공적자금 회수는 예금보험공사와 자산관리공사가 보유하고 있는 주식이나 부실채권 등을 매각하는 한편, 공적자금의 투입을 초래한 부실금융회사에 대해 금융감독원이 부실 원인을 조사한 후 책임자를 규명하여 문책 조치를 취하고, 예금보험공사는 부실관련자에 대한 부실책임조사 후 손해배상 청구를 통해 민사상 책임을 묻는 방식을 취하였다.
이러한 공적자금 운용은 각 기관의 설립근거가 되는 법령에 따라 이루어졌으나 공적자금을 전체적으로 통할하는 체계가 마련되어 있지는 않았다. 특히, 공적자금에 관한 중요한 결정이 관련기관 간 협의를 통하여 이루어졌기 때문에, 이보다는 공식화된 회의체를 신설하여 이를 통해 투명하고 객관적인 의사결정 체계를 마련해야 한다는 필요성이 대두되었다. 또한, 국민의 부담으로 귀착될 수 있는 공적자금 운영을 일일이 국회에서 점검할 수 없는 현실에서, 독립적이고 객관적으로 심의를 할 수 있는 기구를 통해 정부의 공적자금 운용을 점검하는 것이 필요하다는 의견도 제기되었다.