경제적 타당성 일관성 확보를 위해 추가적으로 고려되어야 하는 사항은 비용효과분석과 관련한 분석방법론 및 기준의 마련이다. 비용효과분석에서 일반적으로 사용되고 있는 방법론은 과거 유사 연구개발사업의 예산과 성과를 바탕으로 해당 연구개발사업의 투입예산과 예상되는 성과를 비교하여 비용효과가 우수한지 여부를 확인하는 것이다.
이러한 과정에서 정보의 부족 혹은 누락으로 인하여 특정사업이 빠지게 되는 경우 비용효과분석의 결과는 상이하게 나타날 수 있다. 이러한 문제점을 해결하기 위하여는 매년 발간되는 주요연구개발사업 성과보고서(교과부)의 결과를 참고하는 것도 하나의 보완책이라고 본다.
결국 핵심적인 부분은 일관성을 유지해야 한다는 것이며, 연구개발단계와 표준과학기술분류 상의 동일한 분야를 고려해야 한다는 것이다. 과거 유사 연구개발사업의 성과와 비교하는 과정에서 과거 유사 연구개발사업이 높은 성과를 창출하였다고 하여 해당 연구개발사업의 성과가 높게 나타날 것이라고 할 수는 없고, 반대로 아주 낮은 성과를 보였다고 하여 해당 연구개발사업도 낮은 성과를 나타낼 것이라고 할 수는 없는 것인바, 상대비교가 불가능하다는 것이다. 덧붙여 시간의 흐름에 따라 기술개발역량 제고와 상황의 변화로 인하여 다소 오래된 기존 유사 연구개발사업 간의 비교는 아무런 의미가 없을 수도 있다. 따라서 비용효과분석의 타당성을 제고하기 위하여서는 비용효과분석을 위한 보다 정치한 방법론의 개발이 요구되는 시점이라 할 수 있다.