셋째, 특례시의 지위와 권한에 대한 논의이다. 특례시는 기초자치단체의 지위를 유지하면서도 광역자치단체에 준하는 행･재정 특례가 있는 대도시를 의미한다. 그러나 현재 제출된 개정안에서는 특례시란 행정명칭만 부여하고 있고, 구체적인 특례시의 지위와 제공되는 자치권한의 범위는 명시되지 않았다. 정부안으로 제출된 전부개정안에서는 특례시의 행정, 재정 운영 및 국가의 지도ㆍ감독에 대해서는 그 특성을 고려하여 관계 법률로 정하는 바에 따라 추가로 특례를 둘 수 있다고 규정하고 있다(안 제195조 제2항).
따라서 향후 특례시의 지위와 권한에 대해 법률로 제시하는 방안이 필요하다. 특히 특례시 지정에 따라 중앙정부나 도의 일부 권한이 특례시로 이양될 경우에는 동시에 인력과 예산이 함께 이관될 수 있도록 재정 및 세제 개편이 요구된다. 세목조정과 국세와의 공동세 비율 조정 등을 하지 않고서는 특례시로 전환될 경우 재정권한의 확대 없이 업무만 증가하는 문제가 발생할 수 있기 때문이다.