5. 수사 및 공소제기 권한
각각의 법안에서 고비처에 자료요구권을 인정하는 점에 관하여는 대체로 동의가 이루어져 있다. 그러나 수사 및 공소제기 권한을 인정할 것인가에 관하여는 견해차가 존재한다.
제2법안에서는 고비처에 수사기관으로 특별수사관을 두어 그로 하여금 「형사소송법」상 사법경찰관의 직무규정에 따라 압수와 수색, 체포와 구속 등의 수사권한을 행사하도록 하고 있다. 반면, 제1법안과 양승조의원안에서는 수사기관으로 특별검사를 두어, 특별검사가 「형사소송법」상 검사의 직무규정에 따라 압수와 수색, 체포와 구속 등의 수사권한을 행사하도록 하고 있다.
이에 따른 귀결로 제2법안의 경우 특별수사관은 수사종결 후 사건을 검찰에 송치하여 검찰이 공소제기를 하고, 다만 불기소처분시 고비처의 장이 법원에 재정신청을 할 수 있도록 하고 있다. 반면에 제1법안과 양승조의원안의 경우 검사의 직무를 수행하는 특별검사가 수사를 종결한 사건에 대해 직접 공소제기를 하도록 하여, 검찰의 개입 없이 수사부터 공소제기 및 유지까지 가능하도록 하고 있다.
홍콩 염정공서와 싱가포르 부패행위조사국의 경우 검찰총장의 동의하에 공소제기가 이루어져야 한다고 하여, 검찰의 개입 없는 공소제기를 인정하지 않고 있다.