Đây là lần đầu tiên đền thờ này được mở lại sau hơn một thế kỷ. Lần gần đây nhất ngôi đền này mở cửa cho các tín đồ cầu nguyện là vào đầu những năm 20 của thế kỷ XX, trước khi xảy ra chiến tranh giữa Hy Lạp và Thổ Nhĩ Kỳ, khiến số người theo đạo Hồi tại thành phố này giảm. Động thái trên mang lại niềm vui cho nhiều tín đồ Hồi giáo tại Thessaloniki, nhất là những người chưa có cơ hội cầu nguyện tại đền Yeni.
Đền thờ Yeni được kiến trúc sư người Italy Vitaliano Poselli thiết kế và xây dựng vào năm 1902. Ngôi đền này sau đó trở thành một bảo tàng khảo cổ học và triển lãm nghệ thuật của thành phố Thessaloniki.