정책연구소들은 대부분의 수입을 국고지원에 의한 정당지원금으로 충당하고 있으며, 2014년도의 경우 수입총액 기준으로 정당지원금의 비중은 80%를 상회한다.
지출내역을 살펴보면 정책개발비의 비중이 점차 높아지는 추세이며 2014년 기준 여의도 연구원 84%, 민주정책연구원 62%, 진보정의 연구소 59%로 가장 큰 비중을 차지하고 있다. 하지만 그 내역을 살펴보면 연구인력의 인건비를 정책개발비에 포함시키고 있을 뿐 아니라 대부분의 정책연구과제가 1~2개월 이내의 단기과제에 집중되어 있다.