방위비 분담금은 주한미군에 소속된 한국인 직원 인건비, 미군기지 내 건물 및 시설 건설비, 기타 군수 지원 사업에 쓰인다. 하지만 지급 방식에서 일본과 차이를 보이고 있는데, 한국은 분담금 총액을 협상을 통해 결정하고 일괄 지급하는 반면에, 일본은 지원 항목과 상한을 구체적으로 명시하여, 한국에 비해 투명성도 높고 전용의 여지도 없는 것으로 알려져 있다. 그러므로 우리의 경우에는 사업별로 낭비가 많고 지출 내역이 투명하지 않으며, 목적에서 벗어나는 사업에 집행되거나, 미집행액이 반납되지 않는 등의 문제가 있다.
1990년대 초 방위비 분담금 특별협정을 처음 체결할 당시, 한미 양국은 미군 주둔 비용을 절반씩 분담하는 것을 장기 목표로 설정했는데, 약 25년이 지난 지금 한국은 아직도 46.9% 수준에 도달하고 있다는 게 미국의 불만이다. 그러므로 우리 정부가 방위비 분담금 50% 수준에 맞추어 주는 것이 합의의 정신에 부합하는 것이다. 하지만 그러한 양보의 대가로 우리는 최대한의 이익을 얻을 수 있는 기회로 삼아야 할 것이다.