A tentative hypothesis of relationships is proposed, based primarily on lateral-line structure, relating H. scapularis to Halidesmus polytretus n. sp. as sister species together forming the sister group of H. thomaseni.
D'après la structure des lignes latérales surtout, il est permis de croire que H. scapularis et Halidesmus polytretus n. sp. sont des espèces sœurs qui forment ensemble le groupe-sœur de H. thomaseni.