이 보고서는 실질적인 공직신고자 보호의 법적 기반을 마련하기 위해 다음과 같은 입법적 개선과제를 제시한다.
먼저, 「공익신고자 보호법」 시행 이후 동법에 반영되지 못한 대상 법률의 통폐합, 분리, 폐지 등 개정상황을 반영해야 한다. 또한, 적용대상 법률을 추가하여 공익신고 및 보호대상의 범위를 확대하여 공익신고를 활성화할 필요가 있다. 공익신고에 따른 포상규정을 법률에 신설하고, 부패예방에 대한 사회적 요구가 커짐에 따라 보상비율을 상향시키는 방안을 검토할 필요가 있다.
이밖에 자진신고에 따른 책임감면을 신고로 인한 행정처분에도 확대하는 방안, 공익신고자 신분공개 및 보호조치결정 불이행의 경우 벌칙수준을 각각 5년 이하의 징역 또는 5천만원 이하의 벌금과 3년 이하의 징역 또는 3천만원 이하의 벌금으로 상향조정하는 방안 등을 고려할 필요가 있다.
마지막으로, 양벌규정을 도입하여 법인의 대표자나 법인 또는 개인의 대리인·사용인 기타 종업원이 위반행위를 하였을 경우 사업주체인 법인 또는 개인도 처벌하는 방안이 필요하다.
향후 공익신고자 보호제도는 이 보고서에서 제시된 입법적 개선과제를 보완함과 동시에, 시민사회의 자율적인 감시와 준법의식을 고양하고 공익침해행위의 예방과 확산을 방지하기 위한 제도적 기반을 구축하는데에 역점을 두어야 할 것이다.