이후 1997년도에 시행된 교육여건 연동제는 자율역량을 갖춘 대학은 학생증원규모까지 자율적으로 정할 수 있게 하고, 여건이 미비한 대학은 포괄승인제 방식으로 학생정원을 결정하는 방식이다. 여기서 자율역량을 갖춘 대학이란 대학평가인정제와 교육부장관이 고시하는 교육여건 지표 등을 통해 질적 수준이 확보된 대학들을 의미한다. 이후 대입경쟁이 완화될 경우 1998년도부터 완전자율 체제를 갖추어 정부는 정원조정에 관여하지 않고 각 대학의 자율적인 정원조정을 가능하도록 계획했지만, 대입경쟁이 사실상 완화되지 않았으므로 시행되지 않았다.
하지만 김영삼정부 시절 준칙주의를 기반으로 한 대학정원정책은 여러 문제점을 내포하여 실제적인 의미의 정원 자율화와는 차이점을 보였다. 첫째, 김영삼정부의 대학정원정책은 자율화를 표방하였지만 여전히 ‘대학학생정원령’에 따라 교육부장관의 주도 하에 비공식적으로 이루어졌으며, 둘째, 준칙주의를 표방하였지만 원칙의 변화가 여론이나 정치적 논리에 따라 쉽게 변화하였기 때문이다. 1998학년도 정원조정 지침에서 교원확보율 70%, 교사확보율 60%를 정원 자율화 대상 대학 선정기준으로 두었지만, 실제 조정 결과 50%이상으로 적용하여 적용 학교가 10개 대학에서 76개교로 증가하였다(장석환, 2007).