둘째, 국토교통부장관의 ‘공사중단 건축물 정비기본계획 수립’ 단계이다. 국토교통부장관은 실태조사 결과를 바탕으로 3년마다 공사중단 건축물 정비기본계획을 수립하여야 한다. 정비기본계획에는 공사중단 건축물 정비를 위한 국가정책방향, 정비 여부 및 정비방법 결정을 위한 기준, 정비사업 추진을 위한 재정지원 계획이 포함되어야 한다.
셋째, 시･도지사의 ‘공사중단 건축물 정비계획 수립’ 단계이다. 시･도지사는 국토교통부 장관이 수립한 정비기본계획을 바탕으로 공사중단 건축물 정비계획을 수립하여야 한다. 정비계획에는 정비사업의 기본방향, 정비사업의 기간, 공사중단 건축물별 정비 여부 및 정비방법, 공사중단 건축물 등의 소유자 및 이해관계자에 대한 정산계획, 재원조달 계획 등이 포함된다. 참고로 2019년 7월 현재 17개 시･도 중 경기도와 강원도만 정비계획 수립을 완료한 상태이다.