현장조사를 통해 나타난 초등학교 및 중학교 소프트웨어교육 운영의 문제점은 다음과 같다. 첫째, 효과적인 소프트웨어교육을 위한 법·제도적 지원이 미흡하다는 지적이 있다. 「초·중등학교 교육과정」(교육부고시 제2015-74호)이 2015년 9월 23일에 전부개정되면서 ‘정보’ 교과가 별도로 명시되었으나, 「초·중등교육법 시행령」 제43조(교과) 제1항은 2013년 10월 30일에 개정된 이후로 시행령이 정한 교과의 명칭에 이를 아직 반영하지 못한 것으로 나타났다.
둘째, 소프트웨어교육의 중요성에 대한 인식 및 홍보가 미흡하고 이로 인해 학교별·지역별 교육 격차가 발생할 우려가 있다. 특히 학교 관리자의 의지에 따라 소프트웨어교육의 운영방식 및 지원에 큰 편차가 생길 수 있으나 이들의 인식은 여전히 미흡하며, 2019년부터 각 교육지역청으로 이관된 관리자 연수도 각 시·도교육청 장학사의 소프트웨어교육에 대한 인식편차로 인해 효율성이 저하되고 있다는 문제점이 제기되었다.
셋째, 수업 시수 및 교육과정의 연계 부족에 따른 소프트웨어교육의 내용적 부실화에 대한 우려가 있다. 「2015 개정 교육과정」에 따라 소프트웨어교육은 초등학교 실과 교과 내 17시간, 중학교 정보 교과 내 34시간을 편성·운영하도록 규정하고 있으나, 현행 교육과정이 지향하는 교육내용을 모두 교수·학습하기에는 주어진 시수가 절대적으로 부족한 실정인 것으로 나타났다. 또한 초등학교 6학년 소프트웨어교육 이후 중학교 1~3학년 중 한 학기에 편성되어 있는 현행 학교급별 편성의 상이성은 교과연계성을 저하시키고, 불분명한 교육 성취기준과 내용으로 인해 교육 수준과 범위에 대한 기준 역시 모호한 부분이 있어 향후 학교별 교육편차가 현재보다 더욱 심화될 우려가 있다.
넷째, 교원의 양성 및 수급, 교원에 대한 지원 등이 여전히 부족한 것으로 나타났다. 교육부와 각 시·도교육청은 정보 교원 수요 증가에 따라 교원 확충계획을 세우고 있지만, 소프트웨어교육 정책의 지속가능성에 대한 불확실성 때문에 일선 학교에서는 교원 충원에 대한 우려가 여전한 것으로 나타났다. 이러한 담당교원 부족 및 과중한 업무로 인해 정규 수업 및 기타 교육활동 시필요한 교수·학습 및 평가 관련 자료를 준비하거나 교사들 간에 공유하며 의견을 나누기가 어려운 상황이다. 또한 교원 연수는 강제 이수가 아닌 권장사항으로 제공되고 있어, 경력별·학교급별·지역별 연수시간 및 질의 편차가 있는 것으로 나타났다. 특히 단기 연수프로그램은 시간적 제약과 그로 인한 교육내용의 한계로, 연수만으로 교사가 학생들에게 필요한 질 높은 교육을 제공할 수 있을지에 대한 우려가 있다.
마지막으로 소프트웨어교육을 위한 인프라 구축이 미흡한 것으로 나타났다. 디지털 교육환경은 소프트웨어교육 뿐만 아니라 디지털교과서 적용, 미래교실·미래학교 구축을 위해서도 필요한 인프라로서, 지속적인 관리 및 지원이 필요하다. 그러나 학교 현장에서는 여전히 노후 컴퓨터 및 네트워크로 인해 소프트웨어교육에 어려움이 있는 것으로 나타났다. 또한 소프트웨어교육 관련 교구 활용에 대한 교사들의 피로감도 상승하고 있는 실정이다.