지금과 같은 당원협의회나 지역위원회의 운영은 사조직화 가능성을 높임으로써 정당의 자발적인 토대를 만들어 가는 데 어려움을 야기하고 후보선출의 공정성을 확보하는 데에도 지장을 주기 때문에 정당 기초조직의 민주적 운영은 시급히 해결해야 할 과제이다. 이를 위해서는 지금처럼 단수의 위원장 체제보다는 자발적으로 참여한 당원들이 선출한 복수의 운영위원들로 구성되는 운영위원회 체제가 더욱 바람직하다고 본다. 또한, 경선 관리의 공정성을 확보하기 위해서 기초조직 수준의 선거를 통해 선출된 공직자나 공직후보가 당원협의회나 지역위원회의 운영위원을 겸직할 수 없도록 해야 할 것이며, 운영위원 중 공직선거 출마예정자들은 후보선출을 위한 당내 경선이 치러지기 일정 기간 이전에 운영위원직을 사퇴하도록 할 필요가 있다. 결국, 기존의 정당 기초조직 체제는 다음 총선에 나설 사실상의 후보예정자에 의해 대부분 조달된 비용을 가지고 4년 내내 선거운동 조직으로 가동하는 사당화된 구조를 갖고 있었다고 할 수 있다. 반면에 새로운 정당의 기초조직은 지역의 당원이나 지지자들이 자발적으로 참여하여 민주적으로 운영되고 이러한 자발적인 참여를 더욱 확대하는 기제로서 작동하며, 평상시에는 주로 당원과 지지자들의 여론을 수렴하고 정책제안을 접수하며 기초조직 수준의 선출직 공직자를 평가하는 연결망 형태로 유지하다가 선거에 임박하여 후보선출이 이루어지면서 선기기간 동안 집중적으로 선거운동 조직으로 가동되는 형태로 운영해 나갈 수 있을 것이다.