현재 부실책임 추궁의 체계는 크게 예금보험공사 및 금융위원회가 수행하고 있는 민사상 책임추궁과 신분상 책임추궁으로 구분된다. 예금보험공사는 부실책임자에 대한 손해배상청구 등 민사상 책임추궁에, 금융위원회는 부실을 초래한 금융회사 임직원에 대한 신분상 조치에 중점을 두고 있다. 참고로 검찰은 형사상 책임추궁을 위하여 2001년 12월부터 2005년 12월말까지 검찰, 경찰, 국세청, 관세청, 예금보험공사, 금융감독원, 자산관리공사 등 7개 유관기관 직원으로 구성된 합동단속반을 운영하였다.
예금보험공사는 민사상 책임추궁의 대상행위를 부실금융회사 및 부실채무기업 임직원 등이 법령 또는 규정 등을 위반하여 해당 금융회사에 손실을 발생시킨 행위로 정하고 있다. 대상자는 원칙적으로 부실금융회사의 임원 및 이에 영향력을 행사한 대주주로 하고 있으며, 직원도 형사사건으로 횡령 배임 등 부정행위가 인정되거나 악의 또는 중과실인 경우에는 그 책임을 철저히 묻고 있다.