둘째, 조직상단의 머리에 해당하는 상임위원회 구성과 관련해 비판이 제기되었다. 뒤에 다시 논의하겠지만 합의제 기구를 행정부처에 두는 것 자체가 문제는 아니다. 하지만 그 최고 의사결정기구인 상임위 구성 방식(3대 2의 정치적 배분, 대통령의 위원장 임명 등)이 정치적 편향성을 내포하면서 방통위 설립은 노골적인 방송의 독립성 훼손으로 간주되었다. 정치적으로 강행된 초대 위원장 임명은 극심한 정치적 반발을 초래했고 여타 위원들의 자질에 대해서도 전문성, 미디어에 대한 철학, 정치적 역량 및 사회적 명망 등의 차원에서 문제가 제기되었다. 그 결과 이들에 대해 방송미디어 정책에서 요구되는 정치적 조정 능력을 기대한다는 것은 처음부터 어려운 일이 되었다고 할 것이다.