Организмнiң фенотипі оның генотипі мен қоршаған ортаның әсерiне байланысты. Популяциядағы фенотиптердің маңызды бөлігі олардың генотиптерінің айырмашылығынан туындайды. Эволюция СТЭ-де популяциялардың генетикалық құрылымының уақыт өте келе өзгеруі ретінде анықталады. Аллельдердің бірінің жиілігі өзгереді, осы геннің басқа түрлері арасында көбірек немесе аз таралған болады. Эволюцияның әсер етуші күші аллель жиілігін бір немесе басқа жаққа өзгертеді. Өзгерістер жаңа аллель  бекіту нүктесіне жеткенде, ата-баба аллельін толықтай алмастырған немесе популяциядан жоғалған кезде жойылады.
Эволюция СТЭ-де уақыт өте келе не нәрселердің генетикалық құрылымының өзгеруі деп анықталады.
популяциялардың