다음으로, 방역패스 적용 시설 특히, 학원, 독서실 등 청소년의 교육과 관련된 시설에 대한 방역패스 적용이 헌법상 기본권 침해 소지가 있다는 논란이 있다. 정부는 당초 청소년에 대한 방역패스 적용 범위를 영화관, 공연장, 노래연습장, 실내체육시설뿐만 아니라 학원, 독서실 등에 적용하겠다고 밝힌 바 있다. 하지만, 학원 등 교육시설은 다른 공중집합시설과 다른 특성이 있다. 헌법 제10조는 모든 국민의 행복추구권을, 헌법 제15조는 모든 국민의 직업의 자유를, 헌법 제17조는 신체의 자유를 규정하고 있다. 즉, 헌법은 개인의 자기결정권을 총체적으로 보장하고 있고 이를 침해하는 경우라도 그 정도와 방식이 기본권을 최소침해하도록 제한하고 있다.
방역패스는 백신미접종자에 대하여 위와 같은 헌법상 권리를 기본적으로 침해하는 성격을 가질 수 있고 만약 이러한 기본권을 제한한다고 하더라도 최소한의 방식으로 제한되어야 하고 그 제한이 객관적이고 합리적인 이유가 있어야 한다.
최근 위와 같은 논란의 중심에서 방역패스 집행정지 신청이 제기되었고 2022년 1월 4일 법원은 방역패스 적용 기관 중 학원, 독서실, 스터디카페 등 학원과 유사하게 운영되는 교육시설과 직업훈련기관에 대하여 방역패스 집행정지 신청을 인용하였다. 따라서, 법원의 결정에 따라 잠정적으로 위 시설에 대한 방역패스 적용은 중지되었다.