세무조사제도의 효율적인 운영을 위해서 첫째, 높은 세무조사비율이 탈세율을 낮춘다는 학계의 실증적인 입증이 나온바, 우리나라에 가장 바람직한 적정 세무조사대상 비율을 설정하여 시행하도록 하며, 업종별·유형별·규모별 탈세 정도가 상이하므로 이에 대한 차등적인 조사비율을 산정하여 적용하는 방안을 고려해 볼 수 있다. 둘째, 조세환경 변화에 따라 세무조사대상자 선정 시스템을 지속적으로 개선하고 선정방식 또한 유형별, 규모별로 상이하게 정하는 것을 고려해 볼 수 있다. 셋째, 국세통계연보에 공개하고 있는 세무조사 결과에 조사형태별, 업종별을 포함하는 등 세부적으로 정보를 제공하고 납세자 권익을 침해하지 않는 범위 안에서 세무조사에 대한 내용을 공개하여 투명성·공정성을 높이는 방안을 고려해 볼 수 있다. 그러나 세무조사 정보 공개는 사생활 침해, 기업의 이미지 하락으로 오는 추가적인 비용 발생 등 피해가 발생할 수 있으므로 보다 신중한 접근이 필요할 것이다. 더불어 세무조사에 대한 전문성 제고 및 효율적인 운영을 위하여 세무조사 관련 인원을 확충하고 조사담당 공무원은 세무조사관련 교육이수를 의무화 등의 방안을 고려해 볼 수 있다.
아울러 공정한 세무조사를 담보하기 위해서는 세무조사제도 상의 개선뿐 아니라 근본적으로 국세청 세무행정의 효율성 강화가 전제되어야 하므로 세무조사에 사용되는 과세인프라 구축을 위한 방안 설립과 국세청장 임기 법제화를 통한 정치적인 독립성 보장 그리고 미국과 같이 국세청에 대한 감독기구를 설치하여 세무조사 남용을 방지하는 등의 방안 또한 고려해 볼 수 있을 것이다.