라)과학기술진흥기금의 출자지원
과기부는 과학재단이 관리하는 과학기술진흥기금을 통해 1998년부터 2001년까지 4년간 매년 150억원씩 총 600억원을 출자하여 MOST 1-4호 펀드의 결성을 지원하였으며 그리고 2002년에는 450억원을 출자하여 MOST5-8호 펀드의 결성을 지원하여 1998-2002년 기간에 총 8개의 MOST펀드를 2, 383억원 규모로 결성하였다(MOST펀드의 정식명칭은 신기술벤처 투자조합). 이 중 1998년에 결성되어 2004년에 만기가 돌아온 MOST 1호 펀드는 수익률 266.4%를 기록하여 출자지원 150억원의 전액회수와 동시에 243억원의 추가 수익을 올렸으나 2005년도 9월의 국정감사에서 MOST 3-8호 펀드의 낮은 기대 수익률이 비판받은 바 있다. 이렇듯 벤처거품 붕괴이후 출자지원 사업이 낮은 수익성 및 관리미숙 등으로 비판받음에 따라 2003년 이후 신규 출자지원이 중단되고 있다.