인천도시개발공사의 경우 영종하늘도시 및 검단일반지방산업단지 조성, 인천대 송도 이전사업 등 대규모 개발사업에 소요되는 재원을 주로 공사채 발행에 의존한 것이 부채증가의 원인이다. 사업성이 낮은 개발사업 추진을 위하여 대규모로 공사채를 발행한 점이 문제로 지적되는데 인천 도시개발공사 부채 증가의 문제점을 감사원 감사결과를 중심으로 세 가지로 요약해 본다.
첫째, 인천도시개발공사가 실제 능력 이상으로 공사채를 발행하였다는 사실이다. 이 과정에서 부채발행한도 규정(순자산의 일정배수 내지 자본금대비 일정비율 등)을 회피하기 위한 인천광역 시의 의도적인 출자도 있었다. 감사원의 2011년 감사처분 결과 보고서에 의하면 인천광역시는 도 시개발공사의 공사채 발행한도를 높이기 위해 2003.7~2010.4월까지 무수익 재산 및 반환조건이 부여된 자산 등 실질적인 순자산 증가가 없는 재산 1조 3,403억원을 출자하여 공사의 재무상태를 형식상 건실화시켰고 인천도시개발공사는 이를 기초로 2008년에 순자산(1,384억원)의 10배 이상에 해당되는 1조 9,467억원의 공사채를 발행한 것으로 지적되었다.
둘째, 인천도시개발공사가 차입금으로 진행한 사업들 중에는 본래 인천광역시가 담당해야 할 사업이거나 사업성이 높지 않은 것들이 적지 않다. 감사결과 처분요구서(2011.4)에 따르면 인천광 역시는 사업성과가 시에 귀속되는 사업을 대행사업으로 추진하지 않고 도시개발공사로 하여금 추진하게 하였다. 이 결과 인천도시개발공사는 사업성과가 인천광역시에 귀속되는 12개 PF사업(총 4조 6,407억원 상당)을 추진하면서 대행수수료도 받지 못하고 사업추진 과정에서 발생되는 추가 사업비용 및 법인세 등 모두 7,615억원을 부담할 우려가 있는 것으로 파악되었다. 또한 인천도시 개발공사는 영종하늘도시 외국인투자 용지조성사업과 같이 조성원가(내지 이하) 매각이 불가피한 사업을 수행함으로써 적자를 증가(1.8조원)시켰으며 자본잠식된 일부 특수목적법인(SPC)에 추가 출자함으로써 손실을 초래하기도 하였다.
셋째, 2008년 글로벌 금융위기 발생으로 부동산 경기침체가 가시화됨에도 불구하고 인천도시개 발공사가 상당기간 확장적 사업기조를 지속하였던 점도 부채증가의 중요한 요인이었다. 인천도시 개발공사의 차입금 잔액은 2008년말 현재 1조 9,465억원에서 2009년말 현재 3조 5,104억원으로 글로벌 금융위기 발생 이후에도 1조 5,639억원이나 증가하였다.