앞서 언급한 쟁점들은 크게는 국가재정사업 중 예비타당성조사제도를 그 범주로 하고 있다. 본 연구에서 다루고자 하는 연구개발 예비타당성조사제도에서도 그 맥락을 같이하고 있으며, 중요한 쟁점 하나를 추가적으로 고려해야 한다.
국가과학기술의 발전방향과 연구개발 예비타당성조사제도의 유용성 간의 궤적을 같이 두어야 한다는 것이다. 연구개발 예비타당성조사제도는 제도가 안착되고 있는 과정에서 대상사업을 중심으로 미시적 측면의 분석이 강조되고 있다. 또한, 사업계획과 평가 두 측면에서 다양한 쟁점사항을 부각시키고, 쟁점사항을 대상으로 상호 간의 논리싸움을 통해 최종적인 타당성 여부를 확인해가는 과정이다.
이러한 맥락에서 보다 체계적인 논리를 수립하기 위한 다양한 노력과 연구가 수행되었다. 이는 예비타당성조사의 분석방법을 한 단계 끌어 올려다는 점에서 높게 평가받아야 할 것이다. 이러한 미시적 접근은 해당사업의 세부항목을 대상으로 분석방법과 적용되는 논리를 개선한 것이지만, 국가과학기술의 총체적인 발전방향에 대한 고려가 부족하다는 것이다. 즉, 세부방법론에 대한 논리전개과정에 매몰된 나머지 보다 큰 틀에서 거시적으로 과학기술이 발전하기 위한 기본적인 원칙을 놓치고 있다는 것이다. 이러한 부분을 보다 적극적으로 고려하기 위한 방안으로 제도적 개선이 필요하며, 다음의 내용을 중심으로 개선방안을 도출하였다.