Sérkennsluteymi skólans vinnur markvisst með þeim börnum sem mest þurfa mest á því að halda og eftir gagnasöfnun og þarfagreiningu er útbúin einstaklingsnámskrá fyrir börnin sem allir í teyminu vinna eftir og allir aðilar innan teymisins þekkja börnin sem fá sérkennslu . Sérkennsla á Naustatjörn á sér bæði stað inni á deildum í litlum hópum en einnig í daglegu starfi þar sem börn læra m.a. sjálfshjálp , sjálfstæði og félagsfærni . Teymið hefur einnig til afnota herbergi sem það grípur til þegar mat teymis er að ekki sé unnt að kenna barni á fullnægjandi hátt inni á deild eða innan um önnur börn . Í þessum tilvikum skiptir ró og næði barnið miklu máli . Teymið veitir jafnframt stuðning og ráðgjöf til kennara og foreldra og reglulega eru haldnir fundir til þess að samræma vinnubrögð . Stjórnandi sérkennsluteymisins er Adda sérkennslustjóri og aðstoðarskólastjóri , hún hefur umsjón með sérkennslu skólans , heldur teymisfundi og heldur utan um sérkennslutíma . Teymið samanstendur af þeim aðilum sem koma að sérkennslu á einhvern hátt innan skólans en þeir eru Helena Rós iðjuþjálfi , Erna Sigrún Be í leikskólakennarafræðum og Marthen sem er með meistaragráðu í sérkennslufræðum .