우리나라의 주휴일 제도는 유급으로 보장하고 있으며, 유급휴일이 인정되기 위해서는 ‘개근’을 필요로 한다는 점에서 주휴일 발생 및 유・무급 처리 등에 대해 다양한 문제가 제기되고 있다.
첫째, 모법의 위임 없이 법 시행령에서 법률이 정한 ‘유급 주휴일’의 전제로서 ‘주 소정 근로일의 개근’을 요건으로 하는 것은 시행령에 의해 법률이 정한 권리가 제약되고, 결근자에 대해서는 주휴일을 부여하지 않아도 된다는 불합리한 해석을 배제할 수 없다. 하지만 판례와 행정해석은 소정근로일을 결근할지라도 유급휴일을 청구할 수 없을 뿐이지 주휴일 자체가 보장되지 않는 것으로 볼 수 없으며, 지각・조퇴・외출 등 소정근로 일부를 제공하지 못한 경우에 대해 결근으로 처리할 수 없다는 입장이다.
둘째, 외국의 입법례와 달리 우리나라는 주휴일을 유급으로 인정하고 있다. 주휴일이 유급으로 인정된 것은 임금보전과 성실근로의 유도에서 비롯되었으나 월급제의 경우 월 급여 속에 이미 주휴수당이 포함된 것으로 해석되어 근로자로서는 특별히 임금보전 효과를 체감하기가 쉽지 않다. 반면, 결근자 및 주중 근로일수가 적은 자에 대해서는 월급 속에 포함되어진 것으로 간주되는 주휴수당 부분을 별도로 감액 공제하는 과정에 상당한 갈등으로 이어지기도 한다.