또한, 현행 감사원은 법적 성질이 다른 ‘회계검사기능’과 ‘직무감찰기능’을 동시에 수행하는 과정에서 회계검사기능의 독립성 확보가 문제되어 왔다면, 대통령 개헌안은 소속 공무원의 직무수행 등에 대한 합법성과 정당성을 조사하는 내부통제권한인 직무감찰권의 독립화의 타당성에 대한 검토가 필요하다.
이는 제18대 국회 자문위와 제19대 국회 자문위가 앞서 살펴본 바와 같이 검토했던 사항이며, 외국의 독립기관형 감사원이 회계검사 기능만을 담당하고 있다는 점에서 시사점을 찾을 수 있을 것이다.
한편, 대통령 개헌안은 대통령이 감사원장의 직접적인 임명권자로 감사원의 독립성을 침해할 수 있다는 우려가 여전히 남아 있다. 감사위원들 간의 호선이나 선출위원회를 구성하여 선출하는 방법 등의 추가적인 대안 역시 논의할 필요가 있다.