한편 개별적인 요인으로 인해 사업추진에 어려움을 겪고 있는 사항도 확인할 수 있다.
첫째, 원주 및 충주기업도시의 경우, 지식경제부가 고시한 「지방자치단체의 지방투자기업 유치에 대한 국가의 재정자금 지원기준」에 따라 수도권 인접지역으로 분류되어 다른 지역보다 보조금 지급액이 적다는 점이 지적되고 있다.
해당 지역 담당자들에 따르면, 수도권 내 이전기업이 해당 지역으로 이전하는 경우, 법인세ㆍ소득세 7년 감면(기타 지역의 경우, 법인세ㆍ소득세 10년 감면), 기업의 입지 이전에 따른 경비의 20%(기타지역의 경우 40%지원)를 지원받게 되는데, 이는 수도권 인접지역이 아닌 지역보다 보조금 액수가 적다는 것이다. 이 문제는 수도권 규제정책과 관련이 있는 것이기 때문에 보다 면밀한 검토가 필요한 사안이다.
둘째, 전남 영암ㆍ해남기업도시의 경우, 사업대상용지의 대부분을 차지하는 간척지 소유자인 한국농어촌공사와 동 간척지를 양수해야 하는 사업시행자간의 토지매수가격에 대한 합의가 이뤄지지 못해 사업추진에 어려움을 겪고 있다. 2010년 10월 영암ㆍ해남기업도시 개발구역의 하나인 삼포지구에서 개최된 F1 자동차경주대회는 해당 토지에 대한 양도ㆍ양수가 이뤄지지 못한 가운데 한국농어촌공사의 임시 사용승락을 얻어 개최되었을 정도이다.