한편, 다음의 경우에는 증권거래세 과세대상이나 조세특례제한법 제117조에 의해 증권거래세가 면제된다(조세특레제한법 제 117조).
① 간접투자자산운용업법에 의한 투자신탁에 있어서 당해 자산운용회사가 신탁재산에 주권을 편입하거나 신탁재산으로부터 주권을 인출하는 경우
② 제2호의 투자신탁에 있어서 당해 수탁회사및 자산운용회사가 신탁재산에 속하는 주권 및 소유주권을 증권거래법에 의한 유가증권시장·협회중개시장 또는 전자장외 거래를 통하여 양도하는 경우
③ 증권투자를 목적으로 설립된 외국법인이 외국환거래법 또는 증권거래법에 의하여 국내의 증권투자에 대한 재정경제부장관의 허가 등을 받아 취득한 주권을 유가증권시장·협회중개시장 또는 전자장외거래를 통하여 양도하는 경우
④ 간접투자자산운용업법에 의한 투자회사·사모투자전문회사 및 투자목적회사가 유가증권시장·협회중개시장 또는 전자장외거래를 통하여 주권을 양도하는 경우
⑤ 금융기관등의 주주 및 금융지주회사가 조세특례제한법 제52조의 2의 규정에 의하여 주식을 이전하거나 주식을 교환하는 경우