정보보안 업무 역시 사이버테러 대응총괄은 국가정보원이, 공공영역은 행안부 그리고 민간보안은 방통위가 담당하는 것으로 분장하였으나 업무 경계가 명확하지 못해 조율 및 협력이 필요한 실정이다.
또한 (구)정보통신부 소관 기금과 관련하여 관련 부처들이 방통발전기금 설치(2011) 및 정보통신진흥기금 공동사용을 합의하였으나, 분할비율 등에 대한 갈등소지는 여전하다. 이러한 업무 중복의 문제는 장기적으로 예산과 행정력 낭비를 가져올 수 있으며, 부처간 과도한 경쟁을 야기하는 한편, 부처간 기능분담의 과정에 업무 공백의 가능성도 존재한다.