2. 문제점
현 수사･기소 통합 구조 하에서 기소대비 유죄율이 99% 이상으로 나타나는 등 소송경제와 형사사건의 효율적 처리 면에서 일견 장점을 찾을 수 있다(e-나라지표, 2018). 그러나 검찰에 집중된 권한과 견제장치의 불비는 결국 ‘검찰의 특권화’, ‘형사절차의 규문화’, ‘수사 및 기소의 공정성 훼손’, ‘인권침해적 수사관행 형성’, ‘수사 현실과 법의 괴리’ 등 헌법적･인권적 측면에서 많은 문제점을 드러내고 있다.
가. 검찰의 특권화
검찰은 수사절차를 장악하고 있음에 더하여 배타적·독점적 소추권한을 보유하고 있고, 그럼에도 불구하고 이에 대한 실효성 있는 통제장치는 물론이거니와 권력의 분립·다원화에 따른 견제장치 또한 미흡하여 검찰 스스로 엄격한 자기 통제를 기대하는 수밖에 달리 방도가 없는 것이 현실이다. 그러나 외부적 견제나 통제장치 없는 자기통제가 심히 어려운 일임은 지난 역사적 경험을 통해 충분히 증명되었다(서보학, 2017a:45-46). 현재 검사의 비위에 대하여 수사할 수 있는 기관은 검찰 자신을 제외하면 경찰밖에 없으나, 검찰에 대한 경찰의 수사는 현실적으로 불가능하다. 경찰이 검사의 불법을 수사한다고 하더라도 일단 범죄 발생단계에서 검찰에 보고되거나 영장신청절차를 받는 과정에서 검사의 구체적·포괄적 수사지휘권에 의해 자의 적으로 제어될 수밖에 없고, 나아가 수사중단･송치지휘를 통해 검찰 스스로 직접수사를 해버리는 것이 현실이다. 이는 검사는 누구든지 수사･기소할 수 있는 권한을 독점하고 있지만, 반대로 검사는 자신들은 자신 이외에 누구로부터 수사･기소의 대상이 되지 않아 통제밖에 머무르고 있는 현 상태는 법치국가 이념에 반한다(서보학, 2017b:4).