2007년 5월 박찬숙 의원이 개정안을 제안했을 당시와 2008년 11월 김충환 의원이 유사 개정안을 제안했을 당시에 진행되었던 논란은 야당인 보수성향의 한나라당은 남북협력기금 사용의 투명성을 강화하는 것이 필요하다는(국회사무처, 2007) 입장인 반면, 여당인 통합민주당은 모든 경우의 기금 사용 결과를 보고하는 것은 현실 적으로 불가능하다는 점에서 ‘의무화’를 명기한 개정에 소극적이거나 유보적인 입장 이었다(국회사무처, 2009a). 특히 다양한 국제기구를 활용하여 남북협력기금이 사용된 경우에는 기금사용 결과보고서를 작성하는 것이 현실적으로 어려운 만큼, 의무화 조항은 비현실적이라는 입장이었다(국회사무처, 2009a). 이를 의식하여 2008년 11월 김충환 의원의 개정안에는 “… 기금사용결과를 각각 보고하도록 함. 다만, 국제기구를 통한 지원사업의 경우에는 예외로 함”이라는 내용을 통해 논란이 되었던 국제기구와 관련된 기금 사용을 예외로 하고 있었다(국회사무처, 2009a). 그러나 통일부가 국제기구에 대한 예외 조치는 적절하지 않다는 입장을 제기하여, 최종적으로는 국제기구에 대한 예외조항이 삭제된 정부 수정안이 2008년 12월 29일에 제출 되어 가결되었다. 결국 2년간의 논란에도 불구하고, 해당 수정안은 2007년 5월에 제출된 개정안에 비해 내용상 큰 수정 없이 입법된 것이다(법제처 국가법령정보센터, n.d.).