마지막으로 대통령, 국회의원, 단체장을 선출하는 투표와 달리 주민소환투표는 투표장에 가는 것 자체가 이미 특정인에 대한 정치적 의사를 표출하는 것으로 보여 완전한 ‘비밀투표’가 보장받기 힘들다. 특히 구례나 삼척의 경우처럼 유권자 숫자가 적고 공동체문화가 깊게 뿌리내린 소규모 지자체의 경우 ‘비밀투표’의 담보는 더욱 어렵다. 오히려 직접민주주의를 실현하고 선출직 대표들에 대한 정치적 책임을 묻고자 하는 현행 제도가 주민을 억압하고 통합을 저해하는 제도로 인식된다면 우리나라의 민주주의는 물론 지방자치에도 걸림돌이 될 것이다. 주민들의 자유 투표 행위가 보장될 수 있는 제도적 장치가 마련되지 않는 한 주민소환은 형식에 불과한 제도로 남을 수밖에 없다. 이를 보완하는 방법으로 소규모 지자체 소환투표의 경우 철저한 기술적 검증과 보완을 전제로 우편투표나 인구조사와 같은 방문투표 등을 대안으로 검토해야 한다.