○ 통준위는 출범 전부터 학계와 시민사회로부터 그 실효성에 대한 비판을 받아 왔음. 또한 국회도 2015년 국정감사를 통해 통일부와 민주평통 등 기존 통일관련 기관과의 차별성에 대해 문제를 제기하고 있는 상황임
○ 그러나 통준위에 대한 이와 같은 비판에도 불구하고 각 부처에 흩어져 있는 북한 및 통일 준비 기능을 한 곳으로 모아 시너지 효과를 발휘하려면 통준위와 같은 범정부적인 거버넌스의 구축이 필요하다는 목소리도 여전히 존재함
○ 2014년 남북관계 개선에 대한 기대가 있었던 시기 통준위는 남북대화제의 등 적극적인 역할을 추진했으나, 2016년 극도로 경색된 남북관계로 인해 활동이 위축되면서 남북관계 상황에 종속될 수밖에 없는 통준위의 태생적 한계를 보여주고 있음
○ 정부는 통준위에 대한 법적 기구화를 통해 정부 부처와 지방자치단체에 통일준비 전담 조직 설치를 위한 『평화통일기반구축법안』을 입법예고하여 지속가능한 통일준비를 위한 노력을 기울이고 있으나 이마저도 신중해야 한다는 국회의 요구에 따라 장기적 과제로 남겨 놓고 있음