1996년부터는 북미 양국의 공동발굴이 시작되었는데, 매년 별도의 협상을 통해 차기 년도의 사업규모와 보상액을 결정하는 방식으로 진행되었다. 그러나 1999년 협상이 북측의 거부로 중단되었고, 중단 5년만인 2004년 2월 북한내 직접 발굴 및 판문점을 통한 송환 등에 대해 재합의가 이루어졌다.
양국은 1996년부터 33차례의 작업을 통해 225구의 미군 유해를 발굴하였는데, 이번에 국내로 송환된 유해도 이 기간에 발굴된 것이다. 지금까지 북한에 지급된 미군유해 발굴작업 비용만도 모두 2,800만여 달러에 달하는 것으로 알려졌다.
2005년 5월 북·미관계가 악화되면서 미국은 북한 내 미군 유해발굴팀의 안전을 이유로 작업을 중단하였고, 아직까지 재개되지 못하고 있다. 양국은 2011년 10월 방콕에서 열린 북·미회담에서 유해 발굴 작업을 재개하기로 합의했지만, 북한이 지난 4월 장거리 로켓을 발사하면서 합의는 실행되지 못하고 있는 실정이다.