기술평가시스템(KTRS)은 기술사업의 미래 성공 가능성 및 기술기반의 위험을 동시에 고려한 기술금융에 최적화된 평가시스템으로, 지난 2005년 7월 기금 업무에 전면 도입된 후 지속적인 검증과 개선으로 사고율 및 리스크 예측치가 매우 안정적인 것으로 확인되고 있다. 또한, 평가목적 및 용도에 따라 활용 가능한 다양한 기술평가모형을 추가구축함으로써 수요자의 다양한 요구에 대응하고 있다. 
기보가 수행하고 있는 기술평가의 유형은 크게 3가지로 당해 기술에 의하여 현재 시현되고 있거나 장래에 시현될 기술 자체의 가치를 평가하여 평가결과를 금액으로 표시하는 기술가치평가, 기업이 특정기술 또는 아이디어를 신규로 사업화하거나 현재 추진 중인 기술사업의 투자를 확대하고자 할 때 당해 사업의 기술성 및 사업타당성을 평가하는 기술사업 타당성 평가, 기업이 보유하고 있는 모든 기술을 경영환경, 사업전망 등 기업의 실체와 연계하여 종합적으로 평가하는 종합기술평가가 있다. 
또한 KTRS는 10개 종류로, 53개의 세부 모형을 가지고 운영되며, 평가대상 기업이나 기술의 특성이 반영된 기술평가모형을 적용하여 평가의 정확성을 향상시키기 위해 주력하고 있다. 가령 모든 기업에게 적용되는 기술평가시스템, 창업 후 5년 이내 기업에 적용되는 기술평가시스템, 창업 후 5년 초과 기업에 적용되는 기술평가시스템이 상이하게 적용되어 평가의 신뢰성 및 적합성을 높여주고 있다. 
KTRS는 기술평가표와 내부, 외부환경변수를 고려하여 기업 기술의 미래성장가능성과 부실가능성을 가중합하여 기술사업화 가능성을 판단하며 기술평가등급 산출방법은 그림2-5와 같다. 입력 단계의 기슬평가표는 ‘경영주 역량’, ‘기술성’, ‘시장성’, ‘사업성 및 수익성’의 대항목을 평가할 수 있도록 33개의 소항목으로 구성되어 있으며, 각 소항목에 대하여 평가자가 평가기준에 따라 직접 A~E중의 등급하나를 입력한다.