현재 우리나라의 자연환경 조사의 기본적인 목적은 일반적으로 자연환경의 현황을 파악하고 보존의 필요성이나 보존의 가치가 탁월한 지역을 선정하여 보존지역으로 지정 보호하는 것이다. 또한 자연보존을 위한 기본 계획을 수립하기 위한 자료로 활용하는 것을 기본적인 목적의 하나로 두고 있다. 그런데 우리나라의 자연환경 관련 보존구역의 관리체계는 그 지정 주체에 따라 크게 문화재청, 환경부, 국토해양부, 산림청 등 4개 부처로 나눠져 있다. 본고에서는 이러한 보호구역 지정과 관리 주체에 따라 각각의 법률과 조사관리상의 문제점을 논의하고자 한다.