셋째, 계획간 위계 및 연계 체계가 모호하다. 다양한 교통계획의 유기적 작동을 통한 기대효과를 극대화하기 위해서는 계획간 위계 정립 및 연계성의 확보가 중요하다.
예를 들어, 2010년 12월 현재, 국가 전반의 종합적 교통망계획인 ‘국가기간교통망계획 수정계획’과 국가 교통시스템의 일부인 ‘공항개발 중장기 종합계획’이 같은 시기에 수립되어 공청회 등의 검토과정을 거치고 있다. 이러한 사실은 두 계획의 연계성과 계획간 위계의 차이를 반영하지 못하고 있다는 것을 반증한다.
또한 중앙정부의 국가 교통계획과 지역별 계획의 연계 체계 또한 검토가 필요하다. 예를 들어 경기도의 대심도 급행열차(GTX), 부산의 한일 해저터널, 동남권 신공항 등의 계획은 지역별 대표적 교통계획이라고 할 수 있다. 그러나 이러한 계획들이 국가 교통계획과 어떻게 연계되어 있는지는 명확하지 않다.