환경노동위원회 법안심사 소위 회의(2014. 4. 17)에서 적법운영시 인과관계 추정배제 등 산업계 합의사항(‘13.12) 반영하는 것으로 의결되었으나, 환경노동위원회 전체회의(2014.4.23.)에서 가결된 통합대안에서는, 적법운영시 인과관계 추정배제 규정 삭제, 이의가 있는 경우 환경오염피해구제정책위원회에 심의를 요청하는 것으로 수정되었다. 환경노동위원회에서 제9조의 내용을 두고 이견을 좁히지 못하여 정회가 선언되기도 하였다. 결국은 인과관계의 상당한 개연성 여부를 환경오염피해구제정책위원회에서 심의한다는 절충형 타협안을 마련하여 법제사법위원회로 법안이 넘어갔다. 이러한 환경노동위원회 통합대안은 법제사법위원회에서 다시 추정배제 조항을 되살리기까지 쟁론의 대상이 되었다.
핵심 쟁점이 제대로 해결되지 않고 환경노동위원회를 통과하자, 이는 환경노동위원회에서 충분한 의안 심사를 하지 않고 법제사법위원회로 갈등 요인을 무책임하게 넘겼다는 반발을 사서, 법제사법위원회와 환경노동위원회의 갈등의 단초가 되었다. 결국 수개월 해당 조항을 둘러싼 갈등이 지속되다 법제사법위원회에서 현행의 추정배제 조항을 법률안에 포함시키는 안으로 귀착되었다.