세종시의 출범으로 일부 정부기관이 이전되지만, 청와대와 국회 그리고 행정안전부, 법무부, 통일부 등 일부 주요 행정기관은 여전히 서울시에 남는다. 따라서 향후 정부부처는 서울시, 과천시, 세종시, 대전시 등으로 분산되어 배치되게 된다.
정부는 이러한 분산배치에 따른 대응책을 마련하고 있으나, 실제 운영과정에서 다양한 문제가 발생할 가능성이 많다. 특히 세종시에 위치하는 중앙행정기관들이 대부분 정책기획부서로서 청와대 및 국회와 빈번한 접촉이 필요하다.
이에 따라 국회에서도 대 정부 운영시스템을 개선하는 노력이 요구된다. 즉 국정감사 운영방식의 개선과 국회와 행정부 간의 원격회의, 온라인 자료제출과 같은 디지털 시스템 구축 등도 함께 고려해야 할 것이다.