그러나 농자재 투입 정보와 토양‧토질 부문 농업환경자원 정보는 다양한 기관으로 분산되어 관리되고 있어 그 수집 및 활용에 큰 한계가 있다. 토양특성조사는 농촌진흥청 국립농업과학원이, 토양환경변동조사는 농촌진흥청 국립농업과학원, 도별 농업기술원, 고령지(高嶺地)농업연구소가 함께 실시하며, 개별 농지의 토양검정은 농업과학기술원과 농업기술센터가 담당하고 토양 침식에 대한 정보는 국립생태원과 국토정보지리원이 관리한다. 또한, 농업 경작토지 이용정보는 국립농산물품질관리원의 농업경영체 DB와 통계청의 농림어업총조사, 농림어업조사, 농가경제조사에 일부 포함되어 있고, 토양·토질정보의 핵심 중 하나인 비료‧농약 관련 정보는 농촌진흥청이 농업환경변동조사로 수집하고 있는데, 비료·농약종류, 사용량, 살포 횟수 등 관련 정보가 잔류량이 아닌 사용량 및 사용빈도‧판매량 정보로 구성되어 있다는 한계가 있으며 논, 밭, 과수원, 시설재배 등 농경지 토양을 대상으로 조사한 화학성, 물리성, 미생물, 수분, 중금속 등 조사지표들도 정책 활용도가 낮다. 2019년부터 환경부도 「표토의 침식 현황 조사에 관한 고시」를 통해 표토의 침식으로 인한 토양환경 실태조사를 실시하고 있으나 농림축산식품부의 농지 관련 조사와 연계되고 있지 못한 실정이다.
이처럼 토양·토질과 관련된 농업환경자원 정보는 수집을 위해 다양한 조사가 진행되고는 있으나, 다양한 부처 및 기관에 분산되어 수집·관리되고 있을 뿐만 아니라, 각 조사 간 정보 연계 설계나 지역별 활용계획은 부재한 상황이다. 또한 토지별, 지역별 통계가 없어 앞서 언급한 공간 이질성이 반영된 정보를 얻지 못해 그 활용에 한계가 있는 실정이다.