그러나 이러한 이해는, 예산이 국민의 권리의무에 영향을 미치는 적지 않은 현실을 간과한 채 단순히 ‘기관법’ 또는 ‘내부법’으로서의 효력에 매여 다소 도식적으로 내린 결론이 아닌가 하는 의구심이 든다(이덕연, 2001: 135-136). 대표적으로 성인지 예산은 위와 같은 일반적인 예산과는 조금 다르게 이해할 필요가 있다. 즉 성인지 예산은 예산 가운데에서도 특히 헌법상 양성평등 이념에 근거하고 있고, 일부 예산 과정은 적극적 평등실현조치의 일환으로 볼 수 있는 경우도 있다. 이는 일반적인 예산이 각 국가기관의 정책과 재정지출 계획에 따라 효율성과 합리성에 근거하여 마련되는 것과는 상당히 차이가 있는 부분이다. 물론 성인지 예산 과정도 효율성과 경제성이라는 재정통제의 기본적인 기준이 작동하는 것은 일반적인 예산과 동일하지만, 성인지 예산은 특별히 성인지적 관점을 예산 과정에 반영하여 양성평등 이념을 강조하기 위한 기본권 보장상의 목적을 더욱 분명하게 드러내고 있다. 그래서 의회에 제출하는 예산안 서류 중 합목적성을 가진 정책적 이유가 아니라 기본권 보장상의 이유로 특별히 첨부서류를 별도로 만들도록 하고 있는 것도, 바로 성인지 예산서에 국한된다(국가재정법 제34조 제9호･지방재정법 제44조의2 제1항 제7호). 이것이 바로 성인지 예산의 규범력이 일반적인 예산과는 다르게 운용될 수도 있는 여지를 보여주는 대목이다.