(3) 개별 금융기관의 위기관리에 충분한 수준의 재정건전성 확보
부실 금융기관을 효율적으로 정비하려는 유인은 예금보험공사가 무담보 채권자(unsecured creditor) 또는 최종대부자(investor of last resort)로 기능할 경우에 가장 크게 된다. 예금보험공사가 이런 유인을 가지기 위해서는 예금보험공사가 사전에 개별 금융기관의 부실정리에 사용하기에 충분한 재정건전성을 확보하고 있어야만 한다. 한편 여러 금융기관이 동시에 부실화하는 체제적 위기시에는 예금보험공사의 적립재원만으로는 위기극복이 불가능한 경우가 많기 때문에 이때의 재정부담은 기획재정부와 한국은행으로 이전해야 한다.
(4) 예금보험공사의 기획재정부 이관 및 자율성 확보
체제적 위기가 아닌 경우 예금보험공사는 보유한 적립재원의 한도 내에서 자율적으로 위기관리 기능을 수행해야 한다. 따라서 현재 금융위원회가 보유하고 있는 예금보험공사에 대한 상시적 관리‧감독권을 기본적으로 모두 삭제해야 한다. 뿐만 아니라 예금보험기금이 고갈될 경우 결국은 공적 자금이 투입될 수밖에 없고, 이 경우 기획재정부가 전권을 행사하는 것이 타당하기 때문에 예금보험공사는 2008년의 금융감독조직 개편 이전처럼 기획재정부 산하로 이관하는 것이 순리에 맞다. 다만 이 경우 예금보험공사가 일상적으로 기획재정부 장관의 지휘를 받는 것은 불필요한 관치금융의 소지를 키울 수 있기 때문에 바람직하지 않다. 따라서 예금보험공사의 자율성은 원칙적으로 보장하되 기획재정부 장관이 예보의 경비성 예산을 통제하는 등 간접적인 통제장치를 보유하는 정도가 바람직할 수 있다. 다만 예금보험공사가 개별 금융기관의 정리와 관련하여 적립재원의 부족 때문에 재정자금을 차입해야 하는 경우에는 차입금의 상환시까지 기획재정부 장관의 한시적인 관리‧감독을 받도록 한다.