또한 일반적으로 이원정부제에서 외치(外治)는 대통령이, 내치(內治)는 총리가 맡는다고 알려져 있지만, 복잡다단해지고 있는 현대 정치의 환경에서 내치와 외치의 명확한 구분은 점점 어려워지고 있다. 이 점에서 대통령과 총리간의 집행권 분점은 그 영역을 명확히 경계지우기가 쉽지 않다는 어려움이 있다.
이런 측면에서 이원정부제는 그 운영이 원활하게 작동할 경우에는 대통령제와 의회제의 장점을 결합한 제도로 기능할 수 있지만, 그렇지 못할 경우에는 오히려 두 정부형태의 운영에서발생할 수 있는 단점들이 더 부각될 위험도 존재한다.