또한 주요 포털사들이 통신자료 제공요청에 응하지 않고 있는 상황으로 인하여, 수사기관 등이 정보저장매체(서버 등)의 압수·수색 등과 같이 통신자료 제공제도에 비하여 기본권 제한 가능성이 더욱 높은 수사방식을 취하게 되는 것은 아닌지, 즉 수사편의에 치중한 불필요한 정보수집의 우려가 제기된다.
실제 관련 통계들을 확인해 보면 이러한 문제인식의 타당성을 전적으로 부인하기 힘든 측면이 있다. 즉 포털 사업자들의 통신자료 제공이 중단된 2012년 이후 정보저장매체의 압수·수색 건수는 전반적으로 비교적 가파른 증가추세를 보여주고 있다.
결과적으로 통신자료 제공제도의 운용방식은 궁극적으로 통신 프라이버시와 연계된 다른 제도들과 상호 연관성을 가진다. 따라서 제도개선 논의에서 단편적인 수사상 편의성에만 치중하게 되면 실질적인 이용자 프라이버시 보호는 어려워질 수 있다.