제2공화국 헌법은 헌법재판소 심판관을 대통령, 대법원, 참의원이 각각 3명씩 선임하도록 하였고, 헌법재판소의 조직 등에 관하여는 법률에 위임함으로써 「헌법재판소법」에서 정하고 있었다. 이 법에서 헌법재판소장은 심판관 중에서 재적재판관 과반수의 찬성으로 호선하여 대통령이 확인하는 방식을 채택하였다. 그러나 제2공화국 헌법재판소는 「헌법재판소법」이 공포된 후 1개월 만인 1961년 5월 16일 군사쿠데타로 인하여 정상적인 출범조차 하지 못하게 되었다.
이후 1972년 제4공화국 헌법에서는 다시 헌법위원회를 9명의 위원으로 구성하여 대통령이 임명하도록 하되, 3명은 국회에서 선출하는 자를, 3명은 대법원장이 임명하는 자를 포함하도록 하였고, 헌법위원회 위원장은 위원 중에서 대통령이 임명함으로써 현행 헌법과 같은 구성방식을 규정하였다.
즉, 현행 헌법인 1987년 헌법의 헌법재판소는 재판관은 대통령이 임명하되, 재판관 중 3명은 국회에서, 3명은 대법원장이 지명하는 자를 임명하도록 하여 그 구성방식은 역대 헌법에서의 헌법재판소 구성방식과 크게 다르지 않다.
이번 대통령 개헌안의 경우 헌법재판소장은 호선으로 변경하면서 제2공화국 헌법의 헌법재판소 구성방식과 유사한 모습을 띄고 있다는 특징이 있다.