공자학원은 중국의 이미지를 향상하고, 소프트파워를 확대하는 데 중요한 역할을 했다고 평가되어 왔다. 그러나 중국 공산당을 선전하는 국가지원조직이라는 비난도 동시에 받아왔다. 이에 따라 최근에는 미국 내 일부 대학에서 공자학원을 폐쇄하는 사례가 나타나고 있으며, 유럽 대학에서는 공자학원을 폐쇄하는 사례가 등장하고 있다. 2005년 유럽 최초로 공자학원을 개설했던 스웨덴은 2020년 4월 마지막으로 남은 공자학원마저 폐쇄했다. 최근 중국이 공자학원 운영기관을 민간기관으로 변경한 것은 국가가 공자학원을 운영하고 있다는 국제사회의 기존 이미지를 쇄신하려는 의도가 있다는 견해도 있다.