그러나 현행 지자체 국고보조율은 서울 10~30%, 지방 40~60%로 차등 적용하고는 있으나, 지자체 간 부담의 격차를 충분히 반영하지 못하고 있는 실정이다.
둘째, 영아 무상보육사업의 확대에 따른 비용추계의 실패로 지자체의 추가적인 비용 부담이 불가피한 상황이다.
영아 무상보육사업 확대에 대한 2012년도 예산 편성시에 올해 약 3,788억원 가량의 지자체 예산이 소요되는 것으로 추계하였다.
그러나 이 비용추계는 2011년도 말의 어린이집 취원율을 기준으로 하여 이루어진 것으로, 무상보육 대상 확대로 인한 새로운 수요창출분을 고려하지 못한 것이었다.
즉, 이전에는 집에서 지내던 영아들이 어린이집 이용시에 주어지는 보육료 지원 혜택을 받기위해 어린이집에 새로 등록하였고, 이들에 대한 보육료 지원이 계상되지 않아 추가적인 지방비가 약 2,400억 정도 더 필요하게 된 것이다.
이에, 지자체들은 무상보육 확대에 따른 지방재정부담 완화대책 마련과 무상보육 사업을 전액 국비로 추진할 것을 촉구하였으며, 무상 보육료를 지자체의 추경 편성에 반영하지 않기로 했다.