연방의회는 연방헌법 일부개정안 국민발안에 대한 다음과 같은 심의권한을 갖는다. 연방의회는 형식적 요건이 결여되었거나 그 내용이 국제법의 강행규정(jus cogens)을 위반한 국민발안에 대하여는 무효를 선언할 수 있다. 연방의회는 개정의견 형식의 발안에 대하여 개정안을 작성하여 국민투표에 회부할 수 있으며, 해당 발안에 연방의회가 동의하지 않을 경우에는 채택여부 자체에 대하여 국민투표가 이루어진다. 개정안 형식의 발안은 바로 국민투표와 칸톤투표에 회부되는데, 연방의회는 해당 발안의 채택 또는 거부를 권고할 수 있으며, 대안 제출도 가능하다. 대안이 제출된 경우 원안과 대안 모두 투표대상이 된다.
1891년 헌법개정안 국민발안제도가 도입된 이래 총 209건이 제안되었고 이 중 22건이 최종적으로 채택되었다. 국민발안이 채택된 대표적 사례로는 신규 원자력 발전소 건설 중지(1990년), UN가입(2002년), 이슬람 종교첨탑 설치 금지(2009년), EU국가로부터의 이민 제한(2014년) 등을 들 수 있다.