일반적으로 최근 과학기술 정책현안을 중심으로 평가대상 선정을 하여 해당사업이 국가정책목표 달성에 실효성이 있었는지 여부를 판단하는데, 특히 국민의 삶의 질과 관련된 연구개발사업인 국민행복 구현을 위한 사회문제 해결형 사업(과학기술에 기반하여 국민 행복과 직결된 사회문제를 해결하기 위한 사업) 등 과학기술 정책 지원을 위한 관련 사업(군)에 대해 심층분석을 실시한다. 또한, 연구개발사업 간 중복 투자되는 부분이 없는지 사업 간 조정 및 연계를 통해 연구개발 투자 효율성을 높이기 위해 추진하고 있는 다부처공동기획사업에 대해 평가를 수행한다.
출연연에 대한 기관평가의 경우 공통기준형 평가와 임무중심형 평가로 구분될 수 있는데, 공통기준형 평가의 경우 경영실적을 매년, 연구성과를 3년 주기로 점검한다. 기관평가의 자체평가는 연구회가 총괄하게 되는데, 연구회는 세부지침을 마련하고 자체평가위원회를 구성하여 자체평가를 실시한다. 미래부는 이러한 자체평가 결과에 대해 상위평가를 실시하는데, 경미한 사항은 상위평가에서 자체평가 점수를 조정하며, 부적절 등급을 받은 자체평가 총괄기관에 대해서는 수정평가(재평가)를 요구한다.