병원별로 직종별 정규직과 비정규직의 임금 격차는 <표 3-3-2>와 같다. 간호사(4년)의 경우는 비정규직 임금은 정규직 임금의 46%~80% 수준이고, 방사선사의 경우는 63%~88%이며, 사무직은 53%~81%인 것으로 나타났다. 이런 임금 수준은 교환, 조리배식, 경비, 운전의 직종에서도 유사하게 보이고 있으며, C병원의 경우는 조리배식, 경비, 운전, 시설직을 용역을 주고 있는 것으로 나타났다. 또한 중소병원 정규직의 임금은 국립대병원 및 사립대병원의 비정규직 임금과 비슷한 수준으로 매우 열악한 상황임을 알 수 있다.
보건의료 부문 노사는 이러한 임금 격차를 해소하기 위해 2004년부터 노사 산별협약에서 대병원과 중소병원의 임금인상률에 차이를 두는 협약을 체결해 오고 있다. 대병원과 중소병원의 임금인상률은 각각 2004년에는 2%, 5%, 2005년에는 3%, 5%, 2006년에는 4.5%, 3.5%, 2007년에는 5.3%, 4.3%로 이루어져 왔다. 2004년과 2005년에는 중소병원의 임금인상률이 5%로 대병원보다 높았던 점에서 효과가 어느 정도 있었다고 볼 수 있지만 2006년 이후에는 임금인상률 차이가 역전되어 다시 환원되었다고 할 수 있다.