셋째로, 정부부처에 의해 설립되는 위원회는 흔히 그 부처의 이익을 보호하는 입장을 취하기 때문에 부처간 갈등의 원인을 제공하기도 한다. 그리고 정책과정에서의 위원회의 이용과 관련하여 또 다른 이슈는 정부 부처간의 헙조적인 사안에 대해서 급증하고 있는 조정의 필요성과 관련한 것이다. 위원회에 의한 결정은 부처간의 입장 차이나 내부적인 운영절차에서 장애요인들을 자동적으로 완화시켜주는 내부적 네트워크가 부족하기 때문에 정부부처간의 정책조정 비용을 증가시키고 있다.
마지막으로 위원회는 때로는 문제를 해결하기보다 문제해결을 지연하기 위한 수단으로도 활용된다. 보다 적극적으로 위원회는 부처가 해당 기구의 확장 수단으로 활용하기도 한다(권영습, 1997). 개별 행정부처는 위원회의 설립을 통해 영향력을 증대시킬 수 있으며, 조직 및 인력을 확대시킬 수 있다. 김대중 정부 시기에 신설되었던 전자정부위원회와 정부개혁위원회가 그 전형적인 예이다. 이런 위원회에 부여된 권한들은 개별 부처의 기능과 중복되는 것이고, 따라서 개별부처의 자기이익추구의 목적을 제외하고는 위원회의 신설과 관련해 별다른 명확한 목적을 제시할 수 없다. 비록 외부 인사의 참여를 통한 정책결정과정에서의 전문성의 증진이라는 긍정적인 면이 존재하지만, 앞서 언급한 공무원의 정책결정과정에서의 책임회피의 문제뿐만 아니라 실제 집행의 측면에서도 문제점이 유발시키고 있다.
그리고 위원회가 참여의식을 유발한다고 하나 위원회 운영이 잘 되지 않는 경우는 오히려 하찮은 일에 시간만 낭비하고 있다는 생각을 줄 수도 있다. 현실적으로 지방자치단체 수준에서는 주로 상대적으로 높은 사회·경제적 지위를 갖는 사람들이 위원회에 배타적으로 참여하는 것에 대한 문제제기가 있다.