2004년 8월 발표된 대학경쟁력 강화를 위한 대학 구조개혁 방안에선 대학교육여건의 취약, 지방대학의 대학 미충원율 심화를 강조하며 교육여건을 개선하고 각 학교의 구조개혁을 추진과제로 삼았다. 구조개혁 방안으로선 국립대학은 대학간의 통합, 유사/중복 학과 통합, 특성화 분야 중심의 조직 및 인력 재배치 지원 등의 안이 제시되었고, 사립대학의 경우 대학간 통합, 4년제 대학과 전문대학간의 통합, 재산의 효율적 활용 지원, 자발적인 구조개혁 노력 지원, 학교법인 퇴출제도 보완, 대학신설 요건 강화 등이 제시되었다. 특히 사립대학의 경우 2006년부터 교원 1인당 학생수 40명 초과 시 재정지원을 중단하는 안을 발표하였다(교육인적자원부, 2004).
2004년 12월 대학구조개혁 방안과 함께 발표된 대학 자율화 추진 계획은 기존의 정책을 유지하며 여러 가지 제한 조항의 폐지, 완화를 통해 자율화의 범위를 확대시켰다. 이어 2005학년도 대학 및 산업대학 정원 책정기준 및 조정계획에서 기존의 정원 정책과의 차이점을 찾을 수 있다. 기존의 정원 정책이 사립대학의 자율화를 원칙으로 했으나, 2005년도에는 대학 구조개혁 방안, 수도권 대학 특성화 및 지방대학 육성사업과 연계하여 정원 동결과 감축기조로 전환하여 강력한 정원 감축을 추진하기로 하였다(장석환, 2008).