최근 정부와 농협 간에 일부 쟁점 사안에서 이견 조정이 끝났다는 언론보도도 나오고 있으나, 여러 주요 사안에 대해서는 아직 구체적인 해결책이 나오고 있지 않다. 그리고 농민단체의 반발도 좀처럼 수그러들지 않고 있다.
농민단체는 기본적으로 신ㆍ경분리가 경제사업 부문을 강화하는 방향으로 이루어져야 한다면서 정부의 농협개혁 방향에 대해 의문을 제기하고 있다. 즉 농민단체들은 “정부안이 경제사업 활성화를 소홀히 한 채 단순히 은행업을 보존하려는 수단으로 전락할 가능성”이 크다고 우려하면서, 지주회사 방식의 사업분리 입장을 즉각 폐기할 것을 요구하고 있다.
이와 함께 농협중앙회 자본금을 조합원 농가를 위한 경제사업에 우선 배분할 것을 강력하게 요구하고 있다. 그러나 농림수산식품부는 경제사업 활성화를 위한 구체적인 비전이나 자본금 배분 수준을 제시하지 않고 있는 상태이다.
이와 함께 지주회사로 전환하는데 추가적으로 필요한 자본금의 조달 방법이나 규모 등에 대해서도 앞에서 살펴보았듯이, 구체적인 내용이 제시되지 않고 자산 실사를 거친 후로 미루고 있어 반발을 사고 있다. 일부에서는 법 통과 이후 발생할 혼란을 최소화하기 위해 자본금 지원계획이 선결적으로 확정되어야 하는 등 정부 지원금에 대한 체계적인 관리와 보호장치가 마련되지 않으면, 일종의 ‘부실 공적자금’ 논란에 휘말릴 소지가 있다는 지적을 하고 있다.