일반적으로 하나의 연구개발사업은 다수의 세부사업 및 연구과제(연구 project)로 구성된다. 이러한 구조적 특성으로 우리나라의 경우 연구개발사업 예산이 분산위임형 체제로 배분되어 집행된다. 분산위임형 체제는 우리나라 연구개발 관리체계의 독특한 특징으로 평가받고 있다(KISTEP, 2015). 다른 나라의 경우 국가연구개발사업의 기획이 중앙부처 중심으로 이루어지고, 기획에 대한 권한이 산하기관으로 이양되지 않는 반면, 우리나라의 경우 연구개발사업에 참여하는 대부분의 부처가 연구관리전문기관을 산하기관으로 두고 있어, 해당 관리기관이 연구개발 과제 관리 및 예산집행뿐만 아니라 연구개발 기획도 담당하는 경향이 있다. 이에 정부연구개발예산이 각 부처의 사업에 배분되고, 해당 예산이 각 부처 산하의 연구관리전문기관(한국산업기술평가관리원, 한국에너지기술평가원, 보건산업진흥원 등)을 통해 연구개발과제로 집행된다. 이러한 전문기관은 연구개발사업의 기획에서 과제수행기관 공모에 따른 평가와 과제관리 등 전반적인 업무를 수행하고 있다. 현재 13개 부처에서 17개 전문기관을 운영하고 있다.