상원의 법안심사과정에서 총 506개의 수정안이 제출되었고, 총 36차례의 표결이 있었을 정도로 이 법안은 논쟁적 법안이었다. 2009년 12월 24일 이 법안은 상원본회의를 통과하였다.
미국의회에서 법안이 법률로 성립되기 위해서는 상ㆍ하 양원을 동일한 내용과 조문으로 통과해야 한다. 그런데 하원을 통과한 건강보험개혁안(H.R.3962)과 상원을 통과한 개혁안(H.R.3590)은 공공보험과 민간보험의 선택체제로 전환한다는 점에서는 공통적이면서도 몇 가지 내용에서 차이가 있었다.
따라서 개혁안의 통과를 위해서는 양원의 조정과 타협이 필요하였는데, 통상 이 과정은 미국의 회의 양원협의위원회(The Conference Committee)가 담당하는 것이 일반적이다. 그러나 건강보험개혁안의 조정과정은 오바마 대통령에 의해서 주도되었다.