복수 신용보증기관의 설립은 경쟁체제 구축을 통해 양질의 보증서비스 제공과 보증공급의 양적 확대라는 측면에서 획기적인 조치였지만, 1992년부터 복수경쟁체제는 심각한 문제점을 노출하기 시작하였다. 1991년부터 법정 운용배수가 위협받고 있던 기술신용보증기금의 경영여건이 악화되자, 정부는 1992년 4월 기술신용보증기금에 대한 출연요율을 조정함으로써, 기술신용보증기금의 경영위기를 타개하려 하였으나, 신용보증기금의 경영에도 부작용이 초래되는 결과를 낳았다(신용보증기금, 2006: 169). 이에 따라 정부는 1992년 12월 추가경정예산을 통해 양 기관에대해 각각 800억원과 700억원을 추가로 출연하는 등 보증기관의 경영정상화를 위한 특단의 조치를 취하게 되었다.