지원사업을 수행한 비영리민간단체는 다음 회계연도 1월말까지 사업보고서를 작성하여 행정안전부장관이나 시·도지사에게 제출하여야 한다. 기본적으로 단체의 자율성을 침해하지 않도록 보조사업의 집행과 회계관리에 한정하여 심사 및 평가를 실시한다. 또한 사업유형별 전문성을 살려 공익사업선정위원들로 평가위원을 구성하여 사업집행상황을 평가하고, 공무원은 회계관리 위주로 심사·지도하고 있다. 평가시기는 매년 2회로 하고 평가대상은 그해 선정된 단체들의 지원사업으로 하며, 그 결과는 다음 연도의 지원사업에 반영된다.