그렇다면 과세혜택의 근거가 되는 조건이 계속 충족되고 있는지를 철저히 관리해야 영리법인 등과의 과세형평이 지켜질 수 있다. 그런데 현행 비영리법인세제는 비영리법인을 영리법인과 차별하여 혜택을 주는 근거인 사회적 역할수행 여부, 즉 “공익 등”을 위한 사업을 행하는지 여부를 가려낼 수 없는 구조적인 한계를 가지고 있어 문제가 된다.
다시 말해 비영리의료기관의 경우를 보더라도 의료용역 제공 자체가 공익을 위한 활동이 될 수 없으며, 궁극적인 사업목적과 운영행태가 사익을 배제한 경우에만 혜택을 주어야 하는 데 현행 세제로는 이를 구분해내지 못한다는 것이다. 다만, 사후적으로 비영리법인이 과세상 혜택을 악용하는 사례가 발견되는 경우 추징제도를 통해 대응하고 있을 뿐이다.