넷째, 정부는 선(先) 기술개발, 후(後) 체계개발 원칙에 따라 무기체계 개발에 필요한 핵심기술을 우선 확보하고 있다. 따라서 향후 본 법안에 따라 국방연구개발에 의한 개발성과물을 정부와 개발주관기관이 공동으로 소유하는 것이 활성화되면 특정 무기체계와 관련된 핵심기술과제 연구성과물과 지식재산권의 소유권을 다수의 과제별 개발주관기관이 각자 분산 보유하는 경우가 일반적인 상황이 된다. 이에 따라 무기체계 연구개발기관 입장에서는 기존에 개발된 핵심기술을 무기체계 개발에 적용하기 위해서는 다수의 핵심기술과제 개발주관기관을 상대로 보유 기술을 이전하거나 무기체계 개발과정에서 관련 기관·업체들이 직·간접적으로 참여하도록 관리해야 하는 상황이 추가로 발생된다. 비록 국가안보를 이유로 정부가 핵심기술과제 개발주관기관 동의 없이도 각 기관들이 보유하고 있는 지식재산권을 일괄적으로 무기체계 연구개발기관이 실시할 수 있도록 조치를 취할 수 있지만 앞서 제시한 기술료(royalty) 분쟁 등의 걸림돌 뿐만 아니라 핵심기술과제로 기 개발된 기술의 성숙도를 무기체계에 적용할 수 있는 수준으로 개량개발한 기술의 지식재산권 등 소유권 귀속은 어떻게 할 것인지 등 다양한 쟁점사항이 야기될 수 있다. 이에 따라 무기체계 연구개발기관 입장에서는 핵심기술 과제별 개발주관기관과 기술의 실시 또는 무기체계 연구개발사업 참여와 관련하여 협의가 제대로 이루어지지 못하는 상황이 발생되면 굳이 해당 기관·업체가 보유하고 있는 기술을 힘들게 활용하기 보다는 새로 개발하거나 또는 해외도입하여 적용하게 될 수도 있다.