5. 특허박스 제도의 기대효과
특허박스 제도는 R&D활동을 촉진하고, R&D 결과의 사업화를 촉진하며, 다국적기업의 투자를 유인하는 등의 긍정적인 효과를 갖는다고 한다. 2008~2009년간 유럽 국가자료를 대상으로 한 연구는 특허박스 도입국의 민간 R&D 평균증가율이 4.0%로 미도입국의 증가율 3.7%보다 높았다고 한다. 그런데 2011년까지 분석해보면 R&D 평균증가율이 높다고 보기 어렵다는 분석도 있다.
한편 이 제도에 대해 다음의 부정적 효과가 지적되고 있다. 첫째, 기존 R&D 지원제도와의 중복문제를 들고 있다. 앞서 본 초보적 특허박스 제도인 ‘기술이전소득금액에 대한 세액감면제도’를 폐지한 주요 이유도 중복지원이었다. 둘째, 특허박스 제도의 혜택이 대기업에 편중될 우려를 제기한다. 하지만 이러한 우려는 최근 기술이전소득에 대한 과세특례를 중소기업으로 제한하여 시행한 것과 같이 수혜대상을 제한함으로써 어느 정도 해소될 수 있을 것이다. 셋째, 세수감소에 따른 재정적자의 확대의 문제도 있다. 2014년 조세지출 예산서를 보면 연구개발 조세지출예산이 전체 조세지출예산(전망) 33조 1,694억 원 중 10.3%를 차지하는 3조 4,102억 원이다([표 1]참조).
물론 제도 확대로 기업들의 지식재산의 사업화가 증가하고 다국적기업의 투자 유치가 활성화되면, 신규로 소득이 창출되고 그에 따른 추가 세수가 발생하므로 감세에 따른 재정 적자는 완화될 수 있다.