다음으로 법제도적 위험요인에 해당하는 사업내역과 선정여부를 살펴본다. 법제도적 위험요인은 주로 WTO 보조금 협정에 따른 회원국의 제소 가능성이 존재하는 경우가 대부분의 요인이다. 일반적으로 통상문제는 WTO 보조금 협정 요건에 대한 도식적 구도 하에서 가부로 결론이 나지 않기 때문에 사업시행 과정에서 세심한 주의가 필요한 것으로 알려져 있다. 또한 서비스 무역에 관한 일반협정, 정부조달협정 등의 규범 역시 검토되어야 하는 문제다. WTO 패널보고서 및 상소기구 보고서, 분쟁해결사례 등을 참고하여 대비책을 마련하는 방안이 필요하다는 의견 등이 주를 이루었다. 그 밖에 사업의 특성 상 국내·외적 법령이 검토되거나 반영되어야 하는 부분과 특허분쟁의 소지가 있는 등의 법적 위험요인이 제시되었다.
사업별로 ‘폐자원 및 바이오매스 에너지화 기술개발사업’의 경우 기술개발을 위한 R&D 투자는 계속되어 왔으나 상용화로 이어지지 못한 주요 원인의 하나로 관련정책 및 규제 무제가 지적되고 있다. 따라서 법제도적 불확실성 및 시장제약 요인 해소를 통해 정책 추진의 효율성을 제고하고 시장 활성화를 도모해야 한다는 지적이 언급되고 있다. 또한 추진을 위해 필요한 관계 법령 개선사항을 지속적으로 발굴 개 정해야 하며, 관계부처 및 부처 내 부서 간 협의를 통해 개선필요 법령의 개정작업을 완료해야 한다는 계획이 명시되어야 한다는 의견이 제시된 바 있다.