그런데, 개별 조세특례 중 어떤 항목을 조세지출 예산서에 포함할 것인지를 판단하기 위한 정부 차원의 지침이나 기준이 마련되어 있지 않다. 기획재정부장관이 인정하는 사항을 조세지출예산서에 포함하도록 법률에서 위임하고 있으나, 국가재정에 막대한 영향을 미치는 조세지출 항목 선정에 대한 구체적인 지침이나 기준이 마련되어 있지 않다. 조세지출예산서 포함 항목에 대한 명시적인 기준 등이 마련되지 않음에 따라 정부가 조세지출예산서상의 항목을 조정하여 「국가재정법」 제88조제1항에 따른 국세감면율 한도에도 영향을 미칠 가능성도 배제하기 어렵다.
따라서 기획재정부는 조속히 조세지출 항목 선정의 구체적인 지침이나 기준을 마련하여 조세지출 항목을 체계적으로 분류·관리할 필요가 있다. 이 경우 해당 조항의 입법 취지, 연혁, 필요적 경비여부 등이 종합적으로 고려되어야 할 것이다. 또한, 비과세·감면 정비방안에 대한 논의의 활성화를 위해 개별 조세특례별 조세지출예산서 포함/불포함 사유를 공개하는 것을 적극적으로 고려할 필요가 있을 것이다.