한편, 은행을 자회사로 두지 않는 비은행지주회사는 도입 당시에는 은행지주회사와 동일한 수준의 엄격한 규제를 받아 왔으나, 2009년에 제도가 상당폭 개편되어 은행지주회사보다 완화된 규제를 받아 왔다.
비금융회사를 자회사로 지배할 수 있도록 허용하였으며, 지주회사 방식의 대형화 · 겸업화를 통해 대형투자은행 및 보험그룹 출현을 유도하였다.
또한, 현행 대기업집단의 복잡한 소유구조를 합리적으로 개선하기 위해 보험지주회사의 경우 비금융자회사 지배를 허용하고 산업자본의 은행지주회사 주식 보유한도를 제도 도입 당시 4%에서 9%(초과보유분에 대해 의결권행사를 하지 않을 경우 10%)로 상향조정하였다.
그러나 2014년 금산분리 완화에 따라 재벌에게 모든 자본이 집중되는 경제적 불균형, 금산결합에 따른 위험전이로 인해 전체 금융그룹의 건전성 악화를 우려하여 금산분리는 다시 강화되었다.
비금융주력자의 은행지주회사 주식보유한도를 다시 9%에서 4%로 축소하였으며, 투자회사ㆍ사모투자전문회사ㆍ투자목적회사를 비금융주력자로 판단하는 기준을 강화하였다.
또한 비은행지주회사 및 그 자회사는 비금융회사를 지배할 수 없도록 하였다.
아울러 은행 및 비은행금융지주회사 공통적으로 금융지주회사 내 자회사 등 고객의 사전동의 없이 이루어질 수 있는 정보제공의 범위를 내부 경영관리상의 목적으로만 한정하였고, 자회사 등 간 정보를 제공하는 경우에는 그 제공내역을 고객에게 통지하도록 하였다.
한편 은행지주회사의 경우 2016년에 원활한 자본 확충을 위하여 조건부자본증권의 발행 근거를 마련하였다.