KISTEP(2011) 표준지침에 따르면 비용효과분석에서 R&D사업의 잠재적인 특성과 다양한 효과의 특성을 고려하여 목적 및 목표와 관련된 적절한 선정과 범위 설정을 수행함을 기본으로 한다고 되어 있다. 화폐단위로의 계량적인 분석이 가능한 효과, 즉 편익과 불가능한 효과들 모두 사업의 효과에 해당되므로 단지 화폐계량화가 편익만을 중심으로 분석하게 된다면 자칫 부분적인 결과만으로 사업의 전부를 평가하는 오류를 범할 수 있다는 것이다.
일례로 기초연구사업과 같이 제품과 시장 관점에서의 화폐가치 산출이 어려운 경우에는 비용효과분석의 접근이 적절하다고 밝히고 있다. 순수 R&D사업의 경우 기술개발 대상의 비교대안이 명확히 존재하는 경우도 있지만, 대부분의 사업에 대해서는 비교대안이 명확하지 않기 때문에 기존의 유사 국가연구개발사업을 비교대안으로 채택하고 있다. 분석대상이 되는 효과로는 논문 특허 등의 과학기술적 효과나 기술이전 산업화 등의 경제사회적 효과가 고려되었다. 따라서 본 연구를 통해 확인할 수 있는 사실은 B/C와 E/C에 대한 명확한 기준은 없다는 것이다. 연구자의 판단에 따라 적용분석방법을 결정한다는 것이다.