「대안학교의 설립·운영에 관한 규정」(2007.6.28. 제정 및 시행)은 대안학교의 설립·운영에 필요한 시설·설비기준, 설립인가, 학력인정, 학사운영, 교육과정, 교과용도서, 교직원의 배치, 학교생활기록 및 건강검사기록 유지, 다른 학교 학생의 위탁교육 등에 대해 규정하였다. 이에 대해 제정 직후부터 「대안학교의 설립·운영에 관한 규정」에 따른 학교설립 인가 요건이 과도하고 교육과정이 기존의 국가교육과정의 틀을 벗어나지 못했다는 비판이 제기되었다. 이에 2009년에 「대안학교의 설립·운영에 관한 규정」 제9조(교육과정)를 개정하여 “모든 교과별 수업시간 수의 1/2 이상 운영”에서 “국어 및 사회(중·고등학교 국사 또는 역사 포함) 교과의 수업시간 수의 1/2 이상 운영”으로 변경하는 등 대안학교의 자율성을 일부 확대하였다.