(2) 문제점
정당정책연구소의 문제점으로는 크게 다음 세 가지 측면을 지적할 수 있다. 첫째, 조직의 자율성 부족이다. 현행법은 정당과 별도의 독립된 법인으로 정책연구소를 설립하고 운영하도록 규정하고 있지만 실상은 인력이나 조직운영의 측면에서 당으로부터의 독립성과 자율성을 확보하지 못하고 있다. 특히 전문 연구 인력의 부족은 정책연구소의 전문성 저하로 이어지고 있다.
둘째, 재정적 독립성 부족이다. 중앙당을 통해서만 국고 보조금을 받을 수 있는 현행 지급 구조와 정당지원금이 연구소 예산의 대부분을 차지하는 수입 구조는 정당에 대한 연구소의 예속으로 이어진다.
셋째, 장기적인 정책이나 비전을 제시하지 못하고 단기적인 선거전략 연구에 매몰되어 있다는 점이다. 정책연구소의 설립 취지는 정당이 추구하는 가치와 비전을 바탕으로 정책을 입안하고 정책 공약을 제시함으로써 정책정당화에 기여하는 것이다. 하지만 실상은 중앙당과 원내 입법 활동의 보조적 역할 또는 선거 공약과 전략의 방향성 제시에 그치는 한계를 보인다.