첫째, EPR 대상 제품별로 회수 및 재활용여건이 고려되지 않은 채 산정되고 있다. 단독주택에서 배출되는 재활용 폐기물의 경우 지자체에서 수거 및 1차 선별의 책임을 지고 있는데, 수거 및 선별비용이 재활용기준비용 산정에 반영되지 않고 있다. 이 비용이 재활용 과정에 소요되는 비용의 약 20∼50%로 상당한 비용이 반영되지 않는 것이다.
둘째, 최저임금 인상에 따른 인건비 상승이 고려되어 있지 않다. 최근 최저임금이 큰 폭으로 상승하였고, 폐제품 회수 및 재활용 사업장 대부분이 중소기업체이고, 임금수준이 낮은 상황으로 최저임금 인상에 따른 인건비 인상은 전반적인 비용 상승요인이 될 수 있음에도 이를 비용에 반영할 수 없는 상황이다.