(1) 부처간 이견의 극복
당초 국과위의 범부처에 대한 강력한 조정기능을 위하여 대통령을 위원장으로 하는 방안이 논의되었으나, 위헌논란으로 장관급 민간위원장으로 바뀌었다. 이에 따라 국과위가 과연 타 부처들(기재부ㆍ지경부ㆍ행안부ㆍ교과부 등)과 원만한 관계를 유지할 수 있을지에 대한 의문이 제기되었다. 특히 부처간 조정의 어려움은 대통령도 피력한 바 있는데, 출범 이전에 그러한 우려가 일부 나타나기도 했다.
국과위 출범이 정부가 제출한 「과학기술기본법 개정안」을 근거로 마련되었다면, 관련 부처간 합의가 마무리된 것으로 보아야 한다. 그럼에도 불구하고 여전히 부처간 불협화음은 잠재해 있으며, 소위 ‘힘 있는 부처’가 고유 권한(예산권, 인사 및 조직권 등)을 빌미로 정책이나 조직의 방향을 선도하려는 시도가 있을 수 있으므로 국과위는 이에 대한 지혜를 준비해야 할 것이다.