이렇게 ISA에 대한 관심이 저조한 이유는 다음과 같은 몇 가지로 생각해 볼 수 있다. 첫째, ISA 가입에 따른 복잡한 제약조건이다. 실제 ISA가 도입되면서 전제 조건으로 붙은 것이 ‘한국형’이라는 특수성이었다. 즉, 가입을 위한 소득요건, 인출제한, 손익통산에 의한 세제혜택 등에 대한 규제가 우리나라만의 고유한 특징임을 의미한다.
가입자격은 근로 또는 사업소득이 있는 자로 한정하고, 금융소득종합과세 대상자를 제외하도록 하였다. 또한 연간 가입총액을 한정하였으며, 의무가입기간을 설정함으로써 가입자의 자율적 가입을 제약하는 문제를 가지고 있다. 물론 다른 과세혜택이 있는 상품 대부분의 경우 이보다는 긴 의무가입기간을 설정하고 있으나, 실제 가입자들은 ISA의 혜택을 인식하지 못하였다.
더구나 가입기준을 종합과세 근로소득이나 사업소득이 있는 사람들에게 한정하면서 실제 경제행위에 공식적으로 참여하지 못한 사람들, 아르바이트나 프리랜서 등과 같이 근로를 하면서도 공식적으로 '근로소득'으로 인정받지 못하는 사람들이 배제된다. 노후를 위한 저축이나 자산의 적립이 더욱 필요한 계층을 배제하는 문제가 있다.
둘째, 중도인출에 대한 제약이다. 기존 재형저축의 경우와 비교해 본다면, 연평균 가입금액은 약 240만원으로 재형저축 연간 납입 한도 1,200만원의 20%에 불과하다. 이는 ISA 납입한도 연 3,000만원대비 8% 수준이다. 그러나 현재 ISA 평균 가입액보다 높다. 즉, ISA에서의 한도수준까지 인출이 제한되는 자산적립상품을 가입할 수 있는 계층이 매우 제한적인 상황에서 납입한도를 늘리면서까지 세제혜택을 주고자 한다는 점은 가입대상을 서민층 이상으로 기대하고 있었다고 볼 수 있다. 그러나 대상으로 고려하고 있는 서민층 이상의 경우 굳이 ISA가 아니더라도 다양한 자산 마련 수단을 강구하고 있어 이에 대한 매력이 떨어진다.
셋째, 가입자들은 자신들이 투자한 ISA가 어떻게 운용되고 있는지에 대한 정보를 투명하게 인지하지 못한다. ISA는 일반 증권사의 종합계좌의 개념을 가지고 있으나, 가입자의 계좌 내에 현금 상태로 유지할 수 없어 어떤 형태로든 금융상품에 가입되어 있어야 한다. 위험성 금융상품에 가입하거나, 최소 180일 이상 만기의 정기예금이나 환매조건부 채권 등으로 보유해야 하며, 계좌 내에서 상품을 바꿀 수는 있지만 어떠한 형태로든 금융상품에 가입되어 있어야 한다. 금융상황의 변화가 예상되더라도 빠른 대처가 어려울 수 있다. ISA는 통장에 수수료를 지급하는 구조이기 때문에, 소비자의 입장에서 운용수익 전부를 취할 수 없다. 운용에 따라 수수료를 징구하게 되며, 이에 대한 정보 역시 가입자에게 투명하게 공시되지 않고 있다.
넷째, ISA에 대한 정보부족이다. 사실 ISA라 하여도 운용기관, 운용특성에 따라 수많은 상품들이 존재하고, 각각의 목표수익률과 위험이 다르다. 수수료도 다양하게 분포되어 있다. 신탁형의 경우 수수료는 0.1%에서 0.8%정도이며, 일임형의 경우는 0.1%~1.5%로 어느 금융기관에 어떤 상품으로 가입하느냐에 따라 너무나도 다양한 수수료를 부담하게 된다. 수익률이 아무리 높고 세제 혜택이 주어진다 하여도 건당 높은 수수료를 부담하게 될 경우 수익에 있어 기존 상품과의 차별이 없다.
다섯째, ISA가 인기를 끌지 못하는 가장 주요한 이유는 운용성과가 저조해서다. 세제혜택을 포함한다고 하여도 저금리 시대에 대응하여 만들어진 상품의 수익률이 기존 타 금융상품에 비해 낮은 성과를 나타내고 있어 많은 가입자들이 추가불입을 주저하거나, 해지까지도 하였다. 반면, ISA를 운용하는 금융기관의 입장에서 5년 이상을 적립하는 자금으로, 이탈 가능성이 낮아 운용에 충성도가 낮아질 수 있는 유인을 만든다.
판매사의 입장에서도 가입희망자에게 ISA에 대한 설명을 의무적으로 하도록 하고 있어 업무의 부담을 주었다. 그럼에도 불구하고 초기 ISA 판촉 성과를 담당자의 실적평가에 중요하게 반영하면서 과당경쟁과 불완전판매의 소지를 만들었다.