의사결정 측면에서 볼 때 행정협의조정위원회는 다음과 같은 세 가지 특징을 가지고 있다. 첫째, 당사자의 쌍방 또는 일방의 서면신청으로 조정절차가 시작되지만(시행령 제105조), 위원회의 독자적인 판단에 따른 직권상정을 규정하고 있지 않다. 둘째, 위원회의 조정절차는 권위와 다수결에 의존하는 전통적 화해 및 조정 절차를 차용한다. 셋째, 위원회에서 협의하고 조정한 결정사항에 대해 관계 중앙행정기관의 장과 당해 지방자치단체장은 이행의무를 지지만(시행령 제106조), 불이행시 강제수단은 없다.