이에 문재인 정부는 2017년 5월부터 물관리 일원화의 추진을 본격적으로 논의하기 시작하였고, 국회는 2018년 6월 8일 「정부조직법」(법률 제15624호)을 개정하여 국토교통부 소관의 수자원 관련 기능 일부를 환경부로 이관하였다(2018년 6월 8일 시행, [표 1] 참조). 그러나 기후변화로 인한 홍수피해의 발생 및 대응 과정에서 다목적댐 등 댐의 방류결정은 환경부에서 담당하고, 하천시설의 관리·정비 등의 업무는 국토교통부가 수행하는 현 체계에서는 신속한 의사결정과 대응 및 선제적인 시설관리가 어려운 측면이 있다는 의견이 제기되었다. 즉, 현재의 이원적 하천관리 체계는 신속한 홍수대응에 불리한 측면이 있고, 수량과 수질이 연계된 업무에서도 책임한계가 불명확하여 업무혼선을 초래할 여지가 있다는 것이다.
이와 같은 문제점을 해소하기 위해 국회는 지난 2020년 12월 31일 「정부조직법」(법률 제17814호)을 다시금 개정하였으며, 기존에 국토교통부에 존치되었던 하천관리 기능이 이관되어 하천에 관한 사무는 환경부로 일원화될 예정이다(2022년 1월 1일 시행).