농림축산식품부와 식약처는 부적합 판정을 받은 계란을 전량 폐기하고, 유통 및 판매 중단 조치를 하는 한편 추가조사에서 잔류허용치 이하로 검출되더라도 피프로닐이 검출된 계란은 전량 폐기할 계획임을 밝혔다. 또한 산란계 농장 전수조사결과에 따른 후속조치로 부적합농가 추적조사, 식용란 선별포장업을 통한 수집판매 의무화, 난각표시 단일화 및 생산연월일 표시, 농장 식품안전관리인증기준(HACCP)의 평가항목에 살충제 항목 추가와 산란계 노계 수거 검사 강화, 수입계란 검사 등의 대책을 발표하였다.
농림축산식품부는 산란계 농장의 구조개선을 위한 후속조치로 사육환경의 근본적 개선, 닭고기 계란 안전관리시스템 강화, 친환경 인증제도 전면 개편, 농업인 인식 제고 및 공직자 쇄신을 추진하겠다고 발표한 바 있다.