지방자치단체에서 예타 면제로 인한 국책사업을 추진함에 있어서 보조금을 지원하는 예산 구조는 다음과 같다. 정부로부터 대규모의 예산 지원을 받게 되는 국책사업은 일종의 국고보조금이 지원되는 형태이다. 국고보조금이란 국가의 감독을 받는 의존재원으로, 국가사업과 지방 사업의 연계를 강화하고 국가의 정책적 필요에 따라 지방 사업의 지원 또는 국가위임사무의 수행을 위하여 국가가 사업비의 일부 또는 전부를 지방자치단체에 지원하는 보조금이다. 시･도비 보조금이란 시･도의 감독을 받는 의존재원으로, 특별시･광역시･도가 시･군･자치구에 대하여 사업비의 일부 또는 전부를 지원하는 제도로, 국고보조사업에 대한 시･도비 부담의 형태로 지급되거나 순수한 시･도비 보조사업으로 지급된다(국회 예산정책처, 2013).