이를 위해서 우선적으로 고려되어야 할 부분은 연구개발사업의 특수성을 충분히 고려할 수 있는 제도적 개선이 필요하다는 것이다. 예비타당성 조사는 개별사업에 대한 타당성 확보여부를 평가하는 분석방식을 채택하고 있다. 분석결과를 바탕으로 해당사업의 집행여부를 결정하는 과정에서 중요한 역할을 하는 것이지, 사업집행 여부를 결정하는 척도가 될 수는 없다. 즉, 두 가지 사업을 단순히 타당성 여부로 평가하여 A사업은 AHP를 기준으로 0.9이며, B사업은 0.6이라고 해서 A사업의 우선순위에 위치하는 것은 아니라는 것이다.
결국 전체 신청사업에 대한 일괄적인 연구개발 예비타당성조사가 수행된 이후 우선수위를 배정하는 절차가 마련되어야 함을 의미한다. 즉 이러한 과정에서 부처 간 배분에 대한 부분이 충분히 고려되어야 할 것이다.
추가적으로 연구개발사업에 대해서 범부처사업의 확대를 꼽을 수 있다. 단순히 타당성의 정량적 수치를 끌어올리기 위한 전략적 결합의 형태로 범부처 사업을 진행하는 것이 아니라, 해당분야의 특수성을 보다 정확하게 직시하고, 기술분야에 대한 해당부처의 전문성을 최대한 확보하고, 미래에 대한 불확실성을 최소화하는 방안으로 범부처 연구개발사업의 확대하는 것이 바람직하다는 것이다.