(2) 현 정부 출범 이후
현 정부의 출범과 함께 과학기술분야 연구회의 감독권이 모두 미래창조과학부로 이관되면서 감독관청 일원화 문제는 자연스럽게 해결되었다. 이에 따라 출연연 상위 거버넌스 논의에서 양 연구회를 통합하는 방안과 연구회 역할 강화 등이 주요 이슈로 남게 되었다.
2013년 7월 과학기술분야 출연연 간 융합연구를 활성화하기 위해 양 연구회를 ‘과학기술연구회’로 통합하는 개정안이 발의되었다. 11월에는 정부도 과학기술분야 연구회 통합에 합의했다.
12월 정부는 '과학기술연구회' 출범에 따른 연구회 기능 재정립 방향을 발표했다. 주요 내용은 기존 양 연구회의 공통부서를 통합‧재조정하겠다는 것이다.