무허가 축사는 이러한 환경적이고 위생적인 문제점이 있는 것이 사실이다. 그러나 무허가 축사가 전체 축산업에서 차지하고 있는 비중이 약 30~40%로 작지 않은 현실을 고려할 때, 환경부에서 입법예고한 ｢가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률 일부개정법률안｣ 이 그대로 시행될 경우 상당수의 축산농가가 축사 폐쇄 또는 사용중지 등의 행정처분을 받을 가능성이 높다.
무허가 축사와 관련된 환경부의 입법예고안의 주요 쟁점 사항을 살펴보면 다음과 같다.
첫째, 입법예고안은 4대강 수계의 수변구역 등을 지방자치단체의 조례로 정하는 바에 따라 가축사육제한구역으로 지정할 수 있고, 가축분뇨 배출 및 처리시설에 관한 규제를 강화하고 있다.
그러나 이러한 입법예고안을 충족하기 위해서는 축산농가가 가축분뇨 처리시설을 신 증축해야 하는데, ｢가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 조례｣의 가축사육거리제한 규정에 따라 현실적으로 신 증축이 어려울 수 있다.
가축사육거리제한 규정을 충족한다고 해도 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령｣의 건폐율 규정에 따라 신 증축에 제한이 따른다.
동 시행령 제84조제6항 및 제7항에 따라 축사의 건폐율은 60% 이내에서 조례로 정할 수 있도록 특례를 두고 있으나, 상당수의 지방자치단체가 건폐율 규정을 마련하고 있지 않거나 건폐율 기준을 하향설정하고 있기 때문이다.
특히 가축사육제한구역의 확대로 축사를 이전해야 하는 경우에는 ｢가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률｣ 제8조제3항에 따라 1년 이상의 유예기간과 이전에 따른 재정적 지원 및 부지알선 등 정당한 보상을 받을 수 있으나, 가축사육거리제한 규정과 이전에 필요한 비용의 부담으로 적절한 이전 입지를 찾기 어려울 수 있다.
둘째, 입법예고안에는 가축분뇨 배출 및 처리에 관한 규정을 위반한 경우에 대해 허가취소, 폐쇄 또는 사용중지명령 등 행정처분뿐만 아니라, 다른 법률에 따라 설치가 금지된 장소에 축사를 설치한 경우에는 해당 축사의 폐쇄를 명령할 수 있도록 하고 있다.
이는 축사가 ｢국토의 계획 및 이용에 관한 법률｣, ｢하천법｣, ｢건축법｣ 등 축사시설의 설치와 관련된 법률을 위반한 경우에는 ｢가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률｣에 따라 해당 축사를 폐쇄조치할 수 있다는 것이다.