다섯째, 교통환경비용의 경우 과거에 일부 수행된 바 있으나, 환경비용 원단위와 추정결과가 오래되어 교통계정 산정에 활용하기에는 부적합하여 본 연구에서는 한국교통연구원 KTDB 센터에서 수행한 국가교통비용 산정 연구결과의 일부를 활용하였다. 그러나 대기오염 피해비용은 2005년 자료가 제시되어 있지 않고, 온실가스 피해비용은 2009, 2010, 2011년 등 3개년 자료만 존재하기 때문에 2005년의 대기오염 피해비용과 2005~2008년의 온실가스 피해비용은 해당연도 에너지 사용량 자료를 이용하여 간접적으로 추정함으로써 추정결과의 신뢰성 측면에서 한계점이 존재한다.
여섯째, 도로부문 수입 중 인프라 사용요금의 경우 고속도로와 여객자동차터미널, 화물자동차터미널 및 도로 관련시설을 이용하기 위해 지불한 금액으로 산정하는 데, 이 중 고속도로 요금수입 중 민간투자고속도로의 경우 현재 정확한 통계가 산출되지 않아 본 연구에서는 제외하고 있어 한계점이 존재한다.