작은 정부이론의 제약 하에서 새로운 정부 기능을 담당하는 조직을 신설 할 수 있는 방법은 ‘위원회 조직’을 활용하는 것이었다. 독임형 부처 조직은 정부조직법을 개편해야 할 뿐만 아니라, 독임형 부처의 신설은 정부 조직의 확대를 가져와 큰 정부를 만든다는 비난에 직면하게 된다. 이에 비해 위원회 조직을 신설하는 것은 정부 조직을 확대하는 것은 아니라는 점에서 새로운 정책 업무를 담당하는 조직으로서 환영받아 왔다.
그러나 문제는 독립된 부처조직에 비해 위원회 조직은 여러 가지 단점을 지닌다. 다음의 표는 이들의 장점과 단점을 비교하고 있다. 독립 부처의 가장 큰 단점으로는 근원적인 제약조건인 작은 정부이론의 틀을 충족시키기가 어렵다는 점이다. 이에 비하여 위원회 조직은 비교적 작은 정부이론의 틀로부터 자유롭게 운영할 수 있다는 장점을 가지고 있지만, 고도의 정책기획력과 집행력을 담보하기 어렵다는 취약점을 지닌다.
다른 한편으로 정책 과정의 흐름에 따라 독립 부처와 위원회 조직의 장점을 비교할 수 있다. 앞서의 논의에서 지적되었듯이, 위원회 조직은 다양한 문제점의 수렴을 통한 정책 문제의 발견과 조정에서 장점을 지니는 반면, 정책기획력과 집행력의 약점을 지닌다. 이에 비하여 독립 부처는 고도의 정책기획력과 집행력을 담보할 수 있지만, 복합적인 정책문제를 이슈화시키고 발견하는 데에는 어려움을 겪을 가능성이 높다.