또한 지역의 자발적 참여가 핵심인 프로그램 특성상 농업환경에 대한 인식 제고와 자발적 활동을 기획, 수행할 내부 역량 부족 문제, 농업환경 문제 지표들의 수준을 파악할 수 있는 객관적 정보 및 지표관리체계 미비 부족, 활동 중심의 목표설정과 평가체계 운영 등 단일 프로그램 운영체계로 개선하기 어려운 문제도 내재되어 있다. 농림축산식품부 제출자료에 따르면, 사업지역의 온실가스 감축 추정량은 100.6ton C/yr(휘발유 차가 총 69천 km 운행 시 발생하는 탄소량을 상쇄하는 양)으로 추정할 수 있으며, 생태계 교란생물 제거, 둠벙(생태 물 웅덩이) 조성·관리 등 생태계 보호 관련 활동으로 생물다양성 증진에 기여하고 있는 것으로 추정하고 있다. 현재 농업환경보전프로그램 선정지역이 22개 시군에 불과하고 사업기간도 2~3년 수준인 상황에서 농업환경보전활동 중심으로 이루어진 사업 성격상 농업환경지표의 직접적인 결과 지표를 개선하기는 한계가 있다. 그러므로 결과지표보다 투입지표와 과정지표를 보완하여 성과를 관리할 필요가 있다.