예산결산특별위원회가 비상설 특위로 운영되었던 제15대 국회까지는 예산안 및 결산이 본회의에서 의결될 때까지 존속하는 한시적인 위원회로 운영되었다. 그러나 상설특위로 전환되면서 예결특위는 특위의 활동기간에 대한 규정인 「국회법」제44조제2항 및 제3항의 적용을 받지 않게 된 것이다.
예결특위를 상설화한 것은 예산심의의 지속성과 안정성을 확보함으로써 전문성을 높이고, 전반적인 재정문제에 대해 국회가 지속적인 관심을 갖고 관련정보와 자료를 취합하고자 하는 취지였다. 그러나 예결위원의 임기를 1년으로 정함으로써 위원의 계속성과 안정성을 보장할 수 없어서 상설화의 취지가 퇴색되었다는 비판이 제기되었다.