한편, 부담금의 부과 기준에서도 제도 도입의 취지를 살리기 어려운 측면이 있다. 부담금의 가장 중요한 목적은 시설물이 주변 교통여건에 미칠 영향을 최소화하자는 것이다. 그런데 같은 시설물이라도 더 혼잡한 지역 내 시설물이 교통에 미치는 영향이 훨씬 크다는 점을 반영하지 못하고 있다.
예를 들어, 혼잡한 도심에 위치하고 고객이 많아 교통량 유발과 매출이 많은 백화점과 주변 교통여건에 여유가 있고 한산한 백화점의 바닥면적이 같은 경우, 두 백화점은 같은 부담금을 내야한다. 그런데 전자의 경우 주변 교통에 미치는 영향이나 백화점 고객 외 주변 통행자에게 미치는 피해가 심함에도 불구하고, 두 시설 간 부담금에 차이가 없다면 제도의 도입 취지가 무색해진다.
따라서 도입 이후 20여 년이 지난 부담금 제도가 원래의 취지 자체를 잃고 있는 것은 아닌지 되돌아 볼 필요가 있다.