예금보험공사는 공적자금 지원과정에서 취득한 주식을 상당 부분 매각하여 왔으나, 아직도 금융회사 등에 대한 지분을 보유하고 있다. 2016년 6월말 현재 예금보험공사는 우리은행(보유지분율 51.06%)·서울보증보험(93.85%)·한화생명보험(15.25%)의 주식을 보유하고 있고, 부실채권정리기금 운용기한 종료로 대우조선해양 주식(17.15%)은 공적자금상환기금에 반환되어, 그 중 5%는 매각하였고 잔여지분(8.5%)을 금융위원회가 보유하고 있다.
우리은행의 경우 매각 성사 가능성 제고를 위해 과점주주 매각방식 신규 도입을 주요 골자로 하는 우리은행 민영화 추진방향을 2015년 7월 21일 발표하였다.
향후 시장수요가 확인되고 매각을 위한 여건이 개선되었다고 판단될 경우 최대한 신속히 동 방안에 따라 매각을 추진해나갈 예정이다.