국과심의 제한된 조정권한은 국과심이 운영하는 전문위원회의 역할과 기능을 통해서도 살펴볼 수 있는데, 국과심은 연구개발예산배분·조정의 전문성과 투명성 제고라는 측면에서 전문위원회를 구성하여 운영하고 있다. 2015년 현재 정책조정, 중소기업, 평가전문위, 공공·우주, 에너지·환경, ICT·융합, 기계·소재, 생명·의료, 기초·기반전문위원회 등 9개의 전문위원회로 구성된다. 전문위원회는 산학연 관련 외부전문가로 구성되는데, 관련 분야의 세부사업을 검토하여 예산지원의 타당성, 예산규모의 적정성, 효율화 방안(유사·중복성) 등을 검토하여 사업별 검토의견을 제시한다. 전문위원회의 실질적인 역할은 관련 사업에 대한 전문가 의견을 제시하는 것으로 전문위원회에서 사업이 조정되거나, 예산이 결정되는 것은 아니다. 단순히 전문가 의견으로 활용될 뿐이며, 실질적인 의사결정은 기재부의 예산심의 및 편성과정에서 이루어지게 된다.