(2) 이명박 정부의 기관 재편
2008년 2월 이명박 정부가 출범하면서 교육인적자원부, 과학기술부, 산업자원부, 정보통신부가 교육과학기술부와 지식경제부로 통합되면서, ‘공공기관 선진화 계획’의 일환으로 부처 내 수준에서 연구관리전문기관의 통합이 일부 이루어졌다([표 2]).
당시 연구관리전문기관 재편이 이루어진 배경은 △여러 기관에서 중복적으로 연구관리 업무를 수행함에 따라 인건비, 경상경비 등 간접비용이 과다하게 발생한다는 점, △각 분야별로 별도 기관이 연구관리를 수행함에 따라 사업간 연계와 시너지 효과가 미흡하다는 점, △연구개발의 기획･평가･관리 기능이 여러 기관에 분산되어 있어 상호 연계가 부족하고 수요자에게 일관된 서비스 제공에 어려움이 존재한다는 점 등이었다.