(2) 항만 관리주체 부분 통합방안  
두 항만 관리주체(혹은 항만공사)의 완전통합이 현실적으로 실현하기 힘들다면 김형태(2010)가 제시한 부분 통합방안을 고려할 수 있다. 여기서의 부분 통합은 항만공사의 물리적인 통합은 아니며 두 항만의 가장 공통적이고 핵심이 되는 부문의 운영통합을 의미한다. 김형태(2010)는 부산항과 광양항의 통합기구 설립을 통한 컨테이너 터미널부분의 운영통합을 제시하였다. 이에 따르면 부산항만공사와 여수광양항만공사는 각 항만 관리주체로서 현재의 관리업무를 수행하게 함으로써 해당 지역의 특수성을 인정하고, 지나친 항만경쟁으로 문제가 될 수 있는 컨테이너 터미널 부문을 양 항만 통합기구를 통해 통합 운영하게 된다. 
인천항과 평택항도 부두시설 통합운영을 통해 상호 시너지 효과를 창출할 수 있는 부문을 발굴할 필요가 있을 것이다. 컨테이너 터미널의 경우 인천항과 평택항의 시설이나 처리능력 차이가 크고 터미널 운영사도 서로 달라 통합운영이 가능할지 의문이 크다. 다만 벌크화물 중 액화천연가스(LNG)의 경우 한국가스공사가 인천 남항 2개 선석, 평택항 2개 선석을 확보해 운영하는 것을 감안하여 LNG 부두의 통합운영을 검토할 수는 있을 것이다(표 51). 
통합기구는 기존의 부두시설 운영사가 공동 자회사로 설립하며 그 지분은 50:50방식이나 각 항만 부두시설의 자산가치에 따라 결정할 수 있을 것이다. 한편 통합기구를 특별법상 공공기구로 설립할 경우 기존 항만공사와 관리주체가 중복될 우려가 있어 주식회사 형태가 보다 바람직할 수 있다. 인천항과 평택항의 완전 혹은 부분통합을 위한 구체적인 사항은 별도의 연구를 통해 심도 있게 분석할 필요가 있다.