Atestatul care confirmă existența satului Cotroceni sau Cotrăceni, așa cum este menționat în hrisovul lui Radu-vodă Mihnea din 27 noiembrie 1614, arată că acesta a fost inclus „pe seama domniei” în timpul lui Mihai Viteazul.
Prin urmare, satul exista deja în secolul al XVI-lea sau chiar înainte, având în vedere descoperirea unei locuințe din epoca neolitică în timpul săpăturilor efectuate pe latura de sud a incintei principale.
Aceste săpături au dezvăluit câteva bucăți de cărămidă arsă și o piesă din silex, indicând existența unei așezări umane la Cotroceni încă din vremuri străvechi.
În plus, decorul unuia dintre vestigiile ceramice descoperite era identic cu cel de pe mânerul unui ulcior găsit în aceeași zonă, alături de alte obiecte precum monede, sfeșnice, pipe, ulcele, căni și platouri, care datează din secolul al XVII-lea.
Printre aceste artefacte s-au găsit și piese din Murano, care puteau fi aduse la Cotroceni doar de către domnitor sau membrii familiei sale, care au fost educați în principal în școlile și universitățile din nordul Italiei.
Cotroceni era considerat „o nestemată ascunsă în inima codrului”, după cum a afirmat Nicolae Iorga, și a fost locul în care s-a purtat strălucirea și mândria acestei așezări de-a lungul secolelor.
Cronicile și însemnările timpului subliniază deschiderea fără precedent către Occident, evidențiind asimilarea masivă a cunoștințelor dobândite în școlile italienești de înaltă calitate și cultivarea unor relații diplomatice intense cu înalta curte de la Viena.
Aceste evoluții au fost posibile datorită ambiției voievodului Șerban și abilității subtile a stolnicului Constantin Cantacuzino, fratele domnitorului.
Cu toate acestea, cea mai convingătoare mărturie a existenței Cotroceniului o reprezintă zidurile timpului, care dezvăluie taina și istoria acestei așezări.
Fratele lui Șerban Cantacuzino, stolnicul Mihai, care a studiat arhitectura la Padova, a fost numit ispravnic la prima lucrare construită de voievod după urcarea pe tron.
Tot în acest fel a procedat și Constantin Brâncoveanu la Hurezi, desemnându-l ca ispravnic pe unchiul său, Mihai Cantacuzino stolnicul, și fiind ajutat de Pârvu, văr al domnitorului după mamă.
Sub îndrumarea lor, au fost construite case domnești, chiliile și mai ales biserica ansamblului de arhitectură românească.
Înainte de ridicarea bisericii, în acest loc din luminișul codrilor Cotrocenilor, a existat un schit dedicat sfinților Serghie și Vach.
Aici, în 1669, a avut loc o răscoală a boierilor condusă de Șerban Cantacuzino, care a cerut „curățirea pământului de greci, spre a reveni la bunele datini de pe vremea lui Vodă Matei bătrânul”.
Ulterior, când Șerban Cantacuzino a fost prigonit, s-a ascuns la Cotroceni timp de trei zile, scăpând de furia domnitorului Gheorghe Duca.
Aici, el s-a angajat în fața lui Dumnezeu să ridice o mănăstire ca semn de recunoștință, iar construcția acesteia a început pe 26 mai 1679.
Mănăstirea Cotroceni a atras admirația călătorilor străini și a cărturarilor vremii, fiind considerată cea mai frumoasă din ținutul domniilor.
Anton Maria del Chiaro a lăudat „marile clădiri” ale acestei mănăstiri, iar călătorul englez Edmund Chisthall a descris ansamblul în detaliu în timpul vizitei sale din 1702.
Șerban Cantacuzino a dominat scena politică și culturală a Țării Românești timp de zece ani și a lăsat o moștenire durabilă în istoria țării.
În ciuda participării la asediul Vienei alături de turci, el a fost un prieten al creștinilor și a negociat cu împăratul Leopold pentru a înlocui dominația turcească cu protectoratul austriac. Cu toate acestea, pe neașteptate, pe 29 octombrie 1688, Șerban a murit, iar țara întreagă a fost cuprinsă de doliu.
Dintre cei șapte copii ai săi, au rămas înregistrări despre viața ulterioară a Casandrei, Smarandei, Mariei, Gheorghe și Bălașei, care și-au continuat traiectoriile personale și familiale în istoria țării.
Ctitorul și o parte din familia sa au fost îngropați la Mănăstirea Cotroceni, iar locul lor este marcat de lespezi tombale în pronaosul bisericii, aflându-se chipurile sfinților pictați de Pârvu Mutu.