Ерекше префектураларға Токио, Киото, Осака және Хоккайдоны жатқызуға болады. Эдо дәуірінде (16031867) сёгунат орталықтан келген шенеуніктер (奉行支配地)  басқаратын 9 қалалық ауданды және қалалық шенеуніктер (郡代支配地) басқаратын 302 аудандық қаланы белгіледі. Мэйдзи дәуірі басталғанда 9 қалалық орталықтар фу округтеріне, ал 302 аудан қалалары кэн префектураларына айналдырылды. 1871 жылы әкімшілік реформадан кейін Жапонияда 3 қалалық префектура құрылды: Токио, Киото және Осака. 1943 жылы Токио қалалық префектурасы астана болып қайта аталды (астана туралы заң бекітілмеген болса да).
9 қалалық ауданды кім басқарды?
орталықтан келген шенеуніктер (奉行支配地) 