사업추진계획은 매년 1월 31일자로 공고하며, 지원사업 계획서는 매년 2월 1일부터 3월 31일까지 2개월에 걸쳐 이루어진다. 사업에 대한 심사는 매년 4월에 심사하여 선정·공포토록 하고 있다. 심사방법은 1차로 제출서류를 대상으로 제출서류 및 등록여부를 확인하는 요건적격 여부에 대한 서면심사를 실시하고 있으며, 전국사업의 경우 중앙부처 및 시·도와 중복지원을 확인한다. 이러한 방법으로 1차 내용심사가 종료되면 사업선정 및 사업비를 결정하는 내용심사를 실시하게 된다.
사업선정의 공정성을 확보하기 위하여 심사위원 중 위원 소속 단체 및 추천단체의 사업을 심사하지 않도록 위원배정을 하되, 부득이한 경우 특정단체와 연관이 높다고 판단될 경우 심사를 하지 않도록 심사기피제를 운영하고 있다. 사업심사는 '사업선정심사표'에 의한 객관적인 심사를 실시하게 하는데, 2008년부터는 공익사업선정위원회의 심의를 통해 심사표를 사전에 확정 후, 일반에 공개하여 심사의 공정성을 확보하고자 하고 있다(나석훈, 2008: 52-57).