(나) 분쟁해결기관의 선택과 제한
NAFTA 제20장에서는 분쟁이 NAFTA나 GATT, 또는 이를 승계한 WTO에서 다룰 수 있는 사안인 경우에 한해서 NAFTA나 WTO 중 원하는 분쟁해결기관을 선택할 수 있다. 하지만 일단 선택한 분쟁해결절차가 개시되면, 선택한 분쟁해결절차를 이용해야 하고, 다른 분쟁해결절차의 이용가능성은 원칙적으로 배제된다.
그러나 선택된 분쟁해결절차 개시 전에 당해 분쟁에 실질적인 이해관계가 있고 당해 절차에 참여하고자 하는 제3체약국이 동일 사안을 NAFTA 따른 분쟁해결절차에 따르기를 원하는 경우 양 체약국은 단일의 분쟁해결기관에 대한 합의 도출을 위해 협의를 진행해야 하고, 이에 관한 합의에 도달하지 못하는 경우 당해 분쟁은 통상 NAFTA 분쟁해결절차를 따르게 된다.
그리고 제소 체약국이 NAFTA와 WTO의 분쟁해결기관 중 어느 한 기관을 선택하는데 몇 가지 예외규정이 있다. 제104조상 열거된 환경보존협정에 관한 사안, 제7장 제B절상 위생 및 검역조치 관련 사안 그리고 협정 제9장 표준조치 관련 사안을 둘러싼 분쟁의 경우에 있어서는 피소국의 NAFTA 분쟁해결절차에 따라 당해 분쟁을 해결하고자 하는 의사가 담긴 서면 요청이 있으면 제소국은 NAFTA 분쟁해결절차를 따라야만 한다.