「지방자치법 시행령」 제105조, 제106조, 제109조에 명시된 협의조정 절차를 살펴보면, 당사자의 일방(중앙행정기관의 장 또는 지방자치단체의 장) 또는 쌍방의 서면 신청이 있을 경우 실무위원회의 사전심의를 거쳐 본 위원회의 심의·조정이 이루어지면 결정된 사항을 통보함으로써 협의·조정 결정사항을 이행하게 된다. 한편, 회의는 재적의원 과반수 출석으로 개의하며, 출석위원 3분의 2이상의 찬성으로 의결한다. 필요할 경우 관계 공무원과 관계 전문가 등의 출석을 요구할 수 있고, 관계 기관·단체 등에 대하여 자료와 의견 제출을 요구하는 등, 관계 기관에 대하여 협조를 요청할 수 있다.