지원 사업기간은 2012년부터 2016년까지 초기 2년간 1단계 사업으로 산학협력 선도모델 기반 조성 및 내실화를 다지는 사업을 추진한 이후 2단계 사업으로 3년간 산학협력 선도모델 성과를 창출하고 확산하는 단계적 목표를 설정하였다.
2012년에 51개 선도대학을 선정, 총 1,700억 원의 예산이 지원되었으며, 30개 선도전문대학에 120억 원의 예산이 지원되었다. 2013년에는 선도대학사업의 예산이 2,169억 원으로 크게 증가하였고 선도전문대학 사업도 150억 원으로 확대되었다. 2013년에는 기존 51개 대학 중 10개교를 선정하여 특성화고 졸업자 등이 취업 후에도 계속 공부할 수 있도록 학과를 개설하고 교육과정을 개선하는 후진학 선도대학사업을 시작하였다. 5개 광역권별 2개교를 선정하여 교당 2억 원 내외를 지원하며, 선정대학들은 재직자 특별전형 운영, 주말반·야간반 확대, 산업체 현장경력의 학점 인정, 산학협력 학·석사 통합과정(5년제) 등의 학사과정을 운영하게 된다.
2014년 현재 1단계사업(2012년~2013년)이 종료되고 3년간(2014~2016) 2단계 사업이 시작되었다. 2014년 5월에는 지난 1단계 사업에 참여한 51개 4년제 대학과 29개 전문대학에 대한 단계 평가를 실시하여 10개 대학과 6개 전문대학이 제외되었다. 또한 15개 대학과 6개 전문대학 등 총 21개교가 새롭게 진입하여 2단계 사업단은 4년제 56개교, 전문대 30교로 총 86개교가 선정되었다. 2014년 총 지원예산은 대학은 2,388억 원으로 대학 당 평균 42억 원, 전문대는 195억 원으로 평균 6.2억 원이 지원된다.