(2) 자치위원회 운영과 구성의 개선
학교폭력 사안을 신속하고 공정하게 처리하기 위하여 자치위원회의 구성과 운영을 개선할 필요가 있다. 자치위원회의 학부모위원 비율을 축소하고 학교폭력 사안을 객관적으로 심의할 수 있는 외부위원의 비율을 높일 필요가 있다. 다만, 판사, 검사, 변호사, 의사, 학교폭력 예방 및 청소년보호에 대한 지식과 경험이 풍부한 전문가 등을 전국의 모든 초·중·고등학교에 설치된 자치위원회에 외부위원으로 임명하는 것이 현실적으로 어렵다는 점을 고려하여 제도의 개선을 검토할 필요가 있다.
이와 관련하여, 자치위원회를 교육지원청에 상설기구로 설치하여 운영하자는 제안이 있다. 하지만, 학교폭력 사안에 대하여 학교의 조사와 자치위원회 심의로 이원화되면, 관련 학생들의 교육지원청 방문으로 학습권이 침해될 수 있으며, 기존의 방식보다 사안의 심사에 시간이 오래 소요될 수 있다는 반론도 있다.
자치위원회 학부모위원 비율 조정과 교육지원청 이관은 학교폭력 사안 처리방식의 근간을 바꾸는 중요한 문제이기 때문에, 학교, 교직원, 학부모, 교육청 관계자, 관련 전문가 등의 의견을 충분히 수렴하여 추진할 필요가 있다.