현재 「방위사업법 시행령」제61조의3(성실한 연구개발 수행의 인정)에 따라 핵심기술개발사업에 적용되고 있는 성실수행 여부 판정기준은 「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」 제27조의2(성실한 연구개발 수행의 인정기준)에서 정하고 있는 기준을 답습하여 ①도전적인 개발 목표 설정여부, ②환경변화 등 외부요인에 기인하는지 여부와 함께 ③연구개발 수행방법 및 과정이 체계이고 충실하였는지 여부를 고려하여 성실수행 여부를 결정하고 있다. 따라서 만약 본 법안 제9조에 따라 무기체계 연구개발사업에 대해서도 성실수행인정 제도가 적용된다면 이와 동일하거나 유사한 기준으로 성실수행 여부가 판정될 것으로 전망된다.
그런데 개별 연구기관이 아니라 체계종합(SI)업체를 중심으로 다수의 협력업체가 참여하여 수많은 기술이 결합되는 무기체계 연구개발사업의 복잡성을 고려하면 실제로 연구개발 수행방법 및 과정이 체계적이었는지 여부를 충실하게 평가하는 데 한계가 발생될 수 있고, 평가기준도 정성적인 판단이 요구되는 사항으로 구성되어 있기 때문에 성실성 여부 근거를 객관화하는데도 상당한 어려움이 예상된다.
게다가 본 제도는 이미 중단되었거나 실패한 무기체계 개발사업에 대해서 성실성 여부를 추가로 판정하여 개발주관업체에게 제재조치를 감면하는 혜택을 제공하는 특성 때문에 좋은 취지에도 불구하고 특혜시비가 지속적으로 제기될 수 있다. 즉 방위사업청이 이른바 성실수행평가위원회를 구성하여 중단 또는 실패한 무기체계 연구개발사업에 대해서 성실하게 한 것으로 판정하였더라도 감사원·언론·국회 등 외부기관에서는 그와 같은 판정이 타당하였는지에 대해 의문을 가지고 오히려 해당 사업을 집중적으로 감사해야 할 대상으로 간주하게 될 개연성이 높다.