2. 중장기계획 간의 수직적·수평적 연계체계 강화
현대 사회에서 경제·사회적 문제 대응을 위해 과학기술적 접근이 요구되는 경우가 많다. 다양한 부처가 국가연구개발사업을 추진하고 있으며 이를 위한 중장기계획을 수립·운용하고 있다. 또한 복잡하게 얽혀있는 현안에서는 단일의 부처 역량만으로는 대응이 어려운 경우가 많으므로 부처 간의 업무 배분과 조정의 필요성이 증대되고 있다. 따라서 중장기적 관점의 접근을 위해서는 계획 단계에서부터 유사·중복 축소와 시너지 제고를 위한 체계를 갖출 필요가 있다.
현재 실무적으로는 과학기술분야 중장기계획은 최상위 총괄계획(과학기술기본계획), 분야별 종합계획, 세부계획으로 구분되어 상호 연계를 강화하는 노력이 이루어지고 있는데, 이러한 체계를 정하는 규범은 미흡하다고 할 수 있다. 「과학기술기본법」 제7조제6항은 관계 중앙행정기관의 장과 지방자치단체의 장은 과학기술 관련 계획을 수립할 때에는 과학기술기본계획을 따라야 한다는 점을 명시하므로, 최상위 총괄계획과 타 계획 간의 연계에 관한 규정은 있다고 볼 수 있다. 그러나 최상위 총괄계획을 제외한 중장기계획 간의 수직적 연계(종합계획과 세부 계획 간)와 수평적 연계(종합계획 간 또는 세부계획 간)에 관한 규정은 미비하다는 문제가 있다.