أقر قانون التصالح في مخالفات البناء ، بعضا من الحالات التي يرفض فيها التصالح وتقنين الأوضاع، حيث نصت المادة 12 من القانون على أن تصدر السلطة المختصة قرارًا مسببًا برفض التصالح وتقنين الأوضاع، أو باعتبار قرار قبول التصالح وتقنين الأوضاع كأن لم يكن، بحسب الأحوال، وذلك في الحالات الآتية:
1- رفض اللجنة المنصوص عليها في المادة (5) من هذا القانون طلب التصالح، وفوات مواعيد عدم التظلم، أو تأييد لجنة التظلمات لقرار اللجنة بالرفض.
2- عدم سداد كامل مبلغ مقابل التصالح خلال ستين يوما من تاريخ إخطار مقدم طلب التصالح بموافقة اللجنة على الطلب، وذلك في أحوال السداد الفوري.
3- التقاعس عن سداد قسطين من الأقساط المستحقة من مقابل التصالح.
4- حدوث تغيير أو تعديل في محل التصالح.
5- عدم صحة المستندات أو البيانات المتعلقة بطلب التصالح مقارنة بالواقع، ويجب أن يتضمن القرار استكمال الإجراءات القانونية والتنفيذية اللازمة، أو تصحيح الأعمال المخالفة وفق أحكام قانون البناء المشار إليه، ويتم استئناف نظر الدعاوى والتحقيقات الموقوفة وتنفيذ الأحكام والقرارات الصادرة في شأن الأعمال المخالفة.