그러므로 「대안교육기관법」 제3조에 따른 시책이나 제9조에 따른 지원에 등록 대안교육기관 교육지원·특성화 지원사업을 포함하도록 하는 방안을 검토할 필요가 있다. 앞의 [표 9]에서 살펴본 것처럼 미미한 수준이긴 하나 미인가 대안교육시설에 대해서도 예산을 지원한 선례가 있다. 실제로 「대안교육기관법」 제정에 따른 등록 기관에 대해 예산을 지원해달라는 요구가 제기되고 있고, 이에 따라 시·도교육청별로 가능한 범위에서 예산 지원을 검토할 것으로 예상된다. 이에 등록 대안교육기관에 대한 적정한 예산 지원 범위와 목적 등에 대해 논의할 필요가 있다.