농업인의 소규모 식품가공업을 지원하기 위한 지방자치단체의 조례 제정 현황을 조사한 결과 유형은 다르지만 지원 조례를 제정한 지방자치단체수는 2014년 10월 현재 특별자치도와 특별자치시 각각 1곳, 광역시ㆍ도 1곳, 기초지방자치단체는 226개 중 18곳(7.96%)에 불과하였다. 지방자치단체별로 특산물인 농식품 가공사업 육성과 지원에 관심이 많음에도 불구하고 조례 제정이 부진한 이유는 완화된 시설기준을 지방자치단체가 자체적으로 마련하기 어려운 기술적인 문제, 완화된 시설기준을 마련하거나 관리할 전문인력의 부족, 식품진흥담당부서와 보건위생담당부서 간 협의의 어려움, 식품위생 사고 시 책임소재의 문제 등으로 나타났다.
기존의 식품제조・가공업보다 완화된 영업등록기준을 적용하게 되는 농업인의 소규모 식품가공업은 창업 시 규제를 완화하여 농촌 지역의 소득을 올려 지역 경제를 살리는 장점도 있지만 소비자들이 식품구매요인으로 최우선으로 삼는 식품안전수준이 낮아질지 모른다는 단점도 있다. 특히 식품안전관리를 강화하고 있는 추세에 지방자치단체장에게 이와 관련된 시설기준 등을 완화하여 이들 사업체의 창업과 운영을 지원하게 한 현 위임 규정은 다음과 같은 문제점을 내포하고 있다. 먼저,「식품위생법 시행규칙」상 정하여야 할 시설기준의 시ㆍ군ㆍ구가 따로 정하도록 위임한 문제, 표준조례에서 정한 소규모 식품가공업의 시설기준이 식품제조ㆍ가공업 영업등록기준을 충족할 만큼 구체적이지 않은 문제, 지방자치단체의 조례 내용이 농업인의 소규모 식품가공업 창업과 운영에 실질적인 지원 효과를 내지 못하는 문제, 사업 지원 대상인 ‘소규모’의 법규상 정의가 없고, 시설기준의 완화가 가능한 품목에 대한 기준이 명시가 되어 있지 않아 지원대상 파악이 어려우며, 이로 인해 지속적인 프로그램 마련과 관리가 어렵다는 점 등이다.