실제 부산광역시, 충청북도, 전라북도, 경상남도 등은 발전지원센터의 경제적 타당성이 없는 상황에서 무리해서 센터 설립을 추진하기 보다는 우선 행정조직으로 운영하거나 기존 기관을 활용해 센터를 운영하고, 추후 재단으로 독립시키는 방안을 검토 중이다.
혁신도시 발전과 관련된 사업을 총괄하여 추진할 전문성을 갖춘 조직이 필요한 상태에서 무리해서 재단으로 설립하지 않고, 행정조직 내에 민간 전문가를 채용하여 운영하거나, 기존 기관 활용 및 기존 기관 내 새로운 조직을 설치하는 등 각 혁신도시의 여건과 특성에 맞는 형태로 센터를 설립하여 운영하고 추후 혁신도시 발전 단계에 맞추어 수익모델이 만들어지면 별도 재단으로 독립하도록 할 필요가 있다.