세대합가 인원 축소에 대해 공단은 외국인의 경우 법무부에 개인별로 등록한 거소지로 관리하므로 내국인과 같은 세대단위 관리가 곤란하고, ‘외국인 부정수급 실태점검’(2018.2.1.~3.9.) 결과 실제 생계를 함께 하지 않음에도 보험료 부담 회피를 위한 위장전입, 세대합가 후 주소 이전 등 행위가 만연하여 이를 방지하기 위한 조치임을 밝히고 있다. 하지만, 이런 조치는 직계존속 등 가족 단위로 실제 생계와 거주를 함께 하고 있음에도 여러 개의 평균보험료 고지서를 받는 경우가 발생하여 저소득층일수록 불리하게 작용한다는 지적이 제기되고 있다.
2019년부터는 영주(F-5)와 결혼이민(F-6) 등의 체류자격을 제외한 외국인 지역가입자는 소득·재산에 따라 산정한 보험료가 전년도 건강보험가입자 전체의 평균보험료에 미치지 못하면 평균보험료를 부과하고 있다. 즉, 평균보험료 또는 그 이상을 부과받는 것이다. 이러한 일률적인 부과방식은 소득 등이 없거나 파악이 어려운 외국인 지역가입자에게는 적정보험료를 부과할 수 없어 평균보험료를 부과하게 된 데서 비롯되었다. 월 평균보험료는 2017년 93,390원에서 2022년 124,770원(’21년도분 기부과액 평균)으로 꾸준히 증가하고 있다.