또한 특정연구기관들의 감독관청은 과학기술정보통신부장관, 산업통상자원부장관, 원자력안전위원회 등 3개 부처다. 대다수의 부처가 국가연구개발사업을 추진하는 현 상황에서 일부 부처들의 과학기술 유관기관 중에서도 일부만을 모아서 특정연구기관으로 지정할 타당성에 의문이 제기된다. 예컨대, 한국나노기술원, 국토교통과학기술진흥원, 농림식품기술기획평가원, 한국원자력안전재단 등은 특정연구기관으로 지정되어 있지 않다.
한편, 특정연구기관법 시행령 제2조에서는 특정연구기관의 설치지역을 연구개발특구, 국가산업단지, 과학기술정보통신부장관이 인정하는 구역으로 한정하고 있는데, 과거 대덕에 연구학원도시를 건설하던 시기와 달리 현 시점에서는 설치지역을 제한하는 규정의 실효성에 의문이 제기된다.