이후 1990년대에 정치개혁이 추진되면서 2000년대 초 고이즈미 정권에서는 당 차원의 사전심사제의 형식은 존중하되, 만장일치를 기조로 한 사전심사제의 절차를 반영하지 않기로 하고 총리의 정책결정 권한을 확대시킨 바 있다. 다만, 2006년 아베 총리 취임 이후에는 다시 기존의 방식으로 회귀하였다.
2009년 정권교체를 실현한 민주당 정권에서는 이른바 ‘정치주도’에 기초한 정책결정방식을 도입할 것을 선거공약으로 내세우고, 자민당 정무조사회에 해당하는 민주당 정책조사회를 폐지함과 동시에 정책결정 권한을 내각으로 일원화하는 방침을 내걸었다. 더불어 여당의 의원입법 또한 원칙적으로 금지시켰다. 그 대신 국회 심의 개시 후 위원회 단계에서 정부안 수정 및 여당 의원의 의견을 반영하는 새로운 시스템을 가동하였다. 하지만 이러한 민주당의 시도는 결과적으로 1년도 채 되지 않아 좌절되었으며, 2010년 간 나오토(菅 直人) 내각 이후, 정책조사회 복원 및 자민당 정권과 동일한 방식의 사전심사제가 부활하게 되었다.
2012년 재집권에 성공하여 현재까지 정권을 유지하고 있는 자민당은 기존의 여당 사전심사제를 계속해서 운용해오고 있다.