기획수사시스템은 부정수급 조사관들의 기획조사에 활용하기 위하여 만들어진 모듈이고 의심자유형을 개발하거나 조사관들이 조사과정에서 발견된 새로운 유형에 대하여 의심자를 추출할 수 있는 각종 정보를 수집하여 업데이트하여 대상자를 생성한다.
2016년에 고용노동부에 대한 감사원 감사에서 실업급여 수급 중 일용근로에 종사한 자 가운데 국세청에 일용근로소득을 신고하였으나, 고용보험에 일용근로내역확인신고서를 제출하지 않아 근로제공 사실을 확인할 수 없었던 수급자에 대한 부정수급 문제가 지적되었다. 이에 고용노동부는 국세청으로부터 일용근로소득지급명세서 신고자료의 정보를 제공받아 의심자를 추출한 결과 지난 3년 동안 9만건 정도가 추출되어 현재 부정수급조사과에서 조사를 통한 처분을 진행해가고 있다.
부정수급조사관들의 업무 수행에 있어서 자동경보시스템의 의존도가 크고, 기획조사의 경우 부정수급 취약업종을 선정하여 조사를 추진하고 있으나 자체적인 수사권이 없기 때문에 관계기관과의 정보 협조나 사업장의 자료제공 요청 등에 있어 실질적인 어려움을 많이 겪고 있는 것으로 나타났다. 또한 조사관들은 부정수급의 요건이 고용보험법 상으로는 ‘근로제공 사실’로 되어 있지만, 이 기준을 엄격히 적용하는 것은 현실적으로 어렵고, 실질적으로는 취업의 인정기준에 해당 여부를 가지고 판단할 수밖에 없는 현실을 호소했다. 한편, 우리나라 실업급여 수준이 높지 않아 생계가 어려운 현실 속에서 실업급여 수급자들이 아르바이트 등 일시적 소득활동을 병행하는 경우가 많다고 한다. 이러한 경우 부정수급으로 적발되는 경우 실업급여 수급의 제한과 추가 징수가 현실적으로 너무 가혹한 경우가 많다고 한다. 기타 사항으로 부정수급 시스템 가운데 자동경보시스템의 강화되어 적중률을 높여야 업무효율성이 높아지고, 국세청의 소득자료가 연계되는 경우 실효성이 커질 것으로 보이며, 근로감독행정과 연계되는 것도 필요하다는 지적이 있었다.