(2) 「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」(2001~2020년)
2001년 7월에 제정된 「과학기술기본법」은 ‘연구개발수익 납부제도’에 관한 범부처 차원의 기본 근거를 규정했다. 같은 해 12월 이 법에 따른 대통령령인 「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」이 제정되었으며, 이 영에서 기술료와 연구개발수익 납부에 관한 사항을 세부적으로 규정했다.
제정 당시에는 영리법인뿐만 아니라 비영리법인도 기술료의 일부를 납부하도록 했고, 직접 실시의 세부 징수기준 규정은 없었다. 2008년 12월에는 비영리법인은 납부 대상에서 제외하되, 한시적으로(2009~2013년) 과학기술인공제회에 출연하도록 하고, 영리법인의 직접 실시에 대한 정부 납부 근거를 명확하게 하는 내용의 개정이 있었다. 2012년 5월에는 직접 실시에 대한 세부 징수기준이 신설되었고, 기업규모별로 징수기준을 달리하도록 하며, 직접 실시의 경우 매출액 기준의 경상기술료 방식도 허용했다.