둘째, 외국인학교와 외국교육기관은 재학생 중 내국인 학생 비율이 너무 높아 내국인을 위한 교육기관으로 변질되었다는 지적이 있다. 그러나 다른 한편에서는 외국교육기관의 경우, 아직 외자유치 전 경제자유구역 내의 제반시설이므로 설립 초기 운영을 위해 내국인 입학 허용이 불가피하다는 주장도 있다. 내국인 입학허용비율은 학교의 형태에 따라 다를 수 있으나 교육환경을 고려한다면 현행 허용 비율을 유지할 필요가 있다.
셋째, 외국인학교의 설립주체를 지자체에도 허용하는 것과 외국교육기관 및 국제학교의 과실송금 허용 여부가 쟁점이 되고 있다. 외국인학교의 경우, 현재는 지자체가 직접 설립 할 수 없어 외국인 개인이나 외국학교법인 등이 설립하고 해당기관의 부지대금과 건축비, 운영비 등을 지방자치단체가 지원하는 다소 복잡한 방식을 택하고 있다. 그러나 자칫 국고로 지원하여 설립한 학교가 개인소유로 전락할 위험이 있으며 실제 유사한 사례가 발생한 경우도 있다. 실제로 국가 및 지자체는 다양한 형태로 외국인학교의 설립 및 운영을 지원하고 있으므로, 현실에 맞도록 개선하는 방안을 마련할 필요가 있다. 외국교육기관의 설립주체로 영리법인을 허용하는 문제는 본래 설립목적을 감안하여 신중하게 검토할 필요가 있고, 외국교육기관과 국제학교에 과실송금을 허용하는 문제는 아직도 찬·반 양론이 팽팽하지만 교육기관의 본질적 목적과 국민 정서 등을 감안하여 허용하지 않는 것이 타당할 것이다.
이외에도 외국인학교와 외국교육기관, 국제학교와 관련하여 국내학력인정 여부, 교육격차 심화 등이 쟁점으로 부각되고 있다. 따라서 교육기회의 형평성을 고려하여 해당 학교가 설립된 지역에서의 장학생 선발 및 지원을 고려하되 지자체나 위탁운영법인과의 협약 체결 등의 방식을 통해 구체화하는 것을 검토할 필요가 있다.