(2) 독립기관
「감사원법」에서는 “감사원은 대통령에 소속하되, 직무에 관하여는 독립의 지위를 가진다.”고 규정하고(제2조 제1항), 또한 “감사원 소속 공무원의 임면, 조직 및 예산의 편성에 있어서는 감사원의 독립성이 최대한 존중되어야 한다.”고 규정하고 있다(제2조 제2항). 그리고 동법상 감사위원의 정치활동금지(제10조)와 겸직제한(제9조) 등을 통한 신분보장 등을 규정하고 있다. 뿐만 아니라 헌법에서는 감사원장의 임명에 있어서 국회의 동의를 요하도록 하고 있다(제98조 제2항).
이러한 점에 비추어 볼 때 감사원은 비록 대통령소속기관이기는 하지만, 직무상 독립된 기관이라고 할 수 있다. 감사의 본질상 누구의 지시나 감독을 받아서는 그 기능을 독자적으로 공정하게 수행할 수 없다는 점이 고려된 것으로 보인다.