이번 2007년 대통령 선거를 통해 많은 국민들이 인식하게 된 또 다른 점은 우리나라 대통령의 선출 과정에서 나타난 제도적 약점에 대한 것이다. 특히 선거 막판 이회창 후보의 출마 선언으로 경쟁력 있는 다수 후보가 출현하게 됨으로써 당선에 필요한 득표율의 하락 문제, 또한 한 정치적 진영 내 엘리트의 분열로 인해 전체적인 유권자의 의사가 왜곡될 가능성 등이 이번 대선에서 나타난 문제점이라고 할 수 있다. 이와 함께 대통령 후보를 포함한 공직 후보 선정 과정에서 각 정당이 개방형 경선 방식을 도입했지만 여론조사 결과를 과도하게 활용함으로써 결과적으로 정당 정치가 약화되는 현상도 나타나고 있다.