우리나라는 1990년대 들어 금융자유화가 진전되면서 예금자 보호와 금융시장 안정을 위해 1995년 12월 「예금자보호법」이 제정되면서 예금보험제도의 법적근거가 마련되었다. 국내에 예금보험제도가 도입된 이후 여러 가지 제도변화가 있었는데, 이를 요약하면 다음과 같다.
첫째, 통합예금보험제도의 시행이다. 1995년 12월 제정된 「예금자보호법」은 은행만을 대상으로 하였으나, 통합감독기구 출범이후 「예금자보호법」이 개정되어 1998년 4월 금융업종별로 설치‧운영되었던 관련 기금이 예금보험공사로 통합되었다. 도입당시 은행을 대상으로 하는 예금보험제도에서 현재 은행, 증권사, 보험사, 저축은행 등 모든 금융회사를 대상으로 하는 통합예금보험 제도로 운영되고 있다.
둘째, 지난 금융위기 과정에서 예금보험 한도의 변화가 있었다. 예금보험제도 도입 당시 예금보험 한도가 1인당 2,000만원이었지만, 1997년 IMF 금융위기 과정에서 금융시장 안정을 위해 예금전액을 보호하는 전액보장제도가 채택되었다. 이후 2001년부터 현행과 동일한 1인당 5,000만원으로 하는 부분보장제도를 유지하고 있다.
셋째, 예금보험기구의 역할 확대이다. 예금보험제도 도입 당시 예금보험공사는 이른바 보험금 지급모델(paybox)의 역할을 수행하였지만, 금융 구조조정 과정에서 예금보험공사의 역할이 점차 확대되었다. 현재 예금보험공사는 금융회사 보험사고 예방을 위한 리스크 감시, 보험금 지급 및 자금지원을 통한 부실금융회사 정리, 자산매각 등 지원자금 회수 등 위험최소화모델(riskminimizer)의 기능을 수행하고 있다.
마지막으로, 차등보험료제도의 도입이다. 차등보험료는 금융회사의 경영 및 재무상황 등을 고려하여 예금보험공사에 납부하는 보험료율을 차등하여 적용하는 제도이다. 종전에는 은행, 보험사, 증권사 등 금융회사별로 동일한 고정보험료율을 적용하였으나, 2014년부터 개별 금융회사의 위험에 따라 보험료율을 달리 적용하고 있다.