각종 법령의 보존 의무 또는 그 밖의 보존 필요에 따라 원본 종이문서를 보관하는 보관자가 전자화고시에 따라 전자화문서를 작성하더라도 공인전자문서센터에 이관하지 않으면 전자문서법(제5조 제2항)에 따른 관계 법령에서 정하는 문서의 보관 효력만 발생한다. 전자화문서를 공인전자문서센터에 보관하는 것에 원본 종이문서 폐기의 효과를 부여한 것은 전자문서법(제31조의7)에 따라 공인전자문서센터에 보관된 전자문서(전자화문서 포함)의 불변경성과 공인전자문서센터가 발급하는 증명서의 진정성 추정의 법률효과 발생 때문이다. 공인전자문서센터에 보관하면 전자화문서 작성 시점 이후의 무결성과 내용의 동일성 등을 더욱 쉽게 증명할 수 있다는 점에서 신뢰를 부여한 것이다.