제2차 기본계획(안)은 다음과 같은 문제점을 갖고 있다.
첫째, 2차 기본계획의 주요대상을 맞벌이 가정으로 하였으나, 소득수준에 따라 다양할 수 있는 맞벌이 가정의 요구를 충족시키기에는 어려운 점도 있다. 전체 근로자 중에서 비정규직 규모는 점점 확대되고 있고, 그 중에서 고용의 불안정성을 내포하고 있는 여성 비정규직 근로자의 비율은 53.5%로 상당히 높다. 2010년 현재 많은 비정규직 여성근로자들은 출산 후 육아휴직을 사용하기보다는 시설에 영아를 맡겨야 하는 상황에서 자율형 어린이집 도입, 베이비시터 시장 조성 등 민간보육시장 육성정책은 저소득층 맞벌이 가정의 부담을 가중시켜 저출산 문제를 더욱 악화시킬 우려가 있다.
또한 상대적으로 고용이 안정된 중산층 맞벌이 부부가 활용할 가능성이 높은 육아휴직 역시 제도의 활성화를 위하여 급여의 정률제를 제시하고 있으나 휴직사용자에 대한 대체인력 확보방안, 기업에서 육아휴직 사용자에 대한 불이익을 어떻게 줄일 수 있는지에 관한 구체적인 방안이 제시되지 않고 있다.