또한 의료법인이 재원조달의 목적으로 주식을 취득ㆍ보유하면서 배당수익 등을 얻는다고 하더라도, 이를 고유목적사업준비금으로 전입하여 비과세혜택을 받는 데는 제한이 있으며, 고유목적사업에 사용하지 않는 경우 수익사업에 의한 소득이므로, 법인세가 과세된다는 점에서 일견 세제상 문제는 없는 것처럼 보인다.
그러나, 타 법인에 대한 출자는 의료법인의 우회적인 이익분배수단으로 이용될 가능성이 있고, 이는 동 법인이 비영리법인으로서 받고 있는 세제혜택의 적정성에 대한 논란으로 이어진다는 점에서 검토가 필요하다. 설립자나 구성원 등에게 이익분배를 하지 않는 것을 필수조건으로 하여 과세혜택을 받는 비영리법인이 우회적인 방법으로 이익을 분배하는 경우, 계속 혜택을 주어야 하는 지에 대해 논란이 이는 것이다.