공공기관 경영평가는 각 기관의 설립목적에 따른 사업을 얼마나 효율적·효과적으로 수행하였는가에 대한 평가로서 경영전략, 업무효율 등 공통지표 외에 건설, 토목, 제조, 환경, 검정, 고용 등 각 기관의 업무 특성을 반영하는 고유사업 지표로 구성되어 있다. 그러나 현행 경영평가단 평가위원의 인적 구성현황을 보면 대부분이 학계 출신으로 구성되어 있으며 전공 분야(공기업 평가단 기준) 역시 경제·경영·행정 분야로 편중되어 구성됨에 따라 현업에 대한 이해도가 떨어질 수 있으며 이로 인해 다양한 전문분야를 포함하는 고유사업 평가지표에 대한 전문적 분석 및 평가가 저해될 수 있는 문제점이 있다.
이와 관련하여 경영평가단 위원 선정 시 실무 경험이 풍부한 위원의 참여 비율을 상향시키는 방안 등 기관별 업무 특성을 이해할 수 있는 다양한 해당 전문가를 경영평가단에 참여시켜 평가단의 전문성을 제고할 필요가 있으며 이를 위해 공정하고 객관적인 평가를 위한 전제 조건인 경영평가단 위원 선임 방식에 대한 구체적·세부적인 기준·절차 마련을 위한 논의가 선행되어야 할 것으로 보인다.