교육부도 “대안교육기관의 빠른 현장 안착 및 내실있는 운영을 위해서 예산 지원은 필요할 것으로 보인다”는 의견을 제시하였다. 그리고 “법률 제정시 대안교육기관에 대한 예산 지원은 불요하다는 의견이 있었다는 점과 「학교 밖 청소년 지원에 관한 법률」에 따라 일부 지자체에서 예산 지원을 하고 있다는 점을 종합적으로 고려할 필요가 있으며, 효율적인 재정 지원을 위한 지원 범위는 국회와 기재부, 지자체, 교육청 등 다양한 관계기관들과의 협의를 통해 결정할 필요 있다”고 설명하였다.