연구기관의 자율과 책임을 강화하기 위하여 기관장 임기 주기에 따른 고유임무 중심의 맞춤형 기관평가로 임무중심형 평가가 도입되었는데, 이에 따라 새로 선임되는 기관장 취임 시기에 따라 경영성과계획서 수립, 중간 컨설팅 평가 및 종합평가 시기를 별도 적용할 수 있게 되었다.
사업 및 기관을 대상으로 하는 평가제도 이외에 사전평가제도로 기술성평가 제도와 예비타당성 조사제도를 운영하고 있다. 기술성평가 제도는 예비타당성 조사를 신청한 연구개발사업의 기술적 타당성을 검토하여 사업선정에 반영하도록 하는 제도인데, 과학기술기본법 제12조의 3에 법적 근거를 두고 있다. 이에 예비타당성 조사 대상사업 선정을 신청한 연구개발사업에 대해 해당사업의 주관 중앙행정기관은 해당 사업의 기술성을 평가하여 기술적 적합성에 대해 예비타당성 조사 이전에 기재부 장관에게 제출할 수 있다. 이에 사전평가제도의 경우 미래부가 기술적 타당성이 적합하다고 평가한 사업을 예비타당성 조사 대상 사업으로 선정함에 따라 국가의 주요 연구개발사업의 사전기획 평가에 있어서 기재부와 미래부의 협력적 제도 운영을 원칙으로 하고 있다. 이에 미래부는 기술적 측면의 타당성을 기재부는 재정측면에서의 타당성을 점검하는 이원화된 분산형 검증제도로 운영된다.