둘째, 추진위원회·조합 해산 시 발생하는 기 사용금액(매몰비용)의 보전방안 등 사후 처리가 관건이다. 특히, 조합이 해산될 경우는 추진위원회의 경우보다 매몰비용이 매우 크나, 법적 근거가 마련되지 않아 비용이 보조되지 않는다.
서울시는 중앙정부에 협조를 요청할 계획이라고 하고 있다. 그러나 국토해양부는 지금까지 주택재개발·재건축사업 등 민간사업에 대해서는 국고를 지원할 수 없다는 입장이었으며, 이 기조가 쉽게 바뀌지는 않을 것으로 보인다.
셋째, 해제되는 지역의 대안적 정비사업 방식으로 마을만들기와 소규모정비사업을 들고 있으나, 이러한 방식들에 대한 구체적인 추진방법이 아직 미약한 실정이다.
마을만들기란 일본의 마치즈쿠리(まちづくり)를 표방한 것으로 보인다. 일본에서는 이미 1970년대부터 주민 스스로 주거환경을 개선하고 도시의 정체성을 발굴·회복해 나가는 마치즈쿠리가 지속되어 왔다.
이를 위해 마을 만들기 정보센터 및 지원센터, 마치즈쿠리 펀드(기금) 등을 설립하여 주민참여를 적극적으로 유도하고 있으며, 1998년부터는 ‘마을만들기 3법’을 시행하여 체계적인 법적 틀까지 갖추고 있다.