한편 복지재정분권의 결과를 평가함에 있어서 반드시 주목해야 하는 또 다른 측면 중의 하나는 복지재정의 지역 간 격차가 어떻게 변화해 왔는가 하는 것이다. 적극적인 정책적 조치가 이루어지지 않는 이상, 자치분권이 확대되면 지역 간 재정격차는 커질 수밖에 없는데, 복지재정의 지역 간 격차는 지역주민의 기초적 사회권을 침해할 수 있는 소지가 있기 때문에 보다 집중적인 정책적 관심이 요구된다.
그런데 제 1기 사회복지분권 이후 지역별로 이양된 지방복지사무에 대한 예산집행액 규모 추이를 분석한 연구(곽채기 외, 2008)에 따르면, 2005년 복지사무 지방이양 이후 지역 간 복지여건 격차는 더욱 커져왔다. 광역시‧도와 시‧군‧구에서 재정자립도가 낮을수록, 기초생활수급자 비율이나 노인인구 비율이 높을수록 지방이양된 복지사업에 대한 예산규모가 지속적으로 감소한 것으로 나타났다. 지방재정이 열악한 지역일수록 지방이양된 복지사무에 대한 재정적 실행여력이 약해진 것이다. 지역주민의 기초적 복지를 지원해주는 복지사무의 속성을 고려할 때, 이러한 복지재정의 지역격차는 적극적인 정책적 개입을 통해 해소되어야만 한다.