인증신청은 예비인증과 본인증의 2단계로 이루어진다. 예비인증신청은 사용승인 취득 후 설계단계에서 신청이 가능하며, 예비심사를 거쳐 예비인증을 부여받을 수 있다.
본인증은 준공 3개월 전부터 신청할 수 있으며, 현장심사와 심의를 거쳐 심사요건을 충족하게되면 친환경건축물로 인증을 받게 된다.
(3) 친환경건축물 인센티브 제도
친환경건축물의 건설을 활성화하기 위해 취득세 경감, 용적률·조경면적·건축물 높이제한 완화 등 다양한 인센티브가 제공된다. 인센티브 제도는 지방자치단체별로 차이가 있으며, 서울시의 경우 인증비용 지원, 취득세 완화 등의 인센티브 제도를 운영하고 있다.