그러나 이 사업은 직권지정 감척방식에 대한 위헌성 논란, 폐업지원금의 현실화 문제, 감척 후 사후관리제도의 미흡, 감척으로 인해 실직한 어업종사자에 대한 생활안정지원제도의 미흡, 잔존어업자의 비용 분담의 문제 등 여러 가지 문제점을 나타내고 있다.
따라서 이 보고서는 연근해어선 감척사업의 추진현황과 주요 쟁점사항을 검토하고 그 개선방향을 다음과 같이 제시한다.
첫째, 연근해어선 감척사업의 참여율을 제고하기 위해서는 현행 폐업보상금 지급한도의 상향조정을 고려해야 한다.
둘째, 연근해어선 감척사업의 효과를 유지하기 위해서는 감척 후 동종 어업으로의 재진입을 차단하고 잔존어업자들에 의한 대상 어업에서의 어획노력량 증가를 억제할 수 있도록 사후관리에 관한 규정을 마련하여야 한다. 즉 감척 후 동종 어업으로 재진입하는 경우 폐업지원금 등 감척보상금을 환수하고, 개별어획할당량(ITQ) 제도를 도입하여 잔존어업자의 어획노력량을 적절히 관리하는 것이 바람직하다.