특허심사위원회의 법령상 근거는 없으며, 관세청고시인 「보세판매장운영에 관한 고시」 에 근거하여 구성·운영된다. 특허심사위원회는 관세청 또는 각 본부세관에 설치되는데, 관세청 특허심사위원회는 시내면세점·외교관면세점 특허 신청자의 평가 및 선정에 관한 사항 등을, 본부세관 특허심사위원회는 출국장면세점 특허 신청자의 평가및 선정에 관한 사항을 각각 심의한다.
관세청 특허심사위원회의 위원장은 관세청차장, 부위원장은 통관지원국장이 되며, 위원은 정부위원 및 민간위원 중에서 관세청장이 매 회의마다 10인부터 15인까지를 선임하되, 민간위원을 과반수 선임하여야 한다. 본부세관 특허심사위원회는 위원장 1명을 포함한 7명 이내의 위원으로 구성하되, 해당 지역 본부세관장이 위원장이 되고, 위원은 본부세관 통관국(과)장·관할 세관 부서장, 비영리단체 임직원, 학계 및 연구단체 등의 관세행정 또는 무역·물류전문가, 그 밖에 위원장이 위촉하는 사람 등으로 한다.「보세판매장운영에 관한 고시」 제6조).