둘째, 지속가능성에 대한 우려가 있다. 금융결제원 중심으로 구축하고 있는 제로페이를 위한 통합 플랫폼은 초기 설치비용으로 39억원이 들고, 이후 운영비용으로 매년 35억원씩 소요될 것으로 추산되고 있다.
이외에도 거래과정에서 발생하는 비용이나 가맹점을 확보하고 관리하는 비용 등이 발생하는데, 운영주체간에 이를 어떻게 분담할 것인지가 갈등요인으로 작용할 수 있다. 정부 주도의 가격상한 설정으로 사업이 추진되는 상황에서 사업자의 결제서비스나 수익모델에 있어서 혁신이 없다면 향후 공공성 훼손이나 서비스 장애 등의 문제가 발생할 수도 있을 것이다.
셋째, 정부 주도의 사업추진으로 인해 민간영역이 침해되고 비효율이 발생한다는 문제제기가 있다. 중소벤처기업부와 서울시는 금년 10월 28일부터 인터넷을 통해 신청을 받는 등 가맹점 모집에 돌입하였다. 과거 신용카드 인프라를 설치하는데 있어서 VAN사가 가맹점 모집 및 관리를 담당하였지만, 제로페이는 중간 수수료를 인하하기 위하여 정부와 지자체가 담당하고 있는 것이다.