전자화문서 제도에 이 같은 학설과 판례를 적용하면 전자화문서와 원본 종이문서 사이에 동일성과 무결성이 인정되어야 한다. 이와 관련하여 원본 종이문서를 폐기하기 위해서는 전자화대상문서인 원본 종이문서가 처음 작성된 후 전자화 전까지 보관되는 도중에 위·변조되지 않고 동일성을 유지하여야 하며, 전자화 과정에서도 위·변조되거나 변경되지 아니한 채 동일성을 유지하여야 하는데 쉽지 않다는 주장이 있다(이응세, 2006). 이에 대하여 다른 의견도 있다. 오프라인의 경우도 위·변조 가능성을 완벽하게 방지할 수 없고, 단지 나중에 위·변조를 하였을 경우 검증, 감정 등의 증거방법을 통해 비교적 신뢰성 있는 검증, 감정을 할 수 있다고 한다. 전자화문서의 경우에도 생성 당시의 대상문서와 내용 및 형태에 있어서 동일한 것만 보장되면 그 내용 및 형태를 그대로 출력하여 검증, 감정을 할 수 있을 것이기 때문에 오프라인의 경우와 큰 차이가 없으며, 그 차이가 최소화될 수 있도록 전자문서법에 따라 전자화문서 작성의 방법, 절차 그 밖의 필요한 사항을 규정하는 전자화고시에서 해상도 등에 관하여 비교적 엄격한 요건을 규정함으로써 해결할 수 있는 문제라는 것이다(이해완, 2006).