한국수자원공사가 정부에 종속되어 운영한 또 다른 사업의 경우로 경인운하의 사례가 있다. 경인아라뱃길 사업은 2009년 한국수자원공사가 2조 2500억 원의 막대한 재원을 투입해 추진한 사업이었다. 하지만 개통 이후 해당노선을 통해 운송되는 물동량이 선박 적재량을 채우지도 못하여 적자가 쌓이면서 해운사들이 사업을 접었고 결국 이 사업은 한국수자원공사에게 적자만 남긴채 실패로 끝나가고 있다. 한국수자원공사가 가지고 있는 또 하나의 문제점은 방만한 운영과 편법운영이다. 방만한 운영이나 편법 운영은 조직 구성원에게 과도하게 주어지는 과도한 금전적 또는 비금전적 혜택은 물론, 한국수자원공사는 경영이 부실한데도 성과급이나 과도한 복리후생비 등을 지급하고 있는 점에서 두드러지게 나타나고 있다. 공기업인 한국수자원공사나 한국수력원자력(주)이 담당하고 있는 사업은 대부분 국책사업이면서 독점적 운영권이 보장되고 정부가 책임질 것이라는 생각 때문에 적자 또는 부채에 예민하지 않다.