2006년에는 경영정상화이행약정(MOU) 체결 금융회사에 대하여 MOU 관리목표 이상의 성과달성을 유도하기 위하여 경영진의 자체 경영계약 목표(자율목표)를 종전 MOU 관리목표와 동일한 수준에서 MOU 관리목표 이상으로 높게 설정하고, 성과보상이 자율목표에 연동되도록 보상시스템을 강화하였다. 즉, MOU 관리목표는 경영정상화 및 기업가치 제고를 위하여 출자금융회사가 유지해야 할 합리적인 수준의 목표로 하고, MOU 관리목표 이상의 자율목표와 성과평가를 연계하는 방식으로 경영진 성과평가 보상시스템을 개선하도록 하였다.
2007년에는 도덕적 해이 방지라는 전제 하에, MOU 체결 금융회사의 경영자율성을 확대할 목적으로 MOU 관리의 탄력성을 제고할 수 있는 방안을 마련하기 위해 2006년 11월 한국금융연구원에 용역을 의뢰했고, 2007년 10월 해당 용역결과를 참고하여 마련한 「MOU 관리제도 개선방안」을 공적자금관리위원회에 보고하였다. 주요내용은 MOU 재무비율 목표를 관리목표 및 자율목표로 구분하고 판매관리비용률 및 1인당 조정영업이익을 제외한 지표에 대해 관리목표 상한제를 도입하는 한편, 금융회사의 경쟁력 제고를 유도하기 위하여 비재무부문 목표를 경영･영업전략, 리스크 관리, 인력･경비관리 등 3개 부문으로 정형화하는 것이었다. 또한 MOU 체결 금융회사 경영진과의 협의활동 정례화, 사외이사의 책임성･전문성 제고를 위한 경영분석정보 수시제공, 서면점검 시 중요 핵심사항 위주로 약식점검 실시 등의 개선방안을 반영하기 위하여 2007년 12월 관련 규정을 개정하고 MOU 관리목표를 수정하였다.