이외에도 무기계약 전환대상자에서 합리적 이유 없이 제외된 사례도 다수 발견된다. 예를 들어, 10년 넘게 교무실에서 근무하고도 학교 측이 ‘나이도 있고 해서 안 그래도 일 시키기 껄끄러운데 무기계약이 되면 학교서 일 시키기 더 힘들지 않겠냐’며 학교장이 반대하여 대상자에서 제외된 경우도 있다. 또한 같은 학교에서 교무실 1년 반, 행정실 1년, 총 2년 반 동안 근무하거나 역시 같은 학교에서 교무실 6년 근무 후 과학실 6개월 근무했으나 전환에서 누락된 경우도 있다. 이 경우는 직종 통폐합이 무기계약 전환을 회피하는 데 활용된 사례이다. 각 시도교육청은 무기계약 전환 누락에 이의 신청 지침을 내렸으나 학교 현장에서는 그와 같은 이의 신청 절차와 시한이 있는지 당사자들에게 제대로 알리지 않고 있다고 한다.