일반 보호구역으로 지정되는 경우 ｢문화재보호법｣ 제45조에 따른 정기조사의 대상이 된다. 정기조사의 목적은 환경 보전 상태의 파악이며, 정기조사와 재조사는 문화재청이 주관하나 해당업무를 지방 자치 단체나 관련 전문기관에 위탁하고 있다. 지방자치단체의 경우 관련 지방연구 기관에 재위탁하는 등의 방식을 취하고 있다. 특히 ‘천연보호구역’의 경우 지방자치단체에 위탁하는 것 이외의 방식은 어려운 것으로 보인다. 현행법령에 의하면 지방 자치 단체 이외의 정기조사 및 재조사를 시행할 수 있는 기관은 국립문화재연구소, 한국전통문화학교, 국립고궁박물관 또는 국립해양유물전시관 또는 문화재 관련 조사, 연구, 교육, 수리 또는 학술활동을 목적으로 설립된 법인 또는 단체 또는 ｢박물관 및 미술관 진흥법｣에 따른 박물관으로 한정되어 있다. 즉, 역사·문화적 유물과 보호지역의 관리에 대한 사항에 대한 고려만이 이뤄져 있으며, 자연환경과 관련된 전문 조사기관 등의 참여는 현행 법령상 허용되지 않고 있다. 결과적으로 천연보호구역의 정기조사의 상당 부분은 지방 자치단체에 넘겨진 것으로 볼 수 있다(예: 제주특별자치도 한라산연구소, 2006). 문화재청이 실시한 일부 명승에 대한 조사의 경우, 일부 학자들의 편향된 견해를 일반적인 것으로 기술했다 하여 학계에서 논란이 발생한 바도 있다. 이러한 문제점은 전문 인력이 없는 상태에서 외주에 의지한 조사를 진행한 부작용으로 판단된다.