“교토의정서”는 국가간 배출량거래만을 정하고 있지만, 보다 효과적인 온실효과가스의 삭감이 가능한 국내에서의 배출량 거래가 행해지고 있다. 그런데 배출량의 상한을 애초에 얼마나 공평하게 배분할 것인가 문제가 되며, 일률적으로 배출권을 분배한다면 이미 에너지 효율화 기술을 충분히 하고 있는 기업에게는 손해를 줄 것이다(소위 grandfathering의 문제점). 따라서 경매방식(auction)으로 배출권을 구입하는 방식이 확산되고 있지만, 애초 구입자금이 부담이 되며 가격의 변동에 의해 경영리스크가 생기는 것이 문제가 된다.
나아가 2001년 COP 7(“말라케쉬 합의”)은 배출상의 권리를 주는 것은 아니라고 하여, EU의 배출권리를 인정하지 않고 있다. 원래 이 제도는 배출량의 삭감에 의한 거래상의 이익에 의해 삭감의욕을 고취할 목적으로 만들어졌지만 반대로 배출한도의 설정방법에 따라서는 과거의 배출량이 기득권처럼 이용되는 경우도 생긴다. 크레딧의 시장가격이 화석연료로부터 재생가능에너지로 이행을 촉진하고 에너지를 효율화하도록 함으로써, 배출량 삭감 비용보다 저렴해진 경우에 본래 필요한 노력을 하지 않을 것이라는 비판도 존재한다.