Để hoàn thiện đề án đáp ứng yêu cầu về chất lượng và tiến độ trình Bộ Chính trị, Phó thủ tướng Chính phủ Trần Hồng Hà yêu cầu Bộ GTVT nghiên cứu tiếp thu, giải trình đầy đủ, kỹ lưỡng ý kiến của các đại biểu (các ý kiến góp ý, phản biện của các chuyên gia, nhà khoa học, bao gồm ý kiến của GS-TSKH Lã Ngọc Khuê).
Trong đó, đánh giá toàn diện các yếu tố: công nghệ, kỹ thuật, an toàn, tổ chức vận tải khai thác, năng lực vận tải (hàng hóa và hành khách) của đường sắt trên trục Bắc - Nam (gồm đường sắt tốc độ cao và đường sắt khổ 1.000mm hiện hữu), tính khả thi, phương án huy động vốn, hiệu quả tài chính, hiệu quả kinh tế… để lựa chọn kịch bản tối ưu.
Phương án triển khai phải bảo đảm đồng bộ, thống nhất về tiêu chuẩn thiết kế, hạ tầng, tín hiệu, thiết bị, toa xe, đầu máy… Đặc biệt, Phó thủ tướng gợi ý đối với các ga tại TP.HCM và Hà Nội cần bố trí ở trung tâm, kết hợp đi ngầm hoặc trên cao… nhằm bảo đảm thuận tiện cho hành khách.
Về tốc độ thiết kế, Phó thủ tướng Trần Hồng Hà yêu cầu tiếp tục làm rõ hơn dựa trên phân tích, nghiên cứu kinh nghiệm đầu tư, vận hành, khai thác hành khách kết hợp hàng hóa của các nước trên thế giới như Bộ GTVT báo cáo (làm rõ tiêu chuẩn, tổ chức khai thác vận tải, cách làm của từng nước). Đồng thời, phân tích, chứng minh về hiệu quả kinh tế, tài chính đối với trường hợp chỉ vận tải hành khách, hoặc vận tải hành khách kết hợp vận tải hàng hóa.
Về chuyển giao công nghệ, các đơn vị được giao nghiên cứu đề xuất lập đề án riêng để phân tích, chọn đối tác chuyển giao công nghệ; lựa chọn tổ chức tiếp nhận công nghệ để làm chủ công nghệ, có thể thành lập mới 1 tập đoàn nhà nước, giao doanh nghiệp nhà nước hoặc doanh nghiệp tư nhân, đơn vị quân đội…
Ngoài ra, Phó thủ tướng yêu cầu nghiên cứu phương án phân kỳ đầu tư phù hợp, có thể kiến nghị đầu tư đồng thời, một lần để giảm thời gian, chi phí… Bộ Kế hoạch và Đầu tư (Cơ quan thường trực của Hội đồng thẩm định nhà nước) được giao nghiên cứu, phản biện độc lập để lựa phương án tối ưu.
Theo đề án mà Bộ GTVT đang nghiên cứu xây dựng, có 2 kịch bản đường sắt cao tốc ưu tiên chở khách. Cụ thể, kịch bản 1 là đầu tư xây dựng mới tuyến đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam đường đôi, khổ ray 1.435 mm, dài 1.545 km, tốc độ thiết kế 350 km/giờ, tải trọng 17 tấn mỗi trục, chỉ khai thác tàu khách. Tuyến đường sắt Bắc - Nam hiện hữu được nâng cấp để chuyên chở hàng, chở khách du lịch và khách chặng ngắn. Tổng vốn đầu tư khoảng 67,32 tỉ USD.
Kịch bản 2 là đầu tư tuyến đường sắt Bắc - Nam đường đôi, khổ ray 1.435 mm, tải trọng 22,5 tấn mỗi trục, tốc độ thiết kế 350 km/giờ, khai thác tàu chở khách và dự phòng cho chở hàng khi có nhu cầu. Tổng vốn đầu tư dự án 68,98 tỉ USD. Trường hợp đầu tư hạ tầng, thiết bị, phương tiện để khai thác thêm tàu hàng trên tuyến này thì vốn đầu tư dự án khoảng 71,69 tỉ USD.