포괄수가제 시행과 관련하여, 제도적으로 보완되어야 할 핵심 과제는 서비스 원가의 산정과 총비용의 산출을 보다 정확하게 하는 것과 진단별 진료를 표준화하는 것이다.
우선, 포괄수가를 정하기 위해서는 궁극적으로는 제공할 세부 서비스 목록을 작성하고, 각각의 원가를 파악할 수 있어야 한다. 원가의 파악은 정기적인 시장조사를 통해 꾸준히 개정하는 방식으로 이루어져야 한다.
진료비용 상환방식을 바꿀 때, 두 방식 간에 차이가 작을수록 의료기관이 제도 변화를 수용하기가 쉬울 것이다. 포괄수가제가 경영압박 요인이라고 판단되는 순간부터 진료유인·과잉진료 등으로 의료시장을 왜곡시킬 수 있기 때문이다.
다음으로, 환자에게 제공되어야 할 서비스 묶음(패키지)은, 환자의 상황에 따라 다르겠지만, 반드시 필요한 검사와 처치들이 포함된 상태로 최적화되어야 할 것이다.
아울러 질병군 별로 환자분류체계를 보다 정교하게 보완할 것이 요구된다. 질병중증도와 환자의 연령, 다양한 처치 등을 기준으로 세분화하여 포괄수가를 산정해야 할 것이다.