과거 GATT 분쟁해결절차는 각 단계별로 시간제한이 없어 패널구성이나 패널보고서 채택에 있어 시간지연의 문제점이 발생했다. 이와 같은 문제점을 해결하기 위해 WTO는 각 단계마다 엄격한 시한을 설정(당사국 협의기간 60일, 패널절차기간 6개월, 항소심 2개월, 이행단계 최장 15개월)하고 있다.
또한 과거에는 패널보고서 채택에 있어 분쟁당사국들을 포함한 총의(consensus)형태였기 때문에 분쟁당사국의 반대로 인해 보고서가 채택되지 못하는 경우가 발생되었다. 이에 WTO 분쟁해결제도는 역총의(reversed consensus)방법을 적용하여 분쟁해결절차가 계속 진행되기를 원하는 당사국이 절차를 지연시키는 것을 방지하고 있다. 그리고 일단 양당사자 간 합의가 이루어지지 않을 경우에는 패널보고서가 사실상 자동적으로 채택될 수 있도록 설정하였다.
WTO 분쟁해결제도에는 분쟁당사국의 패널보고서 채택 시 거부권이 인정되지 않게 대안으로써 분쟁 당사국의 항소제도를 도입하였다. 항소제도의 도입은 패널보고서의 이행 확보에 도움을 주었고 7명의 무역관련 법률 전문가들의 구성으로 인해 사법적인 성격이 강화되었다. 그리고 역총의(reversed consensus)에서의 의사결정 시, 자동적으로 보복조치를 허용한다(박덕영, 2008; 이재형, 2004; 이성숙, 2006).