셋째, 옵서버제도의 운영체계 개선이다. 현재 대부분의 주요 국제수산기구처럼 한국도 2002년부터 옵서버를 원양어선에 승선시켜 조업활동 감시하게 하여 불법어업을 차단하고 과학적 데이터를 수집하는 중요한 공적 기능을 수행하게 하고 있다. 이러한 옵서버는 독립성을 침해 받지 않고 업무를 이행하는 핵심인데, 현재 옵서버의 급여는 국가와 옵서버를 승선시키는 원양업계가 각각 50%씩 부담하고 있어 감시대상인 원양업계로부터 완전히 독립성을 유지하는 데는 한계가 있으며, 따라서 옵서버의 전문성과 책임성의 부족에 대한 우려가 있다. 따라서 옵서버 제도에 대한 재정확보 및 교육체계와 자격요건을 개선하는 등 독립적이고 전문적인 체계를 전반적으로 재확립할 필요가 있다.