직업능력개발 분야 ODA사업 문제점 또한 발견되고 있다. 우선 ODA 교육 분야의 비전과 예산편성 기준이 수시로 바뀌며 사업주체가 공개입찰에 의해 정해지는 관계로 자체 예산 편성이나 정규직 채용 등에 어려움이 있다(이영민･최영섭･김잎새, 2017). 대다수의 입찰 프로젝트가 컨소시엄형태로 구성되어 정보의 체계적 공유와 관리가 이루어지지 않고 사업 종료 후 정보화에 어려움이 있다. 협력국 선정 및 사업계획의 체계적 분석 없이 수요국 요청에 따르다보니 예산 및 인력의 낭비가 발생하고 있다.
직업능력개발 연구자는 있으나 국제협력 전문가는 부족하며 전문가를 육성하기 위한 교육 및 자격과정도 부재하다. 참여 경험이 있는 직원들이 은퇴 이후에도 사업에 참여하므로 신규전문가들이 유입될 수 있는 여지가 부족하고 유사사업이 반복되고 있다. 기획력 부족으로 훈련시설 신축 등 단기성과에 치중하고 있는 것이다.