하지만, 한국은행의 국책은행 자본금 출자에 대한 중앙은행의 독립성과 통화정책의 원칙에 대한 문제가 지적되었고, 부실기업의 자구노력과 책임규명이 이루어지지 않은 상황에서 한국은행이 직접 출자하는 방식에 대한 여론이 악화되었다. 이에 따라, 2016년 6월 8일 정부는 국책은행 자본금 확충 방안으로 정부가 우선적으로 2016년 중에 수출입은행에 1조원 수준으로 현물출자하고, 한국은행이 10조원을 한도로 대출하는 자금을 주된 재원으로 운영되는 국책은행자본확충펀드 조성방안을 확정·발표하였다.
한편, 국책은행 자본금 확충 방안뿐만 아니라 채권은행 중심의 현행 구조조정 방식에 대한 문제도 지적되고 있다. 이러한 지적들은 시장여건및 기업환경 등의 변화에 따라 채권은행 주도의 구조조정에 근본적으로 한계가 있다는 것이다.