합의제 미디어정책기구가 실무적으로 원활하게 운영되기 위해 중요한 하부조직이 사무처라 할 것이다. 사무처는 위원회의 일상적 조직 및 예산관리 차원의 행정지원 업무를 수행한다. 이러한 지원업무가 제대로 이루어지기 위해서는 사무처는 독임제 정부부처와 원활하게 협조할 수 있어야 한다. 하지만 이러한 사무처 기능을 독임제 부처가 맡을 경우, 독임제 부처와 합의제 미디어정책기구 사이에 갈등이 발생했을 때 합의제 기구의 독립성이 훼손될 개연성이 있다. 이를 방지하면서 동시에 사무처 조직이 갖추어야할 독임부처와의 연계성을 확보하기 위해서는 사무처를 독임제 부처 소속으로 하되 사무처직원에 대한 인사권을 합의제 미디어 정책기구가 갖고 직원을 직접 선발하는 방안을 검토해 볼 수 있다.