하지만 실질적인 기금운용은 국민연금공단의 기금운용본부에 위탁되어 본부 내에 운용조직들이 수행한다. 〈그림 3-3〉에서 볼 수 있듯이 기금운용본부는 운용전략, 위험관리 및 자산군별 운용조직으로 대분된다. 해외 투자를 위한 해외사무소 및 운용전반에 대한 지원을 위한 운용지원실 또한 설치되어 있다. 한편 기금운용 관련 사항들을 심의하기 위하여 리스크관리위원회, 투자위원회, 대체투자위원회 및 투자관리위원회를 설치하고 있다. 이 중 리스크관리위원회는 공단 이사장이 위원장인 공단 차원의 위원회이고 투자관리위원회는 운용자산의 사후관리를 위한 사항들을 심의하기 위한 위원회이다.