학생의 선발방법은 다른 대학과는 달리 독자적으로 전형을 실시한다. 각 지방자치 단체 별로 2~3명의 할당정원을 두고 있어 2015년 기준으로 총 123명을 선발하였다. 선발된 자에게는 지역정원 제도와 마찬가지로 입학금·수업료 등에 대해 장학금이 지급된다. 졸업 후 출신 지방자치단체로 돌아가 지사(知事)의 지시에 따라 병원, 진료소 및 보건소에서 통상 9년 동안 복무하게 된다. 이와 같이 의무복무를 마치면 재학 중에 받은 장학금의 반환의무가 면제된다.
자치의과대학의 독자적인 커리큘럼으로, 입학 후 2~3년차를 대상으로 지역보건복지 실습을 들 수 있다. 이러한 과정은 졸업 후에 일하게 될 지역의료 현장에서 다양한 경험을 쌓아 지역의료에 대한 이해를 적극적으로 높여 지역 정착을 유도하는 기회를 마련하고 있다.
