Los papeles posteriores incluyen en la película independiente Fish Tank (2009), como teniente de los Royal Marines en Inglourious Basterds (2009), como Edward Rochester en la adaptación cinematográfica de Jane Eyre (2011), como Carl Jung en A Dangerous Method (2011), como un androide sensible en Prometheus (2012) y su secuela Alien: Covenant (2016).
Michael Fassbender apareció en una película dirigida por Ridley Scott.