이에 대해 헌법재판관 다수의견은 당해 규정이 ‘미결구금의 부당한 장기화로 인하여 피고인의 신체의 자유가 침해되는 것을 방지하기 위한 목적에서 미결구금기간의 한계를 설정하고 있는 것이지, 신속한 재판의 실현 등을 목적으로 법원의 재판기간 내지 심리기간 자체를 제한하려는 규정이라 할 수는 없다’고 보았다. 만약 심리를 더 계속할 필요가 있으면, 불구속 상태에서 기간 제한 없이 재판을 계속할 수 있으니 피고인의 방어권이나 공정한 재판을 받을 권리를 침해하지 않는다는 이유이다. 반면 소수의견은 ‘구속사건 중에는 심리도중 피고인을 석방하면 도망하거나 증거를 인멸한 가능성이 높고, 증인 등 사건관계인에게 위해를 가할 위험성마저 있을 수 있다. 따라서 법원으로서는 피고인의 석방에 따른 부작용을 우려하지 않을 수 없으며, 그 결과 법원은 피고인에게 입증 및 반증의 기회를 충분히 보장하지 못한 채 서둘러 심리를 종결하고 판결을 선고하는 것이 우리 법원의 실무관행’이며, ‘법원의 위와 같은 실무관행은 결국 구속기간을 일률적으로 엄격히 제한하고 있는 이 사건 법률조항에서 비롯된 것이며, 이러한 실무관행은 구속피고인을 석방하여 재판할 경우에 발생하는 여러 가지 부작용을 고려한 부득이한 조치이어서 이 사건 법률조항이 살아있는 한 없어질 수 없고, 또한 이는 법원의 인력확충이나 심리방식의 개선 등의 수단을 통하여는 해결될 수 없는 문제라 할 것’이며, ‘따라서 기본권의 침해의 원인이 된 이 사건 법률조항에 대하여 위헌선언을 하여야 한다’는 반론을 피력했다.
제청법원 및 소수의견이 제시한 상기 문제점들은 2007년 형사소송법 개정을 통해서 상당부분 해소되었으리라 본다. 다만, 현행법상 연장된 구속기간이 피의자·피고인의 방어권 보장 및 실체적 진실의 발견을 위해 충분한지 여부는 별개의 문제로 살펴보아야 할 것이다.