대안교육 분야 특성화학교는 「지방교육재정교부금법」 및 동법 시행령에 따라 교직원 인건비와 학교 운영비 등 학교 운영에 소요되는 경비를 지원받는 학교이다. 이에 따라 다른 특성화학교와 마찬가지로 교육부 및 시·도교육청의 관리·감독을 받고 있다.
이에 대해 대안교육 분야 특성화학교의 도입 초기부터 미인가 대안교육시설에 비해 재정적 어려움은 줄어들었으나, 교육과정 운영 등에 제약이 있어 대안교육의 내용을 제대로 제공하는데 한계가 있다는 주장이 일부에서 제기되었다. 이는 미인가 상태에서 인가 상태로 변경되면 교육청의 관리·감독을 받게 되므로 대안교육의 특성을 반영한 교육과정 및 학교 운영에 어려움이 발생할 수 있다는 의미이다.