그러나 17개 시･도교육청 가운데 일부가 2014년 당초예산에 교직원 인건비의 일부와 대통령 및 교육감 공약사항 수행에 필요한 예산, 교원 명예퇴직수당의 일부 등을 반영하지 못했고(이덕난, 2014: 101~102), 학교시설 개･보수 예산이 축소되는 등 예산상의 어려움을 겪고 있는 것으로 나타났다. 이 문제의 주요한 원인으로 교육 및 일반 지자체 차원의 무상급식 확대 추진에 따른 소요예산 급증, 국가 차원의 유아교육･보육 공통과정(소위 누리과정) 도입에 따른 소요예산 급증 등이 지적되고 있다. 해당 시･도교육청들은 추경예산에도 반영하기 어려울 경우에 대비해 지방채 발행을 교육부에 요청하였고, 제19대 국회에는 무상급식 지원 경비의 1/2을 국가가 부담하도록 규정한 김춘진의원안(2012.5.30.)을 비롯한 국가의 무상급식 지원을 규정한 ｢학교급식법｣ 개정안 3건이 제안되었다.