Sjálfbær þróun og vernd náttúrunnar er höfð að leiðarljósi í allri starfsemi , samvinnu og ákvarðanatöku stofnunarinnar . Stefna Vatnajökulsþjóðgarðs er að vera til fyrirmyndar í umhverfismálum . Stofnunin mun leitast við að hafa jákvæð áhrif á umhverfi og samfélag með ákvörðunartöku sinni og þjónustu . Markmiðið er að halda neikvæðum umhverfisáhrifum af starfsemi stofnunarinnar í lágmarki . Til að ná sem bestum árangri eru umhverfisþættir þjóðgarðsins vaktaðir og markvisst unnið að umbótum . Vatnajökulsþjóðgarður mun tryggja að lagalegum kröfum sem tengjast starfsemi hans sé fylgt og vinnur að stöðugum umbótum á umhverfisstarfi stofnunarinnar . Vatnajökulsþjóðgarður mun vinna samkvæmt gæða - og umhverfisstjórnunarkerfi sem uppfyllir kröfur ISO 9001 og ISO 14 001 .