당정협의의 대상이 되는 사안은 법률안, 대통령안, 그리고 국민생활 또는 국가경제에 중대한 영향을 미치는 정책안 등 세 가지로 규정되어 있다. 따라서 정책의 성격 상 기밀을 요하고 정당의 간여가 어려운 외교 및 국방정책 정도를 제외하고는 대부분의 국내 정책이 당정협의의 대상이 될 가능성이 있다. 특히 어떤 정책이 국민생활 또는 국가경제에 중대한 영향을 미치는 정책인가가 불분명하기 때문에 특정한 정책이 당정협의의 의제가 되는가의 여부는 상당히 정치적인 판단이 개입된다고 할 수 있다. 실제로 한 경험적 연구에 따르면(권찬호 2011) 민주화 이후 정당의 자율성과 반응성(responsiveness)이 증가하면서 당정협의의 의제 구성에서 합의 쟁점(valence issue)보다는 가치 재분배와 관련한 위치 쟁점(position issue)이 차지하는 비율이 증가한 것으로 나타났다.
당정협의를 추진하는 주체는 행정부의 각 부처와 정당의 정책위원회이지만 이 기관들 사이를 매개해주는 당정협의 조정기구가 별도로 존재한다. 과거 김영삼 정부 시기까지는 무임소 국무위원 혹은 정무장관이 당당하였으나, 김대중 정부 출범 이후 정무장관이 폐지되면서 당정협의 조정 업무가 국무총리실로 이관되었다. 특히 박근혜 정부 들어와서 국무총리실이 국무조정실과 국무총리비서실로 분리·개편되면서 현행 훈령에는 국무총리비서실장이 당정협의 업무의 총괄·조정에 관한 사무를 수행하는 것으로 규정되어 있다.