위와 같은 문제점을 해결하고, 국민들에게 잔류물질로부터 안전한 계란을 공급하기 위한 개선과제는 다음과 같다.
첫째, 정부는 사육환경의 특징을 반영한 잔류물질 관리체계를 정비하여야 한다. 현재 기준들은 산란계의 치료와 질병예방을 목적으로 한 항생제, 주사제 등 동물용의약품이 중심이다. 살충용 동물용의약외품의 유효성분들이 식약처의 잔류물질 검사항목에서 누락되지 않도록 정비하고, 허가된 동물용의약외품의 종류를 확대하여야 한다.
위해요인(항생제, 살충제, 농약, 중금속 등)을 분석하여 축종별 사육특성과 환경변화를 반영한 매뉴얼을 마련하여야 한다. 육계 중심의 양계산업은 낙농업에서의 젖소와 우유류 관리와 같이 산란계와 계란에 대한 안전관리체계를 보완하여야 한다. 한편 검사의 신뢰도를 높일 수 있도록 지자체의 정도관리(quality control) 수준을 높여야 한다. 검사 횟수 확대와 금지된 성분까지 관리하기 위해서는 검사설비, 표준시약, 인력 등 관련 인프라 구조를 점검하여야 할 것이다. 또한 계란과 닭에서 검출된 DDT에 대한 역학조사를 통해 직·간접적인 오염 경로를 밝혀야 한다.
둘째, 잔류농약 등 부적합판정을 받은 농가에 대한 처벌뿐만 아니라 농약판매업자, 동물용의약품 및 의약외품 판매업자의 책임을 강화해야 한다. 또한 살충제와 같이 수의사의 처방이 필요없는 농약판매 시 축산용을 구분하여 판매하거나 사용방법에 대한 투약지도의 의무화를 검토할 수 있다.
셋째, 민간인증기관으로 이관된 친환경 농축산물인증체계를 재검토하고, 유기 및 동물복지축산농장으로 유인할 수 있는 정책을 정비하여야 한다. 정부는 2012년 산란계를 대상으로 동물복지축산인증제도를 처음 시행하였고, 2017년 현재 동물복지축산인증농장 132곳 중 92곳이 산란계 농장이다. 이는 우리나라의 축산환경에서도 산란계 농장이 변화할 수 있는 가능성을 보여주고 있다. 또한 친환경인증을 받은 유기축산농가에 피해가 가지 않도록 무항생제 인증을 친환경인증에서 분리하는 방안도 검토할 필요가 있다.
넷째, 생산단계에서 소비단계에 이르는 국가식품안전관리체계를 총괄하는 국가식품안전정책위원회의 운영을 활성화하여야 한다. 이번 사건의 대응과정에서도 국가식품안전정책위원회는 식약처와 농림축산식품부를 총괄하는 역할을 수행하지 못했다. 향후 계란이력관리제, 잔류물질 관리 확대 등 정부의 개선대책들은 국가식품안전정책위원회의 총괄기능 강화와 함께 두 부처의 상호협조와 견제를 통해 실행되어야 할 것이다.
