출연(연)의 안정적인 연구환경을 위해서 출연금 비중을 높이고 PBS를 줄여나가야 한다는 목소리가 있는 반면, 국회와 정부를 비롯한 외부에서는 PBS가 지향하는 경쟁체계가 오히려 연구경쟁력을 향상시킨다고 지적하기도 한다. PBS 제도 자체는 1990년대 중반 국가의 과학기술 자원 분배와 출연(연)의 성장한계 요인(연구비와 연구인프라의 한계)을 극복하기 위해 창발적으로 일어난 현상이라고 볼 수 있다. 기존의 출연금 중심의 국가 연구체제에서 경쟁적 국가 R&D사업 체계라는 새로운 질서가 창출된 것이다. 하지만 20년 가까이 지난 지금의 과학기술계가 PBS체제를 어떻게 재설정하고 발전시켜 나갈지는 아직은 명확하지 않다. 지금의 과학기술 거버넌스는 설계된 구조로서 연구회 및 PBS 제도가 초기조건으로 결정되어 있고 이를 둘러싼 복잡하고 다층적인 과학기술분야 참여 주체들간의 상호작용이 일어나고 있는 단계라 할 수 있다. 특히 정부가 변화됨에 따라 재설정되는 과학기술 관련 국정과제 등도 새로운 변수로서 과학기술 R&D 체계라는 복잡계에 큰 영향을 미치고 있다.