그러나 권역별 비례제의 단점으로는 전국명부방식보다 초과의석의 발생확률을 높인다는 것이다. 초과의석은 정당득표에 따른 배분의석보다 지역구의석이 많을 경우 발생하기 때문에 권역이 많을수록 그 편차가 발생할 확률도 높아진다. 또한 권역별 비례제에서는 초과의석이 발생했을 때 권역간 대표성의 불균형을 심화시킬 수 있다. 권역별 할당의석은 인구수에 따라 정해졌지만, 초과의석으로 늘어난 의석을 재배분할 때는 처음과 달리 득표수가 적용되기 때문에 그로 인해 인구비례성이 훼손될 수 있다.
비례성의 차이도 나타난다. 전국이 아닌 권역별 비례제에서는 권역 구분에 따른 사표(wasted votes)가 전국명부방식보다는 많이 발생할 수밖에 없다. 권역별로 할당된 의석을 정당에 배분할 때 의석으로 전환되지 못하는 사표가 발생하는데, 권역이 많을수록 사표발생의 비율은 높아진다.