대안교육시설에서 코로나19 집단감염이 발생한 A시·도의 경우, 지자체가 해당 교육청의 협조를 받아 관내 미인가 대안교육시설 전수조사를 실시한 사례가 있다. 그리고 교육부는 코로나19 대응을 위해 지자체와 경찰청의 협조로 약 500여 개의 미인가 교육시설을 확인한 사례가 있다.
이에 「대안교육기관법」 제3조에 따라 국가와 지방자치단체가 대안교육기관의 운영을 위하여 필요한 시책을 수립·시행할 때에 “교육부장관과 교육감은 지방자치단체 및 관계 기관의 장에게 필요한 자료의 제출을 요청할 수있도록” 대통령령에 규정하는 방안을 검토할 필요가 있다.