한편 형법 적용에서의 평등 원칙에 위배되어 형사처벌의 균등성과 적정성을 모두 그르치게 된다는 이유로 법조계 일각에서 이에 반대하는 의견도 있었다. 아울러 형사처벌특례의 예외가 되는 중과실의 유형을 12개 유형으로만 열거하여 한정하는 것은 타당한 근거가 있다고 보기 어렵다는 주장이 있었다. 즉, 중과실의 의료사고 유형이 매우 다양하여 몇 가지로 중과실을 한정하는 것 자체가 불가능하는 것이다.
셋째, ｢의료분쟁조정법｣제정 과정에서 무엇보다 쟁점이 된 사안은 ‘입증책임 전환’에 대한 것이었다. 찬성 측은 의료소송이 다른 손해배상소송과 달리 증거가 의료인 측에 편중돼 있고, 의료행위가 고도의 전문적 지식을 필요로 하는 분야이기 때문에 일반인의 입장에서 의료인 측의 과실여부 및 인과관계를 입증하는 것이 매우 어려우므로 입증책임을 의사에게로 전환할 필요가 있다고 주장하였다.
의료계는 원인을 알 수 없는 의료사고의 경우, 의사 역시 자신의 무과실을 입증할 방법이 없기 때문에 의료인에게로 입증책임이 전환되어서는 안 된다는 입장이다.
｢의료분쟁조정법｣이 제정됨에 따라 한국의료분쟁조정중재원이 과실유무와 인과관계를 입증하게 됨으로써 입증책임이 기존에 환자에게 있었던 것에서 중재원에게로 전환되었다고 할 수 있다.