중앙은행은 RTGS 신속자금이체시스템 운영에도 깊이 관여하고 있다. 미국, 유로지역, 스웨덴, 브라질의 경우 중앙은행이 직접 동 시스템을 구축하여 운영 중이거나 운영할 예정이다. 호주, 헝가리, 홍콩의 경우 민간기관이 RTGS 신속자금이체시스템을 운영하고 있으나, 중앙은행이 동 시스템의 핵심 기능인 참가기관 간 RTGS 결제업무를 직접 수행하고 시스템 감시자 역할을 수행하고 있다. 헝가리중앙은행 및 홍콩통화청은 시스템 운영기관의 출자지분을 각각 100% 및 50% 보유하고 있다. 호주중앙은행은 상업은행들과 공동으로 시스템 운영기관(NPPA)을 설립하였다. 
한편 RTGS 신속자금이체시스템은 고객의 예금잔고가 충분하더라도 참가기관이 결제유동성을 적절히 관리하지 못할 경우 결제실패가 발생할 가능성이 있다. 이에 따라 최종 결제기관이자 유동성 공급기관인 중앙은행의 역할이 중요하다. 각국 중앙은행은 참가기관의 결제잔고가 부족할 경우 당좌대출 또는 RP 형태로 신속하게 결제유동성을 공급하는 제도를 운영하고 있다. 특히 홍콩, 브라질, 헝가리의 경우 야간 및 휴일에도 참가기관의 결제잔고 부족 시 중앙은행이 결제유동성을 공급하는 여신제도를 운영하고 있다.