2015년 10월에는 우리은행 민영화의 성공을 위해 보다 과감한 투자자 유인 및 기업가치 제고가 필요하다는 요구를 반영해 우리은행측 건의(안) 검토, 공적자금관리위원회 논의 등을 거쳐 우리은행의 경영자율성을 최대한 보장하는 방향으로 MOU 관리체계 전반에 대한 제도개선안을 마련하였다. 먼저 수익성 지표를 결과 중심의 관리로 전환하고자 경영정상화이행약정(MOU) 완화요건에 해당하는 경우 관리지표에서 판매관리비용률과 1인당조정영업이익을 삭제하고 자기자본순이익률을 추가했다. 또한, 중장기 성과중심의 의사결정을 유도하기 위해 목표부여 시 일회성･비경상적 요인을 제외하고 목표이행수준 평가 시 개선도 양호지표에 대해 가점제를 도입하였으며 지표별 과락제를 폐지하였다. 또한, 공적자금 투입 금융회사가 배당 등을 통해 신속하게 공적자금을 상환할 유인을 제공하기 위해 MOU 완화요건에 기존의 예금보험공사 보유 지분율 기준(50%미만) 외에 누적회수율 기준(50%초과)을 추가하였으며, MOU 해지요건은 우리은행 민영화 방안과 연계하여 예금보험공사가 실질적인 경영권을 행사하지 아니할 경우 해지가 가능하도록 구체화하였다. 동 제도개선의 후속조치로서 2015.11월~2016.4월 공적자금관리특별법 시행령 및 예금보험공사 내규인 MOU 관리규정･시행세칙 등 관련 법규 개정을 완료하였다. 이를 통해 우리은행의 경영자율성을 확대하고 기업가치 제고 가속화를 통한 민영화 가능성을 제고하였다.
예금보험공사는 MOU 체결 이후 환경변화 등을 반영하여 지속적으로 MOU관리제도를 개선하고 있으며, 해당 금융회사 및 외부전문가 등의 의견을 적극적으로 수렴하여 MOU관리에 대한 해당 금융회사의 수용도를 높이고 있다.