Zuvor endeten unter seiner Führung die revolutionären Bauernkriege bei Bad Frankenhausen (Thüringen) in einer blutigen (zeitweisen) Niederlage. Friedrich Engels bezeichnete die Bauernkriege als "großartigsten Revolutionsversuch des deutschen Volkes". Müntzer kämpfte für eine Welt "für den gemeinen Mann, durch den gemeinen Mann!". Unter dieser neuen Welt verstand Müntzer eine Gesellschaft, die frei sein sollte von Privateigentum und Klassenunterschieden: "Die Gemeinschaft aller Güter, die gleiche Verpflichtung aller zur Arbeit und die Abschaffung aller Obrigkeit wurde proklamiert".
Thomas Müntzer setzte sich dafür ein, dass das Volk seine Geschicke selbst in die Hand nimmt und seinen eigenen Kopf gebraucht: "Deshalb musst auch du, gemeiner Mann, selber gelehret werden, auf dass du nicht länger verführet werdest" und: "Die Gewalt soll gegeben dem gemeinen Volk und der Gemeinde".
Müntzers bürgerlicher Gegenspieler, Martin Luther, wird heute von den Herrschenden bejubelt. Als es ernst wurde und die Massen, vor allem der leibeigenen, feudal geknechteten Bauern, ihr Himmelreich auf Erden errichten wollten, unterstützte Luther die Fürsten. Über die aufständischen Bauern erklärte er: "Man soll sie zerschmeißen, würgen und stechen, heimlich und öffentlich, wer da kann, wie man einen tollen Hund totschlagen muß." 2025 jähren sich die Bauernkriege zum 500. Mal.