이후 2006년 9월에 열린 한미 정상회담에서양국은 전작권을 전환한다는 기본원칙에 합의하였고, 2006년 SCM에서 양측은 ‘2009년 10월 15일 이후 그러나 2012년 3월 15일 보다 늦지 않은 시기에 전작권을 한국으로 전환’하기로 하는 ‘전시작전통제권 전환 이후의 새로운 동맹군사구조 로드맵’에 합의하였다.
2007년 1월 한미군사위원회(Military Committee Meeting, MCM)에서는 「한미 지휘관계 연합이행실무단 운영을 위한 관련약정」을 체결하였고, 동년 2월에 열린 한미 국방장관회담에서는 ‘2012년 4월 17일’에 전시작전통제권을 전환하기로 최종 합의하였다.