한편, 감사원이 국회 소속으로 변경될 경우 감사결과 처리의 실효성을 확보하는 것 또한 매우 중요하다. 국회 소속 감사원의 체제하에서는 위법사항으로서 법적으로 처리가 명백한 경우가 아닌 한 감사결과의 처리를 의무화하는 것은 사실상 어렵다. 가령 변상판정, 징계요구, 시정 등의 요구와 개선 등의 요구는 행정부에 대해 구속력을 가지기가 어려울 것이다. 그렇다고 행정부가 감사결과의 처리에 대해 불응할 경우 국회 소속 감사원이나 국회 자신이 직접 처분적 작용을 행할 수는 없다. 결국 해임건의권, 탄핵소추권, 국정감사 및 조사권 등과 같은 일반적인 국회의 대정부통제권을 활용하여 감사결과 처리의 실효성을 담보할 수밖에 없을 것이다.