이에 정부와 국회는 공적자금을 체계적으로 관리하기 위한 제도개편에 착수했고, 여·야 합의를 거쳐 2000년 12월 ｢공적자금관리특별법｣을 제정하고 2001년 2월에 공적자금관리위원회를 발족시켰다.
｢공적자금관리특별법｣의 제정으로 신설된 공적자금관리위원회는 공적자금의 조성·투입·회수 등 주요사항에 대해 최종 권한을 보유하면서 산하에 매각심사소위원회를 두어 매각방안의 적정성을 심사하는 등 공적자금 관리를 체계화하였다. 또한 최소비용의 원칙(법 제13조), 공평한 손실분담의 원칙(법 제14조) 등을 ｢공적자금관리특별법｣에 명문화하고, 공적자금 투입 금융회사에 대한 경영정상화이행약정(MOU) 체결 및 이행실적 보고를 의무화하였다.