3)재정에 대한 국회의 민주적 통제기능 약화
헌법 제54조 제1항은 “국회는 국가의 예산안을 심의ㆍ확정한다.”고 하여 국회의 예산심의ㆍ확정권을 규정하고 있다. 국회는 예산심의를 통하여 예산의 전체 규모가 적정한지, 예산이 효율적으로 운용되는지, 예산편성이 국민의 담세능력과 형평성에 부합하는지 등을 감시한다. 한편 ｢국가재정법｣ 제 17조 제2항은 “제53조(예산총계주의 원칙의 예외)에 규정된 사항을 제외하고는 세입과 세출은 모두 예산에 계상하여야 한다.”라고 규정하여 예산총계주의 원칙을 선언하고 있다. 이는 국가재정의 모든 수지를 예산에 반영함으로써 그 전체를 분명하게 함과 동시에 국회와 국민에 의한 재정상의 감독을 용이하게 하자는 데 그 의의가 있다.
그런데 대체로 일반회계예산에 편입되는 조세와는 달리, 각종 부담금 수입은 기금이나 특별회계예산에 편입되기 때문에 재정에 대한 국회의 민주적 통제기능을 상대적으로 약화시킬 우려가 있다. 즉, 정부가 관리ㆍ운영하는 각종 기금들은 모두 예산 외로 운용되고 있어서(국가재정법 제5조 참조) 국회의 예산심의ㆍ확정권 행사의 대상에서 벗어나 있을 뿐 아니라(국가재정법 제66조 제5항 참조), 정부의 모든 재정활동을 빠짐없이 예산에 포함시키려는 예산총계주의 원칙에도 중대한 예외를 이룬다.
한편, 특별회계는 국가에서 특정한 사업을 운영하고자 할 때, 특정한 자금을 보유하여 운용하고자 할 때, 특정한 세입으로 특정한 세출에 충당함으로써 일반회계와 구분하여 계리할 필요가 있을 때에 법률로써 설치하되, 법률에 의하지 아니하고는 이를 설치할 수 없도록 되어 있는바(국가재정법 제4조 제3항), 그 수가 과다할 경우 정부의 재정구조를 복잡하게 만들어 재정운용의 투명성을 떨어뜨릴 수 있다. 무엇보다도, 기금이나 특별회계는 소위 ‘칸막이식 재정운용’을 통해 국가재정 전체의 관점에서 볼 때 우선순위가 떨어지는 사업이 추진되게 하거나 그 사업 운영이 방만하게 이루어지게 하는 등 재정운용의 비효율성을 초래하고, 그로써 국민에게 꼭 필요한 이상으로 공과금 부담을 지우는 결과를 가져올 염려가 있다.