미디어 정책을 담당하는 합의제기구를 독임제 부처 소속의 합의제 행정기관으로 위치시킬 때 상식선에서 가장 먼저 제기되는 문제는 소속 부처와의 관계에서 오는 독립성 문제다. 독립행정위원회는 중앙의 국가기관이기는 하나 계층적 감독을 받는 직접행정기관인 중앙행정기관이나 후견적 감독을 받는 간접행정기관인 공법상 특수법인과 구별된다. 대통령이나 국무총리가 원행정기관이라고 하더라도 형식적인 인사권 행사 이외에는 의사결정개입은 물론 지휘감독권을 행사할 수 없다(이민영, 2011). 예를 들어 <표 1>에 제시한 중앙노동위원회의 경우 고용노동부에 속하나 고용노동부장관의 지휘명령을 받지 않고 독자적인 준사법적 권한, 조정권한, 그리고 입법적 권한에 기초해 독립적으로 업무를 수행한다.