다섯째, 위원 위촉의 편향성이다. 행정협의조정위원회의 경우, 법적으로 보장된 13명의 위원 중 최대 4인까지 민간 전문가를 위촉할 수 있어 위촉직 위원의 비율이 상대적으로 낮고, 위원회 구성 권한이 국무총리에게 집중되어 위원 위촉이 중앙정부 중심으로 이루어져 있다. 이는 분쟁조정의 핵심 요소라고 할 수 있는 중립성과 객관성을 담보할 수 없는 (또는 담보할 수 없다고 믿어지는) 제도적 (또는 인식적) 장벽으로 분쟁당사자들, 특히 지자체는 지자체에 불리한 결정이 나올 가능성이 높은 것으로 판단하여 위원회 결정을 불신하는 원인이 되는 것으로 보인다. 또한 위촉직 위원은 “지방자치에 관한 학식과 경험이 풍부한 자”로 규정하고 있어 선정 기준이 불명확하고, 분쟁 예방 및 해결에 필요한 전문적 역량 확보가 어려운 것도 중요한 문제점으로 지적될 수 있다. 위원 위촉의 편향성으로 인한 문제는 중앙분쟁조정위원회와 지방분쟁조정위원회에서도 동일하게 관찰된다. 양 위원회 모두에서 당연직 위원이 너무 많아 전문성과 중립성확보에 회의적인 인식이 널리 확산되어 있으며, 위원 및 위원장의 위촉 권한이 각각 행안부 장관과 시·도지사에게 집중되어 위원 선임의 형평성 문제와 위원회의 결정에 대한 신뢰 문제가 대두하고 있는 것으로 보인다.