자금결제시스템의 결제방식에는 일정기간의 거래금액을 집계하여 금융기관간 채권과 채무를 상계하고 남은 차액만을 결제하는 차액결제와 채권과 채무의 집계 및 상계과정 없이 거래 발생 즉시 거래금액 전체를 결제하는 총액결제, 그리고 이 둘의 장점을 혼합한 혼합형 결제가 있다.
차액결제방식은 금융기관간 채권 · 채무의 차액만을 결제하므로 결제 빈도와 금액을 줄일 수 있으나 지급시점과 최종 결제시점까지 시차가 있기 때문에 결제위험이 발생하는 문제가 있다.
총액결제방식은 지급과 동시에 결제가 이루어지기 때문에 결제위험을 최소화하는 장점이 있으나 건별 결제로 빈도가 잦고 규모가 큰 단점이 있다.
이에 따라 차액결제방식은 금융기관의 대고객 거래 등 건당 거래금액은 크지 않으나 거래량이 많은 소액결제시스템에, 총액결제방식은 건당 거래금액이 크고 거래량이 많지 않은 거액결제시스템에 이용된다.
지급결제제도는 경제활동에 수반되는 자금의 결제가 원활히 이루어지도록 함으로써 경제활동을 촉진하는 기능을 수행한다.
그러나 지급결제에는 각종 위험이 내재되어 있기 때문에 이러한 위험이 적절히 제어되지 않는다면 전체 금융제도가 불안해질 수 있다.
이러한 점에서 지급결제제도는 중요한 금융하부구조의 하나로 인식되고 있다.