(3) 캐나다측의 최혜국대우원칙 및 위생검역조치협정위반 주장
위와 같이 개정ㆍ보완된 「가축전염병예방법」과 관련하여 WTO 위반 여부에 관한 논란이 끊이지 않는 이유는, 동법이 원칙적으로 장래효(법률공포 이후로 장래에 대하여만 효력발생)를 가진다고 규정되어 있기 때문이다. 즉 동법의 시행일(2008년 9월 11일) 직전인 2008년 6월 26일에 체결된 「미국산 쇠고기 수입위생조건」에는 동법이 적용되지 않는 반면, 2007년 5월 25일 미국과 함께 OIE로부터 광우병 위험통제국 등급을 받은 캐나다와 체결하게 될 ‘쇠고기 수입위생조건’에 대해서는 엄격한 기준이 적용되게 한 것이다. 캐나다의 입장에서는 「가축전염병예방법」의 개정이라는 특정 시점을 기준으로, 캐나다와 미국이 체결하는 ‘쇠고기 수입위생조건’의 내용과 국내절차가 달라진다는 것이 자의적인 차별로 비춰졌을 것이다. 이러한 배경 하에서 캐나다는 ‘한국이 모든 교역대상국들에게 동등한 대우를 해주어야 한다는 최혜국 대우 원칙과 위생 및 검역조치에 관한 협정(WTO Agreement on the Application of Sanitary and Phytosanitary Measures, SPS 협정) 규정을 위반하였다’고 주장하고 있다.