또한 공백기는 발주기관의 예산 부족 등 사정에 의해 발생하는 경우가 많고 발주기관으로서는 공백기에 계약상대자가 필요적으로 간접비를 지출할 수 있음을 예견할 수 있다. 왜냐하면 제1차 연차별 계약과 동시에 총괄계약이 성립한 이상 계약상대자인 시공사로서는 공백기에 공사물량이 없더라도 다음 연차별 계약을 준비하고 현장 내 재료 등을 관리하는 데 비용을 지출할 수밖에 없기 때문이다. 더욱이 건설안전기본법 등 관련법에 따르더라도 안전관리자 등을 현장에 배치할 의무가 있다.
즉, 계약상대자의 귀책 아닌 사유로 발생한 간접공사비를 계약상대자에게 감수할 것을 강요하는 것은 타당하지 않다고 할 것인데, 발주기관의 입장에서도 전체공사가 종료된 시점에서 전체 공백기가 포함된 총공사기간의 연장에 따른 간접비 청구를 받는 것보다는 공백기에 따른 간접비를 다음 연차별 계약에서 분담하는 것이 합리적인 방법이라고 본다.
이를 위하여 구체적으로는 공사계약 일반조건 제47조 제1항, 제3항, 제4항의 내용을 유추하여 같은 조건 제23조 이하에 “공백기”에 발생한 간접비를 청구하는 절차를 규정하는 것이 필요하다. 나아가 국가계약법 시행령 제66조와 지방계약법 시행령 제75조 상 공사기간의 변경에 발주기관 귀책에 의한 공백기를 포함하는 것으로 개정하는 것도 검토할 수 있을 것이다.