Ферменттер әдетте өз субстраттарына қатысты жоғары ерекшелік (субстраттық ерекшелік) көрсетеді. Бұл форманың, зарядтардың бөлінуінің және субстрат молекуласындағы гидрофобтық аймақтардың және ферменттегі субстратты байланыстыру орталығының ішінара комплементарлылығымен жүзеге асырылады. Ферменттер әдетте жоғары деңгейдегі стереоспецификті (өнім ретінде тек бір ғана ықтимал стереоизомерді құрайды немесе субстрат ретінде тек бір ғана стереоизомерді пайдаланады), региоселективті (химиялық байланысты тек бір ғана ықтимал субстрат жағдайында жасайды немесе бұзады) және хемоселективті (осы шарттар үшін бірнеше ықтимал жағдайлардың тек бір химиялық реакциясын катализдейді) көрсетеді. Жалпы жоғары ерекшелік деңгейіне қарамастан, ферменттердің субстраттық және реакциялық ерекшелік дәрежесі әртүрлі болуы мүмкін. Мысалы, трипсин эндопептидазасы пептидтік байланысты тек аргининнен немесе лизиннен кейін, егер олар пролиннен кейін болмаса ғана бұзады, ал пепсин әлдеқайда аз ерекшеленеді және көптеген аминокислоталардан кейінгі пептидтік байланысты бұза алады.
Бұдан кейін трипсин эндопептидазасы пролинді жалғастырмау шартымен пептидтік байланысты бұзады.
аргининнен немесе лизиннен