라. 수수료
결합전문기관은 결합과 반출 등에 필요한 비용을 결합신청자에게 받을 수 있으나(시행령 제29조의3제5항), 공공 결합전문기관은 결합 사례 발굴을 위해 현재까지는 수수료를 받지 않고 정부 예산 지원으로 운영하고 있다. 공공 결합전문기관별로 반출심의위원회 운영 과정에서의 전문가 수당 등 실비성격의 수수료를 부과하는 규정이 마련되었거나 현재 논의되고 있으나, 통합적인 수수료 체계는 마련되지 않았다.
민간 결합전문기관은 결합 데이터 양, 시스템 사용 기간 등을 기반하여 수수료를 책정하고 있으며, 향후 결합 외 부가서비스를 통한 수입을 창출할 예정이다. 민간 결합전문기관은 개별적으로 수수료 기준을 마련하고 있는데, 이에 대해서 정부 차원에서 수수료 가이드가 있었으면 좋겠다는 의견과 그렇지 않은 의견이 모두 있었다.