이러한 권위주의 시기 집권 여당의 하향식 의사결정 방식의 정점에는 대통령이 위치하고 있었고, 이는 민주화 이후에도 일정 기간 지속되었다. 당의 총재는 정당의 대선 후보로 공천되어 당권을 갖는 동시에 정당의 대표인 총재로서 정당의 의사결정 구조에 직접적 영향을 행사할 수 있었다. 일례로 김영삼 정부 시기 당·정·청 관계의 중심에 총재인 김영삼 대통령이 자리하는 가운데 정무장관과 정무수석이 당·정·청의 가교 역할을 담당하였다(가상준·안순철 2012, 93). 두 정당이 선거연합을 바탕으로 집권한 김대중 정부 시기에는 당·정·청의 밀접한 정책협조가 더욱 중요해졌다. 공동 여당의 협조를 위해 위원장을 총리로 하고 양당 동수가 참여하는 운영협의회 및 정책조정기구를 구성하는 한편 운영협의회를 통해 양당의 정책을 하나로 통일하고 협의를 해 나갔는데 공동여당과 행정부 간 당정협의는 고위 당정과 실무협의로 이원화하였다(가상준·안순철 2012, 98). 그에 따라 대통령은 권위주의 시기의 당·정·청 관계와 유사하게 행정부의 장악과 더불어 국회의 의사결정과정에서도 영향력을 미칠 수 있어 당·정·청 관계에서 상대적 우위를 유지하였다.