연구회 체제, 다시 말해 넓은 의미에서 과학기술 거버넌스 체계는 1999년 연구회가 설립된 이후 정권의 출범에 따라 5년에 한 번씩 그 모습을 변화시켜 왔다. 하지만 2013년 출연(연) 발전전략 보고서는 이러한 변화가 연구환경 변화에 적응하기 위한 거버넌스 변화라기보다는 정부의 정책 방향에 따른 단기적 변화라는 인식에서 출발하고 있다. 2008년 공공기술연구회 폐지로 기초 및 산업기술연구회로 이원화되어 운영되던 연구회 체제는 ｢과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립･운영 및 육성에 관한 법률(이하 과기정출법)이｣개정(2014년 5월)됨에 따라 국가과학기술연구회로 통합되어 새롭게 출범하게 되었다. 국가과학기술연구회는 출연(연)간 교류와 융합연구 활성화, 출연(연)별 임무정립, 중소･중견기업 협력 확대를 지원하며, 출연(연)의 공통 애로사항을 해결하고 중장기 출연(연) 미래전략 수립 등을 통해 출연(연)이 자율과 책임하에 연구에만 몰입할 수 있는 체제를 만들고자 출범하였다.