자기조직적 거버넌스에서 설계된 구조는 일종의 자기조직화의 초기조건을 제시한다. 복잡성 이론에서 적응적 자기조화 과정은 초기조건에 매우 민감한 것으로 논의된다. 설계된 구조의 초기조건으로서의 중요성은 나아가 설계된 구조에 의해 자기조직적 거버넌스의 창발성이 조장되거나 억압될 수 있다고 하는 이론적 가능성을 함축한다. 자기조직적 거버넌스가 여타 거버넌스 형태와 마찬가지로 공적 자원을 활용하는 한, 자원의 공적 배분은 설계된 구조를 통해 주로 이루어진다. 또한 설계된 구조가 자기조직적 거버넌스에서도 성과 평가의 주된 기준이 된다.