(2) 불이익조치 금지
내부고발자에 대하여 해고·징계·전보 등 부당한 ‘불이익조치’를 금지하고 있다(제15조). 이를 위반하여 불이익조치를 한 자는 형사처벌된다(제30조제2항·제3항). 권익위는 불이익 조치를 받았다고 인정되는 내부고발자를 위하여 원상회복 등 보호조치를 결정하고(제20조), 보호조치를 미이행한 공익침해행위자 등에게는 2천만원 이하의 이행강제금을 부과한다. 이행강제금은 매년 2회 부과할 수 있지만, 2년을 초과하여 부과할 수는 없다(제21조). 그리고 내부고발자를 알아내려고 하거나 공익신고 제출 방해 또는 공익신고 취소 강요 등의 행위, 2년 이내에 불이익조치를 한 경우에 내부고발자는 공익신고로 불이익조치를 받은 것으로 추정된다(제23조).
불이익조치에 대한 보호조치가 원상회복에 그친다는 점, 이행강제금이 총액기준으로 부과되어 되도록 빠른 시일에 보호조치를 이행할 유인이 적다는 점, 불이익조치 추정을 위해서는 일정 행위가 전제되어야 한다는 점에서 내부고발자에 대한 불이익조치를 제거하는 데 효과적이지 않다는 지적이 있다.