사업조정제도의 실효성을 위한 법률 개정 과정에 대한 분석을 통해 확인한 것은, 대기업측이 중소상인 사업영역에의 진출을 자제할 거라는 기대는 현실화되지 않았다는 것이다. 법률 개정에도 불구하고 유통대기업은 SSM 출점 경쟁을 계속하였고, 더구나 사업조정 신청 대상이 아닌 순수형 가맹점과 상품공급점 사업에 새롭게 진출하였다. 하지만 사업조정이 신청된 후에 유통대기업이 입점을 철회한 것은 법률 개정의 중요한 효과이다. 실제로 SSM의 입점을 철회한 경우는 모두 92건에 달하고, 이외에도 대형마트 1건을 포함하여 모두 8건의 사업 철회가 이루어졌다. 또 하나의 효과는 유통대기업이 출점과 관련된 의사결정을 하는데 있어서 사업조정제도가 중요한 고려사항이 되었다는 것이다.
사업조정제도의 실효성을 위한 법률 개정 취지를 살리기 위해서는 개점 비용의 51% 미만을 대기업이 부담한 가맹점도 사업조정 신청 대상에 포함시키는 방안을 검토할 수 있다. 그리고 사업조정대상에 포함되지 않아 논란이 되고 있는 임의가맹점형 체인사업의 가맹점이 직영점형 체인사업의 가맹점으로 분류될 수 있는지 확인해야 한다. 대기업이 사업조정과 관련된 최종 이행명령을 따르지 않을 경우 벌금이 아니라 과징금을 부과하고, 과징금을 매출액의 일정 비율로 하는 것이 이행명령의 실효성을 확보하기에 유리할 수 있다는 것도 적극적으로 고려할 필요가 있다.
마지막으로 당사자 간에 자율적인 합의로 사업조정이 처리된 경우, 자율조정의 구체적인 내용이 사업조정제도의 취지에 맞는지 엄밀하게 점검하여 그렇지 않은 경우에 대한 대책을 마련해야 한다. 중소상인의 입장에서 가장 바람직한 자율조정의 내용은 영업시간의 단축, 의무휴업일 확대, 개점 연기, 취급품목 조정 등인데, 중소기업청은 자율조정이 이런 결과를 가져올 수 있도록 독려할 필요가 있다. 이를 위해서는 자율조정으로 처리된 사업조정의 구체적인 내용을 분석하여 모범사례를 발굴·전파하고, 사업조정제도의 취지에 맞지 않게 자율조정이 처리된 사례도 확인하여 재발 방지를 위한 적절한 조치를 취해야 한다.