셋째로 경제적 타당성과 관련하여 일관성을 확보해야 한다는 것이다. 사업계획서를 작성하는 연구진과 예비타당성 평가를 수행하는 연구진의 입장차이로 인하여, 경제적 타당성 분석 방법론이 각기 다르게 적용되는 경우가 존재한다. 이러한 문제점은 연구자가 해당연구개발사업을 어떻게 바라보는가에 대한 시점에 따라 명확하게 구분된다. 비용편익분석을 우선으로 한다는 지침이 마련되어 있는 이상 사업계획서를 작성하는 연구진은 비용편익분석을 선택할 수밖에 없는 상황에 처하게 된다. 하지만, 예비타당성 평가를 수행하는 연구진에서 방법론을 비용효과분석으로 바꾸고, 평가를 수행하게 되는 경우 분석에 따른 비용이 발생한다는 것이다.
이러한 문제점을 해결하기 위한 방안으로 기획재정부에서 예비타당성 조사를 수행할 사업을 선정하는 과정에 경제적 타당성 분석방법을 일부 확정해 줄 필요가 있다는 것이다. 이러한 절차를 통해 계획서와 평가서를 작성하는 과정에서 발생하는 비용을 최소화하는 것 또한 연구개발 수행 전체과정에서 효율성 제고를 위해 필요한 과정이라는 것이다.