(3) 특별지원 및 재정·교육특례
정부는 세종시의 도시계획 등 각종 지역 개발을 위하여 행정상 재정상의 특별한 지원을 할 수 있도록 법적 규정을 두었다.
그리고 중앙정부로부터 지원받는 지방교부금은 다른 특별 광역시와 마찬가지로 보통교부세를 받으며 이와 별도로 세종시의 안정적인 출범과 시정을 위해 출범이후 5년간 재정수요액과 수입액 차이의 이내에서 추가 지원을 받게 된다.
한편, 세종시 교육행정은 특별자치시 승격에 따라 교육자치제도가 도입되면서 자율성이 부여되었다.