(4) 정부조직구조상의 문제
특임장관실은 계선기관이 아니라 참모기관이다. 이러한 조직형태는 관련부서 간의 횡적 연락과 수평적 업무협조를 통하여 경직적인 계선조직의 활동을 촉진할 수 있다는 장점이 있다. 반면에 이러한 참모기관들은 독자적인 집행권한이 없이 단순히 협의, 조정이나 자문의 기능만을 수행하게 되기 때문에 계선중심의 관료체제 내에서는 제대로 힘을 발휘할 수 없을뿐더러 경우에 따라서는 유명무실한 기관으로 전락할 우려가 크다.
특임장관실은 현재 국무총리 소속으로 되어 있으면서, 대통령비서실과 국무총리실, 행정부처, 국회, 정당을 모두 상대하도록 하는 구조로 이루어져 있다. 앞서 언급했듯이 특임장관실은 참모조직으로써 자문과 협의 등의 업무를 주로 수행함에 있어서 여러 가지 한계가 나타날 수 있다.