교섭대표노조의 결정은 단계적으로 이루어진다. 우선 교섭대표노조 결정 절차에 참여한 모든 노조는 대통령령으로 정하는 기한(14일) 내에 자율적으로 교섭대표노조를 정한다(제29조의2제2항). 다만, 교섭대표노조를 자율적으로 결정하는 기한 내에 사용자가 교섭창구단일화 절차를 거치지 아니하기로 동의한 경우에는 예외로 한다(제29조의2제1항 후단).
자율적 단일화가 이루어지지 않고 사용자가 개별교섭 동의를 하지 않은 경우에는 교섭창구단일화에 참여한 노조의 전체 조합원 과반수로 조직된 노조(과반수 노조)를 교섭대표노조로 하여 사용자와 교섭한다(제29조의2제3항). 과반수 노조가 없는 경우에는 창구단일화에 참여한 노조 전체 조합원의 10% 이상인 노조가 공동교섭대표단을 구성한다(제29조의2제4항).
공동교섭대표단의 구성에 노조가 합의하지 못할 경우 노동위원회는 해당 노조의 신청에 따라 조합원 비율을 고려하여 이를 결정할 수 있다(제29조의2제5항). 노조가 교섭요구 사실, 조합원수 등에 대한 이의를 제기한 때에는 노동위원회는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 이의에 대하여 결정할 수 있다(제29조의2제6항).