둘째, 국가차원의 통합적 사이버안보 대응을 위해 청와대가 총괄적 기능을 갖는 안인데, 일본에서 이와 유사한 제도를 운영하고 있다. 즉 청와대를 실질적인 컨트롤타워로 하고, 국가정보원·국방부·과학기술정보통신부 등 유관기관이 협력하는 방안으로서, 이는 국가정보보안의 실무 역할을 현행 국가정보원이 아니라 청와대로 하고, 국가정보원은 범부처 협력체계의 한 축만을 담당하게 하는 것이다. 이는 국가정보원에 대한 국민의 낮은 신뢰와 견제수단의 불충분이라는 반론과 컨트롤타워로서의 과학기술정보통신부에 대한 부처간 이견을 고려한 것으로서, 청와대 산하에 위원회를 설치하여 컨트롤타워 역할을 수행하고, 각 부처가 결정사항을 이행하도록 하는 것이다. 이와 관련하여 통합적 대응측면에서는 행정부의 제2인자이자 상급행정청의 지위에 있는 국무총리실이 컨트롤타워 역할을 하는 것이 바람직하다는 견해도 있다. 다만, 이러한 대안들은 사이버안보 특성상 위기대처 차원에서 신속한 의사결정과 집행이 필요하다는 점에서 분산형 체제가 갖는 근본적인 한계는 갖고 있다.