반면, 기관을 막론하고 경쟁적으로 공공앱 서비스 개발이 이루어진 것에 비해 구축 이후, 품질 관리 및 성과점검이 제대로 이루어지지 않는다는 지적이 이어졌다. 또한, 이용률이 저조하다는 비판과 함께 예산낭비 문제도 불거졌다. 이에 행정안전부는 2011년 모바일 전자정부 서비스 관리지침을 제정하여 행정기관 등에서 모바일 서비스 구축 시, 예산낭비 및 중복투자를 방지하고자 하였으며, 2014년에는 동 관리지침 개정을 통해 서비스 이용률이 저조하거나, 취약점 식별, 유지보수 곤란 등을 사유로 관련 서비스를 중단·폐기·통합할 수 있는 근거를 마련하였다.