셋째, 고준위방사성폐기물 관리 기본계획에서는 사용후핵연료 발생량에 대하여 7차전력수급기본계획을 바탕으로 한 하나의 상황을 상정하여 계획을 추진하고 있어 원전의 건설ㆍ운영 상황에 따라 사용후핵연료 발생량이 달라지는 점을 고려하기 어렵다는 문제점이 있다. 다양한 상황을 고려하는 것은 사용후핵연료 관리에 소요되는 비용 산정 시에 도움을 준다.
넷째, 산업통상자원부가 건설하려는 사용후핵연료 관리시설에 대한 비용은 원자력 발전량(kWh) 당 약 3.77원으로 나타난다. 반면에, 관련 고시에서는 평균 1.62원/kWh로 정하여 현재 부담금을 원전사업자가 납부하고 있다. 현 세대가 사용후핵연료의 관리 비용을 부담한다는 관리 원칙의 이행을 위해서는 적정비용을 투명하게 산출하고 이를 부과시켜야 하는 방안을 검토해 볼 수 있을 것이다.