(2) 공익사업선정위원회
비영리민간단체지원법은 개별적인 지원사업 및 지원금액을 행정안전부장관 또는 시·도지사 소속의 '공익사업선정위원회'가 결정하도록 규정하고 있다(제7조2항). 그런데 이러한 공익사업선정위원회의 구성과 지원 절차는 다음과 같은 문제를 안고 있다.
① 위원회 구성
공익사업선정위원회는 10인 이상 15인 이내의 위원으로 구성되며, 국회의장 또는 당해 시·도의회의장이 추천하는 자 3인과 등록된 비영리민간단체가 추천하는 자 중에서 행정안전부장관 또는 시·도지사가 위촉하는 자가 된다(시행령제6조).
위원의 자격으로는 비영리민간단체에서 그 임·직원으로 5년 이상 활동하고 있는 자, 대학이나 공공연구기관의 비영리민간단체 관련분야에서 부교수 이상 또는 이에 상당한 직의 경력을 가지고 있는 자, 3급(시·도의 경우에는 4급) 이상 공무원 또는 고위공무원단에 속하는 일반직공무원으로서 민간협력업무에 관한 실무경험이 있는 자, 비영리민간단체에서의 활동경력을 가지고 있는 판사·검사·변호사 또는 공인회계사가 해당된다.
이 중에서 '비영리민간단체에서의 활동경력을 가지고 있는 판사·검사'의 경우는 실제로는 추천이나 선정의 가능성이 매우 낮은 규정이라 판단되며, ' 비영리민간단체의 임·직원으로 5년 이상 활동하고 있는 자'의 경우는 추천 시민단체가 자기 단체 소속 인사를 추천할 수 있다는 문제점이 있다.
현재의 위원 선정 방식은 예산집행 부서인 행정안전부 장관이나 시·도지사가 단독으로 위촉권한을 가짐에 따라 외부감시가 전혀 없고 단체간 알력도 발생할 수 있는 한계가 있으며, 국회나 지방의회, 행정안전부장관과 시·도지사의 영향을 받을 가능성이 크다.
또한 위원 15인 중 12인이 시민단체에서 추진하는 현재의 위원 구성은 시민단체 추천위원수가 지나치게 많다는 문제점이 있다. 실제로, 시민단체들은 자기 단체 소속 인사가 선정위원이 되면 유리하기 때문에 소속 구성원을 추천하기 위한 경쟁이 치열하다. 비록 행정안전부는 소속단체에 대한 심사를 못하게 하는 심사기피제도를 운영하고 있지만, 공정한 심사가 제대로 이루어지지 않는 것으로 나타났다. 2004년 이후 사업지원현황과 심사위원 명단을 대조해 보면, 공직자나 교수 등 일부를 제외한 심사위원들이 소속된 단체가 선정된 사업의 개수나 금액면에서 다른 단체 사업보다 월등히 많은 것으로 나타났다(2007년도 박기춘의원 국정감사 질의자료).