기획재정부는 동 조항에 의해 국가가 보유하고 있는 자금의 범위를 명확하게 확정 하지 못하고 있는 상황이다. 그러므로 ｢국가재정법｣ 제95조의 자금은 특별회계나 기금처럼 ｢국가재정법｣상의 일반적인 관리를 받지 않고 개별 자금의 근거법에 따른 관리･운용이 이루어지고 있어, 자칫 국가 재정운용의 사각지대로 작용할 수 있는 여지가 있다.
그리고 ｢국가재정법｣ 제95조의 자금 역시 민간 출연금을 재원으로 운영되는 경우가 적지 않다. 동 자금의 운영주체가 정부 또는 정부 등의 출연으로 설립된 기관이라는 점에서 앞서 살펴 본 바와 같이 ｢기부금품의 모집 및 사용에 관한 법률｣ 제5조에 규정된 기부금품 모집에 제한이 있다는 점을 고려하면 향후 민간 출연금에 대한 정비가 필요하다.