하지만 대학설립준칙주의를 통해 대학의 수가 폭발적으로 증가하고 각 대학의 교육의 질에 관련된 문제가 제기되며 부실대학에 대한 제제가 필요하다는 사회적 인식이 증가하면서 2010년부터 학자금대출제한대학, 재정지원제한대학을 선정하여 대학의 자구 노력을 촉진시켰으며, 최근 2012년 9월 벽성대학의 폐쇄로 총 8개의 대학이 폐교되었다(교육과학기술부, 2012) 이와 같은 부실대학의 퇴출은 대학교육의 질을 제고함과 동시에 전체 입학정원을 줄이는 효과를 보인다. 즉, 간접적으로나마 정부차원에서 대학의 정원에 영향력을 행사할 수 있는 것이다. 이는 대학평가인정제가 기존의 안전장치로서의 역할이 아닌, 통제장치로서의 역할도 겸하기 시작했음을 알 수 있다.