앞서 Ⅱ장에서 살펴본 바와 같이, 국내에서 실시된 개인적 수준에서의 심리부검 실증연구들 가운데 대다수는 보건복지부에서 개발한 정신의학적 모델 기반의 조사 도구를 활용하고 있으며, 사례 1건당 유가족 1명만을 정보제공자로 포함시킨 것으로 나타났다. 또한 국내 심리부검 연구 중 절반은 사망사건 발생 후 면담시점에 대해 언급하지 않았으며, 대다수의 연구들은 심리부검 면담 조사원의 자격을 위한 교육훈련에 대한 정보를 제공하지 않았다. 물론 보건복지부를 중심으로 한 심리부검사업에 서는 체계적으로 개발된 프로토콜을 바탕으로 조사도구 및 면담자 교육 등이 철저히 수행하고 있으나(중앙심리부검센터, 2015), 여건이 상대적으로 열악한 개인적 연구 에서는 이러한 절차적 측면들이 간과되기 쉽다.
따라서 주로 개인적 수준에서 실시되는 심리부검 연구들은 심리부검 사례 발굴 및 정보수집, 면담시기, 면담자 등에 있어 심리부검 절차상의 합리적 기준을 명확하게 제시하지 않거나 이를 간과하기 쉬운 한계가 우려되는 바, 연구방법론상 신뢰성과 타당성의 결여에 대한 논쟁이 제기될 수 있다.