이러한 구조로 인하여 분쟁조정위원회는 금융감독원의 보조기관이나 자문기관에 불과한 것으로 인식될 가능성이 있으며, 객관적이고 독립적인 분쟁조정전문기구로서의 역할을 수행하는 데에는 미흡한 점이 많다는 지적이 있다(최동준, 2007).
따라서 금융소비자법에서 규정하는 금융분쟁조정기구는 여타의 기관으로부터 견제를 받거나 그의 결정에 구속을 받지 않도록 구성되어야 한다. 이와 관련하여 통합형 감독체계를 가지고 있는 영국에서도 FOS는 FSA로부터 독립되어 운영되고 있으며, FSA는 FOS의 의사결정과정에는 전혀 관여하고 있지 않다는 점을 참고할 수 있을 것이다.