(2) 부서 형태의 통합 추진
이번 재편의 핵심이 되는 정보통신기획평가원과 한국에너지기술평가원이 한국연구재단과 한국산업기술평가관리원으로 통합되었지만, 이는 부설기관 형태로 존치하는 불완전한 통합이라고 할 수 있다. 부설기관 형태로 독립되어 있을 경우 유사·중복 기획, 연구결과 간 유기적연계 미흡, 기관별 상이한 규정･절차･시스템으로 인한 연구자 부담 문제 등의 해결에 한계가 있을 수 있다. 부설기관 형태가 아닌 부서 형태로 통합하는 방안을 고려할 필요가 있다.