방역조치 대상이 아닌 소기업 및 소상공인도 코로나19로 인해 피해를 보고 있으므로, 일정 규모 이상 매출이 감소한 사업체도 손실보상제도 대상에 포함하는 방안을 검토할 필요가 있다. 실제로 중소벤처기업부는 2021년에 방역조치 대상은 아니지만 매출액이 20% 또는 10% 이상 감소한 사업체에도 버팀목자금과 희망회복자금을 지원한 바 있다.
손실보상금은 기업이 그 사용처를 자유롭게 정할 수 있는데, PPP 대출금은 인건비를 비롯한 정해진 비용을 지급하는 데 사용해야만 상환면제를 받을 수 있다. 손실보상금 산정 시 영업이익률을 고려하고 있어 기업의 영업이익을 보장해주는 것처럼 보이지만, 인건비와 임차료의 80%만 보상하고 다른 비용은 보상금 산정에 포함되지 않으므로 기업은 손실보상금 전액을 비용 지급에 사용할 가능성이 크다. 따라서 인건비, 임차료뿐만 아니라 사업체 운영에 필요한 다른 비용도 포함할 수 있도록 손실보상금 산정방식을 변경하는 방안을 고려할 필요가 있다. 이와 함께 PPP처럼 고용노동자 수를 줄이거나 급여를 일정 기준 이상 삭감했을 때는 손실보상금도 삭감하는 방안을 도입할 필요가 있다.