또한 개별 기관이 표준화된 공공데이터를 제공하지 않아 활용이 제약됨을 지적할 수 있다. 현재 공공데이터법 제23조와 이에 근거한 행정안전부 고시 「공공데이터 개방 표준」이 표준화에 관해 상세히 정하고 있다. 하지만 실제에서는 기관별로 상이한 용어를 쓰기도 하고 행정안전부장관의 시정 요구에 대한 강제성 있는 피드백이 규정되어 있지 않다. 따라서 이용자가 개별적으로 공공데이터를 체계적으로 분류하는 과정을 거쳐야 하므로 서비스를 신속하게 개발하는 데 어려움이 있다.
더불어 일부 산업에서만 공공데이터가 활발하게 활용되고 있다는 점을 지적할 수 있다. [그림 1]에서 산업 간 공공데이터 활용률의 편차가 있고, 공공데이터 확보 방법을 모르는 비중이 높을수록 공공데이터 활용률이 낮은 경향이 있다. 이는 공공데이터 활용률이 낮은 산업군 종사자에게 필요한 교육 서비스가 충분히 제공되지 못하거나 공공데이터가 유발하는 경제적 부가가치가 효과적으로 홍보되지 못하는 데서 기인하는 것으로 볼 수 있다.