한편, 유치원 교사와 어린이집 교사의 양성체계가 다르고 취득하는 자격증이 다른 이원화 제도에서 즉, 교사 수준이 표준화되어 있지 않는 상황에서, 누리과정 교사연수만으로는 동일한 교육·보육 서비스 제공하겠다는 목표는 달성하기 어렵다. 더 근본 적은 문제는 누리과정 지원금으로 유아가 수혜 받는 내용과 범위가 기관종류와 설립 유형별로 다르다는 것이다. 다수의 유아가 다니고 있는 사립유치원과 민간어린이집의 누리과정 지원금 대부분은 교사 인건비로 지출되고 있어서, 이들 기관을 다니는 유아들은 수업료, 급식비 등의 직접적인 혜택이 상대적으로 적은 것으로 나타났다.