두 번째 「제1기 공적자금관리위원회」는 2001년초 대우그룹사태로 인해 다시 부실화된 금융회사를 정상화시키기 위해 2차로 40조원을 조성하고 2단계 금융구조조정을 추진한 시기이다. 대우그룹의 부도는 1999년 중반에 발생하였으나 이로 인한 손실이 2000년에 확정되면서 2단계 금융구조조정이 2000년 하반기부터 추진되었고, 이에 필요한 자금은 2000~2001년에 투입되었다. 또한, 이 시기는 여･야 합의로 「공적자금관리특별법」이 제정되어 동법에 따라 설립된 공적자금관리위원회를 중심으로 공적자금을 관리한 시기이기도 하다.
구체적으로 2차 공적자금 조성에 즈음해 정부와 국회는 그간의 공적자금 운용과정에서 제기된 제반 문제점들을 해소해 나갈 필요가 있다는 점에 공감하여 공적자금의 체계적인 관리를 위한 제도개편에 착수했고, 여･야 합의를 거쳐 2000년 12월 「공적자금관리특별법」을 제정한 후 2001년 2월 공적자금관리위원회를 발족하였다.
이에 따라 그 동안 「금융산업의구조개선에관한법률」, 「예금자보호법」, 「자산관리공사법」 등에 산재되어 있던 공적자금 관련법이 「공적자금관리특별법」을 중심으로 체계화되었다. 또한 공적자금관리위원회는 공적자금의 조성･운용･관리 등에 대한 주요 사항을 종합적으로 심의･조정하게 되었고, 공적자금 지원과정에서 관행적으로 적용되어 오던 최소비용의 원칙 및 공평한 손실분담의 원칙 등 공적자금 지원원칙이 「공적자금관리특별법」에 명문화되었다.
아울러 공적자금 투입 금융회사에 대한 경영정상화이행약정(MOU) 점검의 제도화, 파산재단에 대한 관리 강화, 부실책임자에 대한 철저한 책임추궁 등 공적자금 투입 금융회사에 대한 사후관리 제도도 전면적으로 재정비하였다.
한편, 「제1기 공적자금관리위원회」 기간인 2002년 정부는 그동안 조성･투입된 공적자금에 대한 회수 논란 및 상환의 불확실성 등을 불식하기 위해 공적자금상환대책을 마련하였다. 이는 당시까지 회수가 어려울 것으로 추정되는 공적자금 부채 69조원 중 재정과 금융회사에서 각각 49조원과 20조원을 부담한다는 것이 골자였다.
즉, 2001년까지가 공적자금을 2차례에 걸쳐 조성･지원하고 관리체제를 정비하는 시기라면, 2002년 이후부터는 정부가 공적자금이 투입된 금융회사를 민영화하기 위한 노력을 본격적으로 전개하여 공적자금 회수에 주력하는 한편, 회수가 불가능한 공적자금 손실분에 대한 상환대책을 수립하여 이를 이행하는 등 공적자금 회수와 상환이 공적자금 운용의 중심이 되는 시기라고 할 수 있다.