일곱째, 철도부문의 운송사업자 비용 산정에 있어 철도운송업의 경우 운수업조사보고서에는 2007년과 2008년 자료만 존재하기 때문에 본 연구에서는 나머지 연도에 대한 통계자료는 한국철도공사의 철도통계연보의 손익계산서 영업비용 자료를 활용하여 운송사업자 비용을 산정하였다. 그러나 철도통계연보의 영업비용 항목은 운수업조사보고서의 비용항목 분류체계와는 서로 다르기 때문에 분류체계의 일치성 측면에서 한계점이 존재한다.
여덟째, 본 연구에서 구축한 도로 및 철도부문 SOC 계정은 국가 전체의 관점에서 교통부문 SOC 시설 투자 및 운영에 따른 경제 주체별(정부, 기업, 이용자) 비용과 수입에 관한 통합 계정으로서 경제 주체간 이용자료의 구분이 불가하거나 세부 자료의 구득이 불가하여 일부 중복 계산된 부분이 존재한다.
마지막으로 도로 및 철도부문의 서비스 효율성 산정을 위해 활용되는 여객/화물 운송실적 중 도로부문의 승용차 운행실적과 2011년 도로화물 운송실적이 현재 발표되지 않아 본 연구에서는 위의 승용차 운행실적과 2011년 도로화물 운송실적을 간접 추정하여 자료의 신뢰성 측면에서 한계점이 존재한다.