자산관리공사는 2013년 2월 22일 부실채권정리기금의 잔여재산을 대부분의 출연기관에 반환하였으나, 일부 출연기관의 경우에는 2013년 7월 반환이 완료되었다. 부실채권정리기금은 법인세법 상 과세법인으로 분류되어 있어 자산관리공사는 잔여재산 반환 완료 이후인 2013년 10월말 청산소득을 확정신고하고, 국세청 유권해석에 따른 청산소득세(지방소득세 포함) 415억원을 납부함으로써 기금 청산을 완료하였다.
한편, 자산관리공사는 청산소득세 산출에 관한 국세청 유권해석에 의문을 제기하며 기재부 유권해석을 추진한 바, 기재부 유권해석 결과 자산관리공사의 의견이 받아들여져, 국세청으로부터 기 납부 청산소득세 전액을 환급받았다.