2007년에는 도덕적 해이 방지라는 전제 하에, 경영정상화이행약정(MOU) 체결 금융회사의 경영자율성을 확대할 목적으로 MOU 관리의 탄력성을 제고할 수 있는 방안을 마련하기 위해 2006년 11월 한국금융연구원에 용역을 의뢰했고, 2007년 10월 해당 용역결과를 참고하여 마련한 MOU 관리제도 개선방안을 공적자금관리위원회에 보고하였다. 주요내용은 MOU 재무비율 목표를 관리목표 및 자율목표로 구분하고 판매관리비용률 및 1인당 조정영업이익을 제외한 지표에 대해 관리목표 상한제를 도입하는 한편, 금융회사의 경쟁력 제고를 유도하기 위하여 비재무부문 목표를 경영·영업전략, 리스크관리, 인력·경비관리 등 3개 부문으로 정형화하는 것이었다. 또한 MOU 체결 금융회사 경영진과의 협의활동 정례화, 사외이사의 책임성·전문성 제고를 위한 경영분석정보 수시 제공, 서면점검 시 중요 핵심사항 위주로 약식점검 실시 등의 개선방안을 반영하기 위하여 2007년 12월 관련 규정을 개정하고 MOU 관리목표를 수정하였다.