2) 중앙정부 간 그리고 중앙정부와 지방자치단체 간의 갈등
수자원관리와 관련하여 중앙정부 간에 나타나는 차이는 국토부와 환경부 사이에서 발생하는 업무에서 발생하고 있는데, 이들 간에는 전통적으로 업무 영역이나 시각에서 큰 차이가 나타나고 있을뿐만 아니라 한강유역 내 업무에서 나타나는 이질성에 기인하고 있기 때문이다. 예컨대, 국토부와 환경부가 각기 다른 입장을 취한 대표적인 사례는 4대강 살리기 사업에서 찾을 수 있다. 사업을 주도하는 국토부는 사업의 원활한 진행을 추구하였지만 환경부는 이 사업으로부터 발생할 수 있는 환경적 문제를 우려해야 했다. 실례로, 4대강 살리기 사업을 주도적으로 이끌었던 사업 당시 환경부장관은 녹조 발생, 홍수피해 증가 등의 부작용의 지적에 대해 4대강 살리기 사업에 대한 평가는 중장기적으로 이뤄져야 한다는 것을 강조함으로써 기존의 정책을 옹호하였지만, 정부가 바뀐 후 감사원의 감사결과 발표와 함께 그 후임 장관은 4대강 살리기 사업에서 환경부가 적절한 역할을 하지 못하였다고 평가함으로써 환경부의 전후 장관사이에서도 의견이 일치하지 않는 경우가 나타나기도 하였다.