또한, 예산 편성 과정에 있어서도 현재 투자방향을 고려하여 세부사업 단위의 예산심의가 이루어지고 있다. 투자방향과 세부사업 중간에 프로그램이 전체 전략과 사업을 연계하는 기능을 수행해야 함에도 투자방향에서 바로 세부사업 단위로 연결되어 연계성이 미흡한 측면을 확인할 수 있다. 이에 프로그램 예산제도를 강화하여 프로그램 수준에서의 예산 배분 및 조정이 필요하다.
사업구조의 변화는 지속적으로 제기되고 있는 사업의 중복성 문제 해결에 도움이 될 수 있다. 사업의 중복성 문제의 경우 연구개발 예산심의가 세부사업 단위로 이루어짐에 따라 사업예산을 확보하기 위한 부처 간 연구개발예산 경쟁 및 부처 내 하위기관 간 예산확보 경쟁에서 비롯된다. 이에 사업의 중복성 및 유사성은 구조적인 원인에 의해 지속적으로 나타나고 있는 실정이다. 이에 부처수준을 넘어서 프로그램 중심의 사업구조로의 변화를 통해 사업구조의 비효율성 해소에 긍정적인 영향을 줄 수 있을 것으로 기대한다.