한편, 1차 PPP 운영 초기에 고용노동자 수가 많은 기업이 대형 은행을 통해 PPP 대출을 선점함에 따라 자금이 일찍 소진되어 지원이 절실한 소규모기업이 대출을 받지 못하는 상황이 발생했다. 2차 PPP에서는 이 문제를 예방하기 위해 고용노동자 수 기준을 500명에서 300명으로 줄이고, 25% 매출 감소 기준을 추가하였다. 그리고 SBA는 PPP를 취급할 수 있는 지역금융기관(Community Financial Institutions:CFIs)을 지정하고, 이 금융기관을 통해서만 PPP를 운영하기로 하였다. 이는 고용노동자 수가 적은 기업에 더 많은 지원이 이루어지도록 하기 위해서이다.
SBA는 2월 24일부터 2주 동안 고용노동자 수가 20명 미만인 기업의 PPP 대출 신청만 받고, 1인 자영업자나 프리랜서의 대출금 산정 기준도 순이익의 2.5배에서 총이익의 2.5배로 상향 조정하였다. 그리고 2021년 3월 제정된 「2021년 PPP 연장법(PPP Extention Act for 2021)」에 따라 2차 PPP 신청기한을 2021년 3월 31일에서 5월 31일로 연장하였다. 이후 PPP는 더 이상 시행되지 않았다.
PPP 대출이 승인된 건수는 1,143만 8천 건이고, 대출금 총액은 7,903억 달러(약 950조 원)에 달한다. 전체 대출 건수의 82.6%에 달하는 945만 건의 대출에 대한 상환면제가 승인되었으며, 상환면제 대출금 총액은 6,786억 달러(약 816조 원)로 대출 총액의 85.9%를 차지한다.