주식매수선택권의 행사로 교부받은 주식을 처분하는 시점에서는 주식의 양도가격과 행사 시가와의 차액에 대하여 주식의 종류, 거래시장, 보유기간, 대주주 여부 등에 따라 양도소득세가 과세될 수 있다.
주식매수선택권 제도의 도입 초기에는 동제도가 본래의 의미에 따라 정착되고 활성화될 수 있도록 하기 위해 행사이익을 일정금액까지 비과세함으로써 주식매수선택권을 행사한 임직원을 실질적인 과세문제에서 제외시키도록 하는 특례가 있었다. 그러나 동 과세 특례는 시행 10년 후인 2006년 12월 기간이 충분히 경과하여 제도정착의 목적이 달성되었다는 점, 스톡옵션자체가 인센티브인 점 등을 감안할 때 계속적인 세제지원이 불필요하다는 이유 등으로 폐지되었다.
그리고 지난 8월 31일 우수인력의 벤처기업 근무 확대를 지원한다는 취지로 주식매수 선택권 행사이익에 대한 소득세 분할납부를 허용하는 ｢조세특례제한법｣ 개정이 있었다.
벤처기업에 근무하는 임원 또는 종업원이 2015년 말까지 해당 벤처기업으로부터 주식 매수선택권을 부여받아 행사하는 경우, 그 행사이익에 대해서는 3년간 분할하여 소득세를 납부할 수 있도록 하는 특례를 규정한 것이다.