경제적 이권과 맞물려 환경문제는 통상조약에서 다양한 갈등을 빚고 있다. 한미 FTA에서도 환경 부문이 독자적인 장으로 새롭게 규정됨에 따라 향후 환경분야에서 발생하는 분쟁을 다루기 위하여 분쟁해결절차가 발동될 가능성이 존재하고 있으며 이에 따른 환경분쟁해결에 대한 철저한 대비가 필요한 시기라고 볼 수 있다. 환경분야의 경우, 특히 정부의 환경조치가 간접수용으로 간주되어 ISD의 대상이 될 수 있다는 것이다. 특히, 투자자-국가 간 분쟁해결 절차(ISDS: Investor-State Dispute Settlement)에 관한 내용은 외국인투자자에 의하여 정부의 규제권한이 제약되고 국가 공공정책이 무력화될 수 있다는 우려가 존재한다. 다자간 통상 뿐만 아니라 FTA와 같은 양자 간 통상에서는 강대국의 논리가 직접적으로 상대국가에게 적용될 수 있기 때문에 보다 섬세한 방어 논리가 필요하다. 2012년 미국계 사모펀드 론스타가 외환은행 매각과 관련하여 한국정부가 권익을 부당하게 침해했다며 ISD 소송을 제기한 것은 외국계 투자 자본에 의해 정부정책이 흔들릴 수 있는 여지가 많다. 지금까지 FTA가 체결된 국가뿐만 아니라 향후 체결될 수 있는 FTA에서도 발생할 수 있는 환경부문 및 일반적인 분쟁해결절차의 원활한 해결방안 마련을 위해서 입법적 차원에서 기본적인 분쟁해결의 틀과 원칙이 연구될 필요가 있다.