예비타당성조사가 이미 실시된 사업은 소요되는 인력･예산 등 행정력 낭비를 막고 무리한 사업 추진을 차단하기 위해 원칙적으로 재조사를 요구할 수 없는 것으로 명시하고 있다. 따라서 신규 사업을 제안한 부처의 관점에서 보았을 때 대상사업으로 선정되지 않거나 예비타당성조사에서 미시행으로 결론이 도출된 경우에는 사업 규모를 총사업비 500억 원이하로 축소하여 추진하거나 기존 사업의 부분 과제로 포함하여 차 년도에 진행하는 대안 중에서 선택할 수 있다(이윤빈, 2011).
조사의 수행은 객관성, 전문성, 독립성을 지닌 한국개발연구원(KDI)의 공공투자관리센터(PIMAC)에서 총괄하고 있으며 이중 순수 국가연구개발사업은 한국과학기술기획평가원(KISTEP)에서 총괄하고 있다. 한편, 국가연구개발사업은 연구기반구축 R&D사업과 순수 R&D사업에 대한 총사업비 산정기준을 각각 다르게 적용하고 있다. 먼저 연구기반구축 R&D 사업의 총사업비는 연구시설 및 장비의 구축, 연구단지의 조성 등에 소요되는 모든 경비로서 공사비, 보상비, 시설부대경비, 장비 구축·구입비 등으로 구성된다. 또한 순수 R&D 사업의 경우 연구·기술개발 등에 소요되는 모든 경비로서 인건비, 직접연구비(위탁연구비 포함), 간접비, 장비비 등으로 산정되고 있다.