아울러, 팔당호의 수질관리 비용 부담과 관련하여 팔당호의 관리주체인 경기도와 팔당호를 광역상수원으로 이용하고 있는 수자원공사는 갈등을 겪고 있는데 발전용 댐인 팔당댐이 주변지역 정비 등 지역개발 동력으로 활용이 곤란하고 다른 다목적댐에 비해 주변지역 지원 등에 한계가 있어 실질적으로는 다목적댐이지만 명목적으로 발전댐인 팔당댐은 물 관련 기관간의 갈등을 확대시키는 역할을 한다. 앞으로 기후변화로 인한 온난화 현상이 지속되고 상류에서 물 유입이 획기적으로 증가하지 않는 한 겨울녹조가 되풀이 될 가능성을 배제할 수 없다. 결과적으로 북한으로부터의 유입량이 줄어들고 수질개선을 위한 잠재능력을 키우기 위해서는 신규로 댐을 건설하지 않는 이상 팔당댐의 다목적댐화를 통한 용수공급 능력과 홍수예방 능력 증대 및 수질관리체계 향상으로 광역상수원의 수질안정성 확보가 필요한 형편이다.