농림축산식품부가 농업환경보전프로그램 도입의 경제적 배경으로 정리한 자료에 따르면, 농업인은 사유재인 토지에서 농산물을 생산하여 경제적 이득을 취하는 경제주체로, 농산물 생산량(농업 소득) 극대화가 최대 목표인데, 이러한 과정에서 비료와 농약 등의 재화는 필연적으로 과다 투여될 우려가 있으며, 이는 토양·수질·생태계 오염 등을 유발한다. 음(부정적)의 외부효과를 발생시키는 농업인들에 대해 원칙적으로는 오염원인자부담원칙에 따라 관련 규제(명령·세금 부과 등)를 부과해야 하나, 경영규모의 영세성, 농업이 사회에 미치는 다원성 등을 감안할 때 농업인들에게 이를 일괄 적용시키는 것은 불합리하므로 이에 농업의 공익적 가치(양의 외부효과)를 제고하기 위해 농업환경보전프로그램 사업(보조금)을 도입하여 농업생산 활동 과정에서 발생하는 환경 과부화 등(음의 외부효과)을 최소화하는 정책이 필요하다는 것이다.