4. 개정된 「지방공기업법 시행령」의 한계
첫째, 기존에 지자체가 설립타당성 검토기관을 지정하도록 했던 것을 행자부가 지정하도록 변경한 것은, 지자체 산하 지방공기업의 설립을 행자부가 직접 통제할 소지가 있다는 점에서 자치권의 침해 논쟁을 야기할 수 있다. 또한, 이번에 개정된 「지방공기업법 시행령」에서 제시한 지방공기업 설립타당성 검토기관의 요건은 기존에 운영 중인 내용과 큰 차이가 없다는 한계도 있다. 행자부가 2000년부터 작성한 지방공기업 설립·운영지침(현재 설립·운영기준)에 따라, 이미 2002년에 「지방공기업법 시행령」 제47조제2항을 신설하여, 타당성 검토기관의 요건을 정하여 운영 중이기 때문이다.
둘째, 기존에 지방공기업이 신규사업 타당성 검토기관을 지정하도록 했던 것을 행자부가 지정하도록 변경한 것은, 지방공기업의 사업에 행자부가 영향력을 행사할 수 있다는 점에서 중립성 논쟁을 야기할 수 있다. 또한, 사업명, 사업기간, 사업내용, 담당자 등을 지방공기업 경영정보사이트에 공개하는 사업실명제를 도입한다고 해도, 사업담당자와 사업부서장간의 책임소재를 명확하게 하기 어려운 한계가 있다. 특히, 지방공기업 경영정보사이트에 누락과 오기가 많았지만, 정보제공주체와 사이트 관리주체가 다르기 때문에 사이트에 게재된 정보가 잘못되어도 이를 시정할 주체가 명확하지 않았다는 지적도 있다.
셋째, 개정된 「지방공기업법 시행령」에서는 일정 요건을 갖춘 부실 지방공기업에게 행자부장관이 직접 해산을 요구하도록 하였으나, 부채상환 능력이나 사업전망이 없는 지방공사·공단을 매각하는 것이 쉽지 않다는 현실적인 어려움이 있다. 2015년 행자부 보고서의 지적처럼, 자산의 매각공고를 냈으나 수년째 유찰이 되거나 기존의 미추진사업과 관련한 소송이 진행 중인 경우에는 행자부의 직접적인 해산명령에도 불구하고 해산이 이루어지기 어렵기 때문이다.