이러한 등재 과정에 대해 강하게 문제를 제기한 국가가 일본이다. 대표적으로 2015년 중국이 신청한 ‘난징대학살의 기록(Documents of Nanjing Massacre)’이 세계기록유산에 등재되자 일본은 관련 자료의 신빙성 및 사실에 대한 의혹이 제기됨에도 불구하고, 비공개심사로 등재가 결정되었다는 점에 대해 문제를 제기하였다. 나아가, 일본은 2015년 유네스코 일본 분담금의 일시 납부정지 및 유네스코 세계 기록유산 사업의 심사제도 개혁을 주도하였다. 이에 따라 2015년 10월 제12회 IAC 정례회의에서 세계기록유산에 대한 포괄적 검토 시행이 결정되었고, 2017년부터 본격적인 심사제도의 개선작업이 시작되었다. 또한, 심사제도 개선작업이 진행되는 동안 새로운 기록유산의 등재가 잠정적으로 중단되어 최근까지 기록유산 등재 심사가 중단되었다.