이와 관련 국무조정실은 시행령에서는 대테러센터 운영과 관련한 관계기관의 협조·지원 등 기본적인 사항만 규정했다며, ‘대테러센터’의 조직·정원을 규정한 직제는 부처 간 최종 협의를 통해 정부조직과 관련된 다른 법령처럼 별도의 직제(대통령령)로 반영될 예정이라고 밝힌 바 있다.
그러나 모법이 이미 당해 조직에 대해서 기본사항을 정하고 있으므로, 시행령에서는 상황의 긴급함을 고려하여 가능한 한 복잡하지 않게 통일적으로 구체적인 사항까지 정하는 것이 적절하다고 할 수 있을 것이다.
다음으로 테러사태를 대응하는 조직체계에 대해서도 면밀한 검토가 필요하다는 지적이 있다. 시행령에서 지역테러대책협의회의 장을 관할지역의 국정원 지부장이 맡도록 하고 있어 국정원이 지역에서 국가행정체계에 과도한 영향력을 행사할 가능성이 있다는 것이다.
이와 관련해서 국정원이 이러한 기능을 전담하여야 할 필요가 있다면, 관련 사항은 시행령이 아닌 법률에서 정하는 것이 타당하다는 지적이 있다.