전체를 대상으로 할지 또는 우선지원이 필요한 부분만을 대상으로 할지에 관계없이 무상급식 지원대상을 확대하려면 국가 및 지자체의 추가적인 재정 부담이 뒤따르기 마련이다. 이 때문에 국가 및 지자체의 학교급식 경비지원에 관한 논쟁이 전개되었다. 2009년 7월 경기도의회는 도교육청(교육감 김상곤)의 교육감 공약사항인 초등학교 무상급식 예산을 전액 삭감하고 그 예산과 일부 예비비를 저소득층 중식 지원비와 초등보육 운영비로 책정하였다. 경남도교육청(교육감 권정호)은 2008년부터 무상급식 지원대상을 점차 확대하였다. 2010년부터 병설유치원과 초･중학교의 학생 약 38만 명 전원에게 무상급식을 실시하기로 하고 경남도와 시･군에 예산지원을 요청하였다. 이에 대해 국회 교육과학기술위원회는 2009년 국정감사에서 예산의 효율에 관해 문제를 제기하였다.