개신교의 경우 대형·중견교회를 중심으로 원천징수 방식으로 소득세를 납부하는 교회들이 늘어나고 있으며, 자진신고방식으로 오래전부터 소득세를 납부해 온 목회자들도 상당수 있는 것으로 알려져 있다.
불교계 역시 자진신고를 이행해 온 종교인이 상당수 존재하며, 불교 최대 종단인 조계종도 종교인 과세문제에 원칙적으로 반대하지는 않는다는 입장을 밝힌 바 있다.
국세청은 2006년 의뢰한 유권해석의 답변을 받지 못한 채, 1992년 표명한 ‘종교인의 자율의사에 맡긴다’는 입장을 유지하고 있다. 이에 따라 종합소득신고를 하지 않는 종교인에 대하여 별도의 제재조치를 취하고 있지는 않다.
이로 인해 자발적 신고를 원하는 종교인들이 일선 세무서의 업무지침 부재 등으로 소득신고에 어려움을 겪고 있기도 하다.