일본 ｢특정국립연구개발법인의 연구개발 촉진에 관한 특별조치법(特定国立研究開発法人による研究開発等の促進に関する特別措置法)｣은 내각 총리대신이 종합과학기술혁신회의의 의견을 들어 기본방침안을 작성하도록 하고, 주무대신은 중장기 목표를 정할 때 이 기본방침을 따르도록 한다. 또한 일본 ｢독립행정법인 통칙법(独立行政法人通則法)｣은 주무대신이 중장기 목표(5~7년)를 정하고, 국립연구개발법인은 이 중장기 목표에 따라 중장기 계획을 수립하여 추진하도록 한다. 우리나라에 적용한다면, 대통령이 국가과학기술자문회의의 의견을 들어 기본방침을 작성하고, 과학기술정보통신부장관이 중장기 목표를 설정하며, 국가과학기술연구회와 과학기술분야 출연연들이 중장기 계획을 수립하는 체계가 될 것이다. 우리나라의 실정을 고려하여 연구개발의 자율성을 훼손하지 않으면서 중장기적인 연구개발을 촉진하는 방안에 관한 논의가 확대될 필요가 있다.