그간 기관통합에 따른 원가절감과 관련하여 양 공사의 입장은 첨예하게 대립하였다. 토공은 택지개발 이후 공공임대주택을 건설하는 과정에서 자본회수기간이 길어짐으로써 금융비용이 증가하여 아파트 분양가가 약 11% 상승할 것이라고 주장하였다. 이에 반해 주공은 택지ㆍ주택건설공사를 일괄적으로 동시에 수행함으로써 사업기간을 단축시키고, 이중공사를 방지함으로써 간접비용을 절감하여 주택분양원가의 약 3.5%를 절감할 수 있다고 주장하였다.
통합공사는 조직운영의 효율성 뿐 아니라, 토지와 주택개발 기간을 단축하도록 노력함으로써 금융비용 증가를 최소화하여 원가 절감을 달성하도록 노력해야 할 것이다. 또한 국회와 정부는 통합공사가 실질적인 원가절감을 달성할 수 있도록 사업추진에서 낭비적 요소를 최소화하도록 지속적인 관심을 기울일 필요가 있다.