이와 같이 출입국관리법에서는 보호명령과 강제퇴거 조치에 대해 지방출입국·외국인관서의 장을 거쳐 법무부장관에게 이의신청을 할 수 있는데 강제퇴거명령으로 보호가 이루어지므로 실무상 이의신청은 강제퇴거명령에 대하여 이루어지고 있다. 또한 이 경우 불복절차는 두 가지 방식으로 가능한데 1) 이의신청 후 행정심판 또는 행정소송으로 가거나, 2) 이의신청을 제기하지 않고 행정심판 후 행정소송으로 가는 구조이다. 다만, 체류허가의 특례에 관한 동법 제61조에 따라 법무부장관은 이의신청 결정을 할 때 그 이의신청이 이유없다고 인정되는 경우라도 용의자가 대한민국 국적을 가졌던 사실이 있거나 그밖에 대한민국에 체류하여야 할 특별한 사정이 있다고 인정되면 그의 체류를 허가할 수 있으며 이때 체류기간 등 필요한 조건을 붙일 수 있다.