둘째, 지방당의 자율성 강화이다. 중앙당의 독점적 지위를 견제하고 지방당이 후보선출의 자율성을 갖도록 하는 제도대안이 필요하다. 이를 위해 지방에서 자율적으로 후보를 선출할 수 있는 상향식 공천제도를 법적 규정으로 명문화한다. 또한 풀뿌리 지방정당의 설립을 허용하고, 정당에 따라 차등적으로 선거에 참여할 수 있도록 하는 방안이 제안되었다.
사회통합위원회의 지역주의 완화를 위한 지방선거제도 개선방안은 정당공천제의 폐지와 지역정당의 활성화로 요약된다. 정당공천이 지역주의를 심화시키는 부정적인 측면이 있는 것은 사실이지만, 공천제의 폐지나 개선이 지역주의 완화를 위한 유일한 처방이 될 수는 없다. 지역주의 문제의 해법은 공천제 자체보다는 정당경쟁구도의 구축에서 찾아야 할 것이다. 지역주의는 지방정치의 폐쇄적 정당구도와 밀접한 관련을 갖는다. 지지율에서 취약한 정당이나 군소정당의 의회진입이 가능한 제도환경이 구축되어 다양한 대안세력들이 기존의 지역주의정당과 경쟁할 수 있을 때 비로소 지역주의의 벽은 허물어질 수 있다.