이러한 우리나라의 대응조직에 있어 선진국 사례와의 비교에서 도출된 문제점은 다원화된 대응조직, 전체 조직을 연계할 수 있는 협의체의 부재, 전체 조직을 총괄할 수 있는 지휘체계의 부재 등이다. 외국사례에서 나타난 바와 같이 해양오염사고 대응을 위해서는 기본적으로 여러기관을 유기적으로 연계한 협의체 구성이 필요하며, 주관기관과 집행기관이 전담부서로 있어야 하며, 현장 대응시 원활한 지휘체계 구축을 위하여 현장지휘시스템의 구축이 필요하다. 우리나라의 경우 너무 많은 대응 조직이 만들어지며, 각 조직을 연계할 수 있는 협의체는 있으나 실질적인 협력을 위한 조직의 구성은 이루어지지 않고 있으며, 무엇보다도 전체를 총괄할 수 있는 지휘체계의 구성이 체계화되지 못하고 있다. 이러한 문제점을 개선하기 위해서는 대응체계의 일원화가 필요하며, 대응체계의 원활한 운영을 위한 필수 유관기관간의 협의체 구성 및 역할분담에 대한 공감대 형성이 필요하고, 이러한 조직을 실질적으로 지휘할 수 있는 지휘체계의 구축이 필요하다.