농민단체와 시민단체 등은 “이윤극대화를 추구하는 주식회사의 속성에 의해 회원조합의 이익을 침해하거나 경쟁함으로써 회원과의 마찰이 커져 일선조합의 권한 강화, 농민실익증대라는 당초 목표가 상실되었으므로 지주회사방식에 대해 전면 재평가”가 필요하다고 주장한다. 그리고 평가 결과에 근거하여 경제사업 활성화를 통한 농민실익 증대를 위해 현재 중앙회 100% 출자 구조인 경제지주회사를 회원조합의 사업연합체인 경제사업연합회로 전환할 것을 요구하고 있다.
이와 같은 문제 제기에 대해 농림축산식품부는 경제지주회사가 본격적으로 출범(2017년 1월)한지 얼마 되지 않은 시점에서 연합회로의 전환을 논의하는 것은 “농협 경영구조에 대한 불확실성및 대내외적 혼선과 갈등을 야기할 우려”가 있다면서 부정적인 입장을 밝히고 있다.