지역건축안전센터의 설치비용과 운영비용은 국비지원 없이 지자체가 모두 부담해야 하기 때문에 예산이 넉넉하지 않은 광역지자체나 대부분의 기초지자체는 센터의 설치 및 운영이 어려웠다. 「건축법」은 지역건축안전센터 운영을 위해 건축안전특별회계를 설치하도록 하고 재원으로 위반건축물 이행강제금을 사용하도록 하고 있지만, 지자체에 따라 이미 이행강제금을 재원으로 운영 중인 사업이 있거나, 이행강제금의 총 징수액이 센터 운영 소요예산에 미달되는 경우도 있는 것으로 나타났다.