주요국의 사례를 고려하여 줄곧 제기되어 온 우리나라 세무조사 제도의 개선방안을 법제도상 측면과 운영 측면에서 살펴보면 다음과 같다.
법제도 상으로는 첫째, 독일과 같이「국세기본법」 상에 세부적인 조세절차내용을 기재하도록 하거나, 「세무조사절차법」(가칭) 등의 법을 제정하여 법규적 강제성을 가지도록 하는 방안을 고려해 볼 수 있다. 둘째, 세무조사 남용 시 처벌 규정을 신설함으로서 세무조사가 본연의 목적 이외로 사용되는 일이 없도록 하여야 한다. 셋째, 세무조사기간의 무분별한 연장을 막기 위하여 적정세무조사기간을 산출하여 「국세기본법」 상에 명시하고 조사기간 연장 시 그 사유를 조사대상자에게 설명하여 한다는 규정을 신설하는 한편 세무조사로 인한 기업들의 피해를 최소화하도록 하는 것을 고려해 볼 수 있다. 마지막으로 세무공무원의 설명의무를 법상에 명시하여 사전통지 및 결과통지 시 조사대상자가 충분히 이해할 수 있도록 하는 것이 필요할 것으로 보인다. 이로 인해 장기적으로는 조사대상자와 세무공무원 간의 자발적인 협력체계를 구축하고 과세관청에 대한 신뢰성 제고 및 이의신청, 행정소송사건 감소 등의 효과를 기대할 수 있을 것이다.