그러나 동일 감독기관이 금융회사에 대한 건전성 감독과 금융소비자 보호를 담당하는 경우 이해상충 문제가 발생할 가능성이 높으며, 동기관이 금융산업과 관련되는 건전성 감독에 집중할 경우 금융소비자 보호에는 소홀해질 우려가 존재한다. 이번 저축은행의 경우를 예로 살펴보면, 개인대출 시장에서 저축은행의 지위가 위축됨에 따라 금융감독당국은 저축은행의 수익성 확보를 위하여 자산운용 범위의 확대, 88club에 대한 법인 여신한도 면제 조치 등을 취하였으나, 금융소비자에 대한 저축은행 후순위채 판매에 대해서는 금융감독당국의 특별한 판매 규제를 하지 않았다(원승연, 2011). 이는 감독정책에 있어 영업행위 규제보다는 건전성 감독이 우선시되는 사례로 볼 수 있으며, 이로 인해 금융소비자에게 피해가 돌아오고 있는 것이다.
따라서 건전성 감독에 치우치는 결과를 방지하고 이해상충을 방지하기 위해 건전성 감독과는 분리된 금융소비자보호기관의 설립을 검토할 필요성이 있다고 생각된다. 우리와 같은 통합감독시스템의 영국이 최근 건전성감독기구와 소비자보호, 법집행 부서를 별도로 분리시킨다는 계획을 발표하는 등 최근 건전성감독기구와 소비자보호기구를 분리하는 트윈픽스 방식이 세계적 추세라는 점도 참고할 수 있을 것이다.