Ikkinchi jahon urushi yillarida ham ko'plab qiyinchiliklarga qaramay, Fassmer o'z faoliyatini to'xtatmadi. Bu vaqt ichida, so'zxona maqolalarini tayyorlashdan tashqari, Fassmer slavistika bo'yicha ishlarni yozishni va kafedrada o'qishni davom ettirdi (sinflar 1945 yil fevral oyiga qadar olib borildi). Uning shu davrdagi asarlari orasida Gretsiyadagi slavyanlar (Die Slaven in Griechenland, 1941), Rossiya aholisining eski o'zaro munosabatlari (Die alten Bevölkerungsverhältnisse Russlands, 1941), Serb-xorvat tilida yunoncha o'zlashtirishlar (Griechische Lehnwörter im Serbokroatischen, 1944) va boshqalar mavjud.
Qaysi oygacha Fassmer kafedrada dars berishda davom etdi?
1945 yil fevral oyiga qadar