대체로 간단한 내용의 법률개정이었음에도 불구하고, 정치권에서 논란이 발생한 배경에는 2007년 12월 대선을 앞둔 여야간의 ‘퍼주기’ 논란이 주요하게 작용하였다. 2006년 10월 9일 북한의 1차 핵실험으로 북핵 문제가 악화된 것과 관련하여, 보수 세력은 김대중-노무현 정부의 대북 포용정책이 무용하며, 대북 지원이 별다른 효과 없는 ‘퍼주기’에 불과했다는 비판을 신랄하게 진행하였고, 진보 세력은 수세적 위상에 놓여 있었다. 결국, 남북협력기금 사용의 투명성을 강화하기 위하여, 통일부 장관에 대한 기금사용 결과보고를 의무화하자는 한나라당의 주장은 대북 포용정책에 대한 견제로 이해되었고, 여당인 통합민주당은 자신들의 정체성에 대한 비판이라는 측면에서 소극적인 입장을 피력하였던 것이다. 그러나 2007년 12월 제18대 대선에서 한나라당 이명박 후보가 당선되었고, 2008년 4월 9일 제18대 국회의원 선거에서 한나라당이 153석을 얻어, 81석을 얻는데 그친 통합민주당에 대해 압승을 했다는 점을 고려하면, 야당이 된 통합민주당은 당시의 불리한 정치적 판세를 극복하기 위하여 적절한 시점에 입장변화를 정당화시키는 정치적 선택을 진행해야만 했다. 단지, 그 시점이 문제였다.