연구회 체제는 외부적인 엄밀한 법칙성과 관찰자가 그 법칙을 인식하고 이해할 수 있는 도구적 합리성 개념을 적용하기가 무척 어렵다. 과학기술은 그 분야를 연구하는 연구자가 제일 잘 알고, 그와 관련된 연구과정(행정절차를 포함한)도 특수하고 한정된 개별주체들만이 이해하고 수행한다. 특정한 연구의 의미와 내용은 외부에서 판단하기도 어렵고 그러한 평가가 객관적으로 이루어진다 해도 과연 그 평가가 어떤 기준을 적용하여 시행되어 평가결과를 도출할 수 있는지의 문제는 그리 간단치 않다. 출연(연)과 연구회 체제를 이해할 때 어려운 점은 출연(연)의 개별적이고 구체적인 성격이 일반적인 행정조직과 달라 공통적인 기준으로 판단하기 어렵다는 점이다. 출연(연)이 맡은 고유임무가 서로 상이하여 상대적 평가가 어렵고 과학기술분야의 특성상 연구 자체의 의미와 내용도 출연(연) 스스로 설정하여 진행하게 된다. 국회와 정부를 비롯한 외부의 시각에서는 출연(연)에 국가의 자원을 배분하지만 이를 완벽하게 통제할 수 없는 답답함이 있고 출연(연)은 연구의 특성을 외부에서 이해하지 못해 관련 연구사업이 차질을 빗거나 좌절되는 경우 한계를 느끼게 된다. 국회와 정부는 출연(연)이 하는 국가 R&D사업에 대해 끊임없이 자원을 투입하지만 그 성과를 제대로 평가할 수 없기 때문에 연구의 본질과 방향 보다는 지엽적이고 말단적인 문제를 지적하는 경우가 많다.