이것이 1991년에는 ‘지정진료제’라는 이름으로 바뀌어 제도의 원래 목적은 변질되기 시작했고, 2000년 ‘선택진료제’가 시행되면서부터는 치과병원, 한방병원을 포함한 전체 병원으로 대상기관이 확대되었다. 동시에 선택진료제에 해당되는 자격의사, 산정비용, 선택진료 건수의 제한 등에 대한 제한도 점차 완화되어 갔다.
이러한 특진 → 지정진료 → 선택진료로의 변화는 의료기관에 대한 정부의 관리기능 상실이라고 할 수 있다. 전국민의료보험의 도입, 의약분업 도입, 단일보험자인 국민건강보험공단의 출범 등과 같이 보건의료제도의 큰 변화의 시기마다 정부는 의료계의 수익을 보전해주어 불만을 달래는 동시에, 건강보험 ‘저수가’ 정책을 유지하기 위해 선택진료제 규제 완화를 정치적 수단으로 이용하였을 가능성이 크다.
이렇듯 국민의 의사선택권 보장보다는 병원의 수익보전이 주된 목적이다 보니 제도의 이름과 는 다르게 국민의 실질적인 의사선택권은 미흡해졌고, 국민의 의료비 부담이 가중됨에 따라 제도개선 요구로 이어지게 되었다.