이러한 우려는 「대안교육기관법」에 따른 대안교육기관 등록에 대해서도 나타나고 있다. 「대안교육기관법」은 대안교육시설이 「초·중등교육법」에 따른 대안학교로 인가받지 않고 대안교육기관으로 등록만 하더라도 이들의 법적 지위를 보장함과 동시에 교육과정 운영의 자율성을 보장하도록 하였다. 이 취지에 따라 대안교육기관에 대해 예산을 지원하더라도 기관 운영 및 교육과정 편성·운영의 자율성을 최대한 존중하는 방향으로 정책을 추진할 필요가 있다. 「대안교육기관법」 제14조에 따라 구성·운영되는 대안교육기관 운영위원회의 예·결산 심의와 제16조에 따른 회계운용의 공개 등을 통해 예산 및 결산의 민주성과 투명성 등은 가급적 자율적으로 제고하도록 하는 것이 적절하다.