이와 같이 농업은 비시장 투입물인 농업환경자원 즉 토양, 강수, 대기 및 기후 등과 시장 투입물인 농자재, 즉 비료, 농약을 사용한 사유재(private goods)이며 시장 산출물인 농산물을 생산하는 산업이다. 동시에 농업은 긍정적 부정적 성격의 비시장 산출물(non-market outputs)을 함께 생산하는데 이는 외부성을 가지므로 농업환경관리는 국가 차원에서 정책 개입이 필요한 분야이다.
또한 환경오염과 환경훼손 등 환경문제를 유발하는 주체는 「환경정책기본법」 제7조에 따른 오염원인자부담원칙에 따라 농업 생산활동을 하는 자이므로 이들에 의한 주체적 관리가 기본이 된다. 오염원인자부담원칙(Polluter-Pays-Principle: PPP)은 사회적으로 수용할만한 수준의 환경의 질을 유지시키기 위해 환경오염을 유발시킨 원인자에게 상응하는 대가를 치르게 함으로써 환경오염원의 배출수준을 적정 수준으로 자제하도록 유도하는 환경보전의 기본이 되는 원칙 중 하나이다. 우리나라도 1998년 「친환경농어업 육성 및 유기식품 등의 관리·지원에 관한 법률」(이하 ‘친환경농어업법’) 이 시행되어 농업분야의 환경부하를 줄이기 위해 비점오염원의 특성을 지닌 농업 생산활동을 환경보전 측면에서 관리하기 위한 연구와 비료, 농약 사용 저감화를 위한 제도가 시행되었다. 그러나 농업환경관리를 위한 정책으로 체계적인 추진이 되지 못하였고 각국에 도입된 오염원인자부담원칙과 같은 제도도 검토되기는 하였으나 구체화되지 못한 한계가 있다.