나)모태조합의 출범과 출자지원의 일원화
각 부처의 정책기금들이 수행해온 벤처캐피탈 펀드(투자조합)출자지원이 부실화된다는 비판이 제기됨에 따라 정부는 지원의 효과성을 높이기 위하여 출자지원 방식을 직접지원에서 모태펀드의 설립을 통한 간접지원으로 바꾸는 방안을 모색하였다. 2004년 12월, 벤처기업육성에관한특별조치법 개정을 통하여 모태조합 출범과 지원을 위한 법률적 근거를 마련하였으며 2005년 6월, 모태조합의 운용사로서 한국벤처투자(KVCI)가 출범하였다. 민간에서 채용한 전문가들에 의해 운용되는 모태펀드는 공공적 정책지원 원칙에 더해 시장원리 및 수익성 원칙에 따른 평가 및 심사를통해 출자지원을 위한 대상(투자조합)을 선별하므로 출자지원 사업의 효율성이 증가하였다. 정부는 2009년까지 5년간 1조원을 모태펀드에 출자할 계획이며, 이 중 4천억원은 중소기업진흥 및 산업기반기금 등 여러 정책기금들로부터의 출자지원으로 마련하고, 나머지 6천억원은 기존의 투자조합 출자지원의 투자회수금으로 마련하고자 하고 있다.
정부의 출자지원 사업이 중소기업청의 모태펀드 조성 사업으로 일원화됨에 따라 중소기업청 이외의 여러 부처들에 산재되어 있던 출자지원 사업들은 중단되고 있다. 2003년부터 과기부(과학기술진흥기금), 그리고 2004년부터는 정통부(정보통신진흥기금)와 문광부(문화산업진흥기금)의 벤처캐피탈 투자조합 출자지원 사업이 중지되었다.