그러나 이러한 성과에도 불구하고 전직지원 교육과 관련하여 개선되어야 할 문제점이 없는 것은 아니다. 예를 들어 지속적으로 문제점으로 지적되어온 정부부처간의 중복성이 그것이다. 특히 전직지원교육에 있어서의 관련 기관간의 업무중복은 관련 업무를 국방부로 일원화함으로써 그 효율성을 제고할 수 있는 방안을 모색할 필요가 있다. 다시 말해서 국방부는 제대 예정군인 개개인에 대한 진단과 교육을 전담하고, 국가보훈처는 군복무로 인한 부상이나 피해를 입은 제대군인들에 대한 보상분야를, 고용노동부는 제대한 군인 중 취업을 하지 못한 사람에 대해 컨설팅과 인턴십 및 구직에 대한 지원 등을 분장하는 방안을 고려할 필요가 있다. 이를 통해 수요자인 제대 군인들의 혼선과 시행착오를 최소화하고 예산과 노력의 낭비를 방지하도록 해야 할 것이다. 한 예로 제대예정 군인들에 대한 보훈처가 주관하고 있는 전직기본교육, 고용노동부가 주관하고 있는 V-tap 과정, 또한 심화교육을 위한 보훈처 및 고용노동부의 여러 교육과정 등을 국방부 주관으로 이전하는 것을 고려할 수 있을 것이다.