그러나 유림은 호주제의 폐지를 가족공동체의 파괴로 인식했으며, 호주제로 인해 피해를 당하는 사람은 ‘소수’이며, 다수를 위해 소수의 권리는 무시해도 좋다는 논리로 맞섰다. 더 나아가 헌법 제9조 “국가는 전통문화의 계승･발전과 민족문화의 창달에 노력하여야 한다”라는 조항을 제시하면서 호주제를 유지하는 것이 국가의 의무이며, 호주제에 대해서도 관습헌법을 적용할 것을 요구했다.
이에 대해 여성운동은 헌법 제10조, 제11조, 제36조에 명시된 인간의 존엄, 행복추구권, (젠더)평등과 같은 헌법 조항을 근거로 호주제가 위배된다고 반박했다. 그리고 호주제가 오히려 가족공동체를 파괴하고, 현실에 존재하는 다양한 유형의 가족을 비정상적으로 취급하며 이들에 대한 차별과 배제를 당연시한다고 비판했다. 곽배희 소장은 “호주제가 가족해체의 주요원인이 되는 부부갈등의 근원적 요인으로 작용함으로써 사회 전반의 안정을 위협하고 있다”며, “허울과 명목뿐인 대를 잇기 위해 혼인의 신성함을 유린하는 외도가 용인되고, 아들을 낳기 위해 선택적 낙태를 통해 같은 핏줄인 딸들을 살해하는 일이 아무렇지도 않게 벌어지는(제250회 국회 제14차 법제사법위원회 회의록 2004.12.03.)” 것은 부계 혈통만을 중시하는 호주제 때문이라고 반박했다.