또한, 연구개발영역의 특수성과 전문성으로 관리감독주체의 전문성이 비교적 저조하여 각 기관에 연구기획 및 선정평가를 일임하게 되는데 관리감독기관의 성과평가 지표는 논문과 특허, 기술이전이므로 연구수행기관에서 성과지표에 맞게 연구개발을 진행하는 경향이 있다.
따라서 출연연 기본사업의 경우 철저한 선정평가가 이루어지지 않는 구조적 문제가 발생한다. 즉, 사업의 목표 달성을 위해 적절한 소요인력과 예산이 투입되는지, 성공가능성이 있는지에 대한 기획평가시스템이 구동하고 있지 않고 있다. 기관고유사업 계획서를 살펴보면 길게는 7~8년 전부터 수행하는 업무를 단지 전년대비 “확대”, “고도화” 등의 어휘만 바꾸어 지속하고 있는 경우도 있으며, 심지어 “계속사업”이라는 이름으로 단순 업무에 외부 용역업체를 두어 사업관리만 진행하는 경우도 발생한다.
이러한 문제점을 극복하기 위해서 우선 출연연의 경우 건수중심의 평가체제에서 국가현안을 실질적으로 해결했는지, 그 영향이 국가·사회·국민에게 얼마만큼의 편익을 주었는지를 평가하는 미션지향형 평가체계로 변화해야 한다. 이에 풀뿌리, 원천기초, 기관고유사업, 국가프로젝트 등 특성에 따라 차별화된 평가 지표를 적용하고, 출연연 내 과학적 연구기획·지원 수행을 위한 전문조직 강화 및 제도화가 요구된다. 이에 연구기획을 위한 연구기획 지원시스템 구축(NTIS의 활용 등), 연구원 내 특허 및 논문 동향 조사 및 해외동향 정보분석 등 연구기획 전문인력 확보가 요구된다.