2008년 정부는 기초‧원천연구비중을 50%로 제고하는 목표를 제시했으나, 당시에는 기초‧원천연구의 개념과 범위에 대한 합의가 이뤄지지 않은 상태였다. 따라서 기초‧원천연구비중 현황을 정확히 알 수 없는 상태에서 2012년까지 50%로 확대하겠다는 목표가 먼저 발표되기도 했다.
게다가 2008년의 목표 수립 이후에도 약 3년간 기초‧원천연구비중은 산정되지 않았다. 2011년 들어 국가과학기술위원회는 2010년 작성된 ‘기초 및 원천연구비 비중산정 매뉴얼’에 따라 기초연구 비중과 기초‧원천연구비중을 산정했다.
이 매뉴얼에서는 2006년에 발표된 상기의 매뉴얼에 원천연구의 개념과 범위를 추가하여 산정방식을 제시했다.