위에서 살펴본 바와 같이, 채권거래의 대부분은 기업과 정부부문에서 수행하고 있으며, 대부분의 채권거래가 금융기관을 중심으로 발생하고 있는 점을 고려할 때 세금탈루의 방지라는 목적을 달성하기 위해서 채권시장 전체의 활성화를 저해하는 채권이자 원천징수제도를 계속적으로 유지한다는 것은 정책의 우선순위 및 중요성 측면에서 앞으로 고려해야 할 점이 많을 것으로 보인다.
또한, 외부감사대상 법인들의 원천징수에 의한 세금선납에 따른 기회비용은 2003년 기준 약 1,658억원29에 달하고 있으며, 외부감사대상 법인에 대해서만 이라도 채권이자 원천징수 과세제도가 면제된다면 원천과세 후 정산과정에서 파생되는 복잡한 회계 및 세무절차가 생략될 수 있다.