현행 대안학교와 미인가 대안교육시설의 유형별 특징을 비교하면 다음의 [표 2]와 같다. 3가지 유형별 근거 법령과 설립인가 기준은 모두 다르다. 인가 대안학교와 대안교육분야 특성화학교는 학교이나 대안교육시설은 학교가 아니며, 대안교육기관으로 등록할 경우에 학교 명칭을 병기하여 사용할 수 있다. 목적에는 큰 차이가 없으나, 교육과정의 자율성에는 차이가 크며, 대안교육시설은 학력인정이 안된다.