3. 세제상 영리법인과 비영리법인 구분 모호
영리법인과 비영리법인의 통상적인 구분은 수익을 구성원에게 분배하는지 여부가 기준이다. 비영리법인으로 구분되면, 영리법인과 차별되는 과세상 혜택을 받게 된다. 혜택을 받을 수 있는 자격에 대해서는 비영리법인을 설립하는 단계에서 주무관청이 인ㆍ허가를 통해 심사하는 방식을 취하지만, 설립 이후 지속적인 통제ㆍ감독에 관한 법과 제도는 충분하지 않은 실정이다.
비영리법인에 대한 소득과세를 응능부담의 원칙 측면에서 보면 영리법인과 비교하여 과세상 차이를 둘 필요가 없다. 그럼에도 불구하고 대부분의 국가들이 비영리법인의 소득 가운데 고유목적사업활동과 무관한 영리소득에 대해서만 과세하는 것은 비영리법인의 사회적 역할(자선, 학술, 종교, 공익 등) 수행에 대한 보상이라는 측면과 조세수입, 과세행정, 경제정책이라는 측면을 조화한 것이라고 볼 수 있다.