회의는 의장이 소집하고, 부의장은 소집요청이 가능하며, 구체적인 개최 시기와 운영 방식 등은 시행령에 위임하였다(동법 제3조 제8항). 현재 정부는 시행령안을 마련하였고, 국민에 대한 입법예고 절차를 거치고 있다.
「중앙지방협력회의의 구성 및 운영에 관한 법률 시행령안」에서 회의는 정례회의와 임시회의로 구분하였다. 정례회의는 분기별 1회 개최를 원칙으로 하되, 해당 분기에 부득이한 사정이 있는 경우 조정할 수 있고, 임시회는 필요에 따라 의장이 소집하도록 하였다(시행령안 제3조). 의안 및 정족수를 보면, 회의는 구성원 2/3 이상의 출석으로 개의하고, 심의사항에 대한 의결은 출석 구성원의 과반수의 찬성으로 한다(시행령안 제4조).