이후 간헐적으로 이루어졌던 논의는 2006년 ‘종교비판자유실현시민연대’가 이주성 당시 국세청장을 직무유기와 직권남용으로 검찰에 고발하면서 재촉발되었다.
이에 대해 검찰은 “종교인에 대한 과세가 명문화되어 있지 않고, 건국 이후 성직자에게 과세하지 않은 관행 등에 비추어 비과세한 것을 국세청장의 고의적 직무태만으로 볼 수 없다.”며 무혐의 처리했다.
당시 국세청은 재정경제부에 종교인 과세에 대한 유권해석을 의뢰하였으나, 아직까지도 공식적인 답변은 나오지 않은 상황이다.
이제 6년여 만에 비록 과세관청의 공식적 입장은 아니지만, 책임 있는 당국자가 정책 의지를 보였다는 측면에서 종교인 과세문제는 좀 더 구체적이고 실천적인 대안에 대한 합의를 고민해 볼 시점이라고 할 수 있다.