Sköpunarsinnarnir sem Darwin átti í höggi við héldu fram þeirri kenningu að Guð hafi skapað hverja einstaka tegund óháð annarri . Behe lét þessi orð falla í bókinni Darwin’s Black Box frá 1996 , þar sem hann setur fram hugmyndina um ósmættanlegan margbreytileika ( e. irreducible complexity ) . Hugmyndin um vithönnun ( e. intelligent design ) felur í sér að yfirnáttúruleg öfl eigi þátt í sköpun og þróun lífsins Margir líta í raun svo á að grunnforsenda nútímaraunvísinda sé svokölluð aðferðafræðileg náttúruhyggja ( e. methodological naturalism ) . Þannig aðhyllast margir raunvísindamenn aðferðafræðilega náttúruhyggju eins og henni var lýst hér á undan , hvort sem þeir kannast við það heiti eða ekki . Þessir menn eru sannfærðir um að raunvísindalegar uppgötvanir undanfarinna áratuga hafi sannað að Guð og önnur yfirnáttúruleg fyrirbæri séu einfaldlega ekki til . Bandaríski guðfræðingurinn John F. Haught segir til að mynda í bók sinni Deeper than Darwin að það sé „ raunvísindalega og guðfræðilega fráleitt að leita of snemma skjóls í endanlegum skýringum í viðleitni okkar til að skilja hinn náttúrulega heim . “ Með " endanlegum skýringum " á hann við skýringar sem vísa í yfirnáttúrleg eða trúarleg fyrirbæri , en þær eru kallaðar svo af því að sá sem fellst á þær þarf ekki að spyrja neins frekar . Í fyrsta lagi geta menn leitað á aðrar slóðir eftir svörum og skýringum sem vísa þá í yfirnáttúrleg fyrirbæri , guðleg öfl eða annað sem þarf ekki frekari rökstuðning , en mörgum öðrum þykir ef til vill ekki bæta neinu við skilninginn . Engu að síður þarf þessi leið ekki að koma vísindum neitt við eða trufla starf þeirra ef þess er gætt að rugla vísindalegri þekkingu ekki saman við aðrar hugmyndir . Í öðru lagi getum við valið leið vísindamannsins sem viðurkennir vanþekkingu sína en lítur jafnframt á hana sem ögrun og hvatningu til að halda áfram að leita vísindalegra svara . Þessi leið er að okkar mati ófær , ekki aðeins vegna þess að svörin kunni að vera efnislega röng , heldur fyrst og fremst vegna þess að aðferðin er röng og myndi stöðva framfarir í vísindum ef hún yrði allsráðandi . Sá sem getur látið eftir sér að svara spurningum með því að vísa í yfirnáttúrleg öfl eftir geðþótta þarf ekki lengur að leita annarra og harðsóttari skýringa . Við skulum að lokum kristalla þetta enn frekar með því að svara upphaflegu spurningunni : Svarið er já . Langflestir vísindamenn útiloka hugmyndina um vithönnun sem vísindalega skýringu á upphafi eða þróun lífsins . Með þessu er hins vegar ekki tekin nein afstaða til vithönnunar sem hluta af hugmyndaheimi mannanna utan vísinda .