국방부가 추진하고자 하는 상부구조 개편안과 관련하여 제기되는 단점의 대부분은 통합군제와 3군병립제의 절충형을 선택함에 따라 노출될 수밖에 없거나 잘못 운영될 경우 발생할 수 있는 위험이다. 절충형의 경우 그 성격 자체가 애매모호할 수 있고, 잘 운영할 경우에는 두 구조의 장점만 활용하는 결과가 될 수 있지만 그 반대일 경우에는 두 체제의 단점만을 노출시키는 것이 일반적이기 때문이다. 예를 들면, 국방부에서는 현 개편안이 통합군제가 아니라고 하지만 합참의장이 상하관계로서 참모총장을 지휘하거나 합참에서 무기체계 소요·제기에 관한 결정권을 집중적으로 행사한다는 것은 통합군제의 특성이 반영된 것으로 봐야 한다(김종하, 2012: p.4). 또한 개편안에서는 합참의장에게 상당한 정도의 인사권을 부여한다는 복안이었는데, 이 경우 잘하면 합참의 기능을 강화하거나 합동작전의 전문가들을 육성하게 되지만, 그렇지 못할 경우 인사권 행사의 적정한 범위를 설정하기가 어렵게 되거나 각 참모총장의 고유권한인 인사기능을 혼란시키거나 진급체계에 부정적인 영향을 초래할 수 있다(김종하, 2012: p.3). 각군참모총장에게 작전지휘와 작전지원 기능을 모두 처리하도록 할 경우 잘하면 작전지휘와 작전지원을 효과적으로 통합할 수 있지만, 그렇지 못할 경우에는 작전지휘도 미흡하면서 인사, 군수, 동원 등의 작전지원에도 문제가 발생할 수 있는 것이다(중앙일보, 2011년 3월 28일자, 34면). 또한 합참차장을 증대시키는 등 부지휘관을 통한 조정역할을 강조하지만 이들의 경우 지휘관인지 참모인지가 불분명할 뿐만 아니라 지휘관일 경우에는 지휘계통이 증가하고, 참모라면 지휘관에게 보고하지 않은 채 스스로가 조치할 수 있는 권한이 매우 제한되어 있어 실제적인 역할이 미미할 수 있다는 문제점이 있다(김종하, 2011: p.3).