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何佩珊畢業後進入立法院長年擔任國會助理,為資深國會幕僚,她從1993年就擔任柯建銘辦公室主任,跟隨柯建銘超過20年,期間曾身兼民主進步黨政策委員會副執行長,協助議題研究工作、匯聚社會共識、擬定政策方向等。
2016年5月蔡政府上任後,為加強行政院與立法院間的溝通,何佩珊同年6月轉任行政院副秘書長,持續發揮其熟悉國會議事運作、熟稔政策推動實務工作,以及善於溝通調和等專業能力,扮演與立法院溝通協調的角色,襄助行政院推動各項法案,從立法院到行政院,資歷相當完整。
只是,2017年民進黨欲推《勞基法》修法時,何佩珊與民進黨立委林淑芬發生口角引起外界關注,林淑芬質詢時說,「《勞基法》30年來的翻轉,勞工的命運也整個翻轉,這次修法犧牲了勞工生命、健康,勞動部居然還要鬆綁七休一,過勞死是『人命關天』的事情,但《勞基法》修法居然還得經過經濟部同意,這是對勞工最大的羞辱」;由於質詢時間到,時任召委林靜儀催促林淑芬結束發言,林淑芬不滿直呼,面對如此重大的修法,每個委員竟然只能花6分鐘問完所有的問題,「那你們在逐條審查時會讓我們暢所欲言嗎?」。
林淑芬離開會議室時巧遇到場的何佩珊,何佩珊私下對林淑芬說,「你夠了吧?」引發林淑芬不滿,嗆聲行政院副秘書長居然說出這種話,「這不是藐視國會,什麼才是藐視國會?」但為避免私下的紛爭擴大,何佩珊不再回應林淑芬。