교육감선거의 후보자는 시ㆍ도지사선거의 후보자와 비교하여 선거비용의 충당에 어려움이 있다. 교육감선거는 ｢정치자금법｣ 제12조 제1항 제5호에 의하여 후원회를 조직하여 선거비용제한액의 100분의 50에 해당하는 금액을 모금할 수 있다. 하지만, 교육감선거 후보자의 자격 요건인 교육경력 때문에 오랜 기간을 교육계에 몸담고 있었던 후보자는 선거비용제한액의 절반에 해당하는 금액을 모금하기도 쉽지가 않다. 또한, 자치단체장선거의 후보자는 선거에서 정당으로부터 지원을 받을 수 있으나 교육감선거의 후보자는 정당지원이 없기 때문에 선거비용에 대한 부담이 클 수밖에 없다.
교육감 직선제가 실시된 후에 막대한 선거비용과 인력을 동원하여 당선된 후보자가 선거과정에서 발생한 빚 때문에 비리에 연루되거나 편법인사를 하게 된다는 논란이 있다.