아울러 알바니아와 달리 북마케도니아의 경우 인접국인 그리스와의 국명분쟁이 EU 가입협상에 큰 장애로 작용했다는 주장이 있다. 1991년 유고슬라비아에서 독립할 당시 그리스의 북부 주(州)와 동일한 명칭의 마케도니아라는 국명을 사용하면서 그리스와 30년에 걸친 오랜 분쟁에 휩싸였다. 그리스의 반대로 마케도니아의 EU 회원국 가입 협상은 성사되지 못하다가 2018년 양국간 ‘프레스파 협정(Prespa Agreement)’ 체결로 북마케도니아로 국명을 변경한 후에야 비로소 EU는 마케도니아가 필요한 조건을 충족하는 조건에서 가입 협상에 동의하였다.