나. 구조조정기금 통제방안
공적자금 통제방안에 대해서도 많은 논의가 있었는데, 새롭게 설치되는 구조조정기금을 적절하게 관리하고 통제할 곳이 없다는 인식 때문이었다. 구조조정기금도 국가재정법 상 기금으로 국가재정법에 따라 감사원 감사와 국회의 통제를 받도록 되어 있지만 보다 강화된 통제를 위해 국회는 ｢공적자금관리특별법｣을 개정하여 공적자금관리위원회를 다시 설치하기로 하였다.
국회는 당초 공적자금관리위원회가 발족되는 시점부터 구조조정기금을 사용할 수 있도록 제한하려고 하였다. 그러나 향후 경제상황의 불확실성이 매우 높아 공적자금관리위원회가 발족되기만을 기다릴 수 없다는 지적도 있었다. 결국 국회 논의과정에서 선박인수 및 금융권 PF 부실채권매입은 공적자금관리위원회가 설치되기 전에 우선 추진하되, 기타 부실채권은 공적자금관리위원회가 설치된 후에 처리하기로 하였다.
구조조정기금 설치를 위한 「자산관리공사법」 개정안은 국회 심의를 거쳐 2009년 5월 13일 공포되었으며 재원조성 및 신속한 집행을 감안하여 공포한 날부터 시행되었다.