□ 제대군인 가산점 제도의 본래의 입법목적은 제대군인에 대한 ‘보상’에 있지 여성차별에 있는 것이 아님에도 불구하고, 헌법재판소의 결정은 이를 남녀평등의 문제, 즉 ‘성차별의 문제’로 환원하여 제대군인이 원천적으로 지니는 병역의무를 필한 자라는 문제의식을 너무도 쉽게 버렸다는 지적이 있음
□ 또한 군제대자가 군면제자에 비하여 군복무기간 동안 시험준비를 할 수 없고, 시험준비기간이 단절됨에 따라 공무원채용시험에 있어 상대적으로 불리한 입장에 있으며, 이러한 불이익은 병역의무이행 자체에 따른 불이익이 아니라 취업에 있어서의 불이익이고, 이러한 불이익이 공적 의무의 이행에 따른 것이며, 이러한 불이익을 보전하여 군제대자가 공무원 등 채용시험에서 군면제자에 비하여 불리하지 않도록 해주는 것이 평등에 맞다고 보아야 한다는 점에서 가산점제 자체가 여성이나 군면제남성에 대한 차별을 의미한다고 볼 수는 없다는 주장도 있음