그러나 금감원이 ‘유인 부합적’ 종합검사를 발표한 이후에도 표적 검사 논란과 금융회사의 부담은 여전히 주요쟁점으로 떠오르고 있다. ‘유인 부합적’ 종합검사는 취약한 금융회사를 선별해 검사대상으로 삼기 때문에 표적검사 논란을 일으킬 우려가 크다. 예를 들어 금감원과 갈등을 빚었던 금융회사가 금감원의 선별작업에 이의를 제기할 경우 자연스럽게 표적 검사 논란이 불거질 수 있기 때문이다.
종합검사가 일종의 처벌이 될 수 있다는 점도 우려되는 부분이다. 종합검사를 받는다는 것 자체가 취약한 금융회사라는 낙인으로 작용할 수 있으므로 해당 회사는 종합검사를 받는다는 사실만으로도 반발할 가능성이 크다.