현재 국민연금기금 운용체계를 강화하기 위해 여러 가지 보완책들을 강구하고 있으나 개선되지 못하고 있는 가장 큰 문제 중의 하나는 국민연금의 지배구조나 기금운용체계의 취약성 등 여러 가지 이유 때문에 국민연금기금 운용상의 중장기자산 배분 계획이나 지침이 제대로 마련되어 있지 않다는 점이다. 그 결과 기금운용의 독립성과 자산운용에 있어서 안정성을 최우선적으로 확보해야할 국민연금기금 운용에 여러 가지 문제점이 나타나고 있다. 주식투자 비중 확대나 투자다변화는 국민연금기금을 금융시장의 불안전성에 노출시키는 결과를 초래할 수 있다는 우려가 그 대표적인 예라 할 수 있다. 따라서 채권 중심의 안정적인 자산 운용과 복지투자 등 공공투자의 비중 확대 등이 그 대안으로 제시되기도 하였다.