그러나 여기에서 간과하지 말아야 할 것은 의안자동상정의 예외규정이 존재한다는 점이다. 즉 위원장이 간사와 합의하는 경우에는 자동상정을 하지 않을 수 있도록 하고 있다. 결국 과거와 비교할 때 차이점은 예전에는 위원회에 회부된 법안 중에서 위원장과 간사가 협의하여 상정할 법안만 결정하는 것이었다면, 이제는 원칙적으로 모든 법안이 일정 기간이 지나면 자동으로 상정되는데, 예외적으로 위원장과 간사가 협의하여 상정하지 않을 법안을 결정하는 것이다.
한편 안건신속처리제의 경우 법안이 신속처리 대상안건으로 지정될 경우, 최대 330일이 지나면 무조건 본회의 의사일정에 상정되도록 되어 있다. 즉 법안이 신속처리 대상안건으로 지정되면, 지정일로부터 소관위원회에서 180일이 지나면 법사위에 자동으로 회부되고, 법사위에서 90일이 지나면 자동으로 본회의에 회부된다. 그리고 본회의에 회부된 지 60일이 지난 후 처음으로 열리는 본회의 의사일정으로 상정되는 것이다.