1) 공동계정 신설 문제
예금보험제도 자체가 금융시스템 리스크를 안정적으로 관리하기 위한 제도이므로, 정부는 대주주가 있는 부실저축은행에 직접 공적자금을 투하하기보다는 예금보험기금의 공동계정 제도신설이 비상시 시스템 리스크를 차단함에 유효한 장치로 판단한 것으로 보인다.
그러나 이와 같은 처리방안 역시 문제는 있다. 기 적립된 타권역의 계정기금을 신설된 공동계정으로 이관시키는 문제는 각 업권별 금융이용자의 재산가치를 저해할 뿐만 아니라, 오히려 저축은행의 부실이 타 업권으로 바로 전이될 우려가 있기 때문이다.
기 보유액을 이전하지 않는다고 하더라도 공동계정기금이 적립되지 않은 상황에서 저축은행의 경영개선 자금에 공동계정기금을 앞당겨 사용하는 것도 다른 업권간의 형평성에 맞지 않는다. 그리고 업권간 상품의 리스크 차이가 큰 상태에서 예금보험료 중 일부가 공동계정으로 유입된다는 것은 그 자체로 시스템리스크에 노출된다는 맹점이 존재한다.