특례제한규정이 만들어내는 복잡성과 다층성은 앞서 지적한 운영상 문제점들의 주요 원인으로 보인다. 특례 목록의 누락 및 인용연결 오류 문제는 많은 부분 입법자가 특례제한제도를 간과하거나 단지 부주의하였기 때문에 나타난 휴먼에러(human error)의 일종이다. 미국에서의 상황도 유사하여 Grewal(2010: 1012-1013)은 지금까지 제정된 법률의 범위와 양을 고려할 때 입법자가 선대의 모든 입법제약조항을 파악하고 이를 준수하여 입법하는 것이 어렵다고 보았다.
이러한 점을 고려할 때 비록 특례제한규정 입법이 특별법에 의한 특례 증가를 막는 제도적 효과가 있을 수는 있으나, 법체계에 부담을 주는 복잡성 증대의 제도적 비용 또한 수반한다는 점을 인식할 필요가 있다. 그리고 특례제한규정으로 인한 복잡성 증대에 대한 보완책이 마련되기 전까지는 특례제한규정을 추가적으로 입법하는 것에 대해서 신중하게 접근할 필요가 있다.