그러나, 문제는 「사립학교법」상 학교운영의 자율성이 보장되는 사립학교의 교원임용 및 제한 등의 면에서 국가의 적극적인 지도·감독에 한계가 있다는 것이다.
‘도가니’ 사건과 같은 경우에도 면직사유 및 징계사유에 해당하는 교원에 대하여 관할 교육청은 해당 학교에 해직 또는 징계처분을 요구할 수는 있어도, 이행을 강제하거나 불이행에 따른 제재조치를 할 수 없도록 되어 있다.
학교법인이 설립한 사립학교의 경우 해당 학교의 교원징계위원회는 위원 구성에 있어 법인의 이사가 1/2을 초과하지 못하지만, 복지법인이나 기타 법인이 설립한 학교는 이러한 제한을 받지 않는다.