(자금결제)
국내 CSD·SSS는 증권인도와 대금지급간의 시차에 따른 결제리스크를 줄이기 위해 증권대금동시결제(DVP, Delivery Versus Payment) 시스템을 운영하고 있다. 
전체 증권결제 중에서 증권인도와 대금지급이 개별적으로 이루어지는 분리결제비중이 낮은 수준을 유지하는 등 안정적으로 관리되고 있으나 동시결제 비중을 보다 확대하기 위해서는 동시결제 예외사유를 엄격하게 설정하고 이의 준수를 강화할 필요가 있다. 
아울러 현재 동시결제가 적용되지 않고 있는 채권의 상환거래에 대해서도 결제리스크 축소차원에서 DVP 적용을 추진하는 것이 바람직하다. 
(운영리스크)
한국예탁결제원은 국내 유일의 CSD·SSS로서 전산사고, 재해, 운영인력의 실수 등으로 장애가 발생하여 결제서비스가 원활히 제공되지 못할 경우 한은금융망, 한국거래소 등 연계된 FMI에 영향을 줄 뿐만 아니라 상황에 따라 전체 결제시스템에 혼란을 초래할 가능성이 있다. 
이러한 운영리스크를 축소하기 위해 한국예탁결제원은 전사적 내부통제시스템을 구축하고 있으며 중대한 장애 발생 시 핵심업무의 신속한 복구 및 적시 재개가 가능하도록 업무지속계획(BCP, Business Continuity Plan)을 마련하고 이에 따른 모의 훈련도 정기적으로 실시하고 있다. 
다만 비상대응능력을 한층 제고하기 위해 IT장애복구 관련 의사결정 하부위임을 통한 신속한 정보보호 대응체계 구축, 결제회원의 업무지속계획 모의훈련 참여, 중요서비스 제공자에 대한 리스크기반 관리체계 구축 등이 보완될 필요가 있다. 
또한 전산 프로그램 수정시 이를 한은금융망 및 한국거래소 시스템 등 연계된 FMI 운영기관에 사전 통지하는 한편 결제시스템에 미치는 영향을 보다 면밀히 점검함으로써 IT장애에 대한 통제력을 강화할 필요가 있다. 
(회원 참가요건 등)
한국예탁결제원은 특정 참가회원의 결제지연, 규정위반, 분리결제 등이 여타 회원의 업무지연, 대체비용 리스크 등을 초래하는 부의 외부효과를 축소할 수 있도록 참가회원 유지요건을 마련하는 등 결제안정성 제고를 위한 노력을 보다 강화하는 것이 바람직하다. 
아울러 이사회의 리스크 관리 기능 및 리스크 관리위원회의 전문성·독립성을 강화할 필요가 있다.