그동안 정부간 사무구분체계에서 나타난 문제점을 정리하면 다음과 같다. 첫째, 국가사무, 자치사무, 기관위임 및 단체위임 등 사무간 구분체계가 복잡하고 모호하다는 점이다. 현실적으로 개별 사무가 어디에 속하는 가를 판단하는 기준이 명확하지 않을 뿐만 아니라, 지방자치단체가 수행하는 자치사무에 대해서도 국가위임사무와 같이 정부의 강력한 지휘ㆍ감독권이 발동되는 경우가 많았다.
지난 2009년 헌법재판소는 그동안 지방자치단체 자치사무에 대해 "국가가 사전ㆍ포괄적인 감사를 실시한 것이 감사개시요건을 충족하지 못하여 자치권을 침해한다"고 판결하였다(헌재 2006헌라6, 2009.5.28). 이에 따라 중앙정부의 합동감사는 지방의 자치사무에 대하여 위법성을 확인하는 감사로 전환하는 내용이 「지방자치법」 제171조 제2항으로 신설되었다.