2. 출범에 따른 과제
국과위 출범 과정에서 부처간의 불협화음과 당초 취지와 달리 직제에서의 민간 전문성 외면 등이 과학계에서 지적되긴 했지만(출연연연구발전협의회, 바른 과학기술사회 실현을 위한 국민연합 등의 성명발표), 국과위 출범은 그 자체로 의미가 크다.
이제 국과위는 스스로 풀어야 할 숙제가 산적해 있다. 예산부서와 불필요한 힘겨루기를 없애기 위해 예산의 분배ㆍ조정 범위에 대한 명확한 범위를 법 또는 시행령에 확정하는 일, 출연연구소의 국과위 이관에 대한 관련부처(교과부ㆍ지경부)의 이견을 극복하고 결론을 도출하는 일, 국과위에 공무원으로 참여할 민간전문가의 역량을 최대한으로 발휘할 수 있게 하는 일, 그리고 국과위가 연구개발 실행부처의 이기주의적 주장을 중립적ㆍ객관적으로 조정ㆍ관리하기 위한 균형감각과 전문성을 획득하는 일 등은 국과위의 쉽지 않은 당면과제다.