규제샌드박스 절차는 크게 사전컨설팅, 신청 및 심의 단계로 구성·진행되며, 특히 사업 내용이 여러 부처에 복합적으로 연관되어 모호한 경우 어느 접수 전담기관에 문의·신청을 하여도 가장 적합한 기관으로 이관·처리될 수 있도록 운영되고 있다. 한편, 2020년 5월부터 대한상공회의소에 규제샌드박스 지원센터를 설치·운영하여 각 기업은 기존의 접수 전담기관 외에 추가적으로 대한상공회의소를 통한 신청·접수를 할 수 있게 되었다.