為完善0403地震災後復原重建工作之迫切需求，行政院會2日通過「0403震災復原重建方案」，預計投入285.5億元，包含產業振興40.8億元，即刻展開整合及運用中央及地方資源，以最有效率的方式進行災後重建工作。
行政院說，0403震災復原重建組織架構，遵照陳揆於4月4日赴花蓮災害應變中心進行視察時，指示各部會應以「從優、從速、從簡」三項原則，盡全力協助地方政府救災及重建，並請政委吳澤成成立0403花蓮地震專案小組，透過跨部會整合、協調，列管推動各項復原重建工作。
行政院說，專案小組成員包括工程會、主計總處、經濟部、交通部、內政部、農業部、教育部、環境部、原民會、文化部、衛福部、勞動部、金管會、財政部等，積極推動各項公共設施復原重建、民間補貼及產業振興與減免措施。後續將請內政部主導進駐花蓮成立「危老重建輔導團及花蓮重建辦公室」，就近、就地貼心協助受災民眾，並即時提供有關居住安置、危老重建或都市更新等服務事項，實地瞭解民眾需求，提供全方位支持與幫忙。
至於經費來源，行政院說明，「0403震災復原重建方案」經費來源包括中央特種基金、前瞻、疫後特別預算、中央特別統籌分配稅款、中央災準金、中央二備金、地方災準金及賑災基金會民間善款等，其中公共設施搶修及重建（含中央及地方政府）經費需求184.4億元，民房災損安置及重建（包括慰助經費、安置方案及重建計畫等）58.4億元，產業振興40.8億元，其他保險補助及就業協助方案等1.9億元，合計總經費需求約285.5億元。
行政院說，113年度行政院及各相關部會已移緩濟急159.7億元支應，114年度（含以後）依各級政府實際重建執行進度，分年編列預算125.8億元完成各項重建工作。
此外，行政院發言人林子倫2日轉述陳揆裁示時指出，副院長鄭文燦多次召開相關會議，並將於周六率同各部會次長及人員前往花蓮，與花蓮縣政府進行面對面溝通，使受災民眾更加了解政府目前進行的各項工作，未來也會持續掌握相關進度及狀況。