끝으로 「대안교육기관법」 제5조 제2항에 따른 등록 제외 대상 시설 외에 다른 법률에 따라 등록하지 않은 채 미등록 상태로 운영 중인 대안교육시설에 대한 조치에 대해서는 「대안교육기관법」에 규정되어 있지 않다. 이 미등록 시설에 대해서는 신고하도록 의무화할 필요가 있다.
이상에서 살펴본 신고 의무화 대상 시설에 대해서는 이용 학생의 안전을 보장하기 위해 필요한 소재지와 운영자, 연락처, 종사자, 이용 아동, 운영중단 또는 이전 등 기본적인 정보를 시·도교육감에게 “신고”하도록 하고, 교육감에게 신고된 내용을 확인하고 미신고 시설에 대한 조사를 실시할 수 있는 권한을 부여하도록 하는 「대안교육기관법」 조항 신설 방안을 검토할 필요가 있다. 국회의 법률안 의결 이후인 지난 2021년 1월 23일에 한 종교단체가 운영하는 미등록 시설에서 이용 아동 등이 코로나19에 집단감염되는 사건이 발생하였고, 이를 계기로 미등록 교육시설의 아동 안전에 대한 우려가 크게 제기되었다는 점에서 검토할 필요가 있다. 신고 의무화의 실효성을 높이기 위해서는 신고 사실을 공개하도록 하고 신고 의무 홍보와 미신고 시설에 대해 이용자 및 주민 신고를 유도하며, 해당 시설에 대해 벌칙 규정을 마련하는 방안도 검토할 수 있다.