교섭창구 단일화를 위한 노동조합원의 투표과정에서 많은 혼란과 부작용이 발생할 것이다. 특히 제도의 시행초기 정착과정에서는 복수노조의 설립이 빈번할 것이고 이에 따라 교섭창구 단일화를 위한 조합원 투표에 대한 수요가 폭증하리라고 생각된다. 따라서 교섭창구 단일화 선거를 어떻게 공정하게 관리하느냐가 중요한 실무적 과제로 떠오른다.
복수노조가 허용되고 과반수 대표제에 의한 교섭창구 단일화 방안이 도입되게 되면 교섭단위의 결정, 노동조합원수의 확정, 노동조합간 분쟁 해결, 사용자의 부당노동행위 등 노동위원회의 판정적 기능의 강화가 수반되어야 한다. 따라서 노동위원회의 업무가 폭증할 것이라고 예상된다. 특히, 문제가 되는 것은 교섭창구 단일화와 관련한 전체 조합원의 투표관리이다. 이 업무는 방대한 인력이 소요되고 노동위원회가 과거에 수행해 본 경험이 전혀 없는 업무 분야이다. 노동위원회의 인적 자원과 업무 역량을 고려해 볼 때, 교섭창구 단일화와 관련된 노동조합원 선거관리는 전문성과 인력을 갖춘 선거관리 위원회에 위임하는 것이 현실적인 방안이라고 생각된다.