소수당은 이와 같은 의제설정구조에서 배제·소외되어 있다. 다수당이 원구성 단계에서부터 상임위원회와 본회의에 이르는 전반적인 운영과 조정 권한을 갖는 구조 속에서 소수당은 상임위 배정을 비롯한 상임위원회와 본회의 활동에서 다수당의 결정에 종속되어야 하는 것이다. 소수당이 주력하는 사안은 교섭단체 중심의 의제설정구조로 인해 다수당의 의제에 압도될 수 있으며, 그것은 국회가 다수당이 우위를 유지하는 구조로 작용하고 있는 것이다. 17대 국회 이후 부분적으로 소수당을 배려하는 변화가 보여지고 있지만, 그것은 교섭단체가 허용하는 범주 내에서이다. 교섭단체제의 문제점은 의제설정에 우위에 있는 다수당이 그러한 구조를 개혁하려고 하지 않는 동기구조를 갖는다는 것이다. 교섭단체의 문제를 해결하기 위해서는 다수당의 동의를 토대로 한 국회법 개정이 불가피하다. 자신의 이해관계를 반영하고 있는 국회법을 소수당에 대한 배려와 지원을 확대하는 방향으로 개정할 가능성은 매우 낮다. 따라서 국회의 주요 제도로서 교섭단체제는 지속될 가능성이 높다.