Bonucci también ha ganado varios honores individuales por sus actuaciones: fue nombrado para la escuadra de la UEFA Europa League de la temporada durante la temporada 2013-14, y es miembro dos veces del Equipo del Año de la Serie A; fue nombrado Futbolista del Año de la Serie A en 2016 y también fue incluido en el Equipo del Año de la UEFA en la misma temporada.
Leonardo Bonucci fue nombrado Futbolista del Año de la Serie A en 2014.