□ 또한 준공영제로 인해 운송수입 및 운송원가의 투명성이 저하되는 문제, 운송사업체 및 운수종사자의 도덕적 해이가 발생하는 문제 등도 지속적으로 제기되어 왔음
□ 지난 2015년 12월 7일 「내항해운에 관한 업무지침」이 개정되어 보조항로 경쟁입찰 예정가격의 산정 방식이 일부 변경되었으나, 현행 보조항로제도 하에서 운송사업자가 여객선의 안전 및 서비스 질 개선을 위한 재투자를 기피하게 되는 문제를 근본적으로 해결한 것은 아니라는 지적도 있음