(2) 공소시효 제도와 헌법상의 기본 원칙
범죄 후 공소시효를 사후적으로 정지 또는 배제하는 입법이 허용된다고 하더라도, 범죄행위 발생 후 그 범죄에 해당되는 시효가 완성되기 전(부진정소급효) 혹은 시효가 완성된 후 그 범죄에 대해 공소시효를 정지 또는 배제(진정소급효)하는 것이 헌법 및 형법상의 형벌불소급의 원칙 또는 법치주의 원칙에 위반되는 것이 아닌지에 대해서는 별도로 살펴보아야 한다.
우선 형벌불소급원칙 위반 여부와 관련하여 학설상으로는 대립이 있다. 그러나 헌법재판소는 「5·18 민주화운동 등에 관한 특별법」 위헌제청 등 사건에서 공소시효에 관한 규정은 형벌불소급원칙의 적용대상이 되지 않는다고 판단하였다. 그 이유는 형벌불소급원칙이 적용되는 대상은 행위의 가벌성에 대한 것인데, 공소시효는 가벌성에 영향을 미치지 않는다고 보았기 때문이다.
다음으로 법치주의의 원칙 즉, 법적 안정성과 신뢰보호원칙 위반 여부와 관련하여서는 공소시효가 완성되지 않은 죄는 당사자의 신뢰 가치를 비교적 적게 침해하기 때문에 원칙적으로 허용이 되지만(부진정소급효), 공소시효가 완성된 죄에 대해 사후에 공소시효 정지 또는 적용 배제 등 규정을 적용하는 것(진정소급효)은 공익과 개인의 신뢰를 비교하여 공익적 필요가 현저히 큰 경우 예외적으로 허용된다고 판단하였다.