그러나 1990년대 들어 금융자유화 및 금융개방화의 진전 등으로 그 동안 상호저축은행에 유리하게 작용하였던 영업 환경이 빠른 속도로 사라지게 되었다.
그리고 1997년 외환위기 이후 지방 중소기업의 부도 급증 등으로 경영상 어려움이 가중됨에 따라 많은 상호저축은행이 부실화되었다.
이에 금융당국은 상호저축은행 영업을 활성화하고 공신력을 제고하고자 2000년 6월과 2001년 3월에 상호신용금고법 시행령과 상호신용금고법을 개정하였다.
이에 따라 상호신용금고의 명칭이 상호저축은행으로 바뀌고 영업구역 제한 및 지점설치 기준이 완화되었으며 업무범위 및 동일인 여신한도 확대 등이 이루어졌다.
대신 영업구역별 최저자본금이 100% 증액되고 사외이사 및 감사위원회 제도가 도입되었으며 소수주주권 행사 요건이 완화되었다.
2006년 5월에는 상호저축은행법 시행령 개정을 통해 우량 상호저축은행의 동일인 여신에 대한 규제를 완화하는 등 상호저축은행의 경쟁력 강화를 위한 규제완화를 지속적으로 추진하였다.
한편 이러한 규제완화를 배경으로 일부 상호저축은행들이 외형확대와 함께 리스크가 높은 부동산PF 대출 등에 집중하였는데 글로벌 금융위기 이후 부동산시장이 침체되면서 부실해지기 시작하였다.
여기에 대주주와 경영진의 도덕 해이가 더해지면서 금융당국은 2011년 중 16개 상호저축은행에 대해 대규모 구조조정을 단행하였다.
설립 초기인 1972년말 350개에 달하였던 상호저축은행 수는 부실 저축은행의 정비 및 통· 폐합 유도, 신규 설립 억제 등으로 계속 감소하여 1980년말에는 192개로 줄어들었다.
그후 1982년 7월에서 1983년 11월까지 총 58개의 상호저축은행이 신설되기도 하였으나 1997년 외환위기 이후 다수 상호저축은행이 퇴출 또는 합병되면서 1997년말 231개에 달하던 상호저축은행 수가 2017년말에는 79개로 크게 감소하였다.