우리나라 상법상 합병 및 분할의 주요 문제점은 대체로 다음과 같다고 생각된다. 첫째, 합병과 분할을 별도로 규정하면서 다수의 준용규정을 유지하는 것은 물론, 관련 규정이 여러 곳에 흩어져 있어서 체계가 산만하다고 할 수 있다. 이로 인하여 합병과 분할이 분리된 상태에서 빈번한 상법개정을 통하여 변화하는 관련 규정은 체계적이지 못한 한계를 드러내고 있다.
둘째, 합병과 분할의 개념에 관하여 오랫동안 학설과 판례가 발전하여 왔으나, 이 제도의 적용범위를 명확하게 정하기 위한 양자의 개념을 상법에 도입하지 않고 있다. 또한 2011년의 개정 상법은 합병교부금의 범위가 제한이 없는 교부금합병제도가 도입되어 원치 않는 주주를 축출하는 소위 소수파주주축출 교부금합병(squeeze-out merger)으로 악용될 수 있고, 합병의 결과 자본금이 충실하지 않는 회사가 나타날 가능성이 높다.