정부 연구개발사업의 비효율성, 저성과에 대한 지적은 출연연을 비롯한 다양한 연구기관의 보고서와 언론 기사를 통해 지속적으로 제기되고 있다. 하지만, 문제점에 대해 모두 공유하고 있는데 반해, 제기된 문제점이 실질적으로 해결되지 못하는 상황이 되풀이되고 있다. 이에 본 연구에서는 이러한 문제점이 단일의 행위자 혹은 단일의 제도에서 비롯된 문제가 아니라는 전제하에 우리나라 연구개발 시스템의 구조적인 측면에서 문제해결 방안에 접근하고자 한다. 이에 연구개발의 기획, 예산, 평가 시스템의 연계를 중심으로 문제점을 탐색하고, 개선방안을 도출하고자 한다.
일반적으로 하나의 사업이 성공적으로 수행되기 위해서는 국가 전체 차원의 관점에서 정책목표가 설정되고 이를 달성하기 위한 다양한 활동 및 세부사업들이 기획과정을 통해 그 우선순위가 수립되어야 한다. 이러한 전략적 기획을 기반으로 해당 사업에 대한 예산이 배분 및 조정되고, 예산이 집행된 이후에는 성과평가를 근거로 성과미달성의 원인 혹은 성과달성의 요인을 분석하여 차기 전략기획과 예산에 반영하는 선순환 구조가 만들어져야 한다. 이러한 시스템적 접근에 근거하여 우리나라 연구개발 기획-예산-평가 시스템을 다음 그림과 같이 도식화하였다.
이에 과학기술기본계획 및 국가 차원의 연구개발 투자방향과 전략, 부처 수준의 기획과 사업기획이 계층적으로 연계될 필요가 있으며, 국가 차원의 연구개발 투자방향과 전략이 연구개발 예산에 반영되고, 성과평가의 결과가 정책 및 사업기획과 연구개발 예산조정배분에 반영될 필요가 있다. 이러한 규범적인 틀을 중심으로 우리나라 연구개발 기획, 예산, 평가 시스템의 연계체계를 진단하도록 한다.