세 번째 운영상 쟁점은 지역문화재단의 정치적 중립성에 관한 것이다. 대부분의 지역문화재단 이사장직은 지방자치단체장이 겸하고 있다. 대표이사직은 대체로 민간 전문가들에게 맡기는데, 대표이사의 임기가 짧은 데다 임기가 보장되지 못하고 교체되는 경우가 잦다. 지역문화재단의 핵심 보직 임명을 둘러싼 논란도 끊이지 않는데, 2018년에 있었던 한 기초지역문화재단 주관 축제 운영 논란이 대표적 예이다. 축제 분야에서의 경험이 많지 않은 자가 예술감독으로 선임되자 예술인들이 반발했고 관련 정보의 공개를 요청했으나 지역문화재단이 공개를 거부하며 갈등이 격화된 바 있다.