Staðsetning og aðgengi Bæjarstaðaskógur er í Morsárdal , vestan við Skaftafell . Skömmu eftir 1930 komst á hreyfing um að friða skóginn fyrir beit , en jarðvegsrof var farið að ógna skóginum . Líklega má upphafsmaður þess teljast Ásgeir L. Jónsson er skrifar í Skógræktarritið ( 1930 ) um nauðsyn þess að girða skóginn og segir þar m.a : " Er hörmung til þess að vita , að þessi fagri minnisvarði fortíðarinnar , sem hingað til hefir staðist allar árásir , á nú , á tímabili vaxandi þekkingar og andlegrar vakningar , að falla fyrir skeytingar - og áhugaleysi " Að tilhlutan Skógræktarfélags Íslands var skógurinn girtur árið 1936 . Síðar var sú girðingin tekin niður er land þjóðgarðsins í Skaftafelli var girt af . Jarðvegsrof stöðvaðist ekki eins mikið og menn vonuðust eftir . Enn gekk slangur af kindum um svæðið sem var nóg til þess að teinungur óx ekki upp frá rótarhálsi trjánna né að sjálfsáning kæmist á legg . Í dag hefur þó skógurinn breiðst út , m.a vegna uppgræðslu á aurunum fyrir neðan gömlu birkirtorfuna , sem myndaði heppileg fræset . Þetta bendir til að skógur hafi jafnvel eyðst um tíma í Bæjarstað . Birkiskógarsvörður getur breyst í sortulyngsmó við langvarandi beit , eftir að skóginum hefur verið eytt . Undirgróður í skóginum er nú eins og gerist í íslenskum birkiskógum , þar sem rakaskilyrðir eru góð .