한편, 퇴직근로자 건강보험은 직접적인 정부지원 없이 피보험자 본인의 보험료와 과거 탈퇴한 직역건강보험 보험자의 갹출금에 의해 재원이 구성된다. 정부로부터 직접적인 지원이 없는 이유는 과거 탈퇴한 직역건강보험의 보험자 가정부로부터 국고 보조금을 받고 있기 때문이다. 다만, 퇴직근로자 건강보험 제도는 후술하는 후기고령자의료제도(75세 이상 대상)의 도입에 따라 2014년까지 한시적으로 운용될 예정이다. 아울러, 저소득세대의 경우 보험료의 60%까지를 할인해 주는 감면조치를 실시하고 있으며, 후술하는 일용직 근로자의 건강보험료의 경우 일용직 근로자의 급여수준이 낮을수록 사업주가 더 많이 부담하고 근로자가 적게 분담하는 구조로 되어 있다.
일본은 본인부담률이 낮고 담보범위가 넓은 공적건강보험제도를 운영함에 따라 민간건강보험이 주요국에 비하여 적극적으로 활용되지 못한 측면이 있다. 일본은 국민의료비의 대부분을 보장하는 공적건강보험제도가 운영됨에 따라 민간건강보험은 보완형의 기능도 일부 존재하지만 주로 공적건강보험이 보장하지 않는 비급여 의료를 보장하는 보충형의 기능이 강하다. 즉, 민영건강보 험의 역할은 일반적인 진료 또는 상급병실 이용으로 인한 본인부담분 및 차액병 실료 보장, 비급여 항목으로 분류되는 고급의료서비스 보장, 공적보험에서 제한된 고도의료기술을 사용하는 선진의료 보장 등을 제공하여 공적보험의 역할을 보충하여 국민의 의료비 부담을 해소하는 데 있다.