그리고 유통단계에서 이력추적을 위한 관리비용이 추가로 발생하게 되는데 이 비용을 누가 부담해야 할지도 앞으로 풀어야 할 과제이다. 만일 추가비용이 쇠고기 가격에 그대로 전가될 경우 가뜩이나 수입쇠고기와의 가격경쟁에 있어 고전하는 국내산쇠고기에는 또 하나의 부담이 될 수 있을 것이다. 또 소비자들의 반발도 예상되므로 추가비용을 합리적으로 처리할 수 있는 방안 모색이 필요하다.