정리하면, 현재 연구개발사업의 거버넌스의 경우 미래부의 연구개발조정국이 사업별 심의조정 및 편성을 담당하고, 국과심에서 정부연구개발사업의 방향과 전략을 설정하고, 예산배분 및 조정안을 심의하여 그 결과를 기획재정부에 제시한다. 기획재정부는 미래부가 제시한 사업별 편성안, 국과심의 예산배분 및 조정 심의결과를 참고하여 실질적인 연구개발예산을 편성한다.
이명박정부의 국가과학기술위원회를 중심으로 한 거버넌스의 경우 국가연구개발사업의 주요 컨트롤타워로서의 기능강화, 과학기술 전문성에 기반한 연구개발사업의 전략과 정책방향 설정 및 예산배분 전문성 강화 측면에서 강점이 있다고 평가된다. 그러나 다른 한편으로는 교육과학기술부가 국과위의 간사역할을 담당함에 따라 연구개발사업을 실질적으로 집행해야할 책임이 있는 부처가 범부처 연구개발사업을 조정하는 ‘선수심판론’의 비판이 존재하였다(KISTEP, 2015). 이에 한 부처가 범부처 차원의 연구개발사업을 실질적으로 조정할 수 있는지 구조적인 문제가 제기되는 약점이 존재하였다.