개정 전자문서법은 원본 종이문서와 전자화문서의 동일성에 대한 규정이 부재하다. 전자문서법의 일정한 요건을 충족한 경우 전자화문서가 원본 종이문서와 내용과 형태가 동일하다는 것을 추정하는 규정을 두는 것을 고려해 볼 필요가 있다. 법 체계상 전자화문서에 대하여 동일성 추정효를 부여한 후 원본 종이문서를 폐기할 수 있다고 규정하는 것이 논리적이다. 이때 전자화문서가 원본과 동일하다고 볼 수 있는 일정한 요건을 정할 수 있을 것이다. 종이문서가 처음 작성된 후 전자화 이전까지 보관되는 도중에 위·변조되지 않고 동일성을 유지할 수 있도록 종이문서 작성과 전자화까지 절차를 정하고 그 기간을 최소화하는 방안이 있다. 가령 거래 상대방과 종이문서를 작성한 후 지체없이 전자화하여 상대방과 현장에서 함께 확인한 경우, 기업에서 대규모로 발행하는 인쇄 양식지에 특정 일련 정보를 인쇄하고 종이문서 작성 후 일련의 절차에 따라 수거하여 전자화작업장으로 이동해서 전자화하는 경우 등이 가능하다. 그리고 전자화 이후의 동일성은 전자문서법에 의한 공인전자문서센터에 보관하는 절차에 따르면 될 것이다. 또한 전자화 과정에서 색상 및 해상도 등 전자화문서의 품질을 강화하는 요건을 정하여 전자화문서의 검증, 감정을 할 수 있는 방안도 있을 것이다. 개정 전자문서법은 원본 종이문서를 전자화한 후에 폐기한 경우 원본과 전자화문서 간의 동일성이 문제될 수 있다. 따라서 동일성을 추정하는 규정이 반드시 필요하다. 전자문서 일반에 대한 원본성 규정은 과도한 규제의 소지가 있으므로 전자화문서의 보관과 관련하여 제한적 범위에서만 원본성 추정 내지 간주규정을 두자는 의견(정진명, 2017)도 유사한 입장이라고 본다.