농림축산식품부는 친환경농업의 성과를 제도적 정책적 기반이 조성되기 전과 조성 후를 단순 비교하여 제시하고 있다. 그러나 친환경농업 기반이 구축된 제3차 계획이후 감소 추세인 친환경농업의 현재의 문제점을 개선하지 않고는 친환경농업의 발전을 담보하기 어렵다. 세 차례에 걸친 친환경농업 육성 계획을 추진한 결과 드러난 문제점은 다음과 같이 요약할 수 있다.
첫째, 정부와 지자체 주도의 친환경농업육성정책으로 지역 특성과 품목에 맞게 친환경농법이 정착되지 못하였고, 부실 인증사건 등으로 친환경농산물에 대한 소비자 신뢰도는 2012년 67.8%에서2014년 61.6%로 저하되어 소비시장이 확대되지 못하고 있다.
둘째, 친환경농업 단지·지구 등을 권역별 산지 유통조직으로 육성하여 유통비용을 낮춰 소비시장을 확대할 계획이었으나 투자비용 대비 매출액이 낮아 경제성을 확보하지 못해 시장확대에 어려움을 겪고 있다. 또한 지역여건에 맞는 생산기술이 품목별로 개발, 확산되지 못하여 유기농자재 등 외부 투입물 의존도가 높은 친환경농법이 확산되었다. 이는 단기적으로 인증농가수와 재배면적의 증가효과는 있으나 장기적으로 지역의 생태순환에 기반한 친환경농법을 정착시키기 어렵게 하고 생산비용 증가의 한 원인이 되고 있다.
셋째, 화학농약의 사용량은 감소하였으나, 생산량 증대를 위해 퇴비 등을 고투입하는 농법이 지속되어 토양의 양분수지는 적정수준보다 1.1~2배 높다. 이는 OECD 국가 중 최상위 수준으로 토양의 산성화와 농촌지역의 환경부하에 대한 우려를 낳고 있다. 유기질, 맞춤형 비료 지원뿐만아니라 투입물 적정 관리에 정부의 정책지원이 필요한 시점이라는 지적이다.