환경오염피해보상기금의 재원은 정부출연금, 과징금, 과태료, 재보험료, 기타 운용수익을 통해 충당하도록 되어 있다. 이 기금은 보상급여 지급, 배상한도초과 피해보상, 재보험금 지급, 제도개선을 위한 조사·연구, 차입금 및 원리금의 상환 등에 쓰인다. 이 기금의 관리와 운용은 「국가재정법」 제4장(기금)을 준용하도록 규정되어 있다.
또한, 피해조사 및 연구, 기금 운용·관리 등을 전담하는 조직으로 환경부 산하에 ‘환경오염피해조사단’을 설치하도록 규정하고 있다.