(2) 시ㆍ도지사와 시ㆍ도교육감의 이념 차이에 따른 정책노선의 갈등 논란
6ㆍ2지방선거 이후 일부 시ㆍ도지사와 시ㆍ도 교육감이 정책노선의 차이로 인해 갈등을 겪고 있다. 서울과 경기가 그 좋은 예로, 무상급식 지원 및 학생인권조례 제정 문제 등으로 인해 갈등이 표면화되고 있다. 그러나 이념과 노선이 다르기 때문에 교육감 직선제를 폐지하자는 주장은 공감대를 형성하기 어렵다. 특히 전국적으로 교육감 직선제를 시작한지 불과 3개월 만에 폐지하자고 주장하는 것은 너무 이르다.
민주주의와 주민자치의 원리에 입각하여 생각해보면 시ㆍ도지사와 교육감의 정책노선 차이는 이념뿐만 아니라 다른 요인에 의해서도 발생할 수 있다. 그리고 교육행정과 일반행정은 행정이라는 보편성과 동시에 각각의 고유한 특수성을 갖고 있다는 점을 감안할 필요가 있다.
문제가 발생할 경우 서로간의 협의와 조정을 통한 해결이 우선시 되는 것이 바람직하다. 그러므로 그것을 유도할 수 있는 방향으로 제도를 개선하는 방안에 대해 먼저 고민해야 할 것이다.