이 같은 공천제도 개혁과 관련한 현재 논의의 핵심은 두 가지로 요약할 수 있다. 첫째, 상향식 공천방식의 제도화 문제로 이것은 누가 정당 후보를 공천할 것인지에 대한 논의이다. 지금까지 한국의 정당은 주로 정당 지도자, 중앙당 기구, 혹은 계파 지도자에 의해 하향식으로 후보를 공천해왔다. 그러나 이러한 지명 권한을 일반당원이나 유권자에게 이양시켜 ‘투표’(voting)로 후보를 선정하는 방식, 즉 상향식 경선을 제도화하자는 논의가 설득력을 얻고 있다.
이 같은 상향식 경선 방식은 2002년 대통령 선거에서 도입되어 지금까지 여러 선거에서 부분적으로 시행되어 오고 있으며 이를 당헌·당규에 명시할 경우 모든 선거구에서 실시하게 될 것으로 보인다. 그러나 이 같은 상향식 공천의 제도화는 기존에 공천 관련 권한을 갖고 있는 중앙당 지도자, 국회의원 등의 권한 약화를 의미하는 것으로 이들의 반발이 예상된다. 이 밖에도 상향식 공천제도와 함께 최종 공천권을 행사하는 ‘공천심사위원회’의 구성을 어떻게 할 것인지, 혹은 기초단체장 공천의 경우 이 기구를 지방당과 중앙당 어느 곳에 설치할지도 논란이 되고 있다. 또한 공천심사위원회의 구성원을 현재와 같이 중앙당이 지명하는 방식이 아닌 지역의 당협위원장들의 투표에 의해 결정하는 방식도 논의되고 있다.
둘째, 상향식으로 공천할 경우 지명주체(selectorate)는 어떻게 구성하는가의 문제이다. 즉 선거인단의 구성을 일반당원이나 책임당원으로 제한할 것인지, 혹은 일반 유권자로 확대할 것인지, 여론조사 결과를 포함할 것인지가 논쟁 중이며 나아가 이러한 구성을 조합할 경우 그 구성 비율은 어떻게 할 것인지 등도 문제의 핵심이다. 한나라당의 경우 대통령 후보를 선출하는 ‘국민참여선거인단’의 구성 비율에 관한 논의가 이루어지고 있다. 당원비율의 축소 혹은 확대가 논란이 되고 있는 것이다. 지명주체의 구성과 관련해서는 학계에서도 여러 가지 대안을 제시하고 있다. 예를 들어 ‘배심원’제도가 대표적이다. 이는 선거구에 거주하는 주민들을 상대로 인구 분포에 따라 100명에서 150명의 배심원을 뽑아 이들 앞에서 공천심사위원들이 공개적으로 후보를 심사해 투표로 결정하는 방식이다(『오마이뉴스』 2009년 9월 6일).