그러나 공기연장과 설계변경이 중첩된 경우 물량증가를 수반하는 설계변경이 공사기간 연장에 영향을 미쳤다면 그로 인한 간접공사비 역시 공제됨이 타당하다. 즉, 공기연장에 대한 보상의 취지는 공기지연에 따른 효율성 저하로 인한 손실보전에 있으므로, 설계변경으로 인한 공사량 증가 그 자체가 추가적인 공기연장을 수반한 경우는 직접비에 연동된 간접비로 보전되었으니 전체 공기연장 일수에서는 제외되어야 하기 때문이다.
그런데 설계변경과 공기연장이 중첩적으로 발생한 경우 자칫 공기연장 전체가 설계변경으로 인한 것으로 취급되어 계약상대자가 설계변경에 수반된 물량증가 이외의 사유로 인한 공기연장에 따른 간접공사비 지급도 제한받거나 실제보다 더 많은 간접비를 공제받을 수도 있다. 이러한 문제점은 설계변경에 따른 수정계약서 작성 후 시간이 경과한 후 공기연장에 따른 수정계약서를 체결한 경우에 공기연장 사유로 설계변경에 수반된 물량증가가 어느 정도 기여했는지를 증명하기 어렵다는 점에서 더욱 그러하다.