(2) 특허심사위원회 운영 관련
특허심사위원회 설치·운영 등 심사절차 관련 법령상 근거가 미비하고, 고시상의 민간위원 선임 기준(‘각 분야의 전문성을 가진 자’)이 명확하지 않아 자의적 위원 선임 가능성이 있다. 또한, 위원 구성에 대한 정보가 부족하여 위원의 대표성·다양성이 확보되고 있는지 및 이해관계자가 배제되고 있는지 여부가 불분명한 문제가 있다.
한편, 지난 7월 특허심사위원회의 시내면세점 특허심사기간 중 심사에 참여한 관세청 직원의 외부통화 사실이 밝혀지면서 사업자 선정결과 사전 유출 의혹이 제기되기도 하였다. 심사 과정에 대한 당국의 관리에 미비한 측면이 없는지 점검 필요성이 제기되는 대목이다.
(3) 특허수수료 관련
면세점 운영으로 인한 혜택과 수익이 대기업에 집중되고 있으나, 특허사업으로 인한 이익에 비해 특허수수료의 수준이 미미하여 사업권의 가치를 정확히 반영하지 못하고 있다는 지적이 제기된다. 면세점 운영 수익의 공익적 사용이 약화되고 개별 기업의 이익으로만 귀속되는 것은 문제라는 의견도 있다.