반면 과학기술계는, 당초 공감대를 훼손한 것에 대한 불만이 있을 것이며, 민간전문가(과학자 또는 다양한 정책경험을 가진 이공계 인재)들이 현 정부에서 장차관 등에 두루 포진해 있는 상황에서 민간전문가의 행정ㆍ관리 전문성에 의문을 갖는 것은 이해할 수 없을 것이다.
사실상, 간부직(국ㆍ과장급)에 민간인 비율이 1/3에 불과하고, 총 120여명 인원 중 70% 이상이 공무원으로 채워질 것을 감안하면, 민간 전문가를 결제권이 없는 과장 이하 직급에만 대부분 포진시킨 것은 문제의 소지가 있어 보인다([그림 1] 참조). 즉 민간전문가가 그 전문성을 충분히 발휘하는데 한계가 있을 수 있다는 해석이 가능한 부분이다.
이에 과학기술계에서는 연구개발조정국에 현재 1명인 심의관을 최소한 3명(거대공공, 미래성장, 생명복지)을 민간인으로 두어야 한다고 제안하고 있다.