또한 예산 및 사업구조의 개선은 범부처 융합연구 활성화에 기여할 수 있을 것으로 기대된다. 현재 정부차원에서는 부처 간 중복성 문제를 극복하기 위해 다부처공동기획사업을 추진하고 있다. 그러나 이는 사업을 세부과제로 분류하여 세부과제를 부처 간 분업하는 형태로 운영되고 있어 협업이 아닌 사업의 나눠먹기식이 되고 있다. 그러나 프로그램 중심의 사업 및 예산구조를 통해 부처 간 칸막이를 넘어 협력 증대를 기대할 수 있다. 협력적 연구개발을 통해 국가 현안 및 사회문제를 해결하는 연구개발이 가능할 수 있으며, 국가차원의 정책목표에 실질적으로 대응할 수 있는 연구개발사업이 가능할 것으로 기대한다. 범부처 융합사업 수행에 있어서 부처 간 정책협력과 세부사업 수준의 협력을 구분할 필요가 있다. 기존 부처 간 협력은 정책수준부터 세부사업 수준까지 부처의 개입에 의해 이루어져 연구사업수행 단계까지 부처의 관리통제가 영향을 미쳤다. 그러나 사업 수준에서, 연구수행 단계에 있어서 협력은 전문성을 기반으로 하는 학제 간 협력이 요구된다. 이는 부처의 행정적 접근이 아닌 전문 지식의 협력이 필요한 시점이다. 이에 부처의 경우 정책차원의 협력에 초점을 두고, 사업/과제수준 협력은 연구수행 주체들 간 자율적인 전문적인 지식교류와 협력에 초점을 두어 범부처 융합연구가 수행될 필요가 있다.