학력인정학교의 학생들은 아무리 學力이 떨어져도 검정고시를 치르지 않고 수능을 치를 수 있음에 반해 아무리 學力이 우수해도 학력미인정 대안교육시설의 청소년들은 검정고시에서 합격해야만 수능에 응시할 자격이 주어지기 때문에 시험의 이중고를 치르고 있다. “학력인정을 받기 위해서는 국가에서 고시한 교육과정을 이수해야 하고 그 여부를 판명하기 위해서 학력미인정 학교 출신자나 미취학자의 경우에는 검정고시를 치러야 한다.”는 논리는 학력인정학교 학급에서의 ‘사실상 학업포기자’나 ‘학습부진아’의 학력인정과 모순된다. 국가에서 고시한 교육과정을 그들이 검정고시에서의 합격기준인 ‘평균 60점’의 학력만큼 이수했다고 볼 수 있는가? 형식적 출석일수가 실질적 學力과 비례한다고 볼 수 없다(김성기, 2004: 127).