셋째, 개정법 제55조 2항의 후단에서 규정한 ‘휴일대체’의 경우 지나치게 포괄적일 뿐만 아니라 판례 등을 통해 허용되어온 ‘약정 휴일대체’와는 달리 오로지 근로자 대표와 서면합의를 요구하고 있어 제도 운용상 혼란이 우려된다. 더욱이 고용노동부 지침은 적법한 휴일대체의 요건으로 근로자 대표와의 서면합의와 함께 사전(24시간 전)에 근로자에게 교체할 휴일을 특정하여 고지해야 하는 것으로 해석하며 지나치게 엄격한 잣대를 제시하고 있어 ‘휴일대체’를 둘러싼 논란이 불가피할 것이다. 시행에 즈음하여 그간의 실태조사 결과 등을 고려해 노사 간 다툼이 최소화될 수 있도록 고용노동부 지침을 재정비하고 보완해야 할 필요가 있다.
이 밖에도 근로기준법은 5인 이상 사업장을 대상으로 하다 보니 공휴일의 법정휴일 관련 개정사항이 4인 미만 사업장에는 적용될 수 없어, 가장 보호받아야 할 영역의 근로자들이 외면받는 결과를 초래했다는 지적이 있다. 향후 전면 시행 시까지 지속적으로 제도개선을 검토하고 보완해 나가야 할 것이다.