이처럼 대선 과정에서 빚어진 민주당의 내분은 노무현 대통령이 당선된 뒤에도 가라앉기는커녕 오히려 확대 재생산되는 모습을 보였다. 이는 후보 단일화 앙금에 따른 인적 청산 논란에서 시작돼 노무현 대통령의 대북송금특검법 공포를 통해 더욱 확대됐고 이어 재･보궐선거 공천을 둘러싸고 돌이킬 수 없는 수준으로까지 악화됐다고 볼 수 있다. 결국 재･보궐선거 직후인 4월 28일 민주당 신주류 의원 22명이 당내에 신당추진위를 구성하고 민주당을 발전적으로 해체할 것을 선언하면서(연합뉴스, 2004: 28) 대선 승리 넉 달 만에 집권여당이 분당의 길을 걷게 되는 초유의 사태가 벌어지게 됐다.