Stjórn Fjölsmiðjunnar er æðsta stjórn hennar og ber ábyrgð á fjárvörslu stofnunarinnar . Í stjórninni eiga sæti 5 manns og tilnefna eftirfarandi aðilar einn mann hver : Vinnumálastofnun , Samtök sveitarfélaga á höfuðborgarsvæðinu ( S.S.H ) , Velferðarráðuneytið , Mennta - og menningarmálaráðuneytið , Reykjavíkurborg .