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為了避免預約通行出現混亂，山梨縣政府將在5月20日上午10時（台灣時間上午9時）起開放民眾在縣府等單位營運的「富士登山官方網站」預約通行證，預約系統設有日文、英文、中文頁面。
民眾可使用手機或電腦，最晚必須在登山日的前一天晚間11時59分前，登錄姓名、聯絡方式、登山時段、預約的山屋等資訊，並透過信用卡支付2000日圓（約台幣416元）的「通行費」，也可以選擇同時結清1000日圓的「保全協力金」。預約完成之後，民眾抵達富士山5合目後，出示預約完成的QR Code以及付款證明給事前預約專用窗口，就會收到手腕帶。
線上預約的名額每日最多3000人，如果民眾有事前預約的話，一定可在指定時間內通過閘門。其餘1000個名額將開放當天預約。而當天可預約的人數將透過社群媒體等方式公布。
另外為滿足旅行社需求，也可由1名代表處理交易，最多可處理100人的費用。不過民眾因個人因素更改或取消預約通行的話，不能退款。
富士山共有4條攻頂登山步道，其中1條位在山梨縣內，其餘3條位在靜岡縣內。靜岡縣政府也預計再6月左右啟用入山管理系統，供登山客事前登記登山日程、山屋名稱等資訊。