이를 위해 타당성 도출 후 사업집행결정과정에서 사업의 우선순위를 선정해야 한다는 것이다. 이러한 과정에서 부처 간 배분을 일정부분 고려해야 한다는 것이다. 다시 말해서 예비타당성 조사결과는 타당성 여부를 확인하는 것이지, 다른 사업과 비교하여 종합평가 결과가 높다고 해서 우선순위까지 확보하는 것은 아니라는 것이다. 따라서 최종적인 예산집행단계에서 신청부처를 고려하여 우선순위를 선정하는 과정이 필요하다는 것이다.
둘째, 미래유망기술분야(6T)와 연구개발단계(기초/응용/개발)를 고려한 예비타당성 조사가 진행되어야 한다는 것이다. 미래유망기술분야의 경우 IT, BT, ET 이상 3가지에 총사업비의 80%가 집중되어 있으며, 사업 신청 수 또한 상대적으로 많다는 것이다. 이러한 이유로 인하여 CT, NT, ST 분야의 경우 사업신청 자체가 줄었으며, 이는 전체적인 과학기술분야의 고른 발전을 저해하는 요인이 될 수 있다는 것이다. 최근 과학기술분야의 메가트랜드로 급부상하고 있는 융합화, 대형화 추세에서 기술분야의 편중은 향후 보다 발전적인 변화로 연결하는 과정에서 한계점이 될 것이다.