(1) 경제지주회사의 연합회 전환
2000년대 초 농협중앙회 사업구조개편(경제·신용사업 분리) 논의 과정에서 핵심 사안은 분리되는 중앙회의 신용사업부문과 경제사업부문을 지주회사방식으로 할 것인지, 아니면 연합회 방식으로 할 것인지였다. 당시 지주회사방식은 한국금융연구원과 한국농촌경제연구원의 연구에서 처음 제시되어 논의되고, 그 후 정부의 농협개혁위원회에서 선택되었으며, 연합회 방식은 농업계와 일부 전문가그룹 등이 주장하였다.
그러나 2007년에 세계 금융위기가 불어 닥치자 농협이 급변하는 세계경제에 대응하기 위해서는 신경분리를 조속히 추진하는 것이 불가피하다는 주장이 제기되면서 정부주도로 지주회사 방식채택이 추진되었다.
때문에 이후에도 사업구조개편에 대해서는 농민단체와 시민단체 등이 계속해서 문제를 제기하였고, 작년에 관련 법률 개정안도 발의되었다.