선별인정에 의한 학력인정체제에도 문제는 있다. 예컨대, 탈북학생의 북한에서의 교육과정 이수를 학력으로 인정하는 것은 해당 학생이 연령대에 맞게 정상적으로 상급학교로 진학할 수 있도록 배려하기 위한 것이라 생각할 수 있다. 그러나 이것이 자칫 탈북자의 학업결손을 방치한 채 상급학교로 보내 결과적으로 중도탈락을 조장하는 문제를 낳을 수도 있음을 유의해야 한다. 정상적인 학교교육과정을 이수한 외국인과도 또 다르게 교육적으로 배려할 필요가 있다.
그렇다고 해서 아무나 학력인정을 해야 한다는 것도 아니다. 홈스쿨링은 자칫 학습자를 위험한 상태에 방치하는 결과를 가져올 수도 있다. 학력은 상급학교 진학여부를 결정하거나 그 사람의 학업능력을 확인할 수 있는 도구로서의 사회적 효용을 갖고 있기 때문에 엄격한 잣대가 필요하다고 본다. 따라서 대안적인 학력인정체제를 찾을 필요가 있다.