예를 들어 스위스 중앙은행은 2014년 12월 당좌예금(sight deposit)에 마이너스 금리를 적용하기로 결정하면서 면제한도를 설정하였는데, 이는 금융기관의 초과유동성 증가분에 대해서만 마이너스 금리를 적용하기 위한 조치였다. 일본은행도 장기간 지속된 양적완화의 영향으로 초과유동성이 매우 큰 상황임을 감안하여 기본적으로 2016년 중 추가 양적·질적 금융완화로 증가한 자금의 일정 부분에 대해서만 마이너스 정책금리를 적용하였다. 덴마크 중앙은행은 지난 2012년 마이너스 정책금리 제도 도입 당시와 2015년 1~2월 큰 폭(-0.05% → -0.75%)의 정책금리 인하 이후 금융기관별 당좌예금(0% 금리 적용) 보유 허용 한도를 상향 조정하였는데, 이 또한 한계자금에 대해서만 마이너스 금리를 부과하기 위한 조치의 일환으로 볼 수 있다.
한편 지급준비금제도도 마이너스 정책금리 운영 방식에 영향을 미치고 있다. 지준적립을 의무화하고 있는 ECB, 스위스 중앙은행 및 일본은행은 필요지준에 대해 마이너스 금리 적용을 배제하고 있다. 반면 금융기관에 지준적립 의무를 부과하지 않고 있는 스웨덴 중앙은행은 금융기관이 중앙은행에 예치한 모든 자금에 대해 마이너스 금리를 부과하고 있다. 덴마크 중앙은행은 금융기관에 지준적립 의무를 부과하고 있지는 않으나, 금융기관별로 당좌예금 보유 허용 한도를 설정하고 이에 대해서는 마이너스 금리 적용을 면제해 주고 있다.