□ 현재는 연구개발 예비타당성조사 제도 개선을 위해서는 기획재정부와 협의해야 하고 기획재정부가 연구개발 예비타당성조사 운영을 평가하여 개선을 권고하는 체계이므로, 연구개발 예비타당성조사는 경제적 타당성이 핵심인 건설공사에 대한 예비타당성조사 등 전체 예비타당성조사의 틀을 벗어나기 어려운 구조임
◦ 과학기술정보통신부장관은 예비타당성조사 대상에서 제외하거나, 예비타당성조사 대상사업의 선정기준·조사수행기관·조사방법 및 절차 등에 관한 지침을 마련하고자 할 경우 사전에 기획재정부장관과 협의해야 함
◦ 과학기술정보통신부장관은 예비타당성조사 결과를 기획재정부장관에게 제출해야 하며, 기획재정부장관은 이를 검토하여 2년마다 예비타당성조사 운영의 적정성을 평가할 수 있으며, 평가 결과에 따라 제도 등의 운영에 대한 개선사항을 과학기술정보통신부장관에게 권고할 수 있음
◦ 「국가재정법」에 제38조의3(국가연구개발사업 예비타당성조사의 특례)을 신설한 것은 “국가연구개발사업의 특성을 반영한 예비타당성조사가 이뤄질 수 있도록” 하기 위한 것인데, 현행과 같이 기획재정부장관이 평가‧권고할 수 있는 여지를 남겨둘 경우 연구개발 예비타당성조사는 타 유형의 사업에 대한 예비타당성조사 제도와의 차별화가 쉽지 않을 수 있음