지방자치단체장이 타(他) 기관이자 독립기관인 지방의회 소속의 사무직원에 대하여 직접적인 임명권을 행사하도록 규정한 「지방자치법」 제91조는 기관의 자율성 및 독립성의 측면에서 보거나, 감사기관 대 피감기관의 관계로 보거나, 업무의 효율성의 견지에서 볼 때 그 타당성과 합목적성이 결여되었으며, 무엇보다도 헌법상 국가기관 간의 기능분할과 권력분립의 원칙 및 견제와 균형이라는 헌법의 기본정신과 취지에서 볼 때, 이 조항은 충분히 위헌성 내지 헌법 불합치의 요소를 내포하고 있기 때문이다.
현행 「지방자치법」 제92조제2항이 헌법이 정하고 있는 권력분립의 원칙에 위배된다는 지적은 현재 전국시·도의회의장협의회에서 제기한 헌법소원의 소송대리인의 소장과 정부의견에 대한 '이유서'에서도 잘 나타나고 있다.
이 헌법소원의 소송대리인(한기찬 변호사)은 최근에 전국시·도의회의장협의회와 경기도의회가 제기한 헌법소원에 대해 안전행정부가 헌법재판소에 제출한 '각하 요구의견서'에 대하여 반박 이유서를 제출한바 있다. 그는 반박이유서에서 헌법이 국가권력을 입법권·사법권·행정권으로 분할하고, 이들 권력을 각각 분리 독립된 별개의 국가기관들에 분산시킴으로써 국가권력이 집중되지 않도록 함은 물론 권력상호간에 권력적 균형관계를 유지하면서 상호 견제케 하는 통치구조의 구성 원리는 지방자치차원에서도 요구되고 적용되어야 한다는 것에는 아무도 이견이 없다고 전제하고, 지방자치차원에서의 입법부라고 할 수 있는 지방의회의 소속공무원에 대해 그 임명권을 지방의회의 견제를 받아야 할 지방자치단체의 장이 갖도록 하고 있는 현행 「지방자치법」 제91조제2항은 헌법상의 권력분립원칙에 정면으로 위배된다고 주장하고 있다.