다만, 온라인 플랫폼 중개서비스업자들은 검색·배열순위의 결정기준의 계약서 명시의무가 자칫 플랫폼 비즈니스의 핵심 영업비밀인 검색 알고리즘의 노출 및 공개로 이어질 것을 우려하고 있다. 온라인 구매에서 소비자의 선택권에 큰 영향을 미치는 검색 알고리즘은 각 온라인 플랫폼 중개서비스업자가 축적한 빅 데이터, 검색정확도 개선을 위해 많은 시행착오를 거쳐 얻어진 분석기술과 노하우 등 투자와 혁신의 결과물이기 때문이다. 이러한 검색 알고리즘의 성능은 디지털 경제에서 온라인 플랫폼 중개서비스업자들의 주요 경쟁요소로, 과도한 공개의무 부과는 선도업체의 투자성과를 ’공공재(public goods)‘화하여 후발업체의 무임승차 현상을 초래할 우려도 존재하며, 이는 혁신적인 검색 알고리즘의 등장을 통한 디지털 경제 생태계전반의 발전 역시 저해할 수 있다. 또한 검색순위 결정요소의 노출을 악용하여 온라인 플랫폼 이용사업자들이 자사의 검색·조회수를 인위적으로 조작하고 경쟁사 조회수를 떨어뜨리는 ‘어뷰징(abusing)’ 행태 역시 부작용으로 지적될 수 있다.
참고로, 검색·배열순위 주요 원칙 공개와 관련하여 ‘EU 온라인 플랫폼 규칙’은 온라인 플랫폼 사업자가 자사 웹사이트 화면에 배열되는 업체·상품 등의 우선순위를 결정짓는 주요 변수 및 고려되는 각 변수 간의 상대적 중요도를 약관에 명시하고, 특정 업체의 경제적 대가 지급이 검색·배열순위의 결정에 영향을 미치는 경우 그러한 사실을 약관에 명시하거나 일반 대중에 공개하도록 하되, 검색·배열 순위 결정에 사용되는 알고리즘 자체를 공개할 필요는 없고, EU법상 보호되는 영업비밀에 해당되는 사항 역시 공개대상에서 제외하도록 하여 온라인 플랫폼 사업자와 입점업체 간의 법익의 균형성을 확보하고 있다는 점을 살펴볼 필요가 있다.