공자학원 운영비용은 그동안 교육부 예산에서 지출되어 왔다. 그러나 일각에서는 당 중앙선전부(中国共产党中央委员会宣传部)가 교육부를 통해 지원한다는 주장도 제기되고 있다. 2009년 ‘국가한반’ 보고서에 따르면, 공자학원 1개소의 연간 운영비용은 대략 40만 달러(약 4억 7,556만원) 수준인 것으로 알려져 있다. 공자학원 운영비용은 일반적으로 중국과 상대국 협력기관이 반반씩 부담하고 있다.