자기조직적 거버넌스에서 문제해결을 위한 방법론은 다음과 같다. 우선 자기조직적 거버넌스에서 문제의 인식과 해법의 모색은 설계된 구조에 의해 주어짐과 동시에 관련 행위자들에 의해 지속적으로 재구성되며, 행위자 중심의 자원 투입은 투입과성과 사이의 비선형성을 야기한다. 또한 이와 관련한 책임성은 설계된 구조에 의해 처방된 개별적 법적･행정적 책임과 거버넌스의 성패와 관련된 공동책임을 포함하는 복합적인 책임이다. 자기조직적 거버넌스의 문제해결 방식은 창발적 구조에서는 공동체의 적응이라는 특성이 있고, 설계된 구조의 측면에서는 목적지향적인 이중적 성격을 지닌다.