지역보험료는 세대원 수가 늘어나면 보험료도 증가하는 반면, 직장보험료는 세대원 수의 증가가 보험료 크기에 영향을 주지 않는다. 직장보험료는 직장가입자와 사용자(직장)가 보험료를 분담하며, 직장가입자의 피부양자는 추가적인 보험료부담 의무가 없다.
공무원·사립학교교직원·군인 출신 퇴직자로 연간 3,000만원 이상 연금 수령 소득자가 약 5만명 가량으로 집계되는데, 이들이 직장인 자녀의 피부양자 자격을 얻으면 건강보험료를 내지 않아도 된다.
또한, 지역건강보험료 부과체계는 과세소득 500만원을 기준으로 부과기준과 산정방법이 다르게 설계되어 있다. 연간 소득 500만원이 넘는 가입자는 소득·재산·자동차를 기준으로 건강보험료를 부과한다. 연간 소득 500만원 이하의 가입자에 대해서는 신고 소득이 아니라 가족 수와 연령, 재산, 자동차를 평가요소로 한 추정 소득을 기준으로 보험료를 부과한다.
건강보험공단 자료에 의하면 연간 소득 500만 원 이하인 세대가 643만 7,910세대(80.8%)이며, 연간 소득 500만원 초과인 세대가 152만 8,779세대로 파악되고 있다. 이렇듯 전반적으로 산정절차가 복잡하여 가입자가 보험료 산정 방식에 대해 이해하기 용이하지 않으며, 민원이 많고 관리 비용도 높다고 지적되어 왔다.