Þá tókst honum að flýja og hélt til Kölnar til að halda áfram námi sínu undir handleiðslu Alberts mikla þar sem hann lagði sérstaka áherslu á heimspeki Aristótelesar . Þá hafði hann öðlast þvílíkan virðingarsess að sóst var eftir úrskurði hans í öllum mikilvægari ágreiningsefnum . Líkt og kennari hans , Albert mikli , skrifaði Tómas fjöldann allan af heimspekilegum og guðfræðilegum verkum . Titillinn merkir þar með Alhliða samantekt guðfræðinnar . Þessi aðgreining skipti sköpum fyrir aukið sjálfstæði vísindanna frá kennisetningum kirkjunnar á seinni hluta miðalda og í upphafi endurreisnarinnar . En er vit í því ? Tómas taldi það með öllu fráleitt , því þar með hefði sannleikur ekki neina merkingu . Tómas af Aquino skrifaði bæði guðfræðileg og heimspekileg verk . Hluti altaristöflu eftir Carlo Crivelli . En þekkingin á sér takmörk og þar tekur trúin við . Hvað þetta varðar er hann nokkuð frábrugðinn fyrri miðaldaheimspekingum sem flestir leituðust við að setja fram skynsamlegar skýringar á kreddum kristninnar . Tómas á þó ekki við að þessar kreddur séu í trássi við skynsemina , að þær séu and-skynsamlegar , heldur að þær séu yfir mannlega skynsemi hafnar , að þær séu ofur-skynsamlegar . Annars vegar frelsar hann hana að nokkru undan klafa guðfræðinnar með hugmyndum sínum um sjálfstæði þekkingar , en hins vegar tekur hann fram skýrast af öllum að heimspekin eigi þrátt fyrir allt að vera „ vinnukona “ guðfræðinnar . Í siðfræði sinni og stjórnmálaheimspeki tók Tómas mikið úr grískri hugsun , einkum frá Aristótelesi . Hann var til dæmis sammála honum um hlutverk dygða , að skynsemi manneskjunnar sé henni eðlislæg og að hún sé í eðli sínu félagsvera . En Tómas gekk skrefi lengra til að samræma hugmyndir Aristótelesar og kristna hugsun . Þannig bætti hann við kristnum dygðum um æðra líf með Guði og hélt því fram að kirkjan ætti að ráða yfir ríkinu vegna þess hlutverks hennar að stýra manneskjunni í átt til æðsta markmiðs lífsins : Að hljóta náð fyrir augum Guðs .