우선 Post-Doctor, Post-Master 형태로 고용되어있는 비정규직의 경우 고용기간을 2년으로 운용하였기 때문에 업무의 특성과 관계없이 무기계약 전환에서 제외된다. 그러나 연구원에서 근속기간이 3년을 넘으며 상시지속적인 업무를 수행하고 있음에도 무기계약 전환은 예외조항으로 인해 그 실효성이 높지 않다. 예를 들어 한국건설기술연구원의 위촉직 비정규직 노동자들은 프로젝트 별로 계약을 하면서 장기근속을 하고 있는데, 「기간제 및 단기간 근로자 보호 등에 관한 법률」의 기간제근로자 사용 예외조항을 근거로 무기계약 전환 대상에서 빠지게 된다. 또한 예외조항 기타 사항으로 예시되어 있는 ‘사업의 폐지, 업무수행 방식의 변경 등’도 연구기관의 사업 수행 방식에 비춰봤을 때는 비정규직의 고용을 위협할 수 있는 조항이다.