1) 대테러센터
시행령 제6조는 대테러센터로 하여금 국가 대테러활동을 원활히 수행하기 위하여 필요한 사항과 대책위원회 운영에 필요한 사무 등을 처리하게 하며, 관계기관의 장에게 직무수행에 필요한 협조와 지원을 요청할 수 있도록하고 있다.
2) 대테러 인권보호관
시행령 제7조~제10조는 대책위원회의 위원장이 대테러 인권보호관(이하 ‘인권보호관’)을 위촉하고, 임기는 2년에 연임할 수 있도록 하며, 자격요건은 변호사로서 10년 이상 실무경력이 있는 사람, 인권분야에 전문지식이 있고 부교수 이상으로 10년 이상 재직했던 사람 등으로 정하고 있다.
인권보호관의 직무로서는 대책위원회에 상정되는 대테러 정책·제도와 관련된 인권보호 자문 및 개선 권고, 대테러활동에 따른 인권 침해 관련 민원처리 등으로 정하고 있다.