농경지의 중금속 오염 관리, 수질총량제에 근거한 수질 관리, 농약 사용 안전 기준 준수 등은 농업환경에 대한 직접규제, 보조금 지급 중심의 농업환경개선 정책을 수행하고 있다. 환경정책은 직접규제(환경기준), 시장기반 인센티브(배출권 거래제, 세금, 보조, 세금-보조 혼합), 혼합접근(hybrid approach: 환경기준과 가격 혼합 정책, 자격조건 제한, 정보 공개 등), 자발적 계획(voluntary initiatives)으로 구분할 수 있는데 농림축산식품부 소관 농업환경관리제도들은 국내 연구가 뒷받침되지 않은 자발적 계획 중심으로 구성되어 있다.
지역 단위 농업환경 정책을 설계하고 수행하기 위한 지자체 및 농업인의 역량에 대한 정확한 평가가 이루어지지 않았으며, 중앙정부 위주의 하향식 농업환경 정책이 주를 이루어 왔다. 직접적으로 ‘환경보전’ 혹은 ‘환경개선’을 목표로 하는 농업환경 정책은 전체 농정예산에서 차지하는 비율이 매우 낮고, 친환경농축산물 인증도 그 규모 면에서 최근 답보 중이며, 경관보전직불제의 경우 경관작물 및 준경관작물 식재에 그 활동이 그치므로 경관보전의 의미가 매우 협소하게 해석되고 있다. 국내 농업환경 정책은 직접규제와 인증에 대한 시장기반 인센티브(보조) 지급이 주를 이루고 있으며, 자발적 계획에 의한 정책 비율이 매우 낮아 농업계내 역량 강화와 비용면에서 국가 재정 기여도가 매우 높아 국가 예산이 수반되지 않으면 확산이 어려운 체계이다. 친환경농축산물 인증이나 저탄소 농축산물 인증과 같은 인증제도는 인증의 최소요건을 만족시켜야 하며, 전자의 경우 직불금을, 후자의 경우 인증비용에 대한 지원이 존재한다는 점에서 자발적 계획의 일종으로 볼 수 있으나, 그 비율은 전체농업 생산에서 작은 편이다.