그러나 동 사업이 어느 정도 시장성을 갖고 활성화 되기에는 근본적으로 몇 가지 장애요인이 존재하였는데, 먼저 기술거래시장이 활성화되어 있지 않아 담보채권회수에 대한 불확실성이 높은 점이 근본적으로 기술담보제의 확대를 제약한 요소가 되었다. 기술담보의 경우 기술거래시장의 미비로 채권회수가 제약을 받을 수밖에 없다. 또한 담보권을 행사한 후에도 소송 등에 의해 지식재산권이 무효화될 가능성이 있어 사후관리가 곤란한 문제도 존재한다. 이와 같은 채권회수의 어려움을 감안하여 기술담보 대출이 부실화되어 은행의 대출손실이 발생할 경우 취급은행에게 90%까지 정부가 손실을 보전해주도록 하였지만 그런 의미에서 동 사업은 실질적인 기술담보제로서의 역할에 한계를 지닐 수밖에 없었다. 
2)기술보증기금의 기술평가보증
기술보증기금의 기술평가보증은 동 기금의 기술평가시스템(KTRS)에 의해 평가 발급받은 기술보증서를 매개로 금융기관으로부터 보증서부 융자를 받을 수 있도록 하는 상품이다. 기술평가보증은 기술성ㆍ사업성 등 미래의 수익전망에 대한 평가를 기초로 금융이 발생된다는 의미에서 매출실적, 재무지표 등 과거 실적 위주의 심사를 기초로 하는 일반 보증심사와는 차이가 있다. 기술평가보증은 기술평가와 금융기능이 결합된 대표적인 기술금융상품으로 우리나라 기술금융시장에서 주도적 역할을 담당해 나가고 있다. 
기술보증기금은 그 동안 기술평가에 의한 보증보다는 혁신기업에 대한 신용심사보증을 주로 하였으나 2007년부터 종전의 신용평가와 기술평가로 이원화된 보증체계를 기술평가보증체계로 일원화하여 기술평가보증에 의한 대출이 이루어지도록 본연의 미션에 집중해나가고 있다. 기술평가보증은 기술평가 주체와 자금 공급의 위험부담 주체가 동일하다는 점에서 기술금융의 전형적 형태라고 말할 수 있으나, 기술보증서를 발급하는 기술보증기금의 재원이 주로 정부 재정에 의존하고 있어 본격적인 시장의 기술금융상품으로 보기는 어렵다.