2. 기금별 상환구조
기금별 상환 구조를 살펴보면, 예금보험기금채권상환기금이 상환해야 하는 총 부채(원금)는 82.4조원인데, 이 중 16.7조원은 회수자금으로 상환하고, 20조원은 금융회사 특별기여금으로 상환하며, 나머지 45.7조원은 재정에서 출연 받아 상환할수 있도록 계획하였다. 부실채권정리기금은 총 부채(원금) 14.8조원 중 11.5조원은 회수자금으로 상환하고 나머지 3.3조원은 재정으로부터 출연 받아 상환하도록 계획하였다.
재정에서는 예금보험기금채권상환기금과 부실채권정리기금에 출연하기 위하여 별도로 공적자금상환기금을 설치하였다. 동 기금은 공공자금관리기금에서 국채 발행자금을 예탁 받아 2006년까지 만기가 도래하는 공적자금 중 49조원(원금 기준)을 상환(예금보험기금채권상환기금과 부실채권정리기금에 출연)하고, 매년 일반회계 출연금(2002년 현재가치 기준 2조원)과 우체국예금(우체국예금특별회계)·우체국보험(우체국보험특별회계) 출연금(예금평잔 등의 0.1%) 등으로 25년 이내에 공공자금관리기금으로부터 예탁 받은 국채원리금을 상환하도록 하였다.