Kirkjan var endurbyggð á árunum 1866 – 1868 og var hún byggð úr timbri og grjóthlöðnum grunnim , í lok 19. aldar var þakið járnklætt . Árið 1961 var svo farið í gagngerar endurbætur á kirkjunni að innan þar sem nýjir gluggar voru settir í kirkjuna , bekkir lagfærðir , veggir þiljaðir og kirkjan máluð . Eftir úttekt á kirkjunni kom í ljós að veggi þurfti að endurnýja að miklu leyti sem og hlaða nýjan grunn . Þann 13. júlí 1988 hófst eiginleg vinna við sjálfa kirkjuna og stefnt var að endurbyggingin tæki tvö sumur . Grjótið sem notað var er gabbró og kom úr landi Hoffells í Nesjum . Málningameistari var Daníel Sigurðsson . Í nóvember var farið að sjá í endan á endurbótunum . Stafafellskirkja var svo endurvígð þann 12. nóvember 1989 . Í kirkjunni er að finna tvær altaristöflur . Gamla altaristaflan sem hangir nú á vegg inn í kirkju og er talin vera frá því 1670 . Það virðist vera að allir hafi gert það sem þeir gátu með bros á vör . Fleiri myndir af Stafafellskirkju er að finna á myndasíðunni okkar sem er hér í flipunum að ofan eða á Fickr-síðunni okkar .