의심 환자(Suspected case)로 판단되어 이송이 결정되면 검역관은 ‘항공기 소독시행’을 명령하고 이송(국가지정입원치료병상이 없으면 격리병상 보유 거점병원으로 이송)에 동행하고 질병관리본부에 보고한다.
지역사회 의료기관에서 메르스 환자가 발생하면 감염병웹신고시스템을 통해 관할보건소에 신고해야 한다. 신고를 받은 관할보건소가 시스템을 이용하여 시·도보건과로 보고하고, 시·도보건과에서는 관련 정보를 확인하여 질병관리본부로 보고하는 체계를 운영하고 있다. 감염병 발생 시 신고주체는 의사·한의사·의료기관의 장, 육군·해군·공군 또는 국방부 직할 부대의 장이다.
의료기관에서 발견된 의심 환자를 국가지 정입원치료병상으로 이송할 때는 관할 보건소 요원(또는 병원 의료진)이 동행해야 한다.