금융안정기금은 금융위기에 대응하여 선제적인 자금지원을 통해 금융시장의 안정을 제고하고 실물경제를 뒷받침하기 위해 2009년 6월 정책금융공사에 설치되었으나, 기금 설치 이후 현재까지 실제 자금지원 실적은 없었다. 이는 금융안정기금이 자금지원을 신청한 정상 금융회사에 대하여 지원하도록 함에 따라 정상적인 금융회사가 자금지원으로 인해 오히려 부실금융회사로 오인될 가능성을 우려하여 자금지원 신청에 소극적이었던데 기인한다.
2014년말 정책금융공사와 산업은행이 통합됨에 따라 금융안정기금의 관리업무가 산업은행으로 이관되었으며, 산업은행에는 산업은행, 금융위원회, 기획재정부, 한국은행, 민간위원 등으로 구성되는 기금운용심의회를 두어 기금을 관리하게 하였다.