명군은 일본군과의 적극적인 전투보다는 소극적인 전투와 화의를 통해 일본군을 물러나게 할 방안을 찾았다. 또한 조선군의 지속적인 공격으로 전투력을 잃은 일본군 역시 휴전을 원하는 명군과 회의를 진행시켰다. 명군과 일본군 간에 화의 협상과정에서 전쟁이 소강상태에 접어들자 양국 군대는 병력의 일부를 귀국시키기도 하였다.
그러나 명군과 일본군의 화의 교섭이 거짓으로 드러나자, 일본군은 다시 공격해 왔다(정유재란, 1597). 임진년과 달리 이번에는 조선도 군비를 갖추고 명군과 협조하여 일본군을 쉽게 물리칠 수 있었다. 또 물러났던 이순신이 다시 기용되어 명량에서 일본군을 대파하였다. 마침 도요토미가 사망하고 전세도 불리해지자 일본군은 철수하기 시작했다. 이 때 이순신은 퇴각하는 일본군을 노량에서 격멸하였으나, 적의 유탄에 맞아 장렬하게 전사하였다. 이로써 7년에 걸친 전쟁은 끝이 났다.