둘째, 과세이연요건 중 지분의 연속성 요건의 차이로 인해 분할법인이 제3자와 공동출자해서 회사를 설립하되 설립시점에는 주식을 100% 보유한 후 분할종료 후 제3자배정 유상증자로 지분율을 나누는 우회적 공동출자의 문제점에 대해서는 물적분할에서도 지분의 연속성 요건을 완화시켜야 할 것이다.
셋째, 적격현물출자에서 피출자법인이 출자법인이 적용받던 감면 및 세액공제의 이월공제를 적용받지 못해서 과세상 불이익을 부담하는 문제점에 대해서는 이월공제액에 출자법인의 지분율을 곱한 금액을 승계하게 해야 할 것이다.
넷째, 자산취득금액과 시가가 다른 경우 부당행위계산부인은 적격물적분할의 경우에만 적용되고 100%의 지분을 보유한 적격현물출자의 경우에는 적용되지 않기 때문에 적격물적분할의 경우의 법인세 부담이 더 커지는 문제점에 대해서는 후자의 경우에도 부당행위계산부인의 규정을 적용해야 할 것이다.