특히 넘버링에서 차이를 보이는데, 이와 관련하여 일본 외무성 자료에 대한 기록관리 이력을 우선 살펴볼 필요가 있다. 일본이 패전함에 따라 연합국 군최고사령관 총사령부(GHQ)는 전쟁재판의 증거자료 수집이라는 목적으로 일본 군부 및 행정기관에 입회하여 공문서와 도서를 접수하기 시작했는데, 외무성 자료 역시 예외는 아니었다. 접수 받은 문서의 대부분은 워싱턴문서센터(WDC)를 거쳐 미 의회도서관에 보관되었다. 이후 접수 문서에 대한 일괄 반환은 총 2회에 걸쳐 이루어졌는데, 일본 외무성사료관 개관 이전인 1956년에 6,800권의 군관계문서에 대한 교섭이 어느 정도 마무리되고, 1958년에 방위청 방위연수소 역사실로 반환되었다. 그리고 1974년 1월 14일에 150박스(약 2,200점)의 문서가 국립공문서관에 반환되었다. 반환된 문서는 케이스에 빨간 부전(付箋)을 붙인 구 육해군 관계(=返赤)와 파란 부전을 붙인 내무성 등 관계(=返青)로 대별된다. 후자는 사상법 단속 및 출판물 압수 등 경찰 관계 문서가 대부분을 차지하고 있으나 일부 각 성 및 민간 기업 등에 의해 작성된 문서도 포함되어 있었다(日本國立公文書館 公文書専門官室, 2001, 12).