SPS 협정에 의한 각국의 조치는 국제표준(international standards), 지침 또는 권고(guidelines or recommendations)에 기초(based on)해야 하며, 이에 합치(conform)하는 조치는 인간, 동물 또는 식물의 생명 또는 건강을 보호하는데 필요한 것으로 간주되며, GATT(1994)에 합치하는 것으로 추정된다(제3조제1항 및 제2항).
그리고 회원국은 SPS 협정에 의한 조치가 과학적 정당성(scientific justification)이 있거나 제5조의 위험평가(assessment of risk)에 의거 보호수준이 SPS 협정상의 관련규정에 절절한 경우에는 관련 국제기준, 지침 또는 권고에 근거한 조치보다 더 높은 위생조치를 도입하거나 유지할 수 있다(제3조제3항).