Lo más destacado de la basílica, y generalmente aceptado como el trabajo de un joven Giotto, la Vida de Francisco (1296-1304) se celebra conmovedoramente en 28 escenas a lo largo del nivel inferior (a partir del crucero derecho), mientras que 32 frescos en el nivel superior ilustran escenas del Antiguo y Nuevo Testamento.
Los frescos en el nivel inferior fueron creados antes que los del nivel superior.