경제자유구역의 해제를 고려해야 한다고 주장하는 입장의 주요 논거는 첫째, 경제자유구역이 너무 많다는 것이다. 최근에는 넓은 영토를 지닌 중국도 경제특구가 5개에 불과한데, 좁은 영토를 지닌 한국에 이미 6개의 경제자유구역이 있으며 강원과 충북의 2곳도 추가 지정을 기다리고 있는 실정이다 보니 기능이 중복되고 경쟁력도 부족하다는 지적이 있었다.
지식경제부는 경제자유구역에 대한 부분적 조정을 추진하게 된 것은 작년 국무총리실의 평가시 과다지정문제가 지적되었고, 장기간 개발지연 등에 따른 지역주민의 재산권침해 민원이 증가하였으므로 ‘선택과 집중’ 원칙에 따라 조기개발을 유도하고 민원을 해소하기 위한 데 목적이 있다고 밝혔다.
두 번째 논거는 투자실적이 전반적으로 저조하다는 것이다. 지식경제부에 따르면 2004년부터 2010년 외국직접투자(Foreign Direct Investment; FDI)는 총 23.4억 달러 수준이다. 지역별로는 인천경제자유구역이 8억 5천만 달러로 가장 많고, 다음이 광양만경제자유구역으로 4억 6천만 달러에 달한다.