남북 당국이 일방 당사자가 되는 분쟁을 중재의 대상으로 삼은 것은 현지 당국의 수용 및 국유화 조치, 양허계약 위반, 투자계약의 계약 이행 등과 관련하여 분쟁이 발생할 소지가 있기 때문이다.
남북상사중재위원회는 남북 당국이 합의한 법령에 따라 중재판정을 하고, 당사자가 합의한 법령이 없는 경우에는 남 또는 북의 관계법령, 국제법의 일반원칙, 국제무역 거래관습에 따라 중재판정을 하게 된다.(제12조)
남북상사중재위원회가 판정을 내리면 분쟁당사자는 중재판정에 따른 의무를 이행하며, 중재판정에 따른 의무를 이행하지 아니하거나 불성실하게 이행하는 경우, 상대방당사자는 관할 지역의 재판기관에 그 집행을 신청할 수 있도록 하고 있다.
남과 북은 ‘특별한 사정’이 없는 한 중재판정을 구속력이 있는 것으로 보고, 해당지역의 확정판결과 동일하게 집행해야 한다. ‘특별한 사정’이 있는지 여부는 중재위원회가 정하도록 되어 있다.(제16조)