그러나 대다수의 소프트웨어 기업과 같이 중소기업을 대상으로 할 경우에는 개정 전 방식에 비해 고용이 감소한 기업에게 적용되는 세액공제율(사업용 자산의 투자금액에 대한 세액공제의 비율)은 5%에서 0%로 감소하고, 고용을 유지하는 기업에게 적용되는 세액공제율은 5%에서 4%로 감소하며, 고용이 증가하는 기업에게 적용되는 세액공제율만이 6%에서 7%로 증가한 것을 확인할 수 있다. 즉, 기술발전을 반영하고 경영합리화를 위해서는 현실적으로 고용대체가 불가피한 측면이 있고, 고용수준이 감소하거나 정체하더라도 기업의 유지·발전을 위한 지속적인 투자는 필요한 측면을 감안하면 최소한 대다수의 소프트웨어 기업이 포함된 중소기업에 대해서는 현재의 기본공제와 추가공제 외에 “기초공제”의 개념으로 개정 전의 임시투자세액공제의 적용기한을 연장하면서 고용창출투자세액공제의 세액공제율을 조정할 필요가 있을 것이다.