규제영향분석 제도는 그간 규제개혁정책과 같은 맥락에서 규제완화에 중점을 두고 운영되었다. 신설·강화규제를 대상으로 비용·편익 분석에 중점을 두고 있으며, 또한, 규제개혁위원회에서 규제기관이 제안하는 규제안의 타당성 심의를 통해 과도한 규제를 걸러내는데 주안점을 두고 있다. 그 결과, 규제생태계라는 큰 그림을 보거나 실제 의사결정과정에서 큰 영향을 미치는 위해성 평가 등 중요한 근거자료를 활용하거나 규제대안 검토과정에서 이해관계자 등과 활발한 소통을 하는데 한계를 보이고 있다.
향후, 규제영향분석 제도는 규제품질 관리를 목표로 모든 규제를 대상으로 실시하되 쟁점이 되는 규제에 분석역량을 집중하고, 규제기획 초기단계부터 적극적인 정보공개를 통해 이해관계자와 소통하는 방향으로 개선될 필요가 있다.