또한 앞서 살펴보았듯이, 현재 우리나라의 금융분쟁조정기구는 여러 가지가 존재하며, 각각의 분쟁조정절차에 따라 운영되고 있다. 이렇게 산재되어 있는 금융분쟁 조정기구는 분쟁해결에 필요한 조직과 인력이 중복되어 불필요한 실효성의 유무가 존재한다. 그리고 각 분쟁조정기구들의 규정과 법리가 다를 경우에 같은 사안에 대해서도 다른 효력의 결과를 가져올 수 있는 우려도 있다. 그렇게 된다면 결과적으로 금융소비자들에게 혼란을 심어 줄 수 있어 금융분쟁해결기구에 대한 신뢰성이 떨어지게 될 것이다.
이렇듯 금융소비자와 금융회사와의 금융분쟁이 발생하였을 경우에 금융분쟁해결제도의 문제점이 많이 드러나고 있다. 이러한 문제점을 보완하여 금융소비자의 보호에 필요한 개선방안을 마련하고 이를 도입하여야 할 것이다.