마지막으로 정부는 온실가스 배출규제도 실시하고 있는데 이것은 녹색성장의 핵심임과 동시에 정부로서는 민간에 가장 강하게 개입하고 있는 녹색성장정책의 유형이라 할 수 있다. 이를 위해 정부에서는 온실가스 목표관리제라는 강력한 정책을 실시하려 준비 중이다. 온실가스는 에너지 소비과정에서 발생되는 것으로 그로 인한 비용을 누구도 지불하려 하지 않는 외부비용(external costs)의 성격을 가지고 있어서 이에 대한 대응은 재정적인 면에서는 탄소세로 대응하려 하고 있지만 이 보다는 통상 강력한 규제를 도입하려는 경우가 많다. 이는 정부가 선제적으로 온실가스의 감축이라는 국제사회의 환경 어젠다에 대응함과 동시에 이와 관련된 유관산업의 성장과 시장을 확대시키려는 의도에 따른 것으로 보인다. 사실 우리나라에서는 지금까지 아황산가스나 질소산화물과 같은 국지적인 대기오염물질의 배출을 규제하고 있지만 온실가스의 배출에 대한 규제에 관심을 가진 것은 아주 최근의 일이다. 그렇지만 최근 정부의 움직임을 보면 이 분야에 대한 정책적 개입을 매우 적극적으로 하고 있음을 발견할 수 있다. 즉 정부는 온실가스 에너지 목표관리제 관리업체로 470개(2010년 9월 28일 현재)의 사업체를 지정하였는데, 이는 국가 온실가스 전체 배출량의 60%에 해당하는 규모이다.