한강유역위원회가 설치되면 불가피하게 나타날 수 있는 점은 한강유역 관리체계의 변화 가운데 수변지역에 지원되는 보조금과 관련된다. 수변지역에 보조되는 보조금은 두 가지인데, 하나는 한국수자원공사가 댐주변 마을에 지원하는 사업과 다른 하나는 한강수계관리위원회가 지원하는 물기금이다. 한강유역위원회의 설치로 어떤 형태로든 보조금 지원에 변화가 불가피하기 때문에 이점이 약점으로 작용할 수 있다. 하지만 이러한 부분은 한강유역위원회의 순번적 위원장직을 맡고, 한국수자원공사, 한국수력원자력 일부 인력이 함께 위원회를 구성함으로써 기존의 지원체계를 그대로 유지하는 방향으로 운영된다면 구성원간의 갈등이 완화될 수 있을 것이다.