2. 예산시스템 문제
과학기술기본법 제11조 제4항에서는 중앙행정기관의 장은 소관 국가연구개발사업의 효율적 추진을 위하여 필요하다고 인정하는 경우에는 소관 법령으로 정하는 기관 또는 단체에 국가연구개발사업의 과제 기획 등에 관한 업무를 대행하게 할 수 있다고 규정하고 있다. 이에 부처 소속의 연구관리전문기관이 연구개발 과제 기획, 예산집행 등의 업무를 수행하게 할 수 있다. 이에 현재 13개 부처에서 17개 전문기관을 운영하고 있으며, 연구개발사업의 기획에서 과제수행기관 공모에 따른 평가와 과제관리 등 전반적인 업무를 수행하고 있다. 17개 전문기관을 운영 중인 13개 부처의 2015년 연구개발 예산안의 합계액은 17조 3,777억 원으로 전체 연구개발 예산안의 92.3%를 차지하고 있어 대부분의 연구개발예산이 전문기관을 통해 집행되고 있음을 알 수 있다.
연구개발 예산 측면에서 살펴볼 때, 연구관리전문기관을 통한 예산집행은 다음 그림과 같이 예산이 분산위임형 체제로 배분되어 집행되는 구조를 가지게 된다.
각 부처가 세분화된 전문기관을 운영하는 것은 연구개발 기획 및 관리의 전문성을 높일 수 있는 반면, 관련 정보의 유통을 저해하고 비효율을 발생시킬 우려가 있다. 또한, 유사·중복 과제가 수행될 가능성이 높아지게 되며, 최근 연구개발의 추세인 융·복합연구, 개방형 연구로의 시스템 전환에 있어 걸림돌로 작용할 가능성이 있다.