그러나 제도 도입 초반 10인 이상 사업장에 적용하던 것을 1992년에는 5인 이상 사업장으로 확대하고 1995년에는 농어촌 지역, 1999년에는 도시 지역으로 확대하면서 연금 보험료의 유입이 크게 증가하였다. 이에 따라 기금 규모도 급속히 커져 1998년 말에는 약 45조원 수준에 이른다. 연도별 기금 증가율은 최고 30%에 달하였다가 점차 낮아져 2000년대 중반에는 10%대, 2010년대 중반에는 10%대 미만으로 낮아졌다. 하지만 2017년까지 연평균 증가율은 15.8%로 2017년 말 현재 조성 기금이 691조원에 이른다. 조성 기금 중 납입보험료는 70.1%, 운용수익금은 29.8%의 비중을 차지한다.
기금 규모가 급증함에 따라 기금운용부는 기금운용실로 확대 개편되고 이는 1999년 설치된 기금운용본부의 바탕이 되었다. 또한 1999년 공공자금관리기금법이 폐지되면서 기금운용은 기존의 공공 부문에 대한 예치에서 금융투자 부문으로 점차 옮겨가게 되었다. 투자대상 역시 채권 위주에서 주식 등 기대수익률이 높은 위험자산으로 다변화되었다. 2000년대 초에는 채권과 주식에 대한 해외투자가 시작되었다. 아울러 인프라, 부동산 및 실물자산 등 대체자산도 주요 투자대상에 포함되었다. 금융부문 투자에서 채권의 비중은 2000년대 초 91.9%까지 이르렀다가 2017년 말에는 56.4%(국내채권 52.4%)까지 떨어졌다. 반면 2003년 12.7%였던 주식투자 비중은 2017년 말 기준 31.7%(국내주식 17.2%)로 증가하였고, 2002년 처음 시작한 대체투자는 2008년 글로벌 금융위기에 따른 저금리 기조에 따라 수익성 증대를 목적으로 크게 증가하여 2017년 말 금융부문 투자의 11.6%에 달하고 있다.