실증적인 자료에 의한 반론도 있다. 즉, 실제로 군가산점제도가 도입되더라도, 이로써 혜택을 받는 사람은 매년 전체 병역의무이행자 25만명 중에서 겨우 110명에 지나지 않아, 전체 중 0.0004%에 지나지 않는다는 실증조사결과가 있다.
또한 여성부의 ‘군복무자에 대한 합리적인 보상제도’ 라는 제목의 보고서에 의하면 병역법 개정안대로 2009년 7급 공채 일반행정직 분야에 군가산점을 적용해본 결과, 필기합격자 363명 중 12.9%(47명)의 당락이 바뀌는 것으로 나타났다.
가산점제도가 실제로는 공무원 시험에 응시하거나 취업보호실시기관에 지원할 경우에 한정하여 부여된다는 점에서 그 효과가 제한적이라는 지적도 있다.
보상제도로서 군가산점제도는 국가가 별도의 재원을 마련하지 않고 그 부담을 여성 및 장애인과 같은 사회적 약자에게 전가하여 병역의무자에 대하여 보상을 하는 것과 같은 외관을 가진다는 점도 지적된다.