여러 차례에 걸친 회의를 통해서도 결국 전원 합의에 이르지 못하면 비록 논란이 있었지만 다수의 의견을 전원 일치의 합의된 의견으로 채택하기로 하거나, 합의된 의견과 함께 구체적 내용을 밝힌 소수의견이 있었음을 명기하는 선에서 합의하기도 한다. 최대 두 달에 걸친 논의에도 불구하고 다수의 의견을 모을 수 없는 경우에는 자문위는 결국 요청된 징계안에 대하여 의견 없음을 통보하게 된다. 3기 자문위는 치열한 논쟁에도 불구하고 합의를 이루지 못해 의견 없음으로 통보한 사례가 있었다. 그러나 이는 자문위가 정치적 중립성을 유지하지 못했다는 것을 의미하므로 자문위원들 스스로 반성해야 할 것이다.
위와 같은 자문위 구성과 행태의 한계를 고려하여 자문위원은 자신을 추천한 정당으로부터 독립적으로 양심에 따라 판단하고 자문에 응할 것을 서약하도록 하고, 이에 따라 행동하도록 의무화할 필요가 있다. 물론 이것이 문제의 해결책이 될 수는 없다. 그렇지만 현재 여야 동수의 자문위원을 구성하도록 한 국회법의 입법의도를 고려할 때, 위원 구성 자체를 변화시키기는 쉽지 않다. 이는 자문위가 가지고 있는 본질적 한계이기도 하다. 하지만 자문위 위원들이 여야 동수 구성의 원칙을 이해하고, 의원 윤리수준의 제고라는 자문위의 역할에 충실하다면, 합의에 의한 징계심사는 이루어질 수 있을 것으로 기대한다.