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scicomp Archives - How IT
매우 큰 링크 그래프 시각화 가지 다른 것을 시도했지만 100k 노드
매우 큰 방향 링크 그래프를 시각화하는 도구를 찾고 있습니다. 나는 현재 ~ 1 천만 개의 가장자리를 가진 ~ 2 백만 개의 노드를 가지고 있습니다. 몇 가지 다른 것을 시도했지만 100k 노드 그래프조차도 대부분 시간이 걸립니다.
gephi와 함께 하루를 보냈지 만 80K 노드를 추가하는 데 약 1 시간이 걸리고 응용 프로그램은 거의 쓸모가 없게됩니다.
대화 형 시각화는 장점이 될 것입니다.
Graphviz가 작동해야합니다. 플로리다 대학 스파 스 매트릭스 컬렉션 의 매트릭스와 관련된 이미지 는 Yifan Hu가 개발 한 강제 지시 그래프 시각화 알고리즘 인 sfdp를 사용하여 시각화 되었다고 생각합니다 . 컬렉션의 대부분의 행렬에는 해당 시각화 생성과 관련된 계산 시간이 있으므로 그래프에 시각화하려는 것과 유사한 특성을 가진 행렬을 검색 할 수 있습니다. 예를 들어, ~ 210 만 개의 노드와 ~ 3 백만 개의 모서리가있는 그래프는 Hu ~ 36000이 생성하는 데 10 시간. 그래프를 생성하는 데 어떤 하드웨어가 사용되었는지는 확실하지 않지만 데스크탑이나 랩톱이 사용 된 것으로 추측 될 수 있으며, 시간이 지나면 그래프를 렌더링하는 데 시간이 얼마나 걸릴지 대략적으로 알 수 있습니다. Hu의 알고리즘은 최첨단 시각화 알고리즘 (2005 년에 발표) 중 하나 인 것처럼 보이지만이 분야의 전문가는 아니지만 더 나은 알고리즘의 존재 여부에 대해서는 말할 수 없습니다. 이 알고리즘은 Graphviz에 옵션으로 포함되어 있으며 설명하는 것과 같은 큰 그래프에 사용되도록 설계되었습니다.
자바 스크립트 InfoVis Toolkit은 주석에 대한 깔끔한 대화 형 인터페이스가 현지 그래프의 전망을. 이 데모는 다음과 관련이있을 수 있습니다.
데비안 패키지 의존성 (참고 : 이것은 스크립트가없는 아카이브 된 페이지입니다)
밴드 트리 (여기 다른 로컬 탐색 가능 버전이 있습니다 )
Graphinsight 1.2를 참조하십시오. 수백만 개의 노드를 쉽게 처리 할 수 ​​있으며 대화식 및 3D로 제공됩니다.
고효율 대 수법 또는 강제 지시 법을 사용하여 수백만 개의 노드와 모서리가있는 그래프를 레이아웃 할 수도 있습니다. 평가판으로 제공됩니다 ( 면책 조항 : 나는 프로그램의 저자 중 하나입니다 ).
시간이 지남에 따라 수집 된 권장 사항 및 링크는 다음과 같습니다.
2M 노드의 경우 하드웨어를 모르는 데이터를 권장하는 것이 어렵고 일부 데이터 축소가 가능하지만 자유롭게 사용할 수있는 항목을 가져 오면 zGrViewer 가 시각화 요구에 맞을 수 있습니다 (GraphViz 필요).
@pyCthon의 아이디어에 따라 플로팅의 상호 작용에 대한 VisIt 도 살펴보십시오 .
깔끔한 레이아웃 알고리즘 ( Fruchterman-Reingold 및 Kamada-Kawai ) 을 포함 igraph하는 R 통계 언어 패키지를 다시 방문하고 있습니다.
큰 그래프 레이아웃 라이브러리가 이제 SourceForge에 있습니다.
우리는 대부분의 브라우저와 노트북에서이를 가능하게하기 위해 http://www.github.com/graphistry/pygraphistry 를 구축했습니다 . WebGL을 사용하여 큰 그래프 (pan / zoom / etc 등)를 렌더링하고 대부분의 실시간 계산 (레이아웃, 필터 등)을 GPU 클라우드로 오프로드합니다. Gephi 또는 Cytoscape와 비슷하지만 큰 그래프 및 데이터 분석에 중점을두고 웹과 노트북에 통합됩니다.
“Tulip”[1]을 사용해보십시오. 상당히 큰 그래프를 처리 할 수 ​​있다고 생각합니다 (적어도 10K에서 100K 노드로 시도했지만 제대로 작동했습니다).
이 글은 scicomp 카테고리에 분류되었고 visualization 태그가 있으며 소장 마님에 의해 2022-08-04에 작성되었습니다.
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