또 다른 대안은 정부에서 독립재단을 설립하고 여기에 정부가 예산을 지원하는 방식이다. 독립재단은 정부에서 대표자를 임명하고 감독권을 갖지만, 기본적으로 시민사회의 전문가가 참여하여 독자적으로 관리하는 방식이다. 미국의 경우 비영리민간단체의 주요 관리감독 기구는 국세청(IRS)이다. 영국의 경우에는 비영리단체를 관리·감독하는 독립기구를 별도로 설치하여 비영리단체의 등록·관리·감독·교육 등의 업무를 총괄하며, 홈페이지에 약 16만개 단체의 연간보고서를 포함한 성세정보를 공시하고 있다. 호주의 경우에는 2008년 12월에 의회 경제상임위원회가 발표한 '비영리단체 관리제도에 대한 보고서'를 보면, 비영리단체 관리·감독을 일원화하며, 이에 따른 법제도를 정비하고자 하고 있다.
외국의 사례에서와 같이 비영리민간단체에 대한 종합적인 관리·감독이 이루어질 경우, 시민사회의 자율성을 확보하고 시민사회 내의 자정장치와 상호비판을 통해 사업 선정과 평가가 효과적으로 이루어질 수 있다. 이러한 방식이 효과를 발휘하기 위해서는 정부의 간섭 배제, 독립재단의 민주적 운영, 시민사회의 능력 증대, NGO 재정자립 장치 강화 등이 병행될 필요가 있다(박상필, 2008: 42-44).