한편 감사원의 회계검사기능, 재정집행의 성과감사기능을 수행하기 위한 별도의 독립기관인 회계검사원을 설치하는 방안을 제시하였다. 회계검사원은 “국가의 세입·세출의 결산, 국가 및 법률로 정한 단체의 회계검사와 재정집행의 성과검사”라는 직무를 독립하여 수행하며 정치적 중립을 보장하고, 국회는 법률이 정하는 바에 따라 회계검사원에 대하여 그 직무범위에 속하는 검사를 요구할 수 있도록 하였다. 회계검사원의 구성방식은 감찰원과 동일한 방식을 채택하여 사실상 두 개의 병렬적 기관을 신설할 것을 제안하였다.
제20대 국회의 ‘국회헌법개정특별위원회 자문위원회’(이하 ‘제20대 국회 개헌특위 자문위’)는 현행 대통령 소속으로 있는 감사원을 헌법상 독립기관화 하고, 현재와 같이 회계검사기능과 직무감찰기능을 통합하여 수행하는 안을 도출하였다. 감사원은 “국가와 지방자치단체의 세입·세출의 결산, 국가 및 법률이 정한 단체의 회계검사와 행정기관 및 공무원의 직무”에 관한 감찰을 하도록 제안하였다. 직무감찰 대상 공무원의 범위는 법률로 정하자는 다수안과 국회·법원·헌법재판소 공무원 등도 모두 포함하자는 소수안을 복수로 제시하였다.