두 번째 방안으로 미국의 직무감시국(OIG)이나 일본의 행정감찰국의 예에서 볼 수 있는 바와 같이, 법무부 소속으로 설치하는 방안을 생각할 수 있다. 이 방안은 정부조직체계상 정합성을 갖출 수 있다고 할 수 있다. 그러나 본 제도의 취지는 검찰로부터 독립된 수사기관을 설립하여 기존 사정기관에 대한 견제와 균형을 보장하고자 하는 데에도 있다는 측면에서 볼 때에는 택하기 어려운 점이 있다고 할 것이다.
세 번째 방안으로 양승조의원안에서와 같이 입법, 행정, 사법의 어디에도 속하지 않는 독립기구로서 고비처를 설립하는 방안을 검토할 수 있다. 이 경우 정치적 중립 및 직무상 독립이라는 취지를 살리기에 적당하다 할 것이나, 「헌법」상 근거 없이 입법, 행정, 사법의 어디에도 속하지 않는 심의기관 아닌 행정기관을 설치하는 것은 우리 「헌법」상 권력구조원리에 위배되는 것이라는 지적이 있다.
네 번째 방안으로써 제2법안의 경우와 같이 국민권익위원회의 소속 하에 고비처를 설치하는 방안을 검토할 수 있다. 이 경우 앞서 제기된 문제점이 어느 정도 해결될 수 있다고 할 것이나, 제도의 실제 운용에 있어 대통령이 국민권익위원회를 통해 직간접으로 고비처의 조사업무에 관여하는 것을 방지하기 위해서는 인사 및 운영상의 제도적 보완이 필요하다고 할 것이다.