사립대총장협의회는 ‘대학평가지표를 개선해야 하고, 사립대에 대한 감사원 등의 감사는 정부 지원금 부분에 국한하는 게 바람직하며, 지방대에 대한 평가는 절대평가로 바꾸어야 한다’고 주장하면서 대학의 자율성 훼손에 대한 깊은 우려를 표명했다.
이와 같은 비판들은 일방적으로 평가지표를 설정한 점, 대상 대학을 일정 비율로 선정한 점, 지방대에 불리한 취업률 등 중요한 평가기준을 적용한 편파성 등으로 요약된다. 비판의 기저에는 설립준칙주의에 따라 대학의 설립을 인가하고 감독한 교과부가 정부의 책임은 외면하고 대학에만 책임을 전가한다는 뿌리 깊은 피해의식이 존재하고 있다.