김대중 정부에 이어 노무현 정부는 기존의 노선을 그대로 받아들여 정무장관제도의 폐지를 유지하였으며, 여성부를 계속 유지하여 보다 강한 정책을 수행할 수 있도록 하였다.
(9) 이명박 정부(2008년 3월 ~ 현재)
이명박 정부는 2008년 2월 새롭게 취임하면서 대통령직인수위원회에서 제시한 정부조직 개편안을 통하여 특임장관을 다시 부활시켰다. 부활된 특임장관제도는 기존의 정무장관제도를 이어가는 것으로 볼 수도 있으나, 과거의 정무장관들이 수행하던 정치적인 업무보다는 핵심적인 국책사업을 중심으로 대국회 업무를 수행한다는 점에서 차이가 있다.