세법에도 전자화문서 규정이 도입되어 있다. 「국세기본법」(제85조의3 제1항)에 의하여 납세자는 각 세법이 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증거서류를 성실하게 작성하여 비치하여야 한다. 2008년 「국세기본법」을 개정(제85조의3 제4항)하여 전자문서법에 따라 전자화문서로 변환하여 공인전자문서센터에 보관한 경우에는 장부 및 증거서류를 비치한 것으로 보고, 계약서 등 위조·변조하기 쉬운 장부 및 증거서류로서 대통령령으로 정하는 것은 제외하였다. 대통령령(제65조의7 제3항)은 ① 「상법 시행령」 등 다른 법령에 따라 원본을 보존하여야 하는 문서, ② 등기·등록 또는 명의개서를 필요로 하는 자산의 취득 및 양도와 관련하여 기명날인 또는 서명한 계약서, ③ 소송 및 인·허가 관련 서류 등을 말한다. 정부는 전자화문서 제도의 활용으로 기업의 종이문서 생산·보관·유통비용을 감소시켜 생산성을 높일 수 있을 것으로 기대하였다. 이후 2010년 2월 「국세기본법 시행령」을 개정하여 재발급이 가능한 소송 및 인허가 관련 서류도 전자화문서에 포함하여 전자화문서 적용을 확대하였다.