(3) 과학기술기본법 규정의 공백
｢과학기술기본법｣에서는 용어 정의에 대한 규정을 두고 있지 않다. 예를 들어, 국가연구개발사업의 범위가 과학기술분야에 한정되는지 또는 인문‧사회분야와 국방분야도 포함하는지가 모호하고, 연구기관의 범위에 관한 규정도 명확하지 않아, 규정의 해석에서 이견이 있을 수 있다. 연구관리전문기관의 경우에도 그 범위가 특정되어 있지 않아, 부처별로 국가연구개발사업의 관리 등을 여러 기관이 대행하도록 하는 문제가 있어 왔다. 그 외에도 ｢과학기술기본법｣에 규정상의 공백이 존재하는 등 개선이 필요한 부분이 다수 있다.
또한 ｢과학기술기본법｣은 기초연구 진흥, 연구개발성과 보호‧보안과 확산, 기술이전‧실용화 촉진, 산학연 협력 촉진, 협동연구 촉진, 과학기술인력 양성‧활용, 지식재산 창출‧보호‧활용촉진, 과학기술문화 창달, 출연연 육성, 연구 안전 환경 조성 등 과학기술 법제에서 규정되어야 할 핵심적인 사항별로 별도의 조항을 두고 있으나, 각 사항별로 주요 법률과의 관계는 명시하고 있지 않다.
현재 (가칭)｢국가연구개발 혁신을 위한 특별법｣을 제정하기 위한 논의가 진행되고 있는데, 이 특별법이 제정될 경우 ｢과학기술기본법｣의 규정상 공백 등의 문제가 상당 부분 개선될 수 있을 것으로 기대된다. 이 법률의 필요성에 대한 연구는 계속해서 이루어져 왔으므로, 이견의 여지는 크지 않을 것으로 본다.