산업기술종합연구원(AIST)은 2001년 1월 6일, 중앙정부기관들의 재편에 더불어 통상산업성 공업기술원 및 그 하위기관의 15개 연구소들을 통합･재편하여 발족하였다. 그 후 2001년 3월 31일까지는 임시로 경제산업성에 소속한 단일 연구소의 형태가 되었다가 2001년 4월 1일에 독립행정법인이 되었다. 산업기술연구원(AIST)이라는 이름은 이전 공업기술원(Agency of Industrial Science and Technology)의 AIST에서 AIST(National Institute of Advanced Industrial Science and Technology)로 개명한 것이다. 산업기술종합연구원은 기본적으로 모든 산업분야를 대상으로 연구 활동을 한다. 분야의 유형은 시대에 따라서 변화하지만 현재는 생명과학, 정보통신･일렉트로닉스, 환경･에너지, 나노테크놀러지･재료･제조, 지질, 표준･계측의 6개 분야로 분류하고 있다.