과학기술 정책 이슈 및 사업 간 조정 또는 연계 등이 필요한 사업을 미래부가 직접 선정하여 성과를 심층분석하는 특정평가는 사업별 추진체계 효율성 및 성과 효과성 제고 측면에서 중점 심층분석하고, 사업군 평가 확대를 통해 국가·사회적 주요 정책분석을 강화하기 위한 평가제도이다. 특정평가는 국가연구개발사업 등의 성과평가 및 성과관리에 관한 법률(연구성과평가법) 제7조를 근거로 시행되고 있는데, 법률에 의해 그 대상이 1)장기간 대규모의 예산이 투입되는 사업, 2) 사업 간 중복조정 또는 연계가 필요한 사업, 3) 다수 중앙행정기관이 공동으로 추진하는 사업, 4) 국가적·사회적 현안으로 대두된 사업, 5) 그 밖에 미래창조과학부장관이 특정평가를 실시할 필요가 있다고 인정하는 사업 등으로 제시되어 있다.