지방세 납세자보호관은 납세자와 과세권자의 중간 영역에서 지방세 납세자의 권리를 보호하기 위한 업무를 총괄한다. 즉, 세무행정에서 발생하는 고충민원을 처리하고 세무상담 등을 진행하며, 지방자치단체의 위법·부당한 세무조사나 처분의 중지를 요청하거나 시정처리를 요구하는 업무를 담당하고 있다.
2005년 12월에 「지방세법」 제71조의2를 개정해 지방세 납세자보호관 제도를 도입하였지만 지방세 납세자보호관을 설치한 지방자치단체가 많지 않았다. 2010년에 지방세 관련법이 분법되면서 지방세 납세자보호관 관련 규정이 「지방세기본법」 제106조로 이관되었고, 2017년 12월에 「지방세기본법」 제77조를 개정해 모든 지방자치단체가 지방세 납세자보호관을 배치하도록 의무화하였다. 이에 따라, 2018년부터 지방자치단체가 지방세 납세자보호관 관련 조례를 제정하였고 지방자치단체에 지방세 납세자보호관이 배치되어 운영 중이다.