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實際上的差別是，「大赦」是指總統針對全國性的特定罪行行使赦免權，經行政院院會通過，立法院議決後，不追訴、也不執行刑罰。不僅罪行宣告無效，在法律上完全消滅，如再犯也不構成累犯。我國行憲後還未有總統行使大赦。
「特赦」是總統對特定已受確定判決的刑事罪犯，免除執行刑罰。特赦的方式，由總統命令行政院，轉令法務部審議、實施；僅能免除特定罪犯刑之執行，但罪行在法律上未消滅，如再犯就是累犯。
史上共有8次特赦，總統民選前4次，包括1937年1月4日，國民政府主席林森特赦西安事變策動者張學良；1961年10月30日，總統蔣中正特赦過失犯罪的蔡興；1965年11月3日，總統蔣中正特赦彭明敏；1990年5月20日，總統李登輝特赦美麗島事件27人。
2000年以後的4次包括2000年12月10日，總統陳水扁特赦因宗教而拒服兵役等19人、工運曾茂興、蘇炳坤；2007年6月21日，陳水扁特赦白米炸彈客楊儒門；2021年5月20日，蔡英文特赦布農族原住民獵人王光祿；2022年4月22日，蔡英文特赦中華民國陸軍花東防衛指揮部前少將參謀長韓豫平與侍從士張淯森。