박근혜정부의 경우 과학기술 및 연구개발사업에 대한 주무부처로 미래창조과학부라는 대부처가 출범하였으나, 실질적인 연구개발예산에 대한 조정, 배분, 편성은 기획재정부가 담당하게 되면서, 범부처 연구개발사업의 조정을 실질적으로 수행하는데 한계가 있다는 평가가 있다. 이와 더불어 국과심의 경우 심의기관에 불과하여, 심의결과를 기획재정부에 제시하는 형태에 불과하고, 각 부처가 제출한 사업 중 기술성 평가만을 담당할 뿐이어서 종합적인 연구개발 조정 및 컨트롤타워 역할과 권한이 미약하다고 평가받는다. 이에 반해, 미국의 경우 대통령실 산하의 과학기술정책실(OSTP)이 국가과학기술위원회(NSTC), 관리예산실(OMB)과 협력하여, 국가연구개발사업을 조정하는 거버넌스를 가진다.
이러한 한계를 극복하고자 지난 2015년 5월 연구개발체계 혁신안이 발표되었다. 정부연구개발사업의 범부처 컨트롤타워 기능을 강화하기 위해 연구개발 기획, 평가, 예산 배분·조정을 총괄하는 기구(가칭, 과학기술전략본부)를 미래부에 설치하기로 발표하였다.