(2)투자금융
투자금융은 그동안 개선을 위하여 모태조합으로 일원화되었다. 그러나 중소기업청이 관리하는 모태조합으로 정부의 출자지원 정책이 일원화됨에 따라 출자지원의 수익성과 재무적 효율성은 높아졌지만 정부부처들이 관리하는 각 업종들에서의 정책적 산업·기술 육성 목표의 달성을 위한 정책수단의 하나가 상실된는 문제점이 있다. 이는 어떤 방식으로 각 부처의 특정산업 육성정책을 모태조합의 출자지원 정책과 긴밀하게 결합시킬 것이냐의 문제로 귀결된다. 따라서 이 문제의 해결을 위해서는 모태조합의 운용에 있어서 정보통신부, 문화관광부와 같은 산업정책 담당 부처들과 그리고 그 산업정책의 집행을 위탁받고 있는 문화콘텐츠진흥원, 정보통신연구진흥원과 같은 전문조직들과의 긴밀한 협력체제 구축방안이 모색될 필요가 있다. 
또한 이러한 협력체제는 다른 측면에서도 필요하다. 즉 모태조합을 통한 간접지원방식이 기존 방식에 비해 보다 높은 수익성과 높은 효율성을 달성할 수는 있다고 하지만 국가적 정책목표 달성을 위해 장기적이고 과감한 출자지원이 필요한 경우에도 과연 모태조합이 수익성의 희생을 무릅쓰고 지원에 나서겠는가라는 우려가 제기되고 있다. 따라서 각 부처의 책임인 국가적 정책목표와 모태조합의 책임인 수익성 목표 사이의 조화를 이루어내야 하며 이를 위해서도 모태조합과 각 정부부처, 그리고 정보통신연구진흥원과 같은 전문적 관리기관들과의 긴밀한 협력체제가 구축될 필요가 있다.