3) 시간비례원칙을 적용하는 일률적인 수당규정
시간선택제 공무원의 보수에는 시간비례원칙이 적용되고 있어, 봉급은 전일제 근무 시 지급받을 봉급월액을 기준으로 근무시간에 비례하여 지급하고, 수당 역시 전일제공무원에게 지급하는 수당 등을 기준으로 근무시간에 비례하여 지급하되 가족수당·자녀학비보조수당·초과근무수당은 전일제와 동일하게 지급하도록 하고 있다. 이에 따라 시간선택제 공무원이 초과근무를 하는 경우 전일제공무원과 동일하게 초과근무 실시 시간에서 1시간의 공제가 발생하게 되는데, 시간선택제 공무원의 초과근무가 정규 근무시간인 9시부터 18시 이내에 이루어진 경우에도 1시간의 공제를 두는 것은 타당하지 않다는 의견이 있다.
그리고 특수업무수당 중 기술정보수당의 경우 특수한 자격증을 요하는 업무에 종사하는 것을 전제로 수당을 지급하는 것으로 직위에 대해 지급하는 수당으로 볼 수 있는 여지가 있는데, 이러한 수당에 대하여 시간비례원칙이 적용되는 것이 타당한지에 대한 검토 역시 필요하다고 보인다.