4대강 수계의 수질개선사업을 위한 재원을 조달하고 관련 규제로 인해 피해를 받아온 주민들에 대한 지원을 강화하는 취지에서 도입된 ‘물이용부담금’은 그동안 상수원 수질개선, 상류지역 주민지원을 통한 상·하류 상호협력체제의 구축 등 직접적인 성과를 거두었으나 또 다른 한편으로는 동 제도가 시행된 이후 많은 물 관련 갈등 사례들이 나타났고 물값이나 수질개선부담금 등 다른 비용부담 체계의 효과를 약화시키는 등 물 관리의 효율성을 저해하는 결과를 초래하기도 하였다.