그러나 이러한 단체협약은 1차 사내하청에만 적용되고 2차와 3차 하청업체에는 적용되지 않는 문제가 여전히 남아있었다. 그나마 세우엔지니어링이라는 2차 하청업체는 기아자동차가 계약해지를 통보함에 따라 고용승계의 문제가, 다른 업체의 경우는 동일적용을 할 수 없다는 주장을 함에 따라 단체협약 체결 이후의 적용확대를 둘러싸고 여전히 내부 갈등이 남아있는 상태다.
2006년에는 임금 및 특별요구 체결을 제시하며 6월 7일 상견례를 시작으로 화성공장 사내협력업체들과 교섭을 진행했으나 의견접근이 안 되자 7월부터 보름 가까이 파업을 진행했다. 이처럼 사내하청 노사간 갈등이 증폭되자 기아자동차가 정규직노조와 비정규직노조가 포함된 3자교섭을 제안했고 이 교섭에서 ▲불법파견 공정 정규직 전환 시 비정규직 우선채용 ▲고용안정 확약서 등에 잠정합의했다. 불법파견 판정 공정에 대해 신규인원을 채용해 정규직 공정으로 전환한 경우 해당 공정에 근무 중인 협력사 종업원을 우선 채용하며, 채용에서 제외한 인원 또한 기아자동차가 협력사 다른 공정으로 전환배치, 또는 다른 협력사에 고용승계(근속인정)을 권고한다는 조항이 포함되었다. 비정규직 고용안정에 관한 '확약서'는 "계약해지, 자동화, 신차종, 외주화 관련 사내협력업체 인원조정 필요 시 타 협력업체의 채용규정에 적합한 경우 재입사(근속인정 등) 등을 통해 고용이 보장되도록 한다"는 내용으로 합의했다.