근로시간면제제도는 이러한 입법목적에도 불구하고 입법 당시부터 위법·위헌성 논란에 휩싸였고, 제도의 적용과정에서도 갈등과 분쟁이 계속되었다. 근로시간면제제도의 도입과 시행에 있어서, 노동계와 야당에서는 제도 자체가 가지는 위헌성과 제도의 시행과정에서 발생하는 폐해를 들어 폐지를 주장하였고, 이에 따라 제18대, 제19대 국회에서 근로시간면제제도 관련 폐지 법률안이 발의된 바 있다. 반면 경영계와 정부는 근로시간면제제도가 사업장에서 정상적으로 안착하고 있다고 평가하고 있다. 따라서 근로시간면제제도가 입법취지를 달성할 수 있도록 체계적으로 설계되어 있는지, 그리고 근로시간면제제도의 도입과 시행이 노조전임자에 대한 급여 지급 관행을 해소하고 건전한 노사관계 발전에 기여했는지 그 입법영향을 분석할 필요가 있다.