지방분쟁조정위원회는 「지방자치법」 제150조, 「지방자치법 시행령」 제85조 및 제86조에 의거하여 협의·조정 절차를 진행한다. 조정절차는 갈등당사자의 쌍방 또는 일방의 서면신청이 있거나 위원회의 직권상정으로 개시되며, 소위원회의 검토를 거친 후 위원회가 결정한 심의·조정 결과를 당사자에게 통보하면 당사자는 결정사항을 이행할 의무를 지되 이를 불이행할 시에는 이행명령과 대집행이 가능하다.
지방분쟁조정위원회의 회의는 위원장을 포함하여 위원 7명 이상의 출석으로 개의하고, 출석위원 3분의 2 이상의 찬성으로 의결한다. 동 위원회 역시 앞선 두 위원회와 동일하게 분쟁 당사자에게 의견 진술권을 보장하고 관계 공무원, 지방자치단체조합의 직원 또는 관계 전문가에게 출석을 요구할 수 있으며, 관계 기관이나 단체에 대하여 자료와 의견 제출을 요구할 수 있다.
의사결정 측면에서 볼 때 지방분쟁조정위원회 역시 중앙분쟁조정위원회와 마찬가지로 권위와 다수결에 의존하는 전통적인 화해·중재 절차를 차용하지만, 위원회가 직권상정권을 가지고 심의조정 결정사항에 대하여 이행명령과 대집행 및 대법원 제소권을 가짐으로써 행정협의조정위원회 보다 더 강력한 권한을 가지는 것이 특징이다.