헌법재판소는 보호입원은 기본적으로 인신구속의 성질이 있으므로 부당한 강제입원으로부터 환자의 신체의 자유를 침해하지 않고 권리를 보장하는 절차의 마련이 필요하다고 하였다. 예를 들면, 입원 전이나 입원당시 당사자에 대한 사전고지, 청문 및 진술기회, 강제입원에 대한 불복, 부당한 강제입원에 대한 사법심사, 국가 또는 공공기관에서 제공하는 절차보조인의 조력 등이 분명하게 보장되어야 한다는 것이다.
또한, 법익의 균형성에 비추어 보아도, 정신질환자 본인과 사회안전을 도모한다는 공익에도 불구하고 보호의무자 2인의 동의와 정신과 전문의 1인의 판단만으로 정신질환자에 대한 보호입원이 가능하여 신체의 자유 침해를 최소화할 적절한 방안은 규정되지 않아 신체의 자유라는 사익이 과도하게 침해된 것이어서 법익의 균형성도 충족하지 못한다고 결정하였다.