미술품 수장보존센터 예산과 정보화 예산을 제외한 국립현대미술관 순수 운영 예산은 2019년 435억원이다. 2017년 418억원, 2018년 413억원이었기 때문에 예산 증가 폭이 크다고 말하기 어렵다. 2019년 과천관 운영비가 272억원, 서울관 운영비가 117억원, 덕수궁관 운영비가 35억원, 미술품 수장보존센터 운영비가 79억원, 레지던시 운영비가 11억원이다. 한편 2018년 세입 결산액은 32억원이었는데 입장료 수입이 9억 1천만원이었다. 현대미술관진흥재단을 통해 후원금을 모으고 있지만, 현재는 예산 대부분을 국가에 의존하고 있음을 알 수 있다.
국립현대미술관은 문화체육관광부 소속기관이지만, 2006년 ｢책임운영기관의 설치ㆍ운영에 관한 법률｣에 따른 책임운영기관으로 지정되어 관리되고 있다. 책임운영기관으로 지정되면 기관장은 행정 및 재정의 자율성을 갖되 운영 성과에 책임을 지게 되는데, 책임운영기관 지정에 대한 불만이 상당하다. 전 기관장은 자신의 권한은 제한적이었으며, 임기는 짧은데 전시 준비 기간은 길어 제대로 된 성과 평가를 받지 못했다고 주장한 바 있다.