특히 원본 종이문서 폐기는 종이문서와 전자화문서의 이중보관 문제를 해소하기 위한 것이다. 공인전자문서센터에 전자화문서를 보관하면 전자화대상문서는 폐기할 수 있도록 원칙 규정을 두고, 예외적으로 ① 전자화대상문서가 구겨지거나 노후화되어 전자화문서의 가독성을 확보할 수 없는 경우, ② 법 제5조제2항 단서에 해당하는 경우, 즉 다른 법령에 특별한 규정이 있는 경우에는 전자화대상문서인 원본 종이문서를 폐기할 수 없도록 법률관계를 명확히 하였다(제31조의6 제2항). 이에 따라 원본 종이문서를 전자문서법에 따라 전자화하여 변환 후 공인전자문서센터에 보관하면 종이문서를 보관하지 않고 폐기할 수 있게 되었다.