2. 등록 유도 인센티브 제공 및 벌칙 적용 가이드라인 마련
「대안교육기관법」의 제정 목적은 대안교육기관의 설치·운영 등에 대한법적 근거를 마련하여 대안교육시설을 제도권으로 편입시키려는 데에 있으므로, 학생의 안전과 학습권 보장을 위한 필수적인 요건을 제외하고는 등록 요건을 완화하고, 법률 시행 이후 일정한 계도기간을 부여하며 인센티브를 제공하는 등 대안교육기관 등록을 최대한 유도하는 정책적 노력을 기울일 필요가 있다. 다만, 대안교육기관으로 등록하지 않은 채 학교 형태 운영 및 학교 명칭 사용, 학원으로 등록하지 않은 채 학원 형태 운영 등 위반 행위를 지속하는 미등록 시설에 대해서는 현행 법령에 따른 벌칙 적용을 현실화하는 방안도 검토할 필요가 있다.
앞에서 설명한 것처럼 「대안교육기관법」은 대안교육기관을 설립·운영하려는 자는 교육감에게 등록하도록 규정하였으나(법 제5조), 대안교육기관으로 등록하지 않은 미등록 시설에 대한 벌칙 규정은 따로 두지 않았다. 미등록 대안교육시설이 설립인가를 받지 않고 학교의 명칭을 사용하거나 학생을 모집하여 학교의 형태로 운영하는 경우에 대한 벌칙 규정은 「초·중등교육법」에 규정되어 있다. 그러나 최근 위반 시설에 대한 벌칙 부과 내역을 살펴보면 대부분 교육청이 명칭 변경 또는 학원 등록을 유도하였거나 불기소 또는 벌금형으로 약식기소 된 것으로 나타났다.