한편 연구기관은 기획예산처의 예산 관리에도 영향을 받는다. 정부는 공공기관의 책임성을 높이고, 관리·감독 기능을 강화하여야 한다는 목적으로 『공공기관 운영에 관한 법률 및 시행령』(2007년 4월 1일 시행)을 제정하고, 공공기관의 이사회, 감사, 예산회계, 경영평가 등의 사항을 정비하였다. 이에 각 기관은 기본지침, 분야별 세부 부속지침, 개별 조치사항으로 구분된 경영지침에 따라 공공기관 경영 일반 및 분야별 세부 사항을 준수해야 한다.
정부의 공공기관 지정 방침에 따라 한국건설기술연구원은 공기업 및 준정부기관과 구분되는 기타공공기관으로 분류되고, ‘기타공공기관의 혁신에 관한 지침’에 따르면 조직과 인력은 최소한도로 운영하며 정원과 현원을 일치시켜서 운영하도록 방침을 정하고 있다. 또한 업무량 변동에 따른 기구신설이나 확대, 인력증원소요가 발생하는 경우 자체 기능조정 또는 인력의 재배치로 이를 해소할 것을 지시하고 있다.
결국 연구기관의 일차적으로 소속 연구회의 관리 감독 하에서 인력 및 예산 운용, 기관 사업에 대한 통제를 받고, 포괄적으로 예산(안) 편성을 맡고 있는 기획예산처에서 예산요구 작성기준과 경영지침에 의해 움직인다고 볼 수 있다.