향후 잔류농약관리체계 개선을 위한 방안을 제시하면 다음과 같다.
첫째, 잔류농약 안전관리를 강화하기 위해 포지티브 리스트 시스템(PLS: positive list system)을 도입해야 한다. 국내 사용ㆍ등록된 농약에만 기준을 설정하고 기준이 없는 성분에 대해서는 일률기준(0.01mg/kg)을 적용하는 것이다. 일본이 2006년 잔류농약관리시스템을 PLS로 전환한 후 잔류농약관리체계가 강화되었다는 점은 시사하는 바가 크다.
농수산물 수입국의 다변화가 예상되므로 수입농산물의 안전 확보를 위해서는 제도 개선이 시급하다.
둘째, 잔류농약에 대한 안전성 평가가 이루어지지 않은 식품의 유통금지조치가 필요하다. 소비단계에서 이미 판매된 농수산물은 전체 유통량의 수거가 실질적으로 불가능하므로 부적합 농산물의 합리적인 회수방안을 마련해야 할 것이다.
셋째, 과학적 위해성 평가를 위한 인프라를 확대하고 엄격한 농약 잔류허용기준 관리를 위하여 기존의 잔류허용기준에 대한 재평가가 필요하다. 잔류허용기준의 합리화와 국제기준과의 조화 여부에 대한 검증, 농산물의 품목별 잔류허용기준 설정, 수입식품 잔류허용기준(import tolerance)의 설정과 같은 제도보완이 시급하다.
넷째, 식품을 통한 잔류농약 섭취빈도가 증가할 것을 대비하여 소비단계의 잔류농약관리 규모를 확대해야 한다. 또한 잔류허용기준 단속의 목적뿐만 아니라 소비자의 건강과 안전을 위한 실제 섭취량 관리를 위한 모니터링 체계가 구축되어야 한다.
규제 감시프로그램의 운영과는 다른 형태인 미국의 농약데이터프로그램(Pesticide Data Program: PDP)과 같은 모니터링제도에 주목할 필요가 있다.
여섯째, 리스크커뮤니케이션 채널을 확대ㆍ다양화 하고, 사고 대응을 일관성 있게 할 수 있도록 조직 및 매뉴얼 등을 강화해야 한다. 또한 위해정보에 대한 은폐 사례 등에 대한 책임을 물을 수 있도록 보완해야 할 것이다. 한편, 생산ㆍ유통ㆍ소비단계가 연관된 관련부처ㆍ소비자ㆍ생산자ㆍ수입업자들의 협력체계를 구축하고, 잔류농약의 위해에 대한 다양한 소통체계를 마련하는 전략이 필요하다.