넷째, 전담 사무기구의 부재이다. 특히 행정협의조정위원회의 경우, 법규정상 운영 주체와 실질 운영 주체 간 괴리의 문제가 제기된다. 행정협의조정위원회는 지방자치법상 국무총리실 산하 기구이지만 실제 운영은 행정안전부 자치행정과가 담당하며, 자치행정과는 정부 간 분쟁조정 업무를 지방자치 행정의 일부분으로 다룸으로써 분쟁조정 제도의 활성화를 기대하기 어려운 구조이다. 중앙분쟁조정위원회와 지방분쟁조정위원회의 경우에도 정부 간 분쟁 조정을 지원할 수 있는 전문 인력과 조직을 갖추고 있지 못한 게 현실이다.