중앙분쟁조정위원회는 위원장 1명을 포함하는 11명 이내의 위원으로 구성되며, 대학에서 부교수 이상으로 3년 이상 재직 중이거나 재직한 자, 판사·검사 또는 변호사의 직에 6년 이상 재직 중이거나 재직한 자, 그 밖에 지방자치 사무에 관한 학식과 경험이 풍부한 자 중 행정안전부장관의 제청으로 대통령이 임명하는 위촉직 6인과 기획재정부 차관, 행정안전부 차관, 지식경제부 차관, 환경부 차관, 국토해양부 차관 등, 당연직 5인으로 구성된다. 위원장은 행정안전부장관의 제청으로 대통령이 위촉하며, 위원장 및 위원의 임기는 3년으로 연임이 가능하다. 한편, 보궐위원의 임기는 전임자의 잔여임기로 하며 간사는 위원장이 행정안전부 소속 공무원 중에서 임명한다. 소위원회 위원은 행정안전부 차관을 위원장으로 하여 안건과 관련된 분야의 위원 중에서 중앙분쟁조정위원회 위원장이 지명하며, 당연직 위원과 위촉직 위원을 동수로 구성한다.