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前作のプロメテウスより10年後の話となっている。入植船:コヴェナント号で2104年12月5日 乗組員15名 入植者2000名 胚芽1140体を乗せて 惑星オリガエ-6へ7年4か月後到着予定で向かっていた。途中、惑星形成の衝撃波によってコヴェナント号が影響を受けて、何人か乗組員が死亡し、船を修繕していた。修繕途中にセクター87という惑星から謎の通信を46秒ごとに繰り返し受信した。一同はセクター87が人間の生活するのに適した星と判断し、惑星オリガエ-6へ行く途中に進路変更しセクター87に行くことになる。一同は調査に乗り出すも化け物に襲われる。
引用元:https://www.youtube.com/watch?v=l1CfUGxNYGk
ジャネット・ダニエルズ
主人公。人類移住計画の責任者でテラフォーミングの専門家。ジェイコブの妻。夫とは惑星オリガエ-6へ移住した際には湖畔に小屋を建てて生活するのを夢見ていた。謎の発信を確認後に初めからセクター87に行くのを反対しいていた。最終、クリス亡き後の船長となる。セクター87より生還するが最後に色々な意味で絶望する事となる。
引用元:https://www.youtube.com/watch?v=l1CfUGxNYGk&t=503s
副船長。カリンの夫。ジェイコブ亡き後のコヴェナント号の指揮をとる。自身の指揮に関して不安と劣等感を抱いている。当初セクター87へ行くことをジャネットから反対されたが無視した。デヴィッドの罠にかかりフェイスハガーの餌食となった。その後、デヴィッドに見守られながら腹からプロトモーフ(チェストバスターに似ているが初めから体が成体と酷似している。)が飛び出て絶命。
引用元:https://www.youtube.com/watch?v=l1CfUGxNYGk&t=503s
チーフパイロット。マギーの夫。愛称は「ティー」。バカ女の夫だけあり、妻の通信音声が怯えていたという理由で、独断でセクター87の危険な嵐にコヴェナント号の母船を突っ込もうとしていた。生還する。
引用元:https://www.youtube.com/watch?v=l1CfUGxNYGk&t=503s
警備責任者。ハレットのパートナー。クリス船長を探しに地下室へ行った際に死体になっている船長を発見する。すぐ近くにいたフェイスハガーに襲われコールから助けてもらうも強酸で左頬を負傷する。コヴェナント号に戻るもプロトモーフが潜んでおり食い殺される。
引用元:https://www.youtube.com/watch?v=8TFGEaQ-4I0
生物学者。クリスの妻。レドワードの容体がおかしくなったので彼を小型船へマギーと一緒に運ぶも、レドワードの異変に気付いたマギーにネオモーフ(バックバスター)と一緒に閉じ込められた。産まれてきたネオモーフに殺される。
引用元:https://www.youtube.com/watch?v=l1CfUGxNYGk&t=503s
パイロット。テネシーの妻。バカ女。レドワードの容体がおかしくなった際に、カリンとレドワードを小型船に閉じ込め何もしなかった。ネオモーフがレドワードから誕生してカリンを殺した後に追って来たので応戦するため船内で銃を発砲したが、撃った銃弾が船内の火元にあたり、小型船もろとも爆死した。
引用元:https://www.youtube.com/watch?v=l1CfUGxNYGk&t=503s
操縦士。アップワースの夫。セクター87より逃げ延びた後、風呂場でアップワースとイチャついてた所をプロトモーフに背後からインナーマウスで後頭部を貫かれて絶命。
引用元:https://www.youtube.com/watch?v=8TFGEaQ-4I0
通信士官。リックスの妻。セクター87より逃げ延びた後、風呂場でアップワースとイチャついてた所をプロトモーフに襲われ絶命。
引用元:https://www.youtube.com/watch?v=8TFGEaQ-4I0
警備の副官。ロープのパートナー。セクター87に到着後にエンジニアの宇宙船を探索中に鼻からネオモーフの元となる黒い粉末を吸い込む。レドワードの体調不良の件で小型船に呼び出されている最中に、自身も体調不良となり口よりネオモーフが飛び出して絶命。
引用元:https://www.youtube.com/watch?v=8TFGEaQ-4I0
警備担当。ハレット軍曹の体調不良のため小型船に戻っている最中にネオモーフが茂みより出てきてシッポで下顎を抉り取られて死亡。
引用元:https://www.youtube.com/watch?v=8TFGEaQ-4I0
警備担当。セクター87到着後、惑星内を探索中に森の中で木の実を踏み潰した際にネオモーフの元となる黒い粉末が右耳の中より体内に入り込む。黒い粉末が体内に寄生後すぐに容体がおかしくなり、小型船に戻るも背中からネオモーフが飛び出て絶命。
引用元:https://www.youtube.com/watch?v=l1CfUGxNYGk&t=503s
警備担当。ロープ軍曹と一緒にクリス船長を探していた際に、ロープ軍曹がフェイスハガーに襲われた際にナイフで刺して助けたが、プロトモーフに襲われ絶命。
引用元:https://www.youtube.com/watch?v=l1CfUGxNYGk&t=518s
警備担当。デヴィッドに案内された洞窟内でキズの手当てをしていた際に、ネオモーフが後ろから近づいていた事に気付かず襲い掛かられ絶命した。
引用元:https://www.youtube.com/watch?v=8TFGEaQ-4I0
ジェイコブ・ブランソン
船長。惑星オリガエ-6へ向かっている途中で惑星形成の衝撃波によってコヴェナント号が影響を受けた際に人工睡眠装置内で火災が発生して不慮の事故死をする。
引用元:https://www.youtube.com/watch?v=l1CfUGxNYGk&t=503s
ピーター・ウェイランド
前作の若き日のウェイランド。人類の起源は単なる分子の組み合わせでの偶然の副産物ではなく、何か別に起源があるとし、その起源を探したいと作中で語る。
引用元:https://www.youtube.com/watch?v=l1CfUGxNYGk&t=503s