기본계획의 내용은 개별 프로그램과 사업을 통해 실제적으로 추진되어야 과학기술기본계획의 전략목표가 달성될 수 있다. 이를 위해서는 과학기술기본계획이 연구개발 투자방향에 반영되어 5개년 기본계획과 연도별 투자계획이 정합적이어야 한다. 그런데 현재 기본계획과 매년마다 수립되는 투자방향 간에 포괄적인 연계성은 존재하나, 체계적인 연계성은 찾아보기 힘들다. 2015년을 중심으로 살펴보면, 과학기술기본계획 2015년 시행계획과 2015년 연구개발 투자방향의 경우 포괄적인 측면에서 상호 연계되어 있다고 판단할 수는 있지만, 구체적으로 기본계획의 19개 분야와 연구개발 투자방향의 중점투자분야가 어떻게 연계되어 있으며, 어떤 전략적 틀 내에서 연관성 있게 수립되어 있는지 불분명하다.