둘째, ‘물이용부담금’의 징수 대상의 형평성 결여에 따른 물 관리 정책의 왜곡을 들수 있다. 하천의 물이용은 생·공용수, 농업용수, 환경개선용수, 하천유지용수, 발전용수 등으로 구분할 수 있는데, ‘물이용부담금’의 징수 대상은 생활용수와 공업용수에 한정되어 있고 하천의 물 사용의 약 50%를 사용하고 있는 농업용수와 지자체에서 도시환경개선을 위해 사용하는 환경개선용수 등에 대하여는 부과 대상이 되어 있지 않기 때문에 생·공용수 사용자들의 과다한 부담과 함께 불평등을 야기한다.