R&D 분야 예비타당성조사제도의 운영지침은 대상사업의 규모, 사업선정 요구 시 명시되어야 할 내용, 사전검토를 통한 선정기준 마련, 수행체계 등에 관한 기준을 제시하고 있다.
예비타당성조사의 대상사업은 신규 사업 중 사업 추진에 소요되는 모든 경비를 합한 금액인 총 사업비가 500억원 이상이고 국가의 재정지원 규모가 300억원 이상인 건설사업, 정보화 사업, 국가연구개발사업에 한하여 선정된다. 예비타당성 조사의 신청 시 요구서에 명시되어야 할 사항으로는 사업 추진체계, 소요자원(예산, 인력, 장비 등)의 규모 및 확보방안, 기존 사업과의 차별성·연계방안, 연구개발 성과의 활용계획 등이 있다. 요구사업 중 기술개발 필요성, 시급성, 구체성 등을 기준으로 사전검토를 거친다. 기술성 평가 결과가 제출된 경우 기획재정부장관이 적합 의견이 제출된 국가연구개발사업 중에서 예비타당성 조사 대상사업을 선정하도록 되어 있다.