그러나 이러한 개선 노력에도 불구하고 다음과 같은 문제점이 남아 있다.
첫째, 필기시험(1,2차 시험)과 면접시험(3차 시험)을 병합하여 실시하는 것과 같은 결과를 가져오는 현행 합격자 결정 방식은 공무원 공개경쟁 채용시험을 구분하고, 이를 단계적으로 시행하도록 규정한 현행 <공무원임용시험령>의 조항과 서로 배치되고 있다. 현행과 같이 필기시험과 면접시험 성적을 병합하여 합격자 결정에 반영할 수 있기 위해서는, 서로 상충되는 <공무원임용시험령>의 조문의 개정이 선행되어야 할 것이다.
둘째, 개정된 제도에서 면접시험이 독자적인 선발 기능을 일부분 갖도록 하였지만, 면접시험 고유의 필요성이 간과되고 있다. 면접시험에서 ‘보통’ 등급을 받은 대다수의 응시자가 필기시험의 성적순으로 선발예정인원에 달할 때까지 합격자로 선발되는데, 이것은 필기시험 성적이 필기시험 고유의 선발 기능뿐만 아니라 이차 적으로는 최종합격자 결정에 영향을 미치는 등 이중으로 합격자 선발에 영향을 미치고 있는 것이다.