「4대강 수계법」 및 동 법 시행령에 규정된 ‘수계관리기금’의 용도 중 주민지원사업의 경우 4대강 수계 모두 ‘수계관리기금’의 용도로 포함되어 있으나 지원대상 지역에 있어서는 수계별로 차이가 있다. 현재 유일하게 낙동강수계만 댐주변지역을 상수원관리지역에 포함하여 지원사업을 실시하고 있는 등 수계 간 댐주변지역에 대한 지원내용이 달라 지역 간 갈등을 야기하고 있다. 결국 지원대상이 아닌 수계의 댐주변지역 주민들은 물값이나 기타 재원을 통한 지원사업의 확대를 요구하고 있는 실정이다.
하천의 수질개선 형태를 기초로 살펴본 ‘물이용부담금’의 문제점으로는 첫째, ‘물이용부담금’의 징수 지역의 형평성 결여와 이에 따른 물 관리 정책의 왜곡을 들 수 있다. 즉, 4대강 하천 본류의 특정 구간에만 ‘물이용부담금’을 부과함에 따라 부담 여부에 따라 지역간 극심한 갈등을 초래하게 되었다. 특히, 물 이용자들이 과도한 부담을 회피하기 위해 많은 국가 재원을 들여 개발한 다목적댐 원수 이용을 회피하고 부담금을 내지 않는 하천의 지류에 자체취수시설을 설치함으로써 취수시설의 중복투자에 따른 낭비와 더불어 지류의 건천화를 초래하고 있다.