국립대 회계의 특징과 문제점은 다음과 같다.
첫째, 회계항목이 국고회계와 비국고회계로 나뉨으로써, 국가가 설치·운영하는 학교의 세입원이 국가의 직접지원 이외에도 4가지나 더 있고, 이에 따라 회계항목 간의 단위는 물론 회계연도와 처리방법도 상이하다.
둘째, 적용 법령도 상이하며, 법률의 적용을 받는 항목과 행정규칙의 적용을 받는 항목들로 나뉨으로써 법적 근거의 균등성에 문제가 있고 행정적 편의나 과도한 위임이 발생할 수 있다.
셋째, 특히 국고회계인 일반회계와 비국고회계인 기성회회계의 집행대상에서 인건비와 시설사업비 등이 중복되기 때문에, 재원의 출처가 다름에도 불구하고 설치·운영자인 국가와 비국고회계의 사용자인 국립대학 간의 집행의 책임이 분산될 수 있고, 경우에 따라 사용상의 도덕적 해이 문제도 발생할 수 있다.
따라서 오래 전부터 국립대 재정 운영의 비효율성, 불투명성, 자율성 문제가 제기되어 왔고, 통합된 법률의 적용 필요성이 존재하고 있다.