메르켈은 비자금스캔들로 인하여 당권을 장악한 이후에도 수 차례 기민련 내부의 치열한 권력투쟁에 당면하였다. 전 기민련 사무총장 쿠어트 비덴코프(Kurt Biedenkopf), 기민련 교섭단체장 프리드리히 메어츠(Friedrich Merz), 작센주의 크리스티안 불프(Christian Wulff), 헤센주의 롤란트 코흐(Roland Koch), 바이에른의 기사연(CSU) 당수, 에드문드 슈토이버(Edmund Stoiber) 등이 메르켈에게 도전하였다(Thompson et al. 2006, 107). 이들은 수십 년에 걸쳐 다져진 당내 기반과 대중적 명망을 보유한 저명 정치가들이다.
메르켈은 이들과의 권력투쟁의 과정에서 가차 없이 경쟁자를 제거하는 단호함을 보여주었다. 일례로 메르켈이 정치적 대부 헬무트 콜 전 수상을 공개 비판하면서 개혁의 기수로 부상하였던 사건이나 막강한 경쟁자 에드문드 스토이버를 2002년 수상선거에 후보자로 내세움으로써 (그리고 슈토이버가 슈뢰더에게 패배함으로써) 성공적으로 그를 배제하였던 사건 등은 대표적인 메르켈의 전략적 행태를 보여준다.