그러나 이는 당초 취지와는 달리 결과적으로 KIKO로 인한 손실부분이 모두 기업의 채무로 남는 결과가 되어버렸다. 많은 중소기업들이 KIKO 계약을 일반 대출로 전환하였기 때문에 이에 따른 은행의 추가담보 요구와 여신 조기 회수로 인하여 어려움에 봉착해 있는 것이다.
더욱이 이와 관련된 재판이 진행되면서 기존에 중소기업을 지원하여 주었던 금융기관들은 법적 리스크로 인해 해당기업에 대한 대출을 회수하는 상황에까지 이르고 있다. 은행과의 법정다툼이 커지면서 은행은 기존 대출금 회수 등의 압박을 통해 해당기업에 고소 취하조치를 강요하고 있는 모습도 나타나고 있다.