Điều tra vụ án ra tại Công ty Cổ phần Tập đoàn Phúc Sơn và các đơn vị, địa phương liên quan, cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an xác định trong quá trình Công ty Bất động sản Thăng Long của Nguyễn Văn Hậu (Hậu "Pháo") thực hiện Dự án Chợ đầu mối và Khu đô thị Vĩnh Tường, tỉnh Vĩnh Phúc, Hậu đã nhiều lần trực tiếp gặp, đưa tiền và đặt vấn đề nhờ tạo điều kiện tính giá tiền sử dụng đất có lợi cho công ty.
Ông Nguyễn Văn Khước, Phó Chủ tịch UBND tỉnh, đồng thời là Chủ tịch Hội đồng thẩm định giá đất tỉnh Vĩnh Phúc, ông Chu Quốc Hải, nguyên Phó Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường và ông Hoàng Văn Nhiệm, Phó Giám đốc Sở Tài chính đã nhận tiền của Nguyễn Văn Hậu để chỉ đạo bà Đinh Thị Thu Hương, Trưởng phòng giá đất bồi thường tái định cư đã tạo điều kiện cho công ty của Hậu Pháo, gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 200 tỉ đồng.
Việc này được thực hiện qua ông Cao Đại Nghĩa, Phó Trưởng phòng Giá, Cục Quy hoạch và Phát triển tài nguyên đất, Bộ Tài nguyên & Môi trường và ông Nguyễn Ngọc Huy, Giám đốc Công ty Thẩm định giá Nam Hà.
Ngày 20/4 và 23/4, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã ra quyết định khởi tố bị can, lệnh bắt bị can để tạm giam, lệnh khám xét đối với ông Nguyễn Văn Khước; ông Chu Quốc Hải và ông Hoàng Văn Nhiệm về tội "Nhận hối lộ", quy định tại khoản 4, Điều 354 Bộ luật Hình sự.
Ông Cao Đại Nghĩa bị khởi tố, bắt tạm giam về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ". Bà Đinh Thị Thu Hương và ông Nguyễn Ngọc Huy bị khởi tố, cấm đi khỏi nơi cư trú.
Cơ quan Cảnh sát điều tra đang củng cố tài liệu, chứng cứ đối với sai phạm của các bị can đã khởi tố, đồng thời, tiếp tục mở rộng điều tra vụ án, làm rõ các sai phạm khác của Tập đoàn Phúc Sơn tại các địa phương và các đơn vị có liên quan, áp dụng các biện pháp theo luật định để thu hồi triệt để tài sản cho Nhà nước.
Trước đó, hồi cuối tháng 2, Bộ Công an đã khởi tố bị can, bắt tạm giam ông Nguyễn Văn Hậu (tức "Hậu Pháo", Chủ tịch HĐQT Công ty CP Tập đoàn Phúc Sơn) và 5 người khác về tội Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng.
Bước đầu, cơ quan công an xác định 6 bị can trên đã có những hành vi giả mạo, khai man, để ngoài sổ sách kế toán doanh thu, tài liệu liên quan...
Ngày 8/3, Cơ quan điều tra đã khởi tố bị can, bắt tạm giam bà Hoàng Thị Thúy Lan, Bí thư Tỉnh ủy Vĩnh Phúc; ông Lê Duy Thành, Chủ tịch UBND tỉnh Vĩnh Phúc, Phó Bí thư Tỉnh ủy Vĩnh Phúc và ông Đặng Trung Hoành, Chánh Văn phòng Huyện ủy huyện Mang Thít, tỉnh Vĩnh Long, về tội Nhận hối lộ.
Bộ Công an cũng xác định Hậu đưa hơn 60 tỷ đồng cho ông Đặng Trung Hoành. Sau đó, ông Hoành sử dụng tiền này cho nhiều mục đích cá nhân. Còn bà Thúy Lan, ông Thành cũng nhận hối lộ hàng tỷ đồng, sau đó đã giao nộp cho cơ quan chức năng.
Ngày 28/3, Bộ Công an bắt tạm giam đối với ông Lê Viết Chữ (nguyên Chủ tịch, nguyên Bí thư tỉnh Quảng Ngãi) và ông Phạm Hoàng Anh (Phó bí thư Tỉnh ủy Vĩnh Phúc) cũng về tội nhận hối lộ.
Ông Lê Viết Chữ bị cáo buộc nhận tiền để giúp doanh nghiệp của Hậu "Pháo" trúng thầu dự án đường bờ nam sông Trà Khúc. Còn ông Phạm Hoàng Anh đã nhận tiền của Nguyễn Văn Hậu để tạo điều kiện cho doanh nghiệp của Hậu thực hiện dự án Chợ Đầu mối Vĩnh Tường, Vĩnh Phúc.
Đến đầu tháng 4, cơ quan điều tra đã thu hồi 55 tỉ đồng và 1,6 triệu USD do các bị can đã nộp lại và đang rà soát, kê biên, phong toả nhiều tài sản có giá trị của các bị can cùng những người liên quan.