연방회계검사원은 감사결과에 대해 감사결과통고서(Prufungsmitteilung)를 작성하여 피감사기관에 송부하여야 한다. 통고서에는 감사가 이루어진 사안의 내용, 그에 대한 평가, 필요한 경우 권고 등이 포함된다. 피감사기관은 연방회계검사원이 정한 기한 내에 이에 대해 답변을 해야 하며, 그 답변결과에 따라 연방회계검사원은 감사를 종결하거나 후속적인 조치를 취하는 결정을 한다. 연방회계검사원은 필요한 경우에는 감사결과를 피감사기관 외에 다른 기관이나 연방하원예산위원회에 통보할 수 있으며, 재정상 중요한 감사결과에 대해서는 연방재무장관에게 통보하여야 한다(연방예산법 제96조).
연방회계검사원은 감사결과에 대하여 매년 연방하원과 상원, 연방정부에 의견서(Bemerkung)의 형식으로 보고를 하여야 한다. 이러한 연차보고서(Jahresbericht)는 의회가 연방정부의 결산을 승인하기 위한 목적으로 활용된다. 또한 연방회계검사원은 주요 사안에 대하여 수시로 특별보고서(Sonderbericht)를 작성하여 연방하원과 상원, 연방정부에 보고할 수 있다. 또한 감사결과를 기초로 예산손실예방 및 성과제고 등의 목적으로 의회와 피감사기관에 권고 등의 의견을 제공할 뿐만 아니라, 감사경험을 토대로 연방의 하원과 상원, 연방정부나 연방장관에게 자문을 해주기도 한다(연방예산법 제88조 제2항).