이와 같은 예산편성 관행은 열악한 지방재정 여건을 더욱 어렵게 만드는 직·간접적인 원인으로 작용하고 있다는 지적도 적지 않다. 부족한 재원을 적재적소에 적절히 사용함으로써 불필요한 지출을 줄이고, 그 사용성과를 극대화할 수 있는 예산편성 틀의 정립은 지방재정 건전화를 위해 매우 긴요한 숙제가 아닐 수 없다.
우리나라는 지방예산을 편성함에 있어 그 동안 지속되어 왔던 단순 증분주의방식의 품목별 예산제도를 탈피하여 각 예산항목의 성과를 극대화할 수 있는 사업별 예산제도의 도입을 추진하고 있다. 2005년 8월 지방재정법 개정을 통해 성과중심의 사업별 예산제도의 추진근거가 마련되었고, 그 해 9월 ‘사업별 예산제도 실무매뉴얼(안)’이 마련되었다. 이에 따라 2005년(05.9)에는 50개 지방자치단체가 사업별 예산서를 작성하였고, 2006년(06.4)에는 모든 지방자치단체가 사업별 예산서를 시범 편성하도록 하였다. 더 나아가 2008년부터 모든 지방자치단체는 당해 연도 예산을 편성함에 있어 사업별 예산제도를 따르도록 하고 있다.