(2) 문제점
위에서 설명한 장점들에도 불구하고 지방선거에서 이루어지는 정당의 후보자 공천 과정에서 여러 문제점들이 나타나고 있다. 첫째, 중앙당의 영향력이 강한 한국의 정당 현실에서 정당공천은 지방정치의 중앙 예속을 심화시키는 결과를 초래한다. 지역의 일꾼을 선출하는 선거과정에서도 지역의 현안이나 지역민들의 이해관계가 반영되기보다 중앙정치의 이슈가 더 중요하게 다루어지는 사례를 볼 수 있다.
둘째, 공천 과정에서 끊임없이 불거지는 정치자금 비리 문제를 들 수 있다. 당내 민주화가 제도화되지 못한 상황에서 공천과정의 공정성과 투명성이 확보되지 않으면서 공천을 둘러싼 금품수수 문제가 지속적으로 발생하고 있다.
셋째, 지역연고적 정당성향이 강한 지역에서 정당 공천제의 실시는 지역 분할구도를 심화시키는 계기가 될 수 있다. 영남이나 호남 등 특정정당의 영향력이 강한 지역의 경우 지방자치단체와 지방의회를 동일 정당에서 장악함으로써 상호간의 견제와 균형이 이루어지지 않는 상황이 발생할 수 있다.
넷째, 정당정치의 필요성은 인정하지만 지역주의 선거의 경향으로 인해 정당이 정책적 차별성을 갖기 어렵다는 점에서 정당 공천의 의미가 약하다.