‘습지보호지역’은 자연환경 조사가 이뤄진 습지들 가운데 자연 상태가 원시성을 유지하고 있거나 생물다양성이 풍부한 지역, 희귀하거나 멸종 위기에 처한 야생 동·식물이 서식·도래하는 지역, 특이한 경관적·지형적 또는 지질학적 가치를 지닌 지역들에 대해서 지정이 이뤄진다. ‘습지보호구역’의 지정을 위해서는 지역주민과 지방 자치단체의 의견을 들어야 하며 지역 주민들에 대한 피해가 최소화 될 수 있는 범위에서 지정이 이뤄지게 된다. 2009년 현재까지 환경부는 12개소 110.627㎢를 습지보호구역으로 지정하여 보호하고 있으며 그 목록은 <표 9>와 같다.