정부에서의 논의를 보면 2014년 ‘민·관·군 병영문화혁신위원회’(국방부)에서는 평시에 1·2심의 군사법원을 유지하되 사단급 84개 군사법원을 군단급 부대에만 설치하는 안을 제시하였고, 올해 3월 26일 발의되었던 대통령 개헌안에서는 평시 군사법원 제도를 폐지하는 안을 제시하였으며, 현재 국방부는 평시 군사법원 1심 유지(고등군사법원 민간 이양) 등을 내용으로 하는 법률안을 준비 중이다.
위와 같이 평시 군사법원 제도를 폐지할 것인가에 대한 논의는 다양한데 이는 일반 사법제도와는 다른 군 사법제도 특수성의 고려 정도가 다르기 때문인 것으로 보인다. 다만, 군 사법제도가 큰 규모로 변화된 2016년도 이후로는 평시 군사재판의 전부 또는 일부를 일반법원이 담당하여야 한다는 논의가 많이 발견된다. 이하에서는 평시 군사법원 제도를 전부 폐지할 경우 문제될 수 있는 입법적 쟁점에 한하여 살펴보도록 한다.