‘기상수문국’의 산하 기관으로는 중앙기상예보연구소, 수문연구소, 기상수문기계연구소, 중앙기상수문해양자료보급소, 동해해양기상연구소, 서해해양기상연구소, 개성시 수문관측소, 김일성대학 기상연구소, 기상수문정보센터 등을 두고 있다. 중앙기상예보연구소 450명, 수문연구소 128명, 측기관서(Instrumentation Institute) 371명, 동해해양기상연구소 240명, 서해해양기상연구소 244명, 기상 수문정보센터 144명으로 파악된다. 중앙기상예보연구소는 기상관측과 예보활동 등의 업무를 전반적으로 담당하며, 기상수문기계연구소는 관측방법 개선, 관측기계 개선, 관측 기계들과 측정수단 현대화, 자동화, 원격화, 기상전파탐지구와 기상위성 이용 위한 연구 등의 업무를 담당한다. 이 밖에도 주요 관련 부서로서 염전기상대예보소, 서해안 염전기상대, 농업위원회 관개 설계사무소, 평양지구 물자원 조사대, 농업과학원 및 각도분원, 주요 강 수문조사 통보소, 선봉 해양예보소, 서해안 갑문 해양기상대, 과학원 등이 있다. 기상수문 분야의 인력 양성기관으로서는 김일성종합 대학(기상, 수문, 환경학부), 기상수문단과대학, 평양고등기상전문학교, 기상수문국박사원, 기상전문대학(대기), 함북대학(농업기상), 진명대학(예보), 김제원대학(농업기상) 등의 기상인력을 배출하고 있다.