교섭대표노조와 사용자는 교섭창구단일화절차에 참여한 노조 또는 그 조합원 간에 합리적 이유없이 차별을 하여서는 아니된다(제29조의4제1항). 노조는 교섭대표노조와 사용자가 차별한 경우 그 행위가 있은 날부터 3개월 이내에 노동위원회에 시정을 요청할 수 있고(제29조의4제2항), 합리적 이유 없는 차별이라고 인정되는 경우 노동위원회는 그 시정에 필요한 명령을 하여야 한다(제29조의4제3항).
교섭대표노조가 결정된 경우에는 그 절차에 참여한 노조의 전체 조합원(해당 사업 또는 사업장 소속 조합원으로 한정한다)의 직접·비밀·무기명투표에 의한 과반수의 찬성으로 결정하지 아니하면 쟁의행위를 할 수 없다(제41조제1항 후단).