(2) 이중처벌금지 원칙 위반의 문제
제도 도입을 찬성하는 입장에서는 ‘보호수용’은 보안처분의 일종으로 그 목적과 내용이 형벌과는 구분되고, 헌법 제13조제1항에 명시하고 있는 이중처벌금지 원칙에 위반되지 아니한다고 주장하고 있다.
그러나, 도입을 반대하는 입장에서는 ‘보호수용’은 형 집행 종료 후에 재범의 위험성이 높은 사람들을 다시 사회로부터 격리 하여 별도로 수용·관리한다는 측면에서 그 실질은 결국 형벌과 동일하므로, 이중처벌 금지원칙에 위반될 소지가 커 제도 도입여부는 신중하게 접근할 필요가 있다고 반론을 제기한다.
(3) 과잉금지원칙 위배 우려
보호수용제도의 도입을 비판적으로 바라보는 입장에서는 현행 「형법」에 상습범과 누범에 대한 가중처벌규정이 그대로 존치하고 있음에도 불구하고, 신체의 자유를 구속하는 별도의 제도를 도입하는 것은 범죄자에게 지나치게 가혹한 중복적인 과잉처벌에 해당할 수 있다는 문제를 제기하고 있다.
이에 대하여 제도 도입을 찬성하는 입장에서는 「보호수용법(안)」에서 보호수용 대상자의 범위를 재범의 위험성이 매우 높고, 그 재범으로 인하여 일반 국민의 생명과 신체에 심각한 피해를 야기할 수 있는 ‘살인범죄 및 성폭력범죄(상습성 또는 연쇄성을 가진 경우에 한정)’로 제한하고 있고, 법원이 2차례(판결 선고단계와 보호수용 집행단계)에 걸쳐 보호수용의 필요성을 엄격히 심사하도록 하는 한편, 피보호수용자의 처우 또한 효과적인 재사회화가 이루어질 수 있도록 상당한 자율권을 부여하고 있는 점을 고려하여 때, 비례성의 원칙을 충분히 지켜질 수 있도록 하고 있다고 주장하고 있다.