재정경제원 출범에 따른 정부조직 상의 특징은 대략 다섯 가지로 정리될 수 있다. 첫째, 경제기획국과 정책조정국을 통합하여 경제정책국을 신설하였는데, 국민경제 전체에 대한 국가주도의 계획기능과 규제조직을 감축함으로써 각 중앙행정기관별 정책의 자율성과 창의성을 확대하고자 하였다. 둘째, 경제기획원의 예산편성 및 예산관리기능과 재무부의 국고, 정부회계, 금융 등의 제반 재정·금융정책 기능을 통합하여 예산기능과 정부정책의 연계성을 강화하고자 하였다 셋째, 경제기획원과 재무부의 유사·중복기능을 통합하기 위하여 재무부의 관세국을 폐지하여 그 기능을 세제실로 흡수하고, 경제기획원의 대외경제국과 재무부의 경제협력기능을 대외경제국으로 통합하였다. 넷째, 재무부의 금융조직을 축소하기 위하여 종래의 재무정책국, 금융국, 증권보험국, 국제금융국을 통합해 금융정책실을 신설하였다. 다섯째, 국무총리의 정부정책 조정기능을 강화하기 위하여 경제기획원의 기획조정 및 심사평가기능을 국무총리 행정조정실로 이관하였다. 시장경제원리에 의한 자유로운 경쟁을 촉진하고 공정한 거래를 통한 경제정의의 실현을 위하여 공정거래위원회를 국무총리 소속기관으로 개편하였다.