넷째, PLS 제도 도입 후 농작물의 잔류농약 부적합률이 높아질 수 있다는 지적이다. 제도의 전면 도입으로 농약의 사용방법, 종류 등이 달라진다는 오해가 있기도 하지만, 해당 작물의 병해충 방제용으로 사용 등록된 농약만 사용하고, 사용방법‧시기‧횟수 등 안전사용기준을 지킨다면 PLS 제도 도입 전에 비해 기준이 강화된 것은 아니라고 볼 수 있다. 실제 2016년부터 PLS 제도를 적용하고 있는 견과류, 종실류 및 열대과일류의 경우 PLS 제도 도입 전·후 부적합 건수의 변화는 미미한 수준이었다.