일반적으로 국가차원의 정책전략이 수립되고 이에 따라 부처수준, 기관의 단일 사업 수준이 연계되어 수립된 이후 전략적 우선순위에 따라 예산이 배분되는 구조가 기획과 예산의 정합적인 구조라고 할 수 있다. 그러나 우리나라 연구개발의 사업기획의 경우 부처별 연구개발 예산 편성이 확정된 이후 사업이 기획되는 구조를 가진다. 즉, 부처 수준에서의 사업 방향 및 예산 등 계획을 기반으로 예산이 배정되며, 배정된 예산하에서 세부적인 사업이 기획되는 구조로 이루어진다. 이는 연구개발 예산이 다음 그림과 같이 부처수준에서 먼저 예산이 배분되고, 이후에 분야-프로그램-사업-과제 등 프로그램 예산이 편성되는 예산구조를 가지는 데서 기인한다. 이에 정책전략과 목적에 따라 세부사업이 결정되지 못하고, 예산규모에 의해 사업 내용과 범위가 결정되는 문제점이 존재한다. 이러한 구조에서는 중장기적인 연구개발사업 기획이 불가능하며, 국가 전체 차원의 전략기획에 따른 연구개발 추진이 불가능한 구조적 한계가 존재한다.