1995년에 ｢중소기업사업조정법｣이 폐지되고 ｢중소기업사업영역보호및기업간협력증진에관한법률｣이 제정되었는데, 이때부터 중소기업 고유업종이 아닌 사업영역에서의 중소기업과 대기업 간의 분쟁에 대해서만 사업조정제도가 시행되었다. 또한 1996년에 중소기업청이 개청됨에 따라 사업조정권한이 산업자원부장관에서 중소기업청장으로 이관되었다.
2006년에 ｢중소기업사업영역보호및기업간협력증진에관한법률｣이 폐지되고 ｢대ㆍ중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률｣(이하 ｢상생협력법｣)이 제정되었는데, 사업조정제도에 관한 규정은 동 법 제31조 내지 제34조2에 마련되었다. 그리고 2007년에 중소기업 고유업종이 완전히 해제됨에 따라 사업조정제도는 유일한 중소기업 사업영역 보호제도로 남게 되었으며, 현재 모든 업종에서 대기업과 중소기업 간의 사업영역과 관련된 분쟁을 조정하고 있다.
2009년 들어 사업조정신청 건수가 크게 증가하였는데, 이는 거의 대부분 SSM과 관련된 분쟁을 대상으로 한다. 2009년 7월 16일 인천슈퍼마켓협동조합이 인천 연수구에 입점예정이었던 홈플러스 익스프레스를 상대로 제기한 사업조정신청이 중소기업청에 접수된 이후 2010년 3월 5일까지 모두 156건의 SSM 관련 사업조정신청이 중소기업청과 광역자치단체에 접수되었다. 이는 2007년부터 2009년 6월까지 접수된 사업조정신청 건수 37건을 크게 상회하는 것이다.