둘째는 건강보험 재정 악화의 원인이 행위별수가제에 있는가와 관련하여 의료계와 정부의 주장이 상이하다는 점이다.
의료계는, 정부가 건강보험제도 도입 당시 의료서비스 시장가격을 적절히 반영하지 않고 지나치게 낮은 가격을 책정한 채 제도를 운영하는 과정에서 파생된 부작용으로 인해 건강보험 재정이 악화되었다고 주장한다. 전국민 건강보험의 조기 실행·정착을 위해 저수가-저보험료 부담 방식으로 제도를 꾸려왔기 때문이라는 것이다.
이에 대해 정부는, 의료서비스의 경우 고도의 전문성이 요구된다는 특성 때문에 진료비 가격 책정과 심사기준의 마련 등에 의료인의 의견이 반영될 수밖에 없으며, 현실적으로도 의료계의 의견을 수렴하는 경우가 대부분이라고 주장한다.
셋째는 질병 군별로 의료비를 사전에 책정하는 것이 환자 진료에 있어서의 다양성과 특수성을 간과하는 것인가의 문제이다.
의료계는 같은 진단명의 질병이라 할지라도 환자 개개인에서 발현되는 임상적 증상이 차이가 있을 수 있기 때문에, 환자별로 다른 서비스가 제공될 수밖에 없다고 주장하고 있다.
이에 대해 정부는, 포괄수가 방식으로 의료기관에 보상할 때, 질병별 평균비용과 필수의료에 대한 비용, 둘 다를 고려하여 가격을 산정할 것이라고 설명하고 있다.