그러나 여전히 법령제정 및 예산편성 등에 있어서 보호위원회가 행정자치부에 종속되어 있다는 점에서 독립적인 감독기구로서 그 역할을 다 할 수 있을지에 대한 우려가 제기될 수 있다.
또한 개인정보 보호 인증제도에 관한 사항을 법률에 구체화하여 개별 사업자의 신뢰성 확보 수단으로서의 인증제도를 활성화하고자 하였으나, 이 법률에 따른 개인정보 보호 인증 권한은 행정자치부 장관에게, 「정보통신망법」에 따른 개인정보 보호 인증 권한은 방송통신위원회에게 각각 부여되어 있고 서로 다른 인증마크를 사용하고 있어 혼란을 야기할 우려가 있으므로 두 법률에 따른 인증 권한을 통합적으로 보호위원회에 부여하여 통일된 인증마크를 사용하는 방안도 고려할 수 있을 것이다.
