지역 내 전문선주사에 대한 대대적인 투자가 어려울 경우는 우선 소액으로 조직을 만들고 점차 선박사업의 수익을 기반으로 사업을 확대해 나가는 방안도 가능하다. 소액의 투자로 전문선주사를 창업한 후 국내 선박투자회사의 형태로 선박의 프로젝트마다 자금을 공모하고 지자체와 운영사, 지역 주민 등이 참여하여 투자수익을 나누는 방안이다. 이러한 공모는 우선 준공영제 여객선에 투자되기 때문에 안정적인 수익이 보장되므로 투자자 모집이 어렵지 않을 것으로 예상된다. 또한, 독점에 대한 규제에서도 자유로울 수 있다. 지방정부는 전문선주업체를 설립한 다음 국내 선박투자회사의 사업절차에 따라 사업을 진행하면 된다. 
그 절차는 ① 대상 선박의 사업계획을 운영자, 금융기관 등과 협의하여 선박의 사양, 운항노선 등을 결정하고 ② 공고를 통하여 투자자를 모집하며 경우에 따라 운영자, 지자체 등도 함께 투자하여 선박 대금의 약 30%를 모집한 후 SPC를 설립한다. ③ SPC는 국내 은행으로부터 선박대금의 약 70%를 대출하여 선박을 지역 내 조선소에 발주하고 건조하여 이를 운영사 앞으로 용선하고 선박을 운항하는 한편 ④ 운영사는 SPC에 약속된 용선료를 납입하고 이를 은행 원리금 상환, 투자자 이익분배 등에 사용한다. 이때 운영사가 영업적자로 용선료 납입이 어려우면 중앙 및 지방정부는 준공영제 보조금을 지급하여 투자자와 금융기관은 안정적인 수익금과 원리금 상황을 가져갈 수 있도록 한다. 개략적인 구조는 다음의 〈그림 22〉와 같다.
이러한 투자구조는 국내 선박투자회사법에 의하여 설립된 운용사들이 시행할 수 있는 사업구조이다. 그리고 연안여객선 준공영제가 시행되면 선박투자회사 운용사들도 이 사업에 참여할 수도 있다. 
그럼에도 불구하고 지역 내 전문선주사를 설립하고 유사한 사업을 실행해야 하는 이유는 이 회사가 지역의 선박사업 활성화의 모태가 될 수 있기 때문이다. 우선 지역 내 연안여객선 사업에 대한 참여를 우선 독려하고 이러한 수익사업을 통하여 자본을 확충한 후 중장기적으로 전문선주사로 양성함으로써, 선박투자에 대한 기법 발전, 국내 해운사에 대한 안정적, 경쟁력 있는 선박의 제공, 지역 내 중소조선사들에 대한 일감 제공 등 여러 가지 역할을 할 수 있다. 처음 시작은 연안여객선이 될 것이나 일정 수준 경험을 쌓고 자본이 확충된 후에는 화물선 시장으로 진출하며 지역 중형 조선소 발전을 위한 동반성장 모형을 만들 수 있다. 이러한 점이 지역 전문선주사 양성의 목적이다.