(2) 재원조달 방식: 독립채산제의 비현실성
진흥원의 설립 주체는 광역 지자체이므로 재정 운영은 원칙적으로 지자체가 부담하는 것이지만, 진흥원 설립이 국정과제이므로 좋은 일자리 창출을 위해 독립채산제가 아니라 중앙정부의 국고 지원이 전폭적으로 필요하다는 주장이 제기되고 있다.
진흥원의 시·도 본부 재정은 국고지원의 형태로운영되지만, 산하 개별시설들은 독립채산제 방식으로 운영하도록 되어 있다. 하지만 이 시설들이 자체 수입만으로 일자리의 질적 수준을 담보할 수 있을까하는 의문이 든다. 물론 보육 및 요양 서비스 영역은 규모의 경제와 민간에 대한 비교 우위를 통해 기존 보육료 지원과 요양보험 수가로 수입 확보가 가능할 수도 있으나, 다른 영역은 현행 수익추구 관행조차 유지하기 어렵다.
최저임금제 등 최소한의 법적 기준조차 지키기 어려운 상황에서 국고지원 없이 자체 수입으로만 시설을 운영하라는 것은 재정 부담을 담보하지 못하는 사업(장애인활동지원사업 등)을 진흥원의 지원 대상에서 배제하는 결과를 초래할 수 있을 것이다. 따라서 시장성이 없어 방치되거나 기피되는 사업의 경우 적자운영이 불가피하므로, 서비스 공급자로서의 진흥원은 재정적 책임까지 프로그램화해야 할 것이다.