사회보장정보시스템(행복e음)은 통장 개설 대상아동에 대한 정보와 지원 대상 아동의 현 상태(사망, 실종, 전출입 등)에 대한 정보를 관리하고 있다. 해당 사업의 협력은행은 CDA 개설 및 해지정보, 입･출금내역, 매칭지원금 지급 내역, 미매칭 정보를 보유하고 있다. 아동권리보장원은 후원자에 관한 정보를 관리하고 있다. 세 기관 간 정보 연계 시스템의 부재는 몇 가지 문제점을 초래할 수 있다.
첫째, 통장번호 등의 기재 또는 입력 오류로 약정 후원금이 아동의 통장에 장기간 입금되지 않더라도 시스템 상 확인이 어렵다. 현재 아동권리보장원에서는 후원자로부터 후원신청서를 받아 후원계좌를 전산에 입력하고 있는데, 이 과정에서 통장번호 입력오류가 발생할 경우 후원금은 협력은행에 입금되지만, 아동의 계좌에는 입금되지 않고, 그에 따라 정부 매칭금도 지원되지 않는다. 후원자로부터 지정 후원금을 약정 받았음에도 불구하고 퇴소시점에서야 해당 아동의 CDA 통장에 후원금이 적립되지 않은 것을 발견하고 뒤늦게 지급한 사례가 있었다.