둘째, 기부채납 수준에 대한 기준 제시이다. 현행 국토계획법에는 기부채납 적용 수준과 관련된 기준이 없으며, 「지구단위계획수립지침」에서 부담 수준의 상한을 정하고 있으나, 지자체의 상황에 따라 기부채납 부담률을 지침의 상한보다 더 높게 부과하는 것이 가능하다. 이처럼 기부채납의 상한수준이 지침 또는 지자체 재량으로 정해짐에 따라 사업시행자는 사업 추진 시점에서 부담수준을 예상할 수 없고, 과도하거나 사업과 무관한 기부채납을 제시받기도 하는 문제가 발생한다.
재개발이나 재건축 사업 추진 시 기부채납 정도에 따라 용적률･건폐율을 상향해주는 것은 일종의 인센티브로 보이지만, 지자체와 사업시행자 간 기부채납 수준 조율 과정은 사업자체가 지연되는 주요 원인이 되기도 하고, 사업시행자가 기부채납 부담을 전부 분양원가에 반영하여 분양원가 상승으로 이어지며, 사업의 수익성 악화로 이어져 사업추진이 중단되는 결과가 나타나기도 한다.