예산 대비 실제 지원실적이 이렇듯 크게 밑돌게 된 가장 큰 이유로는 1998년 이후 은행들에 대한 금융감독당국의 자산건전성 규제가 크게 강화됨에 따라 은행들이 담보설정과 여신심사에 있어서 매우 조심스러워졌으며 그리하여 정책융자상품을 취급하는 경우에도 담보를 요구했기 때문이다. 이러한 문제에 직면하여 정보통신연구 진흥원은 2002년 9월부터 은행의 담보설정 요구에 좌우되지 않는 기술담보대출을 도입하였다. 그 결과 2004년부터 지원예산 대비 지원실적 비율이 상승하여, 2005년에는 100%를 달성하였다.
② 기술담보대출 확대와 그 조건
2000-2004년의 기간 중 총 융자지원 금액 8, 571억원 중 일반담보를 통해 5, 388억원, 기술담보를 통해 3, 184억원이 지원되었는데, 하지만 기술담보대출이 2002년 9월에야 비로소 도입되었다는 사실을 고려할 때, 기술담보대출의 비중은 현재 매우 커졌다고 할 수 있다. 위에서 보듯이, 기술담보대출의 비중은 금액기준으로 2003년 90.9%로 급격히 높아졌는데, 그 이유로는 2003년 5월부터 동년 말까지는 정보통신부의 지침에 따라 사업비 잔액에 대하여 100% 기술담보대출 방식으로 지원하였기때문이다. 2004년에는 다시 정보통신연구진흥원의 자체적인 판단에 따라 기술담보대출 비율을 조절하였으며 그 결과 기술담보대출은 2003년보다는 줄었지만 61.1%로 매우 높은 비중을 차지하였다. 2005년에도 정보통신연구진흥원은 기술담보대출의 비율을 유지하고자 하였으나 P-CBO 관련 구조조정의 여파로 신규 기술평가보증의 확대에 일시적으로 소극적이었던 기술보증기금 측의 사정으로 인하여 기술담보대출비율은 다시 41.4%로 하락하였다. 하지만 2005년 말부터 기술보증기금이 구조조정을 완료하고 기술혁신형 중소기업에 대한 보증지원 확대 방침을 명확히 함에 따라 2006년도에는 전체 사업비의 52.6%가 기술담보대출 방식으로 지원되었다 (2006년 9월 현재 사업예산 소진).
정보통신진흥기금 측은 과학기술진흥기금과는 달리 기술담보대출 확대에 따른 기술보증기금 측의 손실확대 가능성에 대하여 보험료 방식의 위험분담을 하지 않고 있다. 이로 인하여, 2005년의 사례에서 볼 수 있듯이, 기술보증기금 측으로 하여금 기술평가보증(기술담보)의 확대에 대해 적극적인 태도를 이끌어내는데 한계에 직면하고 있다. 향후 기술담보대출 지원의 확대가 불가피하다고 할 때, 기술담보 확대로인한 기술보증기금 측의 손실확대 가능성을 적극적으로 기금 측에서 보완하는 대책 마련이 시급하다고 판단된다.