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《立法院職權行使法》修法後，規定新任總統必須到立法院國情報告，並採即問即答。民進黨批違憲。不過柯建銘2012年曾與親民黨、台聯三黨聯合開記者會，要求剛連任成功的總統馬英九到立法院國情報告，「勇敢面對所有問題，能夠即問即答」。但3月22日柯建銘受訪說，立法院所有的總統國情報告，其實都不會成功，因為這有憲法層次的問題，都只是朝野政治攻防的手段，而國民黨團提案，要求總統國情報告完後應採「即時詢答」，這一定違憲。
二、朝野協商限制人數
立法院長2月選舉時，民眾黨立委陳昭姿因投票單沾上印泥，而被當日臨時會議主席柯建銘判定為無效票，民眾黨在2月首次朝野協商時，再提此事，柯建銘不滿，直批民眾黨讓不是黨團三長的林國成、陳昭姿進場，是在烙人嗎？這能看嗎？是要輸贏嗎？
韓國瑜之後宣告，朝野協商只有黨團三長能出席，其他人要出席，需徵得其他黨團同意。5月時朝野協商討論國會改革法案，綠委鍾佳濱出席，但因不是黨團幹部，遭韓國瑜請出場。柯建銘痛批，歷年來朝野協商，從來沒有院長這樣把願意出席關心議題的立委請出場。但對於2月時的協商批民眾黨「烙人」，柯建銘說，那是情緒發言。
三、立法院主導法案增加行政院預算
韓國瑜16日召集朝野協商，討論國民黨立院黨團總召傅崐萁提案《環島高速鐵路建設特別條例》草案與《花東快速公路建設特別條例》草案2案，柯建銘認為，立法機關不能幫行政機關定特別條例，要求編列特別預算。黃國昌說，2005年扁政府時期，40名民進黨立委也曾提出《石門水庫及其集水區整治特別條例》。
柯建銘回應，當時因為前總統陳水扁剛上任，需要擴大公共建設，提出8年8千億預算，馬英九上任時，也提出擴大公建；當時有立委認為石門水庫淤積很嚴重，因此才有《石門水庫及其集水區整治特別條例》，而且有行政部門同意。
四、立法院表決採舉手表決
立法院審國會改革法案期間，國民黨立委佔主席台，保護韓國瑜要讓議事順利進行，民進黨立委則在台下抗議強行表決，還用舉手表決，根本黑箱，場外也有不少群眾聚集抗議。國會變武鬥場，還鬧上國際媒體版面，柯建銘說喊話，朝野必須坐下來談，建立遊戲規則。
不過事實上，24日院會開始韓國瑜宣示，若不要用舉手表決，要改用表決器表決，希望各黨團都同意，立委都回到位置上坐下來。柯建銘直接嗆，竟然叫民進黨團保證不佔領主席台，才要按表決器，「你當民進黨團是白癡嗎？」