이와 관련 국방부 소속 ‘대테러특공대’가 군사시설 이외에 출동하여 대테러 작전을 수행하는 것은 계엄시에나 가능한 일이며, 사실상 계엄규정을 넘어서는 위헌성을 내포하고 있다는 지적이 있다. 이러한 지적에 대해 국무조정실은 “대테러특공대의 군사시설 이외 지역 투입은 ‘경찰력의 한계’, ‘긴급한 지원의 필요성’, ‘대책본부장의 요청’ 등 매우 제한적으로 허용하고 있다”며 위헌성을 인정하지 않고 있다.
한편 민간에 대한 군의 투입이 헌법상 비상계엄 시에만 가능한 일이라고 할 때, 관련 규정이 시행령에 규정되어 있다는 점도 문제로 지적되고 있다. 즉 군사지역 외에서 대테러특공대가 출동하는 경우에 대한 사항은 초헌법적인 내용이 될 수 있어 법률에 규정해도 문제가 될 것인데, 형식상 시행령에 규정되어 있어 향후 위헌성 논란이 있을 수 있다는 것이다.
3) 인권보호관의 규정
시행령에서는 대테러 활동과정 등에서 발생할 수 있는 인권침해를 예방하기 위해 인권보호관을 두고 있으나, 시행령 제9조(시정권고) 외에는 인권보호관의 권한이 거의 부여되어 있지 않다. 뿐만 아니라 인권보호관의 활동 지원을 위한 지원조직에 대한 구체적 내용이 빠져있어 인권보호관 제도가 실효성을 얻기 위해서는 이에 대한 보완이 필요하다는 지적이 있다.