(3) 문제점
단체장직 인수위원회를 둘러싸고 제기된 문제점은 다음과 같다.
첫째, 현행법령에 단체장직 인수위원회 설치와 운영지원에 대한 근거 규정이 없다는 점이다. 이번 초임 단체장 중에서는 인수위원회 설치에 대한 법적 근거가 없다는 이유로 구성하지 않은 지역이 있다. 그리고 단체장당선자가 처음에는 인수위원회를 구성하지 않겠다고 했으나, 필요성이 제기되어 추후 소규모로 구성한 지역들도 있다.
한편, 인수위원회를 구성한 지자체들의 경우도 사무실과 집기류 등을 제외하고는 별도의 재정 및 행정지원을 받을 수 없는 상황이 있어서 당선인뿐만 아니라 지자체 일선관료 역시 어려움을 호소하는 경우도 있었다.
둘째, 단체장직 인수위원회의 구성과 운영방식에 대한 기준이 없는 관계로 지나치게 큰 인수위원회를 구성하여 비효율적으로 운영한다는 지적이 있다. 특히 인수위원의 수가 지역별로 매우 큰 차이가 났는데, 일부 광역자치단체 인수위원회는 대통령직 인수위원회 규모에 육박했다.
단체장직 인수위원회의 기능과 권한 역시 불분명하기 때문에 인수활동 중에 해당 자치단체 공무원과 인수위원 간에 갈등이 빚어지는 경우가 있다. 또한 인수위원을 위촉할 때 선거 보은차원에서 전문성이 부족한 위원을 선임하는 등의 문제도 제기됐다.