(3) 참여정부(2003.2. ~ 2008.2.)
참여정부는 부처의 자율성과 책임성을 제고하기 위해 대규모 조직개편은 최소화하고 주로 기능조정을 활용하였다.
보건복지부의 보육서비스 기능을 여성가족부로, 기획예산처의 행정개혁기능을 행정자치부로 이양하였으며, 소방방재청과 방위 사업청을 신설하는 한편, 철도청을 공사화 하였고, 다양한 방법으로 위원회 조직을 활용하였다.
또한, 행정중심복합도시 건설사업의 총괄, 조정을 위하여 행정중심복합도시건설청을 신설하여 18부 4처 18청으로 개편하였다.