그렇지만 지방재정분석제도는 예산집행결과에 대한 단편적인 분석에 머물고 있다는 점, 분석 주체의 객관성과 전문성이 부족하다는 점, 강력한 보상시스템의 부재로 자율통제 기능이 작동하지 않고 있다는 점 등의 한계를 드러냈다. 이에 따라 지방재정분석제도를 개선함으로써 지방자치단체의 재정책임성을 고양할 수 있는 장치로 자리매김할 수 있도록 개선하는 방안이 추진되었다. 구체적으로 2004년 7월에 지방재정분석제도 개선방안(초안)이 정부혁신·지방분권위에 보고되었으며, 8월 중 시범실시를 위한 분석실시단이 구성되었다. 이어 같은 해 9월부터 10월까지 시범분석이 실시되었고, 12월에는 시범분석 결과가 발표되었다. 그리고 2005년 8월 지방재정법 개정을 통하여 지방재정분석제도 개선방안이 법령으로 규정되었다.
2007년 현재 지방재정분석제도는 지방재정분석·진단의 객관성 및 신뢰성을 확보하기 위하여 한국지방행정연구원이 위탁·수행하고 있다.