합의제 기구를 대통령으로부터도 독립된 국회소속기관으로 가는 방안 역시 같은 맥락에서 한계를 지닌다. 행정부처로부터 독립된 미국식 독립행정위원회가 이에 해당한다. 하지만 이 경우 행정부처와의 기능적 연계성은 약화되고 충돌가능성은 높아지는 문제가 발생한다(이민영, 2011).
따라서 이러한 점을 고려할 때 합의제기구의 독립성과 동시에 독임제 부처와의 기능적 연계성을 확보하는 최선의 방안은, 합의제기구를 독임제부처의 소속기구로 하되 이때 제기되는 기구의 위상 및 운영 차원의 독립성 우려를 불식시키는 방안이라 할 것이다. 정부조직법상 행정기관의 소관사무 일부를 ‘독립’하여 수행할 필요가 있을 때 설립되는 합의제 행정기관의 형태가 그것이다.