이와 같은 단계적 접근의 이유로는 1994년 대구, 대전, 서울 등지에서 개최한 대학정원 자율화에 관한 세미나의 결과, 대규모 대학들이 조속한 완전자율화를 주장하는 반면, 후발 및 소규모 대학과 전문대학들이 자율화에 대한 부작용 우려 및 단계적으로 신중하게 추진할 것을 건의한 것에 있다. 예상되는 부작용으로는 교육여건을 도외시한 무분별한 증원에 따른 교육의 질 저하 우려와 대졸 실업자 증가와 고졸 기능인력 부족으로 인한 인력수급상 불균형 문제, 영세 소규모 대학 및 전문대학의 정원 미달사태 우려, 투자비용이 적게 드는 인문사회계의 편증 증원으로 기술인력 양성 차질 등이 언급되었다.
1996년부터는 교육부가 제시한 계열별 증원 규모 내에서 개별대학이 학과신·증설 등 자율적으로 정원을 조정하는 포괄 승인제의 형태로 대학정원 자율화 조치가 시행되고 있으며, 7개 우수 지방사립대학에 대해서는 자율적 증원이 가능하도록 하는 제도를 도입하였다(교육부, 1998a). 포괄승인제란 대학의 신청을 받지 않고 교육부가 정원 증원 규모를 결정하여 대학에 통보하면, 그 범위 내에서 대학이 학과 설치 등 정원을 자율적으로 결정할 수 있게 하는 것이다. 1995년부터 개별대학이 3월말까지 학과 신설, 폐지, 정원증원 등을 교육부에 신청하던 절차가 폐지되었으며, 교육부가 개별대학의 교육여건을 평가하여 계열별 정원증원 규모를 통보해주면 대학이 규모 내에서 학과 설폐 및 증원, 감축 등을 자율적으로 결정하여 교육부에 보고하도록 변경되었다(교육부, 1995). 즉, 포괄승인제는 교육부가 정한 정원한도 내에서 대학은 자유롭게 정원을 조절한 후, 이를 교육부에 보고하는 절차의 변화를 의미한다. 이는 1995년도 시행될 계획이었지만 계획이 연기되며 실제 1996년도부터 시행되었다.