현재 공공기관 경영평가제도는 ‘공공기관 기관평가(경영실적 평가제도)’, ‘공공기관 기관장 경영성과협약 이행실적 평가’, ‘상임감사·감사위원 직무수행실적평가’로 구성되어 있다. 이중 공공기관 기관평가는 『경영관리주요사업』, 공공기관 기관장 경영성과협약 이행실적 평가는 『공통성과성과과제』의 2개 평가부문으로 구성되어 있으며, 상임감사·감사위원 직무수행실적평가는 『감사활동 적정성 및 직무성과외부감사평가 결과기관 경영평가 결과』의 3개 평가부문으로 구성되어 있다.
동 제도는 1984년 「정부투자기관관리기본법」이 제정됨에 따라 최초로 제도화 되었고, 지난 30여년간 평가대상, 방법, 지표체계 등에서많은 변화를 거쳐 왔다. 기존의 공기업에 한정되던 공공기관 경영평가제도는 2004년에 준정부기관, 2014년 기타공공기관으로 확대되어 현재 모든 공공기관이 평가의 대상이 되고 있다.