또한, 헌법재판소는 가산점 제도가 헌법 제32조 제4항이 요구하고 있는 ‘근로’ 내지 ‘고용’의 영역에서 남성과 여성을 달리 취급하는 제도이고, 또한 헌법 제25조에 의하여 보장된 공무담임권에 중대한 제약을 초래하는 것이기 때문에 엄격한 심사척도를 적용하였다.
이에 대하여 가산점 제도의 본래의 입법 목적은 제대군인에 대한 ‘보상’에 있지 여성차별에 있는 것이 아님에도 불구하고, 헌법재판소의 결정은 이를 남녀평등의 문제, 즉 ‘성차별의 문제’로 환원하여 제대군인이 원천적으로 지니는 병역의무를 필한 자라는 문제의식을 너무도 쉽게 버렸다는 지적도 있다.
이 밖에도 평등권 문제에서의 차별취급의 적합성과 합리성, 차별취급의 비례성, 그리고 공무담임권 침해 여부에 관한 결정과 그에 대한 비판이 있지만 여기서는 지면관계상 생략하기로 한다.