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原本監委權力頗大，還負責對司法院正副院長、大法官，考試院正副院長、考試委員行使同意權，甚至能對總統提出彈劾，但修憲後，相關職權都已有所不同，且彈劾總統的權力，也已移轉給立法院，現行的監查院，只剩針對公務機關的彈劾、糾舉及審計權。
民進黨一向支持三權獨立，主張廢除考監兩院，前總統陳水扁2004年在原監委任期屆滿時，提名監委名單，遭當時泛藍陣營杯葛，也乾脆不再換名單，讓監院正副院長與監委處於空窗狀態長達3年半。
2007年大法官《釋字第632號解釋》，認定立法院破壞憲政體制，嚴正要求立法院盡快進行適當處理。不過也一直要到2008年5月20日馬英九上任總統後，才重新提名監察院正副院長與監委。
監察院過去較知名的彈劾案，當屬1952年彈劾當時的副總統李宗仁，理由是李宗仁代理總統違法失職，但實際上是政府遷台後，李宗仁赴美，未一同來台。
另外，總統賴清德擔任台南市長時，不滿議長李全教涉賄選，拒進議會209天，也曾遭監院彈劾，賴清德當時也痛罵監委是選擇性辦案。而賴清德的愛將、曾任內政部次長的陳宗彥，捲入嫖妓案，監察院雖提出彈劾但卻未通過，又換藍營批監察院已淪為民進黨的酬庸院。