마지막으로 학자금 대출제한 대학 중 심각한 문제점이 나타난 12개교를 대상으로 연말까지 10개 평가지표([표 3])에 대한 실사를 거쳐, 정부가 직접 대학의 경영개선 독려에 나설 ‘경영부실대학’과 학교폐쇄를 하는 ‘퇴출대학’을 선정하게 된다.
특히 중대한 부정·비리 대학과 감사결과 불이행 대학은 평가결과와 관계없이 부정·비리의 정도에 따라 해당 단계에 추가하여 구조개혁 추진하게 된다.
지난 11월 7일, 금년 봄 두 차례의 교과부 종합감사에서 부정비리가 적발된 후에도 시정이 되지 않은 2개 사립대가 퇴출 결정되었고, 그 내용과 향후 절차는 [표 4]와 같다.