EsSalud는 의료서비스 제공자에 대한 지불방식으로 총액 예산제를 채택하고 있다. 매해 필요한 예산을 한 번에 각 네트워크의 3차 병원에 지급하면, 이 3차 병원이 자신의 네트워크에 속한 1차, 2차 의료기관에 예산을 분배하는 형태로 운영된다. 한 개 네트워크에 예산이 100% 지급된다고 가정할 경우 3차 기관에 81%가, 1,2차 기관에 나머지 19%가 할당되는 형태다 (EsSalud, 2018). 한 개 네트워크 예산을 100%로 봤을 때 구성은 대개 인건비로 약 47.4%, 물품비(수술재료, 방사선 재료 등)로 약 25.4%, 관리 및 운영비로 약 27.3%가 지출된다. 인건비에는 의사들의 봉급이 포함돼 있다. EsSalud 의사들은 모두 월급제의 적용을 받고 있어서 진료 횟수나 수술 횟수 등과 상관없이 동일한 급여를 받는다.