(4) 연구관리를 대행하는 특정연구기관
정부는 각 부처 내에 단일의 연구관리전문기관만을 두는 방향으로 19개 연구관리전문기관을 12개로 통합하는 방안을 추진하고 있다. 이에 따라 일부 특정연구기관의 경우 연구관리 기능이 타 기관으로 이관되면서, 특정연구기관 지정을 유지해야 할지가 쟁점이 될 수 있다.
또한 정부가 발표한 12개 연구관리전문기관 중에서 2개 기관만이 특정연구기관으로 지정된 상황인데, 이 2개 연구관리전문기관을 특정연구기관에서 제외하는 방안, 12개 연구관리전문기관을 특정연구기관으로 포섭하는 방안 등이 논의될 수 있으며, 후자의 경우 범부처 차원의 연구관리전문기관 육성체계에 관한 사항을 특정연구기관법에 규정하는 방안에 관한 논의도 이루어질 수 있다.