520正副總統就職國宴首度移師台南，為維護當天活動交通秩序與安全，台南市警六分局規畫交通疏導管制措施，管制時間為520當天下午2時起至晚間24時止，管制範圍為台86線快速道路（灣裡交流道起至台南端止，交流道只下不上）、南區濱南路段、南區安平港聯外道路。
警方指出，當天交通管制時間從下午2時起至24時，視狀況提早或延後解除管制，管制範圍為台86線快速道路（灣裡交流道起至臺南端止，交流道只下不上)、南區濱南路段（濱南路、灣裡路62巷口起至濱南路、鯤鯓路口止加強疏導）以及南區安平港聯外道路全段加強疏導。
此外，預期當天台86線快速道路及台17線將湧入車潮，建議用路人提前改道路線，1、台86線快速道路西行台南端往市區東西向車流：提前由台86線快速道路台南交流道出口匝道駛離，右行接二仁路二段，續行大同路三段往市區；或提前由台86線快速道路灣裡交流道出口匝道駛離，右行接永成路一段往市區。2、 經台86線快速道路往國道1號南北向車流：改走台17甲線（明興路）道路或台1線（大同路）道路。
警方當天也將透過警廣插播交通管制訊息及路況報導，提醒駕駛人避開交通管制路段，提前改道行駛；另請駕駛人行經管制區域時務必提高警覺、小心駕駛，勿違規停車，遵守各路口員警指揮疏導，避免造成管制區域周邊車流延滯及耽誤行車時間。