Heilbrigðisráðuneytið tók formlega til starfa 1. janúar 2019 í samræmi við forsetaúrskurð nr. 118 / 2018 um skiptingu Stjórnarráðs Íslands í ráðuneyti . Ráðuneytið varð til þegar velferðarráðuneytinu var skipt í heilbrigðisráðuneyti og félagsmálaráðuneyti . Ráðuneytisstjóri stýrir ráðuneytinu undir yfirstjórn ráðherra . Skrifstofur heilbrigðisráðuneytisins samkvæmt skipuriti þess eru fjórar , auk skrifstofu ráðuneytisstjóra ; skrifstofa lýðheilsu og forvarna , skrifstofa hagmála og fjárlaga , skrifstofa heilbrigðisþjónustu og skrifstofa rekstrar og innri þjónustu . Skrifstofa hagmála og fjárlaga og skrifstofa rekstrar og innri þjónustu veita stoðþjónustu til fagskrifstofa ráðuneytis .