한편, 최근에는 「국유재산특례제한법」 별표에 없는 주한미군지위협정(한미SOFA)과 그 이행법에 근거한 종말고고도미사일방어체계(THAAD) 부지의 주한미군에 대한 무상양여행위는 무효라는 취지의 소송이 진행 중에 있다. 소송에 앞서 더불어민주당 유승희 의원은 SOFA에 의한 국유재산 무상 공여도 국유재산특례이기 때문에 「국유재산특례제한법」을 위반한 것이라고 주장하기도 했다. 이는 2014년 대법원 판결 사건 원고의 주장과 해당 판례에 대한 오준근(2017)의 비판 요지와 유사하다.
한편, 국회 법안 심사 과정에서도 특례제한규정의 구속력 문제에 대한 우려가 나타난 적이 있다. 「과학기술분야정부출연연구기관등의설립·운영및육성에관한법률안」 검토보고서에서는 “이 법에서 새로운 출연연구기관의 설립을 금지하는 경우 새로운 개별 입법에 의해서는 출연연구기관을 설립하지 못하게 되어 국회의 입법권한을 구속하게 되는 문제점이 있다”라고 지적한바 있다(과학기술정보통신위원회 전문위원, 2004). 또한 「국유재산특례제한법안」 제정 논의 시에도 특례제한법도 법률인 이상 다른 상임위에서 개정할 수 있는 것으로 해석될 수 있다는 우려와, 우려하는 일은 충분히 일어날 수 있는 일이나, 실무적으로 그러한 일이 일어나지 않도록 운영을 잘 해 나가겠다는 취지의 기획재정부측 입장도 제시된 바 있다.