재정에서는 예금보험기금채권상환기금과 부실채권정리기금에 출연하기 위하여 별도로 공적자금상환기금을 설치하였다. 동 기금은 공공자금관리기금에서 국채 발행자금을 예탁 받아 2006년까지 만기가 도래하는 공적자금 중 49조원(원금 기준)을 상환(예금보험기금채권상환기금과 부실채권정리기금에 출연)하고, 매년 일반회계 출연금(2002년 현재가치 기준 2조원)과 우체국예금(우체국예금특별회계)·우체국보험(우체국보험특별회계) 출연금(예금평잔 등의 0.1%) 등으로 25년 이내에 공공자금관리기금으로부터 예탁 받은 국채원리금을 상환하도록 하였다.
3. 연도별 상환계획
상환대책상 공적자금 채무 97조원의 만기를 연도별로 보면 2003년에서 2008년까지 집중되어 있다. 이에 따라 우선 공공자금관리기금이 공적자금상환기금에 예탁한 국채 발행자금 49조원을 예금보험기금채권상환기금과 부실채권정리기금에 2003년 13조원, 2004년부터 2006년까지 매년 12조원씩 출연하여 상환하고, 나머지 만기가 도래한 공적자금은 양 기금의 자금수급상황에 따라 회수자금 또는 금융회사 특별기여금으로 상환하거나 부족한 부분은 만기도래 채권을 차환발행한 후 향후 회수자금 등으로 상환할 계획이다.