둘째, 임기제공무원 중 전문임기제공무원과 전문경력관의 구분이 모호하다. 전문임기제공무원은 특정분야에 대한 전문적 지식이나 기술 등이 요구되는 업무를 수행하기
위하여 임용되는 임기제공무원으로 규정되며,
전문경력관은 전문성이 요구되는 특수한 직무분야로서 순환보직이 곤란한 일반직공무원 직위에 임용되는 공무원으로 정의되고 있다. 그러나, 양자간 뚜렷이 구분되는 차이점을 찾기 어렵다.
셋째, 전문계약직 공무원을 전문임기제공무원으로 전환하고 있는데, 전문임기제공무원의 경우 직제내 정원외로 구분하는 것인지의 여부가 불분명하다.
넷째, 임기제공무원의 경우 구체적인 임기를 5년 이내로 제한하고 있는 반면, 전문경력관의 경우 승진임용, 겸임 및 파견 등의 규정에서는 배제되어 있고, 별도의 임기가 정해지지 않아 정년이 보장되는 공무원의 여부가 불투명하다. 기존 공무원 직군 중 별정직 공무원의 한 유형으로 파악될 우려도 배제하기 어렵다.
다섯째, 전문경력관의 경우 별도의 봉급표를 신설한 반면, 임기제공무원의 경우 별도의 봉급표를 신설하지 않고 기존 일반계약직과 동일한 방법으로 보수를 처리하는 근거가 불분명하다.