한편 다수의견은 피청구인이 현존하는 정치･경제 질서에 부정적 의사를 표시하고, 선거를 통한 집권 이외에 예외적으로 헌법질서가 중대하게 침해받는 경우에는 저항권에 의한 집권이 가능하다고 언급하고 있기 때문에 통진당의 활동이 구체적으로 민주적 기본질서의 전복을 추구하고 있다고 주장하지만, 이러한 사정만으로 폭력적 수단이나 민주주의 원칙에 반하는 수단으로 변혁을 추구하거나 민주적 기본질서의 전복을 추구하고 있다는 점이 구체적으로 입증되었다고 볼 수 없다. 아울러 예외적으로 헌법질서가 중대하게 침해받는 경우에는 최후의 헌법보호수단으로서 다수의 학설상 저항권이 인정되고 있으며, 독일 기본법의 경우 제20조 제4항에서 저항권을 일정한 요건하에서 명문으로 인정하고 있다. 또한 헌법재판소 스스로도 “저항권은 국가권력에 의하여 헌법의 기본원리에 대한 중대한 침해가 행하여지고 그 침해가 헌법의 존재 자체를 부인하는 것으로서 다른 합법적인 구제수단으로는 목적을 달성할 수 없을 때에 국민이 자기의 권리･자유를 지키기 위하여 실력으로 저항하는 권리이다.”라고 판시함으로써 일정한 제한된 요건하에서의 저항권을 부정하고 있지 않다. 따라서 통진당이 예외적으로 헌법질서가 중대하게 침해받는 경우에는 저항권에 의한 집권이 가능하다고 언급했다는 이유만으로 통진당의 활동이 구체적으로 민주적 기본질서의 전복을 추구하고 있다는 판시는 타당하지 아니하다.