② 등록절차 운영상의 문제
비영리민간단체지원법시행령에서는 주무장관 및 시·도지사는 접수 후 30일 이내에 등록 요건을 검토, 현지 확인, 단체 실사, 등록번호부여 및 단체등록대장 등재, 등록증 교부, 관보에 게재 후 행정안전부 장관에게 통지하도록 규정하고 있다(시행령 제3조).
이 법이 규정한 등록 신청서류 및 절차의 적절성에도 불구하고 실제 운영에 있어 문제점이 나타나고 있다. 2009년의 경우 행정안전부가 2월 1일부터 2월 27일까지 비영리민간단체로부터 사업 신청을 받아 총 392개 단체가 446개 사업에 246억 원을 신청하였으며, 5월 1일에 지원 대상 단체를 확정하였다.
그런데 최종 지원 대상으로 선정된 단체 중 21곳은 사업 공모 기간 중에 비영리민간단체로 등록하였다. 특히 21곳의 단체 중 11곳은 2월 25일부터 2월 27일 사이에 비영리민간단체로 등록하였으며, 특히 '자유대한지키기국민운동본부', '애국단체총연합회', '6·25남침피해유족회', '경찰소방공상자후원연합회'는 마감일인 2월 27일에 비영리민간단체로 등록하였다.