재난발생 시 국가재난대응의 핵심기관은 중앙재난안전대책본부(이하 ‘중대본’)와 중앙사고수습본부(이하 ‘중수본’)이다. 정부는 신종 코로나바이러스 감염에 대응하기 위하여 2020년 1월 27일 감염병 위기단계를 ‘주의’에서 ‘경계’수준으로 상향하고, 보건복지부에 중수본(본부장: 보건복지부장관)을 설치·운영하고 있다. 또한 질병관리본부의 중앙방역대책본부(본부장: 질병관리본부장)를 확대 운영하고 있다. 질병관리본부를 핵심으로 한 중수본이 신종 코로나바이러스 방역업무의 주관기관이라 할 수 있다.
이는 정부가 2015년 메르스 사태 당시보다 신속하고 적극적인 감염병 재난대응을 실시하고 있음을 보여주고 있다. 보건복지부의 『감염병 위기관리 표준매뉴얼』상의 중수본 운영기준은 ‘심각’단계이지만 이보다 한 단계 앞선 ‘경계’수준에서 바로 장관을 본부장으로 하는 중수본을 운영한 것이다.