(5) 예산 통제의 문제
정부출연연구기관은 소속 연구회로부터 기관평가와 예산안을 심의받는다. 소속 연구회가 시행하는 기관평가는 기획예산처의 예산요구 작성기준과 경영지침이 반영되고 있고, 평가 결과는 기획예산처와 주무부처에 통보된다. 그리고 기획예산처는 평가 결과를 참고하면서 연구기관의 예산을 편성하고 국회에 제출하여 확정된다. 이와 같은 구조는 기획예산처의 경영지침이 연구기관의 예산에 영향을 미치는 구조로서 기관 자체적으로 예산 운영의 여지는 좁아질 수밖에 없다.
한국건설기술연구원은 2006년 한 해 이월금으로 353백만 원을 집행하였다. 비정규직 노동자들의 인건비가 안정적으로 확보되지 않는 상황에서 차기 이월되는 재원에서 일부를 비정규직 노동자들의 임금으로 활용할 수 있는 방안도 고려할 수 있으나 제도적으로 제한이 있다. 기획예산처의 ‘2007년 예산 및 기금운용계획 집행지침’에서 정부출연구기관이 자체수입 초과달성, 비용절감 등 경영개선으로 결산잉여금이 발생한 경우 퇴직급여충당금 부족기관은 퇴직급여충당금 적립을 하고, 그렇지 않는 기관은 기관고유연구 사업에 일차적으로 사용하도록 규정하고 있다. 그리고 능률성과급 및 이사회 승인을 거친 사업에 사용하도록 되어 있어 비정규직 임금 보전에 사용하기는 쉽지 않은 구조이다.