首个对叶榕完整基因组发布
为榕属植物性别演化提供重要资源
对叶榕是一种广泛分布于我国南方的植物。近日,中国农业科学院深圳农业基因组研究所农业基因组学技术研发与应用创新团队发布首个对叶榕的完整基因组,修正了此前学界对其基因组测序绘制中存在的大量间隙和组装错误,大幅提升了对叶榕基因组的连续性、完整性和准确性,为榕属植物性别演化提供了重要资源。
据介绍,榕树是桑科榕属800多种植物的统称,广泛分布于热带和亚热带地区。榕属植物包含6个亚属,一半雌雄同株(单棵榕树上包含正常的雌花和雄花),一半功能性雌雄异株(雌榕树仅含有雌花,雄榕树包含雄花和短花柱雌花)。其中,对叶榕是聚果榕亚属比较古老的雌雄异株植物,具有明显的性别分化。从生物学角度看,解析对叶榕的基因组对研究榕属植物性别分化及相关生物学性状和基因功能至关重要,然而,此前对叶榕基因组存在大量的信息缺失和组装错误,阻碍了进一步的研究。
在国家自然科学基金等项目的支持下,科研团队综合利用多种测序技术,在原有基因组基础上重新组装、完善,发布了首个对叶榕所有染色体端粒到端粒完整无间隙的基因组。该基因组大小371.8兆,所有序列均挂载到14条染色体上,成功注释了26642个编码蛋白基因,经评估,基因组的完整度、连续性和准确性均得到了大幅提升。
另据了解,科研团队还进一步组装榕属植物首个完整的性别决定区域,鉴定榕树的性别决定基因,并构建对叶榕雄性和雌性花不同发育时期的基因调控网络,从而发现雄花发育的关键基因。(记者杨舒)
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