도로, 철도 등 타 분야의 경우에는 과도한 보조금 지급, 사용료의 과도한 인상이 사회적으로 문제시되는데 비해, 항만분야의 경우에는 ① 일부 사업에서는 타 분야 민자사업과 유사하게 과도한 보조금 지급으로 인한 재정부담이 문제되고 있는 반면, ② 상당수의 사업에서 연평균 12~143억 원 수준의 당기순손실이 지속적으로 발생하는 등 사업의 지속적인 수행이 어려운 상황이며, 이러한 경영난을 개선하는 과정에서 보조금 지급요건을 충족시키기 위한 부정행위로 의심되는 사례가 발생하는 등 타 분야의 민간투자 사업과는 다른 문제들이 나타나고 있다.
이러한 문제들은 사업계획 당시 물동량을 너무 과도하게 추정하는 등 항만물동량 수요의 예측에 실패한 점, 일부 항만에 대하여 최소운영수입 보장 수준이 과도하게 설정된 점, 총사업비의 지나친 확대로 인해 사업시행자의 원리금 상환부담이 과도한 점, 사업시행자의 적극적인 물동량 증대노력을 유도하는 데 실패한 점, 주무관청이 사업운영에 관한 지도감독을 적절히 수행하지 못한 점 등이 복합적으로 작용하여 발생한 결과로 보인다.