셋째, 전자정부평가 또는 정보화평가와 관련한 갈등이다. 행자부는 전자정부의 기획·집행·관리권한을 가진 행자부가 평가권한도 가져야 한다는 입장인 반면 정통부는 전자정부 평가를 포함한 모든 국가정보화평가는 정보화추진위원회(정보화평가위원회)에서 맡는 것이 타당하다는 입장을 보였다. 또한 2005년부터 도입을 추진하여 2006년 「정부업무평가기본법」 제정을 통해 이루어진 통합국정평가제도에서도 행자부는 통합국정평가의 ‘정보화’ 부문을 ‘전자정부’ 부문으로 바꾸어 총괄기능을 담당해야 한다는 입장인 반면에 정통부는 정부업무 평가의 영역은 전자정부가 아니라 정보화이므로 평가총괄기관을 당초의 계획대로 정통부가 담당해야 한다고 주장하였다.