둘째, 조직개편이 추구되는 배경 및 목적, 이에 대한 사회적 공감대 형성을 위한 접근이 미약하여 공직사회의 혼란과 어려움이 야기되는 계기로 작용하였다는 의견이 있다. 따라서, 정부조직의 문제가 설계상의 문제인지 운영상의 문제인지에 대한 인식이 결여되는 결과를 초래하였고, 이로 인하여 정부부처의 인위적인 통폐합으로 인해 신설조직의 조직문화 및 조직구성원간의 융화에 적지 않은 시간이 소요되었다는 입장이다.
셋째, 정부조직의 큰 틀만 유지한 채, 조직내 기능 및 부서의 세부적인 내용에 대한 평가는 부재한 경우가 많아 개편안을 발표하고, 추후에 관련 직제 및 산하기구를 정비하면서 지속적으로 조직을 개편해야 하는 상황이 발생하기도 하였다는 평가가 있다. 역대정부의 조직개편이 각 정부별 임기동안 약 3회에서 5회에 걸쳐 이루어졌다는 사실이 이를 반증한다.