습지조사사업은 ｢습지보전법｣ 제4조의 규정에 의하여 이뤄지고 있다. 이 법에 의하면 환경부와 국토해양부는 5년마다 습지의 생태계 현황 및 오염 현황과 습지 주변 영향지역의 토지이용실태등 습지의 사회·경제적 현황을 조사해야 한다. 전국의 습지에 대한 조사는 2000년 제1차 전국내륙습지 조사로 시작되어 환경부소관조사의 경우 ‘국가습지보전사업관리단(GEFF)’ 주관하에 조사 사업이 진행되고 있다. 2000~2004년에 진행된 ‘1차 전국내륙습지조사’는 전국을 한강, 금강, 낙동강, 영산강/섬진강 등 4대강 수계와 동해로 유입되는 동해 수계 그리고 제주도의 수계 등 6개 권역으로 구분한 뒤 하천 변에 발달한 습지를 중심으로 조사 사업을 진행하였다. 2006년 시작된 제2차 전국내륙습지조사는 산지 습지와 도심지 습지를 중심으로 하여 조사가 진행되고 있으며, 전국을 한강, 금강, 낙동강, 영산강/섬진강/제주도 그리고 동해안 등 5개권역으로 구분하여 조사하고 있다. ｢습지보전법｣ 제5조 규정에 따라 습지조사의 결과를 바탕으로 ‘습지보전기본계획’을 수립하고 보존가치가 있는 지역에 대해서는 ‘습지보호구역’을 설정할 수 있다.