ml ml ml ml en hbs_lat ml az ml en ml en en ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml en en en en en ml en ml ml ml ml en ml ml en en ml mt ml ml en en en en vi fr en en zh en ro en en hbs_lat ia en hbs_lat hbs_lat pt en en en zh en eo es pt en en hbs_lat en de it hbs_lat en zh en eo en hbs_lat it hu hbs_lat en en en ml ml ml ml en en en en en en ml en en ml en ml en en en ml en en en en en ml en en en en en en en en en en en en en en en en en en en en ml ml ml ml kn en en ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml en ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml ar az hbs_lat ca hbs_lat da de el en eo es fi fr lt hu id it ja ko lt en ms nl nb pl pt ro ru sd hbs_lat en sl hbs_lat sv tr fy ur zh ml ml ml ml ml ml ml ml ml ml
സിമ്പ്ലിഫൈഡ് മോളിക്യൂലാർ-ഇൻപുട് ലൈൻ‌-എൻട്രി സിസ്റ്റം - വിക്കിപീഡിയ
(Simplified molecular input line entry specification എന്ന താളിൽ നിന്നും തിരിച്ചുവിട്ടതു പ്രകാരം)
Jump to navigation Jump to search
Generation of SMILES: Break cycles, then write as branches off a main backbone. (Ciprofloxacin)
ലളിതമായ ആസ്കി അക്ഷരശൃംഖല ഉപയോഗിച്ചുകൊണ്ട് ഒരു രാസവസ്തുവിന്റെ തന്മാത്രാരൂപത്തെ വിവരിക്കുന്ന രീതിയാണ് സിമ്പ്ലിഫൈഡ് മോളിക്യൂലാർ-ഇൻപുട് ലൈൻ‌-എൻട്രി സിസ്റ്റം (The simplified molecular-input line-entry system (SMILES)) അഥവാ സ്മൈൽസ്. ഇങ്ങനെ ലഭ്യമാകുന്ന സൂത്രവാക്യം ഉപയോഗിച്ച് മിക്ക തന്മാത്രാഎഡിറ്ററുകൾക്കും ഈ സൂത്രവാക്യങ്ങളെ തിരികെ ദ്വിമാനചിത്രീകരണമായിട്ടോ അല്ലെങ്കിൽ ത്രിമാനരൂപങ്ങളായോ മാറ്റുവാൻ കഴിയുന്നതാണ്.
1980 -കളിലാണ് ഇതിന്റെ തുടക്കം. പിന്നീട് പലതരത്തിൽ മാറ്റങ്ങൾ വരുത്തുകയും കൂട്ടിച്ചേർക്കലുകൾ ഉണ്ടാവുകയും ചെയ്തിട്ടുണ്ട്. 2007 -ൽ OpenSMILES എന്നറിയപ്പെട്ട ഒരു തുറന്ന അംഗീകൃതമാതൃക ഓപൺസോഴ്സ് രസതന്ത്ര കമ്മ്യൂണിറ്റി വികസിപ്പിച്ചെടുത്തു. ഇത്തരം മറ്റുരീതികൾ Wiswesser line notation (WLN), ROSDAL, SYBYL Line Notation (SLN) ഒക്കെയാണ്.
10.1 സ്മൈൽസുമായി ബന്ധപ്പെട്ടിട്ടുള്ള സൊഫ്റ്റ്‌വേറുകളും സഹായഉപകരണങ്ങളും
ആറ്റങ്ങളെ അവയുടെ ആവർത്തനപട്ടികയിലുള്ള അതേരീതിയിൽ മൂലകങ്ങളെ, രേഖപ്പെടുത്തുന്നരീതിയിൽത്തന്നെയാണ് ഇവിടെയും ഉൾക്കൊള്ളിച്ചിരിക്കുന്നത്. അവയെ ചതുരബ്രാക്കറ്റിലാവും കാണിക്കുക, ഉദാഹരണാത്തിന് സ്വർണ്ണത്തെ [Au] എന്ന്. താഴെപ്പറയുന്നിടങ്ങളിൽ ബ്രാക്കറ്റുകൾ വേണ്ടെന്നുവയ്ക്കാറുണ്ട്:
are in the "organic subset" of B, C, N, O, P, S, F, Cl, Br, or I, and
have no formal charge, and
have the number of hydrogens attached implied by the SMILES valence model (typically their normal valence, but for N and P it is 3 or 5, and for S it is 2, 4 or 6), and
are the normal isotopes, and
are not chiral centers.
ബാക്കി എല്ലാ മൂലകങ്ങളെയും ചതുരബ്രാക്കറ്റുകളിൽത്തന്നെ വേണം ചിത്രീകരിക്കാൻ. ചാർജുള്ളവയെ കൃത്യമായിത്തന്നെ വേണം രേഖപ്പെടുത്താൻ. ഉദാഹരണത്തിന് വെള്ളത്തിന്റെ സ്മൈൽസ് ഒന്നുകിൽ O അല്ലെങ്കിൽ [OH2]. ഹൈഡ്രജൻ വേറൊരു ആറ്റമായി വേണമെങ്കിൽ കാണിക്കാം; വെള്ളത്തെ [H]O[H] എന്നും എഴുതാം.
When brackets are used, the symbol H is added if the atom in brackets is bonded to one or more hydrogen, followed by the number of hydrogen atoms if greater than 1, then by the sign '+' for a positive charge or by '-' for a negative charge. For example, [NH4+] for ammonium. If there is more than one charge, it is normally written as digit; however, it is also possible to repeat the sign as many times as the ion has charges: one may write either [Ti+4] or [Ti++++] for Titanium IV (Ti4+). Thus, the hydroxide anion is represented by [OH-], the hydronium cation is [OH3+] and the cobalt III cation (Co3+) is either [Co+3] or [Co+++].
ഒരു ബന്ധനത്തെ ചിത്രീകരിക്കുന്നത് ഇതിലേതെങ്കിലും ഒരു ചിഹ്നം ഉപയോഗിച്ചാണ്. '.' '-' '=' '#' '$' ':' '/' or '\'.
Visualization of 3-cyanoanisole as COc(c1)cccc1C#N.
Beta-carotene, with the eleven double bonds highlighted.
ഉദാഹരണമായി ബീറ്റാകരോട്ടിന് ഒന്നിടവിട്ട ഏകബന്ധങ്ങളും ഇരട്ടബന്ധങ്ങളും ഉണ്ട്, അവയെ ഇങ്ങനെ എഴുതാം. CC1CCC/C(C)=C1/C=C/C(C)=C/C=C/C(C)=C/C=C/C=C(C)/C=C/C=C(C)/C=C/C2=C(C)/CCCC2(C)C.
Bergenin (cuscutin) (a resin) (C14H16O9)
A pheromone of the Californian scale insect
2S,5R-Chalcogran: a pheromone of the bark beetle Pityogenes chalcographus[1]
To illustrate a molecule with more than 9 rings, consider Cephalostatin-1,[2] a steroidic trisdecacyclic pyrazine with the empirical formula C54H74N2O10 isolated from the Indian Ocean hemichordate Cephalodiscus gilchristi:
Starting with the left-most methyl group in the figure:
Note that '%' appears in front of the index of ring closure labels above 9; see § Rings above.
SMILES arbitrary target specification SMARTS language for specification of substructural queries.
SYBYL Line Notation (another line notation)
Molecular Query Language – query language allowing also numerical properties, e.g. physicochemical values or distances
Chemistry Development Kit (2D layout and conversion)
International Chemical Identifier (InChI), the IUPAC's alternative to SMILES.
OpenBabel, JOELib, OELib (conversion)
↑ Byers, JA; Birgersson, G; Löfqvist, J; Appelgren, M; Bergström, G (Mar 1990). "Isolation of pheromone synergists of bark beetle,Pityogenes chalcographus, from complex insect-plant odors by fractionation and subtractive-combination bioassay" (PDF). Journal of Chemical Ecology. 16 (3): 861–76. doi:10.1007/BF01016496. PMID 24263601.
↑ National Center for Biotechnology Information (NCBI). PubChem Compound. (accessed May 12, 2012) PubChem Compound CID=183413 (Cephalostatin-1)
Anderson, E.; Veith, G. D.; Weininger, D. (1987). SMILES: A line notation and computerized interpreter for chemical structures. Duluth, MN: U.S. EPA, Environmental Research Laboratory-Duluth. Report No. EPA/600/M-87/021. Unknown parameter |name-list-format= ignored (|name-list-style= suggested) (help)CS1 maint: ref=harv (link)
Helson, H. E. (1999). "Structure Diagram Generation". എന്നതിൽ Lipkowitz, K. B.; Boyd, D. B. (സംശോധകർ.). Rev. Comput. Chem. 13. New York: Wiley-VCH. പുറങ്ങൾ. 313–398. doi:10.1002/9780470125908.ch6. Unknown parameter |name-list-format= ignored (|name-list-style= suggested) (help)CS1 maint: ref=harv (link)
Weininger, David (February 1988). "SMILES, a chemical language and information system. 1. Introduction to methodology and encoding rules". Journal of Chemical Information and Modeling. 28 (1): 31–6. doi:10.1021/ci00057a005. Unknown parameter |name-list-format= ignored (|name-list-style= suggested) (help)CS1 maint: ref=harv (link)
Weininger, David; Weininger, Arthur; Weininger, Joseph L. (May 1989). "SMILES. 2. Algorithm for generation of unique SMILES notation". Journal of Chemical Information and Modeling. 29 (2): 97–101. doi:10.1021/ci00062a008. Unknown parameter |name-list-format= ignored (|name-list-style= suggested) (help)CS1 maint: ref=harv (link)
Weininger, David (August 1990). "SMILES. 3. DEPICT. Graphical depiction of chemical structures". Journal of Chemical Information and Modeling. 30 (3): 237–43. doi:10.1021/ci00067a005. Unknown parameter |name-list-format= ignored (|name-list-style= suggested) (help)CS1 maint: ref=harv (link)
"SMILES – A Simplified Chemical Language"
The OpenSMILES home page
"SMARTS – SMILES Extension"
സ്മൈൽസുമായി ബന്ധപ്പെട്ടിട്ടുള്ള സൊഫ്റ്റ്‌വേറുകളും സഹായഉപകരണങ്ങളും[തിരുത്തുക]
NCI/CADD Chemical Identifier Resolver – resolves or generates SMILES from chemical names, CAS Registry Numbers, InChI/InChIKey and many other chemical structure file formats
NCI/CADD Online SMILES Translator and Structure File Generator Archived 2001-05-01 at the Wayback Machine. – Java online molecule editor
PubChem server side structure editor – online molecule editor
smi23d – 3D Coordinate Generation
Daylight Depict Archived 2001-12-02 at the Wayback Machine. – Translate a SMILES formula into graphics
GIF/PNG-Creator for 2D Plots of Chemical Structures Archived 2004-10-15 at the Wayback Machine.
JME molecule editor Archived 2001-04-28 at the Wayback Machine. - Chemical editor/viewer and SMILES/SMARTS generator in Java
JSME molecule editor Archived 2015-01-06 at the Wayback Machine. - Free chemical editor/viewer and SMILES/SMARTS generator in JavaScript
Marvin Archived 2007-11-07 at the Wayback Machine. by ChemAxon – online chemical editor/viewer and SMILES generator/converter
Instant JChem Archived 2007-11-12 at the Wayback Machine. by ChemAxon – desktop application for storing/generating/converting/visualizing/searching SMILES structures, particularly batch processing; personal edition free
JChem for Excel Archived 2010-02-03 at the Wayback Machine. by ChemAxon – MS Excel add-in for storing/generating/converting/visualizing/searching SMILES structures
Smormo-Ed – a molecule editor for Linux which can read and write SMILES
InChI.info – an unofficial InChI website featuring on-line converter from InChI and SMILES to molecular drawings
Balloon – A free program for 3D coordinate generation and conformational analysis.
Indigo Archived 2015-02-11 at the Wayback Machine. – an open-source cross-platform cheminformatics library with a plugin for IUPAC-compliant molecule and reaction 2D structural formula rendering.
Open Babel – an open-source chemical toolbox allowing anyone to search, convert, analyze, or store biochemical data.
Bioclipse – a free and open source workbench for the life sciences
MolEngine – A .NET cheminformatics toolkit to read/write SMILES, generate 2D coordinate from SMILES, and convert SMILES from/into other Chemical file formats.
JSDraw – A cross-platform javascript chemical structure editor to generate SMILES and SMARTS.
"https://ml.wikipedia.org/w/index.php?title=സിമ്പ്ലിഫൈഡ്_മോളിക്യൂലാർ-ഇൻപുട്_ലൈൻ‌-എൻട്രി_സിസ്റ്റം&oldid=3657656" എന്ന താളിൽനിന്ന് ശേഖരിച്ചത്
CS1 errors: unsupported parameter
Webarchive template wayback links
PDF ആയി ഡൗൺലോഡ് ചെയ്യുക
ഈ താൾ അവസാനം തിരുത്തപ്പെട്ടത്: 11:59, 3 സെപ്റ്റംബർ 2021.
വിവരങ്ങൾ ക്രിയേറ്റീവ് കോമൺസ് ആട്രിബ്യൂഷൻ-ഷെയർഎലൈക്ക് അനുമതിപത്ര പ്രകാരം ലഭ്യമാണ്; മേൽ നിബന്ധനകൾ ഉണ്ടായേക്കാം. കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക് ഉപയോഗനിബന്ധനകൾ കാണുക.