(3) 축산경제지주회사의 분리
2000년 축산업계의 강한 반대 속에서 축협과 농협의 통합이 이루어진 이후 축산경제사업은 통합농협의 중앙회에서 추진하게 되었고, 그 것은2012년 경제지주회사 설립 후에도 이어지고 있다. 그런데 축산업계 등에서는 축산경제사업의 자율성과 전문성 보장을 위해 경제지주회사에서축산사업을 분리하는 것이 필요하다고 꾸준히 주장하고 있다.
이와 같은 주장에 대해 일부에서는 이의를 제기하고 있다. 즉 “농협의 산지유통과 도매단계는 농업경제와 축산경제의 전문성을 독자적으로 확립하는 것이 가능하겠지만, 식품산업과 소매유통 영역에서는 농경과 축경의 협력과 융합”이 중요하고, “최선의 방안은 축경지주의 설립이 아니라 축산품목별 연합회를 설립”하는 것이라는 입장이다.