김대중 정부의 정부조직개편은 ‘경제위기 극복’이라는 급박한 사회변화 속에서 1차 개편이 진행되어 기획예산위원회, 예산청, 행정자치부 등을 신설하였고, 2차 개편을 통해 국가안전기획부를 국가정보원으로 변경, 3차 개편에서는 중앙인사위원회와 기획예산처 신설, 4차 개편에서는 여성의 사회적 권익보호의 시대정신을 반영한 여성부를 신설하여 18부4처16청으로 개편하였다.
노무현 정부는 부처의 자율성과 책임성을 제고하기 위해 대규모 조직개편은 최소화하고, 주로 기능조정을 활용하여 총 5회에 걸쳐 중앙인사위원회와 소방방재청 신설, 철도청 폐지 등 18부4처18청으로 개편하였다.