그러나 FMS판매에 관여하는 많은 정부 부서와 행정조직들의 관리 비용과 사후 정산으로 인한 인플레이션 및 가격변동 위험 등을 감안한다면, 유사한 조건에서 FMS방식의 구매가격이 상업구매가격보다 더 높다는 것이 일반적인 인식이다. 더욱이 상업판매의 경우 미국 업체는 대부분 외국 업체와의 경쟁에 직면하게 된다는 점에서 이러한 주장은 더욱 설득력을 얻고 있다.
마지막으로 기술이전이 어렵다는 점이다. 일반적으로 상업구매에 있어서는 구매국이 외국의 공급업체에게 다양한 절충교역(Off-Set) 조건을 요구하기가 용이하다. 그러나 FMS판매의 경우 미국정부가 계약조건을 일방적으로 제시하고 있으며, 차후 수정 혹은 변경 사항에 대해서도 구매국의 수락 여부만을 결정하도록 하기 때문에 구매국이 적극적으로 협상에 나서기가 어렵다.