1980년대 말 이후 지역통합 재활성화로 기능적 지역통합 이론이 다시 발전하였다. 그러나 이 시기 이후에 주장된 대부분의 이론은 국가 간 정치통합보다는, 주권국가의 존재자체는 주어진 조건으로 본다. 이를 바탕으로 국제제도가 국가 간 협력을 촉진하는 요인이 된다는 점이나 의사결정의 다원성(국내의 이해표출, 국가 간 교섭, 의사결정의 주체로서의 지방정부, 국가, EU 등) 등에 주목하여 주권국가만을 주체로 상정하는 전통적인 국제정치 이론에 도전한다(e.g., Moravcsik, 1998).
셋째로 인식적 지역통합론이란 지역통합의 요인으로 가치 공유라는 사람들의 인식상태를 중시하는 입장이다. 1950, 60년대에 이 견해는 주로 안전보장공동체론으로 발전되었다(Deutsch, et al., 1957). 안전보장공동체란 가치·문화·인식의 공유가 진전됨에 따라 상호간 전쟁 의사를 가지지 않을 정도까지 국가 간 관계가 성숙한 데에 이른 상태를 가리킨다(미국과 캐나다 관계 등을 생각할 수 있다).