특히 과학기술부의 집행업무를 관련부처로 대폭 이관하였는데, 산업자원부 이관사업으로 21세기 프론티어사업, 민군겸용기술개발사업, 원자력 연구개발사업, 지방과학기술혁신사업, 과학기술인력양성활용사업 일부, 연구성과지원사업 등 관련부처 이전이 진행되었다.
‘00년대의 국내 기술정책은 ’90년대의 외환위기 극복이후 국가 전반적인 혁신시스템의 정착을 목표로 하였다. 특히 본연구에서 초점을 맞추고 있는 과학기술혁신정책은 이러한 국가 전반적인 혁신시스템 정착의 일환으로 시행된 정책으로써, 과학기술부가 과학기술혁신정책을 주도하기 위한 위상 강화(과기부장관의 과기부총리로격상)와 과학기술혁신정책을 직접 수행할 「과학기술혁신본부」의 종합기획·조정·평가 기능의 역할을 부여하였다.