hu hbs_lat hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu pt uk en en hu sk hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu de hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu en ar hbs_lat ca de el es fa fr lt id it ja sv ko en ml ms nl pl pt ro ru hbs_lat sl hbs_lat sv ta fy vi zh hu hu hu hu hu hu hu hu hu hu
A Wikipédiából, a szabad enciklopédiából
Ez a közzétett változat, ellenőrizve: 2022. január 21.
Ugrás a navigációhoz Ugrás a kereséshez
A KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) egy a genómokkal, biológiai útvonalakkal, betegségekkel, gyógyszerekkel és kémiai elemekkel foglalkozó adatbázisok gyűjtőhelye. A KEGG-et a bioinformatikai kutatásoknál és oktatásoknál használják, többek között a genomika, a metagenomika, a metabolomika és más omikák területén elemzéshez. Emellett a rendszerbiológia, a transzlációs kutatás és a gyógyszerfejlesztés területén használják modellezésnél és szimulációnál.
A KEGG adatbázis projektet 1995-ben Minoru Kanehisa kezdeményezte az akkor Japánban futó Humán Genom Program keretein belül, aki akkor a Kiotói Egyetem Kémiai Kutatások Intézetének a professzora volt.[1][2] Előre látva a számítógépen elérhető erőforrások iránti igényt, melynek segítségével feldolgozhatóak a genom szekvenciális adatai, nekiállt kifejleszteni a KEGG PATHWAY adatbázist. Ez kézzel rajzolt KEGG ösvények gyűjteménye lett, amely a anyagcseréről és a sejtek és szervek egyéb funkcióiról szerzett tapasztalati adatokat tette fel egy térképre. Minden térképi ösvény a molekulák kölcsönhatásának és hatásainak egy ösvényét rajzolja ki, célja pedig az volt, hogy a felfedezett géneket azok eredményéhez kapcsolja. Az eredmények többsége valamilyen protein lett.Így létrejöhetett az úgynevezett KEGG ösvény térképek elemzése, mely során a genómban lévő génállomány összehasonlíthatóvá vált a KEGG PATHWAY adatbázissal, és így lehetett tanulmányozni, hogy milyen ösvény és hozzá kapcsolódó funkció lehet az adott génben kódolva.
A fejlesztők szerint a KEGG a biológiai rendszer „számítógépes reprezentánsa.”[3] Ebben benne vannak az építő elemek és az azokat leíró vonaldiagramok. Pontosabban a gének és a proteinek építőelemei, a kis molekulák kémiai építőelemei, a reakcióik, a molekulák reakcióinak és kapcsolatainak vonaldiagramos hálózata. Ezek a KEGG következő adatbázisaiban vannak eltárolva, melyeket több csoportba is be lehet sorolni,melyek között ott van a rendszer, a genom, a kémia és az egészség, illetve az ezekhez kapcsolódó információk.[4]
PATHWAY – biológiai ösvény térképek a sejti és a szervi funkciókról.
MODULE – modulok vagy a gének funkcionális egységei
BRITE – biológiai egységek hierarchikus felépítése.
GENOME – teljes genomok
GENES – gének és fehérjék a teljes genomban.
ORTHOLOGY – gének ortológ csoportjai a teljes genomban.
COMPOUND, GLYCAN – kémiai összetevők és glikánok
REACTION, RPAIR, RCLASS – kémiai reakciók
ENZYME – enzim nómenklatúra
DISEASE – humán betegségek
DRUG – jóváhagyott gyógyszerek
ENVIRON – gyógyszer alapok és egészségügyikiegészítők
A KEGG PATHWAY adatbázis, a vonaldiagram adatbázis a KEGG központi eleme. Ez ösvények olyan térképeit gyűjti össze, melybe több entitás is helyet kap. Ilyenek a gének, a proteinek, RNS-ek, kémiai vegyületek, glikánok valamint a kémiai reakciók, a betegségekért felelős gének és a gyógyszerek célpontjai, melyeket a KEGG egyéb adatbázisai külön-külön is tartalmaznak.A térképeket a következő csoportokba sorolták:
Általános információ feldolgozás (transzkripció, transzláció, DNS-másolás, DNS_javítás stb )
Környezeti információk feldolgozása (membrán traszport, stb)
Sejti folyamatok (sejtnövekedés, sejthalál, sejt membrán funkciók stb.)
organizmus rendszerek (immunrendszer, endokrin rendszer, idegrendszer, stb.)
↑  (2000) „KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes”. Nucleic Acids Res 28 (1), 27–30. o. DOI:10.1093/nar/28.1.27. PMID 10592173.
↑ Kanehisa M (1997). „A database for post-genome analysis”. Trends Genet 13 (9), 375–6. o. DOI:10.1016/S0168-9525(97)01223-7. PMID 9287494.
↑  (2006) „From genomics to chemical genomics: new developments in KEGG”. Nucleic Acids Res 34 (Database issue), D354–7. o. DOI:10.1093/nar/gkj102. PMID 16381885.
↑  (2014) „Data, information, knowledge and principle: back to metabolism in KEGG”. Nucleic Acids Res 42 (Database issue), D199–205. o. DOI:10.1093/nar/gkt1076. PMID 24214961.
A lap eredeti címe: „https://hu.wikipedia.org/w/index.php?title=KEGG&oldid=24607613”
Hivatkozás erre a változatra
Hogyan hivatkozz erre a lapra?
A lap utolsó módosítása: 2022. január 21., 19:32
A lap szövege Creative Commons Nevezd meg! – Így add tovább! 3.0 licenc alatt van; egyes esetekben más módon is felhasználható. Részletekért lásd a felhasználási feltételeket.