하지만 행복주택의 한계 또는 문제점도 제기된다. 행복주택의 면적공간이 협소해서 가정을 이룬 세대가 입주하기는 불편하다는 지적이 있다. 행복주택 건립에 따른 교통체증과 학교 학생 수의 과밀화로 행복주택 지구의 주변에 있는 기존 주민들의 반대도 제기되고 있다. 유수지나 차고지와 같이 도심내의 유휴 공간에 젊은 세대를 중심으로 공공임대주택사업을 진행하는 행복주택사업이 개발제한구역과 같은 도심지 외곽으로 이동할 우려도 있다. 또한 행복주택의 건립은 여러 가지 제한이 따른다. 대표적으로는 국유･공유재산의 매입･사용과 같은 제한이 있고, 건축기준과 같은 과도한 부담이 있어 원활한 시행이 어려울 수 있다는 지적이 제기된다.
뿐만 아니라, 이미 기존의 공공임대주택사업과 관련하여 이미 많은 논쟁들이 제기되었지만 여전히 근본적으로 해결되지 못하고 논란만 계속되는 상황이다. 예를 들면, 사회계층 혼합을 비롯한 사회통합정책, 임대료 체계와 적정한 주거비 부담을 위한 정책, 공공임대주택 정책의 우선순위의 문제이다.