規畫中的台南捷運紅線，原本計畫與高雄捷運紅線在高雄大湖站串接，但因軌道系統型式不同，加上高雄另有想法，台南市政府交通局長王銘德24日證實，台南紅線將只做到嘉南藥理大學附近，並不會跨越二仁溪，但兩條紅線未來仍有機會在嘉藥附近串接。
交通局表示，目前台南捷運紅線還在可行研究階段，原擬從台南大林站至高雄大湖站，與高雄捷運紅線規畫中的岡山路竹延伸線終點大湖站串接，但因今年3月該局再度與高雄市政府協調時，對方希望高雄市境內使用同樣的軌道系統型式，不希望台南捷運的單軌系統進入高雄境內，因此兩條紅線將不會在高雄大湖站串連。
交通局認為，儘管台南捷運與高雄捷運採用不同的軌道系統型式，但原本打算各在大湖站附近規畫站體，或採取延伸通廊、同月台轉乘銜接等方式，方便乘客串接轉乘，但因高雄紅線希望能延伸到台南境內，因此台南紅線也配合修改可行性研究期末報告。
有鑑於此，交通局已修正台南捷運紅線的規畫，將只做到台南市境內，初步規畫從大林站到嘉南藥理大學站，目前正辦理可行性研究期末報告的修正。交通局也預估，台南紅線在縮短路程後，可行性研究期末報告的進度將可加快，預定下半年即可完成送交通部審議。
據了解，台南捷運紅線可行性研究原本規畫設置10座車站及1座機廠，自大林站（中華東路與大同路口），沿台1線往南通高雄市大湖區，全長11.2公里。其中，大林站、南台南站、仁愛里、台南航空站、奇美博物館、嘉南藥理大學等6個站點在台南市境內，如今規畫出現變數後，高雄市境內的4個站點都將取消。