한국은행은 지급결제시스템의 중요도에 따라 평가시기를 달리 운용하고 있다. 중요 지급결제시스템의 경우 해당 시스템의 안전성 및 효율성을 2년마다 정기적으로 평가하는 것을 원칙으로 하되 시스템의 안전성 및 효율성에 영향을 미치는 중요한 변경이 있는 경우에는 수시평가도 가능하도록 하였다. 기타 지급결제시스템에 대해서는 안전성과 효율성에 영향을 미치는 중요한 변경이 있는 등 점검이 필요하다고 판단되는 상황에 한해 평가하도록 하였다. 이처럼 지급결제시스템별로 평가시기를 차등화하는 목적은 상대적으로 중요한 지급결제시스템에 평가역량을 집중하여 감시업무를 효율적으로 수행하는데 있다.
한국은행의 중요 지급결제시스템에 대한 정기평가 과정을 자세히 살펴 보면 먼저 한국은행은 평가계획 수립과 함께 평가기준 및 세부평가항목을 설정하고 동 평가항목 등을 평가대상시스템 운영기관에 사전 통보한다. 다음으로 운영기관은 자체적으로 관련항목을 점검한 결과를 한국은행에 제출하고 한국은행은 금융시장인프라에 관한 원칙을 토대로 해당 시스템에 대한 직·간접 정보사항, 운영기관의 자체평가 결과 등을 종합적으로 검토하여 본 평가를 실시한다. 한국은행은 지급결제시스템에 대한 평가를 마친 후 동 평가결과를 해당 운영기관 및 관련 감독기관에 통보하고 운영기관은 평가결과에 따른 개선권고사항의 이행계획을 수립하게 된다. 한국은행은 매년「지급결제보고서」에전 년도 지급결제시스템 평가결과를 수록하여 대외 공표함으로써 평가업무의 투명성 및 효과를 높이고 있다.
평가등급 산정 기준을 살펴 보면 한국은행은 지급결제 및 시장인프라 위원회(CPMI)가 국제증권감독기구(IOSCO)와 공동으로 제정한「금융시장인프라에 관한 원칙의 평가방법 및 공개지침 」(PFMIs Disclosure Framework and Assessment Methodology)(2012년 12월)에 따라 각 원칙의 핵심 고려사항(key consideration)별로 충족여부를 평가한 후 이를 종합하여 해당 원칙의 평가결과를 도출하고 평가등급을 5단계로 부여하고 있다. 이 때 평가결과 충족으로 평가되지 못하여 다음 평가 시까지 조치가 필요한 사안은‘개선권고’로, 충족으로 평가되었으나 중장기적으로 개선방안 검토가 필요한 사안은‘참고의견’으로 제시하고 있다. 개선을 요청받은 운영기관은 필요한 조치를 취하고 그 결과를 한국은행에 통보해야 한다.