이에 이 보고서에서는 국내외 지하수의 관리체계 및 이용 현황 등에 대한 조사·분석을 통하여, 지하수의 효율적인 개발·이용과 보전을 위한 입법 및 정책 개선방안을 다음과 같이 제시하였다.
첫째, 지하수의 효율적 관리를 위한 기초자료 마련을 위해 노력해야 한다. 이를 위해 지하수 기초자료를 위한 기본조사로서 지하수 기초조사, 지하수 이용실태조사 및 지하수시설 전수조사를 체계적으로 실시할 필요가 있다. 구체적으로는 예산부족으로 인해 사업실적이 미흡한 지하수 기초조사 및 보완조사를 조속히 실시하고, 지하수 이용실태조사 결과의 신뢰도를 확보하기 위하여 지자체 교육 및 자료의 보완절차를 수립하며, 지하수시설 전수조사의 정기적인 시행을 위한 법적근거의 마련을 고려할 필요가 있다. 더불어 수위관측을 위한 국가관측망과 수질측정을 위한 수질측정망을 통합·운영하고, 타 부처의 관련 관측·측정망과 연계하여 양질의 계측자료를 지속적으로 구축해야 한다.
둘째, 건전한 물순환 체계의 구축이 필요하다. 과거와 달라진 기후변화, 물이용 실태, 지자체 여건 등을 종합적으로 고려하여 지하수 개발·이용의 허가 및 신고 범위의 적절성을 검토하고, 지하수 개발 및 이용에 관한 인·허가 체계를 「지하수법」을 중심으로 개편하는 등 지하수 관리를 강화하는 방안이 필요해 보인다. 장기적으로는 대체수자원의 개발을 통해 용수원(用水源)을 다변화 하고, 지표수와 지하수를 연계하여 한정된 수자원을 효율적으로 사용하기 위한 최적수자원 이용계획의 수립을 고려할 수 있다.
셋째, 지하수 수질보호 정책의 실효성을 확보해야 한다. 전국 2개소에 불과한 지하수보전구역의 확대를 위해 지정목적에 따라 보전구역의 유형을 세분화하고, 유형별로 행위규제를 다르게 적용함으로써 과도한 규제를 완화할 필요가 있다. 또한 가축전염병으로 급증한 가축 매몰지의 관리를 강화하기 위하여 지하수 및 인근 이용시설 등을 고려한 매몰지 선정기준을 상세히 마련하고, 가축매몰 후보지를 사전준비하며, 가축매몰지의 생애주기 관리에 관한 통합지침을 마련하는 방안을 고려할 수 있다.
넷째, 지하수 불용공(不用孔)의 체계적인 관리가 필요하다. 원상복구하지 않은 불용공은 오염물질의 유입으로 지하수가 오염될 수 있으므로, 불용공의 발생을 사전에 예방하고 발생 시에는 신속히 처리해야 한다. 지하수 개발과정에서 발생하는 실패공은 지하수 공사의 준공검사를 강화하고, 지역주민과의 협업체계를 구축하여 예방·관리할 필요가 있다. 더불어 신고시설에서 많이 발생하는 노후공과 폐공은 지하수 신고의 유효기간을 설정하여 정기적으로 점검토록하고, 발견할 경우에는 이행보증금을 활용하여 조속히 처리하도록 한다.
마지막으로 지하수 관련 업무를 수행하기 위한 관리 재원을 마련할 필요가 있다. 지하수 관리업무에 소요되는 비용을 반영하여 지하수이용부담금 상한액을 조정하고, 부과·징수 대상도 점진적으로 조정할 필요가 있어 보인다. 한편으로는 적정 지하수이용부담금 산정을 위한 세부지침을 마련함으로써, 지하수 이용자의 과도한 부담을 방지하는 방안도 고려해야 한다. 또한 지하수 이용자가 납부한 부담금이 지하수 분야의 유지관리에 재투입되는 선순환 체계의 구축을 위하여, 지하수이용부담금을 부과·징수하는 시·군·구로 하여금 지하수관리특별회계를 의무적으로 설치하도록 하여 예산 운영의 투명성을 확보할 필요가 있다.