(3) 운항관리업무 감독체계의 부실
해양경찰청은 선사가 작성한 운항관리규정을 심사하고, 운항관리자를 지도·감독함으로써 안전운항관리제도가 정상적으로 기능하도록 관리해야 한다.
그런데, 실제로는 이러한 지도·감독 체계가 정상적으로 작동하지 않은 것으로 드러났다. 해양경찰청은 2013년 2월 19일 실시된 세월호 운항관리규정 심사과정에서 구비서류가 일부 제출되지 않았고, 심사대상 운항관리규정에 기재된 재화중량(載貨重量)과 차량 적재대수가 선박검사기관이 승인한 값을 초과하였으며, 심사위원회에서 지적된 사항이 보완되지 않은 문제가 있음에도 불구하고 해당 운항관리규정을 승인해 준 것으로 드러났다.
또한, 해양경찰청은 운항관리자의 업무에 대한 감독도 정상적으로 수행하지 못하였다. 2014년 1월부터 4월까지 4개월간 청해진해운 소속 여객선인 세월호와 오하마나호가 56회에 걸쳐 과적을 하는 등, 선사의 위법운항과 그에 대한 운항 관리자의 형식적 점검이 관행화되어 있음에도 불구하고 이에 대한 지도·감독책임이 있는 해양경찰청은 문제점을 전혀 개선하지 못하였다.
이러한 운항관리업무 감독체계의 부실현상은 해당 업무를 맡은 공무원의 개인적 비위행위, 감독기관의 전문성 부족, 전직 관료와 업계의 부적절한 유착 등의 원인이 복합적으로 작용하여 발생한 것으로 파악된다.