이에 따라 그 다음 달인 3월에 총액인건비제도 도입에 대한 법적 근거를 마련하기 위하여 관계 법령이 개정되었다. 구체적으로 과장급 이하 정원규모, 계급별·직급별 정원관리에 대한 자율권을 부여하는 방향으로 「행정기관의 조직과 정원에 관한 통칙」이 개정되었고, 성과향상항목 수당의 지급대상, 지급요건결정 및 수당간 지급액 조정을 대상으로 각 기관에 재량권을 부여하는 방식으로 「공무원수당규정」이 변경되었다. 이러한 법령의 개정을 통해 2005년 3월 시범실시 10개 기관이 선정되었다. 2006년 1월에는 총액인건비제도의 시범실시기관이 확대되었으며, 2007년 1월부터 동 제도가 본격적으로 시행되어 오고 있다.