다. 채권이자의 보유기간 과세제도
(1) 채권이자 보유기간 과세제도의 연혁
기존에는 채권의 중도매매시에는 원칙적으로 원천징수하지 않고 이자상당액에 세율을 적용한 금액을 원천징수한 것으로 의제하여 매매가액에서 이자상당액이 차감 반영되어 거래되도록 하고, 원천징수세액 상당액은 향후 법인세 납부시 기납부세액으로 공제받는 방식의 의제원천징수제도를 운영하였다.
그러나, 채권 매도자의 보유기간에 대한 이자소득세가 채권거래시 거래금액에 전가되어 이를 차감한 금액으로 채권이 매도되는 경우 이자소득세를 차감한 채권의 고시가격과 기준가격이 상이하고 채권가격에 전가되는 세액도 보유 기간별로 상이함에 따라 동일한 채권임에도 채권가격이 달라 채권 거래의 활성화를 저해하고 국제적 기준에 부합하지 못한 점이 있었다.
이러한 문제점을 해결하기 위해 2005년 7월 1일 이후 최초로 원천징수하는 분부터는 실제 보유기간에 따라 원천징수를 실시하는 방식인 보유기간 과세제도를 도입함으로써 2001년 6월 30일 이전제도로 회귀하게 되었다.