셋째, 비과세·감면 법규의 복잡성이다. 지방세 비과세·감면 규정은 앞서 언급한 바와 같이 「지방세법」, 「지방세특례제한법」, 「조세특례제한법」, 그리고 감면조례로 나뉘어 있다. 이에 따라 관리주체가 기획재정부, 행정안전부, 지방자치단체로 분리되어 지방세 비과세·감면정책의 총괄적인 조정이 곤란할 소지가 있다. 또한 사회복지, 지역개발, 중소기업 지원 등 유사한 분야에 대한 비과세·감면규정이 각기 다른 법규에 다른 방식으로 규정되어 있어 일반 국민들이 지방세 비과세·감면체계를 종합적으로 파악하는데 어려움을 겪고 있는 실정이다.
넷째, 비과세·감면의 항구화·기득권화 문제이다. 개별조문 마다 명시된 감면기한이 도래하면 해당 감면이 자동적으로 폐지되는 일몰제(sunset law)가 「지방세특례제한법」상 도입돼 있음에도 불구하고, 기한 연장을 통하여 15년 이상 지속된 감면이 전체 지방세 비과세·감면액 중 약 57% 이상을 차지하고 있다. 또한 80% 이상이 전액 감면으로 이루어져 있는 바, 감면 대상이나 감면 목적에 관계없이 과다한 감면이 장기화됨에 따라 과세형평성이 저해될 우려가 제기되고 있다.