國民黨團提出花東快、國6東延、環島高鐵3項花東交通建設特別條例草案，經費合計超過2.5兆，加上藐視國會罪通過二讀，引發爭議。交通部長李孟諺指出，政府重大工程都有一定的評估機制須遵守，包括環評、效益評估、可行性、綜合規劃等，並反問未來環評若不能過關，「環評委員算不算藐視國會？」
李孟諺表示，政府重大工程要經過環評、效益評估、可行性等機制，有些地方經過原民聚落還要諮商協調，目前花東快已在可行性評估階段，路廊能否順利找到，以及後續環評、投資效益等，政府有流程要走，程序完成前直接用特別條例律定執行，會變成通過卻過不了環評，不斷延宕，這就與特別條例相牴觸。
李孟諺強調，工程建設還是要遵守既定程序，並考慮政府財政負擔。
被問到若3案通過建設，會不會擔心交通部不執行會變成藐視國會？李孟諺回答，假設特別條例通過，但環評沒過，或是因為投資效益低被國發會擋下，那環評委員或國發會，會不會被視為藐視國會？這未來還要再去面對。
李說，社會各界都有表示對藐視國會法案的疑慮和擔憂，相信委員們也都有聽到。交通部為行政部門，會尊重國會的結果，至於未來有沒有釋憲問題，也會依法尊重，視為施政依據。