이러한 양적 보급 성장에도 불구, 다양한 한계 및 도전과제가 남아 있다. 가장 큰 문제점은 계획 대비 목표 달성 수준이 미흡하다는 점이다. 이에는 배터리 성능 및 주행거리 등에서 오는 이용자의 불만족이 작용했을 있으며 전기차 인프라 보급의 문제도 있다. 2019년 전기차 이용자 조사에 따르면 개방형 급속충전기를 이용한 적이 있는 응답자의 48.5%가 충전기를 바로 이용하지 못하고 대기한 것으로 나타났는데 특히 응답자의 11.5%는 30분을 초과한 것으로 드러나(제주특별자치도, 2020, p. 27) 충전기 보급이 요구된다. 또한 고장 및 노후화에 따른 유지 보수 시설도 부족한 실정이다.
전기차 부문에서의 제주기업과 전문인력 부족도 문제점이다. 제주도 내 강소기업 및 신규사업을 추진할 인력이 부족하며 또한 규제자유특구의 사업 범위도 전기차 전후방산업 전반에 걸친 생태계 전 영역이 아닌 전기차 충전 서비스에 국한되어 있다(제주특별자치도, 2020, p. 30).
전기차 보급 증가에 따라 내연기관 연관산업 종사자들에 대한 대책 마련도 시급하다. 폐업지원금, 업종전환 지원, 세금감면 등 다양한 측면에서 구체적 로드맵의 구축이 요구된다. 또한 렌터카가 전기차 확대에 일정부분 이바지해 왔으나 2018년 9월 렌터카 총량제가 시행되면서 증차가 어려워져 신규등록이 감소하는 반면 기존 전기 렌터카 말소가 증가하였다. 즉 렌터카 정책 변경으로 렌터카가 전기차 보급 목표 달성에 기여하는 부분이 축소되었다.