2. 물 환경 부문
환경부는 2018년 「물관리기본법」 제정으로 생활용수, 공업용수 분야에서 기존의 수질관리 업무 외에 국토교통부로부터 이관된 수량관리 업무를 더함으로써 동 분야의 수량과 수질관리에 있어 통합된 업무수행이 가능하게 되었다. 뿐만 아니라 그 동안 물관리 이원화로 인해 문제시 되어 온 기후위기로 인한 기상 재해 등에도 효율적으로 대응할 수 있는 토대를 마련하였다. 그러나 환경부로의 통합물관리체계에도 불구하고 생활용수와 공업용수를 제외한 농업용수에 대해서는 농림축산식품부가 기존과 같이 환경부와 별도로 관리함으로써 물 환경 부문에 대한 농업환경자원 정보는 통합관리되고 있지 않다.
이렇듯 물 환경 부문 관리가 명목상으로만 환경부로 통합되고 실질적으로는 환경부와 농림축산식품부(한국농어촌공사)가 기존과 같이 분산 관리함으로 인해 농업환경자원 정보관리 상 몇가지 한계가 노출되고 있다고 보인다.
첫째, 농업용 저수지의 경우 농어촌공사와 지자체가 분리하여 관리하고 있기 때문에 데이터의 통합이용 및 지역별 활용에 한계가 발생한다든가, 기상이변으로 인한 농업재해 등에 대하여 관련 정보의 분산으로 이들 정보를 적기에 활용하지 못함으로써 재난 상황에 직면하는 등의 문제가 발생할 수 있다는 점이다. 실제로 우리나라 농업용수 사용량은 1980년 102억 톤에서 2020년 154억 톤으로 증가하는 것으로 나타나고 있음에도 관리청이 이원화됨으로써 농업용수 배분을 위한 정확한 통계 구축은 미미한 수준에 그치고 있다.