NH농협손해보험은 보험상품의 개발, 보험상품판매, 보험목적물의 손해평가 의뢰, 보험금 지급 등 보험사업의 실질적인 운영주체가 되며, 농업정책보험금융원은 농림축산식품부로부터 업무를 위탁받아 사업의 관리･감독, 상품의 연구･보급, 보험 가입촉진을 위한 교육･홍보, 통계 생산 및 관리 등의 업무를 수행하고 있다.
한편으로 농작물재해보험과 관련된 주요 사항을 심의·의결하기 위하여 농림축산식품부장관 소속으로 두게 되어 있는 ‘농업재해보험심의회’(이하, 심의회)의 역할도 중요하다. 「농어업재해보험법」 제3조에 따라 심의회에서는 보험 목적물의 선정 관련 사항, 재해보상 범위, 재해보험사업에 대한 재정지원 사항, 손해평가의 방법과 절차, 정부의 책임 범위 등을 심의한다.