천연보호구역으로 지정되는 대상은 보호할 만한 천연기념물이 풍부하거나 다양한 생물적·지구과학적·문화적·역사적·경관적 특성을 가진 대표적인 일정한 구역이거나 지구의 주요한 진화단계를 대표하는 일정한 구역 또는 중요한 지질학적 과정, 생물학적 진화 및 인간과 자연의 상호작용을 대표하는 일정한 구역이다. 이 천연 보호구역의 대상이 되는 다양한 대상은 ｢문화재보호법｣시행규칙 [별표 1]에 정의 되며, 여기에는 학술적 가치가 큰 자연 지역이 포함되어 있다. 현재 홍도천연보호구역, 설악산천연보호구역, 한라산천연보호구역, 대암산, 대우산천연보호구역, 향로봉,건봉산천연보호구역, 독도천연보호구역, 성산일출봉천연보호구역, 문섬 및 범섬천연보호구역, 차귀도천연보호구역, 마라도천연보호구역 등이 지정되어 있다. 그런데 이들 중 설악산, 한라산 등은 상당수는 ‘국립공원’으로 지정되어있으며, 다른 지역인 대암산연보호구보호구역으로 설정되어있다. 독도의 경우 ‘특정도서’로 지정되어 있다. 즉, 이러한 추가적인 천연보호구역 지정이 사실상 중복되는 추가적인 ‘명칭 부여하기’ 이상의 역할을 기대하기 어려운 것이 현실이라고 볼 수 있다.