본 보고서에서 밝힌 사용후핵연료 관리와 관련된 입법 및 정책적 쟁점 사항은 다음과 같은 것들이 있다. 첫째, 원전 내 사용후핵연료 저장 수조가 포화되면 원전을 정지해야 하고 따라서 전력수급 등의 문제가 발생하므로 지하처분 시설 건설이 시급하다는 주장과 전력예비율이 20% 이상 상회하고 대체발전원이 있으므로 보다 충분한 시간을 갖고 논의하자는 주장이 있다. 이러한 논쟁 과정에서도 사용후핵연료는 발생하므로 수조의 포화문제를 해결하기 위한 기술 개발과 운용 방안을 마련하는 것이 필요하다.
둘째, 원자력산업계에서 추진하는 사용후핵연료 관리시설(방사성폐기물 관리시설)과 과학기술계에서 계획하고 있는 파이로 프로세싱 시설 및 실증용 소듐냉각고속로(핵연료주기시설)는 모두 사용후핵연료를 육상에서 보관하는 시설을 필요로 한다. 사용후핵연료가 반입되는 지역을 통합 운영할지 아니면 산업계와 과학기술계가 각각 분리하여 운영할지가 쟁점이 된다.