둘째, 불법어업 제재와 관련한 것이다. 불법어업국 예비지정 이전인 2013년까지는 조업쿼터 할당량 초과, 불법어선과 공동조업 등 국제적으로 중대한 위반행위로 간주되는 행위에 대한 처벌규정이 행정벌인 500만 원 이하의 과태료 처분이었기 때문에 불법행위의 억제력이 거의 없었으나, 2013년 EU의 불법어업국 예비지정을 계기로 제재수준을 국제수준으로 맞추기 위해 주요 불법행위에 대한 제재를 형사벌로 바꾸고 5년 이하의 징역 또는 3개년도 평균 도매가격을 기준으로 한 수산물 가액의 5배 이하와 5억 원 이상에서 10억 원 이하 중 높은 금액에 상당하는 벌금으로 처벌 규정을 대폭 강화하였다. 또한, 원양업계를 대상으로 시행하는 융자보조금 지원제도를 개정하여 불법업체인 경우는 지원 대상에서 제외시켰으며, 불법어업으로 어획한 수산물, 사용한 어구 등을 의무적으로 몰수하게 하고 있다.