(1) 전환비용
청와대와 국방부는 이번 합의에 따른 어떠한 추가적인 경제적 부담도 없다고 단언하고 있다. 김성환 청와대 외교안보수석은 미국 측에서 방위비 분담금 추가부담 요구는 없었으며, 2013년까지는 추가부담이 없다고 밝혔다. 아울러 아프간 파병도 지방재건팀(PRT, Provincial Reconstruction Team)을 보내기로 하는 등 전작권 연기와는 상관이 없이 진행되는 것이라고 밝혔다.
정부의 이러한 발표에도 불구하고 일각에서는 2014년 말로 예상됐던 용산기지 평택이전 작업이 지연되면서 공사비 등이 늘어날 가능성이 있다고 분석하고 있다. 또한 국방부가 수년째 진행 중인 주한미군 기지이전 협상과 관련하여 협상 중이라는 이유로 아직 구체적인 이전 일정이나 한미 양측 비용부담 규모를 공식적으로 설명하지 않고 있어 의혹을 부풀리고 있다는 지적도 있다. 특히 전작권 단독행사에 필요한 고가의 첨단전력을 확보하는데 국방비가 3년간 점차 증액될 것으로 보인다는 관측도 나오고 있다.