(2) 정부출연연구기관
16개 정부출연연구기관들은 2013년과 2014년에 걸쳐서 세종시에 이전할 예정이다. 현재 자체청사를 갖고 있는 국토개발원, 한국개발연구원, 조세연구원, 법제연구원은 각각 보유청사를 매각해 청사를 건축하는 방식으로 2013년 12월까지 이전을 완료할 계획이며, 관련 인원은 총 1,112명이다.
반면, 임차사무실을 사용하고 있는 12개 연구기관은 한국자산관리공사가 관련 입주 건물을 건립하고, 해당 연구기관이 25년에 걸쳐 건립비용을 상환하는 방식으로 추진되며, 2014년 10월까지 청사를 완공해 2014년 말까지 이전을 완료할 계획이다. 12개 연구기관에 종사하는 사람들은 총 2,241명이다.