3. 체계·자구심사 절차를 둘러싼 쟁점
(1) 체계·자구심사 범위의 문제: 위원회 소관주의와의 충돌과 월권 논란
체계·자구심사 절차를 둘러싼 논란에서 가장 큰 쟁점은 체계·자구심사에서 법안의 내용에 대한 수정이 어디까지 가능한가라는 것이다. 이에 대한 일반적 견해는 체계·자구심사는 어디까지나 법률의 체계 및 형식과 자구의 심사에 제한되며, 법안의 정책적 내용까지 심의할 수는 없다는 것이다.
반면 소관위원회가 의결한 법안의 내용이 법체계나 법리상 문제가 있는 경우, 법사위 체계·자구심사과정에서 법조문을 수정하거나 삭제·추가하여 의결하는 것은 불가피하다는 반론도 제기된다. 특히 법안내용이 여러 상임위원회와 중복되어 있거나, 방대한 예산상 조처를 필요로 하는 법안의 경우 소관 상임위심사과정에서 보다 심도 깊은 논의가 필요하지만, 그렇지 못한 경우가 있다. 이 경우에 법사위의 체계·자구심사 절차가 다양한 여론수렴 및 위원회간 이견조정을 담당하는 재심기능을 수행함으로써 법안의 완결성을 높여주는 긍정적 기능을 수행한다는 것이다.
제19대 국회(2013년 5월)에서 「유해화학물질관리법 전부개정안」의 사례는 법사위 월권 논란을 잘 보여준다. 소관위원회인 환경노동위원회는 화학물질 유출사고로 중대한 피해를 일으킨 기업에 대해 전체 매출액의 10%에 해당하는 과징금을 부과하는 내용을 의결하였다. 그러나 법사위 체계·자구심사단계에서 과징금 부과기준이 ‘사업장’ 매출의 5%로 하향조정되었고, 그대로 본회의에서 의결되었다. 이에 대해 환경노동위원회는 법사위의 월권이라고 강하게 반발한 바 있다.