(2) 할당
정부는 매 계획기간의 시작 전까지 배출권 할당 대상업체를 지정해야 하며(제7조), 할당 대상업체는 배출권을 신청하고(제9조), 정부는 이를 심사한 후 계획기간의 총 배출권 및 이행연도별 배출권을 할당하도록 하고 있다(제10조).
제1차 계획기간 중에는 전체 할당량 중 90%를 무상할당하며, 제2차 계획기간의 무상할당 비율은 대통령령으로 정하고, 2021년부터 시작되는 제3차 계획기간부터는 경매방식에 의한 유상할당을 실시하도록 하고 있다(제8조).