최근 관세청이 실시한 수출기업에 대한 모의원산지검증 결과를 보면, 평균적으로 3개 기업 중 1개 기업은 원산지 관리를 제대로 하지 못하는 것으로 나타났다. 따라서 정부는 중소기업을 대상으로 ‘표준 원산지관리스템’을 도입하고, ‘원산지 사전 검증 서비스’의 홍보와 함께 기업 내 FTA 전문인력의 양성을 지원할 필요가 있다.
한편, 다수의 FTA를 체결하면 특정산업이나 기업 등에 피해보상 지원이 중복될 가능성이 있다. 한-미 FTA 및 한-칠레 FTA의 경우, 피해보상 대상인 과수의 종류가 중복되지는 않는다.
그러나 동일 농가에 대한 동일 상품의 지원기간이 한정되지 않는다면, 생산성이 낮아서 폐업을 하는 것이 나은 상황임에도 불구하고 폐업을 하지 않고 해당 작물을 계속 재배할 경우 FTA의 손실보전을 계속 받게 된다. 따라서 피해보상 지원의 수혜 이력을 체계적이고 효율적으로 관리하는 것이 필요하다.