수소공급과 관련된 최대 이슈는 친환경적이면서도 경제적인 수소에너지를 대량생산, 운송, 저장, 충전할 수 있는 인프라의 구축이다. 국내의 수소 관련 문제점은 다음과 같다. 첫째, 국내 수소생산은 현재까지 화석연료를 활용한 방식이 90%를 차지하고 있으며, 청정수소는 생산비용이 비싸다. 이처럼 재생에너지를 활용한 수소생산은 매우 낮은 수준이다. 둘째, 압력탱크 내에 기체수소를 주입할 수 있는 압축 기술의 한계에 직면해 앞으로 기체를 압축할 수 있는 기술개발이 필요하다. 셋째, 수소를 액화하기 위해서는 –253℃ 이하로의 냉각 기술이 필요하지만, 이러한 기술적 성과가 아직 이루어지지 못했고, 앞으로 성공하더라도 액화저장수송 비용은 매우 높을 것으로 예상된다. 넷째, 수소의 저장 및 운송, 충전소 구축과 운용 비용이 많이 든다. 수소의 원가구조를 살펴보면 수소 1kg당 제조원가 3,000원, 저장운송원가 7,000원, 충전원가 44,000원 등으로 5만원/kg 이상이 될 것으로 보이며, 수소 인프라의 확충과 수요가 증대될 경우 8,000원/kg 수준으로 하락할 수 있을 것으로 보인다. 다섯째, 수소를 파이프라인으로 운송할 경우 파이프 소재에 수소가 흡수되어 파이프 자체의 금속재료가 약해지는 현상이 발생하고 있다. 따라서 기존의 천연가스(LNG) 파이프라인을 활용한 수소 운송은 곤란한 문제가 발생한다. 여섯째, 전기를 수소로, 수소를 전기로 전환하는 과정에서의 에너지 효율이 떨어지는 문제가 발생해 이를 줄이는 방안 마련이 필요하다.