위기관리정책과 거시건전성정책은 금융안정 차원에서 상호보완적인 관계에 있으므로 서로 조화롭게 운용될 필요가 있다. 먼저 두 정책은 모두 궁극적인 목표인 금융시장의 안정을 추구한다는 점에서 공통적이다. 우선 거시건전성정책은 금융안정 위협요소를 제거하고 금융시스템의 복원력을 강화한다. 그리고 이러한 거시건전성정책 등의 수행에도 불구하고 금융불안정이 초래될 경우 이를 수습하기 위해 위기관리정책을 수행하게 된다.
또한 위기관리정책이 사후적 대응 중심이지만 사전적으로도 금융안정 효과를 일부 발휘하게 됨으로써 거시건전성정책의 부담을 완화시키기도 한다. 예를 들어 예금보험제도 등의 위기관리정책을 통해 뱅크런(bank run)과 같은 금융불안상황이 발생하는 것을 사전적으로 예방할 수 있다. 또한 효율적이고 신뢰성 있는 정리절차(resolution regimes)는 금융기관의 도덕적 해이와 과도한 위험추구행위를 방지함으로써 결과적으로 거시건전성정책 수행에도 기여하게 된다.
반대로 거시건전성정책이 위기관리정책의 수행에도 도움이 될 수 있다. 거시건전성정책당국은 시스템리스크 및 금융시스템 취약성을 유발하는 요인에 대한 분석을 바탕으로 위기관리 정책당국에 정책수행에 필요한 조언을 제공할 수 있다. 또한 과도한 부실자산은 금융기관 정리절차 수행에 장애요인으로 작용할 수 있는데 적절한 거시건전성정책은 이러한 부실자산 축적을 완화함으로써 정리절차가 보다 원활하게 진행되는 데 도움을 줄 수 있다.