선관위의 이러한 제안은 현행 보조금 배분 방식이 교섭단체를 구성할 수 있는 대규모 정당에 유리하게 설계돼 있다는 학계와 시민단체의 문제 제기를 받아들인 것이다. 헌법재판소도 정당 후원회 금지에 대한 헌법불합치 결정 시 그 결정문에서 현행 정치자금 공급구조가 군소정당에 불리한 측면이 있음을 언급하고, “거대정당들이 국고보조금에 의존하여 운영됨으로써 국가의 정치적 영향력이 가중되고 일반 국민과의 거리가 멀어지게 될” 우려도 존재하는 만큼, 향후 정당후원회가 허용되면 국고보조금의 배분·지급 구조도 함께 개선해 나가야 한다고 밝힌 바 있다.
그러나 ‘교섭단체 우선 균등배분’은 정당국고보조제도가 시작된 1980년 이래 유지돼 온 전통으로 이의 폐지 여부는 정치권 전체의 논의와 합의가 필수적인 사항이라 할 것이다.