그렇지만 김영삼 정부가 출범하고 1995년 6월에 이 기구의 명칭이 '대통령 자문 정책기획위원회'로 바꾸고 장기정책 외에도 중단기 정책 및 현안과제에 대한 연구자문평가 기능을 강화하였다. 1999년 김대중 정권 들어 정책기획위원회는 ‘새 천년을 향한 한국의 구상’이라는 이른바 밀레니엄 프로젝트를 제출하는 등 미래연구의 발판을 마련하는 듯 보였다. 그러나 자세히 살펴보면 이 기구의 미래 연구는 대통령 한 사람의 철학을 담겨져 있을 뿐, 일반 국민의 생각을 모으고, 국민이 바라는 미래를 도출하는 과정이 생략되어 있어 근본적인 한계로 지적된다. 게다가 ‘새 천년 구상’이 발표된 지 2개월도 안 돼 정책기획위원회의 기능을 ‘경제개혁과 실업대책 등 경제현안에 대한 자문위주로 재조정’하기에 이른다. 정책기획위원장도 경제전문가로 교체되면서, 미래연구기관으로서의 입지는 사실상 사라진 셈이다(서용석, 2010: 85).