다음으로 「대안교육기관법」 제5조제2항에 따른 등록 제외 대상 시설 중 “그 밖에 사회 통념에 위배되어 대안교육기관으로 등록하기 부적절하다고 대통령령으로 정하는 시설등”에 대해서는 면밀하게 검토하여 신고 대상 포함 여부를 정할 필요가 있다. 이미 등록된 대안교육기관이 사회 통념에 위배되는 경우에는 시정명령(법 제20조)을 내리거나 과태료(법 제24조)를 부과거나 등록 취소(법 제7조)를 할 수 있다. 등록되지 않은 대안교육시설이 사회 통념에 위배되는 경우에는 등록 대상에서 제외된다. 그러나 등록이 취소되거나 등록대상에서 제외된 대안교육시설에 대한 시설 폐쇄 등의 후속 조치에 대해서는 「대안교육기관법」에 규정되어 있지 않다. 향후 대통령령 제정 과정에서 “그 밖에 사회 통념에 위배되어 대안교육기관으로 등록하기 부적절하다고 대통령령으로 정하는 시설등”을 구체화한 결과를 토대로 후속 조치와 신고 대상 포함 여부 등을 정할 필요가 있다.