또한 하천수를 사용하려는 자는 「하천법」 제33조제1항에 따라 토지·하천시설의 점용, 공작물의 신축 등에 대해 하천관리청의 허가를 받아야 한다. 이때 하천관리청은 하천의 구조·시설 기준의 적합 여부, 하천수 사용 및 공작물 설치가 하천시설에 미치는 영향 등을 고려하여 하천점용을 허가한다.
즉, 「하천법」상의 하천수 사용허가 제도는 하천유수(河川流水)와 더불어 토지·시설 등의 점용허가를 통해 ‘허가수리권’을 설정하는 것을 의미한다. 허가수리권에는 하천수 이외에도 공유수면의 점용·사용허가(「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제8조), 소하천유수의 점용허가(「소하천정비법」 제14조), 지하수의 개발·이용허가(「지하수법」 제7조) 등이 있다.
시·도지사는 「하천법」 제50조제5항에 따라 하천수 사용자에게 사용료를 징수한다. 하천수 사용료는 같은 법 시행령 제57조제1항 및 제2항에 따라 1일 하천수 ‘허가수량’에 부과기간과 용도별 단가를 곱하여 산정하는 것이 원칙이나, 계측시설을 갖춘 사용자가 신청하는 경우 ‘실제 하천수 사용량’에 용도별 단가를 곱하여 산정한다.