3. 주요 쟁점과 기대효과
(1) 정책목표 달성 여부
부가가치세 의제매입세액공제제도와 마진과세제도는 중복과세에 따른 부가가치세 환수효과와 누적효과의 제거를 목적으로 한다는 점에서 원칙적으로 동일한 제도이다.
다만, 한국의 경우 의제매입세액공제제도를 전단계세액공제방식의 한계로 인한 이중 과세 문제를 해소하기 위해 필요한 구조적인 장치보다는 재활용 활성화 등 특정 정책목적을 달성하기 위한 수혜적인 규정으로 인식하는 측면이 있다. 의제매입세액공제제도의 공제율을 지속적으로 축소하는 법률 개정과 공제한도 설정, 일몰규정, 공제액이 조세지출예산서상 조세지출항목으로 간주되고 있는 점 등이 그 근거이다.
의제매입세액공제율(’14년 현재 5～9%)이 부가가치세율(10%)을 완전히 반영하지 못하는 경우 중복과세의 문제를 완전히 해소할 수 없어 중복과세 방지라는 당초의 목표 달성이 어려운 문제가 있다. 또한, 정부가 공제율을 주기적으로 조정할 경우 납세자는 세부담이 달라질 수 있어 예측가능성이 낮아지고, 의제매입세액공제제도를 적용받음에도 불구하고 매입세액을 판매가격에 포함하여 최종소비자에게 전가할 유인을 가질 수 있다.