둘째, 불법어업에 대한 제재와 관련된 연구들이다. Denzil, Natasha & Eugene(2014: 70-88)은 불법어업에 대한 제재는 위반행위에 따라 행정제재와 형벌이 부과되며, 어획물이나 선박 몰수 그리고 어업허가제한 등의 처벌이 부여되는데, 국제법적 근거에 따라 국가별로 차이가 있는 이러한 처벌은 불법어업을 억제하기 위한 중요한 요소로 불법수익 수준과 균형을 맞추어야 한다고 하였다. 한덕훈·조정희·정명화(2015)는 수산분야의 국제규제 변화에 대응하기 위해서는 어업과 관련된 범죄에 대해 행정벌 및 형사벌로 처벌하는 등 형사범죄화와 처벌강화를 확산할 필요가 있다고 하였다. 박명섭·김은채·한낙현(2016: 28-50)은 경제적 관점에서 공해상 IUU 어업방지를 위한 무역조치에 접근하여, 불법어업은 기대수익에 대한 편익이 크고 감시 및 처벌비용이 낮으면 증가할 수 있기에 감시 및 처벌이 강화될 필요가 있는데, 국제수산기구가 관리하는 공해수역은 단속체계가 미흡한 데, 특히 세금부담 경감과 인건비 절약 등을 위해 선박을 자국에 등록하지 않으면서 제3국에 치적하는 행태에 대한 처벌에 한계가 있기 때문에 무역규제, 항만국 통제, 블랙리스트 제도운영 등 제재의 적정성을 강화하면 불법어업의 동기가 감소될 수 있다고 주장했다.