한편, 작물별로 기후변화의 영향이 이처럼 다양하게 나타나듯, 병해충의 발생 양상도 기후변화에 따라 위험이 감소하는 사례가 있는가 하면 발생위험이 크게 증가할 경우도 있을 것으로 예측된다. 대표적으로 감자뿔나방, 고추 역병과 탄저병, 양파 흑색썩음균핵병 등의 발생률이 증가하고, 월동·외래 해충들의 발생이 증가하고 있는 것으로 관측된다. 또한 1년 동안 발생가능한 병해충 세대수도 크게 증가할 가능성이 있어. 병해충 피해가 더욱 커질 수 있을 것으로 보고되었다.
마지막으로 잡초의 분포 양상을 분석한 결과, 외래잡초와 제초제 저항성 잡초들의 증가세가 관측되었다. 이와 관련된 연구가 아직 적은 편이지만, 1차적인 기후변화는 물론, 2차적인 재배작물･재배법･제초제 변화 등도 주요 원인으로 추정된다.