이러한 움직임에 힘입어 2006년 4월 일본 정부는 교육기본법 개정안을 각의결정 했다. 이후 일본회의는 ‘애국심 함양과 전통의 존중, 종교적 정조의 함양’등 세 가지 수정을 요구하는 집회를 연속적으로 개최했다. 일본회의는 신문 의견광고, 여당과의 협의, 지방의회 결의를 통한 압력, 국토 종단 캠페인 등 다양한 방법을 동원해 수정을 요구했지만 그대로 반영시키지는 못했다(俵義文, 2016: 56-57).
2006년 12월 15일 개정된 교육기본법에는 구법에 없었던 애국심과 도덕교육에 관한 항목과 내용이 새로 추가되었다(文部科学省, 2006). 신법은 전문에서 “진리와 정의를 희구하고 공공의 정신을 존중하고 풍요로운 인간성과 창조성을 갖춘 인간”을 바람직한 일본인상으로 제시했으며, 제2조에서는 ‘풍요로운 정조(情操)와 도덕심’과 건강한 신체를 배양하는 것을 교육의 목표 중 하나로 규정했다. 또한 신법 제2조5항에는 “전통과 문화를 존중하고 그것을 배양해온 우리나라와 향토를 사랑함과 동시에 타국을 존중하고 국제사회의 평화와 발전에 기여하는 태도를 배양하는 것”의 중요성이 포함되었다. 일본회의는 교육기본법 개정을 ‘전통 계승’과 ‘공공의 정신 존중’에 입각하여 ‘애국심’과 ‘도덕’, ‘전통 존중’을 중시하는 “전후 교육사의 획을 긋는 사건”이라고 높이 평가했다(俵義文, 2016: 66).