구제역 바이러스는 매우 빠르게 전파되며, 크게 3가지 경로를 통해서 이루어진다. 첫째, 감염동물의 수포액이나 침, 유즙, 정액, 호흡공기 및 분변 등에 의한 ‘직접접촉전파’이며, 둘째, 감염지역내 사람(목부, 수의사, 인공수정사 등), 차량(사료차, 출하차, 집유차 등), 의복, 물, 사료, 기구 등에 의한 간접접촉전파, 셋째, 공기(바람)를 통해서도 전파된다. 또한 구제역 바이러스에 오염된 식육과 식육부산물 등 축산물을 통해서도 전파된다.
구제역은 감염된 가축을 치료할 방법이 현재까지는 없고, 감염속도가 빠르다. 이 때문에 상시 점검체계, 축산농가의 철저한 감염원 관리 등의 사전예방을 철저히 하고 발생 시에는 신속한 대처로 확산을 최소화하는 것이 관건인 가축전염병이라 할 수 있다.