이와는 별개로 일본 내에서 RCEP의 과제로 제기하고 있는 부분은 다음과 같다.
첫째, 일본 공산품 수출의 관세철폐율은 91.5%로 CPTPP의 99.9%보다 낮다. 구조적으로 RCEP에 참여하는 국가의 경제발전 정도가 상이하여 산업경쟁력이 낮은 국가에 시장 개방을 강요하는 데는 한계가 있다는 주장도 있으나, 협정 발효 후에도 자유화 수준을 높이는 노력이 필요하다는 지적이다.
둘째, 인도의 이탈이 RCEP의 가치를 떨어뜨린 측면이 있다고 평가한다. 인도는 일본의 ‘자유롭고 열린 인도·태평양’ 구상의 중요한 파트너로서, 일본은 RCEP이 중국에 의해 주도되지 않도록 견제하기 위해서는 RCEP에 인도의 참여가 필수적으로 보고, 인도의 산업경쟁력 강화에 협력하면서 RCEP에의 참여를 독려할 필요가 있다는 의견이 제시되고 있다.
셋째, 전자상거래 부문에서 데이터의 자유로운 유통의 확보, 서버 등 IT 관련 설비의 자국 설치요청 금지 항목은 포함되었으나, CPTPP에 포함된 소스 코드 공개요청 금지가 포함되지 않은 점에 대한 문제 제기가 있다. 현재 중국 정부가 주요국 IT 기업에게 정보공개를 요구하고 있어 이에 관한 규정이 필요하다는 의견이나, 중국뿐 아니라 ASEAN 국가 중에서도 반대하는 국가가 있어 이번 협정에는 해당 항목이 포함되지 않았다. 하지만, 일본 국내에서는 향후 보다 엄격한 제한이 필요하다는 지적이 제기되고 있다.