셋째, 용산기지의 토양오염 정도와 정화 주체에 대한 문제이다. 2017년 녹색연합 등 시민단체가 1990년부터 2015년까지 용산기지 내부에서 발생한 유류유출사고는 총 84건이라고 공개하면서 용산기지의 토양오염 정도에 관심이 집중되었다.
「용산공원정비구역 종합기본계획 변경계획」에서는 토양 정화비를 1,030억 원으로 추정하였지만 전문가들은 용산기지의 토양오염정도를 정확하게 파악하기 어렵기 때문에 실제 정화비용은 더 증가할 것으로 예상하고 있다. 따라서 한미 당국 간에 용산기지 토양오염 조사, 정화범위, 정화주체, 비용부담 등에 대한 지속적 논의와 합의가 이루어져야 할 것이다.
마지막으로 용산공원 조성 이후 운영 및 관리의 주체와 비용의 문제이다. 용산공원 조성 이후 효율적인 관리·운영을 위해 용산공원법에 따라 법인 형태의 용산공원관리센터가 설립될 예정이다. 용산공원의 연간 관리 및 운영비용은 약 300억 원 규모가 될 것으로 추정되고 있으며, 향후 개발 방향 등에 따라 추가될 전망이다. 용산공원 및 용산공원시설의 설치 및 유지·관리에 소요되는 비용은 용산공원법에 따라 국가가 부담하는 것을 원칙으로 하고 있다.