중소기업의 발전과 취업률 증진을 위해서는 정부와 대학의 협력 또한 필요하다. 중소기업에서는 자체 연구인력이나 기술개발만으로는 부족하기 때문에 인력, 기술, 지식이 외부로부터 적절히 유입될 수 있는 방법을 강구해야 하는데, 대표적인 예로 중소기업청에서 추진하고 있는 산·학·연 공동기술개발 지원사업은 중소기업이 대학·연구기관의 우수인력과 장비를 활용하여 생산현장의 애로기술 해소 및 신기술 개발을 지원한다. 이 사업은 기술혁신형 기업으로 도약할 수 있도록 정부와 지자체가 매칭 펀드로 재원을 조성하여 지원하는 사업으로, 정부 및 지자체는 사업비의 75%를 지원하고, 중소기업은 대학 또는 연구기관이 공동기술개발에 소요되는 사업비의 25%를 부담하고 있다(박형묵, 2012).
또한 지역의 대학·연구기관과 지방중소기업이 상호 유기적 관계를 유지하고 사업 참여교수 및 연구원들이 기업의 기술개발뿐만 아니라 정보제공 등 토털 서비스를 담당하는 역할을 수행하게 함으로써 중소기업들의 기술혁신 역량을 배양하도록 지원하고 있다.