In 1982, she became Director of the Investigational New Drug Program (IND) of the National Cancer Institute of Canada Clinical Trials Group (NCIC CTG) where her major responsibilities lie in identifying and bringing novel cancer agents to the clinical trial stage.  Dr. Eisenhauer's major research interest has been the evaluation of new anti-cancer agents.
En 1982, elle est devenue directrice du Programme des drogues nouvelles de recherche du Groupe des essais cliniques de l'Institut national du cancer du Canada (GEC-INCC), où ses principales responsabilités consistent à trouver de nouveaux agents anticancéreux et à les rendre au stade des essais cliniques. Comme chercheuse, la Dre Eisenhauer s'intéresse avant tout à l'évaluation de nouveaux agents anticancéreux.