新冠疫情趨緩，疾管署剩下1千萬劑即將到期的新冠家用快篩，請社區藥局協助發送並補助1200元上架，但基層醫療診所醫師表示，早在去年開始，疾管署就要求基層醫師幫忙發，一年來至少發了40~50萬劑，卻一毛錢都沒給，中華民國醫師公會全國聯合會對此「深感不公，且嚴重打擊基層診所防疫熱忱」發聲明抗議。
中華民國醫師公會全國聯合會表示，疫情期間，基層醫療醫師無償協助家用新冠快篩試劑配發，且全力配合。但五月初，疾管署邀請社區藥局也加入快篩免費發送，卻給予管理費用，基層診所同樣協助政府，卻未能比照獲得合理費用，使基層診所感到不公。
醫師公會全國聯合會理事林應然表示，早在去年疫情趨緩開始，疾管署的快篩庫存越來越多，已經請診所幫忙發送給來看診的民眾，一年下來已經發出40~50萬劑，不僅堆滿診所倉庫，且一開始還要求要記錄領取民眾的年紀等，下半年才變得寬鬆，「誰要拿就拿走」。
林應然表示，疾管署怕防疫物資買太多沒用完會被審計部查，因此每次一箱又一箱的寄過來，診所雖人力也吃緊，全力配合發送卻沒有錢，簡直軟土深掘。
疾管署副署長曾淑慧表示，疾管署上周五（5月10日）已經和全聯會開會，會中同意將研議補助方案，至於金額與補助方式，還在討論中。但為何藥局有錢，診所卻沒有錢？曾淑慧強調，由於去年疫情緊張，因此希望到診所就醫時，醫師可以為病人快篩做出鑑別診斷，和現在藥局的情況不同。
疾管署表示，為因應國內COVID-19 疫情，保障第一線醫療、防疫人員及民眾健康，本署撥配快篩試劑至醫療院所，以利醫療院所診治病人時，能及時鑑別診斷，分辨是否為COVID-19感染，以利後續醫療處置或運用於公衛防疫用途。各醫療院所如有快篩試劑需求，可與各縣市衛生局連繫。