반면 지금까지 국민연금기금 운용의 대부분을 차지했던 채권투자 비중은 급속히 낮아지고 있다. 2005년 전체 기금의 88.9%로 최고조에 달했던 채권 비중은 2007년에 70%대로 낮아지고, 2009년엔 60%대로 줄어들 예정이고, 중기자산배분안 최종연도인 2013년에는 주식 비중을 감안할 때 채권 비중은 50% 이하로 떨어질 것으로 추정된다. 향후 5년 이후엔 국민연금기금을 주식과 채권이 거의 절반을 차지하고 나머지를 대체투자가 담당할 것으로 보인다(오건호 2008: 26∼27).
이러한 기금운용전략은 연금공단이 2007년 진행한 “국민연금기금 장기운용전략” 연구 결과와도 맥을 같이한다. 연금공단은 국민연금기금 적립금 규모 변동이 거시경제에 미치는 효과를 분석하고 적절한 장기운용전략을 마련하기 위하여 ‘국민연금기금 장기운용전략 기획단’을 구성했다. 기획단은 국민연금기금이 최고조에 이르는 2030년대 국민연금기금이 전체 자산시장(채권 + 주식)에서 차지하는 비중을 20%대로 추정하고, 주식투자 비중을 50%까지 확대하는 것을 제안했다(국민연금기금 장기운용전략기획단 2007: 128).