그러나 정부의 이러한 조사는 실제 비정규직 인원과 규모가 과소 측정되었다는 비판에 직면하였다. 인권위(2003)의 경우 공공부문 8개 산업의 비정규직 비율이 37.6%인데 반해 같은 시기 정부의 조사는 18.8%에 불과해 두 배의 차이를 보이고 있기 때문이다. 노동계는 이러한 정부 조사 결과는 지자체 민간위탁과 공기업의 자회사 등이 활용하는 간접고용 비정규직 수를 고려하지 않고 있고, 각 기관에서 비정규직 수를 기입할 때 누락된 인원을 고려하지 않은 것으로 실제에 비해 39.1%가 축소된 것이라고 자체 조사를 통해 밝히고 있다(단병호의원실·한국비정규노동센터, 2006).