조직의 구조는 전략을 따르는 것처럼(Chandler, 1962), 제도의 구조 역시 해당 제도의 관련 정책의 전략에 따라 정합적으로 설계되어야 한다. 이에 연구개발 체계의 전체 시스템 차원의 구조 및 사업구조는 국가연구개발 전략이 반영되어야 하며, 새로운 기술의 출현과 시장의 변화에 따른 전략의 변화에 대응하기 위해 연구개발 체계의 구조도 지속적으로 재구축되어야 한다(이민형 외, 2013).
Pisano(2012)는 연구개발의 효율성을 달성하기 위한 전략요소로 거버넌스 구조, 포트폴리오, 인적 자원, 과정 등 4가지 전략요소를 제시하였다. 거버넌스 구조는 연구개발을 조직적으로 그리고 지역적으로 어떻게 구조화할 것인가에 관한 요소이며, 포트폴리오는 다양한 연구개발 사업들에 대한 자원배분을 어떻게 최적화할 것인가에 대한 요소이다. 인적 자원은 연구개발수행에 투입되는 인력 및 전문성에 대한 요소이며, 과정은 연구개발의 프로세스에서 수반되는 모든 과정적 요소, 가령 시스템 간 정합성, 연구개발 거버넌스 행위자들 간 커뮤니케이션 등을 모두 포함하는 요소이다.