반면, 간접투자자산운용업법상의 사모전문투자회사(PEF)의 경우에는 법인세법시행령 제111조 제2항의 금융보험업을 영위하는 법인에 해당하지 않는다. 따라서 사모전문투자회사는 수취하는 이자소득금액과 수입분배금에 대해 모두 원천징수납부의무를 부담한다. 또한 법인세법 시행령 제112조 제5항의 규정은 간접투자자산운용업법상 투자회사에만 적용되므로 기납부 원천징수세액을 월 단위가 아닌 각 사업연도 단위로 환급받는다.
(4) 회사형 투자신탁으로부터 받는 수입배당금의 익금불산입 배제
회사형 투자신탁으로부터 수령하는 수입배당금에 대해서는 법인세법 제18조의3에 따른 수입배당금액의 익금불산입규정이 적용되지 않는다(법인세법 제18조의3제2항).