김대중 정부에 의한 제2차 정부조직개편의 가장 중요한 특징은 이전에 시도되었던 정부조직개편의 '기구중심적 개편'을 '기능중심적 개편'으로 전환하였다는 것이다. 경제현안 대응능력을 높이기 위해 국민경제자문회의, 경제정책조정회의가 신설되고, 기획예산위원회와 예산청의 기획예산처 통합이 이루어졌다. 그리고 부처간 기능조정에 의하여 금융기관의 인가 등 금융감독 기능을 재정경제부에서 금융감독위원회로 이관하였다. 예산기능의 이원화에 따른 비효율을 개선하기 위하여 기획예산위원회와 예산청을 통합하여 국무총리 소속의 기획예산처로 개편하였다. 기획예산처는 예산정책, 예산의 편성 및 집행의 관리와 재정개혁 및 행정개혁에 관한 사무를 관장하였다. 1999년 출범 당시의 기획예산처 기구는 2002년에는 기금정책국이 추가로 설치되었으며, 기금관리기본법 및 부담금관리기본법의 제·개정으로 기금운용계획안도 예산안과 동일하게 국회의 심의절차를 거치게 됨에 따라 기금정책국을 신설하여 기금 및 부담금에 관한 업무를 수행하도록 하였다.