이명박 정부의 대통령직인수위원회(2008)는 "기획재정부의 권한이 지나치게 커져 머지않아 독주를 부를 것"이라는 우려가 제기되자 이를 기우일 뿐이라면 일축한 바 있다. 금융기능이 금융위원회로 이관되는 등 과거 재정경제원과 기획재정부는 근본적으로 다르고, 예산과 세제 등 재정정책 수단을 통한 독주 문제도 청와대와 국무총리실을 통해 적절히 견제될 수 있다는 이유에서다. 하지만, 정부조직개편안을 심의했던 국회 행정자치위원회(2008)는 부총리제가 폐지되었음에도 불구하고 기획재정부가 경제정책 총괄조정 및 예산편성 기능을 갖게 됨에 따라 실질적으로 다른 부처들을 압도하는 '수석부처'로서의 역할을 유지할 가능성이 높아 과거 재정경제원과 같은 거대부처에서 발생한 문제점이 재발할 가능성이 있다는 검토 보고를 내놓은 바 있다.