국민발안의 내용에 대하여 헌법재판소가 헌법적합성을 심사하도록 되어 있는 국가도 있다. 예를 들면 슬로바키아에서는 의회가 요청하여 대통령이 제청할 경우에 국민발안 내용을 헌법재판소가 심사할 수 있다.
발안 횟수가 제한되는 경우도 있다. 필리핀은 5년 내에 1회 이상 허용하지 않는다고 헌법에 명시하고 있다.
절차적으로는 스위스는 헌법일부개정 국민발안에 대한 대안을 의회가 낼 수 있도록 정하고 있다. 다만 전면개정의 경우에는 국민투표로 가부를 정하도록 하고 있고, 국민투표로 전면개정이 결정되면 새로운 선거로 양 의회를 구성한다고 정한다.
이러한 제한들은 극단적인 내용이 헌법규정이 되거나 사회적 소수자의 인권을 배제하는 내용이 헌법에 도입되는 문제와 같이 다수에 의한 횡포가 헌법개정에서 구현되는 문제를 해결하고자 하는 장치라고 볼 수 있다.