(2) 사법적 해결방식
사법적 갈등해결방식은 법원소송을 통해서 정부간 갈등을 해결하는 것이다. 현재 정부간 사무권한과 관련한 다툼이 있을 때는 헌법재판소에 권한쟁의심판을 청구할 수 있다.
1995년부터 2010년 6월 현재까지 헌법재판소에 중앙과 지방정부간 권한쟁의심판 신청은 19건이었으며, 심리가 진행 중인 4건을 제외하고, 15건의 처리결과는 [표 1]과 같이, 심판청구가 부적법하여 각하된 사건이 8건, 기각 3건, 일부 각하･기각 3건, 그리고 인용은 1건에 불과하였다. 인용된 1건은 지방의 자치사무에 대하여 실시한 정부합동감사가 지방자치권을 침해했는지 여부에 대한 심판이었다.
한편, 중앙정부의 직무이행명령 등에 대해 자치단체장이 이의가 있을 때는 이행명령서를 접수한 날로부터 15일 이내에 대법원에 소송을 제기할 수 있다. 사법적 판결방식은 갈등조정방식 중에서 가장 구속력이 높으나, 재판결과에 따라 이해관계자가 승-패(win-lose)로 갈리고, 많은 소송비용과 시간이 소모되는 단점이 있다.