셋째, 기술개발 투자의 불가분성으로 말미암아 시장실패가 초래될 가능성이 높다. 특히 기술투자는 연구개발단계와 시장 확보단계에서 최소한 일정규모의 투자를 필요로 하는데, 이와 같은 투자규모가 시장참여를 어렵게 만들고 경쟁을 제한시킴에 따라 시장의 효율성을 저해하게 된다. 또한 투자를 여러 단계에 걸친 일련의 소규모 프로젝트로 나누어서 각각의 프로젝트별로 합당한 경로를 통해 자금을 조달하는 것이 바람직하다. 하지만 실제로 기술투자는 여러 단계의 프로젝트로 나누는 것이 불가능함에 따라 금융시장이 제대로 자금공급의 기능을 하는 것이 곤란해진다. 
이와 같은 이유 때문에 기술개발 및 혁신이 국민경제에 기여하는 외부경제효과에 비해 기술개발 및 혁신 투자가 사회적으로 과소투자 될 가능성이 높아진다. 시장실패의 영역이지만 기술금융의 공급 여부는 기술사업화 성패에 결정적 영향을 미치는 요인이라고 해도 과언이 아니기 때문에 정부의 적극적 개입이 필요하다. 그러나 장기적으로는 민간은행의 기술신용대출 확대 및 자본시장의 활용을 유인하여 민간자본의 역할을 제고함과 동시에 기술금융시장의 시장친화성을 제고하는 방향으로 나아가야 할 것이다.