그러나, 이러한 직접투자 형태로 장기보유 상장주식·코스닥상장주식을 취득하는 경우에는 조세특례제한법 제91조의 규정에 의한 비과세 또는 분리과세의 조세특례를 받을 수 있으나 여기에는 법인세법 제51조의 2 제1항 각호의 1에 해당하는 법인은 제외된다. 따라서, 간접투자에 의한 적립식 주식형 펀드의 경우 조세특례제한법 제91조의 규정이 아닌 제89조의 규정에 따라 계약금액 총액이 1인당 4천만원 이하일 것을 요건으로 하여 동 펀드에서 발생한 배당소득과 이자소득에 대해 9%의 저율 원천징수 분리과세로 종결하도록 혜택을 주고 있다.
그러나, 조세특례제한법 제 91조에 따른 혜택은 액면가액 기준으로 3억원까지 조세특례를 받을 수 있는 반면, 동법 제 89조에 따른 혜택은 계약금액 기준으로 4천만원까지만 해당되는 바, 상장·코스닥상장 법인 주식의 시가가 액면가액보다 훨씬 큰 경우도 많은 점을 고려해 볼 때 직접투자에 따른 조세특례가 간접투자(투자신탁, 투자회사)에 의한 조세특례보다 유리한 상황으로 간접투자시장의 발전을 저해하는 요소로 작용하고 있다.