즉, 시행령에 따르면 국정원은 관계기관들이 참여하는 ‘테러정보통합센터’, ‘대테러합동 조사팀’을 설치하여 정보수집, 정보통합은 물론 조사활동까지 직접 수행할 수 있으며, 시·도 관계기관까지 조정할 수 있는 ‘지역 테러 대책협의회’ 의장과 ‘공항·항만 테러대책협의회’ 의장까지 맡게 되어 있다.
이는 국정원에게 정부기관과 행정기관 전반을 주도할 수 있는 권한을 주는 것으로 해석될 수 있다. 이에 대해 일각에서는 대테러조직의 조직, 정원, 운영에 대해서 아무런 구체적 규정이 없다는 것은 국정원의 테러활동에 대한 외부통제를 어렵게 할 수 있다는 점에서문제가 있다고 주장한다. 뿐만 아니라 법률도 아닌 시행령으로 국정원의 권한을 확대하면서 이를 통제할 장치에 대해선 아무런 규정이 없다는 점도 문제로 지적되고 있다.