노무현 대통령은 당·정·청 간에 참여형 거버넌스 구조를 적극 도입하였다. 당정분리 원칙을 천명하여 집권당 의원들의 자율성을 높여주었다. 이후 집권당의 일부 세력과 대통령 사이의 갈등이 증폭되면서 결국 분당에 이르게 된다. 그 결과, 2004년 총선까지 임기 초반임에도 불구하고 한나라당 주도의 의회가 정책 의제를 주도하였고, 김대중 대통령 시기와 마찬가지로 야당이 주도하여 법인세율을 인하하였다. 야당이 표결을 통해 인하안을 통과시키려 하자 정부와 여당은 야당과 협상하여 인하의 폭을 늘리는 대신 세수 확보를 위해 인하 시기를 늦추는 데 합의하였다. 이명박 대통령은 집권당이 원내 다수를 확보한 가운데 안정적으로 법인세 인하를 추진하였으나 임기 4년차에 이르러 ‘친박’ 비주류가 원내 지도부로 선출된 뒤 대통령의 법인세 감세 정책을 철회하였다.
김영삼 대통령 이후 법인세법 개정 과정을 분석한 결과 분점정부의 경우 대통령·여당과 야당의 갈등을, 단점정부의 경우 대통령과 대통령에 비판적인 여당의 갈등을 효과적으로 조정하는 것이 당·정·청 거버넌스의 위기를 극복하는 데 반드시 필요한 것으로 나타났다.