한편 채권금융기관 조정위원회는 구조조정을 추진하는 과정에서 채권금융기관 간 이견이 발생할 때 조정하는 역할을 담당하였으며, 정부는 기업구조조정이 원활하게 추진되도록 하기 위하여 「금융기관 부실자산의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률」을 개정하는 등 법‧제도적 기반을 정비하고, 필요사항에 대해서는 정책적 지원을 하도록 하였다. 채권단 자율의 기업구조조정은 기업규모별·업종별로 차별화하여 구조조정이 진행되도록 방향성이 설정되었고 업종별로는 위험 가능성이 높은 경기 민감업종인 조선, 건설, 해운업을 중심으로 부실징후 기업을 선별하여 예방적 차원에서 구조조정을 추진하기로 하였다. 채권은행들은 2009년 1~3월 중 「기업구조조정촉진법」에 따라 건설 및 조선업체 186개를 대상으로 신용위험평가를 2회에 걸쳐 실시하고 20개의 구조조정 대상기업을 선정하여 발표하였다. 해운업의 경우 글로벌 경기 악화에 따른 물동량 감소 등의 요인으로 업황이 악화되자 부실징후가 나타난 해운사에 대한 상시적 구조조정을 추진하고, 산업적 측면을 고려한 제도적·정책적 지원을 강화하고자 하였다. 채권은행은 2009년 두차례에 걸쳐 91개 소규모 해운업체를 대상으로 신용위험을 평가하여 그 중 10개 업체를 구조조정 대상으로 선정하였다.
또한 기업규모별로 차별화하여 대기업그룹에 대해서는 주채권은행을 중심으로 재무구조평가를 실시하고 재무구조 개선이 필요한 계열의 경우 자구계획 수립‧이행을 유도하기 위해 재무구조개선약정을 체결하는 등 선제적 대응을 독려하였다. 기타 개별 대기업(총신용공여 500억 원 이상 대기업 대상)의 경우, 「기업구조조정촉진법」에 의한 기업신용위험 상시평가제도를 활용하여 구조조정을 추진하기로 하였으며 중소기업의 경우에는 별도로 신용위험평가를 통해 구조조정 대상기업을 선정하도록 하였다.