(3) 선진국과 개도국 사이의 문제
GATT 초기에는 회원국들이 주로 선진국이었지만 점차 개도국들이 GATT 회원국으로 가입을 함에 따라 선진국과 개도국 사이의 분쟁이 발생하였다. GATT 분쟁해결절차는 협의와 조정을 통해 분쟁해결을 도모하였기 때문에 선진국과 개도국 사이의 분쟁을 중재하기에는 견해차가 컸다. 또한 선진국과 후진국 간 협상력에 있어 불균형이 나타났다.
(4) 권고사항에 대한 이행확보수단의 결여
분쟁당사국이 패널보고서를 완전히 이행하지 않는 경우가 있다. 하지만 패널보고서 이행에 있어 권고사항 이행에 대한 강제조치가 존재하지 않았다. 즉, 이사회의 권고사항에 대한 실질적인 이행확보수단이 결여된 것이다. 또한 보고서 권고사항 불이행시, 보복조치를 허용하고 있으나 현실적으로 보복조치를 시행하기는 어렵다.