둘째, 중장기적 관점에서 양도소득세와 증권거래세 간의 관계에 대한 종합적인 검토가 요구된다. 증권거래세 개편 논의는 단순히 증권거래세 자체의 인하·폐지의 문제만으로 고려되기 보다는 금융소득 과세체계에 대한 종합적인 정비 차원에서 접근할 필요가 있는 사항이다.
우리나라는 아직 증권거래 차익에 대하여 전면적인 양도소득세를 도입하지 않은 상황에서 증권거래세를 부과하고 있다. 이에 증권거래세의 개편과 더불어 금융자산에 대한 양도소득세(자본이득세)의 확대에 대해서도 검토해 볼 필요가 있다.
다만, 양도소득세의 확대와 관련하여서는 분리과세, 종합과세 등 어떠한 과세 방식을 적용할 것인지에 대한 구체적 논의 및 손익통산, 손실이월공제 허용 여부 등 세부적인 검토가 필요한 여러 논점들이 존재하므로 이에 대한 심층연구가 필요할 것으로 보인다.