Konungarnir Karl IV. , sem háskólinn er kenndur við og ríkti sem keisari Hins heilaga rómverska keisaradæmis , og sonur hans Wenceslaus ( Vaclav ) IV. gerðu mikið til að efla vísindi , menningu og listir í ríki sínu . Árið 1402 var hann skipaður rektor Karlsháskóla og gegndi þeirri stöðu í eitt ár . Páfi og biskupar væru þar með ekki valdsmenn æðri keisurum og konungum heldur þjónar sem einvörðungu gegndu andlegri þjónustu og ættu ekki að hafa veraldleg völd . Árið 1409 veitti Wenceslaus konungur Tékkum óskoruð völd yfir Karlsháskóla og skipaði Hus í stöðu rektors á nýjan leik . Páfadæmið átti hins vegar í miklum erfiðleikum um þetta leyti . Þrátt fyrir stuðning konungs og margra framámanna innan Háskólans var Hus sjálfur bannfærður . Í Prag er að finna minnisvarða um Jan Hus . Hann efndi til kappræðna um aflát og ítrekaði að menn öðluðust fyrirgefningu syndanna með því að iðrast í sannleika og láta af vondri breytni en ekki með því að láta fjármuni af hendi . Hlutverk páfa og biskupa væri að biðja fyrir óvinum sínum og þeim sem ofsæktu þá en ekki að efna til styrjalda . Í kappræðunum tók guðfræðideild Karlsháskóla ekki undir með Hus heldur samsinnti bannfæringarúrskurði páfa og neyddist konungur þá til að láta af stuðningi við Hus og bannaði honum að kenna opinberlega . Fyrir þann fund voru lagðar tillögur frá Hus þess efnis að kirkjan í Bæheimi ætti eins og kirkjur annarra landa að vera frjáls og úrskurðir páfa ættu hvergi að gilda nema með samþykki viðkomandi ríkisvalds . Sættir tókust ekki og Hus var sendur í útlegð þar sem hann hélt áfram baráttu sinni . Honum var heitið griðum en fljótlega eftir komu sína til Konstans var hann hnepptur í varðhald . Hann neitaði að afturkalla kenningar sínar nema tækist að sanna út frá Biblíunni að þær væru rangar . Hus var af fylgismönnum sínum álitinn píslarvottur og nefndur heilagur . Sálmabók nr. 237 ) Jan Hus er álitinn þjóðhetja í Tékklandi og minnst fyrir fleira en baráttu sína á trúmálasviðinu . Hann mótaði meðal annars ritmál Tékka og eru reglur hans um réttritun enn í gildi þar í landi og náðu þær til fleiri slavneskra þjóða . Dánardagur hans 6. júlí er hátíðisdagur í Tékklandi .