부실채무기업에 대한 조사는 부실 발생 이후 상당 기간이 경과한 뒤에 착수하는 데다 대상 기업의 분할·합병·매각등 사유로 관련 자료를 확보하거나 당시 업무 담당자를 직접 조사하는데 많은 어려움이 있었다. ‘금융부실책임조사본부’는 검찰·경찰·국세청·관세청 및 금융감독원 등 유관기관의 전문 조사인력 지원 및 정보 공유 등 유기적인 협조를 통해 부실관련자에 대한 철저한 책임추궁을 위해 최선의 노력을 다하여 왔다.
조사과정에서 드러난 주요 부실책임 유형으로는 분식회계를 이용한 부당대출, 회사채 발행 및 부당이익배당, 부실계열사에 대한 부당자금지원, 대주주 부당지원, 임·직원의 회사자금 및 부동산 횡령 등이 있다.