대학사회에서 지적하고 있는 대학 구조조정의 구체적인 문제점은 다음과 같다.
첫째, 구조조정 정책이 충분한 사전예고 없이 급박하게 추진되고 있고, 둘째, 학교와 지역의 특성을 고려하지 않고 서울·수도권 중심의 기준에 따라 평가를 했으며, 셋째, 교과부가 학부교육선도대학으로 지정한 후 곧바로 구조조정대학으로 선정하는 등 정책의 일관성에 문제가 있다는 것이다.
전국교수노동조합은 ‘구조조정의 방향과 개념, 부실대학의 기준이 굉장히 혼란스럽고, 현재의 부실대학 퇴출 정책은 실제의 부실대학의 탈출 경로를 보장해주는 것이 될 수 있다’라고 주장했다.