보수체계와 관련하여 제기되는 또 하나의 쟁점은 시·도 교육공무직 간 형평성의 문제이다. 현행법상 대부분의 시･도에서 임금과 보수에 관한 구체적인 내용을 규정하지 않고 있는데, 시·도 교육청에 따른 각종 수당의 차이로 인해 처우에 있어서 지역 차이가 발생하고 있다. 그리고 법적 근거가 분명한 공무원과 달리 교육공무직원인 근로자에게는 「근로기준법」, 「기간제 및 단시간근로자 보호 등에 관한 법률」 등에 법 적용 근거가 산재해 있다.
기본급 인상(6.24%) 및 근속급과 수당에 있어서의 정규직과의 차별 해소를 골자로 한 2019년 전국학교비정규직연대회의의 요구는 이러한 현행법의 규율방식과도 무관하지 않다. 2019년 10월 15일 교육부와 학교비정규직연대회의 측이 기본급 1.8%인상과 근속수당 일부 인상 등에 합의하면서 임금협상은 일단락되었으나, 지역별 편차의 문제는 현행의 지역적 규율 체계 하에서 여전히 해소되지 않고 있다.