경제성 분석 방법은 크게 비용편익 분석과 비용효과 분석 두 가지로 구분된다. 비용편익분석은 비용과 편익을 모두 화폐가치로 환산할 수 있기 때문에 순편익을 계산할 수 있고, 이 순편익을 비교하여 가장 효과적인 대안을 선택할 수 있는 장점이 있다. 비용효과분석은 편익을 화폐적 단위로 측정할 수 없는 유형의 사업들을 평가하는 있어서 매우 유효한 분석기업이나, 비교대상 대안들의 산출물이 동일해야 한다는 다소 엄격한 가정을 안고 있다.
비용효과분석의 실시여부는 2011년 한국과학기술기획평가원에서 출판된 “연구개발부문 사업의 예비타당성조사 표준지침 연구”을 살펴보면 쉽게 알 수 있다. 예바타당성 조사 대상사업의 경제성 분석은 비용-편익분석을 기본적인 방법으로 채택하여 분석하나, 순수 R&D 사업과 같이 비용-편익분석이 적합하지 않는다고 판단되는 사업의 경우에는 비용-효과 분석을 실시할 수 있도록 되어 있다. 또한, KISTEP(2010)에 따르면 사업종료 후 실질적 편익 창출을 위해 실증화 연구, 신뢰성 제고 연구 등 다단계의 후속활동이 장기간 진행되어야 하거나 기술개발을 통한 화폐적 가치 측정이 어려운 경우에는 비용효과분석을 실시한다고 명시되어 있다.