셋째, 무역조정지원제도와 WTO 「보조금 및 상계조치에 관한 협정」(이하 「보조금 협정」)의 상충 문제가 지적된다. 동협정 제1조에 따르면 정부의 재정적 기여나 소득ㆍ가격 지지를 통한 혜택 부여를 보조금으로 정의한다. 우리나라의 경우, 특히 기업 지원 중 원부자재 구입 자금, 기술개발ㆍ설비투자 자금, 경영안정 또는 경쟁력 확보를 위한 자금 등에 대한 융자지원은 「보조금 협정」 상의 “재정적 기여”에 해당되므로 일종의 보조금으로 볼 수 있으며 「보조금협정」상 “특정성” 요건으로부터 완전히 자유로울 수는 없다. 그러나 특정성이 있는 경우에도 “무역왜곡효과(trade-distortive effects)”가 발생하지 않으면 통상법적 문제의 소지는 없다.
따라서 기업에 대한 무역조정 융자지원 프로그램의 운용 시 WTO 보조금 협정과 상충되지 않도록 유의해야 한다. 먼저, 지원의 특정성을 피하기 위해 무역조정계획의 심의과정을 투명하게 운영할 필요가 있다. 그리고 가급적 무역왜곡효과가 최소화되게끔 폐업 및 업종전환에 대한 지원이나 기술개발 지원 위주로 제도를 운영할 필요가 있다.