한편, 이에 대하여는 “학교폭력에 대한 바람직한 처리 방향은 피해학생을 보호하고 위로하며 가해학생에 대해서는 가해행위에 대한 책임을 지고 반성하게 하되, 피해학생과 가해학생이 화해하고 모두가 학교생활을 원만히 할 수 있도록 하는 것이어야 한다. 이를 위해서는 피해학생에 대한 신속한 피해의 구제뿐만 아니라 가해학생 측이 자신의 행위에 대해 별다른 어려움 없이 충분히 입장을 진술할 수 있도록 하여야 하는데, 이 사건 재심은 학교폭력 문제와 관련하여 비교적 어렵지 않게 이용할 수 있는 이의제도로서 교육기관의 틀 안에서 이루어지는 만큼 그 판단도 신속하고 심도 있게 할 수 있다. 그럼에도 불구하고 퇴학과 전학 이외에는 재심을 허용하지 않는 것은 가해학생과 그 보호자의 기본권을 지나치게 제한하는 것”이라는 헌법재판소 내의 반대의견도 있었다.