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但在抽籤結果公布後，立即引起沒抽中的畢業生反彈，更有學生發起連署抗議，反映自己成了「畢典孤兒」，無法理解作為畢業生卻連畢業典禮都無法參加。也有學生反映，都與父母說好要參加畢業典禮，結果沒有中籤，連畢業生本人都無法進場，也不知道該怎麼和父母解釋。
清大校方對此做合併舉行畢業典禮做出解釋，並指出是根據往年統計，大學生畢業典禮出席率約51%、碩士班44%，而參加晚上場大學生畢業典禮的部分家長反應時間拖太晚等問題，所以才在經過多場校級會議及學生代表討論後，將兩場畢業典禮合一，統一在上午舉辦。
不過，校方在得知學生不滿後，緊急開會討論將場地空間重新安排，讓有報名想參加畢業生都可以參加，並按照新的規劃，讓原本已經中籤的家長可以坐在體育館2樓看台家長席，學校也有安排其他場地，讓未能入場的家長看直播。