다음으로 대학 내부에서 나타난 주요한 변화로는 ①교직원의 탈공무원화(총ㆍ학장의 인사권 강화), ②대학별 자체 기준에 따른 인사방식 및 급여체계의 다변화와 업적제 확산, ③각 대학별 독립회계 운영(국가의 운영교부금을 대학별 재량에 따라 사용할 수 있고 다음 연도로 이월도 가능), ④수업료의 제한적 자율화(정부의 표준책정액과 상한선 규정 적용), ⑤제한적 수익사업 허용 등이 나타났다.
그러나 일본의 국립대 법인화 진행과정에서 여러 비판들도 제기되었다. 첫째, 국가의 통제에서 벗어나 자율 경영이 가능해졌으나 총장의 권한이 비대해지면서 대학사회의 의사 결정의 축이었던 교수의 권한이 축소된 점, 즉 대학 내 지배구조 변화의 문제점에 대하여 심각한 논의가 있다.
둘째, 국립대가 독립법인이 되었으나 총장선출회의에서 선출된 총장을 문부과학대신이 임명하고, 학교경영에 대하여는 ‘국립대학법인 평가위원회’의 관리를 받아야 하는 등 국립대에 대한 관료통제가 줄어들지 않았다는 점도 지적되었다.
이밖에도 국립대학법인이 자본시장에서 기업과 경쟁하게 되고 채권자(기업 또는 금융기관)의 영향력이 커져, 교육과 연구가 과도하게 시장의 영향을 받을 수 있다는 점도 지적되고 있다.