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賴清德的兩個兒子都有繼承父親聰明基因，都很會念書。大兒子賴廷與，自成功大學電機系畢業後赴美國約翰霍普金斯大學、華盛頓大學分別取得碩、博士，已經結婚生子；小兒子賴廷彥畢業於美國柏克萊大學研究所，目前在台灣上班。
賴清德自從政以來就相當保護家庭隱私，妻子吳玫如也鮮少在公開場合露面，除了在賴清德就職台南市長、副總統的典禮上相偕出席之外，向來安靜低調，甚至賴清德擔任行政院長時，吳玫如還提前自台電公司退休。去年賴清德代表民進黨競選總統時，吳玫如才首次拍攝宣傳廣告吐真情，公開為另一半賴清德助選。