(2) 중앙회장의 선출방식
농협중앙회장 선출은 1988년 사회 전체에 불어닥친 민주화 열풍 속에서 기존 대통령 임명제에서 민선제로 전환되면서 전체 지역조합장들이 선출하는 직선제가 실시되었다. 그런데 그 후 직선제에 의한 선거과열 문제가 제기되면서 정부 주도로 2009년 중앙회 대의원에 의한 간선제로 다시 바뀌어 현재에 이르고 있다. 현행 간선제는 전국 농축협 조합장 1,100여 명 중에서 선출한 290여 명으로 구성되는 중앙회 대의원회에서 중앙회장을 선출하고 있다.
그러나 일부 농민단체와 시민단체 등은 소수의 대의원만이 참여하는 간선제는 일선조합의 입장을 반영할 수 없다고 반발하면서 전체 조합장에 의한 직선제 실시를 요구하고 있다. 단, 직선제로 하더라도 조합장 개인의 친분이나 이해관계에 따라 투표할 가능성이 있으므로 이를 방지하기 위해 조합장은 반드시 지역조합원의 총의를 수렴한 후 투표하는 방안을 함께 제시하였다.
이와 같은 직선제 주장에 대해 일선조합의 조합장 선거에 영향을 미쳐 농협 전체의 지배구조 개선에서 정치적 의사결정이 지배하게 되는 부작용을 초래할 것이라는 부정적인 주장이 제기되고 있다. 농식품부는 농협개혁 방향, 직선제의 폐해 등을 이유로 반대 입장이다.
한편 협동조합적 운영이 실행되지 않는 한 중앙회장의 선출방식만으로 중앙회의 농정활동이 달라진다고 보는 것은 문제를 너무 단순하게 보는 것이라는 우려의 소리도 나오고 있다.