그러나 우리은행에서와는 달리 부산은행에서는 교섭 당시까지 계약직 업무와 정규직 업무 간에 이렇다 할 분리가 제도화되지 않은 상태인 채 고용형태의 구분과 이에 따른 임금 및 근로조건의 차별이 주어진 상태였다는 점에 차이가 있었다. 즉, 부산은행에서는 정규직과 비정규직 간의 직무 분리가 형식적으로도 제도화되지 않은 상태에서 차별시정에 대한 교섭이 이루어졌다. 이런 조건에서 사용자측의 우리은행식 분리직군제 추진은 비정규직 보호법 발효를 앞두고 차별을 온존시키기 위해 인위적으로 차별적인 직무 설계를 한다는 비판을 받을 수 있었으며, 실제 노조측은 이러한 기조로 사용자측에 대해 이견을 표시하였다. 노조측의 압박에 몰린 사용자측은 결국 직무 혹은 직군 분리에 따른 고객 혼란, 직원 간 위화감, 영업력 저하 등을 감안해 분리직군제 형태를 취하지 않는 비정규직의 정규직 전환과 차별시정에 합의하였다(부산은행뉴스 2007-07-01). 즉, 부산은행 노사는 노조측이 정규직의 임금을 동결하는 양보를 하는 대신 사용자측은 애초의 ‘직무분리’안을 철회하여 계약직 전원을 정규직 직급체계에 신설된 7급 직원으로 전환하는 데 합의하였다.