지방재정자립도가 높은 몇몇 지방자치단체를 제외한 거의 모든 지방자치단체가 자율적인 재정 활동을 하지 못하고 중앙정부에 의존할 수밖에 없기 때문에 한강 유역 내에서 추진되는 수자원관리와 관련된 사업에서도 지방자치단체는 중앙정부에 종속될 수밖에 없다. 특히, 한강유역 내의 지방자치단체는 수자원과 관련한 사업에서 중앙정부의 보조금과 직접적으로 연결되기 때문에 지방자치단체의 입장은 의존적일 수밖에 없는 실정이다. 이러한 종속적인 한강유역의 지방자치단체들을 지원하기 위하여 수변지역의 지방자치단체들에게 두 가지 종류를 지원하고 있다. 하나는 한국수자원공사가 관리하는 댐건설지역에 접해 있는 지방자치단체에게 댐건설법이 정한 지원금을 지원하는 것이고, 다른 하나는 한강 하류지역으로부터 물이용 부담금을 부과하여 상수원 상류지역에 수질개선 및 주민지원 사업을 추진하고 있는 수계관리기금이 지원되고 있지만, 실제로는 이것을 사용하기도 쉽지 않을 뿐만 아니라 충분하지도 못하다는 실정이 지적되고 있다.