(1) 분쟁해결절차의 성격
GATT 분쟁해결절차는 사법적 성격이 아닌 협의와 조정을 중시하는 화해적 성격을 띠고 있어 국제협정으로서의 법적 구속력이 약하다. GATT 설립당시 GATT 회원국들이 많지 않았기 때문에 많은 분쟁이 발생하지 않을 것이라 예상했다. 따라서 무역 분쟁이 발생하면 적절한 협의와 조정을 통해 분쟁해결이 가능하리라 생각했다. 그러나 GATT 출범 이후 회원국들이 늘어나고 분쟁대상이 복잡해지면서 협의와 조정을 통한 분쟁해결은 여러 한계에 부딪히게 된다. 이에 따라 분쟁해결 절차에 있어 개혁이 필요하다는 목소리들이 나오기 시작했다.
(2) 분쟁해결의 시간적 문제
GATT 분쟁해결은 신속한 절차수행을 위한 제도적 장치가 미비했다. 따라서 패널절차, 패널보고서 채택에 있어 시간적 지연 문제가 발생했다. 패널 설치는 거의 1개월 반이 걸렸으며, 패널설치에서 보고서 출간까지는 10개월 반 정도가 소요되며, 보고서 채택까지는 2개월 반 가량이 걸린다. 또한 GATT 분쟁해결은 직접적인 표결보다는 총의(consensus)를 통해 의사결정을 하였는데, 분쟁당사국들은 이 총의에 참여할 수 있다. 만약 분쟁당사국이 패널 보고서에 불만을 가질 경우 패널보고서 채택이 지연되거나 거부하면 분쟁해결에 있어 시간 지연의 문제가 발생한다. 보고서 채택은 만장일치로 이루어지기 때문에 피소국이 반대할 경우 보고서가 채택되지 않는다.