‘부실채무기업 특별조사단’은 부실채무기업에 대한 조사를 전담하기 위하여 예금보험공사에 설치된 조직이었다. 재정경제부·법무부 등 유관기관이 참여한 ‘공적자금 조사협의회’에서 결정하여 2001년 12월 24일 설립·운영되어 왔으나, 2006년말까지 717개 부실채무기업에 대한 현장조사를 완료하였다.
‘부실채무기업 특별조사단’은 2008년 3월말 조직개편을 통해 부실금융회사에 대한 조사 전담 부서인 ‘조사부’와 통합하여 ‘금융부실책임조사본부’로 개편되었다. 현재 ‘금융부실책임조사본부’는 금융조사국, 기업조사국, 조사총괄부 및 재산조사부의 조직을 두고 검사 3인(본부장 1, 국장 2)을 포함한 유관기관 인력 7인 및 예금보험공사의 조사 전문인력 등으로 구성되어 있다.