둘째, 해상경계 관련 조정기구의 개선방안을 모색할 필요가 있다. 현행법상 해상 경계의 갈등조정은 행정안전부 소속 중앙분쟁조정위원회가 담당하고 있는데, 해당 위원회가 조정 역할을 제대로 해내지 못함으로써 갈등을 심화시켰다는 비판이 있어 왔다(김봉준, 2009; 김두석, 2012; 윤수정, 2016; 김태은, 2017). 윤수정(2016)은 현행법에서 중앙분쟁조정위원회가 별도의 법규정에 의한 기준 없이 심의와 의결만으로 공유수면매립지의 귀속을 결정하도록 한 것은 입법적 하자라고 보았다. 물론 해상경계에 대한 명확한 실정법이 없다는 한계 때문에 분쟁조정기관이 조정기능을 충실히 하는데 한계가 있겠지만, 갈등당사자가 위원회 결정을 신뢰하고 그 결과를 수용할 수 있도록 제도적 개선이 필요하다. 조정위원회가 제 기능을 하지 못할 경우 갈등의 해결은 사법부의 법률적 판단으로 넘어가게 되는데, 이 경우에는 행정력 낭비, 경제적 손실, 지역간 대립 격화 등의 문제를 가져올 수 있다. 평택･당진항 사례의 경우 2차 매립지 귀속 지자체 결정에 대한 중앙분쟁조정위원회 심의기간이 5년이 넘게 소요되었다. 더욱이 위원회 결정에 대해 불복하여 대법원을 통한 소송을 하는 지자체들이 적지 않다. 이와 같이 지자체들이 위원회의 결정을 거부하고 대법원에 소송을 제기하거나, 헌재에 권한쟁의 심판을 신청할 경우에는 갈등기간이 더욱 길어지는 결과가 초래된다(김태은, 2017).