2. 특례제한규정의 효력에 대한 국내의 판례와 논의
우리나라에서는 특례제한규정에 관하여 2014년 「부담금관리 기본법」 별표에 규정되지 않은 개별법상 부담금 조항에 따른 부담금 부과의 효력에 대해 대법원 판결이 있었다. 이 사건에서 대법원은 “부담금 부과에 관한 명확한 법률 규정이 존재하더라도 법률 규정과는 별도로 반드시 「부담금관리 기본법」별표에 부담금이 포함되어야만 부담금 부과가 유효하게 된다고 해석할 수는 없다.”라고 판시하여 특례제한규정과 모순되는 개별법의 효력을 사안에 따라 구체적으로 판단해야 한다고 보았고, 해당 사안에서는 개별법에 따른 부담금 부과가 적법하다고 보았다. 이러한 해석은 “법률이 상호 모순되는지는 각 법률의 입법 목적, 규정 사항 및 적용범위 등을 종합적으로 검토하여 판단해야 할 것”이라는 해석원칙을 인용한 결과이다.
그러나 오준근(2017)은 위 판결은 「부담금관리 기본법」의 명시적인 문언이 왜 효력이 없는지에 대한 구체적인 판단을 생략하고 있고, 「부담금관리 기본법」의 입법목적인 부담금의 총괄적 관리 필요성을 부정한 것이어서 문제가 있다고 보았다. 특히 부담금이 조세법률주의에 대한 중대한 예외로서 남용되어서는 안 된다는 점을 고려할 때 입법의 「부담금관리 기본법」 준수는 부담금 부과처분의 정당화 요건에 해당한다고 보았다. 법치주의 원칙에 따라 행정기관이 국민에게 침익적인 부담금 부과를 하려면 명확하면서도 문제가 없는 법률적 근거가 필요하다는 것이다.