한편 의료비 및 교육비의 세액공제를 소득공제로 전환하는 것에 대하여 다음과 같은 부정적인 견해도 제기되고 있다.
첫째, 우리나라는 근로자의 필요경비에 대하여 별도의 필요경비 항목을 인정할 필요가 없으며, 의료비 및 교육비는 근로소득 창출과 직접 대응되는 비용으로 보기 어렵다는 것이다. 특히, 부양가족에 지출된 의료비 및 교육비는 본인의 근로제공과는 관련이 없다는 주장이다.
둘째, 소득공제로 환원시 대규모의 세수감소가 발생할 뿐만 아니라, 6%의 세율을 적용받는 저소득근로자(총급여액 기준 약 2,500만원 이하자)의 세부담이 늘어나는 반면, 24% 이상의 세율을 적용받는 고소득자(총급여액 기준 약 7천만원 초과자)의 세부담만 감소하는 결과가 초래된다는 주장도 있다.
국회예산정책처는 의료비 및 교육비 공제를 소득공제 방식으로 환원할 경우 2015년 기준 3,487억원의 세수감소효과가 발생할 것으로 전망하고 있다.