(2) 과학기술 종합조정 사무조직의 독립성
박근혜 정부 출범 이후의 과학기술 종합조정 사무조직은 주무부처 내에 설치됨에 따라, 종합조정 대상인 부처가 종합조정사무도 맡는, 소위 ‘선수-심판 겸임’ 문제가 다시 발생했다.
미래창조과학부는 ‘주요 국가연구개발사업’의 예산 배분·조정안 마련을 담당하고 있어, 미래창조과학부가 집행하는 국가연구개발사업에 대해서도 예산을 배분하게 된다. 또한 미래창조과 학부는 각 부처가 소관 국가연구개발사업에 대해 시행한 ‘자체평가’ 결과에 대해 ‘상위평가’를 수행하므로, 미래창조과학부가 시행한 ‘자체평가’ 결과에 대해서도 ‘상위평가’를 시행하게 된다.
타 부처 입장에서는 ‘선수’ 중 하나인 미래창조 과학부가 ‘심판’도 겸하는 것이 공정성과 객관성 측면에서 타당한지 의문이 있을 수 있다. 과거 과학기술혁신본부의 경우 ‘선수-심판 겸임’ 문제로 인해 부처 간 정책 조정에 실패했고, 다부처 국가연구개발사업 개발도 미흡했다는 평가가 있는데, 현행 사무조직인 과학기술전략본부도 마찬가지의 문제를 안고 있다고 할 수 있다.
이에 과학기술 종합조정 사무조직을 과학기술 주무부처에서 독립시켜, 대통령이나 국무총리 소속으로 두거나, 과거 (상설)국가과학기술위원회와 유사한 위상을 갖는 조직을 부활시키는 방안이 제안되기도 했다.