제도의 운영과 관련하여서는 첫째, 활동보조인의 열악한 처우가 문제로 제기된다. 활동보조인의 시급은 6,412원으로 적정 수준의 급여를 받기 위해 장시간 일하고 있다. 두 번째 문제점은 활동보조인의 성별·연령별 격차가 크다는 것이다. 전체 활동보조인의 88.4%가 여성이며, 과반수가 50대 이상으로 나타나 상대적으로 높은 체력을 요하는 서비스 제공에 어려움이 있을 수 있다는 우려가 제기된다. 마지막으로 활동보조인의 임금이 낮고, 이용자의 활동보조인에 대한 의존성이 높다는 제도의 특성상 부정수급이 발생할 가능성이 높다는 점이 지적된다.
위와 같은 문제점을 해소하고 장애인활동지원제도의 내실을 기하기 위하여 다음과 같은 개선방안을 제시한다. 첫째, 서비스 이용 요건을 완화하여 서비스가 필요한 모든 장애인에게 신청자격을 부여하여야 할 것이다. 대상자의 확대는 입법적 개선만으로는 충분하지 않고, 관련 예산을 확보하여야 비로소 실효성 있는 제도 확대가 될 것이다. 둘째, 활동지원인력을 확충하고 활동지원급여의 타당성을 제고하여야 할 것이다. 서비스의 난이도와 무관하게 책정된 현재의 급여비용은 활동지원인력이 경증장애인을 선호하는 현상을 유발하고 있다. 정교한 급여량 책정을 통해 급여의 타당성을 높여야 한다. 셋째, 이용자의 선택권을 보장하고 이용자와 활동지원인력의 갈등을 해소하기 위한 제도적 장치를 마련하여야 한다. 이용자와 그 보호자에 대한 교육을 의무화하여 제도에 대한 이해를 높이는 것을 하나의 방안으로 제안한다. 마지막으로 활동지원서비스의 질 제고를 위하여 노력하여야 할 것이다. 활동지원서비스의 질은 활동지원인력의 역량과 직결되기 때문에 활동지원인력의 역량을 강화하기 위한 교육과정 개선을 제안한다.