확인단체제도는 1952년에 이루어진 공직선거법 개정에 따라 중의원 총선거에서 처음으로 도입되었다. 1954년에는 참의원 통상선거, 중의원과 참의원의 재보궐선거, 도도부현지사선거, 시장선거에 도입되었다. 그리고 1970년 다시 공직선거법개정을 통하여 도도부현의회의원선거, 정령지정도시의회의원선거에도 도입되었다. 이렇게 각종선거에 확대되어 오던 확인단체제도는 1994년 정치개혁의 일환으로 이루어진 소선거구비례대표병립제의 도입에 따라 중의원 선거에서는 폐지되고 말았다. 확인단체제도의 폐지 이유는 정당, 정책 중심의 선거운영이라는 정치개혁의 목표와 부합하지 않는다는 것이다. 그리고 1994년 소선거구제의 도입에 따라 정당중심의 선거문화의 정착을 위해 ｢후보자명부제출 정당｣에 대한 우대조치로서 선거운동이 확대되었기 때문이다. 여기에서 말하는 ｢후보자명부제출 정당｣은 공직선거법상 정당의 요건을 충족시키는 정당을 말한다. 1994년 중의원 총선거에서 확인단체제도가 폐지되기 이전에는 전국에서 25인 이상의 후보자를 입후보시킨 정치단체는 이 제도에 따라 일정한 선거운동이 가능하였다.
결국 현재, 확인단체제도가 운영되고 있는 선거는 참의원의원선거, 도도부현의회 의원선거, 정령지정도시의회의원선거, 도도부현지사선거, 시장선거등 5개 선거이다. 중의원의원선거에서는 확인단체제도를 운영하지 않고 있다. 그 대신 ｢후보자명부제출정당｣에게 폭넓게 선거운동을 허용하고 있다. 중의원 총선거에서 확인단체제도가 폐지되고 ｢후보자명부제출 정당｣에 대한 우위적 선거운동의 허용은 헌법 14조에 대한 위헌논란이 지속적으로 제기되고 있는 상황이다. 선거과정에서 정당과 확인단체의 차이는 크게 두 가지 차원에서 차별된다. 우선 선거운동 차원에서 정당은 정견방송과 신문광고를 할 수 있다. 그리고 비례대표선거와 관련하여 정당은 소선거구와 비례대표선거에서 중복입후보가 가능하다는 장점이 있으나 무소속 후보자는 불가능하다.