정책협의회에서 다루어지는 협의 사항들은, 앞서 제안하였던 민관협력기구의 기능을 포괄하고 있다. 그런데 민관협력기구와 정책협의회의 기능의 중첩 가능성 때문에 자칫 반부패 업무추진의 비효율성이 발생할 수 있고, 유사 안건에 대하여 서로 다른 대응책을 낼 수 있는 개연성으로 반부패 정책의 통합성이 저해될 수도 있다. 따라서 반부패 정책 추진의 효율성과 통합성이 희생되지 않도록 반부패민관협의체와 정책협의회의 적절한 기능 분담을 통한 관계 정립이 요구된다. 이에 ① 정책협의회는 부패방지대책에 관한 협의 시 부패방지를 위한 중장기 기본계획 및 연도별 시행계획의 방향성을 제시할 수 있도록 하고, ② 국민권익위원회는 협의 결과를 부패 방지를 위한 중장기 기본계획 및 연도별 시행계획에 반영하도록 하고, ③ 민관협력기구는 정책협의회의 국가차원의 부패방지대책이 실효적으로 반영되었는지 여부와 계획의 시행 과정에서 효과적으로 달성되었는지 여부를 점검·평가하도록 함으로써 삼자의 효율적인 역할 분담과 유기성 강화를 도모할 필요가 있다.