한편, 연금소득은 원칙적으로 종합소득 과세표준에 합산하여 과세한다. 즉, 연금소득을 지급하는 자가 연금소득을 지급하는 경우 연금소득에 대한 소득세를 원천징수하고 종합소득 과세표준 확정신고에서 정산하는 방식이다. 따라서 원천징수의무자가 연금소득에 대하여 원천징수하는 것은 완납적 원천징수가 아닌 예납적 원천징수에 불과하다. 다만, 소득세법 제73조 제1항 제3호에 따르면, 공적연금소득만 있고, 다른 종합소득이 없는 경우에는 연말정산으로 과세가 종결된 것이나 마찬가지이므로 과세표준 확정신고를 하지 않아도 된다.
그러나 사적연금소득 금액이 일정금액 미만인 경우 종합과세가 아닌 분리과세를 선택할 수 있는 선택적 분리과세를 적용한다. 즉, 사적연금소득의 합계액이 연간 1,200만원 이하인 경우 그 연금소득은 납세자의 선택에 따라 거주자의 종합소득 과세표준에 합산하지 않고 분리과세를 적용한다.
(2) 연금외 수령
연금계좌 가입자가 납입한 연금보험료로서 소득공제를 받은 금액과 연금계좌의 운용실적에 따라 증가된 금액을 연금외 수령한 경우는 기타소득으로 과세한다. 즉, 사망 등 부득이한 사유로 연금외 수령하는 경우는 15% 원천징수하고 무조건 분리과세되지만, 일반적으로 연금외 수령하는 소득에 대해서는 20% 원천징수하고, 종합과세한다.
퇴직소득이란 법인 또는 개인사업자를 위하여 근로를 제공한 임원이나 사용인이 퇴직할 때 지급받는 소득과 공적연금 관련법에 따라 받는 일시금을 의미한다. 퇴직소득은 근속기간에 걸쳐 받을 보수를 퇴직 시 일시에 받는 것이기 때문에 종합소득에 합산할 경우 높은 세율이 적용되므로 종합소득과 분류하여 과세한다.