정부위원회 정비는 1983년, 1989년, 1993년 그리고 1999년에 활발하게 이루어졌으며, 특히 1989년 7월 행정개혁위원회는 위원회제도가 지닌 문제점을 해결하기 위해 위원회제도의 정비와 활성화방안을 제시하였다.
여기에서 제도의 정비란 존속의 필요성이 소멸되었거나 운영실적이 저조한 경우, 그리고 기관간 업무협조나 기관내 회의 등으로 대체가 가능한 위원회는 폐지하고, 기능이 유사하거나 중복되는 위원회는 통합하는 것을 말하고, 위원회의 활성화란 존속될 위원회를 보다 적극적으로 활용하여야 한다는 선언적 내용과 함께 위원회 지위와 책임의 명확화, 위원회 구성의 합리화, 위원회의 설치근거 정비 그리고 적정예산의 확보 등을 골자로 하고 있어 위원회가 지닌 문제점을 경험적으로 파악하고 그 개선점을 폭넓게 제시하였다고 볼 수 있다.
정부위원회와 관련하여 특징적인 것은 각종 자문위원회가 두드러지게 증가하였다는 것이다. 이에 대해 기존의 부청 위주의 정부조직만으로는 갈수록 다양해지는 행정수요를 제대로 충족시킬 수 없어 전문가들로 구성된 자문위원회를 둠으로써 원활한 국정수행을 도모하겠다는 취지가 있다고 정당화하는 견해가 있긴 하지만 실제 운영이 제대로 되지 않아 그 정비에 대한 논의가 제기되었다.