賴政府新挑戰／食安五環破功 難擋下一場風暴
專家指出，食藥署未列管中小型企業、邊境管理人力不足、源頭管理未落實、食藥署業務以藥為重，食品僅由三級單位「食品組」管理，且現行食品政策多由農業部主導、食安辦功能不彰，皆導致食安五環未發揮應有的效果。
台大食品安全與健康研究所教授吳焜裕表示，食安五環的架構是「管大不管小」，資本額三千萬元以上食品業者依食安法被嚴格管控，但台灣四十多萬家食品業者，中小型企業，甚至微型企業占大多數。
綜觀過去發生的重大食安事件，除了混油事件涉案的是大企業，塑化劑、毒澱粉或標示不實的胖達人事件，都是中小型業者。食安五環中，「自主管理」為一環，等於政府的嚴格管控手段不會直接伸向中小型業者，而是採取「信任制」，由食品業者自主管理。吳焜裕直言，食安事件不斷發生，這一份信任勢必要妥適地回收。
吳焜裕說，食安五環中的「源頭管理」，一直被認定是邊境，蘇丹紅事件在源頭管理上確實有疏失，但台灣邊境人力長期不足且缺乏效率，食藥署年初赴澳洲考察，台灣邊境一人承擔抽驗量是澳洲的五倍，加上一人多工，影響邊境管理效率。
成大食品安全衛生暨風險管理研究所所長陳秀玲說，蘇丹紅非首次出現，邊境管理僅看「有檢出」與「未檢出」，而未檢出取決於儀器的極限值，食藥署是否有必要跟進國際，採購敏感度最高的儀器，否則仍會讓低劑量蘇丹紅，持續成為下個食安風暴。
食品藥物管理局升格為食藥署，但未將食品與藥品各自獨立，食品管理僅由三級單位「食品組」管理，且現行食品政策許多由農業部主導，如食品中農藥殘留，先由農業部訂出建議，再由食藥署舉行專家委員會，討論是否通過。
食藥署並沒有獨立的評估審查機制，吳焜裕認為，台灣如果注重食安，應設置獨立機構。而行政院食安辦公室雖於二○一三年成立，每年僅開會三至四次，並沒有實質獨立單位的作用，對現況來說「功效遠遠不夠」，也不足以管理食安。