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環境部推估，未來碳費開徵後，搭配自主減量計畫及指定目標等配套措施，在假設所有收費對象均提出自主減量計畫，且達成技術標竿指定削減率的情境下，預估收費對象相較其基準年，也就是2019年到2023年的5年平均排放量，可減少24%以上的排放量，就有助我國達成2030年國家自定貢獻。
環境部表示，我國收費排放量以0.2、0.4、0.6分期進行排放量調整期程規劃，參考國際免徵配額退場腳步逐步加嚴。並以歐盟為例表示，列管對象若屬高碳洩漏風險行業，且符合排放標竿者，就可以無條件取得100%排放配額，但我國則是要求收費對象需提出具有指定目標的自主減量計畫，並經過核定後，才是用碳洩漏風險係數調整收費排放量。並強調我國碳費機制高於高碳洩漏風險對象的處理，無外界所述過度折扣情況。
環境部指出，為鼓勵碳費收費對象帶動非碳費收費對象進行減量，優先讓資金留在國內投資各項減碳工作，設定收費對象使用自願減量專案及抵換專案的減量額度扣除收費排放量之比率為1.2，使用減量額度扣除上限，不得超過收費排放量的10%。
另限制只有非屬高碳洩漏風險的收費對象可使用國外減量額度來扣除收費排放量，扣除上限為5%，對於國外減量額度的來源及品質，未來也會參考巴黎協定規範，另定認可準則把關。
最後，環境部強調，審查碳費收費對象提出自主減量計畫的執行成效，將每年查核自主減量計畫執行進度，事業應在每年4/30前向環境部提交前一年度的自主減量計畫執行進度報告，符合執行進度者，當年可適用優惠費率。
環境部表示，若經查核事業未依照核定內容執行，將追繳當年度一般費率及優惠費率的差額，並命其限期改善，未在期限內改善，會依法廢止已核定的自主減量計畫。屆時該事業因未取得核定的自主減量計畫，除了以一般費率繳納碳費，也無法適用碳洩漏風險係數。