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外交部強調，雙方政府原即規畫將合作內容與進度適時適度對外說明，但並非公布約本。此與我內部公文密等核定、變更或解密無關，也不應以此合理化立法委員的洩密行為。
外交部重申，本案公文文書雖基於外交考量列為密等，但是全案仍循公開、透明原則，遵照《條約締結法》規定，於簽約前報請行政院核定，並於簽約後分別報請行政院及立法院備查，提供立法院委員參考。
外交部表示，徐巧芯收到外交部送往立法院備查的備忘錄約文後，如果有疑義可以請外交部派員說明，或以召開「祕密會議」方式處理，而非視機密保護於無物，逕自在媒體面前公開列密文件，藉以博取聲量和轉移輿論對其關注焦點，甚至傷害我國與友好國家間的互信合作關係。
外交部指出，由於戰區各醫院醫療設備與用品的需求不同，且採購上具備時效性，基於外交與醫療專業上的信任，所以我方給予捷方規畫採購上的彈性，且也回應立法院要求，指定部分須向台灣製造商採購，創造台灣商機。
外交部也強調，「捷克衛生科技院」是獲得捷克外交部、衛生部及工商部支持的單位，負責執行兩國合作計畫，並非是徐巧芯指稱的私人公司，她的說法明顯不符事實、混淆視聽。