(2) 관련 규정간 상충 문제
「관세법」과 하위 통관 특례 규정상 ‘소액’의 범위와 간소한 통관 규정 적용기준이 상이한 문제가 있다. 「관세법」상 소액물품의 정의는 15만원 이하인데, 이는 특송화물 통관시 목록통관의 기준(USD 100 이하)이나 간이통관 기준(USD 100 초과 USD 2,000 이하) 어느 쪽에도 해당되지 않는다. 이에 따라 목록통관 대상기준인 USD 100을 초과하고 소액면세 기준인 과세가격 15만원 이하 물품은 일반수입통관을 적용받고 다시 관세감면 신청을 받는 절차를 적용하고 있다.
또한, 우편물 간이통관 구간은 15만원 초과 USD 1,000 이하인 반면, 특송물품 간이통관 구간은 USD 100 초과 USD 2,000 이하이므로 기준이 일치하지 않는다. 우체국과 특송업체 중 어느 수단을 통해 수입되는지에 따라 간이통관 기준이 상이하므로 운송방법에 따른 형평성 문제가 제기될 수 있다.
동일한 사항도 관련 고시들 간에 서로 달리 규정하고 있다. 가령, 「우편물 고시」에 따르면 세액산출에 곤란이 없는 물품가격 USD 1,000 이하의 물품을 간이신고 대상으로 규정하고 있으나(제3-2조제1항), 「전자상거래 고시」에서는 USD 600 이하의 우편물을 대상으로 명시하고 있다(제 2-1조). 「특송물품 고시」에서는 특송물품 반입 즉시 X-ray 검사를 원칙으로 하고 있으나(제5-1조제1항), 「전자상거래 고시」에서는 원칙적으로 전산 선별된 건만을 검사하도록 규정하고 있어(제3-2조제1항) 국민의 혼란을 초래하는 문제가 있다.