본 연구는 이러한 전자담배의 특성을 감안하여 세금 부과에 대해 신의료기술평가제도와 연계하는 안을 제안한다. 신의료기술평가제도란 국민의 건강권 보호와 신의 료기술의 발전을 위해 2007년 도입된 국가적 검증시스템으로(의료법 제53조, 의료기기법 시행규칙 제9조제2항 제6호), 새로운 의료기술이 개발된 경우, 기존기술의 사용목적, 대상, 방법 등이 변경된 경우 또는 새로운 의료기기가 도입된 경우에 보건 복지부장관 또는 식품의약품안전처장이 그 안전성과 유효성을 평가하는 제도이다. 전자담배의 경우도 신의료기술평가제도를 적용해 위해성과 대체성을 평가할 수 있다면 궐련담배와 외형상의 유사성이 아닌 전자담배와 궐련담배와의 명백한 통계자료의 과학적인 분석을 통해 사회적 비용을 최적화하는 방향으로 과세체계를 마련할 수 있게 된다.