김대중 정부에서의 정무장관제도의 폐지는 기존의 제1정무장관실이 수행하던 업무를 국무총리의 관할권내에서 처리할 수 있도록 조치한 것이며, 제2정무장관실에서 운영하던 업무에 대해서는 ｢여성발전기본법｣의 제정과 함께 제2정무장관실과 관련 부처와 지방자치단체들이 협력하여 매 5년마다 여성정책 기본계획을 수립하도록 되어 있는 상황에서 여성정책을 총괄하고, 조정권을 강화해야 하는 문제점이 발생함에 따라 이를 해결하기 위하여 1998년 2월 28일 ｢정부조직법｣ 개정으로 제2정무장관실을 폐지하고 대통령직속의 ‘여성특별위원회’를 신설하였다. 이러한 여성특별위원회의 기능으로는 여성정책에 대한 종합적인 기획·조정으로서 ｢여성발전기본법｣상 여성정책의 기본시책 시행을 위한 제반조치, 남녀평등 촉진 및 여성발전을 위한 정책개발, 여성의 지위향상과 관련한 대통령 자문, ｢남녀차별금지 및 구제에 관한 법률｣의 시행이 있었다. 이후 여성특별위원회는 그 기능이 확대되어 여성부의 신설로 이어졌다.