보호의무자 중에는 강제 이혼 또는 별거, 부양의무의 면탈이나 정신질환자의 재산 탈취 등을 목적으로 제도를 악용할 경우가 있는데, 정신질환자의 이익을 저해하는 보호입원을 방지할 수단이 충분하지 않다는 점도 문제로 지적되었다. 나아가 입원기간이 최초 6개월로 정해져 장기입원이 빈번하며, 실제 보호의무자와 정신의료기관 간 이해관계에 따라 계속입원(재입원)이 가능하고, 정신질환자 본인의 의사 확인이나 절차보조인의 관여 또한 배제되어 있다는 점도 문제되었다.