2010년 7월 1일부터 시행된 근로시간면제제도는 운영상의 문제점에 대하여 노동계나 학계에서 비판의 목소리가 있었다. 이와 관련하여 근로시간면제제도의 의의와 불가피성을 인정하면서 노사자율에 입각한 근로시간면제제도의 합리적 운영을 위하여 정비되어야 하는 사항을 제시한 견해도 있다.
예컨대, 근로시간면제 대상업무, 상급단체 노조전임자 보장, 사업장 개수 및 노조수, 노조 조직형태, 노사관행 등에 따른 근로시간면제한도 시간과 인원, 모법위임사항의 범위를 벗어난 「노노법 시행령」 전면 재개정 등의 방안들이 제시되고 있다.