농업환경보전프로그램은 농업현장에서 자율적으로 이루어지는 사업이므로 현장에서 나타난 문제점들을 적극적으로 반영해나갈 필요가 있다. 지역주민의 고령화 등 인적·행정적 부담 완화와 프로그램 수행의 질적 향상을 위해서는 체계적으로 모니터링을 담당할 전문가를 육성하여 투입하는 구조로 개선하여야 한다. 친환경농축산물 인증 농가의 활동 범위를 명확히 하고, 지역별 환경보전목표에 따라서 선호하는 활동은 적극 장려하되 선호되지 않은 활동들에 대해서는 선호하지 않는 이유를 분석하여 개선해 나가며 농업환경보전의 목적을 달성할 수 있는 활동에 중점을 두도록 유인하는 집단활동 중심의 합리적인 지급단가 개선을 검토할 필요가 있다. 행정 담당자, 중간지원조직, 농업인 및 농촌주민을 대상으로 한 다각적인 역량 강화 프로그램 구축이 필요하며, 지역 내 역량강화 활동은 농업환경보전계획의 일부로 포함하도록 지정할 필요가 있다. 시」군 농업환경위원회, 시」도 농업환경위원회, 농업환경보전 심의위원회의 역할 정립과 각 위원회의 평가 및 환류작업 절차를 명확히 규정하여야 하고, 적정한 성과지표 개발 및 관련 지표 개발과 통합 DB 구축이필요하다. 이때 농촌진흥청, 농산물품질관리원, 도농업기술원, 농업기술센터 등의 참여가 필수적이다. 지역 단위 농업환경보전을 위해서는 이들 기관을 활용한 지역 내 농업환경정보의 수집이 필요하므로 관련 예산 및 인력 확보가 중요하다. 2019년부터 시행 중인 농업환경보전프로그램은 비용면에서 국가 재정 기여도가 매우 높아 국가 예산의 증액이 수반되지 않으면 확산이 어려운 체계이므로 국가 재정 부담을 줄이거나 환경부, 지자체와의 공동사업 추진으로 예산 확보 방안을 논의하여야 할 것이다.