이번 대선의 주요 이슈는 양안관계에 대한 입장 차이였다. 특히 중국과 대만 간에 합의한 양안관계에 대한 공동의 인식을 의미하는 ‘92 공식’(1992 consensus)을 둘러싼 국민당과 민진당의 입장 차이는 총통 선거의 주된 이슈였다.
마잉주 후보는 안정적인 양안관계를 강조하면서 ‘92공식’을 인정하고 이를 바탕으로 중국과의 지속적인 경제협력과 이를 통한 대만 경제의 성장을 주장하였다. 반면 차이잉원 후보는 국민당과 중국이 합의한 ‘92공식’을 비판하며 양안관계에 대한 새로운 합의를 만들어야 한다고 주장하였다.
이러한 두 후보의 주장은 양안관계를 둘러싼 국민당과 민진당의 입장 차이를 잘 보여준다. 국민당의 경우 전통적으로 ‘하나의 중국’을 강조해왔으며, 민진당은 대만 독립 노선을 견지해왔기 때문이다.