(2) 하지만 국정감사는 개인의 사생활을 침해하거나 계속 중인 재판 또는 수사 중인 사건의 소추에 관여할 목적으로 행사되어서는 아니 된다(국감법 제8조). 이는 기본권보장이나 권력분립의 요청에 따른 국정감사권의 한계로 설명될 수 있다. 그 밖에도 국가기밀 등과 같이 국익에 관련된 중요한 사항에 대해서는 국정감사권의 발동이 자제될 필요가 있다. 이러한 요청에 따라 「국회에서의 증언·감정 등에 관한 법률」은 제4조에서 국회가 국정감사에 필요한 증언이나 서류제출을 요구하는 경우에도 관계자나 관계당국이 이를 거부할 수 있도록 하고 있다.
한편, 국정감사는 공개로 실시함이 원칙이지만, 위원회의 의결이 있는 경우 비공개로 진행할 수 있다(국감법 제12조). 그리고 국정감사를 실시할 때에는 그 대상기관의 기능과 활동이 현저히 저해되거나 기밀이 누설되지 아니하도록 주의하여야 하며, 의원 및 사무보조자는 국정감사를 통하여 알게 된 비밀을 정당한 사유없이 누설하여서는 아니 된다(국감법 제14조).
국정감사를 마친 때에는 위원회는 지체없이 감사의 경과와 결과 및 처리 의견을 기재한 감사보고서를 작성하여 의장에게 제출하여야 하며, 의장은 그 내용을 지체없이 본회의에 보고하여야 한다(국감법 제15조).