둘째, 90년대 경제위기 도래가 신용보증제도에 미친 법제도적･외형적 변화는 결코 작지 않았다. ‘중소기업의 연쇄도산→신용보증의 부실→보증채무 이행의 급증→신용보증기금의 기본재산 잠식→신용보증 공급여력 감소’라는 악순환적 고리는 1980년대 초와 흡사했다하더라도 1990년대의 경제위기는 1980년대 초와 비교하면 훨씬 구조적이고 고질적인 것이라 할 수 있었다. 특히 이 시기의 특징은 중소기업의 대규모 도산이 한계기업 뿐만 아니라 유망중소기업 또한, 일시적인 자금 불균형을 견디지 못하고 도산했다는 점이다. 이는 궁극적으로 우리 경제의 체질을 약화시키는 계기로 작용되었으며 기본재산을 원천으로 신용보증을 운용하는 신용보증기관들은 심각한 경영위기에 직면할 수 밖에 없었다. 정부는 신용보증기관들의 경영위기 타개와 원활한 보증공급 여력 확보를 위해 매년 수백억 원에 달하는 대규모 출연에 나섰고, 이는 신용보증기금이 설립된 이래 7년만에 정부출연이 처음으로 이루어진 것과 비교해 보면 괄목할 만한 내용으로 정부로서도 신용보증제도의 중요성에 대한 인식수준이 과거와는 크게 달라졌음을 의미하는 것으로 해석될 수 있을 것이다.