기 발의된 법안에는 본 협약제도 적용에 따라 부과되는 매칭펀드 비율과 부담방식(현물 또는 현금 여부), 정부납부기술료 징수 여부 등에 대해서는 제시되어 있지는 않지만 통상 무기체계 연구개발사업 예산 규모가 수백억 ~ 수천억원이라는 점을 고려하면 사업 예산의 10% 수준으로 매칭펀드를 요구하더라도 개발업체에게 큰 경영부담이 발생될 수 있다.
따라서 다음 <표 13>과 같이 국방연구개발사업에서 내수 무기체계 소요를 충족하기 위한 목적으로 개발하는 것인지 여부를 기준으로 협약 방식 또는 계약 방식 여부를 결정하고, 특히 명확한 내수 소요에 따라 추진되는 무기체계 연구개발사업은 계약 방식을 우선적으로 적용하는 원칙을 확립하는 것이 바람직하다.
예를 들어 방위사업청이 방산업체의 무기체계 수출을 지원하기 위한 목적으로 이미 협약 방식을 적용하여 시행하고 있는 “무기체계 개조개발 지원사업”은 비록 연구개발사업 성격이지만 우리 군 소요와는 무관하기 때문에 현재처럼 굳이 계약방식을 적용하지 않아도 무방하다. 그리고 본 「국방과학기술혁신 촉진법」에 따라 신설될 미래도전기술개발사업은 무기체계 소요를 충족하는 것이 아니라 개발기관의 국방기술혁신 역량 향상과 혁신적 기술개발을 목적으로 수행되는 것이기 때문에 국가연구개발사업의 목적과 유사하므로 협약방식을 적용하는 것이 적절하다.