종료된 사업을 대상으로 하는 종료평가와 추적평가를 살펴보면, 종료평가는 부처가 추진하여 종료된 사업을 대상으로 기획 당시 설정한 성과목표 달성도와 성과활용·확산 계획에 대해 평가하는데, 사업추진 과정에서의 성공 및 실패요인 진단, 후속사업 및 과제 추진의 필요성 등을 점검한다. 중간평가와 마찬가지로 종료사업의 소관 부처가 자체평가를 수행하고, 미래부는 자체평가 결과에 대한 상위평가를 실시한다. 자체평가에서는 사업의 최종목표 달성 정도와 성과의 활용·확산 계획의 적절성에 대해 사업유형별로 가중치를 차별화하여 실시하고, 미래부에서는 자체평가 과정, 근거, 결과 등에 대한 적절성 점검 및 부적절 사업을 대상으로 확인·점검을 실시하는 상위평가를 실시한다.
추적평가는 연구개발 종료 후 일정기간 동안의 기술이전, 사업화 지원·실적 등 연구 성과의 관리 및 활용에 대한 조사 및 평가를 의미하는데, 통상 사업 종료 후 5년 이내 연구개발사업 중 추적평가 대상사업을 선정하고, 부처 자체평가 및 이에 대한 미래부 상위평가를 실시한다.