1994년 재정경제원으로 통합되기 이전의 재무부는 세제실, 재무정책국, 국고국, 금융국, 증권보험국, 국제금융국, 경제협력국, 관세국으로 구성되었는데, 재정기능과 연관된 기구는 세제실, 재무정책국, 국고국 등이다. 경제기획원과 재무부의 통합은 1993년에 출범한 김영삼 정부에 의해 이루어졌다. 김영삼 정부는 1993년 출범과 동시에 국경 없는 무한경쟁시대를 이겨나가기 위해서는 정부의 규제와 간섭을 대폭 줄이고 불필요하거나 과다한 정부기능을 민간과 지방에 이양해야 한다는 인식을 하였다. 1993년부터 1996년까지 모두 4차례에 걸쳐 정부조직 개편을 추진하였는데, 정부조직·기능·인력을 대폭적으로 축소·폐지하는 것이 효과적이라는 인식을 하였던 것으로 보인다. 경제기획원과 재무부를 통합하여 재정경제원을 신설하는 조치는 1994년 12월의 제3차 개편에서 이루어졌다. 1960년대 이후 지속된 정부주도의 개발 행정체제 하에서 민간부문을 간섭하고 통제하는 규제위주의 행정으로 민간부문의 성장과 국가발전의 걸림돌이 된다는 인식이 팽배하였다. 1994년 12월 23일 재정경제원, 통상산업부, 정보통신부, 건설교통부의 신설·개편이 이루어졌으며 공정거래위원회의 독립도 이루어졌다. 재정경제원은 국가재정과 예산기능의 연계성을 확보하는 동시에 금융·보험·외환관리 등 각종 금융조직을 대폭 축소하여 정부 각 부문별 정책의 자율성을 제고토록 하였다. 재정경제원 소속 하에는 조달청, 국세청, 관세청, 통계청이 설치되었다.