(5) 조직기능상의 한계(기능의 중복성)
특임장관실이 수행하는 업무 중 정무기능은 특임장관의 고유한 업무에 속하는 것이지만, 현재의 특임장관실에 부여된 대규모 국책사업에 대한 업무를 수행함에 있어서는 해당 부처와의 기능의 중복성이 나타날 수 있다는 것이다. 현 정부에서 주요 쟁점이 되고 있는 남북문제, 세종시 문제, 4대강 개발사업 등에 대한 업무가 특임장관실에 주어졌을 때, 이들 사업을 관할하고 있는 해당 부처와의 기능 중복으로 인하여 갈등의 소지가 발생할 수 있을 것이다.