3. 부당행위계산부인 규정의 불일치로 인한 문제점과 개선방안
전술한 바와 같이 유권해석에 의하면 분할법인이 물적분할에 의하여 사업을 분할함에 있어서 분할하는 사업부문에 속하는 자산 및 부채를 공정가액으로 평가하지 아니하고 시가보다 낮은 가액으로 분할신설법인에게 승계한 경우에는 부당행위계산부인의 규정을 적용한다.
이와 유사하게 현물출자의 경우에는 일반적 규정에(법인세법시행령 제88조 제1항 제1호) 따라 출자법인이 자산을 특수관계자인 피출자법인에게 시가보다 낮은 가액으로 처분하는(저가양도) 경우에는 부당행위계산부인을 적용하게 된다. 그러나 역시 유권해석에 의하면 현물출자를 통해 100%의 지분을 소유하는 경우에는 부당행위계산의 부인규정이 적용되지 않기 때문에 경제적 실질이 동일한 물적분할과 과세형평성 측면에서의 문제점이 발생할 수 있다.
이를 전술한 수식을 이용해서 설명하기로 한다. 출자법인이 적격현물출자를 통해 100%의 지분을 소유하는 경우에 특수관계자인 피출자법인의 자산취득금액(즉, 주식발행가액)을 장부가액보다는 높지만 시가보다는 낮은 A2라고(A1>A2>A0) 할 경우의 출자법인과 피출자법인 단계의 세무조정을 정리해서 동일한 상황의 물적분할과 비교하면 <표 12>과 같다.