보조사업을 수행하고자 하는 자는 매년 중앙관서의 장에게 보조금의 예산계상을 신청하여야 하며(제4조1항), 보조사업의 목적과 내용, 보조사업에 소요되는 경비 기타 필요한 사항을 기재한 신청서 및 첨부서류를 제출하여야 한다(제4조2항). 국가는 제4조의 규정에 의한 보조금의 예산계상 신청이 없는 보조사업의 경우에도 국가시책수행상 부득이하여 대통령령이 정하는 경우에는 필요한 보조금을 예산에 계상할 수 있다(제5조).
보조금이 지급되는 대상사업·경비의 종목·국고보조율 및 금액은 매년 예산으로 정한다. 다만, 지방자치단체에 대한 보조금에 있어서는 보조금이 지급되는 대상사업의 범위와 보조금의 예산계상신청 및 예산편성에 있어서 보조사업별로 적용하는 기준이 되는 국고보조율은 대통령령으로 정한다(제9조).