다음으로 1990년 10월 1일 제정된 「남북협력기금법」은 「남북교류협력법」에 따른 남북 간의 상호교류와 협력을 지원하기 위하여 남북협력기금을 설치하고 기금의 운용과 관리에 필요한 사항을 정함을 목적으로 한다. 남북협력기금은 남북한 주민의 왕래, 문화·학술·체육 분야 협력, 교역 및 경제 분야 협력사업의 촉진, 경영 외적인 사유로 인해 발생하는 손실 보상 보험, 대금결제의 편의 제공이나 금융기관에 대한 자금지원 및 손실 보상, 비지정통화(非指定通化)의 인수, 그 밖의 협력사업 지원, 차입금 및 「공공자금관리기금법」에 따른 예수금의 원리금 상환, 기금조성·운영 및 관리를 위한 경비 지출 등에 사용할 수 있다.