넷째, 직불제 시행에 따라 기존 수산업 및 어촌 관련 예산의 개편이 불가피할 것으로 예상되는 바, 이에 대한 심도 있는 검토가 요구된다. 해양수산부의 직불금전환계획(안)에 따르면 경영이양직불제와 친환경수산물직불제 중 유기식품 생산비에 대한 직불금은 신규 도입되는 것이고, 수산자원보호직불제 등은 기존 보조 형식 사업에서 직불제로 전환할 계획인데, 제도 시행 전에 재정부담 규모에 대한 검토가 필요하다. 기존의 조건불리직불제 등 관련 보조사업 예산 230억 원 외에 예산을 추가로 확보할 필요가 있다.
다섯째, 수산업과 어촌의 공익적 기능에 대한 정량적 가치 평가가 추진되어야 한다. 류정곤 등(2019)은 수산업과 어촌이 가진 해난구조, 국경해역 감시, 문화보존 및 교육 등의 기능에 대한 가치를 약 8,890억 원으로 평가하고 있으나, 추후 다양한 공익기능별 가치 평가를 통하여 단계적으로 직불제를 확대하고 예산 확보 및 정책 시행의 당위성을 확보할 필요가 있다.