법제사법위원회의 동성동본금혼제 존치 결정은 예상치 못하게 여성운동뿐 아니라 국회 내에서도 반발을 불러왔다. 국회 남녀의원 32명은 법제사법위원회가 김대중 정부가 제출한 민법 개정안과 동일한 내용의 ‘민법 중 개정법률안에 대한 수정안’을 1999년 12월 국회에 제출했다. 당시 언론도 법제사법위원회의 결정에 비판적인 태도를 보였는데 보수적 신문인 <동아일보>도 법제사법위원회가 “총선을 앞두고 민감한 문제를 잘못 건드리면 손해만 본다는 ‘보신주의’ 때문”에 “손쉬운 법을 택했다(동아일보 1999.12.21.)”고 평했다. 내부의 반발과 언론의 부정적인 반응 등이 겹치자 여당은 민법 개정안을 다시 논의하겠다고 밝혔지만 제16대 국회의원 선거를 몇 개월 앞두고 있지 않았기 때문에 재논의는 이뤄지지 못했고 법제사법위원회가 합의한 민법 개정안은 임기만료로 폐기되었다.