기존 건축물 활용 및 신축과 관련하여 2016년 국토교통부는 ‘용산공원 콘텐츠 선정안 및 정비구역 변경안 공청회’를 개최하고 기존 건축물을 국립어린이 아트센터, 국립여성사박물관 등으로 활용하고 국립과학문화관 등을 신축하는 안을 발표하였다. 이 계획안은 부처 간 나눠먹기·난개발 같은 비난에 직면하였고, 특히 서울시는 이 계획안에 크게 반발하였다. 이후 국토교통부는 용산기지 내 기존 건축물의 활용 방안 재검토 및 신축 불가 방침을 발표하였다.
더 이상 건축물을 신축하지 않는 만큼 상세한 조사를 바탕으로 기존 건축물의 역사적·건축적 가치를 고려하여 보존과 철거에 대한 기준 마련이 필요하다. 보존 건축물에 대한 활용 방안 또한 다양한 분야의 전문가와 국민의 의견 수렴이 이루어져야 할 것이다.