일본은 「하천법」 제87조와 같은 법 시행령 제20조에서 관행수리권에 관해 규정한다. 해당 규정에 따라 일본에서 「하천법」 제정 이전부터 하천수를 사용하던 자는 새로운 허가 없이도 하천수를 사용할 수 있는데, 사용허가의 갱신 없이 수리권이 보장되므로 허가기간이 정해져 있지 않고 사용료도 부과되지 않는다. 다만 법 제88조 및 같은 법 시행령 제48조에 따라 관행수리권을 사용하는 자는 본인의 인적사항, 사용목적, 사용량, 점용시설 등의 사항을 하천관리자에게 신고해야 한다.
일본은 기후변화의 영향으로 가뭄이 빈번해지자 갈수기 하천수 사용조정 절차를 마련하였다. 과거 극심한 가뭄이 발생해도 인접한 다른 하천에서 취수하려면 하천수 사용자와 관계 행정기관 협의, 지방공공단체 의견 청취, 하천관리자 허가 등 신규 수리권 허가를 위한 통상적인 절차에 오랜 시간이 소비되었다. 이에 비정상적인 가뭄이 발생할 경우, 법 제53조의2제1항에 따라 신규 하천수 사용자는 하천관리자의 승인이라는 간소한 절차를 통해 수리권을 신속히 조정하여 비상용수를 확보·공급할 수 있게 되었다.