현행 국정감사의 제도적 문제점으로는 우선 정기회 중으로 배치된 국정감사 기간이 예산안·법률안 심사기간과 중복되고, 단기간 전체 피감기관을 대상으로 국정감사를 실시하면서 피상적으로 운영될 수밖에 없어 심층적 감사를 기대하기 어렵다는 한계가 존재한다.
국정감사의 운영과 관련하여 감사의 방향이 협소한 당리당략적 소재 및 폭로성 소재에 집중되고 있는 점 등이 문제점으로 지적된다. 감사 종료 후 피감기관에 대한 사후조치가 미비하여 국정감사가 일과성 정치행사로 끝나고 있는 것 또한 문제로 인식되고 있다.
현행 국정조사의 문제점으로는 국정조사요구의 채택율이 지나치게 낮다는 점, 국정조사 실시 후 사후처리에 대한 검증이 이루어지지 않는 점, 예비조사의 절차 등이 구체화되어 있지 않은 점 등을 들 수 있다.