2006년 성과중심의 평가제도의 조기 정착과 체계적인 실시를 위해 「제1차 연구개발 성과평가 기본계획」을 수립하고, 성과중심 연구개발 평가체제를 일관성 있게 구축하기 위해 ‘평가의 수준향상’, ‘평가의 실효성 제고’, ‘평가인프라 강화’의 3개 분야에 걸쳐 도출된 10대 과제를 선정하여 추진하였다.
이명박정부 출범 이후 2008년 2월에는 연구개발 성과평가법이 개정되어 국가연구개발 평가 주체가 국가과학기술위원회에서 기획재정부로 이관되었다. 이에 특정평가, 상위평가를 기획재정부에서 시행하고 국과위에는 그 결과를 보고하는 과정을 거치게 되었다. 2008년 이후 국가연구개발 평가가 3년 주기 평가 실시로 전환되어 부처부담완화, 평가위원의 역할 재조정, 상위평가 방식의 변화(메타평가 ⇒ 확인·점검) 등이 발생하였고 평가결과와 예산의 연계 강화를 추구하였다.(‘미흡’ 이하의 사업은 예산 10% 삭감을 명문화)