다른 한편, 중소기업청의 창업투자조합 출자지원 사업은 2004년 7월 7일의 ‘중소기업 경쟁력 강화 종합대책’과 그리고 동년 12월 24일의 ‘벤처기업 활성화 대책’에 따라 2005년부터 모태조합을 통한 간접지원 체제로 전환되었다. 이에 따라 2004년까지 창업투자조합 및 구조조정조합 출자지원 사업을 직접 수행하던 중소기업진흥공단은 2005년부터 중산기금을 재원으로 모태조합에 결성자금을 출자지원하고, 그대신 모태조합 전담운용기관인 한국벤처투자(주)에서 벤처캐피탈 투자펀드에 대한출자사업을 수행하고 있다. 2005년도에 중소기업진흥공단은 1, 700억원(창업투자조합출자지원 예산 1, 500억, 구조조정조합 출자지원 예산 200억원)을 모태조합에 출자하였다.