중앙분쟁조정위원회의 협의조정 절차는 「지방자치법」 제150조, 「지방자치법 시행령」 제85조, 제86조에 의거하여 진행된다. 당사자의 쌍방 또는 일방의 서면신청이나 위원회의 직권상정을 통하여 소위원회가 검토하고 이를 바탕으로 위원회가 심의조정을 한다. 그리고 그 결정사항을 당사자에게 통보하면, 당사자는 결정사항을 이행할 의무를 지며 불이행시에는 이행명령과 대집행이 가능하다.
중앙분쟁조정위원회의 회의는 위원장을 포함한 위원 7명 이상의 출석으로 개의하고, 출석위원 3분의 2 이상의 찬성으로 의결한다. 동 위원회는 분쟁 당사자에게 의견 진술권을 보장하고 관계 공무원, 지방자치단체조합의 직원 또는 관계 전문가에게 출석을 요구할 수 있으며, 관계 기관이나 단체에 대하여 자료와 의견 제출을 요구할 수 있다.
의사결정 측면에서 볼 때 중앙분쟁조정위원회 역시 권위와 다수결에 의존하는 전통적인 화해·중재(conciliation  and  arbitration) 절차를 차용하지만, 위원회가 직권상정권을 가지고 심의·조정 결정사항에 대하여 이행명령과 대집행 및 대법원 제소권을 가짐으로써 행정협의조정위원회보다 더 강력한 권한을 갖는 것이 특징이다.