사업별 예산제도의 특징은 프로그램·단위사업을 핵심적인 예산·성과관리 단위로 설정하고, 예산집행의 결과를 대상으로 하여 그 성과를 관리하는 데 있다. 이 제도는 다음과 같은 장점을 갖는다. 첫째, 투입·산출·성과의 연계를 통하여 객관적인 예산사업의 평가가 가능하다. 둘째, 조직·프로그램 단위의 자금사용 용도가 명확해짐에 따라 관련 성과평가가 더욱 분명하게 이루어질 수 있다. 셋째, 재정운영의 자율성과 책임성을 동시에 확보할 수 있다. 넷째, 재정정책 결정시 이해관계자들에게 유용한 재정정보를 제공함으로써 좀 더 합리적인 의사결정을 이끌어 낼 수 있다.