둘째, 농업용수에 대한 수량과 수질은 전적으로 관리 권한이 농림축산식품부에 있으나 농업용수 수질은 농림축산식품부 법률이 아닌 환경부의 「환경정책기본법 시행령」 별표 1에 따라 기준이 마련되어있다는 점이다. 이에 따라 농림축산식품부와 환경부가 「농업용 호소 수질관리지침」을 공동으로 마련하여 수질을 관리하고 있으나 수량의 관리는 빠진 상태에서 수질 조사 및 수질개선 대책 수립을 위한 지침만 마련되어 있다. 뿐만 아니라 농업용수의 수질에 집중해서 관리하고 있음에도 불구하고 농업용수 수질은 IV등급(약간 나쁨)으로 관리되고 있는 등 전국 1만 7천 여개의 농업용 저수지의 수질은 저하되고 있는 추세이다.( [표 4] 참고) 수량 또한 조사 결과에 의하면 농업용 저수지 저수용량 3,942백만 톤 중 유효 저수용량은 3,089백만 톤으로 유효율은 78.4% 수준에 불과한 것으로 확인된다.