셋째, 환경부가 「물환경보전법」과 「4대강 수계법」에 따라 수질오염총량제를 통해 하천 및 농업용 저수지를 포함한 호소의 수질을 관리하고 있어 농업 생산활동 중 오염 예방 차원의 농림축산식품부의 역할과 관리범위가 협소하다는 점이다. 축산과 농경지를 포함한 토지에서 발생되는 오염원이 전체 오염원의 72.1%를 차지하고 있음에도 농림축산식품부는 수질오염원에 대한 농업용수의 수질현황 및 오염원 변화 정도를 조사·분석하는데 그치고 있으며, 농촌진흥청 또한 통합적인 물환경관리체계 밖에서 농업환경변동조사의 일환으로 농업용수 수질변동조사 실시만 담당하고 있다.
이러한 문제점을 해소하고 물 환경 부문 농업환경자원 정보를 구축하기 위해서는 농업에서 필요한 정보를 누가, 언제, 어디서, 어떻게, 왜 구축되어야 하는지가 명확해야 한다. 즉, 이 정보가 필요한 주무부처인 농림축산식품부가 매년 지속적으로 농업환경자원 정보관리체계를 구축할 필요가 있다. 그러나 현재 물 환경 부문 농업환경자원 정보는 「물관리기본법」 제정 이전의 환경부의 관행적인 수질관리에만 집중되어 있고 이 수질관리 또한 오염발생원별 관리가 아니라 토지계에서 발생되는 수질오염 총량 합산에만 그치고 있어 농업 토지이용별 농업용수 공급과 오염발생원별 데이터가 구축되지 못하고 있다.