Dự án xây dựng tuyến đường sắt đô thị số 1 đoạn Ngọc Hồi - Yên Viên của thành phố Hà Nội với định hướng ban đầu là tuyến đường sắt xuyên tâm, đáp ứng chức năng đường sắt quốc gia và đường sắt đô thị.
Dự án được Thủ tướng Chính phủ thông qua chủ trương đầu tư năm 2004. Sau đó, được Bộ Giao thông Vận tải phê duyệt giai đoạn I vào năm 2008 và điều chỉnh dự án năm 2017, như nêu ở trên.
Tuy nhiên, Bộ Giao thông Vận tải cho biết, triển khai Luật Quy hoạch năm 2017, bộ này đã tổ chức lập quy hoạch mạng lưới đường sắt thời kỳ 2021 - 2030, tầm nhìn đến năm 2050 và được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt. Theo đó đường sắt quốc gia qua Hà Nội đi theo các tuyến Vành đai phía Đông (Ngọc Hồi - Lạc Đạo - Bắc Hồng - Thạch Lỗi) và Vành đai phía Tây (Ngọc Hồi - Thạch Lỗi) và không đi vào trung tâm thành phố Hà Nội.
Cùng với đoạn Ngọc Hồi - Yên Viên là đoạn Gia Lâm - Lạc Đạo chuyển thành đường sắt đô thị sau khi tuyến Vành đai phía Đông (Ngọc Hồi - Lạc Đạo - Bắc Hồng - Thạch Lỗi) đưa vào khai thác; Đồng thời, giao Uỷ ban Nhân dân thành phố Hà Nội chủ trì nghiên cứu, đầu tư tuyến đường sắt đô thị số 1 từ Yên Viên đi Ngọc Hồi.