다. 수사와 기소의 공정성 훼손
수사기관은 실체적 진실발견을 위해 객관의무에 따라 피의자에게 ‘유리한 증거’뿐만 아니라 ‘불리한 증거 발견’을 해야 할 객관의무가 있다. 그러나 기소기관이 수사를 하는 책임지는 경우 기소를 목적으로 한 수사가 될 가능성이 높아, 객관의무 준수는 실현 불가능한 구호로만 남게 된다. 나아가 검찰이 수사를 직접 담당하는 구조 하에서는 수사과정에서 가지기 쉬운 유죄의 예단으로부터 자유롭지 못해 기소 및 공소유지의 공정성을 유지하기도 어렵다. 스스로 적극적으로 수사를 행하여 기소한 자가 객관적이고 중립적인 공소유지 업무를 수행한다는 것은 양립될 수 없는 난제이다. 이에 따라, 무리한 수사, 표적수사, 편파수사가 그대로 잘못된 기소로 이어질 확률이 높고, 이로 인해 피의자가 된 국민은 물질적･심리적 고통을 감내해야 하나 그간 검사가 사후적으로 잘못된 수사나 기소에 대해 법적 책임을 지는 경우는 찾아볼 수 없다. 오히려 아무리 죄를 지어도 검사가 자의적으로 수사하지 않고 기소하지 않을 경우 이를 제어할 방법이 없는 것이 현실이다.