(2) 운영 절차
집행정지사유가 있는 경우 교도소장, 형 선고를 받은 자 또는 관계인(ex.변호사)은 자유형집행정지의 신청을 할 수 있다. 이 경우 검사는 교도소에 출장하여 임검하되, 필요한 경우 교도소의 의무관 또는 다른 의사로 하여금 감정을 하게 할 수 있다. 검사는 의사의 감정서를 첨부한 임검결과보고서를 작성하여 소속검찰청의 장에게 형집행정지에 관한 가부의 허가를 받는다.(자유형등에 관한 검찰집행사무규칙 제29조)
특히 임의적 자유형집행정지의 경우에는 형집행 정지 지휘를 함에 있어 소속 고등검찰청검사장 또는 지방검찰청검사장의 허가를 얻어야 하는데, 형집행정지 및 연장 여부에 있어 그 적정성을 심의하기 위해 형집행정지 심의위원회를 개최하여 교정시설의 관계자, 의사 등의 의견을 듣고 위원회의 의견을 참고하여 형집행정지 결정을 할 수 있다. 이 때 심의위원회의 심의결과에 검사장이 귀속되는 것은 아니며, 여러 사항을 참고하여 형집행정지 및 연장 여부를 결정한다.(「형사소송법」제471조, 형집행정지 심의위원회 운영규정)