이와 함께 중앙정부와 지방자치단체 간 사업의 중복을 제거하여 국고보조사업의 효율성을 제고시켜야 한다. 이를 위해 중앙부처별로 국고보조사업 예산을 편성하기 전에 지방자치단체의 보조사업과 관련된 의견을 먼저 반영함으로써 중앙과 지방 간 예산편성 주기의 불일치 문제와 사업 간 중복 문제를 해결해야 한다. 현행 국고보조사업은 각 중앙부처가 기획재정부에 신규 및 계속사업 계획서를 제출하고, 이후 지방자치단체는 각 중앙부처별로 보조금 예산 계상을 신청하여 최종적으로 예산을 확정하게 된다. 이 때문에 중앙과 지방 간 예산편성 주기의 불일치와 중복 문제가 발생할 수 있다. 따라서 지방자치단체의 국고보조사업 의견을 대변할 수 있는 부서를 신설하고, 신설된 부서와 각 중앙부처 간 국고보조사업에 대해 협의할 수 있는 협의체 역시 신설해야 한다. 지방자치단체는 해당 중앙부처별로 보조 사업을 작성하여 신설된 부서에 전달하고, 신설된 부서는 이를 바탕으로 중앙부처와 협의함으로써 국고보조사업의 중복을 제거하여 증가 가능성을 낮추어야 한다.