Eftir að múslimar tóku borgina yfir á 7. öld var íslamskt hof byggt þar sem Hið heilaga musteri stóð . Fyrir miðju má sjá íslamska hofið Hvelfingu klettsins en þar stóð áður Hið heilaga musteri gyðinga . Jerúsalem var borg bænanna og Múhameð spámaður sneri alltaf í átt að Jerúsalem þegar hann baðst fyrir . Hin heilaga moska Al-Aqsa er í Jerúsalem Sumir múslímar nútímans vilja frelsa borgina og gera hana að íslamskri borg á ný . Þá hafa ýmsir hryðjuverkahópar , til dæmis al-Kaída og Íslamska ríkið , haft það á stefnuskránni að ná völdum í Jerúsalem . Gyðingar í Ísrael hafa enn fremur lengi stefnt að því að borgin verði viðurkennd sem höfuðborg Ísraelsríkis .