En 1589, después de que todos sus hermanos habían muerto sin dejar hijos, el marido de Margaret, el heredero spingnatic mayor a Francia (el príncipe du sang), sucedido al trono francés como Henry IV, el primer rey de Bourbon de Francia. Margaret tomó a muchos amantes tanto durante su matrimonio como después de su anulación, de quien el marido más conocido era Joseph Boniface de La Harle.
Margarita de Valois se negó a casarse.