(4) 갑작스런 확대실시 결정으로 인한 준비 미흡 논란
3년간의 시범적용 기간 동안 전국 초ㆍ중ㆍ고교의 약 5%를 대상으로 실시했던 교장공모제를 교과부는 2010년도 교장 결원 예정학교의 50~100%로 갑작스럽게 확대하였다. 이로 인해 아무런 사전준비나 논의가 없었던 대다수의 학교에서는 시행기간이 촉박하고 지원체제가 미흡하여 어려움을 겪은 것으로 나타났다.
1~6차의 시범적용에서는 학교 내부의 논의 및 준비기간이 1개월 정도 주어졌다. 그리고 실시통보 이후 1단계 심사 완료까지 1개월이 추가로 주어졌다. 이에 반해 2010년 확대실시에서는 통보 이후 1단계 심사까지 1개월 미만만 주어졌다. 특히, 서울은 학내의 사전논의 기간 없이 시행하였고 공모기간도 짧았다.
이로 인해 일부 학교는 지원자 접수를 받은 후에야 1단계 심사의 배점기준을 확정하기도 하였다. 또한 공정성을 의식한 대부분의 학교는 심사 당일 심사위원 선정결과 및 지원서류를 공개함에 따라 심사의 전문성에 대한 논란도 일었다.