전자지급결제대행업은 전자상거래 규모의 성장 과정에서 전자상거래 업체와 금융기관 사이에서 결제가 가능하도록 중개하는 역할에 대한 필요성이 대두되면서 활성화 되었다.
전자상거래 업체들은 개별 은행 및 신용카드사 등과 각각 계약을 체결하고 온라인 결제를 위한 조직과 장비 등을 구비하기보다 전문 업체를 통한 아웃소싱을 실시함으로써 관련 비용을 절감하고자 하였다.
한편 신용카드사 등 금융기관들도 전자상거래 업체들과 개별적인 계약을 통해 결제서비스를 제공할 경우 발생할 수 있는 각종 비용과 리스크를 결제서비스 전문 업체와의 대표계약을 통해 회피하고자 하는 유인이 존재하였다.
전자지급결제대행업자는 서비스 제공과정에서 전자상거래업자를 대신하여 신용카드 승인결과(카드번호의 일부 또는 전체 포함), 계좌번호와 같은 결제정보 등의 기록을 보유하게 된다.
또한 매출취소, 결제오류 등 거래시점 이후에 발생할 수 있는 상황에 대비하여 전자상거래업체로부터 물품 등의 거래정보 및 성명, 전화번호, 이메일 주소 등의 개인정보를 수령하여 보관한다.
그러나 전자지급결제대행업의 경우 거래과정에서 동 업체가 표면에 잘 드러나지 않기 때문에 소비자는 전자금융업자가 자신의 정보를 수집한다는 사실을 인지하기 어려운 경우가 많다.