외국인의 출입국, 난민인정, 귀화에 대하여는 행정절차법이 적용되지 않기 때문에 처분 전에 권리를 보호하기 위한 사전적 절차가 미비할 수 있다. 출입국관리법상 보호는 사실상 수용에 해당하며 강제퇴거의 대상자에게는 인신을 구속하는 행정상 즉시강제에 해당하는 처분임에도 불구하고 영장주의가 적용되지 않고 있다.(이재삼, 2012:249) 더욱이 인신보호법에서는 출입국관리법에 따라 보호된 자는 그 대상에서 제외하고 있다. 앞서 언급한 바와 같이 강제퇴거에 있어 적법절차의 준수는 이전부터 학계에서 제기되어 온 사안이다. 헌법 제12조제6항에서는 “누구든지 체포 또는 구속을 당한 때에는 적부의 심사를 법원에 청구할 권리를 가진다.”고 되어 있고 따라서 누구든지 신체의 자유를 제한하는 행정처분인 보호조치에 대하여 법원에 그 적부의 심사를 청구할 수 있다고 볼 수 있다. 출입국관리법상의 보호조치나 강제퇴거 관련하여 적법절차가 중요한 이유는 처분의 집행과정에서 인권침해의 우려가 크기 때문이다. 특히 강제퇴거 대상자 및 이주노동자 지원단체들은 이의신청 절차보다는 국가인권위원회 진정을 통한 피해 구제절차를 주로 이용하고 있는데 국가인권위의 진정에 대한 결정은 권고적 효력만을 가질 뿐이며 긴급구제절차의 요건이 엄격하여 일반 진정절차에 의할 경우 역시 보호기간이 장기화된다는 문제점이 있다.(이재삼, 2012:260, 각주47) 그러나 강제퇴거명령을 받은 사람이 여권 미소지 또는 교통편 미확보 등의 사유로 즉시 대한민국 밖으로 송환할 수 없으면 송환할 수 있을 때까지 해당 외국인을 보호시설에 보호할 수 있다. 그런데 이 경우 보호여건에 대한 추가규정이 없어 보호기간이 장기화될 우려가 있기 때문에 무기한 보호제도에서 그 기간을 30일로 한정하여야 한다는 견해도 있다.(전영순･김경제, 2019) 즉, 현행법상 송환할 때까지 외국인을 무기한으로 ‘보호’할 수 있어서 인권침해의 소지가 다분한 것이다.
이외에도 난민법과의 관계, 보칙규정의 재배치, 입국금지의 개념, 사증과 체류자격 관계의 불명확 등 다수의 쟁점이 있다.(권채리, 2020b:85-109) 특히 우리 출입국관리법은 사회통합프로그램 등 광범위한 내용을 담고 있으나 여전히 국경관리의 성격이 강한데, 국내 체류외국인이 240만명에 도달한만큼 전문인력 등의 유입이나 체류외국인의 처우 등 보다 거시적이고 장기적인 관점에서 관련 규정이 보강될 필요가 있다.