하지만, 현실적으로 합병회사 간에 합병 가액을 공정하게 산정하는 것은 당사자 간의 이해관계가 서로 다르기 때문에 합병에 있어 가장 중요하면서도 어려운 문제라고 할 수 있다. 또한, 실질적으로 합병을 결정하고 체결하는 권한을 가지고 있는 자는 합병회사의 지배주주와 이사회로 볼 수 있으며, 합병에 있어 소수주주의 이익과 합치한다고 볼 수 없다.
특히, 합병 대상회사가 서로 모자회사이거나 계열회사와 같은 지배종속관계에 있는 경우에는 합병조건이 지배회사 또는 해당 대기업의 그룹 차원에서 결정될 유인이 있다. 이러한 점에서 소수주주의 보호를 위한 방향으로 현행 규제를 보완할 수 있는 제도 개선 논의가 필요하다고 판단된다.