한편, 「제1기 공적자금관리위원회」 기간인 2002년 정부는 그동안 조성·투입된공적자금에 대한 회수 논란 및 상환의 불확실성 등을 불식하기 위해 공적자금상환대책을 마련하였다. 이는 당시까지 회수가 어려울 것으로 추정되는 공적자금 부채69조원 중 재정과 금융회사에서 각각 49조원과 20조원을 부담한다는 것이 골자였다.
즉, 2001년까지가 공적자금을 2차례에 걸쳐 조성·지원하고 관리체제를 정비하는 시기라면, 2002년 이후부터는 정부가 공적자금이 투입된 금융회사를 민영화하기 위한 노력을 본격적으로 전개하여 공적자금 회수에 주력하는 한편, 회수가 불가능한 공적자금 손실분에 대한 상환대책을 수립하여 이를 이행하는 등 공적자금회수와 상환이 공적자금 운용의 중심이 되는 시기라고 할 수 있다.
세 번째 「공적자금관리위원회 부재기」 는 2008년 2월 공적자금의 관리·운용을 담당해왔던 공적자금관리위원회가 「금융위원회의 설치 등에 관한 법률」 개정(부칙〈제8863호, 2008.2.29〉 제5조)으로 폐지됨에 따라 공적자금관리 업무가 재정경제부에서 금융위원회로 이관된 이후의 시기이다.
공적자금관리위원회가 폐지된 것은 공적자금의 운용 등에 관한 사항 중 중요한 정책적 판단을 요하는 공적자금 투입 관련 정책결정기능이 대체로 종료된 상태인 점, 2002년에 마련된 공적자금상환대책에 따른 공적자금 회수 및 상환 등의 업무만 남은 점과 신정부 출범에 따른 효율적인 정부조직을 만들기 위한 정책적 판단에 기인한 것이었다.
네 번째 「제2기 공적자금관리위원회」 는 2009년 5월 「공적자금관리특별법」(2009.5.27.)의 개정으로 구조조정기금 및 금융안정기금을 공적자금의 범주에 포함시키고, 공적자금관리 업무를 담당하기 위해 공적자금관리위원회를 재설치하도록 한 이후의 시기이다.
2009년 8월에 공적자금관리위원회를 다시 설치한 것은 글로벌 금융위기에 대응하기 위해 설치된 구조조정기금과 금융안정기금 등을 투명하고 효율적으로 통합관리하기 위해서였다.
공적자금관리위원회는 정부위원 2인, 민간위원 6인(국회 추천인사 2인 포함) 등8인으로 구성하고, 위원회 기능을 효율적으로 수행하기 위해 ‘매각심사소위원회’와 ‘자금지원심사소위원회’를 두기로 하였다.