동 제도는 짧은 기간 동안 실시되었지만 상당한 발전을 이룩한 것으로 평가받고 있다. 그렇지만 각 지방자치단체의 예산집행결과에 대해 단편적인 분석에 머물고 있다는 점, 분석 주체의 객관성과 전문성이 부족하다는 점, 강력한 보상시스템의 부재로 자율통제 기능이 작동하지 않고 있다는 점 등의 한계를 드러내고 있다.
지방재정분석제도를 개선함으로써 지방자치단체의 재정책임성을 고양할 수 있는 장치로 자리매김할 수 있도록 하기 위해서는 다음과 같은 보완이 필요할 것으로 판단된다. 첫째, 현행 지방재정분석제도의 발전을 위해서는 지방자치단체의 특수한 사정을 반영할 수 있는 적정지표의 개발이 필요하다. 2007년 현재 지방재정분석의 대상지표는 7개 분야 30개 지표(계량 25개, 비계량 5개)로 구성되어 있다. 7개 분야는 지방세, 세외수입, 세출관리, 재정관리, 채무관리, 재정투명성, 국가정책이양 분야로 구분된다. 따라서 각 지방자치단체가 안고 있는 특수 상황을 정확하게 반영하는 데는 한계를 가질 수밖에 없다. 따라서 지역 특수성을 감안할 수 있는 합리적 지표 개발 작업이 지속적으로 추진되어야 한다.
둘째, 각 지방자치단체를 대상으로 지방재정분석 실사를 시행함에 있어 충실한 사전준비가 이루어져야 한다. 지방재정분석에 참여하는 전문가가 분석지표나 분석방법에 대해 충분한 정보를 숙지하지 못함으로써 나타날 수 있는 오류를 줄이기 위한 대책이 강구되어야 한다. 예컨대 지방재정분석에 참여하는 전문가를 좀 더 장기적 안목을 갖고 육성하거나 사전교육을 철저히 시행하는 등의 노력이 필요하다.
셋째, 지방재정분석 결과에 대한 사후관리 시스템이 마련되어야 한다. 현행 지방재정분석제도는 재정운영 결과가 우수한 지방자치단체에 인센티브를 제공함으로써 건전한 재정운영을 유도하는 장점이 있다. 반면 재정운영 성과가 미흡한 지방자치단체를 지원할 수 있는 사후관리 시스템은 마련하지 못하고 있어 동 제도의 취지를 온전하게 살리는 데 한계가 있다. 향후 지방재정 운영성과가 미흡한 지방자치단체의 문제점을 전문적으로 컨설팅하고, 그 해결방안을 제시하는 보완장치의 강구가 이루어져야 할 것이다.