우리나라의 정부 연구개발 프로그램에 대한 성과평가체계는 크게 연구개발사업과 연구기관에 대한 평가로 구분될 수 있다. 정부의 과학기술 정책을 수행하기 위한 부처별 연구개발 예산은 연구개발사업(프로그램)으로 구체화되어 편성·배분되고 있으며, 대학, 민간기업, 출연연 등 연구개발 수행 주체는 소관부처 산하 연구관리전문기관의 사업공모에 참여하여 연구개발활동을 수행하게 되고, 이러한 프로그램 및 연구과제 중심의 평가가 연구개발사업에 대한 평가에 해당된다. 연구기관에 대한 평가는 출연연에 대한 평가를 의미하는데, 정부 연구개발 투자액 중 약 40%의 비중을 보이는 출연연의 경우 공모사업 외에 기관고유 미션을 포함한 연구개발을 수행하고 있다. 기관평가 내용에는 연구개발사업 단위 지원 예산에 대한 평가도 일부 포함된다.