교과부가 발표한 「의ㆍ치의학 교육제도 개선계획」은 위원회의 제1안을 수용하여 개별 대학의 전문대학원과 학부과정의 선택을 자율적으로 하도록 했다. 그런데 정부는 자율 선택을 허용하는 이유를 다양한 의사양성 체제의 공존으로 밝힘으로써 전문대학원 제도의 유지 필요성도 강조한 것으로 보이지만, 사실상 의전원 제도가 정착하지 못했다고 볼 수 밖에 없다. 주요 내용은 두 가지로 정리할 수 있다.
첫째, 학제의 선택. 학제 선택은 각 대학이 자율 선택하되 고교생과 대학생의 입학기회의 형평성과 의사의 수급을 고려하여 경과기간을 두도록 한다.
전문대학원과 대학을 병행하는 대학은 현재 대학 1학년생이 전문대학원에 입학하는 2014년까지 현재와 같은 병행제도를 유지한 후 2015년부터 단일 학제로 전환할 수 있다. 이미 전문대학원으로 전환한 대학은 현재 고교 2학년생이 전문대학원에 입학하는 2016년까지 유지한 후 2017년부터 단일 학제로 전환이 가능하다. 이밖에 전문대학원에서 의ㆍ치대로 복귀시 정원 내 학사편입학으로 일정 비율을 선발해야 한다.
둘째, 행ㆍ재정 지원사항. 학제 전환시 대학은 자체 조정을 통해 총 정원을 유지해야 한다. 정부는 결원 발생시 보충을 허용하며, 전문대학원에 대한 재정지원 사업은 계속 추진한다.