두 번째 문제점은 최근 발표된 정부 종합대책에 장애인성폭력상담소에 대한 내용은 언급조차 되지 않고 있다는 점이다. 장애인성폭력상담소가 설치조차 되어 있지 않은 광역지자체(강원, 인천)가 있다는 점도 문제점으로 지적할 수 있다.
세 번째 문제점은 유사한 목적을 지녔으나 기능에 있어서 약간의 차이가 있는 통합지원센터들이 운영되는데서 발생하는 효율성 부족이다. 지적장애인 성폭력피해자는 해바라기 아동센터로 가야 하고, 신체적 장애인 성폭력피해자는 원스톱지원센터로 가야 할 뿐 아니라, 해바라기 아동센터를 방문하였다가 다시 여경이 상주하고 있는 원스톱지원센터로 이동하여 같은 진술을 반복해야 하는 경우도 발생하고 있다.
또한 해바라기 아동센터와 원스톱지원센터 공통적으로 장애인 성폭력 피해자를 대상으로 상담·치료·가족지원까지 할 수 있는 제도가 마련되어 있지 않은 문제점이 있다.
마지막으로 성폭력피해자에 대한 의료비 지원기준에 애매모호한 점이 많다는 것이다. 실제로 여성가족부의 자료(2011)에 의하면, 2003년부터 2008년까지 성폭력·가정폭력 피해자 의료비 지원에서 불용액이 상당한 것으로 나타났다.