그런데 법 제24조의2 제2항 각 호에 규정된 사업에 대해서는 대기업의 참여를 제한하지 않는다. 즉, 대기업이 구축한 소프트웨어사업의 유지 및 보수에 관한 사업, 사업자를 선정하지 못하여 다시 발주하는 사업, 국방·외교·치안·전력, 그 밖에 국가안보 등과 관련된 사업으로서 대기업의 참여가 불가피하다고 미래부장관이 인정하여 고시하는 사업 등은 그 금액에 관계없이 대기업의 참여를 제한할 수 없다.
한편 특수한 공적 서비스를 제공하기 위해 설립된 공기업에 대해서도 사업 참여를 제한하는 것은 타당하지 않다는 지적이 제기되어 2013년 12월 법률 개정 시 제24조의2 제2항에 단서조항을 신설하였다. 공공기관에 해당하는 대기업 중 미래부장관이 고시하는 공공기관 및 해당 사업범위에 대하여는 참여제한 요청을 하지 않을 수 있도록 한 것이다.