이번에 통과된 인권위개정법안은 군인권보호관을 인권위 소속으로 설치한다. 군인권보호관은 차관급으로 인권위 위원 중 대통령이 지명한 1인이 겸직하도록 하며, 인권위 사무처에 업무지원 조직을 둘 예정이다. 동법에 따라 군인권보호관의 권한은 방문조사권, 자료제출권, 사망 사건 시 입회권 등으로 정해진다. 군인권보호관은 방문조사 시 관련해 원칙적으로는 해당군부대 장에게 취지, 일시, 장소 등을 통지하고 방문해야 한다. 하지만 선통지 시 목적 달성이 어렵다고 판단될 경우에는 국방부장관에게만 사전 통지한 다음 군인권보호관이나 인권위 의원이 직접 관련 군 부대를 방문할 수 있도록 했다. 또 국방부장관은 방문조사가 기밀사항이나 국가안위, 국가비상사태, 작전임무수행 지장을 준다고 판단될 경우 이를 중단시킬 수 있다.