판례에서는 매체 압수 이후 분석 및 파일 출력 과정도 압수수색 영장 집행의 일환에 포함된다는 취지로 “수사기관 사무실 등으로 옮긴 저장매체에서 범죄혐의와의 관련성에 대한 구분 없이 저장된 전자정보 중 임의로 문서출력 혹은 파일 복사를 하는 행위는 특별한 사정이 없는 한 영장주의 등 원칙에 반하는 위법한 집행이 된다. … 전체 과정을 통하여 피압수･수색 당사자나 변호인의 계속적인 참여권 보장, 피압수･수색 당사자가 배제된 상태의 저장매체에 대한 열람･복사 금지, 복사대상 전자정보 목록의 교부 등 압수수색 대상인 저장매체 내 전자정보의 왜곡이나 훼손과 오･남용 및 임의적인 복제나 복사 등을 막기 위한 적절한 조치가 이루어져야만 집행절차가 적법하게 된다”고 판시하여, 피압수자의 참여권이 보장되지 않을 경우 취득한 증거를 위법수집증거로 보아 증거능력을 부정한다는 입장이다.
한편, 대법원은 전원합의체 결정을 통해 형사소송법 제219조와 제121조에서는 피의자의 참여가 임의적이고, 또 제122조는 참여에 대한 사전통지를 규정하고 있는 것으로 볼 때, 이러한 당사자의 참여권 규정은 “피압수자측에 통지하여 참여할 수 있는 기회를 부여하면 족하고, 통지가 불가능하거나 피압수자 측이 참여를 포기하면 수사기관이 단독으로 진행하면 될 것이다.”라고 판시하였다.