Blóm fjalldalafífilsins eru stór , 1,5 - 2 sm í þvermál , oftast fimmdeild , en stundum ofkrýnd . Krónublöðin eru í fyrstu gulhvít en síðan bleikrauð með dökkum æðum , naglmjó og frambreið , buguð í endann . Bikarblöðin eru dökkrauð , hærð , þríhyrnd , á milli þeirra eru mjóir og útréttir utanbikarflipar . Fjalldalafífillinn hefur marga fræfla með gular frjóhirzlur , og margar frævur með loðinni trjónu sem lengist mjög er aldinið þroskast . Fjalldalafífill í Leifsstaðabrúnum í Kaupangssveit árið 1994 . Nærmynd af blómum fjalldalafífils tekin við Kúalækjargilið á Arnarhóli í Eyjafirði 13. júní 2006 . Hér sjást þroskuð aldini fjalldalafífils á Arnarhóli í Eyjafirði 3. ágúst 2004