한편, 1999년 3월에 발간된 교육발전 5개년 계획 시안에 따르면, 국민의 정부의 기본 정책방향성은 학교의 자율성을 증진하는 방향으로 진행되었다. 교육발전 5개년 계획 시안에서는 최소한의 정원 책정 기준까지도 해제해서 지방 사립대학의 학생정원을 완전 자율화시키겠다고 밝혔다(교육부, 1999).
이 계획은 사실상 실현되지는 않았지만 김대중정부의 정원자율화의 지향점을 파악할 수 있었다.
위와 같은 사례들을 볼 때, 김대중정부의 대학정원정책은 각 대학의 자율화를 확대하며, 이를 통해 대학정원의 증가에 따른 입시경쟁완화를 목표로 하고 있음을 알 수 있다.
이후 2000년 정원책정기준은 이전에 예고하였던 바와 같이 교원 충원률을 55% 이상으로 하였고, 2001년도 정원조정 지침에서는 60% 이상으로 하고 있다. 하지만 이는 2002학년도 정원조정 지침에서 교사 및 교원 확보율의 기준을 학생정원 기준에서 등록된 학생수로 변경함으로써 재검토되었다. 2002년도 대학 및 산업대학 학생정원 조정 계획안에서 안내한 바에 따르면 기존 편제정원 기준으로 산정하고자 하는 대학은 65% 이상을, 재학생 기준 적용을 원하는 대학은 70%를 적용하도록 하고 있다. 이후 재학생 기준으로 연간 10%씩 상승 조정하여 2005년도에 100%를 적용하기로 목표하였다. 또한, 2003학년도 정원책정기준은 이에 추가하여 교지확보율과 수익용 기본재산 확보율이 추가로 적용되었다.