업무분야의 중복으로 관련 규제에 있어서도 신속하고 통일된 정책 마련에 어려움이 계속되고 있다. 방송통신산업에 있어 규제는 방통위, 진흥은 지경부로 부처간 업무분장이 이루어졌지만, 방통위의 경우 차세대 이동통신ㆍ방송ㆍ인터넷ㆍ전파 등의 분야에 대한 연구개발, 진흥의 필요성 발생으로 지경부와 업무중복이 발생하고 있다. 또한 방통위는 방송콘텐츠의 관할권을 둘러싸고는 문화부와 경쟁하고 있다.
정보화 촉진은 행안부의 소관이지만, 방통위의 방송통신망 고도화 사업은 정보화 촉진사업의 주요부분이다. 실제로 행안부가 지난해 말 내놓은 국가정보화 기본계획에서 고품질 융합서비스 제공을 위한 네트워크 고도화 및 RFID/USN 등 u-ICT 인프라 확산을 추진을 밝혔지만, 이 부분은 방통위의 정책 방향과 유사하다.