현재혈우병진료를 하는 의료기관은 혈우재단의원 3개소와 지정병원 10개소이다. 1991년 당시 보건사회부는 신촌 세브란스병원, 전남대병원, 인제의대 부산백병원, 경북대병원, 전주예수병원, 대전 을지병원 등 6개 의료기관을 혈우병 지정병원으로 지정하였으며, 1993년에 경희의료원, 서울적십자병원, 한양대 의료원, 서울대학교부속병원 등 4개 의료기관을 지정병원으로 추가 지정하였다. 그러나 지정병원 제도는 법적인 근거에 의해 실시된 것이 아니어서 이후 지정병원에 대한 지원·관리가 제대로 이루어지지 않아 실효성에 문제가 있다. 더욱이 상당수의 지정 병원들은 혈우병 환자 치료 자체를 꺼리고 있는 상황으로 알려졌다. 혈우환자를 진료할 경우, 고액의 진료비가 나오는 것이 일반적인데, 고액진료비의 경우 건강보험심사평가원의 평가 과정에서 진료비가 삭감되는 경우가 많기 때문이다. 즉, 혈액응고에 결함이 있는 혈우병환자를 치료, 수술하는 경우, 환자 한 명을 두고 고가의 치료비에 대해 억대의 삭감사례가 있는 등, 병원의 수익에 적절한 기여로 이어지지 못할 뿐만 아니라 이를 유지키 위한 고정비용이 커서 부담이 되는 관계로 지정병원을 거부하는 사례가 많다고 한다. 또한 의료비 삭감 외에도, 고가 약을 쓰다 보니 수익에 비하여 매출액이 부풀려짐으로 인해 심평원과 국세청의 주목을 끌게 되는데, 이 또한 일선 의료기관이 혈우환자 진료를 꺼리는 이유라고 한다.