<표 7>에 제시되는 바와 같이 2009년까지 환경부는 11개소 242.953㎢를 생태·경관보전지역으로 지정하여 보존하고 있다. 한편 연안 및 일반 유인도서들에 대해서는 국토해양부가 '생태·경관보전지역'(4개소, 70.373㎢)을 지정하고 있다 <표 8>. 여기서 파악되는 한 가지 문제점은 해당 지역이 어디에 위치하는 가에 따라서 조사와 보전의 주체가 변동된다는 점이다. 일단 육상 영역에 존재한다면 환경부가 주무 부서지만, 갯벌은 국토해양부의 소관이 된다. 바닷가(해빈)에 퇴적된 모래가 바람의 영향으로 만조위선을 넘어가면 이는 환경부 소관이 된다. 다른 예로 동해안 일부 지역의 경우 국토해양부 소관의 해변에서는 바람과 파랑에 의한 모래 침식이 활발하게 일어나고 있어 침식에 대한 시급한 대책 마련이 요구되고 있고, 해당 해변으로부터 바람에 의해 침식된 모래가 쌓이는 해안선 위쪽의 사구에서는 모래 퇴적의 과다로 인한 환경부의 대책 마련이 야기되는 상황이다. 같은 갯벌이라도 천연기념물인 조류가 서식하게 되면 관리 주체는 다시 문화재청이 된다. 같은 도서지역이라고 해도 유인도서는 국토해양부 소관이며 무인도서는 환경부 소관이 되는 등 구분 자체가 상당히 복잡한 상황이다. 이에 대한 개선 노력이 있어야 할 것으로 판단된다.