2004년에 전력산업 구조개편이 중단된 이래로 전력시장에는 다음과 같은 문제점이 있다.
첫째, 현재 CBP 시장제도에서는 변동비 기준으로 도매가격이 설정되므로 가격을 결정하는 발전기 후보군의 효율이 낮을수록 발전회사가 소유한 기저 발전기에서 얻을 수 있는 이익은 커진다. 따라서 발전사업자들은 효율 좋은 발전기 도입을 선호하지 않을 수 있다. 또한, 실제의 발전 유무와 관계없이 사업자가 발전을 하곘다는 의향만 신고하면 동일한 용량가격(CP)이 지급되어 효율이 낮은 발전기를 퇴출하지 못한다. 효율이 낮은 발전기가 계통에 연결되어 있어 효율적인 발전시스템 구성에 장애가 되고 있다는 지적이 있다.
둘째, 판매사업자가 전기사용자들로부터 회수하는 전기판매액과 판매사업자가 발전사업자들로부터 구매하는 전력구입비용이 불일치한다. 발전사업자들은 연료비에 근거한 시간대별 계통한계가격(SMP)으로 비용을 회수하고, 판매사업자(한전)는 규제요금제로 전력을 판매하고 있는데, 건설비를 포함한 총 발전비용이 반영되지 않은 채 요금이 산정되고 있다.
셋째, CBP 시장은 발전설비의 운영과 관련된 중요한 의사결정을 전력거래소에서 수행하도록 하고 있으며, 전체 시스템 효율(열효율 관리 등) 및 발전비용이 전력거래소의 급전지시 및 기동정지 계획에 따라 좌우되므로 전력거래소가 시스템 효율을 높였을 때 보상 받을 수 있는 인센티브가 부족하다는 지적이 있다.