「대안교육기관법」 제12조는 “교육부장관과 교육감은 5년마다 대안교육기관에 대한 실태조사를 실시하여야” 하며, “교육부장관과 교육감은 실태조사를 위하여 대안교육기관의 장에게 필요한 자료의 제출을 요청할 수 있고, 이 경우 요청을 받은 대안교육기관의 장은 특별한 사유가 없으면 이에 따라야” 한다고 규정하였다. 이에 따라 등록 대안교육기관에 대한 실태조사는 가능하다. 그러나 이 법에 따른 대안교육기관으로 등록할 수 없거나 하지 않은 미등록 시설의 경우에는 여전히 소재 파악 및 실태조사 등의 실시에 어려움이 발생한다.
지난 1월에 미등록 대안교육시설에서 발생한 코로나19 집단감염 사건에 대해 중앙재난안전대책본부는 “관계부처 합동 ‘미인가 교육시설 방역관리 TF(단장: 교육부 차관)’를 통해 미인가 시설 유형 및 현황을 신속하게 파악하고 있으며, 이를 통해 방역수칙을 세분화하여 마련할 예정”이라고 발표하였다. 그러나 4개월 이상 경과한 6월까지 실태조사 결과가 발표되지 않았다. 이에 대해 교육부는 “미등록 시설에 대한 실태 파악에 어려움이 크고, 조사하는 데에 많은 시간이 소요되며, 약 500여 개가 파악되었으나, 운영상황이 수시로 변동될 수 있고 성인이 교육대상에 포함되는 경우도 있어서 아동대상 교육시설 실태 조사 결과로 공식 발표하기 어려운 상황”이라고 설명하였다.