사례조사 결과, 지방세 납세자보호관 제도가 운영 초기이므로 몇 가지 문제점을 보이고 있다. 첫째, 지방세 납세자보호관이 납세자 보호 업무를 전담하는 경우가 많지 않았고, 소속된 부서의 타 업무를 겸직하는 경우가 많았다.
둘째, 지방세 납세자보호관에게 세무정보 열람 권한이 없어서 납세자보호관이 납세자의 고충민원을 처리하는 속도가 늦어질 우려가 발생할 수 있다.
셋째, 납세자의 고충민원 신청과 권리보호 요청을 서면신청 원칙으로 하고 있어서, 온라인 및 모바일 환경에 대한 대응성이 미흡하다고 볼 수 있다.
넷째, 지방세 납세자보호관은 지방세 및 세외수입에 관한 전문성이 필요한데, 지방세 관련 직무교육을 충분히 받지 못하는 한계가 있다.
지방세 납세자보호관 제도와 관련한 다음의 개선과제를 검토할 필요성이 있을 것이다. 첫째, 납세자보호관이 납세자 권리보호 업무에 집중할 수 있는 여건을 마련해야 할 것이다.
둘째, 납세자보호관이 지방세 관련 고충민원을 신속하게 처리할 수 있도록 납세자보호관에게 해당 고충민원에 한정해 세무정보를 열람할 수 있는 권한을 부여하는 방안을 고려할 수 있을 것이다.
셋째, 납세자의 고충민원 신청과 권리보호 요청에 대한 온라인 대응성을 높여서, 납세자의 고충민원이 적시에 처리되고 권리보호 요청에 신속하게 대응해야 할 것이다.
넷째, 지방세 제도는 빈번하게 개편되기 때문에 납세자보호관이 지방세 관련 직무교육을 충분히 받도록 하고, 납세자보호관 간의 경험 공유를 통해 전문성을 유지하고 필요한 정보를 확보하도록 해야 할 것이다.
지방세 납세자보호관은 아직 도입 초기인 상황이므로 행정안전부 및 지방자치단체의 관심과 지원을 통해 지방세 납세자보호관 운영을 활성화하는 것이 필요할 것으로 보인다. 지방자치단체의 조직 및 예산, 인력의 한계를 고려할 때, 지방세 납세자보호관 운영의 틀을 일률적으로 강제하기는 어렵다. 하지만 지방세 납세자보호관이 지방자치단체의 특성과 조화되는 범위 내에서 납세자의 권리를 최대한 보호할 수 있도록 발전시켜야 할 것이다.