(2) 중장기 연구개발체계 강화
과학기술분야 출연연 총 예산은 5조 1338억 원으로 정부 연구개발예산의 약 1/5 규모다(2021년도 기준). 그럼에도 불구하고 과학기술분야 출연연의 발전이나 연구개발에 관한 공식적인 계획은 미비하다. 과학기술분야는 특히 미래지향적 분야이므로 계획의 부재는 득보다 실이 클 가능성이 있다.
과기출연기관법은 정부출연기관법에서 과학기술분야만 분리된 것이며, 정부출연기관법은 출연연을 감독하는 조직을 일원화하려는 목적으로 제정된 것이다. 이로 인해 출연연의 설립 근거는 있으나, 육성에 관한 근거는 많지 않고, 감독관청에 관한 규정과 중간감독기구인 연구회에 관한 규정이 핵심을 차지한다고 할 수 있다.
출연연은 자율과 책임 기반의 체제로서 운영되는 것이 이상적이지만, 정부 등 외부 수요에 따른 연구개발도 수행해야 하고, 공공기관으로서의 책무도 강하게 부여되는 현 상황에서는 출연연의 중장기 연구개발에 필요한 최소한의 사항을 법률에서 규정하는 방안이 대안으로서 고려될 수 있다.