그러나 이후 90년대 후반 이후 중국경제에 시장메카니즘이 침투되면서 농촌에서 출가하거나 국내여행 등의 증가로 소액결제가 활발하게 되었고, 국유상업은행들이 경영효율화를 위하여 다른 지방의 영업점을 폐쇄하게 되었다. 한편에서는 사회격차의 일환으로 소액결제를 정비하는 움직임이 일면서 중국인민은행은 CNAPS에 소액결제시스템을 추가하였다.
즉 2006년 6월 인민은행은 CNAPS 소액결제시스템(Bulk Electronic Payment System, BEPS)을 전국적으로 개시하였다. 이것은 종래의 CNAPS에다 새로 소액결제의 업무기능을 탑재한 것으로 이용하는 네트워크는 동일하다. 금융기관들은 대량의 소액지급 지시를 24시간 BEPS에 입력하고 1일 수회 네팅을 거쳐 CNAPS에서 최종 결제된다. 따라서 CNAPS의 직접참가자인 경우 국유상업은행의 대리결제에 의존하지 않고 원격지간의 소액결제를 처리할 수 있게 되었다.
한편 온라인 은행간 결제시스템으로서 IBPS(Internet Banking Payment System이 있다. 이것은 소매결제시스템으로서 인터넷을 통해 지급결제가 이루어지는 것으로 2010년에 서비스가 개시되었다. 주로 상업은행들의 자금이체에 사용된다.
(3) 외환결제
국내에서 재화와 용역을 구입하기 위해 이용되는 외환결제시에는 CDFCPS(China Domestic Foreign Currency Payment System)이 이용된다. 이 시스템은 2008년 4월부터 개시되었으며 총액별제방식을 채택하고 있다.