이와 같은 문제가 발생하는 이유는 농업용수를 효율적으로 관리하기 위해서 농촌에서 발생되는 오염원별로 수질과 수량이 통계적으로 구축될 필요가 있으나 농업용수의 경우 사용량과 상관없이 무상으로 공급되고 있어 수량 파악이 어렵고, 수질의 경우에도 기후변화로 인한 작물 형태의 변화, 농촌지역 개발로 인한 토지용도 변화 등 유역별로 수질관리가 다변화되어야 함에도 불구하고 수질기준을 농림축산식품부가 마련할 수 없어 일률적으로 ‘약간 나쁨’ 수준으로 관리되고 있기 때문이다. 뿐만 아니라 농업용수 수질기준에 영향을 가장 크게 주는 시설은 토지계(48.7%)와 축산계(22.4%)로 토양오염과 수질오염 사이의 상관관계가 높은 것으로 나타나고 있음에도 환경부가 토양 및 수질오염을 관리하고 있기 때문에 농업용수의 관리 주무부처인 농림축산식품부가 이를 통합적으로 관리하기는 어렵기 때문으로 판단된다.