가장 큰 걸림돌로는 다음과 같은 몇 가지점이 거론된다. 첫째, 회원국들 중 영국의 반대이다. 유럽에서 발생하는 금융거래의 상당부문은 영국에 의해 발생되고 있다. 실제 세계 외환거래의 약 40%가 이루어지는 영국은 EU만 먼저 금융거래세를 도입할 경우 금융투자자들과 금융기관이 미국으로 이전함으로써 자국에 부정적인 영향을 미칠 것을 우려하여 반대입장을 고수하고 있다.
상당수의 세수는 영국에서 나올 것이므로 이는 금융이 주력산업인 영국 경제에 악영향을 끼칠 가능성이 클 뿐만이 아니라, 영국이 금융거래세 도입에 참여하지 않을 경우, 유럽이 기대하는 세수가 확보되지 못할 수도 있다.
둘째, 스웨덴의 과거 금융거래세 경험이 유럽에 그리 긍정적이지 않다는 점이다. 스웨덴은 과거 1980년대 토빈세를 시행했지만 실제 세수가 기대에 미치지 못했고 금융기관과 투자자들의 반발로 제도를 철회한 경험을 가지고 있다.
당시 스웨덴 정부는 증권거래의 매도와 매입 양쪽에 0.5%씩 세금을 부과하여 1.0%의 세수를 걷었다. 이어 1986년 세율을 두 배로 인상하고 채권 등에도 세금을 부과하여 거래량을 크게 줄이게 되어 거둬들인 세수는 기대의 절반에도 미치지 못한 수준에 그쳤다. 토빈세가 발표된 이후 채권거래는 85%, 선물거래는 80%씩 각각 감소한 부작용만을 야기한 것이다. 결국 스웨덴 정부는 1990년 채권에 대한 세금을 철회했고, 1991년 나머지 토빈세의 세율을 절반으로 줄인 뒤 같은 해 말 완전히 철회한 경험을 가지고 있다.
셋째, 유럽 국가들간의 형평성의 문제가 발생할 수 있다. 이번에 찬성한 11개국도 자국만 금융거래세를 시행하게 될 경우, 국내 금융산업이 상대적으로 불리해질 것을 염려하고 있다. 금융거래세의 시행으로 자본을 형성하는 비용이 증가하면서 자국의 경제에 부담이 될 것을 우려하는 것이다. 이에 따라 이들 국가들도 나머지 유로존 국가들도 동참하기를 내심 바라고 있으며, 즉각적인 시행을 망설이는 상황이다.
또한 자국내 금융기관들의 금융거래가 과세를 피해 런던과 뉴욕 등으로 옮겨갈 가능성에 대한 우려에서 아직 시행에 옮기기를 주저하는 형편이다.