그런데 지하수 기초조사는 1990년 시범사업으로부터 30년 넘게 사업을 추진하고 있으나, 예산과 인력 부족 등으로 전국에 대한 조사를 아직도 완료하지 못하고 있다. 지하수 기초조사는 전국을 167개 지역으로 구분하여 실시하는데, 2021년 말까지 151개 지역(전체 지역의 90.4%)만이 조사가 완료된 상태다(|표 2| 참조). 지하수 기초조사는 매년 3~10개 지역에 대해 실시하는데, 조사 완료 후 상당한 시간이 흘렀거나 대규모 지하개발 사업이 추진된 지역은 지하수의 수량, 수질 및 흐름 양상 등이 변했을 가능성이 크다. 이에 따라 ｢지하수법｣ 제5조제2항 및 같은 법 시행령 제2조제4항은 지하수 기초조사가 완료된 지역에 대해서 10년마다 보완조사를 실시해 관련 자료를 수정·갱신하도록 규정하고 있다. 다만 지하수 기초조사가 완료된 151개 지역 가운데 현재까지 보완조사가 실시된 지역은 11개에 불과하여, 기초조사가 완료된 지역 중 절반이 넘는 76개 지역(50.3%)이 기초조사를 한 지 10년 이상 지나 자료의 신뢰도 확인이 필요한 상태다.