현행 산업폐수 관리제도의 문제점은 첫째, 공공하수처리장을 통해 간접방류되는 산업폐수의 기준이 미비하다는 점이다. 공공하수처리장의 방류수수질기준에 일반오염물질 기준만 존재하고 특정수질유해물질과 관련된 기준은 마련되어 있지 않기 때문이다. 둘째, 원격감시체계(TMS)의 사각지대가 존재하고 있으며, 이 TMS조차 특정수질유해물질에 대한 측정은 할 수 없다는 점이다. 또한 「수질수생태법」에서 수생태를 건전하게 관리하기 위한 생태독성기준이 직접방류되는 1∼3종 사업장에만 적용되고 4, 5종의 소규모 업체와 간접방류에는 적용되지 않고 있다. 셋째, 우리나라의 관리대상 특정수질유해물질의 항목수는 28종으로 너무 적다는 점이다. 미국의 경우는 126개의 특정수질유해물질을 우선 관리대상으로 규정하고 국가 차원의 배출한계량을 설정하고 있고, 일본은 건강관련 24개, 생활관련 16개 항목으로 총 40개 항목에 대해 규정하고 있다.
산업폐수 배출관리와 관련한 제도 개선방안으로는 첫째, 공공하수처리장에 대한 배출허용기준을 마련하여야 할 것이다. 공공하수처리시설과 폐수종말처리시설의 방류수수질기준을 「수질수생태법 시행규칙」 [별표13] 수준으로 통일할 필요가 있다. 둘째, 단기적으로 TMS 부착과 생태독성 기준을 전 사업장에 확대할 필요가 있다. 전문기관에게 위탁할 수 있는 방안이나 위탁에 필요한 비용의 일부를 정부가 지원하는 방안을 적극 고려할 필요가 있다. 셋째, 특정수질유해물질 관련 규제 개선방안을 마련하여야 한다. 검출농도와 기준 초과빈도가 높은 항목을 특정수질유해물질로 지정하여 수계에 미치는 영향이 큰 물질에 대해서만 적용함으로써 규제도입에 따른 경제·사회적 파급효과를 최소화 할 수 있을 것이다. 또한 미국과 같이 126개 특정수질유해물질 중 업종별 배출성상을 고려하여 유역별로 차등 적용하는 모델을 적용하여 유역에 따라 개별업체에 대한 배출허용기준을 마련하여야 한다.