ja hbs_lat eo eo pt eo hbs_lat pt eo eo eo be eo en eo eo fa eo eo eo pt eo eo eo eo eo eo eo eo eo eo eo eo eo eo eo eo eo en eo eo eo eo eo eo eo fr eo hbs_lat fr it uz fr eo yue fr es en eo fr eo en fr eo mk fr it oc fr eo tr fr pt en fr eo tr fr pt sq fr es en fr eo en eo fr eo en fr eo en fr es hbs_lat fr eo hbs_lat fr eo en fr eo uz fr eo yue fr eo en fr eo en fr eo en fr eo yue fr eo mk fr pt en fr eo en fr eo en fr eo eo fr eo en fr eo hbs_lat fr eo yue fr fr en eo eo eo en en eo ro en eo eo en en eo ja lt eo eo eo eo de es eo eo eo eo eo sv ur eo eo eo eo es eo eo eo eo eo eo eo eo tr fi eo eo it eo eo eo eo eo eo eo eo eo eo ar ru sv bg hbs_lat ca hbs_lat da de el en es et fa fi fr da lt he hbs_lat hu id it ja ko en nl nb pl pt ru hbs_lat sl hbs_lat sv ta th ceb tr fy zh eo eo eo eo eo eo eo eo eo
El Vikipedio, la libera enciklopedio
PubChem (Publika Kemio) estas datumbanko kun kemiaj molekuloj kaj ties respektivaj agadoj antaŭ biologiaj eksperimentoj. La sistemo proviziĝas de la Nacia Centro por Bioteknologia Informado (NCBI), iu branĉo de la Nacia Biblioteko pri Medicino[1], kiu estas parto de la usona Nacia Instituto pri Sano (NIH)[2]. PubChem estas alirebla tute senpaga per uzanto-interfaco de la reto. Miloj da strukturoj de komponaĵoj kaj priskribaj datumkunaĵoj estas libere elŝutitaj pere de Protokolo por Transigo de Dosiero. PubChem enhavas priskriboj por substancoj kaj etaj molekuloj kun malpli ol 1000 atomoj kaj 1000 ligoj. Pli ol 80 kontribuantoj da datumbankoj kunlaboras por la kresko de la datumbazo de PubChem.
4 Prizorgoj de la Usona Kemia Societo (ACS)
5 Kampoj de la datumbazo
PubChem konsistas je tri dinamike kreskantaj primaraj datumbankoj. En la 29-a de septembro 2014 la datumbanko de PubChem prezentis la jenan strukturon:
54 milionoj da ĉefvortoj por kombinaĵoj (31 milionoj ekde januaro 2011), entenantaj kemiajn kombinaĵojn purajn kaj distingajn
163,5 milionoj da ĉefvortoj por substancoj (75 milionoj ekde januaro 2011), ankaŭ entenantaj miksaĵojn, ekstraktojn, kompleksojn, kaj diversajn substancojn
BioEksperimentoj, rezultoj de bioaktiveco ekde 6059 programoj por Komputila Bildigo per Alta Uzebleco[3] kun valoroj je pluraj milionoj.
La serĉado en la datumbazo eblas por vasta amaso da proprecoj, nome, kemia strukturo, nekompletaj nomoj, kemia formulo, molekula pezo, Koeficiento de Divido[4][5], krom la Numero de donantoj kaj akceptantoj de Hidrogena ligo.
PubChem prezentas sian samtempan (online) molekulan eldoniston pere de la apogsoftvaroj SMILES/SMARTS kaj Internacia Kemia Identigilo aŭ InChl permesantaj la importadon kaj eksportadon de la plej ordinaraj formatoj de kemiaj dosieroj kiuj helpas en la serĉado de strukturoj kaj fragmentoj.
Ĉiu aliro provizas informojn pri sinonimoj, kemiaj proprecoj, kemiaj strukturoj inkluzive rekonante sinsekvojn da simboloj kaj karakteroj de SMILES kaj InChl, bioaktivecon, kaj ligiloj al komponaĵoj strukture ligitaj krom aliaj datumbazoj de NCBI kiel PubMed[6].
En la formularo por tekstoserĉado la kampoj de la datumbazo estas plenigeblaj aldonante la kamponomon ene de kvadrataj krampoj por la vortoserĉo. Unu numerintervalo reprezentiĝas de du numeroj apartigitaj de komo. La serĉovortoj kaj la kamponomoj ne estas kazo-sentivaj. Parentezoj kaj logikaj operatoroj AND, OR kaj NOT estas uzeblaj. AND akceptiĝas kiam nenia operatoro uzatas.
Ekzemplo pri la Regulo de Kvin far Lipinski[7]
0:500[mw] 0:5[hbdc] 0:10[hbac] -5:5[logp]
Historio[redakti | redakti fonton]
PubChem ekzistas ekde 2004.
Prizorgoj de la Usona Kemia Societo (ACS)[redakti | redakti fonton]
La Usona Kemia Societo[8] pligrandigis ties prizorgoj rilate al la publike apogita datumbazo de PubChem, ĉar laŭŝajne tio povas signifi konkurencon kun la jam ekzistanta Servo pri Abstrakta Kemio[9], fondita en 1907. Ili havas fortan intereson pri la temo ĉar la Servo pri Abstrakta Kemio estas grandparte respondeca pri la enspezoj de la societo. Por defendi siajn rajtojn kontraŭ la datumbanko de PubChem, la Usona Kemia Societo ade postulas reagon de Usona Kongreso.
Iom post la kreado de PubChem, la Usona Kemia Societo insiste penis influi sur la Usona Kongreso rilate al streĉado en la operacioj de PubChem, kiu, laŭ ili, konkurencas kun la Servo pri Abstrakta Kemio.
Kampoj de la datumbazo[redakti | redakti fonton]
Identiga numero en la kuranta datumbazo
Identiga numero de la Substanco
Identiga numero de la komponaĵo
Identiga numero de la BioEksperimento
Ajna kampo de la datumbazo
Identigo de la Ekstera deponanto
Difino de la Titolo por Medicina Temo (MeSH)
Arba nodo de MeSH
Farmakologiaj efektoj de MeSH
Proprecoj de la substancoj
Sinonimoj de la substancoj
Internacia Chemia Identigilo (InChI)
Numero de Kiralaj atomoj
Numero de difinitaj kiralaj atomoj
Numero de nedifinitaj kiralaj atomoj
Numero de akceptanto de Hidrogena ligo
Numero de donanto de Hidrogena ligo
Numero de Rotaciaj ligoj
XLogP aŭ Konstanto de Separiĝo[4]
Proprecoj de la Kombinaĵoj
Sinonimoj de la kombinaĵo
Numero de la kombinaĵo
Numero je kovalencaj ligoj de la molekulo
Numero de totala bioaktiveco
Referencoj[redakti | redakti fonton]
↑ Usona Nacia Biblioteko pri Medicino
↑ Nacia Instituto pri Sano
↑ High Throughput Screening (HTS)
↑ 4,0 4,1 Introduction to the Pharmaceutical Sciences, Nita K. Pandit
↑ La Koeficiento de Divido aŭ Konstanto de Separiĝo oleo-akvo estas la rilato inter la koncentriĝoj de la substancoj, por ekscii en kiu momento ili separiĝas.
↑ Structure-based Drug Discovery: An Overview, R. E. Hubbard
↑ Usona Kemia Societo
↑ Hompaĝo de Chemical Abstracts Service
↑ Organic Chemistry, Marye Anne Fox, James K. Whitesell
Informoj pri la paĝo
Citi ĉi tiun artikolon
Ĉi tiu paĝo estis lastafoje redaktita je 23:13, 31 okt. 2016.
La teksto disponeblas laŭ la permesilo Krea Komunaĵo Atribuite-Samkondiĉe 3.0 Neadaptita; eble aldonaj kondiĉoj aplikeblas. Vidu la uzkondiĉojn por detaloj.
Regularo pri respekto de la privateco
Vidigo por porteblaj aparatoj