1990년대에는 제3차 국토종합개발계획(1992~2001)에서 지방도시 육성과 수도권 인구집중 억제를 목표로 낙후지역에 대한 개발 및 관리의 기준을 설정하였으며 접경지역에 대한 논의가 이루어졌다. 지역균형발전 및 중소기업 육성에 관한 법률(1994), 접경지역지원법(2000) 제정 등을 통해 개발촉진지구, 접경지역에 대한 제도가 마련되었으며, 도서개발촉진법 개정(1995)을 통해 법의 유효기간에 대한 규정을 삭제함으로써 도서지역에 대한 개발이 지속적으로 이루어질 수 있도록 하였다.
2000년대에는 제4차 국토종합계획(2000~2020) 및 수정계획(2006~2020)에서 중앙정부 주도의 계획 방식에서 벗어나 지자체 및 주민도 참여하는 Bottom-up방식이 채택되었다. 또한 지역간 불균형을 해소하고 자립형 지방화를 촉진하여 균형 발전이 가능하도록 국가균형발전특별법(2004)을 제정하였으며 동 법에서는 낙후지역의 범위를 도서지역, 오지, 접경지역, 개발촉진지구, 신활력지역 등 5가지 유형으로 구분하여 정의하였다. 2007년에는 오지개발촉진법을 폐지하고 농어촌정비법에 기존에 시행해오던 오지개발사업을 포함시켰다. 이후 개정된 국가균형발전특별법(2009)에서는 국가균형발전정책을 지역발전정책으로 전환시키고 지역발전계획 체계에 대한 혼란방지를 위해 국토계획과 연계되도록 하였으며 광역경제권, 초광역개발권, 기초생활권의 개념을 도입하였다. 또한 낙후지역의 효과적 지원을 위하여 성장촉진지역과 특수상황지역(도서지역, 접경지역 포함)을 구분하여 정의하였다. 제4차 국토종합계획 수정계획(2011~2020)에서는 기초생활권정책에 성장촉진지역, 특수상황지역 등 낙후지역 개발정책을 포함시켰다. 2014년에는 국가균형발전특별법에 따라 지역발전 5개년 계획(2014~2018)이 수립되었으며 지역행복생활권과 삶의 질 개선 중심의 정책 방향을 제시하였다. 이를 위해 지역행복생활권 활성화, 일자리 창출을 통한 지역경제 활력 제고, 교육여건 개선 및 창의적 인재양성, 지역문화 융성, 생태 복원, 사각 없는 지역 복지ㆍ의료 등 5개 분야를 중점 추진분야로 설정하였다.