(3) 학교의 자율성 및 민주성 미흡
학교에서의 교과서 선정 및 국정교과서 연구학교 신청 등에 대한 학내 의사결정의 민주성 및 학교의 자율성이 제대로 보장되지 못하고 있다는 지적이 있다.
「초·중등교육법」 제32조는 학교운영위원회의 심의(사립은 자문) 사항에 “교과용 도서와 교육 자료의 선정”을 포함하도록 규정하였다. 동법 시행령 제60조 제1항 및 제63조 제3항은 “학교의 장은 운영위원회의 심의(사립은 자문)결과를 최대한 존중하여야 한다”고 규정하고, 국·공립학교의 장은 “심의결과와 다르게 시행하고자 하는 경우에는 이를 운영위원회와 관할청에 서면으로 보고하도록” 규정하였다. 그리고 학교법인은 「사립학교법」 제53조에 따라 학교장을 임용할 수 있으나, 교과서 선정 및 연구학교 신청 등 학교운영에 대해서는 관여할 수 없다.
역사 국정교과서에 대한 찬성과 반대 입장을 떠나서 현 상황에 대해 “법령이 정한 학내 의사결정의 민주성 준수”와 “외부단체 및 대통령, 교육부장관, 교육감, 학교법인 등의 과도한 영향력 행사로 인한 학교의 자율성 훼손” 등이 쟁점으로 제기된다.