오랜 논의 끝에 적합업종으로 선정되고 권고사항이 결정되었기 때문에 이제 3년간의 권고기간 동안 이 사항을 제대로 준수할 필요가 있다. 그런데 법적 또는 정책적으로 강제되는 것이 아니라 대기업이 자율적으로 준수해야 하는 권고사항이기 때문에 이행력 확보에 어려움이 예상된다.
따라서 위원회는 권고사항의 준수 여부를 꼼꼼하게 점검해야 한다. 점검 결과 위반 사실이 적발되면 시정을 요구하고, 시정 요구가 제대로 이행되는지도 확인해야 한다. 그리고 이 모든 과정을 투명하게 공개하여 대기업에 대해 평판 효과를 최대화할 필요가 있다.
이러한 노력에도 불구하고 대기업이 권고사항을 충실하게 이행하지 않는다면, 적합업종 제도의 실효성을 확보할 수 있는 방안을 모색해야 한다. 이와 관련하여 중소기업청장이 적합업종심의위원회를 거쳐 적합업종을 지정ㆍ고시하고, 대기업 또는 대기업이 실질적으로 지배하는 중소기업이 적합업종에 진출하는 것을 제한하도록 법률로 정할 필요가 있다는 주장을 적극 검토할 필요가 있다.
마지막으로 프랜차이즈형 대기업의 가맹점도 대부분 영세상인이므로 적합업종 선정으로 인해 이들에게 불이익이 발생하지 않도록 주의해야 한다. 이를 위해서는 ｢가맹사업거래의 공정화에 관한 법률｣을 보다 엄격하게 적용하고, 불공정거래 행위에 대한 점검을 강화할 필요가 있다.