(2) 면세점 특허의 특례
면세점 특허에 대해서는 일반적인 보세구역의 특허와 달리 다음과 같은 특례 규정이 있다. 중소·중견기업 중 특허를 받을 수 있는 요건을 갖춘 자에게 보세판매장 총 특허 수의 30%(2017년 12월 31일까지는 20%) 이상을 부여하여야 하며, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 상호출자제한기업 집단에 속한 기업에 대해서는 60% 이상의 특허를 부여할 수 없다( 「관세법」 제176조의2 및 같은 법 시행령 제192조의2).
(3) 특허수수료
특허수수료의 구체적인 금액은 「관세법」 제176조의2제4항의 위임에 따라 「관세법 시행규칙」으로 정하고 있다. 1979년부터2013년까지는 다른 특허보세구역과 동일하게 면적별로 부과하였으나, 2014년부터는 해당 연도 매출액의 0.05%(중소·중견기업의 경우 0.01%)를 부과하고 있다.