РНК молекуласының бір тізбекті жұмыс түрі, ақуыздар сияқты, көбінесе үштік құрылымға ие. Үшіншілік құрылым бір молекуланың ішіндегі сутекті байланыстар арқылы құрылатын екіншілік құрылым элементтерінің негізінде қалыптасады. Екінші құрылым элементтерінің бірнеше типтері  сабақ-бұтақтар, бұрандалар және псевдотораптар () деп бөлінеді (20). Негіздердің жұптасуының көптеген ықтимал нұсқаларының арқасында РНК  екінші құрылымды болжау ақуыздардың екінші құрылымды болжауға қарағанда әлдеқайда күрделі міндет, бірақ қазіргі уақытта тиімді бағдарламалар бар, мысалы, mfold ((21).
РНК мен белоктардың екінші құрылымдарын болжау үшін қандай тиімді бағдарламалар бар?
mfold