지방공기업의 양적·질적 성장에도 불구하고, 매년 행정안전부가 취합하여 발표하는 지방공기업 경영분석자료에 의하면, 전체적으로 적자가 발생하는 것으로 확인된다. 이러한 적자 발생은 지하철공사 사업과 하수도사업 부분에서 두드러지는데, 지하철공사사업의 경우 건설부채와 생산원가에 못 미치는 요금정책 등에 원인이 있고 하수도사업은 대규모시설공사로 인해 발생한 것으로 분석된다. 이 보다 큰 문제는 학술적으로 그리고 제도적으로 지방공기업의 경영분석에 대해 보다 다각적인 분석이 이루어지지 않고 있으며, 지방공기업의 경영을 관리할 수 있는 제도인 경영평가와 경영진단제도도 이러한 내용을 충실하게 다루기에는 한계가 있다는 점이다. 특히, 2010년의 경우, 경영평가에서 경영지표에 대해 가중치를 대폭 강화하였다고 하나, 경영상의 적자문제를 다각적으로 점검하고 개선전략을 수립하도록 유도하기에는 미흡한 수준으로 판단된다.