전자담배의 과세방식에 관해서는 궐련담배 과세방식에 준하여 과세되고 있으나, 전자담배의 특성과 궐련담배 과세의 취지를 고려하여 새로운 과세 방안을 마련할 필요가 있다. 새로운 과세 방안과 관련하여 전자담배가 궐련담배에 대비해 대체성이나 보완성의 성질을 갖는다는 점과 위해성 저감효과의 특성을 갖고 있다는 점을 언급하고 이러한 특성이 전자담배에 대한 과세에 관해 긍정적인 의견과 부정적인 의견으로 나뉘고 있고, 적어도 낮은 세율의 부과에 대한 정당성을 부여하고 있다는 점을 알게 된다. 본 연구는 전자담배의 이러한 특성을 감안한 과세방안이 필요하다는 점에서 신의료기술평가에 따른 과세 방안을 제시한다. 신의료기술평가제도는 의료기기에 이미 실시하고 있는 방안으로 국민의 건강권 보호와 신의료기술의 발전을 위해 새로운 의료기술이 개발된 경우나 새로운 의료기기가 도입된 경우에 그 안전성과 유효성을 평가하는 제도이다. 전자담배의 경우도 신의료기술평가제도를 적용해 위해성과 대체성을 평가하여 그 결과를 바탕으로 과세제도를 마련한다면 현재와 같이 궐련담배의 외관상 유사성으로 인해 제기되는 입법과정상의 혼란을 해소할 수 있고, 과학 적인 분석을 통한 사회적 비용의 최적화방향으로 과세체계를 마련할 수 있게 된다.