우리나라 물 관리 체계는 크게 이원화된 체계로 국가에서는 체계적 물 관리를 위하여 물 관련 기관간의 권한과 역할을 구분하고 있는데 하천의 수질관리기능은 중앙정부인 환경부와 관할 지방자치단체가 그리고 하천의 수량관리는 중앙정부인 국토교통부와 산하 공기업인 수자원공사가 담당하고 있다. 현행 하천법에는 하천의 유지관리는 하천관리청의 업무로 되어 있으며 국가하천의 경우 광역자치단체인 시·도지사에게 위임되어 있다. 「환경정책기본법」제4조 및 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」 제3조에 의하면, 국가(환경부) 및 지방자치단체는 환경오염예방과 적정한 환경관리를 위하여 환경보전계획을 수립·시행하고, 수질오염 예방과 적정한 수질관리를 위한 시책을 강구하도록 규정하고 있고, 「한강수계상수원수질개선 및 주민지원등에 관한 법률」 제2조·제11조 및 제13조에서는 지방자치단체가 상수원관리지역을 관리하고 수질개선사업과 주민지원사업을 시행하도록 규정하고 있다. 한편, 「한국수자원공사법」 제1조 및 제9조에 의하면, 수자원공사는 수자원을 개발·관리하여 생활용수 등의 공급을 원활히 하고 수질을 개선함으로써 국민생활 향상과 공공복리 증진에 기여하도록 하고 있으며, 수자원관리와 관련한 사업범위를 수자원개발시설의 건설 및 운영·관리로 규정하고 있다. 결과적으로 수질개선을 포함한 환경관리는 국가 및 지방자치단체의 기본책무이며, 이에 소요되는 비용은 ‘오염원인자부담’이 원칙(「환경정책기본법」제7조)이나, 국가는 수질개선사업 등에 소요되는 경비의 일부 또는 전부를 국가예산으로 지방자치단체에 지원하는 한편 상수원의 적정한 관리 및 주민지원을 위해 ‘1999년부터 “물이용부담금제도”를 시행하고 있다.