兩岸關係陷入僵局，ECFA可能全面終止的危機尚未解除，產業界憂心，520新政府上台後，若兩岸關係不能改善、甚至更惡化，大陸恐將擴大採取貿易報復措施，不但可能造成台灣順差減少、投資萎縮、產業外移加速與失業人口增加，而且更加可能會導致兩岸脫鉤斷鏈。
中華經濟研究院指出，隨著中美科技脫鉤趨勢明顯化，全球供應鏈重新配置成為迫切需求，台灣作為關鍵的半導體製造基地，在國際經貿中的戰略地位日益凸顯，台灣急需重新評估與調整對中國大陸的相關政策，尤其是在經貿關係方面，正面應對大陸經濟前景的不確定性，以及對台灣施加的經濟壓力與融合策略。
工商團體負責人指出，不管是貿易限制、還是ECFA，都是需要經過協商與談判來解決，在中方已經祭出中止部分ECFA產品項目下，政府還不願正面應對，陸方恐會有進一步的動作，若中止項目持續擴大，甚至全面中止，以目前全球經濟處於低迷的情勢，受衝擊的產業，只能以減少產能、歇業，甚至是放無薪假的方式因應。
工商團體指出，一旦陸方持續擴大目前中止範圍到整個石化、機械或紡織等產業，對台灣影響會很大，未來在台灣的生產的相關產品輸出到大陸都會面臨高關稅，也會因此失去出口競爭力，屆時台灣相關產業勢必會被迫要到第三地投資，一旦台灣產業被迫出走，就會造成國內失業率的攀升，進一步造成社會問題。
工總：衝擊國內就業
工總也進一步指出，目前受到波及的石化業而言，對已全球布局的石化大廠來說，會以增加海外產能因應，縮減國內的產能，結果勢必會衝擊到國內就業；至於規模不大的中小企業廠商，也只能透過加速海外投資布局因應，其結果影響的也是國內就業，如果陸方持續取消台灣出口大陸產品的既有關稅優惠範圍至機械、紡織等，甚至是全面中止ECFA，對台灣從業人口眾多的傳產業，那將會是很大的衝擊。
中經院研究員劉大年就警告，綠政府並不打算繼續深化ECFA，而兩岸為此協議的球也握在陸方手裡，早收產品項目的出口業者大多是臺灣中小企業，實不應忽略。特別是ECFA是兩岸目前最具指標性的協定，若未來功能持續削減，更不利兩岸關係的發展。
盼兩岸恢復協商
賴政府新內閣人事公布的一大亮點是，新內閣兩岸事務成員中，陸委會主委由秘書長邱垂正接任、海基會董事長由行政院副院長鄭文燦擔任，外界倒是樂見其成。鄭文燦被讚為「知中派」，對中政策偏向理性派，曾在前總統陳水扁時代任海基會副秘書長外，後來也擔任過民進黨中國事務委員會發言人，對兩岸交流事務並不陌生。賴清德也說，「因為兩岸目前情勢比較特殊」，所以有這樣的安排，想要善用鄭協調的工作，以及他的過去的經驗，能夠推動兩岸的情勢，能夠往好的方向、正面的方向來發展。
此外，大陸國台辦在4/25釋出兩岸旅遊鬆綁的訊息，點起兩岸交流合作的光明希望。工商團體也因此期盼520的新政府，能一方面協助加速我廠商全球布局，另方面能釋出善意與陸方建立協商溝通管道。