법무부의 1차 난민심사 단계는 난민심사에서 가장 중요한 단계인 만큼 다양한 문제점이 지적되었다. 해결이 가장 어려운 부분은 난민사유 중 ‘특정 사회집단의 구성원인 신분’의 해석문제였다. 이는 특히 ‘전쟁이 난민사유인지’와 관련하여 큰 견해대립이 있었다. 다음으로는 심사인력 및 통역인력의 부족 문제가 제기되었다. 인터뷰에 응한 거의 모든 사람이 공통적으로 언급한 문제점은 출신국 정보 조사조직의 부재였다. 그 외에 출입국·외국인청 내 보안 문제, 난민심사인력의 정신건강 문제도 확인할 수 있었다.
난민위원회의 2차 난민심사(이의신청) 단계는 충실한 심사가 제대로 이루어지기 어려울 정도의 과다한 업무량이 가장 큰 문제로 지적되었다. 88%에 달하는 이의신청률로 인해 난민위원회 위원은 1달 평균 150~160건 이상의 심사를 부담해야 하는 상황이었다. 이에 난민위원회 위원은 부득이하게 법무부의 요약자료에 의존하고 이는 난민위원회의 독립성 미흡이라는 지적으로 이어졌다. 그 외에도 청문절차의 비효율성, 높은 정부위원 비중 문제도 지적되었다.
법원의 소송단계에서는 이전의 심사단계에서 지적된 것과 유사한 문제가 반복적으로 지적되었다. 즉, 체류기간 연장을 위한 고의적인 절차지연, 출신국 정보 조사조직의 부재, 통역문제가 언급되었다.