다목적댐이 처음 건설된 70년대 초반 이후 97년대 말까지 다목적댐 건설을 위한 투자재원은 전적으로 국가재정에 의존하여 이루어졌다. 즉, 국가에서 대규모 물 저장 및 공급시설을 갖춤으로써 물 인프라(Infrastructure)를 구축하였는데 이러한 추세는 1998년 이후 타 부문의 정부재정 소요가 많아지면서 물 분야의 정부 재원부담 비중은 낮아지고 대신 한국수자원공사가 다목적댐 보상비의 50%를 부담하는 형태로 전환되었다. 그런데 1970-80년대의 다목적댐 건설비는 대부분 공사비였고 보상비의 비중은 미미하였으나 한국수자원공사가 다목적댐의 보상비를 50% 부담하는 1998년 이후에는 총 건설비중 보상비의 비율이 70～80%까지 높아져 한국수자원공사의 부담이 크게 증가하게 되었다. 다목적댐의 수입은 댐 원수(생·공용수) 판매와 발전판매로 이루어지는데 발전판매부문은 시장에서 입찰방식으로 변경되어 투자된 비용을 반영하기 보다는 시장상황에 따라 가격이 결정되고 있어 결과적으로 댐 원수 가격에 이를 반영하여야 하는데 2005년 이후 가격이 동결되면서 댐 원수 매출은 정체되어 있어 다목적댐 보상비 재원 마련이 어려운 실정이다. 현재 다목적댐을 대상으로 한 댐 원수의 현행요금은 47.93원이며 생산원가는 62.09원으로 현실화율은 77.2%이나 재구축비를 반영한 현실화율은 7.8%에 불과해 대폭적인 요금현실화가 필요하다. 이는 현행 요금산정체계가 시설의 재구축비를 확보하지 못하고 발생 원가를 사후에 회복하는 체계이며 이마저도 현실화가 이루어지지 않고 인상요인이 누적된 결과에 기인한다. 즉, 현재의 원가회수방식은 과거 20-30년 전의 투자비를 회수하는 방식으로 원가 산정구조를 시설 재 구축비 확보방식으로 전환하여야 한다(김길복, 2010). 현재의 원가산정방식은 과거의 비용을 기준으로 산정되며 제한적으로 재평가된 가치 역시 과거의 가치를 기준으로 설정되어 있어 자산의 실질가치를 반영하지 못해 신규 시설의 건설을 어렵게 한다(권형준, 2010).