(2) 교섭창구단일화 시행 관련 쟁점
복수노조 교섭창구단일화제도의 시행과 관련해서는 단체교섭요구노조의 확정절차, 교섭대표노조의 결정절차 등이 복잡하고, 노조의 조직형태 및 규모 등이 다양하기 때문에 해석상, 실제 운용상 많은 문제점이 제기된다.
특히, 교섭대표노조 결정과정, 교섭단위 분리, 사용자의 개별교섭 동의, 공정대표의무와 관련하여 다양한 문제들이 제기되고 있다.
먼저 교섭대표노조를 결정하는 절차와 관련해서 다양한 쟁점이 나타난다. 자율적 단일화 기간 중에 사용자가 개별교섭에 동의할 수 있는데, 이때 동의의 방법, 개별교섭 동의 시에 교섭요구 노조 이외의 노조의 지위 등이 문제가 된다. 다음으로 과반수노조가 존재하는 경우 과반수노조가 교섭대표노조가 되는데, 이때 과반수노조 확인과정에서의 조합원의 지위 확정과 조합원 수의 산정과 관련하여 논란이 예상된다.