일본 대학정원정책의 문제는 대학의 도시 집중 현상이 강화되어 지역간의 불균형이 심화되었다는 점이다. 2000년대 중후반 들어 아베 신조(安倍晋三)총리 정권의 교육개혁 작업이 속도를 내면서 대학들도 개혁 작업에 몰두하였다. 1990년대 중반부터 신입생 감소로 인해 파산한 폐교 대학이 발생하면서 일본 대학들은 생존 전략에 역량을 집중하였다. 2006년 500여개 사립대학 중 신입생이 정원에 미달한 대학은 140여개 교로 전체의 30%에 달했다. 일본 전국의 18세 인구는 1992년 205만 명으로 정점에 도달했다가 2007년 130만 명으로 줄어든 반면, 대학들은 늘어나고 있기 때문이었다.
대학 통폐합은 2003년 6월 문부과학성이 ‘국립대학 재편·통합구상’을 발표하면서 연차적으로 진행되었다. 세부내용은 비슷한 계열의 단과대학 통합부터 시작해 향후 교원 양성 대학의 축소 재편, 대학 학부·학과 재편 등으로 99개에 이르는 국립대학 수를 절반 이하로 줄여 법인으로 바꾸는 것이었다(정승욱, 2007).