하지만 국민연금기금의 운용이 민간 자산운용과 차별화되는 본질적인 특성은 공공성 및 운용독립성의 원칙이다. 민간 자산운용은 운용의 목적, 대상 및 운용기간이 기금조성 시점부터 명확하고 수익자와 자산운용 대리인의 이해관계가 제도적으로 조정된 상태에서 이루어진다. 따라서 투자약관 등 제도적 범위를 벗어나지 않는 한 투자 대상이나 목적 및 운용 독립성에 대한 논란이 발생하지 않는 것이 일반적이다. 반면 공적 연기금의 경우 이해 관계자 간 운용 목적에 대한 불일치가 있을 수 있고, 이에 따라 추구하는 기금운용 방향이 서로 다를 수 있다. 특히 투자 대상에 대한 논란이 있을 수 있다. 이에 따라 이해 관계자의 기금운용에 대한 영향력을 차단하고자 하는 것이 운용 독립성의 원칙이다.  
이와 같이 서로 상충될 개연성이 포함된 원칙들임에도 불구하고 국민연금기금은 이들 원칙을 바탕으로 보건복지부 장관이 위원장인 기금운용위원회의 의결에 따라 운용된다. 또한 의결에 따른 실무적 지원을 위해 보건복지부 차관이 위원장이 되는 기금운용실무평가위원회를 두고 있으며 운용에 대한 전문성을 제고하기 위하여 투자정책, 수탁자 책임 및 성과평가보상에 대한 전문위원회를 두고 있다.