다만, 당사자의 신뢰를 보호하기 위해 확정적으로 지급을 마친 기성대가는 계약금액 조정 대상에서 제외되는 것은 합의된 명제인데, 발주기관이 각 연차별 계약에 따른 준공대금을 지급한 후 전체공사가 완료된 시점에서 각 연차별 계약 간 공백기간에 발생하는 간접공사비를 일시에 청구한다는 것은 제한된 예산을 운용하는 발주기관에게 지나친 부담을 지우는 것이다. 막대한 비용의 간접공사비를 다시 한꺼번에 정산한다는 것은 예산운영 상 큰 부담이 아닐 수 없다.
하지만 계약상대자가 발주기관인 국가와 지자체를 상대로 항상 대등한 입장에서 협상할 수 있는 것은 아니어서 공기연장에 따른 추가비용이 발생하여도 제대로 간접공사비를 청구하기 어려운 현실을 외면해서도 안 될 것이다. 발주기관이 예산상의 문제로 공사기간을 충분히 연장하지 않고 연차별 계약의 차수만 늘리거나 지체상금을 부과할 수도 있는 것이 사실이기 때문이다.