그러나 회계감독체계를 개혁하기 위해서 독립된 회계감독기구를 설치하려면, 기관의 성격을 어떻게 개념 정의할 것인가가 문제된다. 즉, 정부 행정기관으로 독립시킬 것인가, 아니면 민간기구로 설치할 것인지를 결정해야 한다.
또한 우리가 고려해보아야 하는 것 중 회계감독체계에 대한 문제는 단지기구의 통합 또는 감독권의 집중이라는 정책적 문제로 해결될 수 있는 사항이 아니라, 현행 우리나라 법체계상의 회계감독규정인 외감법과 공인회계사법의 규정과 목적을 고려해 볼 때 공인회계사 자격 관련 권한과 회계감독권한을 하나의 기관으로 집중시키는 것은 현실적으로 어려움이 많다. 왜냐하면, 공인회계사법은 직업법의 성격을 갖고 있으면서, 공인회계사 관련 자격사항을 전반적으로 규정하고 있기 때문에 공인회계사 자격에 대한 권한을갖고 있지 않은 증선위에 집중시키는 것은 법이론적으로 합리적이지 못하다.
반대로 재정경제부 또는 공인회계사회로 집중시키는 것은 회계감독에 대한 공정성과 독립성에 대한 명확한 확신을 주지 못할 수도 있는 결과를 초래할 뿐만 아니라, 자율규제와 공적규제 간의 논란이 예상되기 때문에 합리적인 회계감독기구 정비방안이라고 할 수 없다.
따라서 감독체계를 일원화하여 규제 조치권의 실효성을 제고하기 위해서는 독립적인 회계감독전담기구가 반드시 필요한 상황이고, 이러한 회계감독기구 설치는 국제회계기준과 각국의 회계관련개혁법 동향과도 일치하는 것이다.
그러나 회계감독기구를 설치하는 경우에도 독립성을 확보하기 위한 구성과 운영 방식이 문제가 되며, 특히 정부 조직 내에 위치시킬 것인가 아니면 미국식의 민간회계감독기구를 설립할 것인가가 중요한 이슈가 될 것이다.