그러나 2018년 경영평가제도의 전면적 개편과 함께 경영평가 지표 중 사회적 가치 구현 지표의 신설 및 배점의 확대로 인해 조직·인사·재무관리 등 다른 범주에 속하는 지표에 대한 배점은 상대적으로 감소하여 이로 인해 공공기관의 재무성과와 효율성에 대한 우려가 제기되고 있으며 최근에는 2020년도 경영평가 점수 산정과정에서 경영평가단 위원이 사회적 가치 지표의 배점 적용 오류와 단순 평가점수 입력 오류로 인해 10개 공공기관의 등급이 상향 또는 하향 조정되는 문제도 발생하였다.
그 밖에 경영평가위원이 피평가기관으로부터 연구용역을 수주받은 사항이 감사원 감사에서 지적된 바 있으며 2019년 경영평가 과정에서 평가단 윗선의 부당한 평가점수 조정 요구 등 관련 의혹들이 제기되어 감사원이 감사에 착수하는 등 관련 문제점이 지속적으로 제기되고 있는 실정이다.
이에 이 보고서에서는 현행 공공기관 경영평가제도와 관련된 쟁점들을 살펴보고 향후 경영평가제도 개선 논의에 시사점을 제공하고자 한다.