附屬於總統府的國安會，在李登輝時代由「黑機關」法制化，然而權力大小因人設事，隨不同總統與秘書長起伏。賴政府「第一版」國安團隊，外界看到「綠大於專」，不少人事安排都呈現政治性格凌駕國安專業的印象，也難怪在野立委質疑，看起來像是「準備跟對岸開戰的國安團隊」。
諮詢委員中，最引人矚目當然是負責潛艦國造、曾表態「身心俱疲」的黃曙光。賴政府慰留黃曙光，當然是希望由他打造的海鯤艦，也在其手中交艦服役，不管功勞或是責任，都由其總其成。至於未來量產，是否繼續由黃曙光負責？將採特別預算或年度預算？都要海鯤艦真正下水展開海測，才能完全底定。
其他諮委方面，李育杰擅長資通安全，是蔡政府以來一路強調；姜皇池在國際法領域，立場明顯親美日反中，在綠朝為官，堪稱適才適所。馬永成與黃重諺，雖談不上學術成就，但都是資深政治幕僚，在扁、蔡任內就曾安排參與國安業務。
留任的副秘書長徐斯儉、劉得金，負責外交與國防的角色都極明顯。此次未留任的陳文政，在二○一六年之前，是民進黨負責撰寫政策藍皮書的「國防一哥」，二○一六年蔡英文執政後，對國防業務有高度影響力。直到顧立雄擔任秘書長，直接過問國防事務，權力結構才有所轉變。未來劉得金的角色，將類似馬政府時代，固定一位退伍中將擔任副秘。
至於林飛帆，擔任國安會副秘的消息一發布，社群網站上頓時將「林九萬」綽號改成「林廿萬」，在野黨也一片質疑，然而，民進黨政府的用人，長期被質疑「綠」比「專」更重要，只要向黨效忠，前途就無庸擔心。此項安排，對社會大眾的效應如何，就必須由新總統自己概括承受了。