(5) 사문화된 특정연구기관 육성법
｢특정연구기관 육성법｣은 과거에는 현행 과기출연기관법의 역할을 했지만, 1999년에 연구회 체제가 도입되면서 출연연들이 타 법률로 이관되었고, 현재는 과학기술원, 연구관리전문기관, 기타 과학기술 관련 기관 등이 별도의 유형 구분 없이, 개별 설립법을 가진 채로 이 법에 따른 특정연구기관으로 규정되어 있다. 이에 따라 이 법률의 실효성은 거의 없는 상황이지만, 개정 논의도 거의 이루어지지 않고 있다.
(6) 연구개발 목적기관 규정 미비
공공기관 중 2/3를 차지하는 기타공공기관 전체에 대해 공공기관운영법에 따라 일괄적으로 규정을 적용할 경우 연구개발의 특성과 연구기관의 성격이 반영되지 못한다는 문제 제기가 있어 왔다. 이에 기타공공기관 내에 연구개발목적기관을 세분하여 지정할 수 있도록 하는 내용으로 2018년 3월에 공공기관운영법이 개정되었는데, 연구개발 목적기관에 타 기타공공기관과 차별화된 규정을 적용하기 위한 하위 규범의 개정은 아직 이루어지지 않아, 이에 대한 본격적인 논의가 필요하다고 본다.