최근 협동조합의 활성화를 위해 지역사회와 협동조합, 이해관계자들 간 의견조율과 소통을 통한 파트너십을 이끌어 내는 중간지원조직의 제대로 된 역할을 요구하는 목소리가 커지고 있다. 이준영·이민영(2020)은 현재의 중간지원조직이 협동조합의 서비스 수요 충족에 역부족이며, 관주도의 단순 지원체계만 이루어지고 있다고 지적하고 있고, 김운호(2013)도 기업과 NGO 양자 간의 문제가 발생했을 때 중간-매개 기관이 필요하다고 주장한다. 이에 대한 문제해결과 조정, 양자간 매개의 역할을 지역사정을 잘 아는 지자체 중간지원조직에서 담당해주기를 요구하고 있다. 물론 협동조합을 지원하기 위한 지자체의 중간지원조직 운영은 이루어지고 있다. 그러나 둘 사이의 관계와 역할과 기능에 대한 성찰없이 물리적인 적용이 우선 되고 있다는데 문제가 있다. 특히, 협동조합을 지원하는 중간지원조직의 역할과 의사결정 우선순위가 무엇인지에 대한 진지한 논의가 이루어지지 않았다는 것은 가장 근본적인 문제이다. 협동조합과 중간지원조직 간 협력적 거버넌스가 필요한 이유는 여기에 있다. 이처럼 그 동안 두 조직에 대한 역할과 기능, 정체성 논의가 제대로 되지 않았기 때문에 사회적 경제 조성을 위한 대안경제로서의 협동조합과 중간지원조직의 운용이 미흡한 것이 사실이다. 협동조합이 19,000개에 이르도록 성장했지만 우리사회에서 협동조합에 대한 이해와 지원이 대중화되었다고 보기는 어렵다. 협동조합을 지원하는 중간지원조직의 역할이 무엇이며, 무엇이어야만 하는지에 대해서도 진지한 고민도 있지 않았다. 그간 협동조합을 실질적으로 지원하고 관련 생태계를 발굴해야 하는 중간지원조직이 관 주도의 운영과 형식적인 관리에 그치다보니 협동조합의 수요자가 원하는 정책수요를 반영하지 못한 채 운영되고 있다는 지적이 제기되고 있다(박영선, 2014).