(2) 국민의 정부(1998.2. ~ 2003.2.)
역대정부와 달리 국민의 정부는 경제위기 극복이라는 급박한 사회변화속에서 정부조직개편을 시도하였으며, 문민정부와 마찬가지로 총 3차에 걸쳐 조직개편을 단행하였다.
1차 개편에서는 정부조직을 17부 2처 16청으로 개편하였으며, 대통령 직속기구로 기획예산위원회를 신설하였고, 국무총리실에 법제처와 국가보훈처가 차관급 부서로 흡수되었다. 정무 제1장관과 제2장관이 폐지되고, 제2장관실은 대통령 직속의 여성특별위원회의 사무처로 변경하였다.
재정경제원을 재정경제부로 개편하고, 그 산하에 예산청을 신설하였으며, 외무부는 통상교섭기능을 강화하여 통상교섭본부를 신설하고 명칭을 외교통상부로 하였다. 내무부와 총무처를 행정자치부로 통합하였으며, 통상산업부는 산업자원부로 개편하였다.
2차 개편에서는 1차 개편시 의견조정 실패로 불가능하던 일부 조직의 개편을 통해 인사기능을 대통령에 집중하고, 기획예산위원회와 예산청을 통합하여 기획예산처를 신설하고, 중앙인사위원회도 신설하였다.
3차 개편에서는 정책간 연계성과 일관성 확보 및 종합 조정기능의 강화를 위해 경제 및 교육부서를 부총리급으로 격상하고, 여성의 사회적 권익보호를 목적으로 여성부를 신설하여 18부 4처 16청으로 재편하였다.