또 다른 한편으로, 국회 소속으로 전환할 경우 감사원의 정치적 중립성을 어떻게 확보하는가 하는 것도 핵심적 과제가 될 수 있다. 이를 위하여 감사원에 대해서는 예산상의 독립 및 인사상의 독립이 확보될 수 있도록 해야 한다. 우선 감사원이 행정부는 물론이고, 국회로부터도 예산상 구속을 받지 않도록 하는 것이 중요하다. 따라서 국회와 별도로 독립계정을 인정하고, 나아가 독자적인 예산편성권을 가질 수 있도록 해야 할 것이다. 다음으로, 국회로부터의 인사상 독립을 확보하기 위하여 감사원장과 감사위원을 국회의 선출을 거쳐 대통령이 임명하도록 할 필요가 있다. 그리고 기타 사무총장 이하의 직원들은 감사원장이 임면권을 실질적으로 행사할 수 있도록 해야 할 것이다. 또한 회계검사, 심사결정, 평가 등 순수감사업무를 처리하는 실장, 국장, 과장 또는 담당관 등은 전문적 지식과 경력을 필요로 하며, 외압으로부터는 물론이고 조직내부의 불합리한 압력으로부터 자유로워야 할 것이다. 따라서 이들의 신분을 특별히 보장하기 위하여 특정직공무원으로 임용하는 것이 바람직할 것이다.