한편 갯벌 등 연안 습지를 관리하는 국토해양부 역시 8개소 172.528㎢의 면적을 습지보호구역으로 지정하여 보호활동을 하고 있으며, 현황은 <표 10>과 같다. 관련 자연 환경 조사의 구체적인 상황 등은 파악되지 않았으나, 환경부 주관의 습지 조사와 유사한 조사가 이뤄지는 것으로 볼 수 있다. 한편 국토해양부의 해양환경에 대한 법률인 ｢해양환경관리법｣은 해양에서의 오염 행위에 대한 규제 중심으로 이뤄져있으며 해양에 대한 구체적인 환경 조사, 해양과 육지가 만나는 연안 환경 관리에 대한 내용이 대단히 취약한 상황이다. 이후 논의될 바이지만 해양 환경과 육상 환경은 현실적으로 분리하는데 상당한 어려움이 있다. 행정체계 상의 분리가 통합적인 관리를 가로 막는 경우 이에 대한 심각한 고려가 필요하다.