둘째, 과학적 근거 기반의 과수화상병 방제체계를 갖추는데 필요한 금지병해충 관련 기초 및 응용 연구･개발 기반이 부족하다. 그동안 금지병해충 연구는 시료 확보의 문제, 차폐 연구시설 미비로 국내 연구 자체가 어려운 체계였다. 이에 따라 현행 금지병해충 방제 체계는 해외 연구자료를 참고하여 구축되었는데, 이는 우리나라의 특유의 환경, 예를 들면, 겨울철 온도 상승 등의 기후 특성, 밀식형 과수농업 등의 현실을 반영하기 어려울 수밖에 없다.
셋째, 과수화상병 등 식물방제를 전담하는 컨트롤 타워가 부재하여 관계 부처 간 협업체계의 효율성이 낮다. 농촌진흥청은 사전 예방약제 등록 및 살포와 예찰, 손실보상금 지급을, 농림축산검역본부는 발병원인을 밝히는 역학조사를 담당하고 있지만 식물 검역과 방제를 전담하는 총괄 전담조직은 농림축산식품부에 마련되어 있지 않은 실정이다.