Haustið 1884 fór Stefán til náttúrufræðináms í Kaupmannahöfn og þar var hann svo lánsamur að fá afburðakennara í grasafræði , prófessor Warming , en hann varð þekktur vísindamaður í sinni grein og hvatti Stefán til dáða á vísindasviðinu . Á Íslandi voru einungis tvær kennslustöður fyrir náttúrufræðinga . Komu þar einkum til einstakir kennsluhæfileikar sem nutu sín allan starfsferil Stefáns og einnig óbilandi hugsjónaeldur og kjarkur til að berjast fyrir þeim málum sem hann gaf sig að . Það sem helst mun halda nafni Stefáns og Flóru Íslands á lofti er notkun Stefáns á plöntunöfnum og grasafræðiorðum auk þess að þarna var komið fyrsta íslenska grasatalið . Stefán var alinn upp í sveit og bjó lengi rausnarbúi á Möðruvöllum . Fleiri ritgerðir um búskaparefni birti hann í ýmsum tímaritum , svo sem greinar um kartöflurækt í Búnaðarritinu . Síða úr handriti að 1. útgáfu Flóru Íslands með hendi Stefáns Stefánssonar . Árið 1900 var hann kjörinn á þing fyrir Skagfirðinga og sat á þingi til 1915 . Lét hann til sín taka þar á mörgum sviðum og var talinn víðsýnn framfaramaður sem þó gætti hófs . En líkt og námsferli hans lauk snögglega , þá lauk kennsluferli hans á Möðruvöllum skyndilega þegar skólahúsið brann árið 1902 . Kennslubókin nefnist Plönturnar , og þar eins og í Flóru Íslands nýtur frábær orðsnilld og smekkvísi í orðasmíð sín afar vel . Stefán naut mikils stuðnings af Steinunni konu sinni , og áreiðanlega mæddi mikið á henni á búskaparárunum á Möðruvöllum þegar bóndi var langtímum fjarverandi . Veturinn 1919 fékk hann orlof frá störfum og dvaldi sér til heilsubótar í Kaupmannahöfn . Hann kom aftur til kennslu haustið 1920 en veiktist hastarlega í desember og lést 20. janúar 1921 , 57 ára að aldri . Grasatalið í Flóru Íslands ásamt orðasmíð og plöntuheitum í þeirri bók munu halda nafni Stefáns Stefánssonar á lofti . En vísindarit verða ekki mæld eftir blaðsíðufjölda , heldur því hvernig þau eru unnin , hvað nýtt þau hafi að færa og hversu haldgott efni þeirra sé .