학교폭력의 경우에도 위탁교육은 가해학생 보호자의 동의 또는 신청이 전제되어야 가능하나, 상담 및 설득이 쉽지 않다는 점이 문제로 지적된다. 이에 대해 일부 시･도교육청은 가해학생 보호자의 동의가 없어도 학교장이 위탁교육을 실시할 수 있도록 하기 위해 ｢학교폭력예방법｣제17조 제1항 제5호에 따른 ‘특별 교육이수’에 대안교육기관 위탁교육을 포함하도록 법률을 개정하는 방안을 제안하였다. 심의위원회의 가해학생 조치 중 하나인 ‘특별 교육이수’에 대안교육기관 위탁교육을 포함시켜 교육장의 처분에 따라 피해학생 등으로부터 분리시킬 필요가 있다는 의견이다.
｢학교폭력예방법｣에 따른 ‘특별 교육이수’ 방식으로 대안교육기관 위탁교육을 실시할 경우, 가해학생 보호자의 동의 없이 신속하게 피해학생과 가해학생을 분리할 수 있고 강제전학에 비해 저항이 크지 않을 수 있다는 장점이 있다. 그러나 ｢학교폭력예방법｣에 따른 ‘특별 교육이수’는 ｢초･중등교육법｣ 및 동법 시행령에 따른 위탁교육에 비해 비교적 단기간에 일시적으로 실시되어 가해학생 분리 기간이 상대적으로 짧고, 가해학생 및 보호자가 원적교에 언제든 방문할 수 있다는 점에서 피해학생의 불안감을 해소하기에 미흡하다.
그리고 대안교육기관 교육프로그램은 일반 학교와 마찬가지로 교육단계별 수업연한과 연간 교육과정을 운영하며 상대적으로 장기간에 걸쳐 학생의 적응과 새로운 변화를 유도하는 방식으로 운영되고 있고, 이에 따라 기존의 학생들에 미치는 영향 등을 고려하여 단기프로그램으로 위탁교육 학생을 받는 것을 꺼려하는 경향이 있다. 그리고 위탁교육 학생이 추가될 경우 학급당 학생 수가 늘어나는 등 교육여건은 열악해지는 데에 비해 교육청의 재정적･행정적 지원은 미흡한 실정이다.