앞서 일부 지적된 바와 같이 현재 우리나라의 자연 환경 관련 조사와 그 결과를 바탕으로 하는 보호지역 지정 및 관리에서 가장 문제가 되는 부분은 정부부처간의 역할 분담의 문제이다. 일례로 들어 독도의 경우는 문화재청이 지정한 '천연보호구역'이면서 동시에 환경부가 지정한 '특정 도서'이다. 홍도, 성락산, 한라산 등은 환경부의 국립공원지역과 겹친다. 즉 동일한 대상을 두고 서로 다른 관리청이 존재하는 상황이며, 이들에 대한 관리 조직 역시 사실상 2중으로 존재하는 상황이다. 따라서 해당 보호구역의 특성에 따라 소관부처와의 관리 일원화 등이 고려되어야 할 것이다. 특히 생물학적인 특성에 따른 천연기념물 등의 경우 단순히 해당 동물이나 식물에 대한 접근 제한뿐만 아니라 전문적인 모니터링과 증식 계획, 생물자원으로서의 활용 가능성이 함께 검토 되어야 한다. 특정 동식물이나 광물자원, 지형경관 등에 대한 보존여부 등을 결정하는데 있어서 기본적인 자연환경 조사는 필수적으로 수반되어야 한다. 그러나 앞서 지적한 바와 같이 문화재청 소관의 천연기념물의 경우 일부 분야에 있어서 전문성이 상당히 부족한 상태이다. 또한 생태관광 등과 같은 활용방안의 경우 단순한 관람과는 달리 전문적인 지식이 포함된 체험형 관광개발 등이 포함되어야 한다. 따라서 여러 종류의 보호지역으로 중복되어 설정되어 있는 경우 이를 통합적으로 운용하고, 일관된 관리가 이루어질 수 있도록 하는 것이 필요하다. 또한 관리 관청의 경우도 전문 인력을 보유하고 전문적인 관리경험을 갖춘 조직으로 일원화 하는 것을 고려해야 할 것으로 판단된다. 또는 현재는 문화재청이 관리하는 문화재중 천연기념물의 경우 독일의 사례와 같이 자연보존을 담당하는 부서로 이관하는 것을 검토하는 것이 필요하다(김수갑, 2000).