인사의 경우 규정하기는 쉬우나 실제 운영에 있어서 그대로 이행하는 것이 어렵다. 군별 배정에만 치중할 경우 전문성이 없는 장교들이 보직될 가능성이 높아지고, 그렇게 되면 국방부나 합참의 업무수행 역량을 더욱 떨어질 것이기 때문이다. 그러나 규정해두고 제대로 시행하지 않을 경우에는 각군 간의 불신이 더욱 강화될 수밖에 없고, 그 결과로 해·공군은 이번의 상부지휘구조 개편에 대하여 강한 비판적 의견을 제시하였다고 할 수 있다.