개인 사용자 간의 계약(P2P) 분산네트워크 구조에 대해 사이버 공격이 증가하고 있으며, 특히 금융과 IT 융합의 가속화에 따른 신종 보안위협이 등장하고 있다. 대표적인 사례로 일본의 마운트 곡스 비트코인 거래소는 수십억 달러에 해당하는 해킹 피해로 파산 신청을 하였고, 미국의 Input.io사는 1백 2십만 달러 상당의 비트코인을 해킹 당한 바가 있다. 국내에서는 2014년 처음, 비트코어 거래소에서 해킹으로 의심되는 사건이 발생하였다. 즉, 본인의 동의없이(인증번호도 받지 못한 채) 비트코인 여러 개가 다른 사람의 전자지갑 주소로 빠져나갔다는 피해가 발생한 것이다. 이러한 해킹 사실을 알렸으나, 익명으로 운영되는 비트코인 전자계좌의 특성상 경찰의 수사 협조 없이는 IP 추적이 불가능하다고 언급하며 보상을 받지 못한 것으로 알려졌다.
P2P 분산네트워크의 사이버공격 뿐만 아니라, 분산형의 책임주체가 될 수 있는 중앙 서버가 없는 구조여서 범죄수단이나 비자금용도 등 불법자금의 세탁으로 사용될 우려가 높다. 가장 활발히 이용 중인 비트코인의 유명세로 익명성을 범죄 수단으로 악용하는 사건도 발생하였다. 2013년에 버락 오바마 미국 대통령 등 주요 요인 암살을 위해 자금을 모으는 사이트에서 비트코인으로 모금해 논란이 됐다. 이는 익명의 회원들로부터 블록체인기반의 비트코인을 기부 받는 방법으로 정치자금을 모으기 때문에 법적인 제재가 힘들다는 점을 노린 것이다. 국내에서 2015년 3월, 비트코인을 이용한 대마초 밀수 거래를 적발한 사건 최초로 발생하였다. 이는 구매자들에게 국내 비트코인 거래소에 회원으로 가입시켜 대마초 대금을 비트코인으로 결제했으며 외환거래 절차를 밟지 않고 국제 유통이 가능하고 자금 추적이 어려운 점을 악용한 것이다. 그 외, 유사 디지털통화를 발행하여 불법 다단계 방식으로 판매하는 사기 범죄 및 피해 사례가 다수 발생하고 있다.