(2) 단위학교의 참여 축소 논란
현행 교장공모제는 심사의 공정성을 높이고 심사절차의 복잡성을 해소한다는 취지에서 심사절차를 변경하였다. 5차 시범적용까지 단위학교는 상위 2인을 선정하는 3단계까지 참여하였으나, 현재는 3배수를 선정하는 1단계만 참여할 수 있게 되어있다. 또한 학교운영위원이 로비의 대상이 되는 것을 막기 위해 학교운영위원의 학교심사위 참여비율을 50%로 줄였다.
이처럼 변경된 심사절차는 1~5차까지의 시범적용에 비해 학부모와 교사 등 단위학교 구성원의 참여가 축소되었다는 주장이 있다. 지원자가 3인 이하인 학교의 경우 3배수를 선정하기 위한 학교심사위의 심사는 의미가 퇴색한다. 서울시교육청은 “지원자가 3인 이하인 경우에 심사결과 부적격으로 판단될 정도의 특별한 사유가 없는 한 모두 2차 심사대상자로 추천”하도록 하였다. 그러나 교장공모제는 부적격 교장을 찾기 위한 제도가 아니다. 그리고 적임자가 아니라고 판단될 경우에는 다음 단계의 심사대상자로 추천하지 않아도 되게 되어 있는 다른 공직임용제도와도 배치되는 측면이 있어서 논란이 일고 있다.