2. 지원 방식
공적자금의 지원 방식은 부실금융회사의 처리방식 등에 따라 달라지는데 크게 출자, 출연, 예금대지급, 대출, 부실채권매입 등으로 구분된다.
가. 출자：매각 또는 자체 정상화
출자를 통한 공적자금 지원은 통상 주식회사 형태의 금융회사에 대하여 자기자본 등이 일정 수준에 이를 때까지 주금을 납입하고 주주의 지위를 취득하는 방식을 말한다.
출자를 통한 지원은 대상기관이 금융회사의 거래대상과 동일 업종에서 차지하는 비중 등을 감안할 때 청산·파산 또는 계약이전에 의한 정리방식이 금융제도의 안정성을 크게 해칠 우려가 있고, 매각 또는 자구노력으로 경영정상화가 가능하다고 판단되는 경우에 한해 실시된다. 구체적으로 정부는 1997년말 금융위기 과정에서 IBRD 등과 합의한 바에 따라 은행의 BIS 기준 자기자본비율이 10% 수준에 이르도록 출자 방식으로 지원하였다. 은행에 대한 지원이 당시 금융감독위원회의 지도비율인 8%보다 높은 10%의 수준으로 이루어진 것은, 정확히 8%에 맞추어 지원했을 경우 일시적인 경영악화로도 다시 적기시정조치의 대상이 되는 등 추가로 부실화될 가능성이 있기 때문이었다. 또한 조속한 경영정상화를 위해서는 재무건전성을 유지할 수 있도록 충분한 수준의 지원이 필요하다는 판단 때문이었다. 보험사의 경우 경영정상화가 가능해지도록 순자산 부족액의 일정 부분을 지원하였다.
아울러, 출자 방식으로 지원할 경우 손실분담의 원칙에 따라 금융감독위원회에서 금융회사의 부실에 책임이 있는 기존 주주에 대해 전액 감자를 명령함으로써 경영정상화 이후 기업 가치 회복에 따른 이익이 부실의 원인을 제공한 기존 주주에게 돌아가지 않도록 하였다. 
제일·서울·조흥은행과 우리금융지주에 편입된 한빛·평화·경남· 광주은행과 제주은행 등에 대해서는 출자 방식의 지원이 이루어졌으며, 대한생명보험·서울보증보험 등 일부 보험사에 대해서도 동 방식으로 지원이 이루어졌다.