해상경계의 경우 갈등발생이 충분히 예상될 수 있는데도 불구하고, 사전적으로 갈등관리를 제대로 하지 않고 사업을 추진하면서 수십년에 걸쳐 유사한 갈등이 전국에서 지속되는 것은 문제로 볼 수 있다. 향후 공유수면매립지의 계획을 수립하기 전부터 이해관계가 있는 중앙정부와 지방정부, 지역주민들이 함께 협의와 협상을 할 수 있도록 사전에 절차를 마련할 필요가 있다. 형식적 협의절차가 아닌 상호 요구사항과 이해관계를 논의할 수 있는 이론바 ‘공론의 장’을 마련하는 방안이 필요하다.
국책항만은 국가재정이 투입되어 개발되기 때문에 관할권의 대상인 신생매립지 자체는 특정 지방정부만의 소유물로 보기 어렵다. 따라서 국가발전이라는 목표 하에서 관할권 결정이 이루어져야 하며, 대립하는 갈등당사자간에 그 결정을 수용할 수 있는 명분을 제시해 주어야 한다. 지방정부간 자발적인 합의를 유도하기 위해서는 해상경계 설정이라는 단일주제뿐만 아니라 상호 이해관계가 교차하는 다른 소재를 발굴하여 해상경계 설정과 함께 패키지화함으로써 일괄적으로 처리하는 방법도 고려해 볼 수 있다(계기석, 2006).