첫째, 조사·연구 목적이 향후 자위대의 해외 파견을 일반화하는 근거가 될 수 있다는 우려이다. 「방위성설치법」에 따른 방위성 소관사무로서의 파견은 각의 결정 및 국회의 동의를 요하지 않고, 방위대신의 명령만으로도 추진이 가능하다. 과거 자위대의 해외파견은 그 찬반여부와는 별도로 국회 내에서 별도의 법을 제정하면서 국회의 심의와 의결을 거쳐 왔으나, 이번 자위대 파견은 국회 내 심의가 사실상 이루어지지 않았다. 다만, 정부·여당의 검토과정에서 공명당이 자위대의 활동은 국회에 의한 민주적 통제가 필요하다는 입장에서 각의결정 및 변경, 종료 시 국회의 보고를 자위대 중동파견 용인의 조건으로 제시하였다. 이에 따라 각의결정에 대한 정부의 설명이 있었으나, 아베 내각의 집단적 자위권 헌법해석변경 및 안보관련법제 제·개정에 이은 국회 경시라는 비판이 제기되고 있다.
둘째, 중동에 파견된 자위대의 임무는 활동 해역의 치안정보를 집약하여 일본관계 선박 등에 전달하는 것이다. 하지만 파견 지역 긴장이 고조될 경우 호위함과 초계기의 정찰 등 조사 활동은 적대행위로 간주될 수 있으며, 이 경우 우발적인 충돌가능성도 배제할 수 없다는 점에서도 문제가 지적되고 있다.