기초과학연구원은 국내외 석학과 연구자가 참여하는 국제적 연구거점으로 대학, 출연연구소, 기업 등이 수행하기 어려운 기초과학분야와 세계적 난제, 새로운 발견, 대형 연구장비 기반 연구 등을 통하여 지식창출, 학문발전, 인력양성, 국제화, 국격 향상을 추구하게 되며, 개방형 연구단 체제로 운영되는 것이 특징이다.
연구원은 연구자의 30%를 외국인으로 충원하며 정규직 비율을 최소화(인력교류 극대화) 하고, 50개 연구단 2,500명의 연구인력 등 총 3,000명 규모를 연차적으로 구성할 계획이며, 연구비는 1개 연구단(50여명)에 연간 평균 100억원을 지원할 예정이다.