둘째, 지방세 비과세·감면의 근거규정이 여러 법률에 나뉘어 있고 불필요하게 반복되는 측면이 있다. 즉, 지방세 감면이 「지방세특례제한법」, 「조세특례제한법」, 각 지방자치단체의 감면조례에 근거하고 있어서 납세편의를 저해하고 있고, 국가 등에 대한 지방세 비과세 조문의 내용이 세목 별로 반복되는 측면이 있다.
셋째, 지방세 비과세·감면에 대한 종합적인 관리가 이루어지지 못하는 문제가 있다. 즉, 개별 중앙부처에 의한 지방세 비과세·감면액이 가시적으로 줄어들지 못하고 있고, 지방자치를 총괄하고 있는 행정자치부가 지방세 비과세·감면에 대해서 점검하는 총괄관리수단이 부족한 문제가 있다.
이러한 문제를 해결하고자 그동안 국회에서는 지방세 비과세·감면 제도의 정비를 골자로 하는 「지방세특례제한법 일부개정법률안」을 발의하였으나 아직까지 개정되지 못하고 있는 바, 지방세 세입을 확보하기 위해서는 현행 지방세 비과세·감면 제도를 서둘러 정비할 필요가 있다.
향후 입법과제를 제시하면, 첫째, 현재 운영 중인 지방세 비과세·감면 제도의 개선이 필요하다. 즉, 지방세 감면 통합심사 분류기준을 「지방세특례제한법」 구조와 동일하게 구성하여 통일성을 확보하고, 일정 기간 동안 인접한 토지나 건축물을 취득하는 경우에는 이를 합산하여 면세점을 적용하도록 하여 지방세 최소납부제도를 확대 운영할 필요가 있으며, 지방세 감면조례 총량비율의 산정기준을 개선하는 방안을 고려할 수 있다.
둘째, 지방세 비과세·감면의 근거규정을 정비할 필요가 있다. 즉, 현행 「조세특례제한법」 상의 감면규정을 「지방세특례제한법」의 해당 절로 이관하여 근거규정을 통일시키고, 국가 등에 대한 지방세 비과세 조문을 하나로 통합하여 납세자의 편익을 제고하는 방안을 신중하게 고려할 수 있다.
셋째, 지방세 비과세·감면에 대한 종합적인 관리를 강화할 필요가 있다. 즉, 중앙부처에 의한 지방세 감면액 상한을 설정하여 개별 중앙부처가 무분별하게 지방세 감면 신청을 하지 못하도록 하고, 행정자치부가 전년도 지방세 감면실적에 대한 총괄관리를 강화하는 방안을 고려할 수 있으며, 종합적인 시각에서 지방세 비과세·감면 제도 정비의 기본원칙을 마련할 필요가 있다.