우리나라 농업 생산활동으로 인한 환경문제는 양분수지, 농약, 비료 사용량 등 관련 지표들의 감소로 소폭 개선되고 있으나 자연환경과 농업구조의 특성상 OECD 국가들에 비해 여전히 높은 상황이다. 또한 앞서 살펴본 바와 같이 농업의 지속가능성과 공익적 가치 증진을 위한 농업환경정책 도입과 설계에 필요한 농업환경자원정보가 분산되어 정책적 관리 및 활용도가 낮은 구조이다. 그러므로 탄소중립을 목표로 하는 EU 사례와 같이 향후 30년 기간 동안 거시적인 농업정책 전환을 평가할 수 있는 분석 모델을 개발하여 근거 중심의 정책(evidence based policy)을 수립하여야 한다. 또한 이들 사업을 추진하는 민관 거버넌스 활동을 지원하기 위한 법률적 근거를 마련하여 농업환경정책을 중심으로 공익형 농업으로의 전환을 도모할 필요가 있다. 공익직불제의 기본형 이행조건에는 농업 생산활동으로 인한 환경오염을 최소화하는 농업환경개선 및 관리 요건을 중심으로 사업을 추진하고, 선택형 이행조건으로 농업환경문제, 지역의 자연·사회·문화적 특성에 맞는 농업환경보전프로그램을 시행하여 농촌지역의 삶의 질과 농업의 발전이 공존할 수 있도록 기반을 조성하여야 할 것이다. 농업환경보전프로그램은 농업환경문제의 심각도, 자연사회문화유산의 훼손도 및 보전성, 자연환경 보전지역, 수계 권역 인근 등 우선순위를 정하여 전면 확대하고, 각 지역별 특성에 따라 공동체 활동에는 유연성을 두어 현장성을 반영하는 체계로 나아가야 한다. 특히 철저한 문제 분석과 자원 분석을 통해 활동목표와 성과목표를 분명히 하여야 한다. 농촌의 환경정책 운용 및 관련 정보관리체계를 통합하되, 농림축산식품부, 환경부, 국토교통부가 협업하여 역할을 명확히 분담할 필요가 있다.
농업환경개선과 보전에 필요한 지역별 정보들을 농업 생산성 향상이나 작물 재배 환경 개선을 기초로 하되 더 나아가 농촌지역의 환경보전이 우선되도록 제도를 설계하고 빅데이터 플랫폼 운영, 농촌환경자원정보의 디지털화를 통해 체계화하여야 한다. 향후에는 농업환경변화와 농촌의 지속가능한 발전을 위한 전망과 목표에 관한 연구가 필수적이므로 이에 대한 지원도 강화하여야 한다.