1990년대 들어서 정부의 정책이 농어촌, 농어업, 농어민 등을 종합적으로 고려하는 종합개발 방향으로 전환되고, 농어촌지역에 대한 집중적인 투자가 이루어지게 된다. 이러한 사회적 변화에 따라 농어촌주택에 대한 정부의 정책방향도 부분개량 중심에서 다시금 전면적인 주택신축개량으로 전환하게 된다.
2000년대에 들어서는 1990년대까지 농어촌정책의 주 대상이 농어업 종사자와 농어촌 주민이었으나, 도시민의 귀농 등 정책대상을 도시민까지 확대하게 되었다.
2000년대 후반부에 들어서는 농어촌정책에 임대주택을 포함하는 등 그 영역이 더욱 확대되었다. 또한, 지금까지 농어촌주택 관련 정책은 행정안전부와 농림수산식품부로 이원화되어 추진되어 왔으나, 2007년부터 행정안전부의 ‘농어촌 주거환경개선사업’이 농림수산식품부로 이관되었다.