이제부터 총액인건비제도가 부여하는 자율성의 범위를 좀 더 구체적으로 살펴보자. 이러한 자율성의 범위는 조직·정원관리, 충원관리, 보수관리, 예산관리 등 크게 네 가지 범주로 분류될 수 있다. 첫째, 조직·정원관리 측면에서의 자율성이다. 이는 각 부처로 하여금 성과극대화를 위하여 자체 인력을 탄력적으로 운영할 수 있도록 총정원 및 포괄적 정원관리 기준의 범위 내에서 조직·인력을 조정할 수 있는 자율성을 의미한다. 즉 행정자치부는 국가공무원의 총정원 및 각 부처 정원의 상한만 관리하고, 그 이하 정원의 규모 및 계급별·직급별 정원은 부처에서 자율적으로 결정하도록 하는 것이다. 아울러 부처기구 및 정원관리는 매년 1회 시행하는 소요정원으로 대체하고, 수시 직제개정은 법 개정을 통한 부처간 기능조정, 조직 통·폐합등 불가피한 경우를 제외하고는 인정되지 않도록 규정되어 있다
둘째, 충원관리 측면에서 인력종류(직급, 직렬 등) 결정의 자율성이다. 이는 모든 직급의 특별채용시험 실시권이 각 부처에 위임되어 있음을 의미한다. 다만, 공개채용 및 공개채용 직렬로의 특별채용에 대해서는 중앙인사위원회와 사전 협의하도록 되어 있다. 왜냐하면 인사개혁 로드맵 상의 정책목표(과학기술인재 확대, 양성평등, 지역인재채용 확대, 장애인 고용 등) 달성 및 공개채용의 지속실시를 위해서라도 중앙인사관장 기관과 충원인원에 관한 사전협의가 불가피한 측면이 있기 때문이다.
셋째, 보수관리 측면에서 인건비 배분의 자율성이다. 이는 각 부처별·기관별 보수수준 및 보수지급이 자율적으로 결정될 수 있음을 의미한다. 이에 따라 인센티브 성격의 보수를 확대하되, 자율성 부여범위의 결정을 위하여 보수항목별 인건비 분류체계의 변경이 가능하다. 하지만 공무원연금법상 연금보수월액(봉급, 기말·정근수당, 정근수당가산금)으로 되어 있거나, 생활급적 성격의 인건비 또는 전 부처를 대상으로 통일적인 기준을 적용할 필요가 있는 보수항목(가족수당, 자녀학비보조수당, 육아휴직수당, 대우공무원수당, 명절휴가비, 가계지원비) 등은 종전대로 중앙인사위원회의 종합적인 관리가 필요한 항목에 해당한다. 또한 직급보조비 등 직무급적 성격의 인건비는 직무급으로의 보수체계 개편을 위해 필요한 경우 기본예산에 통합관리하는 방안도 고려해 볼 필요가 있다.
넷째, 예산관리 측면에서 인건비 예산 운용의 자율성이다. 이는 총액인건비 범위 내에서 인건비 운영 중 발생한 잉여 인건비 사용에 대한 각 부처의 재량권을 확대시킬 수 있는 근거의 역할을 하게 된다. 아울러 부처 인건비 운영평가 결과에 기초하여 인센티브 형식으로 증액된 인건비 사용에 대한 자율권도 부여되는 경우도 있다. 다만 이와 같은 경우에는 인건비로의 이·전용 및 예비비 사용이 엄격히 제한된다.