانت کند که این پیروزی بدون خون‌ریزی خواهد بود چرا که محمد مسلمانان فاتح را از انتقام‌گیری از مکیان مغلوب منع کرده بود. محمد به وی دستور داد تا کعبه را بت‌های دوران جاهلیت پاک کند.
هنگامی که محمد از آخرین حج خود در سال ۶۳۲ میلادی باز می‌گشت، خطابه‌ای در مورد علی ایراد نمود که توسط شیعه و سنی بسیار متفاوت تفسیر شده‌است. مطابق با روایت هر دو گروه محمد گفت که علی وارثش و برادرش و کسی است که هر کس پیامبر را به عنوان مولایش (رهبر یا دوست قابل اعتماد) بپذیرد (کلمهٔ مولا مرتبط است با ولایت (به کسر واو) یا وَلایت (به فتح واو) که حکومت، شروع مبادرت، غلبهٔ معنوی و قدرت معنی می‌دهد) باید او را نیز به عنوان مولایش بپذیرد. شیعیان این بیان را به معنی تعیین علی به جانشینی پیامبر و اولین امام می‌دانند. در مقابل اهل سنت این بیان را تنها اظهار نزدیکی پیامبر به علی می‌دانند و نیز اظهار خواسته‌اش که علی به عنوان پسرعمو و فرزندخوانده‌اش جانشین او در مسئولیت‌های خانوادگی‌اش پس از مرگ شود.
به گفتهٔ دکاکه در دانشنامهٔ ایرانیکا، اولین منبع تاریخی که به غدیر خم اشاره می‌کند یعقوبی، مورخ شیعه در نیمهٔ دوم قرن سوم هجری، است و اولین آثار ادبی قابل تاریخ‌گذاری بجامانده، مجموعهٔ اشعاری از نویسندگان شیعه در قرن دوم هجری است. نکتهٔ قابل توجه این است که در میان دلایلی که علی در کتاب نهج البلاغه برای بر حق بودنش ذکر می‌کند، اشاره‌ای به غدیر خم نیست. اما چنین به نظر می‌رسد که از حدود قرن دوم هجری حدیث غدیر خم به عنوان یکی از دلایل مهم برای اثبات بر حق بودن علی بر جانشینی محمد به کار رفته‌است. بنا بر پژوهش دکاکه، حدیث غدیر خم در برخی از منابع شیعه و برخی از منابع سنی آمده اما نقل یا عدم نقل آن بر مبنای دسته‌بندی مذهبی نبوده‌است. طبق بررسی وی این حدیث از سدهٔ نخست در میان مسلمانان مطرح بوده اما در زمان سه خلیفهٔ نخست در اختلافات مذهبی و یا سیاسی میان هواداران و مخالفان علی به آن چندان استناد نمی‌شده‌است. در زمان جنگ‌های میان مسلمانان در دوران خلافت علی، این حدیث دارای اهمیت مذهبی به خصوص در رابطه با موضوع ولایت شد و حامیان علی در تثبیت مشروعیت وی به آن استناد کردند. به گفتهٔ مادلونگ در همین دوران، علی در کوفه با استناد به این واقعه بر برتری جایگاه خود بر خلفای پیشین تأکید کرد. این حدیث در برخی منابع تاریخی اهل سنت نظیر سیرهٔ ابن هشام، تاریخ طبری و طبقات ابن سعد نیامده، اما در انساب الاشراف بلاذری ذکر شده‌است. بیشترین نقل این روایت به مسند احمد بن حنبل مربوط می‌شود. از مورخان و محدثان متأخر اهل سنت، ابن عساکر و ابن کثیر حدیث را نقل کرده‌اند. از منابع شیعهٔ دورهٔ امویان، هاشمیات کمیت بن زید اسدی و کتاب سلیم بن قیس هلالی حدیث را آورده‌اند. حال آنکه در منابع حدیثی شیعه که از قرن سوم به بعد گردآوری شده‌اند نظیر اصول کافی چندان به آن پرداخته نشده‌است و صرفاً برای تثبیت نظریهٔ شیعی نصب امام توسط نص آن را ذکر کرده‌اند. همچنین منابع تاریخی مایل به شیعه در سده‌های نخست چندان به غدیر نپرداخته‌اند. مسعودی در مروج الذهب اصلاً آن را ذکر نکرده و یعقوبی فقط گزارش مختصری از آن آورده‌است. بنا بر تحلیل دکاکه این واقعه بیشتر در آن دسته از منابع تاریخی آمده‌است که مربوط به دورهٔ امویان می‌شود و یا بر منابع این دوره اتکا دارد و در دوره عباسیان از توجه به آن کاسته شده‌است.
از مرگ محمد تا خلافت
پس از مرگ محمد، در حالی که علی، عباس و دو پسرش، فضل و قثم، و دو بردهٔ آزادشدهٔ پیامبر، زید و شغران، به همراه طلحه و زبیر و جمعی از صحابهٔ محمد، مشغول خاکسپاری‌اش بودند، گروهی از صحابه در محلی به نام سقیفه بنی ساعده جمع شدند و دربارهٔ جانشین محمد به بحث و جدل پرداختند. نتیجهٔ این بحث و جدل‌ها، انتخاب ابوبکر به عنوان جانشین محمد بود. انصار در سقیفه بنی ساعده از سعد بن عباده حمایت می‌کردند، اما مهاجران این را نپذیرفته و خود را از لحاظ خویشاوندی نزدیک‌تر به محمد می‌دانستند. در میان مهاجران عده‌ای نیز به سرکردگی علی و شامل زبیر، طلحه، عباس بن عبدالمطلب، مقداد، سلمان فارسی، ابوذر غفاری و عمار بن یاسر، علی را وارث مشروع محمد می‌دانستند. دانشنامهٔ ایرانیکا معتقد است تاریخ‌نگاران مسلمان اتفاق نظر دارند که بحران موجود در این برهه، توسط سه تن از مهاجران مشهور به نام‌های ابوبکر و عمر و ابوعبیده جراح برطرف گردید. آنان انصار را جمع کرده و به آن‌ها ابوبکر را تحمیل کردند. حسادت بین دو قبیلهٔ مهم انصار به نام اوس و خزرج و عدم فعالیت بنی‌هاشم در تبلیغ نظرشان، موفقیت این سه تن را تسهیل نمود.
این انتخاب باعث اختلاف بین هواداران ابوبکر و طرفداران علی شد. طرفداران علی قائل بودند که علی توسط شخص محمد به جانشینی انتخاب شده‌است و بنابراین مقام خلافت باید از آن وی باشد. علاوه بر آن، طبری در تاریخ خود نقل کرده‌است که گروهی از مخالفان ابوبکر از جمله زبیر در خانهٔ فاطمه گرد آمدند و عمر با تهدید به آتش زدن خانه، آن‌ها را بیرون کشاند. علی بعداً مکرر می‌گفت که اگر چهل یاور داشت قیام می‌کرد.
هنگامی که این افراد که از اولین مخالفان ابوبکر بودند بتدریج ابوبکر را به رسمیت شناختند، علی تا شش ماه از بیعت با ابوبکر سر باز زد. دانشنامهٔ بریتانیکا می‌نویسد علی پس از اتمام مراسم تدفین محمد، در یک عمل انجام‌شده قرار گرفت ولی اعتراضی نکرد. دانشنامهٔ ایرانیکا می‌نویسد که علی و بنی‌هاشم تا قبل از مرگ فاطمه (حدود شش ماه) از بیعت با ابوبکر سر باز زدند. علی بر روی حقش پافشاری ننمود، چرا که تمایل نداشت امت نوپای اسلام دچار کشمکش گردد.
به گفتهٔ مادلونگ، علی به خاطر خویشاوندی نزدیک و ارتباط صمیمی با محمد، و نیز به خاطر دانش فراوان از اسلام از ابتدا و شایستگی در به خدمت گرفتن احکام آن، شخصاً به‌شدت معتقد بود که بهترین شخص برای جانشینی محمد است. خط مشی‌هایی که توسط ابوبکر و عمر پایه‌ریزی شده بود، از دیدگاه علی بی‌مورد تلقی می‌شد. او به ابوبکر گفته بود که علت تأخیر در بیعت وفاداریش با ابوبکر به عنوان خلیفهٔ مسلمانان، اعتقاد به ارجحیت تعلق این عنوان به خودش بوده‌است. او این عقیده را هنگامی که با ابوبکر و عمر و عثمان بیعت می‌کرد نیز ترک نکرد. او که معتقد بود جانشین بر حق محمد است، هنگامی که مطمئن شد همه از او روی گردانده‌اند، برای حفظ وحدت اسلام با ابوبکر بیعت نمود. اگر جامعهٔ مسلمانان یا بخش کوچکی از آنان، به او اقبال پیدا می‌کردند، وی دیگر خلافت را تنها «حق» خود نمی‌دانست، بلکه آن را «وظیفهٔ» خود قلمداد می‌کرد. هر چند عباس، عموی محمد، و آنچنان که گفته می‌شود ابوسفیان، از علی خواستند تا جامعهٔ اسلامی را در کنترل خاندان بنی‌هاشم بگیرد، او هیچ تلاشی در این زمینه نکرد. اما بنا بر نقل منابع تاریخی علی بعداً در نامه به معاویه نوشت که علت رد این پیشنهاد بیم پراکندگی امت بوده‌است.
در مورد جانشینی علی، مورخان و دانشوران تاریخ اسلام عموماً یا دیدگاه اهل سنت را پذیرفته‌اند و یا اینکه حقیقت موضوع را غیر قابل کشف دانسته و از آن رد شده‌اند. یکی از مورخانی که از این سنت رایج جدا شده‌است ویلفرد مادلونگ می‌باشد. ویلفرد مادلونگ در دانشنامهٔ اسلام اصلی‌ترین ادعاهای شیعه را دیدگاه خود شخص علی می‌داند زیرا به عقیدهٔ او علی خود را شایسته‌ترین فرد برای خلافت در مقایسه با دیگر صحابه می‌دانست و کل جامعهٔ مسلمانان را به دلیل روی گرداندن از خودش ملامت می‌کرد، اما در عین حال رفتار ابوبکر و عمر در مسند خلافت را می‌ستود و تخریب شخصیت آن‌ها را نکوهش می‌کرد. مادلونگ معتقد است که از آنجایی که در رسوم عربان آن زمان، خصوصاً رسوم قریش، جانشینی موروثی معمول بوده و قرآن بر اهمیت پیوند خونی میان پیامبران و خصوصاً اهل بیت تأکید ورزیده‌است و اینکه انصار از خلیفه‌شدن علی حمایت می‌کردند، ابوبکر می‌دانست که تشکیل یک شورا برای انتخاب خلیفه به انتخاب علی می‌انجامد و به همین دلیل به شکل حساب‌شده‌ای جریان‌های سیاسی را برای خلیفه‌شدن خودش هدایت کرد. از طرف دیگر لئورا وچا ولیری در دانشنامهٔ اسلام این موضوع را که علی واقعاً امید داشت تا جانشین پیامبر شود، مورد تردید می‌داند زیرا اعراب طبق سنت، رئیس خود را از میان ریش‌سفیدان انتخاب می‌کردند و علی در آن زمان تنها کمی بیش از سی سال سن داشت و اعتبار لازم برای جانشینی محمد را طبق سنن اعراب نداشت. ولیری معتقد است که شیعیان با حدیث‌سازی یا تفسیر به مطلوب کلمات منتسب به محمد، بر این موضوع پای می‌فشارند که پیامبر قصد داشته تا علی را به عنوان جانشین خود برگزیند، حال آنکه جای هیچ شکی نیست که در هنگام واپسین بیماری، محمد سخنی در مورد جانشین خود بیان ننمود.
ویلفرد مادلونگ می‌نویسد، علی نمی‌توانسته که بر مبنای قرابت خویشاوندی با محمد، امیدوار به خلیفه‌شدن بعد از عمر بوده باشد. زیرا قریش از جمع‌شدن پیامبری و خلافت در یک قبیله حمایت نمی‌کردند. وی معتقد است که این مهم از سنخ «کودتای صورت‌گرفته توسط ابوبکر و عمر» در سقیفه بنی‌ساعده نیست، بلکه از حسادت عمیق قریش نسبت به علی نشئت می‌گیرد. بنابراین تنها شانس علی برای شرکت در امور مسلمین، مشارکت کامل وی در اهل شورا می‌توانست باشد که توسط عمر پایه‌ریزی شده بود. ابن‌عباس روایت می‌کند که در جایی عمر به وی گفته که علی در واقع شایسته‌ترین شخص برای جانشینی محمد بوده، اما ما از وی به دو دلیل ترسیدیم. وقتی ابن‌عباس مشتاقانه از عمر در مورد این دو دلیل سؤال می‌کند، عمر در پاسخ به وی می‌گوید، اولی جوان بودن و دومی علاقهٔ زیاد علی به خاندان بنی‌هاشم. بر اساس این روایت، تمامی آرزوهای علی و هوادارانش برای احراز خلافت به ناامیدی مبدل گردید. عمر در خلال این پاسخ، به سقیفه بنی‌ساعده اشاره می‌کند. در این اشاره، عمر به عقیده‌اش دربارهٔ تشکیل شورا به عنوان مبنایی برای تعیین خلیفه اشاره کرده و عملاً، از این به بعد، هر گونه تعیین خلیفه بدون مشورت را تقبیح می‌نماید. بنابراین با این کار، خلافت نمی‌توانست در انحصار قبیله‌ای خاص باشد و به تمامی قریش تعلق داشت.
علی در این دوران زندگی منزویانه‌ای در پیش گرفت و عمدتاً به فعالیت‌های مذهبی مشغول بود. او خود را وقف مطالعه و آموزش قرآن کرد. اولین قرآن جمع‌آوری‌شده از لحاظ تاریخی، به وی نسبت داده می‌شود. دانش وی از قرآن و سنت به کمک خلفای پیشینش در مسائل شرعی می‌آمد. او به ابوبکر و عمر در امور مربوط به دولت نیز مشاوره می‌داد. علی در جنگ‌های رده و فتوحات مسلمانان شرکت نکرد. کارهای انجام‌شده توسط علی بعد از خلافتش، نشانگر این است که وی با سیاست‌های خلفای پیشینش موافق نبود. عدم موافقت وی با سیاست‌های خلفای پیشین را می‌توان از جوابش به عبدالرحمن بن عوف در شورای انتخاب خلیفه مبنی بر پذیرش قرآن و سنت و سیاست‌های ابوبکر و عمر حدس زد.
دانشنامهٔ بریتانیکا می‌نویسد علی خلافت عمر را پذیرفت و حتی دخترش، ام کلثوم، را به ازدواج وی درآورد.
پس از مرگ فاطمه، علی در زمان خلافت عمر نیز، میراث پدری فاطمه را مطالبه کرد؛ اما پاسخ عمر همان پاسخ ابوبکر بود. البته عمر حاضر شد برخی از املاک مدینه را که جزء ارث فاطمه محسوب می‌شد، به پسران عباس بن عبدالمطلب بازگرداند که نمایندهٔ بنی‌هاشم بودند. ولی املاک فدک و خیبر کماکان به عنوان املاک دولتی باقی ماند و به بنی‌هاشم عودت داده نشد.
به نوشتهٔ برخی مورخان مسلمان، علی از مشاوران عمر بود. مشاوره‌های علی بیشتر در مورد امور شرعی و بخاطر احاطه‌اش بر قرآن و سنت بود. هرچند جای تردید است عمر توصیه‌های سیاسی علی را پذیرفته باشد یا نه. در طول زمامداری عمر و عثمان، علی هیچ سمت رسمی اداری، نظامی، یا سیاسی را قبول نکرد، به جز سمت نیابت شهر مدینه در زمانی که عمر به سفر فلسطین و سوریه رفته بود، در دوران خلافت عمر و عثمان او در هیچ‌یک از جنگ‌های این دو خلیفه حضور نداشت.
کائتانی بر این باور است که ابولؤلؤ (قاتل عمر) تنها مجری توطئهٔ قتلی بوده‌است که از سوی اصحابی چون علی، طلحه، و زبیر طراحی شده بود و عبید الله بن عمر (که در جنگ صفین در سال ۳۷ هجری کشته شد) به این توطئه معتقد بوده اما دست به عملی دیوانه‌وار (کشتن هرمزان و دخترش) زده‌است. دانشنامهٔ اسلام معتقد است محققانی چون لاوی دلا ویدا و مادلونگ نشان داده‌اند که این دیدگاه کائتانی بی‌پایه و اساس است.
در هنگام مرگ عمر، شورایی برای انتخاب خلیفهٔ بعدی تشکیل شد. اعضای این شورا شامل علی، عثمان، طلحه، زبیر، عبدالرحمن بن عوف و سعد بن ابی وقاص بودند. از آنجایی که طلحه دقیقاً بعد از انتخاب عثمان به مدینه بازگشت، سعد بن ابی وقاص به عنوان نمایندهٔ رسمی وی در شورای انتخاب خلیفه حضور داشت. علی و عثمان دو نامزد نهایی بودند، ولی در نهایت، رأی به نفع عثمان اعلام گشت. عثمان برادرزن عبدالرحمن بن عوف بود. علاوه بر این، عمر به عبدالرحمن بن عوف در انتخاب خلیفهٔ بعدی، اختیارات بیشتری داده بود و در هنگام خلافتش نیز به رأی او تکیه داشت. علی به اتکای قرابت خویشاوندی‌اش با محمد، ادعای خود برای خلافت را قاطعانه مطرح کرد. در حالی که عثمان، نامزدی خود را منفعلانه پیش می‌برد. عبدالرحمن بن عوف، علاوه بر صحبت جداگانه با دو نامزد، شبانه با سران قریش مشورت کرد و از حمایت قاطع آنان از عثمان مطلع شد. قبیلهٔ بنی‌امیه با وجود عثمان به عنوان نامزد خویشاوند، دیگر لزومی به حمایت از علی ندیدند که نسبت خویشاوندی دورتری به آن‌ها داشت. قبیلهٔ بنی‌مخزوم نیز علیه علی، از عثمان حمایت کردند. عبدالله بن ابی ربیعه، رهبر بنی‌مخزوم و فرمانروای الجند، به عبدالرحمن بن عوف هشدار داد که اگر با علی بیعت کند با نافرمانی قبیله‌اش و اگر با عثمان بیعت کند با اطاعت قبیله‌اش مواجه خواهد شد. در واقع علی در شورای انتخاب خلیفه، حامی نداشت. علی و عثمان هر دو در صورت عدم موفقیت در انتخاب، به انتخاب دیگری راضی بودند. بر حسب بعضی روایات، علی موفق شد که عبدالرحمن بن عوف را متقاعد کند که به جای حمایت از عثمان، از وی حمایت کند. گرچه این مهم را می‌توان در خوشبینانه‌ترین حالت، حمایتی ضعیف به حساب آورد. علاوه بر این، زبیر که بعد از مرگ محمد از حامیان علی بود، در اینجا از عثمان حمایت می‌کرد. بنابراین عبدالرحمن بن عوف، دلیلی قاطع برای صدور رأی به نفع عثمان داشت. او رأی خود را در مسجد و در ملأ عام و با حضور هر دو نامزد اعلام کرد. بنابراین فشار زیادی بر روی علی وجود داشت که همان جا بیعت خود با عثمان را اعلام کند و او با اکراه موافقت کرد.
ویلفرد مادلونگ می‌نویسد، گرچه ممکن بود عمر نگران احتمال انتخاب علی به عنوان خلیفه باشد، اما مدرکی وجود ندارد که وی مستقیماً خواسته باشد تا بر شورا علیه علی تأثیر بگذارد. او چند وقت قبل در حضور عبدالرحمن بن عوف به او در مورد آرزوی قبیلهٔ بنی‌هاشم در مورد «حق خلافت انحصاری» این قبیله و «حق پای‌مال‌شده» علی، هشدار داده بود. چنین فکری بدون شک در اذهان عمومی نیز وجود داشته‌است. علاوه بر این، قتل عمر در مدتی اندک پس از آن، هر گونه مصالحه بین حامیان خلافت قریش و علی را منتفی می‌نماید. عبدالرحمن بن عوف به طور کامل بر احساسات عمر آگاه بود. او ممکن است نام خود را از میان نامزدهای خلافت بیرون کشیده باشد تا بتواند رأیی قاطع جمع‌آوری کرده و از آن علیه علی استفاده کند. اما به نظر می‌رسد که این عمل ابتکار خودش باشد، نه یک عمل تمرین‌شدهٔ پیشنهادی از سوی عمر.
عبدالرحمن بن عوف سه شرط عمل به قرآن، سنت محمد، و روش خلفای پیشین را به علی عرضه کرد که علی تنها دو شرط اول را پذیرفت؛ در حالی که عثمان هر سه شرط را پذیرفت. بنا بر روایت شرح نهج البلاغه ابن ابی الحدید، علی در این هنگام به برتری خود در امر خلافت تأکید کرد؛ اما چون اقبال عمومی به عثمان بود، ناچار شد که با وی بیعت کند.
عثمان به بنی‌امیه که قوم و خویشش بودند بیش از حد امتیاز می‌داد، به طوری که نفوذ آنان روی وی سبب شد که با صحابهٔ محمد مانند ابوذر غفاری، عبدالله بن مسعود، و عمار بن یاسر بدرفتاری کند. این موضوع و مسائل دیگر خشم مردم در مناطق مختلف حکومت اسلامی را در سال‌های ۶۵۰ و ۶۵۱ میلادی برانگیخت. بعد از اینکه مروان بن حکم عموزادهٔ عثمان به عنوان مشاور وی انتخاب شد، تسلط مروان بر وی باعث اعتراض بسیاری از صحابهٔ محمد به‌خصوص اعضای شورای انتخاب عثمان گردید. بسیاری از آنان به عثمان اعتراض نموده و حمایت خود را از وی قطع کردند.
بنا بر نظر سید حسین نصر در دانشنامهٔ بریتانیکا، بر طبق منابع شیعی، علی عثمان را به عنوان خلیفه به رسمیت می‌شناخت. اما موضع بی‌طرفی را بین هواداران و مخالفان وی اتخاذ کرده بود. بنا بر نظر رابرت گلیو در دانشنامهٔ اسلام، علی حداقل به لحاظ معنوی سردستهٔ مخالفان عثمان بود. در دوران خلافت عثمان، علی به همراه صحابهٔ دیگری از محمد از جمله طلحه و زبیر از منتقدان عثمان بود. او عنوان می‌داشت که عثمان از سنت پیامبر دچار انحراف شده‌است. مهمترین موارد اختلاف با عثمان بر سر اجرای حدود اسلامی بود. علی اصرار داشت که «حدود الهی» باید اجرا شود. از جمله در قضیهٔ شرب‌نوشی ولید، حاکم کوفه، گفته می‌شود حد به دست خود علی اجرا شد. در قضیهٔ تبعید ابوذر، با وجود ممنوعیت تعیین‌شده توسط عثمان، علی با فرزندانش ابوذر را بدرقه کرد. همچنین به نوشتهٔ پوناوالا در دانشنامهٔ ایرانیکا، به روایت ابن اعثم علی می‌دانست که عثمان جرئت نداشت که بر ضد وی عمل کند. در چند موقعیت، علی با عثمان بر سر اجرای حدود اسلامی اختلاف نظر داشت. علی علناً نسبت به ابوذر غفاری اظهار همدردی کرده و قاطعانه در دفاع از عمار بن یاسر سخن رانده بود.
مردم در برخی از شهرها و مناطق علیه عثمان شورش کردند و به سوی مدینه رو آوردند. عثمان در ابتدا حکم مجازات شورشیان را صادر کرد اما وقتی توسط پیک سریعی که عبدالله بن سعد فرستاده بود، از قصد شورشیان آگاه شد، چون نمی‌خواست که راه برای خشونت دیگر قشرها باز شود، تمایلی به پذیرش شورشیان نشان نداد. پس به دیدار علی رفت و از او خواست که با شورشیان دیدار کرده و آن‌ها را به بازگشت به شهر و دیارشان وادارد. عثمان ضمن اینکه خود را از این پس ملزم به پیروی از توصیه‌های علی می‌کرد، به وی اختیار تام داد تا هر گونه که می‌خواهد با شورشیان مذاکره کند. علی به وی یادآوری کرد که قبلاً هم با وی در این باره صحبت کرده بود، ولی عثمان ترجیح داده که از مروان بن حکم و بنی‌امیه حرف‌شنوی کند. عثمان قول داد که از این پس، از آنان روی گردانده و از علی حرف‌شنوی کرده و دستور داد که دیگر انصار و مهاجران به علی بپیوندند. او همچنین از عمار خواست که به این گروه بپیوندد ولی وی این پیشنهاد را رد کرد.
علی در این زمان بدون آنکه مستقیماً با عثمان مخالفت کند، تأثیری بازدارنده بر وی داشت. او انتقادات دیگر صحابه را به گوش عثمان می‌رساند و از جانب عثمان با مخالفانی که از دیگر استان‌ها به مدینه آمده بودند، مذاکره کرد که به نظر می‌رسد این امر سبب بروز بدگمانی بین علی و اقوام عثمان گشت. بعداً که شورشیان منزل عثمان را محاصره کردند، علی با اصرار بر اینکه عثمان نباید از آب منع شود، تلاش کرد تا از شدت حصر بکاهد. وقتی عثمان در معرض خطر حمله قرار گرفت، علی پسرانش را به منظور محافظت از خانهٔ وی روانه کرد. وقتی عثمان را شورشیان کشتند، علی پسرانش را به دلیل محافظت نامناسب از خانهٔ عثمان مؤاخذه کرد.
پس از کشته‌شدن عثمان به دست شورشیانی از مصر و کوفه و بصره، نظرها بر علی و طلحه بود. در میان اهالی مصر، حامیانی برای طلحه که به عنوان مشاورشان فعالیت می‌کرد و کلیدهای خزانه را در اختیار داشت، وجود داشت. در حالی که بصریان و کوفیان که به مخالفت‌های علی با ظلم و بیداد توجه داشتند و اکثر انصار، آشکارا تمایل بر خلافت علی داشتند و بالاخره حرف آنان به کرسی نشست. در این میان مالک اشتر که رهبر کوفیان بود، به نظر می‌رسد که نقش اصلی را در تأمین امنیت برای خلیفه‌شدن علی داشته‌است.
علی و پسرش، محمد حنفیه، در مسجد بودند که خبر کشته‌شدن عثمان به گوششان رسید. آن‌ها سریعاً مسجد را به قصد خانه ترک کردند. بر طبق روایت محمد حنفیه، اصحاب بسیاری با علی ملاقات کرده و خواستند با وی بیعت کنند. در ابتدا علی مخالفت کرد، ولی بعداً گفت که هر گونه بیعت باید در ملأ عام و در مسجد باشد. صبح روز بعد، شنبه، علی به مسجد رفت. وی با هوادارانش به سمت بازار رفت و آن‌ها به وی اصرار کردند که خلافت را بپذیرد. علی وقتی به کنار خانهٔ عمر بن محصن انصاری رسید، اولین بیعت‌ها را دریافت کرد. روایات کوفی حاکی از این است که مالک اشتر اولین کسی بود که با وی بیعت نمود.
به نظر می‌رسد که علی شخصاً از اعمال فشار بر روی دیگران برای بیعت با خودش، خودداری می‌کرد. وقتی سعد بن ابی‌وقاص برای بیعت با علی آورده شد، گفت تا پیش از اینکه مردم با علی بیعت کنند، با وی بیعت نخواهد کرد. اما به علی اطمینان داد که دلیلی برای ترسیدن از وی وجود ندارد. علی دستور داد تا بگذارند که سعد برود. سپس عبدالله بن عمر آورده شد. وی نیز گفت که قبل از اجماع مردم بر علی، با وی بیعت نمی‌کند. علی از وی ضامنی خواست تا عبدالله پس از بیعت مردم، فرار نکند و عبدالله درخواست علی را رد کرد. مالک اشتر به علی گفت که عبدالله از شلاق و شمشیر تو در امان است؛ او را به من واگذار. علی به مالک گفت که رهایش کن که من ضامن او هستم. علی گفت که همیشه عبدالله را چه در بچگی و چه در بزرگسالی، فردی ستیزه‌جو دیده‌است. مخالفت عبدالله بن عمر، بر خلاف مخالفت سعد بن ابی‌وقاص و بر ضد علی بود. پس از برگزیدگی علی، عبدالله پیش وی آمد و گفت که ای علی از خدا بترس و بدون مشورت، زمام امور مسلمین را بر عهده مگیر. سپس عبدالله، به مکه رفته و به مخالفان علی پیوست.
انتخاب علی به عنوان خلیفهٔ جدید، در جوی انجام گرفت که پر از التهاب و ترس و وحشت بود. کائتانی معتقد است، این انتخاب بدون موافقت قبلی صحابیون نامدار محمد که قطعاً وقایع قتل عثمان را پیش‌بینی می‌کردند، صورت گرفت. دانشنامهٔ اسلام معتقد است که انتخاب علی به عنوان خلیفه، به این دلیل نبود که وی و خانواده‌اش جایگاهی بالا داشتند یا به این دلیل که وی وفادار به محمد بوده‌است، بلکه بیشتر به این خاطر بوده که انصار که نفوذ دوبارهٔ خود در شهرشان، مدینه، را بازیافته بودند، وی را حمایت کردند و از طرف دیگر بنی‌امیه نیز دچار پریشانی و اغتشاش شده بودند. اما دولت نوپای علی از همان بدو تأسیس مورد حملهٔ صحابیونی قرار گرفت که به آرزوهایشان نرسیده بودند و نیز مورد حملهٔ معاویه که تنها والی از بنی‌امیه بود که توانسته بود کنترل مقر امارتش، شام، را حفظ کند.
علی پس از برگزیده‌شدن به خلافت از قاتلان عثمان و همچنین از فرقه‌ای که برای او جایگاه فوق بشری قائل بودند دوری جست.
هنگامی که علی به خلافت رسید، مرزهای اسلامی از غرب تا مصر و از شرق تا ارتفاعات شرقی ایران پیش رفته بود. اما اوضاع حجاز در این ایام، ناآرام بود. از اقدامات مهم علی پس از رسیدن به خلافت، عزل والیانی بود که قبلاً عثمان آن‌ها را منصوب کرده بود. او کسانی را که از نظرش قابل اعتماد بودند، به جای برکنارشدگان گماشت. در هنگام عزل و نصب والیان، ابن‌عباس و مغیرة بن شعبه وی را به احتیاط و عملکرد مصلحت‌آمیز دعوت کردند. اما علی به حرف این دو عمل نکرد. ویلفرد مادلونگ معتقد است که علی عمیقاً از وظیفهٔ اسلامی خود آگاه بود و در راه حفظ شریعت اسلام، حاضر نبود که مصلحتی را بر حقی مقدم بشمارد؛ به طوری که حتی حاضر بود در این راه با مخالفانش پیکار کند.
علی پس از رسیدن به خلافت تمامی اموال و زمین‌ها و بخشش‌هایی را که عثمان و خلفای ماقبل در زمان خلافتشان به بعضی از اشراف داده بودند، پس گرفت. وی مخالف تمرکز کنترل خلیفه بر روی درآمدهای استانی بود. او غنائم و بیت‌المال را از انحصار اشراف درآورد و به طور مساوی بین تمامی مسلمانان تقسیم کرد. او همچنین در توزیع بیت‌المال از تعصبات قومی و قبیله‌ای خودداری می‌کرد؛ به طوری که حاضر نشد به برادرش، عقیل بن ابی‌طالب، بیشتر از سهمش از بیت‌المال بدهد. در حکومت وی، تمامی مسلمانان، چه آن‌هایی که سابقه‌ای طولانی در اسلام داشتند و چه آن‌هایی که به‌تازگی مسلمان شده بودند از دیدگاه توزیع بیت‌المال، یکسان نگریسته می‌شدند. ایرا لاپیدوس معتقد است علی که بر مبنای از خودگذشتی‌اش در خدمت به محمد و اسلام ادعای خلافت کرده بود، حال به خاطر اینکه قاتلان عثمان وی را در رسیدن به مسند خلافت حمایت کرده بودند، خود را به خطر انداخته بود. همچنین علی بر خلاف عمر، پیشنهاد داد که تمام درآمدهای دیوانی توزیع گردد و چیزی از آن اندوخته نشود.
پس از خلافت، بسیاری از قبیلهٔ قریش از او روی گرداندند، چون او از حقوق عشیرهٔ بنی‌هاشم که عشیرهٔ پیامبر بود دفاع می‌نمود. همچنین او به این متهم شد که از مجازات قاتلان عثمان خودداری و سمت‌های اداری را از طرفداران عثمان پاک‌سازی کرده‌است. یکی از مهمترین مخالفان علی، معاویه بود. معاویه فرماندار شام و از خویشان عثمان بود که بدین سبب خونخواهی قاتلان عثمان را حق خود می‌دانست.
عایشه که از مخالفان عثمان حمایت می‌کرد پس از طواف خانهٔ کعبه در راه بازگشت به مدینه، خبر قتل عثمان و به خلافت رسیدن علی را شنید. پس به مکه بازگشت و فعالانه دست به عملیاتی علیه علی زد و چهار ماه بعد به طلحه و زبیر پیوست. علاوه بر عایشه، افرادی از بنی‌امیه که از مدینه فرار کرده بودند و طبق نظر روبرت گلیو خلافت را در انحصار بنی‌امیه می‌دیدند و اهدافشان با طلحه و زبیر متفاوت بود، در مکه گرد آمدند. طلحه و زبیر که پیشتر از نیل به آرزوهای سیاسی خود ناامید شده بودند، با مخالفت علی در حفظ حکومت بصره و کوفه برای این دو، ناامیدیشان افزون‌تر گردید. این دو وقتی شنیدند که هوادارانشان در مکه جمع شده‌اند، به بهانهٔ به جا آوردن عمره، از علی اذن خواستند که مدینه را ترک گویند. پس از آن، این دو بیعت خود با علی را شکسته و مسئولیت قتل عثمان را به گردن وی انداخته و از وی خواستند که قاتلان را محاکمه کند.
دانشنامهٔ اسلام می‌نویسد طلحه و زبیر و عایشه اذعان داشتند که حدود باید برای همه به طور مساوی بر پا داشته شود و یک سری اصلاحات باید انجام گیرد. از آنجایی که این سه تن در سرنوشت عثمان به نوبهٔ خود مسئول بودند، علت شورششان در راستای درخواست برای خونخواهی از عثمان و مقصودی که از اصلاحات مد نظر داشتند، مبهم به نظر می‌رسد. مادلونگ بر این باور است که این چند تن کشته‌شدن عثمان را بهانه‌ای برای مخالفت با علی و جاه‌طلبی خود قرار دادند زیرا آن‌ها خلافت علی را با منافع خود سازگار نمی‌دیدند. از سوی دیگر، شورشیان مدعی بودند که خون عثمان نیازی به قصاص ندارد زیرا وی به خاطر عمل‌نکردن به قرآن و سنت محمد کشته شده‌است. لئورا وچا ولیری معتقد است علت واقعی این شورش‌ها، رویکرد بخشایشگر علی نسبت به مقصران قتل عثمان (به گونه‌ای که این طور می‌نمود که مسببان امر مجازات نخواهند شد)، عدم برخورد قاطع علی با معاندانی که تکبر و خطرآفرینی‌شان بسیاری را فراری داده بود، و سیاست عوام‌گرای علی ضد اشرافی‌گری قریش بوده‌است.
پس از آنکه طلحه و زبیر در جمع‌آوری حامیان در حجاز ناکام ماندند، به امید پیداکردن نیرو و منابع لازم برای بسیج‌کردن حامیان عراقی، با چند صد سرباز عزم بصره کردند. ویلفرد مادلونگ تخمین می‌زند که این سه تن، تقریباً چهار ماه پس از خلافت علی در ربیع‌الثانی ۳۶ هجری به همراه حامیانشان، مکه را به سمت عراق ترک کردند. وقتی علی از این موضوع مطلع شد، در معیت سپاهی، رد پایشان را گرفت و تعقیبشان کرد اما به آن‌ها نرسید. علی چاره‌ای نداشت جز آنکه از تصرف عراق به دست این گروه ممانعت کند، چرا که شام فقط از معاویه اطاعت می‌کرد. در مصر نیز هرج و مرج حکمفرما بود. بنابراین با از کف رفتن عراق، عملاً استان‌های شرقی وابسته به آن، شامل ایران، نیز از دست می‌رفت.
شورشیان بصره را تصرف کرده و بسیاری از مردم را کشتند. علی از کوفیان درخواست یاری کرد و به خیانت‌هایی در عراق پی برد. در بصره سپاه عایشه به بیت‌المال حمله برده، محافظانش را کشتند و نیز عثمان بن حنیف، والی منصوب علی، را مجبور کردند که قصر حکومتی را ترک کند و موی سر و ریشش را کندند. علی ترجیح داد به جای اینکه به بصره لشکر کشد، حمایت کوفه را جلب کند. ابوموسی اشعری، والی کوفه، پیش از جنگ جمل با علی بیعت نمود. اما وقتی که جنگ بین طلحه و زبیر و عایشه با علی بالا گرفت، ابوموسی موضعی بی‌طرف اتخاذ کرد و با وجود تحت فشار گذاشتنش، از تصمیمش منصرف نشد. وی مردم کوفه را به بی‌طرفی در جنگ داخلی بین مسلمانان فرا خواند. سرانجام حامیان علی وی را از کوفه بیرون راندند و علی نامه‌ای شدیدالحن به او نوشت و عزلش کرد. نمایندگان علی (مالک اشتر، ابن‌عباس، فرزندش حسن، و عمار بن یاسر) تلاش بسیاری برای جلب حامی برای سپاه علی کردند تا بالاخره ۶ یا ۷ یا ۱۲ هزار نفر را به سپاه علی ملحق کردند. مادلونگ می‌نویسد حسن توانست لشکر شش یا هفت هزار نفره فراهم آورد و آنان را به ذی قار آورد و به علی ملحق شد.
علی به بصره نزدیک شد و باب مذاکرات با طلحه و زبیر و عایشه را باز کرد. همه در آن زمان فکر می‌کردند توافق بین طرفین حاصل شده‌است، اما جنگ بین دو سپاه ناگهان آغاز شد. در منابع دربارهٔ آغازگر جنگ روایات گوناگونی آمده‌است . طبق برخی روایات، علی به لشکریانش دستور داد که جنگی را آغاز نکنند، اما پس از آنکه برخی از حامیان علی کشته شدند، وی خود را مستحق دانست که جنگ را علیه برخی مخالفانش از اهل قبله آغاز کند. آنچه از این روایات بر می‌آید این است که بنا به سنت عرب، جنگ بیشتر شامل نبردهای دو نفره و دوئل‌وار بوده و درگیری گروهی و گسترده در آن به چشم نمی‌خورد. مهمترین بخش جنگ، حول هودج عایشه و شترش در جریان بود. وجه تسمیهٔ این جنگ این است که عایشه در مرکز میدان جنگ و بر روی شتری سوار بود. در اثر جنگیدن محافظان عایشه، شتر او به خون آن‌ها آغشته شده بود. عایشه در این جنگ آسیبی ندید اما جنگ حول شترش بسیار شدید بود. سپاه علی پیروز شد و یاران علی زانوی شتر را قطع کردند و شتر به همراه عایشه به زمین نشست. اما عملاً پیش از این هم جنگ به پایان رسیده بود، چرا که طلحه توسط تیری که بسیاری از منابع آن را کار مروان بن حکم می‌دانند، زخمی شده و پس از آنکه او را به خانه‌ای بردند، درگذشت. روبرت گلیو می‌نویسد انگیزهٔ مروان از این عمل، این بود که وی هیچگاه طلحه را در قتل عثمان بی‌تقصیر نمی‌دانست. زبیر نیز پس از اینکه با علی دیدار کرد و علی وی را به یاد سخنی از محمد در مورد خودش انداخت، در مشروعیت جنبشی که به راه انداخته بود، دچار تردید شد و میدان جنگ را ترک کرد. کسانی از قبیله بنی‌تمیم او را تعقیب کردند و در جای خلوتی به نام وادی السباع به طرز توطئه‌آمیزی کشتندش. احنف بن قیس را از محرکان قتل زبیر دانسته‌اند. روبرت گلیو معتقد است که گرچه در مورد فرار و خیانت و حقارت در این جنگ در منابع اغراق شده، اما این دلایل به خوبی نشان‌دهندهٔ بی‌ثباتی مخالفان علی و حاکی از علت پیروزی آسان علی در این جنگ است. محاسبهٔ آمار دقیق رزمندگان در این جنگ و کشته‌شدگان غیر ممکن است. چرا که منابع در مورد تلفات جنگ، اعدادی بین ۶٬۰۰۰ تا ۳۰٬۰۰۰ تن گزارش می‌دهند. ولیری می‌نویسد عدد ۳۰٬۰۰۰ اغراق است، زیرا شمار افرادی که از مدینه به همراه علی آمدند و افرادی که بعداً به وی پیوستند سر جمع به‌سختی به ۱۵٬۰۰۰ تن می‌رسد.
عایشه بازداشت شد اما با احترام با وی رفتار شد و علی وی را تحت مراقبت به مدینه فرستاد و در این تصمیم سرسخت بود. او به سپاه عایشه امان داد و با برخی از افراد مخالف همچون مروان بن حکم صلح نمود و وی به معاویه در شام پیوست. این عمل علی، باعث بروز ناآرامی‌هایی در سپاهش گردید. مطلبی مهم‌تر که باعث شد تندروان سپاه علی، وی را به خروج از دین متهم کنند، این بود که علی مانع از به کنیزی‌گرفتن زنان و فرزندان و گرفتن اموال کشته‌شدگان جنگ در سپاه عایشه شد و تنها اموالی را که در میدان جنگ به دست می‌آمد، مجاز به گرفتن دانست. آنان از علی پرسیدند که چطور ریختن خون این افراد حلال بوده اما اموالشان حرام است و بعداً خوارج این مسئله را یکی از اتهامات وارده بر علی مبنی بر خروج از دین به حساب می‌آوردند.
از جنگ جمل تا جنگ صفین
علی وارد بصره شد و پول‌هایی را که در بیت‌المال یافت، به طور مساوی میان حامیانش تقسیم کرد. این امر احتمالاً نشانهٔ این است که وی به کهنه‌مسلمانانی که از روزهای اول به اسلام خدمت کرده بودند و تازه‌مسلمانانی که در فتوحات نقش داشتند، یکسان مواجب می‌داد و سپس برای جلب حمایت کوفیان علیه معاویه، به آن شهر رفت. مردم بصره با علی بیعت کردند. علی، ابن‌عباس را والی بصره نمود و زیاد بن ابیه را به دستیاری ابن‌عباس گماشت. به نوشتهٔ ولیری، مالک اشتر به خاطر این موضوع خشمگین شد چرا که پسران عباس، یکی والی بصره، یکی والی مکه، و دیگری والی یمن شده بودند. علی موفق به تشکیل ائتلافی گسترده شد که دو گروه جدید را به حامیانش افزود. اولی قاریان که آخرین امیدشان در بازیابی نفوذ خود را در علی می‌دیدند و دومی رهبران قبائل سنتی که مجذوب مساوات وی در تقسیم غنائم شده بودند. شکل‌گیری موفقیت‌آمیز این ائتلاف را که افراد گوناگونی چون عمار بن یاسر (مهاجر)، قیس بن سعد عباده (انصار)، مالک اشتر (قاریان)، و اشعث بن قیس (رهبر سابق جنگ‌های رده و از رؤسای قبائل کوفی) را در بر می‌گرفت، می‌توان به پای شخصیت فرهمند علی گذاشت.
پس از نبرد جمل، چون علی همچنان به سیاست برابری و عدالت در توزیع مالیات و غنائم پایبند بود، توانست حمایت اصحاب محمد به‌خصوص انصار، رهبران قبائل، و قاریان قرآن را که خواهان داشتن رهبری پیرو احکام اسلام بودند، از آن خود کند.
از جمله تغییراتی که علی در زمان خلافتش انجام داد این بود که جنگجویان مسلمان را از غارت و اخذ غنیمت و تقسیم آن میان خود پس از فتوحات منع کرد. بجای آن مالیات اخذشده از شهرها را به عنوان حقوق و نه غنیمت جنگی و به میزان ثابتی میان جنگجویان توزیع می‌کرد. گزارش شده‌است که این اولین مورد اختلافی بود که میان علی و گروهی که بعداً خوارج را تشکیل دادند، پیش آمد.
علی بی‌درنگ پس از کامیابی در ساکت‌کردن شورش طلحه و زبیر، به شام در شمال سرزمین‌های اسلامی روی آورد. معاویه حاکم سرزمین شام بود. او در زمان عمر به فرمانداری این منطقه گماشته و در زمان عثمان در آنجا تثبیت شده بود. میان شورش‌های طلحه و زبیر با شورش معاویه یک تفاوت اصلی بود که در مورد نخست، طلحه و زبیر به دنبال شورا و برگزیدن یک خلیفهٔ دیگر بودند ولی معاویه ادعا می‌کرد که به خونخواهی عثمان برخاسته‌است و درخواست مجازات قاتلان وی را دارد. دانشنامهٔ ایرانیکا می‌نویسد علی معتقد بود که عثمان به این دلیل کشته شد که مردم به خاطر اعمال مستبدانهٔ وی تحت ظلم بودند. بنابراین آن‌ها مشمول مجازات نمی‌شوند. علی نامه‌ای برای معاویه نوشت و آن را به دست جریر بن عبدالله بجلّی، فرماندار پیشین همدان که از سوی عثمان برگزیده شده بود، داد تا به دست معاویه برساند و از او بیعت بگیرد ولی معاویه به بهانه‌های گوناگون جریر را در آن سرزمین نگه داشت و در این مدت دمشق را آمادهٔ نبرد با علی کرد. علی در این نامه اشاره می‌کند که:
مردمی که با ابوبکر و عمر و عثمان بیعت کردند، هم بدان سان بیعت مرا پذیرفتند، پس کسی که حاضر است نتواند دیگری را خلیفه گیرد و آنکه غایب است نتواند کردهٔ دیگران را نپذیرد . . .
همچنین او در این نامه به معاویه هشدار داد که در صورت زیر پا گذاشتن خواستهٔ عموم مردم و بدعت گذاشتن، با او پیکار خواهد کرد. معاویه به خودمختار بودن شام به رهبری خودش اصرار می‌ورزید ولی علی مدعی بود که تمامی استان‌های حکومت اسلامی، باید به طور مساوی با مشکلات جامعهٔ مسلمانان روبرو شوند. معاویه به بهانهٔ مشارکت نداشتن در انتخاب علی، حامیان شامی خود را بسیج کرده و از بیعت با علی سرباز زد. میان علی و معاویه چندین بار نامه‌نگاری شد و علی از حق قانونی‌اش به عنوان حاکم دفاع کرد. معاویه نامهٔ علی را با دیرکرد پاسخ داد و در این میان خود را آمادهٔ نبرد با او کرد. سپس نامه‌ای به علی فرستاد و به او پیشنهاد کرد که حکومتش را به شرطی می‌پذیرد که در جایگاه خود باقی بماند و فرمانداری مصر را هم در دست بگیرد. چون علی این درخواست را نپذیرفت، معاویه نامهٔ اعلام جنگ و درخواست قصاص قاتلان عثمان را به جریر داد تا به دست علی رساند.
علی با وجود سختی‌های بسیار که در داخل برایش پیش آمده بود توانست در ذیحجهٔ ۳۶ هجری سپاهی در عراق فراهم آورد و آن را روانهٔ صفین کند. چند زد و خورد میان دو سپاه صورت گرفت تا آغاز ماه محرم که جنگ متوقف شد. یک ماه میان دو سپاه گفتگو صورت گرفت ولی هنگامی که کاملاً روشن شد که گفتگو بی‌نتیجه است، در صفر ۶۵۷ میلادی، جنگ دوباره از سر گرفته شد. در مجموع این جنگ سه ماه طول کشید که بیشتر آن به گفتگو میان دو سپاه سپری می‌شد. جنگ برای هر دو گروه بسیار آسیب داشت و نتیجهٔ آن نامشخص بود تا آنجا که پس از یک هفته کارزار سخت، هنگامی که به نظر می‌رسید سحرگاه فردا علی پیروز خواهد شد در شب آخر به نام لیله الهریر (شب ناله)، عمرو عاص به معاویه پیشنهاد کرد که تا سربازانش قرآن‌ها را بر سر نیزه بلند کنند تا در سپاه علی اختلاف و چنددستگی افتد. معاویه که از اختلاف نظرها در سپاه علی آگاه بود از این وضعیت بهره برد و این پیشنهاد را پذیرفت. سپاهیان او قرآن به سرنیزه‌ها آویختند و درخواست کردند تا جنگ ادامه پیدا نکند و در مقابل کار به داوری بر اساس قرآن گذاشته شود. بیشتر سپاهیان علی با دیدن قرآن‌های آویخته شده، دست از جنگ کشیدند. علی به علت اصرار سربازانش، به‌ناچار به حکمیت تن داد.
خاتمهٔ جنگ و حکمیت
دانشنامهٔ ایرانیکا در این باره می‌نویسد، کاملاً روشن بود که درخواست صلح، نه برای علی که برای اهل عراق بود که بیشتر سپاه علی را تشکیل می‌دادند تا از این رهگذر، با دستاویز قرار دادن تعصب مردم در اعتقادات مذهبی، علی را از هوادارانش جدا کند. فریب جنگی این کار برای علی روشن بود اما شمار اندکی از سربازان او می‌خواستند جنگ را ادامه دهند. اشعث بن قیس که قدرتمندترین رهبر قبیله‌ای کوفه بود، به قبول دعوت معاویه اصرار داشت. بر پایهٔ روایت‌ها، وی به علی گفت که «اگر پیشنهاد صلح را نپذیری، یک نفر هم از قبیلهٔ من برای تو نخواهد جنگید». سرباز زدن تودهٔ سپاه علی از ادامه جنگ، عامل تعیین‌کننده‌ای در پذیرش حکمیت از سوی او بود. بیشتر قاریان هم می‌خواستند صلح کنند. علی جنگ را متوقف کرد و اشعث را فرستاد تا از هدف معاویه آگاه شود. معاویه پیشنهاد کرد که هر دو طرف، داوری را برگزینند تا با هم به تصمیمی بر پایهٔ قرآن برسند و این تصمیم برای هر دو بی‌درنگ اجرا شود.
در حالی که در میان سربازان علی بسیاری پذیرفتند که نتیجهٔ جنگ به حکمیت کشیده شود، برخی به این موضوع اعتراض کردند. این گروه بر این باور پابرجا بودند که علی با پذیرش داوری انسان‌ها در میان خودشان، در حالی که داوری از آن خداست، حق خود در فرمانروایی را از دست داده‌است. مادلونگ چنین می‌اندیشند که معاویه با این کار برای خود زمان خرید. در نتیجهٔ این حرکت معاویه، سربازان علی در برابر او برخاستند و علی مجبور شد تا با سربازان خودش هم پیکار کند. او ناچار بود هنگامی که در برابر بزرگترین تهدید حکومت قرار داشت، با رفتارهای دیوانه‌کنندهٔ سربازان خودش ستیز کند. علاوه بر همهٔ این‌ها، آن نشست حکمیت که قرار بود میان دو سپاه صورت گیرد از آغاز به نظر نمی‌رسید که به سود علی تمام شود چرا که به اصرار مردم کوفه، ابوموسی اشعری از سوی سپاه علی به عنوان نماینده برگزیده شده بود، کسی که خود در گذشته با علی مخالفت کرده بود و از سوی دیگر معاویه، عمرو عاص را برگزیده بود. برخی معتقدند که این، ترفندی حساب‌شده از سوی معاویه بود.
دانشنامهٔ ایرانیکا معتقد است که به نظر می‌رسد در این زمان، معاویه هیچ‌گونه توجهی به مسائلی که قبلاً بر روی آن‌ها پافشاری می‌کرد، نشان نمی‌داد؛ مسائلی از قبیل خونخواهی از عثمان یا بازگشت به شورا. اکثر سربازان علی به حکمیت راضی شده بودند و به دنبال حَکَمی بودند که باید با عمرو عاص نمایندهٔ شامیان روبرو می‌شد. این مهم که حکم، نمایندهٔ علی باشد یا نماینده عراقی‌ها که عمدتاً کوفی بودند، شکاف بیشتری در سپاه علی به وجود آورد. اشعث بن قیس و قاریان، ابن‌عباس و مالک اشتر را که انتخاب علی بودند، رد کرده و بر ابوموسی اشعری اصرار داشتند که پیشتر مردم کوفه را از یاری علی باز داشته بود. ترجیح قاریان بر ابوموسی بود چرا که وی حامی خودمختاری استان‌ها بود؛ حال آنکه اشعث بن قیس امید داشت که بتواند بلاتکلیفی بین علی و معاویه را طولانی‌تر کند تا از قدرت‌گرفتن علی جلوگیری کرده و نفوذ گذشتهٔ خویش را باز یابد. علی سرانجام به انتخاب ابوموسی رضایت داد.
تهیهٔ پیش‌نویس توافق تنها زمانی میسر شد که علی پذیرفت از او با عنوان «امیرالمؤمنین» در متن قرارداد یاد نشود. معاویه به این معترض بود که اگر علی به‌واقع خلیفه بود، معاویه هرگز به جنگش نمی‌رفت. بندهای اصلی توافق‌نامه به شرح زیر بودند:
قرآن بین طرفین تصمیم خواهد گرفت.
وظیفهٔ داوران است که به یک توافق لازم‌الاجرا برسند.
داوران باید از قرآن راهنمایی بگیرند و اگر ممکن نبود باید به السنة العادلة الجامعه غیر المفرقه متوسل شوند.
کتاب مجموعه‌ای از صفحات نوشته شده، مصور، چاپ شده یا صفحات خالی (صفحه سفید و نانوشته)؛ ساخته شده از جوهر، کاغذ (ورق)، پوست حیوانات یا مواد دیگر می‌باشد، که معمولا" از یک طرف یا سمت به یکدیگر محکم شده یا متصل می‌گردند. هر صفحه (sheet) در کتاب ، ورق (leaf ) و هر سمت یا یک روی هر ورق ، صفحه نامیده می‌شود.
به مجلّدکردن کتاب به اصطلاح صحافی گفته می‌شود. کتاب در اندازه‌های گوناگون وجود دارد. در ایران قطع رحلی، وزیری و جیبی از معروف‌ترین قطع‌های کتاب است. کوچکترین کتاب دنیاکه یک انجیل است در موزه کلیسای وانک اصفهان نگهداری می‌شود. اولین کتاب به زبان فارسی در هلند به دست یک ارمنی به زیور طبع آراسته شد. از انواع دیگر کتاب، کتاب دیجیتالی (e-Book) است که کتاب در قالب بسته‌های نرم‌افزاری مانند پی‌دی‌اف ارائه شود که وسایلی نیز به نام کتابخوان الکترونیکی مانند آمازون کیندل نیز برای خواندن آن به کار می‌رود. نمونه دیگری از کتاب غیر چاپی، کتاب صوتی است.
تاکنون تعریف مشخص و کاملی که بتواند مفهوم تمام انواع گوناگون کتاب را در بر بگیرد، ارائه نشده‌است.و نخواهد شد. اما یکی از تعاریف معتبری که درمورد کتاب ارائه شده‌است، مربوط به سازمان یونسکو می‌شود؛ کتاب یک اثر چاپی صحافی شده‌است که بیشتر از ۴۹ صفحه داشته باشد و مانند نشریات، تحت یک عنوان ثابت، به‌صورت دوره‌ای منتشر نشود تعریف دیگری که در این مورد وجود دارد، کتاب را «مجموعه‌ای از لوح‌های چوبی یا عاجی یا مجموعه‌ای از ورق‌های کاغذ، پوست آهو و یا ماده‌ای مانند آن، اعم از دست‌نویس یا چاپی که با هم به نخ کشیده یا صحافی شده باشند» معرفی کرده‌است.
واژه کتاب از زبان عربی وارد فارسی شده‌است. در فارسی میانه نامک (به فارسی دری نامه) به طور عمومی به کتاب اطلاق می‌شد و فروردگ به آنچه امروز عموماً نامه خوانده می‌شود. در دورهٔ تکوین فارسی دری نیز نامه به معنی مطلق کتاب به کار رفته‌است. در فارسی میانه از اصطلاحات تخصصی‌تر ماتیکان (رساله) و نسک (برای بخش‌های اوستا) استفاده شده‌است. کلمهٔ نُبی که همریشه با نبشتن (نوشتن) است و معنای مطلق کتاب یا نوشته از آن مستفاد تواند شد در فارسی دری به معنی خاص قرآن به کار رفته‌است.
کتاب، قدمتی پنج‌هزار ساله دارد. کتاب‌های نخستین به شکل لوح‌های گلی بودند. اما با گذشت زمان با توجه به دسترسی بشر به امکانات جدید و تغییر نیاز بشر به ارتباطات و اطلاعات، شکل کتاب‌ها تکامل یافت.
نوشته به خط سومری مربوط به ۲۲۰۰ تا ۲۴۰۰ پیش از میلاد
لوح‌های گلی، در منطقه بین‌النهرین برای نوشتن مورد استفاده قرار می‌گرفت. استفاده از این روش در ۲۵۰۰ سال قبل از میلاد، توسط تمدن سومر ابداع شد و به تکامل رسید. اما با گذشت زمان، بابلی‌ها و آشوری‌ها نیز همین روش را به‌کار گرفتند. این لوح‌ها با استفاده از خاک رس و آب ساخته می‌شدند و قبل از خشک شدن، با استفاده از ابزارهای نوک‌تیز بر روی آنها نوشته می‌شد. نوشته‌های بیشتر این لوح‌ها، بیشتر مرتبط با امر بازرگانی، اداری و حکومتی بود.
استفاده از کاغذ پاپیروس برای نوشتن از حدود ۲۰۰۰ سال قبل از میلاد در مصر رایج شد و تا قرن ششم میلادی نیز ادامه یافت. کاغذ پاپیروس، صفحه‌ای بود که از گیاه پاپیروس به‌صورت یک تومار با درازای چند متر و عرض ۳۰ سانتی‌متر ساخته می‌شد. این تومار، انعطاف‌پذیر بود و پس از پیچیده شدن به‌صورت یک استوانه به قطر ۵ تا ۶ سانتی‌متر در می‌آمد. ابزار نوشتن بر روی پاپیروس، نی یا قلم‌نی آغشته به مرکب بود. اختراع پاپیروس یکی از تحولات بسیار مهم در تاریخ کتاب محسوب می‌شود. قدیمی‌ترین کتابی که به‌صورت تومار پیدا شده‌است، پاپیروس پریس نام دارد که مشتمل بر گفته‌های اخلاقی است. داستان سینوحه نیز یکی از معروف‌ترین کتاب‌هایی است که بر روی پاپیروس نگاشته شده‌است. پاپیروس اگرچه سبک و کم‌حجم بود، اما برخلاف لوح‌های گلی، شدیدا آسیب‌پذیر بود و به‌همین دلیل تاکنون هیچ مجموعه مهمی مربوط به مصر باستان، از زیر خاک بیرون نیامده‌است.
به‌جز مصر، پاپیروس در یونان و روم نیز به‌طور گسترده مورد استفاده قرار می‌گرفت. به نظر می‌رسد که واژه انگلیسی paper (به معنای کاغذ) نیز از پاپیروس ریشه گرفته باشد.
به‌جز پاپیروس، چرم، پوست حیوانات و پارچه نیز برای نوشتن مورد استفاده قرار می‌گرفت. پوست، مرکب را از هردوطرف جذب می‌کرد و از پاپیروس بادوام‌تر و انعطاف‌پذیرتر بود.
کدکس، شکل امروزی کتاب است؛ یعنی صفحات پوست، پاپیروس و غیره که تا خورده و از یک محل به یکدیگر دوخته شده باشند. پیدایش کدکس به قرن دوم میلادی بر می‌گردد که توسط مسیحیان برای نگارش متون مذهبی مورد استفاده قرار می‌گرفت. این فرم از کتاب، به‌دلیل مزیت‌هایی که داشت، از قرن چهارم میلادی رواج پیدا کرد. ازجمله مزیت‌های آن می‌توان به قابلیت جستجوی بهتر، امکان بهتر برای انبار و نگهداری آن (در کتابخانه) و تولید سریع‌تر اشاره نمود. در این زمان در صومعه‌ها و کلیساها، اتاق‌هایی ایجاد شده بود که در آنها کار رونویسی از انجیل و دعاها صورت می‌گرفت و عملاً کتاب تولید می‌شد. همچنین با گذشت زمان، تولید کاغذ (که قبلا در چین اختراع شده بود)، در ایران و پس از آن در اروپا رایج شد و به تبع آن، کتاب‌های کاغذی نیز ابداع شدند.
تا قبل از اختراع ماشین چاپ، نسخه‌برداری از کتاب‌ها تنها از طریق رونویسی از کتاب‌ها امکان‌پذیر بود که تولید کتاب را بسیار کند و دشوار می‌کرد. و در صورت اشتباه‌هایی در نوشتن نویسنده مجبور به نوشتن دوباره آن برگ از کتاب می‌شد (در صورتی که در آغاز بر روی برگ کاغذ نوشته و سپس به صورت کتاب در می‌آمد) اما در سال ۱۴۳۹، با اختراع ماشین چاپ توسط یوهانس گوتنبرگ آلمانی، تحول بسیار بزرگی در صنعت نشر کتاب صورت گرفت. اولین کتابی که با استفاده از دستگاه گوتنبرگ چاپ شد، انجیل بود که به علت تعداد سطرهایش در هر صفحه، به انجیل ۴۲ سطری معروف شد. این ماشین چاپ، ماشین فشار پیچی نام گرفت و سرعت چاپ آن، ۷۰ تا ۱۰۰ برگ در ساعت بود.
امروزه با توسعه تکنولوژی‌های نوین، دیگر نیازی به صرف هزینه زیاد و چاپ کتاب جهت معرفی به خوانندگان آن نیست. با کمک سیستم‌های چاپ بنابر تقاضا یک نسخه چاپ شده نمونه در کتاب فروشی‌ها و یا نسخه کتاب الکترونیکی آن در وب سایت‌های مخصوص فروش کتاب مانند آمازون به خوانندگان نشان داده می‌شود تا پس از سفارش آنها چاپ شده و به آدرس آنها ارسال گردد. بدین ترتیب دیگر نیازی به اتلاف حجم وسیعی از کاغذ نبوده، اشکالات موردی کتاب‌ها بدون صرف هزینه و در زمان کوتاه قابل اصلاح می‌باشد. در این روش به دلیل ارسال و نگه داری فایل الکترونیکی کتاب، توزیع کتاب در کتاب فروشی‌های سراسر جهان آسان، سریع و کم هزینه گردیده است. به تازگی امکان چاپ کتاب به زبان فارسی با این روش توسط شرکت آمازون آمریکا فراهم گردیده است.
در عین حال، به نظر می‌رسد که مکانیزم چاپ، پیش از گوتنبرگ در چین رایج بوده است. برخی از منابع اختراع چاپ یا حروفچینی متحرک را به پی‌شنگ، کیمیاگر چینی نسبت می‌دهند. اختراع وی، شامل حروف مستقل چاپی بود که بر روی سفال مرطوب حکاکی می‌شد و پس از پختن، دوام زیادی پیدا می‌کرد. گکمکم
کاربر، درحال خواندن یک کتاب الکترونیکی با استفاده از یک کتاب‌خوان الکترونیکی
در سال‌های اخیر، استفاده از رایانه‌ها موجب آسانی چاپ کتاب و توسعه چاپ و نشر کتاب‌های چاپی شده است. در اواخر سده بیستم، تجهیزات ارتباطی مانند تلویزیون، رایانه و اینترنت، مفهوم کتاب به‌عنوان مهم‎ترین منبع اطلاعاتی را به چالش کشیدند. از سوی دیگر با ذخیره‌شدن اطلاعات یک کتاب در نوارهای صوتی و سی‌دی، تعریف کتاب به‌عنوان «مجموعه‌ای از کاغذهای چاپ‌شده یا دستنویس» نیز به چالش کشیده شده است.
پیدایش کتاب‌های الکترونیکی به سال ۱۹۷۱ باز می‌گردد. این کتاب‌های الکترونیکی، با به‎کارگیری لامپ پرتو کاتدی، تصاویری را بر روی پرده پدید می‎آورد که می‌توانست جایگزین چاپ و کاغذ شود. اما نخستین کتاب الکترونیکی دیجیتال، به نام Nuvomedia’s Rocket در سال ۱۹۹۹ منتشر شد.
اخیرا تلاش‌های برای تبدیل کتاب‌های عادی به کتاب‌های الکترونیکی صورت گرفته‌است. این تلاش‌ها در جنبشی به نام پروژه گوتنبرگ (به انگلیسی: Project Gutenberg) در حال اجراست. همچنین برای آسان‎سازی کاربرد کتاب‌های الکترونیکی، تجهیزات دیجیتالی ویژه‎ای به نام (کتابخوان الکترونیکی) (elctronic book reader) به بازار معرفی شده است. این تجهیزات در حقیقت، رایانه‌های کوچکی هستند که توانایی ذخیره‌سازی و بازیابی شمار زیادی کتاب الکترونیکی را دارند.
برخی از ویژگی‌های کتاب‌های الکترونیکی که باعث شده است کاربرد آن‎ها گسترش یابد، عبارتند از:
آسانی انتقال در عین یکپارچگی مطالب
انسجام مطالب و تنوع کاربرد
تبادل بینابین مطالب با یکدیگر
پشتیبانی از امکانات چند رسانه‎ای
آسانی کار و اجرا
این مزایا باعث گردیده که فروش تعداد کتاب‌های الکترونیکی از کتاب‌های چاپ شده کاغذی توسط سایت آمازون به عنوان بزرگترین عرضه کننده کتاب در جهان پیشی بگیرد.