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2013年4月，綠委不滿法務部把前總統陳水扁移到台中培德監獄，率領一行十餘人，到法務部踢館，邱議瑩還一腳踹破法務部長辦公室大門。不過到了年底，法務部「以和為貴」為由撤回告訴，邱議瑩獲不起訴處分。
2016年11月，經濟委員會審農委會預算，因民進黨政府打算開放進口日本核災地區食品，國民黨立委提案要求農委會先對此進行專案報告，在藍綠立委爭吵過程中，邱議瑩脫口說，「不跟你們吵了啦，跟你們這些番仔講話也沒效」。國民黨原住民立委廖國棟、孔文吉等人隨後開記者會譴責譴責邱議瑩，要求將邱議瑩移送紀律委員會。不過隔天，邱議瑩公開在院會三鞠躬道歉。
邱議瑩問政風格嗆辣，但也不是沒有被藍委「修理」過。2010年4月，藍綠審陸生來台法案，邱議瑩不斷罵藍委無恥，時任藍委呂學樟怒嗆，「你罵誰無恥？」還猛然把邱議瑩推倒在地。2017年7月13日，立法院臨時會審查《前瞻基礎建設特別條例》草案的全院談話會時，國民黨立委許淑華不滿邱議瑩在談話會時拉扯同黨立委李彥秀，兩人爆發肢體衝突，許淑華呼了邱議瑩一巴掌。
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