실질적으로 대상사업이 선정되고 예비타당성조사가 실시되는 과정에서 기획재정부가 개입하여 사업추진부처의 기획단과 사업평가단에게 해당사업의 주요 쟁점사항에 대한 지침을 하달하고 이를 바탕으로 예비타당성 조사를 실시하고 있다. 예를 들어 ‘특정부처의 사업과의 중복성’, ‘기술개발 가능성’, ‘상위계획과의 일치성’, ‘범부처 사업 가능성 타진’ 등 가장 핵심적인 지침을 두 기획단과 평가단에게 설명을 하고 있다는 것이다.
이러한 과정에서 기획재정부와 국가과학기술위원회의 협의를 통해 경제적 타당성 분석방법을 결정해주는 것이 하나의 정책방안이라 할 수 있다. 예비타당성 평가 또한 비용이 발생하는 정책의사결정 방법 중 하나이다. 이러한 비용이 사업집행과정에서 발생할 수 있는 실패확률을 줄여주고, 사업집행여부를 결정함으로써 효율성을 제고하기 위한 것이다. 이러한 맥락에서 예비타당성조사를 수행하는 과정에서 발생하는 비용을 최소화하기 위한 하나의 정책방안이라는 것이다.