차기정부는 그동안 지속적으로 제기되어 왔던 ICT 컨트롤타워의 부재, 교육과학기술부내 조직문화의 괴리 등에 대해 명확한 해법을 제시해야 한다. 이를 위해서 현 정부부처에 대한 문제를 정확하게 분석하고, 역대 정부조직개편의 장단점과 해외 선진국의 정부조직을 검토한 후 정부기능의 소통과 융합측면에서 조직개편안을 마련하는 것이 바람직할 것이다.
넷째, 정부조직개편에 대한 환류과정(Feedback)의 일환으로 정부업무평가와 성과관리의 연계를 좀더 명확히 하는 작업도 검토할 필요가 있다.
역대 조직개편은 개편안을 만들어 실행에 옮길 뿐 새로운 조직개편안이 어떤 성과를 나타내는지에 대한 주기적인 점검은 미흡하였다. 이를 개선하기 위해서 공공부문에서 진행되고 있는 다양한 평가제도를 재검토하고 성과관리와의 연계를 강화해야 한다.
향후 차기정부의 조직개편 역시 개편에 따른 부작용과 혼선이 초래될 가능성도 배제하기 어렵다. 따라서 재설계된 조직의 혼선을 최소화하고, 개편된 정부조직이 제 기능을 수행할 때까지 지속적인 관심을 기울일 필요가 있다.
차기정부의 조직개편은 정부조직의 융통성, 신축성, 상황대처성을 향상시키고, 정부업무를 서비스 제공중심으로 전환함과 동시에 이에 부합되는 기능별 조합을 통해 정책의 효과성과 효율성을 극대화하는 것이 중요하다.