또 하나의 문제는 세금 감면이다. 신ㆍ경분리 과정에서 1조 2천억 원(농업계 추정, 농협은 8천억 원 추정), 그리고 사업 분리 후 운영과정에서 연간 4천억 원 수준의 각종 세금부담이 발생할 것으로 추산되고 있다. 이에 대해 농협은 조세특례로 감면조치를 취해 줄 것을 요구하고 있는데, 정부안에는 이에 대한 언급이 없다. 단지 정부가 「조세특례제한법」 등 관련 법령을 개정하여 조세감면 혜택을 주기로 농협과 협의를 마쳤다는 보도가 있었다. 그러나 이는 자칫 특혜 시비에 휘말릴 수 있어 결정이 쉽지 않은 문제이다.
농협보험 설치 문제도 갈 길이 멀다. 정부안은 농협은행과 회원조합에 금융기관 보험대리점 지위를 부여하고, 방카슈랑스 룰(은행ㆍ증권사 창구에서 보험을 팔 때 특정 보험사 상품판매 비중이 25% 이하가 되어야 하고, 창구 보험판매직원을 2인 이하로 제한하는 규제)을 5년간 유예한다는 특례 조항을 포함하고 있다.
이에 대해 보험업계는 거대 농협보험의 출현으로 기존 보험시장이 크게 잠식될 것을 우려하면서 강하게 반발하고 있어, 농협보험 설치를 둘러싸고 적지 않은 충돌이 예상된다. 이 문제와 관련하여 농림수산식품부와 기획재정부, 금융위원회 등 정부 부처간의 입장이 통일돼 있지 않은 상태여서 앞으로 어떻게 정부 입장이 조율될 지도 주목된다.