그러나 이러한 정책은 이미 선진국에서 개발된 기술의 흡수와 개량에 의한 모방형 기술개발에 주력하였고, 기술개발 시스템도 이러한 방식에 맞게 형성된 선진국 추격형 전략이라 할 수 있다. 하지만 기존의 모방형 전략으로는 국내와 유사한 전략을 구사하고 있는 신흥개발도상국의 추격에 대응하는 데에는 한계가 있다. 그리고 최근 들어 선진국의 기술보호와 기술이전 기피가 강화됨에 따라 원천기술역량이 부족한 국내는 선진국과 후발 개도국 사이에서 경쟁우위를 유지하는 데에 애로를겪고 있다.
원천기술을 보유하지 못한 우리나라로서는 거액의 로얄티를 지급하는 경우가 많을 수밖에 없다. 내수용의 경우 매출액의 5. 25%, 수출용은 5. 75%를 지급하는 CDMA 휴대폰과 매출액의 20~30%를 지급하는 DVD 등이 대표적인 사례이다. 그리고 2003년 기준으로 해외부품 수입 비중도 DVD의 경우 70%, 휴대폰은 50%, 산업용 로봇은 65%에 달하였다. 선진국 대비 차세대 성장동력 관련 기술수준은 2003년기준으로 평균 72.5%이고 기술격차는 3. 5년에 달하였다.
또한 기업, 대학 및 연구소 등 연구개발 주체들이 각개 약진형으로 발전하여 왔기 때문에 각 주체들이 보유하고 있는 지식자산의 교환과 공동 활용이 제한되었고, 기업의 기술개발 수행에 있어 단독 개발이 선호되며 주체들 간의 협력을 통한 기술 개발은 미약하였다.
제조업의 경우 단독개발의 비중이 80%를 상회하고 있으며, 기업 연구개발(R&D) 투자액 중대학 및 연구소의 사용 비중도 2% 내외에 불과한 실정이다. 대부분의 기업도 전반적으로 대학의 연구와 산업의 수요가 단절되어 있다고 느끼고 있다.