이 밖에 건전한 금융자본 출현을 유도하고 금융기관의 책임경영을 촉진하기 위해 금융기관의 소유 · 지배구조 개선을 추진하였다.
2002년 4월 ｢은행법｣ 및 ｢금융지주회사법｣을 개정하여 은행 및 은행지주회사의 의결권 있는 주식에 대한 동일인 보유한도를 4%에서 10%로 확대하는 등 금융기관의 소유제한을 완화하였다.
1999년에는 대주주의 부당한 영향력 행사를 금지하기 위해 대주주와의 거래 및 신용공여에 대한 규제를 강화하고 금융기관의 주요 출자자 요건 및 최저자본금 등을 명시하였다.
2000년 1월에는 외부감사제도의 충실화를 위해 은행, 종합금융회사 및 일정 규모 이상의 증권회사, 보험사, 자산운용사 등에 대해 사외이사 중심의 이사회 제도를 도입하고 감사위원회의 설치를 의무화하였다.
한편 자본시장에서는 1999년 4월 선물거래소가, 2000년 3월에는 증권거래소와 코스닥시장에서 거래되지 않는 주식을 대상으로 하는 장외주식호가중개시장(제3시장)이 개설되었다.
또한 2001년 12월에는 거래소와 코스닥시장에서 거래되는 250개 종목을 대상으로 정규시장 종료 이후에도 거래가 가능하도록 하는 전자장외증권중개시장(ECN시장)이 개설되었다.
2005년 1월에는 증권거래소, 코스닥, 선물거래소 등을 통합하여 한국증권선물거래소가 새로이 출범하였고 2009년 2월에는 명칭을 한국거래소로 변경하였다.
또한 직접금융을 통한 자금조달을 활성화하기 위해 자산유동화제도(1998년 9월), 회사형 투자수익증권제도(1998년 12월) 및 모기지론제도(1999년 4월)가 연이어 도입되었다.