민간투자사업 방식으로 추진되는 경전철 건설사업의 가장 큰 문제점은 첫째로, 재정여력이나 철도에 대한 전문성이 부족한 지방자치단체가 주무관청이 되어 사업을 주관해 온 부분이다.

대부분의 지방자치단체는 철도건설 부문에 대한 경험뿐만 아니라, 민간투자사업 추진에 있어서 경험과 지식이 부족하여 민간투자사업에 대한 업무처리능력이 부족하다. 따라서 해당 지방자치단체 내에서 경전철 민자사업의 사업계획서 평가, 협상, 협약 체결, 설계 및 시공 관리 등 전반적인 추진 과정을 자체적으로 제어하기가 어려운 실정이다.
또한 특정 지방자치단체가 경전철 건설사업을 추진할 경우 해당구역 내에서만 사업계획을 수립하게 되어, 상위계획 및 인근 지역과의 연계에 대한 고려가 부족한 상태에서 해당구역 중심으로 사업을 추진할 위험이 존재하게 된다.

둘째로, 경전철 건설사업 추진 여부를 결정하는 교통수요가 과다하게 예측된 측면이다.

민간투자사업 방식의 경전철 건설사업은 대개 시설의 운영수입으로 건설비용과 운영비용을 회수하는 BTO 방식으로 추진되기 때문에 적정 요금수준체계의 결정과 교통수요 예측이 매우 중요하다.