일본의 건강보험 및 공적연금의 재정은 국민 등에게 징수하는 사회보험료 이외에 법률에 따른 정부 및 지방자치단체의 재정 지원에 의해 유지된다. 일본의 사회보장 재정예산안에 의하면 사회보장 급부비 지출은 107.8조 엔이었지만 국민들이 납부한 사회보험료 수입은 57.4조 엔에 불과하였다(2011년 기준). 따라서 부족분 53.4조 엔을 중앙정부(29.4조 엔) 및 지방정부(10.1조 엔)의 정부재정 39.5조 엔과 기타 수입으로 충당하고 있는 것으로 나타났다. 국민의 료비(2009)의 재원 항목을 살펴보면 건강보험료 수입이 48.6%, 중앙정부 (25.3%) 및 지방정부(12.1%)가 37.4%, 환자본인부담 13.9%로 건강보험의 안정적인 재정확보 측면에서 정부의 재정지원이 절대적인 역할을 한다고 볼 수 있다.