하지만 반대론에서는 국회가 법률에 인정된 예산심의권에 근거해 국회법 개정을 통해 회계조사권을 행하려는 것은 상위 규범인 헌법에 근거를 찾을 수 없는 위헌적 시도이며, 현재의 후진적 국회 행태에서 감사원 회계검사 기능의 국회 이관은 감사원을 정치적 도구로 전락시킬 심각한 우려가 있다고 한다. 만일 이러한 구상이 입법화될 경우 감사원의 독립성과 정치적 중립성을 훼손하게 되며, 국회와 감사원 간에 회계검사 업무의 중복 문제가 발생할 수밖에 없게 되는 현상이 발생한다고 한다.
한편, 감사원은 이러한 논란과 관련, “국회는 정부에 대한 재정통제권의 일환으로 국회법을 개정하면 헌법상 문제가 없다고 말하고 있으나 회계검사권은 감사원이 50년 동안 이어온 것으로, 국회가 상시적으로 회계검사권을 가지면 문제가 된다.”는 입장을 밝혔다.
(4) 이처럼 강력한 반대론에 부닥치자, 회계검사권의 국회이관 방안은 적극적으로 추진되지 못하고 흐지부지되고 말았다. 그러나 최근 2008년 11월 30일 국회의장 자문기구인 국회운영제도개선 자문위원회가 회계검사기능을 국회로 이관하는 방안을 다시 제시하였다. 이에 따라 이 문제는 또다시 뜨거운 논란거리가 될 것으로 예상된다.