효과적인 파산재단관리를 통한 공적자금 회수를 극대화하기 위해서는 예금보험공사가 파산관재인으로서 파산절차에 직접 참여하는 것이 가장 효과적인 방법이었다. 이에 ｢공적자금관리특별법｣ 제정(2000.12.20) 및 ｢예금자보호법｣ 개정(2002.12.26) 등을 통해 부보금융회사가 파산하는 경우 공적자금의 효율적인 회수를 목적으로 법원이 예금보험공사 또는 그 임직원을 파산관재인으로 선임하도록 하여 예금보험공사의 파산재단 직접관리가 가능하게 되었다.
2001년 3월 예금보험공사가 파산관재인으로 본격 선임되기 시작한 이래 2016년6월말 현재 공적자금이 투입된 441개 금융회사 파산재단(청산법인 포함) 중 439개파산재단에 예금보험공사가 파산관재인(청산인)으로 단독 선임되어 예금보험공사 중심의 체계적이고 효율적인 파산재단 관리체제가 구축되었다. 예금보험공사는 파산재단 통합관리를 통해 합리적이고 효과적으로 파산재단을 관리하고 있다. 또한 파산재단 운영 장기화에 따른 비효율· 고비용을 방지하기 위해, 신속한 환가 및 효율적인 비용절감을 시스템적으로 구현한 파산절차 조기 종결제도를 적극적으로 도입·추진하여 공적자금 회수 극대화에 최선을 다하고 있다.