그런데 영업시간 제한 제도를 시행하는 과정에서 세 가지 문제가 발생하였다.
첫 번째는 2012년 6월 22일 서울행정법원의 판결로 인해 드러난 문제로, 지자체 조례의 내용 및 개정과정과 관련된 것이다.
두 번째 문제는 농수산물의 매출액 비중이 51% 이상인 점포에 대해서는, 지자체의 조례로 영업시간 규제대상에서 제외할 수 있도록 한 것이다.
마지막으로 대규모점포 중에서 대형마트만을 규제대상으로 규정한 것이 문제가 되고 있다.
첫 번째 문제는 서울행정법원의 판결에 의해 지적된 사항을 지자체가 개선하면 해결되는 것이다. 즉 조례를 개정하여 「유통산업발전법」에 명시적으로 규정되어 있는, 영업시간 제한과 의무휴업일 지정의 필요성 판단과 그 시행여부 및 범위설정에 대한 지자체장의 재량권을 보장하기만하면 된다.
그리고 해당 조례를 개정하는 과정에서 당사자에게 해당 내용을 사전에 통지하고 의견제출 기회를 부여하는 등의 행정절차를 준수하면 된다. 하지만 두 번째와 세 번째 문제는 「유통산업발전법」과 동 법의 시행령을 개정해야 해결되는 문제이다.