전환된 무기계약근로자들은 공무원이 아닌 ‘민간인 정규직’으로서 ‘무기계약근로자 관리지침’ 또는 ‘학교회계직원 인사노무관리 규정’ 등 인력관리절차를 마련하여 인원관리가 이루어진다. 추가 소요예산은 ’07년 17억원, ’08년 743억원으로 추산되고 있으며, 이러한 예산소요액은 ‘07.10월 일시에 무기계약 전환과 처우를 개선함에 따라 교육부문 기능직 10등급 1호봉 수준으로 상향 조정하기 위한 총액 추정치라고 정부는 밝히고 있다. 2008년부터 교육청 예산 및 학교자체 예산에 반영토록 할 계획이다(공공기관비정규직대책실무추진단, 2007). 그런데 전국여성노조에 따르면, 이 예산은 이미 2004년도 <초중등학교비정규직대책>에 의해 2008년도까지 매년 4%의 임금인상을 위해 이미 확보되었던 예산이며, 무기계약전환자에 대한 별도의 임금인상은 없다는 것이 현재까지 교육부의 답변이라고 한다(최순영의원실, 2007). 학교 비정규직의 임금 수준은 월지급액 기준으로 80만원에서 130만원 정도로 같은 공간에서 일하고 있는 공무원과 교사에 비해 매우 낮은 수준이다. 또한 각종 보조원과 조리사·조리원 등의 경우 방학 시기는 연봉액 산정에서 제외되고 있다. 즉 이들은 각각 275일과 245일의 근무일수를 기준으로 연봉이 책정되어 실제 출근일수에 대해서만 지급하는 기존 일당을 연간 12개월에 나누어 지급하는 형태로 임금을 지급받는 것이다.