당정협의가 행정부와 정당 간 조정과 협력을 위한 제도적 기구로서 출발한 것과는 별개로 정부와 국회, 정부와 정당 사이의 정무적 조정 및 협의 역할을 담당하는 무임소 국무위원이 정부수립 당시부터 존재했다. 이후 무임소장관, 정무장관, 특임장관 등으로 명칭이 변경되었다. 김영삼 정부까지는 이들이 당정협의 관련 업무 또한 맡아서 수행하였으나, 김대중 정부와 노무현 정부 들어와서는 정무장관이 폐지되고 당정협의는 국무총리실에 의해 주도된다. 이명박 정부에서 정무장관은 특임장관으로 부활하지만 당정협의 관련 업무는 여전히 국무총리실에서 맡게 된다. 현재 박근혜 정부 하에서는 특임장관이 다시 폐지되었으며, 당정협의 관련 업무는 여전히 국무총리실에서 담당하고 있다.
이와 함께 역대 대통령들은 청와대 직제에 정무수석을 둠으로써 국회와 정당에 대한 대화의 통로로 활용하고자 하였다. 노무현 정부에서 정무수석 제도는 잠시 폐지되었지만, 이명박 정부 들어와서 다시 부활하여 현재에 이르고 있다.