한편 지방예산제도의 운영 틀을 합리적으로 개선하는 조치도 지방자치단의 빈약한 재정여건을 타개하는 데 적지 않은 기여를 할 수 있을 것으로 판단된다. 최근 시범도입을 거쳐 2008년부터 모든 지방자치단체가 전면 시행할 예정인 사업별 예산제도는 효율적인 예산편성을 통해 그 성과를 극대화할 수 있는 혁신사례로 평가된다. 따라서 사업별 예산제도와 같은 합리적 예산제도의 운영은 실효성을 담보하면서 지방자치단체의 취약한 재정여건의 개선을 이끌 수 있는 장치가 아닐 수 없다.
지방예산제도의 합리화를 위해서는 지방예산편성 과정에 직접적 당사자인 지역주민의 의견을 적극적으로 반영하는 노력이 이루어져야 한다. 지방예산 편성 과정에 주민 참여는 그들이 지역 실정을 이해하고, 더 나은 예산운영을 위해 협조하는 분위기를 조성함으로써 지방자치 발전에 크게 이바지하는 성과를 제공하게 된다. 이러한 주민 참여를 통한 예산편성 방식이 참여예산제도이며, 이는 지방자치단체의 예산운영 전반을 투명하게 이끄는 한편 부족한 재원을 효율적으로 사용하도록 유도하는 역할을 하게 된다.