셋째, 학교폭력 실태조사의 설문 내용에 문제점이 있었다. 학교폭력 실태조사를 위한 설문지는 총 7문항으로 구성되었으나, 설문 응답 학생의 기초 정보를 묻는 1번과 2번 문항을 제외하면 학교폭력에 관한 문항은 5개에 불과하였다.
학교폭력의 피해유형에 관한 질문인 3번 문항의 경우 일선 학교가 교육행정정보시스템(NEIS)에 입력한 학교폭력 관련 자료를 바탕으로 현황 파악이 가능한 내용이다. 5번 문항은 일진의 존재 여부에 관한 것이었다. 일진의 존재 여부가 아니라, 학교폭력에 연관된 일진들의 구제척인 현황 파악을 위한 조사가 실시되었어야 했다.
넷째, 학교폭력 전국 실태조사를 위하여 초·중·고등학생에게 동일한 설문지를 사용하였다. 학습능력이 중·고등학교 학생들에 비하여 떨어지는 초등학생을 위하여 쉽고 간결한 설문지를 사용하는 것은 타당하다. 그러나 초등학생과 학교폭력 문제가 심각한 중학생을 대상으로 동일한 설문지를 사용하여 학교폭력 실태조사를 한 것은 문제가 있다.