(3) 소극적인 자활기금 운용
지자체 자활기금의 운용은 행정직 또는 사회복지직 공무원이 담당하고 있다. 이들은 자활기업의 대여 사업자금 이차보전, 수급자의 자산형성지원, 자활기업 부담 4대 보험료 지원 등과 사업자금 대여 및 전세점포 임대 지원 등의 융자 사업 등 다양한 업무를 지원하고 있다.
그러나 기금 담당공무원은 일반적으로 근무기간이 짧아 기금의 대여 및 융자에 대한 경험이 많지 않고 기금 운용에 대한 전문성을 쌓을 기회가 충분히 주어지지 않아 자활기금의 대여 및 융자 사업에 대한 관리가 힘들다. 또한 융자사업에 따른 기금 손실에 대한 법적·행정적 책임으로 인하여 소극적으로 기금을 운용하게 된다. 이 때문에 현재의 저금리 기조하에서 기금 운용을 통한 이자수익 증대를 기대하기는 더욱 힘들 것으로 보인다.