셋째, 국민연금 등 사회보장기금의 충당부채를 제외하였다. 충당부채란 미래에 발생할 지급부족 사태에 대비해 현재 연금충당액을 축적하여 부채로 계상하는 것이다. 충당부채의 경우 동 개편안의 기준이 된 ‘2001 GFS’에는 일반정부부채에 포함될 수 있다고 규정되어 있다. 그러나 정부는 해외사례 등을 고려하여 일반정부부채에 포함시키지 않고 정부결산보고서 등을 통해 별도로 공개하기로 하였다.
넷째, 내부거래를 국가채무에서 제외하였다. 이는 발생주의 적용에 따른 변화로서, 이를 적용할 경우 현행 국가채무의 범위에 포함되었던 국민연금 보유국채 등이 내부거래로 제외된다. 내부거래 제외에 대한 근거로는 2001 GFS 및 「국가재정법」 제91조제3항제2호 및 제3호가 적용되었다.