농업환경보전이 농업의 공익적 가치 증대에 중요한 영향을 미치기 때문에 정부가 실시하는 농업환경보전프로그램을 공익직불제의 한 부분으로 인식하는 시각이 있으나 공익직불제와 농업환경보전프로그램은 서로 다른 상호보완적 수단으로 이해해야 한다. 공익직불제는 농민의 소득지지를 목적으로 하되, 대다수가 지켜야 하는 보전활동의 최소 수준을 상호준수의무 규정(Cross Compliance)으로 설정해 이행하도록 하는 제도가 되어야 한고, 농업환경보전프로그램은 환경오염 경감과 환경질 개선을 직접적인 목표로 삼아야 한다. 토양 양분 관리나 농약 사용 저감, 저탄소농법 실천, 수질 개선 등 각 활동의 이행에 따라 발생하는 비용과 소득 손실을 지원해주도록 설계되야 한다. 즉 농업환경보전프로그램은 단순히 농민에게 추가적인 지원을 한다는 논리로 접근해선 안된다. 그러므로 농업환경 진단과 개선점 도출, 이에 대한 주민의 이해, 보전 목표에 대한 중장기적 시각을 바탕으로 해당 지역 환경의 질 개선에 초점을 맞춰 진행될 필요가 있다.