복대리인은 대리인이 선임한 대리인으로 본인의 대리인이라는 점 이외에는 본인과 사이에 다른 특별한 법률관계가 발생할 근거가 없다. 그러나 민법은 거래의 편의상 복대리인은 본인에 대하여도 대리인과 동일한 권리와 의무가 있는 것으로 규정하고 있다(제123조 제2항). 과기정출법에 의해 설립되는 출연(연)의 경우도 정부에 대해 대리인인 연구회와 같이 일정한 권리와 의무를 지고 있는 것으로 해석할 여지가 있다. 과기정출법의 구조를 살펴보면, 연구회와 연구기관의 설립은 법에서 대등하게 다루어지며 실질적인 국가 R&D의 기능을 수행하는 기관이 출연(연)이라고 할 때 출연(연)은 국가의 R&D 기능을 실질적으로 대리하고 있다고 할 수 있다. 일반적으로 복대리인은 대리인이 자신의 대리권에 근거하여 선임한 자이므로, 대리인의 감독을 받는다. 과기정출법에 따라 대리인인 연구회는 복대리인인 출연(연)을 관리･감독하는 것을 주된 기능으로 하고 있다. 결론적으로 과기정출법 입법목적과 구조를 살펴보면, 정부와 연구회, 출연(연)이라는 3개의 주체가 일종의 대리계약관계를 맺고, 국가연구개발사업이라는 공통의 사회적 목표를 이루기 위한 ‘관계적 계약’ 관계를 형성하고 있는 것이라 파악할 수 있다.