행정위원회의 기능은 각 행정위원회에 따라 다르지만 ① 집단적 의사결정, ② 집행·준입법 및 준사법 기능 ③ 중립성과 계속성 확보로 요약할 수 있다. 행정위원회는 행정의 신중성·창의성 및 중립성을 확보하기 위하여 합의제와 법적 구속력이 있는 결정권을 갖는다. 또한 집행기능·준입법기능 및 준사법기능을 통합적으로 수행한다. 그리고 행정위원회는 모든 위원의 임기가 동시에 만료되는 것이 아니라 매년 한두 위원만이 임기가 만료되도록 하는 스태거링 텀(staggering term)제도를 택하여 행정의 중립성과 지속성을 확보할 수 있다.
정부의 행정기능은 원칙적으로 원·부·처·청이 행사하고 행정위원회는 어떤 특수한 행정에 관련하여 발생하는 분쟁 등을 재결하는 기능을 주로 행사한다(총무처, 1990: 25-26). 따라서 행정관청으로서 행정위원회는 각종 자문에 응하기 위한 목적으로 설치된 집행권 없는 각 부처의 기능별 자문위원회와는 구별된다.