한편 관허사업제한제도에 대해서는 납세자의 영업활동의 자유를 침해할 우려가 현저해서 위헌의 소지가 있으며, 관허사업제한을 통해 사업을 할 수 없게 되면 납세의무를 이행할 수조차 없는 등 체납징수 수단으로는 실효성뿐만 아니라 적합성이 매우 낮다는 지적도 있다.
그러나 앞서 관허사업제한제도의 한계에서 살펴본 바와 같이 신규사업제한이 아닌 기존사업의 제한인 경우는 비례성원칙이나 영업의 자유 등 기본권 침해소지는 그렇게 크지 않으며, 오히려 고액·상습체납자에 대해서는 마땅한 제재수단이 없으므로 체납자로 하여금 체납이 있으면 영업활동이 제한될 수 있음을 미리 고려하게 하여 체납으로 나아가지 않도록 하는 효과가 오히려 더 크다고 판단된다. 그러한 점에서 현행 관허사업제한 제도는 계속 존치시키되, 위에서 언급한 사항들이 세법과 개별 행정법규에서 부합하도록 제도가 개선되는 것이 중요하다고 본다.
특히 신고대상 업종이나 자유업종에 해당하는 업종을 관허사업제한 대상에서 제외하고, 현재의 500만원 기준에서 5000만원 또는 1억원 이상의 체납자 등으로 현실성 있게 금액기준을 조정하여 각 정부부처나 지자체의 협조를 적극적으로 이끌어 내야 할 것이다.