현행 간이과세제도의 문제점을 살펴보면 첫째, 과세표준 양성화의 역행 및 조세부담의 불공평이다. 간편한 납세의무 이행을 위한 특례들이 세원투명성 확보에 저해요소로 작용하고, 근로소득자와 자영업자간 과세형평성을 침해하는 요인이 되기도 한다.
둘째, 간이과세제도에서는 부가가치율의 산정이 납부세액 계산에 결정적인 역할을 하게 되는데, 현재 우리나라는 전체 업종을 겨우 3개의 범주로 구분하여 부가가치율을 적용함으로써 업종간 과세 불공평을 야기하고 있다.
셋째, 간이과세자 중 납부의무 면제자의 비중 및 세액이 과다할 뿐만 아니라, 지속적으로 그 비중이 유지된다는 것은 우리나라의 경제규모와 성장률 등을 감안할 때 비정상적인 행태로 판단된다.