(3) 독립기관형
독립기관형 감사원은 행정부나 의회에 소속되지 않고 조직상으로 독립기관으로 두는 경우를 말한다. 감사원이 중앙선거관리위원회와 같은 독립기관으로 규정될 경우에는 행정부 소속형일 경우와 의회소속형일 경우와는 달리 소속으로 인한 간섭의 문제점이 일소될 수 있다는 장점이 있다. 그러나 감사원의 독립화에 상응하는 법제도의 기반구축이 필요하고 피감기관의 협조체제 구축에 어려움이 예상된다는 지적도 있다.
일본, 캐나다, 독일, 프랑스, 스페인, 이탈리아, 체코, 그리이스, 아일랜드, 네델란드, 포르투갈, 덴마크, 아이슬란드, 노르웨이 등이 독립형에 속한다.