앞서 논의한 연구개발의 전략요소와 스타 모형의 경우 각각의 전략요소가 긴밀하게 연결되어 정합성을 이룰 때 시스템이 효과적으로 작동될 수 있음을 시사하고 있다. 여기에서 요소들의 상호의존관계 혹은 영향관계가 높다는 의미는 한 요소의 혁신 혹은 퇴보가 전체 연구개발 시스템에 영향을 미칠 수 있다는 점을 의미한다. 이는 곧 한 요소의 혁신을 통해 연구개발 시스템의 개선효과를 기대할 수 있다는 점을 시사한다.
앞 장에서 연구개발 시스템의 기획-예산-평가 기능의 연계 체계와 관련하여 구조적인 원인을 진단하였다. 이를 개선하기 위해 거버넌스 구조 혹은 인적 자원, 평가체계 개선, 전략체계 개선 등 다양한 개선방안이 논의될 수 있는데, 그동안 거버넌스 구조를 변경을 반복해 왔던 과거 논의에서 벗어나 과정적 측면에 대한 개선방안에 집중하고자 한다. 거버넌스 구조의 변경은 구조조정 대상 기관의 반발과 연구수행주체들의 정책적 순응을 확보하는 데 한계가 존재하며, 단기적인 처방에 머물 위험성이 존재한다. 이에 과정적 측면에 대한 개선을 통해 전략적인 접근으로 논의할 필요성이 있다.