넷째, ‘정비사업의 시행’ 단계이다. 정비사업의 주체는 시･도지사 또는 위탁사업자이며 정비계획에 따라 각 공사중단 건축물의 특성에 맞는 정비사업을 시행하게 된다. 방치건축물정비법은 정비사업 유형으로 철거명령 및 대집행, 공사비용의 보조 또는 융자, 분쟁조정, 취득 후 공사재개 및 신축, 안전조치 등을 규정하고 있다.
한편, 국토교통부장관은 방치건축물 정비사업의 촉진을 위해 선도사업을 추진하고 있다. 선도사업은 정비가 시급하거나 정비 시 파급효과가 높은 현장을 대상으로 다양한 정비방식을 시도하여 성공모델을 만들기 위해 추진하는 사업으로, 현재 4차례에 걸쳐 총 13개 지구가 선도사업으로 선정되어 추진되고 있다.