2013년에는 예산을 402억 원으로 확대하고 창업지원을 강화하였다. 2013년 이전까지의 창업지원 성과 및 지원 인프라 등을 평가하여 18개 창업선도대학 중 7개 대학을 사관학교형 창업선도대학으로 지정하여 예비창업자들에게 창업준비 공간을 무상 제공하고, 전용교육 및 전문멘토링 지원을 통해 대학이 보유한 창업자원을 최대한 활용하도록 하였다. 이는 창업사업화의 성공모델인 청년창업사관학교를 벤치마킹하여 사관학교형 프로그램으로 도입한 것이다.
2014년 예산은 508억 원으로 확대되었으며, 기존에 운영되던 18개 중 2개 대학이 협약종료 되었고 5개 대학이 신규 선정되어 창업선도대학은 총 21개 대학으로 확대되었다. 추가로 선정된 대학 중 3개는 사관학교형으로 지정되어 11개 대학이 사관학교형, 10개 대학은 일반형 창업선도대학으로 운영되고 있다.