(3) 제3공화국(1961년 5월 16일 ~ 1972년 12월) : 무임소 국무위원, 무임소 장관
제3공화국은 군부정권이 시작된 시기로써, 이 기간 역시 무임소 국무위원이라는 명칭으로 활동하였다. 그러나 세부적인 업무에 있어서 5·16 군사정변 이후 정치와 경제를 구분하여 업무를 수행하도록 하였다. 그리고 1970년 8월부터 무임소 국무위원을 무임소장관으로 개칭하여 업무를 수행하였으며, 이때부터 무임소장관(국무위원) 설치근거를 법령에 규정하고 조직도 상에 대통령 직속기관으로써 무임소장관이 포함되어 운영되었다. 이 기간 동안 무임소 국무위원과 개칭된 무임소장관을 지낸 사람은 모두 16명이었으며, 정무와 경제분야 각각 8명씩이었다.
이 당시의 무임소 국무위원과 무임소장관의 주요기능은 국회심의에 참여하고 특명사항 등을 처리하며, 정부·여당 간 가교역할을 수행하는 것이었다.