총액인건비제도의 경우, 행정의 생산성과 인건비 예산을 연계시킴으로써 공무원이 자신의 업무에 대해 강한 동기부여를 받도록 촉진하는 장점이 있다. 그렇지만 동 제도는 운용당사자들이 자신의 이해관계에 따라 인건비를 책정하는 부작용이 나타날 가능성을 안고 있다. 따라서 동 제도를 효과적으로 운용하기 위해서는 합리적인 유인체계의 구축이 요구된다. 이를 위해서는 각 부처의 책임성을 강화하는 장치를 마련해서 사후적 통제 기능을 보완할 필요가 있을 것이다.
지방재정분석제도의 경우, 지방자치단체의 재정을 더욱 건전하고 효율적으로 운영할 수 있도록 유도하는 사전적 지방재정 건전화 수단으로서 도입되었으며, 비교적 짧은 기간에 상당한 효과를 나타냈다는 평가를 받고 있다. 그렇다고 해도 이 제도를 좀더 효율적으로 운용하기 위해서는 지방자치단체의 특수한 사정을 반영하는 방안의 강구, 충분한 사전준비를 통한 지방자치단체 실사, 재정분석 결과에 대한 사후관리 시스템의 마련 등의 조치가 필요하다고 판단된다.