국책사업 수행에 있어서 중앙정부는 사업과 예산의 관리자며 주도자이다. 즉 중앙은 국가적 차원에서 사업을 수행하는 이익배분 자이다. 이에 반해서 지방은 수혜자가 될 수도 있지만 피해자가 될 수도 있고 국책사업을 주도하기보다는 수동적으로 따라가는 피동적 존재이다(신무섭, 2011). 국책사업을 진행하는 과정에서 필요한 보조금은 지방자치단체의 재정 부담을 증대시키는 단점이 있다(손희준 외, 2005). 또한 정부의 각종 보조금 제도는 지역 주민들에게 재정 환상을 유발하고, 지자체의 자구노력을 희석시키고 도덕적 해이(moral hazard)를 발생시킬 우려가 있다(전상경, 2011). 국고보조에 따라 지방자치단체의 재정 통제를 약화시키는 연성예산 제약 문제는 재정건전성을 위협할 수도 있다. 특정 보조금은 중앙정부의 관리 감독 등 통제적 요소가 작동하고 있다고 해도 예산제약의 연성화로 인한 비효율성을 유발하는 요인으로도 작용한다는 연구가 있기도 하다(문광민, 2011). 또한 국고보조금을 많이 확보한다는 보조사업 유치 결과가 지역의 사회 경제적 발전을 자동으로 보장하지 않는다고 보며, 국고보조사업이 많아지면 지역이 더 낙후되는 ‘보조금의 역습’도 발생한다고 보기도 하였다(이재원, 2016).