엄밀한 조사ㆍ분석의 결과, 국민 경제의 장기적 이득이 될 수 있다면 이미 지정된 일부 경제자유구역 단위지구를 해제하는 것도 바람직하다. 그러나 정책발표 번복에 따라 이해관계자에게 손실이 발생하고 이들의 반발로 인하여 구조조정이 지연될 수 있으므로 적정규모의 보상을 고려할 필요가 있다.
마지막으로 경제자유구역의 성공적 운영에 있어서 규제완화, 조세 감면 등의 인센티브도 중요하지만 국내ㆍ외 산업구조와 국제무역 환경의 변화에 선제적으로 대응할 수 있는 산업 전략을 수립하고 그에 상응하여 외국인 투자 기업을 위한 인프라를 구축하는 것도 그에 못지 않게 중요하다.