다섯째, 가축매몰지역의 환경 및 공중보건학적 관리방안이 미흡하다. 바이러스의 생존기간은 온도, pH, 습도 등의 조건에 따라 다르다. 그러나 이들 매몰지에는 국민건강과 축산업에 대해 위해적인 요소가 상당기간 잔류할 가능성이 있고, 오염된 침출수를 통해서 토양 생물의 활동에 의해서, 또는 지질학적인 변동에 의해서 주변 토양 및 수계로 병원체가 이동할 가능성이 상존한다. 따라서 병원성 미생물의 증식환경이 조성되지 않도록 철저히 관리할 필요가 있다.
여섯째, 현재 살처분 가축매몰은 농림수산식품부가, 매몰지역의 사후관리는 환경부가 담당하고 있다. 정부의 가축매몰지역의 관리행정 이원화로 인해 정책간의 연계성이 없어 발생하고 있는 문제에 대한 대처가 잘 이루어지지 않고 있다. 뿐만 아니라 향후 우려되는 문제에 대한 대책 마련도 효율적으로 이루어지지 않고 있다.