선거의 장점에 못지않게 선거의 부작용 또한 심각한 수준이다. 그 중에서 공무원의 선거관여가 지방정부의 효과적 운영을 저해하고 있다. 지방정부의 장들은 공무원에 대하여 명시적, 묵시적으로 선거에 대한 도움을 요청하며 해당 공무원은 그러한 요청을 거부하기가 매우 어려운 상황이다. 그 결과 선거가 종료되면 집행부 내에 내편과 저편이 분리되어 짧게는 4년 길게는 8-12년 동안 매우 부당한 처우를 받는 경우가 빈번하고 있다. 지방정부의 장은 임기 중에 선거에 도움을 공무원에 대한 보답으로 승진을 약속하며 이러한 결과 자치행정조직의 상위직 비대화가 이루어졌다. 대표적인 사례가 제주특별자치도이다.