사업 성과로는 축산악취 저감과 깨끗한 축산농장 조성 및 확대로 2021년 상반기 4,295호 축산농가가 지정되었다. 2021년 축산악취개선사업 참여 농가의 암모니아 농도도 29% 감소한 것으로 나타났다.(4월 14.8ppm → 7월 10.5ppm) 또한 가축분뇨 처리과정에서 신재생에너지를 생산하여 온실가스 감축에 기여하고 있다는 농림축산식품부 내부 평가이다.(´21년 가축분뇨 에너지화 시설 8개소 운영 중) 다만, 농림축산식품부의 깨끗한 축산농장 조성을 위한 ‘깨끗한 축산농장 지정제’는 법적 근거가 명확하지 않은 한계가 있다. 2018년 12월 31일 「축산법」 개정을 통하여 축산환경 개선 관련 근거가 마련되어 있으나, 환경부의 「가축분뇨법」에 따른 ‘환경친화축산농장 지정제’와 같이 ‘깨끗한 축산농장 지정’의 법적 근거가 미비하다는 법적 한계가 있다. 그리고, ‘깨끗한 축산농장 지정제’ 적용 대상은 「축산법」 제22조에 따라 축산업 등록대상 농장으로 하고 있는데, 상대적으로 대규모의 축산농장인 허가대상 농장은 제외되어 있다.