다만 연구자들의 주안점과 제안의 목적과 동기 등에 따라 강조점의 차이가 존재한다. 가장 두드러진 차이점은 국가미래전략 추진기구를 위원회 혹은 독임제로 운영할 것인지에 대한 견해 차이이다. 박영숙(2007)과 홍형득(2011)은 위원회형을 통해 민간전문가 등의 참여범위를 확대할 것을 강조하는 데에 비해서, 김성태(2007), 김동욱 외(2010)는 중장기 국가전략의 효율적 실행을 담보할 수 있는 독임제를 제시한다. 또한 박영숙을 제외한 나머지 학자들은 전략감사기능(내부통제), 입법 및 예산과정을 통한 국회의 심의기능(입법통제)을 고려하는 등 견제와 균형의 원리를 강조하고 있다. 이에 비해서 박영숙은 미래예측방법론의 활용 촉진을 위한 공무원에 대한 교육훈련기능이나 미래정보 공유기능 등 실무적으로 필요한 세부기능의 조직화를 제안한다.
이외에 각 선행연구들이 갖는 제안의 특징들을 간략하게 요약하면, 다음과 같이 구분할 수 있다. 우선 박영숙(2007)은 국가미래전략기구의 조직구조 및 기능에 대한 세부적인 사항까지도 제시하는 등 영국사례를 모델로 하여 매우 구체적인 조직설계방안에 제안하는 등 실무적인 관점에서 접근하고 있다. 그렇지만 이사회의 운영방식이나 TF팀 및 다른 부서들 사이의 역할 및 권한 배분 등에 관한 별도의 언급이 없이 모호하게 규정하고 있을 뿐만 아니라 이와 관련한 이론적이거나 경험적인 근거를 전혀 제시하지 않고 있다.
김성태(2007)과 홍형득(2011)은 제안된 내용의 구체성이라는 측면에서는 차이가 있지만, 미래전략기구의 운영방향에 관해서는 장기적 관점의 정책개발 및 조정기능의 강조, 미래연구를 위한 인하우스 싱크탱크 기능과 외부기관과의 네트워크 형성, 미래지향적 입법기능 및 법제화를 통한 제도적 장치 마련 등에서는 대략 일치되는 입장을 보이고 있다. 또한 두 제안에서는 미래전략기구의 구성 및 운영방향에 관한 큰 그림을 제시하고 있을 뿐 구체적인 조직구성이나 기능 설계방안에 관해서는 별도의 언급이 없다.