동일한 정책사업 내 단위사업간 전용(轉用)과 정책사업간의 이용(移用)의 경우 지방의회의 의결을 받도록 되어 있다. 이월(移越)은 기본적으로 단위사업을 기준으로 하는 것을 제외하면 종전의 이월체계와 동일하다. 이체는 조직변경 단위에 따라 단위사업을 기준으로 운영된다.
결산단계는 현금주의에 의한 예산결산과 발생주의 방식을 적용한 재무결산으로 구분된다. 예산결산은 사업예산서 체계에 따른 예산집행실적을 기초로 현금주의 방식을 적용하여 작성되며, 재무결산은 발생주의 회계제도의 도입에 따른 통합재무보고서를 토대로 이루어진다.
사업별 예산제도는 성과관리제도, 원가계산과 병행하여 운영될 때 그 효과의 극대화를 기대할 수 있다. 한편 사업별 예산제도는 성과관리제도, 복식부기제도, 원가계산제도 등의 안착을 위한 기반에 해당한다. 더 나아가 사업별 예산제도의 정착은 통합재정정보시스템 구축의 선결조건이기도 하다.