그 밖에도 권력분립 내지 권력균형적인 측면에서의 비판으로 대법원장이 헌법재판소의 구성을 담당하는 권한을 가지는 반면에 헌법재판소는 대법원의 구성에 관여하는 권한이 없다고 지적하는 견해도 있다.
우리나라의 경우 사법기관으로 헌법재판소와 대법원을 별개의 장에서 규정하고 있는데, 이것에는 헌법체계론적인 문제점이 있음을 지적하는 견해도 있다. 즉, 헌법재판소는 헌법의 최종적 해석을 담당하고 대법원이 위헌법률심판을 제청하면 헌법재판소의 심판에 의하여 재판하여야 하는데, 대법원장에 의한 헌법재판관의 지명은 이와 같은 헌법체계와 조화되지 않는다는 견해다.
또한, 대법원장에 의한 단독지명은 사법부의 합의체에서 선출할 때에 비해 비슷한 성향의 재판관들이 지명될 가능성이 높다는 비판도 제기된다.
그리고 사법부의 개입은 헌법재판소를 사법기관으로서의 성격을 강화하기 위한 것이라는 주장이 있다. 그러나 이에 대한 반론으로 구성원의 선출기관이 사법기관이라고하여 사법기관성이 강화되는 것은 아니며, 사법기관의 성격인정 여부의 본질은 구성원이 정치적으로 독립적인가, 그 기관의 재판 업무가 사법적 절차인가, 그리고 그 기관의 재판결과가 법적 구속력을 가지는가 등에 있다는 견해도 주목할 만하다.