일본의 경우에도 미국과 마찬가지로 거의 모든 과학 분야에 고성능컴퓨터를 활용하고 있으며, 특히, 지진 예측, 기상 및 기후 예보, 생명과학 연구, 신무기 개발, 신물질 개발 등에 활용도가 매우 높다. 일본의 경우 세계 최고 고성능컴퓨터 개발사업을 통해 과학 기술 및 산업 분야의 혁신적인 성과를 창출하기 위한 차세대 슈퍼컴퓨터 K-Computer를 개발하였는데, 이러한 초고성능컴퓨터를 국가 기간 기술로 인식하여 2006년부터 2011년까지 총예산 1천억 엔을 투입하였다. 이로서 일본 슈퍼 컴퓨팅 기술을 유지·발전시키는 동시에 일본의 기간 시설로서 다양한 계산 과학 분야의 이용에 제공하는 세계 최고의 컴퓨팅 기반을 정비할 수 있었다.