실제 지정 과정에서 지정대상 지역의 자연 생태계, 생물자원, 경관의 현황ㆍ특성, 지형, 토지 이용 상황 등 그 지정에 필요한 사항을 조사해야 하며 그 결과를 토대로 하여 공원지정이 이뤄진다. 관리의 경우는 국립공원의 경우 국립공원관리공단이, 지방자치단체 지정 공원들의 경우 지방자치단체가 공원을 관리하는 주무 기관이 된다.
자연공원에 해당하는 지역에 대해서는 ｢자연공원법｣ 제36조에 따라 자연공원으로 지정 이후에도 정기적인 환경 및 생태계 관련 조사의 의무가 부과되며, 같은 법 시행령 제27조에 따라 10년 마다 자연 자원 조사를 실시하도록 되어 있다. 그러나 ｢자연공원법｣의 성격상 자연 환경에 대한 조사나 생태계 중심의 관리체계 마련보다는 공원 구역 내의 토지이용의 규제, 행위의 규제 등에 대한 강조점이 두어져 있는 관계로 구체적인 조사의 내용절차 등은 규정되어 있지 않다. 그러나 실제적으로는 지질지형을 비롯한 자연 환경에 대한 조사가 해당 조직에 속하는 구성원들에 의해서 이뤄지고 있다(허철호 외, 2005; 허철호· 최상훈, 2007). 다만 조사 수행자의 전공 등에 따라서 단순한 지형 분류와 유형화에 치중하는 경우와 지형에 대한 심도 있는 분석이 이뤄지는 경우가 혼재한다. 즉, 조사자에 따라 자연 조사의 수준에서 상당한 편차가 존재한다는 문제가 있다. 따라서 이의개선을 위한 전문 인력의 지속적인 확보와 표준화된 조사 지침의 마련이 필요할 것으로 보인다.