Белоктардың қабатталу принциптерін зерттеу екінші құрылым деңгейі мен атомдық кеңістіктік құрылым арасында тағы бір деңгейді - қабатталу мотивін (архитектура, құрылымдық мотив) бөліп көрсетуге ыңғайлы екенін көрсетті. Қию мотиві екінші құрылым элементтерінің өзара орналасуымен (α-спиральдер мен β-теңгелер) компактты глобуланың  ақуыз доменінің шегінде анықталады, ол өздігінен немесе басқа домендермен бірге үлкен ақуыз құрамына кіруі мүмкін. Мысалы, белоктардың құрылысының бір ерекшелігін қарастырайық. Оң жақтағы суретте бейнеленген глобулярлы белок, триозофосфатизомераза, α/β-цилиндр деп аталатын қабаттау мотиві бар: 8 параллель β-теңге тағы бір цилиндрдің ішінде β-цилиндрін құрайды, ол 8 α-спиральден тұрады. Бұл үлгі ақуыздардың шамамен 10%-ында кездеседі.
Қалай орнату мотиві анықталады?
екінші құрылым элементтерінің өзара орналасуымен