el el el el el el el el el el el el el el el el el el fr el el el el el en en el el el el el el el el el el el el el el el el el el el el el el el el el el el el el el el el ky ce el el el el el fr sv de en en fr el fr fr fr en en fr el fr fr fr en en fr el fr fr fr de en de el fr de de de en en el fr sv fr fr en de el fr en de fr en en el fr en fr fr en es en el el el el fr el el pl el sv sv en sv sv sv sv el en sv en sv sv en en el sv en sv sv sv sv sv el en sv en en en sv en el en sv sv en sv sv sv el en sv en sv en en sv el en en sv sv sv sv en el en sv sv en en en sv el el el ky ce el el el el el fr fr fr en en fr el fr fr fr sv en fr el fr de fr fr en it el fr de fr de en fr el fr de fr fr en en el fr fr de fr th de el fr de sv fr en de el fr en fr fr en de en el el fr el ru el es el el pt sv sv en sv en en el sv en sv en en sv en el sv sv sv en en sv sv el en sv sv sv sv en en el sv sv en sv sv en sv el sv en sv en sv pt en el en en en en en pt en el en sv en en en sv sv el el el ky ce el el el el el en fr fr en en de el en de fr sv en sv el en de sv fr en en el en de fr fr en en el en en fr fr en de el en en sv fr en fr el el en el el el el el el el sv sv sv sv sv el sv en sv sv en el sv en en sv sv el en en sv sv sv el sv en en en en el sv sv en sv sv el el el el el el el ky ce el el el el el fr de en en en fr el fr de en en en de el fr en sv fr en en el fr en en de en fr en el el en el el sv sv en el en pt sv el sv sv en el en en en el el ky ce el el el el el de fr en en en en el de fr en en en en el de en en de en de en el es el el en pt el sv sv el en en el el el ky ce el el el el el de fr en en pt fr el de en sv en en fr el de en en fr en de en ga el el el sv en el en sv el en sv el el el ky en ru el el el el nb fr sv sv en fr el nb en de sv en fr el nb fr de fr en fr el nb fr sv fr en fr el nb fr de fr en fr el nb fr sv sv en fr el nb de de sv en fr el nb de de sv en fr el nb fr en fr en fr el nb sv fr sv en it el el el en en en en en en en en en en en el en en sv pt en sv sv en sv el sv en sv en en sv en pt pt el en en en en sv sv en sv sv el sv sv sv en sv sv en sv en el sv en sv en en sv sv sv sv el sv en en en en en sv sv sv el en sv en en en en en sv sv el en en en en en en en en sv el sv en en en sv sv en sv en el en en sv sv en en sv sv en el el el el el el el el en el el en sv el el ja fr el el sv el el el el en el el el el el el el el el pl el el el el el el el el el el el el el el el el
Το Πανελλήνιο πρωτάθλημα 1958–59 ήταν το τελευταίο που διεξήχθη με το σύστημα των ανά τοπική ένωση προκριματικών γύρων, καθώς από την επόμενη χρονιά άλλαξε η δομή του ελληνικού ποδοσφαίρου με την καθιέρωση της Α' εθνικής, καθώς και των υπόλοιπων κατηγοριών που ακολούθησαν στη συνέχεια.
Ο Ολυμπιακός έφτασε στην 6η συνεχόμενη κατάκτηση του πρωταθλήματος (και 15η συνολικά) μετά από μια ενδιαφέρουσα μάχη με αντίπαλο την ΑΕΚ.[1] Σε σχέση με την προηγούμενη χρονιά, οι ομάδες που μετείχαν στην τελική φάση του πρωταθλήματος μειώθηκαν κατά 2 (10 από 12) και προέκυψαν ως εξής:
Πρωτάθλημα ΕΠΣ Αθηνών: Οι 3 πρώτες ομάδες της κατάταξης
Πρωτάθλημα ΕΠΣ Πειραιώς: Οι 2 πρώτες ομάδες της κατάταξης
Πρωτάθλημα ΕΠΣ Μακεδονίας: Οι 2 πρώτες ομάδες της κατάταξης
Περιφερειακό πρωτάθλημα: Οι 2 νικήτριες (Βορείου και Νοτίου ομίλου)
Μία επιπλέον θέση εξασφάλιζε μετά από μπαράζ μία από τις τρίτες ομάδες ΕΠΣ Πειραιά και ΕΠΣ Μακεδονίας.
Οι αγώνες της προκριματικής φάσης διεξήχθησαν από τις 7 Σεπτεμβρίου 1958 μέχρι τις 14 Ιανουαρίου 1959, ενώ της τελικής φάσης από τις 21 Ιανουαρίου μέχρι τις 21 Ιουνίου 1959. Το σύστημα βαθμολογίας ήταν: Νίκη: 3 βαθμοί - Ισοπαλία: 2 βαθμοί - Ήττα: 1 βαθμός.
2.1 Πρωτάθλημα EΠΣ Αθηνών
2.2 Πρωτάθλημα ΕΠΣ Πειραιώς
2.3 Πρωτάθλημα ΕΠΣ Μακεδονίας
2.4.2 Α' υποόμιλος Νότου
2.4.3 Β' υποόμιλος Νότου
Βασικοί: Σάββας Θεοδωρίδης (τερμ.), Ηλίας Ρωσίδης, Θανάσης Κίνλεϊ, Μίμης Στεφανάκος, Βασίλης Ξανθόπουλος, Κώστας Πολυχρονίου, Κώστας Παπάζογλου, Θανάσης Μπέμπης, Ηλίας Υφαντής, Γιάννης Ιωάννου, Στέλιος Ψύχος.
Αναπληρωματικοί: Μιχάλης Σούλανδρος, Σωτήρης Γκαβέτσος, Φίλιππος Τσαντάκης, Σταύρος Τσώχος, Μπάμπης Κοτρίδης, Νίκος Καμπόλης, Τάσος Σουρούνης, Αντώνης Ποσειδών, Βασίλης Μήτσου, Νίκος Δροσόπουλος.
Κύριο λήμμα: Πρωτάθλημα Ε.Π.Σ. Αθηνών 1958-59
Κύριο λήμμα: Πρωτάθλημα Ε.Π.Σ. Πειραιώς 1958-59
Κύριο λήμμα: Πρωτάθλημα Ε.Π.Σ. Μακεδονίας 1958-59
3. Απ. Καλαμαριάς 1
1 Ο Απόλλων Καλαμαριάς έχει μία ήττα άνευ αγώνα
1 Ο αγώνας ΠΑΟΚ - Απόλλωνα Καλαμαριάς διακόπηκε στο 83' σε βάρος του
Απόλλωνα κι ενώ το σκορ ήταν 2–1 υπέρ του ΠΑΟΚ. Το σκορ παρέμεινε ως τελικό.
Σε αγώνα κατάταξης για την 3η θέση: Απόλλων Καλαμαριάς - Ηρακλής 1–1. Ο Απόλλων προκρίθηκε λόγω καλύτερης διαφοράς τερμάτων.
Διπλοί αγώνες μπαράζ μεταξύ των τρίτων ομάδων Πειραιά και Μακεδονίας: Α.Ε. Νίκαιας - Απόλλων Καλαμαριάς 0–1 και 2–2.
2. Μεγ. Αλέξανδρος Κατερίνης
Σε αγώνα κατάταξης για την πρώτη θέση: Παγκορινθιακός - Ολυμπιακός Χαλκίδας 1–0.
Διπλοί αγώνες μπαράζ μεταξύ των νικητών των 2 υποομίλων του Νότου: Παναιγιάλειος - Παγκορινθιακός 4–2 και 1–0.
9.   Απ. Καλαμαριάς 1
1 Ο Απόλλων Καλαμαριάς έχει μία ήττα άνευ αγώνα
2 Ο Παναιγιάλειος έχει μία νίκη άνευ αγώνα.
1 Ο αγώνας Απόλλωνα Καλαμαριάς - Παναιγιάλειου διακόπηκε στο 70' σε βάρος
του Απόλλωνα κι ενώ το αποτέλεσμα ήταν ισόπαλο 0–0. Κατοχυρώθηκε με σκορ 0–2
Οι ομάδες που έκοψαν τα περισσότερα εισιτήρια στην τελική φάση του πρωταθλήματος:
Οι 16 ομάδες που εξασφάλισαν τη συμμετοχή τους στο επόμενο, πρώτο πρωτάθλημα Α' εθνικής 1959-60:
Οι 4 πρώτες του πρωταθλήματος ΕΠΣ Αθήνας: Παναθηναϊκός, Πανιώνιος, ΑΕΚ, Απόλλων Αθηνών
Οι 3 πρώτες του πρωταθλήματος ΕΠΣ Πειραιά: Ολυμπιακός, Εθνικός, Α.Ε. Νίκαιας
Οι 3 πρώτες του πρωταθλήματος ΕΠΣ Μακεδονίας: Άρης, ΠΑΟΚ, Απόλλων Καλαμαριάς
Οι 2 πρώτες του Βορείου ομίλου του Περιφερειακού πρωταθλήματος: Δόξα Δράμας, Μέγας Αλέξανδρος Κατερίνης
Οι 2 πρώτες του Νοτίου ομίλου του Περιφερειακού πρωταθλήματος: Παναιγιάλειος, Παγκορινθιακός
2 ομάδες μετά από μπαράζ: Η Προοδευτική σε βάρος του Ολυμπιακού Χαλκίδας και ο Ηρακλής σε βάρος της Ασπίδας Ξάνθης
Ο πρωταθλητής Ολυμπιακός εξασφάλισε τη συμμετοχή του στο κύπελλο πρωταθλητριών 1959–60
Ανδρέας Μπόμης «Γκολ 2000 Ένας αιώνας ποδόσφαιρο», Εκδόσεις Πελεκάνος, Αθήνα 1999, σελίδες 264 - 268.
Γ. Κουσουνέλος «Η ιστορία του ελληνικού ποδοσφαίρου 1896 - 1985», 2ος τόμος, Εκδόσεις Νικητόπουλος, Αθήνα 1985, σελίδες 243-254.
Χρήστος Νεράντζης «Παγκόσμιο ποδόσφαιρο», 2ος τόμος, Εκδόσεις Νάστου, Θεσσαλονίκη 1975, σελίδες 443, 444.