이런 점들을 고려하더라도 농업생산통계가 가격으로 대표되는 시장상황과 맞지 않거나 관측자료와 불일치하는 사례가 반복되자 비난의 화살은 주로 통계청을 향하고 있다. 이는 결국 통계청으로 이관한 후로 문제가 불거지고 있는 농업통계 업무를 농림축산식품부로 재이관하자는 쟁점으로 이어지고 있는 상황이다. 국회에서도 같은 내용의 「정부조직법」 개정안이 발의되어 있다.
이에 대해 통계청은 통계가 특정 목적을 위해 악용되지 않도록 독립적인 전문기관인 통계청이 담당해야 한다는 입장이다. 또한 통계청의 농업통계 조사는 규모가 비교적 크고 실측 위주라고 밝혔다. 농림축산식품부도 농업통계의 정확성 및 신뢰성 확보를 위해 통계청과 협업을 하고 있으며, 개정안에 대해 신중한 검토가 필요하다는 의견이다.