그러나 8월 14일 농림축산식품부의 친환경 농장 전수검사결과 금지된 피프로닐 검출 1곳, 비펜트린 기준치 이상 검출 1곳을 적발하면서 국내산 계란도 살충제 오염에 안전하지 않음이 밝혀졌다. 전수조사결과 해당성분이 기준치 이상 검출되어 부적합 판정을 받은 농가는 총 52곳(피프로닐 8곳, 비펜트린 37곳, 플루페녹수론 5곳, 에톡사졸 1곳, 피리다벤 1곳)이었다. 이중 1973년부터 사용이 금지된 DDT(dichloro-diphenyl–trichloroethane)가 검출된 농장(2곳)도 있어 살충제 살포외 오염원에 대한 역학조사도 필요한 상황이다. 식약처는 유통단계에서비펜트린 기준치 위반 농가 2곳, 훈제란 가공업체를 적발하였는데, 생산단계뿐만 아니라 유통·제조가 공단계까지 예외가 아님이 사실인 것으로 나타났다.
부적합 판정을 받은 농가 52곳 중 친환경 인증 농가는 31곳(59.6%)으로 일반 농가 21곳(40.4%)보다 높아 친환경 인증 농가 중 무항생제 인증농가의 살충제 사용문제가 심각한 것으로 나타났다. 살충제 성분이 기준치 이하로 검출되었지만 살충제를 사용한 무항생제 인증 농가 37곳의 친환경 인증이 취소되어 민간인증기관의 부실 인증에 대한 문제도 제기되고 있다.