(2) 운영･육성 규정
특정연구기관의 유형이 다양하고 개별 설립･운영법이 존재함에 따라, 특정연구기관법에는 특정연구기관의 운영･관리에 관한 규정이 많지 않으며 특히 육성에 관한 규정은 거의 없다고 할 수 있다.
특정연구기관법은 출연금 지급, 국유재산 양도, 회계감사, 비밀엄수, 공동관리기구 설치, 공동연구･공동활용, 업무 협조 등에 관한 기본적인 사항만을 규정하고 있다는 한계가 있다. 예컨대 연구개발기관이 아닌 특정연구기관도 있으므로 연구의 독립성･자율성, 연구개발결과의 확산에 관한 사항을 규정하기 어렵다. 연구관리전문기관이 아닌 특정연구기관도 있으므로 중립성과 객관성 확립, 전문가에 의한 사업관리 규정 등을 두기도 어려운 상황이다.