한편 이어도 해양과학기지설치의 국내법적 근거는 ｢배타적경제수역법｣ 제3조(배타적 경제수역에 있어서의 권리)와 제5조(대한민국의 권리행사등)이다.

대한민국은 배타적 경제수역에서 인공섬, 시설 및 구조물의 설치와 사용에 관한 유엔해양법협약상 관할권을 가지고 있다(동법 제3조 제1호).
이러한 권리를 행사 또는 보호하기 위하여, 인공섬·시설 및 구조물에서의 법률관계에 대하여도 대한민국의 법령이 적용된다(동법 제5조 제1항). 그리고 대한민국의 배타적경제수역에서 대한민국의 법령을 위반한 혐의가 있다고 인정되는 자에 대하여 관계당국은 유엔해양법협약 제111조의 규정에 의한 추적권의 행사, 정ᆞ선·승선·검색·나포 및 사법절차를 포함하여 필요한 조치를 취할 수 있다(동법 제5조 제3항).
이러한 권한은 대한민국과 관계국간에 별도의 합의가 없는 경우라도 대한민국과 관계국의 중간선까지 행사할 수 있다(동법 제5조 제2항).