금융기관의 부실 재발을 방지하기 위하여 금융기관 경영건전성에 대한 규제를 강화하였다.
1998년 4월 적기시정조치제도를 은행, 종합금융회사 및 증권회사를 대상으로 도입한 후 그 대상을 보험사(1998년 6월), 상호저축은행(1999년 12월), 신용협동조합(2003년 12월) 등으로 점차 확대하였다.
1998년 7월에는 금융기관의 자산건전성 분류기준을 강화하여 종전에는 6개월 이상 연체시 요주의 자산으로 분류하던 것을 3개월 이상 연체시 요주의 자산으로 분류하도록 하였다.
또한 2000년 1월에는 차주의 미래채무상환능력까지 감안하는 자산건전성 분류기준인 FLC(Forward Looking Criteria)제도를 은행에 도입하고 추후 종합금융회사(2000년 6월), 보험회사(2000년 9월) 등에도 적용하였다.
다음으로 경영의 투명성을 제고하고 책임경영체제를 확립하기 위해 금융기관의 회계 및 공시제도를 강화하였다.
1998년 11월 회계제도의 신뢰성 제고를 위해 금융기관 보유 유가증권에 대한 가치평가방식을 시가평가방식으로 전환하고 은행 · 증권 · 보험(2000년 1월), 자산운용사(2004년 1월) 등의 회계정보 및 경영관련 보고서 공시주기를 반기에서 분기로 단축하였다.
아울러 2005년 1월에는 공시서류의 허위기재, 미공개 정보의 이용, 시세조작 등으로 인한 피해 구제를 위해 증권관련 집단소송제도를 도입하였다.