또한 인권위는 인사관리 전반에 있어서 정부 인사 방침 등 세부적 사항까지 일반 행정기관과 동일하게 적용받으며, 인사감사의 대상기관에 해당하므로 인사의 독립성과 자율성은 거의 인정되지 못하는 실정이다. 그리고 헌법기관이 아니라 정부 중앙관서 중 하나로 취급되어 재정 확보 및 배분 측면에서도 정부의 예산 편성 및 운영 방침을 그대로 따라야 해서 인권업무 수요에 효율적으로 대응하기 어렵다.
한 기관의 독립성 확보를 위하여는 조직·인사·예산의 독립성과 자율성이 전제되어야 한다. 인권위가 국가권력을 감시해야 하는 본연의 임무를 온전히 수행할 수 있도록 인권위의 독립성과 자율성이 실질적으로 보장될 수 있는 방안을 강구해야 할 시점이다.