(3) 국과위의 독립성 확보
국과위가 범부처적 조정능력을 가지기 위해서는 예산ㆍ정책조정ㆍ평가에서의 독립이 핵심이다. 따라서 국과위 업무와 가장 관련이 깊은 부처에서 각각 상임위원(기재부ㆍ교과부)과 사무처장(지경부) 등 주요 직책을 맡은 이상, 이들은 이전 소속 부처로부터 독립적으로 그리고 객관적으로 판단해야 한다. 해당 부처의 이익만을 대변할 경우 국과위의 독립적 운용에 심각한 문제가 발생할 우려가 있기 때문이다.
과학기술계는 국과위가 출범하면서 기존의 관료적 연구관리 체계를 벗어나 보다 합리적이고 창의적인 연구환경을 기대했기 때문에, 기존의 관리체제에 속했던 공무원이 그대로 국과위로 이동ㆍ관리하는 것에 대해 동의하지 않는 분위기가 있다는 점을 유념할 필요가 있다.
우려되는 부처예속현상을 극복하고, 국과위가 확고한 독립성을 확보하는 일차적 책임이 바로 상임위원과 사무처장에게 있다고 해도 과언이 아니다.