일본은 2001년부터 ｢국립대학 구조개혁 방침(일명 도야마 플랜)｣과 ｢일본 21세기 COE(Center of Excellence) 프로그램｣을 추진했다. ｢도야마 플랜｣에 따라 기존 101개의 국립대학은 통ㆍ폐합을 거쳐 2005년부터 89개의 독립행정법인 대학으로 변경되어 운영되고 있다.
｢COE 프로그램｣은 세계 최고 수준의 연구 및 교육 거점으로 대학 육성ㆍ세계를 리드하는 창조적 인재 육성ㆍ국제 경쟁력과 개성 있는 대학 집단의 육성 등의 목표를 추진하였고, 우리나라의 ｢BK21｣처럼 우수연구인력에 대한 중점 지원을 하고 있다. 일본 정부는 이밖에도 사립대학의 통ㆍ폐합 유도 정책도 지속적으로 추진하고 있다.