국방부의 발표 이후 이에 대한 비판 여론이 제기되자, 국방부에서는 그 내용의 일부를 조정하였다. 육군이 담당할 가능성이 높은 합참의장 1인에게 과도한 권력이 집중된다는 비판을 수렴하여 합참차장을 2명으로 증대시켜 합참 1차장은 정보본부와 작전본부를 담당하고, 합참 2차장은 군사지원본부와 전력기획본부를 담당하도록 하였다(국방부, 2011b: p.10). 또한 국군교육사령부 창설 계획을 재검토하여 각군 교육사령부는 현형대로 유지하기로 하였고, 국군군수사령부 창설도 보류하였다. 그리고 몇 몇 사람에 의하여 일방적으로 추진되고 있다는 비판을 무마시키기 위하여 국방개혁에 관한 사항은 정책회의, 합동참모회의, 군무회의, 국방개혁위원회 등을 거쳐 결정하겠다고 약속하였고, 공청회, 세미나, 토론회, 설명회 등을 적극적으로 개최하여 국민들의 다양한 의견도 수렴하겠다는 입장을 천명하였다(국방부, 2011b: pp.24-25).