지방자치의 재개 이후 행정구역 개편은 지방정부의 자치역량을 강화하는 차원에서 추진되었다. 우리나라는 1995년 도시와 농촌을 통합하는 통합시의 신설로 시･군 83개가 41개로 통합되었다. 2009년에는 창원, 마산, 진해가 자율적으로 통합하였으며 2013년에는 청주시와 청원군의 통합이 확정되었다. 이명박 정부는 2010년 지방분권 및 행정체제개편을 위하여 지방행정체제개편위원회를 구성하였고 2013년부터 새로운 지방자치발전위원회가 그 사무를 인수하여 추진하고 있다.
지방정부간의 협력을 위하여 협의회와 조합 및 특별지방정부 등의 제도가 활용되었다. 특히 이명박 정부 하에서는 광역적 차원의 협력을 위하여 광역경제권발전위원회가 설치되었다. 다수의 조합 등이 설치되어 활용되고 있다. 부산･진해경제자유구역청, 동남광역경제권발전위원회 등이 대표적인 예이다. 