이러한 문제가 발생하는 근본적인 원인은 「국가과학기술자문회의법」 등에서 심의 대상이 되는 중장기계획의 범위를 명확하게 정하지 않았기 때문이라고 할 수 있다. 「국가과학기술자문회의법」 제2조제2호는 심의사항으로서 ‘과학기술진흥을 위한 주요 정책 및 계획의 수립·조정에 관한 사항’과 ‘중·장기 국가연구개발사업 관련 계획의 수립에 관한 사항’을 명시할 뿐, 심의 대상이 되는 분야의 범위, 계획의 대상 기간 등을 규정하고 있지 않다.
따라서 「국가과학기술자문회의법」과 「과학기술기본법」 등에서 중장기계획의 심의에 관한 사항을 명확하게 규정하여 주요 계획들이 국가과학기술자문회의 심의에서 누락되지 않도록 할 필요가 있다. 대상 범위로서 「과학기술기본법 시행령」과 같이 국방분야와 인문·사회분야를 제외할 수도 있으며, 「국가연구개발혁신법」과 같이 연구개발 전 분야를 포괄하는 방안도 고려 가능하다. 또한 최소한 분야별 종합계획들에 대해서는 국가과학기술자문회의가 심의하여 확정하도록 할 필요가 있으며, 핵심적인 계획임에도 불구하고 5년 단위가 아니라 3년 단위 등으로 수립되는 경우도 있으므로 중장기계획의 범위를 3년 이상으로 할 필요가 있다.