2) 소멸시효의 원칙적 합헌성 및 예외상황
헌법재판소는 민법상 소멸시효규정 자체의 합헌성은 인정하였다. 소멸시효는 국가배상청구권의 경우에도 일반적으로 타당하다. 그러나, 과거사정리법에서 규정된 사건들, 즉 민간인 집단희생사건, 중대한 인권침해ㆍ조작의혹사건은 공무원들이 조직적으로 관여하고 사후에 그 은폐조작 등을 통해 오랜 기간 진실규명이 불가능한 경우가 많다는 특수성이 있기 때문에 일반적인 소멸시효 법리로 타당한 결론을 도출하기 어렵다는 것이다.
구체적으로는 불법행위 피해자가 손해 및 가해자를 인식하게 된 때로부터 3년 이내에 손해배상을 청구하도록 하는 것은 피해자와 가해자 보호의 균형을 도모하기 위한 것으로서 합리적인 이유가 인정된다. 그러나, 국가가 소속 공무원들의 조직적 관여를 통해 불법적으로 민간인을 집단희생시키거나 장기간 불법구금ㆍ고문 등에 의한 허위자백으로 유죄판결을 하고 사후에도 조작ㆍ은폐를 통해 진상규명을 저해하였음에도 불구하고, “그 불법행위 시점을 소멸시효 기산점으로 삼는 것”은 피해자와 가해자 보호의 균형을 도모하는 것으로 보기 어렵고, 발생한 손해의 공평ㆍ타당한 분담이라는 손해배상제도의 지도원리에 부합하지 않는다고 하였다.