이러한 금융기관들 이외에 기금운용은 금융 인프라 기관의 서비스를 필요로 한다. 국민연금기금은 소규모 복지 부문을 제외하고는 기본적으로 모두 금융시장, 특히 자본시장을 기반으로 한다. 대표적인 자본시장 인프라 기관으로는 한국거래소(KRX), KOSCOM(舊한국증권전산), 한국예탁결제원(KSD), 한국증권금융 및 금융투자협회(KOFIA)를 들 수 있다. 국내 주식 거래는 증권사를 거쳐 장내시장인 한국거래소를 통해 이루어진다. 반면 기금운용에서 가장 큰 비중을 차지하는 국내 채권의 경우 거래가 주로 장외(OTC, Over-the-Counter)시장을 통해 이루어지는데, 이는 금융투자협회의 K-Bond 시스템을 중심으로 한 메신저를 통해 이루어진다. 다만 국채 거래의 경우에는 장내화가 많이 진전되어 한국거래소를 통한 거래 비중이 증가하고 있다. 거래 자산 및 방식에 관계없이 대부분 증권의 예탁과 결제는 한국예탁결제원을 통해 이루어진다. 한편 국내 자본시장의 전자화된 정보는 KOSCOM을 통해 제공된다. 
해외투자의 경우에도 국내와 마찬가지로 금융 서비스 및 인프라 기관들이 있다. 이들은 글로벌 투자은행 및 자산운용사 이외에 해외 수탁기관(custody and fund administration), 신용평가사, 정보제공사, 금융 IT회사 등을 포함하며 국내에 비해 그 범위가 매우 광범위하다.