그러나 이것이 영향평가 시 일반적인 방법론이라 하더라도 이러한 방법론이나 분석 모델 자체가 갖는 한계가 함께 고려될 필요가 있다. 우선 현재 시점의 품목 간 대체‧보완 수준이나 생산기술 수준, 시장 구조 등이 앞으로도 유지되거나 변하더라도 현 트렌드의 연장선에 있을 것으로 가정된다는 점이다. 예컨대 어느 한 품목의 생산면적이 줄 때 생산량이 얼마나 감소하는지는 생산기술 수준에 달렸고, 어느 한 품목의 가격이 내릴 때 소비자가 그 품목의 소비를 늘리고 다른 품목의 소비를 줄이고자 하는 수준은 소득뿐만 아니라 기호와도 밀접한 관련이 있다. 이러한 기술, 기호 등은 시간이 흐르며 기술혁신이나 시장변화의 복잡성 등으로 인해 불연속적으로, 혹은 급격히 변할 가능성이 있지만 일종의 트렌드나 외생변수 이상으로 파급영향 분석 모델에 섬세하게 반영되진 못한다. 기후변화로 국내에서 향후 열대과일 재배가 늘어날 가능성이 있지만 RCEP 발효로 전망이 불투명해진 사정도 현 시점에 미리 반영하기는 어렵다. 또한 협정 발효 후 관세 하락 시 우리나라에 더 많은 농산물을 수출하고자 할 상대국의 전략이나 의지 등도 비슷한 이유로 모델에 포함되지 않는다. 개별 품목의 기대 수입량이 국내외 가격차에 의하여 결정되는 것이 파급영향 분석 모델의 기본 골격이기 때문이다.