종합적으로 합의제 기구를 어느 기관 밑에 두는가는 합의제 기관의 형식적 위상의 문제일 뿐, 그 자체가 독립적 기능을 보장하는 충분조건이라고 보기 어렵다. 특히 국내의 독립행정위원회 사례들을 살펴볼 때, 동 기구의 실질적 위상과 독립성은 형식적 소속이상으로, 독자적인 정책권 및 집행권, 예산 및 인사 등 실질적인 운영 권한을 얼마나 실효성 있게 확보하는가에 달려있다 할 것이다. 형식논리상의 위상 내지 독립성만을 지나치게 강조하다보면 신설하는 합의제 기구의 위상 및 역할, 타 행정부처와의 관계가 도리어 애매해지고, 독임제 행정부처와 기능이 중첩되어 충돌을 빚을 가능성마저 없지 않다.