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對此，翁明賢受訪時表示，尊重準總統個人事決策權，既然是政治任用，一定有其政治考量，「一切尊重」，重要的是，還是要看未來整體表現才是重點。
針對在野黨批評林飛帆將出任國安會副秘書長一職，翁明賢則表示，對此沒有特別看法。
有綠營人士則認為，不用掉入國民黨的批評與設定，說明林飛帆當年就是太陽花學運領袖，當時聚焦的議題就是服貿與貨貿，這其實是百分百的國安課題，日後進入民進黨體系也實質參與國家政策發展。
該人士說，外界酸領多少薪水、從學運走入體制等批評，這都沒有去看他過去參與學運為台灣帶來的變化與影響，過去這幾年林飛帆投入政治領域都在執行自己理想。
最後該人士指出，林飛帆經過這幾年的歷練後也深獲總統蔡英文、賴清德信任，在訪美期間相信與美方也有一定程度的對接，從太陽花世代領袖經過這幾年黨政歷練，到獲得國際友人肯定，實在看不出來哪裡不適合「很剛好啊」，至於批評薪水幾萬就只是羞辱，沒有就事論事的批評罷了。