둘째, 지방세출 운영을 효율화하기 위해서는 관련 제도를 더욱 더 효율적으로 운영할 수 있는 방안을 시급히 마련해야 할 것이다. 이와 관련해서 현재 총액인건비제도, 지방채제도, 지방공기업제도가 시행되고 있는데 이것들은 다음과 같은 개선이 요구된다.
총액인건비제도의 경우, 지방세출 규모를 감소시키는 장점을 최대화하면서 그 부작용을 최소화하는 노력이 요구된다. 예를 들면, 동일한 직급·직렬에 속하는 공무원들 사이에서 차등적인 인건비가 지급될 수 있는 근거가 합리적으로 설정되어야 하며, 이러한 방식 또한 인센티브 차원에서 이루어져야 한다. 아울러 관리자에 의한 인건비 배정 과정에서 자의성과 주관성이 반영되지 않도록 사후적 통제방안을 강구하여 각 부처의 책임성을 확보할 수 있어야 한다.
지방채제도의 경우, 지방채를 꺼리는 지역주민의 정서에 따라 활용이 미미했을 뿐만 아니라 그 기능에 대한 이해도 부족한 측면이 있다. 따라서 지방채제도의 활성화를 통해 지방자치단체의 부족한 재정력을 실질적으로 강화하는 접근이 필요한 시점이다. 이를 위해서는 일시적인 현금부족, 부채상환 등 비상상황에서도 지방채를 발행할 수 있도록 지방채 발행요건을 완화하는 조치가 요구된다. 또한 적채기준을 탄력적으로 적용함으로써 지방채가 일시적 유동성 압박에 직면한 지방자치단체의 자금조달수단으로 기능할 수 있도록 해 주어야 한다. 아울러 적자재정 보전을 위한 방편으로 지방채 기채가 허용될 경우에는 해당 자치단체를 재정진단 대상에 포함시킴으로써 각종 자구노력 조치들을 수립·이행할 수 있도록 유인할 필요가 있다. 이와 함께 지방채 관련 채무를 효율적으로 관리하기 위한 방안이 마련되어야 한다.
지방공기업제도의 경우, 현재 방만한 운영으로 매년 적자가 누적되고 있어 가뜩이나 열악한 지방재정을 더욱 어렵게 만드는 원인으로 평가된다. 이와 같은 문제점을 해결하기 위해서는 지방 공기업 운영의 자율성을 확대하되 그에 상응하는 경영 책임성을 확보할 수 있는 대책이 마련되어야 하며, 지방 공기업 설립타당성 검토기관의 자격요건을 강화해서 검토보고서의 신뢰성을 제고하고 부실한 지방공사·공단의 설립을 사전에 차단할 수 있는 방안이 강구되어야 한다. 또한 지방공기업의 사장 또는 이사장의 추천 시 자치단체장의 의견이나 지방의회의 이해관계가 지나치게 반영될 수 있는 현행 방식을 적절하게 개선할 필요가 있으며, 중앙정부의 특수한 정책목표를 실현하기 위한 수단으로 이용될 수 있는 현행 지방공기업 경영평가제도 역시 지방자치 혹은 지역발전이라는 취지에 맞추어 개선할 필요가 있다. 이와 함께 지방공기업제도의 독립성과 독자적 경영을 저해할 가능성이 있는 지방공기업법의 일부 조항을 보완하거나 시정할 필요가 있으며, 지방공기업의 재무구조와 경영성과를 효과적으로 개선하기 위한 방안도 모색되어야 한다.