대통령제 하에서 대통령과 국회가 독립된 선거를 통해 선출되는 만큼 분점정부의 등장은 불가피한 측면이 있으며, 견제와 균형이라는 관점에서 볼 때 대통령과 국회의 갈등이 부정적인 측면만 있는 것은 아니다. 문제는 대통령과 국회의 갈등을 효과적으로 조정할 수 있는 참여형 당·정·청 거버넌스의 모델이 아직 부재하다는 점이다. 민주화 이후 한국의 당·정·청 거버넌스 구조는 큰 변화를 겪었다. 인위적 정계개편으로 극복이 어려운 여소야대의 분점정부가 등장하였고, 당정분리 이후 집권당에 대한 대통령의 영향력이 감소하였다. 분점정부의 상황에서는 행정부와 의회가 대립하면서 교착상태에 빠질 가능성이 높고, 단점정부 하에서도 임기 후반에 접어들면서 집권당 내부에서 대통령의 정책에 대한 반대 의견이 강화된다면 당·정·청 삼자간의 갈등은 피할 수 없다. 법인세 정책의 사례를 통해 본 역대 정권의 당·정·청 거버넌스 구조의 변화 양상 분석 결과는 대통령 중심의 하향식 당·정·청 거버넌스의 쇠퇴와 참여형 거버넌스의 등장으로 요약할 수 있다. 그 결과 국회의 위상이 강화되었고, 분점정부 여부와 관계없이 원내 다수당의 의견이 대통령의 정책과 차이가 있더라도 정책결정 과정에 반영될 가능성이 높다.