당초 정부는 교통세 신설 당시 법률의 유효기간을 10년 후인 2003년 12월 31일로 정함으로써 조세를 한시적으로 운용하고자 하였다. 그러나 이후 정부는 2003년과 2006년에 각각 교통세의 유효기간을 연장하는 법안을 제출하여 유효기간을 계속 연장하였다.
정부는 2008년 교통·에너지·환경세가 목적세로 운영되어 재정 운영의 경직성을 초래하고 유류에 대한 과세체계를 복잡하게 한다는 이유로 「교통·에너지·환경세법 폐지법률안」을 국회에 제출하였고, 동 폐지법률안은 2009년 1월 국회를 통과하여 공포(2010.1.1. 시행예정)까지 이루어졌으나, 「교통·에너지·환경세법 폐지법률」이 공포된 지 1년도 채 지나지 않은 2009년 9월에 다시 「교통·에너지·환경세법」의 유효기간 및 폐지법률의 시행일을 모두 연장하는 내용의 법률안을 제출하여 이후 매 3년마다 계속 연장하여 현재에 이르고 있다.