2) 병원성 미생물
가장 심각한 오염물질은 포유류 장내에 존재하는 병원성미생물이다. 국외연구를 보면 가축매몰지에서 발생하는 침출수에서 매몰의 원인 바이러스가 검출되지 않았다고 보고되고 있다.
그러나 이 연구는 일부 매몰지를 대상으로 하고 있고 매립후 충분한 기간이 경과하지 않은 시점의 연구라는 한계가 있다. 매몰지는 병원성 미생물이 생장할 수 있는 조건이므로 침출수에 서 병원성 미생물이 검출될 개연성이 매우 높다.
3) 항생제
최근 연구결과에 따르면 하수처리장 하류에서 채취한 퇴적물에서 항생제 성분이 검출된 예가 있었다. 이는 가축매몰지 침출수에서도 항생제가 검출될 수 있음을 의미하며, 따라서 가축매몰지 침출수를 폐수처리장에 유입ㆍ처리할 수 없다는 것을 의미한다.