학교요인은 ‘학교부적응’으로 통칭되어 학교 내에서 파생되는 모든 문제를 포괄하는 것이다. 청소년이 학교를 떠나는 직접적인 요인은 학교에서 비롯된다는 관점으로, 학습 능력이나 의욕의 저하를 비롯하여 다양한 학교부적응 요인이 학업중단에 가장 크게 영향을 미친다고 볼 수 있다. 교육통계연보 상에도 청소년 학업중단의 원인 가운데 ‘학교부적응’요인이 가장 큰 비중을 차지하고 있는 것과 같은 맥락이다. 성적저하, 반복되는 무단결석, 정학 등의 학교처벌, 교칙위반, 교사와의 불화, 원만 하지 못한 교우관계, 그로 인한 따돌림 문제 등을 포괄하는 학교부적응 문제가 청소년들로 하여금 학교를 떠나게 하는 가장 큰 요인으로 작용한다(전경숙, 2013). 한편, 학교의 구조적이며 제도적인 불합리성과 학생의 학교에 대한 소속감 결여도 청소년으로 하여금 학교를 떠나게 하는 중요한 단서가 될 수 있다(최상근 외, 2010; 강석영 외, 2011). 획일적인 교육과정으로 인한 비민주성, 지적 측면을 과도하게 강조하는 입시교육, 학교교칙의 경직성과 이러한 학교환경에 대한 학생들의 소속감 결여가 학업중단의 원인을 제공할 수 있다.