메르켈은 이 기회를 적극적으로 포착하였으며 가장 먼저 공개적으로 콜 전 수상을 비판하고 철저한 비자금수사 및 콜의 명예당수 사임을 촉구함으로써 기민련 정치개혁의 기수로 등장하였다. 기민련은 아홉 개의 지역 컨퍼런스를 조직하여 당내 여론을 수렴하였으며 이 과정에서 메르켈은 기민련을 구원할 유일한 인물로서 광범위한 당내 지지를 확보하였다. 이어진 전당대회에서 메르켈은 96퍼센트라는 압도적인 지지를 받으며 새로운 당수로 선출되었다(Thompson 2006, 106).
특히 ‘재창당’에 가까운 ‘개혁’을 주장하였던 2003년 독일역사박물관 연설을 통하여 메르켈은 비로소 그 동안의 무색무취하고 종속적인 ‘콜의 소녀’ 이미지를 극복하고 전투적이고 독립적인 개혁 정치가로서의 이미지를 획득할 수 있었다(Klormann et al. 33). 이어 메르켈은 2005년 수상으로 선출되어 2005년부터 2009년까지 대연정을 이끌었으며 2009년 9월 선거 승리 이후 흑황연정(기민련-기사연-자민당)을 통하여 연임에 성공하였다.
위와 같은 정치 진입과 장악과정에서 나타난 메르켈 리더십의 핵심적인 특질은 크게 전문성과 결단력의 두 가지 요소로 나타난다. 메르켈은 화려한 정치적 수사를 구사하지 않으며 자연과학자로서의 객관성과 논리성 및 전문성을 무기로 정치적 현안을 처리한다고 평가된다. 또한 기민련의 비자금 스캔달과 같이 중요한 시점에 메르켈은 명확하게 콜 수상과 결별함으로써 본인의 차별성과 정치적 개혁 능력을 부각시킬 수 있었다.