(3) 공익신고 조사권
공익신고 조사기관은 해당 공익침해행위와 관련한 행정기관 또는 감독기관이다(제6조제2호). 공익신고 접수, 불이익조치 신청 접수 및 조사, 구조금·보상금·포상금 지급, 과태료부과·징수 등을 담당하는 권익위가 공익신고 총괄기관이다. 그러나 권익위는 조사권한은 없고, 단지 공익신고와 관련한 필요사항을 확인하고 조사기관·수사기관에 이첩할 수 있을 뿐이다.
공익침해행위에 대한 전문성 측면에서 행정기관 및 감독기관에 공익신고 조사권한을 부여하는 것이 타당하겠지만, 공익침해행위자가 담당 행정기관과 결탁할 수 있다는 점에서 행정기관 및 감독기관의 객관적이고 공정한 조사를 기대할 수 있을지 의문이다.
객관적 제3의 기관으로 하여금 공익신고 조사의 객관성을 확보하고 불이익조치의 구제및 구조금·보상금·포상금 등 결정의 통일성을 확보하기 위하여 공익신고 총괄기관인 권익위에 조사권한을 부여하는 방안을 고려해 볼 수 있다. 미국의 특별조사국과 캐나다의 공익위원회 판무관처럼 공익신고를 전담하는 조직 또는 사람을 권익위에 설치하는 방안도 고려해 볼 수 있을 것이다.