수사나 공판과정에서 담당자들의 미온적 대처 및 무성의한 태도에 인한 2차 피해도 발생하고 있다. 한 검사는 공판과정에서 판사가 증인의 이름을 묻자 자신이 신청한 증인의 이름도 기억하지 못하고, 피고인 측 변호인이 질문했던 내용을 반복해서 질문하며, 피해자 측에서 낸 자료를 충분히 검토하지 않는 등의 성의 없는 태도를 보였다(걸림돌, 2011).
더욱이 성폭력 수사과정을 빙자하여 피해자에게 성폭력을 행한 수사관과 탈영 전경의 성폭력 사건 등 소속 경찰에 대한 관리 및 교육을 소홀히 한 경찰청이 있다(걸림돌, 2006). 나아가 피해자 인권을 침해하는 현장 검증 및 범행 재연을 지시(걸림돌, 2005), 청소녀집단 성폭력 사건에서 피해자에게 9가지의 2차 가해를 한 담당 수사기관(걸림돌, 2004), 무리한 대질조사와 장시간 조사 등의 부당수사를 강행한 검찰(걸림돌, 2004) 등이 있다. 또한, 외국인에게 강간 피해를 입은 피해자에게 담당 형사가 인지수사를 진행하면서 피해 당시의 상황을 재연해보자며 비디오방에 데려가 성추행하고, 이를 문제 삼자 재빨리 사직하고 500만 원을 주면서 사건을 무마하려 한 경찰도 있다(걸림돌, 2011). 그리고 공판검사가 사건의 실체 파악에 미온적 태도를 보이고 재판 중에 집중하지 않고 탁자 밑에서 핸드폰을 하여 걸림돌로 선정되기도 하였다(걸림돌, 2013).