둘째, 가로수와 관련된 부처별 지침의 차이로 인하여, 가로수의 체계적인 조성에 어려움이 발생하고 있다. 국토교통부·환경부의 「도로 비점오염저감시설 설치 및 관리 지침」에서는 토양의 공극(孔隙)이 막히지 않도록 충분한 크기의 골재를 사용하도록 유도하고 있으며, 토지 및 도시개발 단계에서도 홍수 예방을 위해 조속히 빗물이 토양으로 투수되도록 공극이 확보되는 큰 골재의 사용을 권장하고 있다. 그러나 토양의 공극이 과도하게 클 경우 가로수 생육기반인 지표면 인근 지하 토양 수분이 건조되고, 건조가 심할 경우에는 가로수의 고사로 이어질 수 있다.
또한 묘목에서 도로 식재지까지 운반할 때 포장되는 포장재 중에 철사, 고무로프·나이론 재질의 로프 등을 식재 시 해체, 제거하지 않고 식재하거나, 철재, 자갈 등과 같이 가로수 식생에 부적절한 재료를 보호덮개로 사용하는 경우가 발생하고 있다. 이에 따라 가로수 조성 시 환경오염과 함께 가로수의 원활한 성장을 저해하는 요소로 작용할 소지가 있으나 이와 같은 문제점을 방지하기 위한 관련 규정이 미비한 상태이다.