당시의 제2정무장관실의 조직은 장관 밑에 보좌관(차관급)을 두고 그 밑에 1, 2, 3, 4조정관과 총무, 정책, 정무, 기획담당관을 두고 있었다. 1993년 현재 총 인원은 기능직(15명)을 포함하여 40명이었으며, 예산은 18억 7,800만원으로 정부 총 예산의 0.005%였다. 또한, 제2정무장관실의 인력의 변화를 정원기준으로 살펴보면, 1988년 7월 초기 출범당시 28명에서 1991년 9월 34명, 1992년 10월 40명으로 지속적으로 증가하였다.