합의제 기구를 소속을 두지 않은 독립위원회로 갈 경우 오히려 행정기구로서의 정체성 및 권한이 약화되는 사례도 없지 않다. 방통위 출범 전 방송위가 형태상 정부부처에 속하지 않은 독립위원회였다. 직원들도 민간인 신분이었다. 명분은 정치적 독립성 확보였다. 하지만 방송위는 정치권력이나 방송 산업의 영향력 앞에서 독립적이지도, 행정기관으로서의 위상을 확립하고 다른 행정부처와 긴밀하게 조율된 권한을 행사하지도 못한 채 정통부 등과 소모적 갈등을 빚기 일쑤였다. 현재 대통령으로부터 독립된 기관인 국가인권위원회 역시 분명한 행정권한을 지니지 못한 채, 인권침해사례와 관련해 다른 기관에 필요한 조치를 의뢰하거나 당사자에게 합의를 권고하는 등 위상과 역할이 애매한 상황이다.