3. 참여정부(2003. 2. ~ 2008. 2., 18부 4처 18청: 40개)
□ 참여정부는 부처의 자율성과 책임성을 제고하기 위해 대규모 조직개편은 최소화하고 주로 기능조정을 활용하였음
○ 보건복지부의 보육서비스 기능을 여성가족부로, 기획예산처의 행정개혁 기능을 행정자치부로 이양하였음
○ 소방방재청과 방위사업청을 신설하였고, 철도청을 공사화하였으며, 다양한 방법으로 위원회 조직을 활용하였음
○ 행정중심복합도시 건설사업의 총괄, 조정을 위하여 행정중심복합도시건설청을 신설하였음