대체공휴일 제도의 도입과 관련하여 바람직한 논의방향을 살펴본다면, 첫째, 쟁점별 찬ㆍ반 의견을 충분히 살펴 도입여부를 결정하되, 도입하더라도 기업의 비용부담 감소와 사회적ㆍ경제적 편익의 증가를 고려하여 대체공휴일의 적용을 단계적ㆍ점진적으로 적용하는 방안을 검토할 필요가 있다. 즉, 단기적으로 토요일이나 일요일 중 어느 하나만 특정하여 공휴일이 겹치는 경우에 대체공휴일을 적용하고 향후 입법환경 변화에 맞추어 조정하는 방안을 고려할 필요가 있다. 둘째, 근로자의 휴식권 보장과 관련하여 법정 연차휴가를 자율적으로 사용할 수 있게 조직문화를 개선하고 미사용 연가일수에 대하여 전액 연가보상비를 지급하는 현행제도를 부분적으로 수정하여 연가보상비의 상한선을 설정, 지급하는 방안도 고려해 볼 필요가 있다.