또한 각종의 자연 조사 사업은 각종 보호지역을 소관하는 부처별로 갈라진다는 문제점을 안고 있다. 그 결과 각 부처의 전문적인 업무 영역과는 큰 관련이 없는 업무 분장이 이뤄지기도 하며, 유사한 성격을 가진 지역에 대해서 각 부처가 서로 다른 종류의 보호구역을 설정하고 관리하는 중복 행정의 문제가 나타나고 있다. 이를 개선하기 위해서 부처 간의 업무 영역을 정리하기 위한 노력이 이뤄져야 할 것이다. 상당한 부작용이 나타나고 있음에도 불구하고 관습이나 관행이라는 이유로 근대의 분류 방식으로 만들어진 부처 간의 업무 영역을 고수해야 하는 이유는 없다. 특히 환경에 대한 국민의 의식이 높아지고 국가가 제공해야 하는 서비스에 대한 요구수준이 급격히 상승하는 상황에서 전문성에 대한 고려가 없이 과거의 기준으로 만들어진 현재의 업무 분장은 국민의 요구에 부응하기 어려운 면이 크다. 따라서 이들의 업무 분장에 대한 추가적인 조사와 연구를 진행하고 변화에 대응할 수 있는 방향으로 부처 간의 업무 영역 조정이 이뤄져야 할 것이다.
자연환경에 대한 조사에서 새로이 강조되어야 하는 다른 분야는 도시 내에 새로이 복원되거나 조성된 자연환경에 대한 조사 강화와 모니터링이다. 자연형하천 사업, 습지복원, 도시숲 조성과 같은 다양한 도시내 생태계 복원 및 조성 사업들의 결과에 대한 정확한 성과 평가와 개선 방향 마련을 위한 종합적인 생태조사가 보다 체계적으로 이뤄져야 할 것이다.