가장 이상적인 것은 시민사회 스스로 독자적인 재원을 통한 각계 각층과의 민관협력체계를 구성하여 운영하는 것이 좋은 방안 일 것이다. 하지만 한국적 상황에서 시민사회의 조직을 운영하는데 재정적 독립성 확보가 상당히 어렵다는 점을 고려해 볼 때 정부나 국회, 다른 단체의 도움이 필요한 것이 현실이다.
이러한 상황들을 고려해 볼 때 협약을 추진하는 기구(사무국)로 재단법인이나 특수법인의 형태를 고려해 볼 수 있다. 재단법인 형태는 사단법인에 비해 목적성이 강하며, 재단법인을 통한 지원으로 정부주도 거부감을 최소화 하며 자발적 참여를 유도할 수 있다. 다만 반부패 정책에 대한 특수법인에 비해 정부와 단체 간 협력이 다소 약화하며 안정적인 사업을 위한 재정지원이 어려운 측면이 존재한다. 이에 반해 특수법인 행태는 조직설립을 위한 재원확보에 있어 관계부처나 국회설득에 난항이 있을 수 있으며, 일부 시민단체의 경우 정부주도 반부패 활동에 대한 부정적인 일부 견해를 제시할 수 있다. 하지만 안정적 사업을 위한 운영비 확보가 가능하며 반부패정책에 대한 정부와 단체 간 협력을 강화될 수 있는 이점이 존재한다.