이와 같이 회복불능의 상태에 직면한 것으로 보이던 우리 경제는 정부의 신속하고 과감한 구조개혁을 통해 1998년말을 기점으로 회복되기 시작하여 1999년부터는 본격적으로 회복국면에 진입하기 시작하였으며 정부와 민간부문의 강도 높은 구조조정효과는 대외경쟁력 회복으로 이어져 국가 신용도가 빠르게 회복되어갔다.
IMF 외환위기는 신용보증제도의 변화에도 큰 영향을 미쳤다. 중소기업의 대량 도산사태는 곧바로 신용보증기금의 부실증가로 이어져 1997년의 보증부실 순증규모는 1조 2,202억원에 달하여 전년대비 7,000억원 증가한데 이어 1998년에는 3조1,195억원의 보증부실을 기록하였다(신용보증기금, 2006: 206). 보증부실의 증가는 천문학적 대위변제증가로 이어졌는데, 신용보증기금은 1997년에 보증운용배수가 16배를 상회하는 등 외환위기의 파장은 신용보증제도의 존립을 위협하였다.
그러나 천문학적인 대위변제금액의 증가는 신용보증제도 자체의 문제가 아니었던 만큼 정부는 신용보증기금의 유동성 해소를 위해 1997년 4,000억원, 1998년에는 8,550억원의 일반자금과 IBRD차관 자금 중 2조 260억원의 대규모 자금을 출연하여 운용배수를 14.3배로 낮추었다(신용보증기금, 2006: 207).