한편, 기획재정부장관이 공공기관으로 지정하면 해당 기관은 공공기관운영법을 우선적으로 적용받게 된다. 이에 따라 공공기관운영법에 따른 경영실적 평가를 받아야할 뿐만 아니라 이사회 구성이나 기관장 및 임원의 임명에 있어서도 공공기관운영법에서 정한 규정을 따라야 한다.
예를 들어 준정부기관의 경우 기관장은 임원 추천위원회가 복수로 추천하여 주무부처 장관이 임명하며, 상임이사와 비상임이사는 준정부기관의 기관장이 임명하고, 감사는 임원추천위원회가 복수로 추천하여 공공기관운영위원회의 심의·의결을 거친 사람 중에서 기획재정부장관이 임명한다. 기타공공기관의 경우에는 개별 법령에서 정하고 있는 임원의 임명절차를 따른다.
다만, 준정부기관 중에서 자산규모와 직원 정원이 일정 규모 이상이거나 업무내용의 특수성을 감안하여 대통령령으로 지정한 준정부기관의 경우 해당 기관의 기관장은 임원추천위원회가 복수로 추천한 사람 중에서 주무부처 장관의 제청으로 대통령이 임명한다. 또한 비상임이사는 임원추천위원회가 복수로 추천한 사람 중에서 주무부처 장관이 임명하고, 감사는 임원추천위원회가 복수로 추천하여 공공기관운영위원회의 심의·의결을 거친 사람 중에서 기획재정부장관의 제청으로 대통령이 임명한다.