한편 상호저축은행에 대해서는 사금고화 방지, 공신력 제고 및 건전경영 유지 등을 위하여 엄격한 업무 규제를 부과하고 있다. 
우선 최대주주 및 주요주주, 임직원 및 이들과 특수관계에 있는 자에 대하여는 대출이나 가지급금의 지급을 금지하고 있다. 
아울러 동 규제를 회피하기 위해 다른 상호저축은행과 교차하여 다른 상호저축은행의 출자자 등에 대하여 대출을 하거나 가지급금을 지급하는 것도 금지하고 있다. 
또한 개별차주에 대한 대출 한도를 자기자본의 20% 이내, 유가증권 보유 및 차입을 각각 원칙상 자기자본 이내로 제한하고 있다. 
2004년에는 개별차주 및 그와 신용 위험을 공유하는 자에 대한 대출을 자기자본의 25% 이내로 제한하는 동일차주 신용공여한도제를 도입하였다. 
2011년에는 상호저축은행의 대규모 구조조정과 함께 과도한 외형 확장 억제 및 건전 경영 유도 등을 통해 상호저축은행 부실사태의 재발을 방지하기 위해 감독을 강화하였다. 
2017년에는 건전성 규제기준이 은행에 비해 상대적으로 완화되어 있었던 상호저축은행의 가계대출이 빠르게 증가함에 따라 요주의 이하의 자산건전성 분류기준을 강화하고 고위험대출에 대한 추가충당금 적립,대손충당금 적립기준 강화 등 건전성 규제를 강화하였다.