당·정·청 관계는 노무현 정부에 들어 달라지기 시작하였다. 노무현 대통령은 ‘당정분리’를 주장하면서 여당의 총재직을 포기하였고 2004년 총선에서 열린우리당 국회의원 후보에 대한 공천권 및 당내 주요 당직자 인사권을 행사하지 않은 것으로 알려져 있다(김병문 2013, 196). 이른바 당정분리론은 행정부와 집권 여당에서 지배적 위치를 차지하던 대통령의 권한을 나누어 행정부에 관한 권한만을 남겨둔 채 집권 여당의 인사권을 비롯한 의사결정 과정에 개입하지 않는 것을 의미하는 것이었다.
당정분리는 2004년 이후 시작된 정당개혁과 맞물리면서 진행되었다. 정당 민주주의가 핵심적 정당개혁의 의제로 등장하면서 대통령과 집권 여당의 관계는 재설정되었다. 대선 후보 및 대통령으로서의 대권과 정당의 대표가 갖는 당권의 분리를 명백히 하는 과정은 정당의 당헌 개정을 추진하면서 시작되었다. 구체적으로는 각 정당의 대선 후보를 당내 추대나 임명으로 선출하였던 이전까지의 과정을 일반 당원과 유권자가 참여하는 경선제 실시로 전환하면서였다(박홍엽 2004, 290). 경선제를 통해 선출된 대선 후보는 경선 경쟁에 참여하기 때문에 당권을 행사하기 어려운 당원이었으며, 이러한 당내 지위는 경선 이후 대권 후보가 결정된 이후에도 지속될 수밖에 없었다.