2006년에는 ‘비정규직원(기간제, 시간제) 관련 합의서’를 통해 다음과 같은 처우 개선을 시행하였다. ◇ 비정규직의 임금은 정규직의 80% 수준이 되도록 하되, 시행시기는 2006.9.1부터 시행한다. ◇ 시간제근로자의 소정근로시간은 부서 요구 시 필요성이 인정될 경우 1일 8시간까지 조정할 수 있다.
이처럼 전남대병원 노사는 2001, 2002, 2006년에 비정규직의 차별처우 개선을 위한 합의를 했으며, 「비정규직법」 시행 이후에는 무기계약직으로 전환하고 임금의 80% 수준으로 맞추고 있다. 무기계약직은 상여금도 정규직의 80% 임금 기준으로 받고 있는 상황이다. 임금수준은 2006년 합의서 수준에 머물러 있음을 알 수 있다. 노동조합은 임금수준을 90%로 높이려고 요구하고 있으며, 2008년 1월부터는 복지카드를 적용할 계획이다. 하계휴가는 정규직은 5일인데 비해 무기계약직은 3일이며, 경조사비도 본인 결혼할 때에만 주고 있는 상황이다.