한편, 재량근로제가 근기법령에서 정하는 업무에 대해서만 허용되는 것이므로, 또 다른 요건으로 근로자대표와의 서면합의가 필요한 것인가 하는 의문이 생길 수 있다. 그런데 이 제도는 근로자에게 심각한 불이익을 초래할 수 있기 때문에 법은 근로자들의 집단적인 동의에 의해 제도내용의 타당성을 확보하도록 요구하고 있는 것이라 할 수 있다. 일본의 경우에는 노사협정의 내용에, ‘대상근로자의 건강복지 확보조치를 사용자가 강구할 것’, ‘대상근로자로부터의 고충처리조치를 사용자가 강구할 것’이라는 요건이 더 첨부되어 있고(노기법 제38조의 3제1항), 아울러 노동관서에 신고까지 하도록 하고 있는 점과 비교하면 한국에서의 규제가 심하다고는 보기 어렵다.
나아가 근로자대표와의 서면합의는 재량근로제를 근기법상 적법하게 하기 위한 요건일 뿐만 아니라, 동제도를 근로계약관계에 구체적으로 실시하기 위해서는 동제도가 근로자의 자주적인 근로방식을 가능케 하여 그 능력발휘를 촉진하려고 하는 취지에서 마련된 이상, 본인의 동의는 제도의 원활한 실시를 위한 실제상의 요건이라고도 주장되고 있다.