이러한 당정협의 체제 강화는 당내 파벌간 갈등의 해결책으로 당 조직 개혁 방안의 부상으로 인한 것이었다. 당시 64.6월 한일 국교 정상화 관련 사건으로 인해 김종필당 의장을 비롯한 당무위원 전원이 사임하고, 정구영 의장대리, 현오봉 원내총무, 예춘호 사무총장, 백남억 정책위의장 등 新 지도체제가 성립하였는데, 64.8월 학원 보호법을 둘러싸고 발생한 폭력사태 계기 당 개혁을 둘러싸고 新주류파(반김종필계)와 新비주류파(김종필계)의 대립이 격화된 것이었다. 이는 64.12월 원내 중심으로 당을 운영하도록 하는 당 조직 개혁을 통해 일단락되었으나, 박정희 총재는 당 지도 체계 확립 및 정책기구 강화를 당내과제로 하여 정책위원회를 강화했다.