북한이탈주민법은 권리 구제 관련 규정 역시 법제화하고 있다(북한이탈주민법 제32조). 이에 따르면, 처분에 불복하는 보호대상자는 처분 통지를 받은 날부터 90일이내에 서면으로 이의신청을 할 수 있다(북한이탈주민법 제32조 제1항). 이의신청을 받은 통일부장관은 해당 내용의 사본을 국가정보원장에게 송부해야 하며, 60일이내에 결과를 신청인에게도 통지해야 한다(북한이탈주민법 시행령 제50조). 만약, 신청 후 60일 이내에 결과가 통지되지 않으면, 이의신청이 수락된 것으로 간주된다(북한이탈주민법 시행령 제50조 제2항). 또한 이의신청 검토 후 처분의 위법, 부당성이 인정되면 시정 및 필요한 조치를 할 수 있는데, 이 경우 사전에 북한이탈주민 대책협의회의 심의를 거쳐야 한다(북한이탈주민법 제32조 제2항).
한편, 북한이탈주민법은 국민연금에 관해서는 해당 법률에서 규정하지 않는 사항에 대해서는 국민연금법에 따른다고 적시하고 있다(북한이탈주민지원법 제26조의2 제3항). 해당 법률에서 국민연금과 관련해 규정하고 있는 것은, 특례적용 대상(북한 이탈주민지원법 제26조의2 제1항) 및 연금액(북한이탈주민지원법 제26조의2 제2항)으로, 국민연금 수급과 관련한 절차적 권리는 국민연금법의 그것을 준용한다고 볼 수 있다. 즉 국민연금과 관련된 급여의 제한이나, 이의 신청절차는 국민연금 법을 따르는 것이다.