셋째, 과다한 부담금 수준으로 인한 물 관리 정책의 왜곡이다. 현재 취수에 따른 부담금의 형태인 댐 원수요금은 다목적댐 건설 등 하천의 수량을 확보하고 취수를 가능케 하기 위해 소요된 엄청난 비용에도 불구하고 m3당 48원인데 비해 부담금은 특정 시설 투자나 많은 원가부담이 필요하지 않음에도 불구하고 댐원수 요금의 3배 이상(150～170원)을 징수하는 등 수요자의 입장에서는 ‘물이용부담금’을 일종의 물값으로 인식함에 따라 반대급부로 물값 징수권이나 지역수리권 인정 등을 요구하면서 국가 물 관리 전반에 많은 갈등과 문제점을 초래하고 있다.