농업 생산활동으로 인한 다양한 개선 노력에도 불구하고 농업환경 문제는 농촌지역 환경문제와 농업의 지속가능성 확보를 위한 정량적 개선에 필요한 지표를 구체적으로 설정하거나 설정된 목표를 적절히 관리하지 못하고 있다. 토양 화학성 개선, 지역 특성에 맞춘 토양 중금속 관리, 양분수지 개선, 밭 토양의 물리성 관리, 토양 침식문제, 영농·생활·음식 폐기물로 인한 토양, 수질 오염, 오염 없는 소각시설 운영, 지역별 상이한 수질 오염원 문제 관리, 농업용 저수지 수질 관리, 오염 수준 및 오염원에 따른 맞춤형 용수 관리, 가축분뇨로 인한 토양 및 수질 문제, 악취 문제, 온실가스 배출 및 미세먼지 문제 등 농업환경자원의 관리가 필요하나 이를 개선할 지표 설정이나 관리방안이 지역 중심으로 이루어지지 못하고 있다. 또한 기후변화 대응 및 적응기술의 보급사업과의 연계 강화를 위한 제도들이 분산적으로 시행되고 있다.
현행 농업환경자원 관리 정보체계의 구축 현황과 한계를 정리하면, 현행 농업환경자원 관리 정보체계는 개별 부문별로 농업환경자원 관리를 위해 필요한 정보는 명목상 구축되어 있으나 국가 및 지역 차원의 농업환경자원 지표는 각 부처별 개별적 사업에 따라 분산적으로 수집·관리되고 있어 과학적 예측 가능성이 낮고, 기후변화 등 위기대응에 취약한 상황이다.