현재 우리나라의 세무조사제도는 법률적 측면에서 ① 세무조사 시행요건 등의 구체적 사항의 미기재로 자의적 판단이 가능 ② 질문·검사권에 대한 내용이 개별 세법에 혼재 ③ 국세청 훈령에 세무조사의 세부 절차 내용을 규정함으로 인하여 법적 근거가 부재 ④ 세무조사 기간 연장 시 정확한 기준이 미비함 등의 문제가 제기되고 있다. 또한 세무조사제도 운영 측면에서는 ① 주요 선진국과 비교하였을 때 낮은 세무조사비율 ② 세무공무원이 조사대상자에게 조사선정 및 조사결과에 대한 설명 의무 부재 ③ 조사대상자 선정에 사용되고 있는 ‘전산성실도 분석시스템’의 객관성 문제 ④ 세무조사결과에 대한 제한적인 공개 ⑤ 전문성 부족 등이 제기되고 있다.
주요국의 세무조사제도에 대하여 살펴보면, 미국의 경우에는 불문법 국가임에도 조세행정에 관한 절차, 조직 등에 대한 성문법적 제도가 잘 발달되어 있으며, 국세청의 투명성을 제고하기 위한 감시·감독 또한 철저한 편이다. 독일 역시 미국과 같이 세무조사 전반에 대한 내용을 「조세기본법」 상에 상세하게 명시하고 있다. 반면, 일본의 경우 상대적으로 중앙집권적인 조세행정의 틀이 잡혀 있어 법 제정의 필요성을 인지하지 못하여 입법보다 정부의 행정관행에 의존하는 경향이 있다.