다만, 2009년 7월 서울시에는 주택재개사업에서 ‘공공관리자 제도’를 발표하고 시범적으로 운영하고 있다. 이 제도는 정비구역 지정 시부터 구청장이 정비업체를 직접 선정, 정비사업을 추진하고 추진위 및 조합 설립 이후에는 추진위 및 조합이 설계자 및 시공사를 선정하되 선정과정을 「공공관리자」가 관리하는 한편, 공공관리 비용은 시공자 선정 단계까지 공공이 부담하도록 하는 방식이다. 이를 통해 공사비를 절감하고 기간을 단축할 뿐만 아니라 투명성을 확보하여 이해관계자 간의 갈등도 사전에 예방하겠다는 입장이다.