중소기업 중에서 더 어려운 상황에 처해있는 소상공인만을 대상으로 하는 지원 사업을 별도로 추진하는데, 이를 위해 모두 2조 1,550억 원의 예산을 추가로 확보하였다. 정부가 제출한 추가경정예산안에 비해 경영안정자금 대출 예산이 9,200억 원에서 1조 7,200억 원으로 증액되었고, 지역신용보증재단 출연금도 75억 원에서 523억 원으로 증액되었다. 피해 점포 지원 자금은 372억 원에서 2,526억 원으로 증액되었고, 폐업 점포 지원 자금 164억 원이 추가되었다. 소상공인 온라인 판로 지원 115억 원, 전통시장 안전시설 설치 및 교체 120억 원, 온누리상품권 할인 발행 690억 원, 시장경영바우처 지원 212억 원 등은 정부안대로 확정되었다.