셋째, 교육지원청에 추가적인 여유기구(과·담당관·센터) 설치·운영의 재량권을 부여하여 조직 개편 과정에서 지역 특성을 반영할 수 있도록 지원할 필요가 있다. 이를 위해 「지방교육행정기관 행정기구·정원규정」을 개정하여 일정한 범위 내에서 여유기구 설치·운영이 가능하도록 규정하는 방안을 제시하였다. 그리고 4가지 조직 개편 모형 가운데 문제가 많다고 지적된 ‘권역별 거점형 교육지원청 모형’은 선택적 도입이 아닌 전국적 동시 도입을 통해 문제를 해결할 필요가 있다고 제안하였다.
넷째, 현행 교육전문직 제도를 유지하면서 전문인력을 확보할 수 있는 방안은 2013년부터 시행예정인 시·도교육청 총액인건비제와 현재 도입·시행 중인 시·도교육청 조직진단을 체계적으로 연계시켜 효과적인 인력구조로 개편하는 것이다. 장기적으로는 초·중등 구분이 필요한 조직은 남겨두되 교육전문직 임용 과정에서 유·초등과 중등의 구분을 없애고 통합된 교육전문직으로 선발·임용하는 방안 등을 추진할 필요가 있다.
다섯째, 교육지원청 개편 과정에서 교육현장의 자율성 및 자발성을 최대한 존중하는 방향으로 선회할 필요가 있다. 정부는 진행중이던 시범운영을 중단하고 전면 확대 실시를 결정·추진한 상황이라는 점을 감안하여, 교육현장의 요구수렴과 홍보, 연수를 보다 충실히 수행하여야 할 것이다.