문예위는 영국의 예술위원회(Arts Council of Great Britain)를 벤치마킹하여 “지원은 하되 간섭은 않는다”는 ‘팔길이(arm’s length) 원칙’에 따라 설립되었다. 따라서 정부 소속 기관이 아니라 독립 법인으로 만들어졌고, 독임제구조가 아니라 합의제 구조로 만들어졌다. 또한 ｢문화예술진흥법｣제29조(위원의 직무상 독립 등)를 통해 위원들의 자율성이 보장됐다.
문예위는 ｢문화예술진흥법｣제16조(기금의설치 등)에 근거하여 문화예술진흥기금을 운용하고 있다. 문예위는 한국문화예술진흥원 때부터 기금으로 예술창작 지원 사업을 해왔다. 그런데 최근 문화예술진흥기금이 고갈되고, 기금에 관광진흥개발기금, 국민체육진흥기금, 복권기금이 전입되면서 사업 내용이 달라지기 시작했다. 통합문화이용권 사업과 같은 예술향유 지원 사업의 비중이 크게 증가한 것이다.
2018년까지 문예위는 ｢공공기관 운영에 관한 법률｣에 의해 기금관리형 준정부기관으로 지정되어 문화체육관광부뿐만 아니라 기획재정부의 통제를 받았다. 문예위는 다른 공공기관들과 마찬가지로 경영 공시를 해야 했으며 경영실적을 평가받았다. 준정부기관으로 지정되면서 위원장 임명 방식도 위원회 내 호선에서 문화체육관광부 장관의 임명으로 바뀌었다.