조사의 내용은 동·식물의 분포 및 현황, 식생현황, 특이한 지형·지질 및 자연환경의 현황, 해안의 상태 및 건축물 기타 공작물의 현황 등이다. 이 조사 결과 화산·기생화산·계곡·하천·호소·폭포 등 경관이 뛰어난 도서, 수자원·화석, 희귀 동·식물, 멸종위기 동·식물 기타 우리나라 고유의 생물종의 보존을 위하여 필요한 도서, 야생동물의 서식지 또는 도래지로서 보전가치가 인정된 도서, 자연림지역으로서 생태학적으로 중요한 도서, 지형 또는 지질이 특이하여 학술적 연구 또는 보전이 필요한 도서, 기타 생태계 보전을 위한 필요성이 인정된 도서가 특정 도서로 지정된다. 2009년 현재 전국의 무인도서 2,679개 가운데 162개가 특정 도서로 지정되었으며 면적으로는 전체 무인도서 면적 85,281,000㎡의 12.2%에 달하고 있다.