교육전문대학원에서는 교사양성기관의 교육과정, 이수 교과목, 교사자격증 취득 절차 등을 결정하는 체제도 지금과는 달라져야 한다. 현재 교사양성과정은 거의 전적으로 교사양성기관에 의해 결정된다. 이러한 구조에서는 어떤 교사를 양성하는 것이 바람직하며, 어떤 자질과 능력을 갖춘 교사가 필요하며, 이러한 교사를 어떻게 양성할 것인가 보다는 현재 그 대학에 존재하고 있는 교수들의 전공에 따라 교육과정과 교과목들이 결정되게 된다. 이에 따라 국가 혹은 시·도에서 추진하고 있는 교육개혁의 방향이나 교육과정의 개정 지침 등이 교사양성기관의 교육과정에 반영될 수가 없다. 예를 들면, 새로운 교육과정이 학교현장에서 차질 없이 수행될 수 있기 위해서는 교사양성과정에서 예비교사들에게 새로운 교육과정의 특성, 개혁 방향 그리고 교육과정 개정을 통하여 달성하고자 하는 교육적 성과와 목표 등에 대하여 제대로 가르쳐야 한다. 그러나 현재 대부분의 교사양성기관에서는 그러한 교육이 체계적으로 이루어지기가 어렵게 되어 있다. 정부 혹은 국가단위의 교육개혁 지침의 취지와 방향이 교사양성기관에서는 거의 외면되고 있는 것이다. 이러한 상황에서 정부의 교육개혁이 제대로 실행되는 것은 대단히 어려운 일이다.