다음으로, 회계법원은 국가의 공적 기관에 의해 관리되는 예산, 기금 등이 유용하게 적절히 사용되었는지 확인하는 재정관리 및 경영의 효율성에 대한 통제를 수행하는데, 이러한 통제는 비재판적인 절차로서 이루어지며 행정적 통제로서의 성격을 가진다. 즉 통제의 결과를 유권적으로 결정하는 것이 아니라, 통제결과와 그 검사의견을 통지하거나 보고서를 작성하는 데 그친다. 그 대상은 회계관의 회계가 아니라, 재정명령관의 재정행위이다.
이러한 회계법원의 통제가 실효적으로 이루어질 수 있도록 회계법원에게 회계관련 자료의 제출요구권을 주고 있을 뿐만 아니라, 국가의 회계관으로 하여금 회계법원에 자신의 회계를 제출할 의무를 부과하고 있다(재정법원법 제L131-1조). 즉, 재판적 통제절차의 경우 회계법원은 종국결정을 내리기 전에 재판대상인 회계관에게 자신의 회계행위의 정당성을 입증할 수 있는 보강자료 등을 제출할 것을 요구할 수 있다. 나아가 관련 당사자인 회계관에게 출석하여 답변할 것을 요구할 수도 있다.