Töluvert var um að á meðal þeirra væru ríkir landeigendur sem stunduðu plantekrubúskap með svipuðu sniði og í Suðurríkjunum til að mynda með svörtum þrælum . Indjánar vonuðust líka til þess að hljóta stuðning yfirvalda með því að taka þátt í stríðinu . Þetta var góður möguleiki því að her Sambandsríkisins var öflugri og betur þjálfaðri auk þess sem stutt var til Washington . Gegn þessu var frumbyggjum heitið birgðum og vernd Suðurríkjanna auk þess sem þeir áttu ekki að þurfa að berjast utan indjánasvæðisins . Kenndu þeir minnihlutanum um að hafa gert Bandaríkjastjórn kleift að reka þá á brott og tóku marga höfðingja minnihlutans af lífi í kjölfarið . Fylgismenn Ross mynduðu því hersveit undir stjórn John Drews , en hatrið var slíkt á milli þeirra og sveitar Waties að ekki var unnt að láta þær berjast hlið við hlið . Stand Watie ( 1806 - 1871 ) varð þjóðhetja í Suðurríkjunum fyrir frammistöðu sína á vígvellinum . Síðar var herlið , skipað Delaware , Kickapoo og Shawnee indjánum , undir stjórn Ben Simons höfuðsmanns Delaware , viðriðið einhvern umdeildasta atburð stríðsins þegar það réðst á og rændi Indjánastofnun Sambandsríkisins í Wichita ( e. Wichita Indian Agency ) . Í kjölfarið réðust þeir á frumbyggja hliðholla Suðurríkjunum . Yfirvöld í Norðurríkjunum hrósuðu Delawareum mikið fyrir framgöngu þeirra í bardögunum en margir hafa talið að þarna hafi verið um einhliða slátrun á varnarlausu fólki að ræða . Í kjölfar ófara Sambandsríkjahers , sem innihélt liðssveitir Cherokeea , gegn hersveitum Curtis hershöfðinga við Pea Ridge í Arkansas 7. mars 1862 gerðust þó flestir Cherokeear Drews liðhlaupar . Þeir gengu síðar í nýstofnaðar Heimavarnarliðssveitir indjána í Kansas undir stjórn Bandaríkjahers . Hann var settur yfir Indjána riddaraliðsstórfylkið ( e. Indian Cavalry Brigade ) sem samanstóð af 1. og 2. riddaraliði Cherokeea og herfylkjum ( e. battalions ) Creek , Osage og Seminole frumbyggja . Sem herforingi þótti hann sérstaklega fær í skæruhernaði með því að gera leiftursnöggar árásir og láta sig svo hverfa áður en öflugur andstæðingurinn gæti brugðist við . Hernaðarafrek hans gerðu hann að þjóðhetju á meðal Suðurríkjamanna en fylgispekt hans við Suðurríkin er talin hafa kostað Cherokeea fjölda mannslífa og átt sinn þátt í vægðarleysinu sem frumbyggjum var oft og tíðum sýnd um og eftir stríðið . Nafn sveitarinnar var dregið af stjórnanda og stofnanda hennar , Williams H. Thomasar , sem var mikill velunnari Cherokee frumbyggja á svæðinu . En indjánar börðust ekki bara vel . Eitthvað bar líka á fornum hefðum og dæmi voru um að þeir tækju höfuðleður óvina sinna . Af öðrum þjóðflokkum sem þjónuðu Bandaríkjum Norður-Ameríku má nefna Lumbee frumbyggjana , sem stunduðu skæruhernað , og ættmenn Iroquois þjóðflokksins sem börðust í K-undirfylkinu í 5. sjálfboðaliðssveit fótgönguliða Pennsylvaníu ( e. Company K , 5 th Pennsylvania Volunteer Infantry ) . Að auki þjónuðu margir frumbyggjar sem hermenn í liðssveitum litaðra í Bandaríkjaher ( e. U.S. Colored Troops ) . Hún tók þátt í nokkrum bardögum og náði meðal annars 600 hermönnum Suðurríkjanna á sitt vald við Shand House , austan við Petersburg . Frægastur hermanna Norðurríkjanna af ættum frumbyggja verður að teljast Ely S. Parker ( 1828 - 1895 ) stórfylkisforingi . Hann var lærður lögfræðingur og var upphaflega neitað um inngöngu í Norðurríkjaher þar sem hann var frumbyggi af ætt Seneca . Þeir Grant virðast hafa náð vel saman því síðar varð Grant svaramaður Parkers þegar hann giftist . Hann taldi um 21.000 manns við upphaf borgarastríðsins en við lok stríðsins hafði þeim fækkað niður í 15.000 . Einstök ríki Suðurríkjanna urðu ekki fyrir jafnmiklu manntjóni hlutfallslega . Að auki var allur þjóðflokkurinn úrskurðaður fjandsamlegur vegna stuðnings Waties við Suðurríkin og miklar þrengingar biðu ættflokksins eftir stríðið .