이밖에도 예금보험공사의 지배구조 관련 문제도 있다. 예금보험제도가 예금자 보호와 금융시장의 안정 유지라는 본연의 기능과 역할을 효율적으로 수행하기 위해서는 감독기관, 금융회사, 예금자 등 여러 이해관계자들로부터 독립적인 운영이 보장되어야 한다. 하지만, 예금보험공사의 최고의결기관인 예금보험위원회 구성에 있어 금융위원회가 과반수 이상의 위원 위촉 등에 직‧간접적으로 관여하고 있다. 이에 따라 감독기관의 금융정책과 이해상충이 발생하는 경우 예금보험위원회의 독립성을 유지하는 것이 어렵다고 할 수 있다.