제정 「대안교육기관법」은 등록 대안교육기관의 운영 경비와 급식비 등에 대한 재정 지원 가능 조항을 별도로 규정하고 있지 않다. 다만, 「대안교육기관법」 제3조(국가와 지방자치단체의 책무)는 “국가와 지방자치단체는 대안교육기관의 운영을 위하여 필요한 시책을 수립·시행하여야 한다”고 규정하였고, 제9조(대안교육기관 등록운영위원회) 제1항은 “교육감은 대안교육기관의 등록·운영 및 지원 등에 관한 사항을 심의하기 위하여 대안교육기관 등록운영위원회를 둔다”고 규정하였다.