수소충전소 구축비용은 부지매입비, 건설비, 설비로 크게 구분되며, 설비는 압축기, 저장용기, 냉각기(Chiller), 분배기(Dispenser), 운영제어시스템으로 구성된다. 현재 구축된 수소충전소를 기준으로 보면 총 구축비용은 약 26~31억 원이 소요된다. 특히, 설비에 대한 국산화율이 매우 낮아 국내 수소충전소가 증가하면 오히려 해외의 부품업체가 이익이 생기는 구조가 될 수 있다. 수소충전소 건립에 필요한 부품의 국산화 기술발전이 시급하다.