하지만 시장의 성장과 함께 다음과 같은 문제점들이 지적되어 졌다. 손해보험회사와 생명보험회사 간 실손의료보험의 보장률이 상이했고 특히 보장률이 100%였던 손해보험회사의 상품이 도덕적 해이(moral hazard)를 유발할 개연성이 높다는 지적이 지속되어졌다. 또한, 상품구조가 복잡하였으며 보상체계가 비례보장임에도 불구하고 실손의료보험에 중복가입하는 소비자들이 다수 발생하게 되었다. 소비자의 이해도를 제고시키고 중복가입을 최소화하기 위해 2009년 7월에는 중복가입확인 시스템을 마련하여 실손의료보험에 중복가입하여 필요 이상으로 보험료를 지불하지 않도록 개선하였으며, 2009년 10월 실손의료보험을 표준화하여 생명보험회사 및 손해보험회사 모두가 표준화된 상품을 판매하기 시작하였다.
실손의료보험에 대한 지속적인 개선에도 불구하고 다음과 같은 문제점이 남아 있다. 첫째, 노인인구의 낮은 가입률이다. 현재 약 2,500만 명이 가입하고 있는 실손의료보험의 가입률은 전 국민 대비 약 46.8% 정도이며 남성과 여성의 가입률은 각각 48.1%와 45.5%로 남성이 약간 더 높다. 어린이보험 가입자에 해당하는 9세 이하 연령층의 가입률이 가장 높고 다음으로 30~40대 연령의 가입률이 높다. 문제는 60세 이상 연령층의 실손의료보험 가입률이 11.8%에 불과하다.
국민건강보험의 높지 않은 보장률로 인해 실질적으로 의료비에 대한 부담이 가장 큰 고령층의 실손의료보험 가입률이 낮은 이유는 보험회사의 언더라이팅에 있다. 현재 대부분의 보험회사들은 의료비 지출이 너무 높은 60세 이상에 대해서는 실손의료보험 가입을 제외하고 있다.
60세 이하 연령층의 실손의료보험 가입률이 50~60% 정도로 낮지 않다고는 하지만 실손의료보험의 보험료는 의료비 증가에 따라 인상되는 구조이기 때문에 향후 높은 보험료로 인해 유지율이 높지 않을 것이라고 판단된다. 즉, 50대 이후부터 연령이 증가함에 따라 의료비도 급증하고, 의료비 급증은 보험료의 인상으로 이어져 은퇴 이후 소득수준이 높지 않을 시기에 실손의료보험을 유지하기는 현실적으로 쉽지 않다.