3. 법체계의 복잡성 문제
특례제한규정은 그 자체로 법체계를 더 복잡하게 만드는 원인이 되고 있다. 이는 지금까지 나타난 운영상의 미비점이나 입법 오류의 기저에 있는 문제이며, 특례제한규정 입법례가 확대되는 추세에 있다는 점에서 검토할 필요가 있다.
특례제한규정은 우리 법체계 내에서 상당히 많은 양의 법률간 인용연결을 만들어내고 있다. 일례로 「조세특례제한법」은 1,172건, 「지방세특례제한법」은 785건 등 많은 양의 인용연결을 발생시켰다(Kim, 2019). 또한 특례제한제도가 도입된 경우 특례 조항을 포함한 법률안에 대해서 별도의 특례제한규정 및 특례 목록에 대한 개정법률안을 발의하게 되므로 의안 증가에도 영향을 미치고 있다.