하지만, 아직도 통합교육 현장에서는 특수교육대상자의 교육권 보장을 위한 교육과정 조정, 학습보조기기 지원, 보조인력 지원, 교원의 장애 이해 등이 미흡하여 차별사례가 발생하는 경우가 있다.
일반학교의 특수학급 또는 일반학급에 입학한 특수교육대상자들은 심한 경우 따돌림 등으로 학교에 적응하지 못하거나, 교육환경이 나은 특수학교로 편입학하기 위하여 결원이 생길 때까지 일반학교에서 수년씩 대기하는 상황도 발생하고 있다.
일반학교의 특수학급 설치·운영이 주로 국·공립학교에서 이루어지고(98.4%), 사립학교는 특수학급 설치에 미온적이거나 소극적인 자세를 취하는 것도 문제로 지적되고 있다.