행정안전부가 발주한 ‘공공갈등관리 기능 및 조직체계 재설계방안 연구’(2008)에서는 행정협의조정위원회의 문제점으로 ① 조정사무에 대한 불명확한 기준, ② 사후적 조정중심의 소극적 역할, ③ 저조한 기구 활용, ④ 이행강제력 부족 네 가지를 들고 있다. 중앙분쟁조정위원회의 경우에는 ① 소극적 심의활동, ② 갈등조정역량의 부족, ③ 다양한 분쟁해결기법 활용의 저조를 지적 한다. 또한 지방분쟁조정위원회는 ① 기구의 소극적 운영, ② 사전적 모니터링 기능의 부재, ③ 낮은 실효성과 낮은 이용률이 문제점으로 부상한다. 위 연구는 이상의 문제점들을 극복할 수 있는 대안으로 조직체계를 재설계하는 급진적 방안과 역량 강화 중심으로 문제를 해결하는 점진적 방안을 제시한다.