앞서 지적한 바와 같이 직무상 범죄를 발견한 경우에도 수사기관의 고발의무를 강제하고 있지 않다 보니, 조직 내부의 온정주의 또는 제 식구 감싸기 식의 문화가 작용하여 직무상 고발이 사실상 불가능하다.
그리고 내부 신고자에 대한 신변보호가 제대로 이루어지지 않기 때문에, 조직생활을 유지하려는 자에게 직무관련 범죄에 대한 고발을 기대하기 어렵게 되어 있다.
이러한 문제점에 대한 개선방안으로 부패행위에 대해 범죄혐의가 명확한 경우는 반드시 신고ㆍ고발하도록 하는 의무 규정에서 한걸음 더 나아가, 신고ㆍ고발 의무 불이행을 징계 사유의 하나로 명확하게 규정하는 방안을 들 수 있다.
또한 현재는 통상 기관 내 감사담당관실등에서 해당 비위행위에 대한 조사, 징계의결 요구, 검찰 고발여부 등을 결정하게 되는데, 감사담당관을 조직 내부자들의 순환보직으로 할것이 아니라 외부 전문인력으로 충원하거나, 독립적인 별도의 기구로 분리시켜 감찰기능을 강화하는 것도 하나의 방안이 될 수 있다.