세 번째는 3차 의료기관에 대한 과도한 재정 투입과 심각한 1차 의료기관 부족 문제다. 앞서 밝힌 대로, EsSalud가 지불하는 총액 예산의 81%가 3차 병원에 지불되고 나머지 19%만이 1,2차 의료기관에 돌아가고 있다. 3차 병원을 운영, 유지하는 비용이 만만치 않게 소요되는 것이다. 반면에 1차 의료기관 수는 턱없이 부족해 1,000여만 명의 가입자가 전국 306개 1차 의료기관을 이용해야하는 형편이다. 이 문제를 해결하기 위해 EsSalud는 민간보험(EPS)과 손잡고 민간의료기관을 이용할 수 있도록 하고, SIS네트워크 의료기관과 제휴하는 등 노력하고 있지만 1차 의료기관 부족 문제는 여전히 진행형이다.