당시 논의의 쟁점은 다음과 같이 정리될 수 있다. 여당인 새천년민주당은 조속한 처리를 주장하였다. 남북한 관계의 발전을 뒷받침하고 남북 경협에 참여하는 한국 기업을 법률적으로 보호하기 위해서는 해당 합의서에 대한 비준이 절실히 필요하며, 신속하게 처리되어져야 한다는 입장이었다. 반면, 야당인 한나라당은 해당 의안의 처리에 반대하거나 북한 핵문제가 완전히 해결될 때까지 미루자는 입장이었다. 특히, 해당 합의는 조약의 형식과 성격을 띠고 있기 때문에 이를 국회에서 비준할 경우 에는 법률적으로 북한을 정식 국가로 인정하는 것을 의미한다는 점, 그리고 2002년 당시 북한 핵문제 논의가 정체되고 있었다는 점에서 해당 합의를 비준해 줄 이유가 없다는 입장이었다(국회사무처, 2003).