암등록에 있어서 문제가 되는 것은 환자의 정보보호에 관한 것인데, 노르트라인-베스트팔렌 주 암등록센터(www.krebsregister.nrw.de) 홈페이지의 설명에 따르면 당해 환자의 성명, 생년월일과 같은 개인 식별 데이터는 이중으로 암호화하여 소위 관리번호를 통한 익명화의 방식으로 역학적 암등록센터에 등록되거나, 전자적인 방법으로 전송되고, 이는 임상정보와 분리되어 암등록센터에 접수되는 방법으로 환자의 개인정보가 보호된다. 이때 환자익명화를 위한 관리번호 생성 프로그램과 절차는 노르트라인-베스트팔렌 주 암등록센터의 직원들이 신원데이터를 복원할 수 없도록 고안되며, 개인 신원식별 정보는 접수자도 이미 일차적으로 암호화된 상태로 받아보게 된다. 또한 전자정보전송에 있어서는 애플리케이션서버를 통해 부차적으로 암호화가 자동으로 실시된다. 이러한 익명화는 다른 한편으로는 환자 본인을 위한 정보를 예컨대 종합병원이나 개인병원으로부터 지역 암등록센터의 정보은행에 모으는 것을 가능하게 했다. 종합병원이나 개인병원으로터 환자의 정보를 전달하는 것은 특별히 안전성이 보장된 정보회선을 통해서만 실행될 수 있으며, 이를 통해 환자 정보의 오용을 예방할 수 있다.