둘째, 어느 통합 방안을 채택하든 3개 위원회의 기능을 지원할 수 있는 전담 조직의 신설 또는 기존 조직을 활용한 전담 사무지원의 기능 확대가 절실하다. 현재 행정안전부 자치행정과에서 정부 간 분쟁 관련 사무국의 역할을 담당하며 분쟁카드 작성 등의 방법으로 분쟁 현황을 관리하고 있다. 그러나 인력, 예산, 기능 등의 문제로 인하여 정부 간 분쟁 해결을 충분히 지원하지 못하고 있다는 것이 현장 담당자들의 공통된 증언이다. 단기적으로는 현 체제를 유지하며 소규모의 인력과 예산을 증가시켜 분쟁조정제도의 활성화를 위해 노력하되, 약 76.1%의 설문 응답자들이 분쟁조정위원회를 전담·지원하는 사무국의 필요성을 인정하고 있음에 따라 중·장기적으로는 전문성을 갖춘 정부 간 분쟁조정 담당부서를 설치, 운영할 것을 제안하고자 한다. 전담 사무국은 단순히 정부 간 분쟁조정을 위한 실무적 행정지원 뿐 아니라 정부 간 분쟁에서 대안적 분쟁해결 실무그룹을 조정하는 한편, 정부기관의 분쟁조정 절차 전반을 합리화하는 정책 총괄 기능을 수행하며 연구·교육·훈련을 아우르는 혁신적 기능을 담당할 수 있기 때문이다. 이러한 예는 대안적 분쟁해결제도의 선구적 역할을 담당하는 미국의 경우에서 찾아볼 수 있거니와, 미국은 대통령이 직접 범정부적으로 갈등관리를 체계적으로 실시할 수 있도록 특별기구의 구성을 지시(Memorandum for Heads of Executive Departments and Agencies, 1998. 5. 1)한 이래 연방정부 법무부 산하에 통합 사무국의 성격을 가진 분쟁 해결실(Office  of  Dispute Resolution)을 설치, 운영하며 정책수립 및 집행과 관련된 정책갈등을 효과적으로 관리하고 있다.