정비사업에 대한 공공관리가 이루어지기 위해서는 많은 예산이 필요하다. 예를 들어 서울시가 공공관리제도를 채택하기로 한 한남뉴타운사업의 경우, 조합 설립 추진위 구성을 위한 용역사업비만 18억 8천만 원이 소요될 것으로 추정되고 있다. 2009년 말 현재 전국의 주택재개발 사업구역수가 917개에 달한다는 점을 감안하면, 재정적 뒷받침 없이 공공관리제도가 전국에서 시행되기는 어려울 것으로 보인다.
사실 이와 관련해서는 지자체별 정비기금운용에 대한 실태조사가 필요하다. 정비기금은 「도시정비법」 제82조에 의해 각 지방자치단체의 도시계획세 수입 중 10% 범위 내에서 조성되며, 각 지방자치단체의 조례가 10% 이상의 범위 안에서 달리 정하는 경우에는 그 비율을 따라 조성되도록 규정되어 있다.
그러나 이러한 규정에 의해서는 정비기금이 제대로 확보되지 못한다는 의견이 있다. 즉, 재정자립도가 낮은 지방 도시들에서 도시계획세를 특별회계 세입으로 편성하지 않고 일반회계로 사용하고 있기 때문이라는 것이다.