그럼에도 농작물재해보험의 가입률(면적 기준)이 아직 충분히 높은 수준이라고 보기는 어렵다. 특히 품목별 편차가 심한데, 2018년 기준 사과(특정위험보장, 68.1%), 배(특정위험보장, 60.4%), 메밀(52.4%), 벼(37.3%) 등의 가입률이 비교적 높게 나타날 뿐, 차(9.3%), 고추(5.9%), 포도(5.3%), 옥수수(3.4%), 버섯작물(3.0%) 등 대다수 작물의 가입률은 10%에도 미치지 못하고 있는 실정이다.
또한 농가 인지도에 비하여 통상적인 위험관리수단으로서의 농작물재해보험의 필요성에 대한 농가인식은 아직 낮은 편으로, 현장에서는 대체로 자연재해가 늘면 보험에 관심을 보이다 한동안 자연재해가 감소하면 보험에 잘 가입하지 않는 경향이 나타나 문제가 되고 있다.
나아가 손해평가의 객관성에 대한 현장의 의문, 보험요율이 행정구역 단위로 산정되나 재해 발생지역이 꼭 그와 일치하지는 않는다는 점 등이 아직 풀어야 할 과제로 남아 있다.