개정안은 사건절차규칙 제17조의 내용을 법제화하여 공정위가 임시 보관하고자 하는 자료·물건에 대해 보관조서를 작성하여 피조사업체에게 교부하도록 의무화하였다. 또한, 조사공문과 마찬가지로 보관조서에 기재되어야 할 사항은 시행령에 위임하였으며, 조사와 관련이 없다고 인정되거나 조사목적을 달성한 경우 공정위는 보관 중인 자료·물건을 의무적으로 반환하도록 하였다.
(4) 피조사업체의 의견제출·진술권 명문화
현행법 제52조는 공정위 심의단계에서 피심인 및 이해관계인의 의견제출·진술권을 명시하고 있으나, 조사단계에서는 이러한 권한을 법률로 보장하고 있지 않았다. 개정안은 피조사업체와 이해관계인의 의견제출·진술권 보장을 조사단계에까지 확대하였을 뿐 아니라, 해당 사건의 이해관계인이 아닌 참고인에게도 이러한 권한을 부여하였다.