앞서 국가별 사례에서 살펴본 것처럼, 일본은 내각관방 주도로 창구를 일원화하고 관련 절차를 단순화하여 제도를 운영하고 있다(제1안 방식). 그러나 우리나라보다 먼저 규제샌드박스 제도를 도입·시행하였으나 현재까지 프로젝트형 총 22건, 국가전략특구 16건으로 실적이 저조하다는 측면에서 일본형 제도가 효과적이라고는 볼 수 없다. 물론, 제도 운영의 양적 성과가 질적인 성과를 보장하는 것은 아니지만 하나의 책임부처로의 통합방식(제1안)은 신속한 승인을 바탕으로 다수의 혁신 기업들의 빠른 시장 진출을 돕는 규제샌드박스 제도의 취지와는 맞지 않는 것으로 보인다. 따라서, 일원적인 통합 방식의 가장 큰 장점인 ‘기업의 편의성’을 높이면서 어떻게 컨트롤 기능 및 협업을 보완해 나갈지에 대한 충분한 논의가 필요할 것이다.