클러스터와 스마트 전문화 전략은 공통점과 함께 차이점도 가지고 있다(EC, 2013). 공통점으로는 생산성과 혁신이 경쟁력 및 지역경제 성장의 원동력이라는 데 의견을 같이하며 근접성의 우위를 강조하고 장소기반 접근을 한다는 것이다. 차이점으로는 먼저 스마트 전문화는 혁신집약적 부분에 초점을 두고, 클러스터는 경제활동의 여러 부문을 포괄하는 점이 있다. 또한 스마트 전문화는 경제활동의 신규 영역을 개발하는데 초점을 두므로 특정 산업에 초점을 두는 전통적인 클러스터의 경계를 초월한다. 그리고 클러스터는 기존 클러스터 내 기업의 성과 제고에 초점을 두는 반면, 스마트 전문화는 지식기반활동 중심으로 지역경제 구조를 전환하는 데 초점을 둔다. 마지막으로 스마트 전문화는 경제주체 간 지식흐름에 초점을 두는 반면, 클러스터는 인프라, 요소시장 등을 공유함에 따른 외부효과에 초점을 둔다. 한편, 스마트 전문화 전략은 아직 새로운 개념이므로 실제로 적용된 경우가 많은 클러스터 정책을 스마트 전문화 전략의 중요한 부분으로 활용할 수 있다. 특히 새로운 지식의 확산, 클러스터 간 연계를 통해 새로운 분야를 개척하는 데 기여할 수 있다(박재곤, 2015). 
스마트 전문화 전략을 실제로 적용하기 위해서는 6단계의 과정이 필요하다(EC, 2012). 먼저 지역의 여건과 잠재력을 분석한다. 지역의 특성, 자산, 잠재력 등을 분석하여 지역의 실정에 따라 다른 접근이 필요하다. 다음, 건전하고 포괄적인 거버넌스를 구축하여 다양한 이해관계자가 참여하게 한다. 세 번째 단계는 지역의 이해관계자로 하여금 비전을 창출하게 하고, 이를 공유하는 것이다. 네 번째 단계는 제한된 수의 우선순위 분야를 설정하는 것이 필요한 데, 우선순위 분야는 특정한 산업이나 부문 그 자체는 아니며, 새로운 활동(new activities)을 촉진하는 것이어야 한다. 다섯 번째 단계는 다양한 정책을 혼합하여 사용하며, 여러 정책을 상호 연계하여 통합적으로 추진한다. 여섯 번째 단계는 정책의 전 과정이 피드백을 통해 개선되며, 이 과정에서 학습이 이루어져 개선된 지식이 다시 투입요소로 사용되는 것이다.