제15대 국회에서 민법 개정안이 무산된 것을 지켜본 여성운동 진영은 제16대 국회가 구성된 이후 개별적으로 진행했던 가족법 개정운동을 조직적으로 전개하는 것으로 전략을 바꾸었다. 2000년 9월 22일, 여성단체를 비롯해 호주제 폐지에 찬성하는 다양한 시민･사회단체들 130여 개와 ‘호주제 폐지를 위한 시민연대(이하 ‘시민연대’)’를 발족하고 26,156명의 서명이 담긴 ‘호주제 폐지’ 청원을 국회에 제출했다. 그리고 2000년 11월 28일에는 서울 본적지 관할 구청장으로부터 받은 호주변경신고 불수리 처분을 취소해달라는 15명의 불복신청을 서울가정법원에 접수했고, 2002년 5월 15일에는 ‘처는 부의 가에 입적한다’는 민법 제826조 3항에 대해서도 헌법재판소에 위헌소송을 제기하는 등 법적 투쟁도 병행했다. 또한 제16대 대통령 선거를 앞두고 ‘대선여성연대’를 결성해 호주제 폐지에 대한 대통령 후보자들의 입장을 밝힐 것을 요구하면서 대통령 후보자들을 압박했다.