3. 제도의 성과와 한계
공공기관 경영평가제도는 대외적으로 세계은 행보고서에서 우수사례로 소개되었으며 대내적으로는 공공기관의 체질개선에 기여하고 경영혁신의 기제로서 공공기관 행태변화를 이끌고 있다고 평가된다. 박석희(2006), 조택·송선하(2010) 등 다수의 실증연구에 따르면 공공기관 경영평가제도의 도입 및 강화는 공공기관의 경영성과에 있어 유의미한 개선 또는 차이를 이끌어냈다. 또한, 동 제도의 도입은 공공기관의 자율적 책임경영체제 구축, 공공기관에 대한 경쟁원리 촉발, 경영개선을 유도하는 관리순환, 공공기관의 경영 공개성·투명성 제고 등 공공기관 관리·운영에 있어서 긍정적인 효과를 가져왔다.
이처럼 공공기관 경영평가제도가 가시적인 성과를 내고 있음에도 불구하고, 동 제도의 운영과 관련하여 비판적 의견이 지속적으로 제기되고 있다. 이에는 공공기관 경영평가제도가 수익성 중심으로 이루어짐에 따라 공공기관의 존립 목적인 공익성·공공성이 침해된다는 의견, 공공기관의 특성이 다양함에도 불구하고 획일화된 평가체계 및 지표를 구성함에 따라 기관의 특성을 무시한다는 의견, 일회적이고 특정 학문에 치우친 경영평가단 구성으로 인한 전문성·책임성 부족 문제, 공공기관 경영평가를 통한 정부의 지나친 간섭으로 기관의 자율성이 침해된다는 의견 등이 있다.