‘친환경수산물 직불제’는 친환경수산물 생산 기술 및 자재 보급 지원을 위해 친환경수산물인증 어가에게 생산비 증가액 일부를 지원하되, 관련 법령에서 규정한 특정약품 사용 금지 및 유기식품 등 인증을 준수의무로 정할 수 있다.
특히 ‘수산자원보호직불제’와 ‘친환경수산물 직불제’의 경우 각각 「수산업법」, 「내수면어업법」 및 「양식산업발전법」에 따라 면허 또는 허가 받은 「상법」상 회사도 직불제 대상에 포함하고 있어 상대적으로 대규모 어업경영체도 참여가 가능하다. 또한 직불금 수령자는 1) 수산업·어촌의 공익기능 증진을 위해 관련 교육을 이수할 것, 2) 수산 관계법령을 준수할 것, 3) 수산업·어촌의 공익기능 증진을 위하여 ‘준수의무(교차준수의무, Cross-Compliance)’ 등을 이행해야 한다.