향후 혁신도시 발전지원센터의 역할을 강화하고 설립을 확대하기 위한 과제는 다음과 같다. 첫째, 발전지원센터 설립 준비 과정에서 가장 큰 어려움은 운영비 마련이므로 관련 지방자치단체가 일정 비율로 출연하여 발전기금을 의무적으로 조성하도록 하고, 발전기금을 발전지원센터에 출연하거나 보조하도록 규정하는 방안을 검토할 수 있다. 또한 이전공공기관이 발전기금에 출연할 수 있도록 공공기관 관련 법률 등의 개정도 추진할 필요가 있다.
둘째, 테크노파크, 경제진흥원, 연구개발특구진흥재단 등 이미 지역에서 발전지원센터와 유사한 기능과 역할을 수행하고 있는 기존 기관들과 차별화된 센터만의 기능과 역할을 정립하는 것이다. 센터의 중점업무를 이전공공기관 연계 유치로 하고 홍보, 지원방안 마련, 인·허가 등 행정절차 서비스 지원 등을 담당하도록 할 수 있다.
셋째, 발전지원센터의 설립 형태를 「민법」 상의 재단으로 한정하지 않고, 지방자치단체의 여건 및 특성에 다양한 형태로 운영하도록 하는 방안을 검토할 필요가 있다. 10개의 혁신도시는 그 특성과 발전 단계가 다 다르기 때문에 직면한 문제점과 발전전략에도 차이가 존재한다. 각 혁신도시가 처한 여건과 필요에 따라 재단 설립, 기존 조직 이용, 기존 기관 내 새로운 조직으로 운영 등 다양한 형태로 센터를 설립하여 운영하도록 하고, 추후 상황에 따라 별도의 재단으로 독립하는 방안을 검토할 수 있을 것이다.