다만, 임직원 손배소송 및 관련사고 채권, 소송에 계류중인 자산, 상각 또는 회수포기 대상 자산 등 매각이 곤란한 자산은 파산재단에 잔류시켜 관리하며, 자산일괄매각 재단의 문서보관 및 소송 등 잔여업무는 재단통합을 통해서 통합재단의 파산관재인이 수행하도록 하여 재단유지비용을 최소화하고 있다.
이러한 노력에 힘입어 2016년 6월말 현재 441개 파산재단 중 99.5%인 439개재단은 법원으로부터 종결선고를 받았으며, 나머지 재단에 대해서도 자산매각 등 법적종결을 추진할 예정이다.
한편, 파산이 종결된 금융회사의 기록보존 및 사후관리를 위하여 종결 재단별로 파산절차의 주요 경과사항 및 중요보존서류 등을 체계적으로 분류·기록한 파산업무수행보고서 및 부속서류를 작성하여 법원 등 관계기관과 예금보험공사가 참고자료로 활용하고 있다.