한편, 정부가 국회에 제출한 2009년도 및 2010년도 채권발행에 대한 국가보증동의안에 대하여 2개 회계연도에 걸쳐 국가보증동의가 가능한가에 대한 논의가 있었다.
원래 국가 예산회계는 1월 1일부터 12월 31일까지 1년 단위를 원칙으로 하고 있고 구조조정기금도 국가재정법에 따른 기금으로서 매년 기금운용계획에 따라 운용하여야 하기 때문이다.
따라서 2개 회계연도에 걸쳐 국가보증동의를 하는 것은 바람직하지 않으므로 2009년도 채권발행분에 대해서만 국가보증을 해야 한다는 의견이 있었다. 그러나 과거에도 2개년에 걸쳐 국가보증동의를 한 사례가 다수 있고 보증규모를 2개년간 나누어 받도록 할 경우 한국 구조조정에 대한 국제사회의 신뢰도가 하락하여 금융위기를 조기에 극복하는 데 악영향을 줄 수 있다는 점이 고려되어 국회에서도 2009년도 및 2010년도 구조조정기금채권 발행에 대한 국가보증동의(안)을 처리하였다.