셋째, 대체공휴일 제도의 경제적 파급효과와 기업의 비용부담 증가이다. 대체공휴일 제도의 도입을 찬성하는 입장은 기존 주 40시간 근무제 도입의 경우를 보더라도 실제 근무시간은 줄어 들었지만, 근로자의 노동생산성은 오히려 증가하였으며, 비록 미미하기는 하지만, 산업재해율도 감소한 것으로 나타났다는 견해를 밝히고 있다. 또한 대체공휴일 제도의 도입으로 인해 공휴일과 휴일이 겹치는 4일을 대체휴일로 사용하게 되는 2010년의 경우, 85,282명의 고용유발효과가 발생하며, 총 11조 6천억 원의 생산유발효과가 발생한다고 주장하고 있다. 이에 반해 대체공휴일 제도를 반대하는 입장은 매년 휴일근로수당과 퇴직금 추가부담액이 각각 3조 4,107억 원, 1조 8,169억 원이 소요될 전망이며, 광업 및 제조업에서만 연간 약 6조 7,254억 원의 생산차질액이 발생한다는 견해를 제시하고 있다.