또한, 아동보호전문기관의 상담사는 다양한 아동학대 사례개입 과정에서 학대행위자 등과 마찰이나 폭력 등에 노출되는 어려움이 있고(이호중, 2009), 전국 아동보호전문기관의 종사자 대상 설문조사에서 응답자의 62.8%가 폭력을 경험하였다고 하였다(신준섭, 2008). 2012년 국정감사에서도 아동보호전문기관 상담사들이 아동학대 가해자의 폭력과 횡포에 속수무책으로 노출돼 상담사에 대한 가해자의 위협행위에 대한 방지대책이 필요하다고 논의된 바 있다. 또한, 아동학대 현장에 출동하는 경우 사실상 현장의 횡포를 막을 방법이 없고, 이후 가해자가 기관으로 찾아와 상담사를 위협하기도 한다(이혜연, 2012.10.24.). 그리고 상담사는 수사 및 재판과정에서 증인으로 출석할 경우 신상정보가 노출되어 2차 피해를 당하는 경우도 있는 등(경북남부 아동보호전문기관, 2010) 국민의 기본권을 보장받지 못하고 있다.
이러한 많은 고충과 기본권을 보장받지 못하면서도 상담사들은 상담업무를 해야한다. 여러 가지 현행법에서 상담사로서의 의무를 규정해 놓았기 때문이다. 이처럼 상담사에게 일방적으로 의무만을 규정해놓고 그에 따른 권리보장 규정을 마련하지 않은 것은 법의 형평성이 미비함을 뜻하며, 그만큼 상담사들이 기본권을 보장받지 못하고 있다는 현실의 반증이다.