(2) 사용자에 대한 판단과 규율의 문제
공무원관계법과 교육관계법에 임용관계가 명확히 규정되어 있는 공무원･교원과 달리 교육공무직의 경우 임용 등에 관하여 명확한 규정이 없어 사용자가 누구인지에 대해 이견이 있어 왔다. 학교회계에서 인건비가 지급된다는 점에서 사용자는 학교회계를 편성하고 집행하는 학교장이라고 보아야 한다는 견해와 학교회계직원의 근로조건에 대하여 실질적인 결정권을 가지고 권리와 의무가 귀속되는 지방자치단체(교육감)로 보아야 한다는 견해가 그것이다([표 4] 참조).
대법원은 기본적으로 각급 학교의 설립･경영 주체를 사용자로 보는 입장이다. 각급 초등학교 학교장이 채용한 ‘과학실험조교’의 근로기준법상 사용자를 학교장이 아닌 교육법에 따라 해당 학교를 설치･운영하는 지방자치단체로 본 경우가 대표적이다. 그러나 하급심 판결 중에는 각 학교장이 근로계약을 직접 체결하고 임금과 근로시간 등 근로조건을 정하는 등 구체적인 감독권한을 행사하는 점을 들어 교섭단체의 당사자와 관련하여 학교장의 사용자성을 인정한 판결도 있어 혼선이 있었다.