(3) 법적 쟁점 및 패널 판정
EC-호르몬사건에서의 주요 법적 쟁점은 GATT 1994 제20조 제(b)항과 SPS협정과의 관계, EC의 여섯 가지 특정 호르몬이 투여된 쇠고기와 쇠고기제품의 수입을 금지한 조치가 SPS 협정 제3조 제3항에 의해 정당화되는가에 관한 여부, 그리고 EC의 여섯 가지 특정 호르몬이 투여된 쇠고기와 쇠고기제품의 수입을 금지한 조치가 SPS 협정 제5조 위험평가에 위반되는지 여부가 그것이다.
패널은 EC의 조치는 기존의 국제기준에 근거하지 않았으므로 제3조 제1항의 의무를 위반한 것이며, 이러한 EC의 조치는 제3조 제3항을 충족하지 못한다고 판시하였다. 또한 성장호르몬이 투여된 쇠고기가 인간의 건강에 영향을 미친다는 위험성에 대해 학술적 근거가 없음에도 불구하고 수입금지 조치를 취하였으므로 이 또한 제5조 제1항의 의무를 위반한 것이다. 이러한 결론에 근거하여 분쟁해결기구는 EC에게 분쟁대상으로 문제된 조치를 SPS 협정상의 의무에 합치하도록 수정할 것을 권고하였다(박덕영, 2004; 최정순, 2009).