IPU는 의회의 기능을 효과적으로 수행하고 권력분립을 증진하기 위해서는 의회 행정의 자율성이 강화되어야 한다고 본다. 또한, 의회 행정의 자율성은 행정부로부터의 독립뿐만 아니라 중립성과 전문성을 필요로 한다는 입장이다.
IPU는 의회의 행정권에 대한 법적 근거의 정립, 사무총장을 포함하여 입법지원 인력에 대한 고유한 인사권, 의회 예산 편성 과정에서의 권한을 의회의 자율성을 보여주는 지표로 제시하였다. 다만, IPU는 의회는 필요한 경우 정부와의 인사교류를 활용하는 등 각국 의회의 경험과 상황에 따라 의회의 자율성은 다양한 방식으로 구현될 수 있다고 보았다.
IPU는 코로나19와 같은 외부의 불확실성 상황에서 의회 기능의 지속을 위하여 의회의 강력하고 효과적인 행정적 조치가 요구되고 있으며 이는 의회행정의 자율성을 통해 뒷받침된다는 점도 지적하였다.