(2) 각 기관의 자율성 범위
총액인건비제도의 도입에 따라 각 부처에 부여되는 자율성은 크게 다음과 같은 두 가지 의미를 갖는다. 첫째, 배정된 인건비 총액의 한도 내에서 개인간, 부서간 인건비 배분의 수준과 방식을 자율적으로 결정할 수 있다(보수체계 및 보수수준 결정의 자율성). 둘째, 활용할 수 있는 인력의 규모와 종류(직급, 직렬 등), 기구의 설치를 자율적으로 결정할 수 있다(조직·정원관리 및 충원관리의 자율성).
요컨대 기획예산처, 행정자치부, 중앙인사위원회의 협의과정을 거쳐 총액 인건비가 결정되면, 각 부처는 인건비 총액의 범위 내에서 제도 운영의 자율성을 갖는다. 하지만 이러한 자율성은 인건비 예산운용의 효율성을 제고할 수 있는 가능성을 열어주는 것(필요조건)일 뿐이지 효율성까지 보장하는 것(충분조건)은 아니다. 책임성에 대한 인식이 충분히 성숙되지 못한 경우 지나친 자율성의 부여는 대리인 비용 및 도덕적 해이를 야기할 수 있음을 간과해서는 안 된다. 따라서 예산운용의 자율성 보장이 효율성과 연계될 수 있도록 최소한의 규제와 적절한 평가·환류장치를 시급히 마련할 필요가 있을 것이다.