그러나 다른 한편 이 결정은 정당해산제도의 목적과 기능에 대한 이해 부족, 사실 관계 오류, 편향된 이념, 논리적 비약, 근거가 박약한 사실관계의 인정, 법리적 오해등 다양한 문제점을 노정했다는 비판에도 직면해 있다. 또한 법률의 근거도 없이 소속 국회의원들의 의원직 상실 결정을 내림으로써 헌법재판소 스스로가 헌법과 법률을 위반하면서 국회의 입법권한을 행사했다는 비판도 제기되었다. 아울러 소속 국회의원의 의원직을 상실시키는 결정을 내리면서 국회의원직을 상실한 소속 의원들의 보궐선거에서의 재출마 문제와 소속 지방의회의원의 의원직의 상실 여부 등에 대하여는 판단하지 아니한 것도 문제시 되고 있다.