셋째, 환자의 초기 감염 확진을 위한 진단체계와 신종플루 진단 기준 역시 부적절했다고 보인다. 사망자의 경우 증상이 나타난 후 방역체계에 따라 보건소와 의료기관을 찾았고 지침에 따라 진단이 이루어졌음에도 항바이러스제가 시의 적절하게 투여되지 않은 것이 밝혀짐에 따라 현행 방역관리체계의 허점이 드러났다. 항바이러스제인 ‘타미플루’는 통상 감염 뒤 48시간 이내에 복용해야 효과가 크다고 알려져 있지만 일선 의원급이나 보건소에서는 감염여부를 체온을 통해서만 확인하고 확진을 해줄 수 있는 기관이 상대적으로 적어 현재의 진단체계와 대응능력으로는 합당한
치료시기를 놓칠 가능성이 매우 높다.
이에 대해 정부는 뒤늦게 폐렴 환자 일일보고 확대, 신종플루 검사 방법 중 하나인 ‘컨벤셔널 PCR 검사’(일반적인 균 배양검사에서 진단이 어려운 균의 DNA를 검출하여 진단하는 방법)에 대해 건강보험 급여의 한시적 적용, 50만 명 분의 항바이러스제의 보건소 및 치료거점병원 공급, 학교나 군부대 및 집단생활시설 등에 대한 감시체계의 강화 등의 조치를 내놓고 있다. 하지만 이에 대해 일부에서는 질병에 대한 공포를 가중시키거나 무분별한 비용의 낭비를 우려하기도 한다.