이와 반대로 수도권 규제완화가 지방경제의 부정적 요인으로 작용한다는 일련의 연구들은 수도권 규제완화가 특정지역의 생산량 감소와 고용감소를 가져온다는 연구결과를 발표하고 있다. 나중규와 박상덕의 연구(2006)에서는 수도권 규제완화시 대구지역을 기준으로 생산감소는 1,935억원, 고용감소는 1천여명이 예상되며 경북지역은 4조 9천 5백억의 생산감소와 2만명 이상의 고용감소를 예측한 바 있다.
수도권 규제완화의 효과 분석 연구들은 분석자료나 방법 면에서의 차이로 인해 분석 결과의 차이를 가져왔을 것으로 생각할 수 있다. 그럼에도 불구하고 이같은 차이가 나타나는 이유는 기본적으로 수도권문제의 전반적인 구조를 지나치게 단순화했을 가능성이 높은 것으로 보인다. 현실에서 많은 변수들은 서로 영향을 주고 받으며 시간에 따라 변화하는 동태적 성격을 가지고 있으며 매우 복잡한 구조라는 점을 선행연구들은 고려하지 못했을 가능성이 있다. 수도권의 토지이용규제의 영향 분석은 매우 복잡다기한 동태적 과정을 통해 결정되므로 쉽게 특정정책의 합리성 여부를 판단하기가 쉽지 않은 문제임을 선행연구 결과들은 시사하고 있다.