(4) 평가내용 및 결과반영의 타당성 제고
공공기관 경영평가제도는 공공기관의 경영자율성을 최대한 보장하여 효율성을 제고하고, 이에 따른 책임성 확보를 위해 도입된 제도이다. 그럼에도 불구하고, 정부 정책사항 등의 이행ㆍ준수 여부를 점검하는 ‘정부 권장정책평가’ 항목으로 인해 엄밀한 검증이 없는 정부 권장정책이 강요될 경우 자칫 공공기관 경영평가가 정부의 영향력을 확대하는 수단으로 전락할 수 있고, 공공기관의 자율성을 침해할 소지가 있다. 최근 한국수자원공사의 부채가 급격히 증가한 것도 정부 권장정책인 ‘4대강사업’과 ‘경인 아라뱃길 사업’으로 인한 것임을 주지할 필요가 있다. 그러므로 정부 정책사항의 이행ㆍ준수 여부와 관련된 지표는 공공기관 경영평가에 포함시키기보다는 별도 지침이나 제도를 마련하여 평가하는 방안을 고려해 볼 수 있다.
또한, 경영평가 결과로 지급되는 성과급과 그 밖의 기관장ㆍ상임이사에 대한 인사상의 조치는 공공기관 특성상 통제하기 어려운 요인들이 반영된 경우가 많아 조직 내의 불만을 야기할 수 있다. 특히, 대부분 공공기관이 성과연봉제를 실시함에 따라 기관장 및 임원의 경영평가 성과급에 비해 직원의 성과급에 비해 월등히 많아 직원들의 동기부여에 악영향을 끼칠 수 있다. 이러한 점에서 성과급제가 공정한 인센티브 기제로 작동할 수 있도록 현행 시스템의 개선이 필요할 것이다.