(3) 지방교육자치의 취지 훼손 논란
교과부는 재의 요구를 요청하는 것에 대해 검토한 바 없다고 밝혔음에도 불구하고 서울시교육청의 재의 요구 철회 직후에 재의 요구 요청 공문을 발송하였다. 그리고 조례 공포 직후에 무효확인소송을 청구하였다.
이에 지방교육자치의 취지가 훼손될 수 있다는 우려가 제기되었다. “서울시 조례에 일부 문제가 있다고 하더라도 중앙정부가 당장 제소할 정도로 치명적인 사안이라고 보기 어려우므로 지방자치단체가 스스로 올바른 방향으로 바로잡아 가도록 두는 것이 지방자치의 취지에 부합한다”는 주장이다.
이에 대해 교과부는 지난 1월 29일 즉각적인 소송 청구 사유가 “교과부장관의 재의 요구 요청권이 무력화 또는 사문화 되는 것에 대한 우려”라고 설명하였다.
서울시 조례가 이미 시행중인 경기도 및 광주시 조례에 비해 큰 차이가 있다고 보기는 어렵다([표 2] 참조). 교과부는 경기와 광주의 조례 제정에 대해서는 이번처럼 적극적으로 대응하지 않았다.
그러므로 교과부의 재의 요구 요청 및 무효소송 제기는 지방교육자치의 취지 훼손 논란과 타 시·도와의 형평성 논란에서 자유롭기 어렵다.