이 결정에는 다음과 같은 비판의견이 제기되기도 하였다.
먼저, 헌법 제39조 제2항에서의 ‘불이익한 처우’는 ‘차별’을 의미하는 것이기 때문에, ‘불이익한 처우를 받지 아니한다’는 것은 ‘차별의 금지’, 즉 ‘평등의 명령’을 의미한다는 것이다. 이러한 평등에는 규범적 차원에서의 평등, 즉 기회 또는 가능성의 평등을 의미하는 ‘법적 평등’과 사실적 차원에서의 평등, 즉 실제적 결과에서의 평등을 의미하는 ‘사실적 평등’ 모두를 고려해야 한다는 의견이다.
또한, 헌법 제39조 제2항의 “병역의무의 이행을 이유로 불이익한 처우를 하는 것을 금지”한다는 결정은 국가의 작위적 불이익 처우를 금지하는 의미 외에 부작위적 불이익 처우를 고려하지 않고 있다는 지적도 있다.
헌법재판소의 결정문에서 불이익한 처우를 하는 것을 금지하는 것은 국가가 어떠한 작위적 행위를 통하여 불이익한 처우를 하는 것을 금지하는 것뿐만 아니라, 제대군인에 대해 아무런 조치를 하지 않아서 발생하는 부작위에 따른 불이익이 발생할 수 있다는 논리를 고려하지 않고 있다는 것이다.