環保署日前有條件批准新田/落馬洲發展樞紐環評報告，3個環保團體聯合回應，批評署方的決定無視報告中的錯漏。環保署今日(19日)發稿從七點出發回應環團的質疑，環保署發言人表示，環評程序科學專業，《環境影響評估條例》和其下《技術備忘錄》定下了科學客觀的標準和要求，更為不同範疇指定專業主管當局，全面審視所有環評報告。環評程序亦公開透明，由工程項目倡議人提交工程項目簡介開始，所有步驟都在網上公開，以及設有兩階段的公眾查閱期諮詢，讓公眾及環諮會全面提出意見。環保署是在充分考慮了上述所有資料和意見，確定環評報告符合所有法定標準和要求，才會作出批准。
環保署綜合從7個方面回應：
1.環評研究概要的有效性：《技術備忘錄》就環評研究概要的要求有清晰指引，「環評研究概要的目的是列出環評研究的作用和目的、應予處理的環境課題所涵蓋範圍、須符合的環評研究規定，以及程序和報告上必要的規定。」《技術備忘錄》附件3更列出所有須要考慮的因素。環保署已按照《技術備忘錄》，確定研究概要已涵蓋所有須要評估的環境課題，並且符合所有相關要求。
2.生態基線調查和生態影響：生態基線調查的主要目是填補現有生態環境資料不足之處，並確認和評價生境及物種的生態價值。在環評研究範圍內已有大量及持續的生態資料，包括由環境及自然保育基金自二○一二年起資助的自然保育管理協議，以及多個環評研究和環境監察及審核報告等。相關資料都已被適當地納入環評研究的考量。
3.優先避免主要環境影響：環評報告已根據《技術備忘錄》的要求，按「避免」、「抑減」和「彌償」的優先次序原則，例如避開拉姆薩爾濕地、保留米埔隴村鷺鳥林核心區域及米埔村鷺鳥林、保留彭龍地成熟林地等。
4.繁殖鷺鳥及各類濕地雀鳥飛行的影響：環評研究已按照《技術備忘錄》及相關環評指南進行12個月生態基線調查，當中涵蓋鷺鳥林及夜棲地上空的雀鳥飛行路線調查，生態影響評估亦已考慮因覓食地損失或干擾而對白鷺和蒼鷺繁殖造成的間接影響。環評報告建議透過劃定非建築用地及嚴謹的建築物高度限制；保留300米闊（與青衣北橋的闊度相若）的雀鳥東西飛行廊道；為米埔隴村鷺鳥林保留70米闊的飛行路徑。現時途經屯門公園（香港十大鷺鳥棲息地）的屯門河，作為雀鳥經常飛行的廊道的闊度也只是75米，所以足以滿足作為鷺鳥飛行路徑。
5.歐亞水獺的影響及生態走廊的設計詳情：環評報告已根據文獻記錄（於區內發現到水獺糞便而非水獺）假設有水獺出沒並進行了相應評估。在聽取環保團體和環諮會的意見及參考台灣對保育歐亞水獺的經驗後，提出有利於水獺活動的優化措施，包括建立10米闊含水景設計的地面生態走廊；不少於六平方米含自然採光的地下生態走廊；加寬連接深圳河地下水道的格柵間隙；以及在主河道的堤壩和水閘位置增設水獺專用的梯子或繞路。
6.生態補償有效性：環評報告已參考上水至落馬洲鐵路支線工程的實際經驗，透過積極管理提升魚塘濕地的生態功能及承載力，以事實證明生態補償的有效性。環評報告建議採取多種措施，包括將較小和分散的魚塘合併成較大的水體、設置人工棲息島、改善塘壆、調降魚塘水位，以及有需要時進行雜魚放養等，以創造及提升環境質數及容量。香港觀鳥會的網頁亦指出，單靠調降魚塘水位已可將雀鳥數目提升高達19倍之多。而現時環評報告只保守地假設提升45%，已足以彌補因發展新田科技城所造成的生態影響。
7.緩解和補償措施及《生境創造及管理計劃》：環評報告已針對施工期間的潛在生態影響訂定了緩解措施，包括在施工範圍邊界裝設隔音屏障及分階段於非候鳥出沒的季節進行施工，輔以相應的環境監察要求以減低施工期間對生態的影響。土木工程拓展署（土拓署）亦會在米埔實施一系列的濕地優化措施，包括修復連接米埔自然護理區的基圍及內后海灣的水道，改善基圍換水，從而增加魚蝦數目以供候鳥覓食，以及清除部分入侵內后海灣泥灘的外來紅樹海桑，以增加候鳥的覓食及棲息空間。此外，土拓署並會於后海灣實施過渡性濕地優化措施，包括修復后海灣內已荒置的魚塘及執行放養魚類等積極的管理措施。在擬議的生態友善魚塘建造工程展開之前，亦不會展開工程項目的填塘工程。
土拓署亦已按環諮會要求提交《生境創造及管理計劃》擬稿，並將成立包括相關政府部門、綠色團體及學者代表的環境監察小組，就各項實施計劃的制定提供意見。
環保署表示，署方已充份考慮環評報告公眾查閱期間收到的意見，以及按《技術備忘錄》徵詢各相關專業主管當局，環諮會亦一致通過環評報告及其建議。署方期望能透過環評程序優化項目，使新田／落馬洲發展樞紐能提升其生態環境，成為一個可持續、宜居和城鄉與自然共融的好地方。