인증 대상 건축물의 종류, 인증기준 및 인증절차, 인증유효기간, 수수료, 인증기관 및 운영기관의 지정 기준, 지정 절차 및 업무범위, 인증받은 건축물에 대한 점검이나 실태조사, 인증결과의 표시방법 등은 「녹색건축 인증에 관한규칙」(국토교통부·환경부 공동부령)에서정한다.
신축 건축물과 기존 건축물 모두가 인증대상으로, 주거용 건축물(공동주택, 일반주택, 소형주택)과 비주거용 건축물(업무용 건축물, 학교시설, 판매시설, 숙박시설 등) 등 모든 용도의 건축물에 대해 건축주의 자발적 신청으로 인증이 이루어진다. 공공건축물의 경우 연면적이 3,000㎡ 이상일 경우 의무적으로 녹색건축 인증을 취득해야 한다(녹색건축법 시행령 제11조의. 건축주 등은 본인증에 앞서 건축물 설계도서에 반영된 내용만을 대상으로 녹색건축예비인증을 신청할 수 있다.