이 프로그램의 농업환경 범위 및 활동 범주는 농업생산에 투입되는 토양·물 등의 요소와 농업생산 활동으로 인공적으로 조성되는 유무형의 요소 전반이며, 프로그램 운영 개요는 아래와 같다. 지역 20인 이상 농업인과 주민이 참여하여 사업을 신청하면 5년간 6억 5천만 원을 연차별로 나누어 지급하며 주로 주민활동 이행비 및 사업 운영관리비로 사용된다. 예산은 국비 50% 지방비 50%로 지방자치단체의 참여 비중도 높은 사업이다. 지방자치단체는 선정지역 주민 의견 등을 수렴하여 농업환경 진단 및 사업시행계획 수립, 농업인·주민과 협약 체결, 개인·공동 활동을 지원하며, 선정지역 농업인·주민에게 농업환경 보전 인식 제고 교육과 컨설팅 지원을 병행한다.
2021년 농업환경보전프로그램 시행지역들은 각 지역 특성에 따라 가이드라인에서 제시한 활동 중 지역에서 선택한 활동을 수행하고 있다. 농업환경자원의 범위의 확대 추세에 맞게 토양, 생태, 대기부문으로 나누어 개인 활동을, 용수, 생활, 생태, 경관, 유산 부문으로 나누어 공동 활동을 가이드라인에 소개하고 있다.