교원 명예퇴직 관련 문제점으로는 명예퇴직 수용 교원의 공백, 미수용 교원의 학생교육 소홀, 교권 하락 및 생활지도의 어려움에 대한 대응 미흡, 예산의 교부와 집행을 둘러싼 교육부와 시·도교육청의 이견 등이 있다. 2014년에 교원 명예퇴직 신청 인원이 급증한 이유에 대해 공무원연금제도 개편 추진 등으로 인한 교원들의 불안감으로만 해석하는 것은 한계가 있다. 그러나 교육부와 시·도교육청은 교원 명예퇴직의 신청 이유를 제대로 파악하지 못하고 있다. 최근 실시된 한 연구에서 파악된 교원 명예퇴직 신청의 주된 이유로는 ‘교직 업무 곤란도 문제’(50.9%)인 것으로 나타났고, 이 가운데 상당수가 ‘교권 하락 및 생활지도의 어려움’인 것으로 해석된다. 그리고 교육부와 시·도교육청은 시·도교육청의 부족한 교원 명예퇴직 예산 편성, 2년 전 명예퇴직 수용인원을 기준으로 한 교부액 산정기준 등을 둘러싸고 의견차가 있다.
이러한 문제를 해결하기 위해서는 명예퇴직 수용시기 조정 및 미수용 교원에 대한 대책 마련, 교권 하락 및 생활지도의 어려움 해소 방안 마련, 시·도교육청 및 시·도의회의 적극적인 예산 반영 노력 요구, 국가 수준의 안정적·합리적인 예산 교부 및 지원 방안(①교원 명예퇴직 교부액 산정 시 일정한 가산률 적용 방안, ②교원 명예퇴직 교부액을 국가 수준에서 유보한 후 균형배분방식 등으로 일괄 집행하는 방안, ③지방교육재정교부금 중 특별교부금 또는 지방채 발행 허용 등을 통해 한시적으로 추가 지원하는 방안, ④교원 명예퇴직 교부액에 비해 집행액이 큰 시·도교육청에 대해 교육부가 그 차액에 해당하는 금액을 지원하는 방안) 등의 개선방안을 마련할 필요가 있다.
교원 명예퇴직 신청인원 증가는 공무원연금 개편 추진 이전에도 발생해 온 문제이고, 학교현장의 교권하락 및 생활지도의 어려움 등과 연관된 문제이다. 그러므로 정부는 공무원연금제도 개편에 관한 불확실성을 해소하고, 교육부와 시·도교육청은 교원 명예퇴직 예산을 확충하며 교권 확립과 생활지도 지원을 위한 보다 적극적인 대책을 마련하여 교단을 안정시켜야 할 것이다.