1984년에는 건강보험법 개정에 따라 피보험자 본인부담을 10%로 정률화 하였다. 1997년 법률 개정으로 직역건강보험의 본인부담률이 20%로 인상되고 약제본인 부담금이 도입되었다. 2000년도 고령자 본인부담률은 10%로 정해졌고, 2002년에는 수입이 있는 고령자들의 경우에는 20%로 본인부담을 상향 조정되었다. 동일한 시기에 직역건강보험과 국민건강보험에 대해서는 본인 부담률을 20%로 통일시켰으며, 노인보건제도 대상자를 기존의 70세에서 75 세로 상향 조정하였다.
법률 개정에 따라 2003년부터 직역건강보험과 국민건강보험의 본인부담률을 각각 30%로 상향 조정한 반면, 2008년에는 초등학교 입학 전 아동의 경우 종전의 30%에서 20%로 하향 조정하였다. 또한, 2008년 후기고령자건강보 험제도의 실시에 따라 전기고령자(70~75세 미만)와 후기고령자(75세 이상)의 개념을 도입하여 본인부담을 구분하였다.
일본의 법정 본인부담은 진료비의 일정률을 부담하는 정률제 (coinsurance)방식이다. 본인부담분은 전체 진료비의 30%이며, 70~75세 미만 20%, 75세 이상 10%, 취학 전 아동은 20% 수준이다. 다만, 70세 이상에서도 일정소득 이상은 30%(일정소득 이상은 부부합산 연 소득 520만 엔 이상, 독신 383만 엔 이상)의 본인부담이 발생한다.
한편, 특정 질병 또는 특정인에 대한 본인부담금 면제와 본인부담 경감제도가 있다. 희귀난치성 질환이나 중증질환자, 신체장애자의 경우 본인부담금을 면제하고 중증질환 이외의 40개 질환자에는 저액 또는 정액을 본인이 부담한다.
일본의 건강보험제도는 고액 본인부담으로 인한 부담을 경감하기 위해 본인 부담상한제를 두고 있다. 일본에서는 고액요양비제도라고 부르기도 하는데 이는 본인부담금이 소득금액에 따라 정해진 한도를 초과하였을 때 환불해주는 제도이다. 피보험자 또는 피부양자가 월단위로 동일한 의료기관에서 받은 의료 서비스에 지불한 자기부담액이 고액요양비 산정기준액을 넘을 경우, 그 초과 부분을 사후적으로 피보험자에게 지급한다.