종합검사 대상 선정 기준을 둘러싸고 많은 논의가 진행되고 있다. 종합검사의 부작용을 우려하는 쪽에서는 은행, 증권, 보험 등 업권별로 검사대상 회사를 일률적으로 배분하지 말고 우수한 평가를 받은 금융회사는 종합검사를 면제해 주는 절대평가 방식이 필요하다고 말한다. 반면 종합검사 필요성을 강조하는 쪽에서는 금융사고를 방지하기 위해서 세밀한 종합검사가 필요하다고 주장한다.
이 글에서는 국내 종합검사제도의 현황과 문제점을 살펴보고, 해외 사례 등을 통해 바람직한 종합검사제도의 모습과 향후 과제에 대해 검토해보고자 한다.