노무현 정부의 뒤를 이은 이명박 정부 하에서도 대통령이 여당의 총재를 겸하지 않는 모습은 마찬가지였다. 그러나 노무현 정부와는 달리 청와대 비서실에 정무수석실을 부활시켜 여당과 야당 그리고 국회와의 소통 창구룰 넓혔으며 내각에도 특임장관을 두어 지정된 부서 없이 과거의 정무장관과 유사한 기능을 수행하도록 하였다. 또한 2008년 개정된 국무총리 훈령 제506호를 통해 고위당정협의회의 개최를 분기에 1회에서 매월 1회로 늘리기도 했다.
하지만 정무수석과 특임장관의 부활, 그리고 당정협의를 위한 빈번한 회의 개최에도 불구하고 이명박 정부와 여당 및 국회 사이의 관계는 그리 매끄럽지 않았다. 이러한 역설은 무엇보다도 여당과 국회를 바라보는 대통령과 청와대의 시각에서 비롯되었다고 할 수 있다. 이명박 정부의 내각은 물론 여당인 한나라당의 대표와 고위 당직자들의 대부분이 소위 친이 계열 정치인들로 채워지다 보니 당정협의는 행정부와 여당이 협의와 타협을 통해 정책을 조율하는 통로라기 보다는 주로 청와대가 추진하는 정책을 추인하는 자리로 변색되었다. 특히 이명박 대통령 스스로가 탈 여의도 행보를 통해 국회와 정당을 국정운영의 동반자로 간주하지 않았다는 요인도 지적할 수 있다.