권한대행제도의 주된 입법취지는 유죄판결을 받은 자치단체장이 계속 직무를 수행하는 것은 사회윤리적 측면에서 허용될 수 없다고 보기 때문에 그를 직무에서 배제시키는 것인데, 이는 유죄판결에 기초하여 피고인에 대한 사회적 가치판단 내지 부정적 의미의 제재를 하는 것과 마찬가지이므로, ‘유죄인정의 효과로서의 불이익’을 주는 것으로 보아야 한다는 것이다.
다시 말해서, 유죄확정전 단체장의 직무를 정지하도록 한 규정은 유죄판결이 ‘확정’되지 아니한 상태임에도 불구하고 피고인을 죄있는 자에 준하여 취급하는 것이며, 이를 전제로 불이익을 입히는 것은 헌법 제27조제4항의 무죄추정의 원칙에 어긋난다는 것이다.
또한 헌법이 추구하는 최고의 가치 중 하나는 인권이며, 헌법의 역사는 인권보장의 역사라는 점, 다른 어떤 목적을 위하여서도 인권은 타협이나 양보의 대상이 되거나 수단이 되어서도 안 된다는 점 등을 논거로 들었다.