هندسة وراثية طبيعية
{{يتيمة|تاريخ=أبريل 2019}}
'''الهندسة الوراثية الطبيعية''' (NGE) هي فئة من العمليات التي اقترحها عالم البيولوجيا الجزيئية جيمس شابيرو لحساب الحداثة التي نشأت في سياق التطور البيولوجي. طور شابيرو هذا العمل على مدى العديد من المنشورات التي استعرضها النظراء منذ عام 1992 وما بعده وفي وقت لاحق من كتابه عام 2011 «التطور: منظر من القرن الحادي والعشرين». استخدم الهندسة الوراثية الطبيعية لحساب العديد من الأمثلة المضادة المقترحة لهدف علم الأحياء الجزيئي الرئيسي (الاقتراح بأن اتجاه تدفق المعلومات التسلسلية هو فقط من الحمض النووي إلى [[حمض نووي ريبوزي منقوص الأكسجين|الحمض النووي]] أو الحمض النووي إلى الحمض النووي الريبي إلى البروتينات، وليس العكس والذي تم رفضه جزئيًا في عام 1970). انطلق شابيرو من عمل متنوع مثل تكيف الجهاز المناعي للثديات، كبيرات النوى الهدبية وعلم التخلق. اكتسب العمل بعض الشهرة بعد أن دافع عنه مؤيدو التصميم الذكي بالرغم من نبذ شابيرو الصريح لتلك الحركة.

== المفهوم ==
طرح شابيرو أفكاره عن الهندسة الوراثية الطبيعية لأول مرة في عام 1992<ref name="Shapiro 1992">{{استشهاد بدورية محكمة | الأخير=Shapiro | الأول=James A. | عنوان=Natural genetic engineering in evolution | مسار=https://shapiro.bsd.uchicago.edu/Shapiro.1992.Gentica.NatGenEngInEvo.pdf | صحيفة=Genetica | سنة=1992 | المجلد=86 | العدد=1–3 | صفحات=99–111 | doi=10.1007/BF00133714 | pmid=1334920 | مسار أرشيف=https://web.archive.org/web/20190811074608/http://shapiro.bsd.uchicago.edu/Shapiro.1992.Gentica.NatGenEngInEvo.pdf | تاريخ أرشيف=11 أغسطس 2019 }}</ref> واستمر بتطويرها من خلال كل من الأدبيات العلمية الأولية<ref name="Shapiro 1997">{{استشهاد بدورية محكمة | الأخير=Shapiro | الأول=James A. | مسار=https://shapiro.bsd.uchicago.edu/Shapiro1997TIG.pdf | عنوان=Genome organization, natural genetic engineering and adaptive mutation | صحيفة=Trends in Genetics | المجلد=13 | العدد=3 | صفحات=98–104 | doi=10.1016/S0168-9525(97)01058-5 | سنة=1997 | مسار أرشيف=https://web.archive.org/web/20100612232436/http://shapiro.bsd.uchicago.edu/Shapiro1997TIG.pdf | تاريخ أرشيف=12 يونيو 2010 }}</ref><ref name="Shapiro 2005">{{استشهاد بدورية محكمة | الأخير=Shapiro | الأول=James A. | مسار=https://rowan.biology.ualberta.ca/courses/genet302/uploads/winter06/lecture/b1/shelagh_campbell/lecture_outlines/topic_1/TEgenomeevol.pdf | عنوان=A 21st century view of evolution: genome system architecture, repetitive DNA, and natural genetic engineering | صحيفة=Gene | المجلد=345 | العدد=1 | صفحات=91–100 | doi=10.1016/j.gene.2004.11.020 | pmid=15716117 | تاريخ=January 2005 }}{{وصلة مكسورة|date=February 2018 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes }}</ref><ref name="Shapiro 1999b">{{استشهاد بدورية محكمة | الأخير=Shapiro | الأول=James A. | مسار=https://shapiro.bsd.uchicago.edu/Shapiro_1999_Genetica.pdf | عنوان=Transposable elements as the key to a 21st century view of evolution | صحيفة=Genetica | المجلد=107 | العدد=1–3 | صفحات=171–179 | doi=10.1023/A:1003977827511 | pmid=10952210 | سنة=1999 | مسار أرشيف=https://web.archive.org/web/20170811202626/http://shapiro.bsd.uchicago.edu/Shapiro_1999_Genetica.pdf | تاريخ أرشيف=11 أغسطس 2017 }}</ref><ref name="Shapiro 2002">{{استشهاد بدورية محكمة | مسار=https://shapiro.bsd.uchicago.edu/shapiro2002.AnnNYAS.pdf | عنوان=Genome Organization and Reorganization in Evolution: Formatting for Computation and Function | مؤلف=Shapiro, James A. | صحيفة=Annals of the New York Academy of Sciences | سنة=2002 | المجلد=981 | صفحات=111–134 | doi=10.1111/j.1749-6632.2002.tb04915.x | مسار أرشيف=https://web.archive.org/web/20160304060249/http://shapiro.bsd.uchicago.edu/shapiro2002.AnnNYAS.pdf | تاريخ أرشيف=4 مارس 2016 }}</ref> والعمل الموجه إلى جمهور أوسع<ref name="Shapiro 1999">{{استشهاد بدورية محكمة | الأخير=Shapiro | الأول=James A. | صحيفة=Annals of the New York Academy of Sciences  | المجلد=870 | العدد=1 | صفحات=23–35 |تاريخ=May 1999 | عنوان=Genome System Architecture and Natural Genetic Engineering in Evolution | doi=10.1111/j.1749-6632.1999.tb08862.x|bibcode = 1999NYASA.870...23S }}</ref><ref name="Shapiro 2007">{{استشهاد بدورية محكمة | الأخير=Shapiro | الأول=James A. | صحيفة=Studies in History and Philosophy of Science Part C: Studies in History and Philosophy of Biological and Biomedical Sciences | المجلد=38 | العدد=4 | تاريخ=December 2007 | صفحات=807–819 | مسار=https://shapiro.bsd.uchicago.edu/Shapiro2007.SHPSC_370.pdf | عنوان=Bacteria are small but not stupid: cognition, naturalgeneticengineering and socio-bacteriology | doi=10.1016/j.shpsc.2007.09.010 | pmid=18053935 | وصلة مكسورة=yes | مسار أرشيف=https://web.archive.org/web/20110727223515/http://shapiro.bsd.uchicago.edu/Shapiro2007.SHPSC_370.pdf | تاريخ أرشيف=2011-07-27 | df= | citeseerx=10.1.1.371.1320 }}</ref> وقد بلغت ذروتها في عام 2011 عند نشر كتابه التطور: منظور من القرن الواحد والعشرين.<ref name="Shapiro 2011">{{استشهاد بكتاب | عنوان=Evolution: A View from the 21st Century | وصلة=https://archive.org/details/evolutionviewfro0000shap | ناشر=FT Press | مؤلف=[[James A. Shapiro|Shapiro, James A.]] | سنة=2011 | صفحات=272 | isbn=978-0132780933}}</ref>

الهندسة الوراثية الطبيعية هي رد فعل ضد الاصطناع التطوري الحديث وهدف علم الأحياء الجزيئي الرئيسي. تمت صياغة [[اصطناع تطوري حديث|الاصطناع التطوري الحديث]] قبل توضيح بنية الحلزون المزدوج للحمض النووي ووصول البيولوجيا الجزيئية إلى وضعها الراهن البارز. بالنظر إلى ما كان معروفاً في ذلك الوقت فإنه كان يُعتبر أن نموذج بسيط وقوي للتغير الوراثي من خلال طفرة غير موجهة (كانت توصف بأنها «عشوائية») ومن خلال الانتقاء الطبيعي بأنه كافٍ لشرح التطور كما لوحظ في الطبيعة. حث اكتشاف طبيعة وأدوار الأحماض النووية في علم الوراثة ما يسمى بهدف علم الأحياء الجزيئي الرئيسي لفرانسيس كريك. «لا يمكن نقل المعلومات التسلسلية من بروتين إلى بروتين أو حمض نووي»<ref name="crick1958">Crick, F.H.C. (1958): [https://profiles.nlm.nih.gov/spotlight/sc On Protein Synthesis.] Symp. Soc. Exp. Biol. XII, 139-163. (pdf, early draft of original article) {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20190125040134/https://profiles.nlm.nih.gov/SC/B/B/F/T/_/scbbft.pdf |date=25 يناير 2019 }}</ref><ref name="crick1970">{{استشهاد بدورية محكمة | الأخير1 = Crick | الأول1 = F | عنوان = Central dogma of molecular biology. | مسار = https://www.nature.com/nature/focus/crick/pdf/crick227.pdf | pmid = 4913914 | name-list-format = vanc | صحيفة = Nature | doi = 10.1038/227561a0 | المجلد = 227 | العدد = 5258 | صفحات = 561–3 | تاريخ = August 1970 | bibcode = 1970Natur.227..561C | مسار أرشيف = https://web.archive.org/web/20190415200244/http://www.nature.com/nature/focus/crick/pdf/crick227.pdf | تاريخ أرشيف = 15 أبريل 2019 }}</ref>

يشير شابيرو إلى أنه يمكن للأنظمة الخلوية المتعددة أن تؤثر على الحمض النووي استجابةً لمحرضات بيئية معينة. تتعارض هذه التغييرات «الموجهة» مع كل من الطفرات غير الموجهة في الاصطناع التطوري الحديث و (في تفسير شابيرو) الحظر المفروض على المعلومات التي تتدفق من البيئة إلى الجينوم.
يبدأ شابيرو بإدراج ثلاثة دروس من علم الوراثة الجزيئي في ورقة Genetica عام 1992 التي قدمت هذا المفهوم:
* هناك قدر مذهل من الحفظ الجيني عبر الحدود التصنيفية
* ينتج عن التركيب الموزاييكي للجينوم عدة جينات غير محلية ولها آثار متعددة على علم تطور السلالات وذلك بالاعتماد على عمل صديقتك ومعاونته باربرا مكلينتوك
* وجود آليات خلوية متعددة (بما في ذلك العناصر الوراثية المتحركة) التي يمكنها إعادة هيكلة الحمض النووي.

== العلاقة مع التصميم الذكي ==
يسرد شابيرو في مقالة في بوسطن ريفيو 1997 أربع فئات من الاكتشافات في البيولوجيا الجزيئية والتي لا يمكن تفسيرها من خلال الاصطناع التطوري الحديث بحسب تقديره:
{{اقتباس|تنظيم الجينوم، قدرات الإصلاح الخلوي، العناصر الوراثية المتحركة ومعالجة المعلومات الخلوية.<ref name="Shapiro 1997 Third Way">{{استشهاد بدورية محكمة | مسار=http://www.bostonreview.net/BR22.1/shapiro.html | عنوان=A Third Way | الأخير=Shapiro | الأول=James | تاريخ=February–March 1997 | صحيفة=[[Boston Review]] | تاريخ الوصول=16 يونيو 2019 | تاريخ أرشيف=4 مارس 2012 | مسار أرشيف=https://web.archive.org/web/20120304013501/http://www.bostonreview.net/BR22.1/shapiro.html | حالة المسار=dead }}</ref> يخلص شابيرو إلى:
ما أهمية وجود صلة بين علم المعلومات وعلم الاحياء فيما يتعلق بالتطور؟ إنه يفتح إمكانية معالجة القضية المركزية علمياً وليس عقائدياً، حيث يناقضها الأصوليون على كلا الجانبين من النقاش الخلقي-الدارويني: هل هناك أية معلومات استرشادية في العمل مع أصل الأنواع والتي تعرض التكيفات الاستثنائية مثل قمع طليعة العاثية لمبدا ودورة كريبس خلال الجهاز الانقسامي والعين لجهاز المناعة، المحاكاة والتنظيم الاجتماعي؟<ref name="Shapiro 1997 Third Way" />}}

في سياق المقال بشكل خاص وضمن عمل شابيرو بشكل عام يتم العثور على «الذكاء الموجه» داخل الخلية (على سبيل المثال في مقال في [[هافينغتون بوست]] بعنوان «الإدراك واتخاذ القرار الخلوي» يعرف شابيرو الإجراءات المعرفية بأنها تلك «القائمة على المعرفة وتتضمن اتخاذ قرارات مناسبة بناءً على المعلومات المكتسبة»، بحجة أن الخلايا تلبي هذه المعايير.). مع ذلك فإن الجمع بين الاصطناع التطوري الحديث ومناقشة الذكاء الخلاق قد لفت انتباه دعاة التصميم الذكي إلى عمله.

تم الاستشهاد بالهندسة الوراثية الطبيعية كجدل علمي مشروع (على عكس الخلافات التي أثارتها مختلف فروع الخلق).<ref name="Shapiro 1997 Third Way" /> بينما يعتبر شابيرو الأسئلة التي يثيرها التصميم الذكي مثيرة للاهتمام، إلا أنه يقطع طرقًا مع الخلقيين من خلال اعتبار هذه المشكلات قابلة للتتبع العلمي (وتحديداً من خلال فهم كيفية لعب الهندسة الوراثية الطبيعية دوراً في تطور الحداثة).<ref name="Koperski 2008">{{استشهاد بدورية محكمة | مسار= http://www8.svsu.edu/~koperski/Two%20Bad%20Ways%20to%20Attack%20Intelligent%20Design%20and%20Two%20Good%20Ones.pdf | عنوان=Two bad ways to attack intelligent design and two good ones | مؤلف=Koperski, Jeffrey | صحيفة=Zygon | تاريخ=June 2008 | المجلد=43 | العدد=2 | صفحات=443–449 | doi=10.1111/j.1467-9744.2008.00926.x |مسار أرشيف= https://web.archive.org/web/20210415112229/http://www.svsu.edu/~koperski/Two%20Bad%20Ways%20to%20Attack%20Intelligent%20Design%20and%20Two%20Good%20Ones.pdf|تاريخ أرشيف=2021-04-15}}{{وصلة مكسورة|date=February 2018 |bot=InternetArchiveBot |fix-attempted=yes |مسار الأرشيف=https://web.archive.org/web/20210426191846/http://webp.svsu.edu/~koperski/Two%20Bad%20Ways%20to%20Attack%20Intelligent%20Design%20and%20Two%20Good%20Ones.pdf |تاريخ الأرشيف=26 أبريل 2021 }}</ref>

مع نشر التطور: منظور من القرن الحادي والعشرين، ظهر عمل شابيرو مرة أخرى تحت المناقشة في مجتمع التصميم الذكي. في محادثة مع شابيرو، طلب وليام ديمبسكي أفكار شابيرو حول أصول أنظمة الهندسة الوراثية الطبيعية. أجاب شابيرو أن «من أين أتوا في المقام الأول ليس سؤالًا يمكننا الإجابة عليه بشكل واقعي في الوقت الراهن». أجاب شابيرو أن «من أين أتوا في المقام الأول ليس سؤالًا يمكننا الإجابة عليه بشكل واقعي في الوقت الراهن». بينما يرى ديمبسكي أن هذا الموقف لا يتعارض على الأقل مع التصميم الذكي إلا أن شابيرو رفض بشكل صريح ومتكرر كلاً من الخلق بشكل عام<ref name="Dembski 2012">{{استشهاد ويب | عنوان=Is James Shapiro a Design Theorist? | مؤلف=[[وليم ديمبسكي]] | ناشر=[[المركز للعلم والثقافة]] | تاريخ=12 January 2012}}</ref> والتصميم الذكي بشكل خاص.<ref name="Shapiro 2012c">{{استشهاد ويب | مسار=https://www.huffpost.com/entry/bacterial-antibiotic-resistance_b_1192507 | عنوان=Evolutionary Lessons From Superbugs | الأخير=Shapiro | الأول=James A. | ناشر=Huffington Post | تاريخ=8 January 2012 | مسار أرشيف=https://web.archive.org/web/20180628191032/https://www.huffingtonpost.com/james-a-shapiro/bacterial-antibiotic-resistance_b_1192507.html | تاريخ أرشيف=28 يونيو 2018 }}</ref>

== النقد ==
في حين قيام شابيرو بتطوير الهندسة الوراثية الطبيعية في الأدب الذي يراجعه النظراء فإن الفكرة قد جذبت المزيد من الاهتمام عندما لخص عمله في كتابه التطور: منظور من القرن الحادي والعشرين.<ref name="Shapiro 2011" /> تمت مناقشة الكتاب ونقده بشكل واسع ويعود ذلك جزئياً إلى مناقشته لحركة التصميم الذكي.<ref name="Moran 2011">{{استشهاد بدورية محكمة | مسار=https://ncse.ngo/index.php/rncse/article/download/125/135 | عنوان=(Review) Evolution: A View from the 21st Century | مؤلف=Moran, Laurence A | صحيفة=Reports of the National Center for Science Education | تاريخ=May–June 2011 | المجلد=32.3 | العدد=9 | صفحات=1–4 | تاريخ الوصول=2012-08-16 | مسار أرشيف=https://web.archive.org/web/20130915074606/http://reports.ncse.com/index.php/rncse/article/download/125/135 | تاريخ أرشيف=2013-09-15 | وصلة مكسورة=yes }}</ref><ref name="Seoighe 2012">{{استشهاد بدورية محكمة | مسار=http://www.pagepress.org/journals/index.php/eb/article/download/eb.2012.e6/3654 | عنوان=(Review) Evolution: A View from the 21st Century | مؤلف=Seoighe, Cathal | صحيفة=Trends in Evolutionary Biology | سنة=2012 | المجلد=4 | العدد=e6 | صفحات=32–33 | doi=10.4081/eb.2012.e6 | مسار أرشيف=https://web.archive.org/web/20190428160614/https://www.pagepress.org/journals/index.php/eb/article/download/eb.2012.e6/3654 | تاريخ أرشيف=2019-04-28 }}</ref><ref name="Bezak 2011">{{استشهاد بدورية محكمة | مسار=http://www.springerlink.com/content/x85mm5235915j676/ | عنوان=(Review) Evolution: A View from the 21st Century | مؤلف=Bezak, Eva | صحيفة=Australasian Physical & Engineering Sciences in Medicine | سنة=2011 | المجلد=34 | العدد=4 | صفحات=643–645 | doi=10.1007/s13246-011-0110-4 | مسار أرشيف=https://web.archive.org/web/20200414053748/http://www.springerlink.com/content/x85mm5235915j676/ | تاريخ أرشيف=2020-04-14 | وصلة مكسورة=yes | تاريخ الوصول=أغسطس 2020 }}</ref><ref name="Penny 2012">{{استشهاد بدورية محكمة | مسار=http://sysbio.oxfordjournals.org/content/early/2012/01/28/sysbio.sys006.short | عنوان=(Review) Evolution: A View from the 21st Century | مؤلف=Penny, David | صحيفة=Systematic Biology | تاريخ=June 2012 | doi=10.1093/sysbio/sys006 | المجلد=61 | العدد=4 | صفحات=709–710 | مسار أرشيف=https://web.archive.org/web/20200414063416/https://academic.oup.com/sysbio/article/61/4/709/1640118 | تاريخ أرشيف=14 أبريل 2020 }}</ref><ref name="Wilkins 2012">{{استشهاد بدورية محكمة | مسار=http://gbe.oxfordjournals.org/content/early/2012/01/24/gbe.evs008.short | عنوان=(Review) Evolution: A View from the 21st Century | مؤلف=Wilkins, Adam S. | صحيفة=Genome Biology and Evolution | تاريخ=January 2012 | doi=10.1093/gbe/evs008 | المجلد=4 | العدد=4 | صفحات=423–426 | مسار أرشيف=https://web.archive.org/web/20200305164633/https://academic.oup.com/gbe/article/4/4/423/549667 | تاريخ أرشيف=5 مارس 2020 }}</ref><ref name="Buratti 2012">{{استشهاد بدورية محكمة | مسار=http://www.springerlink.com/content/vq14427864265810/ | عنوان=Evolutionary Lessons for 21st Century Molecular Biotechnologists | مؤلف=Buratti, Emanuele | صحيفة=Molecular Biotechnology | سنة=2012 | المجلد=52 | العدد=1 | صفحات=89–90 | doi=10.1007/s12033-011-9472-9 | مسار أرشيف=https://web.archive.org/web/20200414053755/http://www.springerlink.com/content/vq14427864265810/ | تاريخ أرشيف=2020-04-14 | وصلة مكسورة=yes | تاريخ الوصول=أغسطس 2020 }}</ref><ref name="Li 2011">{{استشهاد بدورية محكمة | مسار=http://jmcb.oxfordjournals.org/content/4/1/63.short | عنوان=Beyond our naked eyes | مؤلف=Li, Haipeng | صحيفة=Journal of Molecular Cell Biology | تاريخ=December 2011 | المجلد=4 | العدد=1 | صفحات=63 | doi=10.1093/jmcb/mjr048 | مسار أرشيف=https://web.archive.org/web/20200414063411/https://academic.oup.com/jmcb/article/4/1/63/895860 | تاريخ أرشيف=14 أبريل 2020 }}</ref><ref name="Yu 2012">{{استشهاد بدورية محكمة | مسار=http://www.springerlink.com/content/821598wr2015182u/ | عنوان=A provocative view of evolution in the genomic age | مؤلف=Yu, Xiaobo | صحيفة=Frontiers in Biology | سنة=2012 | المجلد=7 | العدد=2 | صفحات=93–95 | doi=10.1007/s11515-012-1203-5 | مسار أرشيف=https://web.archive.org/web/20200414053510/http://www.springerlink.com/content/821598wr2015182u/ | تاريخ أرشيف=14 أبريل 2020 | وصلة مكسورة=yes | تاريخ الوصول=أغسطس 2020 }}</ref><ref name="Ussery 2011">{{استشهاد بدورية محكمة | مسار=https://microbialinformaticsj.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/2042-5783-1-11.pdf | عنوان=Natural Genetic Engineering: Intelligence & Design in Evolution? | مؤلف=Ussery, David W. | صحيفة=Microbial Informatics and Experimentation | سنة=2011 | المجلد=1 | العدد=11 | doi=10.1186/2042-5783-1-11 | مسار أرشيف=https://web.archive.org/web/20200305164625/https://microbialinformaticsj.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/2042-5783-1-11 | تاريخ أرشيف=5 مارس 2020 }}</ref><ref name="Kutschera 2012">{{استشهاد بكتاب | الفصل=[http://ihpst.net/newsletters/sept-oct2012.pdf (Review) Evolution: A View from the 21st Century] | الأخير=Kutschera | الأول=Ulrich | عنوان=Newsletter of the International History, Philosophy and Science Teaching Group | محرر-الأول=Dietmar | محرر-الأخير=Höttecke | تاريخ=September 2012 | المجلد=21 | العدد=9 | مسار=http://ihpst.net/newsletters/sept-oct2012.pdf | تاريخ الوصول=16 يونيو 2019 | تاريخ أرشيف=14 مايو 2013 | مسار أرشيف=https://web.archive.org/web/20130514235657/http://ihpst.net/newsletters/sept-oct2012.pdf | حالة المسار=dead }}</ref> ينقسم النقد إلى فئتين رئيسيتين:
# النظرية تعبر الخط إلى علم الغائية وهو خط يتجلى في المراجعة التي كتبها لاري موران.<ref name="Moran 2011" /> يشتمل شكل حجة شابيرو على نقاط تشابه مع العديد من الحجج الخلقية التي تفيد بأن البيولوجيا المرصودة لا يمكن تفسيرها من خلال مزيج من الطفرة «العشوائية» (غير الموجهة) والانتقاء الطبيعي. أحد الردود المعيارية لهذه الحجج هو أنه يمكن تفسير البيولوجيا بشكل كاف دون التذرع بأسباب أعلى. تختلف وجهة نظر شابيرو اختلاف كبير عن وجهة نظر الخلقيين وليس أقلها لأن الأسباب العليا لا توجد إلا على مستوى الأجهزة الخلوية. مع ذلك فإنه بالنسبة لناقد غير مقتنع بالحاجة لأسباب عليا من غير المقنع استبدال الأسباب المادية العليا بالقوى الخارقة للطبيعية.
# شابيرو لا يعط قراءة عادلة لهدف علم الأحياء الجزيئي الرئيسي. تتطلب قراءة شابيرو لهدف علم الأحياء الجزيئي الرئيسي بأنه يمكن للطفرات ال[[عشوائية]] فقط أن تكون أصل التغيير التطوري. إن كانت هذه النظرية صيحة فإن التجاهل الذي تقوم به الآليات التي حددها شابيرو (علم التخلق على سبيل المثال) لرخاوة هذا التطبيق لمصطلح "عشوائي يغالظ هذه القراءة بالفعل. مع ذلك فإن كريك وباقي علماء الوراثة كانوا مدركين تماماً لوجود المطفرات خلال صياغة وإعادة صياغة هدف علم الأحياء الجزيئي الرئيسي وفي الواقع حتى قبل اكتشاف آليات الوراثة البيولوجية.<ref>Morgan, Thomas Hunt. The mechanism of Mendelian heredity New York, Holt, 1915 [https://archive.org/details/mechanismmendel00morggoog] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20160801204813/https://archive.org/details/mechanismmendel00morggoog |date=01 أغسطس 2016 }}</ref> التفسير الأكثر تحفظاً بحسب تعبير [[مارشال نيرنبرغ]] هو أن "الحمض النووي يصنع الحمض النووي الريبي وبالتالي البروتين".<ref name=Nirenberg>{{استشهاد ويب | الأخير = Leavitt | الأول = Sarah A. | مؤلف2 = Marshall Nirenberg | عنوان = Deciphering the Genetic Code: Marshall Nirenberg | ناشر = Office of NIH History | تاريخ = June 2010 | مسار = https://history.nih.gov/exhibits/nirenberg/glossary.htm | مسار أرشيف = https://web.archive.org/web/20190607135736/https://history.nih.gov/exhibits/nirenberg/glossary.htm | تاريخ أرشيف = 7 يونيو 2019 }}</ref> بموجب هذه القراءة فإن البروتينات غير قادرة على تعديل الحمض النووي ولكن شابيرو يقدم أمثلة متعددة على أماكن حصول هذا بما في ذلك تعديل الهيستون، الفئات الفرعية المطفرة لأنزيمات الإزالة، التنظيم المكثف للعناصر الجينية المتحركة والفئات المختلفة للعناصر المنظمة للحمض النووي الريبي عبر مثيلة السيتوزين ونزع الأمين الإنزيمي.<ref name="Shapiro 2013">{{استشهاد بدورية محكمة | مسار=https://vcp.med.harvard.edu/papers/shapiro-read-write-genome.pdf | عنوان=How life changes itself: The Read-Write (RW) Genome | مؤلف=Shapiro, James A. | صحيفة=Physics of Life Reviews | المجلد=10 | العدد=3 | صفحات=287–323 | تاريخ=July 2013 | doi=10.1016/j.plrev.2013.07.001 | pmid=23876611 | citeseerx=10.1.1.371.35 | مسار أرشيف=https://web.archive.org/web/20160304043844/http://vcp.med.harvard.edu/papers/shapiro-read-write-genome.pdf | تاريخ أرشيف=4 مارس 2016 }}</ref>

استجاب شابيرو للمراجعة في الذكاء التطوري.<ref name="Shapiro 2012">{{استشهاد بدورية محكمة | مسار=http://www.springerlink.com/content/w51jq226u5128658/ | عنوان=Response to Pauline Hogeweg's review of my book, "Evolution: a view from the 21st century" | مؤلف=Shapiro, James A. | صحيفة=Evolutionary Intelligence | سنة=2012 | doi=10.1007/s12065-012-0074-7 | المجلد=5 | العدد=3 | صفحة=211 | مسار أرشيف=https://web.archive.org/web/20200305164622/http://www.springerlink.com/content/w51jq226u5128658/ | تاريخ أرشيف=5 مارس 2020 | وصلة مكسورة=yes | تاريخ الوصول=أغسطس 2020 }}</ref>

== المراجع ==
{{مراجع|2}}
{{شريط بوابات|علم الأحياء التطوري}}

[[تصنيف:عمليات تطورية]]
الهندسة الوراثية الطبيعية (NGE) هي فئة من العمليات التي اقترحها عالم البيولوجيا الجزيئية جيمس شابيرو لحساب الحداثة التي نشأت في سياق التطور البيولوجي. طور شابيرو هذا العمل على مدى العديد من المنشورات التي استعرضها النظراء منذ عام 1992 وما بعده وفي وقت لاحق من كتابه عام 2011 «التطور: منظر من القرن الحادي والعشرين». استخدم الهندسة الوراثية الطبيعية لحساب العديد من الأمثلة المضادة المقترحة لهدف علم الأحياء الجزيئي الرئيسي (الاقتراح بأن اتجاه تدفق المعلومات التسلسلية هو فقط من الحمض النووي إلى الحمض النووي أو الحمض النووي إلى الحمض النووي الريبي إلى البروتينات، وليس العكس والذي تم رفضه جزئيًا في عام 1970). انطلق شابيرو من عمل متنوع مثل تكيف الجهاز المناعي للثديات، كبيرات النوى الهدبية وعلم التخلق. اكتسب العمل بعض الشهرة بعد أن دافع عنه مؤيدو التصميم الذكي بالرغم من نبذ شابيرو الصريح لتلك الحركة.

 المفهوم 
طرح شابيرو أفكاره عن الهندسة الوراثية الطبيعية لأول مرة في عام 1992 واستمر بتطويرها من خلال كل من الأدبيات العلمية الأولية والعمل الموجه إلى جمهور أوسع وقد بلغت ذروتها في عام 2011 عند نشر كتابه التطور: منظور من القرن الواحد والعشرين.

الهندسة الوراثية الطبيعية هي رد فعل ضد الاصطناع التطوري الحديث وهدف علم الأحياء الجزيئي الرئيسي. تمت صياغة الاصطناع التطوري الحديث قبل توضيح بنية الحلزون المزدوج للحمض النووي ووصول البيولوجيا الجزيئية إلى وضعها الراهن البارز. بالنظر إلى ما كان معروفاً في ذلك الوقت فإنه كان يُعتبر أن نموذج بسيط وقوي للتغير الوراثي من خلال طفرة غير موجهة (كانت توصف بأنها «عشوائية») ومن خلال الانتقاء الطبيعي بأنه كافٍ لشرح التطور كما لوحظ في الطبيعة. حث اكتشاف طبيعة وأدوار الأحماض النووية في علم الوراثة ما يسمى بهدف علم الأحياء الجزيئي الرئيسي لفرانسيس كريك. «لا يمكن نقل المعلومات التسلسلية من بروتين إلى بروتين أو حمض نووي»Crick, F.H.C. (1958): On Protein Synthesis. Symp. Soc. Exp. Biol. XII, 139-163. (pdf, early draft of original article) 

يشير شابيرو إلى أنه يمكن للأنظمة الخلوية المتعددة أن تؤثر على الحمض النووي استجابةً لمحرضات بيئية معينة. تتعارض هذه التغييرات «الموجهة» مع كل من الطفرات غير الموجهة في الاصطناع التطوري الحديث و (في تفسير شابيرو) الحظر المفروض على المعلومات التي تتدفق من البيئة إلى الجينوم.
يبدأ شابيرو بإدراج ثلاثة دروس من علم الوراثة الجزيئي في ورقة Genetica عام 1992 التي قدمت هذا المفهوم:
 هناك قدر مذهل من الحفظ الجيني عبر الحدود التصنيفية
 ينتج عن التركيب الموزاييكي للجينوم عدة جينات غير محلية ولها آثار متعددة على علم تطور السلالات وذلك بالاعتماد على عمل صديقتك ومعاونته باربرا مكلينتوك
 وجود آليات خلوية متعددة (بما في ذلك العناصر الوراثية المتحركة) التي يمكنها إعادة هيكلة الحمض النووي.

 العلاقة مع التصميم الذكي 
يسرد شابيرو في مقالة في بوسطن ريفيو 1997 أربع فئات من الاكتشافات في البيولوجيا الجزيئية والتي لا يمكن تفسيرها من خلال الاصطناع التطوري الحديث بحسب تقديره:

في سياق المقال بشكل خاص وضمن عمل شابيرو بشكل عام يتم العثور على «الذكاء الموجه» داخل الخلية (على سبيل المثال في مقال في هافينغتون بوست بعنوان «الإدراك واتخاذ القرار الخلوي» يعرف شابيرو الإجراءات المعرفية بأنها تلك «القائمة على المعرفة وتتضمن اتخاذ قرارات مناسبة بناءً على المعلومات المكتسبة»، بحجة أن الخلايا تلبي هذه المعايير.). مع ذلك فإن الجمع بين الاصطناع التطوري الحديث ومناقشة الذكاء الخلاق قد لفت انتباه دعاة التصميم الذكي إلى عمله.

تم الاستشهاد بالهندسة الوراثية الطبيعية كجدل علمي مشروع (على عكس الخلافات التي أثارتها مختلف فروع الخلق). بينما يعتبر شابيرو الأسئلة التي يثيرها التصميم الذكي مثيرة للاهتمام، إلا أنه يقطع طرقًا مع الخلقيين من خلال اعتبار هذه المشكلات قابلة للتتبع العلمي (وتحديداً من خلال فهم كيفية لعب الهندسة الوراثية الطبيعية دوراً في تطور الحداثة).

مع نشر التطور: منظور من القرن الحادي والعشرين، ظهر عمل شابيرو مرة أخرى تحت المناقشة في مجتمع التصميم الذكي. في محادثة مع شابيرو، طلب وليام ديمبسكي أفكار شابيرو حول أصول أنظمة الهندسة الوراثية الطبيعية. أجاب شابيرو أن «من أين أتوا في المقام الأول ليس سؤالًا يمكننا الإجابة عليه بشكل واقعي في الوقت الراهن». أجاب شابيرو أن «من أين أتوا في المقام الأول ليس سؤالًا يمكننا الإجابة عليه بشكل واقعي في الوقت الراهن». بينما يرى ديمبسكي أن هذا الموقف لا يتعارض على الأقل مع التصميم الذكي إلا أن شابيرو رفض بشكل صريح ومتكرر كلاً من الخلق بشكل عام والتصميم الذكي بشكل خاص.

 النقد 
في حين قيام شابيرو بتطوير الهندسة الوراثية الطبيعية في الأدب الذي يراجعه النظراء فإن الفكرة قد جذبت المزيد من الاهتمام عندما لخص عمله في كتابه التطور: منظور من القرن الحادي والعشرين. تمت مناقشة الكتاب ونقده بشكل واسع ويعود ذلك جزئياً إلى مناقشته لحركة التصميم الذكي. ينقسم النقد إلى فئتين رئيسيتين:
 النظرية تعبر الخط إلى علم الغائية وهو خط يتجلى في المراجعة التي كتبها لاري موران. يشتمل شكل حجة شابيرو على نقاط تشابه مع العديد من الحجج الخلقية التي تفيد بأن البيولوجيا المرصودة لا يمكن تفسيرها من خلال مزيج من الطفرة «العشوائية» (غير الموجهة) والانتقاء الطبيعي. أحد الردود المعيارية لهذه الحجج هو أنه يمكن تفسير البيولوجيا بشكل كاف دون التذرع بأسباب أعلى. تختلف وجهة نظر شابيرو اختلاف كبير عن وجهة نظر الخلقيين وليس أقلها لأن الأسباب العليا لا توجد إلا على مستوى الأجهزة الخلوية. مع ذلك فإنه بالنسبة لناقد غير مقتنع بالحاجة لأسباب عليا من غير المقنع استبدال الأسباب المادية العليا بالقوى الخارقة للطبيعية.
 شابيرو لا يعط قراءة عادلة لهدف علم الأحياء الجزيئي الرئيسي. تتطلب قراءة شابيرو لهدف علم الأحياء الجزيئي الرئيسي بأنه يمكن للطفرات العشوائية فقط أن تكون أصل التغيير التطوري. إن كانت هذه النظرية صيحة فإن التجاهل الذي تقوم به الآليات التي حددها شابيرو (علم التخلق على سبيل المثال) لرخاوة هذا التطبيق لمصطلح "عشوائي يغالظ هذه القراءة بالفعل. مع ذلك فإن كريك وباقي علماء الوراثة كانوا مدركين تماماً لوجود المطفرات خلال صياغة وإعادة صياغة هدف علم الأحياء الجزيئي الرئيسي وفي الواقع حتى قبل اكتشاف آليات الوراثة البيولوجية.Morgan, Thomas Hunt. The mechanism of Mendelian heredity New York, Holt, 1915   التفسير الأكثر تحفظاً بحسب تعبير مارشال نيرنبرغ هو أن "الحمض النووي يصنع الحمض النووي الريبي وبالتالي البروتين". بموجب هذه القراءة فإن البروتينات غير قادرة على تعديل الحمض النووي ولكن شابيرو يقدم أمثلة متعددة على أماكن حصول هذا بما في ذلك تعديل الهيستون، الفئات الفرعية المطفرة لأنزيمات الإزالة، التنظيم المكثف للعناصر الجينية المتحركة والفئات المختلفة للعناصر المنظمة للحمض النووي الريبي عبر مثيلة السيتوزين ونزع الأمين الإنزيمي.

استجاب شابيرو للمراجعة في الذكاء التطوري.

 المراجع 

تصنيف:عمليات تطورية