협의 사안은 ① 국가와 지방공공단체 간 역할분담에 관한 사항, ② 지방행정·지방재정·지방세제, 그 밖에 지방자치에 관한 사항, ③ 경제재정·사회보장·교육·사회자본정비에 관한 정책, 그 밖에 국가의 정책 중 지방자치에 영향을 미친다고 생각되는 사항 등이다(동법 제3조).
회의는 의장의 자문을 통해 정기 혹은 임시적으로 소집할 수 있다. 의장은 회의가 종료된 이후, 회의 개요를 기재한 보고서를 작성하며, 국회에 제출한다. 회의 참여자들은 협의 결과를 존중해야 하는데, 법적 구속력은 없다.
그동안 일본에서 운영 중인 ‘국가와 지방의 협의의 장’은 중앙과 지방간 갈등이슈를 상호 협의하는데 기여하고 있다고 한다. 협의 사안을 보면, 주로 지방자치단체의 예산확보나 재정과 관련된 사항이 많았다. 그러나 해당 기구의 실효성이 아직까지 낮다는 지적도 있다. 해당 기구에서 다루는 의제 선정의 기준이 정해지지 않아 지방자치단체의 입장에서는 중요 사항이 논의되지 않고, 정치적 상황이나 의제에 따라 협의의 장의 역할이 변화한다는 지적이다. 또한 일본에도 이미 유사한 지방자치단체의 국정참여 기구들이 있는데, 이들 기구에서 합의된 내용을 ‘국가와 지방의 협의의 장’에서 재차 다루는 경우도 있다고 지적하고 있다.
그리고 기구의 출범 당시 운영규칙에서 정한 매년 4회 정기회 개최기준을 지키지 못하는 경우가 있었다. 2011년 신설된 해에 전체회의가 8회 개최되고, ‘사회보장·세금일체개혁 분과회의’도 4회 개최되는 등 가장 활발히 운영되었다. 그러나 그 뒤로 회의는 1년에 2~4회 정도 열리고 있었다.