조선 조정이 분열된 증거로 도요토미 히데요시를 만난 서인의 황윤길과 동인의 김성일이 서로 정반대의 의견을 내어 갈등했다는 것을 사례로 든다. 당시 조선 조정은 일본군이 침입할 것이라는 것은 확실하다고 보았으나, 다만 그 대비를 어떻게 할 것인가에 대해 의견의 차이가 있었다. 조정에서 대신들 간의 논의 끝에 선조는 일본이 침입할 것이라는 점을 명나라에 통보했고, 지방 수령들에게 일본군의 침입에 대비하여 성을 새로 쌓고 보수하라고 지시하였으며, 당시 최고의 무장이었던 이일과 신립을 지방에 보내 축성 및 군대훈련 상황 등 전반적인 전쟁준비를 점검하도록 하였다.
국정운영에 있어 중신들 간의 의견 차이는 건전한 국가발전에 도움이 된다. 임진왜란의 배경으로 조선 양반 사회의 분열을 기술하는 것은 사소한 것을 지나치게 과장한 것이다. 당시 조선 조정은 일본군이 침입해 올 것이라는 점에서는 국론이 일치되어 있었고 일본의 침략에 대비하였다. 다만, 20만 명이 넘는 대군이 일시에 침략하리라고 생각하지는 못한 것이다.