◦ 법률에서 독립기관의 설립 근거를 정하고 외부로부터 연구용역 수탁을 받지 않는다는 원칙을 명시하며 출연금 형태로 제반 비용을 지원한다는 점을 규정함으로써, 주요 부처와 연구관리전문기관의 영향력을 최소화하여 연구개발 예비타당성조사의 내용적‧절차적 타당성을 제고할 필요가 있음
◦ 단기간 내에 별도 법인의 설립이 어려운 경우에는 부설기관의 설치를 우선적으로 고려할 수 있으며, 부설기관의 설치에 관하여 참고할 수 있는 입법사례로는 「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립‧운영 및 육성에 관한 법률」 제33조의 과학기술연합대학원대학교 설립에 관한 규정을 들 수 있음
- 참고로 「과학기술기본법」 제20조의2에서는 한국과학기술기획평가원은 과학기술정보통신부장관의 인가를 받아 정관이 정하는 바에 따라 부설기관을 둘 수 있는 근거를 규정하고 있으며, 「정부출연연구기관 등의 설립‧운영 및 육성에 관한 법률」에는 부설기관 설치에 관한 근거가 없지만 경제‧인문사회분야 정부출연연구기관들은 부설기관을 운영하고 있는 상황으로(예: 건축도시공간연구소, KDI국제정책대학원, 육아정책연구소) 향후 부설기관의 근거를 신설할 수 있음
◦ 한편 연구개발 예비타당성조사를 담당하는 기관 중에서 한국과학기술기획평가원의 경우 독립성과 중립성 확보가 어려운 근본적인 원인은 기관 자체적인 문제가 아니라 과학기술혁신본부가 과학기술정보통신부에 속해 있어 ‘선수가 심판을 겸하는 문제’에 있다고 할 수 있으므로, 중장기적으로는 과학기술혁신본부의 독립성 확보를 위한 논의의 활성화도 필요할 수 있음