지역발전기구는 지자체 차원에서는 전문성을 갖춘 지역혁신 전담기구를 지역여건에 맞도록 자율적으로 설치하는 것이 되어야 한다. 즉, 자문기구로서 지역혁신협의회, 지역혁신을 위한 사업기획·조정기구, 상담·중개 기능으로 간접연계를 담당할 지역산업플랫폼, 실물서비스 제공기관으로 직접연계를 담당할 각종 지원센터, 외자유치, 보조금 관리 및 집행 등 위탁업무 수행기관 등의 기능을 각 지역이 자율적으로 취사선택하여 민·관 파트너십 형태로 설치하도록 유도해야 된다.
이를 위해서 중앙정부는 지역간 경쟁 및 협력 체제 유도 등을 통해 지역의 기획능력 제고를 위한 모멘텀을 부여해야 하고 각 지자체가 다양한 형태의 추진기구를 설치할 경우 이에 대한 재정 및 운영상의 지원을 할 수 있는 규정을 마련해야 할 것이다. 예를 들면, 중앙정부는 초기 단계에서 제한적인 의미의 지역간 경쟁을 유도하는 공모방식의 시범사업 운영을 고려해 볼 수가 있다. 이 경우 ‘제한적’이란 기존 지역발전 관련 예산의 지역별 배분액을 어느 정도 인정하면서 일부 사업 분야에서 공모방식을 시범적으로 운영하여 지자체의 창의성과 기획능력을 향상시켜 전체적으로 지역발전 시책의 효율성·효과성을 단계적으로 강화하는 것을 의미한다. 또한 지역발전 관련 시책의 평가 및 모니터링을 강화하기 위해 실현가능한 목표에 기초한 ‘성과협약제도’를 도입함으로써 사업의 효율성과 책임성을 배가시킬 필요가 있다. 이러한 제도들이 도입되면 지자체는 지역발전기구와 같은 기구설립의 필요성을 절실히 느낄 수 있을 것으로 판단된다.