특허분쟁은 자금사정이 열악한 중소기업에게 막대한 경영차질을 초래하는 문제점이 있다. 특허청･글로벌지역발전정책연구원(2016)의 “지식재산 공제제도 도입방안에 관한 연구”에 의하면 소송비용과 손해배상금은 국내 침해소송의 경우에는 각각 건당 1억원 및 5,900만원이고, 국제 침해소송의 경우에는 각각 200만 달러씩으로 나타났으며, 이들 소송의 소요기간은 3년으로 나타났다. 이와 같은 직접적인 소송비용 외에도 해외출원 등과 관련해서 분쟁예방을 위한 특허전략 수립 및 특허 확보 등은 중소기업에게 관련비용의 부담을 가중시키는 실정이다.
즉, 중소기업 등이 시장에 제품을 출시하거나 경쟁상 우위를 확보하기 위해서는 특허의 사전적 확보가 필수인데, 이와 관련된 출원･유지비용이 증가하는 추세이다. 구체적으로, 특허, 실용신안, 디자인 및 상표 등의 지식재산(이하 “지식재산”)을 출원･등록한 1,254개 내국법인을 대상으로 2019년 10월-12월에 이루어진 지식재산권 분쟁 현황에 대한 설문조사의 결과를 분석한 특허청･한국지식재산연구원(2019)의 “2019년도 국내 지식재산권 분쟁 실태조사”에 의하면 산업재산권의 평균 출원･심사비용 및 유지비용은 중소기업의 경우에는 각각 2,200만원 및 1,300만원이고, 중견기업은 각각 1억1,500만원 및 7,400만원으로 나타났다. 수출 계약에서도 상대방 국가는 자국의 특허등록 및 특허보증을 요구하는데, 전술한 특허청･글로벌지역발전정책연구원(2016)에 의하면 미국, 일본 및 EU를 기준으로 해외 출원을 위한 출원비용은 건당 6,000만원이고, 소요기간은 3년으로 나타났다.