그러나 신자유주의와 Maastricht 조약에 따른 재정안정화 논의의 세계적 확산 등으로 국가재정운영에 관한 논쟁이 복지제도를 중심으로 진행되고 있는 점이나 현실 정치의 장에서 조세수입과 복지지출은 다분히 비용편익의 관점에서 결정된다는 점(안상훈, 2000; 윤영진, 2012; Cichon et al., 2004)을 고려할 때 복지지출과 조세수입 간의 관계를 상호 독립적으로만 간주하기는 어려운 측면이 있다(Narayan & Narayan, 2006). 특히 기존의 복지체제론이나 서비스 경제의 트릴레마 테제, 역진조세의 가설, 사회투자론 등 복지국가의 재정여건에 대한 기존의 많은 연구들을 고려할 때 현실적·이론적으로 제도적 분리가설이 성립할 수 있는가는 다소 회의적이라고 판단된다. 방법론적으로도 일부 연구들은 OLS 추정의 문제와 내생성 제약에 대처하기 위해 IV, 2SLS, 3SLS, GMM, Hausman-Taylor 등의 연구방법으로 적정지출과 조세수준을 추정하고 있다(최준욱 외, 2005; Bird et al., 2004; Gupta, 2007). 실제 김성욱(2014)은 변수간 내생성을 고려한 하우스만-테일러 추정방식을 활용하여 복지지출을 포함하는 조세-지출가설 모형과 이를 포함하지 않은 제도적 분리가설 모형의 적정조세부담률을 추정한 결과, 제도적 분리가설을 전제할 경우 추정의 효율성과 현실적합성 달성이 어려울 수 있음을 경험적으로 확인하였다.