평택시는 이러한 당진군의 조치에 반발하여 중앙분쟁조정위원회에 2000년 3월 31일에 조정을 신청했으나, 당진군이 헌법재판소에 권한쟁의심판을 청구함으로써 위원회 분쟁신청은 각하되었다. 당진군은 2000년 9월 7일 평택시에서 등록한 토지를 말소할 것을 주장하면서 권한쟁의심판을 청구하였다. 2004년 9월 23일에 헌법 재판소는 해당 권한쟁의심판사건에서 당진군에 자치권이 있다고 결정하였다.
한편 2009년 4월 1일에는 지방자치법이 개정되었는데, 매립지의 귀속 지자체에 대한 결정은 행정안전부장관이 정하도록 하였다. 법이 개정된 이후 평택･당진항에 추가 매립지가 발생했는데, 2010년 평택시는 행정안전부 소관 중앙분쟁조정위원회에 해당 매립지에 대한 귀속 자치단체 결정신청을 하였다. 분쟁조정위원회는 2015년 4월 13일에 최종적으로 심의･의결했는데, 해당 토지의 29%는 당진시로, 71%는 평택시로 분할해 귀속하기로 결정하였다. 그러자 당진시는 위원회 결정을 수용하지 않고 법정 다툼을 다시 제기하였다.