물발자국 관리 및 인증제도의 실효성을 확보하기 위한 개선과제는 다음과 같다.
첫째, 물 절약과 수자원의 효율적 관리를 목적으로 하는 국가 차원의 물발자국 인증 목적을 달성할 수 있도록 중점산업군을 선정하여 인증사업을 추진하여야 한다. 국내소비량이 많고 물발자국 총량이 큰 산업군과 물발자국 총량이 큰 농축산물 및 농식품류를 사용한 제품에 대한 시범인증사업을 확대하여야 한다.
둘째, 물발자국 총량이 큰 농축산물과 관련 제품군의 녹색물발자국과 회색물발자국 산정 연구 지원 체계를 갖추어 유럽연합 등 국제사회의 물발자국 인증제 도입에 기업들이 대응할 수 있도록 물발자국 산정 데이터베이스를 구축하여야 한다. 우리나라는 기후변화로 강수량, 온도 등이 변화하여 농축산업에 직·간접적으로 필요한 용수의 수요와 공급체계의 변화가 예상되므로 국내 농축산업과 관련된 물발자국에 대한 지속적 연구가 필요하다. 특히 기후변화로 물 부족현상이 예상되므로 이에 효과적으로 대응하기 위해 물 수급의 효율성을 높이는데 집중하여야 한다.
셋째, 물발자국 인증 국가표준 및 인증제도에 대한 국내 기업들의 인지도를 높이고 기업의 참여를 높일 수 있는 방안을 강구하여야 한다. 생태발자국, 탄소발자국 등 기존에 실시되고 있는 환경성 표지인정제도와의 연계방안을 마련하여 기업이 통합적인 기술정보를 제공받을 수 있도록 환경성표지인증제도 관리체계를 정비할 필요가 있다.