Naustatjörn hóf starfsemi sína þann 18. ágúst árið 2003 . Frá 18. ágúst 2003 til 17. ágúst 2009 var skólinn einsetinn með 96 rými og fjórar deildir í skólanum . Frá 18. ágúst 2009 bættist fimmta deildin við ( Fífilbrekka ) og 7. ágúst 2012 bættist 6. deildin við ( Sunnuhvoll ) , 130 rými eru nú við skólann . Fífilbrekka og Sunnuhvoll eru staðsett í húsnæði Naustaskóla . Nöfn deilda eru Búðargil , Huldusteinn , Vökuvellir , Tjarnarhóll , Fífilbrekka og Sunnuhvoll . Nöfn skóla og deilda eru dregin af örnefnum og staðháttum á svæðinu . Hóll nokkur sem er í grennd við skólann heitir Tjarnarhóll og dregur nafn sitt af Naustatjörn sem er rétt utan við hann . Búðarlækur mun hafa komið úr Naustatjörn og runnið niður Búðargil ( nú Lækjargil ) . Huldusteinn er steinn í landi Hamra og er þar Huldufólksbústaður . Nöfn hinna deildanna þriggja , Vökuvellir , Fífilbrekka og Sunnuhvoll eru dregin af sveitabæjum sem voru í Naustahverfi . Á Naustatjörn er lögð mikil áhersla á leikinn . Aðrir áhersluþættir skólans eru náttúra og umhverfi og Jákvæður agi . Hugmyndafræði skólans byggir að mestu leyti á hugmyndum John Dewey , Lev Vygotsky , Howard Gardner , Urie Bronfenbrenner og Jane Nelsen .