3) 한국수자원공사의 비시장적 운영과 적자 누적
우리나라 수자원관리에서 한국수자원공사는 수자원의 종합적 관리를 위하여 댐과 같은 시설을 건설･운영하고 있고 광역 상수도시설을 건설･관리하여 수자원관리에서 막중한 역할을 담당하고 있다. 하지만 이러한 상황에도 한국수자원공사가 많은 문제점을 지니고 있다. 그것은 첫째 한국수자원공사가 중앙정부에 너무 종속적이어서 사업의 합리적 계획과 판단을 저해하고 있고, 둘째 한국수자원공사의 운영이 방만하고 편법적인 것이 많으며, 마지막으로 광역상수도 체계에도 문제점이 있다는 점이다. 한국수자원공사의 4대강 살리기 사업 예산 부채는 8조 원에 이른다. 지난 2009년 4대강 살리기 사업 예산은 1175억 원, 2010년 3조 749억 원, 2011년 3조 1513억원, 2012년 7789억 원이 들어갔고 해마다 늘어나는 수자원 공사의 4대강 살리기 사업의 채권 이자비용 수천억원도 국고보조로 쓰고 있는 상황이다. 이러한 상황의 결과로써 수자원공사는 지난 2007년만 해도 부채비율이 16%에 불과했지만 이명박 정부 들어 부채비율이 2011년 126%까지 치솟았다.