축산업의 가축분뇨 관리는 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률(이하 ‘가축분뇨법’)」을 담당하는 환경부(물환경정책과)와 「가축분뇨의 자원화 및 이용 촉진에 관한 규칙」(농림축산식품부령)을 담당하는 농림축산식품부(축산환경자원과)가 담당한다. 「가축분뇨법」은 가축분뇨를 자원화하거나 적정하게 처리하여 환경오염을 방지함으로써 환경과 조화되는 지속가능한 축산업의 발전 및 국민건강의 향상에 이바지함을 목적으로 환경부가 담당하며, 10년 단위 계획인 ‘가축분뇨관리기본계획’의 수립 또는 변경에 관한 승인을 하려는 때에는 농림축산식품부장관 및 관계 중앙행정기관의 장과 협의하여야 한다. 농림축산식품부는 환경부가 위임한 퇴·액비살포비 지원업무를 담당하고 있다. 또한 「축산법」 제42조의3에 따른 기타 공공기관인 축산환경관리원은 축산환경 개선 전담기관으로 깨끗한 축산농장 조성, ICT활용 축산악취 관리, 자원순환 활성화 사업, 가축 분뇨 자원화조직체 운영 활성화, 경축순환농업 체계 혁신, 가축분뇨 처리시설 및 관련 기술 평가, 퇴액비 부숙도 지원관리 강화 업무를 수행한다.