2. 국민의 정부(1998. 2. ~ 2003. 2., 18부 4처 16청: 38개)
□ 역대정부와 달리 국민의 정부는 경제위기 극복이라는 급박한 사회변화 속에서 정부조직개편을 시도하였음
□ 국민의 정부는 총 3차에 걸쳐 조직개편을 단행하였음
□ 1차 개편에서는 정부조직을 17부 2처 16청으로 개편하였음
○ 대통령 직속기구로 기획예산위원회를 신설하였으며, 국무총리실에 법제처와 국가보훈처가 차관급 부서로 흡수되었음
○ 정무 제1장관과 제2장관이 폐지되고, 제2장관실은 대통령 직속의 여성특별위원회의 사무처로 변경하였음
○ 재정경제원을 재정경제부로 개편하고, 그 산하에 예산청을 신설하였으며, 외무부는 통상교섭기능을 강화하여 통상교섭본부를 신설하고 명칭을 외교통상부로 하였음
○ 마지막으로 내무부와 총무처를 행정자치부로 통합하였으며, 통상산업부는 산업자원부로 개편하였음
□ 2차 개편에서는 1차 개편시 의견조정 실패로 불가능하던 일부 조직의 개편을 통해 인사기능은 대통령에 집중하고, 기획예산위원회와 예산청을 통합하여 기획예산처를 신설하고, 중앙인사위원회도 신설하였음
□ 3차 개편에서는 정책간 연계성과 일관성 확보 및 종합 조정기능의 강화를 위해 경제 및 교육부서를 부총리급으로 격상하고, 여성의 사회적 권익보호를 목적으로 여성부를 신설하여 18부 4처 16청으로 재편하였음