「대안교육기관법」의 소관부처인 교육부와 대안교육기관 등록과 학교 형태 운영 및 학교 명칭 사용 등 위반 행위에 대한 벌칙 부과 등의 권한을 가진 시·도교육청은 대안교육기관 등록을 최대한 유도하기 위한 구체적인 정책 방안을 마련할 필요가 있다. 등록 대안교육기관에 대한 대국민 홍보 및 신뢰 제고와 등록 기관에 대한 예산 지원 확대 등 인센티브 제공 방안 등을 검토할 수 있다.
그리고 「대안교육기관법」 제정 이후에도 대안교육기관으로 등록하지 않고 미등록 상태에서 위반 행위를 지속하는 대안교육시설에 대해서는 「초·중등교육법」 및 「학원법」에 규정된 벌칙 적용을 현실화하는 방안에 대해 가이드라인을 마련할 필요가 있다. 이는 미등록 시설의 대안교육기관 등록 유도에도 영향을 줄 수 있을 것으로 사료된다.