국고보조금이란 근거 법률이 「보조금 관리에 관한 법률」에 의한 것으로 지방자치단체의 특정 사업을 지원하기 위해 재원으로 국가의 예산이 투입되며, 특정 목적의 재원 성격을 띤다. 특징은 사업별 용도가 지정되어 있으며, 지방비 확보는 의무이다. 대부분 사업 추진 및 완료까지에 있어서 지방정부도 지방비 부담이 의무적으로 매칭이 되어야 하므로, 이를 부담하기 어려운 자치단체의 경우는 민자 투자를 유치하여 관련 사업의 지방비 부담을 줄이고자 하기도 한다.
그러나 국책사업에 있어서 지방자치단체에게 지원되는 국고보조금 형태의 예산 지원은 실질적으로 사업이 완료된 이후에는 더 이상의 지원이 되지 않는다. 사업이 완료된 이후 운영을 하기 위한 경비들은 지방정부가 단독으로 부담을 하게 되거나, 민자를 유치한 경우에는 민간에 의한 운영을 하고 민간이 수익을 가져가도록 하거나, 운영과 관련하여 민간위탁을 통해 위탁운영비를 지방정부에서 부담하는 형태 등으로 운영된다. 결국 사업 진행상에서 국고보조금에 매칭 되는 예산이 필요하므로 지방자치단체의 재정상태가 양호하지 않은 경우에는 재정적 어려움을 줄 수 있고, 사업이 완료된 이후에는 국고보조금 없이, 지방자치단체의 예산으로만 운영되어야 하는 재정구조이므로 재정적 상태가 오히려 악화될 수 있는 것이다.