국가 공휴일이 적용되는 사업 또는 사업장에서 공휴일이 무급휴(무)일과 중복되는 경우 ‘중복되는 국가 공휴일(대체공휴일 포함)’을 무급으로 할 것인지, 유급으로 할 것인지 해석상 혼란이 발생할 수 있다. 이와 관련하여 「근로기준법」 제55조 제2항의 법문에 충실한 해석론을 따를 경우 ‘무급휴일과 겹친 국가 공휴일’은 유급휴일로 해석될 여지가 있다. 그러나 이와 관련하여 고용노동부는 “공휴일 등이 무급휴일과 중복되면, 이날에 대해 유급휴일로 보장한다는 노사 간의 특약이 없는 한, 이날을 반드시 유급으로 처리해야 하는 것은 아니”라는 해석론을 제시한 바 있다. 고용노동부는 관련 법 개정의 취지가 ‘소득 감소 없는 휴식 보장’에 있고, 이미 휴식이 보장되어 있는 사안에서 사용자에게 별도의 추가적인 경제적 비용부담을 강제하는 것은 법 개정의 취지를 넘어선 해석으로 바람직하지 않다는 견해를 제시하고 있다.
한편, 대체공휴일의 확대 적용 과정에서 기존 노사 간의 약정 또는 노사 관행으로 유급휴일을 보장하고 있던 사업장에서 이를 무급휴(무)일로 전환하려는 움직임이 나타날 수 있다. 이에 대해 고용노동부는 기존 노사 간의 약정 또는 노사 관행으로 유급휴일을 보장하고 있던 사업장에서는 「근로기준법」상 관공서 공휴일이 도입된 이후 공휴일이 무급휴(무)일과 중복되는 경우에는 여전히 유급으로 보장하여야 한다고 설명한 바 있다.