(2) 예비타당성조사의 방법과 대상 선정의 주체(안 제12조의3)
개정안은 예타 대상인 500억원 이상 신규 국가연구개발사업에 대해서 국과위가 사전에 기술성만 평가하여 적합 사업을 제시하면, 기재부는 그 중에서 예타 대상을 최종 선정하여 예타를 실시하도록 하고 있다.
이는 사실상 국과위의 역할을 대상사업 후보선정 중 일부에 국한하는 것으로, 예타가 국가위의 핵심기능인 R&D예산의 분배ㆍ조정ㆍ평가 등 전주기적 관리와 직접 연관된 점을 고려할 때 국과위의 기능을 불완전하게 만들 수 있다.
과거 국과위에서 독자적으로 수행하던 사전타당성조사(사실상의 예타)를, 국가위 기능 강화시점에 오히려 위축시키는 것은 기능 강화의 의미를 축소하는 것이다. 또한 예타와 예산 배분은 매우 밀접한 관계이므로 예타를 국과위와 기재부가 공동으로 수행하거나, 전문성이 부여된 국과위로 단순화하여 효율을 기할 필요가 있다.
또한 KDI 등에서도 제기한 바 있듯이 예타평가지침을 R&D에 맞게 개선해야 한다. 가시적 정량적인 평가가 가능한 경제성보다는 간접적 파급효과(사회적, 과학기술 경쟁력, 타분야 파급효과, 국가위상 등)가 큰 기초ㆍ원천성 사업은 그 배점 및 평가방법을 달리해야 한다. 과거 국과위가 행한 사전타당성 조사의 평가기준과 현 예타의 평가기준에서 명확히 다른 부분이 경제성 세부항목이다. 이러한 평가기준은 기초ㆍ원천사업에 불리하거나 평가에 한계를 가지고 있다.