2. 공기연장과 설계변경이 동시에 발생한 경우 설계변경 간접비의 보장
현실적으로 설계변경은 공기연장을 수반하는 경우가 많은데, 공기연장과 설계변경이 동시에 발생한 경우 발주기관에서는 공기연장에 따른 계약금액조정이 있는 경우 설계변경으로 인한 간접비를 공제할 것을 주장할 수 있다. 실무상으로도 공기연장에 따른 간접비와 설계변경에 따른 간접비 증가가 혼재되어 나타나는 간접비 중복지급의 위험성으로 중복지급을 이유로 간접비 조정 내지 감액 사유로 삼는 사례가 발생하고 있다.
이러한 주장에 대해, 설계변경으로 인한 간접비와 공사기간의 변경 등 기타 계약내용으로 인한 간접비는 조정사유와 조정금액 산정방법 등을 전혀 달리하는 이질적인 비용이므로 공기연장 간접비에서 설계변경으로 인해 증액된 간접비가 공제되어서는 안 된다는 이유로 반대하는 견해도 존재한다.