넷째, ‘무기계약직’ 전환에 따른 새로운 직렬·직급·임금체계의 도입이 또 다른 차별의 고착화라는 비판이 존재한다. 정부의 종합대책의 핵심은 상시적·지속적 업무에 대해서는 원칙적으로 ‘기간의 정함이 없는 근로자’(무기근로계약근로자)가 담당토록 한 것이다. 정부는 무기계약직이 정규직과 명시적으로 구분되는 것이라고 밝히지는 않고 있지만 2006년 12월 발표된 「중앙행정기관 무기계약 1년이상 기간제 근로자 관리지침」에 의하면 정규직과 달리 관리규칙을 별도로 작성하여 적용하도록 하고 있고 인원규모와 관련 예산을 별도 운용하도록 하고 있다. 동 지침에 의하면 관리대상 비정규직을 ‘무기근로계약’과 ‘1년 이상 기간제노동자’ 및 ‘1년 이하의 기간제 노동자’로 각각 분류하고, 앞의 두 범주는 행정자치부에서, 1년 미만 기간제는 부처별로 자율적으로 관리한다고 정하였다(행정자치부, 2006). 무기계약직에 대한 인력 관리 방침을 살펴보면, 각 중앙행정기관 부처가 대상자를 선정한 후 매년 무기계약 근로자에 대한 평가와 심의를 실시해, 매년 3월마다 새로이 인력운영계획을 제출하고, 매년 5월마다 행자부와의 협의를 통해 결정된 사항을 바탕으로 기획예산처에 예산을 신청해야 하는 과정을 밟게 된다. 이 과정에서 각 부처의 본부 및 소속기관은 업무량, 다음 연도 신규사업계획 및 사업종료계획을 기초로 무기계약 및 1년이상 기간제근로자의 증원 및 감원계획을 수립하게 된다. 문제는 이러한 계획이라면 무기계약직 근로자의 경우 공공부문 구조조정에 따라 상시적인 정리해고의 대상이 될 수 있다는 점이다(김철희, 2007). 실제로 공공부문비정규대책추진위에서 발표한 ‘인사관리 표준안’에서 해고사유 중에는 ‘업무량 변화, 예산감축, 직제와 정원의 개폐에 의한 경우’를 명시하고 있고, 표준계약서상 해고사유에도 ‘근무실적 평가 결과 계속해서 2회 이상 최하위 평점을 받은 경우 재계약을 하지 않거나 근로계약기간 중이라도 해고할 수 있다’고 명시하고 있다. 이러한 해고가능 사유의 존재는 일반 정규직과 무기계약직이 명백하게 구분된다는 점을 보여주고 있으며 인사권자 혹은 평정자의 주관적 의사에 의해 좌지우지될 수 있는 소지가 많다는 문제를 나타내고 있다(김철희, 2007).