(3) 검토위원회의 미비한 운영
지역대책본부에서 사전재해영향성검토위원회를 구성하고도 위원회의 검토를 거치지 않고 실무담당자로 하여금 협의요청사항을 검토하도록 하거나, 그 이후에는 검토위원회조차 구성하지 않는 경우도 있다. 이럴 경우 개발 단계별 혹은 외부상황에 따른 적절한 검토의견 반영이 어렵고, 재해방지를 위해 필요한 검토의견이 빠질 수 있다는데 문제가 있다.
(4) 협의내용 미이행 사업장에 대한 제재수단의 실효성 부족
사업자의 협의내용 미이행 시 현재의 조치방안으로는 「자연재해대책법」 제6조 규정에 의거 공사 중지를 요청할 수 있으나, 개발이 진행 중인 상황에서 현실적으로 공사 중지를 요청하는 데에는 어려움이 존재한다. 이러한 상황에서 협의내용 이행실태 점검은 실효성을 갖기 어려울 것이다.