그러나 분할신설법인(또는 피출자법인)의 세무조정 과정에서 유보와 △유보의 상계를 통해서 <표 11>와 같이 결과적으로 법인세 부담이 일치하게 되는 세무조정사항과는 다르게 감면이나 세액공제의 경우에는 승계가능 여부에 따라 분할이나 현물출자 이후의 분할신설법인(또는 피출자법인)의 법인세 부담에 큰 차이가 발생하게 된다.
특히 특정자산의 취득과 관련한 연구·인력개발비에 대한 세액공제나(조세특례제한법 제10조) 각종 투자세액공제는 5년간의 이월공제를 허용하기 때문에 분할법인이 해당 자산을 취득한 후 결손이나 최저한세 등으로 인해 세액공제를 전액 적용받지 못한 상태에서 적격물적분할을 통해 승계하더라도 분할신설법인은 이월공제를 통해 법인세 부담을 감소시킬 수 있는 반면 동일한 상황에서 피출자법인은 이월공제를 적용받지 못하는 과세상 불이익을 부담하게 되는 것이다.