Компьютерлік бағдарламалардың көмегімен (in silico) кеңістіктік құрылымын болжау, құрылымы әлі тәжірибе жүзінде анықталмаған ақуыздардың модельдерін жасауға мүмкіндік береді. Құрылысты болжаудың ең табысты түрі, гомологиялық модельдеу деп аталады, ол модельдеуші ақуызмен аминоқышқылдық реттілігі бойынша ұқсас қолданыстағы үлгілік құрылымға сүйенеді. Белоктардың кеңістіктік құрылымын болжау әдістері белоктардың генетикалық инженериясының дамушы саласында қолданылады, оның көмегімен белоктардың жаңа үштік құрылымдары алынды. Молекулааралық өзара әрекеттесулерді болжау, мысалы молекулалық түйісу және белок-белок өзара әрекеттесулерін болжау - күрделі есептеу міндеті.
Болжам жасаудағы неғұрлым күрделі есептеу міндеті?
Молекулааралық өзара әрекеттесулерді болжау, мысалы молекулалық түйісу