이에 대해 과학기술정보통신부는 자가망을 활용하여 공공와이파이를 제공하는 것은 타인 통신 매개 행위로 「전기통신사업법」에 위반되고, 지방자치단체는 타인 통신을 매개하기 위해 기간통신사업자로 등록할 수 없으며, 이미 서울에 상당한 수준의 망이 구축되어 있어 국가적으로 볼 때 자원의 중복투자 우려가 있다고 반대하였다. 서울시는 통신기본권 확보는 시민의 안전, 복지와 삶의 질을 개선하고 도시경쟁력을 증진하여야 하는 헌법과 법률에 근거한 지방정부의 의무이며, 공공와이파이를 사업으로 ‘경영’하는 것이 아니므로 기간통신사업자 등록이 필요없다고 반박하였다. 또한 서울시는 자가망만으로는 완결된 통신서비스가 불가능하여 기간통신사업자 망을 거쳐야 하므로 공공와이파이 사업은 부가통신사업에 불과하고 공익을 위한 것으로 타인 통신을 매개할 수 있는 범위에 속한다(제30조단서)고 주장하였다.
서울시와 과학기술정보통신부의 갈등은 2020년 10월 서울시가 공공와이파이 사업을 서울시 산하 서울디지털재단에 위탁하고 서울디지털재단이 기간통신사업자 지위를 확보하여 운영하는 것으로 일단락되었다. 현재 서울시는 5개 자치구와 실내 공공시설 1,400여 곳에서 공공와이파이를 제공하고 있으며 5월부터는 관광명소･공원 17곳을 추가할 계획이다.