또한 통합수업을 하는 데 어려움을 겪지만 대부분 장애학생을 수업에 배제시킴으로써 다수 일반학생 중심의 수업으로만 이끌어 간다. 특히, 중등 장애학생은 담임교사뿐만 아니라 다양한 교과 담당 교사와의 관계도 이뤄져야 하므로 초등과는 달리 더 큰 심리적 불안과 부적응을 경험할 수 있다. 그러나 중등 비담임 교과 담당교사는 대체적으로 통합교육에 부정적 시각이 많았으며 특히 장애학생을 배려한 수업형태는 이루어지지 않고 있었다. 이는 중등교사가 통합교육에 초등교사에 비해 덜 호의적(안성우･김미경, 2001)이고 부정적(박소영외, 2017)이라는 맥락과도 부합된다. 이것은 통합교육 취지에서 벗어난 수업으로 교과 담당 교사의 책임감 있는 통합교육 인식이 절실한 부분이며 통합학급교사가 아니더라도 통합교육연수가 필요한 이유가 될 수 있다. 따라서 통합교육연수는 다른 연수에 포함되어 형식적으로만 이루어질 것이 아니라 독립연수로서 관리자, 행정가, 일반교사, 특수교사를 대상으로 이뤄져야 한다. 다른 연수에 포함된 부분연수를 실시할 경우에도 연수내용을 고려하여 연수대상자에게 도움이 되도록 해야 한다.