한편, 한국경제연구원(2011)은 배출권거래제 시행으로 국내 주요 산업의 매출이 6.7~12조 원 감소될 것으로 분석하였다. 그리고, 에너지관리공단은 철강, 시멘트, 석유화학 등 주요 산업분야에서 5.6조 원의 추가비용이 발생할 것으로 추산하였다. 배출권거래제는 철강, 정유, 석유화학 등 일부 기업만의 문제라고 생각할 수 있지만, 전후방 부품소재, 조립, 서비스 분야까지 파급효과가 미치기 때문에 중소기업, 소비자에까지 직･간접적으로 영향을 주는 것이기 때문에 동 제도로 인한 추가비용이 기업들이 감내할 수 있는 한계를 넘어서게 되면, 부득이하게 제품가격으로 전가되어 물가상승, 매출저하, 일자리 감소 등의 악순환을 발생하여 녹색성장을 위한 정책이 오히려 우리 경제성장을 저해할 수도 있다.
이런 이유로, 2010년 대한상의를 비롯한 18개 경제 단체들은 “배출권 거래제가 도입될 경우 기업 추가부담이 연간 12조원에 이른다”며 배출권 거래제 연기를 촉구하는 건의문을 정부에 내기도 했다. 따라서 정부는 이런 두 제도의 중복규제의 가능성을 보다 적극적으로 고려할 필요가 있다.