넷째, 일반적으로 공공요금은 주무부장관과 기획재정부장관의 협의와 요금심의위원회라는 과정을 통해 철저히 규제되면서 결정되고 있으나 ‘물이용부담금’은 환경부장관이 부과율을 2년마다 결정·고시할 수 있도록 하고 있어 타 공공요금에 비해 손쉬운 요금결정 방식을 취하고 있으며, 수계에 따라 7～8% 정도의 차등을 두고 있어 지역간 갈등의 원인이 되기도 한다.
다섯째, ‘물이용부담금’이 하천에 유입되는(또는 유입된) 오염물질을 저감하여 수질을 개선하는 행위에 한정되어 사용되기 때문에 유량의 추기확보를 통한 실질적으로 수질개선 행위에 대한 비용이 집행되지 않아 수량·수질 이원화라는 물 관리의 이원화 체제를 고착화 한다. 하천의 수질은 반드시 적정한 수량의 확보가 전제되어야 하기 때문에 재원 역시 하천 수량의 확보를 위해 필요한 댐 개발에 따른 규제 등으로 인한 어려움 등 댐 주변지역의 여건 개선 등을 위해 사용되어야 하는 것임에도 불구하고 낙동강 수계를 제외한 다른 수계의 댐 상류지역은 재원의 집행대상에서 제외하고 있다.