3. 현행 공공기관 지정제도의 쟁점
(1) 공공기관 지정 및 제외 기준 불명확
「공운법」은 공공기관의 지정요건에 해당하는 기관에 대해서는 기획재정부장관이 주무기관장과의 협의 및 공공기관운영위원회의 심의·의결을 거쳐 공공기관으로 지정할 수 있도록 재량을 부여하고 있어 요건을 충족하는 기관이라 할지라도 기획재정부의 판단 등에 따라 공공기관으로 지정되지 않을 수 있다. 구체적으로 2007년 「공운법」이 제정·시행되어 처음공공기관을 지정할 당시 지정요건을 충족하는 440개의 기관 중 298개의 기관만이 공공기관으로 지정되었으며, 142개의 기관은 해당 요건을 충족함에도 불구하고 공공기관 지정에서제외된 바 있다.
또한, 기타공공기관으로 지정되었던 금융감독원의 경우에는 2009년 기관 운영의 독립성과 중립성을 확보할 필요가 있다는 이유로 공공기관에서 해제된 사례가 있는 것처럼 공공기관 지정·제외 및 해제에 대한 불명확한 기준으로 인해 지속적으로 사회적인 논란이 발생하고 있다.