물론 국민참여재판에 오로지 긍정적인 측면만 존재하는 것은 아니다. 최근에는 법관의 유죄 판단과 달리 배심원들이 무죄를 평결한 성폭력 범죄들에 있어서, 이른바 ‘정숙하지 않은 피해자’에 대한 강간 통념이 개입할 수 있고, 국민참여재판이 이러한 강간 통념의 정당화 기제로 작용할 위험성이 지적된 바 있다. 영국에서는 지나치게 복잡한 사건에는 전문성이 부족한 배심재판이 적절하지 않다는 논의가 있었다. 나아가 국민참여재판으로 인해 증가하는 재판부의 부담은 한정된 사법자원에 지나친 부담을 안기는 것이 아닌지에 관한 고민도 있다. 국민참여재판제도의 개선은 이러한 구조적·현실적 문제들로부터 자유로울 수 없고, 개선의 방향 또한 현실을 고려한 바탕에서 이루어져야만 할 것이다.
그러나 이러한 몇몇 문제들에도 불구하고, 지금의 국민참여재판 활용은 국민참여재판 제도의 긍정적 도입 취지를 살리기에는 너무나 저조한 것으로 생각된다. 현재와 같은 운용이 지속될 경우 그 순기능에도 불구하고 미래의 어느 시점에는 국민참여재판 제도가 고사(枯死)하게 될 지도 모른다는 우려가 제기되는 이유이다. 상술한 필수적 대상사건 도입이나 배제사유 구체화는 국민참여재판 활성화를 위한 방안 중 대표적인 몇 가지에 불과하다. 위 내용 외에도 국민참여재판제도를 개선하기 위한 여러 방안들이 제기된 바 있으므로 이를 참고할 필요가 있다. 급격한 변화에 대한 우려가 있다면 여러 방안들 중 변화의 폭이 크지 않은 것부터 순차적 도입을 검토하는 것 또한 고려해볼 수 있을 것이다.
여하간의 고민들을 떠나, 국민참여재판이라는 나무가 국민의 형사사법 신뢰라는 열매를 맺도록 하기 위해서는 이를 가꾸기 위한 보다 적극적 노력을 검토해보아야 할 시점으로 생각된다.