4. 의무이행소송 제도의 한계
(1) 권력분립원칙상 한계
의무이행소송이 도입되면, 법원의 판결에 따라 행정청이 특정한 처분을 해야 하는지 여부가 결정되는 만큼 행정청의 제1차적 판단권이 완전히 무시될 우려가 있는데, 이러한 이유 때문에 권력분립원칙에 어긋날 소지가 있다는 비판이 있다.
또한, 의무이행소송제도가 도입되면, 행정절차가 소송절차 안으로 완전히 포섭되어 행정절차의 독자적 의미가 상실되며, 행정소송이 행정에 대한 사후감독이라는 본래적 기능을 잃어버리게 될 것이라는 비판도 있다.
(2) 법체계상 한계
우리나라가 도입하려는 의무이행소송제도는 행정소송과 행정절차의 기능분배 면에서 행정소송 쪽으로 기울어져 있는 독일식 제도로서 기능분배 면에서 행정절차를 더 중시하는 우리나라의 법체계와는 맞지 않는다는 비판적 견해도 있다.