IMF 외환위기를 맞이하여 신용보증기금 내부적으로도 일련의 변화를 기하지 않을 수 없었다. 신용보증기금은 담보부보증을 위시한 16종의 특별보증 시행을 통해 중소기업의 자금경색을 완화시키고자 하였는데, 1998년 한 해 동안에만 총3만 6,659개 기업에 13조 2,572억원이 이와 같은 특별보증을 통한 보증지원이었다(신용보증기금, 2006: 211). 또한, 신용보증기금은 대량실업자 구제를 위한 정부시책에 부응하기 위해 생계형 창업특별보증제도를 시행하였는데, 1999년 한 해 동안 만 10만 명 이상의 실업자를 흡수한 효과를 낸 것으로 추정되었다(신용보증기금, 2006: 213). ‘대우사태’로 인해 대기업들이 잇따라 유동성 위기에 직면하자 신용보증기금은 기업체가 발행한 회사채를 기초자산으로 유동화전문회사가 발행한 유동화증권(CBO)에 대한 유동화회사 특별보증제도를 실시하여 회사채 시장의 안정화에 기여하였다. 신용보증기금은 IMF 라는 사상 초유의 경제위기 상황 속에서 경제극복을 위한 정부의 경제정책을 충실히 수행해 온 것으로 보인다. 적극적인 부분보증제도의 시행을 통해 채권기관과 리스크 공유 및 도덕적 해이방지를 위해 노력하였으며 보증요율 차등화, 기업신용평가시스템(CCRS) 도입, 종합판단시스템을 통한 보증심사, 어음보험제도 실시 및 안정화, 주택신용보증업무의 수관, 구매자금융 보증시행 등 신용보증기금은 IMF 외환위기 극복을 위한 역할을 하면서도 내부적인 변화노력을 통해 제도의 정합성 유지 및 리스크 분산을 위해 역량을 집중하였다.