또한 녹색성장을 위한 규제정책을 두고 각 부서간의 이해갈등이 발생한 결과 정책이 표류하는 등의 문제가 유발되면 해당 정책의 성공을 담보할 수 없게 된다. 더구나 극단적으로는 도입된 정책이 그 의도한 목표의 달성과는 상반되는 방향으로 전개될 수도 있다. 녹색성장을 위한 정책이 오히려 에너지낭비를 조장하는 인센티브를 민간에 제공하는 경우가 그 대표적인 것이다.
사실 녹색성장 정책에 대해서는 이미 소개한 것처럼 매우 다양한 규제정책이 수립되어 운영되어 오고 있다. 그동안 정부에서는 녹색성장국가전략, 녹색성장 5개년 계획을 통해 3대전략 10대 정책방향이 제시되어 있으며 10대 정책방향은 다시 50개의 실천과제와 387개의 세부실천과제로 나누어지는 등 다양한 국가정책을 담은 방대한 전략을 구성하고 있기도 하다. 따라서 이에 기반한 개별 규제정책 간의 체계상의 연계에 있어 불비점이 있을 수도 있으며 이에 대한 평가가 필요한 시점이기도 하다. 물론 이런 녹색성장에서의 규제정책 간의 연계성의 문제는 2009년에 실시된 국무총리실의 정부업무평가와 2011년의 감사원의 감사결과보고에서도 중요한 분석의 기준으로 활용되기도 했다. 그만큼 정책 프로그램 간의 연계성이 중요하다는 의미이다.