이 연구는 이러한 문제점에 대한 대응방안으로 다음 네 가지의 제도 개선 방안을 제안한다. 첫째, 분쟁조정위원회의 기능을 확대하여 사후 해결 뿐 아니라 사전 예방 기능을 갖도록 한다. 둘째, 위원 및 위원 위촉권을 다양화하여 조정기구의 공정성과 신뢰성을 높이도록 한다. 셋째, 조정기구의 조정 성격을 전통적 분쟁해결 방식인 화해·중재(conciliation)에서 대안적 분쟁해결제도의 조정(mediation)으로 전환하여 합의형성을 유도함으로써 조정 제도의 활성화를 도모한다. 넷째, 3개 위원회를 1개 또는 2개 위원회로 축소 통합하되 가칭 ‘정부 간 분쟁지원센터’를 총리실 산하에 설치하여 효과적인 분쟁조정을 지원할 수 있는 제도적 기반을 마련한다. 아무쪼록 이 연구가 심도 있는 후속 연구를 위한 밑거름이 되어 행정 현장에서의 필요를 충족시키는 정부 간 분쟁조정 제도의 활성화에 기여하게 되기를 희망한다.