최근 저축은행 수익원의 상당부분이 경기에 민감한 부동산관련 대출에 편중되는 현상을 보이면서 전통적인 주요 수익원으로서 도·소매업 대출 등의 비중은 오히려 축소되고 있다. 이로 인해 저축은행의 수익성이 지속적인 흑자기조를 유지하고 있음에도 불구하고 안정적인 수익기반은 여전히 취약하다는 지적을 낳고 있다. 그 이유는 크게 두 가지로 제시할 수 있는데, 첫째, 낮은 여신금리와 다양한 부가서비스 등을 바탕으로 한 은행권의 소매금융 확대는 상대적으로 신용도가 높거나 담보제공이 가능한 우량고객들의 이탈을 초래하여 저축은행 고객의 위험도를 높이는 요인으로 작용하고 있다. 둘째, 상호금융회사(지역 농·수협, 신협, 새마을금고) 및 우체국 등 고객군이 유사한 금융회사와의 경쟁심화가 저축은행의 영업기반을 위축시키고 있다. 이러한 영업기반 위축은 여신부문의 신용위험을 높이는 요인으로 작용하고 있으나 저축은행의 위험관리능력은 아직까지 미흡한 실정이다.
4) 건전성 및 자본적정성
저축은행은 그 동안의 지속적인 구조조정에도 불구하고 주 고객층의 경제기반 약화와 취약한 리스크관리 역량으로 인해 부실 우려기관이 여전히 존재하며, 건전성 지표도 글로벌 금융위기의 영향으로 악화되는 양상이다. 글로벌 금융위기와 이에 따른 경기하락의 영향으로 2009년 6월말 현재 저축은행 평균연체율은 15.8%로 전년동기 대비 1.8%p 상승하였다. 은행권의 기업대출 연체율 1.69%(중소기업 1.86%, 대기업 0.82%) 및 가계대출 연체율 0.59%(주택담보대출 0.43%)와 비교할 때 저축은행의 자산건전성은 매우 취약한 형편임을 알 수 있다. 총대출 대비 고정이하여신비율의 경우 2009년 6월말 현재 9.56%로 2008년말에 비해 2.12%p 상승하였다. 특히 자산규모 1조원 미만 중·소형 저축은행의 부실이 심각한 것으로 나타나고 있는데, 자산규모 3,000억원 미만의 소형 저축은행과 3,000억원~1조원 미만의 중형 저축은행의 고정이하여신비율은 각각 13.05%, 12.71%로 전체 평균을 상회하고 있다.
저축은행의 자본적정성은 2004년 이후 꾸준히 개선되고 있다. FY2008 기간 중 유상증자(4,350억원) 및 후순위채 발행(4,073억원) 등 저축은행의 자본확충 노력에 기인하여 2009년 6월말 현재 BIS자기자본비율이 9.69%로 2004년 말 대비 2.68%p 상승하였다. 그러나 여전히 전체 저축은행의 7%에 해당하는 7개 기관이 경영지도기준인 BIS비율 5%를 충족하지 못하고 있다. 또한 BIS비율 7% 미만인 저축은행도 15개에 이르고 있어 이들 회사의 수익성 개선이 이루어지지 않는다면 부실회사수가 증가할 우려가 있다.