반면 금융지주회사와 일반지주회사간에는 다음과 같은 차이점이 있다.
금융지주회사는 자회사 지배에 관한 업무만 수행하는 순수지주회사만 허용되는 반면 일반지주회사는 자회사 지배 이외의 사업을 영위하는 사업지주회사와 순수지주회사 모두 설립이 가능하다.
설립절차면에서도 일반지주회사는 설립 후 공정거래위원회에 대한 사후신고로 충분하지만 금융지주회사는 설립 전에 금융위원회의 인가를 받아야 하고, 금융회사를 자회사 및 손자회사로 편입하는 경우에도 금융위원회의 사전 인가를 받아야 한다.
또한 금융지주회사의 경우, 동일 지주회사 내의 자회사간 위험 전이를 방지하기 위해 자회사간 신용공여 등의 거래가 제한된다.
자회사간 신용공여는 자기자본의 10% 이내에서 허용되며 이 경우에도 국채 등 적정담보를 확보해야 한다.
자회사의 지주회사에 대한 신용공여와 자회사 상호간 또는 자회사와 지주회사간 불량자산거래는 금지된다.
손자회사는 자회사의 업무와 관련성이 있는 경우에만 예외적으로 허용되며 증손자회사는 둘 수 없다.
금융지주회사는 많은 규제를 받는 반면 혜택도 누릴 수 있다.
우선 금융지주회사 소속 금융회사 간에는 고객의 금융거래정보와 신용정보를 공유할 수 있다.
또한 지주회사와 자회사간, 자회사간 임원 겸직이 폭넓게 인정된다.
개별 업권 규율 법률에 따른 겸직금지 예외를 상당폭 두고 있는 것이다.
금융지주회사 임직원은 자회사 임원 겸직이 가능하고, 자회사임원은 같은 업종의 다른 자회사의 임원을 겸직할 수 있다.
아울러 주식양도차익에 대한 과세 이연 등의 세제 혜택도 적용된다.