그런데 금융감독원의 금융분쟁조정위원회에 의한 현행 금융 분쟁 조정 제도는 독립성 면에서 문제가 있다. 금융분쟁조정위원회는 감독기관인 금융감독원 내에 설치되어 있어, 감독기관과 감독을 받는 금융기관 사이에서 공정하고 독립적인 조정 기구로서의 역할을 수행하기에는 한계가 있다(노태석, 2011: 91; 주규준, 2011: 61). 특히 감독을 받는 금융기관은 금융감독기관의 분쟁 조정안에 대해서 규제로 받아들이는 경향이 있기 때문에 조정안을 쉽게 거부할 수 없는 입장에 있어 불리한 면이 있다. 즉 금융분쟁조정위원회의 조정 제도는 사실상 감독기관의 영향력에 바탕을 두고 있다고 볼 수 있다. 따라서 공정한 분쟁 조정을 위해서는 조정 기능을 감독기관으로부터 분리할 필요가 있다.