이상의 연구결과를 바탕으로 본 연구에서는 다음과 같은 점을 정책적·제도적으로 고려해야 할 것으로 제시한다. 첫째, IPA 분석에서 나타난 중요도와 실행도가 높은 1사분면의 16개 세부항목은 우선적으로 협동조합 중간지원센터에서 유지·강화해야 할 역할이다. 또한, 중요도는 높지만 실행도가 낮은 2사분면에 해당하는 4개의 세부 항목 역시 집중적인 관리와 개선노력이 필요한 부분이다. 따라서 본 연구결과를 토대로 협동조합의 현실을 반영하고 실무계의 입장을 고려하여 개선방안이 수립되어야 한다. 특히, 중간지원조직의 협동조합 제도개선 단일 창구역할, 기능분화와 전문화를 통한 발전모색 등이 필요하다. 둘째, 지자체와 협동조합 간 거버넌스 관계 구축을 위한 노력이 필요하다. 양자적 협력적 거버넌스의 구축은 중간지원조직의 역할 정립과 관계망 구축을 통해 가능하다. 따라서 선험적으로 협동조합 발전을 위한 거버넌스 관계가 필요하다는 당위적 관점이 아니라 사회적 경제라는 새로운 환경에 적응하기 위해 협동조합이 인센티브와 행정적 통제기구를 어떻게 사용하는지가 중요하다. Holmstrom and Milgrom(1994)이 언급한 바와 같이 시장과 정부는 인센티브를 관리하고, 거래비용을 줄이기 위해 새로운 속성의 경제구조를 유인하기 때문이다. 협동조합이라는 대안적 경제체계는 시장이라는 환경 속에서 소비자-기업-협동조합-정부로 이어지는 연속선상에서 조정과 통제의 기제가 결합되는 구조이며, 그 과정에서 중간지원조직은 주인-대리인 문제 극복을 위해 신뢰기반의 거버넌스를 구축해야 한다.