자금결제시스템은 결제가 이루어지는 대상에 따라 거액의 자금을 취급하는 거액결제시스템(large-value payment system)과 소액자금을 대량으로 취급하는 소액결제시스템(retail payment system)으로 분류할 수 있다.
거액결제시스템은 주로 거액거래를 결제하는 시스템이지만 실제로 거래되는 지급지시에 최소금액이 설정된 것은 아니다.
통상 금융기관간 자금거래, 증권 또는 외환거래 등에 따른 대금결제가 이루어지기 때문에 은행간 자금이체시스템(interbank fund transfer system)이라고도 한다.
이러한 결제는 건당 금액이 크고 결제시점의 중요도가 높아 대부분 국가에서는 거액결제시스템을 중앙은행이 직접 운영하고 있다.
한편 소액결제시스템은 주로 기업이나 개인의 소액결제를 처리하는 자금결제시스템으로서 거래 대상이 광범위하고 결제 건수가 매우 많은 점이 특징이다.
주로 계좌이체나 지급카드, 수표, 지로 등과 관련된 결제가 소액결제시스템으로 처리된다. 우리나라는 금융결제원이 주요 소액결제시스템을 운영하고 있다.