(2) 공공기관의 유형에 따른 구분기준 미흡
「공운법」에서는 공기업과 준정부기관은 정원 50인 이상의 공공기관 중에서 지정할 수 있고, 이에 속하지 않는 공공기관은 기타공공기관으로 지정한다고 규정하고 있을 뿐이어서, 공기업이나 준정부기관의 지정요건을 충족하는 주요 공공기관도 기타공공기관으로 지정될 수 있다.
구체적으로 2016년 기준 202개의 기타공공기관 중 39개의 기관만이 공기업 및 준정부 기관으로 지정할 수 없는 정원 50인 미만의 기관이며, 그 외 163개의 기관은 공기업 혹은 준정부기관으로 지정될 수 있는 요건을 충족하고 있음에도, 기타공공기관으로 지정되고 있다.
기타공공기관의 경우에는 상기 전술한 바와 같이 공기업 및 준정부기관에 비해 비교적 낮은 수준의 관리체계를 적용받는 점을 고려할 때, 법률상 기타공공기관의 지정 기준을 보다 명확히 규정할 필요성이 제기되고 있다.