통합공공임대주택의 임대료 체계를 살펴보면, 정부는 임대료의 상한선인 표준임대료의 기준을 설정하고 사업시행자(LH 등)가 표준임대료 이하의 범위에서 실제 임대료를 결정한다. 표준임대료는 주변 지역의 전월세 시세를 기준으로 설정하고, 시세의 35~90% 범위에서 입주자의 소득수준별로 차등화하며, 저소득층의 주거비 부담 경감을 위해 소득이 낮은 구간에서는 임대료율 증가폭을 낮게 설정하였다.
통합공공임대주택 거주기간의 경우 가구 형태에 관계 없이 자격 충족시 최대 30년까지 거주할 수 있도록 하고, 거주 중 소득이 일부 증가하더라도 최대 기준(중위 150%)까지는 안정적으로 거주할 수 있도록 하였다.