卓內閣上任，農業部長陳駿季獲得真除，是少數留任的閣員，他24日接受《中國時報》專訪時，除談及未來施政的想法，也特別提到，去年進口蛋引發的爭議會深刻檢討，未來將透過雞蛋冷鏈制度，並在民間建立安全庫存，不再專案進口。至於農業部常被詬病花大錢補助和宣導，他強調，錢都有用在刀口上，反認為錢不夠。
2023年我國爆發過嚴重蛋荒，價格飆漲、民怨不斷，農業部因而啟動專案進口雞蛋，但又衍生一連串爭議，讓首任農業部部長陳吉仲為此辭職下台，時任政務次長的陳駿季臨危受命擔任代理部長。
陳駿季雖稱不願意回憶過去，但他仍清楚記得自己是9月21日接任代理部長，當時每天忙到深夜，就是為了隔天要回應媒體，還強調同仁受了很多委屈。
不過，即使前部長陳吉仲下台前，仍強調進口蛋是正確的政策，但陳駿季昨除強調，農業部會深刻檢討，未來也不再透過專案進口。
至於如何解決缺蛋問題，陳駿季表示，不會再採用專案進口的方式，而是採關稅減讓，由民間貿易商進口。另外，蛋的產量會有季節性的變化，也將協助蛋場及洗選場建立冷鏈制度，並把庫存藏在民間，讓蛋價供需能維持平穩。
此外，陳駿季也提到，從蛋問題也反映出台灣農業因為資訊落差，造成產銷失衡，導致價格大幅波動的問題，並指出，目前各項農業調查制度不夠健全，將精進調查員人力、技術，唯有更精準的調查才能讓農業的決策更好。
另外，農業部過去因編列1450萬元的「加強農業訊息因應對策計畫」，被戲稱是網軍1450始祖，但陳駿季認為，1450是政治操作出來的名詞，這些經費不是用在特定政黨，是服務農民，且農業部是「永遠執政黨」，宣導當然有必要，且經費不夠。
除政策宣導經費，農業部也被批評愛撒幣。但陳駿季認為，農業部相關經費除用在天然災害救助，也用在冷鏈、農水路等基礎環境建設以及外銷，尤其農業有其特殊性，如果不提供農民救助復耕，投入資源興建基礎建設，將無法處理後端市場問題，所以受益的除農民，也包括消費者。
而面對極端氣候造成農漁減產，他則提到，農業部會提早規畫移動作物產區，並栽培更耐熱品種或更有效率的用水技術。
至於為達成2050淨零碳排，政府規畫大量光電，外界憂心光電板將入侵農地，陳駿季強調，漁電共生應落實養殖，因此已成立輔導團隊強化檢核，未來如果不改善恐怕就會斷電，直言「不能持續賣電，卻慢慢改善」。