이 연구에서는 주무부처와 연구개발특구진흥재단에 주어진 임무와 특구 구성원들의 수요에 성공적으로 대응할 수 있는 권한과 역량을 부여하고, 연구개발특구 육성을 촉진할 수 있는 환경을 조성하기 위한 여섯 가지 개선과제를 제안했다.
첫째, 연구개발특구 관련 의사결정체계와 육성분야의 선정 등 주요 사무들을 주무부처인 과학기술정보통신부를 중심으로 재구축하여, 주무부처가 장기적인 비전하에 더욱 책임감을 갖고 특구를 발전시켜 나갈 수 있도록 할 필요가 있다. 둘째, 국제과학비즈니스벨트와 연구개발특구의 심의·의결체계, 주무부처의 담당 부서, 업무 대행 규정을 정비하여, 양자 간의 중복으로 인한 비효율 문제를 완화해 나가는 것이 바람직하다. 중장기적으로는 이원화된 법제를 통합하여 중복성을 해소하고 관계기관 간 시너지를 제고할 필요가 있다. 셋째, 특정 부처 출신으로만 이사장을 선임하는 관행에서 벗어나 연구개발특구 본연의 임무에 대한 이해도가 높고 과학기술혁신에 대한 전문성과 경험이 풍부한 인사도 이사장으로 임명할 수 있는 방향으로 연구개발특구진흥재단 이사장 선임제도를 개선할 필요가 있다.
넷째, 연구개발특구진흥재단이 본연의 임무를 충실하게 수행하지 못한다는 지적이 있지만, 현재 주어진 권한으로는 자체적인 혁신에 한계가 있으므로, 제도적 개선을 통해 재단이 연구개발특구의 발전을 위해 보다 적극적인 역할을 하도록 할 필요가 있다. 다섯째, 지역 연구개발특구본부가 담당하는 기업 수 등 업무는 증가한 반면, 이를 지원하기 위한 인력과 예산은 유지 또는 감소한 경우가 많으므로, 이러한 불일치를 해소하기 위한 조치가 요구된다. 예를 들면, 지역 연구개발특구본부의 역량 확대를 계속해서 추진하면서, 대덕연구개발특구를 제외한 나머지 연구개발특구의 경우 구역을 축소하거나, 좁은 면적의 지역에 집약적으로 특구를 조성·육성하는 강소연구개발특구로 전환하여 ‘집적’을 통한 혁신클러스터 효과가 나타날 수 있도록 하는 방안에 대해 신중하게 검토할 필요가 있다. 여섯째, 연구개발특구법과 「과학기술기본법」 등 과학기술분야 타 규범과의 정합성이 미흡하여 연구개발특구의 발전을 저해할 우려가 있는 사항에 대해서는 입법적 개선을 위한 논의가 이루어질 필요가 있다.