두 번째 운영상 쟁점은 지역문화재단의 재정 자율성과 관련된 것이다. 2019년 현재 주요 광역문화재단 예산 구성의 비율 평균을 살펴보면, 지방자치단체 보조가 48.5%, 국고지원금이 37.4%, 자체자금은 전체의 5.5%, 기타가 5.1%이다. 기초지역문화재단의 비율 평균은, 지방자치단체 보조가 70.4%, 국고지원금이 8.7%, 자체 자금은 17.3%, 기타가 5.4%이다. 광역문화재단의 경우 자체 자금 비율이 지나치게 낮으며 기초지역문화재단의 경우 지방자치단체 보조가 지나치게 높다고 볼 수 있다. 재원 대부분이 목적과 범위가 이미 정해져 있는 정책사업을 위한 것이며 따라서 재단이 지역의 상황에 맞게 재량껏 사용할 수 있는 예산은 부족하다.