국회 교육위원회 공청회에서는 “미인가 대안교육시설 학생들은 급식비 지원을 비롯하여 공적인 지원과 혜택에서 전적으로 소외되었고, 기초생활수급대상 아동, 장애아동 등 지원이 절실한 아동에 대해서도 지원이 이루어지지 않아 이들에 대한 지원이 필요하다”는 의견이 제기되었다. 이에 대해 국회 교육위원회 심사를 거쳐 마련된 수정안에서는 대안교육기관에 대한 운영경비 및 급식비 지원 가능 조항이 삭제되었으며, 그 주된 이유로는 “학교운영의 자율성이 확대된 학교에 대한 재정지원 불가, 인가 대안학교와의 형평성 문제 고려” 등이 제기되었다.
다만, 앞에서 설명하였듯이 「대안교육기관법」 제3조에 따른 시책이나 제9조에 따른 지원에 등록 대안교육기관 교육지원·특성화 등의 지원사업을 포함하도록 하는 방안을 검토할 필요가 있다. 그리고 「대안교육기관법」 제정 이전의 미인가 대안교육시설에 대해서도 일부 예산을 지원하였으며, 지방교육재정교부금 지원대상이 아니며 학생으로부터 납부금을 받는 인가 대안학교에 대해 교당 평균 5억 8천 3백만 원(2019년 기준)의 예산을 지원하고 있다는 점을 고려할 필요가 있다.