둘째, 정부가 설정한 7개 질병 군에 대해 환자 분류체계를 정비해야 할 것이다. 환자의 질병 중증도 및 복합 질환 등을 종합적으로 정리하여 명확하고, 납득할 만한 분류체계를 마련해야 한다. 더불어 질병의 중증도 및 치료의 다양성, 중·장기적인 의료기술의 개발 등을 고려한 지불방식의 개선안 마련을 위한 기초자료를 준비하여야 할 것이다.
셋째, 그 동안 과잉진료 논란으로 문제시 되었던 비급여 부분에 대한 통제와 관리도 요구된다. 이를 위해 의료계와 건강보험심사평가원이 협력하여 급여와 비급여를 합리적으로 판단할 수 있게 하는, 질병 군에 대한 체계적인 표준진료지침 마련이 필요하다. 이러한 제도적 기반이 구축되면, 7개 질병 군을 넘어 새로운 질병 군을 설정하고 제도를 보다 광범위하게 확대 적용하는 것도 검토할 수 있을 것이다.
마지막으로, 중·장기 발전방안으로서 정부가 관련 비용을 지원하고 의료계가 참여하는 임상진료지침의 개발 지원 및 원가자료 수집체계 구축에 관한 연구를 본격적으로 추진할 필요가 있다. 의료계의 책임성 있는 정책참여를 위해 10~20% 정도의 매칭 펀드를 조건으로 하여 상호 협력체계를 강화하는 방안도 고려해 볼 만하다.