2. 보건당국 정책시행의 문제점
정부는 질병확산의 양상에 따라 시의적절하게 치료에 중점을 두는 정책전환을 기도한 듯하나, 그동안의 실제적인 정책시행은 제대로 이루어지지 않았다. 여러 문제점을 논할 수 있으나 방역을 책임지는 정부 당국과 치료를 담당하는 일선 민간의료기관 간의 협조체제 미흡을 우선적으로 거론하지 않을 수 없다.
첫째, 거점병원 선정과 협조의 어려움이다. 보건복지가족부가 7월 21일 재난단계 격상을 계기로 신종플루 치료의 중심이 될 533여 곳의 거점병원을 확정했다고 발표했지만 한 달이 지나도록 국민들은 확정된 병원의 목록을 알 수 없었다. 정부는 감염자 사망 사건 이후 검사받을 수 있는 전문검사기관 56곳을 추가로 선정했다고 발표했으나 이 또한 해당기관 측이 전염을 우려하는 다른 환자들이 동요하거나 꺼릴 수 있다는 이유로 공개를 원하지 않아 명단은 발표되지 않았다. 게다가 시군구 치료거점병원에 전달할 계획이던 항바이러스제는 한 달이 지나도록 각 병원에 전달되지 않았고, 각 병원에는 격리시설·음압시설(병실 내의 공기가 외부로 유입되지 않도록 차단할 수 있는, 공기흐름 조절이 가능한 시설) 확충, 의료인을 위한 방어복이나 보호구도 제대로 지급되지 않은 상태였다. 치료거점병원의 의료진에 대한 교육과 홍보 또한 충분히 이뤄지지 못했다.