그러나 대법원이 장기계속공사계약 상 총괄계약에 대해 전체적인 사업의 규모나 공사금액, 공사기간 등에 관하여 잠정적으로 활용하는 기준에 불과한 것으로서 총괄계약의 효력은 계약상대방의 결정, 계약이행의사의 확정, 계약단가 등에만 미칠 뿐이고, 계약상대방이 이행할 급부의 구체적인 내용, 계약상대방에게 지급할 공사대금의 범위, 계약의 이행기간 등은 모두 연차별 계약을 통하여 구체적으로 확정된다고 판시하여 현행 국가계약법 하에서 최종차수에서 일괄적으로 간접비를 청구하는 것은 봉쇄되었다. 당해 판결의 다수의견은 연차별 계약에 총공사기간 등이 부기되는 등 장기계속공사계약 상 총괄계약의 종속성, 공사계약 일반조건 규정에 따른 각 연차별 공사대금정산 원칙의 준수, 예산 운용상 혼란 방지 등을 판결의 이유로 제시하고 있다.
그러나 이러한 다수의견에 대해서 예산 편성 및 집행의 특수성을 지나치게 강조하여 국가·지방계약법이 추구하는 대등한 계약의 원칙을 충분히 구현하지 못했다는 비판이 제기된다. 즉, 당해 판결이 계약상대자가 공기연장을 발주기관으로부터 제대로 인정받지 못하여 간접비 등 부담을 전가 받는 현실을 외면하였다는 것이다. 이에 따라 비판적 견해들은 부기된 총공사기간의 법적 구속력을 인정하여 계약상대자에게 최종 연차별 계약에 따른 준공대가 청구 시점에서 공백기가 포함된 전체 공사기간의 연장에 따른 간접비 청구를 할 기회를 보장하여야 한다고 주장한다.