연공급 임금체계가 대기업 내부의 노동시장을 경직화시킴은 물론 연공급 임금체계에서 발생하는 고비용의 일부를 중소기업에게 전가하여 대기업과 중소기업 간의 양극화 현상을 심화시키고 있다는 지적이 있다. 또한 연공서열형 고임금제도가 기업으로 하여금 조기퇴직 등 구조조정 활용과 청년 신규채용의 감소 등을 유도한다는 분석도 있다. 그러나 이러한 비판에도 불구하고 노사간 신뢰 부족과 엄격한 법적 제약 등으로 인해 합리적인 임금체계 변경에 대한 노사의 구체적인 노력이 본격적으로 진행되지 못하고 있다. 다만 노동부를 중심으로 임금체계 개편에 필요한 직무급 내지 성과급 평가 매뉴얼 등을 보급하고, 노사 자율적 임금체계 개편을 확산시키려는 유도 행정이 초보적으로 시작되고 있을 뿐이다.
노사자율에 의한 임금체계 개편은 대기업 강성 노조 주도 사업장에서 실현되기가 거의 불가능하다. 결국 취업규칙 불이익변경 유연화, 단체협약 개정 유연화를 위한 제도 개선 등 합리적인 임금체계 개편에 필요한 법적·제도적 인프라 구축이 필요하다. 최근 노동부의 근로기준법제의 중장기적 개선방안에서는 취업규칙 불이익변경 요건을 다소 완화하는 안을 제시하고 있다. 취업규칙 불이익 변경이지만 근로자 과반수의 동의를 얻지 않아도 되는 예외적인 경우로 서 사회통념상 합리성이 인정되는 경우를 규정하고 사회통념상 합리성의 판단은 해석에 맡기기로 하는 안을 제시하고 있다.