이에 대해 “필요한 경비 및 급식비를 지원할 경우 안정적인 대안교육기관 운영이 가능할 것”이라는 의견과 “정규학교와 상이한 대안교육기관의 설립형태, 운영, 시설규모 등을 고려할 때 재정 지원에 대한 신중한 검토가 필요하다”는 의견이 제기되었다. 그리고 “기획재정부와 서울시교육청은 자율형 사립고, 입학금과 수업료가 자율화된 학교 등 학교운영의 자율성이 확대된 학교에 대해서도 재정지원을 하지 않고 있고, 법률안에 대안교육기관의 장이 수업료.입학금 및 운영지원비를 정하도록 하고 있기 때문에 재정지원은 불요(不要)하다는 의견을 제시한” 것으로 나타났다.
이에 국회 교육위원회 심사를 거쳐 마련된 수정안에서는 대안교육기관에 대한 운영 경비 및 급식비 지원 가능 조항이 삭제되었다. 현재 자율형사립고와 같이 학교운영의 자율성이 확대된 학교에 대해서는 재정지원을 하지 않고 있으며, 인가 대안학교의 경우에도 지방교육재정교부금 지원대상에서 제외되어 있으므로 형평성 문제를 고려해야 한다는 의견이 반영된 것이다.