나. 인수방식
부실채권정리기금의 경우 부실채권 등을 매입할 때 다양한 간접투자기구의 활용이 어려웠으나 현재는 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따라 다양한 간접투자기구가 존재하고 이를 적극적으로 활용할 필요가 있어 구조조정기금은 이를 반영하여 민관 공동투자가 가능하도록 하였다.
다. 잔여재산 반환
부실채권 인수정리 후 잔여재산이 남을 경우 부실채권정리기금은 출연비율 등을 감안하여 반환하도록 되어 있었다. 그러나 구조조정기금의 경우 잔여재산은 모두 국고에 귀속된다. 이는 기금에서 손실이 발생하면 국가가 모두 손실을부담하므로 이익도 당연히 국가에 귀속되어야 한다는 취지이다.