예산과 평가의 연계에 있어서도 사업 및 예산 구조의 불일치 문제가 영향을 미치는데, 현재 예산심의는 세부사업을 중심으로 이루어지고 있는 반면, 성과평가는 세부과제를 중심으로 이루어지고 있다. 이에 세부과제 대상의 성과정보가 예산과정에 활용되지 못하여 예산과 평가의 연계성이 미흡한 문제가 지적된다. 적절한 성과평가 정보를 기반으로 사업예산에 대한 평가가 이루어져야 하며, 평가결과가 예산과정에 반영되는 구조가 요구된다. 이를 위해서는 예산심의 대상과 성과평가 대상의 정렬이 필요하다. 또한, 현재의 세부과제 중심의 평가제도는 프로그램 수준의 정책목표를 달성했는지 평가가 불가능한 구조이다. 이에 세부사업 및 과제 중심의 예산 및 평가과정에서 벗어나 프로그램 단위의 예산조정 및 성과평가가 수행될 필요가 있다. 이러한 평가구조의 전환은 기존의 정부연구개발 평가시스템의 역할과 기능을 새롭게 변화시키는 계기가 될 것으로 기대된다. 앞서 논의한 바와 같이 부처 중심의 예산 및 사업구조는 국가 차원의 정책목표와 프로그램에 대한 관리 및 정보창출에 한계가 존재한다. 이에 프로그램 단위의 예산심의와 평가를 통해 정책목적과 프로그램 중심의 예산편성에 대한 관리정보 창출과 사업구성의 적절성 등 질적 평가와 접근이 가능할 수 있다.