종전의 예산회계제도는 기능별 분류, 조직별 분류, 사업별 분류 등을 예산과목체계에 반영하여 운용하였지만 기본적으로 ‘목’ 단위 중심의 품목별 예산제도였다. 이러한 품목별 예산제도는 예산의 통제가 용이하고 예산심의의 편의성이 보장되는 등 긍정적 효과가 있으나 적지 않은 문제점과 한계도 내포하고 있다. 품목별 예산제도의 문제점은 성과지향적 예산운용의 곤란, 중·장기 전략적 자원배분의 곤란, 재정 운영의 자율성과 책임성의 소재지 불분명, 사업별 원가산정의 곤란, 예산과목체계의 복잡성, 회계별 독립적 재정운용으로 인한 자원배분의 총체적 효율성 추구의 미흡 등으로 요약된다.
이와 같은 품목별 예산제도의 한계를 극복하고 재정운영의 자율성과 성과(효율성)를 향상시키기 위하여 사업별 예산제도가 도입되었던 것이다. 동 제도는 예산사업과 성과관리시스템의 연계 강화, 경상지출과 자본지출의 객관적 구분, 부분별 성과관리, 중장기 전략적 관점의 예산편성시스템 강화 등을 통하여 효과적인 자원배분을 달성하는 것을 목표로 하고 있다. 품목별 예산 제도와 사업별 예산제도의 차이는 <그림 3-1>이 정리하여 보여주고 있다.