신의료기술평가를 받고자 하는 자는 「국민건강보험 요양급여의 기준에 관한 규칙」 제9조의2제1항에 따른 요양급여대상·비급여대상 여부 확인 후에 신의료기술평가 신청서와 의료기술의 잠재성에 대한 의견서를 보건복지부장관에게 제출해야한다. 서류가 제출되면 보건복지부장관은 해당 기술의 평가를 위해 신의료기술평가위원회를 소집하고 평가방법을 결정한 후, 분야별 전문평가위원회에서 안전성과 유효성 및 잠재성에 대해 검토한다. 검토 결과는 신의료기술평가위원회의 심의 의결로 확정하여 보건복지부에 보고한다.
신의료기술평가위원회의 검토 결과는 4가지로 구분된다. 첫째, 안전성·유효성이 있는 의료기술, 둘째, 안전성은 인정되나 임상적 근거가 부족하여 유효성이 부족한 의료기술 중 시급성이 인정되는 제한적 의료기술, 셋째, 안전성은 인정되나 유효성의 근거가 부족하지만 잠재적 가치가 인정되는 혁신의료기술, 넷째, 안전성과 유효성이 모두 확인되지 않은 연구단계 의료기술이다.