지역건강보험에 소요되는 비용은 크게 보험급여비와 관리운영비로 구분할 수 있고, 그 재원은 가입자가 부담하는 보험료와 국고지원으로 조달하고 있다. 국가가 지역건강보험에 국고를 지원하는 목적은 농어민, 도시지역 저소득계층 등의 보험료 부담을 완화하고, 재정안정을 도모하기 위한 것이다.<br>국고지원은 1998. 10월 의료보험통합 이전에는 보험급여비와 관리운영비의 일부를 조합별로 지원하였으며, 지원규모는 1988년 출발당시 총재정의 54%수준인 946억원을 지원한 이후 점차 감소하다가 1991년 추경예산편성으로 52.3% 수준으로 회복하였으나 다시 매년 감소되어 2000년에는 총재정의 31.4%인 1조 5,529억원, 2001년에는 38.6%인 2조 6,363억원을 지원하였다.<br>2002년에는 국민건강보험재정건전화특별법 제정으로 지역가입자의 건강보험사업에 대한 운영비의 50% 지원이 법제화 되었으며 총재정의 36.5%인 2조 5,747억원을 지원하였다.