또한 성에 따라 노동시장 안에서 산업, 업종, 직종, 기업규모, 고용형태별 분리가 심각하고, 여성들이 주로 임금이 낮은 산업, 업종, 직종, 기업규모, 고용형태에 고용되어 있는 경우에도 동일노동 동일임금 제도는 큰 힘을 발휘하지 못한다. 더 나아가 경력이나 근속년수가 임금결정에서 큰 영향을 미치는 호봉제·연공급제 임금체계를 가지고 있는 나라에서는 여성의 경력단절이 남녀 임금격차의 주요한 원인이 되는데, 이러한 경우에도 동일노동 동일임금 제도만으로는 성별 임금격차를 축소하는데 한계가 있다. 성별 임금격차가 큰 우리나라, 일본 등의 사례가 이에 해당한다.