이러한 일련의 급격한 콘트롤타워의 위상변화를 겪은 과학기술계는 과학기술 콘트롤타워 부재(또는 약화)로 인한 국가연구개발의 추진력 저하와 연구의욕상실을 염려하며 정부에 대책마련을 요구해왔다. R&D예산 분배ㆍ조정ㆍ평가기능을 범부처적으로 관장하는 법적 기구를 강화하지 않으면 과학기술 기반의 국가성장 잠재력은 후퇴할 수밖에 없다는 이유에서다.
이에 따라 교과부와 지경부는 국가연구개발의 핵심인 정부출연(연)의 발전방향에 대한 용역과제를 STEPI 및 Arthur D. Little Korea에 발주했다. 그 결과를 토대로 민간위원회(윤종용 등 15명)를 발족하고(2009.11.25) 의견수렴과 공청회를 거쳐, “새로운 국가과학기술시스템 구축과 출연(연) 발전방안“으로 ①국과위의 실질적인 권한강화와 ②출연(연) 경쟁력 강화를 위한 구조조정을 제시했다(2010.08).
이와 동시에 청와대는 콘트롤타워 강화를 위해 과학기술, 환경녹색성장, 방송정보통신을 담당하는 미래전략기획관실(수석급)을 신설했다(2010.07).
한편 정부는 민간위(안)을 토대로 선 ‘국과위 기능강화’ 후 ‘출연(연) 구조조정’의 계획을 마련하고, 관련부처간 협의를 거쳐 법률 개정(안)을 국회에 제출(2010.11.30)했다.