그러나 일부에서 지적하고 있는 것처럼 고용창출 투자세액공제제도는 신규고용을 창출하는 유인으로 기능하기 보다는 사후적인 보조금으로 기능할 가능성이 높다. 세액공제 혜택을 받을 수 있는 기계장치 등 사업용 자산에 대한 투자로 해당 장치 운용을 위한 고용은 증대될 수 있지만, 고용에 따른 노동비용 등을 고려했을 때 고용을 유지하거나 감소시키는 것이 기업에 유리할 수 있기 때문이다. 기업의 입장에서는 사업용 자산에 투자를 한 후에 고용을 감소시키는 것이 유리하다면 굳이 세액공제를 받기 위해 고용을 늘릴 필요가 없는 것이다.
이처럼 사업용 자산에 투자한 후 고용을 증가시킬 필요가 없는 기업은 세액공제 혜택에도 불구하고 신규고용을 창출하지 않을 것이기 때문에 동 제도가 목표로 하는 고용창출 효과는 기대하기 어렵다. 한편, 투자 후에 신규고용이 필요한 기업은 세액공제 혜택 유무와 상관없이 고용을 늘릴 것이기 때문에 고용창출 투자세액공제제도는 이런 기업에게는 사후적인 보조금으로서만 기능하게 될 가능성이 높은 것이다.