또한 법령의 정비 방안 이외에 다기능 보의 효율적 운영을 위해 추가로 고려해야 하는 제도적 정비 사항을 제시하였다.
첫째, 다기능 보의 유지관리 주체의 결정 및 운영시스템의 구축에 있어서는 현재 부처별로 다원화된 물관리 체계를 통합하여 운영하도록 할 필요가 있다.
둘째, 기존 한국수자원공사의 댐 운영에 관한 기술을 최대한 활용할 필요는 있으나, 궁극적 하천의 관리는 국가의 책무이므로 하천관리에 관한 중요한 결정사항은 국가가 결정하도록 하는 것이 바람직한 면이 있음을 제시하였다.
셋째, 궁극적인 하천관리의 지향점으로 물관리 체계의 일원화에 대한 필요성을 제시하였으며, 마지막으로 향후 신규 댐 건설, 농업용 저수지 둑 중고사업 및 다기능 보 건설로 인해 발생할 수 있는 수리권에 관한 논쟁 소지에 대해서도 간략히 제시하였다.