직장보육시설 설치 및 운영을 위해 정부에서는 고용보험기금에 의한 직접지원과 세제에 의한 간접지원을 해준다. 고용보험기금에 의한 지원은 <표 Ⅲ-7>에 제시된 바와 같이 보육시설 설치 시 2억 5천만 원의 한도 내에서 소요금액의 60%를 무상지원해주거나 시설건립·매입·임차·개보수 등을 위한 소요비용을 5억원까지 저리로 융자해주는 것이다. 또한 보육시설의 운영 시 시설장과 보육교사 및 취사부의 인건비를 1인당 월 80만원까지 무상으로 지원해주고 있다.
세제에 의한 지원 내역은 <표 Ⅲ-8>에 제시되어 있다. 우선 보육시설 설치·취득 시 취득금액의 7%까지 소득세나 법인세를 공제하여, 보육시설을 운영하기 위해 취득하는 부동산에 대해 관련 세액을 면제해준다. 이외 보육시설 운영 시 교재용 구입 기자재에 대한 특별소비세를 면세해주고 있으며 보육시설의 운영에 소요되는 경비를 필요경비로 인정하여 공제해주고 있다.
정부는 보육시설의 설치 장소 및 자금 등의 문제로 사업장내에 직접 직장보육시설을 설치하기 어려운 경우를 고려하여 공공직장보육시설을 설치, 운영하고 있다. 공공직장보육시설은 고용보험법에 의거하여 1995년부터 시작되어 설치·운영을 근로복지공단이 담당하고 있으며, 2006년 현재 전국에 24개소의 공공직장보육시설이 있다.