台灣獨一無二的碳費制度，引發產業界可能被同時收取碳費和貨物稅的「雙重課稅」質疑，業界希望財政部可以新設能源稅（碳稅）取代貨物稅，讓相關稅率明確化，也有助接軌國際。企業界則強調，台灣現行課徵的貨物稅，課稅標的中就有油氣、車輛等，已具備環境稅的性質，如果政府再加徵碳費，等於一隻牛被剝兩層皮，是「雙重課稅」，且未必能國際抵減，因此要求政府直接端出能源稅（碳稅）。
現行貨物稅 具環保功能
財政部指出，現行貨物稅具環保與社會政策功能，須整體通盤考量並配合政策滾動式檢討；目前政策是以推動碳費與碳交易制度先行，財政部將視碳費徵收情形，評估能源稅或碳稅可行性。
英國倫敦大學學院客座教授、台灣零碳協會理事長陳治維指出，政府要收碳費、碳稅，產業界最關心的，仍是徵收金額和範圍必須清晰，以便於規劃成本和營運調整，但政府如要課徵碳費，則必須要注意適法性的問題。使用特別公課這種經濟性管制工具，政府需要確保徵收的這筆金額是否能適當反映企業排碳的外部成本，避免絞殺性課稅的問題。而收到的碳費則是要確保投入國內的減碳行動，使其符合《氣候變遷因應法》的立法宗旨，達成2050淨零碳排這個目標。如果做不到這一點，那麼徵收碳費的合法性就會受到質疑。
此外，政治大學財政學系特聘教授連明賢指出，考慮到台灣是一個出口導向的經濟體，政府還需要努力通過國際談判，盡量減少雙重課徵的風險和影響，新作法以不影響貨物稅為原則。財政部也已妥託台北大學進行碳稅接軌碳費和檢討貨物稅的可行性研究，相關報告預計11月30日完成；內部也持續觀察國際間能源稅辦法。但官員也無奈表示，現行政策就是碳費先行，並非財政部可以說課碳稅就課。
台灣徵收碳費 獨步全球
KPMG安侯建業會計師事務所分析，國際迄今約有70個國家地區或城市是「排碳有價」，其中一半是開徵碳稅，例如瑞士、芬蘭和日本、新加坡；另一半是總量管制交易體系（Cap and Trade），台灣的碳費，可說「獨步全球」。
碳費和碳稅最大的差異是主管機關不同，碳費由環保署徵收，可專款專用於減排，例如氣候變遷因應法已列出九種碳費用途；碳稅則由財政部徵收，稅收混入國家財政稅收統收統支，例如可用於社會福利或基礎建設。
會計業者指出，除了企業界，國外以難以理解台灣為何是徵收「碳費」而非「碳稅」，因為台灣過去徵收的費用機制，例如空污費、水污費、土污費，多與污染有關，但二氧化碳沒有後端癈棄處理需求，國際也未視其為污染物。
「與其因為未來國內碳費收取不足，導致課稅權轉移到歐盟或其它國家，財政部應直接實施碳稅」，業者表示，碳費最大的問題就是「妾身未明」，政府的滾動調整只會造成企業無謂的陣痛，倒不如一開始就寫明遊戲規則。
財政部官員表示，有聽到業者的聲音，但對未來會不會從碳費轉型碳稅，「目前真的沒有時程表」，須視整體碳費施行結果，審慎通盤評估，後續如要以課徵碳稅銜接碳費，也會併同檢討貨物稅等相關稅目的課稅項目。