자율형 사립고등학교(이하 “자사고”라 함)는 “기존의 일반 사립고등학교와는 달리 교육과정과 학교운영에 대해 더 많은 자율권을 보장받는 학교”이다. 2019년 4월말 기준으로, 자사고로 지정･운영된 총 54개교 중 12개교가 일반고로 전환되어, 현재 42개교가 운영 중이다. 자사고 정책 도입 당시 교육부는 자사고를 “학생의 학교선택권과 사립학교 본연의 자율성을 확대하기 위하여 건학이념에 따른 교육과정 운영, 능력에 따른 무학년제 수업, 수업일수 증감 등 학사 운영의 자율성을 확대하는 고등학교”라고 설명하였다. 그러나 자사고와 관련하여 ① 자사고 학교 수 및 학생 정원(공급)과 학생･학부모의 수요의 불일치, ② 특정 지역 편중, ③ 자사고 지원 학생의 일반고 중복지원, ④ 자사고 학생 선발방법, ⑤ 설립 목적에 부합하는 교육과정 운영, ⑥ 자사고 유지 또는 폐지 논란 등 문제점이 계속 제기되고 있다.
이를 개선하기 위해 다음과 같은 몇 가지 과제를 제시하였다. 첫째, 교육부는 전국 고등학생 수 감소 추세와 자사고의 건학 이념에 부응하여 진학을 희망하는 수요 등을 종합적으로 분석하고, 전국적으로 적정한 자사고 수 및 학생 정원 규모로 관리할 필요가 있다. 둘째, 전체 고등학교의 균형 있는 발전을 위해 특정 시･도에 자사고가 편중되어 운영되는 점에 대해 개선할 필요가 있다. 셋째, 정부는 자사고 지원자의 일반고 중복지원이 허용되도록 「초･중등교육법 시행령」을 개정･시행하고, 교육부는 선발시기를 후기로 변경한 이후에 입법 목적이 달성되었는지에 대해 지속적인 모니터링과 종합적인 분석을 실시하고, 이에 따른 후속 조치를 검토할 필요가 있다. 넷째, 정부는 시･도 교육감과 공동으로 적정한 수의 자사고와 일반고가 함께 경쟁하며 발전하는 고교체제를 구축하는 종합대책을 마련 및 추진할 필요가 있다.