2004년에는 경영정상화이행약정(MOU) 이행부진사항에 대한 제재조치의 실효성을 제고하기 위하여 경고 이상의 조치를 받은 임원에 대하여는 해당 회계연도 경영성과에 대한 성과급 지급 시 성과급 지급률을 일정비율 차감하여 지급하도록 하고, 금융회사 임원이 임기 중 경고(2회) 이상 조치를 받은 경우 일정기간 동안 해당 금융회사의 임원으로 재선임되거나 MOU 체결 타 금융회사의 임원으로 선임되지 못하도록 제재조치를 강화하였다. 또한, MOU를 체결한 금융회사 임직원의 도덕적 해이를 사전에 방지하고 기업가치 제고 및 MOU 이행 확보를 위해 예금보험공사 직원 1인을 해당 금융회사의 사외이사로 선임하도록 하였다.
2005년 3월에는 우리금융지주 MOU 관리목표 부여시 비재무목표를 재무목표 달성에 필수적인 핵심지표 위주로 축소하였으며, 2005년 12월 MOU 규정 전면개정 및 동 규정 시행세칙 제정을 통하여 은행 및 금융지주회사의 자산건전성 관련 지표를 정비하고, 조치종류를 세분화하여 경미한 사항은 해당 금융회사가 자율적으로 처리할 수 있도록 하는 등 경영 자율성이 제고될 수 있도록 하였다. 이와 더불어 주의 이상의 조치를 받은 임원에 대해서는 해당 회계연도 경영성과에 대한 성과급 지급 시 성과급 지급률을 일정비율 차감하여 지급하도록 함으로써 조치의 실효성을 강화하였다.