그 후 국방부는 2011년 5월 상부지휘구조 개편을 위하여 필요한 법률 개정안들을 국회에 제출하였고, 국회의원들을 설득하고자 노력하였다. 그러나 국회 국방위에서 야당이 공식적이지는 않지만 반대 입장을 정하였고, 여당 국회의원, 특히 군출신 여당의원들의 상당수가 반대함에 따라 법률안은 2012년 5월 18대 국회가 종료될 때까지 국방위의 법률심사소위를 통과하지 못하였고, 결국 폐기되었다. 그럼에도 불구하고 국방부는 상부지휘구조 개편의 필요성을 계속 강조하였고, 2012년 8월 14일 동일한 안을 국무회의에 상정하여 통과시킨 후 8월 30일에 국회에 제출한 상태이다.