김대중 대통령은 새정치국민회의의 총재로서 집권당을 통제하였다는 점에서 김영삼 대통령 시기와 유사하지만, 여소야대의 분점정부 상황을 맞이하였다는 점에서 차이가 있다. 김대중 대통령에게 분점정부가 커다란 제약조건이었다는 점은 정부의 입장과 반하는 법인세율 인하 안이 자민련과 정책공조가 붕괴된 직후 국회에서 통과되었다는 사실에서 잘 드러난다. 청와대와 행정부는 감세정책 보다는 재정지출 확대를 통해 경기를 부양하기를 원했으나, 감세를 통한 기업투자 활성화를 주장한 한나라당의 법인세 인하정책을 막을 수 없었다. 분점정부의 등장으로 인해 당·정·청 거버넌스는 야당의 의견을 반영하는 참여형으로 변화할 수밖에 없었다.
원내 다수당인 한나라당은 강력한 차기 대선 후보인 이회창 의원을 중심으로 단합하여 감세안을 통과시켰다. 대통령은 야당 의원을 설득하고자 하였지만, 이회창 후보를 중심으로 한 중앙집권적 지배구조 하에서 한나라당 의원들이 당론에 반하는 입장을 표명할 가능성은 희박하였다. 지금까지의 논의로 볼 때 참여형 거버넌스의 등장 이후 분점정부의 상황에서는 결과적으로 원내 주도권을 행사하는 야당의 의견이 반영될 수밖에 없는 것으로 보인다. 하지만 위의 결과는 참여형 거버넌스 운영에 필요한 정책 조정기능이 취약하였기 때문에 벌어진 결과였다. 정당의 원내 정책기능이 강화되어 국회가 명실상부한 당·정·청 정책토론의 무대로 등장한다면 정당 규율을 전제로 하는 당론에 입각한 무한 대립의 가능성은 상대적으로 낮아질 수 있다.