기본형 공익직불금 이행준수사항을 살펴보면 농업환경자원관리 활동이 포함되어 있다. 2021년 농가 단위로 지급되는 소농직불금 대상은 45.1만 호, 농업인(법인 포함) 단위로 지급되는 면적직불금은 67.2만 명으로 우리나라에서 시행되는 농업환경관리 관련 제도 중 가장 규모가 크다. 농지를 적정하게 유지 관리하지 못하거나 농약 안전 사용 기준을 지키지 않는 등 위반이 확인된 경우 각 준수사항별로 직불금을 10% 감액 적용한다. 그러나 농업의 공익적 기능을 제고하기 위한 목적에 맞는 지표 선정이나 농업환경자원 지표의 개선과 연계되지 않아 사업 규모에 비해 공익직불금 지급 여부를 판단하는 자료로만 활용되고 있는 한계가 있다.