저소득가입자는 추가보험료가 부담될 경우에 일차적으로 다른 질병금고로 소속을 변경할 수 있다. 또한, 추가보험료로 인해 가입자에게 과도한 부담을 주지 않도록 과부담조정(Sozialausgleich)제도가 도입되었다. 즉, 전체질병 금고들의 추가보험료 평균액이 근로소득의 2%를 초과하는 경우 그 차액을 연방정부가 보상하게 된다. 독일 정부는 이와 같은 제도 등을 통해 건강보험가입 자의 사회적 위험이 특정 질병금고 내에서만 분산되는 것이 아니라, 전체 건강 보험가입자로 확대되어 분산되는 효과를 기대하고 있다.
질병금고는 건강기금으로부터 배정된 재원이 급여지출과 관리비를 충당하 는데 충분하지 않은 경우 추가보험료를 징수할 수도 있지만, 흑자가 발생하는 경우에는 가입자에게 보험료를 환급해 줄 수 있다. 질병금고가 배정된 재원이 충분하지 않은 경우에는 우선적으로 효율성을 제고하기 위한 노력을 해야 하며, 효율성 제고 노력에도 불구하고 재원이 부족하다면 추가보험료를 징수할 수 있다.
독일의료보험의 재원은 원칙적으로 보험료를 위주로 조달되지만, 일부는 국고의 지원을 통해 조달되기도 한다. 모든 질병금고들이 법정급여를 충족시킬 수 있도록 건강기금에 의해 보험료가 징수되고 각 질병금고에 배분되어 독자 적으로 재정의 균형을 유지하도록 하고 있으나, 일부 분야, 예를 들어 모성보 호법에 의한 출산수당, 학생보험료, 광산근로자질병보험, 농업종사자질병보험에 대해서는 국고지원이 이루어진다. 연방정부의 보조는 조세수입으로 마련된 재원을 건강보험에 대해 보조하는 것으로 볼 수 있는데, 독일연방정부는 2011 년의 경우 20억 유로를 추가로 보조하였다.