그러나, 이런 녹색인증제도는 자칫 민간으로부터 금융시장에 유입된 자금이 정부가 인증하는 녹색사업 및 전문기업 이라는 신호에 의해 왜곡되어 전체 녹색산업에서 인증의 대상이 되는 특정한 분야에 대해서만 과잉투자가 발생할 수 있다(한국경제연구원, 2011:148). 지난 김대중 정부의 경험을 보건데, 당시 정부는 IMF 사태로 침체된 경제 상황을 극복하기 위해 정보통신기술에 관련된 벤처기업을 육성하기 위해 벤처확인제를 도입하였다. 이로 인해 정부의 정책으로 인해 소위 무늬만 벤처인 많은 기업들을 벤처기업으로 확인해 준 결과 벤처 버블이 초래되었다. 당시의 결과를 보면, 벤처확인제도가 처음 실시된 1998년에는 2000개에 불과했던 것이 2001년에는 1만개를 기록했으며, 2011년 현재에는 무려 2만개에 달하는 상황이다.