둘째, 정부부처(Bundesministerien)는 연방수도인 베를린과 연방도시(Bundesstadt)인 본에 둔다. 본에 잔류하는 연방부처는 연방수도 베를린에 직무소재지(Dienstsitz)를 가져야 한다. 베를린에 소재지를 갖는 연방부처도 본에 직무소재지를 가져야 한다.
정부부처 분산 배치에 있어서 특징적인 점은 베를린으로 이전하는 연방부처는 구체적으로 명시하였지만, 본에 잔류하는 연방부처는 부처명이 아닌 분야를 지정하고, 연방부처의 일자리 대부분이 본에 남도록 해야 한다는 규정을 넣었다는 것이다(제4조 4항).