그러나 경수로 건설이 북한의 핵개발 등의 계약 불이행으로 인하여 2006년 5월 공정율 34.5%까지 진행된 상황에서 공식적으로 종료되었기 때문에, 경수로 건설비용 1조 3,744억원에 대해서는 향후 우리 정부가 KEDO를 통해 북한에 청구하는 것이 올바른 조치라고 할 것이다.
그러나 경수로가 완공되지 못하였기 때문에 북한에 실질적인 혜택이 돌아간 것이 없다는 점, 그리고 경수로 건설과 관련해서 KEDO가 한국전력과 계약을 체결하여 1조 3,744억원의 대부분이 다시 국내로 들어온 점 등을 감안해 보았을 때, 향후 1조 3,744억원 전액을 북한에 요구하는 것은 무리라고 일부에서 주장하기도 한다.