3) 검찰의 중립성･독립성 강화
수사를 통제하는 검사의 정치적･독립성 확보는 수사의 공정성 확보를 위한 핵심과 제가 된다. 검찰의 사법기관성을 강화하여 중립성과 독립성을 강화하기 위해서는 크게 검찰인사제도와 검찰조직 내 지휘 관계에 대한 개선이 이루어져야 한다. 법무부 장관(검찰총장)을 정점으로 위계적 조직체계를 갖춘 검찰조직을 정권은 인사를 통해 장악하고 정치적 영향력을 행사할 수 있으므로 검찰의 인사문제는 검찰권 행사의 중립성과 공정성을 저해하는 가장 중요한 요인 중 하나로 지목된다. 따라서 현재 검찰에서 운영 중인 검찰인사위원회 등의 독립적 지위와 권한을 확충하여 검찰인사의 독립성과 공정성을 강화하고 검찰의 정치권력에 대한 예속화 방지할 필요가 있다(유주성, 2018:421-428). 한편, 법무부장관은 검찰사무의 최고 감독자이지만 동시에 정무직 공무원이므로 검사에 대한 구체적 사건에 있어 검찰권 행사에 정치적 영향을 미칠 가능성이 상존한다. 그간 실질적으로 법무부 장관이 검찰총장에게 개별사건에 대해 구체적 지휘가 문제가 된 경우는 거의 없었으나, 원칙적으로는 검찰권 행사의 정치적 중립성을 보장하기 위해선 이를 폐지하는 것이 바람직하다. 나아가 검찰 내부의 지휘체계나 상명하복식 조직문화를 개선하기 위한 다양한 방안들이 모색되어야 할 것이다.