두 번째, ‘선정’ 단계에서는 공모를 통한 연구개발과제 및 기관 선정 등 상향식(bottom-up) 추진방식을 규정함으로써 연구주제 선정에 있어서 연구자의 자율성을 확보할 수 있도록 하였다.
세 번째, ‘연구 수행 및 평가’ 단계에서는 관례적으로 시행해오던 연차협약 및 연차평가를 폐지함으로써 연구자의 행정 부담을 완화하는 한편, 연구개발 성과뿐 아니라 과정을 함께 평가하도록 함으로써 창의적･도전적인 연구 수행을 촉진할 수 있도록 하였다.