Kết quả phân tích các món ăn trong bữa ăn cho thấy, tỷ lệ tấn công các món ăn tương đối bằng nhau. Sự chênh lệch tỷ lệ tấn công giữa người ăn và không ăn các món trong bữa ăn trưa, chiều ngày 11 - 12.3 không cao. Điều này cho thấy các món ăn trên khay thức ăn có thể nhiễm chéo lẫn nhau.
Mặt khác, cơ sở không thực hiện việc lưu mẫu thức ăn nên đoàn điều tra không lấy mẫu được từng món ăn riêng biệt của bữa ăn nguyên nhân gây ngộ độc thực phẩm (bữa ăn trưa, chiều ngày 11 - 12.3).
Đối với mẫu cơm gà còn lại của bệnh nhân bị ngộ độc thực phẩm cung cấp để đoàn điều tra gửi mẫu xét nghiệm, do các món ăn được để chung trong hộp cơm gà, nên cũng có thể xảy ra tình trạng nhiễm chéo giữa các món ăn.
Do quán ăn bán ăn tại chỗ và bán mang về, không in phiếu thu, biên lai tính tiền nên chủ cơ sở không thống kê được số lượng người đã mua và sử dụng thức ăn do quán chế biến trong 2 ngày trên.
Do đó không đủ cơ sở khoa học để xác định cụ thể thức ăn nào là thức ăn nguyên nhân; chỉ có thể nhận định: Thức ăn nguyên nhân là cơm gà (gồm các món: cơm, gà xé, gà nướng, mắm, sốt trứng, rau dưa chua, hành phi, súp canh). Nguyên nhân gây ngộ độc thực phẩm: do vi sinh vật (vi khuẩn: Salmonella spp, Bacillus cereus, Staphylococcus aureus).
Theo Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm Khánh Hòa, quán cơm gà Trâm Anh có giấy chứng nhận đăng ký hộ kinh doanh; có giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm; có giấy xác nhận đã được tập huấn kiến thức an toàn thực phẩm của 3/6 nhân viên.
Cơ sở chưa cung cấp được các hợp đồng và giấy tờ liên quan đến nguyên liệu thực phẩm; giấy xác nhận đã được tập huấn kiến thức an toàn thực phẩm và hồ sơ khám sức khỏe của 3 nhân viên...
Tại thời điểm kiểm tra ngày 13.3, lực lượng chức năng ghi nhận nhân viên bán hàng, chế biến thức ăn có mặc trang phục bảo hộ chuyên dụng (mũ, găng tay, tạp dề, khẩu trang); một số thực phẩm chín (gà xé, đùi tỏi gà nướng chín, hành phi, dưa chua) để trong tủ bán; một số thực phẩm chín để trong khay inox, trên bàn ngoài tủ bán, không được đậy kín. Tại cơ sở, có 6 vòi nước dùng cho mục đích sinh hoạt, trong đó có sử dụng 1 vòi nước giếng (nước được xả vào thùng chứa) để rửa dụng cụ. Tại 2 tủ cấp đông, nguyên liệu đùi tỏi gà sống được phân chia thành từng túi nhỏ, đựng trong túi lớn màu đen trước khi bảo quản tại tủ; các nguyên liệu trứng, thịt gia cầm sống được nhập hằng ngày.
Theo lời khai của chủ cơ sở, quán bắt đầu mở bán cho khách vào tầm 9 giờ - 9 giờ 30 để chuẩn bị thực phẩm bán vào buổi sáng, sau đó sơ chế, tẩm ướp và đem nướng; gà nguyên con luộc tầm 15-20 con… Sau khi chủ thấy bán gần hết lô hàng đầu tiên, sẽ tiếp tục nấu và chế biến tiếp các món để bán và bán xuyên suốt cho đến tối khi hết nguyên liệu nhập vào.
Đoàn kiểm tra đã đề nghị chủ cơ sở ngừng hoạt động kinh doanh cho đến khi có thông báo của cơ quan có thẩm quyền.