그러나 1997년 외환위기를 계기로 자산운용업계는 큰 구조적 변화를 겪게 되었다.
먼저 그간의 경영부실로 인해 2개의 기존 투자신탁회사가 퇴출되고 신설 투자신탁운용회사 가운데에서도 5개 투자신탁운용회사가 인가취소되거나 정리되었다.
다른 한편으로는 증시 활황 등을 배경으로 1998~2004년중 11개 투자신탁회사가 새로이 설립되기도 하였다.
또한 회사형 증권투자신탁인 투자회사가 1998년 9월 ｢증권투자회사법｣ 제정을 통해 도입되었다.
도입 당시 기존의 투자신탁운용회사에 대해서는 재정경제부장관의 인가를 통해 회사형 증권투자신탁업무를 겸영할 수 있도록 하였다.
2003년 12월 ｢간접투자자산운용업법｣으로 통합되기 전까지 ｢증권투자회사법｣에 의해 설립· 운영되었던 자산운용회사는 13개에 이르렀다.
2003년 제도 개편은 당시 은행신탁계정의 불특정금전신탁이 투자신탁회사의 취급업무와 상충되고 있었던 데다 간접투자와 관련한 투자기구가 계약형 투자신탁(투자신탁회사)과 회사형 투자신탁(증권투자회사)으로 이원화되어 복잡해짐에 따라 간접투자와 관련한 금융기관체계를 합리적으로 조정해야 할 필요성이 제기된 데 따른 것이었다.