다음으로 연계체계의 걸림돌로 작용하는 원인 중 하나인 세부과제 사업구조의 문제를 살펴보면, 앞서 논의한 바와 같이 현재 프로그램예산제도로 구성은 되어 있으나 사업예산의 실질적인 심의단위는 세부사업단위이며, 성과평가는 세부과제 단위로 운영된다. 이에 현재의 사업구조는 세부사업 단위 중심으로 다수의 세부과제들이 나열된 구조로 볼 수 있다.
이러한 세부과제 중심의 사업구조는 출연연을 비롯한 대학, 민간기업 등 연구개발을 수행하려는 주체들은 연구관리전문기관에서 공모되는 사업에 지원함으로써 연구개발을 추진하게 된다. 이러한 사업구조의 경우 세부단위 과제-세부단위 사업-프로그램 등으로 연계가 이루어질 수 있는 반면, 상위 프로그램의 성과가 세부과제의 성과에 매몰되어, 거시적 차원의 성과가 아닌 세부단위과제 수준의 미시적 성과에만 매몰되는 한계가 존재한다. 또한, 연구개발 주체들의 경쟁을 촉진하여 기술개발에 대한 성과를 진흥할 수 있는 측면이 있는 반면, 연구개발주체 간 과도한 경쟁으로 실질적인 연구개발보다는 프로젝트가 채택되는 데 더 초점을 두는 문제가 있다. 그리고 세부과제 단위의 정량적인 측정으로 사업성 판단이 가능하다는 장점이 있는 반면, 공정한 경쟁이라는 이유로 정량적인 성과측정에 매몰되는 한계도 존재한다. 특히, 기초연구와 관련된 연구개발사업의 경우 성과가 중장기적이고, 정량적으로 측정되는 데 제한이 있다는 점에서 의미있는 시사점을 줄 수 있다. 이러한 세부사업 단위의 사업구조는 출연연의 PBS와 연계됨에 따라 문제가 발생될 수 있는데, 단기적인 세부과제 위주의 과다 경쟁으로 출연연의 경우 중장기적이고, 정량적으로 측정되기 어려운 연구개발을 간과할 위험성도 존재한다.