5) 농업부문에 미치는 변수 및 영향에 대한 심도 있는 논의의 부족
주요국과의 FTA 체결이 우리 농업부문에 미치는 영향은 모든 품목에서 동일하게 일률적으로 나타나지 않으며, 일반적으로 양국간 농업구조 및 경쟁력 차이, 현행 농산물 무역장벽의 수준과 수송비 비중, 실제 FTA 협정타결의 세부내용, 동식물 검역, 기존 FTA 체결건수, 향후 WTO DDA 농업협상 결과 그리고 향후 대응능력 등 여러 복합적인 요인으로 인해 상이하게 나타날 것이다. 따라서 FTA 추진 이전 혹은 주요 협상단계별로 산업별, 품목별로 면밀한 분석이 필수적이며, 그 결과에 대한 전문가 검증과정을 통해 보다 정확한 피해 예상품목과 민감분야를 파악하고 이를 바탕으로 효과적인 대책을 마련해 나가야 한다. 하지만 한·칠레 FTA 협상 추진과정에서는 이러한 사전·사후적 영향평가가 연구기관 또는 연구자별로 단편적으로 이루어졌으며, 연구결과도 사용된 연구모형, 고려된 변수 등의 차이로 상당한 차이를 보였다. 또한 객관적이고 정확한 연구결과에 기초하여 이루어져야 하는 대책마련도 사후적으로 피해 품목 위주의 임시방편적으로 이루어진 경향이 있다.