이 밖에 1991년 12월 중소기업은행법 개정으로 부수업무에 대한 승인 제도가 폐지됨으로써 부수업무를 자율적으로 취급할 수 있게 되었으며 고유업무 또는 부수업무가 아니라도 은행 설립 목적을 위해 필요한 업무는 재정경제부장관(現 금융위원회)의 승인을 얻어 취급할 수 있다.
2003년에는 여유자금 운용에 대한 재정경제부장관의 승인 제도가 폐지됨으로써 투자 대상의 다양화에 대응하여 탄력적인 자금운용이 가능하게 되었다.
한편 법에서는 중소기업은행의 효율적인 중소기업금융 업무 수행 및 건전 경영 유지를 위해 대출 방법 및 이율, 대출금의 회수 방법 및 기한, 동일인 대출 한도, 주식 및 사채의 응모 ·인수· 매각 방법 등을 정한 업무방법서를 작성하여 금융위원회에 보고하고, 회계연도별 사업 계획, 중소기업자금 계획 등을 포함한 업무계획서는 금융위원회에 승인받도록 규정하고 있다.