한편 2009년 개정 이후 중앙정부가 지방자치단체를 독자적인 대북지원 사업자로 인정하지 않아 중앙의 남북교류협력기금으로는 지원이 불가하므로, 각 시도 및 시군구는 자체적으로 재원을 조달하고 있다. 대개는 시의 출연금, 기금의 운용수익금, 기타수입금 등을 기금의 재원으로 확보하고 있으며, 이는 시 또는 주민의 남북교류 협력사업, 북한 도시와의 교류사업, 북한 재해·재난 및 기근 질병 등에 대한 인도적 사업, 통일문화조성사업 관련 교육 등에 사용된다. 2019년 10월 말 기준, 광역자치단체의 남북교류협력기금은 총 1,636억 원 정도 조성되었으며, 세종과 울산은 문재인 정부가 들어선 2018년에 처음으로 마련하였고, 경남은 2015년 폐지 후, 2019년 다시 조성하여 현재는 17개 광역자치단체에서 모두 남북교류협력기금을 설치한 상태다.