4) 학력저하 및 사교육 유발 논란
고교입시를 앞두고 학부모들이 자녀의 성적에 민감하게 반응하는 중학교에 자유학기제를 도입하면, 학력이 저하되거나 사교육을 유발할 수 있다는 주장이 있다. 앞에서 살펴보았듯이 아일랜드에서도 학력저하 우려는 해결해야 할 과제 가운데 하나로 지적되었다.
교육부는 중학교 국가 수준 학업성취도평가 과목을 현행 5과목에서 3과목으로 축소하여 시험부담을 완화하겠다고 발표하였다. 그리고 필기시험을 지양하되 다양한 학습 과정 및 결과를 생활기록부에 기록하므로, 학력저하 및 사교육 유발 우려는 크지 않다고 주장하고 있다.