위와 같은 방식의 일명 ‘비영리공익법인 제도’가 도입될 경우, 공익성이 인정된 비영리법인은 고유목적사업 외에 수익사업을 하는 경우에도 고유목적사업준비금 설정(현행 설정한도 폐지)을 통해 과세상 혜택을 누릴 수 있다. 반면에 공익성이 인정되지 않는 비영리법인은 영리법인과 유사한 소득과세의 적용을 받게 된다.
앞서 문제가 된 비영리의료기관의 경우, 이 제도의 적용으로 공익성이 부정되는 의료법인은 고유목적사업으로 인한 소득이라는 것이 인정되지 않으므로, 각 사업연도의 소득에 대해서는 영리법인과 동일하게 과세될 것이다.
다만 이러한 경우에도 비영리법인의 개념정의 상 청산 시 잔여재산은 국고 등에 귀속된다. 이처럼 영리법인과 달리 청산소득에 대해서는 과세되지 않는다는 점에서 소득과세면에서 영리법인과 항상 동일하게 과세되는 것은 아니다.
비영리법인의 과세체계에 대한 이러한 변화시도는 영리추구 여부와 관련하여 논란이 되고 있는 현행 비영리법인세제의 한계점을 해결할 수 있는 대안 중의 하나가 될 수 있다.