셋째, 농업환경개선 및 보전사업은 행정구역에 따른 구분에 의존하여 사업을 진행하기 어려운 경우가 많으므로 공간 이질성을 고려해 자원별, 지역별 특성에 맞게 농업환경자원 정보를 공동 또는 개별정보로 나누어 관리할 필요가 있다. 예를 들어 물 환경 부문 자원정보의 경우 수계별로, 농업용수의 공유권별로 정보관리 정책을 효과적으로 실시할 수 있도록 농림축산식품부뿐만 아니라 환경부, 국토교통부 등 다른 부처 소관 법률에서도 부처간·법률간 긴밀한 연계 관계를 규정하는 조치를 동시에 검토할 필요가 있다. 이러한 방식으로 농업환경개선·관리·보전 관련 정보관리체계를 통합하여 정보 운용의 유연성, 활용의 다양성, 관리의 실효성을 높여야 한다.
넷째, 농업환경자원 정보의 예측 가능성, 정책 활용도를 높이기 위해 정보의 디지털화를 통한 통합관리체계를 구축해야 한다. 농업환경자원 정보를 디지털화하여 사전예방형 관리시스템을 구축하고, 이를 통해 예측 가능성 및 대응 시 신속성을 높여야 한다. 또한 정보의 디지털화를 통해 현재 농업환경자원 관리체계에 참여하고 있는 각 정부 부처뿐 아니라 지방자치단체, 지역 단위의 농업‧농촌 환경 개선, 관리, 보전프로그램 참여 주체들이 공유할 수 있도록 해야 한다. 더 나아가 이 정보관리시스템이 농업·농촌 환경과 관련된 국가 및 지자체의 세부적인 정책 목표 계획 및 성과 평가에 활용될 수 있도록 정보활용 주체에 대한 교육체계를 구축해 정보의 접근성을 제고해야 한다.