하지만, 한강수계관리위원회는 운영상 한계를 지니고 있는데, 특히, 그 한계점은 우리나라가 미국처럼 연방국가가 아니기 때문에 미국과 같은 지방의 자치권을 확보할 수 없다는 점과 중앙정부에 의해 운영된다는 점에서 출발한다. 유역관리를 미국과 한국을 비교한 연구(이미홍, 고재경, 김고운, 2005)도 결론에서는 한강수계관리위원회는 수질분야에 국한되어 프로그램이 운영되고 있고, 주민이나 지방정부의 참여가 저조하고 환경부 주도에 의해 운영된다는 점을 강조하고 있다. 또한 수자원을 통합적 유역으로 관리함에 있어서 최지용(2004)은 효율적인 유역관리 단위는 지역 주민의 이해증진과 참여를 통한 유역관리의 실효성을 제고하기 위해서는 소유역 및 단위유역 단위가 가장 현실적이라고 제시하고 있다. 본 연구의 강조점도 물관련 사업은 중앙정부만의 사업이 아닌 지방자치단체를 포함하는 수계 또는 유역위원회별로 중앙과 지방이 균형적으로 발전하는 방향으로 물레짐이 완성되어야 할 것을 강조하고 있다.