문제는 통상 의원 체포에 대한 동의요청이 있으면 국회는 해당 사안의 중대성을 판단할만한 관련 자료 없이 정부의 체포이유에 대한 설명만 듣게 되고, 그 후 본회의에서 토론 없이 무기명 투표로 표결하게 되는 과정만을 거친다는 점과 체포 동의 여부가 전적으로 국회의 재량사항이라는 점이다.
즉, 국회 입장에서는 체포동의요청이 있는 경우 해당 사안의 중대성을 파악할만한 자료가 부족하여 무조건 체포동의를 해줄 수 없는 어려움이 있다. 한편, 수사기관 입장에서는 의원의 인신 확보를 통한 수사가 국회의 자주성을 침해하려는 목적이 아님에도 불구하고 국회의 재량에 의해 체포동의가 거부될 수 있다는 어려움이 있다.