또한, 예산 및 평가기능 간 연계를 제한하는 주요 원인으로 부처중심, 세부과제 중심의 연구개발예산구조를 들 수 있다. 우리나라의 경우 연구개발예산에 프로그램 예산제도를 도입하여 시행하고 있으나, 1차적으로 부처수준에서 연구개발예산이 결정되고 이후에 프로그램 예산제도가 적용되는 구조를 지니고 있다. 구체적으로 살펴보면, 부처 단위로 우선 연구개발예산이 편성되고 예산 조정절차를 거쳐 부처 내 사업별 예산이 정해지면, 정부연구개발예산은 각 부처의 국가연구개발사업에 배정된 다음 부처 산하의 연구관리전문기관에서 집행된다.
이러한 부처 중심의 예산구조는 부처수준에서는 최적화가 가능할 수 있으나 국가 전체 차원에서 프로그램 단위의 전략적 예산배분은 불가능한 구조이다. 우선 부처별 구분이 우선적으로 이루어지고 그 이후에 부처별로 프로그램이 수립되는 형태인데, 이에 부처마다 유사한 사업일지라도 사업의 규모 및 사업 구성의 성격에 따라 프로그램 구분이 차별적으로 이루어져 부처 간 유사사업이 중복되는 문제가 발생한다. 다음 그림에서 확인할 수 있듯이, 인력양성의 경우 A 부처는 프로그램 수준에서 다뤄지고 있지만 다른 부처들에서는 단위사업 또는 세부사업 수준에서 편성되어 있다. 이에 국가 차원에서 연구개발인력양성사업이 어떠한 부문 및 부분에서 얼마나 투자되고 있는지, 종합적인 탐색이 불가능하며, 프로그램예산제도의 유기적인 구조하에서 프로그램-사업-과제의 적합성과 적정성을 평가하기 힘든 구조를 지닌다.