최소운영수입보장제도가 적용된 항만개발 사업에서 발생하는 위와 같은 문제점들에 대한 개선방안은 다음과 같다. 먼저, 항만 운영개시 이후의 물동량 자료를 기반으로 각 사업별로 현실적인 수준의 향후 물동량 수요를 재산정한 뒤, 이를 사업 재구조화, 자금재조달 등의 과정에서 반영함으로써 국가재정 절감을 도모할 필요가 있다.
다음으로, 보조금 발생 규모를 저감하고 사업시행자의 경영난을 해소하기 위해 사업시행자 및 주무관청의 적극적인 항만 물동량의 증대 방안을 추진할 필요가 있다.
또한, 운영비용 감소분 및 자금재조달을 통해 발생한 이익 등을 실시협약에 반영하여 최소운영수입보장규모를 축소하거나 사업 재구조화 과정에서 최소운영수입보장제도를 변경하는 등 현행 제도의 구조를 개선하는 과정이 필요하다.
주무부처인 해양수산부는 최소운영수입보장제도의 운영에 대한 관리·감독을 현재보다 강화함으로써 최소운영수입 제도 운영의 적정성을 확보하고, 비위행위가 재발하는 것을 방지할 필요도 있다.
마지막으로, 폐지된 최소운영수입보장제도의 근거 법령이 현행 「사회기반시설에 대한 민간투자법 시행령」에 잔존하고 있어 기획재정부의 공고 개정절차만으로 동 제도가 부활할 수 있는 상황이므로, 이를 법률로 상향하여 입법하는 등의 개선이 필요하다.