조합원 수 산정방법의 논란은 공동교섭대표단을 구성할 때에도 발생한다. 즉 조합원수 확인 기준일을 언제로 할 것인지, 조합원 수는 조합비 납부 등을 기준으로 계산하게 되겠지만, 사업(사업장)에 따라서는 조합이 일괄공제방식(check-off)을 취하는 경우도 있고 조합원이 직접 조합비를 내는 경우도 있는데, 후자의 경우 확인이 가능한지 논란이 야기될 가능성이 높다.
교섭단위 분리신청과 관련하여 다양한 문제가 발생할 수 있다. 교섭단위는 원칙적으로 하나의 사업 또는 사업장을 단위로 한다. 이때 교섭단위인 ‘사업 또는 사업장’을 둘러싼 해석론, 교섭단위 분리신청과 관련해서는 교섭단위 분리의 기준, 분리신청의 시점, 교섭단위 분리 효과의 유효기간 등의 문제가 발생할 것으로 예상된다.
예컨대, 현행법에서는 “현격한 근로조건의 차이, 고용형태, 교섭관행 등을 고려하여 교섭단위를 분리할 필요가 있다고 인정되는 경우”에 노동위원회가 교섭단위를 분리하는 결정을 할 수 있도록 하고 있다. 이때 이를 어떻게 해석할 것인가 하는 문제가 제기될 수 있다.
그 밖의 쟁점으로는 노조의 교섭대표노조와 사용자의 공정대표의무의 대상 및 범위, 현행법 부칙 제4조(경과규정)의 해석상 문제, 종래 복수노조금지 상황에서 개별 노조의 단체교섭권에 대한 제한 문제 등이 있다.