1980년 12월 31일의 개정(법률 제3349호)에서는 승인주체가 보건사회부장관에서 노동청장으로 변경되었으며, 이는 곧이어 행해진 1981년 4월 8일의 정부조직법 개정(법률 제3422호)에서 노동부가 신설됨에 따라 노동부장관으로 바뀌었다.
그리고 1989년 3월 29일의 개정(법률 제4099호)에서 기준근로시간이 일반근로자의 경우 1주 44시간, 유해·위험작업근로자의 경우 1주 34시간으로 변경됨에 따라 특례조문(제47조의 2)상 기준근로시간도 같이 변경되었으며, 1990년 1월 13일 산업안전보건법 개정(법률 제4220호)시 유해·위험작업근로자의 근로시간은 산업안전보건법에서 다루게 되었음에도 불구하고 특례조문상에는 당해 규정이 삭제되지 아니하는 부조화가 존재하였다.
1997년 3월 13일 신법제정(법률 제5309호)의 형식으로 행해진 근로기준법 전면개정에서는 연장근로 허용한도에 대한 주당 법정근로시간 범위내에서란 문구가 삭제되고, 특례규정의 적용요건이 행정관청의 승인에서 사용자와 근로자대표간의 서면합의로 바뀌었고, 업종관련규정에서도 과거의 ‘공익 또는 국방상 특히 필요한 경우’에서 ‘공중의 편의 또는 업무의 특성상 필요한 경우’로 변경되어 국방상의 이유로 인한 특례요건이 삭제되었다.