Baeomyia species are inferred to form a monophyletic taxon within the Siphona group on the basis of five synapomorphies, though the relationship between the genus and other Siphona group taxa is unresolved.
Cinq synapomorphies suggèrent que les espèces de Baeomyia forment un taxon monophylétique à l'intérieur du groupe Siphona, mais les relations reliant le genre aux autres taxons du groupe Siphona ne sont pas élucidées.