현행헌법은 결사의 자유에 대하여 다른 기본권과 마찬가지로 제한을 가할 수는 있지만 결사에 대한 허가제를 실시하는 것은 금지하고 있다. 그리고 결사의 자유에 대한 제한은 헌법 제37조 제2항이 “국민의 모든 자유와 권리는 국가안전보장·질서유지 또는 공공복리를 위하여 필요한 경우에 법률로써 제한할 수 있으며, 제한하는 경우에도 자유와 권리의 본질적인 내용을 침해할 수 없다”고 규정한 바와 같이 기본권제한입법의 한계 내에서만 허용된다.
결사의 자유를 제한하기 위하여는 이익형량, 규범조화적 해석, 과잉금지의 원칙, 명백하고 현존하는 위험의 원리 등이 존중되어야 한다. 결사의 자유를 제한하는 경우에도 결사의 자유의 본질적 내용은 그 어떤 경우에도 제한할 수 없다. 예컨대 결사 그 자체를 금지하는 입법조치, 결사조직의 사전허가제를 도입하는 입법조치, 사업상의 강제결사를 허용하는 입법조치 등은 결사의 자유의 본질적 내용을 침해하는 것으로서 헌법상 허용될 수 없다.