한편 역학조사와 관련해서 각급 부대의 장은 감염병환자 발생시 지휘계통에 따라 군역학조사반에 보고하며, 군역학조사반은 역학조사의 필요성을 검토하여 해당부대에 통보하게 하고 있다. 이후 해당 부대의 장은 관련 사항을 지휘계통에 따라 각 군 본부 및 국군의무사령부로 보고하며, 국군의무사령부는 이를 국방부로 최종 보고한다. 역학조사 대상의 규모가 출동한 부대역학조사반의 역량을 초과하는 경우 중앙･군역학조사반 또는 보건당국의 지원을 요청할 수 있다.