Theo kết luận điều tra, năm 2014, Trung tâm Công nghệ Sinh học được phê duyệt kế hoạch chọn nhà thầu cung cấp thiết bị dự án với giai đoạn 1 trị giá 149 tỷ đồng, giai đoạn 2 trị giá khoảng 200 tỷ đồng và giai đoạn 3 trị giá hơn 75 tỷ đồng.
Bà Nguyễn Thị Thanh Nhàn (Chủ tịch HĐQT kiêm Tổng Giám đốc Công ty AIC) là người thành lập, điều hành Công ty AIC và các Công ty thành viên (Công ty Mopha, Công ty Công nghệ cao, Công ty Uy tín toàn cầu).
Thông qua các mối quan hệ, bà Nhàn đã thỏa thuận, thống nhất với Dương Hoa Xô (cựu Giám đốc Trung tâm Công nghệ sinh học TPHCM) cho Công ty AIC thực hiện các gói thầu dự án 12, thông đồng nâng giá để hưởng lợi 40% giá trị gói thầu.
Quá trình thực hiện giai đoạn 1, bà Nhàn đồng ý cho Công ty Gene Việt, Công ty Việt Á của Phan Quốc Việt được liên danh thực hiện 3 gói thầu; chỉ đạo Trần Mạnh Hà, (Phó Tổng Giám đốc Công ty AIC); Trần Đăng Tấn (Trưởng đại diện Công ty AIC tại TPHCM) phối hợp với Công ty Gene Việt, Công ty Việt Á xây dựng danh mục, cấu hình, dự toán thiết bị gói thầu trước khi đấu thầu; thông đồng với Trần Vĩnh Vũ (Giám đốc Công ty Tư vấn Hồng Hà) lập hồ sơ mời thầu theo hướng tạo điều kiện cho liên danh Công ty AIC - Công ty Việt Á và Công ty Vimedimex (do liên danh AIC - Việt Á nhỏ đứng tên) trúng 3 gói thầu; chỉ đạo thiết lập các Công ty "quân xanh" để AIC - Việt Á trúng thầu, tránh hủy thầu.
Quá trình thực hiện giai đoạn 2, bà Nhàn tiếp tục chỉ đạo Trần Mạnh Hà giao nhân viên Công ty AIC phối hợp với chủ đầu tư thống nhất danh mục, nâng giá dự toán thiết bị đảm bảo lợi nhuận cho Công ty AIC, giới thiệu đơn vị tư vấn thẩm định giá, lấy báo giá cho đơn vị thẩm định để hợp thức giá dự toán theo giá đã thông đồng, nâng khống với chủ đầu tư, bố trí "quân xanh" dự thầu, để Công ty Mopha (do Nhàn thành lập, điều hành) trúng 2 gói thầu, Công ty AIC trúng 1 gói thầu, gây thiệt hại tài sản Nhà nước hơn 83 tỷ đồng tại 6 gói thầu.
Để Công ty AIC và các công ty do AIC chỉ định được trúng thầu, bà Nhàn đã thỏa thuận, thống nhất với Dương Hoa Xô về việc tạo điều kiện cho Công ty AIC trúng thầu và sẽ chi tiền cảm ơn cho Xô.
Sau khi trúng thầu, Nhàn đã chỉ đạo Trần Mạnh Hà, Trần Đăng Tấn đưa tiền cho Dương Hoa Xô 6 lần tổng cộng 14,4 tỷ đồng để Xô tạo điều kiện cho AIC trúng thầu.
"Hiện Nguyễn Thị Thanh Nhàn đang bỏ trốn, chưa lấy được lời khai. Tuy nhiên, căn cứ kết quả điều tra, thu thập tài liệu, trích xuất dữ liệu; lời khai của Dương Hoa Xô, Nguyễn Đăng Quân, Phan Quốc Việt, Trần Thị Bình Minh, Nguyễn Chí Văn, Lê Thị Kim Sang và các cá nhân liên quan, đủ cơ sở xác định Nguyễn Thị Thanh Nhàn là đối tượng chủ mưu, cầm đầu, chịu trách nhiệm chính về các sai phạm tại Công ty AIC tại 12 dự án", kết luận nêu.
Trong vụ án, cơ quan điều tra kết luận, hành vi của bà Nguyễn Thị Thanh Nhàn đã vi phạm Luật Đấu thầu năm 2013 và các văn bản hướng dẫn thi hành, phạm tội "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng" và tội "Đưa hối lộ" quy định tại khoản 4, điều 364 Bộ luật hình sự năm 2015. Do Nhàn bỏ trốn nhằm trốn tránh trách nhiệm cá nhân và cản trở hoạt động điều tra; nên cần xử lý nghiêm để đảm bảo tính răn đe và phòng ngừa chung.
Trong vụ án này, bị can Phan Quốc Việt (cựu Chủ tịch HĐQT, Tổng Giám đốc Việt Á) được xác định là người liên quan vụ án. Bị can Việt trước đó bị tòa quân sự phạt 25 năm tù và Tòa án nhân dân TP Hà Nội phạt 29 năm tù trong vụ án kit test Covid-19.
Trong vụ án, cơ quan điều tra kiến nghị kiến nghị Bộ Tài chính xem xét, xử lý hành chính đối với các công ty thẩm định giá và thẩm định viên có sai phạm trong vụ án tại các công ty: Công ty TNHH kiểm toán và dịch vụ tin học TPHCM (nay là Công ty TNHH kiểm toán và dịch vụ tin học Moore AISC); Công ty cổ phần Tư vấn và Thẩm định giá Đông Nam Á.
Kiến nghị UBND TPHCM và các cơ quan có thẩm quyền xem xét, xử lý theo thẩm quyền đối với các công ty: Công ty cổ phần Công nghệ cao, Công ty TNHH Y sinh Nam Anh, Công ty TNHH vật tư khoa học kỹ thuật Đông Dương, Công ty TNHH thiết bị khoa học và công nghệ Kim Ngân, Công ty cổ phần Công nghệ cao Gene Việt, Công ty cổ phần Xuất nhập khẩu kỹ thuật Vimedimex, Công ty cổ phần Công nghệ Việt Á, Công ty cổ phần tư vấn và Quản lý xây dựng Hồng Hà và Công ty cổ phần tư vấn xây dựng Nguyên Châu.