두 번째로 일반적으로 자연임신의 다태임신 확률은 1%인데 비해 보조생식술은 스무 배 이상이 되는 20~30%로 보고된다. 그리고 실제 난임사업으로 인한 2012년 체외수정의 경우 27.1%, 인공수정 16.4% 다태아 출산이 집계됐다(보건복지부, 2013a). 문제는 다태임신 산모들은 보통 당뇨, 임신중독증 등의 위험에 노출되는데, 아직까지 난임사업 자체 내에서는 이들 다태임신 산모들의 부작용에 대한 기초통계관리조차 이루어지고 있지 않다는 점에 있다.
세 번째로 보조생식술로 인해 여성의 심신에 미치는 부작용 중의 또 하나는 유산이다. 위에서의 외국통계에 따르면 자연임신의 유산율은 약 10~15%인 반면, 체외수정시술의 경우 15~30%의 유산율로 약 1.5~2배 유산율이 높다고 보고된다. 하지만 우리나라 난임사업 결과보고는 유산율을 따로 집계하지 않는다. 다만 임신율과 출산율의 집계에 비추어 간접적으로 산출하면 2012년 기준 체외수정은 임신한 9,412건 중 19.6%인 1,847건이 그리고 인공수정은 3,874건의 15.6%인 605건이 유산된 것으로 계산된다.