4.4 부가가치세
가. 자산운용회사의 운용수수료의 부가가치세 과세문제
이전에는 자산운용회사업의 모든 투자대상자산에 대해 면세를 적용하였으나, 자산운용회사가 투자자로부터 자금 등을 모아서 부동산, 실물자산 및 그 밖에 시행규칙 제11조의 6에서 정하는 자산에 투자하는 것은 금융활동이라고 볼 수 없다는 이유로 2003년 12월 30일 시행령 개정시 과세로 전환하였다.
이로 인해, 자산운용회사가 부동산간접투자기구를 운용하고 받는 운용보수에 대해서는 부가가치세 납세의무를 지게 되며, 그 지급받은 보수 중 부동산 등을 취득·운용한 대가의 구분이 불분명한 경우에는 펀드 자산총액 중 부동산 등에 운용한 금액 비율로 안분하여 계산하는 것으로 해석하고 있다(서면3팀-358, 2006.2.23).