나. 특례제한규정 특례목록에서 개별법상 특례를 누락한 경우
특례제한규정은 동 법에 있는 특례 목록으로 허용되는 경우 이외에는 다른 법률에서 특례를 정할 수 없도록 하고 있다. Ⅲ장에서 검토했듯이 만약 이런 강행적 문언에 반하여 특례목록에서 누락되어 있는 개별법상의 특례규정이 존재하는 경우 법체계의 정합성에 문제가 발생할 수 있고, 해석문제에 관한 법적 분쟁이 발생할 수 있다.
「국유재산특례제한법」의 경우 별표에서 누락되어 있는 개별법상 특례조항이 14건 있는 것으로 파악되었다. 이는 「국유재산법」을 인용하는 타법상의 조항들을 법률 텍스트 데이터에서 키워드 검사를 이용하여 찾은 후, 「국유재산특례제한법」 별표와 대조하는 방법으로 찾아냈다.
이러한 사례 외에도 「대기환경보전법」에 따른 저탄소차협력금, 「도시가스사업법」에 따른 가스공급시설설치분담금이 「부담금관리 기본법」 별표에서 누락되어 있고, 「해양산업클러스터법」 및 「갯벌 및 그 주변지역의 지속가능한 관리와 복원에 관한 법률」이 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 별표에서 누락되어 있는 것으로 알려져 있다(김명종, 2019). 이 중 저탄소차협력금은 실제로 부과가 되지는 않았으나, 가스공급시설설치분담금은 실제 이 조항에 근거한 부과가 이루어졌고, 이에 대해서 쟁송이 있었다. 이러한 누락 사항을 정리하면 <표 7>과 같다.