또 대형유통업체들은 관련 시스템 구축 등 쇠고기이력추적제 실시에 대비하여 준비를 하고 있으나, 중소유통업체의 경우 새로운 제도 도입에 따른 인력, 관리비용 등의 확보가 순조롭지 못한 것도 사실이다.
농림수산식품부도 이런 상황을 고려하여 2009년 8월 31까지는 계도 위주로 지도하고, 그 후 본격적으로 단속할 방침이라고 하는데, 쇠고기이력추적제의 성공적인 추진을 위해서는 보다 철저한 홍보와 관리가 필요하며, 쇠고기이력추적제 관리에 필요한 인력도 시급히 확보되어야 할 것이다.