정연식(2008)은 자영사업자의 과세표준 양성화를 위해 시행중인 다양한 제도 중 가장 큰 효과를 보인 것은 신용카드 등 소득공제제도라고 보았다. 그러나 동시에 동 제도는 소득 종류 간 과세가 불공평하고, 과소비를 조장하여 신용불량자를 양산하는 등의 문제가 있다고 지적하였다. 이의 개선방안으로 모든 소득자에 소득공제혜택을 부여하고, 각 소비수단에 대한 소득공제율을 조정하는 등의 방법을 제안하였다.
송헌재 · 성명재(2012)는 미시적 모의실험과 회귀분석을 통해 신용카드 등 소득공제제도의 효과를 분석하였다. 이들은 동 제도로 근로자의 조세부담은 줄어들었으나 저소득층과 함께 고소득층에 대한 소득공제혜택 역시 확대되고 있어 소득공제의 소득재분배의 측면에서는 부정적인 효과가 나타난다고 인식하였다. 동 제도의 주된 목적은 자영사업자의 과세표준 양성화이고 해당 목적 측면에서 이미 충분한 성과를 거두었기 때문에 동 제도의 개편 논의가 다시 이루어질 때는 동 연구의 분석 결과에 초점을 두고 논의를 진행해야할 것이라고 주장하였다.