2) 평시 군사법원 폐지 관련
군사법원은 법관의 자격이 없는 국군장교가 재판을 한다는 점에서 특별법원 또는 예외법원이며, 현행헌법상 유일한 특별법원이다. 원래 정부수립이후에도 유효했던 과도정부법률인 국방경비법에 의하여 군법회의가 설치되고 운용되었는데, 특별법원으로서 군법회의를 설치하는 것은 위헌이라는 이론이 유력하게 제기되자 제2차 개헌에서 군법회의 설치근거를 헌법에 규정한 데에서 시작된 것이다.
군사법원 운용은 사법권 독립과 공정한 재판을 받을 권리의 보장이라는 측면에서 볼 때 기본적으로 헌법에 합치하지 않는다는 지적도 있고, 군사법제도는 현재 “지휘관사법”이라는 비판도 있다. 군사법원도 사법기관으로서 전문성과 독립성, 민주성을 가져야 하고 이를 강화하기 위해 전시 이외의 시기에는 군사법원을 폐지하는 것이 타당하다는 견해가 학계나 법조계에서 지속적으로 제기되어왔다.
개헌자문위에서도 평시 군사법원제도는 군검사, 군판사, 법무참모 순환보직으로 인한 재판 독립 침해 우려 및 이에 따른 군대 내 범죄의 은폐 우려 등의 폐해가 크다는 이유로 이를 폐지해야 한다는 의견에 대체로 공감하였다. 또한, 현대국가 헌법에서 단심재판을 규정한 경우를 찾기 어렵고 기본적 인권 보호를 위해 적정한 재판절차의 보장이 중요하므로 단심재판규정을 폐지해야 한다는 의견에 대체로 공감하였다.