(3) 회계검사의 미진
국고보조금의 공정한 배분과 적정규모의 산정 못지않게 중요한 것은 집행내역에 대한 회계검사를 강화하여 투명성을 높이는 것이다. 국고보조금은 전용이나 회계조작, 허위보고 등의 형태로 방만한 운영을 보여 온 것이 사실이다.
최근 파문이 확산되고 있는 정당의 회계 부정사태는 그러한 파행적 운영의 한 단면을 보여주는 것이라고 할 수 있다.
현행 정치자금법은 국고보조금의 사용범위를 명확히 규정하고 있다. 예컨대 총액의 30% 이상을 정책개발에 쓰도록 하고 있고, 시도당과 여성정치발전에 각 10%, 여성과 장애인후보의 선거경비 지원을 위해서도 별도의 보조금이 배분된다.
이러한 항목들은 변칙적으로 전용될 가능성이 높다. 현행 정치자금법은 보조금의 회계부정에 대해 독일처럼 비교적 높은 수준의 처벌규정을 두고 있지만, 본질적인 측면에서 회계검사방식의 구조적 틀을 개선할 필요가 있다.