또한 최근 과학기술분야 출연연들이 연구분야별로 국가연구개발사업 전략과 투자방향의 수립등에 관하여 지원하도록 법적 근거를 마련하는 내용의 ｢과학기술기본법 일부개정법률안｣이 2021년 12월 국회 본회의에서 가결되었다. 향후 이 법 시행령에 출연연에 국가기술전략센터를 설치하여 운영하기 위한 세부 내용들이 마련될 예정이다. 다만, 국가과학기술연구회와 출연연들의 기존 조직과의 관계에 관한 논의는 일부 필요할 수 있다. 예를 들어, 기존의 정책연구센터는 과학기술정보통신부 1차관 소관 사항이라고 할 수 있는데, 현재 설치를 추진 중인 국가기술전략센터는 과학기술정보통신부의 과학기술전략본부의 사무를 지원할 것으로 보인다.
한편, 과학기술분야 출연연의 융합연구 기능, 기술의 이전(transfer)과 사업화 조직, 부설기관‧지역조직 등에 관한 쟁점도 있다. 융합연구사업은 과학기술분야 출연연 간 또는 외부 기관과의 융‧복합 연구개발사업으로서 국가과학기술연구회가 중점을 두는 사업이지만, 과기출연기관법에는 이에 관한 근거가 미흡하여 개선이 필요하다. 기술의 이전과 사업화에 관하여도 과기출연기관법은 촉진 노력 책무에 관하여 규정할 뿐이므로, 전담조직과 회사의 설립 등의 근거를 신설할 수 있다. 또한 부설기관과 국외 지역조직은 물론이고 다수의 국내 지역조직이 존재하지만, 법령에 설치‧운영 근거가 미비하므로 이에 관한 개선 논의도 필요하다.