반면에 사립대학 구조조정은 통·폐합을 유도하고, 대학이 자발적으로 경영개선을 하는데 필요한 지원을 정부가 하려는데 그 목표를 두고 있다.
아울러 국·공·사립 대학의 구조조정을 독려하고 지원하는데 필요한 법적·제도적 인프라를 구축하기 위하여, 대학정보공시제를 도입하고 대학평가인증제를 보다 강화하려는 정부의 후속 조치가 뒤따를 것으로 보인다.
대학 구조조정사업은 2004년부터 추진되고 있는 「12·28 대학구조개혁 방안」에 따른 것이다. 8년째 진행되고 있는 이 사업에 따라, 2011년 말 현재 국립대학 18개교가 9개교로, 사립대학 14개교가 7개교로 통·폐합되었다. 또한 2004년 기준 정원의 11.4%에 해당되는 73,531명의 정원이 그동안 감축되었다.
교과부는 이 사업의 추진에 따라 교육여건과 대학 거버넌스의 개선이 나타나고 있다고 자평하고 있으나, 이에 대한 종합적인 평가를 하기에는 아직 이르다고 볼 수 있다.