지방자치의 부정적 효과로는 지역 이기주의가 심화되었다는 점이다. 중앙-지방은 물론 지방-지방간 협력과 소통의 어려움이 고착되었다. 그 결과 국정과제 특히 비 선호시설의 경우 추진에 적지 않은 어려움을 낳고 있다. 밀양의 송전탑 공사가 최근에 보여준 대표적 사례이다. 주민의 편리성을 위한 경계구역조정도 해당 지방정부의 이익에 좌우되어 실현되지 못하는 것이 지방자치의 현실이다. 지방정부와 주민의 협업도 효과적으로 이루어지지 못하고 있다. 선출직 지방정부의 장은 임기 동안 가시적인 성과에 집착한 나머지 장기적인 사업보다는 단기적, 전시성, 이벤트성 행사에 집중하는 경향이 강하다. 지방정부의 장의 랜드마크로 추진하는 사업의 경우 무리한 사업 추진으로 지방정부를 재정적 위기에 몰아넣는 사례도 적지 않다.