이후 제4차 국토종합계획(2000~2020)부터 명칭에서 ‘개발’이 삭제되었고, 계획기간이 10년에서 20년으로 증가하였다. 계획 기간 중 김대중 정부, 노무현 정부, 이명박 정부를 거치면서, 각 정부의 국정 기조에 따라 2번의 수정계획이 수립되었다. 2006년에 수립된 수정계획은 당시 노무현 정부의 국정 기조에 따라 분권-분산에 입각한 균형발전이 강조되었으며, 2011년에 수립된 수정계획은 당시 이명박 정부의 국정 기조에 따라 국토 경쟁력 강화와 자연친화적이고 안전한 국토공간조성이 강조되었다. 또한 국토를 5+2 광역경제권으로 구분하고 광역경제권간 연계 및 협력을 추진하였다. 그러나 제4차 국토종합계획은 시대적 환경변화에 발 빠르게 대응하지 못하면서, 계획의 실효성이 저하되었고 이에 대한 비판이 제기되기 시작하였다.