일본 하수도시설의 소유권은 지방자치단체에 있고, 시설은 공영기업에서 독립체산제로 운영하고 있다. 사용요금의 결정이나 위탁사업자 선정 등 하수도사업과 관련한 모든 의사결정 권한은 지방자치단체에 있으며 사용 요금의 변경 시에도 중앙정부의 승인을 요하지 않는다. 하수도사업을 운영하는 공영기업은 「지방공기업법」에 의거하여 매년 재무제표를 작성하도록 하고 있으며 이 자료는 하수도요금 산정 시 기초자료로 활용되고 있다. 하수의 수집 및 처리와 관련하여 발생하는 하수도비용은 사용자부담에 따라 부과하고 있다.