둘째, 공공기여금의 배분 기준 및 운영절차 마련이다. 국토계획법 시행령안 제46조의2제4항은 공공시설등의 설치비용 납부액이 시 또는 군에 귀속되는 비율을 100분의 30 이하의 범위에서 정하도록 하고 있다. 이 시행령안에 따르면 서울시와 강남구의 설치비용 납부액의 배분 비율은 7대3이며, 경우에 따라 8대2, 9대1이 될 가능성도 있다. 현재 강남구와 서초구 등은 배분 비율 7대3은 과도하다는 입장이며, 강남구는 5대5가 적절하다는 의견을 제시하고 있어, 지자체간 갈등을 최소화하기 위해 제도 운영 과정에서 이에 대한 보완책을 검토할 필요가 있다. 또한 공공기여금을 장기미집행 도시·군계획시설 설치에 우선 사용하도록 하고 있다. 이는 장기미집행 도시·군계획시설의 해소를 위해 중요한 결정으로 지역의 특성 및 필요에 따라 시설설치의 우선순위를 정하고 지방도시계획위원회의 심의 등을 거쳐 시설을 공급하도록 할 필요가 있다.
이번 개정을 통해 공공기여를 국토계획법에서 규정하게 되면서, 공공기여의 법적 근거가 명확해졌다. 향후 각 지자체는 2021년 7월로 예정된 국토계획법 시행에 맞추어 도시계획 조례 및 공공시설 설치기금 조례 등 관련 규정을 정비하고, 공공기여금의 효과적이고 합리적인 활용을 위한 운영지침 등을 마련해야 할 것이다.