네 번째 「제2기 공적자금관리위원회」는 2009년 5월 ｢공적자금관리특별법｣(2009.5.27.)의 개정으로 구조조정기금 및 금융안정기금을 공적자금의 범주에 포함시키고, 공적자금관리 업무를 담당하기 위해 공적자금관리위원회를 재설치하도록 한 이후의 시기이다.
2009년 8월에 공적자금관리위원회를 다시 설치한 것은 글로벌 금융위기에 대응하기 위해 설치된 구조조정기금과 금융안정기금 등을 투명하고 효율적으로 통합관리하기 위해서였다.
공적자금관리위원회는 정부위원 2인, 민간위원 6인(국회 추천인사 2인 포함) 등 8인으로 구성하고, 위원회 기능을 효율적으로 수행하기 위해 ‘매각심사소위원회’와 ‘자금지원심사소위원회’를 두기로 하였다.