1999년 이후 특례사업장 지원제도는 다음과 같다.
① 특례사업장 근로시간 단축 장려금
1987년 노동기준법 개정 이후, 중소기업에 대해서는 업종, 규모에 따라 단계적으로 소정 근로시간을 단축하여, 주 40시간을 실현하기 위한 법적조치를 취하였다. 1997년 3월말 유예조치의 폐지와, 지도기간의 만료(1999년 3월말) 이후 10인 이상 모든 사업장에 대하여 주 40시간 근로의 원칙이 적용되게 되었다. 이 단계에서 특별히 우대 받고 있었던 특례조치대상 사업장(1-9명의 상업, 서비스업 등)만 2001년 3월 까지 주 46시간을 적용하는 것으로 되었다. 이러한 특례사업장의 사업주가 2001년 3월말까지 취업규칙 등을 변경하여 주 소정근로시간을 1시간 이상 단축하여 주 44시간 이하로 한 경우, 성력화투자(50만엔까지), 근로자의 채용(50만엔까지), 및 상담원활용(10만엔 정도)을 지원의 대상으로 하였다.