대통령 선거제도를 결선투표제로 바꾼다고 할 때 고려해야 할 또 다른 문제는 국회의원 선거와의 관련성이다. 안정적이고 효과적인 통치를 위해 의회 수준에서 지나친 정당 분절화를 피하도록 하는 일은 매우 중요하다. 결선투표제의 도입으로 당선된 대통령의 지지연합이 단순다수제에 비해 커지게 된 만큼 이를 최대한 활용하여 가능한 분점정부 현상의 출현을 막도록 하는 일이 필요하다. 존스(Jones 1994)는 대통령 선거와 의회 선거를 동시에 치르면 정당의 수가 줄어든다는 것을 라틴아메리카 대통령제 국가의 연구를 통해 밝혔다. 단순다수제나 결선투표제 선거제도와 무관하게 모두 동시선거에서 줄어드는 것으로 나타났다. 그러나 결선투표제를 도입하면서 1차 투표 때 국회의원 선거를 동시에 치르는 것은 정당 분절화를 막는다는 측면에서 볼 때 그 효과를 확신하기 어려운 측면도 있어 보인다. 후보자가 많아지는 만큼 정당 지지도 나눠질 공산이 커 보이기 때문이다. 그런 점에서 정당 분절화를 억지하기 위한 효과를 최대화하기 위해서는 대통령 선거 직후에 국회의원 선거를 실시하도록 하는 방안도 고려해 볼 필요가 있다. 예컨대, 대통령 선거가 끝이 난 이후 6개월 이내에 국회의원 선거를 치르게 된다면, 대선 결선투표 과정에서 만들어진 대통령 당선자를 중심으로 한 연합이 국회의원 선거에서도 유지될 가능성이 커질 것이며 그만큼 정당 정치의 분절화를 막을 수 있을 것으로 보인다. 이는 2002년 국민투표를 통해 대통령의 임기를 국회의원과 동일하게 5년으로 조정한 프랑스에서 현재 사용되는 방식이다. 프랑스는 2002년 대선이 끝이 난 직후 의회를 해산하고 총선거를 치러 시락이 이끄는 우파가 의회 내 안정적 다수를 차지한 바 있다.