6. 협력적 기술협의 및 분쟁 해결 이슈(제7.17조 및 제7.18조)
WTO 체제의 분쟁은 대개 WTO 설립협정의 부속서 2(Annex B)인 ‘DSU(Understanding on Rules and Procedures Governing the Settlement of Disputes, 분쟁해결규칙 및 절차에 관한 양해)’에 의하여 규율된다. 이는 위생·검역 이슈도 예외가 아니어서 WTO/SPS 협정 제11조(Consultations and Dispute Settlement)는 ‘협의 및 분쟁해결에 대하여는 분쟁해결양해에 의하여 발전되고 적용되는 1994년도 GATT 제22조 및 제23조의 규정’이 적용된다고 밝히고 있다. DSU의 분쟁해결절차는 당사국 간 협의, 패널 구성과 전문가 검토에서 DSB(Dispute Settlement Body, 분쟁해결기구)의 패널보고서 채택 등에 이르는 패널 절차, (상소할 경우) 상소 절차 및 이행 절차로 이어진다.
강민지(2016)에 따르면 SPS 조치는 그 정당성을 판단하는 데 고도의 전문성이 요구되고 시간도 오래 걸리므로, 우리나라의 기존 대부분의 FTA가 SPS 관련 분쟁의 경우 FTA 분쟁해결 절차를 배제하고 WTO 분쟁해결절차를 적용함으로써 전문성과 공정성을 담보하는 방안을 선택해온 것으로 나타난다. 그러나 CPTPP/SPS 챕터는 CPTPP 자체적인 분쟁해결절차를 적용하도록 규정하고 있을 뿐만 아니라, CPTPP 분쟁 해결 절차에 회부되기 이전에 회원국 간 갈등을 해결하기 위한 절차로 ‘협력적 기술협의(Cooperative Technical Consultations, CTC)’라는 새로운 제도도 도입한 것으로 확인된다.