그러나 지자체별 자활기금의 적립규모가 모호하게 규정되어 있어 5억 원 이상의 기금조성 목표액에 이르지 못한 지자체의 경우 적극적인 자활지원사업을 추진하기 어려울 것으로 보인다.
또한 자활기금 지원사업 중 전세점포 임대, 사업자금 대여 등 자활기금 대여사업의 대출금리는 고정금리 연 3% 이내, 연체이율은 시중은행 연체금리의 50% 이내에서 지자체 조례로 정하도록 규정하고 있다.
그러나 다수의 지자체가 연체이자를 시중은행 최고 연체이자율인 15% 또는 15% 이내로 적용하고 있거나 연체이자율을 조례로 규정하고 있지 않은 경우도 있는 것으로 나타났다.
한편, 일부 지자체는 조례의 개정도 없이 자활기금을 지역자활센터의 건립비용 등으로 방만하게 운용하고 있는 것으로 나타났다.