농림축산식품부와 농협중앙회 및 산림조합중앙회는 대담·토론회 진행의 공정성과 조합의 자율성 침해를 이유로 이 규정을 삭제하고, 대신 현행 「농업협동조합법」 등 개별법에서 보장하고 있는 합동연설회 또는 공개토론회를 유지하는 것이 바람직하다는 의견을 제시하였다.
그러나 결국 최종적으로 「공공단체등 위탁선거에 관한 법률제정안」의 관련 규정은 삭제되어 조합장 선거에서 대담·토론회 등이 일절 인정되지 않았다.
이 문제와 관련하여 특별히 유의해야 할 점은 조합장 선거의 경우 소수의 한정된 조합원을 상대로 이루어진다는 점이다. 일반 공직선거의 경우 만 19세 이상 국민은 대부분 선거권을 가지므로 후보자는 불특정 다수를 대상으로 선거운동을 실시할 수 있다. 그러나 조합장 선거에서는 조합원만 선거권이 있고, 또 지역에서 비조합원과 조합원이 뒤섞여 있어 조합원만을 대상으로 선거운동을 실시하는 것은 매우 어려운 일이다. 때문에 조합원에게 직접 자신의 공약을 전달하고, 조합원이 후보자의 능력을 검증하는데 어려움이 있다.
이와 같은 선거운동 구조에서 결국 후보자들은 조합원들을 직접 만나 지지를 호소하기 위해 호별 방문을 할 수 밖에 없고, 이것은 금품수수와 같은 음성적인 불법 선거운동으로 이어질 수 있다.
그러므로 조합장 선거에서는 이와 같은 특수성을 고려하여 어떤 형태이던 간에 직간접적으로 후보자와 유권자인 조합원이 소통할 수 있는 기회를 마련하는 방안에 대해 검토할 필요가 있다.
이 경우 조합원의 알 권리 확대와 선거의 공정성 및 조합의 자율성 보장 문제 등에 대해 충분한 논의가 이루어져야 할 것이다.
둘째, 예비후보자제도 도입 문제이다. 조합장 선거에서는 선거운동기간이 총 13일간으로 짧아 인지도가 낮은 신인 후보자는 정책공약을 제시하고 조합원에게 자신을 알리는데 어려움이 있다.
반면, 현직 조합장이나 조합임원 출신 후보자는 선거운동 시작 전까지 통상적인 업무나 지위를 활용하여 조합원과 접촉할 수 있는 이점이 있다.
따라서 신인 후보자와 현직 조합장이나 조합임원 출신 후보자 간의 형평성을 제고하기 위한 방안의 하나로 예비후보자제도를 도입하여 사전 선거운동을 보장해주어야 한다는 주장이 제기되고 있다.