둘째, 과학기술분야 중장기계획 간의 수직적·수평적 연계체계를 정립할 필요가 있다. 타 계획 수립 시 최상위 총괄계획을 따라야 한다는 점은 명시되어 있지만, 나머지 계획 간의 연계에 관한 책무 규정은 미비하다. 최상위 총괄계획, 분야별 종합계획, 세부계획으로 이어지는 실무적인 체계를 반영하고, 세부계획은 종합계획을 따르도록 하는 등의 규정을 마련할 수 있다.
셋째, 과학기술분야 중장기계획의 조사·검토 결과의 반영체계를 확립하는 것이 바람직하다. 법령에 사전 검토와 실태조사에 관한 근거는 있지만 반영체계 규정이 미비하여, 권고사항이 매년 도출되고 있지만 반영률은 높지 않다. 법률에 사전 검토와 실태조사 추진 근거를 명시하고, 시행령에 구체적인 추진·활용 방안을 명시하는 방안을 논의할 필요가 있다.
넷째, 과학기술분야 중장기계획의 사전 검토를 실시하는 주체에 관한 규정에 상충이 있으므로 개선이 필요하다. 대통령령은 그 주체를 과학기술정보통신부 과학기술혁신본부의 과학기술 정책국으로 정하고 있는 반면, 관련 훈령은 국가과학기술자문회의 심의회의 운영위원회의 전문위원회로 명시하고 있다. 동일한 사무이므로 검토 주체 규정의 일관성을 확보해야 한다.
다섯째, 과학기술분야 중장기계획에 대한 심의 규정을 정비할 필요가 있다. 국가과학기술자문회의에 계획안을 보고하도록 하는 경우가 있고, 이 회의가 확정하도록 하는 경우도 있으며, 중간검토를 맡도록 하는 경우도 있다. 이로 인해 대통령이 의장인 자문회의에서 검토한 결과를 장관이 위원장인 위원회가 확정하는 경우도 발생할 수 있으므로 이에 대한 개선이 필요하다.