자치분권위원회에서는 본회의 의결을 거쳐 특례시의 특례사무를 결정하였다. 자치분권위원회는 2021년 7월 23일 제34차 본회의에서 기존에 인구 100만 이상 대도시 특례로 발굴된 3개 기능을 특례시 사무로 의결하였다. 해당 사항은 정부가 마련한 「중앙행정권한 및 사무 등의 지방 일괄이양을 위한 37개 법률 일부개정에 관한 법률안(이하 지방일괄이양법)」에 포함되었다. 이 법률안은 특례시를 포함한 광역 및 기초자치단체로 권한과 사무를 조속히 이양하기 위해서 정부가 마련한 것이다. 현재 이 법률안은 정부의 입법예고 절차까지만 마친 상황이다.
이 법률안에서는 인구 100만 명 이상의 특례시 사무로 ① 비영리민간단체 등록, 말소 및 지원 등 기능(행정안전부), ② 관광특구 지정 및 평가 등 기능(문화체육관광부), ③ 신기술창업집적지역 지정 협의 기능(중소벤처기업부)을 포함하였다.
자치분권위원회에서는 「특례시 지원협의회」에서 발굴한 특례사무를 대상으로 회의를 개최해 해당 사무를 심의 및 의결하고 있다. 2021년 11월 5일 제35차 본회의에서 5개 기능의 106개 단위사무를 특례시 사무로 의결하였다. 2021년 12월 17일 제36차 본회의에서는 3개 기능의 23개 단위사무를 특례시 사무로 의결하였다. 그러나 지금까지 자치분권위원회에서 의결된 특례시의 특례사무 중에서 법적으로 확정된 것은 아직까지 없다.
한편, 정부는 특례시의 조직 특례를 부여하기 위해 「지방자치단체의 행정기구와 정원기준 등에 관한 규정 일부개정령(안)」을 마련했으며, 입법예고(2021.11.30.~2022.01.10.)를 거치고 있다. 이 개정안에는 특례시가 지향하는 중점업무, 특례사무 발굴‧운영 등을 수행할 수 있도록 본청에 실‧국을 한시적으로 1개 설치하는 규정 등이 있다.