3)연장근로 상한제한
연장근로 제한에 대해 특례를 규정한 우리나라 근로기준법 제58조에서는 연장근로의 상한선에 관한 규정을 두지 않고 있음으로 말미암아, 이와 같은 특례사업의 경우 규정상으로는 무한정한 연장근로가 허용될 수 있도록 되어 있다. 이에 대해서는, 근기법 제58조에서 정한 업종은 공중의 편의나 업무의 특성에서 변형근로가 요구되는데 지나지 아니하므로 무한정한 연장근로를 인정하는 것은 부당하다는 비판이 있다.
앞서 본 국제노동기구(ILO)의 협약과 유럽연합(EU)의 근로시간지침 등 국제기준에서도 명시적으로 상한선 설정을 요구하고 있다.
근기법 제52조 제1항에서는 1주 12시간 한도의 연장근로 상한선규정을 두고 있고, 동조 제2항에서는 탄력적 근로시간제와 선택적 근로시간제에 있어서도 1주 12시간의 연장근로 상한선규정을 마련하고 있다. 이와 같이 근로시간제도 운영의 유연화를 도모하는 제도에서도 적용되는 연장근로의 상한선 규제가 적용특례사업에 적용되지 아니한다고 하면, 연장근로에 관한 근로기준법의 강행적 적용이 유명무실화 될 우려가 생기게 된다. 그리고 한국에서 적용특례규정을 처음으로 정한 1961년 법률은 주당 법정근로시간의 범위내에서 1일 근로시간을 초과할 수 있다고 규정하고 있었다는 입법적 연혁을 참조하더라도, 일정한 한도 설정이 필요하다고 볼 수 있다.
앞서 본 프랑스의 입법례에서는 적용특례범위 업종에 대해 1일당 허용되는 시간을 각기 별도로 정하고 있고, 연장근로시간의 합계가 1주 내지 1년 당 일정시간수를 초과할 수 없도록 규정하고 있는데, 적용특례시에도 연장근로의 한도에 대해 엄격한 제한을 두고 있는 경우라고 할 수 있다. 일본의 경우에는 일반사업에 대한 주당 법정근로시간(40시간)보다 많은 주당 법정근로시간기준(44시간)을 설정하여 그 범위내에서 특례를 활용하도록 하여 주당 상한선을 두고 있다고 할 수 있다.