이같이 지방자치법상 직무정지규정이 개정되자, 2002년 10월 31일, 동 규정에 따라 직무정지가 된 구청장이 무죄추정원칙 위반, 공무담임권의 과도한 제한, 평등원칙 위반이라는 세가지 쟁점을 들어 헌법소원을 제기하였다. 이에 대해 헌법재판소는 5:4(합헌:위헌)로 합헌결정을 하였다.
최근 지방선거에서 당선된 지방자치단체장들 중 일부 단체장들이 형사재판을 받거나 형사사건에 연루되어 있어, 다시금 유죄확정전 지방자치단체장의 직무정지규정에 대한 찬반 논란이 제기되고 있다.
이하에서는 문제가 되는 헌법 쟁점들에 관하여 2005년 헌법재판소의 결정내용과 입법론적 논의 필요성 등을 중심으로 살펴보기로 한다(이하 판례인용생략).