3) 한계
비용-편익-분석은 개별사업단위가 아닌 프로그램이나 정책 자체를 비교 평가하는 것에는 한계를 보일 수밖에 없다. 특히, 입법평가에서 수행하는 비용-편익-분석은 구체적인 사업의 경제성(효율성)만을 기준으로 하는 비용-편익-분석과는 그 성질을 본질적으로 달리한다. 입법평가에서의 비용-편익-분석에는 수치 및 수량적 ‘비교의 원칙’이 지배하는 것이 아니라 법적 관점에서의 비례의 원칙이 적용되어야 한다. 법률의 집행을 위한 각종 비용과 기회비용의 총합이 계량화되어서 나타나는 편익에 비하여 크다는 이유로 해당 법률(안)의 제정을 포기하거나 기존의 법률을 폐지하지는 아니 한다. 오히려 비용이 편익보다 월등히 높은 경우에도 해당 법률안의 목적적 정당성이 우선 고려되어 법률로 제정되는 경우가 많다. 공공재, 특히 법률에 대한 평가에서의 비용-편익-분석의 결과는 입법자의 결정을 위한 중요한 자료중의 하나이지만 결정적인 자료는 아니다. 예를 든다면 청소년의 학업능력 향상을 위한 특별지원을 내용으로 하는 법률안이 제안되면, 해당 법률안의 타당성 여부를 분석하게 된다. 헌법적 적합성, 다른 법률과의 관계 등을 당연히 검토하지만, 해당 법률의 집행과 관련한 재정의 투입과 집행 및 다른 계층 및 다른 영역에서의 입법에 대한 기회비용(해당 청소년 및 가족)과 더 많은 조세(직접비용)등의 비용을 추정하게 된다. 해당 청소년 및 가족의 경우는 직접적 편익을 누릴 것이다. 그러나 다른 부문, 다른 계층과 집단이 누리는 편익은 당장은 작거나 계산조차 되지 않을 수 있다. 그러나 비용이 편익보다 월등하다고 하여 입법목적의 정당성까지 밀어내지는 못한다.