(2) 목표관리제와의 중복여부
산업계는 배출권거래제가 2011 년부터 본격적으로 시행될 예정인 '온실가스 목표관리제'와 중복되는 제도로서 기업체의 부담을 가중시킨다고 주장하고 있다. 또한 현재 배출권거래제 도입을 위해 필수적인 온실가스 배출에 대한 산정·보고·검증(MRV) 시스템 구축까지 상당한 시간이 소요될 것으로 추정되고 있는 상황속에서 2013년부터 배출권거래제를 도입하는 것은 적절하지 않다는 주장을 펴고 있다.
녹색성장위원회 등은 이에 대하여 목표관리제의 경우 사업장 자체적인 감축만을 실시할 수 있으나, 배출권거래제는 시장메카니즘을 통해 저렴한 감축수단을 구매할 수 있어 목표관리제 대비 32~56%의 비용만 소요된다고 반박하고 있다. 온실가스 배출규제시 발생하는 GDP 감소규모도 목표관리제(25.6조원)에 비하여 약 60% 감소된 8.3조원에 불과하다는 입장이다.