본 연구는 다음과 같은 한계를 갖는다. 첫째, 분석기간 동안에 연료비와 부하의 변화에 대한 시나리오를 고려하지 않음으로써 분석결과가 이들 요인의 변화에 대해 얼마만큼 민감한지가 고려되지 않았다. 둘째, 2020년, 2025년, 2030년 모두에 대해 2012년의 발전부문 배출량 실적의 비중인 0.35를 곱하여 발전부문의 배출량 수치를 도출하였다. 그러나 분석기간 동안에 이전 시점들에서 연차적으로 배출량을 저감하면 이에 맞추어서 전원 믹스에 변화가 있을 것이므로 시점에 상관없이 고정된 배출량 비중을 적용하는 것은 비현실적인 가정일 것이다. 셋째, SMP가 고정되어 있다고 가정하였다. 그러나 감축안대로 배출량을 저감시키면 전원믹스가 달라지고, 이에 따라서 SMP가 그리고 결과적으로 발전소의 비용이 달라진다. 따라서 이들 상호작용을 반영한 연립방정식 내지 연쇄적 변화를 고려한 분석이 필요한데 본 연구는 MESSAGE모형의 부분 균형적 특성 때문에 연구에 반영하지 못했다. 본 연구의 결과를 해석할 때는 이러한 한계들이 감안되어야 할 것이다.
향후 가능한 연구주제로서 연료비와 SMC에 대한 불변 가정을 현실화하여 발전 대안별 비용 변화 및 발전량 변화에 따른 온실가스 배출저감 단위당 비용을 도출하고, 저감 수단별로 비용을 비교하는 것이 필요하며, 이것은 후속 연구주제로 남긴다.