또한 각군본부의 조직도 합동성과 효율성을 보장할 수 있는 방향으로 변화시킨다는 방침 하에, 각군본부를 지상·해상·공중작전본부와 각 작전지원본부로 개편하고, 그 중에서 각 작전본부는 3군사령부·해군작전사령부·공군작전사령부에 위치함으로써 기능적 통합을 보장한다는 내용도 제시하였다. 즉 용인(현재의 1, 3군사령부를 통합한 후), 부산, 오산에 있는 육·해·공군 작전사령부를 육·해·공군의 작전본부(참모부)로 성격을 변화시켜 통합의 효과를 달성한다는 개념이다. 또한 각군의 군수, 교육, 전투발전을 통합함으로써 실질적인 합동성을 강화하겠다는 계획도 발표하였다.