(3) 재정관리 효율화
공공 정책을 추진함에 있어 한정적 재원으로 생산성을 높이고 국민에게 고품질의서비스를 제공하기 위해서는 재정효율성을 높여야 한다. 재정효율성을 높인다는 것은재정자원을 효율적으로 배분한다는 것과 동일한 의미이다. 예를 들어 환경기초시설의 경우 한정된 재원으로 늘어나는 수요를 충족시키기 위해 우선순위를 조정하여 재정투자의 효율성을 높이거나 수익구조를 가지는 시설을 확대하여 지자체의 재정 부담을 감소시킬 수 있다.
그동안 물환경을 개선하고 유지하기 위해 환경기초시설 확충 등에 많은 예산이 투입되어 선진국 수준으로 설치되었다. 그러나 아직도 비점오염원과 가축분뇨 관리는 추가적인 재정투자가 필요한 실정이다.
또한 물이용부담금을 징수하여 수계관리 기금을 조성하고 이를 통해 주민지원사업, 수변구역 토지매수, 지자체의 환경기초시설 설치 및 운영비 지원 등을 실시하고 있으나, 기금운영방식이나 세부사업내용을 둘러싸고 상·하류지역 간의 갈등 심화 등의 문제점이 있다.