Ónæmiskerfi líkamans er mjög flókið kerfi sem við hvorki þekkjum né skiljum enn þá nema að hluta til . Sem dæmi má nefna þegar viss tegund bakteríu kemst inn í líkamann . Þetta þekkjum við vel gagnvart ýmsum framandi efnum og má þar nefna sem dæmi frjókornaofnæmi , ofnæmi fyrir penisilín eða öðrum lyfjum , ofnæmi fyrir vissum dýrum svo sem köttum eða hestum og ofnæmi fyrir vissum efnum í fæðunni . Til dæmis geta slys eða áverkar orðið til þess að efni úr frumum eða líkamshólfum eins og auganu komast út í blóðið . Allt getur þetta leitt til þess að ónæmiskerfið myndar mótefni gegn eigin efnum líkamans og afleiðingin er skemmdir á vefjum . Sjúkdómar sem talið er líklegt að eigi rót sína í sjálfsofnæmi eru meðal annars rauðir úlfar , liðagigt , ofstarfsemi skjaldkirtils , vöðvaslensfár , og sum tilfelli af nýrnabilun , ófrjósemi og sykursýki . Þegar sjálfsofnæmi hefur myndast er ekki þekkt nein lækning við því sem slíku en oftast er hægt að draga úr sjúkdómseinkennum með lyfjagjöf . Sjálfsofnæmi er mjög einstaklingsbundið og þar skipta erfðir máli . Til að fá úr þessu skorið þarf að fara til læknis .