이와 같이 계상한 자산조정계정은 적격합병시의 자산조정계정의 처리를 준용해서 해당 자산을 처분하거나 감가상각하는 시점에서 익금 또는 손금에 산입함으로써 과세를 이연하게 된다. 다만, 출자법인이 양도차익 상당액을 손금에 산입한 후 현물출자일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일로부터 3년 이내에 <표 6>과 같이 <표 5>의 과세이연요건의 중단사유가 발생한 경우에는 피출자법인은 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 자산조정계정 잔액의 총합계액을 익금에 산입하여, 계상한 자산조정계정은 소멸하는 것으로 한다(법인세법 제47조의2 제2항 및 동법시행령 제84조의2 제5항).