네 번째, ‘보상 및 제재’의 단계에서는 조기완료를 인정할 수 있는 근거를 마련하여 우수성과 창출을 촉진할 수 있도록 하고, 연구개발성과에 대한 연구자의 권리를 명시적으로 규정하였으며, 연구부정 행위 등에 대한 제재사유 및 기준을 구체화하고 제재처분을 강화하는 등 연구자의 권익을 강화하는 동시에 책임성을 확보할 수 있도록 하였다.
마지막으로 ‘행정’의 측면에서는 연구와 행정을 분리하여 연구비 관리･정산 등의 업무는 연구지원 인력이 전담하도록 하고, 연구개발기관의 연구자에 대한 지원책임과 역할을 규정함으로써, 연구자의 행정 부담을 완화하고 연구에 몰입할 수 있는 환경을 조성할 수 있도록 하였다.