그러나 지자체의 부담이 급증하고 있는 점은 문제이다. 독일과 영국, 핀란드, 스웨덴 등은 지자체별로 급식경비 지원비율이 다르고, 독일과 영국은 지자체 간의 무상급식 제공비율의 차이가 크며, 한국도 지자체 간의 무상급식 제공비율의 차이가 크다. 재정자립도가 낮은 지자체가 학교급식 경비지원을 확대할 경우에 지방재정 악화의 원인이 될 수도 있다는 점을 감안할 때, 지자체별 급식비 지원의 격차를 보완하기 위한 중앙정부 차원의 지자체에 대한 경비지원이 필요하다. 전체 및 부분 무상급식 지원예산의 약 1/4~1/3 수준으로 국가가 지원하는 방안을 검토할 필요가 있다. 2010년에 우선지원대상에 대한 무상급식 지원비율을 30%까지 순차적으로 늘리는 방안을 정부･여당이 검토한 적이 있고, 현재도 우선지원대상에 대한 무상급식 비율이 20% 안팎으로 예상되므로 가능한 것으로 예상된다. 그러므로 지자체 간 급식비 지원의 격차를 보완하기 위한 중앙정부 차원의 경비지원 방안이 검토되어야 할 것이다.