(3) 과학기술 종합조정 대상 사업 범위
현행 종합조정체계는 연구개발예산 배분·조정 권한이 제한되어 있어, 종합조정기능을 충실히 수행하는 데 어려움이 있다는 지적이 있다.
노무현 정부의 국가과학기술위원회는 정부 연구개발예산 전체에 대해 배분·조정안을 작성했다. 반면 현재 미래창조과학부는 ‘주요 국가연구개발사업’에 대한 예산 배분·조정 내역을 작성할 뿐, 나머지 ‘일반 국가연구개발사업’ 예산의 배분·조정은 기획재정부의 소관 사항이다.
또한 노무현 정부의 기획예산처는 국가과학기술위원회의 예산 배분·조정 내역에 대한 심의결과를 반영하여 예산을 편성해야 했으나, 현재 기획재정부는 정부 재정규모 조정 등 특별한 경우국가과학기술심의회의 ‘주요 국가연구개발사업’ 예산 배분·조정 심의결과를 반영하지 않을 수 있다(「과학기술기본법」 제12조의2).
실제로 기획재정부가 국가과학기술심의회의 심의결과를 반영하지 않고 예산을 사후에 재조정하여 편성하는 범위는 갈수록 확대되고 있다. 기획재정부의 사후 재조정 금액(억 원 단위)을 기준으로 할 때, 2014년도에는 20개 부처 중 11개 부처의 예산에 개입했으나, 2015년도에는 20개 부처 중 15개 부처, 2016년도에는 19개 부처 중 17개 부처의 예산에 개입하여 재조정했다.
종합조정기구의 심의결과에 대한 과도한 재조정은 과학기술 종합조정체계 구축의 취지(전문성·일관성 확보)와 「과학기술기본법」 취지에 부합하지 않는다고 할 수 있다.