國中教育會考第二天首場進行自然科考試，考生認為與首日測驗科目相似，題型重視生活化情境與時事閱讀，佔比約佔一半，如生物科納入生態平衡環保議題、冷氣用電量等都入題。高雄考區說，自然科考共197位考生缺考，有3位考生出現疑似違規狀況，最重該科恐不計分處分。
鳳西國中考生指出，自然科考試整體答題感受與考古題相似不遠，整體生活情境提佔比約有一半，題型靈活且時事題多，其中一題考題出現「考台灣捕獵食蛇龜運往中國，會使生物會受到什麼威脅？」，讓考生印象深刻。
瑞祥高中考生也說，考題出現冷氣使用時點與電力用量等，題型十分生活化；五福國中考生則提到，其中一題內容提供中部南部北部，一個星期的氣溫表，並要求選出一個正確的結論，認為氣候與時事結合考題，十分生活化且實用，整體難度與考古題沒有差太多。
高雄考區說明，今年國中教育會考共計2萬1,074位考生應試，第二天第一節自然科，整體考場應考秩序良好，共有197位考生缺考，並由監考人員發現3起考生疑似違規狀態，包含汙損答案卡條碼、將提本攜出試場、逾時作答經制止不從等。
高雄考區表示，自然科所發生的3起考場違規，均屬第二類違規最重可該科可不計分，以上違規事項後續將送高雄考區試務會確認後，並報請中央進行裁處。