과학기술분야 출연연이 발전하는 과정에서 출연연을 둘러싼 환경도 변화해 왔으며, 이에 따라 과학기술분야 출연연 법제 정비의 필요성도 제기되어 왔다. 기업과 대학의 과학기술혁신역량도 계속해서 제고되면서 과학기술분야 출연연의 역할 변화에 대한 시도가 계속해서 있어 왔는데, 충분히 공감대를 형성할 만한 역할 재정립이 이루어지지 않아 논의가 반복되는 경향이 있었다.
또한 과학기술분야 출연연의 규모가 커지고, 외환위기를 거치며 공공기관으로서의 책무가 강조됨으로 인해 과학기술분야 출연연이 자체적으로 장기적 관점에서 연구개발을 기획하고 추진하는데 장애가 되는 요인들이 나타나기도 했다. 출연연이 연구의 자율성과 책임성을 바탕으로 하여 중장기적 연구개발을 기획‧추진할 수 있는 환경을 조성할 필요성이 높아지고 있다. 또한 최근 연구개발융합과 연구개발성과의 실용화가 특히 강조되고 있으므로 이를 촉진하기 위한 체계에 관한 논의도 필요하다.