(4) 교육감과 지방자치단체장의 관계
교육감선거가 정치적인 중립성을 지니도록 하였지만, 정당의 공천을 받고 당선된 지방자치단체의 장은 교육정책과 관련하여 교육감과 견해가 다를 수도 있다.
교육감과 지방자치단체의 장이 교육정책에 대해서 이념이나 방향이 상이할 경우 지방교육행정의 집행을 위한 협조관계의 구축이 어려울 수 있다. 서울시의 경우 무상급식에 대해서 교육감과 자치단체의 장이 서로 다른 의견을 가지고 있어 주민투표를 실시한 적이 있다. 교육감과 지방자치단체의 장이 교육정책에 대해서 이견이 있을 경우 교육현장에서 갈등과 혼란을 예방할 수 있도록 협조와 조정을 위한 제도가 미비하다.