현실적으로도 개발기관 뿐만 아니라 방위사업청의 소관 사업관리부서(IPT)까지 포함하여 사업관리가 충실하였는지 또는 사업 과정에서 이루어진 의사결정이 합리적이었는지 등에 대한 종합적이고 심층적인 검토는 성실수행평가위원회에서 수행하기 곤란하고 외부 감사를 통해 최종 판단될 수 있는 사안이다. 만약 성실수행 여부 판정 결과와 감사원 등의 감사 결과가 상충되는 사례가 발생된다면 성실수행 판정의 적절성 여부에 대해 불필요하게 논란이 야기되어 오히려 방위사업청이 성실수행을 인정하는데 매우 소극적인 자세를 견지하여 본 제도의 실효성이 저하될 수도 있다.
게다가 방위사업청은 선(先) 기술개발 – 후(後) 체계개발 원칙에 따라 핵심기술 연구개발사업을 수행하고 있고 무기체계 연구개발사업에 대해 기술성숙도평가(TRA)제도를 적용하는 한편 최근에는 진화적 무기체계 연구개발 제도 적용을 본격 추진하는 등 무기체계 연구개발사업의 위험도를 낮추도록 다각도로 노력하고 있는 상황에서 높은 위험도를 감수하고 도전적·혁신적인 무기체계를 개발하는 여건을 조성하기 위해 성실수행인정 제도를 도입하는 것은 현재의 획득정책 기조와도 상충된다.