한편 금융시장에서 창의와 혁신성은 금융안정과 금융소비자 보호의 취약성으로 연계될 개연성이 있다. 더욱이 은행이 금융시스템에 미치는 영향을 고려하면 인터넷전문은행 도입 이후 금융시장의 안정성 확보가 금융소비자 보호 측면에서도 중요한 문제이다.
인터넷전문은행이 일반은행과 예금이나 지급결제업무 등에서 서비스경쟁이 아닌 가격경쟁이 심화되는 경우 전체 은행산업의 수익성 악화로 연결될 수 있으며, 이는 금융시장에 새로운 리스크로 작용할 가능성이 있다. 기대가 모아지고 있는 중금리대출의 경우에도 빅데이터에 기반한 신용평가모델이 필수적이므로 새로운 평가시스템 도입과 함께 리스크 관리가 매우 중요하다. 인터넷전문은행이 자금조달 및 자산규모의 확대과정에서 고금리 예금수신 비중이 높아지면, 고위험 투자가 증가되고 인터넷전문은행의 부실로 이어질 수 있다는 점에서 향후 철저한 감독이 필요하다.
인터넷전문은행이 전자금융거래 방식과 빅데이터 등에 기반한 혁신적인 사업모델을 영위하는 만큼 전산시스템의 보안 강화도 중요한 현안이다. 실제 피싱이나 스미싱, 파밍 등 인터넷 금융사건이 급증하고 있다는 점에서 인터넷전문은행 특성에 맞는 전산보안 체계 구축이 필수적이다. 특히 금융위원회는 인터넷전문은행의 설립 초기 과도한 비용부담을 감안하여 IT 전문업체에 전산설비 위탁을 허용할 예정이므로 인터넷전문은행의 전산설비 위탁에 대한 감독을 보다 강화할 필요가 있다. 인터넷전문은행이 제공하는 금융서비스의 종류와 내용에 따라서는 위‧수탁 관계가 복잡하고 복수의 제휴회사가 존재할 가능성이 있으므로 이에 대한 체계적인 감독‧관리대책이 요구된다.
이 밖에도 예금자보호 체계에 대한 전반적인 검토도 필요하다. 인터넷전문은행 도입, 핀테크 활성화 등에 따라 비대면거래가 증가하는 금융시장의 환경변화에 맞추어 예금자보호제도의 개선방향을 고민할 필요가 있다. 이러한 측면에서 보면 금융회사 파산 및 불완전판매 등으로부터 금융소비자의 사후적 보호를 강화하는 것이 바람직하다. 이와 함께 현재 통합예금보호제도를 운영하면서 모든 금융업종이 동일하게 예금보험 한도가 설정되어 있는데, 금융업종별 특성을 고려하여 이를 개선하기 위한 논의도 필요한 시점이다.