둘째, 크라우드펀딩을 어떠한 법률에 근거하여 규율할 것인가에 대해 관련부처 간 이견이 존재하는 것으로 알려져 있다. 구체적으로 중소기업청에서는 창업기업에 대한 자금공급 활성화를 위해 규제중심의 「자본시장법」보다는, 「중소기업창업지원에 관한 법률」 내 별도의 자금모집방법을 규정하여 크라우드펀딩 제도를 도입하여야 한다는 입장이다.
그러나 금융위원회에서는 크라우드펀딩 자체가 자본시장에 관한 업무이며, 우리나라보다 먼저 크라우드펀딩의 도입을 추진하고 있는 미국과 일본의 경우에도 각각 증권거래위원회와 금융청이 업무추진을 맡고 있다는 점 등을 들어 「자본시장법」내 별도의 금융투자업을 규정하여 제도를 도입한다는 방침을 세우고 있어, 두 기관이 서로 입장 차이를 보이고 있다.