3. 특임장관제도의 역기능
(1) 인력의 낮은 전문성
한국의 행정조직 내에서 참모조직이 계선조직의 소관업무에 자문과 권고 이상의 어떠한 직접적인 조치를 취할 수 없기 때문에, 참모조직에 의해 수행되는 조정업무가 형식에 그치기 쉽다. 이는 한국 행정조직 내부의 문화가 전문성을 중시하지 않으며 계서적이고 권위주의적이기 때문이다(조석준, 2004: 41-43). 전문성을 중시하지 않음으로 인해 참모의 필요성이 크게 의식되지 않을 뿐만 아니라 계서문화의 작용 때문에 계선조직이 더 강조된다. 각 부처는 ｢정부조직법｣상 대통령직속이고, 대통령령에 의거하여 소관업무를 부여받지만, 정무장관의 경우는 국무총리 직속으로 국무총리의 훈령에 의거하여 소관업무를 부여 받기 때문에, 직제와 소관업무의 근거법이 보다 상위인 부처의 업무를 정무장관실이 조정한다는 것은 한계를 드러낼 수밖에 없다(원시연, 2006).