분석 결과, 주민참여예산제도의 문제점을 정리하면 다음과 같다. 첫째, 일반주민이 지방예산에 대한 지식·정보를 얻고 지방예산과정에 참여할 수 있는 온라인 및 오프라인의 참여공간이 부족한 상황이다.
둘째, 주민참여예산제도에 참여하고 있는 주민이 지역주민 전체를 대표한다고 보기 어려운 실정이다. 또한, 지역주민은 예산 및 재정에 대한 전문지식이 부족하기 때문에 주민이 지방자치단체의 예산과정에 주도적으로 참여하여 의견을 개진하는 것이 쉽지 않다.
셋째, 주민참여예산제도가 기존의 주민자치조직과 연계되지 않아서 주민참여 활동의 효율성이 저하될 우려가 있다. 즉, 주민참여예산위원회의 예산편성 및 예산 모니터링 활동과 주민자치회의 지역문제 해소 활동이 연계되지 못하고 있는 실정이다.