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不過，國土管理署（國土署）澄清，指出合法使用的農牧用地在未來《國土計畫法》上路後，一樣還是可以從事農作、農業產銷設施等用途，強調與現行規定一致，且既有合法使用不受影響，不會增加管制。
另對於天價罰金部分，國土署也鄭重提出回應，依據《國土計畫法》第38條規定未符合國土功能分區及分類使用原則，是會依據個案違規情形，進行分類分級的裁罰，特此澄清。
國土署說明，《國土計畫法》第38條規定，針對大規模使用，例如2公頃以上之大型開發案，才會視違規情節適用30萬以上之罰則，一般小面積之土地使用違規與現行區域計畫法規定相同，罰款為6萬到30萬，並非國土計畫法上路後，所有農地違規均應裁罰高額罰金，特此說明。此外，違反國土計畫法釀成災害、致人於死或致人重傷者，才會受到刑責處罰。
各縣市政府可依轄區發展需求進行檢討調整
最後，國土署表示，國土功能分區是由地方政府依照轄內農地條件及各級國土計畫指導來進行劃設，明（2025）年4月30日國土計畫法正式上路後，地方政府一樣可以依發展需求進行檢討與調整。此外，既有農地、建地也將依照「國土計畫土地使用管制規則」規定，保障合法使用權利，絕不會犧牲農民權益。