(2) 자치위원회의 구성과 운영
학교폭력 피해학생을 보호하고 가해학생을 교육·선도하기 위한 조치를 심의하는 자치위원회의 구성과 운영에 문제가 있다. 자치위원회의 과반수를 차지하는 대부분의 학부모위원은 학교폭력 사안을 심의하기 위한 지식과 경험이 부족하다. 또한, 학부모위원의 자제가 가해학생 및 피해학생과 같은 학교에 재학하고, 학교폭력 가해 학생의 학부모와 지역에서 일정 기간 거주하여 형성된 관계 등으로 공정하고 객관적인 심의가 어렵다는 의견이 있다.
자치위원회 별로 유사한 학교폭력 사안에 대하여 심의 결과가 상이하여 심의의 공정성에 대한 문제가 제기되고 있으며, 자치위원회의 심의 결과에 대하여 이의를 제기하는 재심 청구 사례도 증가하고 있다.