한편, 「정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」 및 「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」에서 설치를 규제하고 있는 ‘출연연구기관’에 해당하는 것으로 보이나, 위 두 법률의 특례 목록에서 누락된 연구기관들이 있다. 위 두 법률상 특례제한규정의 적용을 받는 출연연구기관의 정의는 ‘정부가 출연하고 연구를 주된 목적으로 하는 기관’인데, 「특정연구기관 육성법」의 적용을 받는 16개 연구기관과 그 밖에 개별법으로 설립된 5개 기관이 이에 해당하는 것으로 보인다. 특히 「특정연구기관 육성법」은 특정연구기관에 대해서 출연금을 지급할 수 있다고 규정하고 있는데, 이러한 규정 자체가 위 특례제한규정과 충돌한다고 볼 여지가 있다. 「특정연구기관 육성법」이 위의 두 출연연구기관법과 중복된다는 지적은 선행연구에서도 나타난다(이경희, 2005: 88-89).