사업의 중복성 문제와 관련하여, 세부과제 중심의 사업구조가 기술의 복합적인 특성 및 우리나라 행정맥락과 결합하여 중복성 문제를 더욱 증폭하고 있다. 나노기술 및 사물인터넷 등 이머징 기술의 경우 복합적인 특성으로 인해 다양한 분야에서 다양한 기술, 사회경제적 목적으로 활용될 수 있다. 이에 다양한 분야의 이해관계자가 관련됨에 따라 다수의 부처가 연관되는 특징이 존재한다. 따라서 이머징 기술의 경우 동일한 기술분야라 하더라도 기술의 복합성으로 복수의 부처에서 관여할 수밖에 없는데, 부처할거주의라는 우리나라의 행정맥락과 결합하여 과다 경쟁 및 사업의 중복성 문제가 증폭될 수 있다. 이에 이머징 기술의 경우 다수의 부처가 연구개발예산의 배분과정에서 무리한 경쟁을 펼칠 위험성이 높으며, 전략적인 기술개발이 필요한 이머징 기술이 선택과 집중 전략에서 벗어나 중복투자로 이어져 선도적인 기술개발에 걸림돌로 작용할 수 있다.