Филогенетикалық жағынан қабықшалы қанатлылар шұңғырларға (Trichoptera)  жақын, олармен бірге Amphiesmenoptera надотрядын құрайды. Екі отрядтың да өкілдері бірқатар ортақ белгілерге ие: аталық емес, аналық гетерогаметті, бұл басқа жәндіктер отрядтарына тән емес; қанаттарында тығыз түк; алдыңғы қанаттарының ерекше тігілуі; личинкаларда жібек жіп шығаратын бездердің болуы. Amphiesmenoptera үстемдігі юра кезеңінде дамып, жойылып кеткен Necrotaulidae-ден бөлініп шыққан болуы мүмкін. Қалқалы қанатлылар өз кезегінде құйрықты қанаттан қанаттардың кейбір ерекшеліктерімен; қалқаларға модификацияланған түктер формасымен ерекшеленеді.
Кімге қабықққуыршақтар филогенетикалық жағынан жақын.
шұңғырларға (Trichoptera) 