이처럼 상시근로자 수나 자본금(매출액) 중 하나만 충족하면 중소기업으로 분류하는 택일주의는 2001년부터 도입되었는데, 이에 대한 비판이 지속적으로 제기되어 왔다. 기업이 성장함에 따라 자연스럽게 중소기업의 지위를 벗어나야 하는데, 인위적인 방식으로 계속 중소기업의 지위를 유지하는 것이 가능하다는 비판이다.
제조업의 경우를 예로 들면, 기업이 성장하여 고용자 수와 매출액이 아무리 증가하더라도 자본금을 80억 원 이하로 유지하면 중소기업으로 남아 있을 수 있다. 더 문제가 심각한 것은, 필요에 의해 자본금은 늘렸으나 중소기업 지위 유지를 위해 추가 고용을 회피하거나, 정규직이 아닌 비정규직을 채용하는 경우이다.
또 다른 문제점으로 제조업ㆍ광업ㆍ건설업ㆍ운수업 등의 경우에는 매출액이 아닌 자본금을 기준으로 삼은 것이 지적되어 왔다. 단순한 자본거래를 통해 증감되는 자본금으로는 기업의 성장 정도를 판단하기 곤란하기 때문에 이를 중소기업의 판단 지표로 사용하는 것은 문제가 있다.