나. 예산 운용 현황
정부출연 연구기관의 재원은 기본적으로 정부의 출연금과 기타 수입금으로 운영되고, 정부가 정하는 회계원칙에 따라 처리하도록 되어있다. 한국건설기술연구원은 운영 및 사업에 필요한 운영재원 등의 경비는 출연금, 보조금, 자체수입금 또는 기부금 및 재산으로부터의 과실수입금, 차입금 및 기타수입 등으로 충당하는 방식을 취한다.
한국건설기술연구원의 2006년 결산 총괄표를 살펴보면, 수입에 있어서 정부 출연금이 차지하는 비율은 약 19%에 불과하고 연구 사업을 통한 자체 수입이 80% 정도를 차지한다. 지출에 있어서는 인건비가 약 18%, 연구비가 전체 지출의 70%를 차지한다. 인건비는 정부 출연금 중 일부와 자체수입을 통해서 지급되고 있고, 정부수탁연구사업과 민간수탁연구사업의 양은 현재 고용되어 있는 비정규직 노동자들의 인건비에 영향을 줄 수 있는 구조이다.