그럼에도 불구하고, 법안이 제시하고 있는 방안은 다음과 같은 반론에 의해 쟁점이 되고 있다.
첫째, 어린이집은 「영유아보육법」에 따른 보육기관으로서, 교육부 및 교육청이 보건복지부 소관의 어린이집을 관리·감독하는 것이 용이하지 않다는 점이다.
둘째, 어린이집에서의 보육을 의무교육 이행으로 간주하는 현행 특수교육법 제19조제2항의 규정은 현실을 고려한 임시적인 조치일 뿐인데, 어린이집을 교육기관에 포함시키는 것은 이러한 임시조치를 강화하는 것으로 특수교육의 질을 높이는데 도움이 되지 않는다는 지적이 있다.
셋째, 교육계 일각에서는 장애아동의 보육시설 이용과 관련하여, 유치원 특수학급의 신·증설, 공립 유아특수학교 설립, 유아특수교사 확충 등이 선행되어야 한다고 주장하고 있다.