끝으로, 약물치료에 투입되는 비용에 대한 적절한 고려가 결여되어 있다는 지적도 있다. 루프론을 사용하면 1인당 연간 투약 및 검사비용으로 500만원, 감정비와 인건비로 180만원이 드는 것으로 알려졌다. 법무부는 연간 기소되는 성도착증 범죄자가 100여명으로 시행 첫해 치료비용이 9억원 가량 소요될 것으로 보고 있지만, 최장 15년까지 약물치료를 할 수 있게 됨에 따라 시행 15년째에 필요한 예산은 80억원이나 된다. 현재 복역 중인 성폭력 범죄자가 가석방 후 약물치료를 받게 될 때는 비용을 스스로 내게 할 방침이지만 이들이 경제적으로 빈곤한 자일 경우 국가가 부담해야 할 가능성도 있다.
또한 이러한 엄청난 비용부담과 관련하여 현재 성폭력 피해자에 대한 지원이 1년간 300만원 정도의 의료비가 유일하다는 것과 비교해 볼 때 성충동 약물치료의 정책적 실효성 논란을 가중시킬 소지가 다분히 있다.