에코 박물관은 지역주민이 주체가 된 사회적 기업이나 협동조합이 중심이 되어 중핵 박물관(Core museum), 위성 박물관(Satellite museum), 발견의 오솔길(Discovery trail)로 구성된다. 중핵 박물관은 자연사 박물관 성격뿐만 아니라 향토 자료관 및 지역활성화 센터, 창업지원 센터, 평생학습센터의 기능도 수행한다. 위성 박물관은 테마 중심의 소규모 특별 전시 공간으로서 자연유산, 문화유산, 산업유산을 모두 포함한다. 발견의 오솔길은 지역 자연 및 역사·문화의 관찰용 오솔길로 에코 박물관 전체 이해를 돕기 위한 역할을 담당하며 관찰대상을 중심으로 테마 중심의 길을 정비한다. 
에코 박물관의 성공 사례로서 일본의 아사히 에코 박물관을 예로 들 수 있다. 아사히 지역주민과 함께 마을 전체를 박물관으로 활용하면서 비영리 활동 법인으로서 아사히 마을 생태박물관협회가 적극적으로 참여하여 주도적으로 운영하고 있다. 이 지역의 중핵 박물관(Core museum)은 마을 도서실, 문화센터, 에코뮤지엄 안내실로 구성되어 있다. 위성박물관(Satellite museum)은 16개 지역의 자연, 문화, 산업유산 등과 연계되어 있는데 과수원, 와인공장, 사타케 주택, 신사 시설도 활용하고 있다. 발견의 오솔길(Discovery trail)은 21개의 지역 자연 및 역사·문화의 관찰용 경로를 개발하여 다양한 관광이 가능하도록 하고 있다.