지방교부세 인센티브 제도의 향후 개선방안을 제시하면, 보통교부세 산식 내 자체노력 반영항목을 간소화하고, 자체노력 중에서 인센티브 부분만 분리·독립하여 보통교부세와 별도로 인센티브를 지급하도록 제도를 변경하여 지방자치단체의 노력에 대한 보상의 정도를 명확하게 하는 것이 필요하다. 또한, 인센티브와 패널티의 세부내역을 공개해야 할 것이다. 특별교부세 인센티브의 규모 및 교부내역을 공개하여 인센티브 제도의 투명성을 확보하며, 감액재원 인센티브의 법률적 근거를 마련하고 감액재원 인센티브의 배분 기준을 명확하게 제시하는 것이 필요하다. 중복되는 인센티브 교부 기준을 조정하거나 통폐합하는 방안도 고려해야 할 것이다. 이 외에, 지방교부세 인센티브 제도를 전면적으로 개편하는 장기적인 개선방안을 제시할 수 있는데, 현재 운영 중인 지방교부세 인센티브 제도를 모두 종합하여 별도의 인센티브 제도인 (가칭)성과교부세 제도를 신설하는 방안을 제안할 수 있다. 성과교부세란, 지방교부세를 교부한 후에 지방재정을 효율적으로 운영한 지방자치단체 또는 우수한 지방자치단체에 별도의 인센티브를 지급하는 방식이다. 또한, 보통교부세 자체노력 산식 내 패널티 부분을 독립시켜서 현행 지방교부세 감액과 통합하여, 별도의 (가칭)감액 지방교부세 제도를 신설하는 방안도 고려할 수 있다.
지방교부세 제도는 지방자치단체 간의 재정격차 완화와 재원보장의 본질적 기능을 수행하면서 지방재정의 책임성과 효율성 확보에 기여할 수 있는 제도로 운영되어야 할 것이다. 지방자치단체가 책임성을 갖고 재정을 효율적으로 운용할 수 있도록 지방교부세 인센티브 제도를 투명하고 체계적으로 개선하는 것이 필요할 것이다.