□ 한편, 질병관리본부장을 차관급으로 격상시키고 인사와 예산에 대한 권한을 일임하였다고 하지만, 여전히 5급이상 임용권자는 보건복지부장관이고, 예산도 보건복지부가 설정한 총액 한도에서 편성하게 되어 있어, 전적으로 독립성이나 자율성이 보장되었다고 보기는 어려움
○ 보건복지부 훈령 개정(2016.04.14., 제81호)에 따라 질병관리본부장에게 4급 전보와 6급 이하 임용 권한 등을 위임해 준 상황이지만 4급 과장급 전보는 보건복지부장관과 사전 협의해야 하고, 5급이상 임용권은 없음
○ 또한 예산에 있어서도, 질병관리본부가 자체적으로 편성한 것을 보건복지부가 예산요구안을 심의·조정하지 않지만 보건복지부가 설정한 총액 한도에서 편성하게 되어 있음