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1945年8月日本投降後，國軍自日軍手中接收太平島。1956年，改由海軍陸戰隊駐守太平島。為了向周邊國家釋出善意，政府在1999年下令陸戰隊撤出太平島，隔年改由具警察身分的海巡署接手太平島防務，並由陸戰隊代訓駐島新兵，島上除駐有100多位海巡署官兵外，亦有空軍人員駐守協助導航、海軍人員協助運補。
在南海主權聲索國之中，越南一直對太平島虎視眈眈，自2022年起，越南在相關島礁填海造陸，總計1.7平方公里，可在島上部署重型火炮。相較之下，太平島地形缺乏天然屏障，島上守軍僅能以機槍、迫砲與火箭彈進行防禦。馬英九執政時期，曾有藍委提議在太平島上部署刺針防空飛彈，但是美國害怕引發南海局勢升溫，而反對台灣在東沙與太平島部署飛彈。
衛疆計劃 海空軍並行收復太平島
針對南海局勢，國軍擬定島嶼規復作戰的「衛疆計劃」，包括透過C-130運輸機載運特戰隊員，以空降方式將人員送上岸，或是透過艦船將陸戰隊兵力送至當地搶灘，發動反擊並予以奪回。2014年4月10日，海軍首次執行「衛疆計劃」規復作戰的實兵演練。
2022年交艦的兩棲船塢運輸艦「玉山軍艦」可以運載AAV7兩棲突擊車、LCU與LCM登陸艇、悍馬車與670名武裝士兵，運量十分驚人，可執行收復疆土的「衛疆計畫」。
不過，中國在南海控制島礁持續填島造陸、強化軍事建設，中國的永暑礁島距離太平島100多公里，越南也不多次騷擾太平島，雖然國軍制定「衛疆計劃」，但C-130運輸機空運兵力至太平島需4個小時，1600公里距離也超出空軍戰機航程，缺乏戰機護航，運輸機與兩棲運輸艦前往太平島，途中易遭中、越戰機伏擊。
相較於中國與越南，我國在太平島上硬體建設相對緩慢。為了強化太平島運補能力，2006年陳水扁執政期間透過《太平專案》在太平島上建造新機場，可供C-130H運輸機起降。2013年，機場跑道規劃由原來的1,150公尺延長350公尺至1,500公尺，但由於擔心美國反對，以及島上是綠蠵龜重要產卵地，增建會涉及環評問題，因而遲遲未動工。
2022年時再度傳出太平島跑道延長有譜，計畫將目前跑道延長為1500公尺，將展開招標作業。跑道延長後，每次可容納2架C-130運輸機起降，原跑道起降，只能載23人左右，新跑道加長至1500公尺後，可載44名全副武裝是士兵，另外，P-3C反潛機，甚至是F-16、IDF經國號戰機、幻象2000等戰機也可起降。
前海軍司令、國民黨現任立委陳永康表示，2014年執行「衛疆計劃」操演時，美國沒有反對，5月1日外交及國防委員會前往美國在台協會(AIT)拜會時，美方也沒有對前往太平島視察表達意見。