التنبؤ الخلوي
{{لا مصدر|تاريخ=يناير 2022}}
{{مقالة غير مراجعة|تاريخ = أغسطس 2019}}
{{يتيمة|تاريخ=أغسطس 2019}}
التنبؤ بموقع البروتين داخل الخلية (أو فقط، التنبؤ بموقع البروتين) يتضمن التنبؤ بأين يقيم البروتين في الخلية، هذا يدعى الموقع دون الخلوي.

بشكل عام، تأخذ أدوات التنبؤ معلومات الإدخال حول البروتين، مثل [[بنية بروتين أولية|تسلسل البروتين]] من [[حمض أميني|الأحماض الأمينية]]، وتنتج موقعًا متوقعًا داخل الخلية كمخرجات، مثل [[نواة (خلية)|النواة]]، أو [[شبكة إندوبلازمية|الشبكة الإندوبلازمية]]، أو [[جهاز غولجي|أجسام غولجي]]، أو [[خارج خلوي|الحيز خارج الخلية]]، أو غيرها من [[عضية خلوية|العضيات]]. الهدف من ذلك هو بناء أدوات يمكنها التنبؤ بدقة بنتيجة [[توجيه البروتين|استهداف البروتين]].

يعد التنبؤ بالبروتين مكونا مهما في التنبؤ المعتمد على [[معلوماتية حيوية|المعلومات الحيوية]]   في الخلايا.لوظيفة البروتين ومشروع الجينوم ويمكن ان يساعد في تحديد اهداف الدواء.

== خلفية ==
يمكن أن يكون تحديد موقع [[بروتين|البروتين]] دون الخلوي التجريبي مهمة شاقة وتستغرق وقتًا طويلاً. غالبًا ما يتم استخدام التطعيم المناعي أو وضع علامات (مثل البروتين المستشع«الفلوري» الأخضر) لعرض الموقع باستخدام المجهر الضوئي. استخدام التنبؤ هو بديل يعطي نتائج بدقة عالية.من خلال تطوير أساليب جديدة في علوم الكمبيوتر، بالإضافة إلى مجموعة بيانات متزايدة من البروتينات ذات الموقع المعروف، يمكن للأدوات الحسابية الآن أن تقدم تنبؤات سريعة ودقيقة للموقع للعديد من الكائنات الحية. وقد نتج عن ذلك أن يصبح تنبؤ الموقع دون الخلوي أحد التحديات التي ساعدتها بنجاح المعلوماتية الحيوية والتعلم الآلي، يمكن للأدوات الحسابية الآن أن تقدم تنبؤات سريعة ودقيقة للموقع للعديد من الكائنات الحية. وقد نتج عن ذلك أن يصبح تنبؤ الموقع دون الخلوي أحد التحديات التي ساعدتها بنجاح المعلوماتية الحيوية والتعلم الآلي

== الادوات ==
في عام 1999، كان برنامج PSORT أول برنامج منشور للتنبؤ بالموقع دون الخلوي.  تم إصدار الأدوات والمواقع الإلكترونية اللاحقة باستخدام تقنيات مثل الشبكات العصبية الاصطناعية وآلة ناقلات الدعم وعناصر البروتين. يمكن أن يكون المتنبئون متخصصين في البروتينات في الكائنات الحية المختلفة. بعضها متخصص في البروتينات حقيقية النواة، وبعضها للبروتينات البشرية،  والبعض الآخر للبروتينات النباتية.تمت مراجعة طرق التنبؤ بالتنبؤات بالموقع الجرثومي، ودقة هذه التنقيب.وقد تم تلخيص تطور التنبؤ بموقع البروتين في مقالتين شاملتين.   يمكن العثور على الأدوات الحديثة وتقرير الخبرة في ورقة حديثة أعدها. Meinken and Min (2012)

== التطبيق ==
معرفة موقع البروتين دون الخلوي يمكن ان يحسن إلى حد كبير في تحديد الهدف اثناء عملية اكتشاف الدواء. على سبيل المثال، يمكن الوصول بسهولة إلى البروتينات المفرزة وبروتينات غشاء البلازما عن طريق جزيئات الدواء بسبب موقعها في الحيز خارج الخلية أو على سطح الخلية.

سطح الخلية البكتيرية والبروتينات المفرطة هي أيضا ذات أهمية لإمكاناتها كمرشحين لقاح أو كأهداف تشخيصية. لوحظ شذوذ مواقع البروتينات في خلايا العديد من الأمراض، مثل السرطان ومرض الزهايمر. البروتينات المخفية من بعض العتائق«كائنات وحيدة الخلية» التي يمكنها البقاء في بيئات غير عادية لها تطبيقات مهمة صناعيا
<span dir="RTL"></span>
باستخدام التنبؤ، يمكن تقييم عدد كبير من البروتينات من أجل العثور على مرشحين يتم الاخذ بهم إلى الموقع المطلوب.

== قواعدالبيانات ==
نتائج تخزين التنبؤ بالموقع دون الخلوي يمكن تخزينها في قواعد البيانات. ومن الأمثلة على ذلك:

database Compartments, FunSecKB2, a fungal database; PlantSecKB, a plant database; MetazSecKB, an animal and human database; and ProtSecKB, a protist database

== المراجع ==
{{مراجع|33em}}

== قراءة متعمقة ==
{{بداية المراجع|33em}}
* {{استشهاد بدورية محكمة|عدة مؤلفين=Bork P, Dandekar T, Diaz-Lazcoz Y, Eisenhaber F, Huynen M, Yuan Y|عنوان=Predicting function: from genes to genomes and back|صحيفة=Journal of Molecular Biology|المجلد=283|العدد=4|صفحات=707–25|تاريخ=Nov 1998|pmid=9790834|doi=10.1006/jmbi.1998.2144}}
* {{استشهاد بدورية محكمة|عدة مؤلفين=Nakai K|عنوان=Protein sorting signals and prediction of subcellular localization|صحيفة=Advances in Protein Chemistry|المجلد=54|العدد=|صفحات=277–344|سنة=2000|pmid=10829231|doi=10.1016/s0065-3233(00)54009-1|isbn=0120342545}}
* {{استشهاد بدورية محكمة|عدة مؤلفين=Emanuelsson O|عنوان=Predicting protein subcellular localisation from amino acid sequence information|صحيفة=Briefings in Bioinformatics|المجلد=3|العدد=4|صفحات=361–76|تاريخ=Dec 2002|pmid=12511065|doi=10.1093/bib/3.4.361}}
* {{استشهاد بدورية محكمة|عدة مؤلفين=Schneider G, Fechner U|عنوان=Advances in the prediction of protein targeting signals|صحيفة=Proteomics|المجلد=4|العدد=6|صفحات=1571–80|تاريخ=Jun 2004|pmid=15174127|doi=10.1002/pmic.200300786}}
* {{استشهاد بدورية محكمة|عدة مؤلفين=Gardy JL, Brinkman FS|عنوان=Methods for predicting bacterial protein subcellular localization|صحيفة=Nature Reviews. Microbiology|المجلد=4|العدد=10|صفحات=741–51|تاريخ=Oct 2006|pmid=16964270|doi=10.1038/nrmicro1494}}
* {{استشهاد بدورية محكمة|عدة مؤلفين=Chou KC, Shen HB|عنوان=Recent progress in protein subcellular location prediction|صحيفة=Analytical Biochemistry|المجلد=370|العدد=1|صفحات=1–16|تاريخ=Nov 2007|pmid=17698024|doi=10.1016/j.ab.2007.07.006}}
* {{استشهاد بدورية محكمة|عدة مؤلفين=Lum G, Meinken J, Orr J, Frazier S, Min XJ|عنوان=PlantSecKB: the plant secretome and subcellular proteome knowledgebase|صحيفة=Computational Molecular Biology.|المجلد=4|العدد=1|صفحات=1–17|تاريخ=2014|doi=10.5376/cmb.2014.04.0001}}
{{شريط بوابات|علم الأحياء الخلوي والجزيئي}}

[[تصنيف:برمجيات معلوماتية حيوية]]
[[تصنيف:توجيه البروتين]]
[[تصنيف:طرق البروتين]]
[[تصنيف:علم الأحياء الخلوي]]
[[تصنيف:علوم حاسوبية]]
التنبؤ بموقع البروتين داخل الخلية (أو فقط، التنبؤ بموقع البروتين) يتضمن التنبؤ بأين يقيم البروتين في الخلية، هذا يدعى الموقع دون الخلوي.

بشكل عام، تأخذ أدوات التنبؤ معلومات الإدخال حول البروتين، مثل تسلسل البروتين من الأحماض الأمينية، وتنتج موقعًا متوقعًا داخل الخلية كمخرجات، مثل النواة، أو الشبكة الإندوبلازمية، أو أجسام غولجي، أو الحيز خارج الخلية، أو غيرها من العضيات. الهدف من ذلك هو بناء أدوات يمكنها التنبؤ بدقة بنتيجة استهداف البروتين.

يعد التنبؤ بالبروتين مكونا مهما في التنبؤ المعتمد على المعلومات الحيوية   في الخلايا.لوظيفة البروتين ومشروع الجينوم ويمكن ان يساعد في تحديد اهداف الدواء.

 خلفية 
يمكن أن يكون تحديد موقع البروتين دون الخلوي التجريبي مهمة شاقة وتستغرق وقتًا طويلاً. غالبًا ما يتم استخدام التطعيم المناعي أو وضع علامات (مثل البروتين المستشع«الفلوري» الأخضر) لعرض الموقع باستخدام المجهر الضوئي. استخدام التنبؤ هو بديل يعطي نتائج بدقة عالية.من خلال تطوير أساليب جديدة في علوم الكمبيوتر، بالإضافة إلى مجموعة بيانات متزايدة من البروتينات ذات الموقع المعروف، يمكن للأدوات الحسابية الآن أن تقدم تنبؤات سريعة ودقيقة للموقع للعديد من الكائنات الحية. وقد نتج عن ذلك أن يصبح تنبؤ الموقع دون الخلوي أحد التحديات التي ساعدتها بنجاح المعلوماتية الحيوية والتعلم الآلي، يمكن للأدوات الحسابية الآن أن تقدم تنبؤات سريعة ودقيقة للموقع للعديد من الكائنات الحية. وقد نتج عن ذلك أن يصبح تنبؤ الموقع دون الخلوي أحد التحديات التي ساعدتها بنجاح المعلوماتية الحيوية والتعلم الآلي

 الادوات 
في عام 1999، كان برنامج PSORT أول برنامج منشور للتنبؤ بالموقع دون الخلوي.  تم إصدار الأدوات والمواقع الإلكترونية اللاحقة باستخدام تقنيات مثل الشبكات العصبية الاصطناعية وآلة ناقلات الدعم وعناصر البروتين. يمكن أن يكون المتنبئون متخصصين في البروتينات في الكائنات الحية المختلفة. بعضها متخصص في البروتينات حقيقية النواة، وبعضها للبروتينات البشرية،  والبعض الآخر للبروتينات النباتية.تمت مراجعة طرق التنبؤ بالتنبؤات بالموقع الجرثومي، ودقة هذه التنقيب.وقد تم تلخيص تطور التنبؤ بموقع البروتين في مقالتين شاملتين.   يمكن العثور على الأدوات الحديثة وتقرير الخبرة في ورقة حديثة أعدها. Meinken and Min (2012)

 التطبيق 
معرفة موقع البروتين دون الخلوي يمكن ان يحسن إلى حد كبير في تحديد الهدف اثناء عملية اكتشاف الدواء. على سبيل المثال، يمكن الوصول بسهولة إلى البروتينات المفرزة وبروتينات غشاء البلازما عن طريق جزيئات الدواء بسبب موقعها في الحيز خارج الخلية أو على سطح الخلية.

سطح الخلية البكتيرية والبروتينات المفرطة هي أيضا ذات أهمية لإمكاناتها كمرشحين لقاح أو كأهداف تشخيصية. لوحظ شذوذ مواقع البروتينات في خلايا العديد من الأمراض، مثل السرطان ومرض الزهايمر. البروتينات المخفية من بعض العتائق«كائنات وحيدة الخلية» التي يمكنها البقاء في بيئات غير عادية لها تطبيقات مهمة صناعيا

باستخدام التنبؤ، يمكن تقييم عدد كبير من البروتينات من أجل العثور على مرشحين يتم الاخذ بهم إلى الموقع المطلوب.

 قواعدالبيانات 
نتائج تخزين التنبؤ بالموقع دون الخلوي يمكن تخزينها في قواعد البيانات. ومن الأمثلة على ذلك:

database Compartments, FunSecKB2, a fungal database; PlantSecKB, a plant database; MetazSecKB, an animal and human database; and ProtSecKB, a protist database

 المراجع 

 قراءة متعمقة 

 
 
 
 
 
 
 

تصنيف:برمجيات معلوماتية حيوية
تصنيف:توجيه البروتين
تصنيف:طرق البروتين
تصنيف:علم الأحياء الخلوي
تصنيف:علوم حاسوبية