특허심사 기준으로는 ① 보세화물의 보관·판매 및 관리 능력, ② 관세 관계 법령에 따른 의무·명령 등의 위반 여부, ③ 재무건전성 등 보세판매장 운영인의 경영 능력, ④ 중소기업제품의 판매 실적 등 경제·사회 발전을 위한 공헌도, ⑤ 관광 인프라 등 주변 환경요소, ⑥ 기업이익의 사회 환원 정도, ⑦ 상호출자제한기업집단에 속한 기업과 중소·중견기업간의 상생협력을 위한 노력 정도 등을 평가기준으로 하되, 특허심사위원회에서 별도의 세부평가표를 마련하여 심의하도록 규정하고 있다(「관세법」 제176조의2, 같은 법 시행령 제192조의3 및 「보세판매장운영에 관한 고시」 제9조).