(2) 제도 전환의 기대효과
마진과세제도는 부가가치세를 감면하는 것이 아니라 세액계산 방식을 변경하는 것이다. 그러나 이론상 매입세액을 완전히 공제하게 되어 현행 의제매입세액공제제도에 비해 중고품 사업자의 세부담을 낮추는 효과를 가지게 된다. 세수 또한 감소할 가능성이 있으나, 이는 완전한 중복과세 문제 해결 과정에서 발생하는 결과라고 볼 수 있다.
만약 의제매입세액공제제도의 공제율을 10/110으로 인상하여 부가가치세율을 완전히 반영하도록 하는 경우, 의제매입세액공제제도와 마진과세제도는 중복과세 방지 및 조세중립성 실현이라는 동일한 효과를 거둘 수 있다.
소비자ㆍ사업자의 세부담 및 과세당국의 세수 측면에서도 유사한 결과를 가져올 수 있다.
다만, 이는 사업자가 안정적으로 매입세액을 공제받을 것을 고려하여 부가가치세액을 차감한 순매입액을 기준으로 매출액을 책정하는 경우에만 가능하다. 공제율의 변동, 매입세액의 전가 여부 등의 변수에 따라 중복과세가 완전히 해소되지 않을 수 있어 중복과세 문제를 원천적으로 해결하기에는 마진과세제도가 더욱 효과적인 측면이 있다.