다음으로 정출연(연)의 시장지향성을 지속적으로 유지할 수 있는 핵심 메카니즘으로서 산학연 협력이나 민간수탁의 성과에 따른 적절한 보상체계를 제안한다. 특히 보상 체계를 다방면에서 연계함으로써 확실한 동기부여 효과를 나타낼 수 있어야 할 것이다. 성공적인 시장지향 연구 시에는 자본시장(투자), 기술시장(지적재산권), 상품시장(수익)에서의 확실한 보상이 가능하도록 하며, 동시에 기관과 개인의 성과평가 체계와 연계함으로써 궁극적으로 보상에 연동하도록 해야 할 것이다. 반대로 실적 미진 시에는 그 결과에 따라 기관 지원규모의 축소를 유연하게 적용함으로써 긴장감을 늦추지 않도록 해야 할 것이다.
한편, 대학과 기업의 경우에는 현실적으로 통제가능성이 약해 산학연 연계활성화를 위해 취할 수 있는 정책대안이 많지 않다. 그러나 기업의 경우, 기업 생리상 정출연(연)의 적극적인 산학연 연계활성화 노력이 더해지고 시장지향의 역량이 강화된다면 자연스럽게 참여하는 속성을 가지고 있다. 현재로서는 정부 연구비 중심의 좀비기업이 아니라 매출을 올리는 정상적 기업들이 산학연 연계활동에 참여할 수 있는 환경을 만드는 것이 가장 필요하다. 대학의 경우에는 시장 지향성을 높이기 위해서 산학협력중점교수를 채용을 확대하고 기존 교수들 가운데 연구중심교수와 산학협력중점교수를 구분하여 이들의 역할을 명확히 할 필요가 있다. 대학과의 협업에 있어 가장 많은 불만 중 하나가 끝까지 책임지지 않는다는 것이다. 교수에게 실패에 대해서도 책임을 부과하는 제도적 뒷받침이 있어야 할 것이다. 또한 시장지향의 동기부여를 위해 앞서 정출연(연) 연구원들에게 제시했던 산학연 협력 성과에 따른 보상방법들이 제도적으로 뒷받침 될 필요가 있다.