(2) 채권이자 원천징수제도
채권이자에 대한 원천징수는 이자지급시 원천징수문제와 중도매매시 보유기간에 대한 이자상당액 원천징수문제로 구분할 수 있다. 소득세법 및 법인세법 모두 채권이자을 원천징수대상에 포함하고 있으며, 채권이자를 지급하는 자는 채권이자소득의 14% 상당액(소득세법 제16조 제1항 제12호 비영업 대금의 이익의 경우 25%)을 원천징수하여야 한다(소득세법 제129조 제1항 및 법인세법 제73조).
금융소득 종합과세제도가 시행되기 이전에는 이자소득의 귀속자는 최종적으로 이자를 수령하는 자였으나, 금융소득 종합과세제도의 시행으로 소득의 귀속자를 분명하게 가릴 필요성이 발생하였다. 이로 인해 채권의 중도매매시 보유기간 이자상당액을 이자소득으로 명문화하여 보유기간별로 과세하도록 하였으며, 소득세법 시행령 제45조 제10호에서 채권 등의 보유기간이자상당액에 대하여 당해 채권 등의 매도일을 수입시기로 보고 소득세법 제46조 제2항에서 채권 등 보유 기간에 이자상당액에 대한 원천징수의 근거를 마련하였다.
한편, 내국법인과 금융기관간에는 대리 위임의 관계가 있는 것으로 보아 소득금액을 지급받는 자가 금융기관일 경우 원천징수의무의 위임을 받은 금융기관이 원천징수의무를 지닌다(법인세법 제73조 제3항 및 제4항).