‘환경개선부담금’ 등 22개의 부담금이 환경개선특별회계 등 5개 특별회계의 세입으로 귀속되고 있다. 이 경우에도 그 특정성의 범위는 다르게 나타나고 있는데, 예를 들어 환경개선특별회계로 귀속되는 11개 부담금 중에서 ‘수질개선부담금’ 등 7개 부담금은 지하수 자원보호와 먹는 물 수질개선 등의 세부적인 특정용도에 지출이 한정되어 있는 반면 ‘배출부과금’의 경우 특정한 용도 제한 없이 환경개선사업이라는 특별회계의 전체적인 목적에 지출할 수 있도록 하고 있다(환경개선기본법 제47조).
지방자치단체로 귀속되는 부담금들의 경우 기본적으로 상수도특별회계 등 특정목적의 특별회계로 귀속되고 있으나, 일부 부담금의 경우 그 수입이 지방자치단체의 일반회계로 귀속되는 경우도 발견되고 있다. 예를 들어, ‘개발부담금’의 경우 그 수입의 절반은 기초자치단체의 일반회계로 귀속되고 있다.
공공기관 등에 귀속되어 사용되는 부담금은 개별집단에너지사업자에게 귀속되는 ‘집단에너지 공급시설 건설비용부담금’을 비롯해서 지역신용보증재단들에 귀속되는 ‘지역신용보증재단 및 신용보증재단중앙회 출연금’, 한국원자력안전기술원에 귀속되는 ‘원자력관계사업자 등의 비용부담금’, 대한손해보험협회에 귀속되는 ‘손해배상 보장사업 분담금’ 등 15개로 나타나고 있는데 기본적으로 이들은 해당 공공기관의 사업이나 운영 등에 사용되고 있다.