Theo Đồ án điều chỉnh quy hoạch chung TP.Nha Trang đến năm 2040, quy mô lập quy hoạch có tổng diện tích đất tự nhiên khoảng 26.736ha, tăng 189ha so với diện tích phạm vi nghiên cứu tại Quyết định 1456/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ (là 26.547ha). Trong đó, TP. Nha Trang có diện tích 25.422ha, tăng 162ha; huyện Diên Khánh 1.314ha, tăng 27ha.
Đồ án quy hoạch cũng đề ra mục tiêu đưa TP. Nha Trang trở thành đô thị hạt nhân, là trung tâm kinh tế, chính trị, văn hóa, xã hội, khoa học, công nghệ, đào tạo nguồn nhân lực; phát huy hiệu quả hơn nữa vai trò một cực tăng trưởng quan trọng, cửa ngõ hội nhập quốc tế của tỉnh Khánh Hòa; Là trung tâm du lịch, thương mại - tài chính, dịch vụ cảng biển du lịch của vùng Nam Trung Bộ và cả nước; là đô thị du lịch biển đảo quốc gia và quốc tế.
Đến năm 2030, quy mô dân số của Nha Trang từ 630.000-640.000 người; đến năm 2040 từ 750.000 – 780.000 người.
Quy mô đất xây dựng toàn đô thị đến năm 2030 đạt 9.981ha, trong đó, đất dân dụng là 5.873ha. Đến năm 2040, đất xây dựng toàn đô thị đạt 11.792ha, trong đó, đất dân dụng 6.713ha.
Định hướng phát triển các phân vùng đô thị của Nha Trang gồm 14 khu vực. Cụ thể, Khu 1: Khu vực trung tâm ven biển và phía Nam sông Cái, diện tích khoảng 676ha, dân số dự kiến 140.000 người; là trung tâm du lịch cả nước; trung tâm hành chính – văn hóa – thương mại cấp tỉnh và thành phố.
Khu 2: Khu vực sân bay Nha Trang cũ và vùng phụ cận, diện tích khoảng 263 ha, dân số dự kiến 23.200 người; là trung tâm dịch vụ du lịch, văn phòng, thương mại - tài chính vùng Nam Trung bộ.
Khu 3: Khu vực phường Phước Long, Vĩnh Trường, Vĩnh Nguyên, diện tích khoảng 640 ha, dân số dự kiến 60.500 người; là trung tâm dịch vụ du lịch biển, dịch vụ cảng biển du lịch vùng Nam Trung bộ.
Khu 4: Khu vực phía tây đường Lê Hồng Phong, diện tích khoảng 501 ha, dân số dự kiến 70.000 người; là khu đô thị mới đan xen khu dân cư hiện trạng cải tạo chỉnh trang.
Khu 5: Khu đô thị ven biển, phía đông đường sắt - từ bắc sông Cái đến mũi Kê Gà, diện tích khoảng 1.212 ha, dân số dự kiến 108.800 người; là khu trung tâm đô thị hiện hữu, dịch vụ du lịch ven biển.
Khu 6: Khu vực từ phía nam núi Cô Tiên (nhỏ) đến phía bắc núi Hòn Ngang (núi Cô Tiên lớn), diện tích khoảng 1.631 ha, dân số dự kiến 16.100 người; là khu trung tâm đô thị hiện hữu, dịch vụ du lịch ven biển.
Khu 7: Khu vực đô thị phía bắc sông Cái và khu vực Hòn Nghê, diện tích khoảng 1.316 ha, dân số dự kiến 47.600 người; là trung tâm giáo dục, y tế, dịch vụ nước khoáng nóng.
Khu 8: Khu vực đô thị phía tây Nha Trang, diện tích khoảng 1.584 ha, dân số dự kiến 109.300 người; là trung tâm khoa học kỹ thuật, nghiên cứu, đào tạo mới.
Khu 9: Khu vực phía nam đường Phong Châu và khu vực núi phía tây sông Tắc, diện tích khoảng 1.966 ha, dân số dự kiến 82.300 người; là khu đô thị - trung tâm hành chính mới, dịch vụ du lịch sinh thái núi, dịch vụ y tế vùng duyên hải Nam Trung bộ và Tây Nguyên.
Khu 10: Khu vực Phước Đồng - Hòn Rớ - phía bắc núi Cù Hin, diện tích khoảng 4.626 ha, dân số dự kiến 64.100 người; là trung tâm giáo dục, thể dục thể thao và dịch vụ du lịch sinh thái.
Khu 11: Khu vực Đồng Bò - Trảng É, diện tích khoảng 810 ha, dân số dự kiến 11.000 người; là khu công nghiệp và dịch vụ logistics.
Khu 12: Khu vực phía tây bắc quốc lộ 1 - thuộc xã Vĩnh Phương, diện tích khoảng 2.522 ha, dân số dự kiến 8.900 người; là khu vực làng xóm hiện trạng cải tạo, công nghiệp - tiểu thủ công nghiệp.
Khu 13: Khu vực xã Vĩnh Lương - phía bắc núi Hòn Ngang, diện tích khoảng 3.828 ha, dân số dự kiến 28.200 người; là khu dân cư hiện hữu, cải tạo, chỉnh trang kết hợp du lịch sinh thái núi.
Khu 14: Khu vực biển thuộc vịnh Nha Trang, biển ven bờ xã Vĩnh Lương và các đảo thuộc TP.Nha Trang, diện tích khoảng 3.848 ha, dân số dự kiến 10.000 người; là trung tâm dịch vụ du lịch biển đảo quốc gia và quốc tế kết hợp an ninh quốc phòng.