실손의료보험에 대한 지속적인 개선에도 불구하고 다음과 같은 문제점이 남아 있다. 첫째, 노인인구의 낮은 가입률이다. 현재 약 2,500만 명이 가입하고 있는 실손의료보험의 가입률은 전국민 대비 약 46.8% 정도이며 남성과 여성의 가입률은 각각 48.1%와 45.5%로 남성이 약간 더 높다. 어린이보험 가입 자에 해당하는 9세 이하 연령층의 가입률이 가장 높고 다음으로 30~40대 연령의 가입률이 높다. 문제는 60세 이상 연령층의 실손의료보험 가입률이 11.8%에 불과하다.
국민건강보험의 높지 않은 보장률로 인해 실질적으로 의료비에 대한 부담이 가장 큰 고령층의 실손의료보험 가입률이 낮은 이유는 보험회사의 언더라이팅에 있다. 현재 대부분의 보험회사들은 의료비 지출이 너무 높은 60세 이상에 대해서는 실손의료보험 가입을 제외하고 있다.
60세 이하 연령층의 실손의료보험 가입률이 50~60% 정도로 낮지 않다고는 하지만 실손의료보험의 보험료는 의료비 증가에 따라 인상되는 구조이기 때문에 향후 높은 보험료로 인해 유지율이 높지 않을 것이라고 판단된다. 즉, 50대 이후부터 연령이 증가함에 따라 의료비도 급증하고, 의료비 급증은 보험 료의 인상으로 이어져 은퇴 이후 소득수준이 높지 않을 시기에 실손의료보험을 유지하기는 현실적으로 쉽지 않다.
현재(FY2012) 실손의료보험은 손해율 악화로 인해 갱신 시 보험료가 60%정도 인상되고 있는 상황이다. 의료비 증가율이 65세 이상 연령층이 이하 연령층보다 훨씬 높고 65세 이상 연령층에서도 연령 증가에 따라 의료비 지출수준 및 증가율도 가장 높기 때문에 향후 실손의료보험 가입자의 연령이 증가함에 따라 인상되어야할 보험료 수준도 훨씬 높아야 할 것으로 예상된다.
둘째, 실손의료보험의 높은 보험료 인상원인에 대한 문제이다. 실손의료보 험은 국민건강보험이 보장하는 급여의료의 본인부담금과 함께 비급여 의료를 보장하고 있는데, 비급여 의료에 대해서는 진료비 및 진료 행위에 대한 적정성을 정부나 보험회사가 심사하고 있지 않기 때문에 비급여진료비 및 행위가 과다할 경우에는 실손의료보험의 손해율과 보험료가 인상되고 결국 국민들의 부담으로 연계되는 구조이다.
셋째, 실손의료보험이 정액형으로 보장하는 여러 가지 담보들과 통합되어 판매되고 있기 때문에 보험료 인상에 대한 소비자의 이해도가 높지 않다. 또한, 상품표준화가 이루어졌다고는 하지만 통합상품 구조이기 때문에 상품 간 비교가능성이 낮고 다른 상품으로 재가입이 쉽지 않으며 재가입에 따른 소비 자의 부담도 발생하고 있다.