의원의 행위가 명백히 법규나 법령을 위반하거나 미풍양속을 해치는 사안이어서 국민의 공분을 산 경우는 자문위의 논의 과정이 비교적 쉽게 진행된다. 일반적으로 징계사유로 적시된 사실관계를 확인한 후, 사실로 인정되면 곧바로 징계 양형을 논의하여 합의를 도출한다. 그러나 회기 중 저급한 언어의 사용이나 헌법기관인 대통령을 인정할 수 없다는 공개발언, 대통령에 대한 저속한 표현, 사인과의 시비로 인해 사건이 입건된 경우 등 품위유지 의무 위반이나 헌법기관 불인정을 이유로 상대 정당에 의해 집단적으로 징계요구가 이루어진 경우, 정당 간 상호 교차적으로 징계요 구가 이루어진 경우 등에는 자문위 위원들의 논의과정이 상당히 복잡해지고 때로는 언성이 높아지기도 한다.
자문위원들이 원내교섭단체대표에 의해 추천된다는 것은 태생적으로 자신을 추천한 정당과 무관할 수 없다는 것을 의미한다. 실제로 남윤인순 위원(1기)과 김삼화 위원(3기)은 비례대표로 공천되어 국회의원에 당선되기도 하였고, 임종훈 위원(1기)은 공천을 받아 위원직을 사임한 바 있었다.