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La présence de micro-organismes dans les environnements humanisés est devenue au fil des ans un problème de santé publique
Dans cette thématique, les réservoirs et les milieux d'amplification des germes impliqués se situent dans l'environnement et c'est par leur présence ou par les substances qu'ils produisent que ces micro-organismes peuvent induire ou favoriser des problèmes de santé, à court, moyen mais aussi parfois à très long  termes. Fatigue, migraine, conjonctivite, rhinites, allergies, asthme allergique, alvéolites, légionellose, intoxications diverses, cancers, etc... sont autant de pathologies dont l'étiologie peut être environnementale.
Parmi les multiples milieux de vie façonnés par l'Homme, l'habitat et les dangers qu'il peut représenter pour la santé nous concernent tous. L'humidité est le facteur indispensable aux développements microbiens très variés. Par exemple, des travaux récents sur les moisissures indiquent une relation très significative avec des pathologies respiratoires et de symptômes asthmatiques. Sources d'allergènes, de composés organiques volatils et de toxines, les moisissures les plus fréquemment rencontrées dans l'habitat humide sont Cladosporium sphaerospermum (plâtres, tissus, joints douche et fenêtre, ...), Aspergillus versicolor (plâtre), plusieurs espèces de Penicillium (plâtre, bois, tissus, cuir, ...), Stachybotrys chartarum (papiers peints, cartons très humides). Des acariens se nourrissant de ces moisissures sont souvent présents (acariens de stockage) mais d'autres espèces préférant se nourrir de squames de la peau (Dermatophagoides) seront parfois abondamment représentées dans la literie, tapis et fauteuils. Les acariens constituent également une importante cause reconnue d'allergies respiratoires dans l'habitat. Les bactéries ne sont pas en reste. Si on a, semble-t-il, sous-estimé jusqu'à présent leur présence sur les murs humides, qui n'a pas entendu parler de la légionellose ou maladie du légionnaire. Cette bactérie est capable de se développer dans les réservoirs d'eau chaude sanitaire. C'est par l'inhalation, sous la douche par exemple, de micro-goutelettes d'eau chargées en cette bactérie pathogène que l'on peut contracter cette maladie.
L’exposition à des micro-organismes environnementaux très divers peut se faire également dans le cadre de l’activité professionnelle.
Le secteur alimentaire. Les agriculteurs et éleveurs sont régulièrement exposés à des micro-organismes thermophiles qui ont proliféré par exemple dans les fourrages humides dont la température s’est élevée au cours de fermentations. Des bactéries (Thermoactinomyces vulgaris), ou des moisissures (Aspergillus fumigatus) sont souvent impliquées dans des cas d’alvéolites extrinsèques (ou poumons du fermier). Ces pathologies se rencontrent également dans les filières de stockage (silos à grains par exemple), de transport et de transformation des denrées alimentaires en produits finis. C'est aussi le cas dans les filières des déchets, qu’il s’agisse de la collecte, du stockage, du tri ou de la transformation (compostage) …
Le secteur tertiaire n’est pas épargné. Les bâtiments à bureaux, équipés d’installations centralisées de traitement d’air et particulièrement celles avec humidificateurs, sont parfois le siège de développements microbiens tout à fait spécifiques. Exophiala jeanselmei, Phialophora, Acremonium, Fusarium, sont autant de moisissures pouvant être isolées dans les bacs d’humidification, parfois en présence de concentrations très élevées en bactéries, et dans les cas de contaminations les plus sévères, de protozoaires, nématodes, acariens, algues, …
Les collectivités, et particulièrement celles accueillant des populations fragilisées (crèches, écoles, homes pour personnes âgées) méritent une attention particulière (Legionella, moisissures, …).
A l’intérieur des hôpitaux, les maladies nosocomiales (bactéries antibiorésistantes, Aspergillus fumigatus, …) constituent un sujet de préoccupation croissante, d'autant que des études récentes indiquent que ces bactéries quittent l’enceinte hospitalière et se répandent dans l’environnement.
L’industrie utilise des procédés de fabrication qui peuvent également générer des développements accidentels importants de micro-organismes. C’est le cas lors de l’usinage des pièces métalliques exigeant l’usage de fluides de refroidissement qui se contaminent au fil du temps par de nombreuses bactéries et leurs toxines (endotoxines). Sur le plan fongique, le genre Fusarium y est coutumier. On y rencontre également la problématique des eaux chaudes sanitaires et des tours de refroidissement contaminées par Legionella pneumophila, Pseudomonas, …, ainsi que celle du traitement de l’air et en particulier des laveurs d’air.