하지만 이러한 예산 통제는 생산성의 증대를 제약하는 비용을 초래하기도 한다. 왜냐하면 엄격한 심사와 품목별 예산관리가 적정 공공재의 공급에 필요한 투입재의 효율적인 활용을 저해할 수 있기 때문이다. 따라서 예산당국의 입장에서 볼 때, 정부부처의 자율적인 예산편성과 집행을 일정 정도 허용하면서 예산을 효율적으로 관리할 수 있는 최적제도의 마련이 요구된다. 이런 점에서 사업별 예산제도의 도입은 예산편성의 신축성과 자율성을 제고하여 정부부처나 지방자치단체의 생산성을 높이려는 획기적인 시도로 평가받고 있다.
요컨대 사업별 예산제도는 정부부처의 예산편성과 집행의 자율성은 보장해 주면서도 성과평가를 토대로 하여 효율적인 사후관리를 실시하도록 하는 강력한 예산제도에 해당된다. 특히 지방자치단체의 경우, 정책수립과 같은 서비스를 제공하는 중앙정부와 달리, 주민에게 직접 지방공공재나 서비스를 공급하기 때문에 사후관리가 좀 더 용이한 사업별 예산제도의 도입과 안정적인 정착이 매우 중요할 수밖에 없다.