둘째, 지속가능한 농업생산을 유지하기 위한 농촌환경 보존체계를 발전시켜야 한다. 1990년대부터 친환경농업의 중요성이 크게 부각되고, 각종 대책이 추진되면서 친환경농업이 빠르게 성장하여 2002년 2,488농가, 2,039ha에서 3,500톤이 생산된 친환경인증 농산물이 2014년에는 85,165농가, 100,046ha에서 825,000톤이 생산되었다.
그러나 농업생산은 여전히 화학비료와 합성화학농약을 다량으로 사용하는 고투입 농법이 이루어지고 있다. 때문에 농업분야의 환경상태를 종합적으로 파악할 수 있는 지표의 하나인 양분수지가 전국 상당수의 지역에서 적정수준(30~50%)보다 높게 나타났다. 우리나라의 양분 수지는 OECD 주요국과 비교해서도 상당히 높은 수준인데, 이로 인해 지속적인 친환경 농업정책을 추진함에도 불구하고 농업생태계는 크게 파괴되어 복원에 어려움을 겪고 있다.
따라서 농업이 안정적인 식량공급 역할을 수행하면서 생물다양성의 보존에도 기여하는 지속가능한 형태를 유지해야 한다는 인식의 공유와 함께 환경 친화적인 농업시스템의 구축이 시급하다.
이를 위해 화학비료와 합성농약 사용의 억제는 물론이고, 마을도랑 살리기, 농촌의 동식물 번식처 확보, 농업·농촌유산 보존, 토양질 및 수질 향상, 토종종자 보존 등을 위한 다양한 농업환경 정책을 실시하여야 한다.