(3) 기존 업종에 대한 역차별
다양화되는 숙박업 형태를 제도권 안에 포함시켜 가는 과정에서 정식 숙박업 신고를 하고 운영하는 영업장들이 오히려 규제나 지원 등에 있어서 역차별을 받게 되는 결과가 생기기도 한다. 또한 지역별, 업종별 수요에 대한 정확한 조사 없이 진입규제를 완화하고, 본래 해당 숙박업종의 도입취지와 무관하게 단순숙박업소로 운영되면서 경쟁이 과열되어 기존 업종들이 영업의 어려움을 호소하기도 한다.
(4) 불법 영업 증가
불법 영업 단속이 어렵고, 숙박관련 업종의 등록·신고 등 절차는 까다로운 반면 등록 등 이후에는 법의 보호와 혜택의 대상이 되기보다는 점검과 단속의 대상이 된다는 인식 때문에 제도권 안에 들어오기 보다는 미등록·미신고로 영업을 하게 되는 경우가 많다. 이러한 불법 게스트하우스는 안전 문제 및 위생 불량 등 문제가 발생할 소지가 높다.