Hija del rey Enrique II de Francia y Catalina de Médicis, Margarita era hermana de los reyes Francisco II, Carlos IX y Enrique III, y de Isabel de Valois, reina de España, así como de Claudio de Valois. Mientras estaba encarcelada, aprovechó el tiempo para escribir sus memorias, que incluían una sucesión de historias relacionadas con las disputas de sus hermanos Carlos IX y Enrique III con su marido.
Margarita de Valois fue la hermana de Carlos II.