(2) 상소심(2심, 최종심) 판정
WTO 분쟁해결기구(DSB) 상소심은 일부 절차적 쟁점(투명성 중 공표의무)을 제외한 사실상 모든 쟁점에서 1심 패널 판정을 파기하고 한국 정부의 수입규제조치가 SPS 협정에 합치한다고 판정하였다. 1심에서 불합치 판정을 내렸던 차별성, 무역제한성, 투명성 위반 등 3가지 쟁점에 대한 상소심 판정은 다음과 같다.
먼저, 일본에 대한 자의적 차별에 대해 1심 패널은 일본산 식품에 대한 방사능검사 수치를 기초로, 일본과 제3국 간 위해성이 유사함에도 불구하고 일본산 식품에 대해서만 수입규제를 적용하는 것은 SPS 협정상 금지되는 자의적 차별이라고 판단했다. 이에 상소기구는 식품오염에 영향을 미칠 수 있는 특별한 환경적 상황 등을 고려했다면 일본과 제3국의 상황이 서로 다르다는 점을 인정했을 가능성이 있으므로, 1심에서 식품의 방사능검사 수치에 집중한 것은 잘못이었다고 판정하였다.