중학교 입학자격에는 초등학교 졸업자를 포함하지만 공민학교 졸업자는 포함하지 않고 있다. 즉 초등학교를 졸업하면 중학교나 중학교급에 해당하는 고등공민학교에 입학할 수 있다. 그러나 공민학교를 졸업한 경우에는 고등공민학교에는 입학할 수 있으나 중학교에는 무조건 입학할 수 있는 것이 아니다. 물론 법령에 따라 지정된 공민학교의 졸업자는 중학교 입학이 가능하나 기본적으로는 해당 학력이 인정되지 않고 있다. 고등학교 입학의 경우에도 마찬가지다.
초등학교 졸업 → 고등공민학교 입학(O)
공민학교 졸업 → 고등공민학교 입학(O)
공민학교 졸업 → 중학교 입학(X)
이렇게 차별을 하는 이유는 공민학교의 학년이 1년 이상 3년 이내로 되어 있고, 그 수업일수도 170일 이상으로 되어 있기 때문에 정규학교와 동일한 교육과정을 이수한 것으로 보지 않는다. 3년을 일반학교의 교육과정과 똑같이 운영했다고 하더라도 원칙적으로는 학력이 인정되지 않는다. 물론 이러한 방계학제가 많지 않고 점차 사라지고 있어 큰 문제가 되지는 않지만 이러한 접근방식이 대안교육시설과 같은 경우에 적용되어 실질적인 학력을 인정하지 않는 것으로 이어지기 때문에 문제삼지 않을 수 없는 것이다. 물론 ‘최소 수업일수’는 정규학교와 다르지만 ‘170일 이상’으로 되어 있기 때문에 실제 정규학교와 같이 190일 이상을 할 수도 있는데 정규학교가 아니라는 이유만으로 동등한 학력을 인정하지 않는 것은 문제가 아닐 수 없다.