나. 공기연장 간접비에서 설계연장 간접비를 공제해야 하는지 여부
한편 설계변경과 공기연장이 동시에 발생하는 경우에 공기연장에 따른 간접비에서 설계변경에 따른 간접비를 공제하기를 원하는 발주기관과 최대한 간접비를 인정받고자 하는 계약상대자 간의 분쟁도 증가하고 있다.
공제를 지지하는 견해에 따르면 설계변경 시 간접공사비는 직접공사비의 변동에 따른 요율에 의해 항목별로 산정되는데, 설계변경에 따라 공기연장이 수반된다는 이유로 공기연장 간접비를 추가로 청구하는 것은 동일한 현장관리비의 이중청구에 해당한다는 것이다.
그러나 직접공사비에 연동되어 지급된 간접공사비는 공사기간 연장과 상당인과관계 있는 간접공사비로 지급된 것으로 볼 수 없는 점에서 공기연장에 따른 계약금액 조정 시에 설계변경으로 인한 계약금액 조정 시 반영된 간접비가 공제되어서는 안 된다는 반대 견해도 제기된다.
즉, 설계변경과 공기연장이 경합하는 경우, 설계변경에 따른 간접공사비 증액분에 공기연장에 따른 간접공사비가 이미 반영되었다는 주장 이외에도 공기연장에 따른 간접공사비를 산정함에 있어 설계변경에 따른 간접비 중 일부를 공제하여야 한다는 주장도 제기되어 분쟁의 한 요소가 되는 것이다.