기본직불금은 기존의 쌀소득보전직불제(고정, 변동), 밭농업직불제(고정, 논 이모작), 조건불리지역직불제 등의 통폐합을 통해 탄생하였으며, 그 지급은 ① 농지의 형상 및 기능 유지, ② 농약 및 화학 비료 사용 기준 준수, ③ 농업·농촌의 공익기능 증진 관련 교육 이수, ④ 그 외 식량의 안정적 공급, 국토환경 및 자연경관의 보전, 생태계의 보전, 농촌사회의 고유한 전통과 문화의 보전 등을 위하여 대통령령으로 정하는 사항의 이행 등 몇 가지 의무적 준수사항에 연동된다. 다만 과잉생산이 예상되는 작목은, 신청 시 수급안정을 위하여 휴경, 타 작목 재배 등 재배면적 조정의무가 부과될 수 있다.
선택직불제는 기존의 친환경농업·친환경안전축산·경관보전 직불제 및 대통령령으로 정하는 그 밖의 직불제를 포괄한다. 기본직불금과 중복수령이 가능하나, 지급요건과 기준, 수령자의 의무사항 등 세부적인 사항은 역시 시행령에 위임되어 있다.
한편 2018년 11월 이후 여·야 간 합의에 이르지 못했던 쌀 ‘목표가격’도 「공익증진직불법」을 통해 확정됨으로써, ‘쌀 변동직불금’은 2019년 생산량까지 지급된 후 사라지게 된다.