두 번째 분쟁 사례는 서울시와 한국수자원공사 간에 발생하였던 소송 사건이다. 이 사례에서 서울시가 운영하던 한강하류 정수장이 시설노후 및 수질저하로 폐쇄하고 그에 해당하는 기득수량을 상류지역의 취수장에서 기득 총수량으로 취수할 수 있도록 하자는 의견에 대하여 한국수자원공사 및 국토해양부는 취수지별로 기득수량을 허가받은 사항이기 때문에 총량적 인정이나 조정이 불가능하다는 점을 들어 소송이 진행되었고 1심 판결에서 한국수자원공사가 승소한 사건이다. 하지만, 현재 물사용료 징수체계는 수변지역 주민이나 해당 지방자치단체의 이해는 고려되지 못하고 있으며, 더욱이 댐건설법에 의해 운용되는 댐용수권 또는 기득수량의 산정에도 오류가 존재하고 있다는 지방자치단체의 주장이 의미가 있다고 하겠다. 따라서 현재 한강 유역의 댐건설 지역에서의 수자원관리는 한국수자원공사의 독자적인 운영보다는 한강유역위원회에서 관리하는 방안이 적극적으로 검토되어야 한다.