통관･관세 및 과세와 관련하여, 통관과 관세에 있어 다른 협정에 비해 접수국의 권한에 대한 규정이 취약하다는 점, 사용품 수입에 대한 관세부과의 예외가 지나치게 포괄적이고 추상적으로 규정되어 있다는 점, 군사화물에 대한 세관검사 면제의 범위가 타국 협정에 비해 지나치게 넓다는 점, 관세면제로 수입된 물품이 재수출되는 경우에도 관세면제의 특권이 부여된다는 점 등이 쟁점으로 지적되고 있다.
미군기지 내 한국인고용원과 관련한 노무와 관련하여, 미군의 고용주는 현지인을 직접 고용하는 직접 고용제도를 채택하고 있다는 점, 한국노무단(KSC, Korean Service Corps)의 경우 한국노동법 상의 대우 뿐만 아니라 미군의 고용원으로서의 대우도 받지 못하고 있다는 점, 사용자와 근로자에 관한 고용계약 사항, 임금문제에 대한 협상권이 전혀 명시되어 있지 않다는 점 등이 향후 개선되어야 할 과제로 지적되고 있다.