이처럼 고용창출 투자세액공제는 대기업에 혜택이 집중될 가능성이 높은 반면, 대기업의 일자리 창출 능력은 중소기업에 비해 크게 떨어진다. 한국고용정보원의 내부자료에 따르면, 중소기업에 해당하는 300인 미만 업체가 2009년에 창출한 일자리는 모두 131만 7천개인데 반해, 대기업에 해당하는 300인 이상 업체는 20만 6천개의 일자리를 창출하는 데 그쳤다. 따라서 일자리 창출을 위한 정책은 대기업보다는 일자리를 창출하는 데 큰 역할을 수행하고 있는 중소기업을 대상으로 설계되고 운영되어야 한다.
따라서 실효성이 떨어지고, 대기업에 대한 지원금으로 전락할 가능성이 높은 고용창출 투자세액공제를 도입하는 대신, 80~90%의 정규직 전환율을 보이고 있는 중소기업 청년인턴제를 대폭 확대할 필요가 있다. 연간 약 2조원의 세금을 공제하는 대신, 세수를 확보하여 그 일부를 중소기업 청년인턴제에 활용한다면 청년층의 고용상황을 개선하는 데 큰 도움이 될 수 있을 것이다.