그러나 아파트실거래가격지수는 다음과 같은 약점도 있으므로 이를 유의하여 활용해야 한다.
첫째, 부동산 거래의 빈도에 따라 지수산정이 어려울 수 있다. 부동산의 거래는 계절적 요소와 전반적인 경기에 영향을 많이 받기 마련이다. 만약 특정 시점에 부동산 거래가 없거나 극히 미약한 경우 지수작성이 어렵게 된다. 예를 들어 국토해양부 온나라 포털에 나타난 2008년 9월 서울시 용산구의 아파트 거래실적은 44건으로, 2005년 인구주택총조사에 나타난 용산구 아파트 재고인 24,200호의 0.18%에 불과하다. 이렇게 주택거래가 부진한 경우에는 특정한 지역의 주택가격 지수 자체를 작성할 수 없거나, 급매물 등으로 나온 아파트 가격이 해당지역의 주택가격지수로 산정되는 문제가 발생할 수 있다.
그러나 이러한 문제를 회피하기 위해 지수산정에 필요한 일정한 거래량이 확보되는 광역적 단위로 지수를 작성할 경우, 현행 투기과열지구와 투기지역의 지정이 시ㆍ군ㆍ구 단위로 이뤄지고 거래신고지역의 지정은 동 단위로 이뤄진다는 점을 고려할 때, 실거래지수의 정책적 활용이 제약될 수 있다.