그러나 다음과 같은 세 가지 이유에서 현 「가축전염병예방법』을 재(再)개정하는 문제는 신중하게 검토할 필요가 있다고 본다.
첫째, 앞에서 살펴본 “2. 캐나다정부의 제소배경”을 통하여 알 수 있듯이, 행정부가 「미국산 쇠고기 수입위생조건」을 체결한 직후 국회가 이에 배치되는 내용의 법률(국내법)을 만든 데에는 ‘행정부와 입법부간의 견제와 균형’을 회복한다는 중요한 상징적인 의미가 담겨 있다. 우선 국민의 건강과 관련하여 중요한 의미를 가지고 있는 조약에 대하여 절차의 번잡성을 이유로 국회 내의 의견수렴절차를 충분히 거치지 않은 행정부의 행태에 대하여 경종을 울린다는 의미가 있다. 그리고 추후에 정부가 광우병 기(旣)발생국과 체결할 ‘쇠고기 수입위생조건’과 관련하여 우리 국민과 국회가 수용할 수 있는 ‘식품안전에 관한 국제법적 기준’을 제시한다는 의미가 있다.
둘째, 아직은 WTO 패널과 상소기구의 최종판정까지는 2년 남짓 남아 있는 상황을 고려하건대, 그동안 WTO 체제 내에서 인간의 건강 및 식품안전보호수준이 상향조정되기를 기대해 보는 것도 가능하다. 현재 WTO에 대하여 무역과 환경 문제를 적절한 수준에서 조화시킬 것을 요구하는 시대적 목소리가 높아지고 있다. 그리고 OIE의 국제적 기준이라는 것이 실제로는 특정 국가에 의하여 결정될 가능성이 있는데, 이러한 국제적 기준에 따라 무역 상대국의 안전과 검역의 문제가 결정되는 경우 합법성을 가장한 주권침해로 이어질 수 있다는 견해가 설득력을 얻고 있다. 그리고 미국의 반발에도 불구하고 EU 등의 선진국이 주도가 되어 식품안전에 관한 국제규범을 지속적으로 발전시켜 나가고 있는 상황 역시 앞으로 지속적으로 주시해볼 필요가 있다.
셋째, 미국과 캐나다를 제외하고 현재 OIE로부터 BSE 위험통제국으로 분류된 국가들은 대부분 EU 국가들인데, EU가 한국의 쇠고기 수입금지에 대하여 WTO 제소와 같은 적극적인 조치를 취할 것이라고 보기는 어렵다. 우선 EU는 ‘미국-EC 호르몬 분쟁에서의 지속적인 양허의 정지’ 사안에서 WTO 분쟁해결기구는 과학적 정당성뿐만 아니라 소비자들의 우려, 정치적 상황, 사회적 가치와 같은 비과학적 요인들도 고려해야 한다고 주장한 바 있다. 특히 EU의 대(對)한국 수출주력품목이 돼지고기라는 점을 감안한다면, EU가 기존의 입장을 번복할 가능성은 그다지 높지 않을 것으로 보인다.