사. 환매조건부채권거래에 대한 원천징수제도의 특례
환매조건부채권매매거래는 다음 중 어느 하나에 해당하는 거래로서 그 거래 사실이 증권예탁결제원의 계좌를 통하여 확인되거나 재정경제부령이 정하는 바에 따라 확인되는 경우를 말한다(법인세법 시행령 제114조의 2 제1항).
① 금융기관이 일정기간 후에 일정가격으로 환매수 또는 환매도할 것을 조건으로하여 채권등을 매도 또는 매입하는 환매조건부채권매매거래
② 위 ①과 유사한 거래로서 재정경제부령이 정하는 것
환매조건부채권은 채권의 매도와 매수라는 2개의 거래가 하나의 계약 관계를 형성하는 채권거래방식을 의미하며, 일반적인 채권매매의 경우와 달리 환매조건부채권을 매수한 자가 환매기간(당해 채권을 매도한 날로부터 환매수한 날까지의 기간)동안 당해 채권으로부터 발생하는 이자를 환매조건부 채권을 매도한 자에게 반환해야 한다. 이러한 환매조건부채권 매매의 성격은 매도자의 입장에서는 당해채권을 계속 보유하는 경우와 경제적으로 일치하는 바, 환매조건부채권매매거래는 중도매매채권의 원천징수제도가 적용되지 않고 환매시점까지 원천징수를 면제하되, 매수자는 환매기간 동안 채권 등으로부터 발생한 이자소득을 매도자에게 반환하는 시점에 매도자로부터 동 소득에 대하여 원천징수하여야 한다(법인세법 시행령 제114조의 2 제2항).
한편, 매수자가 매입한 채권 등이 환매일 이전에 제3자에게 매도되는 경우에는 환매조건부채권의 매수자에게 보유기간이자상당액에 대한 세액을 원천징수하여야 한다(법인세법 시행령 제114조의 2 제3항).