각군 간 신뢰의 부족은 인사와 관련하여 빈번하게 제기되고 있는데, 이번 상부지휘구조 개편안은 그러한 우려를 제대로 불식시키지 못하였을 뿐만 아니라 오히려 악화시킨 점이 있다. 한국군의 경우 국방부·합참에 근무하는 고급장교들의 군별 비율은 매우 민감한 사안이었다. 그렇기 때문에 「국방개혁기본법」에서는 “합동참모의장과 합동참모차장은 각각 군을 달리하여 보직”하도록 하고, “합동참모본부에 두는 군인의 공통직위는 해군 및 공군은 같은 비율로, 육군은 해군 또는 공군의 2배수의 비율로 보하며, 대령 이상의 장교로 보직되는 공통직위는 각 군간 순환하여 보직하는 것을 원칙으로 한다.” 또는 “장관급 장교가 지휘하는 국방부 직할부대 및 기관, 합동부대 지휘관은 해군 및 공군은 같은 수로, 육군은 해군 또는 공군의 3배수의 비율로 하여 순환보직함을 원칙으로 한다”는 등의 내용을 포함시켰던 것이다(「국방개혁에 관한 법률」 제29조, 제30조). 또한 시행령에서는 장관급장교는 물론 대령의 경우에도 합동참모본부의 공통직위는 같은 군 소속의 장교가 동일 공통직위에 3회 이상 연속하여 보직할 수 없도록 규정하기도 하였다(「국방개혁에 관한 법률 시행령」, 제19조). 그러나 지금까지 이러한 원칙이 제대로 지켜지지 않아 육군 위주의 국방부·합참 고급장교 보직은 여전하였고(조선일보, 2011년 3월 29일자, A34), 이러한 상태에서 합참의 기능을 강화한다고 하자 해군과 공군이 반발하게 되었던 것이다.