연구개발 주도권을 방산업체로 전환하는 정책도 집행 과정에서 난항을 거듭하였다. 미래기획위원회가 지원하고 외교안보수석이 주관하는 TF가 구성되고 매달 개혁과정이 점검되었다. 그러나 청와대, 미래기획위원회, 방위사업청과 ADD간 연구개발 주도권 갈등이 계속되었고, ADD 주관 사업으로 최초 계획된 사업 수의 절반만이 방산업체 주관 전환 검토 대상 사업으로 선정되었다(김종대, 2011: 84-85).