첫째, 이러한 제도들은 실업자의 구직동기를 제고하는 효과가 있으나, 동시에 특정 소득계층에 속한 기존 근로자들로 하여금 노동공급시간을 줄이게 하는 유인도 함께 제공하기도 한다는 점이다. 예를 들어, 미국의 EITC 제도의 경우 조세부조율(tax credit rates)은 가구형태별 소득규모에 따라 상승→일정→하향하는 형태를 지니고 있다. 이 경우, 근로소득이 없는 실업자의 취업시 상승구간에 속해 근로유인이 강화될 수 있으나, 반면에 일정 근로소득이 있어 하향 구간에 속한 자들의 경우에는 오히려 한계실효세율이 크게 높아짐에 따라 오히려 근로시간을 줄이려는 동기를 부여하게 된다는 점이다. 그러나 이러한 상충효과의 실제 크기에 대해서는 실증적 연구결과마다 상이하게 나타나 단정적인 결론을 얻기는 힘들며, 사회복지적 차원에서 노동시장에서 소외된 계층에게 구직동기를 촉진시키는 효과가 보다 바람직하다는 견해가 지배적이다(OECD, 1997.p.55).
둘째, 이러한 저소득 근로자들에 대한 추가적 유인제공은 저임노동의 공급량을 확대시킴으로써 임금을 하락시킬 우려가 있다는 점이다. 이러한 효과는 고용비용의 하락을 통해 취업량을 증가시키는 긍정적인 시장효과도 가지나, 또한 이러한 제도의 실질적 혜택이 고용주의 이윤증가로 전가되어 당초의 목적에 어긋날 수 있다는 점도 지적된다. 이에 따라 근로조건부 지원제도를 실시할 경우 임금수준의 지나친 하락을 방지하기 위해 ‘최저임금제’를 병행 실시해야 한다는 지적도 제기되고 있다.
셋째, 이러한 제도들이 오ㆍ남용될 소지가 크다는 점이다. 즉, 이러한 제도들은 정확한 소득조사를 전제로 하고 있으나, 이의 어려움으로 인해 대상자의 과다신청 여부를 식별해 내기가 힘들어지게 되어 예산낭비를 초래할 가능성이 있다는 점이다. 한 예로 미국의 EITC 제도의 경우, 미국 국세청의 표본조사에 의하면 조세부조의 과다신청액이 20% 수준에 이르고 있는 것으로 조사되었다(OECD, 1997. p.56). 이러한 급여신청의 기만성은 비단 근로조건부 지원제도에 국한된 것은 아니며, 일반적으로 모든 소득조사형 공적부조에 적용될 수 있다. 따라서 소득조사의 정확성이 이러한 지원제도의 성공적 정착에 필수적 요인이며, 이러한 정보인프라가 제대로 갖추어지지 않으면 그 실효를 거두기 어렵다는 점은 한국에도 그 시사하는 바가 클 것이다.
넷째, 이러한 근로조건부 지원제도를 도입함에 있어 대상자들이 그 혜택의 내용을 제대로 파악ㆍ이해할 수 있도록 가능한 단순한 형태로 고안되어야 한다는 점이다. 만일 제도의 복잡성이나 조세부조의 신청과정상 추가적 비용이 소요될 경우, 대상자들은 이러한 지원혜택의 신청을 아예 포기하는 경우가 발생할 수 있다는 점이다. 이 경우 이러한 제도의 도입타당성에도 불구하고 실질적으로는 근로유인 제고기능을 제대로 수행할 수 없게 된다.