복지재정의 지역격차에서 가장 심각한 격차는 수도권과 비수도권 간에 발생하고 있다. 중앙정부 주도의 복지분야 국고보조사업이 확대되면서 재정력이 약한 비수도권 지자체의 복지재정여건은 급속히 열악해지고 있다(이재원 외, 2017). 이와 같은 수도권-비수도권 자치단체 간 복지재정 불균형을 완화하기 위해서는 현행 지역 상생발전기금 제도나 공동세 제도 등이 확대되어야 한다(곽채기, 2019; 류영아, 2018; 유태현 외, 2018; 자치분권위원회, 2019b).
한편 광역시·도와 기초자치단체 간 복지재정의 격차에 대해서도 정책적 관심이 필요하다. 최근까지도 서울특별시와 광역시 세출 예산에서 차지하는 사회복지비 지출 비중에 비해, 자치구‧군의 사회복지비 지출비중이 평균 거의 2배에 달했다. 재정적 측면에서 보자면 자치구‧군은 보건복지부 사업의 단순 집행기관이 되고 있는 것이다(이재원 외, 2017). 복지사무 실행에서 자치구‧군의 역할이 매우 크기 때문에, 복지재정 분권에서 자치구의 복지재정 확충방안에 특히 관심을 가져야 한다.