현행 형사조정제도의 문제점은, 형사조정의 대상 범죄 범위와 한계 설정이 어렵다는 점, 형사조정 과정에 법률적 전문지식이 전제가 됨에도 법률전문가 참여가 필수적 요소로 되어 있지 않은 점, 형사조정절차에서 나온 피의자 진술 등이 불리하게 작용되지 않도록 해야 함에도 이에 관한 규정이 마련되어 있지 않은 점, 형사조정 효과에 대한 명확한 언급이 없어 실효성에 의문이 제기된다는 점, 현행 ｢범죄피해자 보호법｣은 법률체계상 형사조정제도를 담기에 적합하지 않고, 핵심 절차와 내용이 빠져 있다는 점 등을 들 수 있다.
이에 대한 개선방안으로는 우선 형사조정제도의 대상 범죄 범위를 해석에 맡기기보다 법률에 명확히 규정하도록 하며, 최근 문제가 되고 있는 청소년 범죄에 형사조정제도를 활용할 수 있도록 소년사범 사건도 포함시키는 방안, 형사조정위원의 전문성 확보를 위하여 법률전문가 참여 및 사건 특성에 맞는 전문가참석을 필수화하는 방안을 들 수 있다. 또한 형사조정절차의 수사 기능화 금지규정을 마련하고, 형사조정 결과의 효력을 법률에 규정하며, 형사조정제도에 관한 법률 체계를 제고하여 ｢범죄피해자 보호법｣개정, 나아가 ‘형사조정법’을 마련하도록 하는 방안을 고려해 볼 수 있다.
최근 고소‧고발 사건의 증가에 대응하는 중요한 분쟁해결 방안의 하나로 형사조정제도가 사회적 관심을 받고 있는 만큼 사회 각계의 전문가, 관계 기관 및 국민들의 의견 등을 함께 수렴하고, 제도적‧입법적 미비사항을 보완할 때 형사조정제도가 형사사법절차의 일부로 자리매김하고, 더욱 활성화 될 수 있을 것이다.