넷째, 전자정부진흥원 설립과 관련된 갈등이다. 행자부는 전자정부 주관기관으로서의 기능을 원활하게 수행하기 위하여 전문 지원기관으로서 「전자정부진흥원」 설립을 강력하게 추진하였다. 이에 대하여 정통부는 전자정부 전문 지원기능을 수행하고 있는 한국전산원이 있으므로 「전자정부진흥원」을 설립하는 것은 역할중복과 예산낭비라는 이유로 분명한 반대 입장을 취하였다.
다섯째, 정보자원관리기능에 관련한 갈등이다. 현행 정보화촉진기본법(제4조)은 정보자원 현황 조사·관리를 정보통신부가 수행하도록 규정하고 있다. 이에 대하여 행자부는 전자정부법 개정안(제2조 8호 및 제44조)에 행정정보자원관리 규정을 신설함으로써 기존의 정통부가 추진해오던 기능과 중복을 일으키고 있다. 특히 행자부가 정보자원의 개념과 관리대상을 행정정보, 정보시스템, 정보기술, 정보화예산, 정보화 인력 등 정보화활동 전반에 걸쳐 포괄적으로 규정함으로써 정통부는 물론 기획예산처와도 갈등의 소지를 보이고 있다.