3. PLS 제도 전면 시행의 문제점과 정부의 대응
PLS 제도 전면 시행을 앞두고 그동안 농업계에서 제기한 문제는 다음에 살펴 볼 소면적 재배작물의 등록 농약의 부족, 2018년에 파종하는 월동기 농작물과 장기 재배 농산물의 적용시점, 농지 교차재배와 항공 방제에 따른 농약의 비의도적 유입 등이다.
첫째, PLS 제도의 전면 시행 이후에도 소면적 재배 농작물의 등록 농약의 부족 문제는 여전히 발생할 것으로 보인다. 식생활의 서구화에 따라 식품·외식·급식업계에서 요구하는 새로운 품종의 농산물에 대한 요구가 증가하고 있고, 향후 기후변화로 인한 아열대성 농작물 재배로 가속화 될 것으로 예상되기 때문이다. 2019년 PLS 제도 전면 시행에 대비해 농촌진흥청은 직권등록시험을 방제농약이 부족한 소면적 작물 84개 품목, 약 1,670개의 농약을 등록할 예정이다. 일부 농업계에서는 직권등록 농약의 부족을 이유로 2019년 전면 도입 유보를 주장하고 있다.