한편 미래기획위원회에는 그 실무를 지원하기 위해 실무추진단 성격의 미래기획단이 설치되어 있다. 기획단은 미래생활과 관련된 총체적 국가비전 및 전략의 수립에 관하여 대통령의 자문에 응하기 위하여 설치된 대통령 소속 미래기획위원회의 실무를 지원하는 기능을 수행한다. 미래기획단장을 비롯하여, 총괄기획국, 미래전략국, 신성장동력국, 사회정책국, 문화미디어국, 외교안보(통일)국 등 6개 부서에 총38명(2012년 11월 현재)으로 구성되어 있다. 이들은 각 분야별 의제 발굴, 과제 추진방안 수립･조정, 위원회 지원기능 등을 수행한다(김동욱 외, 2010: 15).
미래기획단의 단장은 대통령실 국정기획담당 수석비서관실의 비서관과 관계기관의 고위공무원단 소속 공무원이 공동으로 수행하도록 되어있다. 이 경우 총무·예산 등 일상적인 행정업무는 고위공무원단 소속 공무원인 단장이 수행한다. 기획단의 직원은 중앙행정기관 또는 지방자치단체에서 파견된 공무원, 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관에서 파견된 자 및 관련 민간기관·단체 또는 연구소 및 기업에 소속된 자로서 해당 소속 단체의 장의 동의를 받아 미래기획위원회 위원장이 임명한다. 또한 기획단은 업무의 전문성을 높이고 광범위한 의견수렴을 위하여 필요하다고 인정할 때에는 관련 전문가로 구성된 자문위원회를 둘 수 있다. 아래의 그림에는 2012년 11월 현재 미래기획위원회의 조직구성 형태가 도식화되어 제시되고 있다.