둘째, 기여분 제도는 먼저 공동상속인간 협의를 통하여 인정되기 때문에, 특별한 부양을 인정받거나 부양의 정도를 충분히 인정받기 어렵다. 왜냐하면 공동상속인은 친족관계이므로 재산상속 분쟁에 대한 부담감이 있고, 부모 부양은 도덕적·윤리적 책임이므로 이를 금전과 결부시키는 것은 그 의미를 퇴색시킬 수 있다는 인식 때문에 사실상 주장하기 어려운 면이 있다.
셋째, 공동상속인간 기여분에 대한 협의가 이루어지지 않는 경우, 법원의 심판을 기다리기까지 상당한 기간과 비용이 소요된다.
이처럼 기여분 제도의 내재적 문제점으로 인하여 지금까지도 기여분 청구의 사례가 많지 않다. 그리고 비록 소가 제기되었다 하더라도 화해 등의 방법에 의하여 판결 전에 해결되는 경우가 많으므로 부모 부양을 유도하는데는 한계가 있다.