5) 건전성 및 자본적정성
외환위기 이후 부실조합 퇴출 및 구조조정의 노력으로 적자 상호금융회사의 수는 2007년말에 251개까지 큰 폭으로 감소하였다. 그러나 최근 금융위기 및 경기침체에 기인한 가계대출 부실로 그 수가 2009년 6월말 현재 1,056개로 급증하여 전체 상호금융회사의 27%를 차지하고 있다. 기관별로는 수협, 신협 및 새마을금고의 경우 2009년 6월말 현재 적자기관 비율이 각각 35.2%, 34.4%, 34.0%에 달한다. 농협은 전체기관 대비 적자기관 비율이 2008년말 각각 0.6%에서 2009년 6월말에 13.1%로 급증하였으나 타 금융회사에 비해 적자 기관 비중이 낮다.
상호금융회사의 자산건전성은 2001년 이후 지속적으로 개선되는 추세를 나타냈으나 최근 글로벌 금융위기의 영향으로 악화되는 양상이다. 2009년 6월말 현재 고정이하여신비율은 농협 상호금융이 가장 낮으며 신협이 4.4%로 가장 높은 수준을 기록하고 있다. 연체율의 경우에도 신협과 수협이 7%를 상회하는 등 높은 수준을 나타내고 있다.
상호금융회사의 대손충당금 적립비율은 2007년까지 상승세를 보였으나 글로벌 금융위기가 본격화된 2008년부터 부실자산이 증가하면서 감소세로 전환하였다. 농협의 대손충당금 적립비율은 2007년말 186.36%까지 상승하였으나 2009년 6월말 현재 137.80%로 하락하였으며, 부실자산 정리가 완전하지 못한 수협, 신협, 산림조합의 경우 충당금 적립비율이 100%를 크게 하회하고 있다. 자본적정성도 지속적으로 개선되고 있으나 신협과 수협의 경우 순자본비율이 여전히 낮은 수준으로 농협 상호금융의 경영지도 기준인 4%에 크게 미달하는 실정이다.