2015년 5월 미래부는 이러한 연구개발체제의 구조적인 문제점에 대응하기 위해 연구개발체계 혁신안을 발표하였다. 이에 따르면, 연구개발사업의 조정체계를 강화하기 위해 미래부에 과학기술전략본부를 설립하고, 이를 지원하기 위해 한국과학기술기획평가원, 과학기술정책연구원, 한국과학기술정보연구원 등을 통합하는 과학기술정책원 설립을 발표하였다. 과학기술전략본부를 통해 정부연구개발사업의 범부처 컨트롤타워 기능 강화를 모색하는 방안인데, 실질적인 조정권한 혹은 조정과정이 전제되어 있지 않은 현실에서는 실제적인 컨트롤 타워 기능이 제한될 것으로 판단된다. 앞서 논의한 바와 같이, 부처 간 연구개발사업 조정을 위해서는 상위 차원의 구조적 처방이 효과적일 수 있으며, 구조적 처방이 불가능하다면, 기획-예산-평가 등을 연계한 실제적인 조정 권한 혹은 예산배분권한이 조정기제로서 효과적일 수 있다. 거버넌스의 문제는 단순히 구조적인 문제를 의미하지는 않는다. 거버넌스는 구조적 차원과 과정적 차원으로 탐색될 수 있는데, 구조적 처방이 불가능할 경우 현실적으로 과정적 처방을 통해 문제해결을 모색해 볼 수 있다.