부처 중심의 사업구조에서는 정책목적 또는 프로그램 등 정책전략이 사업과 연계되는 데 한계가 있다. 현재 프로그램 예산제도에서 부처 중심의 예산편성은 한 부처 범위 내에서의 프로그램으로 부분적 최적화만을 달성하여 제한된 정보만을 나타내고 있다. 국가차원의 정책목적 달성을 위해서는 정책전략을 추진할 수 있는, 부처 간 경계를 넘어선 프로그램 수준의 구조가 요구된다. 즉, 국가차원의 정책전략에 따른 프로그램이 부처 간 경계를 넘어 설정되는 데 제한이 존재하고, 부처 내에서는 세부과제 중심으로 운용되다보니 프로그램-사업-과제 등 일련의 실질적인 구조화가 불가능한 실정이다. 기획-예산-평가 기능의 연계를 위해서는 제한된 자원의 선택과 집중을 통한 전략적인 연구개발 기획 및 투자가 중요하다. 이에 정책수준에서는 전략적 투자의 효율성, 연구과제 수준에서는 연구개발의 성과를 고려하는 접근이 필요한데, 이를 위해 세부 연구개발의 성과가 정책/프로그램의 목표 달성에 기여할 수 있는 구조로의 변화가 필요하다. 따라서 연구개발의 경우 부처 중심의 사업 및 예산 구조를 프로그램 중심의 사업 및 예산 구조로 변경이 요구된다. 구체적으로 범부처 프로그램 중심의 사업구조를 도입하여 연구개발 분야의 경우에는 부처 중심의 사업구조를 벗어나 프로그램 중심의 사업구조로 예산제도를 운용할 필요성이 있다. 이러한 구조변화를 통해 정책목적별 연구개발투자의 적절성 및 사업구성의 적절성, 그리고 특정 프로그램과 관련된 부처의 사업 현황 파악 등 국가 전체 차원의 정보가 산출될 수 있다.