현재 소매요금인 지방상수도의 요금은 지역별로 4배 정도 차이가 나는 차등 요금을 적용하고 있으며 도매부문인 광역상수도와 댐 원수는 전국적으로 동일한 요금을 적용하고 있다. 도매부문은 국가와 한국수자원공사의 재원으로 시설을 구축해 놓았으며 소매부문은 국가와 각 지방자치단체의 재원으로 구성되어 있다. 현재 갈등이 주로 일어나고 있는 부문은 도매기능으로 전국적으로 동일한 요금을 부과하고 있는 광역상수도와 댐 원수이다. 예를 들어, 서울시, 인천시 등 대도시들은 중소도시나 농어촌지역보다 낮은 요금을 부과하는 지역별 차등요금제의 적용을 요구하고 있으며 이에 대한 반발로 기존의 계획된 국가시설을 이용하지 않고 별도의 자체 시설을 설치함으로써 중복투자를 초래하기도 한다. 그러나 지역별 차등요금제를 적용하게 되면 중소도시나 농어촌지역의 요금은 현행 요금보다 수십 배 이상의 높은 요금을 부과하여야 한다.