정부는 2017년 혁신도시 정책의 목표를 혁신도시 건설에서 혁신도시의 발전으로 전환하고 ‘혁신도시 시즌 2’ 추진계획을 수립하였다. 또한 정부는 중앙정부 차원의 혁신도시 시즌 2 담당 조직명을 ‘공공기관지방이전 추진단’에서 ‘혁신도시발전추진단’으로 변경하고 관련 법제명을 「공공기관 지방 이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」에서 「혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법」으로 변경하였다.
혁신도시 시즌 2는 과거 혁신도시 정책의 한계를 극복하기 위해 정주여건 개선·기업 유치 및 창업지원·이전공공기관과의 협력·인재육성 등을 목표로 하고 있다. 그러나 혁신도시로의 공공기관이전이 마무리됨에 따라 각 지방자치단체의 혁신도시 담당조직은 축소되고, 혁신도시 관련 사업이 각 부서에 산재됨에 따라 관련 사업의 성공적 추진을 위해 혁신도시 사업 전반을 관리하는 조직의 필요성이 대두되었다.