현황자료 분석을 통해 이러한 문제점들을 해결할 수 있는 방안을 모색한 결과, 부가가치세제의 올바른 정착과 과세표준의 양성화를 위해서 간이과세제도는 단계적인 축소와 폐지가 가장 합리적인 개선방안이라 판단되었다. 다만, 현재의 납세현실을 감안할 때 당분간 이 제도의 유지가 불가피하므로, 지금으로서는 제도의 효율성을 제고할 수 있는 적절한 방안을 모색할 필요성이 있다. 따라서 이 보고서에서는 납세편의라는 간이과세제도의 취지, 영세사업자의 부담완화와 과세형평성의 제고 그리고 과세표준의 양성화라는 대전제 아래 간이과세제도의 효율적인 개선방안을 다음과 같이 제시하고자 한다.
첫째, 단기적인 개선방안으로 부가가치율의 조정을 통해 효율성을 제고할 필요가 있다. 외국의 예와 같이 업종을 세분하고, 이에 대한 적정한 부가가치율을 산정·적용함으로써 조세부담의 공평성과 합리성을 제고하여야 한다.