둘째, 지적재조사 사업지구의 선정기준을 명확히 제시할 필요가 있다. 「지적재조사특별법」에서는 사업지구의 선정에 관해 실시 계획을 수립해야 하는 지적소관청에 위임하고 있을 뿐, 이에 대한 명확한 선정기준을 제시하고 있지 않다.
지적재조사사업을 원활하게 추진하기 위해 상대적으로 사업시행이 용이하고 가시적인 효과가 있는 지역을 우선으로 해야 한다는 주장이 있다. 반면 지적불부합으로 인하여 주민 불편이 많은 지역부터 정리해야 한다는 주장도 있다. 따라서 사업지구선정을 위한 명확한 기준을 제시하여 사업의 공정성을 기해야 할 것이다.
셋째, 지적불부합지를 정비하는 과정에서 실질적인 토지소유권의 조정수단인 조정금 제도에 대한 보완이 필요하다.
지적불부합지에 대한 측량을 통해 특정인에게 경제적으로 불리한 결과가 초래될 경우, 민원 및 법적 소송이 발생할 가능성이 있다. 이를 위해 필지별 면적 증감이 발생한 경우에는 감정평가에 따라 조정금을 산정하도록 규정하고 있다(법 제20조).