그러나 입증책임의 전환에 대해서는 경영계가 강력히 반대하고 있다. 무분별한 업무상 질병 승인신청이 폭증할 것이며, 외국의 경우 그러한 사례가 거의 없다는 것이 경영계의 주된 반대 논거의 하나이다.
이와 관련해 고용노동부는 2011년 12월 20일 근로복지공단의 재해조사를 강화하여 업무상 질병과 관련한 근로자의 입증부담을 완화시키겠다는 내용의 개선방안을 발표했지만, 입증책임의 문제는 거론하지 않았다.
그러나 2008년 7월 업무상질병판정위원회가 설치되기 전에는 「산업재해보상보험법 시행규칙」 제33조에 ‘업무상 요인에 의하여 이환된 질병이 아니라는 명백한 반증이 없는 한 이를 업무상 질병으로 본다’는 규정이 있었지만, 심각한 도덕적 해이 등의 문제는 나타나지 않았었다는 점을 고려할 필요가 있다.
즉 적어도 직업성 암처럼 근로자가 입증하기 특히 어려운 일부 업무상 질병의 경우에는 엄격한 의학적·과학적 인과관계를 요구하는 입증책임을 완화하거나, 근로복지공단으로 입증책임을 전환하는 입법 방안을 고려할 수 있을 것이다.