반면 상황에 따라서는 두 정책 간 상충관계가 발생할 수도 있다. 예를 들어 인플레이션이 목표수준을 상회한 가운데 금융불안(신용수축)이 발생한 경우 통화정책당국은 긴축정책을 사용하여 인플레이션을 억제하고자 하는 반면 거시건전성 정책당국은 실물경제에 대한 신용공급 위축을 우려하여 건전성 규제수준을 완화하고자 할 것이다. 반대로 인플레이션이 목표수준을 하회하지만 신용시장의 과열이 우려되는 상황에서도 상충관계가 발생할 수 있다. 거시건전성 정책당국은 건전성수단의 사용을 통해 과도한 신용팽창을 억제함으로써 자산시장의 시스템리스크 축적을 사전에 방지하려는 반면 통화정책 당국은 디플레이션을 우려하여 완화적 정책기조를 선택할 유인이 있기 때문이다.
따라서 거시경제의 안정적인 운영을 위해서는 거시건전성정책과 통화정책 담당기관간에 긴밀한 협조가 중요하다. 이를 위해 두 정책 담당기관들이 현 경제상황에 대한 판단을 공유하고 최적의 정책조합을 찾기 위해 협의하는 과정이 필요하다. 영국 등 일부 국가에서는 원활한 정책조정을 위해 중앙은행이 두 정책을 모두 담당하되 각각의 정책에 대한 의사결정이 상호 독립적으로 이루어지는 정책체계를 운용하고 있다. 두 정책을 다른 기관에서 각각 담당하는 국가에서도 정부, 중앙은행, 금융감독기관 등 유관기관들이 참여하는 정례적인 정책협의체를 구성하여 정책기조를 상호 조율하는 절차를 마련함으로써 유기적인 정책협력을 도모하고 있다.