적기 시정조치의 초기단계의 발동 이후에도 개별 금융기관의 건전성이 지속적으로 위협받게 되면 예금보험공사가 위기 감독기구로서 당해 금융기관에 대한 감독권을 금감위/금감원과 공유하다가 적기시정조치의 최후단계를 발동한 이후에는 전적인 감독권을 행사하게 된다. 예금보험공사는 보험기금에 미치는 손실을 최소화한다는 소위 최소비용의 원칙에 의해 당해 금융기관에 대한 전적인 정리계획을 입안하고 실행한다. 이 과정에서 예금보험공사는 필요할 경우 법원에 대해 통상적인 도산절차의 예외를 주장할 수도 있다.
기획재정부는 형식적, 궁극적으로 금융시장의 효율성 확보와 안정성 유지에 대한 최종 책임을 진다. 그러나 체제적 위기와 관련한 특수한 경우가 아닌 한 원칙적으로 금융시장이나 금융기관에 대한 감독권한은 전술한 각종 금융감독기구에 위임한다. 따라서 상시적 감독과 관련하여 행위준칙 감독기구나 (민영화한) 금감위/금감원은 기획재정부와 독립적으로 감독권한을 행사한다. 위기 감독과 관련하여 예금보험공사는 보험기금이 고갈되어 기획재정부나 한국은행에 긴급 자금지원을 요청해야 하는 상황이 아닌 한 개별 금융기관의 부실처리와 관련하여 독립적으로 감독권한을 수행한다.