정부는 은행권의 BIS비율 제고를 위해 1997년말부터 1999년말까지 4차례에 걸쳐 15개 은행에 대해 공공자금관리기금으로 총 6조3,347억원의 후순위채권을 인수하였고, 2004년 9월 광주은행 후순위채권 회수를 마지막으로 모든 후순위채권 회수를 완료하였다. 후순위채권 회수금액은 가산금리 이자분을 포함해 총 6조6,007억원이다.
부실채권정리기금 운용 종료에 따라 자산관리공사로부터 반환된 잔여재산의 정리를 통한 회수금액을 정부의 회수실적에 포함하고 있으며, 2013년 2월 잔여재산 반환일 이후 2016년 6월말까지 4,577억원을 회수하였다. 한편, 2013년 11월 부실채권정리기금으로부터 반환받은 대우조선해양 주식 중 일부(5.0%)를 블록세일 방식으로 매각하여 3,402억원, 배당금으로 184억원을 회수하였다.
이 중 2015년 7월부터 2016년 6월말까지 회수된 금액은 국책은행(수출입·기업은행) 배당금 734억원 등 736억원이다.