‘부실채무기업 특별조사단’은 부실채무기업에 대한 조사를 전담하기 위하여 예금보험공사에 설치된 조직이었다. 재정경제부·법무부 등 유관기관이 참여한 ‘공적자금 조사협의회’에서 결정하여 2001년 12월 24일 설립·운영되어 왔으나, 2006년말까지 717개 부실채무기업에 대한 현장조사를 완료하였다.
‘부실채무기업 특별조사단’은 2008년 3월말 조직개편을 통해 부실금융회사에 대한 조사 전담 부서인 ‘조사부’와 통합하여 ‘금융부실책임조사본부’로 개편되었다. 현재 ‘금융부실책임조사본부’는 금융조사국, 기업조사국, 조사총괄부 및 재산조사부의 조직을 두고 검사 3인(본부장 1, 국장 2)을 포함한 유관기관 인력 7인 및 예금보험공사의 조사 전문인력 등으로 구성되어 있다.
부실채무기업에 대한 조사는 부실 발생 이후 상당 기간이 경과한 뒤에 착수하는데다 대상 기업의 분할·합병·매각등 사유로 관련 자료를 확보하거나 당시 업무 담당자를 직접 조사하는데 많은 어려움이 있었다. ‘금융부실책임조사본부’는 검찰·경찰·국세청·관세청 및 금융감독원 등 유관기관의 전문 조사인력 지원 및 정보 공유 등 유기적인 협조를 통해 부실관련자에 대한 철저한 책임추궁을 위해 최선의 노력을 다하여 왔다.
조사과정에서 드러난 주요 부실책임 유형으로는 분식회계를 이용한 부당대출, 회사채 발행 및 부당이익배당, 부실계열사에 대한 부당자금지원, 대주주 부당지원, 임·직원의 회사자금 및 부동산 횡령 등이 있다.