자문위원들의 정치적 중림성이 영향을 미칠 수 있는 사안은 대부분 징계심사와 관련된다. 하지만 현실의 의사결정과정에서 자문위원들의 추천정당과의 관계가 어떤 영향을 미치느냐는 일률적으로 단언하기 어렵다. 귀책사유가 명확하여 재론의 여지가 없는 경우에는 대체로 징계심사과정은 순탄하고 논의는 징계 양형을 결정하는데 초점이 맞춰지기 마련이다. 그러나 징계요구 자체가 정치나 정쟁의 성격을 내포하고 있는 경우, 자문위 논의과정은 갈등을 피하기 어렵다. 갈등의 양상은 먼저 사실관계의 확인 필요성이나 사실관계 자체의 모호함을 두고 논쟁이 벌어지거나 사실관계가 명확해질 때까지 징계논의를 미뤄야 한다는 식의 장기전에 돌입하기도 한다. 사실관계가 명확한 경우에는 국회의원으로서의 정치적 의사표현이냐 혹은 모욕에 해당하는가를 두고 논란이 벌어지기도 하고, 때로는 헌법이나 법률의 해석까지도 논쟁의 대상이 되기도 한다. 징계요구의 원인이 된 사건이 아직 기소에 이르지 않았거나 재판에 계류 중인 경우에는 대상 사건의 법적 판단이 이루어진 후에 징계 여부를 논의해야 한다는 의견도 빈번하다. 이렇게 징계여부를 놓고 치열한 논쟁을 벌이게 되면, 사실상 여러 차례의 회의에도 불구하고 합의에 도달하지 못하는 경우가 많다. 가까스로 징계여부에 합의되더라도 다음 단계인 징계 종류나 수준에 대한 합의를 이루지 못하는 경우도 다반사다.