넷째, 교육감은 학교장 업무수행 평가 시 학교폭력빈도를 반영하지 않도록 규정하였으나(「학교폭력예방법」 제11조), 학교장은 인사 상 불이익 등을 우려하여 사건을 은폐·축소하거나 자치위의 가해학생 선도·징계 조치를 이행하지 않는 사례가 있다. 그러나 그러한 행위에 대한 처벌 조항은 명확하게 규정되어 있지 않다.
다섯째, 현행의 가해학생 선도·징계 조치는 교육적 효과나 예방 효과는 부족한데 비해 학교폭력에 대한 사법적 대처만을 어렵게 만든다는 지적이 있다. 현행 「학교폭력예방법」 제17조 제8항은 “자치위는 가해학생이 특별교육을 이수할 경우 해당 학생의 보호자도 함께 교육을 받게 할 수 있다”고 규정하였다. 그러나 가해학생의 부모가 특별교육이수 조치를 통보받았음에도 불구하고 이행하지 않았을 경우에 가해학생에게 또다른 징계 조치를 내리는 것도 어렵다.
여섯째, 피해자 또는 주변인이 쉽게 신고할 수 있는 통로가 마련되어 있지 않고, 학교폭력의 신고·처리·결과에 대한 비밀누설 금지 및 벌칙 조항이 있음에도 불구하고 제대로 지켜지지 않고 있다. 그리고 교원들과 교육청·교과부가 학생의 개인정보를 다소 소홀하게 취급하는 점과 학교폭력을 학생들의 발달과정에서 당연히 거치는 통과의례로 생각하거나 피해자를 문제아로 취급하는 학부모의 인식도 문제로 지적된다.