РНК молекуласының бір тізбекті жұмыс түрі, ақуыздар сияқты, көбінесе үштік құрылымға ие. Үшінші құрылым бір молекуланың ішіндегі сутекті байланыстар арқылы құрылған екінші құрылым элементтері негізінде құрылады. Екінші құрылым элементтерінің бірнеше типтері  сабақ-бұтақтар, бұрандалар және псевдотораптар () деп бөлінеді (20). Негіздер жұптасуының көптеген ықтимал нұсқаларының арқасында РНК  екінші құрылымды болжау ақуыздардың екінші құрылымды болжауға қарағанда әлдеқайда күрделі міндет, бірақ қазіргі уақытта тиімді бағдарламалар бар, мысалы, mfold ((21).
Үшіншілік құрылымы неден тұрады?
екінші құрылым элементтері