이번 냄새파동을 일으킨 겨울철 조류발생의 원인으로는 초겨울 이상고온 현상이 꼽힌다. 기상청 발표에 따르면 11월 금년 우리나라 평균 기온은 기상관측망이 설치된 1973년 이래 최고치를 기록했으며, 최근 30년 평균에 비해 3.4℃ 높았다. 또 12월 현재까지의 수온도 11℃ 이상을 유지하고 있어 예년 평균보다 1.37℃ 높은 수준이다.
두번째 원인으로는 금년 가을 강수량이 부족했다는 것이 지목된다. 환경부 발표에 따르면 올해 9〜10월 두 달 동안 경기도 청평(북한강 수계) 일대에 내린 비는 총 95mm로 작년 521mm의 18% 수준에 불과했다.
셋째로 한국수력원자력 등이 운영하는 북한강 일대 댐들이 올 겨울 전력난 등에 대비해 최근 댐 방류량을 대폭 줄인 것도 녹조 발생의 직접적 원인이 된 것으로 파악된다. 소양강댐과 화천댐, 청평댐 등지의 최근 방류량은 작년 대비 6분의 1 수준에 그쳐 조류들이 하류로 방출되지 못하고 사실상 고여 있게 되어 계속해서 번식한 것으로 보인다.