(1) 과세시기의 변경
벤처기업의 주식매수선택권 행사 시점의 세부담을 완화해주기 위한 방안으로 가장 많이 논의되고 있는 것이 과세시기의 변경이다. 행사시점에 주식을 현금화하지 못한 상태에서는 행사이익(시가와 실제 매입가액의 차액)에 대한 소득세 부담이 과중하니, 과세시기를 주식의 처분시점으로 연기하자는 것이다. 상장법인 주식의 경우 주식시장에서 거래가 이루어져 매각이 용이하고 시가가 형성되어 있는 반면에, 비상장법인의 주식은 원활한 매각이 어렵고 시가의 평가금액도 불확실하다는 문제점을 반영할 필요가 있다는 점을 근거로 들고 있다.
이러한 제안을 반대하는 입장에서는 주식매수선택권의 행사이익이 비록 현금화 된 것은 아닐지라도, 부동산을 증여받는 경우와 같이 현물자산의 귀속 자체를 담세력 발생의 원인으로 보는 것이 과세 원칙이라는 점을 근거로 든다. 이러한 과세원칙에 대한 예외를 인정하려면 유사 형태 소득과의 과세형평성 측면에서 신중할 필요가 있다는 것이다.
대안 중의 하나로 행사시점의 소득세 과세를 처분시점으로 미루고, 처분시점에서 근로소득세가 아닌 저율의 양도소득세로 분리과세하자는 제안도 있다. 이러한 특례는 주식매수선택권 행사로 비상장법인의 주식이 발행되는 경우에 한하여 적용하며, 이후 처분시점에 상장이 되더라도 현행 주식 과세체계에 따라 비과세 하는 것이 아니라 비상장법인의 경우와 동일하게 과세하자는 방안이다.