각 지방자치단체마다 조금씩 다르기는 하지만 일반적으로 지방자치단체의 조례에는 남북교류협력위원회와 남북교류협력기금의 설치 및 운용에 관한 규정이 있다. 남북교류협력위원회는 기금의 운용·관리에 관한 사항을 심의하고, 남북교류협력사업에 관한 시도지사 혹은 군수의 자문을 위하여 설치한 기구다. 관계자, 공무원, 전문가들로 구성하여 남북교류협력 촉진을 위한 협의, 기금 운용 및 관리에 관한 사항, 남북교류기반 조성 및 민간차원 교류 지원에 관한 사항, 남북교류협력의 실질적 증진을 위한 계획의 수립과 집행에 관한 사항 등에 대한 자문과 해당 지방자치단체의 남북교류협력을 위한 조정자 역할을 한다.