AGI - Secondo l’analisi preliminare dei dati genomici, da mesi un ceppo di influenza aviaria altamente patogeno si sta diffondendo nel bestiame americano . È probabile che l’epidemia sia iniziata quando il virus è passato da un uccello infetto a una mucca, probabilmente verso la fine di dicembre o l’inizio di gennaio. Ciò implica una diffusione prolungata e non rilevata del virus, suggerendo che più bovini negli Stati Uniti, e anche nelle regioni vicine, potrebbero essere stati infettati dall’influenza aviaria rispetto a quanto attualmente riportato. Queste conclusioni si basano sulle prime analisi effettuate, a seguito del deposito di dati genomici da parte del Dipartimento dell’Agricoltura degli Stati Uniti (USDA) in un archivio pubblico all’inizio di questa settimana. Ma con sgomento degli scienziati, i dati pubblicati non includono informazioni critiche che potrebbero far luce sulle origini e sull’evoluzione dell’epidemia. I ricercatori esprimono anche preoccupazione per il fatto che i dati genomici non siano stati rilasciati fino a quasi quattro settimane dopo l’annuncio dell’epidemia. La velocità è particolarmente importante per gli agenti patogeni respiratori a rapida diffusione che hanno il potenziale di scatenare pandemie, afferma Tulio de Oliveira , bioinformatico presso l’Università di Stellenbosch in Sud Africa. Non si prevede che l’epidemia nel bestiame consentirà al virus di acquisire la capacità di diffondersi tra le persone, ma i ricercatori affermano che è importante essere vigili.
“Nella risposta a un’epidemia, più velocemente si ottengono dati, prima si può agire”, afferma Martha Nelson, epidemiologa genomica presso il National Center for Biotechnology Information (NCBI) a Bethesda, nel Maryland sentita da “Nature”. Nelson aggiunge che con ogni settimana che passa, la finestra per controllare l’epidemia si restringe. Il 25 marzo le autorità federali USA hanno annunciato che nelle mucche da latte era stato rilevato un ceppo di influenza aviaria altamente patogeno. Successivamente l’USDA ha confermato l’infezione del ceppo denominato H5N1 in 34 allevamenti da latte in nove stati. Tra la fine di marzo e l’inizio di aprile, l’USDA ha pubblicato una serie di sequenze virali di mucche campionate in Texas e la sequenza di un caso umano, sull’archivio GISAID . Il 21 aprile, l’USDA ha pubblicato ulteriori dati di sequenziamento sull’archivio Sequence Read Archive (SRA). L’ultimo caricamento includeva circa 10 gigabyte di informazioni sul sequenziamento di 239 animali, tra cui mucche, polli e gatti, afferma Karthik Gangavarapu, biologo computazionale presso Scripps Research a La Jolla, che ha elaborato i dati grezzi. L’analisi dei genomi suggerisce che l’epidemia di bestiame è iniziata probabilmente con un singolo salto di specie a dicembre o all’inizio di gennaio.
“Questo virus si sta chiaramente trasmettendo in qualche modo tra le mucche”, afferma Louise Moncla, virologa evoluzionista dell’Università della Pennsylvania a Filadelfia, che ha studiato i dati genomici. Nelson, che sta analizzando i dati, afferma di essere rimasta molto sorpresa dall’entità della diversità genetica nel virus che infetta i bovini, il che indica che il virus ha avuto mesi per evolversi. Tra le mutazioni ci sono cambiamenti nella sezione della proteina virale che gli scienziati hanno collegato al possibile adattamento alla diffusione nei mammiferi, dice. I dati mostrano anche saltuari “rimbalzi” dalle mucche infette agli uccelli e ai gatti. “Si tratta di un’epidemia multi-ospite”, afferma Nelson. Un singolo salto, avvenuto molti mesi fa, è “la conclusione più affidabile che si possa trarre”, sulla base dei dati disponibili, afferma Eric Bortz, virologo dell’Università dell’Alaska Anchorage. Gli scienziati non hanno informazioni sulla data precisa di raccolta di ciascun campione e sullo stato in cui è stato raccolto. Tali lacune sono “molto anormali”, osserva Nelson.
I “metadati” mancanti rendono più difficile rispondere a molte domande aperte, come ad esempio come il virus si trasmette tra le mucche, e rendono difficile stabilire esattamente quando il virus si è trasmesso alle mucche stesse dagli uccelli. Queste informazioni potrebbero aiutare a controllare l’ulteriore diffusione del virus e a proteggere i lavoratori degli allevamenti di bestiame. I ricercatori vogliono anche effettuare più tamponi su bovini e uccelli selvatici per ottenere maggiori informazioni sull’origine esatta dell’epidemia e per decifrare un altro enigma. I dati genomici rivelano che il genoma virale sequenziato dalla persona infetta non include alcune delle mutazioni distintive osservate nei bovini. “Questo è un mistero per tutti”, dice Nelson. Una possibilità è che la persona sia stata infettata da un ceppo virale separato, che ha infettato bovini non sottoposti a tampone. Un altro scenario meno probabile, che non può essere escluso, dice la Nelson, è che la persona sia stata infettata direttamente da un uccello selvatico. Shilo Weir, specialista in affari pubblici presso l’USDA, afferma che l’agenzia ha deciso di pubblicare così i dati della sull’SRA per renderli pubblici il prima possibile. Weir afferma che l’agenzia “lavorerà il più rapidamente possibile” per pubblicare file selezionati su GISAID con informazioni epidemiologiche pertinenti e continuerà a rendere disponibili i dati grezzi sull’SRA su base continuativa.