이와 같은 다수당 중심의 교섭단체 운영은 국회 운영에서 발생하는 교착상태와 물리적 충돌과도 관련이 있다. 두 정당의 대립은 교섭단체 간의 협의와 조정을 통해서 해결되기보다는 국회의 기능을 정지시키기 일쑤이다. 이러한 상황을 해결하는 방법은 교섭단체 간의 협의밖에 없다. 이와 같이 교섭단체가 주도권을 갖는 국회운영구조에서 교섭단체 간 협의는 국회 안의 의제를 교섭단체간의 일괄 타결하려는 경향으로도 이어지기도 한다는 문제점을 안고 있다. 비교섭단체와의 협의는 국회운영에 중요한 변수이며, 이는 소수당은 배제되기 쉬운 조건으로 작용하고 있다. 만약 소수당을 교섭단체로 인정하거나 이들을 별도로 배려한다면 국회의 교착상태나 교섭단체간 일괄타결의 경향은 달라질 수 있다. 다수당의 대립에 의한 교착상태는 소수당이 캐스팅보트의 역할을 함으로써 해결될 가능성도 기대할 수 있다. 이는 소수의 유권자의 표가 유의미한 대표성을 갖게 되는 계기로 볼 수 있다.
소수당은 무소속 의원과는 다르다. 무소속 의원이 개별적으로 독립적 대표성을 띤다면, 소수당은 소속의원의 총합 이상의 의미를 갖는다. 무소속 의원이 개인적인 정견을 갖는다면, 소수당은 한 의원의 정치적 목표를 포괄할 뿐만 아니라 정당 자체의 정치적 이념 실현을 목적으로 한다. 소수당에 대한 배려는 국회 의사결정구조에서 유권자의 다양한 이해관계를 반영하기 위해서도 필요하다는 것이다. 비록 적은 의석수와 낮은 지지율을 갖는 소수이지만, 교섭단체제가 존속하는 한 소수당은 비교섭단체로서의 지위도 보장받을 필요가 있는 것이다. 다시 말해, 소수당은 무소속 의원과 달리 다수당과 함께 하나의 독립적인 헌법기구로서 보호되어야 할 대상인 것이다.