현행 공공기관 경영실적 평가제도의 문제점으로는 ①평가단의 잦은 교체 및 평가단 구성의 편중으로 인한 전문성이 부족하다는 점, ②비계량지표 평가의 신뢰도 부족 및 평가항목별 실질적 가중치의 편중현상 등이 발생한다는 점, ③정부정책 이행실적 평가로 인한 공공기관의 운영상 자율성을 침해할 가능성이 있다는 점, ④일률적 평가로 인한 비효율 및 지표간 연계성 부족 등 평가체계상 문제점이 있다는 점, ⑤현행 경영실적 평가제도는 평가를 통한 인센티브 제공에만 초점이 맞추어져 있을 뿐 기관의 발전을 위한 컨설팅 기능을 하지 못하고 있다는 점 등을 지적하였다.