그런데 재량근로제 하에서 당해 근로자가 희망하는 경우까지 야간수당을 지급하여야 하는가 라는 문제가 제기될 수 있다. 현실적으로는 대법원 판례상으로도 넓게 인정되고 있는 포괄임금제의 형식을 사용하면 큰 문제가 없을 수 있지만 원칙적으로 의문이 제기될 수 있는 사항이다. 그런데 재량근로제 하에서 당해 근로자는 임금면에서 불이익을 받을 가능성이 적지 않다는 점을 고려한다면, 그 인정범위가 앞에서 논의한 바와 같이 고도로 전문적 내지 기획적인 업무로 한정될 필요성이 있고, 예외적으로 근로자가 진정 야간근로시간대를 선호하는 경우에는 당해 서면합의에 포괄임금제 방식을 활용하여 처리하는 방안을 고려할 수 있겠다.
휴게에 대해서도 휴게의 일반적인 원칙에 따라 부여하여야 하는데, 재량근로제 하에서는 근로시간의 구체적인 배분을 근로자의 자유재량에 맡기게 되므로 어느 시간대에 휴게를 취하는가도 근로자의 재량에 맡겨지는 경우가 많을 것이다. 이 경우 휴게시간을 일제히 부여하는 것은 곤란하게 될 우려가 있기 때문에, 서면합의로 이에 관한 사항을 정할 필요가 있을 것이다.
재량근로제는 1일 및 1주의 법정근로시간의 특칙으로 설정된 제도인 것이기 때문에, 1일의 근로시간만이 아니라 1주의 근로시간에 대해서도 간주시간 수를 설정할 수 있다고 해석해야 한다. 통상적으로는 1일의 근로시간에 대해서만 간주근로시간 수를 설정함에 그치고, 주휴일의 근로에 대해서는 소정외 근로로서 할증임금을 지급하는 경우가 많을 것이다.