(3)1998년 개정시 제도 보완
이어서 노기법을 전체적으로 개편한 1998년 대개정시에는 근로자의 이익을 보다 옹호하면서도 기업측이 용이하게 제도를 도입할 수 있도록 개정을 행하였다.
우선 제도 도입시에는 사용자와 근로자대표간 노사협정에 의해서 당해 단위기간내 근로일과 각 근로일별 소정근로시간을 서면으로 정하도록 하였다(노기법 제32조의 4제2항). 1998년 개정법에서는 이 정함에 있어서, 대상기간을 1개월 이상의 기간마다 구분하여, 노사협정으로는 최초의 구분기간의 근로일과 각 근로일별 근로시간을 정함과 함께, 나머지 구분기간에 대해서는 각 기간의 총근로일수와 총소정근로시간 수를 정하여 두면 되는 것으로 하였다(노기법 제32조의 4제1항 제4호). 이와 같이 구분기간을 설정한 경우에는 각 구분기간이 개시되기 30일 전에 사업장 과반수노조 또는 과반수대표자의 동의를 얻어 당해 구분기간의 근로일과 각 근로일별 소정근로시간을 서면으로 정하여야 한다(노기법 제32조의 4제2항).
그리고 장기간에 걸친 변형근로시간제라는 특성을 감안하여 대상기간내의 소정근로일수(휴일일수), 연속근로일수(휴일의 배치), 1일·1주의 소정근로시간의 길이 등에 걸쳐서 노기법(제32조의 4제3항)에 근거한 시행규칙(省令)으로 정하고 있다.
대상기간내의 소정근로일수(휴일일수)에 대해서 보면, 3월 단위는 노기법에서 정하는 주휴제(연간 52일)에 맞추어 313일로 되어 있지만, 3월 초과 1년 단위의 경우에는 격주주휴 2일제(4주 6휴제)+7일에 상당하는 휴일일수(85일)가 확보되도록 소정근로일수는 280일 이내로 하도록 규정하고 있다(勞基則 제12조의 4제3항).