둘째, 농수산물 관련 WTO 분쟁에서 SPS 협정을 비관세조치로 대응할 수 있는 정부 부처 간 역할 분담과 협력체계를 구축했다는 점에서 의미가 크다. 특히 과학적 근거 마련을 위해 국내 수입·유통되는 식품의 방사능 검사에 치우쳤던 종전의 대응전략에서 벗어나 사실심인 1심과 법률심인 2심의 특성을 전략적으로 활용하여 대응하였다. 정부가 상소심을 준비하면서 새로운 근거를 보완하는 것보다 1심 판정의 오류를 지적하고 법리적 대응에 집중한 것은 이번 분쟁의 승소에 가장 큰 역할을 한 것으로 평가되고 있다.
그동안 우리나라 식품안전관리시스템은 무역 상대국의 WTO 제소 여부에 대한 지나친 우려로 인해 국민들의 건강과 안전을 최우선시하는 적극적인 조치를 취하지 못하는 사례가 많았다. 그러나 이번 분쟁의 대응과정과 승소 경험으로 식품의 SPS 협정 관련 문제 발생 시 적극적인 대응을 할 수 있는 계기가 마련되었다고 본다. 효과적인 법리적 대응 전략을 바탕으로 한 이번 분쟁의 승소 경험은 농수산물의 SPS 협정 문제해결을 위한 정부 차원의 적극적인 대응기반을 확대하고 정부기관 간 협력체계와 역할 분담을 견고히 하는데 큰 역할을 할 것으로 기대된다.