한편, 남아 있는 개발제한구역의 보다 엄밀한 관리를 위하여 2000년에 ｢개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법｣(이하, ‘｢개발제한구역법｣’)이 제정되기도 하였다.
2008년에 들어 개발제한구역은 다시 한번 변혁기를 맞이하게 되는데, 해제총량을 추가(189㎢)로 부여(총 532㎢)하여 보금자리주택(45㎢) 등 국책사업 및 지방자치단체의 지역현안사업 추진을 위해 많은 개발제한구역을 해제하였다.
2015년 6월 기준으로 개발제한구역 면적은 3,862㎢(전 국토의 약 3.9%)로, 1970년대 초기 지정면적 5,397㎢(전 국토의 약 5.4%) 대비 71.6%만 남게 되었으며, 남아있는 개발제한구역 내에서도 엄격한 행위제한과 주민들의 생활 불편으로 집단민원이 증가하고 있는 실정이다.