운반 차량의 밀폐된 적재함은 흩날림ㆍ유출 및 악취를 방지할 수 있어야 하며 적재함 내부는 물에 견디는 성질의 자재를 사용하고, 약물소독을 쉽게 할 수 있는 구조를 갖추어야 하며 사용할 때마다 약물소독 방법으로 소독하여야 한다. 적재함에는 온도계를 설치하고, 약물소독에 쓰이는 소독약품, 분무기 등 소독장비와 이를 보관할 수 있는 설비를 갖추어야 한다. 운반 차량의 차체는 흰색으로 색칠하고, 적재함의 양쪽 옆면에는 의료폐기물의 도형, 업소명 및 전화번호를, 뒷면에는 의료폐기물의 도형을 붙이거나 표기하여야 한다.
모든 의료폐기물은 소각시설이나 멸균·분쇄시설에서 처리해야 한다. 병원 내 자가 처분시설로는 소각과 멸균･분쇄만 가능(현재 1개 병원에서 멸균분쇄시설 운영 중)하고, 폐기물 처리업체는 원칙적으로 소각만 가능하다. 다만, 환자의 혈액이나 혈액･분비물･배설물 등이 섞인 물 등 액체 상태의 의료폐기물은 「물환경보전법」 제2조제12호에 따른 수질오염방지시설에 직접 유입ㆍ처리할 수 있도록 그 배출시설의 설치 허가권자가 인정하는 경우에 한하여 예외가 인정된다.