(3) 권한 확대에 따른 지방재정 특례 마련
대도시 특례에 따라 해당 지역으로 권한을 이양하기 위해서는 사전에 소요될 비용과 인력 등을 추계하고, 사무이양과 동시에 인력 및 예산 등이 함께 이관될 수 있도록 제도설계가 필요하다. 특히 지방재정 관련 법제의 개정이 함께 논의되어야 한다. 세목조정과 국세와의 공동세비율 조정 등을 하지 않고서는 특례시로 전환될 경우 재정권한의 확대 없이 업무만 늘어나는 문제가 발생할 수 있다. 대도시의 업무량 변동은 지방세의 변화를 초래하게 된다. 향후 대도시 재정운영의 자율성 확대와 더불어 대도시 재정수입확대 방안에 대한 논의가 요구된다.
(4) 정부간 관계 재정립
인구 100만명 이상이나 이에 준하는 대도시를 특례시로 정할 경우에 정부간 관계를 재설정해야 한다. 즉 중앙정부와 특례시, 특례시와 상위 광역자치단체, 그리고 특례시와 동일 광역내 타 시·군과의 관계 등을 어떻게 설정할 지에 대한 논의가 필요하다. 특히 기존의 상위단체인 광역자치단체와의 권한 배분을 명확히 규정할 필요가 있다. 자칫 정부간 불명확한 관계 설정으로 인해 분쟁이 야기될 수 있기 때문이다.