한국수자원공사는 그동안 댐을 건설하고 운영하는데 있어서 많은 채무를 가지고 있기 때문에 댐이용에 관한 업무가 이관된다면 채무의 일부도 함께 이관되어야 하는데, 이는 한강유역위원회가 형성되는데 심각한 위협이 될 가능성이 있다. 또한 한국수자원공사의 댐이용에 관한 업무가 한강유역위원회로 이관된다면 반드시 입법이 수반되어야 하는데, 국회 또는 여야의 입장에 차이가 없을지 아니면 여야 모두 정치적으로 타협점을 찾기 어려울 가능성도 매우 크며, 이 점도 한강유역위원회가 설치되는데 큰 위협으로 작용할 가능성이 될 수 있다. 또한 관련 지방자치단체의 시도 의회도 수자원 관리업무가 축소되기 때문에 한강유역위원회 설치를 달가워하지 않을 가능성 때문에 위협으로 작용될 여지가 있다.