여섯째, 행정전자서명과 관련된 갈등이다. 행자부는 기존의 행정기관에 한정하여 활용하던 행정전자서명을 모든 공공기관에 확대 적용하려는 움직임을 보였다. 이에 대하여 정통부는 행정전자서명은 본래의 목적대로 행정사무를 처리하는 행정기관의 전자공문서에 국한하여 사용해야 하며, 공공기관은 이미 공인인증을 활용하고 있으므로 모든 공공기관에 행정전자서명을 확대하는 것은 불필요할뿐더러 혼란과 예산 낭비를 불러온다는 입장이다.
일곱째, 전자정부 관련 국제협력에 대한 갈등이다. 행자부는 전자정부 주관기관인 행자부가 민간기관의 전자정부 관련 국제협력을 지원하는 기능을 수행해야 한다고 주장한다. 반면 정통부는 민간기관의 전자정부관련 국제협력은 전자정부사업에 참여하는 정보통신업체에 대한 지원 성격으로서 정통부의 기능에 해당하며, 전자정부 로드맵상에도 정통부의 기능으로 되어 있다고 주장한다.