이 글에서는 평택･당진항 공유수면매립지 관할권을 둘러싸고 경기도 평택시와 충청남도 당진시 간에 20여년간 다툼을 벌이고 있는 갈등사례를 다룬다. 해당 지방 정부간의 갈등은 승-패를 거듭하고 있다. 2004년 헌법재판소의 결정에 따라 당진군이 승리했으나, 2009년 지방자치법 제4조의 개정으로 새로 매립된 토지에 대해서는 행정안전부장관이 등록관청을 결정하도록 제도가 변경되어, 사건은 새로운 국면을 맞이하였다. 2010년에 평택･당진항에 제2차 매립지가 생기자, 평택시가 관할권 결정을 행정안전부에 요청했는데, 2015년 최종결정에서 평택시가 당진시보다 유리한 결과가 나왔다. 이에 당진시는 결정에 불복해서 대법원에 소송을 제기했고, 헌법재판소에도 권한쟁의심판을 제기하여 현재 소송이 진행 중에 있다. 이 글은 지방정부간 공유수면매립지 관할권 갈등의 해결방안을 모색하고자 대표적인 갈등사례를 선정하여 갈등구조와 갈등과정을 심층적으로 분석하였다.