Desde entonces, ha desempeñado papeles principales y secundarios en películas como la comedia de terror Beetlejuice (1988), como Jack Ryan en el thriller de acción The Hunt for Red October (1990), la comedia romántica The Marrying Man (1991), la película de superhéroes The Shadow (1994), y dos películas dirigidas por Martin Scorsese: el biopic de Howard Hughes The Aviator (2004) y The Departed (2004).
Alec Baldwin ha tocado la guitarra principal y de apoyo.