이런 운영상 문제점은 새 제도를 도입하여 운영한지 몇 년 지나지 않은 상태에서 나타난 것이다. 먼저 의대와 의전원이 각기 고유한 교육과정을 개발하지 못했기 때문에 학생선발 및 학사관리의 부담을 주었다는 인과관계를 찾기가 쉽지 않다. 새로운 제도를 도입했다면 정부와 대학이 좀 더 충분한 시간을 가지고 시행착오를 줄여가면서 제도가 성숙되도록 노력했어야 했기 때문이다. 따라서 이런 운영상에 나타난 단기적 문제점을 가지고 제도를 변경하는 것은 양측이 책임을 회피했다는 비난을 받을 수 있다.