현재 미등록 대안교육시설은 「초·중등교육법」과 .학원의 설립·운영 및 과외교습에 관한 법률」(이하 “학원법”이라 한다) 및 「평생교육법」 등에 따른 인가나 등록, 지정 등의 절차를 거치지 않고 민간에서 자체적으로 운영되고 있다. 이에 대해 “학습자에 대한 교육안전망 미비, 의무교육 위반 상태, 학생의 이중적 교육 부담, 재정적 지원 및 관리 필요, 교육활동에 대한 사회적 검증 장치 필요” 등의 문제가 제기되어 왔다.
이제 「대안교육기관법」이 시행되면 미등록 대안교육시설이 대안교육기관으로 등록하여 법률상 교육기관으로서 학생을 모집하고 교육하는 것이 가능해진다. 다만, 학력은 인정되지 않으므로 학력을 인정받으려는 아동은 별도의 학력인정 시험인 검정고시를 거쳐야 한다.