② 직접대출·순수신용대출 확대에 대한 비판
하지만 민간의 정책자금 취급은행에 의한 대리대출·순수신용대출과는 달리 중진공에 의한 직접대출·순수신용대출의 경우 기술혁신형 중소기업에 대한 금융지원이라는 정책목적 달성에는 효과적이나 융자지원의 부실화 발생시 전액 국가부담으로 귀착된다. 따라서 조영철/국회예산정책처(2005)와 기획예산처(2006)는 중진공의 직접대출·순수신용대출 확대가 초래할 위험성을 지적하면서 그것의 중단을 요구하고 있다.
특히 전문적인 금융기관이 아닌 까닭에 순수신용대출 제공 여부를 제대로 판정하기에는 여신심사 기능과 능력, 인원이 부족한 중소기업진흥공단이 단지 국가정책적 목적 수행을 위해서라는 이유로 전문적 금융업무를 직접 수행하는데 따른 자금운영의 효율성 저하가 우려되고 있다. 구체적으로 말해, 중진공 직접대출 사업들의 부실화 비율이 아직은 3~4%에 불과하나 지원받은 기업들의 부실화가 가장 많이 나타나는 것이 지원 4~6년 차라고 볼 때, 차후에는 부실화 비율이 크게 늘어나 재정에 부담을 줄 가능성이 크다고 지적되고 있다.