(3) 증여세 과세
공익법인(산학협력단)이 내국법인(기술지주회사)을 설립 시 주식 총 수의 5%를 초과해 보유하는 경우 「상속세 및 증여세법」에 따라 그 초과분에 대해 증여세를 납부해야 한다(법 제48조제1항 및 제2항). 대학으로부터 기술 등을 증여받은 것으로 보는 것이다. 다만, 앞서 기술한 20% 룰을 내국법인이 충족했을 경우 공익법인의 증여세 납부 의무가 면제된다. 그러나 산학협력법에서는 산학협력단이 기술지주회사를 설립 시 주식 총수의 50%를 초과해 보유하도록 규제(법 제36조의2)하고 있는데, 기술지주회사가 20% 룰을 미충족 한다면 산학협력단에게 과도한 부담이 발생(5% 초과 주식에 대한 증여세 부과)할 수밖에 없다. 이로 인해 공공기술의 사업화와 유망한 스타트업(자회사) 육성에도 지장이 초래된다.