전문위원의 경우에도 2006년 6월 29일에 대통령령 제10조의3제2항의 개정에 의하여 광역의회 및 기초의회의 위원회에 전문위원을 두도록 함으로써 전문위원은 의회사무기구의 하부조직에서 지방의회의 위원회 소속으로 전환되었다. 그러나 위원회 업무 외의 다른 업무에 있어서는 단체장의 부하인 사무처장 등의 지휘·감독을 받도록 명령·통제계통이 이원화되어 있을 뿐만 아니라 전문위원에 대한 인사권 자체가 원칙적으로 단체장에게 있기 때문에 이를 의식하여 의회 본연의 업무에 충실하기 어려운 한계가 있다.
이러한 구조적인 측면으로 인하여 지방의원의 입장에서는 앞서 기술한 대로 의회사무직원이 집행기관과에 예속된 관계로 신뢰에 한계를 갖게 되고, 사무직원들 역시 언젠가는 집행기관으로 돌아가야 하는 신분이기 때문에 지방의회 의원들의 입장에서 적극적으로 의정활동을 보좌하는 기능을 수행하기가 쉽지 않다는 것이다.
둘째, 운영적인 측면에서 제기될 수 있는 문제점이다. 지방의회의 사무기구는 지방의회의 일반 행정뿐만 아니라 본회의, 위원회 회의, 각종 소위원회의 회의를 준비하고 진행을 보좌하며, 조례안의 심의·의결, 예산안의 심의·확정, 행정사무감사 및 조사업무와 집행기관을 견제·감시하기 위한 기타 활동 등 광범위한 분야에 걸쳐 지방의원의 의정활동을 지원하는 기능을 수행하고 있다.