제도 운용과 관련한 직무전념 저하나 이해충돌에 대한 우려도 있다. 의원이 총리나 장관을 겸직하게 되면 직무에 전념하지 못해 의석 공백 현상이 발생한다는 지적이 대표적이다. 박재창(2005: 19)에 따르면 겸직으로 의원 본연의 임무를 수행할 수 없게 된다는 것은 입법과정에서의 국민의 대표성 배제를 의미하는데, 이는 대의민주제의 기본 원리에 어긋나는 일이다. 견제와 감시를 통한 입법부의 행정부 통제과정에서 겸직으로 인한 이해충돌 문제가 발생하고 있다는 점도 강조된다. 헌법 제43조에서 겸직을 금지한 까닭은 국민전체의 대표자이면서 봉사자인 국회의원이 그 지위에만 전념하면서 국민에 대해 책임을 지도록 하려는 것이다(장용근, 2012: 266). 하지만 현역 의원이 행정부에서 직을 겸함에 따라 지위에도 전념할 수 없고, 그에 따른 책임의 소재도 모호해지는 등 직무의 공정성이 불능 상태에 빠지게 된다(조한상·신희성, 2014). 국회의원은 국정조사·감사 이외에도 정부의 요직 임명이나 기타 법률의 의결을 통해 행정과 사법을 통제하는 바, 사실상 관련된 전 업무에서 영리추구와 지위남용, 이해충돌의 여지가 있다는 것이다(장용근, 2012: 275).