그러나 이 계획은 다음과 같은 한계를 동시에 가지고 있다. 첫째, 이 계획을 통하여 더욱 분명해진 부처 간 역할 분담으로 교육부는 학사제도와 연관된 창업교육, 학생·교원·대학 등 평가시스템 마련, 콘텐츠 개발 등 창업교육 인프라 구축을 담당하고, 중기청은 창업아카데미, 사업화 자금 지원, 컨설팅 등 실전 창업교육 및 지원 중심으로 지원하도록 분담 영역을 구분하고 있지만 각 사업 내부의 유사한 창업교육 프로그램들은 여전히 존재하고 있다. 예를 들어 이 계획에 따라 중소기업청이 2014년부터 6개 대학에 설치·운영 중인 대학기업가센터는 창업선도대학 선정 대학을 지원 대상에서 배제하여 부서 내 중복지원을 방지하도록 되어 있지만 부처별로는 중복지원이 여전한 경우도 있다. 특히, 미래창조과학부에서 2014년부터 지원하는 기업가정신 프로그램 사업의 경우 과학기술분야에 특화된 지원프로그램이지만 지원 대상인 한국과학기술원이 중소기업청의 대학기업가센터와 동시에 지원 대상으로 선정되어 있다. 요컨대 정부의 대학창업교육 활성화 방안을 통해 창업교육 지원사업이 점차 확대되고 있기는 하지만 각 부처별로 지원 사업 조정, 유기적인 협조 아래 중복지원을 제거함으로써 정부 정책의 효율을 제고해야 할 필요가 있다.