정부는 2006년 9월 25일부터 재건축 초과이익환수제도를 시행, 재건축 부담금을 부과하기로 하였다. 부담금은 종료시점(준공시점)의 주택가격에서 개시시점(추진위원회 승인일)의 주택가격과 정상 집값 상승분, 개발비용을 공제하여 산정된 초과이익 규모에 따라 산정되며, 9월 25일부터 관리처분계획 인가를 신청하는 재건축 단지를 대상으로 준공 시점에 재건축조합에 부과된다. 조합원당 평균 초과이익이 3,000만원을 넘는 경우 초과이익 규모에 따라 10~50%를 차등적으로 환수하며, 법 시행일 이전에 이미 사업을 착수한 경우 전체 사업기간(추진위원회 승인일~준공시점) 가운데 법 시행일(25일) 이후 기간이 차지하는 비율에 따라 안분하여 부과한다.