또한 FTA 정책결정 및 추진과정에서 피해를 보는 취약부문의 의견을 사전에 조율하는 제도적 장치가 미흡하여 절차적인 정당성을 확보하지 못했다. FTA 등 개방적 통상정책이 궁극적으로 우리 경제의 체질 개선과 경제체제를 선진화하는데 불가피한 선택임을 인정하더라도 이러한 개방정책은 취약산업에 매우 큰 고통을 부과하기 때문에 최소한 개방정책에 대한 절차적 정당성의 확보와 이해부문의 의견수렴 과정을 통해 국민적 공감대를 바탕으로 추진하지 않으면 국민적 지지를 받기 어렵다. 따라서 FTA 추진으로 인한 사회적 갈등과 비용을 줄이기 위해서는 추진과정에서 이해 당사자의 충분한 참여기회를 제공하고 절차적 정당성을 확보하여 국민적 공감대를 형성할 필요가 있다. 특히 FTA 협상의 성격상 이해부문과의 완전한 합의 도출이 어렵다고 하더라도 협상 대상국 선정, 협상추진, 산업간 이해조정, 구조조정 지원 및 소득보상 대책 마련, 대국회 비준 및 동의 등 FTA 주요 추진과정별로 합리적 절차에 따른 이해관계인의 의견수렴 과정과 국민적 공감대 형성 노력은 매우 중요하다. 현재 정부는 한·칠레 FTA 협상 추진과정에서 나타난 이러한 절차적 정당성 마련의 필요성을 인식하여 2004년 대통령 훈령으로 "자유무역협정(FTA)체결절차규정"을 제정하여 운영하고 있다. 하지만 민감부문에 대한 사전적 평가 및 대책 마련, 부처간 정책조정과 이해 부문간 의견조율, 민간부문의 역할 등에 대한 법적 구속력 문제와 함께 WTO 다자간협상 미포함 문제 등 여러 측면에서 아직도 개선의 여지가 존재한다.