최근에는 불법 약물과 더불어 COVID-19를 포함한 바이러스 및 세균도 분변과 하수에서 동시에 발견되는 것으로 나타나 WBE시스템의 도입을 검토하는 추세다. 이러한 조기경보 시스템을 구축하기 위해 하수에서 COVID-19에 대한 유전 정보 축적 노하우에 대한 연구를 실시하고 있다. 미국 의회에서는 4개의 워킹그룹을 구성하여 COVID-19의 확산이 우려되는 지역에 WBE시스템을 도입할 수 있도록 할 것을 긴급 요청하였다. 특히 최근 네덜란드에서는 도시 내 6개 하수처리장 집수구역에서 COVID-19 확진자가 증가함에 따라 관련 조사를 통하여 하수에서의 뚜렷한 검출 경향을 통한 증가현황을 알 수 있었다. 2020년 2월 6일부터 3월 25일까지 하수에서 COVID-19에 대한 4가지 유전적 지표물질의 추적조사를 실시한 결과, 유럽에서 대규모로 확산이 진행할수록 하수 내 COVID-19 4개의 추적물질이 더욱 높은 농도로 발견되는 것으로 조사되어, WBE 기법의 유용성 주장이 제기되고 있다.