한편, 「제1기 공적자금관리위원회」 기간인 2002년 정부는 그동안 조성·투입된 공적자금에 대한 회수 논란 및 상환의 불확실성 등을 불식하기 위해 공적자금상환 대책을 마련하였다. 이는 당시까지 회수가 어려울 것으로 추정되는 공적자금 부채 69조원 중 재정과 금융회사에서 각각 49조원과 20조원을 부담한다는 것이 골자였다.
즉, 2001년까지가 공적자금을 2차례에 걸쳐 조성·지원하고 관리체제를 정비하는 시기라면, 2002년 이후부터는 정부가 공적자금이 투입된 금융회사를 민영화하기 위한 노력을 본격적으로 전개하여 공적자금 회수에 주력하는 한편, 회수가 불가능한 공적자금 손실분에 대한 상환대책을 수립하여 이를 이행하는 등 공적자금회수와 상환이 공적자금 운용의 중심이 되는 시기라고 할 수 있다.