더욱 근본적인 사항은 이번 상부지휘구조 개편의 추진동기가 반드시 군사적인 사항이었다고 보기가 어렵다는 점이다. 이번의 상부지휘구조 추진은 군 군조의 변화가 필요하다는 문제의식이 누적되어서 시작되었다기보다는 연평도 사태 이후 군의 대대적인 변화를 추진해야겠다는 정치적 판단에 의하여 제기된 측면이 크다. 2010년 3월 26일 천안함이 폭침된 이후 소집된 국가안보총괄점검회의가 수개월을 검토하여 건의한 내용에도 합동군사령부 창설안이 포함되어 있기는 하였으나 발표측에서도 그것을 강조하지 않았고, 언론에서도 병 복무기간을 24개월로 환원시키는 문제나 북한에 대한 “능동적 억제전략” 등을 보도하였다. 그러나 11월의 연평도 사태 이후 “천안함·연평도 사건 등 북한의 잇따른 고강도 도발로 3군 합동성 강화 등을 위한 군 상부 지휘구조 개편 필요성이 시급해졌다”는 인식이 제기되면서 합동군사령부 신설이 부각되기 시작하였고(조선일보, 2010년 12월 27일자, A1면), 이것이 “국방개혁 307계획”으로 연결되었다. 천안함이나 연평도 사태와 상부지휘구조의 개편 필요성이 상관관계가 높지 않다는 비판이 일자 전시 작전통제권 전환에 대비하여 그러한 개편이 필요하다는 설명으로 전환하였지만, 이 또한 논리성이 강한 것은 아니었다. 2015년 12월 1일부로 예정된 전시 작전통제권 환수에 대비하기 위하여 그 4년 전인 2011년에 상부지휘구조 개편을 위한 법률안을 개정해야 한다면, 원래 전환하기로 예정되었던 2012년 4월 17일보다 4년 전인 2008년부터 상부지휘구조 개편을 위한 대안을 마련하거나 그를 위한 법률안 개정을 추진해야 했다는 비판에 답을 하기가 어렵기 때문이다.