적용대상기관의 입장에서 볼 때, 동 제도의 도입에 따라 해당 기관의 인사, 조직, 예산관리의 역량이 강화되고, 행정수요의 변화에 효과적으로 대응할 수 있는 신축적 인적자원관리체제가 구축될 수 있을 것이다. 더불어 동 제도의 도입은 기관장에게는 리더십의 강화유인을 부여하고, 공무원에게는 직급에 따른 보상이 아닌 직무가치와 직무성과에 대한 보상이 중시됨으로써 보상체계의 형평성이 제고되는 효과를 가져다 줄 것이다.
한편 총액인건비제도는 행정의 생산성과 인건비 예산을 연계시킴으로써 공무원의 업무에 대한 동기부여 기능을 강화하는데 그 의의가 있다. 또한 동 제도는 각 부처를 대상으로 인적자원관리의 권한을 대폭적으로 강화하는 특징이 있다. 부연하면 총액인건비제도의 실시에 따라 각 부처는 예산절감 및 성과관리 등을 통하여 부처 특성에 맞는 성과에 기초한 보수체계를 운용할 수 있고, 더불어 성과를 극대화하기 위한 탄력적인 인력운영도 가능하다.