이와 같은 정당민주주의의 도입 과정에서 당정분리를 제도화하는 당헌 개정도 추진되었다. 노무현 정부 초기 집권 여당이었던 민주당 당헌 제100조는 “대통령에 당선된 당원은 그 재임기간 동안 명예직 이외의 당직을 겸직할 수 없고 당론결정에 참여할 권한과 당론을 이행할 의무를 가지며 당의 정강·정책을 충실히 국정에 반영하고 당은 대통령의 국정운영을 적극 뒷받침한다. 대통령에 당선된 당원은 그 재임기간 동안 정례적인 당정협의를 하여야 한다”고 명시하였다(최항순 2008, 191에서 재인용). 주요 야당이었던 한나라당도 이와 비슷한 규정을 당헌에 명시하였는데, 당헌 제7조는 “대통령에 당선된 당원은 그 임기 동안에는 명예직 이외에 당직을 겸임할 수 없”다고 규정하였고 제8조는 “대통령에 당선된 당원은 당의 정강·정책을 국정에 충실히 반영하고 당은 대통령의 국정운영을 뒷받침해야 하며, 그 결과에 대해 대통령과 함께 국민들에게 책임을 진다”고 명시하였다(최항순 2008, 191에서 재인용).
정당민주주의의 도입과 그 제도화는 대권과 당권을 분리함으로써 당정분리의 원칙을 현재까지 유지시켜왔다. 더 이상 당·정·청에서 대통령이 지배적 위치를 차지하였던 권위주의 시기의 정치적 유산은 더 이상 남아 있지 않으며, 대통령은 대선 후보 선출 시점으로부터 집권 여당 내에서 어떠한 당직을 겸직하지 않고 일반 당원으로서의 지위만을 갖도록 제도화되었다. 노무현 정부에 이은 이명박 정부에서 정무수석과 특임장관 등을 부활시킴으로써 당·정·청 사이의 협조(가상준·안순철 2012, 102)를 강화시키려 했다는 차이점은 있지만 당정분리의 기본 원칙은 유지되었고 이는 박근혜 정부에서도 마찬가지이다.