이에 「대안교육기관법」에 따른 등록 대안교육기관에 대해 시·도교육청별 재정 여건을 고려하여 교육지원·특성화 등의 지원사업 방식으로 일부 예산을 지원하되, 국회 심사 과정의 취지에 위배되지 않도록 하며, 사립 인가 대안학교에 대한 예산 지원(2019년 기준 교당 평균 2억 7천 3백만 원)을 초과하지 않는 범위 내에서 시·도의회의 승인을 받아 시·도교육청이 자율적으로 지원하도록 하는 방안을 검토할 필요가 있다. 그리고 「대안교육기관법」에 예산 지원 가능 조항이 명시되어 있지 않고 대통령령으로 정하도록 위임하고 있지 않으므로, 「대안교육기관법」 제3조에 따라 교육부와 시·도교육청이 수립·시행하여야 하는 ‘대안교육기관의 운영을 위하여 필요한 시책’에 반영하여 지원하는 방안도 검토할 수 있다.
이 과정에서 「대안교육기관법」의 제정 이유에 포함된 학생의 안전과 교육의 안정성 등을 확보하도록 하기 위한 목적으로 학생 안전 대책 지원과 해당 기관의 주된 교육목적 및 연간 학생 납부금 등을 고려하여 예산 지원 사업의 지원 대상 기관 및 지원액을 정하는 방안을 검토할 수 있다. 다만, 이 경우에도 시·도 자율적으로 지원하되 시·도 조례나 교육규칙 등 지방교육자치법규로 정하도록 하여 지원 목적과 범위에 적합하게 지원하는 방안을 검토할 필요가 있다.