하지만 중소기업청이 관리하는 모태조합으로 정부의 출자지원 정책이 일원화됨에 따라 여타 정부부처들의 입장에서는 자기 부처 고유의 산업육성정책 수행을 위한 중요한 정책수단의 하나가 상실되었다는 지적이 제기되고 있다. 이런 지적은 특히 정보통신부와 문화관광부와 같이 IT산업 혹은 문화콘텐츠, 게임, 영화·영상과 같은 특정 분야산업의 육성을 직접적으로 책임지는 부처를 중심으로 제기되고 있다. 따라서 모태조합의 운용에 있어서 연관된 정부부처와 그리고 문화콘텐츠진흥원, 정보통신연구진흥권과 같은 전문 대행조직들과의 보다 긴밀한 협력체제 구축방안을 모색할 필요가 있다.
민간금융기관들이 경쟁적으로 지원하여 자금이 넘쳐나는 IPO 직전 단계의 우량중소기업을 대상으로 모태펀드와 같은 정책자금이 시세차익을 노리고 중복적으로 투자경쟁에 뛰어들고 있는 양상이라고 할 수 있는데, 이는 창업 벤처기업의 기술개발 투자를 촉진하기 위해 설립된 모태펀드의 기본 취지와는 부합되지 않는다고 할 수 있다.
모태펀드의 투자가 기술개발 및 설비투자가 필요한 창업 초기단계의 벤처기업에 집중될 수 있도록 모태펀드의 자금운용 기준을 정비할 필요가 있을 것이다.
구체적으로는 정부가 추진하고자 하는 중소벤처기업 기술개발 및 설비투자 로드맵에 따라 육성되는 창업벤처기업들과 기술평가기관의 기술평가 인증을 받은 혁신형 중소기업들에 대해 모태펀드가 총투자액의 일정비율(예컨대 50%)이상을 의무적으로 투자하도록 하는 것이다.
이들 창업 벤처기업 및 혁신형 중소기업들의 기술개발투자 및 설비투자에 대해 모태펀드가 지분투자를 할 경우, 은행 등 금융기관의 차입과는 달리 상환부담이 없을 뿐만 아니라 투자위험의 대부분을 부담해준다는 점, 그리고 신용보증기관의 보증도 필요하지 않다는 점이 가장 큰 장점이라고 할 수 있다.
다만, 문제점은 투자지분을 둘러싼 분쟁의 소지가 크며 투자위험부담이 커서 모태 펀드가 부실화될 위험이 높다는 점이다.