수질오염원 관리의 적정성 여부는 팔당지역의 수질안전성을 결정짓는 주요 요소인데 전반적으로 하천수질 관리에 책임이 있는 중앙정부와 지방자치단체의 수질오염원 관리 실태는 매우 미흡한 것으로 나타났다. 감사원(2011.7)에 따르면 팔당지역의 물관리는 환경부에서 ‘오염총량관리계획’을, 한강유역환경청(환경부)에서 ‘하수도정비기본계획’을 승인하면서 하수도용량 산정방식 등의 차이로 한강수계 오염총량관리계획 및 하수도정비기본계획 시행에 차질이 초래되었으며 한강유역환경청에서 관할 구역 내 기초 지방자치단체가 소권역 수질 및 수생태계 보전 계획을 수립·시행하지 않고 있는데도 방치하여 한강수계 소권역 물 환경관리계획 시행에 차질을 초래하고 있다. 수질오염원 행위규제에 있어서는 수변구역 내에 신규 입지가 금지되는 공동주택의 신축을 허가하고 식품접객업소의 용도변경 및 영업신고를 허가하여 수질오염을 초래한다든지 또는 환경부에서 수변구역 내에 다세대주택의 설치를 금지하면서도 다세대주택과 오수발생량이 동일한 다가구주택은 설치를 허용하는 등 미흡한 오염원 관리로 효과적인 수질관리가 이루어지지 못하고 있다. 또한, 수질보전을 위해 지정한 특별대책지역 내에서 금지된 수상레저사업 증설을 매년 허용하고 단속을 통해 위법행위를 적발하고도 행정처분 등을 하지 않아 수상레저 행위에 따른 수질오염과 특별대책지역 내에서 내수면어업 신규 신고를 허가하고 오수배출시설의 신축을 허가하는 등 행위규제 사항을 허용하여 수질오염을 초래하는 등의 사례가 있었다. 아울러, 상수원보호구역에 거주하지 않아 어로행위 허가 대상이 아닌 자에게 상수원보호구역 내 자망·연승어업을 허가하여 수질오염을 초래하거나 폐수배출시설에 대한 특정수질유해물질 배출 여부를 확인하지 않아 배출시설 설치제한지역에 특정수질유해물질을 배출하는 폐수 배출시설을 입지하도록 한 행위 등 지방자치단체의 수질관리 역량 미흡으로 인한 한강유역의 수질오염이 불가피한 실정으로 나타났다.