수도에 관해서는 이것이 헌법사항인지 또는 헌법의 법원으로서의 관습헌법에 해당하는 것인지에 대하여 논란이 있다. 2004년 헌법재판소는 ‘신행정수도의 건설을 위한 특별조치법’이 수도가 서울이라는 관습헌법에 어긋난다는 결정을 내렸다. 이에 ‘신행정수도 후속대책을 위한 연기· 공주 행정중심복합도시 건설을 위한 특별법’이 제정되었다. 소위 세종시로 명명되어 한창 건설 중이다. 그런데 이를 둘러 싼 최근의 논란은 나라말을 창제한 세종대왕을 보기에 민망스럽다. 수도의 분할이 국가경쟁력 제고에 도움이 되는지의 논의는 실종되고 약속 지키기 싸움과 밀어붙이기에만 골몰한다. 과천청사는 그렇다 치고, 외청을 대전으로 옮겼는데 정작 힘이 센 경찰청·검찰청· 국세청은 서울에 남아 있다. 세종시도 마찬가지가 될 가능성이 높다. 청와대와 국회라는 국민적 정당성을 대변하는 권력의 심장부가 서울에 남아 있는 한, 세종시는 또 다른 빈 수레 정부청사가 될 뿐이다. 정책당국이 확실한 대안제시도 없는 상태에서 여야 간· 지역 간 충돌만 계속된다. 이제 무엇이 미래한국의 청사진인지를 분명히 제시해야 한다. 지금은 혁명의 시대가 아니라 정상국가의 모습을 일궈나가야 한다. 세종시 문제는 수도분할이 갖는 문제점과 통일한국의 수도라는 두 개의 명제를 동시에 고려해야 한다. 지난 정권 때 합의한 약속과 신뢰의 정치도 중요하지만 미래세대를 위해 바람직한 세종시의 좌표가 무엇인지 고민해야 한다. 어차피 세종시는 행정수도이전 불발에 따른 사생아가 아닌가. 행정수도를 통째로 옮기든지 아니면 처음부터 다시 시작해야 한다. 지정학적으로 세종시는 남한의 중심부는 될 수 있어도 통일한국의 한반도를 상정한다면 남쪽에 너무 치우쳐 있어 수도로 적합하지 않다. 수도 문제가 이렇게 정쟁의 대상이 되는 것은 국가발전을 위해서나 국가정체성의 측면에서 바람직하지 않다. 차제에 헌법개정을 할 때에는 수도가 서울임을 명시하는 것도 더 이상 수도가 정쟁의 대상으로부터 벗어나는 길이기도 하다.
국가의 정체성을 분명히 하는 한편 국가사회의 변화에 능동적으로 대처함으로써 국가의 새로운 모습을 헌법에 반영하여야 한다. 예컨대 민족적 민주주의에 젖어 있던 헌법관이나 국가관은 이제 다문화·다민족 사회에 능동적으로 대응함으로써 새로운 시대의 국민통합에도 기여하여야 한다.