부가가치세 간이과세제도는 영세사업자의 과세 편의를 위하여 실제 매입세액이 아닌 업종별로 정해진 부가가치율을 적용하고, 부가가치세 신고·납부 등의 특례를 인정하는 제도이다. 2016년 기준 간이과세 신고인원은 165만 2,359명으로, 전체 부가가치세 신고인원(608만 5,025명)의 27.2%이며, 간이사업자 중 공급대가 2,400만원 미만의 납부의무 면제자 수는 간이사업자의 73.1%(120만 8,448명)에 달한다.
간이과세제도의 적용기준(과세표준 4,800만원 미만)은 2000년부터 현재까지 동일하게 유지되어 사실상 물가상승에 따라 간이과세 적용 기준금액이 인하되었고, 이로 인하여 부가가치세 신고 중 간이과세 신고가 차지하는 비중은 점차 감소하는 추세이다(’11년32.9%→’16년 27.2%). 이에 영세사업자의 조세부담 완화를 위하여 제도의 확대가 필요하다는 주장이 있으나, 간이과세제도는 무자료 거래관행을 조장하여 과세표준 양성화를 저해하고, 매출 축소 등을 통한 탈세 유인을 제공하므로 제도의 폐지 또는 축소가 필요하다는 상반된 주장이 대립한다.
세금 탈루 문제 등에 대한 근본적 해소를 위해서는 중·장기적으로 간이과세제도의 단계적 축소를 검토할 필요가 있으나, 영세사업자에 대한 지원 필요성 등을 고려할 때, 단기적으로는 제도를 유지하되, 세금 탈루의 부작용을 최소화하는 방안을 모색할 필요가 있다. 납세 편의 제공의 측면에서는 현행의 혜택을 유지할 필요가 있다고 보이며, 실질 부가가치율을 반영하여 업종별 부가가치율을 조정함으로써 탈세 유인을 줄여나갈 필요가 있다. 간이과세 적용기준 금액 상향에 대해서는 세수 감소 등 발생가능한 영향 등을 종합적으로 고려한 논의가 필요할 것으로 보인다.