수재해 분야에서는 ‘홍수’와 ‘가뭄’에 대한 논의가 필요하다. 환경부는 「물관리기본법」 제정 이후 물관리 사무에 관한 주무부처로서 국토교통부에서 이관된 「하천법」, 「댐건설 및 주변지역지원 등에 관한 법률」, 「수자원의 조사·계획 및 관리에 관한 법률」 등에 따라 홍수 및 가뭄 업무를 수행하는데, 「재난 및 안전관리 기본법」 및 「자연재해대책법」을 소관하는 행정안전부와 이견이 발생하고 있다. 현행 재난 분야 최상위 법률인 「재난 및 안전관리 기본법」에 따라 행정안전부는 풍수해 및 가뭄에 대한 재난관리주관기관이며, 환경부는 환경오염 사고, 식용수 사고, 댐 사고 등의 재난관리주관기관으로 지정되어 있어, 환경부로서는 개별법에 따라 홍수와 가뭄 업무를 주도적으로 추진하는데 한계가 있다. 또한 수량, 수질, 수재해를 통합관리하는 것이 물관리 일원화 차원에서는 바람직할 수 있으나, 수재해를 포함한 자연재해 전체를 통합관리한다는 측면에서는 효율성이 저하될 수 있다.
향후 환경부와 농림축산식품부 및 행정안전부는 상호 간의 긴밀한 협조를 기반으로 물관리 업무를 수행해야 할 것이다. 또한 부처 간의 이견이 발생할 때에는 국가물관리위원회에서 적극적으로 개입하여 중재함으로써, 효율적인 물관리 정책을 추진할 필요가 있다.