헤드스타트의 주 대상은 빈곤아동이며 총소득이 정부가 책정하는 빈곤선 이하인 가구를 의미한다. 아동의 연령은 만3세 이상이어야 하는데 이는 지역학교에 입학할 수 있는 조기교육 취학연령에 달해야 하기 때문이다. 만3세 미만의 아동은 조기헤드스타트(Early Head Start Program)의 대상이 된다. 조기헤드스타트는 1994년 개정된 헤드스타트법에 의거하여 1995년 영유아가 있는 빈곤가정의 부모를 대상으로 시작되었다. 대상아동을 선정할 때 프로그램의 욕구가 큰 아동, 즉 서비스를 가장 필요로 하는 아동에게 우선순위를 둔다. 해당 지역뿐만 아니라 전 지역을 포함할 수 있으나 가장 근거리에 있는 지역의 프로그램과 연계하도록 한다. 대상아동의 선정은 다음과 같은 기준과 절차에 따른다.
프로그램에 참여하는 아동의 평균출석률이 85% 이하로 떨어지는 등 장기결석이 발생하면 그 원인을 파악하여야 한다. 질병으로 인한 장기결석은 문제가 되지 않으나 가족문제가 원인인 것으로 판명되면 가정방문을 통하여 적절한 가족지원 대책을 마련해주거나 관련시설을 연계하는 등 즉각 개입하여야 한다.