그러나 법률상 등록 제외 대상 시설 중 학원으로도 등록하지 않는 시설, 등록 대상이나 등록 요건을 충족시키지 못하거나 등록을 기피하는 시설 등에 대한 후속 조치가 명확하지 않다. 「대안교육기관법」이 정한 시정명령(제20조)과 과태료(제24조)에는 이러한 경우가 규정되어 있지 아니하고, 「학원법」 제22조(벌칙) 제1항 제1호가 정한 “제6조에 따른 등록을 하지 아니하고 학원을 설립·운영한 자”에 해당하는 것으로 보고 벌칙을 부과하는 것도 쉽지 않다.
이로 인해 해당 미등록 시설 이용 아동에 대한 현황 파악 및 안전 보장 등이 제대로 이루어지지 않는 문제가 남아 있다. 일부 지자체에서도 미인가 대안교육시설 이용 학생의 건강한 환경에서의 학습권 보장이 필요하다는 의견을 제시하였다. 코로나19 집단감염이 발생했던 종교단체 운영 미등록 교육시설의 경우에는 법률상 등록 제외 대상에 포함되어 있지는 않으나, 일반 지자체에 종교단체로 등록한 상태로 운영될 수 있으므로, 이러한 미등록 교육시설에 대해서도 아동의 안전과 교육에 대해 교육청이 역할을 할 수 있도록 추가적인 대책을 마련할 필요가 있다.