ETS의 할당량 배분과정을 살펴보면 EU 기후변화 정책 결정과정이 국가 중심에서 초국가적 성격이 강화되는 방향으로 발전하고 있음을 알 수 있다(임성진 2009). ETS 도입 초기 배출량 할당 결정방식은 2001년 집행위원회의 지침안에 따라 회원국별로 분산된 설정모델이 적용되었다. 이는 회원국이 독자적으로 배출량을 결정하고 집행위원회는 감시자 역할을 수행하는 내용이었다. 그러나 배출권거래제 시행 과정에서 회원국들은 실제 자신 감축 능력보다 더 많은 배출량을 자국에 할당하는 문제점이 드러났고, 이후 이러한 문제점 해결을 위해 집행위원회가 수정 작업에 착수했다. 집행위원회는 우선 국가별할당계획(National Allocation Plan: NAP)의 평가에 있어 ‘PRIMES 에너지체계모델(PRIMES energy system model)'이라는 평가방식을 도입한 후 이 새로운 모델이 제시한 과학적 측정 결과를 근거로 회원국에게 추가적인 배출량 할당 삭감을 요구했다.
이 상황에서 유럽이사회 자문기구인 ‘기후변화위원회’가 집행위원회에게 모든 국가별할당계획을 예측력 있고 일관되게 평가할 수 있는 새로운 방안을 요구하였고, 이에 따라 집행위원회는 개별 회원국이 설정하는 방식의 국가별할당계획을 폐기하고 공동체차원에서 새로운 할당량 결정 시스템을 구축하였다. 즉 EU의 ETS 정책결정과정을 살펴보면 결정권한이 회원국에서 집행위원회로, 즉 중앙집중 할당이 중시되는 공동체 차원의 초국가적 방향으로 이동하였음을 알 수 있다.