사실 다목적댐의 효과가 발전과 생·공용수 공급만 있는 것이 아니고 홍수조절, 농업용수 공급, 환경개선용수 공급 등이 있는데 발전과 생·공용수 사용자가 이를 전부 부담하는 것은 매우 불합리하다. 특히 “평화의 댐”이나 “한탄강 홍수조절댐”의 경우에도 「댐 법」의 적용을 받아 댐 주변지역 지원사업비가 지출되고 있다. 문제는 홍수조절댐의 경우 용수나 발전 판매수입금이 전혀 없음에도 불구하고 지원사업비를 지출해야하기 때문에 다목적댐의 용수 및 발전 수입금을 공유하게 된다는 점에서 기존 다목적댐의 지원사업비 할당액을 감소시켜 기존 댐 주변 지역의 반발을 초래한다.
예를 들어, 한강수계에는 발전용댐 7개, 다목적댐 3개, 그리고 홍수조절댐 3개등 서로 다른 목적을 위해 건설된 13개의 댐(북한 제외)들이 위치해 있는데 댐의 형태에 따라 댐주변지역에 출연하는 지원사업비의 규모가 달라 지역간 불균형을 초래하고, 사업자간 비용부담에 따른 갈등이 불가피하다. 발전용 다목적댐 3개의 출연금에 댐지원사업비의 대부분을 의지하고 있다. 결국, 발전용댐 주변지역의 주민들은 지원사업비가 상대적으로 적기 때문에 불만족스럽고 다목적댐 주변지역 주민들은 홍수조절댐 주변지역과 다목적댐 출연금을 나누어 쓴다는 점에서 불만족스러우며 다목적댐의 생·공용수 사용자들은 다른 부문에 해당하는 출연금까지 부담하는 등 과도한 부담을 지게 된다.