종전에도 종이문서 폐기에 관하여 과학기술정보통신부 고시에 규정이 있었으나 법령에서 정한 신뢰할 수 있는 보관시스템에 이관이 완료된 경우에 폐기할 수 있도록 규정하였다. 이때 ‘법령에서 정한 신뢰할 수 있는 보관시스템’이 무엇인지 불분명하여 해석에 의존하였다. 개정 법률은 공인전자문서센터로 명확히 하였다. 또한 문서의 폐기 규정이 고시에 규정되어 있음에 따라 일반 국민이나 산업현장에서 해당 종이문서를 폐기할 수 있는지 여부에 대해 혼란이 발생하고 있었다(국회 과학기술정보방송통신위원회, 2017). 고시에 있는 사항을 법률로 상향하여 공인전자문서센터에 보관한 문서는 폐기할 수 있도록 명확히 하였다.