이에 대해 일선 현장에서는 「대안교육기관법」 제정 이후에도 대안교육기관 등록은 의무가 아니라고 인식하고 있으며, 미등록 상태에서 종전과 같이 학교의 명칭을 사용하거나 학생을 모집하여 학교의 형태로 운영하는 경우에 대해서도 시·도교육청이 시설 폐쇄 명령 등의 벌칙을 적용하지 못할 것이라고 오해할 수 있다는 지적이 제기되었다. 교육부와 시·도교육청은 이에 대해 명확한 의견을 제시하지 못하고 있다.
교육부는 “미인가 교육시설은 법적 근거 없이 설치·운영되어 학생 안전 및 학습권 보장 등을 관리하기 어려운 실정이며, 교육제도권 내로 최대한 편입할 수 있도록 일정한 계도기간을 부여하고 대안교육기관 등록을 유도하도록 노력하겠다”고 밝혔다. 그리고 “미인가 교육시설에 대한 폐쇄 등 행정조치는 교육자치 사무로, 향후 시·도교육청과의 긴밀한 협의를 통해 추진할 필요가 있다”는 의견을 제시하였다.