반면, 남북관계가 경색국면으로 접어든 시기에는 기금의 집행실적도 떨어졌음을 관찰할 수 있다. 단적인 예로서, 2008년 금강산 관광객 피격 사건 이후 급격하게 남북관계가 경색되었던 2010년을 보면, 5월 24일 발표한 대북 제재 조치 등에 따라 남북교역 중단, 대북 신규투자 금지, 대북 지원사업의 원칙적 보류 등이 결정되면서 기금 집행실적이 떨어지는 모습을 확인할 수 있다. 예컨대, 2010년에는 1조 1,189억 원을 계획하였으나 863억 원을 집행하였으며, 2011년에는 1조 153억 원을 계획하였으나 427억 원을 집행하였다.
집행 실적이 저조한 상황은 2020년에도 나타나고 있다. 2020년의 경우 남북관계가 정체 상태라 할 수 있으며, 2020년 11월 기준 실적을 살펴보면, 남북협력기금의 사업비 지출 계획이 1조 2천억 원이었으나 집행은 약 407억 원으로 2011년과 유사한 결과를 보여주고 있다.
이와 같이 남북협력기금 집행 실적은 남북관계의 순항과 함수관계를 갖고 있다.