의회에 제출된 예산안은 소관별 상임위원회에서 예비심사를 마친 이후 예산결산특별위원회에 회부되며, 이때 예결위 전체회의에서 기획관리실장(시·군·구의 경우 기획감사실장 또는 국·과장)이 예산안을 설명한다. 예산결산특별위원회에서는 집행기관의 실국별(또는 실과별)로 예산안을 심사하고 각 소관 예산심의를 완료하면 심사결과를 조정·정리하여 본 회의에 보고한다.
예산결산특별위원회의 심사보고가 있을 때에는 본회의에서 예산총액에 대하여 의결하고, 예산총액에 대하여 의결할 때에는 의결하기 전에 부분별로 부의 의결할 수 있다. 예산안 가운데 예산결산특별위원회에서 다시 심사할 필요가 있는 사항이 발견되면 본회의의 의결을 거쳐 그 사항에 한하여 기간을 정해 예결위에 재심을 요구할 수 있다.
이와 같은 일련의 과정을 거쳐 마련된 예산안이 본회의를 통과하면 그 예산안은 다음 연도 예산으로 확정된다. 확정된 예산안은 3일 이내에 지방자치단체장에게 이송된다.