Los problemas ecológicos se derivan en gran parte del hecho de que el agua salobre y los humedales costeros productivos y las áreas naturales a menudo reciben agua de retorno de riego rica en nutrientes, a veces del cultivo de arroz.El Delta del Ebro y sus humedales sufren problemas similares de calidad del agua ya que se encuentran alrededor de los márgenes de la gran región agrícola del Delta.
Los humedales costeros se enfrentan a problemas con la ecología, lo que los hace parecer no productivos debido a la mala calidad del agua.