④｢원자력진흥법｣ 제13조 제1항에 의한 원자력 연구개발사업 비용부담금
교육과학기술부장관은 원자력연구개발사업계획을 수립하고, 이를 효율적으로 추진하기 위하여 매년 연구과제를 선정하여 ｢기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률｣에 따라서 관련 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구개발하게 할 수 있으며(제12조 제1항), 원자력연구개발사업을 실시하는 데 소요되는 재원의 일부는 발전용원자로를 운영하는 자로부터 부과·징수하는 부담금으로부터 조달한다(제13조 제1항).
｢원자력진흥법｣ 제13조 제1항에 근거하여 발전용원자로를 운영하는 자로부터 정부가 거두는 부담금은 국가가 필요로 하는 원자력 연구개발 사업이라는 특정한 공익사업을 수행하기 위한 재원을 조정하기 위한 것이며, 국가가 제공하는 특정한 용역이나 재화의 공급에 대하여 반대급부로서 거두는 것이 아니다. 다시 말하자면, ｢원자력진흥법｣ 제13조 제1항에 의한 부담금은 ｢부담금관리 기본법｣상의 전형적인 부담금에 해당한다.
따라서 이러한 부담금의 수입을 관리하고 지출하고 이를 통하여 특정한 공익사업을 수행하기 위해서는 일반적으로 다른 부담금과 유사하게 기금의 형식이 동원된다. 정부는 원자력연구개발사업에 소요되는 재원을 확보하기 위하여 원자력연구개발기금을 설치하며(제17조 제1항), 기금은 다음의 재원으로 조성한다. 1. 제13조에 따른 부담금 및 제14조제2항에 따른 가산금 2.기금의 운용으로 생기는 수익금 3. 제3항에 따른 차입금 및 그 밖의 수입금.
｢원자력안전법｣ 제111조 제3항에 의한 부담금과는 달리 원자력진흥법 제13조 제1항에 근거하여 부과하는 부담금을 기금화한 것은 원자력사업과 관련된 제반 안전성을 보장하기 위한 공익사업의 특수한 성격으로 인하여 국가의 다른 일반적인 과제와는 별도로 처리하여야 하는 측면이 있기 때문이다. 따라서 이러한 요건이 그로 인한 수입의 관리와 지출을 ｢부담금관리 기본법｣에 의한 부담금과 그에 따른 기금의 형태로 운용하는 것을 정당화할 수 있는 것이다.