그리고 업무매뉴얼이 존재함에도 불구하고, 자살예방위기관리 업무를 담당하는 센터, 경찰, 긴급구조요원 간의 협조체계가 신속하고 유기적으로 이루어지고 있지 못할 뿐만 아니라, 그로 인해 3단계 예방시스템(사전예방-고위험군 조기발견 및 치료-유지)이 제대로 운영되지 못하는 실정이다.
자살에 직접적인 영향을 끼치는 것으로 알려져 있는 우울증에 대한 자가검진 프로그램이 블루터치 홈페이지(http://www.blutouch.net)에서 제공되고 있지만, 예산의 부족으로 이에 대한 적극적인 홍보가 이루어지지 못하는 한계 등도 발견되었다. 자살예방사업을 추진하고 있는 대표적인 민간 시민단체인 한국자살예방협회, 생명의 전화 등과 지자체 센터, 중앙정부와의 협조적 거버넌스 구축이 제대로 이루어지지 못하고 있는 상황에 대한 지적도 있다.