신용보증기금은 보증공급 확대에 따른 부실증가와 정부의 재정부담 등에 대해 여론이 악화되고 있음을 감안하여 2003～2008년 기간 동안 매년 거의 비슷한 수준의 보증을 선별적으로 지원하면서 이러한 여론에 대처해 왔으나, 2008년 시장친화적 정책을 전면에 내세운 이명박 정부의 출범으로 신용보증제도는 전혀 새로운 전기를 맞게 된다. 이명박 정부는 출범 직후부터 신용보증기관간 통폐합 및 정책금융공사의 설립을 공론화했던 것이다. 이명부 정부의 공기업 정책은 2008년 6차례에 걸쳐 발표된 ‘공기업 선진화방안’으로 대표되는데, 통합에 대비한 주도권을 잡기 위해 신용보증기금과 기술신용보증기금은 치열한 경쟁을 벌였으며, 언론, 학계, 중소기업을 포함하여 매우 광범위한 찬･반논쟁이 지속되었다. 그러나 이 같은 상황은 글로벌 금융위기의 발생으로 급속히 진정되었다. 당초 2008년 8월말에는 통폐합과 관련된 정부의 결정이 있을 것으로 알려졌으나, 계속 연기되던 중 제3차 공기업 선진화방안(2008년 10월)에서는 보증기관 통합문제를 경제위기 상황을 지켜본 후 2008년 말에 가서 다시 결정하는 것으로 결론났다. 이후 보증기관 통합논의는 글로벌 금융위기 극복과 경기 활성화라는 대명제 앞에 이명박 정부는 물론, 박근혜 정부에서도 결코 재론되지 못하였다.