Phần nhiều giáo viên vẫn đang được bố trí dạy theo đơn môn; kiểm tra riêng theo phân môn. Điểm khác biệt cơ bản nhất là chung một bìa sách giáo khoa và nhập chung điểm vào một môn học mang tên "tích hợp".
Đây là năm thứ ba kể từ khi Bộ GD-ĐT triển khai chương trình Giáo dục phổ thông 2018 ở cấp THCS. Hai năm học đầu triển khai ở lớp 6 và lớp 7, các môn học khoa học tự nhiên, lịch sử và địa lý được hướng dẫn dạy theo mạch kiến thức, chủ đề riêng biệt. Vì thế, có những phân môn đầu năm học sinh học một số tiết, sang học kỳ 2 mới học tiếp.
Chính vì những bất cập như vậy, ngày 10.10.2023, Bộ GD-ĐT ban hành Công văn số 5636/BGDĐT-GDTrH hướng dẫn về việc xây dựng kế hoạch dạy học các môn khoa học tự nhiên, lịch sử và địa lý gợi ý cho phép các phân môn dạy song song. Kiến thức phân môn nào, giáo viên môn đó dạy, giáo viên đó kiểm tra.
Vì thế, mấy tháng nay, giáo viên được dạy liên tục phân môn của mình, học sinh cũng được học liên tục kiến thức.
Việc kiểm tra giữa kỳ, cuối kỳ đối với những bài kiểm tra định kỳ cũng được thực hiện độc lập nên giáo viên không còn phải ráp các phần nội dung kiến thức vào một đề chung và phải đợi chờ nhau chấm.
Thế nhưng, nếu thực hiện như hiện nay thì các môn học tích hợp đã không còn là "tích hợp" như mục tiêu chương trình tổng thể, chương trình môn học mà Bộ định hướng ban đầu. Bởi gần như mọi thứ bây giờ đang được thực hiện độc lập giữa các phân môn, chỉ còn cái chung duy nhất là 2 - 3 phân môn cùng vào chung điểm của một môn học mà thôi.
Trong khi đó, các địa phương vẫn tiếp tục cử giáo viên đi bồi dưỡng để có chứng chỉ theo Quyết định 2454/QĐ-BGDĐT và Quyết định 2455/QĐ-BGDĐT mà Bộ đã ban hành. Nhưng có nơi giáo viên đã bồi dưỡng xong về trường vẫn được bố trí dạy theo phân môn đã được đào tạo ở trường sư phạm trước đây. Rõ ràng, các môn học tích hợp còn nhiều vấn đề khó khăn, nan giải và ẩn chứa nhiều mâu thuẫn với nhau.
Đến thời điểm này, sách giáo khoa lớp 9 chương trình mới đã được các đơn vị, các nhà xuất bản thực hiện cơ bản hoàn tất. Tuy nhiên, vẫn còn nhiều băn khoăn cho tương lai các môn học tích hợp ở cấp THCS.