본인확인기관의 대부분은 신용정보기관으로서 특정 개인들의 금융거래를 기반으로 신원인증 정보를 수집하고 이를 본인확인 요청정보와 대조하여 본인 여부를 확인해 주는 기능을 한다. 따라서 신용정보기관들이 가지는 인증정보는 다소 부정확 할 가능성이 있다. 예를 들어, 국내 금융기관을 통한 거래실적이 없는 일반인이나 청소년들의 경우에는 사실상 의도한 바와 같은 본인 인증체계로서의 기능을 수행하기 힘든 측면이 있다.
보다 근본적으로는, 국민의 중요한 기본권 중 하나라고 할 수 있는 개인정보자기결정권(자기정보통제권)을 보장해야 하는 국가가 입법을 통하여 국민들의 개인정보를 사적영역의 사업자들에게 보유할 수 있도록 합법화시켜주고 있다는 문제점을 제기할 수 있다.
최근 이동통신 3사의 본인확인기관 지정은 이러한 우려를 더욱 가중시키고 있다. 이는 궁극적으로 시장 지배적 성격을 가지는 사업자들이 국민들의 개인 식별번호까지 합법적으로 수집 및 이용할 수 있게 되었다는 점을 의미한다. 특히 국내의 경우 이동통신사들의 개인정보 수집의 정당성뿐만 아니라 정보유출 문제가 심각하게 논란이 되고 있는 상황에서, 이들에 대한 본인확인기관 지정은 정책적 타당성 측면에서 의문이 제기된다.