노무현 정부는 임기 초반 한나라당이 다수의 위치를 차지하고 있는 분점 정부 상황에서 국회의 협조 및 조정을 시도하는데 있어 상당한 어려움을 겪었다. 더구나 민주당과의 관계에 있어서도 “당정분리”의 원칙을 고수하며 정치적 거리를 유지함에 따라 여당과의 관계 또한 매우 악화되었다. 결국 2004년 5월 청와대 조직 개편을 통해 오랜 기간 동안 공석으로 남아있던 정무수석실을 폐지하는데, 이는 당정분리의 원칙을 확고히 하는 한편, 각 정당의 원내정당화 추세 속에서 청와대가 정치에 직접 관여하지 않겠다는 의지를 나타낸 것이었다.
그러나 당정분리의 원칙과 정무수석실의 폐지에도 불구하고 정무조정을 담당하여 당·정·청 관계를 조율하는 기능은 반드시 필요했다. 결국 11인회니 7인회의니 하는 몇몇 정치인들로 이루어진 비공식적인 모임에서 정무기능을 대신하다 보니 여러 가지 어려움과 비효율성이 발생하게 되었다. 여당의 주요 인사들은 정무기능을 담당하는 기구를 부활시킬 것을 끊임없이 청와대에 요구했으나 결국 받아들여지지 않았다. 결과적으로 노무현 정부의 임기 말로 갈수록 소위 “대연정” 제안과 같이 대통령의 국정 어젠다에 야당은 물론이고 여당조차도 호응하지 않는 상황이 반복되었으며, 이로 인해 대통령의 정책추진 능력은 더욱 약화되었다.