아울러, 감사원이 2017년 “국가공무원 인사운영·관리실태”에 대한 인사혁신처 감사 후 작성한 감사보고서에 따르면, 9급 공채시험에 선택과목 제도가 도입된 2013년도부터 2016년까지 합격자 현황을 점검한 결과, 고졸학력자의 합격률은 2013년 최고 2.2%(2,025명 중 44명)에서 2016년 최저 1.2%(3,680명 중 44명)으로 4년 평균 1.5%(11,626명 중 178명)이었다. 이는 선택과목 제도가 도입되기 전인 2011년 1.7%에 비해서 오히려 감소한 것으로 나타났다.
또한, 9급 공채시험 합격자의 선택과목 응시 현황을 점검한 결과 2013년부터 2016년까지 9급 공채시험에 합격한 11,626명 중 58.1%에 해당하는 6,739명이 고등학교 교과목을 1개 이상 선택하였는데 이 중 98.3%에 해당하는 6,622명이 대학교 졸업학력자로 고졸학력자의 공직 진출을 확대하는 도입 취지와 달리 대졸학력자가 오히려 고등학교 교과목을 선택하는 결과를 초래하였다.