회의 운영 방식은 회의 이전단계, 회의 진행단계, 회의 이후단계로 나누어질 수 있는데, 회의 이전단계에서 가장 중요한 사항은 정책과제를 선정하고 회의 참가자를 선발하는 것이다. 정책 과제는 사회적 갈등이 크거나 지역 주민들의 이해와 밀접하고 비중이 큰 정책과제를 선정해야 한다. 그리고 다양한 인구사회학적 특성을 반영하여 마을회의 참가 예정자를 선발해야 한다. 그러나 참가자를 조직하는 사업은 위로부터 선정하는 것이 아니라 아래로부터 참여 캠페인을 통해 조직되어야 한다. 회의 진행단계는 10～12명의 소집단을 구성하고 토론 운영자의 도움을 받아서 토론을 진행하고, 진행본부에 배치된 전문가 집단의 도움을 받아서 심사숙의를 계속한다. 휴대용 전자 투표 장치를 통하여 토론의 매듭 단계마다 투표한다. 투표는 토론 단계별로 대안에 대한 참석자의 선호도를 측정하고, 순차적으로 토론 주제를 선정하기 위한 수단이다. 토론결과는 중앙 스크린에 실시간 보고되고 공개된다.
회의 이후단계에서 정부와 정책결정과정에 대한 신뢰성을 신장시키는 결과를 낳는다. 우선 토론 참가자의 대표성이 확보되고, 토론에 필요한 중립적 정보를 제공하고, 회의가 투명하고 공정하고 민주적으로 진행됨으로써 정부 정책결정과정에 대한 신뢰성을 높일 수 있다. 그리고 회의 결과를 공공정책으로 채택할 것을 즉각 공개적으로 선언하여 약속함으로써 시민참여가 ‘힘 있는 참여’, ‘집행력 있는 참여’의 결과를 얻는다. ‘힘 있는 참여’가 구체적인 정책으로 실현되는 과정을 확인함으로써 시민들의 참여는 더욱 확대된다.