체크카드 가맹점수수료를 인하해야 한다는 주장도 계속 제기되고 있다. 체크카드는 신용카드와 달리 자금조달비용이나 대손비용이 들지 않고 연체관리의 필요가 없기 때문이다. 가맹점 업계별로는 체크카드 수수료 인하 움직임을 보이고 있기도 하다. 또한, 최근 각 카드사와 여신금융협회 등이 재산정한 수수료율 적격비용에 따르면, 가맹점수수료율을 인하하는 것으로 재조정할 필요가 있다는 결론이 도출되고 있다.
카드사 입장에서 체크카드는 금융당국의 정책 기조와 회사의 수익성 사이에서 딜레마에 빠지게 하는 요소일 수 있다. 따라서, 위와 같은 불리한 수익구조를 상쇄할 요인을 찾지 못하면 체크카드의 지속적인 성장을 위한 카드사의 협조를 기대하기 어려울 수도 있다.