2004년에는 경영정상화이행약정(MOU) 이행부진사항에 대한 제재조치의 실효성을 제고하기 위하여 경고 이상의 조치를 받은 임원에 대하여는 해당 회계연도 경영성과에 대한 성과급지급 시 성과급 지급률을 일정비율 차감하여 지급하도록 하고, 금융회사 임원이 임기 중 경고(2회) 이상 조치를 받은 경우 일정기간 동안 해당 금융회사의 임원으로 재선임되거나 MOU 체결 타 금융회사의 임원으로 선임되지 못하도록 제재조치를 강화하였다. 또한, MOU를 체결한 금융회사 임직원의 도덕적 해이를 사전에 방지하고 기업가치 제고 및 MOU 이행 확보를 위해 예금보험공사 직원 1인을 해당 금융회사의 사외이사로 선임하도록 하였다.
2005년 3월에는 우리금융지주 MOU 관리목표 부여시 비재무목표를 재무목표 달성에 필수적인 핵심지표 위주로 축소하였으며, 2005년 12월 MOU 규정 전면개정 및 동 규정 시행세칙 제정을 통하여 은행 및 금융지주회사의 자산건전성 관련 지표를 정비하고, 조치종류를 세분화하여 경미한 사항은 해당 금융회사가 자율적으로 처리할 수 있도록 하는 등 경영 자율성이 제고될 수 있도록 하였다. 이와 더불어 주의 이상의 조치를 받은 임원에 대해서는 해당 회계연도 경영성과에 대한 성과급 지급 시 성과급 지급률을 일정비율 차감하여 지급하도록 함으로써 조치의 실효성을 강화하였다.
2006년에는 MOU 체결 금융회사에 대하여 MOU 관리목표 이상의 성과달성을 유도하기 위하여 경영진의 자체 경영계약 목표(자율목표)를 종전 MOU 관리목표와 동일한 수준에서 MOU 관리목표 이상으로 높게 설정하고, 성과보상이 자율목표에연동되도록 보상시스템을 강화하였다. 즉, MOU 관리목표는 경영정상화 및 기업가치 제고를 위하여 출자금융회사가 유지해야 할 합리적인 수준의 목표로 하고, MOU 관리목표 이상의 자율목표와 성과평가를 연계하는 방식으로 경영진 성과평가 보상시스템을 개선하도록 하였다.