일본은 노인보건제도 시행 과정에서 발생한 문제점을 개선하기 위해 2008년 4월부터 후기고령자의료제도를 시행하고 있다. 일본에서 그동안 시행해 왔던 노인보건제도는 중앙정부·시·군·구 부담금 및 건강보험료로 재원이 조달되고 있었으나 고령화가 진행되면서 현역 세대의 보험료가 지속적으로 증가하게 되었다. 또한, 국민건강보험의 경우 시군구 간의 보험료 부담 격차가 최대 다섯 배까지 발생하게 되었으며, 보험료 격차를 줄이기 위해 시·군·구 단위의 운영 주체를 광역연합으로 개선할 필요성이 제기되었다.
이에 일본은 새로운 고령자 의료제도에 대한 필요성을 공통적으로 인식함에 따라 75세 이상 후기고령자의 심신의 특성 및 생활 실태 등을 고려하여 후기 고령자의료보험을 독립된 제도로 시행하였다. 동시에 65세부터 74세까지의 전기고령자에 대해서는 퇴직자가 국민건강보험에 대량 가입함으로 인해 보험자 간의 의료비 부담에 불균형이 발생하는 현상을 해결하기 위한 재정조정제 도를 시행하고 있다.
보험료는 가입자 전원으로부터 징수하며, 징수관련 업무는 시·군·구가 담당 하고 재정운영은 전 시·군·구가 가입하는 시도 단위의 광역연합(2010년 기준 47개)이 담당한다. 보험료는 광역연합별로 결정되는데 연금이 일정액(월 15,000엔) 이상인 후기고령자의 경우 보험료는 공적연금에서 원천징수한다. 보험료는 정액부분(50%)과 소득비례부분(50%)으로 구성되며 정액보험료는 동경지역과 오사카 지역의 경우 각각 5만 엔, 4만 엔(2012) 수준이다. 보험요율은 시도별로 차이가 있을 수 있지만 광역연합 내에서는 균일하게 설정 하는 것을 원칙으로 하여 지역 간 보험료 격차를 개선하였다.
동 건강보험 재정은 75세 이상 고령자의 보험료 10%, 국고 50%(정부 및 지방정부), 각 건강보험자로부터 지원금 40%로 운영한다.