한국 정부는 이러한 현상을 조기에 해결하기 위해 이미 1990년대 중반부터 각 단위행정별 협의회와 위원회 등을 설치·운영하며 정부 간 분쟁 해결을 시도하는 혜안을 보여주었다. 중앙-광역 간 분쟁조정 기구인 행정협의조정위원회, 광역-기초 간 분쟁조정 기구인 중앙분쟁조정위원회, 그리고 기초-기초 간 분쟁조정 기구인 지방분쟁조정위원회가 그것이다. 그럼에도 불구하고 기 구축된 3개 분쟁조정위원회의 활동과 성과를 살펴보면 전반적으로 실효성이 매우 낮다는 것이 일반적인 평가이다(홍성만·김광구, 2008; 장선희, 2008; 주재복 2010).
이 연구는 정부 간 분쟁조정제도의 운영 실태를 점검하는 한편, 여기에서 파생되는 문제점들을 파악하고 이를 바탕으로 정부 간 분쟁조정 제도를 활성화할 수 있는 개선방안을 도출함으로써 정부 간 분쟁으로 인한 사회·경제적 비용을 감소시키고, 정책 효율성과 효과성을 높이는데 기여하고자 한다. 이를 위해 먼저 선행연구가 제시하는 주요 문제점을 검토하고, 이 연구의 분석틀과 분석방법, 그리고 연구의 절차를 소개하기로 한다(II). 이어서 정부 간 분쟁조정 제도로 기 구축된 3개 분쟁조정위원회의 조직 현황과 운영 실태를 살펴본 다음(III), 그 문제점을 제시하고(IV) 이의 개선방안을 제안하고자 한다(V).