그러나 보다 중요한 것은 금융감독기관의 산하에 두더라도 운영상의 독립성을 보장할 필요가 있다는 점이다. 영국의 경우에도 ‘금융고충처리기구’(Financial Ombusman Service Limited: FOSL)가 금융감독당국 산하에 있지만 독립적으로 운영되고 있어서(Blair, 2009: 191; 김춘, 2010: 142)10) 분쟁 조정의 신뢰성을 확보하고 있다는 점을 참고할 필요가 있다. 독립성을 확보하기 위해서는 통합 금융 분쟁 조정 기구를 무자본 특수 법인으로 설립하여, 분쟁 조정 업무에 있어 외부의 영향이나 간섭으로부터 독립적으로 활동할 수 있도록 하고, 이해 당사자 사이의 충돌이 발생하지 않도록 할 필요가 있다.