넷째, 해마다 크게 증가하고 있는 물이용부담금의 중‧장기적 운용을 위한 기본계획을 법정화할 필요가 있다.
다섯째, 수질오염총량관리제가 의무제로 전환될 경우 상류지역까지 주민지원사업 지역에 포함시켜 물이용부담금 수혜대상지역을 확대할 필요가 있다.
여섯째, 수변구역의 토지를 협의매입하는 현행 방식은 해당 토지가격의 상승을 초래할 수 있고 오염원인자에게 오히려 혜택을 주는 상황이 발생할 수 있음으로 반드시 필요한 지역은 우선매수지역으로 지정할 필요가 있다.
일곱째, 환경친화적 청정산업 지원이 단기적으로 법률에 명시되어 지원근거가 마련되어야하며 장기적으로 주민지원사업비와 같이 주민지원사업의 영역이 될 수 있도록 법률적 근거가 마련되어야 한다.
여덟째, 장기적으로 물이용부담금 대신 수자원의 절약과 보호 차원에서도 취수량에 따른 부담금을 부과하는 취수부담금제도 도입의 필요성을 검토할 필요가 있다.