셋째, 흩어져 있는 원전 설비 기업의 효율적 운영을 위하여 조직을 재설계하자는 의견이 있으나 이는 전력산업 구조개편이 맞물려 있어 손쉬운 해결책을 내놓고 있지 못한 상황이다. 아울러 당분간 공공기관에서 원전 수출을 전담해야 하는 상황에서 성과 제고를 위한 경영 자율성 보장과 투자에 대한 도덕적 해이 방지라는 상충되는 목적을 조화시켜야 한다.
넷째, 법·제도적 문제이다. 원전 수출이 발주국가를 당사자로 계약을 할 경우, 사후 분쟁 발생 시 소송을 제기할 수 있는지의 여부와 국내 공공기관이 하도급 계약을 맺을 경우 계약의 재량을 어느 정도 부여할 것인가에 대한 문제가 있다.
다섯째, 국제적 규범 및 규제에 의한 수출 제약이 있다. 핵물질의 제3국에 대한 반출을 엄격히 금지하고 있는 국제 협약 등에 의하여 수출의 제한을 받을 수 있다.