(3) 행정통계와의 불일치
통계청은 연도별로 구축한 영리기업의 데이터베이스를 비교, 분석하여 「기업생멸행정통계」를 작성하고 있다. 데이터베이스는 국세청의 사업자 등록자료, 부가가치세, 법인세 신고자료 등 정부기관이 보유하고 있는 행정자료를 이용하여 구축한다. 이 통계는 지사를 포함한 본사를 하나의 기업으로 정의하여 사업체가 아니라 기업체를 기준으로 하고 있다.
2015년 기준 기업생멸행정통계에 따르면, 모두 5,553,564개의 영리기업이 활동하고 있다. 이 수치는 <표 1>의 기업체 수 3,695,298개와 큰 차이를 보이고 있다. 이 차이가 발생하는 이유는, 경제총조사가 물리적 장소가 있는 사업체만을 대상으로 하는 반면, 기업생멸행정통계는 물리적 장소가 없는 사업자도 포함하고 있기 때문이다. 물리적 사업장이 없는 기업은 대부분 중소기업으로 분류될 것이기 때문에, 이들을 포함하여야만 중소기업 현황을 보다 정확하게 분석할 수 있다.