Ерекше префектураларға Токио, Киото, Осака және Хоккайдоны жатқызуға болады. Эдо дәуірінде (16031867)  сёгунат орталықтан келген шенеуніктер басқаратын 9 қалалық ауданды (奉行支配地) және қалалық шенеуніктер басқаратын 302 аудандық қаланы (郡代支配地) белгіледі. Мэйдзи дәуірі басталғанда 9 қалалық орталықтар фу округтеріне, ал 302 аудан қалалары кэн префектураларына айналдырылды. 1871 жылы әкімшілік реформадан кейін Жапонияда 3 қалалық префектура құрылды: Токио, Киото және Осака. 1943 жылы Токио қалалық префектурасы астана болып қайта аталды (астана туралы заң бекітілмеген болса да).
Қай кезеңде сёгунат 9 қалалық ауданды құрды?
Эдо дәуірінде (16031867) 