비스니스센터와 유치지원센터의 사례에서도 알 수 있듯이 정부의 정책적 지원에도 불구하고 지방자치단체 차원의 혁신도시 전담기구의 설립 및 운영실적은 부진하다. 특히 중앙정부 주도의 공공기관 이전이 완료된 이후 혁신도시 정책의 추진체계는 지방자치단체가 주도하고 중앙정부는 지원하는 것으로 재편 중이나, 각 지방자치단체의 여건에 따라 전담조직 여부, 업무 범위, 인력 규모 등에 있어 차이가 존재하며 거버넌스 구축에도 어려움이 있다. 또한 행정조직 내 부서가 혁신도시 관련 업무를 담당하는 방식은 업무 연속성 및 전문성 확보 측면에서 한계가 존재한다.
이에 2017년 혁신도시법을 개정하여 각 시·도가 혁신도시의 안정적 발전, 혁신도시의 지역성장 거점 육성 및 산·학·연 협력체계 구축 등을 전담하는 조직인 발전지원센터를 설립하도록 하였다.
지방자치단체 차원의 혁신도시 관련 사업 추진조직의 변천 및 각 조직의 특징은 다음 [표 5]와 같다.