북한과 이란의 핵문제는 이러한 유사점에도 불구하고 여러 가지 면에서 차이점을 보이고 있다. 먼저 핵을 수단으로 하는 최종적인 목적에서 그 차이를 볼 수 있다. 이란의 핵개발 목적은 우라늄 농축권리의 인정과 제재 해제를 전제조건으로 내세우면서 궁극적으로는 역내 패권국가의 기반을 마련하고자 하는 것으로 정리할 수 있다.
반면 북한의 경우는 궁극적으로 체제보장이라는 비교적 소극적 안전보장의 차원에서 핵개발의 의도를 읽을 수 있다.
다음으로 양국 핵문제를 둘러싼 주변환경의 안정도에서도 차이를 볼 수 있다. 이란 핵문제는 미국, 이란, 사우디, 터키 등 주변국들의 안보적 이해관계가 복잡하게 얽혀 상대적으로 불안한 양상을 보인다는 것이다. 군사력 증강을 둘러 싼 이스라엘과 사우디간의 견제, 이란에 대한 터키의 견제 등이 그것이다.