정책이었음에도 불구하고 일반 노동시장의 근로형태나 장애 특성에 따른 다양성을 충분히 반영하지 못한 근로조건, 참여자 적응지원을 위한 직무지도 연계 미비, 그리고 사업 이후 취업연계 체계가 마련되지 못하고 있는 부분은 사업 추진이래 지속적으로 제기되는 문제점이다(강동욱 외, 2014; 이인재 외, 2017). 또한 장애유형, 연령, 성별 등 개인특성에 대한 고려가 미비했으며 전문가를 통한 직무 분석과 개인의 특수성 등을 충분히 살피지 못한 문제점 역시 지적되고 있다(박희찬외, 2013). 물론 사업의 발전과정에서 유형이 세분화되었고 장애유형과 직무를 매칭한 특화형일자리가 신설되기도 했으나 이는 전체 사업 중 5.9%(1,037명)에 불과한 수준으로 장애특성을 고려한 직무개발 및 정책적 모색은 여전히 부족한 형편이라 할 수 있다.