Vào năm 2020, các kỹ sư phát hiện những ống dẫn khí được lắp đặt vào Hệ thống tạo khí trơ trên máy bay (OBIGGS) của một số chiếc F-35A bị hư hại. Loại tiêm kích này sau đó bị cấm bay trong bán kính 40 km từ khu vực có sấm sét.
OBIGGS giúp máy bay không phát nổ khi bị sét đánh, bằng việc bơm không khí chứa nhiều nitơ vào thùng nhiên liệu để làm trơ các chất bên trong. Nếu các ống dẫn khí trơ hư hỏng, hệ thống OBIGGS có thể không hoạt động bình thường trong trường hợp khẩn cấp.
Văn phòng Chương trình Hỗn hợp F-35 Lightning II (JPO), cơ quan thuộc chính phủ Mỹ chịu trách nhiệm sản xuất và bảo trì các loại F-35, không tiết lộ có bao nhiêu máy bay đã được sửa hệ thống OBIGGS và có thể bay gần sấm sét, trích dẫn những lo ngại an ninh.
Sét từ lâu là mối lo với các dòng F-35, đôi khi bị coi là sự mỉa mai, khi mẫu tiêm kích này mang biệt danh "Tia chớp II".
Vào đầu thập niên 2010, Lầu Năm Góc đã áp đặt hạn chế bay với F-35, sau khi kỹ sư thử nghiệm vũ khí độc lập phát hiện thùng nhiên liệu không nhận đủ khí giàu nitơ để đảm bảo an toàn cho máy bay. Sau khi chỉnh sửa, F-35 đã được bay gần sét vào năm 2014, cho đến khi phát hiện ít nhất 24 chiếc F-35A gặp sự cố ở hệ thống OBIGGS vào năm 2020.
Rơi tiêm kích F-35, thủy quân lục chiến Mỹ cũng phải gọi 911
Sự cố này không xuất hiện trên hai biến thể cất cánh quãng ngắn F-35B và phiên bản cho tàu sân bay F-35C. Tuy nhiên, Lầu Năm Góc vào năm 2020 phải tạm hoãn chuyển giao toàn bộ mẫu F-35 trong vài tuần để khắc phục lỗi. Công ty sản xuất F-35 Lockheed Martin khi đó cho biết không có sai sót trong khâu lắp đặt và có thể chuyển giao, song sự cố xuất hiện ở quá trình vận hành.
Bộ Tư lệnh tác chiến trên không của Không quân Mỹ nói trong tuyên bố rằng OBIGGS "đã trải qua quá trình kiểm tra và phân tích phần cứng rộng rãi", cho biết sau khi được chứng nhận an toàn để vận hành, giới hạn khoảng cách sẽ được giảm. Cơ quan này nói thêm phi công được hướng dẫn không bao giờ bay vào thời tiết sấm sét, trừ khi đó là điều cần thiết để hoàn thành nhiệm vụ.