그러나 1993년 12월 31일 「구 조세감면규 제법」(법률 제4666호)을 전부개정　하면서 주식 미상장시 불리한 처분을 할 수 있도록 한 종전 법률(법률 제4285호) 부칙 제23조와 같은 경과규정을 다시 마련하지 아니하였다.
결국 과세관청의 부과처분의 근거가 된 「구 조세감면규제법」(1990. 12. 31. 법률 제4285호) 부칙 제23조가 1993년 전부개정에서 동일하게 반영되지 못하였는데, 이 경우 구 법률 부칙의 경과규정 내용이 삭제·실효된 것인지, 또는 실효되지 아니한 것인지 여부가 이 사건의 법적 쟁점이 되었다.
대법원은 1993년 전부개정에도 불구하고 「구 조세감면규제법」(1990. 12. 31. 법률 제4285호) 부칙 제23조는 '특별한 사정'으로 인하여 실효되지 않았다고 판시하였다. 이에 대하여 청구인들은 헌법재판소에 '대법원 판결과 같이 해석하는 한 이 사건 부칙조항은 위헌이다'라는 헌법소원을 제기했다.
헌법재판소는 청구인들의 헌법소원을 받아들여, "구 조세감면규제법(1993. 12. 31. 법률 제4666호로 전부 개정된 것)의 시행에도 불구하고 구 조세감면규제법(1990. 12. 31. 법률 제4285호) 부칙 제23조가 실효되지 않은 것으로 해석하는 것은 헌법에 위반된다"고 결정하였다.