대학이 재정적인 문제로 정상적인 운영이 어려운 상황이면 폐교를 명령하고 교직원에 대하여 지원할 계획이다. 대학이 폐교하는 경우 청산을 완료하기 전이라도 청산 소요 비용의 지출과 교직원 체불임금 등 채무 우선 변제를 위하여 청산 융자금을 지원하고, 청산인의 전문성이 낮거나 청산이 지연되면 교육부가 청산인을 추천하거나 재단에 청산을 위탁할 예정이다. 대학의 폐교에 따른 자산관리를 위하여 사학진흥재단에 ‘폐교 통합관리 시스템’을 구축하여 폐교대학의 자산과 관련된 매물을 관리하고 매각을 지원할 예정이다. (그림 5 참조)
8월 말에 발표되는 대학기본역량진단에서 자율혁신대학으로 지정되면, 대학의 여건과 역량에 따라서 자율혁신계획을 수립하여 추진하고 권역별 유지충원율을 점검하고 미충족 대학에 대해서는 정원 감축을 권고할 예정이다. 개별 대학은 발전전략에 맞춰서 자율혁신계획을 수립하여 정원 내‧외 총량 적정 규모화 계획을 마련하여 2022년 상반기에 제출하여야 하며, 교육부는 희망하는 대학을 대상으로 발전전략 및 적정 규모화 등에 대하여 전문가의 컨설팅을 지원할 예정이다. 아울러 권역별로 학생 충원 현황과 자율혁신계획 등을 종합적으로 고려하여 기준 유지충원율을 설정하고 충족여부를 점검하여 미충족 대학은 미충족 규모에 따라서 정원 감축을 차등적으로 권고하고, 이를 이행하지 않으면 일반재정 지원을 중단할 예정이다.