The FRSQ works in close collaboration with the Fonds québécois de la recherche sur la nature et les technologies and the Fonds québécois de la recherche sur la société et la culture.
Le gouvernement de la Colombie-Britannique a récemment renforcé le rôle de leader de la province en demandant à la Fondation d'assurer la gestion financière et d'exploiter l'investissement de 2,6 millions de dollars annoncé par le premier ministre Gordon Campbell dans le but d'accélérer le développement d'un vaccin contre le SRAS.