지방정부와 지방정부 간의 갈등도 정부 간 협력에 저해요인이 되고 있다. 지역 이기주의에 근거한 정책의 대응 등이 지방정부 간의 협력을 저해하고 갈등을 유발하는 요인으로 작용하고 있다. 지역이기주의를 매도할 수는 없지만 상호양보를 통합 협력을 유인할 수 있는 지방정부 간의 지혜가 아쉬웠다. 비선호시설의 기피현상은 지역 이기주의에 기인하는 현상이다. 선거 때마다 나타나는 지역주의도 광역적 협력을 저해하는 요인이다. 지방행정구역의 세분화 이후 지역주의는 지방자치의 실시로 “지역패권적 지역주의”로 발전되었다(이상선, 2011). 지방정부간의 행정협의회 등이 운영되고 있으나 서로의 의견을 교환하고 상이한 입장차이만을 확인할 뿐 가시적인 성과는 매우 미미하다. 이명박 정부가 의욕적으로 추진하였던 광역경제권발전협의회도 불완전한 제도적 요인은 물론 지방정부의 의지부족과 이기적 행태 등으로 가시적인 성과를 거두지 못했다.