○ 또한, 그 시행령과 감사원규칙으로 지방자치단체 자체감사기구의 구성과 운영에 관한 사항을 통제하여 자체감사기구를 감사원의 하부기관처럼 활용하고 있어서 자치권 침해의 소지가 높은 것으로 보임
○ 이는 중앙정부 관료에 의한 선출직 단체장의 통제수단으로 기능하여 표적감사나 꼬투리잡기식 감사 등으로 감사자치권을 침해하여 자체감사기구가 감사원의 하부기관화 할 수 있다는 지적도 제기되고 있음
□ 제주특별자치도는 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」에 근거하여 자치이념에 부합되도록 지방행정기관은 물론 교육청을 포함한 자체감사기구인 감사위원회를 만들어 감사조직을 일원화하고 있고, 감사위원장의 경우 의회의 임명동의를 받아서 도지사가 임명하고 있음
○ 제주특별자치도는 국회의 국정감사 및 감사원의 감사는 허용하되 행정자치부를 포함한 중앙부처의 감사를 배제시키면서 중앙부처가 감사위원회에 감사를 의뢰할 수 있도록 하고 있음
□ 한편, 세종특별자치시는 「세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법」에 근거하여 합의제 감사기구를 두고 있는데, 감사조직 일원화와 감사위원장에 대한 의회의 임명동의는 제주특별자치도와 같으나 중앙부처의 감사를 배제시키고 있지는 않음
○ 그 밖에 합의제 감사기구를 두고 있는 지방자치단체는 조례에 근거하여 합의제로 운영하고 있지만, 대체로 감사기구의 장과 감사위원은 기관장이 직접 임용하는 형식을 취하고 있음
○ 합의제 감사기구는 부기관장 소속 감사기구보다는 독립적인 운영이 가능할 수 있겠지만, 감사기구를 관할하는 기관장이 감사기구의 장에 대한 인사권을 가지는 구조이므로 소속 기관장이나 해당 기관의 비리나 부정을 발견하거나 조치하는 데 현실적인 한계가 여전히 존재함
□ 제주특별자치도와 세종특별자치시 감사위원회를 제외한 나머지 합의제 감사기구들은 위원장을 포함한 위원 전원을 도지사 또는 시장이 임명하므로 감사기구의 독립성을 확보하기 어려운 구조임
□ 또한, 위원장과 위원의 지나치게 짧은 임기로는 외부전문가로서 업무파악이나 조직장악이 불가능하여 그 독립성에 한계가 있을 수밖에 없다는 지적이 지속적으로 제기되고 있음