넷째, 두 공사의 통합에 따른 본사이전에 관한 갈등을 조속히 해소하는 것이 필요하다. 주공과 토공 본사는 2005년 8월 결정된 ‘공공기관 지방이전’ 계획에 따라 각각 경남 진주와 전북 전주로 이전이 확정되었으며, 2012년에는 각 지역에 조성 중인 혁신도시로 입주를 완료할 계획이었다. 그러나 진주시와 전주시는 통합공사의 본사를 모두 자신의 지역에 이전해야한다고 주장하고 있다. 해당 지역별로 유치경쟁이 치열할 경우 자칫 영호남간의 지역갈등으로 발전할 가능성도 배제할 수 없다. 국회와 정부는 통합공사의 본사이전이 지역갈등이나 정쟁의 이슈로 부각되지 않도록 하기 위해 통합공사 본사이전 문제를 1차적으로 다루게 될 공사설립위원회가 본사이전에 관한 합리적 기준을 마련하고 공정한 심사를 통해 이를 조속히 결정할 수 있도록 감독기능을 강화해야할 것이다.