‘일본회의국회의원간담회’ 소속 의원들은 정부와 자민당과 연계하면서 교육기본법의 개정 운동에 앞장섰다. 일본회의는 2000년 9월 ‘새로운 교육기본법을 요구하는 모임’을 설립해 교육기본법의 조기 개정을 모리 요시로(森喜朗) 총리(당시)에게 요구 했으며, 자민당 정무조사회는 2002년 1월 ‘교육기본법 검토 특명위원회’를 설치했다. 2003년 1월 일본회의는 ‘“일본의 교육개혁” 유식자 간담회’를 만들어 교육기본법 개정을 추진하게 된다. 6월에는 “지금이야말로 교육기본법 개정을! 긴급집회”를 개최했으며, 8월에는 일본열도를 종단하는 캠페인을 벌였다.
또한 2004년 2월 일본회의는 간담회 소속 국회의원과 합동간부회의를 열어 “교육 기본법 개정 운동을 시작”하기로 결의했으며, 중의원과 참의원 의원 380명으로 구성된 초당파 국회의원 조직인 ‘교육기본법 개정 촉진위원회’(교육기본법의원연맹)를 결성했다. 나아가 일본회의는 2004년 5월 자민당의 아베 간사장에게 교육기본법의 조기 개정을 요구했으며, 6월에는 교육기본법의원연맹과 ‘“일본의 교육개혁” 유식자 간담회’가 공동으로 ‘신교육기본법 대강’을 발표했다. 2005년 3월 교육기본법의원 연맹과 일본회의국회의원간담회는 공동으로 ‘긴급국민집회’를 개최했으며, 4월 11일 전자는 신교육기본법안을 발표했다.