신용보증기금은 이와 같은 정부의 시각과 국민적 관심에 부응하기 위해 고객만족경영과 윤리경영을 적극적으로 추진하고 보증운용을 혁신형 중소기업에 대한 지원 위주로 재편하였으며 고액보증에 대한 심사를 강화시키고자 전담조직인 Hi-Plus팀을 운영하였다. 또한, 전사적 리스크 관리 역량을 배양하기 위해 부실징후예측시스템, 산업평가시스템, 소기업평가시스템 등을 운영하였으며 다른 보증기관에 대한 차별화를 모색하기 위해 전자상거래보증의 양적 확대를 추구하고, 사회기반시설에 대한 보증지원을 강화하였다. 또한, 보증연계투자를 활성화하고 정부 및 금융기관 출연의 한계를 극복하기 위해 2005년에는 처음으로 SK텔레콤, 하나은행 등으로부터의 출연에 성공하여 기업출연에 의한 상생협력보증제도를 시행하였다.