둘째, 반입명령 기준이 애매모호하다. 반입명령은 “국내외의 농산물 및 축산물 수급에 중대한 차질이 생기거나 생길 우려가 있어 국민경제의 안정과 원활한 운용을 해치거나 해칠 우려가 있는 경우”에 발령하도록 규정하고 있다(법 제33조). 그런데 발령기준이 구체적이지 않고, 명확하지 못한 측면이 없지 않다. 이에 반입명령을 둘러싸고 경영이익을 최우선으로 하는 기업과정부 간에 해석상 문제가 발생할 여지가 있다.
셋째, 평상시 국내 반입 문제다. 앞에서 언급한 것처럼 비상시 국내반입에 대해서는 규정이 있으나 평상시에 대해서는 아무런 규정이 없다. 따라서 융자기업이 상업적 판단에 따라 생산물을 자유롭게 처분할 수 있고, 이것은 현행법상 문제가 되지 않는다.
그러나 농지관리기금을 활용하여 융자 지원하는 해외농업개발사업으로 확보한 곡물이 평상시에는 단지 기업의 상업적 판단에만 맡겨 국내 반입이 제대로 이루어지지 않는 것에 대해서는 계속 문제가 제기되고 있다. 이에 비난을 받고 있는 정부는 반입을 확대할 수 있는 방안 마련에 골몰하고, 기업은 반입문제 때문에 경영에 어려움이 크다고 불만을 토로하고 있는 실정이다.