공공기관의 경우는 성과공유과제 수행에 참여한 수탁기업의 제품이나 용역을 수의계약을 통해 구매할 수 있다. 「상생협력법」 제8조제5항에 따라, 공기업·준정부기관·지방공기업은 성과공유제 시행을 위하여 필요한 경우에는 입찰참가자의 자격을 제한하거나 입찰참가자를 지명하여 경쟁에 부치거나 수의계약을 할 수 있다. 협력재단으로부터 수의계약용 확인서를 발급 받은 후 2년 이내에 해당 수탁기업과 수의계약을 체결할 수 있다. 실제로 수의계약이 체결된 과제는 2012년 6건에서 2017년 148건으로 계속 증가하고 있다.
이외에도 성과공유제 확인을 받은 제품에 대해 조달청 물품구매적격심사 시 0.75점의 가점을 부여하고, 기술개발에 성공한 제품은 중소기업 우선구매 대상 기술개발제품으로 선정한다. 그리고 「산업기술혁신촉진법」에 따른 산업기술혁신사업 기술개발 평가 시 성과공유제 도입 확인을 받은 기업을 우대하고 있다.