병해충 피해는 발병 규모나 횟수와 함께 발생시기와 기주식물 생육시기의 동시성이 많은 영향을 주므로 농업생태계 내 다양한 주체와 변수들 간의 유기적인 상호작용을 아우르는 연구가 필요하며, 전국 단위 병해충 모니터링 및 예찰 시스템의 구축, 병해충 종수와 발생 지역수의 확장에 대응, 기후변화 조건에 적합한 살충제 선별, 병해충 저항성 품종 개발 등의 적응대책이 필요하다고 제시하고 있다.
또한 평가 보고서는 잡초 발생에 대한 모니터링과 예찰시스템을 구축하고, 잡초 발생 양상이 변함에 따라 제초제 처리 양식에도 변화를 주는 적응대책이 필요함을 강조한다. 특히 제초제 저항성 잡초는 미래에 더 큰 문제를 야기할 것으로 예상되므로, 물리적, 경종적, 생물학적 방제법을 제초제와 함께 활용하는 종합적 잡초방제 기술개발을 제안하고 있다.