그러나 결선투표제는 결선투표에서 유권자들의 선호가 제대로 대표되지 못하는 문제점이 있고, 결선투표에서 자신이 선호하는 후보가 존재하지 않을 경우 유권자들의 투표참여 포기가 증가하여 유효투표율이 낮아질 가능성이 존재한다. 따라서 다수 대표성 확보라는 목적에 부응하지 못하는 부작용과 유권자들의 선호를 왜곡하는 결과를 가져올 수 있다. 그리고 결선투표에 진출한 후보는 승리를 위해 부문별한 연합을 이루거나 또는 연합을 위해 후보자 및 정당이 가지는 대원칙을 포기할 수도 있다. 이는 결코 정치 양극화 완화에 도움이 되지 못한다. 특히 무엇보다도 많은 선거비용이 요구된다.