둘째, 총액인건비제도는 예산당국이 각 부처별 인건비예산의 총액만을 결정하고, 각 부처로 하여금 인건비 총액의 범위 내에서 자율적으로 인력의 규모 및 직급·직렬을 감안하여 인건비를 배분하도록 되어 있다. 따라서 동 제도는 각 부처가 인건비 배정 결과에 대해 책임을 지도록 하는 새로운 인적자원 관리방식이며, 그 성격상 세출예산 절감방안에 해당한다. 이와 같은 총액인건비제도는 행정의 생산성과 인건비 예산을 연계시킴으로써 공무원이 자신의 업무에 대해 강한 동기부여를 받도록 촉진하는 기능을 수행한다. 총액인건비제도는 운용당사자들이 자신의 이해관계에 따라 인건비를 책정하는 부작용이 나타날 개연성이 다분하다. 따라서 동 제도를 운영함에 있어 효율적인 인건비 운용이 이루어질 수 있도록 하는 합리적인 유인체계를 구축하는 것은 매우 중대한 과제라고 할 수 있다. 부연하면 총액예산제도를 운영함에 있어 사후적 통제 기능을 보완할 수 있도록 각 부처의 책임성확보장치를 마련해야 한다는 것이다.