이에 대해 의무교육 대상 아동을 보호 및 교육하고 있는 미등록 대안교육시설에 대해 최소한의 신고 또는 등록제를 의무화하자는 주장이 제기되어왔다. 이는 국가 및 지자체가 의무교육 대상 아동의 보호 및 교육에 필요한 최소한의 조치라도 취할 수 있도록 하기 위한 법적 근거를 마련하자는 취지이다. 특히, 코로나19 등 감염병과 다른 재난으로부터 미등록 시설 이용 아동의 안전과 교육을 보장하기 위해 필요한 사항이므로 교육부와 시·도교육청은 현행 법령 하에서도 별도의 대책을 마련 및 제시할 필요가 있다.
첫째, 신고는 의무화하되 등록은 선택적으로 하는 ‘의무신고 등록선택제’ 방안이 제기되었다. 모든 미등록 대안교육시설의 신고를 의무화하여 아동안전 등에 관한 기본적인 사항에 한하여 관할청에 등재하도록 하고, 신고의무를 이행하지 않은 미등록 시설에 대해서는 적정한 벌칙을 부과하는 방안이다. 그리고 등록을 원하는 시설에 대해서는 일정한 등록 요건을 갖추어 관할청에 등록하도록 하고, 등록된 시설에 대해서는 행정적·재정적 지원을 하는 방안이다.
둘째, 등록을 의무화하고 예비등록 단계를 두는 ‘의무등록제’ 방안이 제기되었다. 모든 미등록 대안교육시설은 일정한 요건을 갖추어 관할청에 등록하도록 하며, 등록의 의무를 이행하는 데에 필요한 일정한 유예기간을 주고, 등록 의무를 이행하지 않는 시설에 대해서는 적정한 벌칙을 부과하는 방안이다. 그리고 등록된 대안교육기관 가운데 일정한 기준을 충족시키는 기관에 대해 행정적·재정적 지원을 하는 방안이다.