한편 특별·광역시 자치구(군) 예산은 2011년 예산총계기준으로 약 19조원에 이른다. 자치구의 경우는 시·군 등 다른 자치 계층과 비교해서 재정여건이 매우 열악하다.
2010년에는 지방세 수입(당초예산 기준)으로 인건비를 조달하지 못하는 자치구는 52개로서 전체 75.4%에 달한다. 그리고 전국 지방자치단체의 평균 재정자립도가 2011년 기준 51.9%인데, 서울특별시 자치구의 평균 재정자립도는 47.7%이지만, 6개 광역시 자치구와 군의 평균 재정자립도는 28.6%에 불과하다.
그동안 자치구는 자체사업비의 비중이 낮고 인건비 등 행정운영경비의 비중이 높아 자체적으로 추진할 수 있는 사업의 규모 역시 작다. 이 같은 문제로 인해 그동안 자치구 개편이 요청되어 왔다.