다만, 입법정책적 관점에서는 법률의 예측가능성을 제고하기 위하여 특례제한규정을 준수한 입법이 이루어지도록 할 필요가 있다. 앞서 판례에서 문제가 된 규정간 불일치 사례나, 그 밖에 특례제한규정을 준수하지 않은 입법이 있는 경우 법체계상의 문제가 발생하고, 관련 조항의 효력이 불확실해지기 때문이다.
이에 이 논문에서는 특례제한규정의 효력에 관한 불확실성 문제를 예방하고 법체계성을 제고하기 위해 특례제한규정에 대해 입법정책적인 검토를 하고자 한다. 아래에서는 관련된 입법과정을 검토하였고, 특례제한규정을 미준수한 사례를 문헌 검토 및 컴퓨터 프로그래밍을 통해 찾아냈으며, 특례제한규정으로 인한 복잡성 문제를 검토하였다.