이러한 문제를 풀어나가야 할 정부는 환자부담을 줄이고 환자의 의사선택권 실현을 위해 선택진료제의 개선이 필요하다는 인식은 가지고 있으나, 근본적이고 획기적인 개선 방안을 내놓지 못하고 있다. 또한 선택진료를 축소 또는 폐지할 경우 병원 수입을 보전할 수 있는 대체방안을 고심하고 있다. 내년 초 시행예정인 시행규칙에 의거, 선택진료 의사 자격이 강화됨에 따라 당장 병원의 수입 감소가 예상되는데 이에 대한 대안은 아직 전무한 상황이다.
이와 같이 선택진료제가 현실적으로 환자의 의사선택권을 보장하기에는 한계가 있고 병원의 수입보전이 제도의 실질적인 목적이라면, 다음의 이유로 「의료법」 제46조에 근거한 선택진료제를 근본적으로 재검토하는 것이 필요하다.