반면, 정부는 현행 금융감독체계를 유지하면서 금융소비자보호기구를 신설하는 방안을 추진하였다. 이와 관련한 최초 정부안은 금융감독원 내에 금융소비자보호원을 설치하는 방안이었으며, 이후에는 금융위원회 산하에 금융감독원과 독립된 형태의 금융소비자보호원을 설치하는 방안을 제시하였다.
향후 「금융소비자보호 기본법안」을 논의하는 과정에서 금융소비자보호기구의 설치 형태가 핵심 과제 중의 하나로 재논의 될 것으로 보인다. 이러한 논의과정에서 금융감독체계 개편문제도 함께 제기될 것으로 예상되는데, 이와 관련한 쟁점은 크게 3가지로 요약할 수 있다. 첫째, 금융정책과 금융감독의 분리와 관련된 사항이다. 금융정책과 금융감독은 상충 여지가 많기 때문에, 특히 금융소비자의 관점에서 보면 금융시스템 안정 등 금융감독의 독립성이 중요하다는 의견이 있다. 둘째, 현재의 통합 감독체계를 유지할 것인지, 아니면 건전성감독과 영업행위감독기능을 분리할 것인지에 대한 쟁점이 있다. 마지막으로 금융감독에 있어서도 감독정책과 감독집행이 금융위원회와 금융감독원으로 분리되어 있다는 문제도 지적할 수 있다.