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目前一劑腸病毒71型疫苗自費要價4000元左右，疾管署副署長曾淑慧表示，腸病毒型別多元，目前除腸病毒A71型外，其他型別尚無疫苗可供預防，腸病毒A71型也無交叉保護力，今年主要流行克沙奇A型，對於腸病毒疫苗是否納入公費接種會持續評估。
疾管署呼籲，民眾仍應持續採行一般性的預防措施，例如保持良好的個人衛生習慣、注意環境衛生、避免接觸感染者、有疑似症狀儘速就醫、於流行期避免出入公共場所等，才能防範社區內不同型別腸病毒感染與侵襲。
疾管署強調，5歲以下嬰幼兒為腸病毒重症高危險群，且重症病程發展快速，家中嬰幼兒經醫師診斷感染腸病毒時，請注意觀察是否出現重症前兆病徵，如發現有嗜睡、意識不清、活力不佳、手腳無力或麻痺、肌抽躍（無故驚嚇或突然間全身肌肉收縮）、持續嘔吐與呼吸急促或心跳加快等腸病毒重症前兆病徵，請儘速送到大醫院接受治療。