교과부는 매년 9월 계약학과를 운영하는 대학 측에 산업체명단을 제출하도록 요구한다. 문제는 학교당 수십 개에 이르는 산업체를 한두 명의 교과부 인력으로 ‘산업체 구성 요건은 갖췄는지’ ‘유령 사업체는 아닌지’ 등 MOU 진위를 일일이 확인하기가 쉽지 않다는 것이다. 아직까지 계약학과에 대한 면밀한 감사는 없는 실정이다.
교과부 관계자는 “계약학과는 기본적으로 학교가 자율적으로 설치, 운영하는 만큼 자율성을 최대한 보장한다. 학교 측에서 제출한 산업체 명단을 보다가 크게 의심되는 산업체에 대해서는 조사를 벌여 적격 여부를 판단하지만 모든 산업체를 면밀히 조사하기에는 어려운 여건”이라며 “이 부분을 보완하기 위해 제도 정비를 하고 있다”고 밝혔다(손영일, 2010).
계약학과는 산업체가 필요로 하는 맞춤형 인재를 공급함과 동시에 대졸자의 취업기회를 증진시킬 가능성이 큰 제도이나, 현재는 석·박사 과정 및 재교육에 비중이 높은 현황이다. 또한 앞선 언론보도 등과의 사례처럼 관련법의 제도적 미비 및 악용가능성 등은 지속적인 보완이 요구되는 부분이다.