수자원 조사주체의 경우, 선진국은 국가별로 수자원 여건 및 관리 특성이 반영된 조사 체계를 구축·운영하고 있으며, 또한 전담조직을 구성하여 조사업무를 수행함으로써 수자원 자료의 일관성을 유지하고, 품질관리를 통해 정확성을 유지하고 있다. 그러나 우리나라는 조사목적에 따라 조사를 수행하는 기관이 다양하여 일관된 표준화 기준 및 방법 적용에 한계가 있고, 조사기술 수준 및 자료 품질 편차가 심하여 기관간의 자료 활용에 어려움이 있다.
또한 수자원 조사는 하천을 포함한 유역·인문·사회 등 수자원과 관련된 포괄적인 분야를 대상으로 하고 있어 하천관리를 주요 목적으로 하는 「하천법」의 취지 및 체계와 불일치되는 부분이 있다. 특히 「하천법」은 수자원 조사 계획 등에 따른 협의·조정 절차 등을 규정하고 있지 않아, 조사대상에 따른 조사주체 사이의 갈등이 발생할 때 정책수립과 추진 시 문제점을 야기할 수 있다.