SPS 협정에서는 SPS 조치의 합법성 판단 기준으로 과학적 근거(scientific basis) 요건을 제시하고 있다. 즉 SPS 조치는 과학적 원칙에 근거하고 충분한 과학적 증거(sufficient scientific evidence) 없이는 유지되지 못한다(제2조제2항). 이러한 과학적 요건은 위험평가(risk assessment)에 근거하여야 한다(제5조제1항).
SPS 조치는 관련 국내산업의 이해관계나 기후적 또는 지리적 조건의 상이 등에 의해 그 조치가 국가별로 상이할 수 있고, 또한 제한된 기술과 전문인력 부족 등으로 개발도상국의 경우 그 어려움이 가중될 것이라는 점을 감안하여 SPS 조치는 국제표준 등과의 조화(harmonization)라는 방법을 제시하고 있다.