행정협의조정위원회의 주요기능은 중앙행정기관의 장과 지방자치단체의 장이 사무를 처리할 때 의견을 달리할 경우 이에 대한 협의 및 조정을 수행하는 기능을 담당하며, 행정협의조정위원회 실무위원회는 행정협의조정위원회의 심의에 앞서 당사자 간의 긴밀한 협조 및 의견 조정과 위원회로부터 위임받은 사무를 처리하는 기능을 담당하고 있다. 행정협의조정위원회 및 실무위원회 구성은 「지방자치법 시행령」 제104조 및 제107조에 의거한다.