행위별 수가제는 진찰, 검사, 처치, 입원, 의약품 등에 대한 가격을 각각 따로 매기기 때문에 제공하는 서비스의 가지 수가 많을수록 의료기관은 많이 지불받을 수 있다.
따라서 행위별 수가방식 하에서는 동일한 진단의 질병이라 하더라도 서비스를 다르게 구성하여 제공할 수 있기 때문에, 의료비가 다르게 산정될 수 있다.
이 같은 속성으로 인해 의료공급자는 과잉진료할 동기를 갖게 되고, 그 결과 본인 부담금 등 환자가 직접 부담하는 비용과 건강보험 재정지출이 늘어나고 있다.
진료의 양과 비용을 통제하기 위하여 급여기준을 마련하여 심사·평가하고 있지만, 이것만으로는 관리가 제대로 되지 않아 사회적 비용이 급증하고 있는 것이다.
이에 정부는 과잉진료와 본인부담금 과중에 대한 대안을 찾고자, 시범사업 기간을 포함해 15년간 일부 질환 군에 대해 의료기관이 원할 경우에만 적용해 왔던 포괄수가제를 의무적으로 시행키로 결정한 것이다.