그리고 유통단계에서 이력추적을 위한 관리비용이 추가로 발생하게 되는데 이 비용을 누가 부담해야 할지도 앞으로 풀어야 할 과제이다. 만일 추가비용이 쇠고기 가격에 그대로 전가될 경우 가뜩이나 수입쇠고기와의 가격경쟁에 있어 고전하는 국내산쇠고기에는 또 하나의 부담이 될 수 있을 것이다. 또 소비자들의 반발도 예상되므로 추가비용을 합리적으로 처리할 수 있는 방안 모색이 필요하다.
쇠고기이력추적제와 관련하여 또 하나 신중히 고려해야 할 것은 수입쇠고기 문제이다. 앞에서도 언급하였듯이 이번에 실시되는 쇠고기이력추적제는 국내산 쇠고기만을 대상으로 하고, 수입쇠고기에 대해서는 적용되지 않는다. 따라서 국내 쇠고기 시장에서 큰 비중을 차지하고 있는 수입쇠고기에 대한 이력추적 문제는 어떻게 처리할 것인지에 대해서도 진지한 검토가 필요하다.