금융기관 채권이자소득의 원천징수가 폐지와 시행을 반복하는 것은 금융기관의 채권이자소득이 사업소득의 성격에 해당되므로 타 사업소득과의 형평성을 고려해야 한다는 주장과 채권의 소득흐름을 파악하기 위해서는 원천징수가 불가피하다는 주장 중 어느 측면을 더 고려하느냐에 따라 제도가 시행여부가 결정되었기 때문이다.
일반법인의 사업소득에 대해서는 원천징수를 하지 않고 있음에도 불구하고, 채권의 투자를 통한 자금운용의 결과물로 얻는 이자수입금액이 2.1.1의 금융거래에서 기술된 바와 같이 금융보험업자의 궁극적인 사업소득임을 감안할 때 이러한 금융기관의 사업소득에 대해서 원천징수한다면 조세형평성 문제를 야기시킬 수 있다.