그러던 중 2002년 대선 당시 불법대선자금 문제가 불거지면서 증폭된 유권자의 정치개혁 의지를 반영하여 2004년 제17대 국회의원선거를 앞두고 여야 합의로 공직선거법, 정당법, 정치자금법 등 정치관계법을 대폭 개정하는 과정에서 정당 후원회 제도가 폐지되었다. 정당이 대기업 등으로부터 거액의 후원을 받을 경우 생기는 정경유착을 막자는 취지에서였다. 지구당 후원회는 2004년 폐지됐고, 2006년 이후에는 중앙당, 시 도당 등의 후원회도 폐지됐다.
정당 후원금지 외에도 후원회제도 전반에 걸쳐 큰 변화가 있었는 바, 법인 또는 단체의 정치자금 제공을 일체 금지하도록 하였고, 정치자금 전반의 투명성을 확보하기 위해 회계 보고제도를 마련하였으며. 고액기부자의 인적사항과 금액을 공개하도록 했다.
또한 정치인 후원회의 모금한도(국회의원, 공직선거가 없는 연도 기준)는 3억원에서 1억 5,000만원으로 축소되었고, 후원인의 기부한도는 연간 1억 2,000만원에서 2,000만원으로 대폭 축소되었다.