Ngày 19/4, ông Vân bị Cơ quan An ninh điều tra Công an tỉnh Long An khởi tố, cho tại ngoại vì lý do sức khỏe. Bị can đang mang bản án 5 năm tù về tội Lợi dụng quyền tự do dân chủ xâm phạm lợi ích của Nhà nước, tổ chức, cá nhân, chưa thi hành.
Động thái này được đưa ra sau thời gian dài cơ quan điều tra xác minh đơn tố giác tội phạm, cho rằng ông Vân có hành vi loạn luân. Đến nay, cơ quan điều tra xác định có đủ chứng cứ bị can có quan hệ loạn luân với con ruột sống trong hộ bà Cao Thị Cúc, ở ấp Lập Thành, xã Hòa Khánh Tây, huyện Đức Hòa. Cơ quan An ninh điều tra đang làm rõ nhiều vấn đề liên quan.
Hồi tháng 11/2022, TAND tỉnh Long An tuyên phạt ông Lê Tùng Vân 5 năm tù về tội Lợi dụng quyền tự do dân chủ xâm phạm lợi ích của Nhà nước, tổ chức, cá nhân theo khoản 2 Điều 331 Bộ luật Hình sự. Các bị cáo còn lại nhận mức án 3-4 năm.
Bản án xác định, từ năm 2019 đến 2021, ông Vân đã chỉ đạo Lê Thanh Hoàn Nguyên, Lê Thanh Nhất Nguyên lập tài khoản Youtube 5 Chú Tiểu - Thiền Am Bên Bờ Vũ Trụ và Nhất Nguyên - Hoàn Nguyên Official. Các bị cáo đã quay phim, dàn dựng, đăng nhiều video có nội dung ảnh hưởng không tốt đến dư luận, thông tin sai sự thật; xúc phạm danh dự uy tín tập thể, cá nhân, trực tiếp xâm phạm đến Công an huyện Đức Hòa, Giáo hội phật giáo Việt Nam tỉnh Long An, thượng tọa Thích Nhật Từ.
Tịnh thất Bồng Lai (sau này đổi thành Thiền am bên bờ vụ trụ) là nhà riêng của bà Cao Thị Cúc tại xã Hòa Khánh Tây, huyện Đức Hòa. Gần 10 năm trước, bà này đưa nhiều tượng Phật, đồ thờ cúng về nhà, biến nơi này thành cơ sở thờ tự bất hợp pháp. Năm 2015, ông Lê Tùng Vân (ngụ quận 6, TP HCM) chuyển đến đây sống cùng bà Cúc.
Năm 2022, ngoài việc điều tra ông Vân và những người tại Tịnh thất Bồng Lai về hành vi đăng tải các video sai sự thật, xúc phạm danh dự uy tín của cơ quan, tập thể, cá nhân, Công an tỉnh Long An cũng điều tra thêm dấu hiệu của tội loạn luân, lừa đảo trong việc nhận tiền quyên góp từ thiện theo đơn tố giác.
Thời điểm đó hộ bà Cúc nhận nuôi có 8 trẻ em, trong đó có 6 trẻ sống với mẹ ruột và hai trẻ được nhận nuôi.
Nam An