Los papeles posteriores incluyen en la película independiente Fish Tank (2009), como un teniente de los Royal Marines en Inglourious Basterds (2009), como Edward Rochester en la adaptación cinematográfica de 2011 de Jane Eyre, como Carl Jung en A Dangerous Method (2011), como un androide sensible en Prometheus (2009), como Edward Rochester en la adaptación de la película de 2011 y como Carl Jung en A Dangerous Method (2011).
Michael Fassbender sólo apareció en películas dirigidas por Stanley Kubrick.