보험료를 부담함에 있어 임금근로자의 경우에는 보수총액에 대하여 2.8%(일반근로자), 3.4%(공무원ㆍ교직원)의 보험료를 적용하였으나, 2001. 1월부터 3.4%로 일원화하여 근로자와 사용자(정부)가 각각 50%씩 부담하며 왔으며 이후 2002년과 2003년에 각각 3.63%, 3.94%로 인상되었다. 2004년 1월부터는 4.21%로 인상하여 적용하고 있다. 자영자 등 지역주민의 경우에는 보험료 부담을 경감시켜 주기 위하여 보험료의 일부와 보험자 운영에 소요되는 관리운영비를 국고에서 부담하고 있다.<br>소득자료 보유율이 100% 파악되는 직장가입자의 경우에는 보수를 기준으로 부과하여 왔는데 보험료 산정등급은 총 100등급이며, 상한선은 표준보수월액 4,980만원 이상으로 설정되어 있다. 직장가입자의 보험료 부과체계는 다음과 같다.<br>건강보험 통합이전 직장의료보험은 법정준비금의 적립률이 일정수준 이상으로 재정이 안정된 조합에 대하여 지속적으로 보험료율을 인하 조정하여 피보험자의 부담을 경감시킨 바, 평균보험료율도 1986년도의 3.57%를 기준으로 하여 1995년도에는 3.03%로 크게 낮아졌으나 조합재정이 어려워짐에 따라 보험료율이 다시 증가하기 시작하여 1997년도에는 평균보험료가 3.13%로 인상되었고, 1998년 3.27%, 1999년 3.75%로 점차 증가되는 추세에 있었다.<br>통합이후, 2000. 7월부터는 직장가입자 2.8%, 공무원ㆍ교직원은 3.4% 부과하였으며 2001.1월부터는 직장 및 공ㆍ교가입자 모두 보험료율을 3.4%로 일원화하여 부과하였다. 이후, 2002.3.부터 3.63%로 2003.1부터 3.94%로 2004.1부터 4.21%로 각각 조정되어 왔으며 앞으로도 적정수준의 보험급여를 위해 단계적으로 늘어나는 추세에 있다.