2) 단편적으로 설계되어 운영 중인 제도
1년 중에서 상반기의 재정집행률에만 관심을 가지게 되면, 상반기 공사발주 집중에 따른 지방자치단체의 관리·감독 소홀문제가 불거질 수 있고 부실설계·부실시공이 나타날 수 있다. 상반기에 재정을 미리 집행하면 하반기 또는 실제로 재원이 필요한 시기에 쓸 자금이 소진되어, 장기적으로는 오히려 경기회복을 방해할 수 있다는 연구결과도 있다.
이 외에, 지방재정 신속집행제도를 도입한 목적이 지역의 내수 진작·일자리 창출·경기부양 등 거시적인 목적임에도 불구하고, 실제 성과는 지방예산의 불용액을 감소시킨 것뿐이라는 한계가 있다. 국가재정은 내수 진작 기능을 가지고 있기 때문에 재정 신속집행제도를 통해 일자리 창출·경기부양 등이 가능하겠지만, 지방재정은 지역마다 다른 여건 속에서 소규모로 재정이 집행되고 있어서 지방재정 신속집행제도로 지역의 일자리 창출과 경기부양 등이 쉽지 않기 때문이다.
3) 중앙정부 중심의 제도 운영
지방재정 신속집행제도를 운영하는 과정에 지방자치단체의 의견을 수렴하거나 입장을 반영하지 못하고 있다. 현재 지방재정 신속집행의 목표율은 기획재정부와 행정안전부가 협의·결정한 후 지방자치단체에 시달하고 있다. 또한, 행정안전부의 지방재정 신속집행 평가 방식이 상대평가이기 때문에 지방자치단체 간에 과도한 실적경쟁이 발생하고 있다.