의무공급 방식은 태양광에 대해서는 별도 의무공급량 할당방식으로, 그 밖의 신·재생 에너지원에 대해서는 공급인증서 가중치의 차등화 방식을 도입하고 있다.
공급의무자의 의무이행을 위해 외부구매, 예치(banking), 차입(borrowing) 등의 유연성 확보방안을 도입하고 있다.
외부구매는 외부사업자의 공급인증서 구매 후 의무이행에 활용하는 것이다. 예치는 의무공급량 초과이행 시 차년도 의무이행에 활용하는 것이다. 차입은 의무공급량의 일부(의무공급량의 20% 이내, 2014년까지 30%)를 다음 연도로 그 공급의 이행을 연기하는 제도다.
의무공급량 미이행분에 대해서는 정부가 과징금을 부과한다. 공급인증서 평균거래가격의 150% 이내에서 불이행사유, 불이행 횟수 등을 고려하여 정부는 과징금을 결정한다.