또한, “대안교육기관의 독창적인 교육과정 운영과 교육모델 도입으로 다양한 교육 수요를 충족시키고 공교육 밖에서 교육받고 있는 청소년이 안정적으로 교육받을 수 있는 권리를 보장할 수 있게 되었다”는 의견이 있었다. 교육부도 “법적 지위가 불안정하였던 미인가 대안교육시설을 대안교육기관으로 등록하여 학생 안전과 교육의 질을 보장하고 교육기회를 다양화할 것으로 기대한다”고 밝혔다.
법률안 심사 과정에서는 “대안교육기관이 우후죽순으로 생겨나서 원래 의도하던 목적과는 다른 현상으로 나타날 수 있다”는 우려와 “공교육을 더 강화하고 공교육 안에서 다양한 교육들이 이루어질 수 있도록 하는 방안 모색이 필요하다”는 의견이 있었다. 또한 “경제적 지원이 제외된 것이 아쉽고, 법률에 따라 등록하기 어렵거나 등록을 원하지 않아서 회피하는 대안교육기관을 최소화하고 해당 시설을 공적인 영역으로 흡수할 수 있는 방안 모색이 필요하다”는 의견도 제시되었다.