둘째, 방위사업청 기능의 신중한 조정을 통한 안정적인 획득사업의 추진이 요구된다. 방위사업청의 기능 조정은 효율성 제고보다는 방위사업청을 두고 군이 밥그릇 싸움을 하는 데만 치중하고 있다는 비판이 제기되고 있기도 하다. 따라서 방위사업청의 기능을 성급하게 조정하기보다는 신중하고 점진적인 개선을 통해 획득사업이 안정적으로 추진될 수 있는 방안이 동시에 모색되어야 할 것이다. 한편 국방획득체계의 변화에 따라 방위사업 업무 수행에 있어 책임과 권한을 명확히 할 수 있는 제도적 차원의 개선이 시급하다. 「방위사업법」 개정으로 인해 기관 간 기능이 조정되면서 그에 따른 방위사업 관련 하위법령의 개정도 이루어져 왔다. 특히 시험평가 계획의 수립과 결과 판정의 경우 「방위사업법」 제21조의 개정에 따라 방위사업청에서 국방부로 이관되었다. 그러나 동법의 개정 사항과는 달리 새롭게 개정된 국방부의 「국방전력발전업무훈령」 제81조는 합참이 실제 시험평가 계획의 수립 및 결과의 판정을 수행하고, 국방부(전력정책관실)는 시험평가 계획(안)과 결과 판정(안)에 대한 승인만을 담당하는 것으로 규정하고 있어 업무담당 주체의 책임과 권한의 범위가 명확하지 않다. 이로 인한 업무 혼선을 방지하기 위한 사업 주체의 책임과 권한을 명확히 하는 제도적 보완이 요구된다.