(3) 문제점
선택진료제는 환자에게 의사선택권을 부여하고 그 대가로 건강보험에서 정해둔 진료수가 외의 추가적 비용을 환자가 전액 부담하도록 하는 것으로, 의사에 대한 충분한 사전정보의 제공과 이를 토대로 한 선택의 대가로 비용을 추가 부담하는 기본원칙을 내포하고 있다.
그러나 실제 적용과정에서는 의료소비자인 환자의 입장보다 오히려 의료기관의 수입보전 방안으로 이용된 측면이 있다. 이러한 이유로 선택진료제와 관련된 민원이 자주 발생하여 2008년에는 국민권익위원회에서 제도 개선을 권고한 바 있다. 또한 2009년 공정거래위원회가 선택진료비를 부당청구한 대형병원에 과징금을 부과하였으며, 같은 해 국정감사를 통해 선택진료 의사비율을 현행 80%에서 50%로 낮춰야 한다는 제도개선안이 제안되기도 하였다.