단 한번의 국회의원선거에서 부진한 결과를 얻었다고 하여 즉시 정당등록을 취소하는 것은 어느 정당이 대통령선거나 지방자치선거에서 좋은 성과를 받아도 등록취소가 되는 불합리한 결과를 가져온다. 또한, 신생정당이나 군소정당의 경우에는 등록취소의 우려로 인하여 국회의원선거에의 참여 자체를 포기하여 국민의 정치적 의사형성에 지속적으로 참여하고 자신의 존재와 정책을 효과적으로 알릴 기회를 상실하게 된다.
신생정당이나 군소정당은 국민의 정치적 의사형성에 참여할 진지한 의사를 가지고 계속적으로 정당활동을 수행하는 과정에서 국민의 지지를 획득하여 보다 굳건한 정당으로 성장할 수 있다. 그러나 정당등록 취소규정은 이러한 기회를 박탈함으로써 소수의견의 정치적 결집을 봉쇄하고 정치적 다양성과 정치과정의 개방성을 훼손할 수 있다고 밝혔다.
또한 당해 규정으로 달성하려고 하는 공익이 실질적으로 공익실현에 기여하는 효과는 불분명한 반면에 이로 인해 침해되는 정당설립의 자유의 공익적 가치는 매우 크다고 할 수 있다. 따라서 공익적 성과와 그로부터 초래되는 부정적 효과는 합리적인 비례관계를 현저하게 일탈하였다고 판단하였다.
정당명칭 사용금지조항도 마찬가지로 정당 등록 취소규정을 전제로 하므로 위헌으로 판단하였다.