의료광고 사전심의의 경우 특히 쟁점이 된 것은 행정권이 주체가 된 사전심사절차가 존재하는지 여부였다. 다수의견(8인)은 의료광고의 사전심의를 보건복지부장관으로 부터 위탁을 받은 각 의사협회가 하고 있지만 보건복지부장관이 언제든지 위탁을 철회하고 직접 의료광고 심의업무를 담당할 수 있는 점, 심의기관의 장은 심의 및 재심의 결과를 보건복지부장관에게 보고하여야 하는 점, 「의료법」 시행령이 심의위원회 구성을 직접 규율하고 있어서 심의위원회 구성에 행정권이 개입할 수 있다는 점 등을 근거로 각 의사협회가 행정권으로부터 독립적이고 자율적인 사전심의업무를 수행하고 있다고 보기 어렵다고 판단하였다.
이러한 판단에 근거하여 헌재는 대한의사협회 등이 행하는 의료광고 사전심의는 헌법이 금지하는 사전검열에 해당하여 청구인들의 표현의 자유를 침해하므로 헌법에 위반된다고 결정하였다.