둘째, 특례제한규정은 특례 관리에 있어 체계정당성의 원리를 구체화한 것이다. 체계정당성의 원리는 법치주의의 원리에서 도출된 것으로 “규범 상호간의 구조와 내용 등이 모순됨이 없이 체계와 균형을 유지하도록 입법자를 기속하는 헌법적 원리”라고 볼 수 있다. 일례로 예산단일 및 예산통일의 원칙에도 불구하고 개별법 입법을 통해 특별회계와 기금이 계속 늘어나게 된다면 이는 체계정당성에 위배된다고 볼 수 있다. 물론 체계정당성을 위반한 법률이 구체적으로 과잉금지의 원칙 등 헌법원칙에 위반되는 경우에 비로소 위헌법률이 된다고 볼 수 있지만, 국회가 입법을 할 때 체계정당성의 원리에 따르는 것이 좋다는 점은 분명해 보인다(김백유, 2016: 1559).