다만 미국 사례와 다른 한국의 행정시스템의 특성을 고려하면 3개 위원회를 단일화 할 경우에는 통합 사무국을 국무총리실 산하에 설치하고, 행정협의조정위원회를 존치하고 중앙분쟁조정위원회와 지방분쟁조정위원회를 통합하는 이원화의 경우에는 각각 국무총리실과 행정안전부에 2개 사무국을 설치하는 것이 바람직할 것으로 보인다. 통합 사무국을 총리실과 행정안전부에 설치할 때의 장점은 다음과 같다.
· 기존의 총리실 국정조정기능에 덧붙여 정부 간 분쟁조정 안건을 실시간 상시적으로 관리할 수 있다. 이는 지방자치를 총괄 지원하는 행정안전부의 경우에도 동일하다.
· 전 정부적 차원에서 분쟁조정에 관한 전문적 지식과 기술을 지속적으로 축적 할 수 있다.
· 행정업무 지원은 물론 의사결정과정에 대한 실무적 지원(예: 정보제공, 조정 전문가 인력 풀 제공, 조정방법 자문 및 지원) 등을 통해 분쟁조정위원회의 효과적 운영을 도모할 수 있다.
· 기 실행되고 있는 조정절차, 조직구조, 관련 법률개정 등의 통합 연구와 교육을 통하여 분쟁조정 능력의 제고에 기여할 수 있다.