Situado en el extremo norte de la península de San Francisco, San Francisco es de aproximadamente 47.9 sqmi en el área, por lo que es el condado más pequeño - y la única ciudad-condado consolidado - dentro del estado de California. Con una densidad de alrededor de 18.581 personas por milla cuadrada (7.174 personas por km2), San Francisco es la ciudad grande más densamente poblada (población superior a 200.000) en California y la segunda ciudad más densa.
California contiene a San Francisco.