CPPIB의 이사회(Board of Directors)는 정부로부터 뿐만 아니라 가입자들로부터 독립적이고 자율적인 것으로 유명하다. 즉 정부 관료의 개입이나 가입자들의 집단적이고 정치적인 개입의 위험이 아주 적다는 것이다. 이사선출과정을 보면, 우선 연방정부와 주정부가 공동으로 각 1명씩의 민간대표를 보내 이사지명위원회를 구성한다. 그 후 이사지명위원회가 이사 후보목록을 제출하면 연방재무장관이 주 재무장관과의 합의하에 그 목록 내에서 이사들을 선임한다. 이사회는 12명의 이사로 구성되는데 12명의 이사는 모두 경제학자, 회계사, 금융 및 연금전문가 등 각계의 기금운용 전문가이다. 이들은 기금운용을 건의하며 실제 기금운용을 결정하는 기금운용자를 감독하는 기능을 수행한다. 이사회 내에는 투자위원회, 감사위원회, 인사 및 보수위원회, 지배구조위원회 등 네 개의 소위원회가 있다.