Ерекше префектураларға Токио, Киото, Осака және Хоккайдоны жатқызуға болады. Эдо дәуірінде (16031867) сёгунат орталықтан келген шенеуніктер басқаратын 9 қалалық аудан (奉行支配地) және қалалық шенеуніктер басқаратын 302 аудандық қала (郡代支配地) құрды. Мэйдзи дәуірі басталғанда 9 қалалық орталық фу округіне, ал 302 аудан қалалары  кэн префектурасына айналдырылды. 1871 жылы әкімшілік реформадан кейін Жапонияда 3 қалалық префектура құрылды: Токио, Киото және Осака. 1943 жылы Токио қалалық префектурасы астана болып қайта аталды (астана туралы заң бекітілмеген болса да).
Мэйдзи дәуірі басталғанда 9 қалалық орталыққа не айналды?
фу округіне