캐나다 원조의 약 68%가 (구) 캐나다개발청(Canadian International Development Agency, CIDA)을 통하여 집행되었고 나머지 예산은 다른 정부기관 및 에이전트를 통하여 집행되었는데 중요 기관은 재정부, (구) 대외정책 및 국제무역부 (DFAIT), 그리고 국제개발연구센터(International Development Research Center, IDRC)이다. 2013년 Canadian international Development Agency(CIDA)와 the Department of Foreign Affairs and International Trade Canada (DFAIT)가 합쳐지면서 이후 캐나다의 대외원조 정책은 대외정책, 무역 및 개발부, (the Department of Foreign Affairs, Trade and Development, DFATD)에서 관장하게 되었다. 이에 대해 캐나다 정부는 정책일관성을 높이는 방향으로 두 기관의 통합을 추진하였다고 밝혔고, 새로 생긴 대외정책 무역 및 개발부 장관은 개발과 인도적 지원 모두에 대해 역할 및 책무를 가지고 있다고 밝혔다. 이에 따라 캐나다의 대외원조는 캐나다 정부의 외교정책 분야의 일환으로 운영되고 있음을 공식화하였다. 이에 대하여 캐나다 원조 방향에 대한 비판도 일고 있는데 특히 두 기관의 통합으로 인하여 캐나다 정부는 이제 개발 명제를 최우선으로 삼아 외교, 무역 등의 분야에서 접근할 것이라는 견해가 있다. 캐나다의 대외원조의 우선순위는 다음과 같다 (Foreign Affairs, Trade and Development, DFATD).
1) 식량안보의 강화
2) 유·소년의 미래를 보장
3) 지속가능한 경제발전을 강화
4) 모자보건, 신생아, 영아 건강
5) 민주주의 촉진
6) 안정성과 안보 촉진
특히 이 중에서 4번의 모자보건, 신생아, 영아 건강 분야에 하퍼 정부가 중점을 두어 대외원조 정책을 수행 중인데 이에 대한 다양한 비판이 있다.