한편, 올림픽 연기에 따른 추가 비용을 누가 부담할 것인가가 향후 주요 쟁점이 된다. 도쿄도(東京都)가 지난 2월 발표한 바에 따르면, 올림픽·패럴림픽 개최 비용 총액은 1조 3,500억 엔이며, 이중 조직위원회가 6,030억 엔, 도쿄도가 5,970억 엔, 일본 정부가 1,500억 엔을 부담할 예정이었다.
연기에 따른 추가비용에 대해 도쿄올림픽 조직위원회는 국제올림픽조직위원회(IOC)도 책임을 져야한다는 입장인데, 올림픽 헌장 및 개최도시 계약 등에서 비용 지불의 의무는 올림픽 조직위원회와 개최도시인 도쿄도, 재정 보증을 표명한 일본 정부가 부담하도록 하고 있다. 따라서 국제올림픽위원회(IOC)는 올림픽 조직위원회에 지불하도록 예정된 기존 부담금 850억 엔 이외 재정상의 의무는 없다. 국제올림픽위원회(IOC)와 올림픽 개최도시와의 계약이 국제올림픽위원회(IOC)에 유리하게 규정되어 있는 만큼 비용부담과 관련하여 쉽지 않은 협상이 될 것으로 예상되고 있다.