헌법재판소는 운영비 원조에 대한 금지가 노조의 자주성을 확보하여 노동3권의 실질적 보장을 위한 것으로 보아 목적의 정당성을 인정하였다. 그러나 두 가지 예외 이외에 일체의 운영비 원조 행위를 금지하는 것은 실질적으로 노조의 자주성 저해 위험이 없는 행위까지 금지하는 것이므로 입법목적 달성을 위한 적합한 수단으로 볼 수 없고, 침해의 최소성, 법익의 균형성에 반하므로 과잉금지원칙을 위반한 것으로 보아 헌법불합치결정을 내렸다.