이러한 빅데이터 플랫폼은 아직 시행 초기이기 때문에 앞으로 해결해야 할 과제들이 많다. 우선 정부가 3년의 시한을 두고 사업을 추진하다보니 빅데이터 플랫폼 운영주체들이 전담부서와 전담인력을 충분히 확보하지 못했다. 또한 데이터상품의 판매 수입은 데이터를 공급하는 센터에 배분되기 때문에 플랫폼이 충분한 수익을 내지 못하고 있다. 그 결과 정부의 재정지원이 중단될 경우 플랫폼의 지속적인 운영을 장담하기 어려운 상황이다. 한편, 이용자들 입장에서는 아직까지 빅데이터 플랫폼이 생소하고, 자신이 원하는 데이터가 어디에서 어떻게 공급되고 있는지를 알기 어렵다. 플랫폼이 10개로 분리되어 운영되고 있는 것이 핵심 원인이다. 마지막으로 빅데이터 플랫폼이 「개인정보보호법」상 가명정보 결합전문기관으로 지정받지 못하여 외부의 전문기관을 이용할 수밖에 없는 상황인데, 그 과정에서 초래되는 시간과 비효율이 크다.