(1) 존치론
공정위의 전속고발권이 현행대로 유지되어야 한다는 측은, 우선 공정거래 사건의 위법성 판단 및 형사처벌의 필요성 판단에 있어 전문기관인 공정위의 역할이 중요하다는 점을 강조한다. 「공정거래법」 위반행위는 폭행, 절도 등 일반적인 형사범죄와 달리 전문적인 경제 분석을 통해 해당 행위가 현재 또는 장래에 나타내는 효과(경쟁제한성 등)를 분석하여 위법 여부를 판단해야 하는 점에서 차이가 있다. 따라서 위반행위가 시장에 미치는 영향의 경중을 전문기관인 공정위가 판단하여, 행정적 제재만으로 이를 규제하는 것이 적절한지 형벌까지 적용하는 것이 필요할지 여부를 결정하는 것이 바람직하다는 것이다.
또한, 전속고발권 존치를 옹호하는 입장에 따르면 과도한 형벌 부과가 기업 활동을 위축시킬 우려가 있다고 한다. 기업 입장에서볼 때, 변화하는 시장 여건 속에서 자신의 행위가 장래 시장에 미칠 효과를 사전적으로 정확하게 예측·판단하는 것은 간단한 일이 아니다. 그런데 「공정거래법」 위반행위에 대해 고소·고발이 많아지고 형벌 부과가 빈번해지면, 기업 입장에서는 위법성이 명확하지 않거나 경쟁촉진적인 행위조차 자제할 수 있다는 것이다.