우리나라의 현행 예산제도와 예산수립 관행 또한 예산서상의 비용 산정과 관련하여 여러 가지 문제점과 불합리성을 지적받고 있다. 예컨대 세출예산의 수립과정에서 비용에 대한 정보가 체계적으로 정확하게 제시되지 않고 있다. 구체적으로 산출기초의 산정문제 뿐만 아니라 특히 성과측정에 요구되는 사업별 비용(직접비, 간접비 등)에 관한 정보를 파악할 수 있는 제도적 장치가 제대로 구비되어 있지 않다. 게다가 기능별 세출과 품목별 세출이 강조되는 기존의 세출예산 체계의 경우, 사업별로 그에 소요되는 직접경비와 간접경비의 명확한 구분이 이루어지지 않고 있다. 이에 따라 사업별 또는 부서별로 행정서비스의 원가를 파악할 수 없고, 그 결과 제대로 된 예산서의 평가가 이루어질 수 없을 뿐만 아니라 행정활동의 성과를 정확하게 측정할 수 없는 한계가 드러나고 있다.