또한 2019년 농업환경보전프로그램 참여 1년 차인 현장에서의 어려움은 농업환경보전 프로그램을 통한 농업인 인식 변화, 생태환경의 변화가 있음에도 불구하고 지역 특성에 맞는 활동을 현장에 구체적으로 적용하기에는 다음과 같은 인적·행정적 어려움이 있어 보완이 필요한 것으로 나타났다.
첫째, 농촌지역 인구와 농업 종사자의 고령화가 빠르게 진행되고 있고, 문맹률도 높아 이행 활동 증빙에 어려움이 있다. 2018년 실증연구 이행협약 참여자 연령을 살펴보면 보령과 함평은 70대가 가장 많고, 평균연령도 각각 65.8세, 67.4세로 나타나 참여 농업인이 농사일지 작성을 통한 활동 증명이나 사진 촬영 기록에 어려움이 있다는 지적이다.
둘째, 친환경농산물 인증 농가의 활동과 농업환경보전프로그램 활동의 중복성을 인정해 주지 않기 때문에 인증 농가가 오히려 역차별을 받는 사례가 발생한다는 점이다. 이는 향후 농업환경보전프로그램에서 친환경인증 농가가 참여할 수 있는 활동에 대한 정당한 보상을 제도적으로 보장을 고려해야 하는 부분이다. 그리고 경작지면적에 따른 사업 수혜의 차별 현상이 나타나고 있어, 지역 내 활동 계획 수립 시 주민 간 논의를 거친 농지를 대상으로 한 활동과 그렇지 않은 활동의 균형을 찾는 것이 중요함을 보여준다.
셋째, 농가들이 선호하는 활동만을 선택하여 실천하고자 하는 경향이 보였다는 점이다. 실제 영농법 전환이 필요한 활동은 선호도가 낮아 참여도가 낮은 편으로 나타났다. 이러한 결과는 결국 농업환경보전프로그램이 국민의 지지를 계속해서 얻는 데 실패할 수 있음을 의미하며, 프로그램 시행 지역 확대를 위해서는 추가적인 예산이 지출되어야 하므로 농업환경보전의 목적에 필요한 활동이 중심이 되도록 할 필요가 있다.
넷째, 농업환경보전프로그램에서 제시하고 있는 단가 수준과 이행 기준을 농가들은 타당하게 생각하지 않고 있다. 단가의 결정 등에 있어 이론상의 논리가 마련되어 있지만 농업 현장의 체감온도가 달라 참여 확대가 어렵다는 점이다. 예를 들어, 녹비작물의 재배는 계절에 따라 중요성과 노동 강도가 다른데 단가 설정에서는 이러한 세부사항이 반영되지 못하고 있다고 지적받은 바 있다.
다섯째, 농가들은 지역 상황에 맞는 프로그램을 자발적으로 발굴하여 추진하는 것을 원하고 있다. 농업 여건 및 환경이 마을마다 다르므로 획일적인 프로그램 활동을 제시하는 것은 효율적이지 않다. 따라서 농업환경보전프로그램의 활동을 발굴할 수 있도록 일부 자율성을 부여할 필요가 있다.