하원에 진출한 펠로시 의장은 빠르게 원내 관계망을 확대해 갔다. 에이즈 퇴치를 위한 지원강화 등을 주장함으로써 민주당의 좌파를 우군으로 만들어나갔다. 동시에 인권 문제 등에 있어서는 민주당의 우파와 손을 잡기도 하는 등 펠로시가 지니고 있는 매력과 아버지로부터 어려서부터 체득한 정치적 스킬을 이용해 관계망을 확대해 갔다.
2001년 펠로시는 원내부대표 자리에 올랐고, 2002년 게파트 의원이 대선을 준비하기 위해 원내대표 자리를 사임함에 따라 원내대표로 선출되었다. 미국 역사상 처음으로 여성이 주요 정당의 원내대표가 되는 순간이었다. 그러나 신임 원내대표를 기다리고 있는 것은 비단길이 아니었다. 당시는 신임 부시 대통령의 인기가 하늘을 찌를듯한 때였고, 특히 9·11사태로 인해 애국주의가 팽배한 시절이어서 야당으로서는 매우 어려운 환경에 놓여 있었던 것이다.
특히 다수당인 공화당은 마치 의원내각제의 다수당처럼 폐쇄적이고 제한적인 규칙으로 의회를 운영하였다. 이에 따라 깅그리치 원내대표가 1993~1994년에 보여준 것과 같은 체계적인 대응을 하기에는 매우 어려운 조건이었다. 그러한 가운데에서 펠로시 대표는 다수당의 실패와 스캔들을 강조함으로써 소수당의 한계를 뛰어넘고자 했다.
이라크전쟁이 실패로 드러나면서 미국민들은 공화당에 환멸을 느끼기 시작했고, 특히 이라크전쟁과 관련된 각종 스캔들이 터져 나오면서 국민들은 분노했다. 그 결과 1994년 선거 이래 12년 만에 처음으로 2006년 하원선거에서 민주당은 다수당이 되었다. 선거에서 승리한 후 펠로시는 만장일치로 의장에 당선되었다. 역시 미국 역사상 최초의 여성 의장이었다.