국가과학기술연구회는 기존의 거버넌스 체제와는 다른 특수한 성격을 가진다. 분야가 과학기술로 특수하고, 그 구성원의 역할과 기능 또한 기존의 행정조직과는 다른 특성을 가지고 있다. 과학기술분야 연구회는 1999년 정부에 의해 인위적으로 설계된 구조적 특성을 가지고 출발했다. 하지만 정부가 직접적으로 통제하기 힘든 고도의 전문적 영역인 과학기술분야의 특성으로 인해 창발적 구조가 활발하게 작용하는 거버넌스이기도 하다. 연구회 체제는 기본적으로 출연(연) 상부구조로서 연구회 조직이 일정한 행정체계를 형성하고 있는데, 출연금 배분과 예산안 확정, 출연(연) 평가, 이사회를 통한 의사결정 기능 등을 통해 출연(연)을 조직적으로 지원･관리하고 있다. 법률에 규정된 기능과 역할은 출연(연)이 직접 결정한 체계는 아니나 그 안에서 정부, 연구회, 출연(연)은 복잡한 상호작용을 통해 국가 R&D를 수행하고 있다. 특히 연구과제중심제도(PBS, Project Based System)가 도입되어 경쟁적인 국가 R&D 환경이 조성된 이래 정부, 출연(연), 연구회를 둘러싼 국가 R&D 환경은 보다 복잡하고 다층적인 문제 영역으로 옮겨 가게 되었다. PBS 구조는 연구에 있어 핵심적인 과제 수주와 연구비 획득이라는 문제와 직접적으로 연결되어 있어 이를 둘러싼 논쟁은 현재도 계속되고 있다.