따라서 연구개발사업에서 협약방식을 적용하는 것은 국내 연구개발 주체의 기술혁신을 촉진하여 새로운 시장을 창출·선점함으로써 국가경제발전과 신규 일자리 창출을 뒷받침하도록 독려하되 이를 위해 정부가 반대급부 없이 연구개발비를 개발업체와 분담하여 투자하는 것을 전제로 한다.
하지만 국방연구개발사업(특히 무기체계 연구개발사업)은 원칙적으로 정부(또는 소요군)가 군사·안보적인 목표를 충족할 수 있는 결과물을 국내 개발하여 획득하는 것을 목적으로 하는 것이기 때문에 국가연구개발사업에서 협약방식을 적용하는 취지와 부합하지 않는다. 미국 연방정부도 연구개발 자금을 지원하는 경우 일반적으로 협약방식을 적용하고 있지만 상대방으로부터 물품이나 서비스를 획득하는 목적으로 수행하는 경우에는 계약(Contract) 방식을 적용한다(한국연구재단, 2018).
게다가 만약 국방연구개발사업에서 협약방식을 적용하는 경우 개발업체가 일정비율의 연구개발비를 분담하는 것이 필요하고 경우에 따라서는 개발 성공 후 정부납부기술료(정액 또는 경상기술료)도 납부해야 하기 때문에 개발업체 입장에서는 사실상 연구개발비를 삭감시키는 효과가 발생되므로 신중하게 적용하는 것이 필요하다.