국내정치에 있어서도 메르켈의 성공은 무엇보다도 타협과 합의의 리더십의 결과로 설명되고 있다(Jalazai 2011, 429). 2005년 선거 결과 독일에서는 사민당과 기민련 간에 대연정이 구성되었다. 일반적으로 대연정은 양 대 정당 간 이념적 차이와 균등한 권력관계 때문에 다른 연정구조보다 훨씬 조율하기 어려운 구조적 문제를 안고 있다. 그러나 메르켈은 상당히 유연하게 대연정 내의 협력을 이끌어냈으며 2005-2009 대연정은 오히려 2009년에 형성된 흑황(기민련-기사연-자민당) 연정보다 더 불협화음 없이 운영되었던 것으로 평가되고 있다.
양 대 정당 간의 원활한 타협과 합의 도출을 위하여 메르켈은 2006년 중반부터 최소 매월 1회 연정회의를 가동하였다(Korte 2011, 109). 이 연정회의에는 기민련, 기사연, 사민당 당수, 기민련/기사연과 사민당 교섭단체 의장, 수상과 부수상 등 총 일곱 명이 참석하였으며 사안에 따라서는 재정부 장관 슈타인브뤽(Steinbrük)과 수상청장관 드 메지에르(de Maizèe)가 동석하기도 하였다. 회의는 최소 두 시간에서 열 시간씩 진행되었으며 대부분 수상청에서 월요일마다 개최되었다. 이 회의를 통하여 연방구조개혁, 부모육아수당(Elterngeld)의 도입, 의료보험체제 개혁 등의 주요한 연정 정책의 노선이 결정되었다.