그러나 공ㆍ사립학교의 학교규칙 인가권을 갖고 있는 교육감이 해당 학칙을 인가하지 않을 경우 학교현장의 혼란은 불가피하다. 경우에 따라서는 학교장과 교육감 및 교과부와 교육감 사이에 법적 분쟁이 발생할 소지도 있는 것이다.
이와 관련하여 정부는 2008년 11월 12일에 학교 규칙을 제ㆍ개정하는 경우에 지도ㆍ감독기관의 인가를 받아야 하는 절차를 폐지하고, 법령의 범위에서 학교의 장이 학교규칙을 제정하거나 개정할 수 있도록 하는 「초ㆍ중등교육법」 개정안을 국회에 제출하였으며, 현재 상임위에 계류중이다.
교과부로서는 법 개정을 추진하여 학칙 제ㆍ개정을 둘러싼 학교장과 교육감의 분쟁을 원천적으로 막겠다는 것인데, 이는 간접체벌 허용여부를 둘러싼 교육현장의 혼란과 갈등을 근원적으로 해소하기 위한 방안으로 적절하지 않다. 간접체벌의 허용 방법과 범위를 자율화하는 경우에도 시ㆍ도 조례로 위임하는 방안과 단위학교에 위임하는 방안이 있을 수 있다.
경기도의 조례가 제정되었고 타 시ㆍ도에서도 조례 제정을 추진 중인 상황이라면, 시ㆍ도교육청과 대화를 통해 합리적 해결 방안을 모색할 필요가 있다. 그리고 정부가 제출한 법률안이 국회에 계류중인 상태에서 간접체벌을 허용하는 학칙을 둘러싼 갈등이 벌어질 경우에 학교현장의 혼란을 수습하는 것은 쉽지 않다.