برفلة الريبوسوم
[[ملف:RibosomeProfilejpg.jpg|250px|تصغير|اختصار لبرفلة الريبوسوم: تقص ال[[نوكلياز]]ات أجزاء الرنا الرسول غير المحمية بواسطة ال[[ريبوسوم]]ات (غيرالمتواجدة داخلها) ثم تُستخلص القطع المحمية وطولها حوالي 28 [[نوكليوتيد]]، يُحدَّد تسلسلها ويُقارَن مع تسلسللات مرجعية لمعرفة مكان الريبوسومات بالتحديد.]]
'''برفلة الريبوسوم''' {{إنج|Ribosome profiling}} أو '''بصمة الريبوسوم''' (Ribosome footprinting) هي تقنية تَستخدم [[تسلسل الحمض النووي#طرق فائقة الإنتاجية High-throughput methods|السَلسَلة عالية الإنتاج]] (سَلسَلة الجيل التالي) لتحديد ما هي جزيئات [[حمض نووي ريبوزي رسول|الرنا الرسول]] التي تتم ترجمتها.<ref name="Ingolia_2014">{{استشهاد بدورية محكمة | عدة مؤلفين = Ingolia NT | عنوان = Ribosome profiling: new views of translation, from single codons to genome scale | صحيفة = Nature Reviews. Genetics | المجلد = 15 | العدد = 3 | صفحات = 205–13 | تاريخ = March 2014 | pmid = 24468696 | doi = 10.1038/nrg3645 }}</ref> وتعطي صورة عن ال[[ريبوسوم]]ات النشطة في الخلية أثناء لحظة معينة، ويسمى ذلك بالترجموم ([[:en:Translatome|en]]). تسمح هذه التقنية كذلك للباحثين بتحديد مواقع بدء الترجمة، [[قالب قراءة مفتوح|إطارات القراءة المفتوحة]] في خلية أو نسيج، توزيع الريبوسومات على الرنا الرسول، وسرعة الترجمة.<ref name="Weiss">{{استشهاد بدورية محكمة | عدة مؤلفين = Weiss RB, Atkins JF | عنوان = Molecular biology. Translation goes global | صحيفة = Science | المجلد = 334 | العدد = 6062 | صفحات = 1509–10 | تاريخ = December 2011 | pmid = 22174241 | doi = 10.1126/science.1216974 }}</ref> تتطلب برفلة الريبوسوم تحضير مكتبة سَلسَلة ودراسة بيانات مماثلة لتقنية [[سلسلة الرنا]] التي تُحدِّد التسلسل الكامل للرنا الرسول المتواجد في عينة، بينما برفلة الريبوسوم لا تستهدف سوى تسلسلات الرنا الرسول المحمية بواسطة الريبوسومات أثناء عملية الترجمة.<ref name="Ingolia_2014"/> هذه التقنية مختلفة عن تقنية برفلة [[عديد الريبوسومات|عديد الريبوسوم]] ([[:en:Polysome profiling|en]]).
== تاريخ ==
طُوِّرت تقنية برفلة الريبوسوم بواسطة نيكولاس إنغوليا وجوناثان فايسمان عبر تبني تقنية ابتكرها جوان شتايتز ومارلين كوزاك قبل خمسين سنة. تعتمد برفلة الريبوسوم على اكتشاف أن الرنا الرسول المرتبط بعدة ريبوسومات يمكن قص الأجزاء غير المحمية منه بواسطة ال[[نوكلياز]]ات. تدرس هذه التقنية مناطق جزيئات الرنا الرسول التي تتُرجم إلى بروتين وكذلك معدلات ترجمة كل منطقة لتوفير نظرة حول التعبير الجيني العام. قبل تطوير هذه التقنية، شملت مجهودات قياس الترجمة [[في الجسم الحي|حيويا]] دراسات الرنا المستخلص من [[عديد الريبوسومات|عديدات الريبوسوم]] بواسطة المصفوفات الدقيقة، وكذلك البرفلة الترجمية عبر [[استشراب انجذابي|التنقية بالألفة]] للريبوسمات الموسومة بال[[حاتمة]]، وهي تقنيات مكملة لكنها لا تقدم نفس دقة وأهمية المعلومات التي توفرها برفلة الريبوسوم.<ref name="Weiss"/>
== الاستخدام ==
تُستخدم سَلسَلة الرنا في دراسة التغير المستمر [[ترنسكربيتوم|للنسخوم]] الخلوي. وبشكل خاص، تسهِّل سَلسَلة الرنا القدرة على تحديد نُسَخِ الجين المضفرة [[وصل بديل|بالتضفير البديل]]، [[معالجة الحمض النووي الريبوزي|تعديلات ما بعد النسخ]]، [[اندماج الجين]]، الطفرات/ [[تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة]] والتغيرات في التعبير الجيني مع مرور الوقت، أو الاختلافات في التعبير الجيني في مجموعات أو علاجات مختلفة. فضلا عن نسخ [[حمض نووي ريبوزي رسول|الرنا الرسول]]، يمكن لسَلسَلة الرنا البحث في مختلف أنواع الرنا بما في ذلك الرنا الصغير مثل [[حمض ريبوزي نووي ميكروي|الرنا الميكروي]] [[حمض نووي ريبوزي ناقل|والرنا الناقل]] [[حمض نووي ريبوزي ريبوسومي|والرنا الريبوسومي]]. يمكن كذلك استخدام سَلسَلة الرنا لتحديد الحدود بين [[إكسون|الإكسونات]] [[إنترون|والإنترونات]] والتأكد من وتعديل حدود [[الاتجاهية (علم الأحياء الجزيئي)|النهاية 5']] [[الاتجاهية (علم الأحياء الجزيئي)|والنهاية 3']] الموضوعة سابقا للجينات. التقدمات الحديثة في سَلسَلة الرنا تشمل [[نسخوميات خلية مفردة|سَلسَلة خلية مفردة]] (en) والسَلسَلة الموضعية لنسيج مثبت.
== الإجراء ==
تتم برفلة الريبوسوم عبر الخطوات التالية:
# [[انحلال|تحليل]] الخلايا أو الأنسجة و[[استخلاص الرنا|استخلاص جزيئات الرنا]] المرتبطة بال[[ريبوسوم]]ات.
# تثبيت المركبات، وهذا يتم عادة بواسطة ال[[سيكلوهيكسيميد]] لكن يمكن استخدام مركبات كيميائية أخرى.
# قص الرنا غير المحمي من قبل الريبوسومات بواسطة ال[[نوكلياز]]ات.
# عزل مركبات رنا رسول-ريبوسوم باستخدام [[طرد مركزي تبايني]] [[سكروز]]ي أو أعمدة [[استشراب]] خاصة.
# التنقية باستخدام [[استخلاص فينول-كلوروفورم|الفينول والكلوروفورم]] لإزالة البروتينات.
# تحديد أطوال قطع الرنا الرسول المستخلصة والمحمية سابقا بواسطة الريبوسومات.
# وصل القطع بموائم 3'.
# إزالة شوائب الرنا الريبوسومي المعروفة (اختياري).
# النسخ العكسي للرنا إلى [[دنا متمم]] باستخدام [[منتسخة عكسية|الناسخ العكسي]].
# مضاعفة قطع الدنا الناتجة بطريقة خاصة.
# تحديد تسلسل القطع
# رصف التسلسلات الناتجة مع تسلسل جينومي ومقارنتها لتحديد {{وإو|بروفايل الترجمة|translational profile}}.<ref name="Ingolia_2009">{{استشهاد بدورية محكمة | عدة مؤلفين = Ingolia NT, Ghaemmaghami S, Newman JR, Weissman JS | عنوان = Genome-wide analysis in vivo of translation with nucleotide resolution using ribosome profiling | صحيفة = Science | المجلد = 324 | العدد = 5924 | صفحات = 218–23 | تاريخ = April 2009 | pmid = 19213877 | pmc = 2746483 | doi = 10.1126/science.1168978 }}</ref>
== مراجع ==
{{مراجع}}
{{شريط بوابات|الكيمياء الحيوية|تقانة حيوية|علم الأحياء الخلوي والجزيئي|علم الوراثة}}
{{روابط شقيقة}}
{{مصادر طبية}}

[[تصنيف:تقنيات علم الأحياء الجزيئي]]
[[تصنيف:ريبوزيمات]]
برفلة الريبوسوم  أو بصمة الريبوسوم (Ribosome footprinting) هي تقنية تَستخدم السَلسَلة عالية الإنتاج (سَلسَلة الجيل التالي) لتحديد ما هي جزيئات الرنا الرسول التي تتم ترجمتها. وتعطي صورة عن الريبوسومات النشطة في الخلية أثناء لحظة معينة، ويسمى ذلك بالترجموم (en). تسمح هذه التقنية كذلك للباحثين بتحديد مواقع بدء الترجمة، إطارات القراءة المفتوحة في خلية أو نسيج، توزيع الريبوسومات على الرنا الرسول، وسرعة الترجمة. تتطلب برفلة الريبوسوم تحضير مكتبة سَلسَلة ودراسة بيانات مماثلة لتقنية سلسلة الرنا التي تُحدِّد التسلسل الكامل للرنا الرسول المتواجد في عينة، بينما برفلة الريبوسوم لا تستهدف سوى تسلسلات الرنا الرسول المحمية بواسطة الريبوسومات أثناء عملية الترجمة. هذه التقنية مختلفة عن تقنية برفلة عديد الريبوسوم (en).
 تاريخ 
طُوِّرت تقنية برفلة الريبوسوم بواسطة نيكولاس إنغوليا وجوناثان فايسمان عبر تبني تقنية ابتكرها جوان شتايتز ومارلين كوزاك قبل خمسين سنة. تعتمد برفلة الريبوسوم على اكتشاف أن الرنا الرسول المرتبط بعدة ريبوسومات يمكن قص الأجزاء غير المحمية منه بواسطة النوكليازات. تدرس هذه التقنية مناطق جزيئات الرنا الرسول التي تتُرجم إلى بروتين وكذلك معدلات ترجمة كل منطقة لتوفير نظرة حول التعبير الجيني العام. قبل تطوير هذه التقنية، شملت مجهودات قياس الترجمة حيويا دراسات الرنا المستخلص من عديدات الريبوسوم بواسطة المصفوفات الدقيقة، وكذلك البرفلة الترجمية عبر التنقية بالألفة للريبوسمات الموسومة بالحاتمة، وهي تقنيات مكملة لكنها لا تقدم نفس دقة وأهمية المعلومات التي توفرها برفلة الريبوسوم.
 الاستخدام 
تُستخدم سَلسَلة الرنا في دراسة التغير المستمر للنسخوم الخلوي. وبشكل خاص، تسهِّل سَلسَلة الرنا القدرة على تحديد نُسَخِ الجين المضفرة بالتضفير البديل، تعديلات ما بعد النسخ، اندماج الجين، الطفرات/ تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة والتغيرات في التعبير الجيني مع مرور الوقت، أو الاختلافات في التعبير الجيني في مجموعات أو علاجات مختلفة. فضلا عن نسخ الرنا الرسول، يمكن لسَلسَلة الرنا البحث في مختلف أنواع الرنا بما في ذلك الرنا الصغير مثل الرنا الميكروي والرنا الناقل والرنا الريبوسومي. يمكن كذلك استخدام سَلسَلة الرنا لتحديد الحدود بين الإكسونات والإنترونات والتأكد من وتعديل حدود النهاية 5' والنهاية 3' الموضوعة سابقا للجينات. التقدمات الحديثة في سَلسَلة الرنا تشمل سَلسَلة خلية مفردة (en) والسَلسَلة الموضعية لنسيج مثبت.
 الإجراء 
تتم برفلة الريبوسوم عبر الخطوات التالية:
 تحليل الخلايا أو الأنسجة واستخلاص جزيئات الرنا المرتبطة بالريبوسومات.
 تثبيت المركبات، وهذا يتم عادة بواسطة السيكلوهيكسيميد لكن يمكن استخدام مركبات كيميائية أخرى.
 قص الرنا غير المحمي من قبل الريبوسومات بواسطة النوكليازات.
 عزل مركبات رنا رسول-ريبوسوم باستخدام طرد مركزي تبايني سكروزي أو أعمدة استشراب خاصة.
 التنقية باستخدام الفينول والكلوروفورم لإزالة البروتينات.
 تحديد أطوال قطع الرنا الرسول المستخلصة والمحمية سابقا بواسطة الريبوسومات.
 وصل القطع بموائم 3'.
 إزالة شوائب الرنا الريبوسومي المعروفة (اختياري).
 النسخ العكسي للرنا إلى دنا متمم باستخدام الناسخ العكسي.
 مضاعفة قطع الدنا الناتجة بطريقة خاصة.
 تحديد تسلسل القطع
 رصف التسلسلات الناتجة مع تسلسل جينومي ومقارنتها لتحديد .
 مراجع 

تصنيف:تقنيات علم الأحياء الجزيئي
تصنيف:ريبوزيمات