(2) 운항관리자 관련 규정의 문제점
안전운항관리제도의 핵심적인 역할을 수행하는 운항관리자와 관련된 법령에도 다수의 문제점이 확인된다.
먼저, 현행 규정의 내용만으로는 운항관리업무가 실효성 있게 이루어지기 어렵다는 지적이 있다. 운항관리자의 업무수행에 관해 규정한 「여객선 안전관리지침」에 따르면, 운항관리자는 출항 전 안전점검을 직접 수행하는 것이 아니라 해당 여객선의 선장 등이 수행한 점검 결과를 서면으로 보고받도록 되어 있다. 또한, 실제로 운항관리자가 현장에서 선박을 직접 점검하도록 의무화된 경우는 매월 1회 실시하는 월례점검, 설날·하계·추석 특별교통기간에 실시하는 특별점검 등에 불과하여, 현장에서의 내실 있는 운항관리가 이루어지기 어렵다.
운항관리자의 자격기준이 해당 업무를 수행하기에는 낮다는 지적도 제기되고 있다.
제도 도입 당시인 1973년에는 운항관리자의 자격기준이 “200톤 이상의 여객선 선장 3년 또는 항해사 5년 이상 경력자”등으로 비교적 엄격하였다. 그러나 이러한 자격기준은 지속적으로 완화되어 현재는 “3급 항해사 이상 해기사로서 승선경력 3년 이상인 자”로 규정되어 있는데, 안전관리에 관해 선사와 선장을 지휘하는 업무를 수행하기에는 자격 기준이 낮게 설정되어 있다는 지적이 있다.
운항관리자의 권한 및 의무가 법률에 명확히 규정되어 있지 않다는 문제도 있다. 운항 관리자의 업무범위는 내항여객선의 안전관리 전반에 걸쳐 광범위하게 분포되어 있지만, 실질적으로 선사를 강제할 수 있는 권한이 법률상 부여되어 있지 않아 운항관리자의 안전점검이 실효성을 갖기 어렵다.