민간 시장 잠식 우려와 별도의 문제이지만 연관되어 있는, 국공립 시설과 민간 시설의 격차 발생을 우려하는 주장도 제기되고 있다. 즉, 현재에도 국공립 시설과 민간 시설 간 격차가 존재하는데, 진흥원이 설립되어 국공립 시설에 대한 지원이 강화되면 격차가 더욱 커지게 되어, 시설 이용자나 종사자가 국공립 시설로 쏠리게 되고 민간 시설 운영자들은 경영난에 빠지게 된다는 것이다.
따라서 국공립 시설 위탁 대상을 민간에서 진흥원으로 적극 변경하고, 국공립 시설에 대한 기존 재정지원은 그대로 유지하되 추가 지원에는 보다 신중한 정책적 접근이 필요하다. 이와 함께 민간시설 지원·관리를 강화하여 국공립 시설과 민간 시설의 격차를 해소하는 정책(도서·벽지 등 시장성이 없지만 서비스 욕구는 있는 지역에 국공립 시설 우선 신규 설치 등)을 추진한다면 민간 시장 위축 논란은 크지 않을 것으로 본다.