1989년에 공적건강보험구조개혁법을 실시했는데 목적은 의료비 증가억제, 보험요율 안정화 및 환자본인부담금의 인상, 처방의약품급여비 제한 등 수요억제를 통한 재정안정화로 볼 수 있다. 입원진료, 치과보철, 온천요법, 의약품 등에서 환자본인부담금을 인상하고, 안경과 비경제적 또는 효과가 분명치 않은 의약품 등에 대한 공적건강보험의 급여를 제한하였으며, 외래진료처방의약품에 대한 참조가격제를 도입하였다. 그 결과 1990년 중반까지 공적건강보험의 재정지출 증가는 어느 정도 억제된 것으로 평가받고 있다.<br>1990년 이후 병원과 약제비를 중심으로 지출이 다시 증가되자, 1993년의 공적건강보험구조개혁법에서는 부문별 총액예산제 도입을 통해 의료공급자들이 자율적으로 진료비 증가를 억제하고, 공적건강보험조합의 보험요율 인상을 억제하고자 하였다.<br>1993년 개혁의 주요내용으로는 우선, 개별병원의 입원진료비용, 외래진료를 담당하는 주보험계약(치과)의사협회전체의 진료보수, 외래진료에서 주보험계약(치과)의사협회전체가 처방하는 의약품비용에 대한 지역별 총액예산제 도입을 들 수 있다. 둘째, 의사과잉지역에서는 보험계약의사에 대한 허가를 제한하고, 보험계약(치과)의사의 정년을 68세로 제한하여 외래진료 담당의사의 수급을 조절하고자 하였다. 셋째, 지역과 직종, 직장을 기준으로 보험가입이 제한된 공적건강보험 가입구조에 근본적인 변화를 시도하였다. 즉, 가입자가 자신이 가입하고자 하는 공적건강보험조합을 자유롭게 선택할 수 있도록 보험자 선택을 자유화하여 조합이 가입자유치를 위해 보험요율을 인하하는 유인체계를 마련하였다. 그러나 이와 같은 개혁 정책에도 불구하고 1995년 이후 공적건강보험의 진료비는 계속 증가하여, 공적건강보험 재정이 다시 적자로 전환하게 되었다.