그러나 위와 같은 상환대책은 당시 예금보험기금채권상환기금 및 부실채권정리 기금이 보유하고 있는 자산의 예상회수규모, 부보예금증가율 등 여러 가지 추정에 근거하여 마련되었고, 상환기간이 장기간(2003년부터 2027년까지 25년)이어서 경제여건이 예상치에서 벗어날 경우 회수규모 및 특별기여금 납부 실적 등이 당초 추정치와 달라져 공적자금 상환이 원활하게 이루어지지 않을 가능성이 상존하고 있으며 상환대책에 차질이 발생할 수도 있다.
이러한 경우에 대비하여 「공적자금상환기금법」 제정 시 5년마다 상환대책을 재점검하고 재정과 금융권간 상환부담을 조정하는 제도적 장치로서 재계산제도를 도입하였다. 「공적자금상환기금법」은 제7조에 공적자금상환기금 설치(2003년) 이후 매 5년이 경과하는 날이 속하는 연도에 예금보험기금채권상환기금 및 부실채권정리기금의 자산과 부채를 실사(필요시 수시로 실사 가능)하도록 하고, 실사결과와 조치예정사항을 국회에 보고하도록 하였다.
이에 따라 정부는 2008년과 2013년에 상환대책 이행실적을 점검하는 공적자금 정기재계산을 실시하였으며, 2018년 6월말 현재 세 번째 정기재계산이 진행 중이다. 이번 정기재계산에서도 객관적이고 합리적인 기준에 의해 공적자금 손실규모를 재평가 하고, 상환대책이 원활하게 이행될 수 있는 지를 재점검할 예정이다.
앞으로도 정부는 공적자금 회수 노력을 강화하는 등 공적자금 상환대책을 제대로 이행함으로써 국민 부담을 최소화하고 공적자금 상환이 상환기간 내에 모두 이루어질 수 있도록 노력해 나갈 것이다.