총액인건비제도는 그 시행과정에서 여러 가지 역기능을 수반할 가능성이 다분하다. 하지만 인건비 총액의 범위 내에서 자율적으로 인력의 규모 및 직급·직렬을 감안하여 인건비를 배분함으로써 세출예산의 절감을 이끌수 있는 장점을 갖고 있다. 부연하면 부작용 발생의 우려에도 불구하고 총액인건비제도는 행정의 생산성과 인건비 예산을 연계시킴으로써 공무원이 자신의 업무에 대해 강한 동기를 갖도록 유도하는 한편 세출예산 감축의 성과를 제공하는 역할을 한다고 할 수 있다.
총액인건비제도가 관련 공무원들 간의 선의 경쟁을 통해 상호 발전을 이룰 수 있는 동기를 부여하고, 동시에 예산절감의 효과를 제공할 수 있기 위해서는 적지 않은 보완대책이 마련되어야 한다. 예컨대 동일한 직급·직렬에 속하는 공무원 간에 차등적인 인건비를 지급함에 있어 근거가 합리적으로 설정되어야 하며, 차등적 인건비 책정은 인센티브 차원에서 이루어져야 한다. 또한 관리자에 의한 인건비 배정에 자의성과 주관성이 반영되지 않도록 사후적 통제 방안을 강구하여 각 부처의 책임성을 확보할 수 있어야 한다.