최상위 총괄계획, 종합계획, 세부계획으로 이어지는 체계 중에서 최상위 총괄계획과 그 외 계획 간의 연계에 관한 사항은 「과학기술기본법」 제7조에서 정한다. 그러나 종합계획과 세부계획은 실태조사와 사전 검토 등을 위해 실무적으로 활용되는 구분일 뿐, 법령에 명시된 것이 아니며 명확하게 구분하는 것도 쉽지 않다. 법령상에는 계획의 구분이 부재하여, 종합계획과 세부계획 간의 수직적 연계, 종합계획 간 또는 세부계획 간 수평적 연계에 관한 규정도 미흡하다.
또한 다수의 부처가 다양한 중장기계획을 수립함에 따라 유사·중복 문제가 발생할 우려도 있는데, 이에 대해 실태조사와 사전 검토를 실시하여 개선방안을 제안할 수 있다는 규정이 존재할 뿐, 개선방안의 반영 등 활용에 관한 체계는 현재로서는 부재한 상황이라고 할 수 있다. 또한 최상위 총괄계획의 전략성이 미흡할 우려가 있으며, 종합계획과 세부계획들을 심의하는 기구의 경우에도 일관성 부족 문제가 있는 등 개선의 여지가 있다고 할 수 있다.
매년 국가연구개발사업의 예산을 배분하고 시행하는 단계에서도 조정이 필요하지만, 보다 장기적 관점에서 과학기술혁신의 효과성을 제고하기 위해서는 중장기계획 수립 단계에서의 조정을 강화하는 방안에 대한 고민이 필요하다. 이 글에서는 과학기술분야 중장기계획의 현황과 관련 법제 현황을 분석하고, 주요 쟁점을 도출하여 향후 개선과제를 제안하고자 한다.