지난 10년간의 시행착오를 통해 기초연구의 개념이 정립되고 통계 또한 안정화되어가는 추세다. 그럼에도 불구하고 그간 기초연구의 범위 설정과 가정이 적절했는지에 대해서는 점검이 필요한 시점이다. 예컨대, 국립대학 교원 인건비 중 일부를 기초연구비중의 산정 대상에 포함 시키는 방안이 적절한지 등이 재검토해야 할 대표적인 사항이다.
사업 추진 전의 예산편성단계에서 추정한 기초연구비중과 사후의 조사‧분석을 통해 산정된 기초연구비중을 세부항목별로 비교하여 기초연구비중 산정방식의 개선방안을 모색할 수 있다. 나아가 사업별 기초 연구비는 기본적으로 개별 사업담당자 등에 의해 주관적으로 추정되므로 이를 검증‧조정하는 절차를 강화할 필요가 있다.