실제로 지난 2008년 행정안전부는 직제(대통령령)의 개정을 통해 독립기관인 인권위의 조직 축소를 강행하여 정원의 21.1%(44명)를 감축하고 2국 11과 1소속기관을 일방적으로 축소하여 인권위의 기능과 독립성이 크게 훼손된 바 있다. 인권위는 「정부조직법」에서의 정부조직도 아니고 행정위원회도 아닌 무소속 독립기관으로 「정부조직법」의 적용을 받지 않는다. 그럼에도 불구하고 헌법기관이 아니라는 이유로 정부에서 조직축소를 일방적으로 강행하여 업무수행의 차질과 인권위의 독립성을 훼손한 결과를 초래한 것이다.