ICT 융합을 위한 부처간 협력과 기능 조정이 원활하게 이루어지지 않을 경우 정책의 합의점을 찾지 못해 중요 정책이 표류할 우려가 있다. 또한 유사한 사업에 대해 부처간 과잉 경쟁이 발생할 경우에는 국가 예산이 중복·비효율적으로 낭비되는 문제가 생긴다.
부처간 소관주의가 강한 한국 행정문화를 고려할 때 미래부와 산업부의 기능을 조정할 수 있는 가장 효과적인 대안은 조직개편이다. 그러나 양 부처의 대규모 조직개편 가능성이 높지 않기 때문에 ICT 융합 컨트롤타워의 기능을 재정립하는 운영의 묘(妙)를 발휘하는 것이 현실적인 대안이 될 수 있다.
우선 ICT 융합산업에 관한 기본계획 등을 심의하는 과정에서 정보통신전략위원회와 산업융합발전위원회의 상호 협의를 정례화하여 ICT 융합을 둘러싼 중복과 모호한 경계의 문제를 해소해야 한다. 만약 두 기구의 자율적인 협의와 조정이 쉽지 않을 경우에는 ｢ICT 특별법｣과 ｢산업융합 촉진법｣ 사이의 관계를 제도적으로 조정하는 입법적 노력이 병행될 필요가 있다.