현 정부는 2012년 현재 35.2%인 정부의 기초연구비중을 2017년까지 40%로 제고할 계획이다. 이 목표를 올해 발표될 ‘제3차 과학기술기본계획’과 ‘제3차기초연구진흥종합계획’에 명시하고, 정부 연구개발예산 배분‧조정 시 기초연구비중이 높은 사업을 우선적으로 고려할 계획이다.
이와 같이 기초연구비중 목표는 각 정부 과학기술정책의 핵심적인 달성과제가 되어왔다. 그러나 기초연구비중의 목표 제시를 통한 기초연구 진흥정책은 그 비중의 산정 및 목표 달성 측면에서 몇 가지 문제점을 갖고 있어, 기초연구의 실질적인 진흥을 저해하는 결과를 야기할 수도 있다.