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此外，夫妻若已分居而無法合併辦理結算申報，除了必須符合法定事由，可各自辦理申報及計算稅額外，仍要據實於申報書上填寫配偶的姓名、國民身分證統一編號及勾選分居情形，分別辦理結算申報，再由稽徵機關合併計算全部應納稅額。若夫妻自行分開報稅，會遭國稅局補稅。
至於夫妻合併報稅怎樣才能省稅？安永會計師事務所執業會計師楊建華接受《NOWnews今日新聞》採訪時表示，現行夫妻合併申報有「合併計稅」、「薪資所得分開計稅」、「各類所得分開計稅」3種方式，後兩者申報方式可選擇以夫或妻為納稅義務人，因此。共計有 5種計稅方式。
哪種「計稅」方式最省錢？楊建華指出，若以薪資為主要收入的雙薪家庭，則採薪資所得分開計、且將所得低的一方分開計算稅額，比較省稅；若夫妻有租金、財產交易所得、執行業務所得等不同所得者，大原則是採各類所得分開計最優，合併申報大多則是最不利，需繳最多稅的方式。不過，如果想要無腦選擇的話，建議可以採用國稅局的報稅軟體申報計算，自然就會算出最有利的方式，免傷腦筋。
而夫妻「分開計稅」又可分為「薪資所得」與「各類所得」分開計稅2種，哪一種報稅方式最省錢？這就要看家庭的收入組成而定。楊建華表示，一般以薪資所得為主要收入來源的家庭，最省稅的方式就是薪資所得分開計，只是雙薪族在選對方式後，若分開計稅者選錯人，那省的稅就會少很多。
因此，雙薪族在報稅前，一定要先了解雙方的薪資所得情形，並以薪資較高的一方當納稅義務人，享有受扶養親屬的免稅額、標準扣除額，或者是列舉扣除額與具家戶性質得特別扣除項目等，全都由高薪納稅義務人扣減，而以低薪資所得者作為分開計稅者，只可減除本身免稅額，以及具個人專屬性的薪資所得等特別扣除額，由於家戶的各類扣除額將會歸於納稅義務人，在累進稅率的架構之下，原先的所得減除各類扣除額之後，有望適用於更低的稅率，才能省到最多稅。
若是除了雙薪所得外，另外夫妻雙方同時都還有有租金等其他收入者， 則採各類所得分開計較優。楊建華進一步指出，大原則來說，若除了雙薪所得外，若夫妻雙方同時還有租金、財產交易所得、執行業務所得者，則是採各類所得分開計最優，且原則仍要以所得較低者分開計算稅額，才是最有利的報稅方式。
如果情況是薪資所得、租金所得等等其他所得來源，集中在夫或妻一人身上，配偶沒有所得，因所得集中一人，所以各類所得分開計算可能佔不到好處，不過，稅法提供了可以單單把薪資所得分開計算的機制，此時就要採薪資所得分開計算，將薪資所得一項獨立於其他所得以外計算稅額，去避免所有所得集中在一人身上計算，在累進稅率的架構之下，才有望適用於更低的稅率，達到省稅效果。
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