농약은 농산물의 안전성 제고를 위하여 허용물질관리사업(PLS)이 의무화되어 등록되지 않은 농약 사용은 금지되어 있다. 그러나 비료와는 달리 적정 사용이나 저감 사용, 그리고 주변 토양이나 수질 오염에 대한 영향평가에 대한 사업비가 편성되어 있지 않다.
환경오염 최소화를 위한 농업환경자원관리부문은 「친환경농어업법」 제11조에 정보 수집을 위한 실태조사의 근거가 마련되어 있으나 농촌 환경생태 보존과 농업환경자원 보전을 위한 정보 관리의 근거 조항은 별도로 마련되어 있지 않다.
여전히 투입재의 경우 농지의 생산성 향상이나 유지를 위한 목적의 사용기준 마련과 최종 산물인 농산물의 잔류량에 대한 관리가 중점적으로 시행되고 있는 실정으로 농업환경관리 차원의 사업 추진이 미흡한 수준이라고 할 수 있다.