그러나, 보호수용 판결을 선고한 후에도 특정위험범죄에 대한 징역형이 종료되기 전에 법원은 보호수용 집행의 필요성을 다시 한 번 심사하여 보호수용 집행을 유예할 수도 있다.
보호수용은 형 집행시설과 독립되거나 구분된 보호수용시설에서 집행되고, 그 내용과 실태는 피보호수용자의 신상에 관한 사항 외에는 원칙적으로 공개하여야 한다.
피보호수용자의 처우와 관련하여서는 국가는 피보호수용자의 시설 내에서의 자율적인 생활을 보장하여야 하며, 접견과 전화 통화 및 서신을 주고받는 데 횟수 제한을 받지 아니하는 등의 자율권을 보장받으며, 직업훈련을 포함한 각종 교육과 범죄성을 완화하기 위한 심리상담 및 휴가 등도 상당히 자유롭게 사용할 수 있다.
그리고 피보호수용자가 가출소하는 경우 3년간 보호관찰을 받도록 하고, 보호수용의 집행유예를 받은 사람이 석방(가석방 포함) 된 경우에는 그 유예기간 동안 보호관찰을 받도록 하고 있다.