형사재판관할권 문제와 관련하여 재판권의 행사에 있어 포기요청의 전제가 모호하게 규정됨으로 인해 주관적·정치적으로 운용될 수 있다는 점, 공무집행중의 미군범죄에 대한 1차적 재판권이 미군에 있지만 '공무'의 개념을 명시하고 있지 않다는 점, 협정적용대상자 체포사실 통고･통지에 있어 한국에 불리하게 규정되어 있다는 점, 형사재판에 있어 미군 피의자에 대한 한국법원의 판결에 관해 미군피의자는 상소권이 있으나 한국검찰은 무죄판결에 대한 항소권이 없다는 점, 미군 피의자의 구금에 있어 현행범이라도 미군 구역 내에서 범죄를 저지른 경우에 미군의 동의를 얻어야 체포할 수 있다는 점, 조사 및 재판절차에 있어 미군관계관의 입회 하에 작성된 조서만이 유죄의 증거가 된다는 점 등이 주요한 쟁점으로 지적되고 있다.
이 밖에 주둔군 지위협정 개정시 고려되어야 할 사항으로 민사청구권 문제를 지적할 수 있다. 미군을 상대로 민사 청구권을 행사하기 어려워 포기하는 경우가 많기 때문이다. 또한 제3자 민간인에 대한 손해가 발생한 경우 최종적으로 미국정부에만 책임이 있는 경우에도 손해배상금 25%를 한국정부가 부담하도록 되어 있는 부분은 불합리하다는 지적이다.