Tại hội thảo, ông Nguyễn Hồng Hiếu, Phó cục trưởng Cục Quản lý tài nguyên nước, Bộ TN-MT, nhận định tài nguyên nước ĐBSCL đang đối mặt với nhiều thách thức như: nguồn nước mặt phân bố không đồng đều, mực nước dưới đất đang bị hạ thấp, ảnh hưởng biến đổi khí hậu, hạn hán, xâm nhập mặn, sạt lở bờ sông, ô nhiễm từ các hoạt động phát triển nội tại của vùng.
Một vấn đề nữa là thượng nguồn sông Mê Kông cung cấp khoảng 94% tổng lượng nước cho ĐBSCL. Tuy nhiên, quá trình phát triển thủy điện ở thượng nguồn đã và đang tác động tiêu cực tới sự suy giảm nguồn nước chảy về. Trong khi đó, dân số ĐBSCL dự báo có thể tăng từ 17 triệu lên khoảng 30 triệu vào năm 2050, nhu cầu sử dụng nước ngày càng tăng. Đây sẽ là một áp lực lớn đối với ĐBSCL về vấn đề thiếu hụt nước sinh hoạt và sản xuất trong tương lai.
PGS-TS Lê Anh Tuấn, giảng viên cao cấp Khoa Môi trường và Tài nguyên thiên nhiên, Trường ĐH Cần Thơ, cho rằng ĐBSCL có nguy cơ mất an ninh nguồn nước rất lớn. Bên cạnh tác động bởi biến động môi trường, chúng ta đang phí phạm nguồn nước rất nhiều trong khi thực hiện các giải pháp chống hạn mặn. Càng chặn mặn bởi các công trình thì năng lượng thủy triều không phân tán mà giữ nguyên, đẩy độ mặn cao hơn. Không những vậy, cống ngăn mặn khi đóng sẽ giữ lại các dòng nước ngọt, tồn đọng gây ô nhiễm. Đó là một trong những lý do tại sao chúng ta càng chống mặn, mặn càng gay gắt.
Theo PGS-TS Nguyễn Phú Quỳnh, Phó viện trưởng Viện khoa học thủy lợi miền Nam, tình hình xâm nhập mặn ngày càng tác động sâu hơn và thời gian lâu hơn. Giải pháp quy hoạch thủy lợi cần sử dụng nguồn tài nguyên nước theo hướng thuận thiên. Điều này có nghĩa là người dân và chính quyền vùng ĐBSCL cần phải coi trọng tất cả nguồn tài nguyên từ nước ngọt, nước lợ, nước mặn. Cần có công tác điều hành phù hợp với điều kiện nguồn nước, vùng nào cần sử dụng và thời gian phân bổ nguồn nước cụ thể ra sao để có kế hoạch sử dụng hiệu quả. Với giải pháp "phi công trình", ngành chức năng cần chỉ đạo và dự báo sớm, đẩy sớm thời vụ để né hạn mặn, phân phối nước theo đối tượng ưu tiên để phục vụ tốt cho sinh hoạt, sản xuất nông nghiệp và nuôi trồng thủy sản.