그런 반면에 단점도 상당하다. 차입자와 금융기관이 포괄근저당을 남용할 소지가 크고, 정보비대칭으로 인하여 채무자가 포괄근저당으로 인한 위험을 인식하지 못하고 금융기관은 이를 설명할 유인이 부족한 측면이 있으며, 담보되는 채무의 범위에 대하여도 사후에 다툼이 빈번할 소지가 있다.
법원 역시 매 사건마다 쟁점이나 판단기준에 차이가 나는 등, 상세한 법원칙이 명확하지 않아 뚜렷한 기준을 제시하지 못하고 있다.
나아가 포괄근저당이 설정된 이후에도 차입자의 보유자산이나 신용변동에 따라 그 부담 채무액이 불확정적이기 때문에, 2순위 근저당권의 설정이나 자산유동화 등의 경제적 필요성이 인정되는 경우에도 이를 활용하기가 어렵다. 이 때문에 사회경제적으로는 부동산 담보가치의 효율적인 이용을 저해한다고 보는 시각도 존재한다.