선택진료제 시행과 관련하여 제기된 주요 문제를 열거하면 다음과 같다.
의료소비자가 특정의사를 선택하지 않았는데 선택진료를 받게 된 경우, 대부분의 대학병원의 다수 진료과목이 선택진료의사로만 구성되어 일반의사 선택이 사실상 어렵다는 점, 암 등 중증환자의 비급여 진료비 중 선택진료비 비중이 커짐으로써 나타나고 있는 문제, 선택진료에 대한 구체적 정보제공 및 설명의무 불이행, 선택진료비를 ‘법정비급여’로 분류함에 따른 비용 과다부담, 선택진료비 산정 기준의 문제, 선택진료신청서 임의변경 등이다.
무엇보다도 이상의 문제들은 환자의 선택권 보장이라는 취지와 동떨어져, 의료기관 중심적인 관점에서 악용되어 왔다는 공통점이 있다.