대표적 사례로 식품안전 분야에서 시행되는 위해성 평가(risk assessment)를 들 수 있다. 위해성 평가는 WTO협정에서 국제기준과 다른 기준을 설정하는 경우, 반드시 수행하도록 규정한 평가이다. 식품안전기본법에서도 식품안전 관련 기준·규격 등을 설정하는 경우, 반드시 실시하도록 규정하고 있다. 이와 같이, 위해성 평가가 식품안전 규제의 타당성 판단에 중대하게 영향을 미치고 있음에도 규제영향분석서 작성지침에는 평가 결과를 반영하도록 하는 규정이 없다. 그렇다보니, 위해성 평가 결과가 규제영향분석에 충분히 반영되지 못하고 있다.
2007년부터 2009년까지 실시된 식약청 규제에 대한 규개위 심의결과를 분석해보면, 위해성 평가 결과에 대한 이해관계자의 만족도는 낮았다. 잔류농약의 경우에는 해당 규제에 대한 이해관계자의 반대가 거의 없었던 반면, 다른 분야(동물용의약품, 미생물 등)에 대해서는 위해성 평가 결과에도 불구하고 반대하는 경우가 적지 않았다. 특히, 국제적으로 논란이 되는 규제의 경우, 우리 정부가 실시한 위해성 평가의 신뢰성 문제가 지적되기도 하였다.