민주당 내 신주류와 구주류의 갈등은 이미 대선 직후 구주류인 한화갑 대표의 퇴진 여부를 둘러싸고 한 차례 표면화된 상태였다. 그런 가운데 2월 4일 대북송금특검법 안이 국회에 제출되자 동교동계를 중심으로 한 민주당 구주류는 강하게 반발했다(연합뉴스, 2004: 175). 하지만 한나라당은 남북문제는 국가의 민족의 명운이 걸린 문제로 국회 동의와 여야 협의 등 국민적 공감대를 형성해 가며 적법하고 투명하게 접근해야 하는 사안인 만큼 특검제 도입이 불가피하다고 주장했다. 또한 진상을 철저히 규명하고 관련자를 처벌해 국민적 의혹을 해소하고 국가 운영의 투명성과 합법성을 확보해야 한다며 표결을 강행했다.
표결 결과 특검법이 국회를 통과하면서 세간의 관심은 노무현 대통령이 과연 거부권을 행사할지에 쏠렸다. 민주당 구주류는 대통령이 이를 거부해야 한다고 주장한 반면 한나라당은 국회가 의결한 법안에 대통령이 거부권을 행사한다면 더욱 강력한 대여 투쟁에 나설 수밖에 없다고 경고했다. 결국 2003년 3월 14일 노무현 대통령은 거부권을 행사하지 않고 특검법을 공포하면서 사실상 한나라당 손을 들어줬다. 노무현 대통령이 취임 후 국회가 처음 통과시킨 법에 거부권을 행사하는 데 부담감을 느꼈고 집권 초부터 대야 관계를 파국으로 몰고 갈 수는 없다고 판단했을 것으로 분석 됐다.