◼ (대기업에 혜택이 편중될 우려) 특허박스제도를 도입할 경우 중소기업에 비해 사업화 역량이 큰 대기업에 동 제도의 혜택이 집중될 가능성이 있음
⚬ 실제로 우리나라 민간 R&D 총투자액을 기업 유형별로 구분하면, 대기업 76%, 중소기업 12.5%, 벤처기업 11.4%로서 대기업이 R&D투자를 주도하고 있으므로, 특허박스제도의 도입은 R&D 집중도 및 사업화 역량이 큰 대기업에 더 유리하게 작용될 수 있음
⚬ 이에 특허기술의 사업화를 촉진하기 위한 동 제도의 취지를 구현함과 동시에 대기업에 편중되는 조세지원을 제한할 수 있는 제도적 장치를 고안해야 하는 현실적 어려움이 있음
◼ (세수 감소) 아울러 특허박스제도의 도입으로 법인세 세수가 감소될 가능성과 최근 복지재원 증가 등에 따른 세수 확대를 목표로 각종 비과세·감면을 축소·정비하고 법인세율을 인상한 우리나라 조세 정책 방향과 상충될 우려가 있음
⚬ 외국의 사례를 보면, 특허박스제도를 도입하면 사업화의 촉진으로 기업 수익이 늘어나 세원은 증가하지만 특허박스세율을 적용함에 따라 기업의 실질세율이 낮아지는 결과, 특허박스제도 도입 이후 조세수입이 감소한 것으로 보고된 바 있음
⚬ 실제로 아일랜드는 2010년 재정위기 극복을 위한 세수증대 일환으로 특허박스제도를 폐지하기도 하였음