그러나 현재의 지방교부세 인센티브 제도는 지방자치단체의 노력을 유인하기에는 부족한 여러 가지 문제점을 가지고 있다. 우선, 보통교부세 산식 내 자체노력을 반영하는 방식이 매우 복잡하고, 지방자치단체의 어떤 노력에 따라 보통교부세가 늘어나고 줄어드는지를 직관적으로 파악하기가 어렵다. 자체노력 중에서 인센티브보다 패널티의 규모가 더 크다는 점은 그동안 자체노력이 보통교부세를 감액하는 수단으로 활용되어 왔다는 것을 시사하며, 인센티브와 패널티의 세부내역이 명확하게 공개되지 않고 있다는 한계가 있다. 또한, 특별교부세 인센티브의 규모 및 교부내역이 공개되지 않고 있으며, 감액재원 인센티브가 법률적 근거없이 운영되고 있고 그 배분 기준이 불명확한 실정이다. 이외에, 세 가지 유형의 인센티브를 교부하는 기준 중에 중복되는 기준이 있다. 이러한 점들을 종합해 볼 때, 그동안 행정안전부가 지방교부세 인센티브 제도를 복잡하고 불투명하게 운영해 왔다는 점을 문제점으로 지적할 수 있다.