지방자치제 실시 이후 최근까지 지방세제도의 주요 변화를 살펴보면 종합토지세(1989)와 지역개발세(1992)의 도입, 담배소비세(1989)･주행세(2000)･지방교육세(2001)의 지방세 이양하고 농지세를 농업소득세로, 경주･마권세를 레저세로 명칭변경, 지방세의 종합토지세를 폐지(2005)하고 국세의 종합부동산세를 신설(2005), 재산세 세율체계의 조정(2005), 원자력 발전에 관한 지역개발세 신설(2005), 지하자원에 관한 지역개발세 세율현실화(2006) 등이 참여정부 시기까지의 주요 변화이다(김의섭, 2011). 한편 2010년에는 지방소득세와 지방소비세가 도입되었는데, 이러한 지방세 제도의 변모에도 불구하고 지난 20년 동안 국세와 지방세 비중은 80대 20 수준에서 크게 변화되지 않고 있다. 반면 참여정부 이후 지방정부 세출은 크게 증가하여 중앙과 지방정부의 세출비중은 대체로 40대 60의 추세를 보여 지방정부들의 경우 세출과 세입의 괴리 현상이 지속되고 있다.