군 인권 보장을 위해 여러 제도가 개선되었음에도 불구하고 군 성범죄가 크게 감소하지 않은 이유로 군대 내 성범죄 진상 조사 미흡과 가해자에 대한 미온적 처벌로 인해 군 성범죄가 줄지 않는다는 지적이 있다. 가해자 중에는 성범죄를 저지르더라도 조사도 제대로 이루어지지 않는 경우가 많으며 처벌 역시 약하기 때문에 성범죄를 가볍게 여기는 경우도 있다. 이러한 조사 미흡과 가해자에 대한 약한 처벌은 피해자로 하여금 피해 구제 요청에 대해 불신을 갖게 만드는 원인이 된다는 것이다. 다른 한편으로 국방부 관계자들에 따르면 성범죄 피해자들이 전보다 적극적으로 신고하는 경우가 많아진 것도 성범죄 입건 수 증가 원인으로 들 수 있다. 기존에는 피해자에 대한 2차 피해와 부실한 진상 조사 등에 대한 우려로 피해자들이 신고를 포기하는 경우가 많았으나 최근에는 적극적으로 신고하는 경우가 증가하고 있는 것이다.
[그림 4]는 입건 후 기소된 성범죄 건수 추이를 보여준다. 육·해·공군과 검찰단의 총 성범죄 기소 건수는 2016년 대비 2020년 21.06% 감소했다. 그러나 기소 건수 추이는 군별로 차이가 있었다. 육군과 공군은 기소 건수가 감소한 반면 성범죄 관련 입건 수가 증가했던 해군과 검찰단은 기소 건수도 증가 추세를 보였다.