또한 금융기관이 수취하는 채권 이자소득에 대하여 원천징수를 하는 경우 얻게 되는 세금의 조기확보로 인한 이익보다 기원천징수당한 선납법인세 상당액만큼 추가수익을 얻을 수 있는 자금 운용 기회를 상실하게 됨으로 인한 금융기관의 수익성 하락과 이에 따른 세수저하의 부정적영향이 더 크다고 할 수 있다.
금융기관의 채권이자 소득은 사업소득으로 원천징수하지 않더라도 각 사업연도 사업소득에 포함되어 전액 법인세가 과세되므로 과세누락의 우려도 거의 없으므로 금융기관의 채권이자소득에 대한 원천징수제도를 폐지하여 채권 거래를 단순화함으로써 채권시장을 활성화하고 금융기관의 수익성을 제고하여야 한다.