하지만 모든 목조문화재에 일괄적으로 방염처리를 하도록 강제하는 것은 바람직하지 않으며, 문화재 관리주체가 선택적으로 수용할 수 있도록 할 필요가 있다. 왜냐하면 방염처리로 가연성은 조정할 수 있지만, 방염제가 문화재의 미적가치를 손상시킬 가능성이 있기 때문이다. 특히 지형적인 여건상 습기가 존재하는 장소의 문화재는 방염처리로 인해 피해가 발생할 가능성이 높다. 실제로 <표 12>와 같이 방염처리가 문화재의 목재 자체를 썩게 만들거나 변질시킨 사례와 단청의 박락･오염･백화(색깔이 탈색되는 것)현상이 발생한 사례가 있다.
문화재청에서도 국립문화재연구소의 방염제 약품분석결과를 토대로 방염제 도포로 인한 피해가능성을 인지하고, 안전한 방염제가 개발될 때까지 도포횟수를 기존 3회에서 2회로 줄이도록 권장하고 있다(문화재청, 2008: 635; 김상구, 2006: 112).