한편 조세 중에서 목적세는 그 세수가 특별회계 등에 연계되어 특정한 목적에 사용된다는 점에서 부담금과 유사하다고 할 수 있다. 현재 국세 중에는 ‘교육세’와 ‘교통에너지환경세’, ‘농어촌특별세’ 등 3가지의 목적세가 있는데, 그 세입은 각각 지방교육재정교부금, 교통시설·에너지및자원사업·환경개선․광역지역발전, 농어촌구조개선 사업에 사용된다. 물론 형식적으로는 ‘교육세’와 ‘교통에너지환경세’는 일단 일반회계로 귀속되고 해당 특정목적에 대해서는 일반회계로부터 해당 회계로의 전출이라는 형식을 취하는 반면 ‘농어촌특별세’의 경우 농어촌구조개선특별회계의 세입으로 직접 계상되고 있다는 차이가 발견된다.
또 한편 형식적으로는 목적세가 아니라 내국세로 구분되어 있다 하더라도 일부 세수를 특정한 목적으로 연계시키고 있는 경우도 상당히 많이 발견되고 있다. 가장 넓게는 ‘내국세’ 총액의 19.24%와 9.4%, 20.27%는 각각 지방교부세, 분권교부세, 지방교육재정교부금의 재원으로 사용되고 있으며, ‘종합부동산세’의 경우 부동산교부세 세입으로 지방자치단체로 배분된다(지방교부세법 제4조, 지방교육재정교부금법 제3조). ‘주세’의 경우 광역․지역발전특별회계의 세입으로(국가균형발전특별법 제34조 및 제35조), 그리고 승용차에 부과하는 ‘개별소비세’나 철도 또는 궤도용 외의 차량에 부과되는 ‘관세’의 경우 교통시설특별회계로 연계된다(교통시설특별회계법 제8조). 또한 ‘수입농수산물에 대한 관세’와 ‘배합사료 및 축산기자재에 대한 부가가치세’, 그리고 ‘수입임산물에 대한 관세’는 농어촌구조개선특별회계에 전입되고 있다(농어촌구조개선특별회계법 제6조).