둘째, 방역의 중심인 보건소가 필요한 역할을 제대로 감당하기에는 역부족이라는 점이다. 기존의 방역체계에 따르면 지역의 의원급 의료기관은 체온 측정을 통해 발열여부만 확인하고 발열 시 보건소로 환자를 유도하는 것에 그치고 있으며 보건소도 발열진단 후 의심사례 시 검체를 외부전문기관에 의뢰하는 역할에 머무르고 있다. 감염환자 사망 사건 이후에도 치료거점병원이 공개되지 않은 가운데 국립의료원·서울의료원·보라매병원 등 수도권 일부 공공병원과 일부 대학병원이 주로 입원환자를 검사하다 보니 감염의심 환자는 전국 보건소로 몰리게 되었다. 따라서 전염병 진단과 치료를 전담하는 의료 인력과 장비가 없는 보건소의 취약한 상황과 행정위주의 업무를 고려할 때 보건소가 일선에서 신종플루의 예방과 대처를 위한 비중 있는 역할을 수행하기에는 한계가 있다.