세 번째 「공적자금관리위원회 부재기」는 2008년 2월 공적자금의 관리·운용을 담당해왔던 공적자금관리위원회가 금융위원회의 설치 등에 관한 법률 개정(부칙〈제8863호, 2008.2.29〉 제5조)으로 폐지됨에 따라 공적자금관리 업무가 재정경제부에서 금융위원회로 이관된 이후의 시기이다.
공적자금관리위원회가 폐지된 것은 공적자금의 운용 등에 관한 사항 중 중요한 정책적 판단을 요하는 공적자금 투입 관련 정책결정기능이 대체로 종료된 상태인 점, 2002년에 마련된 공적자금상환대책에 따른 공적자금 회수 및 상환 등의 업무만 남은 점과 신정부 출범에 따른 효율적인 정부조직을 만들기 위한 정책적 판단에 기인한 것이었다.