여성가족부와 보건복지부 통폐합을 주장하는 입장에서는 여성가족 정책을 복지정책과 연계시켜 업무 중복을 피하고, 기능의 통합성을 제고한다는 점을 강조하였다. 한편, 여성가족부와 보건복지부 통폐합을 반대하는 입장은 여성정책과 가족정책은 사회적 돌봄정책의 성격을 가지므로 복지정책의 틀 내에서는 어려움이 있으며, 결국 전담조직이 축소되므로 여성ㆍ가족정책에서 사각지대가 생길 수밖에 없음을 주장하였다.
여성가족부와 보건복지부 통폐합을 둘러싼 찬반입장은 성별보다는 소속정당에 따라 의견이 나뉘어졌다. 당시, 여성가족부 통폐합에 찬성하는 측에서는 부처운영의 효율성 및 업무중복성을 주요 명분으로 내세웠다. 반대 입장에서는 여성가족부라는 조직이 이전 정부, 김대중 정부와 노무현 정부에서 발전되어 온 정부 부처인데, 여성가족부를 폐지한다는 것은 이전 정부의 조직을 부정한다는 정치적 의미를 갖는 것으로 해석하였기 때문이다.
특히 당시 행정자치위원회의 법안심사소위원회에서는 여성가족부를 보건복지여성부로 통폐합하는 것이 여성부를 강화하고 확대하는 것이라는 말은 맞지 않는다는 취지로 비판이 일기도 했다.