Hvalaskóli Hvalasafnsins er verkefni sem miðar að því að fræða nemendur í leik - , grunn - , framhalds - og háskóla á svæðinu um hvali og lífríki þeirra við Ísland . Gera má ráð fyrir að hver nemandi heimsæki Hvalaskólann þrisvar sinnum á sinni leik - og grunnskólagöngu , þegar hann er á elsta stigi leikskóla , og þrisvar í grunnskóla ; 2. bekk og 5. bekk . Þannig fá nemendur verkefni sniðin að getu þeirra og þroska hverju sinni . Á þann hátt bætist við þekkingu nemenda í Hvalaskólanum hægt og rólega . Yngstu nemendurnir fá auðveld verkefni sem byggjast á því að læra í gegnum leik og skoðun á umhverfinu , en sömu nemendur fá flóknari verkefni eftir því sem þau eldast , byggð á þeirri þekkingu sem þau hafa tileinkað sér áður í Hvalaskólanum . Á árunum 2013 - 2019 var eitt sýningarrými safnsins tileinkað Hvalaskólanum . Þar mátti finna verk nemenda í elsta árgangi leikskólans Grænuvalla , 2. og 5. bekk Borgarhólsskóla á Húsavík og nemenda í vísindaensku við Framhaldsskólann á Húsavík .