공공부조제도는 자산조사에 근거하기 때문에 사회보험제도에 비하여 대상자 선정과 급여수준 결정과정이 복잡하다. 그 결과, 공공부조제도의 대상자 선정과 급여수준의 정확성 확보는 언제나 제도운영상의 중요한 과제가 되고 있다(박능후‧송미영, 2008).
의료급여는 의료급여법에 의한 수급권자의 질병‧부상‧출산 등에 대한 진찰‧검사, 약제‧치료재료의 지급, 처치‧수술과 그 밖의 치료, 예방‧재활, 입원, 간호 등의 급여비용을 정부가 전부 또는 일부를 의료급여기금에서 부담하되, 의료급여기금에서 일부를 부담하는 경우 그 나머지의 비용은 본인이 부담하도록 하고 있다. 이 때 의료급여기관은 의료급여기금에서 부담하는 급여비용의 지급을 시장‧군수‧구청장에게 청구할 수 있다.
한편, 저소득층의 자립 기반을 마련해 주기 위해 자활사업이 같이 제공되고 있다. 노동능력과 자활의지가 있는 18∼65세의 기초생활 수급자를 대상자로 선정해 근로사업과 함께 취업 및 창업 교육, 취업 알선 등의 사업을 시행하고 있다. 4인 가족 기준 월 120만 원 이상의 소득을 안정적으로 올리면 자활에 성공한 것으로 볼 수 있으나, 전문기술 습득보다 간병이나 청소 등 단기 일자리 제공에 치우치고 있기 때문에 성공률이 비교적 낮은 실정에 있다.