행정자치부장관은 재정보고서의 내용을 분석한 결과 당해 지방자치단체가 다음의 경우에 해당할 때 재정진단을 실시할 수 있다. 구체적으로 재정진단은 세입예산 중 채무비율이 행정자치부장관이 정하는 비율을 초과하거나 채무 잔액이 과다한 경우, 결산상 세입실적이 예산액보다 현저히 감소하였거나 다음 연도 수입을 앞당기어 충당·사용한 경우, 인건비 등 경상비성격의 예산비율이 높아 재정운용의 건전성이 현저히 떨어지는 경우, 그리고 그 밖에 행정자치부장관이 재정보고서의 분석결과에 근거하여 재정의 건전성·효율성 등이 현저하게 떨어져 재정진단이 필요하다고 인정하는 경우에 실시된다(지방재정법시행령 제65조제1항).