해외 인터넷전문은행의 성공한 사례들을 보더라도 일반적으로 설립 주체와의 시너지 창출을 위해 특화된 금융서비스를 제공하는 경우가 대부분인 것으로 알려져 있다. 이를 감안하면 소유규제 문제를 우선적으로 명확하게 해결하는 것이 인터넷전문은행의 성공을 위해서도 중요하기 때문이다.
실제로 이번에 예비인가를 받은 인터넷전문은행의 주주구성을 보면, 현행 소유규제로 인하여 주주가 매우 복잡하다는 문제가 지적되고 있다. 이와 관련하여 주식 지분변경 약정, 의결권 공동행사 계약 등의 문제가 제기되었는데, 이는 모두 은산분리 규제를 우선적으로 충분히 논의하지 않았기 때문이다.
이에 따라 「은행법」 개정 이후 인가를 받는 인터넷전문은행과의 형평성 문제도 제기되고 있다. 현재 인가가 진행 중인 인터넷전문은행의 주주 간에 지분 조정이 시장상황에 따라 예상과는 다르게 어려워지는 경우에는 향후 인터넷전문은행의 효율적인 의사결정과 운영이 어려워질 가능성이 있다.