예산과 법률의 불일치 가능성 역시 문제로 제기된다. 재정지출을 요구하는 법률이 제정되어도 예산이 성립되어 있지 않으면 집행이 불가능하고, 예산이 성립되었더라도 그 집행의 근거가되는 법률이 없다면 예산집행에는 어려움이 있게 된다. 법률과 예산의 불일치 상황이 발생할 경우 정부는 추가경정예산안 편성, 예비비 지출, 예산 항목 전용 등으로 대처하는데 이는 국회가 의결한 예산의 효력이 수정되는 결과를 초래하게 된다.
또한, 예산의 형식이 통계표 형식으로 작성되어 예산정보가 국민에게 제대로 공개되지 않는 다는 점도 지적되고 있다. 사업명과 예산규모만 나타나 있어 사업의 목적, 대상, 범위, 집행에 관한 사항을 파악하기 어렵다는 것이다.