새만금 내부개발은 호소를 제외한 내부용지(291㎢)를 산업연구용지, 국제협력용지, 관광레저용지, 농생명용지, 환경생태용지, 배후도시용지의 6개 용도로 나누어 진행되고 있다. 6개 용지 중 공공부문이 참여하는 산업연구용지, 농생명용지, 관광레저용지는 매립이 진행 중이나 여타 용지는 대규모 민간자본을 유치하여 매립 및 개발을 추진해 온 결과, 사업시행자 선정 단계부터 어려움을 겪는 상황이 반복되어 왔다. 그러나 금년 10월 새만금 내부용지 매립을 담당할 새만금개발공사가 설립됨에 따라 매립 불확실성은 어느 정도 해소되었다고 볼 수 있다. 새만금개발공사는 선도적으로 국제협력용지 일부에 대한 매립을 진행하고 추가적인 매립 재원 마련을 위해 관광, 신재생에너지 등 다양한 수익사업을 병행할 방침으로 알려졌다.