보충적 보호와 보완적 보호는 각각 한계점을 지니고 있는데, 먼저 보충적 보호의 경우 난민에 비해 실질적으로 보장되는 권리가 제한적이다(Demetriou, 2019). 보완적 보호는 협약 난민과 동일한 권리를 보장한다고는 하나 국가 재량에 맡겨지는 경우가 많고, 보완적 보호 제도의 존재로 인해 난민협약의 우선성이 약화되어 협약상 난민에 해당하는 사람도 보완적 보호 지위만을 인정받는 등 제도가 남용될 우려가 있다(Vedsted-Hansen, 2002). 실례로 유럽에서는 2015년부터 난민신청자 및 난민의 가족재결합 신청이 급증하자 협약 난민 지위 대신 가족재결합이 제한된 보충적 보호 지위를 부여하는 경우가 증가하였다(Radjenovic, 2020).