2. 가맹점수수료에 관한 문제점
(1) 수수료율 차등적용 및 인하효과 미미
여신금융협회가 공시하고 있는 가맹점수수료를 살펴보면 업종별, 카드사별로 차등적으로 적용되고 있으며, 가맹점 규모에 따라서도 수수료율이 일정하지 않아 상대적으로 높은 수수료율을 적용받고 있는 중소가맹점들이 불만을 토로하고 있다.

대부분의 가맹점들은 카드사가 제시한 수수료를 그대로 적용받을 뿐 카드사와 수수료 협상을 하는 경우는 거의 없다. 근거리 유사규모의 가맹점이 동일업종임에도 불구하고 수수료를 다르게 적용받는 경우가 많으나, 영업비밀이라는 이유로 수수료 산정기준, 수수료 원가 공개를 꺼리고 있는 카드사에게 명확한 답변을 기대하기는 힘든 실정이다.
또한 금융감독원은 수시로 카드사의 가맹점수수료 운영 실태를 점검하고 불합리한 부분은 개선하도록 지도하고 있다고 하고 있다. 그러나 중소기업중앙회가 2010년 9월 서울 및 수도권지역 소상공인 가맹점 200개를 대상으로 BC 등 8개 카드사의 수수료 인하 현황을 조사한 결과, 가맹점들이 체감하는 효과는 미미한 것으로 나타났다.

위 조사에 따르면 연 매출액 9,600만원 미만 가맹점의 29.5%는 가맹점수수료가 전혀 인하되지 않았고, 인하된 경우라도 소폭에 그쳐 경영개선효과를 기대하기 어려웠다고 답하였기 때문이다.