그리고 실제 장기계속공사에서 공기지연이 발생하는 경우 발주기관과 계약상대자는 공기지연을 공기연장으로 인정할지를 두고 공기연장에 따른 간접공사비 청구와 지체상금 부과로 대립하는 것이 일반적이다. 또한 공기지연 내지 공기연장이 쟁점이 되는 경우에는 설계변경이 수반되는 경우가 많다. 그러므로 공기연장에 따른 합리적인 위험배분과 대등한 계약의 원칙을 이루기 위해서는 계약상대자와 발주기관 양측 모두의 입장을 고려하여 공기연장, 지체상금, 설계변경이 경합하는 경우에 관한 현실적인 제도개선방안을 찾는 것이 필요하다.
이에 따라 아래에서는 장기계속공사계약의 구조를 살펴보고 공기연장 간접비 청구대상의 범위, 공기연장 간접비에서 설계변경 간접비의 공제 여부, 적정한 지체상금률 및 지체상금의 상한 등에 대해 검토하고 각 쟁점별 개선점을 모색하고자 한다.