보호신청 이후, 북한이탈주민대책협의회의 심의를 거쳐 통일부 장관이 보호 여부를 결정한다(북한이탈주민법 제8조 제1항). 보호 여부 결정 결과는 지체없이 중앙행정기관의 장을 거쳐 재외공관장 등에게 통보하여야 하고, 통보를 받은 자는 보호신청자에게 결과를 즉시 알려야 한다(북한이탈주민법 제8조 제2항). 한편, 보호대상자로 결정된 자는 거주지로 이주하기 전 별도의 국적취득절차 없이 주민등록 및 가족관계등록부 창설의 특례를 받을 수 있다(북한이탈주민법 제19조). 아울러, 보호는 기본적으로 개인을 단위로 적용하되, 부부(사실상 혼인관계인 부부 및 배우자를 동반하지 아니한 부부를 포함한다) 및 직계혈족(직계혈족이 배우자를 동반하지 아니한 경우만 해당한다), 형제자매 등의 경우에는 세대 단위의 보호가 가능하다(북한이탈 주민법 제5조 제2항, 시행령 제1조의 3).