누리과정 재원부담 논란은 지방교육재정교부금을 어린이집 보육료 지원에 사용하는 것이 적절한지에 대한 논란이다. 시･도교육청은 교육기관 운영 지원을 위한 재원인 지방교육재정교부금을 교육기관이 아니라 보육기관인 어린이집에 지원하는 것은 적절하지 않다는 입장이었다. 반면, 중앙정부는 2011년 누리과정 도입을 계획할 당시 재원을 지방교육재정교부금으로 일원화하기로 이미 결정하였고, ｢영유아보육법 시행령｣등에 누리과정 비용을 지방교육재정교부금으로 지원하도록 하는 법적 근거가 마련되어 있어 문제가 없다는 입장이었다.
중앙정부와 시･도교육청의 재원부담 갈등은 당시 지방교육재정 여건의 악화에도 기인한 측면이 있다. 시･도교육청의 경우 특별한 자체수입 없이 지방교육재정의 대부분을 지방교육재정교부금 등 이전재원에 의존하고 있다. 그런데 세수가 악화되면서 내국세 세수에 연동하여 교부되는 지방교육재정교부금의 규모는 2014년과 2015년 모두 전년에 비해 감소한 반면, 같은 기간 지방교육재정교부금에서 충당하여야 하는 누리과정 비용은 단계적으로 증가하였다.