fi en fi fi fi fi nl en fi hbs_lat fi fi fi fi fi fi fi ms fi en en fi fi nl fi fi en fi de de fi ru ca fi fi fi fi fi fi fi fi fi de fi fi fi en fi en id fi fi fi fi fi fi fi fi fi de en fi fi de fi fi eo fi en en fi fi fi
Construction of Metatranscriptomic Libraries for 5′ End Sequencing of rRNAs for Microbiome Research - Tutkimusportaali - Converis - Jyväskylän yliopisto
Go to Header Go to Main Navigation Go to Content Go to Footer
A3 Kirjan tai muun kokoomateoksen osa
Construction of Metatranscriptomic Libraries for 5′ End Sequencing of rRNAs for Microbiome Research (2021)
Tiirola, M., & Mäki, A. (2021). Construction of Metatranscriptomic Libraries for 5′ End Sequencing of rRNAs for Microbiome Research. In A. Navid (Ed.), Microbial Systems Biology : Methods and Protocols (pp. 137-146). Humana Press. Methods in Molecular Biology, 2349. https://doi.org/10.1007/978-1-0716-1585-0_7
Julkaisun kaikki tekijät tai toimittajat: Tiirola, Marja; Mäki, Anita
Emojulkaisu: Microbial Systems Biology : Methods and Protocols
Emojulkaisun toimittajat: Navid, Ali
Lehti tai sarja: Methods in Molecular Biology
Julkaisun avoin saatavuus: Ei avoin
Julkaisukanavan avoin saatavuus: Julkaisukanava ei ole avoin
Metatranscriptomic sequencing enables studying community-wide gene expression profiles of microbial samples and getting functional insight on their up- or downregulated pathways. However, shotgun sequencing is not the most efficient way to study expression of ribosomal RNA genes or to compare lot of samples in experimental setups. Here we describe an efficient primer-independent method for processing and barcoding libraries for directional sequencing of the 5′ end region of the RNA. When applying size selection of the original RNA, the method forms an optimal solution for the simultaneous analysis of bacterial, archaeal, and eukaryotic rRNA diversity.
YSO-asiasanat: mikrobisto; tutkimusmenetelmät; sekvensointi; RNA; transkriptomi
Vapaat asiasanat: RNA; metatranscriptomics; microbiomes; high-throughput; sequencing; NGS; SSU; rRNA
1182 Biokemia, solu- ja molekyylibiologia (118 Biotieteet)
1183 Kasvibiologia, mikrobiologia, virologia (118 Biotieteet)
Bio- ja ympäristötieteiden laitos
Hankkeet, joissa julkaisu on tehty
Pysyviä nanomateriaaleja hajottavien mikrobien löytäminen - uusin isotooppi-menetelmin metagenomiikasta metafenomiikkaan
Micro-RIP Functional analysis of uncultivated microbes using radioisotope probing
Viimeisin päivitys 2022-19-08 klo 19:56
Jyväskylän yliopisto | Tutkimus- ja innovaatiopalvelut
Palveluita tutkijalle (HelpJYU) | converis-support@jyu.fi