(2) 문제점
첫째, 단체장직 인수위원회의 설치에 대한 법적 근거가 없는 상황에서 단체장당선인이 임의로 인수위원회를 설치하고 있다. 이에 따라 단체장직 인수위원회 활동에 필요한 예산, 인력, 공간 등을 해당 자치단체가 제대로 지원하기 어렵다는 점이다.
둘째, 단체장직 인수위원회의 규모와 운영방식에 대한 기준이 없는 관계로 인수위원회의 지역간 편차가 크다. 일부 지자체의 경우 지나치
게 큰 규모의 인수위를 구성하는 등 비효율이 존재한다는 지적이 있다.
민선 6기 인수위원회의 구성현황을 보면, 광역자치단체의 인수위원이 평균 36.6명이나 최다는 113명에서 최소는 5명으로 그 편차가 108명이었다. 기초자치단체의 인수위원이 평균 13.8명인데, 최다는 35명이고 최소는 2명으로 그 편차가 33명이었다.
셋째, 단체장직 인수위원회의 기능과 권한 역시 불분명하기 때문에 활동 중에 해당 자치단체 공무원과 인수위원 간에 갈등이 빚어지는 경우가 있다.
넷째, 인수위원의 선발기준이 명확하지 않아서 전문성이 낮은 인사가 선발되거나, 지자체가 추진하는 사업과 직·간접적인 이해관계가 있는 지역인사가 위원으로 선발되는 등의 문제도 있었다.