3. 대통령 소속의 문제점 검토
전통적으로 행정조직 내부의 직무통제로서의 성격을 가졌던 회계검사가 현대 민주주의의 발전과 더불어 행정부 이외의 국가기관에 의하여 행해지는 행정부의 재정작용상의 적절성을 담보하기 위한 정부통제적 기능으로 본질이 전환되었다. 이러한 점에 비추어볼 때 회계검사권을 의회나 독립기관이 아닌, 통제대상인 행정부 내에 소속시키는 것은 적절치 못하다. 비교법적으로 행정부수반의 소속으로 최고감사기관을 두고 있는 경우는 찾아보기 힘들며, 의회소속이나 독립기관으로 두고 있는 경우가 많다. 원래 최고감사기관을 행정부 소속으로 하였던 나라들도 최근 독립형이나 의회 소속형으로 전환하고 있는 추세이다.
물론 감사원의 소속을 국회로 가져갈 경우 정치권으로부터의 각종 청탁과 압력에 의해 감사의 전제조건인 독립성이 훼손되고, 감사방향과 감사결과의 처리 등이 왜곡될 가능성이 크다는 점, 대통령 직속으로 있어야 감사결과의 수시보고 등을 통해 대통령과 소통할 수 있어서 감사결과의 실효성을 제고하는 데 도움이 되며, 감사자료의 확보나 감사결과처리 등과 관련하여 피감기관의 협력을 구하기 쉽다는 점 등을 들어 대통령 소속의 형태를 유지하자는 주장도 있다.