3. 각군 간의 신뢰 부족
공개적으로 잘 언급되지는 않지만 이번 상부지휘구조 개편안과 관련하여 현역 또는 예비역의 대부분이 인식하고 있는 근본적인 문제는 각군 간의 신뢰가 여전히 부족하다는 점이다. 지금까지의 경험을 통하여 해·공군은 육군 위주로 군대가 운영되는 데 대한 불만이나 그렇게 될 가능성에 대하여 우려하고 있고, 육군은 해·공군이 전체 군보다는 자군의 이익만을 추구한다는 인식을 갖고 있다. 예를 들면, 육군은 합참의 기능을 강화하기 위하여 “제한된 군정권”을 합참의장에게 부여하고자 하지만, 해·공군은 합참의장의 대부분이 육군장성으로 보직될 것이기 때문에 “육군의 독식 구조가 강화될 것”이라면서 비판하였고(조선일보, 2011년 8월 5일자, A14면), 이를 완화시키고자 해·공군 몫의 합참차장을 1명 더 추가하였다. 그러나 해·공군은 이것을 당장의 비판을 모면하기 위한 임시방편으로 인식하고, 이에 대하여 육군은 해·공군이 자군의 보직 증대에만 몰두한다고 생각하고 있는 것이다.