(2) 재원의 성격 논란
동 법안의 기금 재원으로는 정부 외 기관의 출연금, 법인세 환급금, 금융기관 분담금, 저축은행 특별계정으로부터의 출연금 등이 규정되었다. 국고에서 직접 지원되지 않으나 간접적으로는 국가 및 사회의 부담이 된다.
특히 법인세 환급금은 저축은행에 반환되는 것이므로 원칙적으로 파산재단에 귀속되어야 한다. 동 자금이 저축은행 피해자 보상기금으로 전입됨은 파산절차 밖에서 저축은행 피해자가 우선하여 배당받게 되므로, 이는 예금보험기금의 손실로 귀결된다.
나아가 저축은행 특별계정은 저축은행 건전화 목적으로 2011년에 설치된 기금이다. 타 금융업권의 예금보험료 상당이 동 기금으로 적립되는 상황에서, 특별계정으로 저축은행 피해자를 구제하는 것은 책임을 타 업권에 전가시키는 결과를 가져올 수 있다.