한편, 일본은 핵·미사일 문제 및 납치피해자 문제 해결을 위한 북한의 행동을 촉구하면서 ‘대화와 압력’, ‘행동 대 행동’을 대북제재에 대한 기본방침으로 취하고, 「외국환 및 외국무역법」, 「특정선박의 입항금지에 관한 특별조치법」, 「납치문제 등 북한 당국에 의한 인권침해 문제의 대처에 관한 법률」을 근거로 각의 결정을 통해 2년마다 대북 수출입금지 및 북한선박입항금지 연장여부를 결정하고 있다.
[표]는 현재 진행 중인 일본의 인적 왕래, 금융, 교역, 운항 분야에서의 대북제재를 나타낸 것이다.
첫째, 인적 교류의 측면에서 북한 국적자의 일본 입국 금지, 일본 내 조총련 간부 및 관계자, 재일 외국인 중 북한 방문 핵·미사일 기술자 등의 일본 재입국 금지, 대북무역 및 금융조치 위반형이 확정된 외국인 선원의 일본 입국 금지가 이루어지고 있다.
둘째, 인도적 지원 및 10만 엔 이하를 제외한 대북 송금 금지, 일본 금융기관과 북한 무역결재 은행과의 거래 금지 등의 금융조치가 이루어지고 있다.
셋째, 2006년부터 북한산 모든 품목에 대한 수입이 금지되었으며, 2009년 이후 수출도 전면 금지되었다.
넷째, 2006년부터 북한 선적 선박의 입항이 금지되고 있으며, 2016년부터 북한기항 제3국 선박의 일본 입항 금지 조치가 이루어지고 있다.