둘째, 참모조직의 특성으로써 나타날 수 있는 조직의 임의성을 해소시켜 사회에서 지속적으로 나타나는 갈등과 소통의 문제를 해결하는데 있어서 보다 안정적으로 업무를 수행할 수 있는 분위기를 조성하도록 해야 할 것이다. 그러기 위해서는 특임장관제도가 특수한 상황에서 나타나는 임시적인 조직이 아닌 상설적인 조직이라는 점을 강조하도록 해야 할 것이다. 국내외 정치·경제적 환경변화에 대한 대응과제, 핵심 국책과제, 현안 사회갈등문제 등을 지속적으로 발굴·해결하는 조정기능을 상시적으로 수행하는 조직체계의 구축이 필요할 것이다.
셋째, 특임장관실의 업무특성상 정책성과의 진단, 국민의 평가(서비스만족도 등) 등이 구체적으로 이루어지기 어렵다는 한계를 갖는다. 특정 국책과제 및 현안문제를 다루고 있다는 점에서 매우 자율적인 조직운영이 이루어지는 반면, 책임성 제고가 제한적일 수 있다. 이러한 점에서 특임장관실의 책임성 제고 및 환류기능의 활성화를 위한 업무성과진단체계가 마련되어야 할 것이다.