통일부의 ‘통합사례이력관리시스템’의 가장 큰 문제점은 ‘통일부 ⇔ 하나재단 ⇔ 하나센터’ 간의 정보 ‘환류체계’가 제대로 구축되지 않은 관계로 통일부의 탈북민 취약·위기가구 대상자에 대한 개인정보가 하나재단을 통해 하나센터의 현장 조사 담당자에게 정확하게 전달되지 않은 경우가 발생한다. 반대로 하나센터 현장 조사 담당자에게는 가구 방문 등을 통해 획득한 정보를 직접 입력·업로드(upload)할 수 있는 시스템이 마련되어 있지 않은 관계로 정보 관리에 한계에 직면할 수 있다.
이와 같은 ‘통합사례이력관리시스템’의 미비는 탈북민 취약·위기가구 대상자 정보의 오류·부족·중복 등의 문제를 일으키는 원인이 될 수 있다. 이로 인해 탈북민 취약·위기가구 대상자 발굴 과정에서 과거에 조사를 마친 대상자가 재차 포함되는 경우 변경 이전의 정보로 다시 전달되는 사례가 발생하여 탈북민의 민원이 발생하고, 개인정보 제공에 대한 거부로 인해 업무의 효율성이 떨어지며, 그 결과 시스템이 비효율적으로 운영되는 문제점이 발생할 수 있다.