정치경쟁의 정상화에도 불구하고 여전히 남는 문제는 대통령과 정당의 관계, 특히 대통령과 집권여당 관계에서 나타나는 과도한 당파적 지지의 문제를 어떻게 해결할 것인가였다. 집권여당 총재 자리는 대통령이 장악하는 경향은 민주화 이후에도 사라지지 않고 지속되었다. 정당의 총재는 공천권을 비롯한 주요 의사결정 과정에 개입하면서 집권 여당의 소속 의원들을 좌우하는 경향은 “밀실공천”과 같은 현상으로 가시화되었다. 권위주의 시기의 유제로 남겨진 집권 여당의 행정적 우위는 대통령이 소속 정당의 행정적 네트워크에 대한 정치적 동원도 가능하였다. 그에 따라 집권 여당은 대통령의 권위와 권한 행사에 종속되는 위치를 벗어나지 못하는 권위주의 시기 정당정치의 문제를 답습하는 듯한 모습을 보였다.
권위주의 시기 집권 여당의 당·정·청 관계는 [그림 2-5]와 같은 형태를 띠었다고 볼 수 있으며, 이는 권위주의 시기 정당과 유사한 형태로 간주할 수 있다. 여섯 개의 준거점을 갖는 대중정당 모델과 달리, 권위주의 시기 집권 여당의 당·정·청 관계는 대통령을 중심으로 이루어지며 준거점은 대통령의 의사결정과 권한 행사에 종속되는 것으로 볼 수 있다. 대중정당이 유권자의 이익 집약과 표출에 주안점을 두었던 데 반해, 권위주의 시기의 집권 여당의 정당정치 문화는 대통령을 유일한 준거점으로 하는 즉 ‘위로부터의’ 정책결정 거버넌스였다고 볼 수 있다.