이때, 토지소유자협의회는 조정금의 산정에 사용되는 지가기준을 개별공시지가, 또는 토지에 대한 감정평가금액 중 하나를 선택할 수 있다(법 제13조제3항제5호, 제20조제3항). 그런데 「지적재조사특별법」에는 어떤 경우에 2가지 중 어떤 지가기준이 적용되는 지에 대한 규정이 명확하지 않다.
이로 인해 측량결과 토지면적이 늘어난 사람은 조정금을 시가보다 낮은 공시지가를 기준으로 납부하고자 할 것이고, 토지가 줄어든 사람은 시세와 비슷한 감정평가금액으로 조정금을 받으려 하는 등 양자 간에 분쟁이 발생할 가능성이 있다.
또한 산정된 조정금을 현금으로만 지급하거나 납부하도록 하고 있는데(법 제21조제1항), 토지면적이 늘어난 사람이 현금부족 등을 사유로 조정금 납부를 거부하는 경우 등에 대한 처리 규정이 마련되어 있지 않다. 이러한 점을 감안하여 조정금 산정 및 처리 기준을 좀 더 명확히 마련해야 할 것이다.
아울러 조정금을 효율적이고 투명하게 관리하기 위해, 지적소관청 등에 특별회계를 설치하여 운용하는 방안을 적극 검토해야할 것이다.