셋째, 보험자와 서비스 제공자가 한 기관에 속해있는 수직적 통합을 이루고 있는 동시에 지리적으로는 탈중앙화돼 있다는 점이다. MINSA는 지방정부 산하 보건국(DIRESA)에 예산을 편성, 지급하여 지역의 SIS가입자들이 굳이 수도로 올라오지 않고도 지방 의료기관을 이용할 수 있게 노력하고 있다. 이는 광범위한 빈곤지역 가입자들의 의료접근성을 높이려는 것으로 이해된다.
넷째, 각 보험자별로 의료서비스 제공자에 대한 지불방식이 다르고, 각 보험자가 별도로 재정 관리를 수행하는 등 고유한 재정 운영을 들 수 있다. 일례로, SIS는 정부 세금 보조가 전체 예산의 94%를 차지하고, 지방정부 보조금･개인 보험료･국제기구나 비정부기구들의 기부금 등으로 나머지 6%를 충당한다. 산하 의료기관에 대한 지불방식으로는 인두제와 인센티브 혼합제를 적용하고 있다. EsSalud는 전체 예산의 97%이상을 보험료로 충당하며 산하 의료기관을 총액예산제로 운영하고 있다. 군경보험은 각각 국방부와 내무부 예산으로 운영된다.