그리고 이윤 추구를 최우선으로 하는 민간기업의 속성상 장기적으로는 오히려 요금이 오를 가능성도 배제할 수 없는 점도 있다.
다수의 운영자가 존재하는 고속버스나 수도권 전철 등에서도 운영기관별 특별히 차별화된 서비스 개선 효과가 없는 것처럼, 철도의 경우에도 차별화된 서비스정책을 기대하기 어렵다고 지적한다.
오히려 다수의 운영자로 인하여 기존 노선인 일반열차와의 연계·환승이 원활하게 이루어지지 않을 가능성이 커지게 된다. 아울러 비수익 노선이나 비수익 시간대의 열차 운행이 감축될 수 있어 고객에 대한 입장에서 서비스 효과가 반감되는 부작용도 발생할 수 있다고 본다.
철도운영 경쟁체계 도입 시 다수의 운영자와 시설관리자, 유지보수 수행주체 및 관제업무를 담당하는 자가 각각 상이하게 존재하게 된다. 이 경우 기관 간 정보교환 및 의사소통이 원활히 이루어지지 않아 철도사고 발생의 가능성을 가중시킬 수 있다는 점도 제시되고 있다.