노무현정부에 들어서는 대학의 경쟁력을 강화시킴으로써 고등교육기관의 정상화를 도모하였다. 특히 구조개혁 방안으로 국립대의 경우 대학간의 통합, 유사 및 중복학과의 통합, 특성화 분야 중심의 조직 및 인력 재배치 등이 제시되었고, 사립대의 경우 대학간 통합, 4년제 대학-전문대 통합, 재산 효율적 활용지원, 자발적 구조개혁 노력 지원, 학교법인 퇴출제도 보완, 대학신설 요건 강화 등의 정책이 제시되었다. 2004년 발표된 대학 자율화 추진 계획은 기존의 정책을 유지하며 자율화의 범위를 확대시켰다. 한편으로는 2005년 정원동결과 감축기조로 대학정원정책을 개편하여 강력한 정원감축 정책 추진이 이루어지기도 하였다.
이명박정부에 이르러서는 총 정원범위 내 자체적인 정원조정의 경우 정원책정기준 내 교육여건 기준의 완화를 추진하였다. 전체적으로 자율화 정책기조 강화 측면에서 이루어진 결정으로, 정부는 정원 정책방향 및 모집단위별 정원운영 방법에 대한 기본 방향만을 제시하고, 개별대학의 정원은 학칙으로 자율 결정토록 지원하였다. 2012년 기준으로는 대학이 총 학생정원 범위 내에서 모집단위 간 정원조정은 자율적으로 조정되었으며, 대학의 책무성 강화를 위한 행정처분을 통해 자율적 구조조정이 유도되었다.