이와 아울러 공공감사법은 감사원과 자체감사기구 간 협력체계를 구축하고, 감사중복을 방지하며, 감사원이 자체감사활동을 지원 및 개선하도록 하는 사항을 규정하고 있다.
공공감사법의 제정은 그동안 유명무실했던 자체감사기구의 내부통제 기능을 강화하고, 감사원과 자체감사기구간 협조체제의 구축으로 비리발생에 총력 대응할 수 있는 토대를 만들었다는데 그 의의가 있다고 할 것이다.
그러나 이 법의 시행 이전에 문제점으로 제기된 바 있던 이른바 ‘제 식구 감싸기’ 라는 자체감사의 문제점을 해결하기 위해 도입된 개방형직위의 감사기구의 장의 채용이 실질적으로 독립성을 확보할 수 있는 방안인지에 대하여는 다음에서 검토하는 바와 같이 추가적인 연구가 요청되는 사안이라 할 것이다.