Ngày 7/4/1994, cuộc diệt chủng bắt đầu với việc sát hại Thủ tướng Agedit Uwilingiyimana và 10 binh sĩ Bỉ.
Các nhóm sắc tộc chính ở Rwanda là người Hutu và người Tutsi chiếm đại đa số. Nhóm thứ ba, người Twa, chiếm chưa đến 1% dân số. Cả ba nhóm đều nói tiếng Rwanda (tiếng Kinyarwanda), cho thấy lịch sử gắn bó lâu đời.
Khu vực Rwanda ngày nay ban đầu là vùng định cư của người Twa, sau đó là người Hutu đến từ giữa thế kỷ thứ 5, người Tutsi di cư từ Kenya và Tanzania từ thế kỷ 14. Dù đến sau nhưng người Tutsi với sự nhạy bén, tháo vát đã nhanh chóng trở nên giàu có và chiếm ưu thế về mọi mặt trong xã hội, trước khi người phương Tây có mặt vào đầu thế kỷ 19. Trong khi đó người Hutu vốn chỉ quen làm nông nghiệp. Chính sự khác biệt của hai tộc người đông đảo nhất Rwanda là khởi nguồn cho cuộc tương tàn đẫm máu.
Ban đầu, chính quyền thuộc địa Đức theo đuổi chính sách cai trị gián tiếp nhằm củng cố quyền bá chủ của giai cấp thống trị Tutsi và chế độ chuyên chế của chế độ quân chủ. Sau đó, người Bỉ có mặt và tiếp tục thi hành cách kiểm soát này.
Một số người Hutu bắt đầu đòi hỏi sự bình đẳng và nhận được sự đồng cảm từ các giáo sĩ lẫn người Bỉ, dẫn đến cuộc cách mạng Hutu năm 1959 với sự chấp thuận ngầm của người Bỉ khiến bạo lực kéo dài nhiều tháng. Vua Tutsi bị truất phế và bãi bỏ chế độ quân chủ Tutsi năm 1961. Rwanda trở thành một nước cộng hòa và một chính phủ quốc gia lâm thời toàn người Hutu ra đời năm 1962.
Trong nhiều thập kỷ, mối thù giữa người Tutsi và Hutu làm bùng phát nhiều cuộc bạo lực man rợ làm hàng chục ngàn người thiệt mạng, hàng trăm ngàn người bỏ nước ra đi.
Năm 1993, chính phủ người Hutu và quân nổi dậy Tutsi chấp nhận chia sẻ quyền lực. Tuy nhiên, đêm 6/4/1994 khi máy bay chở Tổng thống Juvenal Habyarimana trở về từ cuộc đàm phán thực thi hiệp ước tại Burundi đã bị bắn. Dù chưa biết thủ phạm là ai nhưng vụ việc đã châm ngòi cho nạn diệt chủng chỉ vài giờ sau đó do các nhà lãnh đạo cao cấp Hutu khởi xướng, giết sạch người Tutsi và cả người Hutu ôn hòa.
Ngày hôm sau, Thủ tướng Agedit Uwilingiyimana, một người Hutu ôn hòa, bị ám sát vào cùng với 10 binh sĩ Bỉ trong lực lượng gìn giữ hòa bình của Liên hợp quốc có nhiệm vụ bảo vệ bà. Vụ sát hại này có mục tiêu tạo ra khoảng trống chính trị để thành lập chính phủ lâm thời gồm những người Hutu cực đoan do Đại tá John John đứng đầu.
Kể từ đây Rwanda hứng kiến một làn sóng vô chính phủ và giết người hàng loạt, trong đó quân đội và các nhóm dân quân Hutu được gọi là Interahamwe ("Những kẻ cùng tấn công") và Impuzamugambi ("Những kẻ có cùng mục tiêu") đóng vai trò trung tâm. Các chương trình phát thanh đã tiếp tục thúc đẩy nạn diệt chủng bằng cách khuyến khích thường dân Hutu giết những người hàng xóm Tutsi của họ, những người được coi là "những con gián" cần phải tiêu diệt.
Cách thức diệt chủng tàn bạo được sử dụng để giết người với dụng cụ thô sơ như dao rựa. Hiếp dâm cũng được sử dụng như một loại vũ khí để lây truyền HIV/AIDS khiến nhiều phụ nữ Tutsi đã bị nhiễm HIV/AIDS.
Những vụ tàn sát điển hình diễn ra dưới sự điều khiển của Ladislas Ntaganzwa, thị trưởng Nyakizu. Ông này sau đó bị cáo buộc chỉ huy việc lập kế hoạch, chuẩn bị và thực hiện vụ thảm sát trên 20.000 người Tutsi tại giáo xứ Cyahinda.
Liên Hợp Quốc (LHQ), vốn đã có quân gìn giữ hòa bình ở nước này để thực hiện sứ mệnh giám sát (UNAMIR), đã thực hiện những nỗ lực không thành công để hòa giải một lệnh ngừng bắn. Vào ngày 21 tháng 4, khi cuộc khủng hoảng ngày càng sâu sắc, Liên hợp quốc đã bỏ phiếu giảm sự hiện diện của UNAMIR ở nước này từ 2.500 quân xuống còn 270.
Tuy nhiên, vào ngày 17 tháng 5, Liên Hợp Quốc đã đảo ngược quyết định của mình và bỏ phiếu thành lập lực lượng 5.500 người, bao gồm binh lính chủ yếu đến từ các nước châu Phi, nhưng số quân bổ sung đó không thể được triển khai ngay lập tức. Tháng 6/1994, Liên Hợp Quốc ủng hộ việc triển khai lực lượng quân sự do Pháp lãnh đạo để thiết lập vùng an toàn.
Sau rất nhiều nỗ lực, một chính phủ chuyển tiếp đoàn kết dân tộc được thành lập vào ngày 19/7/1994 do một người Hutu là Pasteur Bizimungu làm chủ tịch và lãnh đạo RPF Paul Kagame, một người Tutsi, làm phó chủ tịch. Cuộc diệt chủng kết thúc.
Chỉ trong 100 ngày, cuộc tàn sát đẫm máu tại Rwanda đã khiến hơn 800.000 thường dân, chủ yếu là người Tutsi, đã thiệt mạng, trong đó có hơn 300.000 trẻ em. Theo số liệu công bố của Liên Hợp Quốc, chỉ còn khoảng 300.000 đến 400.000 người Tutsi sống sót sau nhờ chạy trốn sang các nước láng giềng Burundi, Tanzania, Uganda, Zaire. Trung bình mỗi ngày có 10.000 người bị sát hại, hơn 250.000 phụ nữ và trẻ em gái bị hãm hiếp.
Các thống kê sau đó, bao gồm của cả chính phủ Rwanda, cho thấy con số còn cao hơn. Có tới 2.000.000 người Rwanda (cả Hutu lẫn Tutsi), đã chạy trốn, phần lớn đến miền đông Zaire (sau này trở thành CHDC Congo) và mãi nhiều năm sau mới hồi hương theo lời kêu gọi của chính phủ mới.
Kể từ khi nạn diệt chủng chấm dứt, có khoảng 95.000 trẻ em bị mồ côi cha mẹ và khoảng 2.000 phụ nữ bị nhiễm HIV do bị hãm hiếp.
Sau khi nạn diệt chủng kết thúc, Rwanda phải đối mặt với nhiều năm hòa giải và phục hồi xã hội. Trọng tâm là thúc đẩy đoàn kết dân tộc và xây dựng lại nền kinh tế đất nước và xét xử tội phạm diệt chủng.
Năm 1994, Liên Hợp Quốc đã thành lập Tòa án Hình sự Quốc tế cho Rwanda (ICTR) để truy tố và xét xử những người chịu trách nhiệm về tội diệt chủng. Phiên tòa đầu tiên diễn ra năm 1998 kết án cựu thủ tướng Rwandan Jean Kambanda tù chung thân.
Rào cản xảy ra vào năm 1999, khi Rwanda cắt đứt mối quan hệ với ICTR sau khi tòa án ra lệnh thả Jean-Bosco Barayagwiza, một nghi phạm diệt chủng nổi tiếng. Ông này bị buộc tội dàn dựng chiến dịch truyền thông thúc giục người Hutu giết những người hàng xóm Tutsi. Tuy nhiên, lệnh trả tự do cho ông đã bị đình chỉ và vào tháng 2/2000 và chính phủ Rwanda nối lại việc xét xử với ICTR. Barayagwiza hầu tòa vào cuối năm đó và bị án năm 2003.
ICTR hoàn thành phiên tòa cuối cùng vào ngày 20 tháng 12 năm 2012 và kết thúc vào ngày 31 tháng 12 năm 2015. Vào thời điểm đó, cơ quan này đã truy tố 93 nghi phạm, 62 người trong số họ bị kết tội. Trong số này có hàng loạt các quan chức cấp cao, các bộ trưởng, tướng lĩnh quân đội và cảnh sát. Tuy nhiên mức án cao nhất chỉ là chung thân.
Tuy nhiên cũng có những nhân vật chóp bu trong cuộc thảm sát này đã trốn thoát. Nổi tiếng nhất là Bộ trưởng Quốc phòng Augustin Bizimana, doanh nhân truyền thông Félicien Kabuga và Protais Mpiranya - người đứng đầu Đội cận vệ Tổng thống. Bizimana được xác nhận đã chết vào năm 2020. Kabuga bị bắt vào năm 2020 nhưng 3 năm sau được tuyên bố là không đủ sức khỏe tâm thần để hầu tòa. Năm 2022 Mpiranya được xác nhận đã chết.