(3) 복수노조 자율교섭 보장
재개정안은 복수노조 교섭창구단일화제도를 규정하고 있는 현행 「노노법」제29조제2항, 제29조의2 내지 제29조의5를 삭제함으로써 교섭창구단일화제도를 폐지하고 자율교섭을 보장하고 있다.
노동계는 교섭창구단일화를 법률로 강제하는 것은 소수노조의 단체교섭권과 단체행동권을 제약함으로써 노조로서의 기능을 봉쇄하는 것으로, 복수노조 허용의 취지와 정면으로 충돌하기 때문에 반드시 개정되어야 한다고 주장한다.
경영계는 교섭창구단일화는 복수노조 시행으로 인한 혼란의 최소화와 교섭비용 증가 완화를 위한 필수적인 전제요건으로 단체교섭상의 혼란, 교섭비용 증가 예방, 노조의 난립으로 인한 노사관계의 불안정 방지를 위한 합리적인 제도라고 주장한다. 또한 복수노조 교섭창구단일화제도는 13년간 유예되다가 많은 우여곡절을 거쳐 국회에서 충분한 협의를 거쳐 개정된 것으로, 제대로 시행하여 보지도 않고 재개정하는 것은 무책임한 것이며 산업현장에 혼란만을 가중시키는 행위라고 강하게 비판하고 있다.
이에 대해 복수노조 하에서 자율교섭제도를 채택할 것인지, 교섭창구단일화제도를 채택할 것인지는 입법재량의 범위에 속하는 것으로 보고, 현 단계에서는 교섭창구단일화제도를 유지하면서 이를 시정·보완하는 방식에 의해 대처하는 것이 적절하다는 견해가 있다.