그러나 본 연구는 기존 연구가 한국 당정협의의 문제점 해결을 위한 방안을 제시하는 데 있어 이하 3가지가 불충분했다고 본다. 첫째, 당정협의의 운영에 있어서 제도적 분석이 충분하지 못했다는 점이다. 물론 당정협의의 이론적 배경을 비롯하여 운영, 관련 규정의 변화를 종합적으로 분석한 권찬호(1997; 1999), 역대 정권별 총리 훈령 규정의 변화를 살펴본 민진 (2009), 운영 및 제도적 측면을 함께 분석한 최항순(2007) 등의 기존 연구가 있으나, 제도가 그 운영에 미치는 영향을 전제로 한 제도 분석이 충분히 이루어졌다고 보기는 힘들다. 둘째, 기존 연구는 주로 당정협의를 한국의 특수한 정치 구조를 전제로 대통령과 정당과의 관계에 집중하여, 청와대, 행정부, 정당 등 내부의 다양한 행위자들의 상호작용이 당정협의 제도에 미친 영향, 즉 제도화 과정에 대해서는 충분한 분석이 이루어지지 않았다. 이는 셋째 다른 국가와의 비교분석이 부족하다는 점과도 연결된다. 당정협의는 행정부와 입법부의 구성원인 정당의 상호의존성을 기반으로 하는 것인바 다른 국가와의 비교연구를 통해 한국 당정협의 사례의 일반화 및 현대 민주국가의 당정협의 이론화에 이바지할 수있다. 이러한 문제의식에서 본 연구는 한국의 당정협의 제도에 주목하여 일본과의 제도 및 제도화 과정 비교를 통해 한국의 당정협의의 활성화 방안을 구하고자 한다.