농촌 환경보전, 공동체 유지, 경관보전, 식품안전과 같이 농업·농촌의 공익적 기능 확보에 대한 국민적 요구 증가에 따라 2019년 5개소(충남 보령과 홍성, 전남 함평, 경북 문경과 상주), 2020년 20개소(세종 1, 강원 2, 충북 4, 전북 3, 전남 4, 경북 3, 경남 3), 2021년은 기존 25개소에서 농업환경보전프로그램이 실시되고 있다. 매년 사업대상지역을 확대할 계획이었으나 2020년 관련 예산을 확보하지 못하여 2022년에는 2021년 22개 시행지역들의 연차사업들만 1,875백만 원 예산규모로 진행 중이다.
농업환경보전프로그램의 성과로 농업환경개선 및 보전 활동을 통해 온실가스 감축, 생물다양성 증진에 기여할 것으로 기대하고 있으나 지역별로 사업 시행기간이 2~3년밖에 되지 않아 가시적인 성과를 나타내긴 어려운 상황이다. 그러나 2020년 12월 현재 추진성과를 정리하면, 농업환경보전프로그램 참여 마을을 5개소에서 20개소로 확대하였다는 점, 5년 단위의 중기 농업환경개선과 보전체계 구축 기반 조성을 위한 시초사업이라는 점을 들 수 있다. 그러나 2020년 ’21년 신규사업 공모결과 23개소(6개도 19개 시군)가 접수(5.8.~8.10.)하였으나 ’21년 신규참여 마을 사업 예산(5억 원)이 2021년 예산에 미반영되어 사업대상지 확대가 잠정 중단된 상황이다.
2019년부터 시행 중인 농업환경보전프로그램의 긍정적인 성과와는 다른 측면으로 현 프로그램이 농업계내 역량 강화와 비용면에서 국가 재정 기여도가 매우 높아 국가 예산의 증액이 수반되지 않으면 확산이 어려운 체계라는 한계도 있다.