이에 따라 2009년 4월 지방자치법 제4조의 개정으로 행정안전부장관이 중앙분쟁조정위원회의 심의･의결을 거쳐 매립지의 관할권을 결정하도록 하는 규정이 신설되었다. 이는 헌법재판소의 권한쟁의 주문의 단서 조항인 관리상의 비효율 등 불합리한 결과가 높다고 판단될 경우 국가가 관할구역 경계변경 절차에 따라 변경 가능하다고 한 점이 결정적인 역할을 한 것이다.
그러나 2009년 지방자치법 개정 이후, 개정법을 적용한 최초 판결인 ‘새만금 방조제 대법원 판결(대법원 2013.11.14. 선고 2010추73 판결)’에서는 평택･당진항에 적용된 바와 달리, 해상경계선의 관습법적 효력은 법 개정으로 변경 내지 제한이 된다고 보았다. 해상경계선의 기준으로는 지형도상 해상경계선, 국토이용효율성, 행정효율성, 주민편익, 연혁적･현실적 이익, 경계명확성 등을 고려해야 한다는 것을 제시하였다. 결국, 새만금 간척지에 대한 대법원의 판결은 그동안 매립지 관할 결정의 준칙으로 적용된 지형도상 해상경계선 기준을 변경 내지 제한하는 결과를 초래하였다(윤수정, 2016).