4. 문제점
(1) 낮은 요금수준
총괄원가에 못미치는 요금수준은 하수관거 및 하수처리시설을 위한 투자재원마련을 어렵게 한다. 요금의 현실화론이 오랫동안 대두되었으나 반영되지 못하여 일반회계의 전입금에 의존하고 있다. 총괄원가의 주요 요소인 투자보수율이 낮게 책정되어 있으며 전국적으로 4.76%로 통일되어 있어 안정적인 투자재원이 확보되기 어렵다. 요금을 결정하는 지방자치단체장·지방의원들은 정치적인 이유로 요금인상을 기피하는 경향이 있다.
(2) 낮은 투자보수율
현행 투자보수율은 정기예금금리를 적용하여 무위험 자산에 가까운 금리를 적용하고 있다. 적절하지 못한 투자보수율은 하수도사업의 기업유지원칙을 약화시킬 수 있다. 현행 하수도사업은 시설의 유지보수, 교체·개량 및 신규투자가 불가능할 정도로 재원이 부족한 상황이다.
(3) 업종구분 및 누진체계의 문제점
하수도 요금은 지역에 따라 2∼5개 업종으로 나누어 차등요금을 적용하고 있는데, 각 지방자치단체는 조례에서 업종을 일일이 열거하여 지정하고 있다. 그러나 신규업태 발생 시 신속한 적용이 어렵고, 자의적 판단에 의해 업종이 정해지고 있다는 비판을 받고 있다.
또한 현행 누진체계는 실제 평균 사용량을 고려하여 단계를 설정하는 것이 아니라 임의적으로 설정하고 있어 절수효과를 기대하기 어렵고 수도사용의 낭비로 이어지며 비효율을 발생시키고 있다는 지적을 받고 있다.