은행에는 은행법에 의한 일반은행 뿐 아니라 외국은행 국내지점, 한국수출입은행을 제외한 특수은행이 해당된다. 투자매매 · 중개업자의 경우 증권을 대상으로 투자매매업 · 투자중 개업 인가를 받은 모든 투자매매 · 중개업자 및 증권금융회사, 보험회사는 재보험회사를 제외한 모든 보험회사가 각각 포함된다.
보호대상 금융상품은 금융회사가 취급하는 예금, 보험계약, 예탁금 등의 원금 및 이자이다.
양도성예금증서(CD), 환매조건부채권(RP), 금융투자상품(수익증권, 뮤추얼펀드, MMF등), 금융채 등은 보호대상에서 제외된다.
1996년 6월 출범 당시에는 예금보호 한도가 1인당 2천만원이었으나, 외환위기 발생 직후인 1997년 12월 5일 ｢예금자보호법｣, ｢신용관리기금법｣, ｢증권거래법｣, ｢보험업법｣ 등의 시행령을 개정하여 2000년말까지 한시적으로 부보금융회사가 파산하는 경우 이들 회사의 예금에 대해 원리금 전액을 보장하기로 하였다.
그 후 유동성 부족에 직면한 일부 금융회사들이 높은 금리로 무리하게 예금을 유치하는 등 부작용이 발생함에 따라 1998년 7월 예금자보호법 시행령을 개정하여 1998년 8월 이후 가입한 예금 등에 대해서는 원금이 2천만원 이내일 때에는 2천만원 한도내 원리금을, 원금이 2천만원을 초과할 때에는 원금만을 보장하도록 하였다.
2001년부터는 예금보험제도를 전액보호제도에서 부분보호제도로 환원하면서 금융시장에 미치는 충격을 최소화하기 위하여 보호한도를 종전의 2천만원에서 5천만원으로 상향조정하였다.
이에 따라 2001년 1월 1일 이후 부보금융회사의 보험사고가 발생하는 경우, 예금보험공사는 원금과 소정의 이자를 합하여 5천만원까지 보호한다.
보험회사의 경우 해약환급금(또는 만기시 보험금이나 사고보험금)에 기타 지급금을 합한 금액을 최고 5천만원까지 보호한다.
한편 예금보험공사는 2009년 6월 이후 ｢근로자퇴직급여 보장법｣에 따른 확정기여형 퇴직연금제도(DC; Defined Contribution) 또는 개인형 퇴직연금제도(IRP; Individual Retirement Pension) 적립금 중 예금보호 대상 금융상품(은행 예금, 금리연동형 · 이율보증형 보험상품 등)으로 운용되는 금전 등을 보호하고 있었다.
그러나 예금자가 보호대상 적립금 등이 예치된 부보금융회사에 다른 부보예금을 가지고 있는 경우에 보호대상 적립금 등과 기타 부보예금을 합산하여 5천만원의 예금보호한도가 적용되고 있어 퇴직연금제도 가입자의 수급권을 보다 두텁게 보호하기 위한 예금보호한도의 개선 필요성이 제기되었다.
이에 2015년 2월 ｢예금자보호법｣ 시행령 개정을 통하여 현재 보호 대상 적립금 등과 기타 부보예금에 대하여 각각 5천만원의 예금보호한도를 적용하고 있다.