「초·중등교육법 시행령」(1998.2.24. 제정, 1998.3.1. 시행) 제91조는 “교육감은 소질과 적성 및 능력이 유사한 학생을 대상으로 특정분야의 인재양성을 목적으로 하는 교육 또는 자연현장실습 등 체험위주의 교육을 전문적으로 실시하는 고등학교(이하 “특성화고등학교”라 한다)를 지정·고시할 수 있다”고 규정하였다. 이 가운데 “자연현장실습 등 체험위주의 교육을 전문적으로 실시하는 고등학교”가 대안교육분야 특성화고등학교에 해당한다.
「초·중등교육법 시행령」 제76조 제9항에 따른 「초·중등교육법 시행규칙」 제55조(특성화중학교의 지정 구분)는 “교육감은 영 제76조제1항에 따라 특성화중학교를 지정·고시하는 경우에는 어느 하나로 구분하여 지정·고시한다”고 규정하였다. 이 가운데 “체험위주 교육 등 대안교육 분야를 특성화하기 위한 중학교”가 대안교육분야 특성화중학교에 해당한다.