台鐵花蓮崇德站上月受強震影響，月台雨棚柱受損嚴重，車站因此暫時停用進行補強，經1個多月的積極施工，預計月底完成結構技師鑑定報告，將送花蓮縣政府撤除黃單，有望6月中旬前恢復營運。另，和仁站南邊路段受土石流影響，目前維持30公里慢行，預計7月底前完成修復工程，恢復正常行駛速度。
台鐵公司指出，0403花蓮大地震造成崇德站第一、二月台38支雨棚柱受損，在東區營運處及花蓮工務段努力投入補強作業下，已在24日完成結構補強，第一月台南側舊雨棚也在25日完成補強，預計31日前完成結構技師鑑定報告，送縣府建管科撤除黃單。
另外，4月22日豪大雨造成和仁地區發生土石流，大量泥流淹蓋和仁站南邊K48＋500路段，影響火車運行，台鐵公司雖在1天內搶修中斷路段且恢復通車，但現場依然可見土石殘留的痕跡，台鐵公司確保列車行車安全，目前仍維持30公里慢行，輔以人工監看，並同步進行排水道疏濬、路基整理、換碴等工程。
台鐵公司表示，和仁站南邊路線整修，包括東、西正線共650米，目前清除載運廢碴累計145輛敞車，換碴整修西正線273米，進度約38％，預定7月底全部完成後，屆時列車即可恢復常速行駛。
台鐵公司董事長杜微表示，目前餘震時有發生，提醒工作人員要和公路局緊密協同，監控台9丁線上邊坡狀況，工務段值班室也應隨時注意增設雨量計，及土石流預警系統監控畫面，全面保障施工安全。
杜微也要求工程單位立即規畫下一階段和仁及崇德路段邊坡防護、排水系統等工程加強計畫，並儘速更換道岔，確保營運安全。