둘째, 대학정원의 자율화를 시행한 이유 중 하나로 과열된 입시경쟁의 해소를 목표로 하는 것에 큰 비중이 있었지만, 정원정책의 변화와는 별개로 대학진학을 위한 입시경쟁은 여전히 치열한 실정이다. 향후 취업난 완화를 위해 입학정원을 감소시킬 경우 입시경쟁의 과열화를 제도적으로 조장할 수 있는 우려가 있다.
셋째, 대학정원의 조정은 자칫 대학의 자율권 통제라는 오해를 조장할 가능성이 있다. 즉, 민주화 과정에 있어서 대학의 자율권이 통제되어 왔던 우리나라의 역사적 사실을 되짚어 볼 때, 현 시점에서의 대학에 대한 국가적 통제는 사회적으로 부정적인 인식이 강화될 가능성이 있다.
넷째, 대학정원정책이 사회의 인력수요를 미리 예견하여 정확히 예측하지 못한다면, 이 또한 대졸자 실업을 증가시킴은 물론, 산업의 인력 수급불균형의 책임을 지게 될 가능성이 있다.