3. 조직개편의 문제점
역대정부의 조직개편의 문제점은 크게 네가지로 대별된다. 첫째, 정부부처의 기능 및 업무의 정확한 현황분석이 부족한 조직개편이 대부분이었다. 즉, 대통령직인수위원회에서 대통령 당선인의 공약을 중심으로 조직개편안이 마련되어 결과중심의 조직개편이 되다보니 조직개편의 정당성(필요성, 시급성, 현실성, 장기적 중요성) 및 기준이 모호하고 정부의 핵심기능에 대해 혼란을 초래하였다.
이는 부처 신설 및 통폐합이 정부혁신이라는 착시현상을 가져왔다.
둘째, 조직개편의 과정이 부처입장을 대변하는 장으로 변질되었다. 현 정부에서도 이러한 현상은 반복적으로 진행되어 왔으며, 거의 대부분 정권말기에는 정부부처가 조직개편에 대응하기 위한 자료를 준비하는데 치중하고 있다.
셋째, 조직개편에 대한 사회적 공감대를 폭넓게 가져오지 못하고, 대통령직인수위원회의 소수 인수위원에 의해 정부조직이 개편되는 경향이었다. 따라서, 정부조직의 문제가 설계상의 문제인지 운영상의 문제인지에 대한 인식이 결여되는 결과를 초래하였다. 이로 인하여 정부부처의 인위적인 통폐합으로 인해 신설조직의 조직문화 및 조직구성원간의 융화에 적지 않은 시간이 소요 되었다.
넷째, 정부조직의 큰 틀만 유지한 채, 조직내 기능 및 부서의 세부적인 내용에 대한 평가는 부재한 경우가 많아 개편안을 발표하고, 추후에 관련 직제 및 산하기구를 정비하면서 지속적으로 조직을 개편해야 하는 상황이 발생하기도 하였다. 이와 관련된 사례로는 현 정부의 청와대 조직을 들 수 있다. 대통령실장을 중심으로 수석보좌관의 감축, 정책실장 폐지, 경호실장의 위상 격하 등으로 개편을 단행하였으나, 정책실장 및 기존 수석을 다시 신설하여 이전 참여정부와 크게 달라진 점이 없게 되었다.