제2절 기획-예산-평가 기능 연계를 위한 개선방안
앞서 살펴본 바와 같이 우리나라 연구개발의 기획-예산-평가가 잘 이루어지지 못하는 문제는 구조적인 차원에서는 실질적인 조정체계의 부재가 지적되고, 과정적 측면에서는 비효율적인 사업구조 및 사업구조와 예산구조의 불일치 문제가 제기된다.
전략적 목표를 달성하기 위해서는 이에 적합한 사업구조와 예산구조를 형성하는 게 중요하다. 전략과 사업구조의 경우 투입자원의 제한성에 영향을 받으므로 사업구조와 예산구조의 정합성도 필요하다(이민형 외, 2013). 우리나라 연구개발예산의 경우 프로그램 예산제도를 도입하여 사업과 예산을 일치하려고 노력하고 있으나, 실제적으로 부처소관이 결정되고 그 이후에 프로그램-사업 등이 결정되는 구조로 운용되고 있다. 이에 전략기획과 예산이 연계성이 미흡한 문제가 지적되는데, 이에 세부과제 중심의 사업구조에서 프로그램 및 사업 중심의 구조로 개선이 고려될 필요가 있다. 이에 부처소관이 결정되고 이후에 프로그램 및 사업이 결정되는 구조에서 국가차원의 정책전략에 따른 분야별 프로그램이 결정되고 이후에 관련 부처와 사업이 결정되는 구조로의 개선이 요구된다.