더구나 국고보조금의 교부는 각 정당의 당내정치에도 커다란 영향을 미치고 있다. 개별 정치가가 기업이나 조직으로부터 정치자금 수수가 불가능해 지면서 정치자금이 정당으로 일원화되었다. 그러므로 중앙당의 권한이나 당 대표의 권한이 강화되었다. 자민당의 예를 살펴보면, 자민당 총재의 권한은 1994년 정치개혁 성과가 가시화되는 2000년대 이후 강화되었다. 총재의 권한강화는 기존의 파벌, 후원회 중심의 정당정치는 물론 자민당 의사결정방식도 분권형 정책결정방식에서 중앙 집권형 구조로 변화하게 되었다. 이러한 변화 이면에는 선거나 정당정치에 동원되는 정치적 자원의 조달과 배분방식이 근원적으로 변화하였기 때문이다. 민주당의 경우에도 이러한 변화는 유사하게 나타나고 있다.
정당의 수입구조에서 국고보조금이 차지하는 비중이 큰 것은 이미 앞에서 살펴보았다. 2007년 기준으로 319억 엔이라는 금액은 국회의원 1인당 4,424만 엔에 해당한다. 이러한 금액이 국회의원에게 일률적으로 배분되는 것은 아니지만 자민당은 연간 1,000만 엔을 지구당 경상비로 지원하고 있다. 중앙당에서 지방지부로 지원이 가능한 재원은 역시 국고보조금이다. 정당에 대한 국고보조금 지원은 국회의원으로 하여금 정당에 소속하게 하는 유인을 제공해 주기도 한다. 일본에서 자민당 의원의 평균 정치자금 수입은 8,610만 엔이다. 그러나 무소속의원의 정치자금 수입의 평균은 6,102만 엔으로 나타났다.