그럼에도 불구하고 과잉어획과 불법어업 문제가 지속적으로 제기됨에 따라 1993년 FAO는 공해 상 조업하는 ‘무국적’ 선박과 규제를 회피하기 위해 수시로 국적을 바꾸는 ‘편의치적’ 선박 등에 대하여 공해어업을 금지하고, 자국 선박을 등록하는 기국의 책임을 강화하는 내용의 “공해 조업 선박의 국제적 보존관리조치 이행을 촉진하기 위한 협정”을 채택하였다. 동 협정에서는 선박의 기록 유지와 국제협력에 관한 사항들이 주로 규정되어 있는데, 특히 위법 혐의가 명백한 어선이 항구에 접근할 경우 항만국이 관할권을 행사할 수 있도록 규정함에 따라 그 동안 기국에게 부여되었던 통제권을 항만국에게도 부여되었다(FAO, 1995a).