농가에 대한 이러한 의무 부과는 직접지불금이 단순히 소득이전의 성격만 갖는 것이 아니라 농가가 사회적으로 필요한 다원적 기능을 수용하고 있는 것에 대한 보상이라는 점을 분명히 하는 의미가 있다. EU 규정은 ‘종합적 농정자문시스템(Comprehensive farm advisory system)’을 회원국별로 두고 특정 자격을 가진 자문관이 교차준수의무와 관련된 농작업을 포함, 물관리 시책, 식물보호 활동, 제초제 사용 활동 등 환경·기후변화 관련 사항에 대한 농가 자문을 수행하게 하고 있다. 회원국의 ‘직접지불제 운영기구’도 과거에는 중복 및 허위 신청의 방지와 적발만을 운영 목적으로 삼았으나, 점차 ‘교차준수의무’가 강화됨에 따라 이러한 의무의 이행을 모니터링하는 것이 주요 업무가 되고 있는 추세다.
EU는 나아가 ‘교차준수의무’ 이상의 환경보전·기후변화 대응 활동을 수행하는 농가에 2014년부터 추가적인 직불금도 지급하고 있다. 현재의 CAP 하에서 이는 단작화 극복을 위한 영농 다각화, 영구 초지의 유지, 생태초점구역(Ecological Focus Areas, EFA) 관리 같은 별도의 생태보전 의무를 준수할 경우 지급하는 ‘녹색직불(Green Payment)’로 통칭되며, 2023년부터는 ‘생태제도’로 바뀌어 시행될 예정이다.