2007년부터 2009년까지 실시된 식약청 규제에 대한 규개위 심의결과를 분석해보면, 정작 비용편익 결과로 인해 식약청이 제출했던 규제안에 대해 규개위에서 수정 또는 폐기를 요청한 경우는 없었다. 결론적으로 비용편익분석은 실제 규제의 기획이나 심사에 미치는 영향에 비해 규제영향분석서 작성 시 공무원에게 더 큰 부담으로 작용한다고 볼 수 있다.
이러한 부담은 오히려 규제영향분석서 작성을 소홀히 하는 요인이 될 수도 있다. 앞서 <표 2>에서 언급한 바와 같이 규제영향분석서를 제대로 작성하지 않는 부처의 비중이 상당히 높다. 기존 업무 부담이 큰 상황에서 규제영향분석서 작성부담이 과도하게 커지면 오히려 할 수 없는 일을 하도록 요구한다는 인식을 촉발시키고 결과적으로 분석서의 형식적 작성을 합리화하는 구실이 될 수 있다.