2006년 1월에는 PSI 차단훈련에 옵서버 자격으로 참여한다는 방침이 결정되었다. 이에 따라 2006년 4월 호주에서 실시되는 PSI 공중차단훈련에 정부참관단을 파견하였고, 이어 10월 30일~31일 걸프만에서 이루어진 해상차단훈련에도 참관단을 파견하였다.
2006년 10월 14일에 유엔안보리는 북한의 핵실험 단행에 대하여 대북 제재결의안 제1718호를 만장일치로 통과시켰는데, 이로 인해 PSI의 적용대상이 북한으로 구체화되었다. 이 때 한국 정부는 PSI에 완전 가입할 경우 남북간 군사충돌의 우려가 있고, 당시 대북 포용정책과 배치된다는 등의 사유로 PSI에 대하여 제한적인 협력 의사만 있다는 입장을 밝혔다.