양적완화 등 비전통적 통화정책의 시행에 따라 주요국 중앙은행은 통화정책 운영체계도 큰 폭으로 개편하였다. 이는 중앙은행의 채권 매입이 금융시장 안정을 위한 것이든, 혹은 장기금리 하락 유도를 통한 경기회복을 위한 것이든 상관없이 기존의 통화정책 운영체계로는 비전통적 통화정책을 시행하기 곤란하였기 때문이다. 양적완화를 시행할 경우 초단기 금융시장에 지준자금이 필요지준 수준에 비해 훨씬 많이 공급되는데 이때 기존의 통화정책 운영체계하에서는 초단기 시장금리가 정책금리를 하회하는 현상이 발생하게 된다. 정책금리가 정확하게 제로 수준이 아닌 한 초단기 시장금리와 괴리될 수밖에 없는 환경이 조성되는 것이다. 따라서 통화정책 운영체계를 개편하여 통화정책의 기조를 나타내는 정책금리의 역할을 지속시키되 정책금리 수준과는 독립적으로 양적완화 규모를 결정할 필요가 있었다(Bordes and Clerc, 2011).
아울러 최근에는 금융의 증권화(securitization)가 진전되면서 금융시장 불안정을 해소하기 위해서는 중앙은행이 최종대부자(lender of last resort)를 넘어 최종시장조성자(market maker of last resort)로서 역할을 수행하게 되었다. 이에 따라 주요국 중앙은행은 안전자산인 국채뿐만 아니라 유동성이 떨어진 민간채권을 직매입하는 등 양적완화조치를 취하는 한편 적격담보의 범위를 확대하고 공개시장조작시 대상기관을 확대하는 등의 조치도 병행할 필요가 있었다.
이러한 점을 감안하여 주요국 중앙은행은 시장금리에 대한 통제력을 유지하는 동시에 금융안정을 위한 양적완화를 실행할 수 있도록 통화정책 운영체계를 개편하였다. 양적완화에도 불구하고 초단기 시장금리가 정책금리 수준에서 유지될 수 있도록 지급준비금에 정책금리 수준의 이자를 부리하는 금리 하한 체계(floor system)를 채택하였다. 강제적인 필요지준에 대해서는 부리하지 않을 수 있으나 초과지준에 대해서는 정책금리 수준의 이자를 지급해야 동 금리가 초단기 시장금리의 하한으로 작용할 수 있다. 아울러 금융기관간 거래가 크게 위축됨에 따라 중앙은행 대출의 만기를 익일에서 3, 6, 12개월 등으로 연장하고 MBS 등 채권시장에도 직접 개입하였다. 이 밖에 공개시장조작 대상기관 및 적격담보 범위 확대 등의 조치도 실시하였다.