원내정당과 의원들의 자율성 확보와 관련해서는 이미 2001년 말 정당개혁 논의가 시작되면서부터 이러한 자율성 강화에 역점을 둔 원내정당화가 주장되어 왔고 원내정당이 정책, 입법, 정당 간 협상 등에 있어 이전보다 중요한 역할을 하고 있는 것은 사실이다. 하지만 아직도 원내정당의 정책역량이 부족하고 의원들이 원외당직을 겸직하고 있을 뿐 아니라 원외대표를 포함한 원외정당 지도부를 전국적인 당대회를 통하여 직접 선출하고 있어 원외의 중앙당이 강한 위상을 갖게 됨에 따라 실제 운영은 여전히 중앙당 중심 정치의 틀을 벗어나고 있지 못하다. 그 결과 정당의 인력과 자원배분이 여전히 중앙당 중심으로 이루어지고 있을 뿐 아니라 업무의 상당 부분이 중앙당과 원내정당 간에 중복되어 있으며 당의 운영이나 정책결정에 있어 혼선이 야기되는 등의 문제가 있어 왔다. 이러한 문제를 극복하기 위해서는 원내정당 중심의 정당운영이 제대로 정착될 수 있도록 중앙당과 원내정당 간의 역할과 권한을 보다 명확하게 하고 정당 내 인적･물적 자원의 효율적인 배분을 통하여 원내정당의 정책역량을 더욱 강화시킬 필요가 있다. 보다 근본적으로는 중앙당을 비롯한 원외정당의 업무를 선거 관련 업무와 당원 및 조직 관리로 국한하고 이를 제외한 나머지 모든 정당의 업무들은 원내정당에서 다루도록 하여야 할 것이다.