우리나라 연구사업 기획체계의 두 번째 특징은 기획방법과 절차에 있어서 상향식과 하향식의 절충이다. 기획추진위원회는 1년 이내에 관련 전문가들의 네트워크의 역량을 집중적으로 발휘함으로써 기획 작업을 수행한다. 그리고 그 결과물로서 기술환경기획, 기술개발목표 및 방법의 기획, 연구조직 및 관리의 기획, 사업화 및 실용화 기획, 연구자원소요기획 등 기획목적에 맞는 기획 지침들을 상세하게 제시하고 경쟁 공모를 통해서 그러한 기획 목적에 부합하는 과제들을 선정하게 되는 것이다. 즉, 기본철학과 추진방향의 설정은 하향식으로, 각종 후보과제의 모집이나 기획기관의 공보는 상향식으로, 두 가지 방식의 장점만을 조합한 기획체계를 수립하였다.
덧붙여 최근의 연구개발 기획체계에 도입된 변화는 전문성과 다양성의 증가이다. 예를 들어, 21세기 프론티어연구개발사업의 경우 선도기술개발사업과는 달리 기획 단계와 과제선정 단계에서 연구개발 공급자뿐만 아니라 미래환경전문가와 민간경제연구소 등 연구개발사업의 수요자의 참여를 유도했다. 그것은 21세기 환경분석과 시장예측을 전문연구기관에 위탁한다든지 후보과제를 선출하는 설문조사에 다양한 전문가들을 참여하게 함으로써 가능했다. 이렇게 우리나라 국가연구개발사업의 기획체계는 연구목표의 달성에서 한걸음 더 나아가 예측불가능한 변화에 대처하고 위험을 최소화할 수 있는 연구수행이 가능하도록 변화를 모색하고 있다.