둘째, 중앙정부의 지방재정관리가 미숙하였다. 지방자치단체를 감독할 권한이 있는 주무부서인 행정안전부는 일부 지방자치단체가 예산편성 시 공무원 인건비 등 법정필수 경비를 우선 편성하지 않았는데도 이를 제재하지 않았다. 또한 임대형 민간투자(BTL) 사업에 대한 투자규모 등을 지방채발행한도 설정 시 고려하지 않아 지방자치단체의 채무상환능력을 초과하는 지방채 발행이 가능할 여지를 제공하였다.
셋째, 직접적인 원인이라 보기는 어렵지만, 열악한 지방재정 구조 역시 지방재정 부실문제에 간접적으로 영향을 미쳤다고 할 수 있다. 총 조세수입 중 지방세의 비중은 20%에 불과한 만큼 지방자치단체는 모자라는 재원을 중앙정부로부터 보조금 또는 교부금 등을 받아 충당하게 된다.