주택분 종합부동산세는 수도권, 특히 서울이 전체 과세대상의 61%, 결정세액의 66%를 차지하고 있으며, 3주택 이상 다주택자가 과세대상의 35%, 결정세액의 63.5%, 1주택과 2주택 보유자는 65%, 결정세액 36.5%를 차지하고 있다. 이러한 1주택 및 2주택 보유자가 종합부동산세 과세대상 및 결정세액에서 차지하는 비중을 볼 때, 이에 대한 과세는 넓은 납세범위에 비해 적은 납세규모라는 비효율적 구조를 보여주고 있다고 할 수 있다. 특히 저가 다주택자(6억원 초과)의 세부담 수준은 고가(9억원 초과) 1주택자보다 높아 공평하지 않은 세제라는 지적도 제기되고 있다.